RHUMATOLOGIE
Diagnostic microbiologique
des ­arthrites septiques
Drs STÉPHANIE D’INCAU a et STÉPHANE EMONET a,b
Rev Med Suisse 2018 ; 14 : 509-15
L’arthrite septique est une urgence médicale et souvent chirur­
gicale. Dès lors, il est essentiel de rapidement distinguer une
­arthrite infectieuse d’une arthrite d’autre étiologie afin d’amé­
liorer le pronostic en termes de morbidité et même de mortalité.
Pour ce faire, de nombreux tests biologiques et microbiologiques
sont à disposition du clinicien. Encore faut-il choisir le bon et
l’interpréter correctement. Dans cet article, nous passons en
­revue les différents examens utiles (et moins utiles) au diagnos­
tic d’arthrite septique. Nous évoquons également la question de
l’utilisation de corticostéroïdes intra-articulaires en cas d’arthrite
aiguë.
Septic arthritis diagnosis : the role of microbiology
Septic arthritis is a medical and surgical emergency. It is therefore
essential to promptly differentiate an infectious from a non-infec-
tious origin in order to improve the prognostic (mortality and mor-
bidity). To do so the clinician needs not only to know which tests
are available but also how to adequately use them and interpret
their results. In this article, we review the various tests in use for the
evaluation of acute arthritis, highlighting the most useful ones for
the diagnosis of septic arthritis. We will also have a quick look at the
use of intra-articular injection of corticosteroid.
INTRODUCTION
L’incidence de l’arthrite septique (AS) d’articulation native
dans la population générale en Europe de l’Ouest et aux Etats-
Unis est entre 2 et 10 cas/100 000 patients-année.1‑4 Ce chiffre
est en augmentation en raison d’un plus grand nombre de
­patients dits « à risque ». Les patients souffrant de polyarthrite
rhumatoïde (PR) sont particulièrement vulnérables avec une
incidence allant de 28 à 70 cas/100 000 patients-année.1‑4
L’AS bactérienne représente 8 à 48 % des cas de patients se
présentant avec une mono ou polyarthrite aiguë selon les
­critères diagnostiques utilisés et le setting (urgences, médecin
traitant, rhumatologue…).1‑5
La mortalité de l’AS varie de 7 à 15 %, mais peut aller jusqu’à 30
à 50 % chez les patients polymorbides ou lors d’une atteinte
polyarticulaire (contexte d’endocardite). La morbidité est
également considérable puisque jusque 50 % des patients
­rapportent une diminution de la mobilité articulaire dans les
suites.1‑4 Un diagnostic fiable et rapide est donc nécessaire.
a Service des maladies infectieuses, HUG 1211 Genève 14, b Service de médecine
de laboratoire, HUG, 1211 Genève 14
stephanie.dincau@hcuge.ch | stephane.emonet@hcuge.ch
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7 mars 2018
ARTHRITE AIGUË : SEPTIQUE OU NON SEPTIQUE ?
Analyses standards : quelles évidences ?
Lors de l’évaluation d’une arthrite aiguë, il s’agit dans un
­premier temps d’établir la probabilité d’une atteinte d’origine
infectieuse. D’une façon générale, le clinicien va construire sa
suspicion d’AS (probabilité prétest) sur la base d’éléments
anamnestiques et cliniques. Les examens complémentaires
biologiques et synoviaux sont ensuite intégrés pour détermi-
ner une probabilité post-test, afin de décider si une antibio-
thérapie empirique est indiquée ou pas.
Il est donc essentiel de connaître la véritable valeur diagnos-
tique et discriminante (AS ou inflammatoire) de ces examens
complémentaires. Cette tâche est rendue difficile par le
manque d’étude randomisée contrôlée sur le sujet. La plupart
des publications sont rétrospectives ou descriptives, sujettes
à de nombreux biais et pour lesquelles le gold standard n’est
pas commun.
Nous allons nous appuyer sur une récente revue systématique
prenant en compte 32 études6 et décrivant les caractéristiques
anamnestiques, cliniques et biologiques des AS non gonococ-
ciques afin d’en quantifier les limites diagnostiques. Dans
cette revue, la meilleure estimation de la prévalence d’AS était
de 27 % de toutes les arthrites aiguës évaluées aux urgences.
A l’exception de la chirurgie articulaire récente (< 3 mois) et
la cellulite en regard d’une articulation prothétique, aucun
élément anamnestique, clinique ou biologique de routine
(état fébrile, protéine C-réactive (CRP) et globules blancs
(GB) sanguins) n’augmente (ni diminue) significativement la
probabilité post-test d’AS. Les éléments anamnestico-clini­ques
étant si peu aidants, l’arthrocentèse est donc inévitable dans
la démarche diagnostique d’une arthrite monoarticulaire
­aiguë.
Divers paramètres synoviaux étaient étudiés dans cette revue.
Tout d’abord l’inspection visuelle du liquide synovial avait
une sensibilité de 95 % et une spécificité de 58 % pour dif­
férencier AS et arthrite inflammatoire. Concernant les GB
­synoviaux (GBsyn), 3 fourchettes ont été identifiées :
• < 25 × 109/l : diminue significativement la probabilité d’AS ;
• 25 × 109/l : zone grise ;
• 50 x 109/l : augmente significativement la probabilité d’AS.
Les GBsyn ne sont pas suffisants à eux seuls pour exclure ou
affirmer une AS. De même, les polymorphonucléaires syno-
viaux (PMNsyn), même > 90 % n’augmentaient pas significa-
tivement la probabilité d’AS sur articulation native. Une colo-
ration de Gram sans germe visualisé ne doit donc pas, à elle
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 REVUE MÉDICALE SUISSE

seule, faire renoncer à une antibiothérapie en cas de suspicion
d’AS. En effet, 7 études mentionnaient la sensibilité du Gram
du liquide synovial, avec un taux de faux négatifs variant de 45
à 71 %. Finalement, la sensibilité des hémocultures dans
quatre études variait de 23 à 36 %. Le tableau 1 synthétise les
performances des différents tests disponibles.
Procalcitonine sanguine et synoviale
La procalcitonine (PCT) est supposée être plus spécifique
d’une atteinte bactérienne. Une méta-analyse,7 publiée en
2017 et regroupant 10 études portant sur un total de 838
­patients investigués pour une arthrite aiguë, a conclu, lors de
l’utilisation d’un seuil > 0,5 ng/ml, à une sensibilité de 54 % et
une spécificité de 95 %. Le rapport de vraisemblance positif
(RVP) était de 10,97 ; le RV négatif (RVN) de 0,49.
La PCT pourrait donc se révéler utile dans l’évaluation des
­arthrites aiguës. Cependant, plusieurs réserves doivent être
émises, en particulier en cas d’insuffisance rénale ou de mala-
dies auto-immunes qui peuvent augmenter la PCT (vasculites
à ANCA (VAA) et maladie de Still de l’adulte).7,8
Plusieurs études s’intéressant également à la mesure de la PCT
synoviale (PCTsyn) ont démontré une sensibilité nettement
supérieure à la PCT sanguine avec une excellente VPN permet-

TABLEAU 1 Comparatif des différents tests utiles au diagnostic des arthrites septiques (AS)
Les éléments anamestico-cliniques et les tests biologiques pour lesquels il était conclu que leur résultat ne permettrait pas d’orienter significativement le diagnostic
n’y figurent pas (notamment CRP, GB sanguins, VS, fièvre, PR, diabète ou âge entre autres).
Sen : sensibilité en % ; Spe : spécificité en % ; PPrT : probabilité prétest d’AS; PPT : probabilité post-test d’AS ; VPP : valeur prédictive positive en % ; VPN : valeur prédictive
négative en % ; FP : faux positifs ; FN : faux négatifs ; PJI : prosthetic joint infection ; RVP : rapport de vraisemblance positif ; RVN : rapport de vraisemblance négatif ; OR :
odds ratio ; ID : identification ; AB : antibiotiques ; PCT : procalcitonine ; LDH : lactate déshydrogénase ; GB : globules blancs ; CRP : protéine C-réactive ; VS : vitesse de
sédimentation ; PR : polyarthrite rhumatoïde ; AO : acridine orange ; MALDI-TOF : Matrix-assisted laser desorption/ionization Time of flight (cf texte) ; VAA : vasculites à
ANCA.
Performance Inconvénients Avantages Utilisation
Eléments anamnestico-cliniques7
Chirurgie articulaire Spe 96,5 • Seuls éléments anamnestico-cliniques

< 3 mois Sen 24 modifiant significativement la probabilité

RVP 6,9 post-test
RVN 0,78 • Présence de ces éléments = fort argument

en faveur d’une AS
Cellulite en regard Spe 98,4
d’une prothèse Sen 24,3
RVP 15
RVN 0,76
Tests biologiques,12
PCT > 0,5 ng/ml Spe 95 En cas de VAA ou de maladie de Rapidité PCT positive = fort argument en faveur d’une
Sen 54 Still, le cut-off est augmenté AS
RVP 10,97
RVN 0,49
Tests synoviaux
Lactates > 10 mmol/l7 Spe 98‑100 3 études Permettrait de poser le diagnostic d’AS, mais non standardisé
Sen 55‑100
LDH < 250 U/l7 1 étude Permettrait d’exclure AS, mais non standardisé
GBsyn7 (Gram)
0‑25 x 109/l Pour une PPrT à 27%, Diminue la PPT
la PPT devient 11 %
25‑50 x 109/l Zone grise Pas d’influence sur la PPT
> 50 x 109/l Pour une PPrT à 27 %, Augmente la PPT
la PPT devient 64 % Obtenus quasiment au « lit
RVP 4,7 Non applicable aux PJI
du patient »
RVN 0,52
>100 x 109/l Pour une PPrT à 27 %, Augmente nettement la PPT
la PPT devient 83 %
RVP 13,2
RVN 0,83
PCT syn14
< 0,5 µg/l Spe 57 Pourrait permettre d’exclure une AS
Sen 88
VPN 90
VPP 52
Non standardisé Rapidité
> 4,5 µg/l Spe 94 Pourrait supporter le diagnostic d’AS
Sens 54
VPP 82
VPN 79

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TABLEAU 1 Comparatif des différents tests utiles au diagnostic des arthrites septiques (AS) (suite)
Performance Inconvénients Avantages Utilisation
Tests microbiologies, moléculaires et spectrométrie de masse
Microbiologie standard
Hémocultures6 FN 63‑77 % Délai de culture
Sen 23‑36 Permet d’obtenir l’antibio-
Si stériles, n’excluent pas une AS
Hétérogénéité selon le germe et gramme
l’antibiothérapie antérieure
Germes au Gram Spe 100 Hétérogénéité selon le germe, •Si négatif, n’exclut pas une AS
Obtenus quasiment au « lit
du liquide Sen 30‑75 l’antibiothérapie antérieure et •Si positif, une AS est quasi certaine (CAVE :
du patient »
­synovial6,16,22 l’inoculum ce n’est pas le cas avec AO)
Culture liquide Spe 75‑100 Délai de culture • Si négatif, n’exclut pas AS en cas de forte

synovial6,16,22 Sen 50‑95 Hétérogénéité : selon germe, Permet d’obtenir l’antibio- suspicion ou AB préalables
(50 pour N. gonor- antibiothérapie antérieure, gramme • Si positif avec germe compatible => AS

rhoeae) inoculum, milieu de culture quasi certaine

Nouvelles méthodes : spectrométrie de masse et méthodes moléculaires
MALDI-TOF sur Spe 100 Pas d’antibiogramme
liquide synovial16 Sen 6,3
Rapidité du résultat Inutile
VPP 100 Inoculum trop faible à Sen basse
VPN 55,9
PCR et PCR multiplex Pas standardisé, au cas Cross-amplification, contaminants Rapidité
par cas à FP ID des germes fastidieux
Sensitivité diminuée dans les ou décapités par les AB A utiliser au cas par cas
multiplex à FN
Coût et pas d’antibiogramme
16S rDNA PCR sur Spe 10016 Hétérogénéité des performances en ID germes fastidieux ou
liquide synovial 16,22 Sen 28,6 fonction des méthodes et du gold décapités par AB
VPP 100 standard
VPN 65,5
Uniquement chez un patient avec forte
probabilité prétest et culture négative
Spe 95,722
Sen 92,5
VPP 95,7
VPN 97,7
Métagénomique (cf. texte) : réservé aux activités de recherche

tant d’exclure l’AS.8,9 Cependant, ceci doit encore être confirmé timicrobien. Le tableau 2 montre les germes rencontrés dans
par d’autres études montrant des résultats similaires. l’AS, avec en gras les plus fréquents.

Le passé (toujours présent) : examen direct

INFECTIONS DE PROTHÈSES ARTICULAIRES (coloration de Gram) et culture
L’inflammation d’une articulation prothétique n’ouvrira pas La coloration de Gram reste d’actualité, utile lorsqu’elle est
le même diagnostic différentiel, ne présentera pas la même positive, mais avec une sensibilité limitée. La mise en culture
microbiologie (plus de S. epidermidis, Streptococcus spp.,
­Enterococcus spp. et problématique du biofilm). C’est pour-
Principaux germes
quoi, une littérature spécifique y est dédiée et les précé- TABLEAU 2 des arthrites septiques
dentes observations ne sont pas applicables. Typiquement,
le nombre de GBsyn en cas d’infection est généralement En gras les germes les plus fréquents.
moindre et certains biomarqueurs synoviaux ont été spéci­ Cocci Gram Cocci Gram Bâtonnets Gram Autres
fiquement étudiés pour les infections de prothèses (alpha- positif négatif négatif
défensine ou leucocyte estérase par exemple).10 Pour les • Staphylococcus • Neisseria • Haemophilus • Mycobacterium
­détails, les guidelines de l’IDSA (Infectious Diseases Society aureus gonorrhoeae influenzae tuberculosis
• Streptococcus • Neisseria • Kingella kingae • Champignons
of America),11 la Musculoskeletal Infection Society12 ou la
pyogenes meningitidis (enfants) • Infections poly-
­récente revue sur le sujet dans The Lancet13 figurent dans la • Streptococccus • Escherichia microbiennes
liste des références. pneumoniae coli
• Proteus

mirabilis
• Pseudomonas

IDENTIFICATION DU GERME LORS D’UNE ARTHRITE aeruginosa

• Klebsiella
SEPTIQUE : PASSÉ, PRÉSENT, FUTUR pneumoniae
• Salmonella spp.
L’identification du (des) pathogène(s) est essentielle pour le
diagnostic d’arthrite septique et pour guider le traitement an- (Adapté de réf.14)

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du liquide synovial reste la base pour l’identification du pa-
thogène et son profil de résistance. Cependant, de nombreux
facteurs rendent les performances de la culture très variables
dans les différentes publications l’évaluant : germes en présence
(germes à croissance fastidieuse tels que N. gonorrhoeae ou K.
kingae par exemple), volume de l’inoculum, milieu de croissance
utilisé, prise en compte de pathogènes considérés comme
contaminants, gold standard utilisé comme comparatif.
Historiquement, après mise en culture du liquide synovial, il
fallait attendre une croissance (24‑48 heures), puis effectuer
une batterie de tests biochimiques supplémentaires (24‑48
heures) pour aboutir à l’identification du germe. L’inconvé-
nient principal était le délai de rendu des résultats, qui deve-
naient disponibles lorsque le traitement était déjà en cours
depuis 4‑5 jours.
ENTRE PRÉSENT ET FUTUR : SPECTROMÉTRIE
DE MASSE ET MÉTHODES MOLÉCULAIRES
Spectrométrie de masse
La spectrométrie de masse consiste à séparer et identifier les
peptides bactériens selon leur masse et leur charge, puis à
comparer ce spectre à une base de données pour obtenir le
nom du germe.14,15 Cet examen remplace donc les tests biochi-
miques historiques et permet une identification plus rapide
(1‑2 minutes) des colonies formées sur les plaques inoculées
par le liquide synovial. On gagne déjà 24‑48 heures !
L’analyse directe du liquide synovial (sans culture) par spec-
trométrie de masse permettrait de gagner encore 24‑48 heures
de plus et d’influencer la décision de traitement en temps
réel. Malheureusement, probablement en raison d’une charge
bactérienne trop faible, ceci n’est pas faisable. Une récente
étude prospective16 a étudié le MALDI-TOF (Matrix Assisted
Laser Desorption Ionisation – Time of Flight) appliqué à des
prélèvements synoviaux et osseux de patients avec suspicion
d’infection, en comparaison du Gram, de la culture et de la
PCR à large spectre, et révélé une très faible sensibilité du
MALDI-TOF directement sur le liquide synovial (7,4 %),
­malgré des cultures positives dans plus de 80 % des cas. Une
étape de culture reste donc nécessaire et pourrait être accé­
lérée en combinant culture en milieu liquide avec détection
automatique de la positivité (inoculation de flacons d’hémo-
cultures), suivi immédiatement de MALDI-TOF sur les bou-
teilles positives.17
Méthodes moléculaires : PCR spécifique, multiplex
et à large spectre
La PCR est une technique d’amplification d’ADN à partir de
quelques copies. L’utilisation de primers (amorces) spécifiques
permet de cibler un ou plusieurs pathogènes (multiplex).18 La
PCR « en temps réel » est la plus couramment utilisée et permet
la détection spécifique simultanée (sonde fluorescente) de
l’amplification de l’ADN. Cette technique donne un résultat
en 1‑2 heures, ce qui permet d’influencer l’initiation ou pas
d’un traitement. Cependant, elle comporte trois grandes fai-
blesses : 1) on doit savoir ce que l’on cherche comme germe
(par exemple K. kingae chez les enfants < 5 ans) ; 2) plus on
augmente le nombre de germes recherchés simultanément,
512
plus la sensibilité et la spécificité baissent et 3) on risque de
détecter de l’ADN contaminant cutané (surtout Staphylococ-
cus spp.).19‑21
En l’absence de suspicion d’un pathogène précis, des PCR à
large spectre (ou PCR eubactérienne ou broad range (Br)
PCR) avec une (ou plusieurs) amorce(s) générique(s), ciblant
un gène conservé chez quasiment toutes les bactéries (16S
rDNA) sont utilisées.19 Le produit d’amplification est séquen-
cé puis comparé aux millions de séquences contenues dans
une base de données online afin d’identifier le pathogène
­détecté. Le séquençage nécessaire ici prolonge le délai de
­rendu des résultats de 24‑48 heures et on perd donc l’avan-
tage de temps de la PCR envers la culture. Une étude22 de 525
prélèvements ostéoarticulaires analysés prospectivement à la
demande du clinicien en charge (PCR et cultures) a comparé
la 16S rDNA PCR suivie de séquençage à la culture standard.
La spécificité de la culture était de 89 % pour une sensibilité
de 86,7 % (VPP 89 % ; VPN 96 %). En comparaison, la 16S
rDNA PCR couplée au séquençage de tout l’ADN amplifié
avait une spécificité de 95,7 % et une sensibilité de 92,5 %
(VPP 95,7 % ; VPN 97,7 %), Ces différences n’étaient pas statis-
tiquement significatives.
Cependant, dans d’autres études, la PCR de large spectre se
révèle peu sensible (30 % dans l’étude de Lallemand et coll.)16
et sujette aux contaminations lors des différentes étapes de
traitement de l’échantillon jusqu’au séquençage.
En conclusion, l’utilisation de Br-PCR devrait être réservée
aux situations dans lesquelles les cultures sont négatives mais
qu’il existe une forte suspicion d’AS, surtout en cas d’antibio-
thérapie antérieure. De façon générale, l’utilisation de tests
moléculaires ne devrait se faire qu’en complément à la culture
pour obtenir un résultat plus rapide ou plus sensible (antibio-
thérapie en cours lors du prélèvement, germe fastidieux
comme K. kingae). Afin de permettre une utilisation judicieuse
de ces outils moléculaires et une interprétation correcte des
résultats, une consultation par le spécialiste en maladies in-
fectieuses est souhaitable.
QUEL FUTUR ?
Metagenomic shotgun analysis
La métagénomique clinique fait référence au concept de sé-
quençage de tout l’ADN présent dans un échantillon clinique
dans le but d’identifier les germes en présence et leur suscep-
tibilité aux antibiotiques.
Une étude récente23 s’est intéressée à évaluer les performances
de métagénomique clinique dans les infections ostéoarticu-
laires comparativement à la microbiologie conventionnelle.
Sur 179 prélèvements opératoires (pour 47 patients), seuls
13 % (24/179) ont pu être séquencés en raison du manque
d’ADN bactérien dans les autres échantillons. Parmi ces 24
échantillons, 8 représentaient une infection monobactérienne
en culture et le germe était systématiquement retrouvé lors
du séquençage. La prédiction « génétique » de l’antibiogramme
était par ailleurs adéquate dans 94 % des cas (111/128). 273 bac-
téries ont été identifiées par séquençage sans être retrouvées
par la culture : un tiers considéré comme des contaminants et
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 REVUE MÉDICALE SUISSE

deux tiers comme de possibles pathogènes. La métagéno- CONCLUSION

mique est clairement révolutionnaire, puisqu’elle permet, en
plus de l’identification du germe, de prédire génétiquement
son antibiogramme ! Cependant, elle reste pour l’instant limitée
aux activités de recherche en raison de ses trop nombreuses
limitations (quantité d’ADN bactérien nécessaire, interpréta-
tion des échantillons polymicrobiens : contaminant ou patho-
gène, temps nécessaire aux résultats et rapport coût/bénéfice
encore défavorable).
STÉROÏDES ET ARTHRITE SEPTIQUE : INDIQUÉS,
RISQUÉS OU CONTRE-INDIQUÉS ?
Nombre d’arthrites inflammatoires aiguës se présentent de la
même façon que l’AS. La ponction articulaire nécessaire au
diagnostic peut également être utilisée à visée thérapeutique
(injection de stéroïdes intra-articulaire). Le risque de déve-
lopper une AS iatrogène secondaire à l’injection est faible et
varie selon les études de 1/3000 à 1/100 000.2,24‑28 Ces quelques
cas pourraient être dus à des pathogènes présents initiale-
ment dans les parties profondes de la peau et non accessibles
à la désinfection.24‑28
La plupart des sociétés savantes recommandent d’éviter
­l’injection intra-articulaire de stéroïdes tant qu’une infection
n’a pas été exclue, mais ceci avec un degré d’évidence C.29 Des
études randomisées contrôlées dans ce domaine sont néces-
saires. Ceci d’autant plus qu’une étude a montré plutôt un
­effet bénéfique de la bithérapie stéroïdes intra-articulaires +
antibiotiques dans le traitement de l’AS chez le lapin30 et que
des rapports de cas vont dans le même sens chez l’homme.31
Concernant l’utilisation de stéroïdes systémiques en associa-
tion à une antibiothérapie, il semblerait également qu’il n’y
ait pas de contre-indication majeure, voire même que ce soit
bénéfique dans l’AS, par exemple chez l’enfant.32
Le diagnostic d’AS repose sur une combinaison d’éléments
anamnestiques, cliniques et microbiologiques. Le manque
d’études randomisées contrôlées sur le sujet rend difficile
une vision claire des performances des différents tests et le
clinicien devra toujours intégrer les résultats à la probabilité
prétest d’AS, qui reste un jugement clinique. Cependant, le
développement rapide des outils moléculaires permettra d’ici
peu un diagnostic microbiologique de l’AS, dans les heures
suivant la ponction articulaire.
Conflit d’intérêts : Les auteurs n’ont déclaré aucun conflit d’intérêts en relation
avec cet article.
IMPLICATIONS PRATIQUES
Hormis la procalcitonine avec ses propres limitations, les
autres valeurs sanguines de laboratoire ne sont pas utiles pour
discriminer une arthrite septique (AS) d’une autre arthrite aiguë
Les globules blancs synoviaux (GBsyn) permettent d’augmen-
ter (> 50 x 109/l) ou diminuer (< 25 x 109/l) la probabilité d’AS,
mais ils n’ont pas de valeur diagnostique indépendante
La procalcitonine synoviale et les lactates synoviaux sont des
tests prometteurs qui nécessitent encore d’être standardisés
La coloration de Gram est peu sensible et les méthodes de
culture habituelles, bien qu’elles restent le « gold-standard », sont
trop lentes pour influencer le choix d’antibiothérapie au moment
du diagnostic clinique
L’utilisation et l’interprétation adéquates des PCR sont capi-
tales, raison pour laquelle ces tests devraient être accompagnés
de l’avis d’un infectiologue

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** à lire absolument

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