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Physico-chimie des
molécules bioactives
CHM-106
Danny Létourneau
TRIMESTRE AUTOMNE 2023
Cours#2
Plan de la matière
• Semaine 1 (28 août au 1 sept) : Mardi 29 août : Plan de cours et présentation
Jeudi 31 août : Activités étudiantes (levée des cours de 8 h 30 à 22 h 00)
• Semaine 2 (4 au 8 septembre) : Cours #1 : Introduction et État physique de la matière.
• Semaine 3 (11 au 15 septembre) : Cours #2 : Équilibre acido-basique : tampon et pH
• Semaine 4 (18 au 22 septembre) : Cours #3 : Type de réactions et stœchiométrie
• Semaine 5 (25 au 29 septembre): Cours #4 : Cinétique chimique et équilibre
• Semaine 6 (2 au 6 octobre) : Cours #5 : Solubilité, électrolytes, force ionique et chélation
• Semaine 7 (9 au 13 octobre) : Cours #6 : Oxydo-réduction et électrochimie et révision
• Semaine 8 (16 au 20 octobre) : Semaine examen Intra
• Semaine 9 (23 au 27 octobre) : Relâche des activités pédagogiques
• Semaine 10 (30 oct. au 3 novembre) : Cours #7 : 1ere loi de la thermodynamique : l’énergie est conservée
• Semaine 11 (6 au 10 novembre) : Cours #8 2eme loi de la thermodynamique : L’entropie…
• Semaine 12 (13 au 17 novembre) : Cours #9 Énergie libre de Gibbs et équilibres
• Semaine 13 (20 au 24 novembre) : Cours #10 Thermodynamique des ions et transport d’électron
• Semaine 14 (27 nov. au 1 décembre) : Cours #11 La cinétique des processus biologiques
• Semaine 15 (4 au 8 décembre) : Cours #12 Coefficient de partition et spectroscopie et révision
• Semaine 16 (11 au 15 décembre) : Semaine examen Final
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La respiration et l’hémoglobine
• Tétramère (4) de 65 kDa
• 2 chaines alpha (141 a.a)
• 2 chaines beta (146 a.a)
• Contient un groupement héme
pouvant lié l’oxygène
• Transport de l’oxygène dans
le sang jusqu’à la myoglobine
• Déterminer la forme et la
structure (diffraction des
rayons X, diffusion de la https://biochimiedesproteines.espaceweb.usherbrooke.ca/index.php
lumière, etc.)
La respiration et l’hémoglobine
• Liaison de l’oxygène et CO2 à
l’hème
• Coordination des ions
métalliques comme le fer
• Orbitales moléculaires et
propriétés spectrales
• La nature coopérative de la
liaison et modèle allostérique
• La capture d'oxygène par une
première sous-unité entraîne
une augmentation d'affinité
pour les suivantes.
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La respiration et l’hémoglobine
• La dépendance au pH de la
liaison à O2 et CO2.
• La protéine existe sous deux
formes
• la forme T (pour tendue) à faible
affinité pour l'oxygène et la forme
R (pour relaxée) de haute affinité.
• Dépend du pH ambiant et de la
présence d'oxygène.
• À pH élevé et en présence
d'oxygène, la forme R est
privilégiée (lie O2);à pH bas
(acide) la forme T est privilégiée
et l'hémoglobine relâche
l'oxygène.
Acides et bases
• Les acides et les bases forment une classe très importante
d’électrolytes.
• La balance et l’équilibre des concentrations, ainsi que le pH dans
notre corps est primordial pour le bon fonctionnement des enzymes,
maintien de la pression osmotique et autres.
• Une déviation de 1/10 d’unité de pH peut conduire à des maladies ou la mort.
• L’effet tampon (Carbonate et Phosphate) est essentiel à
l’homéostasie et le pH dans le corps humain peut varier de 6.8 à 7.4
dans le plasma, alors que celui des fluides gastriques peut atteindre
un pH égal à 1.
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Définition de Brønsted–Lowry
• Un acide est un donneur de proton (H+) et une base est un accepteur de proton.
• Un acide est un composé susceptible de libérer un proton.
• Une base est un composé susceptible de fixer un proton.
HA → H+ + A-
B + H+ → BH+
• Considérant ces réactions réversibles:
A- + H+ →HA;
• A- est susceptible de fixer un proton et on le considère comme une base
appelé base conjuguée du couple HA/A-
• De la même manière, BH+ est l’acide conjugué du couple BH+/B
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Protolytes forts
• Pour un acide fort, on doit écrire:
HA + H2O → H3O+ + A-
• Car la réaction réversible n’a pas lieu; seule les formes H3O+ + A- existent
à l’équilibre. A- étant la base conjuguée de l’acide fort, on dit qu’il s’agit
d’une base de force nulle.
• Ex. HCl + H2O → H3O+ + Cl-
• Encore une fois, pour une base forte nous aurons:
B + H2O → BH+ + OH-
• BH+ est alors un acide de force nulle.
• Ex. NaOH +H2O → Na+ + H2O + OH-
• Ions spectateurs
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Protolytes faibles
• Le couple acide-base est défini par Ka ou Kb (ex. Ha/a-)
Ha + H2O ⇌ H3O+ + a-
• ⇌ Les trois formes existent en solution:
[H3O+][a−]
K𝑎 =
[Ha]
a- + H2O ⇌ Ha + OH-
[Ha][OH−]
K𝑏 =
[a−]
• Si on multiplie Ka par Kb
[H3O+][a−] [Ha][OH−]
K𝑎 • K𝑏 = • = [H3O+][OH−]=Keau
[Ha] [a−]
• À 25 °C , Keau vaut 10−14 ainsi, plus Ka est grand, plus Kb est petit et l’équilibre est déplacé vers la
droite.
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Challenge!
• On met 1ml (10-3L) de HCl 0,1 M dans 1 Litre d’eau. Quelle est
le ratio d’ions hydroniums (H3O+) sur les ions hydroxydes (OH-)
dans la solution finale?
• Solution: Le HCl est un acide fort, donc complétement dissocié.
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Challenge!!
• Une solution à 0,04 M d’un acide monoprotique est dissocié à
13,5%. Quelle est la valeur de la constante de dissociation
acide (Ka)?
• Solution: commençons par trouver la concentration des
espèces en solution.
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Notions et concepts de pH
• Puisque les valeurs [H3O+] et [OH-] sont normalement très petite, il est plus
pratique de parler en termes de pH. La fonction ‘’p’’ est une opération
mathématique qui se résume à pX = -logX
• Le pH est défini comme la valeur négative du logarithme décimal de la
concentration des ions H3O+ en solution.
pH = -log [H3O+]
• De la même manière, le pOH sera égale à:
pOH = -log [OH-]
• Inconvénients: l’échelle de pH étant logarithmique, une petite variation de
pH peut résulter en une variation notable de la concentration de H+. Ex.
0.05 unité est équivalente à une variation de 12.2% d’erreur sur [H+].
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Notions et concepts de pH
• Si nous revenons à la constante de dissociation de l’eau:
Keau = [H3O+] [OH−]
En effectuant la même transformation mathématique (-log);
-log Keau= -log ([H3O+][OH−]) = (-log[H3O+])+(−log[OH−])
pKeau = pH + pOH log (AB) = logA + logB
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pKa et Henderson-Hasselbalch
[H3O+]•[a−] [H3O+]•[a−]
Ka = = ou [H+] = Ka•[Ha]/[a-]
[Ha]•[H2O] [Ha]
Appliquons l’opération ‘’p’’ de chaque côté.
(log X•Y = logX + logY)
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Double challenge!
• Calculer le pH de l’eau pure à 25ºC (pKw=14)
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Pourquoi?
• Le % des différentes formes chargées ou non à un pH donné,
est-ce important en pratique?
• Biologie, pharmacologie, voir même en toxicologie, répartition des
formes d’un médicament ou molécules bioactives dans l’organisme.
• Biochimie, chimie médicinale: chromatographie séparation des
analytes selon la charge, selon le pH pour l’élution.
• Chimie synthèse: solubilité en fonction de la charge permet le choix du
pH et des solvants à utiliser.
• Biologie moléculaire et purification de protéine: connaitre le pKa, la
charge (pI) et la stabilité chimique (pH, dénaturant, etc.) est important
pour les analyses. Ex. purification protéine His-tag*
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Exemple de calcul
• Calcul du pH et % de protonation d’une base faible
• La méthylamine CH3NH2 (base faible) utilisée en pharmaceutique pour
la synthèse. Calculez le pH et le % de protonation d’une solution 0.20M
de méthylamine (Kb =3.6x10-4)?
• Base faible, donc pH>7 et % faible de protonation.
[CH3NH3+]•[OH−]
• CH3NH2 + H2O ⇌ CH3NH3+ + OH- et K𝑏 =
[CH3NH2]
CH3NH2 CH3NH3+ OH-
C initial 0.2 0 0
Variation [x] -x +x +x
C équilibre 0.2-x x x
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Exemple de calcul
• Calcul du pH et % de protonation d’une base faible
[CH3NH3+]•[OH−]
• CH3NH2 + H2O ⇌ CH3NH3+ + OH- et K𝑏 =
[CH3NH2]
CH3NH2 CH3NH3+ OH-
C initial 0.2 0 0
Variation [x] -x +x +x
C équilibre 0.2-x x x
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Exemple de calcul
• Calcul du pH et % de protonation d’une base faible
[CH3NH3+]•[OH−]
• CH3NH2 + H2O ⇌ CH3NH3+ + OH- et K𝑏 =
[CH3NH2]
CH3NH2 CH3NH3+ OH-
C initial 0.2 0 0
Variation [x] -x +x +x
C équilibre 0.2-x x x
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Challenge!
• Quel est le pH d’une solution 0.1M d’acétate de sodium? Kb= 5.7 x10-10
• CH3COONa → CH3COO- + Na+
• CH3COO- + H2O ⇌ CH3COOH + OH-
CH3COO- CH3COOH OH-
C initial 0.1-x x x
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x
À l’équivalence
pH = pK a + log10 c AVA = cBVeq
1− x
Veq
http://www.ilephysique.net/forum-sujet-231068.html
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Solution tampon
• Une solution tampon est une solution dont
la variation de pH, après ajout d'acide
fort (H3O+) ou de base forte (OH–), est
petite comparativement à celle qui aurait
été obtenue après ajout, à un volume
d'eau équivalent, des mêmes quantités
d'acide fort ou de base forte.
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Solution tampon
• Concentration (Ct) d'un tampon
• Ct = |HA| + |A−|
• Exemple: Calculer la concentration Ct d’un tampon obtenu par
dissolution de 0.050 mole d’acétate de sodium dans 1.00 litre
d’acide acétique 0.075 M.
• [CH3COOH] = 0.075 M [CH3COONa] = [CH3COO– ] = 0.050 M
• constitutifs du tampon, exprimées en molarité :
• Ct = [CH3COOH] + [CH3COO– ] = 0.075 + 0.050 = 0.125 M
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Capacité tampon
• Elle correspond à la capacité du système à céder (ou à capter) un proton avec
une faible variation du pH.
• Tant que le rapport des concentrations de l’acide à la base conjuguée (CA/CB ) reste
compris entre 0,1 et 10, l'addition de H3O+ ou de OH– dans la solution tampon n'entraîne
qu'une variation minime du pH.
• En effet, une des deux réactions suivantes intervient :
• H3O+ + A− → HA + H2O et OH− + HA → A− + H2O
• Tout se passe comme si l'acide fort (H3O+ ) était remplacé par l'acide faible (HA)
ou la base forte (OH–) par la base faible (A–), ce qui explique la faible variation de
pH.
• Pratiquement, cette capacité tampon s’exerce donc dans les limites: pH = pKa± 1
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Pouvoir tampon
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Influence de la concentration
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Influence de la concentration
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Influence de la concentration
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Influence de la concentration
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Points importants
Acide faible
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Tampon phosphate
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Challenge!
• À partir de deux solutions, une de sodium phosphate monobasique anhydre (Na2HPO4) et
l’autre de sodium phosphate dibasique (NaH2PO4) à 1M, calculer le volume de chacune
des solutions à mélanger pour obtenir un litre de tampon phosphate à 100mM et pH=7.6?
• NaH2PO4 + H2O ⇌ Na+ + H2PO4-
• Na2HPO4 + H2O ⇌ 2Na+ + HPO4-2
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• Attention, il faut toujours vérifier ses résultats avec le pH mètre, car les tampons sont en
général assez concentrés (et les activités diffèrent alors des concentrations).
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Implication biologique
• Dissociation des acides aminés
(a.a.):
• Les a.a. sont, tout comme l’eau, des
ampholytes: ils se comportent comme
une base et un acide à la fois.
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Implication biologique
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Point isoélectrique
• Lorsque la charge nette d’une molécule
est nulle (zéro), ex. Zwitterion, la molécule
est électriquement neutre: isoélectrique.
• Ainsi le pI de la glycine:
(2.34 + 9.60)/2 = 5.97
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Titration de protéine
• Ex. la ribonucléase
(enzyme)
• De pH 1 à 5: 11 protons se
dissocies
• Entre pH 5-8: 5 protons sont
dissociables
• De pH 8-12: 17 protons se
dissocient.
• Le pI se situe autour de pH
=10 pour la ribonucléase.
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Focalisation isoélectrique
• Séparation des protéines
selon leur pI:
• Permet de séparer un
mélange de protéines avec
des pI’s différents et
d’évaluer le pI de chaque
protéine pour purifications
ultérieures.
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