Licence 3 Pharmacie

SPECTROMETRIE DE MASSE (SM)

Dr. ELLA NDONG Guy Judicaël

Ph. D : Chimie Organique
Dpt. Chimie-Biochimie
Univ. Sciences de la Santé (USS)
Tel. +241 062 04 39 86
Mail: ella_ndong@yahoo.fr
Introduction :
La spectrométrie de masse est une technique d'analyse qui permet la détermination des masses
moléculaires des composés analysés ainsi que leur identification et leur quantification.

La spectrométrie de masse (SM) est une méthode de caractérisation de la matière qui permet de
mesurer les rapports masse/charge (m/z) des molécules individuelles ou ionisées et de leurs
produits de fragmentations.

Les informations que peuvent fournir un spectre de masse sont :

 Déterminer la masse moléculaire et la masse des fragments d’une molécule,

 Caractériser une nouvelle molécule,
 Séquençage de d’une protéine.
 Identification rapide d’une souche bactérienne (Tout comme PCR)

Exemple : Spectre de 1-Phénylpropan-2-one (C9H10O) dont la masse moléculaire = 134 g/mol

Remarque :

 En abscisse : rapport masse/charge des fragments et de la molécule entière

 En ordonnée : l’abondance relative % des fragments et de la molécule entière.

I. Principe de base :

Le principe est basé sur la transformation de l’échantillon à en ions par une source d’ions avec
des électrons (bombardement avec les électrons, des atomes, des photons...). Ces ions sont alors
soumis, sous vide très poussé, par un accélérateur de particules (un champ électrique et /ou
magnétique). Les forces qui s’exercent sur ces ions permettent de déterminer leur rapport masse
/charge au moyen d’un analyseur puis détecter et transmis à un outil informatique.

II. Appareillage :
Pour produire un spectre de masse, il faut que les substances soient ionisées. Une fois que
l’échantillon est mis dans l’appareille, le Spectromètre de masse doit assurer les opérations
suivantes :
1- Volatiliser : séparer les molécules les unes des autres ; on passe de l’état de la matière
condensée à un état gazeux,
2- Ioniser : transformer les molécules en ions, car un spectromètre de masse fonctionne
grâce à des champs électriques.
3- Mesurer le rapport masse/charge ; la masse moléculaire est calculer à partir d’un rapport
masse (m)/nbre de charge (z).
Le spectromètre se présente comme ci-dessous :

1. Sources :
La source a pour but de volatiliser et d’ioniser les analytes. Ces opérations peuvent se faire
simultanément ou successivement selon le type de source d’ions. Leur mécanisme intime est
souvent mal connu.
Le principe qui permet de volatilise et d’ioniser un type de composé est choisi par l’opérateur
en fonction de la nature de la molécule.
Les critères de choix principaux sont :
- La volatilité et la stabilité thermique du composé à analyser.
- Sa labilité chimique.
- Les fonctions chimiques présentes et leur aptitude à induire une ionisation.
- La taille des molécules.
- Les quantités de produits disponibles
 - Le type d’introduction souhaité (directe ou en couplage chromatographique).

Les sources d’ions se classent en deux catégories :

a) Les sources dures génèrent des ions moléculaires, à nombre impaire d’électrons, qui se
fragmentent beaucoup et parfois même totalement.
b) Les sources douces génèrent des ions moléculaires à nombre paire d’électrons
relativement stable.

Quelles informations peuvent être rapportées par une source à ionisation ?

Sources dures Sources douces

Masse moléculaire du composé Masse moléculaire du composé
Masse des fragments de ce composé Pas de fragmentation
Mesure de la quantité Mesure de la quantité

Les sources les plus utilisée sont représentées dans le tableau ci-dessous :

Sources Nature Echantillon

Impact électronique (EI) Dure gazeux
Ionisation chimique (CI) Douce gazeux
Ionisation laser assistée par la matrice (MALDI) Douce Solide
Electronébulisation (électro-spray : ES ou ESI) Douce Liquide

A. Source à impact électronique :

C’est la méthode la plus utilisée (celle qui donne le plus de fragments) pour les composés qui peuvent
passer à l’état gazeux. C’est notamment le cas des molécules organiques. Elle consiste à provoquer des
collisions entre les molécules sans charges initiales et des électrons obtenus par une différence de
potentiel de 70 V. Dans un choc il y a arrachement d’un des électrons les moins retenus de la molécule,
ce qui conduit à un ion porteur d’une charge élémentaire positive, voir figure ci-dessous :
B. Source à ionisation chimique :
Ce mode d’ionisation résulte de la réaction entre les molécules du composé M et des ions obtenus par
bombardement d’électrons sur un gaz, tel le méthane, l’ammoniac ou l’isobutane, introduit
conjointement au composé dans la source de l’appareil. La pression relativement élevée qui règne dans
cette partie de l’appareil (une centaine de pascals), réduit le libre parcours moyen des molécules, ce qui
favorise les collisions. Il s’agit d’un procédé d’ionisation « doux ».

C. Source à ionisation laser assistée par matrice (MALDI) :

Ce mode d’ionisation-désorption provoque très peu de fragmentations. Le composé à étudier
est d’abord incorporé dans une matrice organique solide (de l’acide dihydroxybenzoïque, par
exemple) et ensuite déposé sur un support au point d’impact d’un faisceau laser pulsé UV (ex.
laser N2, λ = 337 nm, 5 ns). L’énergie thermique reçue est transférée par la matrice au composé
qui se trouve désorbé et ionisé de façon douce. Par ce procédé on extrait de la phase condensée
des ions en phase gazeuse.
Ce mode d’ionisation pulsé est particulièrement bien adapté pour étudier les
biomacromolécules. En revanche, les petites molécules (M < 500 u) sont difficiles à étudier par
ce procédé à cause des ions produits par la décomposition de la matrice.
D. Source à Electronébulisation(ESI) :
Généralement placés en sortie d’un appareil d’électrophorèse capillaire ou de chromatographie liquide
à microcolonne, ces procédés très sensibles, commencent par transformer la phase mobile liquide en un
fin brouillard aqueux contenant l’espèce à analyser. La phase mobile peut apporter des ions H+, selon le
pH de la solution et contenir des cations tels NH+4 , Na+, K+ (cas d’un électrolyte). Les gouttelettes sont
formées à l’extrémité d’un fin capillaire de silice, métallisé en surface et porté à un potentiel élevé positif
(si l’on a choisi d’étudier les ions positifs). Le champ électrique intense leur confère une densité de
charge (z/m) importante (fig. 16.22). Par effet d’un gaz sec, elles s’évaporent progressivement
en perdant des molécules de solvant par des mécanismes de désolvatation et d’évaporation. Leur densité
de charge devenant trop grande, elles explosent en libérant des ions non fragmentés et protonés ou «
cationisés» de l’analyte, porteurs d’un nombre de charges variables (en moyenne 1 charge élémentaire
pour 1 000 Da en masse).
2. Accélérateur :
Celui-ci implique :
- Des champs électrostatiques très précis pour guider et déplacer les ions dans l’appareille
(lentille électrostatique, optique ionique)
- Un vide suffisant pour que les ions puissent se déplacer sans être détruits ou diviser par
les molécules résiduelles (notion de libre parcours moyen).

3. Analyseur :
C’est une partie de l’appareil où règne un vide absolu pour que le libre parcours moyen des ions
soit supérieur à la distance à parcourir dans le système pour atteindre le détecteur. Les
caractéristiques principales d’un analyseur sont :
 La résolution R
 La gamme m/z qu’il peut analyser,
 La sensiblité,
 La vitesse avec laquelle les ions le traversent.

Les analyseurs les plus utilisés sont listés ci-dessous :

Analyseur Résolution Gamme m/Z
Déflexion par champ magnétique (B) 2 000 8 000
Déflexion par champ quadripolaire Q 20 000 20 000
Confinement dans un piège à ion (Ion Trap)( IT) 20 000 500 000
Mesure d’un temps de vol (Time Of Flight) (TOF) 5 000 6 000
Résonnance Cyclotronique d’ions à Transformée 1 000 000 4 000
de Fourrier FT- ICTR

4. Détecteurs :
Comme les analyseurs et les sources, il existe différents types de détecteurs. Ils sont tous basés
sur des principes physiques différents, mais leur rôle reste le même, compter les ions. C’est une
partie de l’appareil sous vide (10-5 – 10-7 Torr).
On distingue :
 Plaques photographiques (détecteur historique) : Les ions accélérés par une différence
de potentiel de quelques kilovolts possèdent une énergie suffisante pour impressionner
une émulsion photographique déposée en couche mince sur une plaque de verre. Le
 noircissement est proportionnel au nombre d’ions collectés et la résolution est fonction
de la taille du grain de l’émulsion. L’exploitation densitométrique de ces plaques est
lourde et peu précise, de plus le domaine d’intensités est assez limité. À l’heure actuelle,
la détection par plaques photographiques est remplacée par l’utilisation de galettes
microcanaux.
 Cylindre de Faraday : C’est une boîte longue et étroite dans laquelle les pénètrent par
l’une des extrémités, l’autre étant fermée et reliée au système amplificateur par une
résistance (R = 1011Ω). Lorsqu’un ion frappe le collecteur, une différence de potentiel
apparait aux bornes de la résistance ion/s = 1,6.10-19 A d’où une différence de potentiel
aux bornes de la
 Multiplicateur d’électrons (détecteur le plus courant) : Le principe est repose sur le
dopage du signal par la formation d’électron secondaire à l’aide de tubes en verres dopés
aux plombs (dynode). Il offre une bonne sensibilité et un bon balayage rapide. En
revanche, il est moins précis, que le cylindre de Faraday, avec une durée de vie limité.

 Multiplicateur de photons : Son mode de fonctionnement repose également sur le

dopage du signal par la formation d’électron secondaire (dynode). Ceux-ci sont
accélérés vers l’écran phosphorescent où ils sont convertis en photons. Ces photons sont
ensuite détectés par le photomultiplicateur. On note une bonne sensibilité, un gain
d’amplification très forte, par contre on observe un balayage moins rapide qu’un
multiplicateur d’électron.
II. Analyse d’un spectre :
Dans un premier temps, il faut repérer les pics caractéristiques du spectre à savoir :
- Pic de l’ion moléculaire : il s’agit du pic qui contient toute la masse moléculaire de la
molécule :

- Pic isotopique : Il s’agit du pic moléculaire qui contient un isotope, généralement un

hétéroatome :
- Pic de base : il s’agit du pic le plus instance du spectre (m/z = 100%) :

Dans un second temps, il faut expliquer la présence des autres pics par les règles de
fragmentation.

1. Règles de fragmentation :
Elles consistent à « casser » une molécule à l’intérieur d’un spectromètre de masse, afin de
déterminer ses propriétés structurales.
N°1 : Au d’une série homologue, l’intensité du pic moléculaire décroît lorsque la masse
moléculaire augmente,
N° 2 : L’intensité relative du pic de l’ion moléculaire est plus forte pour les composés à chaîne
linéaire que pour les composés ramifiés,
N° 3 : Le clivage est favorisé au niveau d’atomes de carbone substitués par les groupes alkyles.
Le clivage est d’autant plus facile que le carbone est plus substitué,
.
Le substituant le plus lourd est généralement éliminé sous la forme de radicale (A ),

N° 4 : Les doubles liaisons, les structures cycliques et surtout les noyaux aromatiques stabilisent
l’ion moléculaire et donc augmentent sa probabilité d’apparition.

N° 5 : Les doubles liaisons (éthyléniques) favorisent le clivage de la liaison C-C située en β par

rapport à la double liaison,

N° 6 : Les cycles saturés favorisent le clivage de la liaison C-C située en α du cycle. La charge

positive (+) tend à rester sur le cycle, la chaîne latérale étant éliminé sous la forme radical.
N° 7 : Les cycles non saturés subissent un clivage correspondant à une réaction dite retro
DIELS-ALDER. Le clivage a lieu au niveau des deux doubles liaisons C=C situées en β par
rapport à la liaison du cycle. Il y a élimination un carbure éthylénique sous la forme de molécule,

N° 8 : Les composés aromatiques substitués par les chaînes alkyles subissent un clivage de la
liaison C-C située en β par rapport au cycle. La charge positive (+) reste sur le cycle et donne
le cation tropylium C7H7+, m/z = 91.

N° 9 : Lorsqu’il y a un hétéroatome (O, N, S) les liaisons C-C situées en α de l’hétéroatome

sont facilement clivables. La charge tendant à rester sur le fragment contenant l’hétéroatome.

2. Règle de l’azote :
La masse molaire d’une molécule organique qui contient C, H, O, Si, F, Cl, Br, est toujours
paire (ion moléculaire pair) sauf si elle contient un nombre impair d’atomes d’azote. Cette règle
.
s’applique aussi, aux ions fragments A+ , formés des isotopes les plus courants, de type pseudo-

moléculaire formés par élimination de de la molécule neutre.

Autrement dit, en l’absence d’un azote, tout ion de masse pare aura un nombre impaire
.
d’électrons et sera un ion A+ . Tout ion de masse impaire aura réciproquement, un nombre pair

d’électrons et sera un cation A+. Il n’y a pas d’exception.

Si la molécule ne contient pas d’azote et que malgré tout son spectre de masse présente un pic
de fragment pair, il provient d’un réarrangement de McLafferty ou de la perte d’une molécule
(en générale une petite molécule de type H2O, CO, HC≡CH,…)

3. Réarrangement de McLafferty :
Pour que ce type réarrangement puisse se produire, il faut une double liaison (C=O, C=C,...) et
un H en en position γ, pour un avoir un transfert d’hydrogène.
Après cassure, la charge peut être aussi portée sur l’autre fragment. Suivant l’électronégativité
des 2 fragments, ils peuvent être tous les 2 visibles sur le spectre avec des intensités relativement
similaires ou très différentes
Exercice 1 :
Le spectre suivant est celui d’une molécule contenant de l’azote.
1) Identifier de les fragments dont l’abondance relative est supérieur à 10% qui contiennent de l’azote
et ceux qui n’en contiennent pas.
2) Donner la formule de ces composés
3) Proposer une formule développée de ce composé.

Exercice 2 :
1) Parmi les molécules suivantes, quelles sont celles pour lesquelles on devrait voir un pic correspondant
au réarrangement de MacLafferty ?
2) Donner la structure du fragment chargé et la valeur de m/Z.

Voici les spectres correspondant à 3 des 4 molécules étudiées.

3) Attribuer chacun des spectres à la molécule qui convient.
Exercice 3 :
Comment distinguer les spectres de :

Exercice 4 :
Les 3 spectres ci-dessous correspondent à 3 isomères de formule brute C4H10O. Leur masse moléculaire
est de 74.
1) Dans chaque cas, reconnaître les pics dominants et les fragments perdus.
2) Attribuer à chaque formule développée le correspondant.

Exercice 5
Considérons un mélange de deux composés : le 1,2-éthanediol (C2H6O2) et l’éthanethiol
(C2H6S).
1. Est-il possible de détecter et d’identifier ces deux composés par spectrométrie de masse
(MS) ? Expliquer ?
2. Un couplage de la MS avec la chromatographie en phase gazeuse (CPG) est proposé. Dans
ce cas, sera-t-il possible de détecter et d’identifier ces deux composés ? Expliquer ?
Donnée isotopique :
M M+1 M+2
12 13
C 98,9% C 1,1%
16
O 99,8% 17
O ε 18
O 0,2%
32 33 34
S 95,02% S 0,75% S 4,21%

Exercice 6 :
Le spectre suivant est celui d’un composé inconnu contenant (C, H, O et Cl). Ce spectre a été
obtenu par spectrométrie de masse par bombardement d’électronique à 70eV. L’acquisition des
ions n’a été faite qu’à partir de m/z = 27.
1. Quel est le pic de base ?
2. Quel est le pic de l’ion moléculaire ?
3. Expliquez comment l’ion s’est formé (perte de fragment à partir de la molécule d’origine)
pour tous les pic dont l’abondance relative es supérieure ou égale à 15% et celui à m/z = 181 et
218.
4. Expliquez l’absence de pics à m/z = 91 et m/z = 65.
5. Proposez des formules semi-développées pour le composé inconnu.
6. Donnez l’explication de vos formules, en les justifiant éventuellement par l’application des
règles de fragmentation.
7. Parmi celles que vous avez proposées, quelles est la formule semi-développée qui vous
sembles la plus probable. Pourquoi retenez-vous une formule plutôt qu’une autre ?