Pharmacogénétique

Introduction à la
pharmacogénétique
Dr. Dorra Amor

Pr Ag en Pharmacologie
Faculté de pharmacie de Monastir
Laboratoire de biochimie –Hôpital Sahloul Sousse
Objectif du cours
1. Décrire des bases théoriques de la pharmacogénétique.
2. Décrire l’effet des variations génétiques sur la réponse clinique aux

traitements médicamenteux.
Introduction
Définition:
Pharmaco….génétique ?
Branche de la pharmacologie concernée par l’étude de l’influence de la

génétique sur la réponse à un traitement médicamenteux
Introduction
PGx : International definition
“The study of variations in DNA sequence as related to drug response.” 1,2

1EMA : European Medecines Agency ICH Topic E15;
2Food and Drug Administration ; Guidance for industry E15
«Applicable to activities such as drug discovery, drug development, and clinical

practice »
Introduction
PG : Définition française
« Etude du lien entre certaines caractéristiques génétiques

constitutionnelles d’un individu et la réponse de l’organisme à l’égard des
médicaments » 1
1 HAS
Introduction
Pharmacogénétique vs pharmacoGENOMIQUE ?
« the study of variations of DNA and RNA characteristics as related to drug
response » 1,2
1EMA : European Medecines Agency ICH Topic E15;

2Food and Drug Administration ; Guidance for industry E15
Introduction
Dans quel but ?
✓Développer des tests simples permettant d’identifier les

individus susceptibles de présenter des anomalies de
réponse (inefficacité, toxicité).
✓Adapter la thérapeutique (dose et/ou nature du

traitement) selon le génotype : thérapie personnalisée
Introduction
Introduction
History of PGx ?
510 B.C.: Pythagoras:

Ingestion of fava beans resulted in a potentially fatal reaction
in some, but not all, individuals
1960: “Favasim” was attributed to Glucose-6-Phosphate

Dehydrogenase (G6PD) deficiency
Introduction
Historique
1960: Premiers exemples historiques:

• Primaquine et déficit en G6PD
• Variabilité de réponse au suxaméthonium et déficit en
cholinestérase (Kalow et Genest)
•Polymorphisme génétique d’acétylation (Isoniazide)
1977: Polymorphisme génétique d’oxydation de la

Débrisoquine
1980: progrès de la biologie moléculaire
2003: séquençage :
La PG s’impose dans le développement et le suivi des
médicaments.
De nos jours : Dizaines de test génétiques recommandés
Introduction
La variabilité dans la réponse aux médicaments
• Elle est observée depuis toujours

• Au deux niveaux
✓ Pharmacocinétique
✓ Pharmacodynamique
• Sources de variabilité:
Age, interactions médicamenteuses,
pathologies sous jacentes…
Plasma concentration–time profile of erlotinib after intake
of 150 mg of erlotinib in 97 patients
Part de la génétique ??? Emoto-Yamamoto Y ; J Clin Pharm Ther. 2015
Introduction
PK PD
Concentration
au site d’action Effet
pharmacologique
Cible
Récepteur
Effecteur
Niveau de •Enzymes du métabolisme •Cible pharmacologique : récepteur, protéine de transduction…

variabilité
•Transporteurs
Introduction
Biologie Polymorphisme génétique ?

moléculaire
-Enzymes
-Transporteurs
-Récepteurs / cibles
Etudes in vitro/
animal
Expression protéique: variabilité
Etudes cliniques
Sociétés savantes Conséquences cliniques
Introduction

moléculaire
-Enzymes
-Transporteurs
Etudes in vitro/
animal
Etudes cliniques
Recommandations de tests de PG
• Sociétés savantes
CPIC : consortium international pour l’implémentation clinique

de la pharmacogénétique
DPWG : Dutch pharmacogenetic working group
RNPGx : réseau Francophone de pharmacogénétique
• Les drug label recommandations (RCP)

Deux test obligatoires (RCP)
Abacavir
INDICATION : « Avant de débuter un traitement contenant de l'abacavir, le

dépistage de l'allèle HLA-B*5701 doit être réalisé chez tout patient infecté par le
VIH, quelle que soit son origine ethnique.
Eliglustat CERDELGA®
INDICATION : « Cerdelga est indiqué pour le traitement à long terme des

patients adultes atteints de la maladie de Gaucher de type 1 (MG1), qui sont
métaboliseurs lents (MLs), métaboliseurs intermédiaires
(MIs) ou métaboliseurs rapides (MRs) du cytochrome 2D6 (CYP2D6). »
MISES EN GARDES : « les patients doivent faire l’objet d’un génotypage du
CYP2D6 »
Introduction

moléculaire
-Enzymes
-Transporteurs
Etudes in vitro/
animal
Etudes cliniques
Introduction: Notions de génétique
Introduction: Notions de génétique
Polymorphisme génétique Mutation (fréquence < 1%)
• Grec « Poly » : plusieurs + « morphê» : formes
•Coexistence de plusieurs allèles pour un gène ou locus donné, dans une population
•Génétique: variation dans la séquence

d’ADN: insertion , délétion , SNP (Single Nucleotide Polymorphisms)
•Explique individus aux

caractères phénotypiques différents au sein
d'une même population
Jaguar commun. Jaguar noir Métaboliseur

Métaboliseur lent rapide
Notions de génétique
Nomenclature
1/ General : Human Genetic Variation Society nomenclature
Exp: ABCB1 3435 C>T or ABCB1 C3435 T
2/ Commonly in PGx: star nomenclature
Allelic nomenclature; *1: reference, *2 and further: variations

Exp: CYP3A5*3
3/ Reaserch /databeses usuful nomenclature: rsID number (rs or RefSNP)
Exp: rs776746 (= CYP3A5*3 )

Notions de génétique
ABCB1 3435 CC CYP3A5*1/*3

Polymorphisme génétique au niveau du métabolisme
Métaboliseur Métaboliseur
lent rapide
Polymorphisme génétique affectant la
pharmacocinétique
Enzymes sujettes à une variabilité d’expression suite à un polymorphisme génétique

Polymorphisme génétique et métabolisme
Polymorphisme génétique d’acétylation : l’isoniazide
- Variabilité de réponse + neurotoxicité
- Inactivation par acétylation par la N acétyltransférase 2 (NAT2)
NAT2
Polymorphisme génétique d’acétylation : l’isoniazide
• Etude de la capacité d’acétylation:
Test de phénotypage :
« test d’acétylation »
AR
AL PGx ??
Concentrations plasmatiques d’isoniazide mesurées 6 heures après

l’administration d’une dose moyenne de 9.8 mg/kg à 267 sujets
(Weinshilboum, 2003)
•Polymorphismes génétiques => variations d’expression ou d’activité des enzymes du métabolisme

•Expression: Phénotypes métaboliques ; définissant des groupes d’individus:
✓Métaboliseurs lents (ML): (déficit d’activité enzymatique)
✓Métaboliseurs rapides (MR) ou extensifs (activité normale)
✓Métaboliseurs ultrarapides (MUR) (activité augmentée)
pour certaines enzymes
✓intermédiaires (MI) (activité réduite)
Polymorphisme génétique d’hydroxylation: les CYP450
• CYP450: Enzymes très polymorphes
• CYP les + impliqués dans le métabolisme des médicaments : 2D6, 3A4, 1A2,
2C9,2C19
• Différents variants alléliques noté par « * »
Exemple: CYP3A5
• Allèle sauvage: *1
• Mutation 6981A>G
=> allèle muté : *3
Polymorphisme génétique d’hydroxylation: les CYP450
Exemples de médicaments substrats de CYP450 dont le

métabolisme est affecté par le polymorphisme des CYP450
CYP450 Médicament
CYP3A4/5 Tacrolimus
CYP2D6 Codeine/Antidepresseurs
CYP2C19 Clopidogrel
CYP2C9 Acenocoumarol
CYP1A2 Caféine/carbamazepine
Polymorphisme génétique d’hydroxylation: exemple du CYP2D6
• Débrisoquine: antihypertenseur , utilisé pour le phénotypage du CYP2D6
Debrisoquine CYP2D6 4 OH- debrisoquine
Gène « inactif »
Gène « actif »
M. rapides
M. Ultra
rapides M. lents
Nortriptyline: antidépresseur, métabolisée par le CYP2D6
Nortriptyline CYP2D6 Métabolites inactifs
M. rapides
M. Ultra
rapides
M. lents
• Les techniques de biologie moléculaire ont permis d’identifier les
mutations responsables de l’apparition de ce phénotypes
• Plus de 80 variants alléliques identifiés
Allèle (exp) Effet au niveau du gène Activité 2D6
*1 , *2 Sauvage Normale
*1xN Duplication de gène Activité augmentée
*4,*5, *10 Délétion/ substitution Enzyme instable, absente ou activité
diminuée
Phénotype
Exemple de génotype *1/*1xN *1/*1 *1/*4 *4/*4
Recommandations Eviter AD
Risque d’inefficacité Dose -25% Dose Risque de toxicité
Sinon augmenter la dose standard -50% Dose
Relation entre phénotype, concentration plasmatique et effet clinique .

(Médicament dont la substance mère est active et le métabolite inactif)
D’après C. F. Samer and al Rev Med Suisse 2004

Polymorphisme génétique
des transporteurs
Polymorphisme génétique des transporteurs
Les protéines de transport : généralités
Classification des transporteurs membranaires: deux grandes superfamilles:
Superfamille ABC (ATP Binding Cassette ) SLC (Solute Carrier )

Type de Efflux Influx , parfois efflux
transport Actif Passif ou actif
SLC : Solute Carrier : influx , parfois efflux, actif ou passif

Principaux ABCABCB1 (P-gp; MDR1)
: ATP Binding Cassette : efflux SLCO
, actif,(OATP)
role dans
transporteurs ABCC2 (MRP2)
l’excretion des medicaments SLC22 (OAT et OCT)
ABCG2 (BCRP)
L’ancienne nomenclature est mise entre parenthèses; P-gp: P glycoprotein ; MRP2: multidrug resistance protein 2 ;
BCRP: Breast cancer resistance protein ; OATP: organic-anion-transporting polypeptide; OAT: organic anion transporter ;
OCT: organic cation transporter
D’après Hagenbuch & Stieger, Mol Aspects Med 2013

Expression au niveau des organes impliqués dans la PK (ADME)
Intestin Foie Rein BHE
D’après Giaccomini et al ; Nat Rev Drug Discov. 2010

Transport et métabolisme: effets complémentaires sur la réponse au traitement

Exemples
SLCO1B1 et myopathies sous statines

Exemples
ABCB1
réponse à la ciclosporine en greffe rénale
Réponse aux antipsychotiques / antiépileptiques
Polymorphisme génétique affectant la
pharmacodynamique des médicaments
Polymorphisme génétique des cibles pharmacologiques
Exemples
VKORC1 et Anti-vitamine K (AVK)
Récepteurs bêta 2-adrénergiqueset Salbutamol
Récepteur à la dopamine et clozapine

Pharmacogénétique des
immunosuppresseurs
PG des immunosuppresseurs
• MMTE
• Variabilité PK Solution pour ajudter?
Pathologies ?
Cinétique du tacrolimus chez des greffés du coeur

(Aumente-Rubio MD. Transplant Proc. 2003; 35(5):1988-1991)
PG des immunosuppresseurs
TPMT AZT
Woillard J-B, et al 2017

Pharmacogénétique du tacrolimus
Tacrolimus Métabolites inactifs

CYP3A5
Dose
requise >
Dose
requise <
CPIC: Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium
Phénotype Génotype Exemple de génotype Recommandation de

dose de tacrolimus
Métaboliseur extensif 2 allèles fonctionnels *1/*1 posologie
recommandée = 1.5
à 2 fois la posologie
Métaboliseur 1 allèle fonctionnel *1/*3, *1/*6, *1/*7
standard
intermediaire
Métaboliseur lent 2 allèles non *3/*3,*6/*6, *3/*6 posologie

fonctionnels …. recommandée =
posologie standard
CPIC: Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium

Affiner l’adaptation en se basant sur CYP3A4*22 ?
Woillard J-B, et al 2017

Cas particulier du CYP3A4*1B?
* Niveau de preuve faible par instance internationales
*Effet significatif rapporté par deux études cliniques en Tunisie
* Apparait dans les algorithmes d’adaptation de dose / modèles PK pop

Pertinence clinique ?
Selon PG
• Greffe rénale Dose standard

• Temps d’atteinte
de l’equilibre
réduit
Thervet E et al. Clin Pharmacol Ther.

Pertinence clinique ? La controverse
• Greffe rénale
• Temps d’atteinte
de l’equilibre
inchangé
Shuker et al.Am J Transplant 2016

Pertinence clinique ? La controverse
Pas de gain en en terme

de survie du greffon
Pharmacogénétique De l’AZT
Métabolisme-AZT
HGPRT : Hypoxanthine Guanine PhosphoRibosyl Transférase

TPMT : ThioPurine Méthyl Transférase
XO : Xanthine Oxydase
6 MMP: 6-Méthyl Mercaptopurine
0,3 % de la population : Pas d’activité de la TPMT

11% : activité diminuée
→ métabolisme de l’azathioprine est dévié vers la HGPRT

→ augmentation métabolites dont la 6-thioguanosine responsable de la
myélotoxicité
Plusieurs variants alléliques identifiées (diminution de l’activité)
TPMT*3A : le plus fréquent (5% Caucasiens):

Identifié par deux SNP: A154T etY240C
TPMT*3C
TPMT*3B
TPMT*8
La pharmacogénétique des
antiépileptiques
Le 13/10/2023
Par Dr. Sana BOUJAAFAR
Epilepsie : une pathologie adaptée à l’analyse
pharmacogénétique
(1) elle représente la plus fréquente des maladies neurologiques chroniques
graves
(2) il existe une grande variabilité inter-individuelle dans la réponse aux
antiépileptiques
(3) l’efficacité du traitement est quantifiable (fréquence des crises épileptiques)
(4) on dispose d’échelles validées pour la classification des crises épileptiques et
des effets secondaires .
UV de pharmacologie _Pharmacogénétique des

antiépileptiques
De point de vue clinique, les phénotypes les plus intéressants à étudier sont :
1- L’épilepsie réfractaire ou pharmacorésistance :
1/3 des patients épileptiques développent une épilepsie réfractaire, avec des crises
persistantes malgré l’essai de traitements différents et souvent multiples
2- Les effets indésirables des antiépileptiques

Même si les crises sont bien contrôlées, de nombreux patients souffrent d’effets
secondaires qui peuvent être graves et parfois fatals
3- La dose optimale des AEs : La dose optimale pour une molécule donnée est très
variable d’un patient à l’autre, et il est difficile de la prédire sur les seuls critères
cliniques

antiépileptiques
Epilepsie : une pathologie adaptée à l’analyse
pharmacogénétique
L’identification de facteurs génétiques qui influencent la réponse à ces
médicaments permettrait donc :
- De prédire la réponse individuelle à un stade précoce du traitement.
• un meilleur contrôle des crises
• une diminution des effets secondaires
• une meilleure qualité de vie pour les patients épileptiques.
- De plus, une meilleure compréhension de l’architecture génétique de la réponse
aux antiépileptiques → l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques

antiépileptiques
Etude des gènes candidats
1.Inhibition de la T
Glutamatergique
2. ++ Gabaergique
3. Blocage des
caneaux cationiques
Fig1 : Cibles pharmacologiques des AEs
Peu de corrélation entre le mécanisme

d’action et l’activité clinique anti-
convulsivante UV de pharmacologie _Pharmacogénétique des
antiépileptiques
Etude des gènes candidats
Dans le domaine de l’épilepsie, les principaux gènes candidats sont ceux qui codent
pour les protéines suivantes :
(1) les transporteurs d’antiépileptiques
(2) les enzymes impliqués dans le métabolisme de ces drogues
(3) les cibles thérapeutiques des antiépileptiques
(4) les protéines impliquées dans la pathogenèse de l’épilepsie
(5) les facteurs immunologiques suspectés de jouer un rôle dans les effets
secondaires des AEs

antiépileptiques
Etude des gènes candidats: ABCB1
Le gène ABCB1/MDR1 (ATP-binding cassette, sub-family B, member
1/multidrug resistance 1), représente le gène le plus étudié en
pharmacogénétique de l’épilepsie.
ABCB1 code pour la P-glycoprotéine (PGP), appartenant à la famille
des transporteurs protéiques MDR.
La PGP est exprimée au niveau de la barrière hémato-méningée

antiépileptiques
La plupart des AEs sont de faibles substrats de la P-gp au point
que l’expression constitutionnelle de cette protéine au niveau
de la BHE ne peut pas entraver leur passage d’une manière
cliniquement significative
Cependant, la surexpression acquise ou congénitale de la P-gp au
pourrait réduire leur niveau dans le cerveau conduisant à une
résistance .

antiépileptiques
Cette hypothèse est appuyée par les constations suivantes:
• L’expression de la P-gp est augmentée au niveau du tissu épileptogène chez les
rodents. Elle l’est encore plus chez les rodents résistants aux AEs (une constatation
également mise en évidence chez des patients épileptiques)
• Cette surexpression est associée avec de bas niveaux d’AEs au niveau du cerveau.
• La co-administration d’inhibiteurs sélectifs de la P-gp tel que le Tariquidar supprime
la résistance aux AEs.

antiépileptiques
Cette surexpression semble multifactorielle et pourrait être due en autre autres

aux :
• Des crises elles mêmes (via le récepteur NMDA ou l’activation de la COX2)
• Des variations génétiques au niveau du gène ABCB1
( C3435T,G2677T et C1236T)

antiépileptiques
Rôle
Au niveau de la littérature controversé !
- l’affinité variable de différents antiépileptiques pour la PGP

- certaines de ces molécules, comme l’acide valproïque, ne sont pas un substrat
de la PGP (bien que cet antiépileptique n’ait pas été exclu dans les études
d’association génétique).
- Différents groupes ont utilisé différentes définitions de l’épilepsie réfractaire,
compliquant l’interprétation des études de réplication et méta-analyses

antiépileptiques
Dans notre LR :
Détermination de la relation entre trois polymorphismes de ABCB1,
C3435T, G2677T et C1236T avec la réponse aux antiépileptiques tout en
considérant les facteurs non génétiques de la variabilité interindividuelle
de la réponse à ces traitements à savoir :
• Les caractéristiques de l’épilepsie (type de crises, étiologie et type

de syndrome)
• Les antécédents de traumatisme et d’AVC
• La fréquence des crises avant traitement
• Le nombre et la molécule antiépileptique utilisée
• L’observance
antiépileptiques
D’après nos résultats, les polymorphismes C3435T et G2677T de
ABCB1 semblent influencer la réponse aux AEs à l’état isolé ; cet
effet serait même synergique à l’état haplotypique
indépendamment des autres facteurs non génétiques précités.
• Contrairement à ces derniers, le polymorphisme C1236T ne
semble pas influencer la réponse aux AEs ni à l’état isolé ni à l’état
haplotypique.

antiépileptiques
D’après nos résultats, les polymorphismes C3435T et G2677T de
ABCB1 semblent influencer la réponse aux AEs à l’état isolé ; cet
effet serait même synergique à l’état haplotypique
indépendamment des autres facteurs non génétiques précités.
• Contrairement à ces derniers, le polymorphisme C1236T ne
semble pas influencer la réponse aux AEs ni à l’état isolé ni à l’état
haplotypique.

antiépileptiques
La pharmacogénétique des antiépileptiques : Science ou
Fiction?
Les méthodologies bio-informatiques et la technologie génétique ont beaucoup
progressé.
On constate donc une évolution vers le criblage du génome entier et le
séquençage de nouvelle génération. Il est donc probable que d’autres marqueurs
pharmacogénétiques en épilepsie soient identifiés dans un futur proche.
L’expérience nous montre, cependant, que l’application de la pharmacogénétique à

la clinique est souvent difficile et longue:
- Phénotype suffisamment fréquent ou grave
- Test facilement accessible, rapide et économique
- Cliniciens impliqués formés pour poser les indications et interpréter les résultats

antiépileptiques
Références :
Begley CE, Baker GA, Beghi E, et al. Cross-country measures for monitoring epilepsy care.
Epilepsia 2007 ; 48 : 990-1001
.
Reutens DC, Howell RA, Gebert KE, Berkovic SF. Validation of a questionnaire for clinical
seizure diagnosis. Epilepsia 1992 ; 33 : 1065-71.
Perucca P, Carter J, Vahle V, Gilliam FG. Adverse antiepileptic drug effects: toward a
clinically and neurobiologically relevant taxonomy. Neurology 2009 ; 72 : 1223-9.
Devinsky O. Patients with refractory seizures. N Engl J Med 1999 ; 340 : 1565-70.

antiépileptiques
Merci pour votre attention
Mieux traiter les SCA gràce aux gènes…
Pharmacogénétique
de l’acénocoumarol et des statines
Pr. Asma Omezzine

Chef de projet pharmacogénétique (LR12SP11)
FPHM, CHU Sahloul Sousse
Guidelines
Prévention secondaire des SCA

• systématique
• multirisque
• intensive
• médicalisée
« BASIC »
B pour bêtabloquant
A pour antiagrégants
S pour statine ;
I pour inhibiteur de l’enzyme de conversion (IEC)
C pour contrôle optimal des facteurs de risque
variabilité
Facteurs environnementaux
Médicaments
Alimentation
Tabac
Observance
Facteurs D A C Facteurs génétiques
Age Clopidogrel Pharmacocinetique

Sexe pharmacodynamie
IMC
AVK
Comorbidités Statines
Pharmacogénétique : les choix?
Fraction de la dose
métabolisée
0,1 0,5 1
élevée Polymorphisme étroite

Cliniquement
significatif
Marge
MAF thérapeutique
Polymorphisme
Cliniquement
Non-significatif
faible Large
S/S(EM) S/V v/v(PM)
Génotype
Pharmacogénétique des médicaments
cardiovasculaires
• Des polymorphismes (SNP) associés avec une
variabilité interindividuelle affectant les résultats
cliniques ont été identifiés.
• Chez les patients recevant
– des antiagrégants plaquettaires
– des anticoagulants oraux
– des statines
5
Acénocoumarol
6
Indication
- En dehors de la phase aiguë où l’on utilise les
héparines.
- Les AVK (Acénocoumarol /warfarine) sont sans
conteste les anticoagulants les plus prescrits
et les mieux évalués à travers le monde
- L’acénocoumarol reste très prescrits en Tunisie
7
En Tunisie, la consommation de l'acenocoumarol a augmenté au cours des
années en passant de 110863 boites vendues en 2006 à 432000 boites en
Evolution de la3).consommation de l’acénocoumarol
2015 (Figure
Figure 1: Evolution de la consommation d'acénocoumarol au cours des 10

dernières années
Index thérapeutique étroit
Sous-dosage
=
thrombus Surdosage
=
hémorragie
230 annotations 17 annotations
Excellent Candidat
Quels gènes ?
Les gènes
Pharmacocinétique
Pharmacodynamique
Pharmacocinétique
AVK Métabolites
inactifs
Le gène VKORC1
Chromosome 16p11.2 et comprend 3 exons
VKORC1 *2
rs9934438
Polymorphisme fréquent : 42 % en population caucasienne

15% en population africaine
16,3% notre étude
Activité transcriptionnelle   expression de l’enzyme VKORC1

Risque hémorragique accru
VKORC1 et résistance aux AVK
- Polymorphismes, plus rares régions codantes  une modification
structurale de l’enzyme  une diminution de sensibilité de la
cible  des posologies particulièrement importantes pour
atteindre les cibles d’INR fixée.
Le gène cytochrome
CYP2C9
Chromosome 10q24.2 neuf exons
• Séquence de référence cyp2c9*1
SNP CYP2C9*2 CYP2C9*3

Dénomination génétique rs1799853 (430C>T) rs1057910 (1075A>C)
Localisation du SNP Exon 3 Exon 7
Activité Diminution importante Diminution importante
Fréquence 12% (17,3) 7% (23,3)
1 % au moins 2 des allèles mutés

Métaboliseurs lents
hétérozygote pour un de ces allèles Métaboliseurs intermédiaires

Les indications d’un test de génotypage
VKORC1*2, CYP2C9*2 CYP2C9*3
Génotypage a priori
Prédiction d’un risque hémorragique
Détermination de la posologie optimale
Génotypage a posteriori
Explication d’un surdosage
Adapter la posologie
modifier la stratégie de suivi de l’INR (attendre plus)
Réduction posologique 20 à 90 % des doses standards ( les facteurs non génétiques ) Algorithmes !!
Mais génotypage inadaptée si Séquençage
résistance
Niveau actuel d’implémentation en routine clinique et
recommandations
• USA: Food and Drug Administration (FDA) recommande

fortement les génotypes CYP2C9 et VKORC1 et ont été
introduites dans les notices des spécialités contenant de la
warfarine
• Reconnaîssance de l’utilité en association avec des facteurs
non génétiques (algorithme) (AMM,EMA…)
• Sociétés savantes :
- le Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium
(CPIC) et le National Heart, Lung, and Blood Institute (NHLBI),
(recommandent avec niveau de preuve maximal : 1A)
- RNPGx (test conseillé)
- Tunisie??
Notre expérience
acénocoumarol
LR12SP11
20
Population d’étude
246 patients , Médecine interne et de cardiologie CHU Sahloul

.
Critères de non inclusion
• Les patients dont le contrôle de l’INR, au cours de la période
d'initiation du traitement, n'a pas été effectué au CHU Sahloul
• problèmes cognitifs ou des maladies de la coagulation
• Les femmes enceintes et les enfants.
22
Fiche de renseignement
Etude Alimentaire
Médicaments
Potentialisation de l’effet Diminution de l’effet AVK
des AVK
Absorption digestive Ralentisseurs de transit Antiacides, charbon activé,
cholestyramine, laxatifs
Liaison protéine-AVK Diminution liaison :
• AINS, salicylés, les sulfamides,
fibrates, Diflurex®‚ Daktarin®,
Nizoral®‚ statines
Catabolisme hépatique des Diminution : Augmentation :

AVK • cimétidine, allopurinol, barbituriques,
chloramphénicol, carbamazépine,
• Daktarin®‚Nizoral®‚ méprobamate
• phénytoïne, lagyl®, disulfirame rifampicine
• Griséofulvine
Synthèse des facteurs
K dépendants Diminution : Augmentation :
• amiodarone, quinidine, • œstrogènes,
quinine, AINS corticoïdes
Vitamine K Diminution synthèse Vitamine K per os et
intestinale alimentaire
• antibiotiques. • Vitamine K
Augmentation injectable
catabolisme
Suivi des patients
• Jusqu'à l'équilibre du traitement anticoagulant

par acénocoumarol.
• L'équilibre (INR à la zone thérapeutique (en

fonction de l'indication) à au moins 2
semaines d'intervalle.
26
Normalisation de la dose
• Un sous dosage étant défini par une valeur d'INR

au dessous des valeurs cibles.
• Un sur dosage par une valeur d'INR supérieure à

4.5, et qui peut être révélé par des signes
particuliers, qui ont été signalés dans la fiche de
renseignement, le cas échéant.
. 27
Polymorphismes étudiés
SNP VKORC1 VKORC1*2 VKORC1*3 VKORC1*4
Intron1
Dénomination Rs9934438 Rs9923231 Rs7294 Rs17708472
génétique 1173C>T -1639G>A 9041G>A 6009G>A
Localisation Région la région du région non Région
intronique promoteur traduite de intronique
intron 1 l'extrémité 3'. intron1
SNP CYP2C9*2 CYP2C9*3

Dénomination génétique rs1799853 (430C>T) rs1057910 (1075A>C)
Localisation du SNP Exon 3 Exon 7
Activité Diminution importante Diminution importante
CYP4F2
SNP CYP4F2
Dénomination rs2108622 (g.1347G>A)
génétique
Localisation du SNP Exon11
Acide aminé affecté Valine 433 Méthionine
29
Calumenin
chromosome 7
SNP CALU
Dénomination rs1043550 (c.29809 A>G)

génétique
Localisation du SNP 3’ UTR
30
Révélation de la PCR-RFLP du polymorphisme VKORC1*4
Fréquences alléliques
Polymorphismes Allele variant
CYP2C9*2 0,17
CYP2C9*3 0,23
VKORC1*2 0,53
Une distribution
VKORC1*3 0,32 voisine de celle
observée chez les
VKORC1*4 0,16 caucasiens
VKORC1*intron1 0,44
VKORC1*D36Y 0,12
CYP4F2 0,36
CALU 0,45
Distribution génotypique des polymorphismes
Polymorphisme Sauvage Hétérozygote Muté p Allèle
s variant
CYP2C9*2 169 69 (28%) 8 (3,3%) 0,769 0,173
(68,7%)
CYP2C9*3 150 (61%) 78 (31%) 18 (8%) 0,086 0,235
VKORC1*2 57 (23%) 117 (47%) 72 0,478 0,530
(30%)
VKORC1*3 113 (46%) 104 (42%) 29 0,501 0,330
(12%)
VKORC1*4 177 (63%) 59 (32%) 10 (5%) 0,083 0,210
VKORC1*intron 83 (34%) 109 (44%) 54 0,112 0,440
1 (22%)
CYP4F2 80 (32,5%) 109 (44%) 57 0,096 0,505
(23,5%)
Une distribution voisine de celle observée
CALU 103 (42%) 108 (44%) 35 0,439 0,360
chez les caucasiens
(14%)
Fréquences génotypiques
n (%) DN % de variation de DN (±ET) p
[min-max]
CYP2C9
*1/*1 1,15 [0,22-7,05]
*1/*2 0,95 [0,34-3,38] -17,3±0,61
*2/*2 0,59 [0,31-2,30] -48,6±0,65 0,013
*1/*3 0,81 [0,24-7,05] -29,5±0,86
*3/*3 0,57 [0,22-1,79] -50,4±0,48 0,008
*2/*3 0,71 [0,34-2,04] -38,2±0,50 0,005
VKORC1*2
GG 1,44 [0,22-7,03]
GA 1,11 [0,34-3,38] -22,9±0,80 0,013
AA 0,83 [0,31-2,30] -42,3±0,66
VKORC1*3
GG 0,99 [0,22-3,31]
GA 1,19 [0,34-7,05] +20,2±0,85 0,008
AA 1,23 [0,42-3,33] +24,2±0,74
VKORC1*4
CC 1,03 [0,22-3,38]
CT 1,22 [0,24-7,05] +18,4±1,02 0,016
TT 1,59 [0,45-3,33] +54,3±0,86
VKORC1* intron1
CC 1,48 [0,29-3,38]
CT 1,06 [0,36-7,05] -28,3±0,81 0,001
TT 0,89 [0,22-3,31] -39,8±0,59
CYP4F2
CC 0,99 [0,22-2,55]
CT 1,11 [0,24-3,38] +12,1±0,55 0,012
TT 1,29 [0,36-7,05] +30,0±0,98
CALU
AA 0,93 [0,24-2,86]
AG 1,20 [0,34-3,38] +29,0±0,67 0,002
GG 1,52 [0,22-7,05] +63,3±1,19
34
Relation polymorphisme et
hypersensibilité
Polymorphisme Génotype OR ajusté IC 95% P
CYP2C9*2 C/C 1 - 0,004
T/T+ T/C 0,282 [0,062-0,600]
CYP2C9*3 A/A 1 -
C/C + C/A 0.127 [0.043-0.057] <0,001
VK *2 G/G 1 -
A/A+ A/G 0,175 [0.05-0.63] 0.008
VKORC1 C/C 1 -
Intron 1 T/T+ T/C 0.109 [0.03-0.37] <0.001
D’=0,642, r2 =0,237
*Nécessité d’une diminution de la dose initiale
*Les porteurs des allèles variants présentent une

fréquence élevée de surdosage et d’instabilité du
traitement (P=0.14).
Relation des polymorphismes et
risque de résistance
Polymorphisme Génotype OR IC 95% P
VK*3 G/G 1 -
A/A + A/G 3,136 [1,22-8,18] 0.018
CYP4F2 C/C 1 -
T/T + T/C 3,12 [1,01-9,63] 0,047
CALU A/A 1 -
G/A + G/G 3,96 [1,41-11,09] 0.009
*nécessité d’augmenter la dose initiale pour

atteindre plus rapidement la valeur d’équilibre ou
de changer de molécule
*Les porteurs des allèles variants présentent un

risque thrombotique accru au début du traitement
Taux de contribution des différents facteurs dans
l’équilibre de dose
Paramètres R2 (%) R2 cumulatif (%)
Age (années) 15
Poids (Kg) 2.2 18.7*
Antibiotiques 1.5
CYP2C9*3 5
VK*3 4.5
48.1**
VK*4 3.5 17,2
VK* intron1 9.2
Calumenin 3.5
CYP4F2 3.7
• *alg Clinique
•** alg pharmacogénétique
Algorithme pharmacogénétique
• une cohorte de dérivation 80% prise au
hasard (Etablir)
• et une cohorte les 20% restants (valider)
Dose moyenne prédite par l'algorithme =
3.680 - (0.036*âge) + 0.014*poids+0.633*antibiotiques
- (0.428*CYP2C9*3) + (0.437*VK*3)+(0.507*VK*4)- (0.711*VKIntron1) +
(0.634*Calumenin ) + (0.582*CYP4F2).
On multiplie par :
 0: si sauvage,
 1:si hétérozygote
 2: si muté
Intérêt d’un algorithme pharmacogénétique
de prédiction de dose
Différence de dose avec la

P*
dose d'équilibre
Dose initiale donnée par les

0.77±1.75 0.003
cliniciens
Dose prédite par

0.12±0.78 0.578
l'algorithme clinique
Dose prédite par

l'algorithme -0.049±0.58 0.658
pharmacogénétique
Application en routine clinique
Génotypage a postériori
Application en routine clinique
Génotypageà priori (ou aide à une adaptation posologique)

La suite de l’expérience ….
Validation de l’algorithme
- Cardiologie A et B Chu Fattouma Bourguiba
- Algérie (Faculté de médecine Ferhat Abbes De Sétif )
Moyens techniques
Implication dans les pratiques cliniques…
42
Les Statines
44
Statines
Inhibition de la HMG-CoA réductase
↓ biosynthèse du
Effets pléiotropes
cholestérol
 Effets indésirables:
- Toxicité musculaire
Pharmacocinétique
- Administration sous forme active = cycle ouvert pour la plupart

des statines
- Absorption intestinale: 30-85%
- Biodisponibilité orale: 5-30%
- Principaux transporteurs cellulaires :
• Transporteur d’afflux: OATP1B1
• Transporteur d’efflux: ABCB1 = Glycoprotéine P
Métabolisme: Cytochrome P450 +++
• Cyp 3A4
Myopathies sous statines
ACC / AHA / NHLBI
Rhabdomyolyse
Myosite
Symptômes musculaires avec
augmentation marquée de la
Myalgie Symptômes
CK > à 10 fois la limite
supérieure normale avec
musculaires
élévation de la créatinine
avec
Douleur ou faiblesse augmentation
musculaire sans de la CK
augmentation de la
CK (Créatine Kinase)
47
Physiopathologie
Inhibition de la ↓ cholestérol
↓ Intermédiaires de
HMG-CoA synthèse: protéines APOPTOSE
réductase prénylées, dolichols de la cellule
musculaire
Dysfonction mitochrondriale: ↑ activité

du « Mitochondrial membrane Hyperexcitabilité
Permeability Transition pore » = MPT
membranaire
↑ calcium intracellulaire
Facteurs endogènes
- Age avancé (>80 ans), sexe féminin
- IMC (Indice de Masse Corporelle) bas
Facteurs de risque - Antécédents de douleur
musculaire/tendineuse/articulaire préexistante ou non
expliquée, de myopathie, d’augmentation de CPK
- Hypothyroidie, insuffisance rénale sévère
- Polymorphismes génétiques (Isoenzymes du CYP,
variants du gène SLCO1B1)
Facteurs exogènes
- Molécule utilisée, dosage élevée de statine
- Abus d’alcool, usage illicite de drogue
- Médicaments interagissant avec les statines (fibrates,
amiodarone, vérapamil…)
Gène
SLCO1B1
Gène SLCO1B1
Polymorphismes étudiés
- 108,59 kb
- rs2306283 = SNP388A>G
- 14 exons codants et un exon non
- rs4149056 = SNP 521T>C
codant
- rs4149015 = SNP 11187G>A
- bras court du chromosome 12
Transporteur OATP1B1
- exprimé de façon prédominante sur la membrane basolatérale des
hépatocytes
- rôle majeur dans l’afflux hépatique et la clairance de nombreux substrats
endogènes et exogènes
Figure: Représentation schématique du gène SLCO1B1 avec les 3 SNP
étudiés*
SNP 388A>G SNP 521T>C SNP 11187G>A
Haplotypes
SLCO1B1*1a
SLCO1B1*17
(sauvage)
SLCO1B1*1b SLCO1B1*15
SLCO1B1*5
181 patients admis au niveau du service de Cardiologie de

l’hôpital universitaire Sahloul, à Sousse
Critères d’exclusion
- Rhumatisme
Critère d’inclusion - antécédents de douleurs
Traitement par statine pour musculaires
la première fois - insuffisance rénale
- hypothyroidie.
• Protocole de recrutement et de suivi
• J-0 : Jour d’hospitalisation : 1ère prise de • S-2 et S-16 : suivi après 2 et 16

statines semaines
• Interrogatoire du malade : • Interrogatoire standardisé et examen
→ Données démographiques physique :
→ «Avez-vous connu des problèmes
→ Mode de vie musculaires depuis votre dernière
→ Antécédents personnels et familiaux de visite? »
MCV → Description clinique: Douleurs, crampes
→ Évaluation de l’activité physique musculaires, fatigabilité excessive.
→ La statine prescrite, dosage, posologie, Siège. Intensité et fréquence des
douleurs
date d’instauration
→ Délai d’apparition
→ Facteurs de risque : Hypothyroidie, IR,
→ Éventuelles prises médicamenteuses
IH, traitements concomitants
→ Le devenir du traitement : observance,
❑ Prélèvement arrêt, substitution
→ Tube EDTA : génotypage ❑ Prélèvement
→ Tube sec : dosage de l’activité CPK (t0) → Tube sec : dosage de l’activité des CPK
(S2 et S16)
❖ Fréquences génotypiques e haplotypiques
Haplotype SNP 388A>G SNP 521 T>C SNP

11187G>A
*1a A T G *1a
9%
28%
*1b G T G *1b 22%
*5 A C G *5
39%
2%
*15
*15 G C G
*17
*17 G C A
Génotype 388A>G ORa ICa pa
Allèle Allèle 521C
AA 1 - -
388G Allèle 11187G
AG ou GG 0,210 [0,05-0,883] 0,033
Génotype 521T>C ORa ICa pa

TT 1 - -
TC 2,67 [1,127-9,819] 0,039
Génotype 11187G>A ORa ICa pa
GG 1 - -
GA ou AA 6,69 [1,693-26,376] 0,007
Haplotype ORa ICa pa

*1a 1 - - *5
*1a *1b 0,48 0,02-6,3 0,425 *15
*1b *17
*15 1,3 [0,82-11,3] 0,603
*17 2,1 [1,04-4,42] 0,048
Allèle muté 388G: protecteur ↑ expression hépatique OATP1B1

↓ activité
Allèle muté 521C: délétère ↓ trafic intracellulaire du transporteur hépatique transporteur
OATP1B1
Allèle muté 11187A: délétère ↓expression du gène SLCO1B1
❖ Haplotypes protecteurs VS haplotypes à risque
Haplotype ORa ICa pa

*1a Protecteur 1 - -
*1b
(*1a, *1b)
*5 A risque 3,092 [1,049-23,3] 0,047

*15 (*5, *15, *17)
*17
Effet des variants génétiques SLCO1B1 selon la statine prescrite
SNP 388A>G
Statine ORa* 95%ICa pa
Atorvastatine 0,485 [1,122-1,917] 0,047
Rosuvastatine 0,818 [0,619-1,081] 0,157
SNP 521T>C
Atorvastatine 2,143 [1,043-8,461] 0,049
Rosuvastatine 1,4 [0,876-2,237] 0,060
SNP 11187G>A
Atorvastatine 5,4 [1,3-22,275] 0,015
Rosuvastatine 1,25 [0,917-1,704] 0,128
Haplotypes protecteurs VS haplotypes à risque

Statine OR 95%IC p
Atorvastatine 6,25 [0,99-39,09] 0.036
Rosuvastatine 1,32 [0,825-1,2] 0,201
Effet des variants génétiques SLCO1B1 selon la statine prescrite
Caractère hydrophile/lipophile de la molécule

- Caractère hydrophile de la rosuvastatine ➔hépato-sélectivité / atorvastatine
Notion de dose équivalente

Dose de rosuvastatine ≡ 3-3,5 fois cette dose en atorvastatine
➔moindre exposition systémique avec la rosuvastatine
Implication des différents transporteurs OATP dans l’afflux de la statine

-Atorvastatine:OATP1B1 et 2B1
-Rosuvastatine: OATP1A2, 2B1, 1B3 et 1B1
Recommandation préliminaire:
*5
*1a *15
*1b *17
- Atorvastatine à faible dose ou mieux

Aucune précaution n’est nécessaire - Rosuvastatine
Haplotype SNP 388A>G SNP 521 T>C SNP 11187G>A
*1a A T G
*1b G T G
*5 A C G
*15 G C G
*17 G C A
✓ SNP 521T>C
61
paramètre LDL-c TG ApoB HDL-c nonHDL
cible <1.4 mmol/L <1.7mmol/L <0.8g/L >1.09mmol/L :H <2.6mmol/L

>1.13mmol/L :F
62
En direct de l'ESC Congress 2019
(recommandations classe I)
« si les objectifs thérapeutiques sont non atteints

avec la dose maximale tolérée de statine,
l’association avec l’ézétimibe est recommandée.
Concernant le traitement hypolipémiant, chez les
patients à très haut risque CV qui n'atteignent pas
leurs objectifs avec une dose maximale tolérée de
statine et d'ézétimibe, l'association avec un
inhibiteur de PCSK9 est recommandée »
Pharmacogénétique des statines
Efficacité
LR12SP11
SLCO1B1 ABCB1 CYP3A4 CETP
✓ SNP 388A>G ✓ SNP 2677G>T/A ✓ CYP3A4*1B ✓ SNPTaqIB

✓ SNP 521T>C ✓ SNP 3435C>T ✓ CYP3A4*22
✓ SNP 11187G>A ✓ SNP 1236C>T
181 patients admis au niveau du service de Cardiologie de

l’hôpital universitaire Sahloul, à Sousse
Critères d’exclusion
- Rhumatisme
Critère d’inclusion - antécédents de douleurs
Traitement par statine pour musculaires
la première fois - insuffisance rénale
- hypothyroidie.
Recueil des données
66
Prélèvements biologiques
Au recrutement A 4 mois
Extraction d’ADN
Génotypage
Bilan lipidique Bilan lipidique
67
Evaluation de la réponse
Bons répondeurs
30%
Pourcentage de variation LDL-C
100*(LDLC0-LDLC4mois)/LDLC0 Mauvais répondeurs
<30%
Atteinte de la cible
Concentration des paramètres (ESC2019)
lipidiques a 4 mois
La non atteinte de la cible
(ESC2019)
68
ABCB1 3435C>T
Bons Répondeurs Mauvais répondeurs
Génotype P*
n(%) n(%)
CC n=48 12 (25) 36 (75)
CT n=32 13 (40.6) 19 (59.4) <0.001

TT n=22 14 (63.6) 8 (36.4)
OR* = 0.65 95 % IC [0.19-0.96] p=0,042
2 x plus de 
CC  statines en Efficacité
protéine d’efflux des
intracellulaire
la P-gp statines
69
CYP3A4*1B
Génotype
Bons Répondeurs Mauvais répondeurs P*
n(%) n(%)
CC n=4 2 (50) 2 (50)
CT n=40 17 (42.5) 23 (57.5) 0.029
TT n=56 21 (37.5) 35 (62.5)
OR* = 2,6 95 % IC [1,21-7,15] p=0,028
Efficacité
activité  Catabolisme des
TT
du CYP3A4 des statines statines
70
CETP TaqIB
Mauvais répondeurs
Génotype Bons Répondeurs n(%) P*
n(%)
GG n=56 34 (60.7) 22 (59.3)
AG n=32 7 (21.9) 25 (78.1) <0.001
AA n=10 2 (20) 8 (80)
Non atteinte de cible HDL
OR* = 4,2 95 % IC [1,31-37,5] p=0,041
Par DL avec des

L’allele
variant A
activité de
CETP
de HDL-c polymorphises
TaqIB fonctionnels ??
71
Recommandation préliminaires:
ABCB1 CYP3A4
SNP 3435C>T CYP3A4*1B
CETP
SNPTaqIB
Allèle variant T CYP3A4 *1B Allèle variant T

Allèle variant A TaqIB CETP 3435 ABCB1
Mauvaise réponse Bonne réponse
SLCO1B1 SLCO1B1
*1a *5 *5
*1a
*1b *15 *15
*17 *1b
*17
Aucune  la dose
Associer précaution n’est sans risque
 La dose
- Ezitimibe Sinon nécessaire d’inefficacité
inhibiteurs de PCSK9
La pharmacogénétique
du 5-Fluorouracile
Asma Omezzine Pharm.D, PhD
PHU en Biochimie
FPHM, CHU Sahloul Sousse
LR12SP11
Le 5-Fluorouracile
Découverte
Synthétisé en 1957 par Heidelberg
5
FU
Le 5-Fluorouracile
Découverte
Indication
La chimiothérapie la plus prescrite
cancers digestifs++, sein, ORL
5
FU
Le 5-Fluorouracile
Découverte
Indication
5
Classe
anti-métabolites de type anti-pyrimidique
FU
Le 5-Fluorouracile
Découverte
Indication
5
Classe
FU
Administration
5-FU ou prodrogue capécitabine
Le 5-Fluorouracile
Découverte
Indication
5
Classe
FU
Administration
5-FU ou prodrogue capécitabine
Mono ou poly chimiothérapie

+Oxaliplatin(FOLFOX)
+ Irinotecan (FOLFIRI)
Le 5-Fluorouracile : Métabolisme
Le 5-Fluorouracile :Toxicité
Hématotoxicité
Neutropénie, anémie,
thrombopénie
Toxicité digestive
Diarrhées, vomissements,
SMP constipation
Toxicité
du 5-FU
Toxicité hépatique
Mucites
Toxicité cardiaque
Toxicité rénale
• Toxicités sévères (grade 3-4) chez 1

patient sur 5 (hémato et digestive )
(10–40 %)
• Décès toxiques (entre 1 patient sur

100 et 1 patient sur 1000).
(0,2 à 0,8%)
• Antidote (Uridinetriacétate) 50 000 €!!
(MAGIC JCO 1998; Gremet al. Invest New Drug 2000; Tsalicet al. Am J ClinOncol2003)
Variabilité de survenue
Pharmacogénétique du 5 FU
DPYD et 5-FU
DPYD et 5-FU
➢ Seule une faible fraction du 5-

FU est anabolisée en dérivés
cytotoxiques dans les tissus, car
la majorité de la drogue (80 %
à 85 %) est catabolisée par la
DPD
DPYD et 5-FU
• localisé sur le chromosome 1p22 : 23 exons.

• La protéine DPD est constituée de 2 sous-unités identiques
(homodimère) de 1025 acides aminés chacun, et comporte
plusieurs motifs structuraux fonctionnels.
• Les bases pyrimidiques (thymine et uracile) sont ses
substrats naturels avec une affinité supérieure pour le 5-FU.
Déficit en DPD peut être :

- partiel (3 à 5 % des patients)
- total (entre 0,01 % et 0,5 % des patients).
Déficit en DPD responsable de:
- Toxicités précoces: deux premiers cycles++
- Décès toxiques en cas de déficit complet par

défaillance multiviscérale
DEFCIT EN DPD: une histoire qui date de 37 ans!!
DEFCIT EN DPD: recommandations ??
Avril 2018
DEFCIT EN DPD: recommandations ??
Uracilémie
≥ 150 ng/ml ≥ entre 16 et 150 ng/ml
Déficit complet Déficit partiel
5FU contre indiqué

Dose initiale à adapter après discussion
(utiliser Raltitrexed, Trifluridine clinico-biologique/RCP
tipiracile? (Lonsurf))
Avril 2019: Administration 5-FU ou capécitabine
AVANT LA PRESCRIPTION
• DOSAGE URACILEMIE demandé par le médecin
LA PRESCRIPTION doit mentionner

• « Résultats uracilémie pris en compte »
APRÈS LA PRESCRIPTION
• Le pharmacien s’assure de la présence de
cette mention avant toute dispensation.
Approche combinée
• Phénotypage :l'uracile plasmatique (U) (éventuellement
complété par le rapport dihydrouracil/U)
• Associer le génotypage (*2A, *13, p.D949V et HapB3)
• Réduire si nécessaire la posologie dès la première cure
(puis adapter selon tolérance)
Recommandations PharmGKB
92
DPYD
Plusieurs variants … rs3918290 (IVS14+1G>A )
Dose standard
25 à 50% posologie
Eviter
Thymidilate synthase (TYMS)
TYMS et 5-FU
• TYMS situé sur le chromosome 18p11.32, est

composé de sept exons.
• Code pour TS une protéine folate-dépendantes
impliquées dans la synthèse de novo de la
pyrimidine avec des rôles importants dans la
synthèse d’ADN et la réparation et par
conséquent, dans la réplication cellulaire.
TYMS et 5-FU
Le 5-FdUMP inhibe la TS qui ne peut plus jouer son rôle de

synthèse de thymidine à partir du désoxyuridine
monophosphate (dUMP). L’inhibition de la synthèse
endogène de la thymidine représente la principale voie de
cytotoxicité du 5-FU.
Polymorphisme Description
5’UTR VNTR 28pb VNTR de 28-bpde la TYMS situé dans la région 5'-
UTR au niveau du site activateur du promoteur TYMS
5’UTR TSER*3 G>C Situé dans la deuxième répétition de l’allèle 3R qui

modifie la séquence E-box.
3’UTR 6pb ins/del Insertion-délétion de 6 pb du gène TYMS 3’UTR
modulent l’expression du gène à un niveau post
transcriptionnel
MTHFR et 5-FU
MTHFR et 5-FU
Notre expérience
LR12SP11
Biologie moléculaire appliquée aux maladies neurologiques et
cardiovasculaires aux néphropathies et à la pharmacogénétique
104
Notre objectif
Etude de l’association des polymorphismes de

DPYD, TYMS, MTHFR avec la survenue de toxicité
sous 5 FU chez une population tunisienne
Patients et Méthodes
Population d’étude Centres de recrutement
Patients atteints d’un Services de carcinologie

cancer traités par 5-FU CHU Farhat Hached – Sousse
CHU Salah Azaiez-Tunis
Critères d’inclusion des patients

• Age >18ans
• cancer documenté par anatomopathologie
• chimiothérapie à base de 5-FU
• Consentement éclairé
Périodes de l’étude Comités d’éthiques

2017-2020 autorisations
2019-2021
Renseignements cliniques
Etude Phénotypique Etude génétique

HPLC (service de biophysique) PCR-RFLP
Faculté de médecine de sousse PCR directe
DPYD TYMS
rs3918290 (IVS14+1G>A )*2 rs34743033 (5’-UTR)
rs1801265 (85T>C) rs2853542 (VNTR G>C)
rs2297595 (496A>G) rs34489327 (3’-UTR)
rs1801158 (1601G>A)
MTHFR
rs55886062 (1679T>G)*13
rs56276561(483+18G>A ) rs1801133 (677C>T)
rs67376798 (2846 A>T)
Résultats
Caractéristiques des patients
Service de médecine oncologique à l’institut Salah Azaeiz : 110 patients
Service de carcinologie du CHU Farhat Hached : 85 patients
Sex ratio 1,16 : 105 hommes /90 femmes
Age : 56,5 ± 12,4 |23-84] ans
cavum larynx pancréas

7% 2% 1%
estomac
7%
sein
14%
Colorectal
69%
Localisations des cancers

Répartition et sévérité de la toxicité
Répartition des différentes toxicités
dans la population d’étude
Données
60% 56,7% non
Sévère
48,3% précisées
50% 18%
8%
41,7%40,7%
40%
26,7% Absence
30%
25%
20% 16,7%
11,1%10,0%
10% 5,0% 5,0% 3,3%
1,7%
0% Modérée
49%
Sévérité de la toxicité
Influence des paramètres non génétiques sur
la toxicité
Age Localisation de la tumeur
Diabète Métastases
Toxicité
Tabagisme Régime du traitement
Add Contents Title

Tout facteur avecimpress
You can simply p < your
0,25 a été
audience andretenu comme facteur confondant potentiel pour les ajustements de
add a unique zing and appeal to your
Presentations. l’étude génétique
Polymorphismes de DPYD
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
TT CT CC AA AG GG TT TG GG GG GA AA GG GA AA AA AT TT GG GA AA AA AT TT
rs1801265 rs2297595 rs55886062 rs1801158 rs56276561 rs1801158 rs3918290 rs67376798
rs1801158 (1601G>A) rs56276561(483+18G>A )
OR 95% IC P OR 95% IC P
Diarrhée 0,539 0,302-0961 0,042 0,464 0,398-0,540 0,001
vomissemets 0,544 0,296-0,99 0,046 0,672 0,609-0,742 0,033
Constipation 0,341 0,181-0,644 0,001 0,604 0,191-0,910 0,001
Dysphagie 0,212 0,108-0,417 <0,001 0,686 0,146-0,810 0,001
Epigastralgie 0,603 0,524-0,695 <0,001 0,74 0,680-0,804 0,024

Hématotoxicité 0,778 0,708-0,854 <0,001 0,854 0,806-0,906 0,036
Toxicité rénale 0,293 0,153-0,564 <0,001 0,791 0,083-0,973 0,001
Toxicité cardiaque 0,298 0,153-0,579 <0,001 18,429 2,284-148,671 <0,001
Toxicité hépatique 0,256 0,130-0,505 <0,001 18 2,232-145,188 0,001
Neuropathie 0,596 0,334-1,065 0,102 0,583 0,518-0,657 0,007

Anorexie 0,563 0,483-0,657 <0,001 0,714 0,652-0,780 0,035
Allergie 0,382 0,207-0,704 0,002 14,04 1,743-113,085 0,002
Muscite 0,259 0,141-0,478 <0,001 0,464 0,398-0,54 0,001
Sd mains pieds 0,18 0,087-0,374 <0,001 18,429 2,284-148,671 <0,001

Risque de plus de 6 toxicité
OR ajusté 95% IC P
rs1801158 GA ou AA 1 -
(1601G>A) GG 3,55 1,76-7,11 <0,001
OR ajusté 95% IC P
rs56276561 GA ou AA 1 -
(483+18G>A) 0,133
GG 5,55 0,566-14,4
Risque de toxicité sévère
(grade 3 ou 4)
OR ajusté 95% IC P
rs1801158 GA ou AA 1 -
(1601G>A) GG 1,6 1,15-2,25 <0,005
rs1801158 (1601G>A)
Polymorphismes
100
90
Fréquences génotypiques (%)
80
70
60 54,4
50 41,7 43,2
38,2 37,5
40
29,2 29,2
30
19,3
20
7,4
10
0
2R2R 2R3R 3R3R GG GC CC ins/ins ins/del del/del
rs34743033 5’-UTR rs2853542 (VNTR G>C) Rs34489327 (3’-UTR)
Aucune Association significative

Polymorphisme de MTHFR
rs1801133 (677C>T)
100
Fréquences génotypiques n(%)
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
CC CT TT
MTHFR677 C>T
rs1801133 (677C>T)
OR 95% IC P
Diarrhée 0,617 0,337-1,132 0,128
vomissemets 0,711 0,364-1,389 0,408
Constipation 0,439 0,238-0,810 0,011
Dysphagie 0,337 0,181-0,626 0,001
Epigastralgie 2,869 1,472-5,591 0,002
Hématotoxicité 1,34 0,579-3,101 0,511
Toxicité rénale 0,515 0,271-0,924 0,028
Toxicité cardiaque 0,438 0,236-0,813 0,01
Toxicité hépatique 0,372 0,2-0,691 0,002
Neuropathie 0,892 0,481-1,654 0,756
Anorexie 2,062 1,076-3,952 0,038
Allergie 0,641 0,350-1,176 0,164
Muscite 0,418 0,225-0,777 0,006
Sd mains pieds 0,397 0,213-0,737 0,004
rs1801133 (677C>T)
Risque de plus de 6 toxicité
OR ajusté 95% IC P
C677T CT ou TT 1 -
MTHFR CC 2,55 1,21-4,23 <0,001
rs1801133 (677C>T)
Risque de toxicité sévère

(grade 3 ou 4)
OR ajusté 95% IC P
C677T CT ou TT 1 -
MTHFR CC 5,47 1,01-18,87, 0,048
Calcul de scores de risque de toxicité
Modèle de régression
logistique binaire
Score = 100x 1/1+e-(b0+b1x1+b2x2+….+bnxn)
Score de risque de plus que 6 toxicités =
100*1/1+e -(-2.744-0.199*C677T MTHFR-0.242 *DPYD G1601A +0.179*type de cancer +0.026*âge)

CC ou GG:0; CT/TT ou GA/AA:1, type de cancer : 1 à 6
Sore : 20,46 ± 7.44 [7-49]

Courbe Roc
score de risque de plus que 6 toxicités
AUC = 0,623 . P=0,038
Cutoff =17,2
phénotypage
70 % Sensibilité 77.4%
18,.5% Spécificité 45.5%
26.6% VPP 26.3%
71.4% VPN 88.8%

Modèle de régression
logistique binaire
Score = 100x 1/1+e-(b0+b1x1+b2x2+….+bnxn)
Score de toxicité sévère (grade 3 ou4)=
100*1/1+e -(3.657+1,641*C677T MTHFR+19,27.242 *DPYD G1601A -0.1957*type de cancer)

CC ou GG:0; CT/TT ou GA/AA:1, type de cancer : 1 à 6
Sore : 83,26 ± 26.87 [5,74-100]

Courbe Roc
score de risque de toxicités grade 3 ou 4
AUC = 0,954 . P=0,001
Cutoff =67,63
phénotypage
33,3 % Sensibilité 93.3%
20% Spécificité 87.5%
50% VPP 96.5%
11.1% VPN 77.7%
« Take home messages »
Le 5-FU est la chimiothérapie la plus prescrite
Etroite marge thérapeutique
Toxicité importante avec variabilité interindividuelle+++
Elle doit absolument être prédite avant l’instauration du

traitement (phénotypage ou génotypage)
Pharmacogénétique à instaurer prioritairement +++

Tenir compte des spécificités de la population tunisienne
- rs3918290 (IVS14+1G>A ) très rare voir absent
- rs1801158 1601G>A (rs56276561 483+18G>A ) et
C677T MTHFR :les SNPs les plus impliqués dans les
toxicité sous 5FU et sa sévérité dans notre population
Le score de risque génétique er non génétique (à valider)
semble prometteur et à usage facile par le clinicien :
Sensibilité et spécificité meilleures que le phénotypage de
DPYD
Perspectives
Recommandations Tunisiennes
Les pratiques cliniques!!
Meilleurs moyens techniques
Intelligence artificielle
CONCLUSION
Ces applications pharmacogénétiques sont
significatives
Impact pharmaco-économique
Les pratiques cliniques!!
Meilleures moyens techniques
La pharmacogénétique des autres médicament :

l'aspirine, les bêtabloquants, les inhibiteurs de l'enzyme de conversion,
les anticoagulants oraux à action directe
CONCLUSION
Carte GENETIQUE et Algorithmes
Pour une ordonnance personnalisée
Efficacité; tolérance et Pharmacoéconomie

Pharmacogénétique
Choix amorces, enzymes de restriction…

Choix des polymorphismes
• Bibliographie/ recommandations
• PharmGkb
• Ensembl.org
– Fréquence (MAF)
– Conséquences fonctionnelles
Ensembl.org
Choix des amorces
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/S
NP/
C G A T Codes des substitutions
• http://www.bioinformatics.nl/cgi-
bin/primer3plus/primer3plus.cgi
• http://www.restrictionmapper.org/
26
29
Révélation de la PCR-RFLP du polymorphisme VKORC1*4
Les variantes de la PCR
L’ allèle spécifique PCR

Séquence à amplifier
Amorce commune Amorce commune

+ +
amorce s’hybridant à amorce s’hybridant à
l’allèle normal l’allèle muté
Normal
hétérozygote
Muté
AC CCCCTCCTCC TGCCATACCC
R
CACATGACAA TGGACCAAAT GTGCCACACG
CTCGCTCTTT TTTACACCCA GTGCCTCTGA
CTCTGTCCCC ATGGGCTGGT CTCCAAAGCT
CTTTCCATTG CCCAGGGAGG GAAGGTTCTG
AGCAATAAAG TTTCTTAGAT CAATCAGCCA
AGTCTGAACC ATGTGTCTGC CATGGACTGT
GGTGCTGGGC CTCCCTCGGT GTTGCCTTCT
TTCAGACTTGGCTGATTGATCT

Pharmacogénétique

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Introduction à la

Dr. Dorra Amor

1. Décrire des bases théoriques de la pharmacogénétique.

2. Décrire l’effet des variations génétiques sur la réponse clinique aux

Branche de la pharmacologie concernée par l’étude de l’influence de la

PGx : International definition

“The study of variations in DNA sequence as related to drug response.” 1,2

«Applicable to activities such as drug discovery, drug development, and clinical

« Etude du lien entre certaines caractéristiques génétiques

« the study of variations of DNA and RNA characteristics as related to drug

1EMA : European Medecines Agency ICH Topic E15;

Dans quel but ?

✓Développer des tests simples permettant d’identifier les

✓Adapter la thérapeutique (dose et/ou nature du

510 B.C.: Pythagoras:

1960: “Favasim” was attributed to Glucose-6-Phosphate

1960: Premiers exemples historiques:

1977: Polymorphisme génétique d’oxydation de la

1980: progrès de la biologie moléculaire

La variabilité dans la réponse aux médicaments

• Elle est observée depuis toujours

Niveau de •Enzymes du métabolisme •Cible pharmacologique : récepteur, protéine de transduction…

Biologie Polymorphisme génétique ?

Biologie Polymorphisme génétique ?

CPIC : consortium international pour l’implémentation clinique

• Les drug label recommandations (RCP)

Deux test obligatoires (RCP)

INDICATION : « Avant de débuter un traitement contenant de l'abacavir, le

INDICATION : « Cerdelga est indiqué pour le traitement à long terme des

Biologie Polymorphisme génétique ?

•Génétique: variation dans la séquence

•Explique individus aux

Jaguar commun. Jaguar noir Métaboliseur

1/ General : Human Genetic Variation Society nomenclature

Exp: ABCB1 3435 C>T or ABCB1 C3435 T

2/ Commonly in PGx: star nomenclature

Allelic nomenclature; *1: reference, *2 and further: variations

3/ Reaserch /databeses usuful nomenclature: rsID number (rs or RefSNP)

Exp: rs776746 (= CYP3A5*3 )

ABCB1 3435 CC CYP3A5*1/*3

Enzymes sujettes à une variabilité d’expression suite à un polymorphisme génétique

- Variabilité de réponse + neurotoxicité

- Inactivation par acétylation par la N acétyltransférase 2 (NAT2)

• Etude de la capacité d’acétylation:

Concentrations plasmatiques d’isoniazide mesurées 6 heures après

•Polymorphismes génétiques => variations d’expression ou d’activité des enzymes du métabolisme

• CYP450: Enzymes très polymorphes

• Différents variants alléliques noté par « * »

Exemples de médicaments substrats de CYP450 dont le

Debrisoquine CYP2D6 4 OH- debrisoquine

Nortriptyline CYP2D6 Métabolites inactifs

Exemple de génotype *1/*1xN *1/*1 *1/*4 *4/*4

Relation entre phénotype, concentration plasmatique et effet clinique .

D’après C. F. Samer and al Rev Med Suisse 2004

Classification des transporteurs membranaires: deux grandes superfamilles:

Superfamille ABC (ATP Binding Cassette ) SLC (Solute Carrier )

SLC : Solute Carrier : influx , parfois efflux, actif ou passif

D’après Hagenbuch & Stieger, Mol Aspects Med 2013

Intestin Foie Rein BHE

D’après Giaccomini et al ; Nat Rev Drug Discov. 2010

Transport et métabolisme: effets complémentaires sur la réponse au traitement

SLCO1B1 et myopathies sous statines

VKORC1 et Anti-vitamine K (AVK)

Récepteurs bêta 2-adrénergiqueset Salbutamol

Allelic nomenclature; 1: reference, 2 and further: variations

ABCB1 3435 CC CYP3A51/3

Exemple de génotype 1/1xN 1/1 1/4 4/4

Métaboliseur lent 2 allèles non 3/3,6/6, 3/6 posologie