Pr Tiyal Fathallah

MODELISATION MOLECULAIRE

Pr FATHALLAH TIYAL
 NOTION DE MODÈLE

Terme qui couvre des réalités et des

utilisations différentes selon le contexte
dans lequel on l’emploi.

Sens courant

Sens scientifique
Pr Tiyal Fathallah
 Modèle : sens courant

Ce qu’on veut imiter

Exemple :
Modèle de lettre administrative , de maison
Modèle réduit , modèle d’un peintre

Pr Tiyal Fathallah
 Modèle : sens scientifique

Représentation simplifiée de la
réalité en utilisant très souvent des
formules mathématiques et de
l’informatique.

Pr Tiyal Fathallah
Pr Tiyal Fathallah
 MODÉLISATION (CAO)
Conception Assistée par Ordinateur (CAO)

Conception de voitures
Automobile (aérodynamique, crash tests,
commande optimale, structure
(pneus, carrosserie, ) ....

Aéronautique Conception d’avions (aérodynamique,

matériaux composites

Ingénierie pétrolière : comprendre la

migration des hydrocarbures,
Industrie améliorer la production des
gisements pétroliers, ....
Pr Tiyal Fathallah
Une voiture

Pr Tiyal Fathallah
MODÉLISATION (CAO) dans l’industrie (VEOLIA)
Pr Tiyal Fathallah

MODÉLISATION (CAO)

Modélisation est une

représentation virtuelle de
phénomènes réels à partir
d’algorithme et de modèles
mathématique.
 Modélisation permet :

Prédire les performances.

Réduire le nombre, la durée et les
coûts des essais expérimentaux.
Refaire virtuellement et à volonté
une expérience en modifiant les
paramètres
Pr Tiyal Fathallah
 MODÉLISATION MOLÉCULAIRE M.M
Application des dernières technologies
Informatique en chimie théorique

Biologie

Pharmacologie

Sciences des Matériaux

Chimie
Pr Tiyal Fathallah
Pr Tiyal Fathallah
 DÉFINITION DE LA M.M

MODÉLISATION MOLÉCULAIRE M.M

M.M. est un outil destiné aux

chercheurs préoccupés par la
relation entre la structure et la
réactivité des molécules.
Pr Tiyal Fathallah
 DÉFINITION DE LA M.M
Pr Tiyal Fathallah

MODÉLISATION MOLÉCULAIRE M.M

But
prévoir la réactivité des molécules à l’aide
de la structure moléculaire.

Prédiction activité ou propriété

Pr Tiyal Fathallah C’est quoi une Activité et une Propriété ?

Exemple : Doliprane
 Paracétamol

 Formule brute : C8H9NO

 Nom chimique : N-acétyl-p-aminophénol

 Formule semi-développée :

 Activité : antipyrétique et antalgique (analgésique )

 Propriété : absence de toxicité sur la muqueuse gastro-

duodénale.
Les domaines de recherche de
la MM sont :

QSAR : Quantitative Structure-Activity

Relationships

QSPR : Quantitative Structure-Property

Relationships

Pr Tiyal Fathallah
 Pr Tiyal Fathallah

QSAR
Quantitative Structure-
Activity Relationships

Quantitative
Structure-
Activity
Relationships
Pr Tiyal Fathallah

QSAR
Historique :

- Les relations structure - activité (QSAR) sont

nées avec les travaux de Corwin Herman
Hansch au début des années 1960.

- La variation de l’activité biologique peut être

reliée mathématiquement aux variations des
structures chimiques d’une série de composés.
 QSAR

- Trois classes des descripteurs moléculaires

sont particulièrement utiles pour englober les
principales forces d’interaction
intermoléculaire :

• Descripteurs stériques ( DS)

• Descripteurs électroniques ( DE)
• Descripteurs de lipophilie ( DL)
Pr Tiyal Fathallah
 QSAR
Pour une série de composés de structure chimique
connue et d’activité biologique mesurée,
L’équation de Hansch générale est la suivante :

Activité = a1(DS)p1 + a2(DE)p2+a3(DL)p3 + Tc

DS Descripteurs stériques
DE Descripteurs électroniques
DL Descripteurs de Lipophilie
a1,, a2 et a3 donnés par régression multiple
Tc terme constant Pr Tiyal Fathallah
 Application de QSAR
Pr Tiyal Fathallah

Les modèles QSAR sont construits pour plusieurs

raisons :
Comprendre la relation entre la structure et
l’activité,
 Prédire son activité
Synthèse de nouveau composé

Activité = f (descripteurs)
Pr Tiyal Fathallah

QSAR

 Pour répondre à ce besoin, les

chercheurs en chimie et en biologie, font
appel à des approches théorique
comme:
- Les méthodes quantiques,
- La mécanique moléculaire,
- La dynamique moléculaire
Pr Tiyal Fathallah

Méthodes quantiques

Ces méthodes sont basées sur le calcul des

orbitales moléculaires (OM). Elles décrivent la
structure des molécules et leurs comportements

Mécanique moléculaire

Cette technique calcule l'énergie des atomes et les

états d’équilibre des molécules (et non plus des
électrons) au moyen d'approximations.
Pr Tiyal Fathallah

Dynamique moléculaire

Cette technique a pour but de calculer les

mouvements des molécules, le plus souvent
à partir des énergies de la mécanique
moléculaire. Elle permet de calculer l’énergie
cinétique ainsi que l’énergie potentielle.

Logiciels qui utilisent ces méthodes sont:

Macromodel, Pc-Modèle, MacMimic, Chem-3D,
Hyperchem, Alchemy, SYBYL.
Pr Tiyal Fathallah
STRATÉGIE D’UNE QSAR

A partir d’une structure Saisie de la molécule

quelconque de la molécule

Logiciels utilisant la
mécanique moléculaire , la
dynamique moléculaire ou
les méthodes quantiques.
Exemple: Macromodel,
Pc-Modèle, MacMimic,
Chem-3D, Hyperchem,
Alchemy, SYBYL.

une représentation probable de la molécule

On calcule la distance entre les groupements les angles

de liaisons …etc et comparer avec ce qui existe
Deux antalgiques, ont en commun d’une structure
spatiale avec un cycle aromatique (Qui donne une idée
sur le récepteur concerné).

O OH

H
N
O

O
HO
Acide acétylsalicylique (ASPIRINE)
Effet anti-inflamatoire 1899 Bayer
(Le saule)
Paracétamol (DOLIPRANE)
Pr Tiyal Fathallah Pas d’effet anti-inflamatoire 1955
Pr Tiyal Fathallah
 Pr Tiyal Fathallah

QSPR
Quantitative Structure-
Property Relationships

Quantitative
Structure-
Property
Relationships
mple de relation entre QSAR et QSPR
QSPR est une extension de la QSAR

Exemple de relation entre QSAR et QSPR

QSAR
Type de l'odeur

QSPR
molécules odorantes
ule odorante Pression de vapeur (log Pv)
Vitesse d'évaporation (Ve)
Coefficient de partage
Pr Tiyal Fathallah
Oct / eau (log p)
 Log P oct /eau non odorants

non odorants
odorants

odorants
non odorants

Log Pv

non odorants

Pr Tiyal Fathallah
 STRATÉGIE D’UNE QSPR
1ère étape :
Choix de la propriété
Choix de l’échantillon

2ème étape :
Description de la molécule

3ème étape :
Analyse statistique

4ème étape :
Pr Tiyal Fathallah Prédiction et interprétation
 1ère étape : Choix de la propriété
et choix de l’échantillon

Propriété doit avoir un intérêt en chimie, en industrie

dans les domaines biologique, pharmacologique,
olfactif …etc

Exemple : solubilité (log S ), pression de vapeur (log

Pv), volume molaire (Vm), coefficient de partage
(octanol / eau) (log P), Conductivité thermique des
matériaux (λ) etc

Pr Tiyal Fathallah
Echantillon est une partie d'une population, c’est
la matière première à partir de laquelle les
modèles seront construits. L'information extraite
de l'échantillon par le modèle sera, également
applicable à la population dans son ensemble.

Il faut qu’il soit le plus grand possible pour

effectuer facilement les analyses statistiques et
aussi la structure de ses molécules doit être bien
définit.
Pr Tiyal Fathallah
 2ème étape : description de la
molécule
La description de la molécule est l ’ étape la plus
importante dans l’établissement de relations de type
structure-propriété, car le comportement d ’ un
composé chimique dans un milieu biologique dépend
essentiellement de sa structure. Les principaux
systèmes de description reposent sur la manière de
regarder la molécule comme un tout, comme une
somme de fragments, comme un graphe, …etc
Pr Tiyal Fathallah
 3ème étape : analyse statistique

Régression Linéaire Multiple ( RLM )

RLM est une généralisation de la Régression
Linéaire Simple (RLS) au cas où il y a plusieurs
variables explicatives : on cherche alors dans un
espace à plus de deux dimensions la "meilleure
droite" passant dans un nuage de points
Pr Tiyal Fathallah
Pr Tiyal Fathallah

Le choix du meilleur modèle est testé à l’aide de

plusieurs critères statistiques indicateurs de la bonne
corrélation tel que :

Coefficient de corrélation ( r )
Ecart-type résiduel ( s )
Test F de Fischer-Snedecor ( F )

r 1 s 0 F plus élevée possible

Pr Tiyal Fathallah Le modèle recherché est de la forme :

Pcal = a1D1+ a2D2+……+ an Dn + Tc

Pcal la propriété calculée

a1,a2,……,an les coefficients de régression
D1,D2……Dn les variables pertinentes déterminés
par la régression multiple.
Tc Terme constant
Exemple :

log Pv = -0,010 W - 0,098 P + 1,46

r = 0,941 s = 0,39 F = 2345

 4ème étape : prédiction et
interprétation

On utilise le modèle obtenu par la

régression multiple pour la prédiction de
la propriété étudiée pour d’autres
composés il suffit de calculer les
descripteurs (D1 D2……Dn ) et les
remplacer dans le modèle trouvé.
Pr Tiyal Fathallah
 III – Méthodes
Méthodes de description
de description des
des molécules
molécules

Méthodes non
topologiques

Méthodes
topologiques

Pr Tiyal Fathallah
 Méthodes non topologiques

• Description globale

• Description à l’aide de substituants

• Description à l’aide de fragment

Pr Tiyal Fathallah
• Description globale Propriété = f (propriété)

Teb en fonction de (Nc)

Nc
1 + rc
Méthode de LAI Teb (cal) = a + bc x
1 + rc

a = 103.59 bc = 44.34 et rc = 0.94

Pr Tiyal Fathallah
• Description à l’aide de substituants

 de Hammett ……effet électronique

Es de Taft …………..…effet stérique

 de Hansch et Léo ….…Lipophilie

Pr Tiyal Fathallah
 •La méthode de Hansch:

o représentent respectivement les coefficients de

partage des molécules RH et RX dans un système
n-octanol /eau.
est le paramètre lipophile du substituant X.

o est un terme correctif tenant compte de l'effet entraîné par

les ramifications, les doubles liaisons, les fermetures de
cycle, les liaisons intramoléculaire, les repliements de
molécule .... Pr Tiyal Fathallah
 • Description à l’aide de fragment

La méthode de Rekker et Nys permet de calculer le

coefficient de partage octanol / eau.
Elle consiste à décomposer la molécule en fragments ( f )
appelée constante fragmentable, selon la relation :

fi : représente le fragment i .
ai : le nombre du fragment (fi).
CM : terme correctif (constante magique CM = 0,28)
Pr Tiyal Fathallah
Kn : le nombre de CM.
 Valeurs de fragments de
Rekker

Pr Tiyal Fathallah
 f de Rekker et Nys

Exemple 1 : Acétone CH3-CO-CH3

Log P = 2 f(CH3) + f (CO)

= 2 x 0,724 + (-1,633) = - 0,19

LogP exp = - 0,24

Exemple 2 : Butanol CH3-CH2-CH2-CH2-OH

Log P = 3 f(CH2) + f (CH3) + f(OH)

= 3 x 0,519 + 0,724 – 1,448 = 0,83

LogP exp = 0,88

Pr Tiyal Fathallah
Pr Tiyal Fathallah

Exercice 1

phénol

log P exp = 1,47

Pr Tiyal Fathallah

phénol

log P exp = 1,47

Pr Tiyal Fathallah

Méthodes topologiques

Descriptions fondées
sur la matrice des distances

Descriptions fondées Descriptions fondées

sur la connectivité sur le graphe valué.
 Rappels sur la théorie des
graphes

• Qu’est ce qu’un graphe ?

Un graphe est une représentation

squelettique d’une molécule dans laquelle
les atomes constituent les nœuds et les
liaisons les arêtes. Les atomes d’hydrogènes
ne sont pas pris en compte
Pr Tiyal Fathallah
 Pr Tiyal Fathallah

Exemples de graphe

structures

Graphe

structure

Graphe
Pr Tiyal Fathallah

Matrice d’adjacence (MA)

• Matrice d’adjacence (MA) est un

tableau dont la valeur des éléments
aij est égale à 1 si les deux atomes i et j
de la molécule sont directement liés et
0 dans le cas contraire.
Pr Tiyal Fathallah
7
3
CH3
OH
6
CH 2
CH
CH3 8
H3C CH 1 4

Cl
Graphe numéroté
5

Matrice d’adjacence ( MA )
1 2 3 4 5 6 7 8
1 0 1 0 0 0 0 0 0
2 0 1 1 0 0 0 0
3 0 0 0 0 0 0
4 0 1 1 0 0
5 0 0 0 0
6 0 1 1
7 0 0
8 0
Pr Tiyal Fathallah

Exercice 2

Donner la matrice d’adjacence du

composé suivant :
CH3 OH

CH
H3 C

Cl
3-chloro-5-isopropylcyclopent-2-èn-1-ol
 7 9
Pr Tiyal Fathallah

5 8
6 4 10
Numérotation du graphe

3 2

1
Matrice d’adjacence ( MA )

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
2 0 1 0 0 0 0 0 0 1
3 0 1 0 0 0 0 0 0
4 0 1 0 0 1 0 0
5 0 1 1 0 0 0
6 0 0 0 0 0
7 0 0 0 0
8 0 1 1
9 0 0
10 0
Pr Tiyal Fathallah

Matrice des distances (MD)

Matrice des distances est un tableau dont la

valeur des éléments dij indique la distance la
plus courte entre les atomes i et j de la
molécule.
 numérotation arbitraire
structure
du graphe
CH3 7
OH 3

CH 6
CH 2
CH3 8
H3C CH 1 4

Cl 5

1 2 3 4 5 6 7 8
1 0 1 2 2 3 3 4 4
2 0 1 1 2 2 3 3
Matrice des distances ( MD) 3 0 2 3 3 4 4
4 0 1 1 2 2
5 0 2 3 3
6 0 1 1
7 0 2
8 0
Pr Tiyal Fathallah
 Exercice 3

Donner la matrice des distances du composé

suivant :
CH3 OH

CH
H3 C

Cl
3-chloro-5-isopropylcyclopent-2-èn-1-ol

Pr Tiyal Fathallah
 7 9

5 8
6 4 10
Numérotation du graphe

3 2
Matrice des distances ( MD )
1

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
1 0 1 2 3 4 5 5 3 4 2
2 0 1 2 3 4 4 2 3 1
3 0 1 2 3 3 2 3 2
4 0 1 2 2 1 2 2
5 0 1 1 2 3 3
6 0 2 3 4 4
7 0 3 4 4
8 0 1 1
9 0 2
10 0
 Descriptions fondées sur la matrice des distances

W = ∑ nidi = 1 / 2 ∑ dij
Indice w et p de Wiener
P =1/2 ∑ di,j avec dij = 3

Indice N2 de Gordon N2 =1/2∑ di,j avec dij = 2

Indice f de Platt f =∑ di,j avec dij = 2

Pr Tiyal Fathallah
 Calcul des indices de Wiener W et P

W = ∑ nidi = 1 / 2 ∑ dij

ni : représente le nombre de couples d’atomes

séparés par la distance di et
dij : la distance entre atome i et l’atome j

Pr Tiyal Fathallah
Pr Tiyal Fathallah

Calcul des indices de Wiener W et P

1 2 3 4 5 6 7 8
1 0 1 2 2 3 3 4 4 numérotation arbitraire
2 0 1 1 2 2 3 3 du graphe
7
3 0 2 3 3 4 4 3

4 0 1 1 2 2 6
2
5 0 2 3 3 1 4
8

6 0 1 1
5
7 0 2
8 0
W = 0 + 1 + 3 + 5 + 9 + 11 + 17 + 19 = 65

W = 7 x 1 + 9 x 2 + 8 x 3 + 4 x 4 = 7 + 18+ 24 + 16 = 65

P =1/2 ∑ di,j avec dij = 3 P= 8

 Exercice 4

Calculer les indices de Wiener W et P du composé

suivant :
CH3 OH

CH
H3 C

Cl
3-chloro-5-isopropylcyclopent-2-èn-1-ol
Pr Tiyal Fathallah
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
7 9

5 8 1 0 1 2 3 4 5 5 3 4 2
6 4 10 2 0 1 2 3 4 4 2 3 1
3 0 1 2 3 3 2 3 2
3 2
4 0 1 2 2 1 2 2
1
Numérotation du graphe 5 0 1 1 2 3 3
6 0 2 3 4 4
7 0 3 4 4
8 0 1 1
W = 1 / 2 ∑ dij 9 0 2
10 0

W= 0 1 3 6 10 15 17 16 24 21
= 113

P = 1/2  di,j avec dij = 3

P = 11
P est le nombre de fragment de d = 3
 Indice N2 de Gordon N2 =1/2∑ di,j avec dij = 2
7
3

f =∑ di,j avec dij = 2

6
2
Indice f de Platt 1 4
8

1 2 3 4 5 6 7 8
Calcul des indices 1 0 1 2 2 3 3 4 4
N2 et f . 2 0 1 1 2 2 3 3
3 0 2 3 3 4 4
4 0 1 1 2 2
5 0 2 3 3
N2 = 9 6 0 1 1
f = 2 x N2 = 18 7 0 2
8 0

Pr Tiyal Fathallah
 Description fondée sur la connectivité

La connectivité dd’un atome est définie

comme le nombre d’atomes (différent de
l’hydrogène) qui lui sont liés.

2 3
1 2 1
Connectivité  des atomes

Pr Tiyal Fathallah
 Description fondée sur la
connectivité
N
indices M1 et M2
de Gutman
M1 = i i x i
N
M2 =i,j i x j

Indices 
R

de Randic
 =R
i x  j
-1/2

Indice
m
 - 1/2
de Kier Hall
m
 =  1x 2 ........ x  i ..... x  m
Pr Tiyal Fathallah
 , M2de,  pour
et m
m
Calcul de M1calcul R
= 0 , 1, 2 .. dan
pour l’exemple suivant:
1

2 3
1 2 1
Connectivité  des atomes

M 1= S d i X d i = 3 x (1 x 1) + 2 x (2 x 2) + ( 3 x 3) = 20

M 2= S d i X d j = (1 x 2) + (2 x 2 ) + (2 x 2) x 2 x (3 x 1) = 18

c S ( di X dj )
R
=
-1/2

= (1 x 2)-1/2 + (2 x 2)-1/2 + (2 x 3)-1/2 + 2 x (3 x 1)-1/2 = 2,77

Pr Tiyal Fathallah
 Pr Tiyal Fathallah 1

Calcul de
calcul de
m

pour
pour m=
m = 0,1,2,3
0 , 1, 2 ..……
2 3
dans le cas du 2-chloropentane
Dans le cas de 2-chloropentane 1 2 1
Connectivité  des atomes

c S ( di X dj )
R
=
-1/2

= (1 x 2)-1/2 + (2 x 2)-1/2 + (2 x 3)-1/2 + 2 x (3 x 1)-1/2 = 2,77

 Exercice 5

 Calculer M1, M2 et du composé

2,3-diméthylpentane:

CH3

H3C CH2 CH CH CH3

CH3

Pr Tiyal Fathallah
 =  i x i

=  x1 +  x2 +  x3 +  x3 +  x 1 +  x 1 +  x 1 = 26

 =  i x j
=  x2+  x3 +  x1 +  x 3 +  x 1 +  x 1 = 26

Pr Tiyal Fathallah
 Exercice 6

 Calculer les indices W, P, N2, f, M1 et M2 des

composés suivants:

2,2,3-triméthylbutane

2,2-diméthylbutane
 Solution

W P N2 f M1 M2
2,2,3-triméthylbutane 42 6 9 18 30 30

2,2-diméthylbutane 28 3 7 14 24 22
Pr Tiyal Fathallah

Descriptions fondées sur le graphe

valué.

Indice de Kier Méthode d’Autocorrélation

Modifiée
m
cv « MAM »
 Description fondée sur le graphe valué

Indice de Kier
m
v

-
v= i
1/2
0 v
1
 =  vi x jv -
v 1/2

 =
2 v
- 1/2
v v v
i x  j x k
- 1/2
3
=
v v v
i x j x k x  t
v v

Pr Tiyal Fathallah
Pr Tiyal Fathallah

Pour tenir compte du type de liaison, des hétéroatomes et la

présence des cycles, on utilise 𝛅v donné par l’expression
suivante:

v Zv - H
d=
Z - Zv - 1

Zv : Nombre d’électrons de valence.

H : Nombre d’atomes d’hydrogène liés à cet atome.
Z : nombre total d’électrons.
 v Zv - H 4 - 3
Pour CH3 on a : d= = = 1
Z - Zv - 1 6-4-1
v Zv - H 7 - 0
Pour F on a : d= = = 7
Z - Zv - 1 9-7-1
1

2 3
1 2 1
Connectivité  des atomes
7

2 3
1 2 1

La valeur de v de chaque atome

Pr Tiyal Fathallah
 calcul de
m
v
Pourlele2-chloropentane
( m = 0 , 1, 2 ) pour 2-fluoropentane
7

2 3
1 2 1
v
La valeur de  de chaque atome
-
=
1/2


0 v v
i = 2 x (1)-1/2 + 2 x (2) -1/2 + (3) -1/2 + (7) -1/2 = 4,36

1 v
c = S v v -1/2
( di x dj ) =
= (1 x 2)-1/2 + (2 x 2)-1/2 + (2 x 3)-1/2 + (3 x 7)-1/2 + (3 x 1)-1/2
= 2,41
Pr Tiyal Fathallah
 Exercice

 Calculer des

atomes ou groupements

atomes suivants:

Pr Tiyal Fathallah
Pr Tiyal Fathallah
 v Zv - H
d=
Z - Zv - 1

Zv : Nombre d’électrons de valence.

H : Nombre d’atomes d’hydrogène
liés à cet atome.
Z : nombre total d’électrons.
 Exercice 7
-
=
1/2


0 v v
 Calculer i des composés suivants:

Pr Tiyal Fathallah
Pour C : = 4 et =6
Pour O : = 6 et =8

Pour F : = 7 et =9

Pour Cl : = 7 et = 17

-
=
1/2


0 v v
i = (2)-1/2 + (3) -1/2 + (3) -1/2 + (3) -1/2 + (1) -1/2 +
(1) -1/2 + (0,78) -1/2 = 4,570
Pr Tiyal Fathallah
 Pour C : = 4 et =6

Pour O : = 6 et =8

Pour F : = 7 et =9

Pour Cl : = 7 et = 17

-
=
1/2


0 v v
i = (1)-1/2 + (3) -1/2 + (4) -1/2 + (6) -1/2 + (7) -1/2 +
(1) -1/2 = 3,86
 Méthode d’Autocorrélation Modifiée « MAM »

Cd =  ( fi ) x ( fj ) =  ( Pi ) 1/2 x ( Pj ) 1/2
j >i

( fi , fj ) : représentent la racine carré des propriétés

des atomes i et j

d : distance topologique entre les atomes i et j

Cd : composante du vecteur d’autocorrélation

à la distance d
Pr Tiyal Fathallah
Vecteurs d‘Autocorrélations utilisés sont par exemple:

Volume molaire « Vd » ,

Vd =  ( fi ) x ( fj ) =  ( Vi ) 1/2 x ( Vj ) 1/2
j >i
Surface molaire « Sd »,

Sd =  ( fi ) x ( fj ) =  ( Si ) 1/2 x ( Sj ) 1/2
j >i
Electronégativité « ENd »

ENd =  ( fi ) x ( fj ) =  ( ENi ) 1/2 x ( ENj ) 1/2

j >i
Pr Tiyal Fathallah
 C0 =  ( Pi ) 1/2 x ( Pi ) 1/2 =  Pi

Co: la composante d’ordre zéro est égale à

la somme des propriétés des atomes de la
molécule.
Exemple:

Volume de la molécule est égale à la somme

Vd =  (vi) 1/2 x (vj)1/2 d=k
des volumes des atomes.
j>i

V0 =  (vi) 1/2 x (vi)1/2 =  vi

Pr Tiyal Fathallah
 j>i

V0 =  (vi) 1/2 x (vi)1/2 =  vi

Pr Tiyal Fathallah
Tableau des contributions des atomes et des groupements
Atome Nature code Vol ume (V) Sur face( S) Electronegativité (En)
s
C Sp3 C 1 3,33 0,00 2,54
CH 2 6,78 0,57 2,54
CH2 (aliph.) 3 10,23 1,35 2,54
CH3 4 13,67 2,12 2,54
C Sp2 C (aliph.) 5 5,01 0,31 2,81
C (arom.) 6 5,54 0 ,30 2,81
CH (aliph.) 7 8,47 1,08 2,81
CH (arom.) 8 8,06 1,00 2,81
CH2 9 11,94 1,86 2,81
CSp C 10 8 ,05 0,98 3,33
CH 11 11,55 1,74 3,33
O Sp3 OH (Phénol) 12 6,99 1,46 3,50
OH (alcool) 13 6,99 1,46 3,50
OH (acide) 14 6,99 1,46 3,50
O (R-O-R) 3,70 0,74 3,50
O (Ar-O-R) 15 3,20 0,74 3,50
O (COOR) 16 5,20 0,74 3,50
O Sp2 O (cétone) 18 6,70 1,30 3,77
O (aldéhyde) 19 6,70 1,30 3,77
O (acide) 20 6,70 1,30 3,77
O (ester) 21 6,70 1,30 3,77
O (nitro) 22 6,00 1,05 3,63 Pr Tiyal Fathallah
 Exemple du calcul des composantes du vecteur
volume pour la molécule 2,3-diméthyl butane

H3C 13,67 13,67

CH3

6,78 6,78
CH CH

H3C
CH3
13,67
13,67
2,3-diméthylbutane graphe (volume)

La fonction d’autocorrélation est :

Vd =  (vi) 1/2 x (vj)1/2 d=k

j>i

V0 =  (vi) 1/2 x (vi)1/2 =  vi

Pr Tiyal Fathallah
 Le Volume de ces groupements d’après Bondi est :

V CH3 = 13,67 cm3 / mol V CH2 = 10,23 cm3 / mol

V CH = 6,78 cm3 / mol V C = 3,33 cm3 / mol

Les composantes Vd du vecteur d'autocorrélation volume

sont :
V0 = 4 x V(CH3) + 2 x V(CH)
= 4 x 13,67 + 2 x 6,78 = 68,24 cm3/mol.

V1 = 4 x (V(CH3) x V(CH))1/2 + (V(CH) x V(CH ))1/2

= 4 x (13,78 x 6,78) 1/2 + 6,78 = 45,29 cm3/mol.

Pr Tiyal Fathallah
 V2 = 2 x (V(CH3) x V(CH3))1/2 + 4 x (V(CH3) x V(CH))1/2

= 2 x 13,67 + 4 x (13,67 x 6,78)1/2 = 65,85 cm3/mol.

V3 = 4 x (V(CH3) x V(CH3)1/2 = 4 x 13,67 = 54,68 cm3/mol.

Les composantes ( V0 , V1 , V2 , V3 ) du vecteur volume

sont donc:

Vo V1 V2 V3
Molécule 1 68,24 45,29 65,85 54,68

Pr Tiyal Fathallah
 Exercice 8

Calculer Vo , V1 et So, S1 des composés

suivants:

M1
M2

M3
M4

Pr Tiyal Fathallah
 M1 M2 M3 M4

V0 68 ,26 68,25 68,24 68,24

V1 54,34 49,93 45,29 37,90

S0 9,64 9,63 9,62 9,83

S1 7,43 6,24 4,97 1,69

Pr Tiyal Fathallah
Pr Tiyal Fathallah

Devoir
Constituez un échantillon d’une vingtaine d’hydrocarbures
saturés (C6 à C8 linéaires et ramifiés) et calculez les indices
de Wiener
(W et P ) ainsi que les indices N2 et f

Echantillon « nom » Bp,MV,MR

Nom Structure W P N2 f Propriété

Molécule1
2 4 6
35 3 4 8
1 3 5
Voilà le tableau de
Donnée pour choisir
Les molécules de C6
et ces ramifiés et C8 et
ces ramifiés.

Choisir aussi une

propriété soit
(Bp) point d’ébullition
(MV) Volume molaire
(MR) réfraction molaire

Pr Tiyal Fathallah
 Ce tableau sera traité statistiquement par régression multiple

Structure V0 V1 V2 ** ** S0 S1 S2 ** ** Bp
M1

M2

M3

**
**
**
**
**

Par exemple : Bp= a V0 + b V2 + ……..+ e S3 + Tc

a,b, …., e et Tc constantes données par la régression multilple.
 IV- Application
Méthode MAM : Méthode utilisée pour la description des molécules

Programmes utilisés pour l’obtention du modèle

Programme 1 : pour la saisie des molécules

Programme 2 : pour vérifier et corriger la saisie des molécules
Programme 3 : pour la description des molécules
Programme 4 : pour convertir le format de fichier
Programme 5 : pour saisir les données
Programme 6 : pour la régression multiple et obtenir le modèle
 Programme 1 INPUTMOL de saisie
de molécule
 Exemple : (on fait le codage suivant le tableau de
l’autocorrélation)
4

H3C
4
2
CH3
CH
4 3 1 4
H3C CH2 C CH3

CH3
4
2,2,4 -triméthylpentane
Code des groupements d'atomes
suivant le tableau de MAM

Voir démonstration du programme

 Programme 1 (suite)

 Inputmol ↵ (entrée)

 Nom du fichier - molécule de travail ?

molec ↵ ( par exemple )

 Création ( C ) ou ajout ( A ) ou modif ( M ) ou Suppr ( S ) :

C↵
Création d’un nouveau fichier
Etes-vous sûr (N/O) ? O ↵
Ecran noir écrit en bas
Composé Numéro 1
tapez M
Menu : M
pour afficher ou supprimer
Symboles : C, H, O, N, S, X…
Z pour Fin
Y pour substitution
T pour Cyclisation
B pour Erreur
 7 8 9

4 6
Curseur = pavé numérique
pour se déplacer
1 2 3

4
Exemple on veut saisir
la molécule suivante: 4
2
H3C 4 3 1 4
CH3
CH

H3C CH2 C CH3 4

Code des groupements d'atomes

CH3
suivant le tableau de MAM
2,2,4 -triméthylpentane
On tape le premier atome C et son code 4 on se déplace
avec 9
on tape le deuxième atome C code 2 et on tape

la liaison entre les deux atomes de carbones 1

pour simple liaison (2 pour double et 3 pour triple liaison)

on se déplace avec 3
On tape le troisième atome C
et son code 3 liaison 1 etc… pour la substitution on tape Y
pour terminer on tape Z
On vérifie si la saisie de la molécule (codes et atomes)
est correcte
On donne un nom et on passe à la suivante.
 Programme 2 vérification de la saisie
des molécules

 Entrer le nom du fichier

 Ecran ( E), CGA ( C) o hercule ( H) ? E enter ↵

 Tout les composés ? o enter ↵

Programme 3 descriptions des
molécules « Autocor »
Autocor ↵ (entrée)
Tapez C pour commencer
C ↵ (majuscule)
Entrer le nom du fichier de code
nom (molec) ↵
vecteurs sur imprimente (N/O) ? N ↵
Nombre de fonctions à traiter ? 3 ↵
Nombre de composante par fonction ? 4 ↵
ATV (pour la fonction volume)
NEG (pour la fonction électronégativité)
SUR (pour la focntion surface)
 Programme 4 de conversion de
format « diftoasc »

Nom du fichier avec l’extension . vec

nom.vec (exemple mol.vec)↵

Nom du fichier normal ?nomn (exemple moln)

 Programme 5 tableur pour vérifier les
données et entrer la variable à expliquer
c à d la propriété à déterminer

** Voulez vous la liste des fichiers O/N ? ( O entrer↵ )

** Entrez une chaîne de recherche ( ↵ )
** Entrez le nom du fichier à traiter , ( Nom du fichier ↵ )
** entier (E) Reel (R) ? ( R ↵ )
** … etc répondre aux questions
 Programme 6 régression multiple
qui permet de trouver le modèle

** Les données sont en format Dif (D) ou normal ( N )?

(N entrer↵ )
** Nom du fichier Asci à lire ? ( Nom du fichier ↵ )
** … etc répondre aux questions
VM EN FONCTION DE V0,V1 ET S0
RM EN FONCTION DE V0,V1 ET V3
FIN
 Rapport de master sur la modélisation
moléculaire
Donner une vision claire sur l’application des modèles de QSPR
sur la prédiction de la température d’ébullition pour des
hydrocarbures saturés.

1) Qu’est ce que la modélisation moléculaire ?

2) Quelles sont les différentes méthodes utilisées dans ce domaine.
3) Application aux hydrocarbures.
a) Echantillon d’étude
b) Echantillon de prédiction
c) Résultats
1) Conclusion.
Pr Tiyal Fathallah

Fin du cours théorique

tiyalfata@yahoo.fr