Mtabolites secondaires

Ref. Buchanan, Cap. 24

Les mtabolites secondaires (ou produits naturels des plantes)

Les mtabolites secondaires:
-Ils sont des molcules qui ne participent pas directement au dveloppement
des plantes mais plutt interviennent dans les relations avec les stress
biotiques, abiotiques ou amliorent lefficacit de reproduction.
-Ils sont diffrents dans les diffrentes espces
Au contraire les mtabolites primaires:
-ils ont un rle essentiel pour le mtabolisme et le dveloppement vgtal
-se retrouvent dans toutes les espces

La diffrence entre le deux catgories peut tre trs petite ou arbitraire (dpends
du niveau de connaissance)

Fonction des mtabolites secondaires

Il ont des fonctions trs diffrents, exemples:
-Protection de lattaque des pathognes ou des
herbivores (menthe par exemple)

-Attraction des pollinisateurs

-Ils participent des rponses alllopathiques

(comptition entre les plantes pour la
germination et croissance)
-Ils sont des molcules qui sont aussi trs utiles pour lhomme,
comme colorants, armes, antibiotiques, herbicides, drogues etc.

Rponses alllopathiques
Lalllopathie est l'ensemble des interactions biochimiques directes ou
indirectes, positives ou ngatives, dune plante sur une autre (microorganismes inclus) au moyen de mtabolites secondaires tels les acides
phnoliques, les flavonodes, les terpnodes et les alcalodes.

Les plantes comptent les unes avec les

autres pour obtenir le soleil et les
substances nutritives.
Elles ont volues des mcanismes pour
conqurir son propre espace.
Le composs alllopathiques
librs dans lair ou dans le sol.

sont

Exemples
Acacia pruinocarpa produit des composs
alllopathiques qui empchent la croissance des
autres plantes comptitrices.

Quand une graine germe, il peut librer

des substances qui inhibent la germination
des autres plantes de la mme espce

Des recherches envisagent lutilisation des composs alllopathiques comme

herbicides ou pesticides naturels.

Types et origine des mtabolites secondaires

On peut identifier trois types de mtabolites secondaires:
Ils drivent de:

No de diffrent
molcules
caractrises

lIPP (isopentenyl
diphosphate), une
molcule 5 C

25000

-Alcalodes

Acides amins

12000

-Molcules
phnoliques

Voie de lacide
shikimique et
actate/malonate

8000

-Terpnodes

Ces voies synthtisent aussi des

mtabolites primaires

Les terpnodes
Ils sont forms par la polymrisation des units 5 atomes de
charbon. Le nom a origine historique car les premiers membres
du group ont t isols de la trbenthine (terpentin)

-Ils sont appels aussi isoprnodes car leur dgradation thermique libre le
gaz isoprne. Mais lisoprne nest pas le vrai prcurseur des isoprnodes.
Produit de
dgradation
thermique

Unit rptitive
formelle

Prcurseur:

Isopentenyl
diphosphate

Classification des terpnodes

Ils sont distingus dans des diffrents classes selon le nombre de units
isoprniques quils contiennent.
Lunit de numration est base sur le premier terpnode isol en 1850 qui tait
un C10.

Nom

no unit 5 x C

Example de molcule

EMIterpenes
MONOterpenes
SESQUIterpenes

1
2
3

DIterpenes

TRIterpenes

TETRAterpenes

POLIterpenes

>8

Isoprne
Aromes volatiles, parfums
Phytoalexines
Phytole, giberellines, phytoalexines,
molcules avec action farmacologique
Brassinosterodes, steroles de
membrane, certains toxines
Carotnodes
Plastoquinones, ubiquinones, polymre
(latex)

Isoprne
Lenzyme isoprne synthase est
prsent dans les chloroplastes
de nombreuses plantes C3 mais
on ne sait pas quelle est sa
fonction. Lmission annuelle
disoprne est estime sur les
5x108 tonnes/an et a une grande
influence car il favorise la
production dozone dans la
troposphre. Celui-ci est un
agent polluant cause de son
action oxydante.
(Lozone stratosphrique, par
contre, a une action de filtre UV
bnfique pour la biosphre)

Les Phytoalexines
Les phytoalexines sont des molcules synthtises par les plantes en rponse
aux parasites (champignons en particulier);
Elles ont une fonction antibiotique pour
stopper la croissance du pathogne

Ils sont souvent des molcules phnoliques

(voir aprs)

Les hormones vgtaux

Exemples de hormones
vgtaux
qui
sont
synthtiss par la voie
des terpnes

Les hormones vgtaux

Molcules signaux

Ils influencent le dveloppement des plantes

Leur action est souvent influenc par les conditions

environnementales
Ils ne sont pas des mtabolites secondaires! ,
ils sont indispensable au dveloppement
a montre comme la distinction entre produites secondaires et primaires est
tout fait subtile

Gibbrellines (Di-terpnes)
Elles sont des hormones vgtaux. Elles sont impliques dans beaucoup de
rponses chez les plantes
Ex. 1, Elles poussent
lallongement de la tige

Plantes traites avec

gibbrellines

Plantes contrle

Gibbrellines (Di-terpnes)
Ex. 2, Elles stimulent la floraison

Plantes traites avec

gibbrellines

Plantes contrle

Acide abscissique
(ABA)

Il a 15 atomes de carbone (sesqui-terpne), mais il est synthtis partir des

carotnodes (C40, ttra-terpnes)

Acide abscissique
Il stimule des diffrentes rponses:
-dveloppement et maturation des graines
-tolrance de la dshydratation
-fermeture des stomates

Feuille contrle

Feuille traite avec ABA

Brassinostrodes
Ils sont des tri-terpnes (C30)

Ils sont des strodes

Strodes: tous les lipides possdant un

noyau cyclopentanophnanthrnique ou
drivant de celui-ci

Brassinostrodes
Ils sont importants dans le dveloppement morphologique

Ex. Allongement des cellules vgtales

Plantes qui ne
synthtise
pas
Brassinostrodes
(naine)

Plante sauvage

Huiles essentielles
Terpnes volatiles qui ont souvent une fonction de
dfense contre les insectes et herbivores.
Ils sont souvent utiliss pour leur fonction antiseptique
ou pour leur odeur comme armes ou parfums.

Limonne

Menthol

Latex
Les latex ont une double fonction de dfense. Quand un
insecte ravageur (termite, chenille...) pntre dans l'corce
d'un arbre producteur de latex ou mange l'une de ses feuilles,
l'arbre envoie la tte de l'insecte un jet de gel collant.
L'insecte qui ne peut plus se nourrir et meurt rapidement.
Mme si l'insecte survit cette premire forme de dfense, le
latex contient des substances chimiques qui le tuent.
La caoutchouc est un driv du latex.

La synthse de trbenthine (mono-terpnes) est utilise par les

arbres dans la guerre chimique contre les insectes.
Les
taches
blanches
reprsentent le trou dentre
dun coloptre.
Raction:
1) Production de rsine par
lcorce et fermeture du trou
dentre.
2) Synthse de trbenthine
(D-pinne + E-pinne) qui tue
le coloptres.
3)
Evaporation
de
la
trbenthine et solidification
du bouchon.

Biosynthse terpnodes

La synthse a quatre parties:

1- Synthse du IPP
2- Condensation des units de IPP
3- Elaborations du squelette
4- Modifications secondaires

Biosynthse des terpnes

Beaucoup de composs secondaires sont toxiques, ils sont alors stocks dans
des cellules spciales, vsicules spcifiques ou dans la vacuole.

La synthse a lieu dans le cytosol/ER

Sesqui (C15), Tri (C30), poly
ou les plastes
Isoprne, mono (C10), di (C20), ttra (C40).

Biosynthse des terpnes

Feuille de thym: trichomes glandulaires

o sont synthtiss les mono et sesquiterpnes qui sont responsable des armes

Feuille de citron: cavit de scrtion

Tuyau rsinifre du pin

Synthse de lIPP
dans le cytosol/ER

La synthse dans le cytosol est

connue sous le nom se Voie de
lactate/mvalonate (le premier
intermdiaire dcouvert).

Cet enzyme a une rgulation trs complexe.

Il est compos des diffrents sous-units, et il y a
plusieurs gnes pour chacune

Chaque gne a une contrle spcifique (ex. induction

dans un tissu spcifique, dans une phase du
dveloppement, en rponse une hormone ou lattaque
des pathognes)

Synthse du IPP dans les plastes

Il y a une voie de synthse diffrente dans les plastes
(pyruvate/glycraldhyde 3P)
Plastes

Cytosol

Cette voie a une origine probablement bactrienne, son organisation a t

clarifie par marquage 13C et RMN.

Condensation des units isoprniques

A partir du IPP sont produits
tous le diffrent types de
terpnes

Carotnodes

Les carotnodes
Les carotnodes sont prsent en grande quantit
chez les chloroplastes aussi, mais la couleur est
couverte par celle des chlorophylles.
Les carotnodes dans les deux types de plastes
sont organiss de faon trs diffrente: dans les
chromoplastes ils sont organiss en cristallodes;
dans les chloroplastes ils sont lis des protines
o ils ont une fonction notamment dans la
photoprotection.

Exemple: E-carotne

chlorophylle

carotnode

Capture de la lumire

Photoprotection

Chromoplastes: les plastes colors

Ils sont des corpuscules colors en jaunes, orange ou rouge. La couleur dpends de la
combinaison de carotnodes contenus.
Prsents dans les fruits (tomates, oranges, citrons), les fleurs, les racines (carotte,
pomme de terre) aux quels donnent la pigmentation.

Carotnodes

Les enzymes prnyl-transfrase et terpne synthase sont responsable de la

diversification des terpnodes par deux ractions opres sur des diffrentes
substrats: lune de laddition rptitive dunits C5, lautre de la cyclisation. Les
deux ractions sont bases sur la formation de carbocations assiste par des ions
mtalliques, suivies par le collapse.
Prnyl-transfrase

Groupe allylique

Elaborations du squelette
Ex. de production dun trpenodes: limonne
Lenzyme limonne synthase est le
prototype des diffrentes terpne
synthases responsable de cyclisations.
Ces ractions impliquent la formation
dun carbocation induit par un ion
mtallique divalent et dun anion
dlocalis qui collapsent avec la
formation dun intermdiaire allylique
tertiaire (linalyl pyrophosphate). Cette
isomrisation permet la rotation sur la
liaison C2-C3 et la formation dune
structure strique compatible avec la
cyclisation par un intermdiaire
carbocation

Modifications secondaires
Des modifications secondaires des composs cycliques parentaux produisent des
milliers de composs dont la fonction est souvent directe contre des tapes du
mtabolisme animal et dfinie par slection

Les Alcalodes
La dfinition originale de alcalode est la suivante:
produits dorigine vgtale, basiques, contenants azote et
pharmacologiquement actifs
(1806, Friedrich Serturner; 1819 , Carl Meissner)

En ralit plusieurs alcalodes ne sont pas

pharmacologiquement actifs pour les mammifres.

ni

Les alcalodes sont connus depuis des milliers dannes

Ils ont t et sont utiliss comme:
Drogues:
(morphine et codine
sont contenues dans le
latex du pavot (opium)

Papaver somniferum

Poisons:
(la cigu contient coniine)

alcalines,

ni

Mdical:
Latropine est utilise par
ex. pour dilater les pupilles

Les alcalodes sont utiliss aussi comme antalgiques majeurs (morphine), antipaluden (quinine),
pour combattre l'excs d'acide urique (colchicine), comme substance paralysante/stimulante
(curare, cafine), comme poisons (strychnine, nicotine), comme stupfiants (cocane, mescaline),
comme cholinergique (pilocarpine) ou comme anticancreux (vinblastine, vincristine).
Les alcalodes
sont prsents
aussi dans
certains
champignons et
quelques animaux

Pourquoi une plante devrait-t-elle investir autant dazote dans la

synthse de composs avec des structures diffrentes?

La rponse la plus partage est que ces composs soient actif dans la
dfense des plantes

Les effets physiologiques sur les animaux sont souvent en accord

avec cette hypothse.

-Ds la dcouverte de la morphine, plus que 12.000 alcalodes ont t isols.

-Le 20% des plantes fleurs produit des alcalodes spcifiques.
-Certaines plantes, comme Catharanthus roseus, produisent jusqu une centaine
dalcalodes indoliques mono terpniques.

Les alcalodes isols partir des plantes ont souvent t utiliss comme prcurseurs dune srie de
molcules dintrt pharmaceutique dvelopps par modification chimique de la molcule de base.
Lintrt dutiliser les composs des plantes comme base pour
le dveloppement de nouveaux mdicaments, insecticides,
bactricides,
antifungiques
consiste
dans
deux
considrations principales:

Ces organismes sont des prdateurs ou pathognes des

plantes, qui ont dvelopp des dfenses appropries.

Les mcanismes physiologiques des plantes sont

suffisamment diffrents de ceux des autres organismes
pour que plusieurs composs de dfense puissent tre
synthtiss sans danger pour la plante mme.

actylation

La nicotine est un des insecticides

plus efficaces. Sa synthse est
stimule par les blessures induites par
les herbivores.

La cafine, prsente dans les graines de cacao,

caf, cola, th et mat tue presque la totalit des
larves de Sphinx (Manduca sexta) en 24 heures.
Son effet inhibiteur sur la phosphodiesterase,
un enzyme impliqu dans la signalisation par le
cAMP.

Laction tratogne de la solanine est due son effet inhibiteur sur la

actylcholinestrase, un enzyme impliqu dans la signalisation par
lactylcholine

Lactivation continue dun

signal deviens toxique.

Les alcalodes de la famille des quinolizidines sont toxiques pour les mammifres,
notamment les brebis.

Responsables de certains cas dempoisonnement des brebis en automne quand les

plantes portent les graines qui accumulent les lupanines. Leur saveur amer est un fort
dterrent, ce qui prouve leur fonction de dfense.

Les difficults de la recherche sur les alcalodes

Les molcules et les intermdiaires des voies synthtiques sont souvent trs
complexe. (du 1828 au 1904 pour la structure de la nicotine, du 1802 au 1952 pour la structure
de la morphine)

Les alcalodes saccumulent sans tre utiliss donc leur dbit de synthse peut
tre trs faible et le concentration des enzymes encore plus.

Les fortes quantits de phnols qui saccumulent dans la plupart des plantes
inactivent les enzymes pendant leur extraction ds tissus.

Quelque solution
1) Utiliser des cultures cellulaires comme matriel de dpart
(les tissus non-diffrentis produisent peu de phnols et, souvent,
plus alcalodes)

2) Trouver un systme dinduction spcifique de la voie

biosynthtique (ex. un liciteur)

Les difficults des cultures cellulaires

Plusieurs alcalodes ne se pas synthtiss en quantit significative en culture (es. vincristine,
vinblastine, pilocarpine, morphine et codine)
Probablement lexpression des gnes codant les enzymes de la voie biosynthtique sont exprims de
faon tissue-spcifique et/ou induits par le stress biotique/abiotiques.

Anticancreux utilis dans certains cas de leucmie

Antipileptique.

Biosynthse des alcalodes: ajmalicine

graniol

Ltude de ces biosynthses a commenc

avec
lutilisation
des
marquages
radioactifs. Les rsultats ont montr que
les alcalodes drivent ds acides amins
(tryptophane, tyrosine, phnylalanine,
lysine, arginine) qui sont dabord
dcarboxyle. En plus il y a dautres
composantes de la molcule qui drivent
soit ds strodes soit ds terpnodes.

Les Molcules Phnoliques

Les molcules phnoliques sont
des composs qui contient un
groupe phnol (anneau aromatique
avec un groupe hydroxyle). Ils
Anneau
peuvent avoir plusieurs diffrents
aromatique
substituants.

Groupe phnyle

Groupe -OH
acide

Dans lair ces groupes sont facilement oxyds.

Ils peuvent former des complexe avec les protines et donner beaucoup de
problmes dans les extractions des protines ou de lADN

-Ils sont typiques des plantes vasculaires, qui ont colonises l'environnent
arien: le contenu en composs phnoliques est minimale chez les algues

Ils ont beaucoup des fonctions diffrents dans les diffrentes espces:
-Dfense contre les pathognes
-Molcules de dissuasion alimentaire
-Attraction des pollinisateurs
-Protections des rayonnements UV
-Molcules qui donnent couleur, armes, parfums aux plantes
-Rle structurel ( ex. lignine, constituante du bois)
-Ils constituent le 40% du charbon organique dans la biosphre: cause de la lenteur de
leur minralisation dans le terrain, cette phase constitue ltape limitante du cycle du
carbone dans la biosphre. Cette caractristique permet la prsence du terrain organique,
le plus fertile pour les cultures et le plus rsistant lrosion et la solubilisation.

Quelques classes de molcules phnoliques:

Lignines:

Rle structurel

Lignanes:

Dfense ds pathognes, antioxydants

Flavonodes:

Pigments, produits de dfense, molcules signal

Molcules phnoliques - Biosynthse

Comme les autres mtabolites secondaires, chaque espce produit un groupe
spcifique de molcules
Donc les voies biochimiques sont aussi en partie espcespcifiques
La plus grande partie des molcules drive de la voie des phnylpropanodes.
Cette voie se dpart de la tyrosine et la phnylalanine

Molcules phnoliques - Biosynthse

Les molcules base de cette classe de composs sont souvent (mais pas
toujours):

Phnylpropanoide

Phnylpropanoid-actate

Les composants des cette classe ont des proprits chimiques diffrentes: ils
peuvent tre hydrophiles, hydrosolubles ou des larges polymres insolubles

Des molcules phnoliques ne drivent pas de substrats phnylpropanodes

Oui

Molcules phnoliques Biosynthse

Voie de lacide shikimique

Tyrosine et Phnylalanine drivent
de la voie de lacide shikimique
Synthse partir de molcules
intermdiaires de la glycolyse ou de
la voie des pentoses phosphate
Voie prsente dans les plantes, les
champignons, les bactries mais pas
chez les animaux (les acides amins
aromatiques sont essentiels dans
lalimentation)

Non, cest driv par addition

successive dunits dactyl-CoA
drives du malonyl-CoA

Molcules phnoliques - Biosynthse

Ltape dengagement de la voie est catalys par lenzyme PAL (phnylalanine
ammonium lyase) qui catalyse les ractions 1 et 2, donc peut utiliser tyrosine et
phnylalanine, avec la cinnamate hydroxylase on obtient lacide p-coumarique.

Voie des phnylpropanodes

Acide p-coumarique: prcurseur de

centaines de produits secondaires:
-lignines,
-lignanes,
-suberines,
-flavonodes,
-coumarines.

Molcules phnoliques - Lignine

Rle structurel dans les parois cellulaires
Elle est accumule dans les structures de conduction et soutien structurel

XYLEME

La rigidit permet la croissance verticale des plantes et le transport de leau

par capillarit a toutes les cellules
Elle a aussi en rle de protection parce que elle est trs difficile digrer par
les herbivores

Composition de la lignine
La substance organique la plus abondante, aprs la cellulose.
Elle est un polymre ramifi de phnylpropanodes (trois types principaux
dalcools, mais la composition est diffrente dans les diffrentes espces)

La structure prcise nest pas bien connue, mais surement trs complexe

Structure partielle de la lignine

Molcules phnoliques - Flavonodes

Il y a au moins 4500 types de flavonodes

Ils sont diviss dans diffrentes classes:

-Anthocyanes
-Tannins
-Isoflavonodes
Ils ont des fonctions diffrents:
-interaction plantes-animaux (ex. attractions des pollinisateurs par le
couleur des fleurs et transporteurs des grains dans les fruits; deterrent )
-protection du rayonnement UV

Ils sont dtermin par des

anthocyanes dans le vacuole

La chalcone synthase est le premier enzyme de la biosynthse des flavonodes

Flavonodes - Anthocyanes
Attractions des pollinisateurs
Ils sont responsable de la plus grande partie des couleurs rouge, violet ou
bleu en nature

Protection du rayonnement UV

Plante contrle

Plante sous forte lumire

Flavonodes - Tannins
Ils ont des fonctions diffrents:
-Attracteurs ou dterrant alimentaires

Ex. Tannins

Le sorgho rouge produit cette

molcule dgotante pour les
oiseaux.

Le sorgho blanc ne le produit pas

et les oiseaux le mangent trs
rapidement

La plupart des
armes sont des
substances
phnoliques

Glycraldhyde 3P
(GAP)

GAP

Molcules phnoliques - biotechnologie

Il y a beaucoup des molcules avec action pharmacologique
Mdiateurs de la rponse inflammatoire
Antivirales
Hpato-protecteurs
Ces molcules ont aussi en intrt conomique
On peut faire produire des molcules utiles en plus ou liminer des
molcules non favorables.
On peut penser de le modifier avec les biotechnologies
Exemples:
Augmenter la rsistance au pathognes
Augmenter la qualit du bois ou des fibres
Production des molcules avec action pharmacologique
Production de pigments ou armes