6- Les cycles biogéochimiques

Les êtres vivants et les cycles biogéochimiques, activés par le rayonnement solaire, entretiennent une
étroite relation de dépendance qui marque l'équilibre écosystémique de la vie et de notre planète. Ils
suivent un mouvement cyclique, ou fermé, permet de comprendre la dynamique des écosystèmes et la
manière dont les activités humaines sont capables de les modifier.

Les êtres-vivants ont besoin d’environ 40 éléments chimiques pour vivre. Les plus importants sont le
Carbone, l’Azote, l’Oxygène, le Phosphore et le soufre. Avec ces éléments majeurs, s’ajoutent d’autres en
quantité plus au moins faibles comme le Calcium, le Fer, le Potassium,…

Définition : Un cycle biogéochimique est le passage alternatif d'un élément de l 'état organique à l'état
minéral, et dont les différentes phases se déroulent en interaction entre l’atmosphère, la biosphère et la
lithosphère.

En effet, dans ces cycles, les macronutriments et les micronutriments qui constituent la matière inorganique
présente dans notre environnement (air, eau ou sol), sont incorporés dans les organismes (se transforme en
matière organique) par le biais de processus métaboliques, et ils retournent ensuite dans l'environnement
naturel, sous leur forme inorganique.

On distingue 3 sortes de cycles biogéochimiques :

 Le cycle de l’eau (Hydrologique), dont les précipitations sont les sources principales
 Les cycles gazeux, dans lesquels le réservoir qui fournit les éléments est l’atmosphère (Carbone,
Oxygène, Azote).
 Les cycles sédimentaires dans lesquels le sol (sédiment) est le réservoir qui fournit l’élément stocké
sous forme solide (Phosphore, Soufre).

6.1. Le cycle de l’eau

Lorsqu'il s'agit d'expliquer un cycle, il faut définir quelle étape peut servir de point de départ.
Généralement, la mer qui est utilisée comme point de départ. Le cycle passe par plusieurs étapes qui sont
illustrées par la figure 1 du cycle de l'eau ci-dessus:

 L’évaporation de l’eau : Dans un premier temps, les rayons du soleil chauffent la surface de l'eau des
océans, des mers, des fleuves, des lacs et des continents et provoque l'évaporation de l'eau. Les êtres
vivants à leur tour, contribuent par la transpiration (sudation pour les animaux et transpiration des
végétaux). D'autre part, la somme de la transpiration et l'évaporation produite par le réchauffement du sol
est connue sous le nom « d'évapotranspiration », et peut impliquer une grande quantité de perte d'eau pour
les continents. Dans le cas des pôles, la glace fond pour devenir liquide et elle finit par s'évaporer pour
devenir gazeuse.
 Condensation : cette phase du cycle de l'eau se produit grâce à l'action du vent, qui facilite le
déplacement de l'eau dans l'atmosphère et dans différentes directions. Lorsque la vapeur d'eau atteint des
altitudes plus élevées, les températures plus basses lui permette nt de se condenser, retrouvant ainsi un état
liquide et formant des gouttelettes d'eau accumulées dans les nuages. Comme ils contiennent davantage de
gouttelettes d'eau, les nuages deviennent plus sombres.
 Précipitations : À ce stade, les gouttelettes d’eau contenues dans les nuages peuvent être grosses et
lourdes, rompant leur état d'équilibre en produisant des précipitations. En général, l'eau tombe sous forme
de gouttelettes liquides provenant des nuages, mais dans certaines régions où les températures sont
nettement plus basses (région polaire), elle peut tomber sous des formes plus ou moins solides comme la
grêle, le givre ou la neige qui présente la forme de stockage de l’eau. Une première partie de l'eau atteint la
surface de la terre et une deuxième partie est utilisée pour alimenter les océans.

Figure 1. Cycle de l’eau

 Infiltration : Une troisième partie de l'eau des précipitations s'infiltre dans le sol et s'accumule, formant
des couches d'eau souterraine, ou également appelés aquifères. La quantité d'eau infiltrée dépend de
plusieurs facteurs tels que la pente, la perméabilité du sol et la couverture végétale du territoire.
 Ruissellement : Après infiltration, le sol passe à l’état de saturation, il est incapable d'absorber davantage
d'eau qui peut subir un ruissellement en surface jusqu'à atteindre le réseau hydrographique. Le
ruissellement génère de l'érosion et transporte également des sédiments. Une zone particulière de terrain,
drainée par le ruissellement, s'appelle un bassin versant.
 L’écroulement : on peut distinguer entre :
a). L’écoulement souterrain : l'eau filtrée par les pores du sol se déplace dans les sous-sols. Parfois, elle
glisse le long de la pente ou à travers des roches perméables. Ces couches rocheuses poreuses dans
lesquelles les eaux souterraines sont stockées sont appelées aquifères. Cette eau peut aussi retourner dans
l'océan.
b). L’écoulement de surface : L’eau infiltrée peut éventuellement, réapparaître à la surface du sol sous
forme de sources d’eau pour différents plans d'eau (lac, chott, daias…) tels que : les oueds, les rivières ou
des ruisseaux.
  Les formes de stockage de l’eau : Les formes de stockage de l’eau sont représentées par les réservoirs à
l’état solide de l’eau à très haute altitude sous forme de neige permanente (Himalaya, Alpes). La forme
liquide est représentées par les aquifères.

6.2. Le cycle du carbone

Le cycle du carbone désigne les flux d’échanges de carbone entre ses quatre “réservoirs” : la lithos phère
(sédiments et roches), l’hydrosphère (les eaux océaniques), l’atmosphère et la biosphère (plantes, sols,
animaux). Ces réservoirs sont soit des sources du carbone soit des puits (absorbent le carbone). Dans le
cycle global du carbone, il y a une hiérarchie de deux cycles opérant à diverses échelles de temps : de la
décennie (le recyclage du CO 2 par les plantes) aux centaines de millions d'années (le recyclage du carbone
organique par l'intermédiaire des roches sédimentaires ou des hydrocarbures) (Fig. 2).

6.2.1. Le cycle du carbone organique

a) Le cycle court : On parle de processus

qui s'étalent sur des temps inférieurs au
siècle. Le processus de base du recyclage
du carbone, à court terme est le couple
photosynthèse-respiration, c'est-à-dire la
conversion du Cinorg du CO2 en Corg par la
photosynthèse, et subséquemment
l'inverse, la conversion du C org de la
matière organique en Cinorg par la
respiration. Il faut considérer trois
réactions de base.

Figure 2. Le cycle du carbone

D'abord, la photosynthèse qui utilise l'énergie solaire pour synthétiser la matière organique en fixant le
carbone dans des hydrates de carbone (comme exemple : CH2O) (Eq. 1), dont les consommateurs en tirent
leur énergie en respirant.

La respiration est l'inverse de la photosynthèse (Eq. 2)

Dans la nature, une partie de la matière organique est oxydée par les animaux ou les plantes elles -mêmes;
une autre partie se retrouve dans les sols terrestres ou les sédiments marins. La décomposition se fait sous
l'action de micro-organismes aéobiques, bactéries et champignons. La décomposition aérobie produit du
CO2 (équation 2)

La fermentation : les micro-organismes qui utilisent l'oxygène des molécules de la matière organique en
absence d'oxygène libre, ce sont les anaérobies. Dans les milieux anoxiques (sans oxygène libre), les
anaérobies décomposent la matière organique par le processus de la fermentation qui produit du dioxyde de
carbone et du méthane (l'hydrocarbure le plus simple, avec une seule molécule de carbone, Eq. 3).

b) Le cycle long du carbone organique

Sur des échelles de temps plus longues, ce sont les processus géologique s qui contrôlent. Les plus
importants, des processus : l'enfouissement des matières organiques dans les sédiments et roches
sédimentaires et leur transformation en combustibles fossiles et leur altération (oxygénation) subséquente.
Les flux de carbone reliés à ces processus sont faibles; en revanche, les réservoirs sont immenses ( Fig. 1) et
le temps impliqué est très long. L'extraction et la combustion des pétroles, gaz et charbons que nous
pratiquons allègrement sont venus transformer une partie de ce cycle long en cycle court.

6.2.2. Le cycle du carbone inorganique

On a vu que l'interaction photosynthèse-respiration-fermentation est le nœud du cycle du carbone

organique. Il y a cependant d'autres processus de recyclage du carbone qui impliquent cette fois le carbone
inorganique, entre autres, celui qui est contenu dans le dioxyde (CO 2) et dans les calcaires (CaCO3). Les
réservoirs importants de C inorg sont l'atmosphère, les océans, ainsi que les sédiments et roches carbonatées,
principalement les calcaires CaCO 3 , mais aussi les dolomies CaMg(CO 3 ) 2. La figure qui suit résume le cycle du
carbone inorganique.

L'altération chimique des roches continentales convertit le CO 2 dissout dans les eaux de pluies et des sols,
en HCO3- qui est transporté vers les océans par les eaux de ruissellement. Les organismes combinent ce
HCO3- au Ca2+ pour secréter leur squelette ou leur coquille de CaCO 3. Une partie de ce CaCO 3 dissout
s'accumule sur les planchers océaniques et est éventuellement enfouie pour former des roches
sédimentaires carbonatées. Ces dernières sont ramenées à la surface après plusieurs dizaines de millions
d'années par les mouvements tectoniques reliés à la tectonique des plaques. Une partie du carbone des
roches carbonatées est recyclée dans les magmas de subduction et retournée à l'atmosphère sous forme de
CO2 émis par les volcans.

L'échange entre le CO 2 atmosphérique et le CO 2 de la surface des océans a tendance à se maintenir à

l'équilibre. Par conséquent, si les entrées et les sorties ne sont pas équilibrées, il peut y avoir:

 Ralentissement (sorties>entrées) à différents termes (court; moyen et long)

 Accélération (sorties<entrées): phénomène actuel, grande combustion des énergies fossiles, augmentation
du taux de CO2 dans l’atmosphère.
Le cycle de l’azote

Trois processus de base sont impliqués dans le recyclage de l’azote: la fixation de l’azote N 2 , la nitrification et
la dénitrification.

La fixation de l’azote correspond à la conversion de l’azote atmosphérique en azote utilisable par les plantes
et les animaux. Elle se fait par certaines bactéries qui vivent dans les sols ou dans l’eau et qui réussissent à
assimiler l’azote diatomique N 2. Il s’agit en particulier des cyanobactéries et de certaines bactéries vivant en
symbiose avec des plantes (entre autres, des légumineuses). La réaction chimique type est:

La réaction de fixation est globalement les suivantes :

Dans les sols où le pH est élevé, l’ammonium se transforme en ammoniac gazeux:

La réaction nécessite un apport d’énergie de la photosynthèse (cyanobactéries et symbiotes de

légumineuses). Cette fixation tend à produire des composés ammoniaqués tels l’ammonium NH 4+ et son
acide conjugué l’ammoniac NH3. Il s’agit ici d’une réaction de réduction qui se fait par l’intermédiaire de
substances organiques notées {CH2O} dans l’équation 1.

La nitrification transforme les produits de la fixation (NH4+, NH3) en NOx (soient NO2- et NO3 -), des nitrites et
nitrates. C’est une réaction d’oxydation qui se fait par catalyse enzymatique reliée à des bactéries dans les
sols et dans l’eau. La réaction en chaîne est de type:

soit:
Le NO2 peut également réagir avec l'ozone pour former du NO 3, qui est rapidement dissocié par photolyse
(hν ) pendant le jour :

La dénitrification retourne l’azote à l’atmosphère sous sa forme moléculaire N 2, avec comme produit
secondaire du CO2 et de l’oxyde d’azote N 2O, un gaz à effet de serre qui contribue à détruire la couche
d’ozone dans la stratosphère. NO2 + O3 → NO3 + O2 et NO3 + hν → NO2 + O

Il s’agit d’une réaction de réduction de NO 3 - par l’intermédiaire de bactéries transformant la matière

organique. La réaction est de type :

L’activité humaine contribue à l’augmentation de la dénitrification, entre autres, par l’utilisation des engrais
riche en NH4+, NH3 et des nitrates (NO3-). L’utilisation des combustibles fossiles, dans les moteurs ou les
centrales thermiques, transforme l’azote en oxyde d’azote NO 2-. La concentration de N2O est faible.
Cependant, il faut savoir qu’une molécule de N 2O est 200 fois plus efficace qu’une molécule de CO 2 pour
créer un effet de serre. On évalue aujourd’hui que la concentration en N 2O atmosphérique augmente
annuellement de 0.3% et que cette augmentation est pratiquement reliée aux émissions dues à la
dénitrification des sols. Les études des carottes glaciaires de l’Antarctique ont montré que la concentration
en N2O atmosphérique était maintenue stable jusqu’à l’ère industrielle où elle enregistre une augmentation
de 11%.