Cours de Microbiologie Generale

Chapitre 1 : Le Monde microbien
Introduction
Les micro-organismes aussi appels microbes et protistes, forment un ensemble dorganismes vivants
microscopiques, invisibles lil nu. Cest leur seul point commun, car ils diffrent et varient par leur
morphologie, leur physiologie, leur mode de reproduction et leur cologie.
Les protistes se composent : des bactries, des protozoaires, des champignons (Myctes) microscopique, et
des algues. Les virus sont considrs comme des micro-organismes non vivants, acellulaires qui dpendent
entirement des cellules htes infectes.
1.1. Historique
Robert Hooke (1665) est le pre de la thorie cellulaire (la plus petite unit structurale dun organisme
vivant est la cellule).
Anthony VAN LEEUWENHOEK (1632-1723), un marchand hollandais et grand amateur dinstruments
d'optique, dcouvrit et dcrivit pour la premire fois, dans une srie de lettres la Royal society of London ,
entre 1674 et 1687, le monde microbien. Il appela ces micro-organismes des animalcules. Il observa, leau de
pluie, sa propre matire fcale, la matire prleve de ses dents.
Microscope dAnthony Van Leeuwenhoek Bactries de la bouche dessines par A. Van Leeuwenhoek
Le concept ou thorie de la gnration spontane existe depuis plusieurs dizaines de sicles. Le philosophe
Aristote dfendait cette thorie. On croyait que les organismes vivants naissaient de vgtaux et danimaux
en dcomposition grce une mystrieuse force vitale. Aprs la dcouverte des animalcules par Van
Leeuwenhoek, cette thorie se confirma, notamment par les expriences de John Needham, en 1745, qui
dmontra la croissance des micro-organismes dans des flacons contenant des bouillions de viande ou de mas.
Ces bouillons furent chauffs avant dtre enferms dans des flacons. Puis, Lazzaro Spallanzani dmontra que
les flacons de Needham ntaient pas tanches. Il ferma les flacons avant le chauffage et aucune croissance ne
fut observe. Donc, les micro-organismes proviennent de lair. Ses travaux furent critiqus par Needham (les
bouchons ont empch lentr de la force vitale !) et par Lavoisier (La fermeture des flacons empche lentre
de loxygne, ncessaire la vie !).
Le concept de la gnration spontane resta trs ancr dans les esprits jusqu'en 1861. Le chimiste Louis
Pasteur, partisan de la biogense prit en charge cette question. Il montre qu'aucun micro-organisme ne se
dveloppe dans un ballon ferm et strilis contenant de la matire organique. Bref, que la gnration
spontane n'existe pas. Il affirma la biogense (que lapparition de vie dans une solution non vivante provient
Cours de Microbiologie gnrale. Dr Yahiaoui Bilal 2014-2015 Page 1

de la contamination par des micro-organismes prsents dans lair). Cette prouesse lui vaudra le prix de
l'acadmie des sciences en 1862.
Exprience de Pasteur qui acheva la thorie de la gnration spontane
La microbiologie est devenue une science part entire, lorsquon a russi obtenir des cultures pures,
grce au dveloppement des milieux de culture gloss (solides) et les boites de Petri. Aussi, grce la
fabrication de microscopes plus puissants que les premires loupes et llaboration de colorations
spcifiques
La relation directe entre une bactrie et une maladie a t dmontre par le mdecin allemand Robert Koch
(1843-1910) en tudiant la tuberculose et son agent Mycobacterium tuberculosis. Pour affirmer cette
causalit, il faut vrifier plusieurs critres rassembls sous le nom de Postulats de Koch .
1-Le micro-organisme doit tre prsent chez tous les sujets malades, et absent chez les sujets sains.
2-Le micro-organisme doit tre isol et cultiv en culture pure
3-A partir de ces cultures pures on doit tre en mesure de provoquer la maladie par inoculation
exprimentale
4-Le mme micro-organisme doit tre de nouveau isol des malades exprimentaux.
En mme temps et par la suite dautres scientifiques clbres :
Tyndall 1877 : dcouverte des spores, leur thermorsistante et il mit au point la tyndallisation.
Winogradsky 1856-1953 : Travaux sur les bactries nitrifiantes, les bactries fixatrices de lazote, sulfureuses
et la dcomposition bactriennes de la cellulose dans les sols.
Beijerinck 1851-1931 : les bactries fixatrices de lazote, symbiotiques.
1.2 Place des micro-organismes dans le monde vivant
Depuis leur dcouverte par Anthony van Leeuwenhoeck, la place des bactries dans le monde vivant a
beaucoup volue. Le botaniste sudois Carl van Linn (1735), labora une premire classification des
organismes vivants en deux rgnes Plantae et Animalia. En 1857, Karl van Ngeli proposa de classer les
bactries et les champignons dans le rgne des Plantes.
1.2.1 Classification de Haeckel
En 1866, E. Haeckel divise le monde vivant en trois rgnes, le rgne animal, le rgne vgtal et le rgne des
protistes qui rassemble les algues, les protozoaires, les champignons et les bactries.

1.2.2 Distinction entre cellules eucaryotes et procaryotes selon Edward Chatton
En 1937 et grce linvention du microscope lectronique, Edward Chatton mis en opposition deux types de
cellules, la cellule eucaryote (noyau est entour d'une membrane et qui renferme des d'organites
cellulaires) et la cellule procaryote (noyau sans membrane et dont l'organisation est trs simple).
En 1938, H.F. Copeland spare le rgne des bactries (ou "Monera") de celui des protistes. Cette dfinition
des procaryotes fut renforce en 1961 par Roger Stanier.
1.2.3 Classification selon Murray
En 1968, R.G.E. Murray, dans la continuit du travail dE. Chatton, divise le monde vivant en deux rgnes,
celui des "Eucaryotae" et celui des "Procaryotae" (ou "Monera").
Au sein du rgne des Procaryotae, R.G.E. Murray distinguait 04 divisions retrouves dans le manuel de Bergey:
La division des "Gracilicutes". Regroupant les bactries Gram ngatif.
La division des "Firmicutes". Regroupant les bactrie Gram positif.
La division des "Tenericutes". Bactries dpourvues de paroi.
La division des "Mendosicutes". Archaebactries.
1.2.4 Classification cinq rgnes
En 1969, Robert H. Whittaker dcrit une classification cinq rgnes. Quatre rgnes eucaryotes (Animal,
Vgtal, Champignons et Protistes). Les procaryotes se regroupent dans le rgne des monres.
Bien quelles ne peuvent saccorder, les deux classifications, dE. Chatton et de R.H. Whittaker ont exist
simultanment pendant une longue priode.
1.2.5 Classification Gnomique selon , CR, Woese (1978)
Le dveloppement des techniques de biologie molculaire a permit de caractriser les gnes qui codent pour
les ARN ribosomaux (ARNr). En comparant une multitude de squences dARNr 16S, appartenant divers
organismes vivants, il est arriv diviser les organismes vivants en trois domaines. Le domaine des Bacteria
ou Eubacteria, le domaine des Archaea et le domaine des Eucarya (animaux, plantes, les myctes et ls
protistes).
Arbre phylogntique universel

1.3 Les Protistes
Les protistes sont dfinis par des proprits communes et spcifiques : leur taille microscopique, leur
organisation simple et unicellulaires pour la plus part. Si pluricellulaires, alors leurs cellules sont
quivalentes, sans aucune diffrence morphologique, physiologique ou fonctionnelle. Les protistes se
distinguent des animaux et des vgtaux par leur structure, leur physiologie et leur cologie.
1.3.1 Structure et fonction
Une taille de loin plus rduites que celles des cellules animales et vgtales. Les cellules animales et vgtales
sont incapables dexister indpendamment de leur organisme.
La taille rduite des protistes confre des avantages physiologiques. Un rapport surface /volume suprieur
celui de tous les autres organismes vivants. Ce qui permet des changes et des interactions remarquables
avec le milieu. Sans oublier une dissmination et une distribution dans la nature unique et impressionnante.
1.3.2 Reproduction
Les protistes et en particulier les bactries ont des modes de reproduction simples, spcifiques et rapides
(temps de gnration courts). Escherichia coli par exemple, se reproduit par simple division binaire en 20
minutes. Cela se produit bien sr en conditions optimales de culture en laboratoire. Ces taux de croissance
exceptionnels induisent des rendements de croissances incomparables.
1.3.3 Mtabolisme
Les micro-organismes et en particulier les bactries ont une proprit fondamentale qui est la diversit de
leur mtabolisme. Individuellement, chaque micro-organisme est spcifiquement adapt la mtabolisation
dun nombre plus ou moins limit de substrats. Ce qui explique leur distribution en fonction des
caractristiques nutritionnelles et physicochimiques du milieu. Mais, pris dans leur ensemble, les micro-
organismes peuvent mtaboliser toutes les substances organiques naturelles et mme synthtiques.
- Ce processus constitue la minralisation de la matire vivante et le recyclage des lments chimiques qui
forment la matire organique. Ceci permet de prserver lenvironnement.
- Une des armes mtaboliques des bactries est la synthse denzymes inductibles uniquement en prsence
de leurs substrats spcifiques. Une adaptation exceptionnelle aux conditions du milieu.
1.3.4 Ecologie
Les micro-organismes sont ubiquitaires, ils sont prsent dans tous les cosystmes :
- Dans les mers et les ocans, ils constituent la biomasse (base du 1er chelon d la chaine alimentaire) qui
nourrit lensemble de la faune marine.
- Dans le sol, ils jouent un rle dans la dcomposition de la matire organique, la fourniture de lazote
assimilable aux plantes, la minralisation de la matire organique. Les micro-organismes participent
activement aux quilibres gazeux de latmosphre, en tant la fois producteurs et consommateurs, dO2,
H2, N2 CO2, CH4.
- Le long de lappareil digestif des animaux. En effet, ce dernier est tapiss de bactries trs utiles notre
bien-tre digestif, puisquelles nous procurent les enzymes ncessaires la digestion de certains aliments. De
plus, elles vitent que dautres micro-organismes dangereux colonisent le tube digestif et nous rendent

malades. La majorit dentre elles sont apportes la naissance par la mre, puis, par l'environnement et la
nourriture. Tout au long de la vie, les populations voluent.
1.4 Organisation biologique des protistes
Les protistes se prsentent selon trois types diffrents dorganisation biologique :
Unicellulaires Pluricellulaires Conocytiques
1.4.1 Protistes unicellulaires
Cest le cas de la plus part des protistes, bactries, protozoaires, levures et de nombreuses algues. Une
cellule unique qui se suffit elle-mme et qui constitue un organisme complet et autonome, donc dou de
toutes les fonctions de la vie : nutrition, croissance et reproduction.
Bactrie Levures Protozoaire Algue unicellulaire
1.4.2 Protistes pluricellulaires
Ce sont principalement des champignons (Fungi) et des algues forms de plusieurs cellules identiques, sans
aucune diffrence structurale ou physiologique.

1.4.3 Protistes coenocytiques
Chytridiomyctes
Ces organismes qui peuvent tre de grande taille, se composent dun cytoplasme important incluant de
nombreux noyaux sans cloisonnement (septum) entre eux. Ils sont majoritairement aquatiques, parasites ou
saprophytes. Ce sont les seuls membres des champignons possdant le caractre de la mobilit.
1.5 Caractristiques gnrales des cellules procaryotes et eucaryotes
On distingue encore une fois les protistes procaryotes et les protistes eucaryotes. Sur la base de la prsence
ou labsence dune membrane nuclaire sparant le cytoplasme du matriel gntique ADN . La
microscopie lectronique a mis en vidence dautres diffrences structurales trs importantes et
fondamentales, induisant des comportements physiologiques et de reproduction trs diffrents.
Organisation cellulaire dune bactrie

Dessin Tom Sam You Archives Larousse

Organisation dune Cellule Eucaryote

Caractres de diffrenciations entre Eucaryotes et Procaryotes
Le tableau suivant rsume les caractristiques des eucaryotes et des procaryotes tout en faisant apparaitre
les caractres de diffrenciation.
Caractristiques Cellule Procaryote Cellule Eucaryote

Taille typique 1-10 m 10-100 m
nuclode (pas de vritable
Type de noyau vrai noyau avec double membrane
noyau)
mitose (rplication de la cellule)
Division de la cellule division simple miose (menant la formation de
gamtes)
Organisation gntique
Membrane nuclaire Non oui
Nombre de chromosomes 1 chromosome (Haplode Plusieurs chromosomes Diplode)
Chromosome circulaire Oui non
Histones Non oui
Nuclole Non oui
Echange gntique transfert unidirectionnel fusion de gamtes
synthse d'ARN dans le noyau
ARN et synthse des protines coupl au cytoplasme synthse de protines dans le
cytoplasme
Premier acide amin initiant la
mthionine ou N-
synthse d'une chane mthionine
formylmthionine
polypeptidique
Structures cellulaires et organites
Rticulum endoplasmique Non oui
Appareil de Golgi Non oui
Lysosomes Non oui
Mitochondries Non oui
Chloroplastes Non oui chez les plantes
Microtubules Non oui
Paroi cellulaire avec peptidoglycane Oui non
Prsence de strols dans les membranes Non oui
Endospores oui, parfois non
80 S, sauf mitochondries et
Taille des ribosomes 70 S
chloroplastes
disperss dans le cytoplasme ou lis au
Localisation des ribosomes disperss dans le cytoplasme
rticulum endoplasmique
Constantes de sdimentation des ARN
16S, 23S, 5S 18S, 28S, 5,8S, 5S
ribosomaux
Attributs fonctionnels
Phagocytose Non oui, parfois
Pinocytose Non oui, parfois
Flux cytoplasmique Non oui
Mouvement de la cellule flagelles faites de flagelline flagelle et cils faits de tubuline
Site du transport des lectrons membrane cellulaire membrane des organites

Les bactries sont des micro-organismes que lon rencontre pratiquement partout. Leur prsence est souvent
manifeste : les blessures sinfectent, le lait surit, la viande se putrfie, mais, on ne peut les voir quau
microscope.
Ils sont gnralement unicellulaires et leurs cellules sont des cellules de type procaryote.
Les caractres propres des procaryotes ont t dcrits dans le tableau diffrences entre procaryotes et
eucaryotes
Des procaryotes nomms algues bleu-vert jusquaux annes soixante, parfois assimils aux bactries, ont reu
le nom de cyanobactries. Ces organismes ont des caractres communs aux bactries, mais ils en diffrent
aussi.
Pour cela nous utiliserons le terme bactrie dans un sens restrictif qui exclut les cyanobactries.
Les bactries d'intrt mdical et vtrinaire se recrutent au sein du domaine des "Bacteria". Pour des
raisons pratiques, on peut diviser le domaine des "Bacteria" en trois grands groupes. Les procaryotes Gram
ngatif pourvus d'une paroi, les procaryotes Gram positif pourvus d'une paroi et les procaryotes dpourvus
de paroi . La classification de Bergey spare les bactries en 4 divisions, selon la prsence ou non dune
paroi et selon la nature de cette paroi, que lon peut dterminer grce la coloration de GRAM.
Les bactries GRAM ngatif Les bactries GRAM positif

Les mycoplasmes (bactries sans paroi) Les archaebactries
Dans les annes 1970, grce aux squenages de lARN ribosomal, on a constat que les bactries pouvaient
tre divises en deux taxons : Les eubactries et les archaebactries. Eubactries ou bactries vraies
regroupent les 3 premires divisions.
1.5.1 Bactries GRAM ngatif
Ils reprsentent plus de 66 % des bactries rpertories dans la classification de Bergey. Elles possdent une
paroi qui donne la cellule sa forme. Cette paroi est forme dune couche de peptidoglycane comprise entre
la membrane externe et la membrane cytoplasmique.
Sur une base morphologique on distingue dans cette division les groupes suivants :
Les bacilles Gram ngatif
Ce sont des bactries en forme de btonnet. La mieux connue et la plus tudie est Escherichia coli.
On a par exemple, les agents de maladies infectieuses humaines :
La peste : Yersinia pestis ; La dysenterie : Shigella dysenterea ; La Typhode : Salmonella thyphimurium.
Non pathognes saprophytes du tube digestif, le genre Bactrodes.
Dautres bacilles GRAM ngatif, sont des agents trs important de lenvironnement. On a le genre : Rhizobium
(fixation de lazote) Nitrobacter et Thiobacillus.
Dautres bactries prsentes dans le sol, leau douce ou leau de mer, certaines sont pathognes, forment la
famille des Pseudomonadaceae. On distingue, Pseudomamonas, Acetomonas, Xanthomonas.

Les cocci Gram ngatif
De forme sphrique, arrondie. Les plus importantes sont les agents de deux maladies humaines graves.
Neisseria gonorrhoeae ou gonocoque responsable de la gonorrhe, maladie sexuellement transmissible.
Les spirochtes
De forme hlicodale, ils peuvent atteindre des tailles considrables (300 um) par rapport aux autres bactries.
Ils possdent une gaine externe multicouche de peptidoglycanes recouvrant la membrane plasmique. Cet
ensemble est appel le cylindre protoplasmique. Ils ont un appareil locomoteur complexe, compos de
filaments axiaux associs au flagelle, senroulant sur toute la longueur du cylindre protoplasmique et fixs
ses extrmits.
Les spirochtes pathognes de lhomme :
Leptospira interrogans agent dune jaunisse infectieuse.
Treponema pallidium agent de la syphilis chez lhomme. Il mesure 5 15 m de longueur. On ne peut les
cultiver que dans des lapins.
Les rickettsies
Ce sont de trs petites bactries polymorphes, parasites intracellulaires obligatoires et pathognes de

lhomme. Elles sont transmises par les piqures dinsectes, le pou, la puce et la tique.
Il est impossible de les cultiver avec des mthodes classiques de cultures.
Lun des agents infectieux le plus reprsentatif est Rickettsia prowazekii, agent du typhus pidmique,
transmis par le pou (par piqure ou par les excrments de pou contenant les microbes travers une blessure).
Les rickettsies sont capables de produire une partie de leur nergie par loxydation de quelques substrats tels
que le glucose et le pyruvate.
Les Chlamydias
Se sont des parasites intracellulaires obligatoires comme les rickettsies, mais ils sont incapables de
produire seuls la moindre nergie. Ils dpendent entirement de la cellule hte. Ce qui explique la taille
rduite de leur gnome. Ils ont une forme coccode de 0.2 0.7 m de diamtre.
Lagent infectieux le plus connu chez lhomme est Chlamydia trachomatis (Trachome). Cest une infection et
une inflammation des conjonctives de lil. Il peut entrainer une ccit partielle ou totale. Il existe aussi une
forme transmissible sexuellement et qui peut provoquer linfertilit suite linfection.
Les Cyanobactries
Les cyanobactries sont des bactries photo-autotrophes obligatoires et photosynthtiques. Certaines

peuvent utiliser des substrats carbons. Elles possdent la chlorophylle (a) ou des pigments appels
phycobilines.
De 2 200 m pour les espces marines, isoles ou en colonie, immobiles ou mobiles par glissement. Elles
possdent un organite particulier, la vacuole gaz .
Par opposition aux bactries, se sont les seules possder des acides gras polyinsaturs.

1.5.2 Les Bactries Gram Positif
Moins nombreuses que les GRAM ngatif. Leur paroi est plus simple mais plus paisse. Dun aspect uniforme,
elle est constitue de peptidoglycanes dans lesquels sont disperss dautres composants comme les acides
techoiques.
Elles sont trs varies sur le plan morphologique, physiologique et cologique.
Les Bacilles Gram positif
On distingue deux groupes principaux :
Le groupe qui forme des endospores, incluant les genres Clostridium et Bacillus. Lendospore est une forme
de rsistance aux conditions dfavorables.
Le groupe des Lactobacilles qui sont non sporulants.
Les genres Clostridium et Bacillus sont trs rpondus dans le sol, leau et dautres habitats.
Genre Bacillus
La plus part sont mobiles sauf Bacillus antharcis, arobies stricts ou Anarobies facultatifs. La prsence dair
ninhibe pas la formation dendospore. Ils synthtisent la catalase. Toutes les espces sont chimio-
organotrophes. Ils peuvent croitre 65C comme cest le cas pour Bacillus stearothermophilus .
Bacillus avec endospore colore au vert de malachite
Genre Clostridium
On les trouve dans le sol, dans la vase, dans les intestins des animaux et des hommes et sont trs pathognes.
La plus part mobiles, Gram (+), les veilles cultures peuvent tres Gram (-).
La majorit sont anarobies strictes, certains peuvent tolrer une faible quantit doxygne. Catalase (-). La
formation de spore est inhibe par loxygne. Les plus rencontrs en microbiologie mdicale sont :
Clostridium botulinum : 2 9 um, anarobie strict. Agent du botulisme. Ils existent 7 types principaux de
souches (A G) selon la toxine quils produisent.
Clostridium perfringens : 3 9 um, immobile. Il tolre une faible quantit doxygne et forme rarement des
endospores. Il dgage du gaz dans des milieux enrichis. Agent dintoxications alimentaires, la gangrne
gazeuse.

Clostridium tetani : 2 5 um, mobiles. Il est responsable du ttanos. Lorsquil sporule, la spore est
lextrmit du bacille, il ressemble une baguette de tambour.
Clostrium tetani sporul
Les cocci Gram positif
Les deux principaux genres sont les genres Streptococcus et Staphylococcus. De nombreuses espces sont
pathognes.
Staphylococcus aureus est prsent sur la peau et sur les muqueuses de lhomme et des animaux. Il est
responsables dintoxication alimentaire et dinfections graves.
Staphylococcus aureus
Les streptocoques peuvent provoquer des infections qui touchent tous les organes humains, mais dautres
sont utiliss dans lindustrie laitire Streptococcus thermophilus dans la fabrication du yaourt. Certains
streptocoques sont dits inhibiteurs, car ils produisent des antibiotiques comme la nisine par Streptococcus
lactis et la diplococcine par Streptococcus cremoris.
Streptococcus sp

Les actinomyctes
Se sont des organismes Gram (+) Gram variable. A un moment au moins de leur croissance, ils forment des
hyphes comme les champignons. Mais, ils ont les caractristiques des procaryotes. Se sont des
chimioorganotrophes dont la croissance est optimale en anarobioses.
Les Actinomyctes les plus pathognes pour lhomme sont de la famille des Mycobacteriaceae :
Mycobacterium Tuberculosis : agent de la tuberculose

Mycobacterium leprae : agent de la lpre
Mycobacterium lepromatosis : Nouveau agent de la lpre, non cultivable (2015).
http://www.pnas.org/content/early/2015/03/18/1421504112.full.pdf.
Les Actinomyctes utiles sont de famille des Streptomycetaceae.
Ils forment des hyphes stables qui ne se fragmentent pas. Leur paroi contient un composant particulier,
lacide LL-diaminopimlique. Cette famille contient 04 genres. Le plus important est le genre Streptomyces.
Streptomyces est arobie, il se rencontre dans le sol, certains sont pathognes. Ils forment des hyphes avec
des septums (cloisons), espacs et trs colors. La culture sur glose donne un myclium rampant. Plus tard il
devient arien et la maturit de la colonie, les spores se forment.
S. griseus : cette espce produit deux antibiotiques importants. La streptomycine et la cycloheximide qui a
une action antifongique.
S. scabies : espce du sol, responsable de la gale de la pomme de terre.
Les Actinomyctes La gale de la pomme de terre
1.5.3 Les mycoplasmes
Cette division regroupe des eubactries sans paroi. Certaines espces sont parasites et pathognes. De 0.15
0.3 um de diamtre, de forme variable, certaines souches se dplacent par glissement. Leur membrane
plasmique contient des strols quelles puisent des cellules parasites. Ils sont trs sensibles aux chocs
osmotiques et aux tensioactifs.
Leur gnome est trs petit par rapport aux autres eubactries. 1/4 1/5 dEscherichia coli. Ce qui explique
leur mode de vie parasite intracellulaire obligatoire .
Mycoplasma pneumoniae : la pneumonie chez lhomme. En culture il donne des colonies en uf au plat, trs
typiques (veilles cultures).

1.5.4 Les archaebactries
Les archaebactries sont adaptes la vie dans des conditions de vie extrmes (forte salinit, haute
temprature, faible pH, sans oxygne). Des conditions qui ressemblent celles de la terre lors de lapparition
de la vie. Se sont des bactries primitives, do leur nom. Pour leurs caractristiques et leur comparaison
avec les eubactries voir tableau suivant :
"Bacteria" "Archaea"
Prsence d'acide muramique dans la paroi Oui Non

(si la paroi est prsente)
Peptidoglycane OUI NON
Lipides membranaires Acides gras aliphatiques Chanes hydrocarbones

lis au glycrol par des lies au glycrol par des
liaisons Ester liaisons Ether
Premier acide amin initiant la synthse N-formylmthionine Mthionine

d'une chane polypeptidique
Sensibilit aux bta-lactamines Variable Non
Synthse des protines inhibe par Non Oui

l'anisomycine
Synthse des protines inhibe par la Oui Non

streptomycine et le chloramphnicol
Synthse des protines inhibe par la toxine Non Oui

diphtrique
Prsence d'introns dans les gnes codant Non Oui

pour les ARNt
Inhibition de la RNA polymrase DNA Oui Non

dpendante par la rifampicine
Tableau comparatif entre eubactries et archaebactries

On distingue 3 grands groupes :
Les halophiles extrmes
Ils ncessitent une prsence de sel 9%. Ils tolrent des pH basiques de lordre de 11.5. On les trouve dans les
lacs sals, les marais salants, saumures (eau trs sale). Se sont les seules Archaebactries capables de
photosynthses grce des pigments carotnodes, qui leur confrent une couleur rose. Le genre
Halobacterium en est lexemple type.
Les Thermophiles extrmes
La temprature optimale de croissance est de lordre de 80C et mme plus. Anarobies et rsistants aux pH
acides extrmes. Ils sont thermoacidophiles. Pyridictium occultum : 105C ; Sulfolobus sp : 87C 90C et un
pH1.
Les Mthanognes
Anarobies stricts, comme Mthanobactrium, il est capable de produire le mthane (CH4 ) partir de gaz
carbonique (CO2). Saprophytes du tube digestif des ruminants, ils sont capables de librer plus 1 2 milliards
de tonnes de mthanes par an. Les ruminants et leur mthane contribuent dans leffet de serre et le
rchauffement de latmosphre. On les trouve galement dans les sdiments des eaux de sources, sources
thermales et les stations dpuration.

Chapitre 2 : La Cellule bactrienne
Les bactries typiques sont des organismes unicellulaires procaryotes. Elles nont pas de noyau et leur gnome
est le plus petit des cellules vivantes.
Les bactries se divisent en eubactries et en archaebactries.
2.1 Techniques dobservation de la cellule bactrienne
Observation de la cellule
La mise au point du premier microscope par A. Van Leeuwenhok marque le point de dpart de la
microbiologie. Depuis, cet appareil a t largement amlior. Avec des grossissements pouvant aller jusqu
2500 x, on peut observer des structures de lordre de 1 M.
On distingue :
Lobservation entre lame et lamelle, dite ltat frais de bactries en milieu liquide et sa variante, la
coloration lencre de Chine (pour la mise en vidence de la capsule). Les capsules correspondent au halo
clair entourant les corps bactriens en noir.
Observation ltat frais Coloration lencre de chine
Observation des frottis schs, fixs et colors.
Les colorations de Gram et de Ziehl-Nielsen permettent la reconnaissance des bactries pathognes, dautres
font apparaitre spcifiquement les cils, les flagelles, les spores
Les frottis sont observs limmersion avec une goutte dhuile spciale entre lobjectif et la prparation, cela
permet dobtenir une image plus nette.
Toutes ces mthodes font partie de la microscopie photonique (utilisation du rayonnement lumineux).
Pour observer des structures de lordre de 5 nm 10 nm, on utilise la microscopie lectronique. Certaines
structures peuvent retenir ou laisser passer les lectrons. Cette approche ncessite ou non la fixation de
lchantillon.

a) b)
a)Microscopie lectronique de Vibrion cholerae en contact avec les villosits intestinales.
b) Staphylococcus aureus en microscopie lectronique balayage (MEB), qui permet dobtenir des images
en relief 3D, de la cellule bactrienne
Enfin, les mthodes immunocytochimiques, permettent de localiser dans la cellule des molcules
bactriennes. On utilise des anticorps marqus par la peroxydase, la biotine ou des molcules fluorescentes
comme la fluorescine. La formation dun complexe stable antigne-anticorps permet de reprer la prsence
dune molcule dans la cellule.
a) b)
a) Immunocytochimie directe et indirecte. b) Invasion dune cellule pithliale par Shigella flexneri
Des cellules Hela sont infectes par Shigella analyses par immunofluorescence. Bleu: F-actin; vert:
bactrie; rouge: protine bactrienne secrte et implique dans linvasion.
Sparation des constituants cellulaires.
On utilise lultracentrifugation ou la centrifugation sur gradient de densit (gradient de Saccharose), pour

sparer les diffrents organites cellulaires. Pour cela il faut ouvrir les diffrentes enveloppes membranes,
paroi. Plusieurs mthodes pour le faire :
-Les ultrasons
-Les enzymes, tel que le lysozyme qui dtruit la paroi bactrienne.
-La pression osmotique, aprs traitement au lysozyme, les bactries sont places en milieu hypotonique,
gonflent et clatent.
-La pression mcanique, ou broyage par des billes en verre pour casser la paroi et la membrane.
-Le froid par plusieurs cycles de conglation/dconglation successives.

La composition chimique dune bactrie
On peut obtenir sparment les glucides, les lipides, les protine et les acides nucliques.
En utilisant des enzymes comme des endopeptidases, exopeptidases, glucosidases, endonuclases,

exonuclases et lipases associs des techniques de chromatographie et de squenage des protines ou des
acides nucliques on a pu dterminer la composition chimique globale d Escherichia coli.
Composition lmentaire dEscherichia coli
Elment % du poids sec

Carbone 50 +/- 5
Azote 10 15
Phosphore 3.2
Soufre 1.1
Cendre 12.5
Sels fixe 7.25
Sels libres 5.5
Macromolcules
Protines 50%
ADN 3 4%
ARN 10%
Polysaccharides 4 5%
Lipides 10 15%
Pool de mtabolites
Acides amins, Nuclotides libres, sucres acide organiques, esters, oligopeptides, ATP, vitamines,
coenzymes.
2.2 Morphologie cellulaire
2.2.1 Formes des cellules bactriennes : les bactries sont des organismes unicellulaires de formes varies.
- bactries de forme arrondies ou cocci, isoles, en chanette, en amas (nombre variable de cellules) :
Staphylocoques, Streptocoques
- bactries de forme allonge ou bacille, isole, en chanette ou en amas, de longueur et de diamtre

variables : E.coli, Salmonella, Bacillus.
- bactries de forme spirale : spirilles, spirochtes, comme Treponema.
- un groupe particulier de bactries de forme filamenteuse se rapprochant des moisissures : les

Actinomyctes.
2.2.2 Taille : les bactries les plus petites ont une taille denviron 0,2 m (Chlamydia) et les plus longues
certains Spirochtes peuvent atteindre 250 m de long. En moyenne la taille se situe entre 1 et 10 m
2.2.3 Associations cellulaires : une espce bactrienne peut apparatre sous forme de cellules isoles
spares ou en groupements caractristiques variables selon les espces : association par paires, en amas
rguliers, en chanette, par quatre (ttrades).

Les diffrentes formes et associations bactriennes
2.2.4 Elments constants et inconstants de la structure bactrienne
Certaines structures sont prsentes chez toutes les bactries, ce sont les lments constants ; dautres
sont retrouvs seulement chez certaines bactries : ce sont les lments inconstants ou facultatifs .
Paroi - membrane plasmique

Elments constants
Periplasme
des bactries
Cytoplasme - Chromosome
Ribosomes - Polysomes
Capsule - Pili et Fimbriae - Flagelle
Elment facultatifs Mesosome - Plasmide
Des bactries Vacuole gaz Inclusions de rserve
La spore
2.3 La Paroi
Enveloppe rigide assurant l'intgrit de la bactrie. Elle est responsable de la forme des cellules.
Elle protge des variations de pression osmotique. Elle est absente chez les Mollicutes,
(Mycoplasma).

2.3.1 Composition chimique de la paroi
Gram positive Gram ngative
Trs peu de lipides (1 2 %) Lipides en grande quantit

(10 20 %, Membrane externe)
Acides techoiques et Il n y a pas dacides techoiques ou

lipotechoiques lipotechoiques
4 Acides amins majeurs : Mmes acides amins

Ala (D et L) D-Glu, L-Lys, acide Beaucoup moins de DAP et de L-
diaminopomlique (DAP) Lys
Osamines
N-actyl glucosamine (NAG) et Acide N-actyl muramique (ANAM)
Principaux constituants chimiques de la paroi
Dessin schmatique du peptidoglycane La composition des sous units du peptidoglycane
La chane polysaccharidique: faite d'une alternance de molcules de N-actylglucosamine (NAG) et d'acide N

actylmuramique (NAM). Les chanes latrales peptidiques identiques, composs de 4 acides amins
(ttrapeptide), attaches aux NAM.

Chez les Gram positifs, un ensemble de ponts inter-peptidiques (pentapeptide) qui partent du 4e acide
amin du ttrapeptide vers le 3eme acide amin du ttrapeptide dune seconde chaine polysaccharidique et
ainsi de suite.
Organisation du ttrapeptide et du pentapeptide a) Gram -, b) Gram +
2.3.2 Structure molculaire de la paroi des Gram ngatives et positives
A. Paroi des Gram positifs
Le peptidoglycane est le constituant majeur (90%)

Le reste correspond un feutrage dacides techoiques (10%)
Le peptidoglycane est trs solide, les liaisons croises entre chanes glucidiques sont nombreuses.
Prsence de flagelles.

Structure dun acide techoiques : Phosphate + glycrol + R (Alanine, Glucose)
B. Paroi des Gram ngatifs
Beaucoup plus complexe, elle est constitue du peptidoglycane et de la membrane externe. Il y a plusieurs
couches :
Peptidoglycane en couche mince.
Phospholipides
Lipopolysaccharides (LPS) : form de 3 parties :
- Le lipide (A) coupl la glucosamine et des rsidus phosphore qui est amphiphile, possdant une partie
hydrophobe et une hydrophile. Il y a analogie entre les appellations endotoxine , lipide A et
membrane externe
- Le polysaccharide central, constitu de 10 sucres.
- La chaine latrale O, ou antigne O, chaine courte, sa composition varie selon la souche bactrienne.
Le LPS joue plusieurs fonctions, telle que lattachement sur les surfaces, bloque lentre de
substances toxiques. Il agit comme une endotoxine (lipide A) qui cause les symptmes des
maladies induites par des Gram ngatives. On note galement la prsence de PORINES
(protines de passage trimrique) : seules structures de transport des composs hydrophiles,
essentielles la vie de la bactrie comme les monosacharides, mais aussi l'action de certains
antibiotiques. D'autres protines servent la captation d'ions (fer), ou de vitamines (facteurs de
croissance).
La coloration de Gram : Les diffrences de constitution et de structure chimique des parois Gram (+) et Gram
(-) permettent dtablir le principe de la coloration labore par Christian GRAM (1884) :
Procdure de la coloration de Gram : Aprs fixation du frottis on colore avec le violet de gentiane. On rince
avec de leau. On rajoute un fixateur qui est le Lugol. On rince avec de leau distille. On procde ensuite
une tape de dcoloration par un mlange dalcool et dactone. Ce dernier pntre dans les bactries Gram
ngatives et non dans les bactries Gram positives dont les pores ont ferms par dshydratation par lalcool.
On rince et on procde une contre coloration la safranine. Les Gram positives vont apparatre violets et les
Gram ngatives roses.
2.3.3 Fonctions de la paroi
Afin dtudier les rles de la paroi, on utilise un enzyme, le lysozyme.

Le lysozyme coupe les liaisons 1-4 glycosidiques entre le NAG et lANAM. Il en rsulte une destruction
totale du peptidoglycane chez les bactries Gram(+), et une fragmentation de celui-ci chez les Gram(-) car le
peptidoglycane est moins accessible cause de la membrane externe.
Exprience :
1- On place une souche de Bacillus subtilis (bacille Gram+) en milieu hypotonique : la bactrie se comporte
normalement.
2- Si on ajoute du lysozyme cette suspension, les bactries gonflent et clatent.
3- On fait la mme exprience en milieu isotonique, les bactries nclatent pas en prsence de lysozyme,
mais elles prennent une forme sphrique appelle : PROTOPLASTE. Les protoplastes ne possdent plus les
proprits antigniques de la bactrie, ne se divisent plus, ne fixent plus les bactriophages et sont incapables
de mobilit.
4- On fait la mme exprience avec Escherichia coli (bacille Gram-) : en milieu isotonique + lysozyme, les
bactries prennent une forme sphrique appele : SPHEROPLASTE. Les sphroplastes conservent toutes les
proprits initiales de la bactrie.
Rle 1 de la paroi : assurer le maintien de la forme de la bactrie
Rle 2 de la paroi : assurer une protection contre la pression osmotique intracellulaire (car forte
concentration en mtabolites lintrieur de la cellule >> leau rentre).
Un protoplaste ne possde plus les proprits antigniques de la bactrie dorigine. En effet, les antignes
paritaux (de la paroi) :
Chez les Gram(+) : peptidoglycane + acides techoiques et lipotechoiques + polyoside C

(Streptocoques).
Chez les Gram (-) : les antignes O du LPS.
Rle 3 de la paroi : proprits antigniques
Ltude des protoplastes met galement en vidence dautres rles :
Rle 4 de la paroi : permettre la fixation des bactriophages. Ils reconnaissent des rcepteurs localiss sur le
peptidoglycane des Gram(+) ou la membrane externe des Gram(-). Cette proprit est utilise pour
lidentification de certaines bactries : cest la lysotypie.
Rle 5 de la paroi: participer la mobilit. En effet, les flagelles sont implants dans la membrane
cytoplasmique mais ne peuvent pas fonctionner en absence de peptidoglycane (do immobilit des
protoplastes).
Rle 6 de la paroi : toxicit. Chez les Gram(-), le LPS est une endotoxine (effet toxique port par le lipide A)
qui peut donner fivres et lsions.
Rle 7 de la paroi : permabilit. La paroi laisse passer de petites molcules comme leau, les sels minraux
ou des mtabolites simples. Par contre elle est plus ou moins permable certains solvants (exemple lalcool.
cf. coloration de Gram).

Lespace priplasmique : Contient des enzymes qui participent la nutrition (hydrolases) et des protines qui
sont impliques dans le transport de molcules lintrieur de la cellule.
Les Gram (+) excrtent plutt les enzymes hors de la cellule. Ce sont alors des exoenzymes . Celles des
Gram sont retenues entres les membranes Interne et Externe.
2.4 La membrane plasmique
2.4.1 Composition Chimique
Elle possde le mme type de structure que celle dune cellule eucaryote (bicouche phospholipidique) mais
avec beaucoup moins de glucides et jamais de strols (sauf chez les mycoplasmes).
Elle est compose de 60 70 % de protines et 30 40 % de lipides.
La membrane plasmique contient les enzymes de la chaine respiratoire, les dshydrognases et les
coenzymes associs : NAD+, FAD, cytochromes, cytochrome oxydase.
Dautres enzymes impliques dans la synthse des lipides et dans la rplication de lADN y sont localises.
2.4.2 Structure de la membrane plasmique
Les lipides sont la base de la structure de la membrane. Chaque molcule de lipide est amphipathique ;
forme dune partie hydrophobe soluble dans lhuile insoluble dans leau et une partie hydrophile ayant des
proprits opposes et portant un groupement phosphate charg ngativement. Ces deux couches
molculaires induisent une organisation en double feuillet. Cette organisation nest pas statique, elle rpond
au modle dit en mosaque fluide (Les molcules peuvent se dplacer latralement en changeant leurs
places).
On distingue deux catgories de protines : les protines priphriques et les protines intgrales qui
traversent compltement le double feuillet.
Structure de la membrane cytoplasmique bactrienne
2.4.3 Fonctions de la membrane plasmique
a-Rle de barrire semi-permable (ou semi slective): elle permet le passage de molcules lipophiles et
empche le passage des molcules hydrophiles.

On distingue 2 grands types de transport :
Le transport passif : il se fait dans le sens du gradient de concentration et ne ncessite pas dnergie.
Le transport actif : il se fait en sens inverse du gradient de concentration des molcules, ce qui ncessite
lutilisation dnergie (gnralement fournie sous forme dATP)
b- Site de fixation des flagelles (voir les flagelles plus loin)
c- Possde des protines membranaires ayant pour rles :
Enzymes responsables de la biosynthse et de lexcrtion dans lespace priplasmique de molcules

ncessaires la synthse de la paroi. Des Enzymes de la chane respiratoire permettant la synthse dATP et
celles de la photosynthse. Enfin, des transporteurs de diverses molcules (ions, sucres, ) dans les 2 sens.
De plus la membrane joue un rle important dans la dtection des signaux et de composs prsents dans le
milieu environnant grce la prsence de protines transmembranaires du chimiotactisme. Ceci, permet
aux bactries dotes de flagelles, de nager vers les endroits les plus riches en nutriments, ou bien, de
sloigner des endroits dfavorables comme ceux qui contiennent des substances toxiques. Ces protines
interviennent dans le sens de rotation des flagelles.
2.5 Le cytoplasme
Dlimit par la membrane cytoplasmique. Cest un sorte de gel pH neutre contenant de leau et :
Des ribosomes: qui interviennent dans la synthse des protines. Sont associs en chapelets sur lARNm sous
forme de polysomes.
Des substances de rserve = inclusions cytoplasmiques : en gnral, chaque groupe de bactries synthtise
une seule catgorie de substances de rserve qui forment des agrgats, parfois de grande taille. Cela peut tre
des glucides (amidon et glycogne), des lipides (poly-hydroxy-butyrate), du polyphosphate, et parfois des
minraux (fer, soufre).
Des organites spcialiss : On trouve des chromatophores (organites spcialiss dans la photosynthse), des
vacuoles gaz (permettant aux bactries aquatiques de flotter la surface de leau).
Vacuoles gaz
Vacuoles gaz de cyanobactries au microscope lectronique

2.6 Le Chromosome
2.6.1 Morphologie et structure
La majorit des bactries possdent un chromosome unique, circulaire. Par contre, Vibrio cholerae en possde
deux, un grand de 2,9 millions de bases et un petit de 1 million de bases.
Celui dEscherichia coli est empaquet et se trouve dans une rgion quon appelle nuclode ou corps
nuclaire. Il mesure 1400 m et 300 dpaisseur.
La morphologie des corps observs est variable selon la phase de croissance et de division de la bactrie.
Chez les cocci, on observe une petite masse sphrique ou ovode, souvent centrale. Chez les bacilles, un
btonnet situs transversalement dans la cellule. Il est gnralement mononuclaire chez les cocci et
plurinuclaires chez les bacilles. Cet aspect est visible chez les bactries jeunes en phase exponentielle.
Lappareil nuclaire se rplique plusieurs fois avant que la cellule ne se divise.
Cet ADN est associ des protines notamment des topoisomrases qui interviennent dans le repliement de
la molcule dADN, par contre on ne trouve pas dhistones comme chez les eucaryotes. On trouve par contre
des polyamines analogues aux histones, tel que la protine II, riche en Arginine.
2.6.2 Composition
LADN ou acide dsoxyribonuclique est un polymre de PM lev, compos dunits appeles nuclotides.
Nuclotide : Groupement phosphor + sucre 5 atomes + une base purique ou pyrimidique .
Bases puriques : Adnine A et Guanine G
Bases pyrimidiques : Cytosine C et Thymine T
Le sucre : Dsoxyribose
Le groupement phosphor : est un phosphate diester en 3 et 5 du dsoxyribose
Il y a autant de A que de T et autant de C que G par contre le rapport (A+T)/G+C) mieux connu sous le
nom de coefficient de Chargaff varie selon les espces. On lexprime en GC%. 50% chez E.coli 60% chez
Pseudomonas, 25 45% chez Clostridium.
2.6.3 Rplication Chimique
LADN se rplique, c'est--dire quil se reproduit lui-mme. La squence sur une chaine dtermine
automatiquement la squence sur lautre chaine.
La rplication est semi-conservative : Chaque chaine parentale reste associe la nouvelle chaine pour qui
elle sert de matrice.
La rplication est bidirectionnelle : Cairns a t le premier observer un chromosome entier d'E.coli en cours
de rplication. Il a associ des techniques de marquage isotopique et d'autoradiographie, suivie d'observation
en microscopie lectronique. Aprs avoir cultiv des bactries dans un milieu contenant de la thymidine
tritie faible activit spcifique, pendant un temps dpassant la dure du cycle, il met au point une mthode
de lyse de la cellule permettant de librer l'ADN directement sur une grille de microscopie lectronique, en
minimisant les risques de cassures mcaniques de la molcule.

La prparation est recouverte d'une mulsion photographique et aprs exposition et dveloppement,
l'examen rvle des grains d'argent le long de la molcule d'ADN. Ces premires observations ont montr la
circularit du chromosome d'E.coli. Dans un second temps, Cairns a effectu des marquages plus courts et
dduit des images prsente que la rplication commence en un point du chromosome bactrien, lorigine de
la rplication et fait le tour de celui-ci.
Mcanisme molculaire de la rplication
Plusieurs enzymes sont impliques :
ADN polymrase I, II, III : catalysent laddition de dsoxyribonuclotides lextrmit dune chaine dADN,
elles ont aussi une activit exonuclasique. La III est la plus active.
ADN ligase : unit les extrmits de deux chaines dADN en catalysant la synthse dun pont phosphodiester
entre un 3OH et 5P. Elle rpare les coupures dADN et circularise lADN bactrien.
Hlicase : Elle ouvre les chaines dADN avant la rplication.
Gyrase ou Topoisomrase II : Le chromosome dE.coli fait 1360 m (4.106 paires de Nt, donc 4.105 tours de
spires) si la rplication se fait en 30 min, alors la dspiralisation se fait 10000 Tours/minute. Cest grce la
dcouverte de la Gyrase quon a pu expliquer ce phnomne.
La Gyrase fait une coupure au niveau de lun des brins, ce qui induit la dspiralisation de lADN superenroule
en molcule circulaire enroule.
La rplication dbute en un point spcifique (le point origine ou point dinitiation).
Au niveau d la fourche de rplication, lun des deux brins est synthtis dans le sens de dplacement (3OH
libre), catalys par la DNA polymrase III. Il est appel brin prcoce ou avanc. Lautre extrmit 5 sera
synthtis par fragments dOgasaki et il est appel brin tardif.
Ces fragments de 1000 2000 rsidus ncessitent des amorces dARN synthtises par une ARN polymrase
DNA dpendante appele primase.
Ensuite ces amorces ARN sont excises par lADN polymrase I (activit exonuclasique) et les dltions sont
remplaces par de lADN par cette mme enzyme.
Enfin lADN ligase relie les diffrentes squences au niveau de leurs extrmits 3OH et 5OH libre.
Durant toutes ces tapes, les dADN matrice sont maintenus drouls et stabiliss par des protines appeles
DNA binding proteins .

Fourche de rplication de lADN chez E. coli. (Mariana Ruiz Villarreal, Humburg Germany)
2.7 Les Plasmides
La cellule bactrienne peut contenir des lments gntiques extra chromosomiques, capables
dautorplication. On les appelle plasmides (Lederberg , 1952). Certaines bactries possdent plusieurs
plasmides diffrents. Les plasmides permettent la bactrie une meilleure adaptation son environnement
2.7.1 Structure des plasmides
Ce sont des molcules dADN bicatnaire, gnralement circulaires, mais il en existe des linaires. Parfois ils
sintgrent dans le chromosome et on les appelle des pisomes. Ils sont transmissibles aux cours des
gnrations mais pas de faon quitable comme pour le chromosome. La perte dun plasmide est dite curage.
Reprsentation schmatique dun plasmide commercial Plasmide au microscope lctronique

http://blog.addgene.org/plasmids-101-what-is-a-plasmid PNAS in November 1973 by Stanley N. Cohen et al

Les plasmides sont gnralement de petite taille, (1 kb 400 kb), 1/100 du chromosome bactrien. Ils portent
trs peu de gnes, moins de 30. On classe les plasmides selon leur fonction et leur propagation.
On distingue ainsi : des plasmides conjugatifs, qui portent le gne responsable de la synthse des pili sexuels,
ncessaires la conjugaison.
Des plasmides R (facteurs de rsistances) : ils permettent aux bactries de rsister aux antibiotiques.
Des plasmides Col qui codent pour des protines dites bactriocines, telle que la colicine dE.coli. Les
bactriocines donnent un avantage la bactrie en tuant des souches trs proches systmatiquement parlant
dE.coli.
Des plasmides de virulence qui codent pour des toxines responsables des symptmes causs par des
bactries pathognes.
Des Plasmides mtaboliques qui codent pour des enzymes capables de cataboliser des molcules complexes,
aromatiques qui polluent notre environnement (pesticides) ou bien des nutriments comme le lactose, citrate
de Na, ure. Enfin la fixation de lazote chez Rhizobium.
2.7.2 Rplication
Le plasmide peut se rpliquer selon deux modles :
La rplication de type Theta , uni ou bidirectionnelle, partir dune origine de rplication en utilisant
lquipement enzymatique de la bactrie hte.
Rplication de Type Theta
Une rplication de type rolling cercle ou cercle droulant. Un brin est coup par une nuclase. Ce brin va
se drouler autour de lautre brin dans le sens 5P et la bactrie va synthtiser un brin complmentaire
simultanment aux deux brins parents

Rplication de type Rolling cercle
2 .7.3 Proprits (voir galement les diffrents types de plasmides ci-dessus)
a) Rsistance aux antibiotiques (90% plasmidique) les 10% restant (chromosomique).
b) Rsistance aux mtaux lourds (mercure, sels de cadmium, bismuth, de plomb, dantimoine et arsnites.
c) Production de substances rle pathogne. Lexemple le plus tudi est rencontr chez les Escherichia
coli, responsables de diarrhes
d) Le pouvoir pathogne dans les 3 cas est contrl par une information gntique porte par un plasmide,
codant pour des entrotoxines et des facteurs de colonisation permettant lattachement des bactries la
surface de lintestin (pithlium intestinal).
e) Production de bactriocines
f) Caractres mtaboliques : un grand nombre de caractres biochimiques des bactries sont dorigines
plasmidiques.
2.8. Pili
2.8.1. Structure
A ce jour on distingue 4 types de Pili (I, II III et IV).
Il est plus juste de nommer les types I, III, IV des fimbriae et le type II un Pili sexuel.
Les fimbriae : mot latin, signifie filament . Cest un appendice court (de lordre de 1m), creux, rigide,
compos de protines disposes en hlice. Il est largement retrouv en grand nombre autour du corps
bactrien (1000) chez les Gram ngatives et exceptionnellement chez les Gram positives.
Les pili sexuels ou de type II : Pili en latin signifie cheveu. Ils sont plus longs et plus pais que les fimbriae (10
m, 9 nm respectivement) et moins nombreux (1 4 par cellule). Le gne pili est port par un plasmide
conjugatif.
2.8.2 Fonction
Les fimbriae de type I, III, jouent un rle dans ladhsion des bactries aux diffrents supports vivant ou non.
Ils favorisent la formation de biofilm.

Les fimbriae de type IV, retrouvs par exemple chez Pseudomonas aeruginosa , en plus de lattachement, ils
sont impliqus dans un autre mode de mobilit, dite saccade. On les retrouve au niveau des ples des
cellules bactriennes. Les fimbriae IV se contractent et se rtractent comme un ressort, pour permettre la
mobilit de la bactrie.
Le pili sexuel ou de type II: Il a un rle dans la conjugaison bactrienne (un des 3 modes de transfert de
matriel gntique dune bactrie une autre). Les pili sexuels de la bactrie donatrice vont permettre de
reconnatre une bactrie rceptrice (de lamarrer) et entraner la cration dun pont cytoplasmique entre les 2
bactries, permettant ainsi le passage dune molcule de plasmide.
Pili sexuel de type II Fimbriae de type I
2.9. La capsule
2.9.1 Morphologie
Certaines bactries possdent des structures entourant la paroi. On distingue en ralit 3 types de couches, la
capsule, les couches mucode et la couche S selon les bactries.
La capsule, est bien organise, bien dfinie et elle est difficilement dtachable de la bactrie.
La couche mucode, retrouve chez les bactries aquatiques est moins bien organise, diffuse, elle est
facilement dtachable de la bactrie.
La couche S, plus rigide, trs structure. Cest une couche de surface mise en vidence que par microscopie
lectronique. Elle est constitue de sous units protiques organises de faon.
Mise en vidence de la capsule
Etat frais lencre de chine : les bactries apparaissent sur fond sombre avec un halo clair autour du corps
bactrien qui correspond la capsule.
Microscopie lectronique
Techniques immunochimiques : des Anticorps anti-capsulaires se fixent sur les Ag capsulaires. Le complexe
Ag-Ac prcipite et augmente lpaisseur de la capsule qui devient visible au microscope. Cette raction est
appele : Raction de gonflement de la capsule de NEUFELD.

Coloration lencre de chine Techniques immunochimiques Microscopie lectronique
2.9.2 Composition chimique
La capsule et les couches mucodes peuvent tres regroupes sous le terme de glycocalyx. Le glycocalyx est
un rseau de polysaccharides. Bacillus antharacis agent de la maladie du charbon, possde une capsule de
nature protique.
La couche mucode est frquente chez les bactries aquatiques et particulirement importante chez les
bactries du genre Zooglea qui produisent des masses gluantes. Certains polyosides produits par des bactries
ont un intrt industriel et sont produits comme glifiant notamment en industries alimentaires :
Leuconostoc mesenteroides produit des dextrans, Xanthomonas des xanthanes
La couche S est compos de protines et de glycoprotines, organiss en pavement.
2.9.3 Fonctions de la capsule
Les bactries peuvent vivre sans la capsule, mais cette dernire lui confre des avantages grce ses rles :
De protection : contre les Ultraviolets, la dessiccation, les agents physiques et chimiques.
De Virulence (la pathognicit) : Elle soppose la phagocytose en diminuant ladhsion de bactries aux
macrophages. Elle exerce un chimiotactisme ngatif sur les leucocytes.
Antignique : les Ag capsulaires sont responsable de la spcificit srologique (Ag K). A partir de cette
proprit, une classification peut tre tablie (ex : 70 types srologiques diffrents chez Streptococcus
pneumoniae).
La Couche S : Elle est trouve chez des Archobactries ( Methanococcus par ex) et chez des Bactries (
Chlamydia, Treponema, Helicobacter, Bacillus Clostridium ). La couche S joue un rle en tant que structure
paritale en plus de la paroi. Elle est implique dans ladhsion, dans la rsistance aux protases des
macrophages et dans la protection vis vis des bactriophages. La couche S sert de filtre excluant aussi bien
lentre que la sortie des molcules trop grosses.
2.10. Le flagelle
Ce sont des organes locomoteurs spcialiss. Ils sont trs rares chez les coques.
2.10.1 Mise en vidence
Indirecte : tat frais (bactries en mouvement) ou en milieu semi-glos. Plusieurs facteurs influence la
mobilit tels que lge de la culture, la temprature (Yersinia sp est immobile 37C et mobile 22C)
Directe : en microscopie optique aprs avoir paissi les flagelles par des colorations spciales (Rhodes,
Leifson : fuchsine basique) ; ou en microscopie lectronique.

Coloration de Rhodes Les flagelles sont fragiles et la prparation du frottis est dlicate
Technique : Prparation du frottis (utiliser une lame neuve) : laisse couler, sur lame incline 45 au dessus
de la cuve coloration (mettre de leau de Javel dans la cuve), 2 gouttes dune culture en bouillon (culture
jeune : 6 12 heures) de la souche tudier. Laisser scher.
Recouvrir la prparation de mordant de Rhodes (prpar extemporanment) pendant 3 mn
Laver soigneusement leau distille. Recouvrir de nitrate dargent ammoniacal (prpar extemporanment),
chauff presqu bullition, et laisser agir 3 5 mn. Rincer leau distille leau distille. Scher et observer
limmersion.
Pseudomanas fluorescens (flagelle monotriche)
Coloration selon la mthode de Rhodes
2.10.2 Structure
Ils mesurent en moyenne 16 20 m (beaucoup plus que la bactrie) et sont trs fins (300 dpaisseur).
Il existe diffrents modes dinsertion des flagelles, selon le nombre et la position de ceux-ci :
Monotriche
Lophotriche Insertions polaires
Amphitriche
Insertion Peritriche
Peritriche
Types flagellaires et modes dinsertion
Ils sont fixs la bactrie par insertion dans la membrane cytoplasmique.
Ils sont mobiles par rotation, comme une hlice, grce un mcanisme similaire un rotor fonctionnant
grce lnergie fournie par un gradient de protons.

Le mcanisme de rotation seffectue grce un complexe mcanisme impliquant des rcepteurs et des
kinases situ dans la membrane plasmique et impliquant aussi la paroi.
Architecture molculaire : Le flagelle bactrien est constitu de 3 parties :

Le filament hlicodal
Le crochet
Le corpuscule basal
Structure du flagelle de bactries Gram ngatives et positives
Le filament
Cest un cylindre creux constitu dune seule protine multimrique : la flagelline
La flagelline, protine fibreuse, se positionne en hlice rigide qui tourne la manire de lhlice dun bateau.
Le crochet
Il lie le filament au corpuscule basal.
Il a la mme composition que le filament, mais cet endroit, la flagelline ne possde pas le mme pas
dhlice, ce qui permet la formation dun coude.
Le crochet est plus court que le filament, mais plus large. Trs flexible, il permet dinduire le mouvement de la
bactrie.
La liaison du crochet au filament est assure par des protines associes au crochet = protines HAP
( Hook Associated Proteins ).
Le corpuscule basal
Enfoui dans la cellule, il insre le flagelle dans le corps cellulaire. Son architecture, assez complexe, peut tre
simplifie en 3 parties :

Une partie mobile = le rotor.
Une partie fixe = le stator.
Un inverseur qui dclenche le mouvement soit dans le sens des aiguilles dune montre soit dans le sens
inverse.
Sa composition est diffrente chez les bactries Gram (+) et Gram (-).
20 30 gnes sont impliqus dans la synthse des flagelles. La synthse du flagelle se fait par un assemblage
squentiel des diffrents composants : disques, du corps basal, puis du crochet et enfin du filament.
Cest une force proton motrice qui est responsable de la rotation (mcanisme pas totalement lucid).
C'est--dire quun gradient de protons se dispersant au travers des 2 anneaux fournit lnergie ncessaire la
rotation.
LATP ne semble pas tre implique dans la rotation du flagelle. Selon le sens de rotation du flagelle, la
bactrie ne se comporte pas de la mme manire :
1 : Dans le sens inverse des aiguilles dune montre (CCW), la bactrie avance en tournant lgrement sur elle-
mme
2 : Dans le sens des aiguilles dune montre (CW), la bactrie culbute et change alors de direction pour repartir
en avant avec les flagelles tournant CCW.
Remarque : pour les ciliatures pritriches : En mouvement, tous les flagelles sont regroups larrire du
corps bactrien (comme les tentacules dun calamar). Pour changer de direction, les flagelles se dispersent
autour du corps bactrien et la bactrie culbute.
2.10.3 Fonctions du flagelle
La locomotion
Mises en vidence sur des milieux semi-gloss (diffusion dans la glose) ou sur milieu solide (envahissement
de la surface de la bote. Ex : Proteus).
Rle antignique
Les antignes flagellaires (Ag H) dterminent diffrents srotypes (exemple : srotypage des Salmonella). En
prsence de lanticorps correspondant leur Ag H, les bactries agglutinent et les bactries simmobilisent. La
spcificit antignique repose sur le nombre et la squence des acides amins de la flagelline.
Fixation des bactriophages
Les flagelles sont le lieu de fixation de certains bactriophages.

Le chimiotactisme
Certaines substances attirent les bactries mobiles, dautres les repoussent. Selon la composition du milieu de
culture, on distingue 2 types de trajectoires :
Culbutes Culbutes
Les mouvements sont alatoires. Il y a de Les distances sont plus longues, il y a moins
nombreuses culbutes. Aucune direction de culbutes. Une direction claire apparat en
claire ne se dgage, en absence de fonction dun gradient de substances
gradient, le milieu de culture est dit
attractives ou rpulsives.
neutre.
2.11. La spore
Ce sont des structures de rsistance formes par certaines bactries lorsque les conditions deviennent
dfavorables. Elle permet aux bactries sporulantes de survivre dans des conditions difficiles et extrmes de
lenvironnement. Les genres bactriens les plus connues qui forment des endospores sont Bacillus,
Clostridium, Sporosarcina. Ce sont toutes des bactries Gram (+). Dautres genres sont capables galement
de sporuler.
Mise en vidence : Les spores sont visibles la coloration de Gram o elles apparaissent comme des espaces
vides lintrieur des bactries : seul le contour de la spore apparat color. A ltat frais, elles apparaissent
comme de petites masses rfringentes au sein de la bactrie, ou libres dans le milieu. Il existe des colorations
spciales bases sur le caractre acido-alcoolo-rsistant des spores. Exemple : coloration au vert de
malachite = coloration de Benito-Trujillo. Aprs une contre coloration par la fushine, les spores apparaissent
vertes dans la bactrie rose.
Coloration au vert de malachite Coloration de Gram Coloration de Gram
Bacillus Clostridium

2.11.1 Morphologie
Les spores sont de petites units ovales ou sphriques. Elles peuvent dformer ou non le corps bactrien.
Leur position dans la cellule est variable : centrale, terminale, subterminale. Elles servent galement dans
lidentification bactrienne. La spore peut-tre libre ou non. La recherche de tous ces caractres se fait dans
un but taxonomique.
2.11.2 Structure
Structure dun endospore de Bacillus anthracis (x 150000)
La spore possde une paroi et une membrane plasmique identiques celle de la cellule vgtative.
Lenveloppe la plus externe est mince, appele exosporium. Sous lexosporium on trouve le manteau ou la
tunique, compose de plusieurs feuillets protiques. Le cortex est localis juste sous la tunique. Enfin le
protoplaste (cytoplasme) ou cur de la spore, contient les ribosomes, le nucleode et des enzymes inactives.

Composition chimique
Lexoporium de Bacillus anthracis par exemple est compose de protines, dosamines et de polysaccharides
neutres. Elle contient une multitude denzymes ncessaires la germination et/ou linteraction avec les
cellules de lhte tels que les macrophages.
La tunique est de nature protique et selon lespce elle est constitue de protines ressemblant la
kratine chez Bacillus cerus ou au collagne chez Bacillus subtilus. Elle contient galement les enzymes
ncessaires la germination.
Le cortex est constitu de peptidoglycane diffrent de celui de la paroi avec moins de ponts interpeptidiques
car 50% de NAM (acide N-acetyl muramique) sont remplacs par des MAL (rsidus lactam-muramique)
Popham, D and al; JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Nov. 1996, p. 64516458
Le protoplaste pauvre en eau, contenant des enzymes inertes et du dipicolinate de Calcium qui stabiliserait
lADN chromosomique de la spore. Il contient galement dautres protines acides qui se fixent en grandes
concentration sur lADN pour galement le protger. On trouve galement des enzymes de la rparation de
lADN lors de la germination.
2.11.3 Phnomne de sporulation
Des conditions dfavorables de croissance entranent la sporulation ou labsence de germination de la spore. Il

reprsente le passage de la forme vgtative la forme sporule. La sporulation dure environ 10.5 heures,
chez Bacillus megaterium
Elle est provoque par lpuisement du milieu en substrat nutritif et elle peut ncessiter des conditions
particulires : absence doxygne pour les Clostridium, prsence doxygne au contraire pour B. anthracis. Le
processus de sporulation dbute la fin de la phase exponentielle et se droule en 6 tapes :
Stade I formation du filament axial : la division nuclaire ntant pas suivie dune division cellulaire, les deux
gnomes fusionnent donnant un filament chromatique axial.
Stade II : les deux gnomes se sparent et en mme temps la membrane cytoplasmique sinvagine prs dun
ple de la cellule pour former un septum de sporulation qui partage la cellule en deux parties ingales. Ce
septum va envelopper le cytoplasme de la plus petite partie pour former une prspore caractristique.
Stade III : Engloutissement de la prspore.
Stade IV : entre les deux membranes limitant la prspore se forme la paroi sporale puis apparat rapidement
le cortex.
Stades V and VI : apparition des tuniques et aprs maturation.
Stade VII : la cellule vgtative se lyse et libre la spore.

Le cycle sporal
2.11.4 Proprits
La spore possde de nouvelles proprits par rapport la cellule vgtative :
Dans la nature (conditions naturelles), la spore permet de rsister au manques deau et de nutriments.
Exprimentalement on a dmontr les proprits suivantes :
La thermo rsistance : La spore rsiste en gnral des tempratures de 70-80C pendant 10 minutes, parfois
plus. Cette proprit est due la prsence de lacide dipicolinique, la dshydratation de la spore et aux
protines SASP (petites protines acides et solubles pouvant se fixer lADN.
Rsistance aux agents physiques et chimiques : La spore rsiste aux rayons Ultraviolets, aux rayons gamma
(Calcium, et SASP). Aux antiseptiques, dsinfectants, antibiotiques (la tunique).
Synthse dantibiotiques : Certaines bactries synthtisent des antibiotiques au dbut de la phase de

sporulation. Exemple : Bacillus licheniformis synthtise ainsi la Bacitracine ; Bacillus polymyxa le polymyxine.
Mais aussi des toxines (entrotoxine de Clostridium perfringens) ou des substances activit biopesticide
(toxines qui tue des insectes), le corps parasporal de Bacillus thuringiensis et de Bacillus sphaericus. Cest un
cristal protique, lorsquil est ingr par les insectes, il se dissout dans lintestin et dtruit lpithlium. Les
peptides clivs par les protases passent dans le sang et provoque la paralysie, suivie de la mort de linsecte.

Le cristal parasporal dun pathogne
dinsecte (Bacillus thuringiensis)
2.11.5 Germination
Afin que la spore germe, elle doit se trouver dans des conditions favorables : eau, nutriments, pH, force
ionique, temprature convenable, aucun dagent antimicrobien.
Place dans des conditions favorables (eau glucose acides amins) la spore redonne naissance une cellule
vgtative. On distingue 3 stades dans le processus de germination :
Lactivation : correspondant une lsion des enveloppes sporales par des agents physiques (choc
thermique) ou chimiques (acides, lysozyme) ou mcaniques (abrasion, choc). Remarque : lactivation
thermique est mise profit au cours de la tyndallisation qui consiste chauffer 3 fois le produit striliser : 30
min 60C (destruction des formes vgtatives et induction de la germination dventuelles spores), le
deuxime chauffage 60C et pendant 30 minutes, tue les spores issues da la germination et induit la
germination des spores rsiduelles. Le troisime chauffage dans les mmes conditions, dtruit les dernires
formes vgtatives.
Linitiation dbute en prsence de conditions favorables dhydratation et de mtabolites effecteurs

(alanine, magnsium, adnosine) qui pntrent travers les enveloppes endommages. Des enzymes
hydrolytiques dgradent les constituants de la spore ; il y a libration du dipicholinate de calcium. Le cortex
ainsi dtruit, la spore s imbibe deau et gonfle.
Lmergence de la nouvelle cellule vgtative, grce laltration des enveloppes.

Chapitre 3 : Classification bactrienne
Introduction
La science des rgles de la classification sappelle taxinomie. Du grec taxis, qui veut dire ordre et nomie qui
signifie lois. La taxinomie permet de nommer les organismes vivants (la nomenclature) et de les classer en
units (taxons), au sein desquels, ils partagent un grand nombre de caractristiques communes.
En microbiologie, cela nous permet didentifier (lidentification) les micro-organismes pour mieux les utiliser
ou les exploiter (ceux qui sont bnfiques) ou bien pour mieux sen protger et de les contrler (ceux qui sont
pathognes).
La taxinomie microbienne est en perptuelle volution. Chaque anne, de nouvelles espces sont
dcouvertes. A lheure actuelle, on connat peine 10 15% des micro-organismes existant. Le reste est
dcouvrir. Ce constat est du notre incapacit de les isoler et de les cultiver. Lobtention dune culture pure
est ncessaire pour toute tude taxinomique au sens large, ou plus simplement pour toute identification dun
agent infectieux.
Une confusion existe entre taxinomie et systmatique. La systmatique tudie la diversit biologique et
permet de classer, dorganiser les taxons dans un ordre logique.
Enfin, on doit dfinir la phylognie, comme ltude de lhistoire volutive dun groupe dorganisme partir
dun anctre commun. Elle permet de regrouper les organismes selon leurs liens de parent.
La nomenclature est lensemble des rgles qui permettent de donner un nom stable chaque taxon et de
rglementer la faon de faire (code international de nomenclature des bactries).
On distingue deux catgories de noms : Les noms informels, noms spcialiss et les noms scientifiques des
taxons
Par exemple : Colibacille = nom informel - E.coli O157, nom spcialis. On parlera de lespce E. coli du genre
Escherichia de la famille des Enterobacteriaceae .
Les noms scientifiques sont des mots latins.
Rgles de formation des noms : On utilise le systme binomial du botaniste sudois Carl Von Linn.
La premire partie du nom est le nom du Genre, la seconde partie est celui de lespce.
Le genre : crit en Italique. Avec sa premire lettre en majuscule. Aprs sa citation le nom du genre est
abrg sa premire lettre.
Lespce : crite en Italique (ou soulign dans les livres et manuscrits). Avec sa premire lettre en minuscule.
La famille : Le nom est fond sur un genre valide, il est fminin, pluriel et se termine par aceae.

Les principaux taxons par ordre dcroissant (hirarchie taxinomique)
Domaine Bacteria
Rgne non dfini
Phylum Proteobacteria
Classe Gammaproteobacteria
Ordre Enterobacteriales
Famille Enterobacteriaceae
Genre Escherichia (ensemble despces)
Espce Escherichia coli, E. coli (ensemble de souches)
Il ne faut pas confondre classification et identification des micro-organismes. Une tude de classification
permet de slectionner une liste de caractristique et une approche qui facilitera lidentification. Les
techniques didentification sont plus simples et rapide faire au laboratoire, compares aux mthodes de
classification .
Plusieurs mthodes ont t dveloppes pour la classification et lidentification des micro-organismes. On

distingue, les mthodes phnotypiques et les mthodes gnotypiques
3.1. Classification phnotypique
Depuis la classification propose par Cohn en 1872 et jusqu'au dbut des annes soixante, toute la taxonomie
bactrienne reposait sur une classification phntique.
La classification phntique (ou phnotypique) utilise un nombre de caractres considrs comme
importants :
Observations macroscopiques, microscopiques et caractres tinctoriaux :
Descriptions des colonies (forme, taille, couleur, odeur) ; la morphologie des cellules (bacille, coque) ; leurs
arrangements. Les colorations (Gram, bleu mthylne, acido-alcool-rsistante). Observation de la mobilit
ltat frais. On peut galement rechercher la prsence dendospores, la croissance arobie, anarobie.
Les caractres morphologiques sont utiles pour lidentification, mais ne peuvent pas dmontrer eux seuls les
relations phylogntiques.
-Les Tests mtaboliques :
Trs importants, ils peuvent distinguer des bactries trs apparentes. On recherche la prsence denzymes
(oxydase, catalase), la dgradation de lure, de lesculine. La transformation du lactose et la production de
gaz, lutilisation de diffrents sucres comme source de carbone, lutilisation du citrate, la production
dactone.
Ces techniques ont t miniaturises dans des galeries spcialises (API) , on peut faire 20 tests sur une mme
galerie spcifique des entrobactries.

Tests mtaboliques en mini galerie API
-La mthode srologique : Le srodiagnostic et le strotypage est bas sur la raction spcifique antigne
anticorps. Cette mthode permet de diffrencier des espces et mme des souches au sein dune mme
espce. Les antignes cibls sont les Ag O chez les Gram ngatives, les Ag H flagellaires et les Ag K capsulaires.
-Les tests dinhibition : On value la croissance des micro-organismes sur des milieux slectifs, en prsence
dantibiotiques (antibiogramme).
-La chimiotaxonomie : On dtermine le profil des acides gras des parois. Le Profil des protines totales par
lectrophorse (sparation selon le pHi et le poids molculaire).
-La lysotypie : Infection par des bactriophages et formation de plages de lyses.
On dfinie le lysovar ou le lysotype.
Lysotypie dE.coli par un bactriophage (absence de culture signifie une lyse).
Pour construire une classification avec ces caractres phnotypiques, il faut donner un poids ou une valeur.
Cette approche a t applique aux bactries en 1957 par Sneath. Cette approche est appele taxinomie
numrique.
Une bonne tude de taxinomie numrique doit contenir, en plus des isolats inconnus, des souches sauvages
et des souches types de collections.
Le nombre de caractre analyss doit tre compris entre 50 et 100 au mieux. Le rsultat sera cod en code
binaire pour chaque test (0 ou 1).
0 = test ngatif ou absent & 1= test positif ou prsent

Il faut bien slectionner les tests, (enlever les tests toujours positifs ou ngatifs, les tests redondants comme
mobilit et prsence de flagelle).
Lanalyse se fait par un programme informatique (programme dagrgation ou Cluster analysis . Il value
la ressemblance entre les souches en calculant lindice numrique, lindice de Jacquard.
Mesure de laffinit entre les souches
Lindice de Jacquard : SAB= (nS+/(nS+ + nd)) X 100

SAB = Coefficient de similitude entre les souches A et B.
nS+ = Nombre de caractre semblables
nd = nombre de caractres diffrents
Ici seuls interviennent les similitudes entres caractres positifs, les ngatifs ne sont pas pris en considration.
On peut calculer lindice de pseudo-distance d= 1 S.
Cet indice sera autant plus petit que la similitude est grande .
Mthodes de classification et reprsentation graphique
Les mthodes de classification oprent par division ou agglomration. Dans le second cas on regroupe les
individus sur la base de leurs affinits en se rfrant lindice de ressemblance (Similitude ou distance). On
abouti des groupes, ou taxons, polythtiques (construits avec des caractres nombreux). On hirarchise ces
groupements par des niveaux de ressemblance.
1er niveau : organismes trs semblables. Niveaux suivants : ressemblance moins grandes
Au niveau hirarchique le plus lev : Tous les individus sont runis dans un seul groupe.
Les groupes taxonomiques ou phnons, peuvent tre reprsents par une matrice de similitude double
entre (mthode de Sneath) : Exemple 1 : rsultats de tests phnotypiques pour 8 souches, de A H.
Tests A B C D E F G H
1 + - + + + + - +
2 - + + - + - + +
3 + + - + - + + +
4 + - - - + + - +
5 + - - + + + - -
6 + + - + - - + -
7 - + + + + - - +
8 + - - + - + + -
9 + - + + + + - +
10 - + + - + - + +

Lindice de similarit est calcul en comparant chaque souche avec les autres souches
Souches A B C D E F G H
A 100
B 20 100
C 20 43 100
D 75 33 33 100
E 40 38 71 40 100
F 86 10 22 63 44 100
G 33 67 25 33 20 22 100
H 40 50 71 40 75 44 33 100
Analyse par le programme et regroupement des souches selon leurs indices de similitudes
Souches A F D E H C G B
A 100
F 86 100
D 75 63 100
E 40 40 40 100
H 40 44 40 75 100
C 20 22 33 71 71 100
G 33 22 33 20 33 25 100
B 20 10 33 38 50 43 67 100
Conclusions :
Les souches A, F et D semblent former un seul groupe et appartiendraient la mme espce.
Les souches E, H et C probablement aussi, mais une autre espce diffrente de (A, F et D).
Les souches G et B ncessitent des tests complmentaires pour pouvoir se prononcer.
La mthode rcente, reprsente les rsultats sous la forme de dendrogramme ou cladogramme (clado=
branche). Chaque point dintersection de deux branches correspond des caractristiques communes aux
espces situes aprs ce nud.

Le dendrogramme est figure par un arbre plusieurs branches et rameaux reprsentant les souches. Les %
de similitude permettent de couper cet arbre en des niveaux calculs mathmatiquement, donnant naissance
aux taxons.
Exemple 2 :
Soit 4 souches A, B, C et D qui prsentent des % de Similitudes (% S)
A : D 90 % B:C 80 %
A : B 50 % A:C 30%
B : D 20 % C:D 5%
La construction de dendrogramme se fera de la manire suivante :
1. Positionnement du couple (A : D) le % S le plus lev
2. Positionnement du couple B : C
3. Agrgations des deux premiers couples A : D et B : C un niveau hirarchique qui constitue la moyennne
des valeurs de similitudes pour les autres combinaisons , A : B , A : C, B : D et C : D, soit : (50
+30+20+5)/4 = 26.25
4. Le rsultat obtenu est une hirarchie que lon peut reprsenter par un cladogramme.
Cladogramme
Limites de la classification phnotypique
Techniques non adapte au diagnostic des bactries dont la culture est lente ou difficile (Chlamidia,
Rikettsiae) ou aux germes que lon ne sait pas cultiver. Il faut disposer dune culture pure.
Mme en multipliant le nombre de tests (400 tests) on nvalue que 5 20 % du potentiel gntique dune
bactrie (E. coli possde 3000 gnes)

Il existe des variations intra espce.
Les progrs raliss dans la connaissance de lADN bactrien permettent des comparaisons plus fines et
prcises entre les bactries et une classification plus juste
3.2. Taxonomie gntique ou phylognique
Les critres sont recherchs :
1. La taille du gnome
2. La composition des bases dADN sous la forme de pourcentage de G+C (GC%)
3. Le taux dhybridation ADN/ADN
4. La squence de lADN qui code pour lARN ribosomal 16 S
3.2.1. La taille du gnome
Selon les espces voir les genres la taille du gnome est variable. Les bactries paratrophes (parasite,
intracellulaire obligatoire) le gnome est trs rduit.
Tir de : http://www.sci.sdsu.edu/~smaloy/MicrobialGenetics/topics/chroms-genes-prots/genomes.html

3.2.2 Composition en base dADN (Coefficient de Chargaff)
Du nom de la personne qui a remarqu (dans les annes 1940) que :
Quelque soit lespce dorigine, lADN contient toujours autant de purine que de pyrimidine soit :
(A + G) = (C + T) ou (A+G) / (C+T) = 1
De plus, il y a autant de thymine que dadnine A/T = 1 , autant de guanine que de cytosine G/C = 1
Par contre, le rapport (A+T)/(C+G) varie beaucoup : il est caractristique de lespce.
Ce coefficient est appel coefficient de Chargaff. Il peut tre calculer suite un squenage par la formule
suivante ((G+C)/(A+T+G+C)) X 100
Ou bien par une mthode de spectromtrie ultra-violet.
Les deux brins dADN peuvent se sparer par rupture des liaisons hydrognes qui lient les bases.
On peut observer ce phnomne en chauffant la solution (ou milieu acide ou basique qui ionise les bases). Ce
phnomnes est appel fusion. La temprature de fusion (Tm), est la temprature ou 50% de l'ADN est
droul. On la mesure par spectrophotomtrie 260 nm. Lors de la fusion la DO260 augmente c'est l'effet
hyperchrome.
La temprature de fusion Tm varie avec la teneur en GC% de l'ADN.
Exemple: E. coli Tm = 72C (GC% = 50) P. aeruginosa Tm = 79C (GTC% = 66). La valeur du Tm est variable, il
dpend de la composition en bases de lADN. Plus la teneur en (G+C) dun ADN est importante, plus la valeur
du Tm est grande car les 2 brins sont dautant plus difficiles sparer car maintenues par plus de liaisons H. (3
liaisons pour GC contre seulement 2 pur AT)
Dtermination du point de fusion Tm
On dfinit le point de fusion not Tm = temprature pour laquelle labsorbance augmenter de moiti, lADN
est donc demi dnatur.
Tm = t (C) pour A/2.
ADN simple brins
ADN 50% des bases

apparies
ADN double brins

Rgles dinterprtations du GC% :
2 espces microbiennes ayants des GC% diffrents nont aucune communaut gntique.
2 espces microbiennes ayants les mmes squences nuclotidiques ont ncessairement le mme GC%.
2 espces microbiennes ayants le mme GC% peuvent tre gntiquement loignes.
Les bactries appartenant la mme espce ont le mme GC%.
3.2.3 Hybridation ADN/ADN
Les tempratures cls et leurs dfinitions
Tm : Point de fusion (Thermal elution midpoint) : Temprature de dnaturation de 50% de lhybride
Tor : Temprature optimale de renaturation : 25 30C < Temprature de dnaturation
Trr : Temprature restrictive de renaturation: 10 15 C < Temprature de dnaturation
Grace cela on a dmontr quen ralit que Shigella et Escherichia forment gntiquement la mme
espce, ainsi que Salmonella et Arizona.
A. Homologie ADN/ADN Tor
La renaturation ou hybridation, est maximum Tor.
Tor = 60C pour les Entrobactries.
Lhomologie, c'est--dire le % de base apparies / aux bases totales est de 70 100 % pour des mmes
espces.
Elle est de 0 60 % pour des espces diffrentes.

B. Stabilit thermique des hybrides
On utilise le Tm.
Aprs lobtention des hybrides Tor (Temprature optimale de renaturation), On augmente la temprature
doucement au dessus de Tor pour avoir que 50% de dnaturation de lhybride.
On compare les hybridations homologues et htrologues en parallle (A x A et A x B). La diffrence de

stabilit thermique Tm est proportionnelle au % de bases non apparies.
1 1,6 C de Tm = 1% de bases non apparies.
Mmes espces : Tm entre 1 et 5C (5% de base non apparies).
Espces diffrentes : Tm entre 7 et 20 C.
C. Homologie ADN/ADN Trr
Cette approche est trs utile pour des souches prsentant des Homologie ADN/ADN Tor, galent 60 -70%.
Cette temprature est dfavorable la renaturation, elle ouvre les ADN hybrides mal ou peu apparis. A Trr
les mme espces ont des homologies de 55 100%. Les espces diffrentes 0 50 % dhomologie.
Plusieurs mthodes sont utilises pour lanalyse par hybridation ADN/ADN.
Hybridation sur filtre de nitrocellulose (utilisation de radioactivit)
Technique de lhydroxyapatite (utilisation de radioactivit)
Technique de lendonuclases (utilisation de radioactivit)
Technique optique (pas de radioactivit)
5-3 Le squenage des ARN ribosomaux (ARNr)
Selon Woese, les ARNr sont les meilleurs chronomtres molculaires par :
La constance de leur fonction
Leur rpartition dans tous les organismes
Leur grande taille
On peut les squencer directement et rapidement.
On distingue:
ARNr 23S 2900 nucleotides (grand ARNr)
ARNr 16S 1540 nucleotides (petit ARNr)
ARN r 5S 120 nucleotides (trs petit ARNr)
On peut purifier lADN gnomique (le chromosome bactrien) et utiliser lACP (lamplification en chaine par
polymrase) ou PCR en anglais. Cest une technique qui permet de multiplier lADN codant pour lARN 16S

pour lanalyser par lectrophorse et le squencer base par base. A partir dune copie on peut obtenir 01
million de copies.
Plus de 97,5 % dhomologie, mme genre. Pour lespce possibilit faire des hybridations ADN/ADN.
Entre 90 et 97,5%: espces diffrentes, a priori mme genre, conforter par chimiotaxonomie.
Moins de 90%: a priori genres diffrents
Grce aux statistiques et linformatique on peut construire des arbres phylogntiques.
La rsolution taxinomique des diffrentes techniques molculaires
De nombreux taxinomistes pensent que seule une combinaison des donnes gnotypiques et phnotypiques
peut permettre d'tablir une phylognie. C'est l'approche polyphasique.
Les taxonomistes utilisent un maximum de caractres cologiques, morphologiques, mtaboliques comme

des proprits molculaires, afin d'obtenir les rsultats les plus fiables et les plus ralistes.
3.3 La Classification selon le manuel de Bergey
Ce quil faut savoir cest quil nexiste pas une classification officielle des bactries, mais on se rfre
la classification du manuel de Bergey. Cette classification est la plus accepte par tous les
microbiologistes.
Dans ces premires ditions, en 1936, elle se basait sur ltude :
De leur morphologie microscopique (bactrie de type coque, bacille, vibrion ; isols, par deux, en
chanettes...).
De leur morphologie macroscopique (taille, forme, couleur... des colonies sur milieux de culture gloss)
De leur mobilit (mobilit ou immobilit une temprature donne)
De la prsence de spores ( l'tat frais ou aprs coloration)
Du rsultat de la coloration de Gram (coloration de Gram positive ou ngative)

De la temprature de croissance (4 C, 20 C, 30 C, 37 C...), du type respiratoire (arobie, anarobie strict,
aro-anarobie facultatif, microarophile..), des besoins nutritionnels (ncessit de substances particulire
pour le dveloppement), de la capacit utiliser certaines sources de carbone ou dazote (on parlera
de biotypes ou biovars).
A cette priode, les procaryotes taient rpartis en 4 divisions reconnues sur la base de lexistence ou non de
la paroi. : Les Gracilicutes, les Firmicutes, les Tenericutes, les Mondosicutes.
I-Gracilicutes Gracilis cutis : peau fine. (Eubactries Gram -)
Anoxyphotobacteriae (photosynthse sans production d'oxygne)
Photobacteriae (cyanobactries)
Scotobacteriae (pas de photosynthse)
II-Firmicutes Firmus cutis : peau dure. (Eubactries Gram +)
Firmibacteriae (% G+C faible)
Thallobacteriae (%G+C fort, ramifies)
III-Tenericutes Tener cutis : peau tendre. (Eubactries sans paroi, gram -)
Mollicutes
IV-Mendosicutes mendosus cutis : peau dfectueuse
Archaebacteriae (archobactrie gram + / -).
Dans ldition rcente, moderne avec lutilisation de la classification polyphasique :
Les procaryotes sont diviss en deux domaines Eubacteria et Archaeobacteria qui comprennent 34
phylums . 30 pour Eubacteria et 5 pour Archaeobacteria.
Domaines 2 Archaea Eubacteria

Phylums 34 5 29
Classes 57 9 48
Sous-Classes 6 0 6
Ordres 119 15 104

Sous-ordres 20 0 20
Familles 292 26 266
2000
Genres 2100 environ 108
environ
7000
Espces 7300 environ 250 environ
environ
Sous-
450 environ 0 450 environ
espces
Divisons des procaryotes

Pour une classification complte que ltudiant aura le plaisir dtudier en L3 Microbiologie (Taxinomie
bactrienne), je conseille le lien suivant :
http://garciajeanlouis9051.perso.neuf.fr/ca_euryarchaeota.html.
Tous les phylums sont dcrits en dtails.
Domaine Eubacteria (I- Domaine Eubacteria (XIV-

Domaine Archaea XIII) XXII) Domaine Eubacteria (XXIII-XXX)
AI. Crenarchaeota BI. Aquificae BXIV. Firmicutes BXXIII. Fusobacteria
AII. Euryarchaeota BII. Thermotogae CI. Clostridia BXXIV. Verrucomicrobia
BIII. Thermodesulfo-
AIII. Korarchaeota bacteria CII.Negativicutes BXXV. Gemmatimonadetes
AIV. Nanoarchaeota BIV. Deinococcus-Thermus CIII. Bacilli BXXVI. Lentisphaerae
AV. Thaumarchaeota BV. Chrysiogenetes CIV.Thermolithobacteria BXXVII. Dictyoglomi
BVI. Chloroflexi CV. Erysipelotrichi BXXVIII. Caldiserica
BVII. Thermomicrobia BXV. Tenericutes BXXIX. Elusimicrobia
BVIII. Nitrospirae BXVI. Actinobacteria BXXX. Armatimonadetes
BIX. Deferribacteres SCI. Acidimicrobidae
BX. Synergistetes SCII. Rubrobacteridae
BXI. Cyanobacteria SCIII. Coriobacteridae
BXII. Chlorobi SCIV.Actinobacteridae
BXIII. Proteobacteria SCV. Nitriliruptoridae
CI. Alpha-Proteobacteria BXVII. Planctomycetes
CII.Beta-Proteobacteria BXVIII. Chlamydiae
CIII. Gamma-
Proteobacteria BXIX. Spirochaetes
CIV. Delta-Proteobacteria BXX. Fibrobacteres
CV. Epsilon-
Proteobacteria BXXI. Acidobacteria
CVI. Zeta-Proteobacteria BXXII. Bacteroidetes
CI. Bacteroidetes
CII. Flavobacteria
CIII. Sphingobacteriia
CIV. Cytophagia
Les 35 phylums des procaryotes et quelques classes (C) et sous classes (SC).

Chapitre 4 : Nutrition bactrienne
Introduction
Une bactrie peut avoir un mtabolisme intense qui se traduit par une augmentation de la taille, mais, surtout
du nombre des cellules. Cet tat est dit vgtatif. Dans certaines conditions, la bactrie ralenti son
mtabolisme et ne se divise plus. Cest ltat de repos. Dans les deux tats, la bactrie a des besoins nutritifs
(pour se diviser ou juste se maintenir en vie). Selon la nature de ces besoins, on dfini des bactries
prototrophes et des bactries auxotrophes.
Les bactries prototrophes ont des besoins lmentaires (Eau-source dnergie-source de carbone et dazote
macro et micronutriments). Les bactries auxotrophes ncessitent en plus des besoins lmentaires, des
facteurs de croissances. Les facteurs environnementaux sont galement trs importants pour la croissance,
le pH, la temprature, la pression osmotique, la prsence ou non doxygne.
4.1 Besoins lmentaires
4.1.1 Leau
L'eau reprsente 70% du poids cellulaire total chez Escherichia coli. Elle solubilise les nutriments, elle joue un
rle important dans leur transport et ceci dans les deux sens. Cest le solvant de la vie, ou se droulent toutes
les ractions mtaboliques (catabolisme plus anabolisme).
Un paramtre appel activity of water , aw, ou activit de l'eau) quantifie la disponibilit de l'eau libre,
non associe aux nutriments. Elle varie de 0 1.
Certains germes ne se dveloppent que pour une valeur de l'Aw suprieure 0,97. A loppos, les bactries
halophiles qui ncessitent la prsence de sel (NaCl, 1 15%) law est de lordre de 0.75.
Les endospores peuvent survivre dans un environnement dpourvu d'eau libre. Le degr d'humidit des
aliments a une influence sur leur conservation et leur schage. Cest un procd de conservation bas en
partie sur la diminution de l'aw.

4.1.2 Source dnergie
Sur la base de la source dnergie, on distingue les bactries chimiotrophes et les bactries phototrophes.
Les bactries chimiotrophes puisent leurs nergies des ractions chimiques doxydorduction. Si les
composs (donneurs dlectrons) sont inorganiques comme H2S, H2, Fe2+ ou NH3 ..., les bactries sont dites
chimiolithotrophes. Si le donneur dlectron est organique, elles sont dites chimioorganotrophes. La raction
type peut se rsumer comme suit : D = donneur lectrons ; A= accepteur dlectron
DH2 + A D + AH2 + nergie

Les bactries phototrophes puisent leur nergie de la lumire. Si la source d'lectrons est minrale, les
bactries sont dites photolithotrophes, si la source d'lectrons est organique, les bactries sont dites
photoorganotrophes.
4.1.3 Source de carbone
Le carbone est l'lment constitutif le plus abondant chez les bactries. Si la source est le dioxyde de carbone
(CO2) les bactries sont dites autotrophes, cest le cas des bactries phototrophes et la plupart des bactries
chimiolithotrophes. Si la source de carbone assimilable est un substrat organique, ces bactries sont
qualifies dhtrotrophes. Les bactries htrotrophes peuvent dgrader de nombreuses substances
hydrocarbones : alcools, acides organiques, sucres ou polyholosides. La liste des substrats carbons
utilisables par une souche bactrienne comme unique source de carbone et d'nergie constitue
l'auxanogramme de la souche.
Les photoautotrophes sont photosynthtiques. On peut citer les cyanobactries, les bactries vertes, les
bactries pourpres non sulfureuses.
La photosynthse bactrienne est diffrente de celle des vgtaux suprieurs. Elle ne conduit jamais la
libration d'oxygne libre. Les pigments et les donneurs d'lectrons sont galement diffrents (hydrogne,
soufre, jamais l'eau comme chez les plantes).
Les photohtrotrophes sont photosynthtiques et puisent le carbone de composs organiques.
Les chimioautotrophes, nont besoin ni de matire organique, ni de lumire du soleil. Ils puisent leur nergie
de substance inorganique et transforme le CO2 en matire organique. Comme exemples, les bactries des
sources chaudes hydrothermales profondes (fumeurs noirs). Elles nourrissent tout un cosystme.
Fumeurs noirs au fond des ocans

Comme deuxime exemple, on peut citer les bactries mthanognes (Archeae) qui synthtisent le mthane
(CH4) partir de CO2.
Les chimiohtrotrophes puisent leur nergie et leur carbone des substances organiques. Cest le cas de la
plus part des bactries dintrt mdical (pathognes).
4.1.4 Source d'azote
La synthse des protines et des acides nucliques ncessite des substances azotes. Lazote reprsente 12%
du poids sec des bactries et 80% de lair quon respire. Le cycle biogochimique simplifi de lazote:
L'azote molculaire (N2) est fix par quelques bactries vivant en symbiose avec des lgumineuses (bactries
fixatrices dazote) ou des champignons ou par des bactries jouant un rle dans la fertilisation des sols.
Pour la majorit des bactries la source d'azote est constitue par d'autres composs inorganiques
(ammoniaque, nitrites, nitrates) ou par des sources organiques (groupements amines des composs
organiques).
4.1.5 Macronutriments
Les bactries ont besoin de phosphore, de soufre, de magnsium, de calcium et de sodium.
Le phosphore est important dans la synthse des acides nucliques et phospholipides des membranes
plasmiques et externes. Sans oublier lATP (nergie).
Il est apport sous forme de phosphate organique et inorganique
Le soufre est retrouv au niveau de deux acides amins qui jouent un rle dans les ponts disulfure (la
mthionine et la cystine). Il intervient dans les structures complexes des protines. Il est galement utilis
dans la synthse des vitamines. (Biotine, coenzyme A). Le soufre cellulaire est dorigine inorganique (sulfate
SO4-, sulfure mtallique FeS, CuS, ZnS).

Le potassium joue un rle comme cofacteur enzymatique, le magnsium aussi, qui, en plus a une fonction de
stabilisateur de structures cellulaires.
Le calcium joue un rle important dans la rsistance la chaleur des endospores (chez Bacillus, Clostridium). Il
stabilise galement la paroi des bactries.
Le sodium est important pour la croissance des bactries halophiles (du grec halos, sel et philein, aimer).
Enfin le Fer, qui intervient dans la chaine respiratoire (bactries arobies), lment des cytochromes au
niveau de la membrane plasmique. Les bactries possdent des sidrophores qui capturent le fer insoluble et
le transportent lintrieur des cellules bactriennes.
4.1.6 Les oligolments
Ils sont indispensables la cellule en trs faibles quantits. On peut citer le cobalt, le zinc, le bore, le cuivre, le
manganse, le slnium.Trs importants pour le fonctionnement des enzymes. Ils ne sont pas tous requis
par une mme espce.
4.2 Facteurs de croissance
Selon les besoins nutritionnels ncessaire la croissance des bactries, on a dfinie les bactries
prototrophes et les bactries auxotrophes. Les prototrophes ont des besoins lmentaires, alors que les
auxotrophes ncessitent en plus, un ou plusieurs facteurs de croissance qu'elles sont incapables de
synthtiser. Soit ils sont fournis par lenvironnement ou rajouter dans le milieu de culture.
A ne pas confondre avec un mtabolite essentiel est un compos organique indispensable la croissance des
bactries mais, quelles sont capables de synthtiser.
Les facteurs de croissance sont des vitamines B1, B6, B12, acide folique, des prcurseurs de coenzymes (de
NAD, de coenzyme A, de FMN, de FAD). La syntrophie est un phnomne d'interaction mtabolique, qui se
traduit sur un milieu solide par la prsence de colonies satellites dune bactrie auxotrophe autour de celles
dune bactrie prototrophe productrice du facteur de croissance.

4.3 Rsum des diffrents types trophiques (nutritionnels)
Type du besoin Nature du besoin Type trophique
Rayonnement
Phototrophe
lumineux
Source d'nergie
Oxydation de
composs organiques Chimiotrophe
ou inorganiques
Minral Lithotrophe
Donneur d'lectrons
Organique Organotrophe
Compos minral Autotrophe

Source de carbone
Compos organique Htrotrophe
Aucun besoin Prototrophe

Facteurs de
croissance
Ncessaires Auxotrophe
Les bactries intracellulaires obligatoires, comme les Chlamydiae, tirent leur nergie de la cellule qu'elles
parasitent et elles sont qualifies de paratrophes.
4.4 Particularits du mtabolisme bactrien
Les cellules bactriennes sont trop petites pour stocker toutes les enzymes ncessaires leur mtabolisme.
Elles les synthtisent au fur et mesure de leurs besoins et selon la nature des substrats. Les enzymes sont
gnralement inductibles par la prsence du substrat. De plus, les grosses molcules (2) ne peuvent pas
traverser la paroi et la membrane plasmique.

Les bactries scrtent des exoenzymes pour les dgrader en petites molcules transportables par des
permases (1). Une partie du catabolisme est effectue lextrieur de la cellule.
4.5 Les facteurs environnementaux, physico-chimiques
Les facteurs environnementaux, comme la temprature, le pH, la salinit, losmolarit et loxygne

influencent et contrlent la croissance bactrienne. Chaque bactrie possde des valeurs optimales pour
chaque facteur et par consquent, selon les valeurs optimales, on dfini diffrentes catgories de bactries.
4.5.1 Temprature
Les psychrotrophes : Peuvent se cultiver 0C. Temprature optimale de multiplication entre 20 25 C.

Les bactries psychrophiles : Temprature maximale 20C. Temprature optimale de croissance infrieure
15 C.
Les cryophiles : peuvent se dvelopper des tempratures ngatives. Elles sont souvent isoles des matires
fcales danimaux polaires. Temprature optimale de croissance (- 5 C).
Les msophiles : croissance entre 25 et 40 C. Optimum 37C. la majorit des bactries pathognes.
Les thermophiles : temprature optimale entre 50 et 60 C.
Les hyperthermophiles ont une temprature optimale de croissance entre 70 C et 110C.
Taux de croissance en fonction de la temprature
4.5.2 pH
La majorit des bactries se multiplient prfrentiellement des pH voisins de la neutralit (6,5 7,5), mais
elles sont capables de crotre dans une large gamme de pH. On distingue :
Les acidophiles prfrent un pH acide. C'est le cas des lactobacilles dont le pH optimal est de 6.
Thermoplasma acidophilum a un pH optimal entre 0,8 et 3.
Les alcalophiles prfrent des pH alcalins. Ainsi, le pH optimal est de 9 pour la multiplication
de Vibrio cholerae. Alkaliphilus transvaalensis est capable de crotre un pH de 12,5. En culture, le
mtabolisme bactrien engendre des acides qui inhiberaient la multiplication bactrienne. Pour viter cela, on
rajoute des solutions tampons qui maintiennent un pH optimal.

4.5.3 Pression
Les bactries barophiles (du grec baros, poids, pesanteur), ont une La croissance optimale dans une
atmosphre dont la pression est suprieure la pression atmosphrique. Ce sont les bactries des eaux
profondes des mers et des ocans.
4.5.4 Pression osmotique
Les bactries sont peu sensibles aux variations de pression osmotique car elles sont protges par leur paroi.
A linverse des Mycoplasmes.
Selon leur sensibilit la pression osmotique, on distingue trois catgories de bactries.

Les bactries non-halophiles : NaCl est infrieure 0,2 M.
Les espces halophiles : NaCl suprieure 0,2 M pour les moins halophiles (Cobetia marina) 5,2 M pour les
plus halophiles Halobacterium salinarum.
Les espces halotolrantes comme les Staphylococcus, les Listeria ou les Lactobacillus. Ils tolrent 7.5 15%
de NaCl. Les anciens conservent les aliments en rajoutant du sel ou du sucre ce qui entraine une
augmentation de la pression osmotique. La croissance des bactries est limite.
Les bactries osmophiles se multiplient en prsence de grandes concentrations de sucre.
4.5.5 Besoins gazeux
Loxygne est en ralit un gaz trs toxiques sil nest pas neutraliser par les cellules qui en ont besoin. Lors de
la respiration arobie, il est neutralis en se combinant lhydrogne pour former une molcule deau. Cest
le cas des arobies stricts. Ils utilisent loxygne comme accepteur final dlectrons et neutralisent les
diffrentes formes toxiques (radical superoxyde, le peroxyde dhydrogne, le radical hydroxyl ) par
diffrentes enzymes (catalase, oxydase, superoxyde dismutase)
Comportement des bactries vis--vis de loxygne et types respiratoire

Les anarobies facultatifs peuvent croitre en absence ou en prsence doxygne. Mais leurs croissance est
maximale en prsence de ce dernier (Production dATP leve). En absence doxygne, elle utilise la
fermentation ou la respiration anarobie pour produire de lnergie. Cest le cas dE. coli.
Les anarobies stricts nont aucune enzyme capable de neutraliser les formes toxiques de loxygne. Leur
croissance doit se faire dans une atmosphre dpourvue doxygne. Cest le cas de Clostridium.
Les anarobies arotolrants nutilisent pas loxygne pour leur croissance mais ce gaz na aucun effet sur
elles. Cest le cas des Lactobacilles.
Les microarophiles qui ont besoin doxygne, mais une proportion infrieure celle de lair.
Enfin, les capnophiles qui exigent la prsence de concentration trs leves de CO2 (10 30 fois suprieures
celle de lair). Ces bactries poussent lintrieur des htes (humain ou animaux). Cest le cas de Helicobacter
pylori ; Neisseria gonorrhea.

Chapitre 5 : Croissance bactrienne
Introduction
La croissance bactrienne se traduit par une augmentation du nombre de bactries. On observe galement
un allongement de la taille et une augmentation du volume, plus visibles chez les formes en btonnets. Ces
dimensions, lorsquelles sont atteintes, dclenchent la division cellulaire par scissiparit. Une bactrie donne
deux cellules filles.
Une gnration
La division par scissiparit
Dautres mcanismes de division existent chez des bactries particulires, comme le bourgeonnement
(observ chez les cyanobactries) et la fragmentation (chez les bactries filamenteuses).
Le point de division est appel septum qui va former la cloison qui sparera les deux cellules filles. Chaque
cellule recevra une copie du chromosome et la moiti des composants cellulaires.
Chez Escherichia coli, des protines appeles Fts (filaments sensibles la chaleur), ressemblant aux
microtubules des cellules animales, jouent un rle important dans cette division en formant un anneau FtsZ
transversal ou vont se concentrer toutes les enzymes ncessaires la division, synthse du septum, de la paroi
des cellules filles
Anneau FtsZ dE. coli en division, visualis par immunofluorescence.

5.1 Mesure de la croissance
Plusieurs techniques sont utilises pour analyser, suivre et mesurer la croissance. Chacune a des avantages et
des inconvnients. On distingue les mthodes directes et les mthodes indirectes. Certaines distinguent les
cellules vivantes des cellules mortes et dautres, en sont incapables.
5.1.1 Mesures directes : Dnombrement des bactries aprs culture
Le rsultat est exprim en nombre de bactries par ml. On peut partir de 1 ml de lait, de jus ou quelques mg
de viandes broyes, dans 9 ml deau strile (premire dilution 1/10).
On procde ensuite une dilution en srie de 1/100, 1/1000 , 1/10000, 1/100000, 1/1000000. Ensuite, 1 ml
de chaque dilution est tal soit en profondeur soit en surface en utilisant des milieux solides sur boite de
Petri.
On prend en considration les boites de 30 300 colonies. Le nombre de bactrie.
Le calcul se fait comme suit : (dilution 1/10000, 125 colonies obtenues) : 125 x 10000= 1,25 million bactrie
par ml.
On suppose dans ce cas que chaque colonie est issue dune bactrie, mais en ralit cest faux. On parle
dunits formant colonies (UFC). Chaque colonie provient de plusieurs bactries en chainettes ou en amas.
Lensemencement par talement prsente linconvnient que lchantillon peut ne pas tre absorb dans sa
totalit.
Lensemencement en profondeur ou en masse exige que les bactries puissent supporter la temprature de la
glose liquide en surfusion (50C). Lchantillon est mlang avec la glose et les colonies vont pousser en
profondeur et en surface.

Dnombrement des bactries viables
5.1.2 Mesure directe du nombre de cellules
A partir dun volume connu dune suspension bactrienne on peut faire une numration totale des cellules au
microscope. On utilise une lame spciale appele chambre de comptage de Petroff-Hausser.
Chambre de comptage de Petroff-Hausser Comptage au microscope
5.1.3 Mesure par filtration sur membrane
Trs utiles lorsque le nombre des bactries est trs bas. Utilise pour la recherche des coliformes dans leau,
comme preuve de contamination fcale. On procde par filtration sur membrane de 100 ml d'eau puis la
membrane est mise en culture sur boite de Petri (Glose).
Filtration deau sur membrane et dnombrement

5.1.4 La technique d'pifluorescence
Elle distingue les cellules vivantes des cellules mortes. Elle utilise l'acridine orange, un colorant qui se fixe sur
l'ADN. En microscopie sous UV, les bactries vivantes apparaissent vertes alors que les bactries mortes
apparaissent rouges.
5.1.5 Mesures indirectes de la turbidimtrie
Plus une bactrie pousse dans un liquide plus ce dernier devient trouble. Il y a formation dun voile.
On utilise un spectrophotomtre pour mesurer cette turbidimtrie travers une mesure appele densit
optique (DO) ou Absorbance (A). La quantit de lumire transmise une cellule photosensible est
inversement proportionnelle au nombre de bactrie. Plus, il y a de bactries, plus labsorbance est basse. On
peut tracer des courbes de corrlation entre le nombre de bactries et labsorbance. Dans la phase
exponentielle, elle est reprsente par une droite. (il faut au moins 107 bactries par ml pour pouvoir mesurer
une densit optique). Les milieux trs colors ne peuvent tre utiliss.
Estimation de la turbidimtrie par spectrophotomtrie
5.1.6 Mesure indirecte par la biomasse sche
Les micro-organismes filamenteux ne se prtent pas facilement aux techniques dcrites ci-dessus. Leur culture
en milieu liquide, peut tre centrifuge ou bien filtre, puis sche dans un dessiccateur. On procde ensuite
au pesage. Plus la biomasse est leve plus le nombre de bactrie est grand. Cette technique ne differencie
pas les bactries vivantes des mortes.
5.1.7 Mesure indirecte par lactivit mtabolique
On peut suivre la variation du pH, la consommation doxygne, de lATP par le test de la lucifrase. LATP-
mtrie correspond la raction suivante.
ATP + lucifrine + O2 ------------------------------>AMP + PPi + oxylucifrine + lumire
La quantit de lumire mise est inversement proportionnelle la croissance des bactries. Elle peut tre
mesure grce un luminomtre. (1pgATP 1 000 bactries).

5.2 Paramtres de la croissance
Ces paramtres sont appels galement constantes de la croissance.
La division cellulaire rpond une progression exponentielle temps rgulier. 01 cellule donne 02 cellules, qui
donnent 04 cellules, puis 16, puis 32 et ainsi de suite.
Le temps ncessaire au doublement du nombre de cellules est appel temps de gnration (G).
Le temps de gnration est spcifique chaque espce et il dpend des conditions environnementales.
(G) est de 20 minutes pour Escherichia coli, de 1000 minutes pour Mycobacterium tuberculosis.
Calcul du nombre de gnration (phase exponentielle)
Soit N= nombre de cellule en division au temps (t) et N0 le nombre de bactrie initial
Aprs 1 division : N1= 21. N0 Aprs 2 divisions : N2= 22. N0 Aprs n division : Nn= 2n. N0
Donc LogN = Log2n . N0 = nLog2 + Log N0
donc n = LogN LogN0

Log2
Le temps de gnration G = tn-t0/n
Ainsi par e, si une population bactrienne croit de 103 109/ml en 10h.
n= (Log109- log103)/Log2 = 6/0.3 = 20 divisions
G = 10/20 = 0.5h = 30 mn
Le temps de gnration peut tre calcul en fonction de la pente de la reprsentation semi-logarithmique.

Soit lexemple suivant :
Temps (h)
La pente = Log2 n/t=0,301*1/2=0,15= Log2/G G = Log2/pente=0,301/0.15= 2h
Log2 n/t=0,301 n/t =(k) Taux de croissance spcifique = 0.15.
Enfin, 1/G reprsente le taux de division (h -1) et not (nombre de division par unit de temps lors d'une
croissance discontinue)

5.3 Courbe de croissance en milieu non renouvel, culture discontinue
Dans une culture discontinue ou la croissance nest pas synchrone et ou les nutriments spuisent avec le
temps, la croissance suit une courbe 04 phases. La phase de latence, la phase de croissance exponentielle,
la phase stationnaire et la phase de dclin.
Courbe de croissance bactrienne
La phase de latence
Le taux de croissance (k) est gal zro. Les bactries ne se divisent pas, mais sadaptent aux conditions de
leur milieu environnemental. Elles synthtisent les enzymes ncessaires spcifiques des substrats
(nutriments) prsents.
Si on inocule le mme milieu avec des bactries prleves en phase exponentielle, il n y aura pas de pas de
latence.
La phase de croissance exponentielle
Les cellules bactriennes se divisent sans arrt, tant que les nutriments sont disponibles et les substances
toxiques absentes et le pH est optimal. Le taux de croissance (k) est maximal. Ltat physiologique est maximal
galement.
La phase stationnaire
Lorsque la culture est faite dans un flacon ou un tube, un moment donn, les nutriments spuisent, les
produits toxiques saccumulent et le pH change. Le nombre de cellules ne varie plus. Il y a autant de division
que de mort cellulaire. Le taux de croissance (k) est constant. On parle mme dune croissance cryptique, ou
des cellules se nourrissent du contenu libr par des cellules mortes.
La phase de dclin
Les bactries ne se divisent plus. Elles meurent par lyse cellulaire. Le taux de croissance (k) et ngatif.

5.3.1 Phnomne de diauxie (deux croissance en grec)
Le phnomne de diauxie, est une croissance qui se traduit par une courbe biphasique. Cette croissance est
observe lorsquon utilise un milieu synthtique contenant deux sources de carbone. Dans un milieu
contenant du glucose et du lactose, les bactries vont utiliser en premier le glucose grce des enzymes
constitutives. La dgradation du lactose est sous la dpendance d'enzymes inductibles dont l'induction est
rprime en prsence de glucose. Lorsque le glucose est consomm, les bactries utiliseront le lactose et
initieront une nouvelle phase de croissance exponentielle aprs un temps de latence adaptatif.
Phase I (Glucose) Phase II (Lactose)
5.3.2 Les Cultures continues
Dans un milieu non renouvel, la phase de dclin est vite atteinte. Cela cre des problmes pour les
bioindustries. Du point de vue conomique, il est trs important de prolonger la phase exponentielle
plusieurs jours. La solution est de renouveler constamment le milieu de culture et en rcuprant les produits
du mtabolisme et les dchets. Les croissances continues sont obtenues l'aide de chemostat et dautres
quipent plus complexes. Le principe du chemostat repose sur le control indpendamment, du taux de
croissance et de la production de biomasse. Cela est possible en jouant sur le taux de dilution et la
concentration des nutriments. Le systme est constamment agit et aliment en air strile.
Principe du chemostat

5.4 Culture bactrienne
Une prparation nutritive quon prpare au laboratoire pour cultiver les micro-organismes est appel milieu
de culture. Les bactries introduites dans le milieu de culture constituent linoculum. Les micro-organismes
qui sy dveloppent forment une culture.
Classification des milieux selon la consistance
Selon les analyses et les expriences effectuer, on peut cultiver des bactries sur des milieux liquides quon
appelle bouillons de culture. Si on rajoute de lagar-agar (polysaccharides isols des algues), on obtient des
milieux solides. Les micro-organismes se dveloppent sous forme dun trouble ou voile en suspension.
Croissance sur milieux de culture liquide
Les milieux solides peuvent tre prpars sur boite de Petri ou en tube (glose incline, glose profonde).
Selon la quantit dagar rajoute, on a des gloses solides (1,5%) et des gloses molles (0,75%). Il est
dconseill de dpasser 1,5% car cela pourrait inhiber la croissance de certaines bactries cause dune forte
pression osmotique.
Les bactries se dveloppe sous forme de colonies, dont la forme, la couleur, lodeur, dpendent la fois de
lespce et du milieu utilis. La colonie sagrandit radialement avant de pousser verticalement une taille et
une hauteur limites.
Lagar fond lorsquon la rchauffe 100C et se solidifie lorsquelle se refroidit (ds 40C). Gnralement, on
prpare les boites de Petri avec une glose stabilise 50C.
Colonies de diffrents micro-organismes sur glose

Culture spciales et bactries non cultivables
Dautres bactries sont dites non cultivables. En ralit, il faut dire que lon ne sait pas encore cultiver ce
jour. Beaucoup dentres elles sont identifies uniquement sur la base de leur ARNr 16S.
En microbiologie clinique, lagent de la lpre, Mycobacterium leprae est cultiv dans un petit animal appel
Tatou. Enfin, les bactries intracellulaires obligatoires (Rickettsies, Chlamydias), sont cultives dans des
cellules mammifres en monocouches.
Les anarobies stricts ont besoin de milieux rducteurs et dquipements spciaux comme la jarre anarobie
ou une hte anarobie tanche, dont lair est contrl.
Classification des milieux de culture selon la composition chimique
Selon le type trophique de la bactrie et de ses exigences, il faudrait adapter la composition et le pH.
On a dvelopp diffrentes catgories de milieux de cultures :
Les milieux synthtiques
On connat avec exactitude la composition chimique de type de milieu, qualitativement et quantitativement.

Ils sont constitus chimiquement,de corps purs. Ils sont utiliss pour les bactries autotrophes ou des tests
bien prcis.
Exemple : Milieu ure indole (L-tryptophane (0,3 g), KH2PO4 (0,1 g), K2HPO4 (0,1 g), NaCl (0,5 g), ure (2 g),
alcool 95 (1 ml), rouge de phnol 1%, eau distille (100 ml).
Les milieux complexes ou empiriques
Trs nutritifs de composition indfinie. Utiliss pour la culture de nombreux organismes. Se sont les plus
appropris. Employs pour la culture des chimiohtrotrophes.
Ils sont constitus dextrait de soja, de viande, de levure, digrs par des enzymes. Ils fournissent une source
de carbone, dazote, vitamines B. Leur composition varie dun lot lautre. Ils sont prpars par macration ou
par dcoction. Exemple : bouillon nutritif (Peptone (5g), extrait de buf (3g), NaCl (8g), Eau distille (1 litre)).
Les milieux semi-synthtiques
Comme leur nom lindique cest un mlange de composs chimiques purs et de substances naturelles
empiriques. Exemple milieu de Chapman, qui est galement slectif pour les Staphylocoques. Peptone (10
g), Extrait de viande de buf (1 g) Chlorure de sodium (75 g), Mannitol (10 g), Rouge de
phnol (0,025 g), Agar (15 g), Eau distille (qsp 1 Litre). pH = 7,4.
Les milieux slectifs
Ces milieux inhibent la croissance de la majorit des micro-organismes et stimulent celles des bactries quon
cherche isoler. On fait intervenir un pH acide, une concentration de sel leve.
Les milieux diffrentiels
Contiennent un indicateur (colorant) qui permet de diffrencier deux types bactriens qui poussent sur le
mme milieu, mais ne dgradent pas tous les deux un substrat particulier. La glose Hekton, qui diffrencie
la fermentation de 3 glucides (lactose, saccharose et salicine) ainsi que la production de sulfure d'hydrogne.

Les milieux enrichis
Ils contiennent, outre les composants de base, des composants indispensables aux bactries, que celles-ci ne
peuvent pas synthtiser. Ce sont des milieux utiliss pour l'obtention des bactries dites exigeantes et
auxotrophes. Par exemple : les milieux au sang frais.
Les milieux d'identification
Utiliss dans la mise en vidence des caractres biochimiques des bactries dans l'identification diffrentielle.
Activit enzymatique micro mthodes (API)
Activits fermentaires micro mthodes (API)
Les milieux de conservation
Se sont des milieux pauvres au sein desquels les bactries survivent dans un tat de vie ralentie.
Obtention et conservation des cultures pures
Pour tudier et utiliser des micro-organismes on doit obtenir des souches pures (culture pure)
On peut utiliser pour cela deux techniques, par dilution en milieu liquide et par puisement en milieu solide.
Dilution en milieu liquide : Le produit do lon veut isoler la souche est dilu de 10 en 10 dans un milieu
strile.

Epuisement en milieu solide (La mthode des stries)
A laide dune anse de platine strilise, on dpose une petite quantit de milieu la priphrie dun milieu
solide, coul en boite de Petri. Puis on ralise des stries serres vers le centre de la boite et ceci par moiti,
aprs incubation, on obtient des colonies isoles l ou le dpt a t puis.
Isolement par stries parallles serres laide dune anse de platine
Conservation des souches pures
Les souches pures peuvent tres conserve temprature ambiantes en tube sur gloses inclines, par
lyophilisation dans des ampoules scelles, ou par conglation en prsence glycrol (40%). La conglation est
la meilleure faon de procder pour le long terme.
5.5 Agents antimicrobiens
Introduction
Au cours du 20e sicle, les scientifiques ont dvelopp une srie de mthodes physiques et chimiques pour
lutter et contrler la croissance des micro-organismes. Tous ces efforts taient dans un cadre de pratique
mdicale pour diminuer le pourcentage de dcs post chirurgicaux ou aprs des accouchements. Laltration
des aliments et le dveloppement dapproches efficaces pour leur conservation constituaient galement une
motivation dordre sanitaire et conomique.
A. Dfinitions
La strilisation : est laction de tuer toutes les formes de vie microbienne contenues dans une prparation ou
prsents la surface dun objet. Le matriel trait est dit strile lorsquaucun micro-organisme ne peut tre
revivifi.
Il faut souvent emballer les objets avant leur strilisation et bien fermer les prparations pour viter la
contamination postrieure.
La dsinfection : est une mesure qui a comme objectif de dtruire les microbes pathognes. Elle est inefficace
sur les endospores. Elle utilise un produit chimique quon nomme dsinfectant sur des produits inertes. Cest
une opration au rsultat momentan. Elle dtruit les microbes prsents, mais il faut rpter le traitement en
cas de contamination postrieure. Si elle est appliquer un tissu vivant en parle dantisepsie et le produit
utilis est un antiseptique. On nutilise pas les mmes produits pour les tissus vivants et les objets inertes.
Lantiseptique doit tre non toxique et non irritant pour lhomme ou lanimal.

Dsinfectant pour salle de bain Antiseptique pour la peau
La dcontamination : comme la dsinfection est une action au rsultat non permanent. Elle permet dinhiber
les micro-organismes, sans forcement les tuer. Elle sapplique des tissus vivants.
Lasepsie est lensemble des rgles respecter par les quipes mdicales pour viter lapport de microbes
exognes.
Selon leffet de lagent antimicrobien sur la croissance des micro-organismes, on distingue :
Une action bactriolytique avec une lyse (la mort) des cellules. Les nombres de bactries totales et viables
diminuent brutalement
Une action bactricide, les agents se lient leurs ciblent de faon troite et mme si une dilution a lieu, ils ne
se dtachent pas de leur cible et le nombre de cellules viables diminue sans lyse cellulaire de faon
exponentielle en fonction du temps..
Enfin une action bactriostatique, si la concentration diminue, la croissance bactrienne reprend. Il peut se
dtacher de sa cible. Dans des concentrations normales dutilisation, le nombre totale de bactrie est stable et
gale au nombre de bactries viables
B. Les modes daction des agents antimicrobiens
Quils soient physiques ou chimiques, ils agissent sur la croissance bactrienne en altrant la paroi, ou la
membrane plasmique. En dnaturant les protines cytoplasmiques ou les acides nucliques. On distingue 3
classes dagents antimicrobiens :
-Les agents physiques
-Les agents chimiques
-Les agents chimio-thrapeutiques
5.5.1 Les mthodes physiques
A. La temprature
Elle peut tre utilise pour la conservation des aliments soit par le froid (rfrigration, conglation) soit par la
chaleur (la pasteurisation). Dans les deux cas, le nombre de micro-organismes est stabilis par le
ralentissement de la croissance.
La temprature permet galement de dtruire les micro-organismes (strilisation, appertisation). Son action
dpend du milieu, de la physiologie et du nombre de cellules.
Les destructions thermiques utilisent la chaleur humide ou la chaleur sche.

Chaleur humide (strilisation)
Lappertisation, mthode fiable, efficace et simple. Dvelopp par Nicolas Appert en 1785 et confirm par
Pasteur en 1801. Consiste plonger des lgumes enferms hermtiquement dans des bouteilles, dans de
leau bouillante. Cette approche est trs utilse dans lindustrie des conserves.
Lautoclave, est une enceinte mtallique hermtiquement close dans laquelle on chauffe de leau sous
pression (120C 1 atm) pour faire agir la vapeur deau pressuris, pendent 15 20 minutes. La strilisation
est obtenue par dnaturation des protines. Il ya plusieurs modles dautoclaves de tailles et de formes
diffrentes.
Autoclave de laboratoire
La tyndallisation
Il est possible d'arriver striliser les matires fragiles, trs altrables par la chaleur, en leur faisant subir une
srie de chauffages temprature moins leve(60C), spares par des priodes de repos la temprature
ordinaire. C'est la tyndallisation. Elle est utilise pour liminer les endospores qui ont ractives en cellules
vgtatives, limines chaque cycle de chauffage.
La pasteurisation
Dveloppe par Pasteur entre 1866 et 1876. Un chauffage pas trs lev (60C) permet de dtruire la flore
pathogne (Salmonella, Listeria, Escherichia) et ralentie la croissance des germes daltration. Elle prserve
les qualits nutritives de laliment (lait), lquilibre chimique et les vitamines.
La pasteurisation ne peut tre considre comme une strilisation, on lapplique des produits pour
prserver les caractres organoleptiques, (gout, couleur, odeur, saveur) et en permettant leur conservation
pendent une priode. On distingue :
-La pasteurisation haute temprature : Le lait est port 90C pendant 30 secondes puis refroidi 10C.
-La pasteurisation basse temprature : Chauffage 60 70C pendant des temps plus longs.
-La pasteurisation Ultra Haute Temprature (UHT) : La plus rcente, elle est applique au lait et au jus de
fruit. Une temprature de 140C pendant quelques secondes, puis on refroidit brutalement.

La chaleur sche
Les objets (verrerie, matriel chirurgical), ne peuvent tre striliss par la chaleur humide. Il faut utiliser le
four Pasteur ou Poupinel circulation dair pour une bonne rpartition de la chaleur.
La strilisation est obtenue par une dnaturation des protines : 180C (30 mn) - 170C (1h) - 160C (2h).
Action du froid
Lactivit de leau est grande lors de la rfrigration (dveloppement des psychrophiles), par contre la
conglation la diminue. Les 3 rgles respecter dans lapplication du froid :
Il faut rfrigrer un aliment sain

Le plus tt que possible (rapidement)
La rfrigration doit tre continue (aucune rupture dans la chaine du froid)
B. les radiations
On a les rayonnements ionisants comme les rayons gamma, les rayons X et les faisceaux dlectrons. Ils ont
une longueur donde trs petite et ils transportent plus dnergie. Lnergie agit sur leau des cellules qui sera
ionise avec formation dions hydroxyles qui agissent sur lADN en le modifiant chimiquement ou en le
coupant.
Les rayonnements non ionisants comme les ultraviolets, surtout ceux dont la longueur donde est de 270 nm.
Ils provoquent la formation de liaisons anormales entre des bases de thymine proches dans lADN. Ceci, va
induire des problmes au niveau de la rplication de lADN. Les UV du soleil sont moins puissantes et
certaines bactries utilisent des pigments pour sen protger.

C. Pression
Les ultrapressions peuvent dtruire les micro-organismes. Elles sont utilises en recherche pour faire clater
les cellules french press . En industrie alimentaire, en utilise la Pascalisation, associ au traitement par la
temprature. Confiture et jus de fruit sont traits par pasteurisation basse temprature, avant de subir un
traitement de 10 30 mn sous 3500 6000 bars. On peut congeler des aliments -20C sans formation de
glace. Leau reste liquide -20C sous 2000 bars.
D. Elimination mcanique
La filtration est le meilleur moyen pour striliser des solutions renfermant des substances thermolabiles,
comme des protines, vitamines, srum, ATB La filtration strilisante est appele strilisation froid. Il y a
diffrents dispositifs de filtrations selon les volumes traits.
Filtre pour seringue Unit de filtration
5.5.2 Les mthodes chimiques
Ils sont trs actifs mais toxiques pour lhomme. Ils ne peuvent tre ingrs.
Lactivit est trs diverse. Leur action est brutale et non spcifique ( la diffrence des ATB).
On distingue :
Oxydation et dnaturation des protines : Leau oxygne oxyde les SH libre des enzymes, les sels de mtaux
lourds se combinent aux SH et inactivent les protines. Lalcool agit comme la chaleur et coagule les protines
Altration de la membrane cytoplasmique : les agents liposolubles (phnoliques, savons, et surtout

dtergents) dtruisent la membrane plasmique et laissent schapper le cytoplasme et ses composants.
Action sur le mtabolisme : Les cyanures et les fluorure attaquent la chaine respiratoire. Les colorants
basiques (bleu de mthylne, violet de gentiane, ragissent avec les acides ribonucliques. Dautres agents
sont mutagnes, comme lacridine, ou chlateurs comme la quinoline et ses drivs. On a isol des plasmides
de rsistance secondaire aux antiseptiques.
Comme exemples :
Oxydants : Eau oxygne, leau de javel, lalcool iod.
Alcool : Ethanol dilu 70% (lalcool dilue et plus efficace que lalcool pur)
Mtaux lourds et leurs sels : Les sels dargents en ophtalmologie, en ORL. Les sels de mercure comme
antiseptique de la peau et des muqueuses (Mercurochrome Mercryl, , Merseptyl). Le sulfate de cuivre comme
antifongique. Ils tuent la cellule en prcipitant les enzymes ou en se combinant aux groupements thiols SH. Ils
ont trs toxiques pour lhomme.
Phnol et Aldhydes trs toxiques pour lhomme, ils ont bactricides, fongicides et virucides. Ils dnaturent la
membrane, lADN et les protines
Les Savons, leur action est mcanique. Ils augmentent le pouvoir mouillant de leau et emprisonnent les
germes dans la mousse et les liminent avec le rinage. Dautres composs pouvoir mouillant, trs
bactricides ont t synthtiss. Ce sont les dtergents ou surfactants.
Les colorants, antiseptiques usage local, quelques-uns sont utiliss par voie digestif. Le vert de malachite et
le vert brillant pour le traitement des plaies superficielles, le violet de mthyle comme antiseptique urinaire,
le violet de gentiane comme dsinfectant. On les utilise dans la prparation des milieux de culture pour leurs
actions slectives. Ils sont souvent plus actifs sur les Gram (+) en slectionnant du coup les Gram (-) .
Strilisation par les gaz, on les utilise pour striliser les produits instables la chaleur, la dsinfection des
locaux (hpitaux), ou la strilisation des objets en plastique comme les boites de Petri et tubes.
5.5.3 Agents chimio-thrapeutiques antimicrobiens
Cest en 1929 avec Flemming, que lre vritable des antibiotiques dbuta. Il observa de faon anodine,
linhibition de la croissance de Staphylocoques par des moisissures de Penicillium, sur une boite de Petri
oublie sur la paillasse. Il cultiva en masse le Penicillium et montra que les extraits taient bactricides sans
tre toxiques pour les cellules animales. Il appela Pnicilline le principe actif du filtrat.
En 1939 Florey et Chain, on purifi la pnicilline grande chelle et effectu des essais cliniques avec des
rsultats spectaculaires.
En 1944, Waksman, dcouvrit la Streptomycine partir Streptomyces griseus
En 1953, Newton et Abraham, La cphalosporine C partir dune culture de Cephalosporium acremonium.
Depuis 1965, une nouvelle re dbuta, celle des antibiotiques semi-synthtiques, tel que les B-lactamines
A. Le principe de la toxicit slective
Les agents antibactriens chimiques (antiseptiques, dsinfectants) : Exercent une action antibactrienne non
spcifique. Ils ne peuvent pas tre utiliss en thrapeutique par ingestion ou injection, puisque leur action
sexerce sur les micro-organismes, mais aussi vis vis des cellules de lhomme ou de lanimal. Les agents
chimiothrapeutiques (antibiotiques, sulfamides), exercent un effet nuisible sur les microbes mais nont pas
deffet nocif sur les cellules animales et humaines.
B. Classification des antibiotiques

Les antibiotiques sont trs nombreux et peuvent tre classs selon divers critres :
B.1 En fonction de leur origine
Les antibiotiques naturels ou produits par les micro-organismes : Champignons (Pnicilline, Cphalosporine).
Bactries (Streptomycine, Chloramphnicol, polypeptides).
Les antibiotiques synthtiques ou produits obtenus entirement par voie chimique : Sulfamides. Acides
nalidixiques.
Les antibiotiques semi-synthtiques : Ces antibiotiques sont obtenus partir dune fraction molculaire
naturelle sur laquelle a t greff un radical chimique.

B.2 En fonction de leur spectre dactivit
Le spectre dactivit dun antibiotique ou domaine daction est une liste thorique de toutes les bactries
pouvant tre inhibes dans leur croissance ou dtruites par un antibiotique donn.
Large spectre : Actif sur la majorit des bactries Gram positif ou ngatif.
Spectre limit : Actif sur les bactries Gram positif et quelques Gram ngatif.
Spectre troit : Actif uniquement sur certains germes Gram positif ou sur certains Gram ngatif ou un genre.
B.3 En fonction de leur parent chimique

La structure de base commune plusieurs antibiotiques permet de regrouper ces antibiotiques dans une
mme famille. Les antibiotiques dune mme famille ont en gnrale le mme mcanisme daction.
B.4 En fonction de leur site daction
Le schma guide suivant rsume les 5 diffrents mcanismes des antibiotiques.
C. Lantibiogramme
Dans les infections graves, rcidivantes ou les checs thrapeutiques on fait appel au laboratoire de
microbiologie pour raliser une culture et un antibiogramme. Un antibiogramme permet de tester sur milieu
de culture, laction de molcules antibiotiques sur une souche bactrienne.
Lantibiogramme standard en milieu glos : mthode des disques
Pour raliser lantibiogramme par la mthode des disques, la culture bactrienne est ensemence la surface
dune glose de Mueller-Hinton. Des disques imprgns dune dose connue dantibiotique sont dposs la

surface de la glose. Lantibiotique diffuse partir du disque en crant un gradient de concentration. La
dtermination du diamtre de la zone dinhibition permet une estimation de la concentration minimale
inhibitrice. La sensibilit ou la rsistance de la souche bactrienne sera dtermine.
Antibiogramme : mthode des disques dantibiotiques

Chapitre 6 : Notion de mycologie et de virologie
6.1 Mycologie (Levure et moisissure)
La mycologie est ltude des myctes ou champignons. On distingue trois groupes majeurs de champignons.
Les moisissures (champignons filamenteux), les levures (unicellulaires) et les champignons macroscopiques.
Il y a 1.5 millions despces de myctes.
Grace leurs exoenzymes, ils recyclent les parties dures des vgtaux. Certains sont symbiotiques et
dveloppent des mycorhizes avec les racines des plantes. Ils sont aussi utiles des insectes pour dgrader la
cellulose et la lignine qui leur servira de nourriture. Lhomme galement sen sert pour la fabrication de
mdicament (antibiotiques, vitamines), daliment (pain, fromages), denzymes
Les myctes sont des eucaryotes saprophytes. Ils se nourrissent de matires organiques en dcomposition
qu'ils transforment en matire minrale, par absorption travers une membrane.
Commensales dans leurs majorit, donc vivant en association symbiotique avec dautres organismes. Mais
certains sont parasites et hautement pathognes pour lhomme, les animaux et les plantes (causant des
pertes conomiques considrables aux agriculteurs).
Le type respiratoire est arobie, lexception de ceux que lon trouve dans le tube digestif des mammifres.
Les levures sont anarobies facultatives. Du point de vue des facteurs physicochimiques, les myctes sont
msophiles, Temprature optimale de croissance entre 25 et 35C. Le maximum observ est de 62C. Ils
tolrent des milieux acides 5.5<PH<7.5 et ils sont moins exigeant en humidit par apport aux autres micro-
organismes.
Chimiohtrotrophes, ils utilisent la matire organique comme source dnergie dlectrons et de carbone. Ils
oxydent la matire organique pour puiser lnergie ncessaire leur dveloppement et croissance. Les
molcules simples sont absorbes directement (acide amin, monosaccharides). Les molcules plus
complexes sont hydrolyses lextrieur par un quipement enzymatique secrt ou associ la paroi.
Les myctes ont une paroi, principalement constitue de 10 20% de protines, 80% de polysaccharides
antigniques : la chitine (polymre linaire de -D-1-4- N Actyl-glucosamine), de la cellulose (polymre
linaire de -D-1-4- glucose) des mannanes ou des glucanes. La majorit, sont immobiles lexception de
quelques espces aquatiques.
Lappareil vgtatif des myctes est appel un thalle. Le thalle peut tre constitu d'une seule cellule
(levures). La plupart des champignons ont des thalles pluricellulaires constitus d'un myclium et d'organes de
fructification (les moisissures).
La croissance est apicale, elle se fait au niveau de lapex des hyphes. Lensemble des hyphes forment un
myclium. Les levures sont unicellulaires et se reproduisent par bourgeonnement mais galement par fission
binaire ou scissiparit comme Schizosaccharomyces pompe.
Leur cycle vital peut se faire par reproduction sexue ou asexue. Dans la reproduction sexue, les spores
prsentent des diffrences notables en termes de forme, taille et autres caractristiques, spcifiques de
lespce.

6.1.1 Taxinomie et reproduction des myctes
Les moisissures et les levures sont classes donc sur la base de la diversit des cycles de reproduction, en
tenant compte de la formation de spores sexues diffrentes.
La reproduction la plus rpondue se fait sans recombinaison gntique. Les spores asexues sont produites
par une mitose suivie dune division cellulaire. Elle peut avoir lieu par fragmentation du myclium
(arthrospore), par bourgeonnement dune cellule mre vgtative (blastospores), si elles sont enveloppes,
elles sont dites chlamydospores, ou lextrmit dun hyphe: conidiospores. Elles peuvent tre formes
lintrieur dun sporange : sporangiospores.
La reproduction sexue implique la formation de gamtes ou cellules sexuelles. Les gamtes de deux thalles
fusionnent leur patrimoines gntiques et forme un nouvel individu.
On reconnait 3 rgnes de myctes, le rgne des Eumycota , des Straminipila et des fongiformes, selon leur
morphologie et leur mode de reproduction.
A. Le rgne des Eumycota (champignons vrais) on distingue 5 phylums qui drivent probablement dun
anctre commun choanoflagells.
Phylum Chytridiomycota
Phylum Zygomycota
Phylum Glomeromycota
Phylum Ascomycota
Phylum Basidiomycota
B. Le rgne des Straminipila comprend 3 phylums qui drivent probablement dun groupe de protistes
comme les diatomes et certaines algues dores. Le plus important est celui des Oomycota
Phylum Oomycota
Phylum Hyphochytridiomycota
Phylum Labyrinthulomycota
C. Le rgne des fongiformes ou moisissures glaireuses avec 4 phylums
Phylum Myxomycota
Phylum Plasmodiophoromycota
Phylum Dyctyosteliomycota
Phylum Acrasiomycota

6.1.1.1 Phylum des chytridiomyctes
Ce sont des champignons infrieurs, le myclium nest pas sept (sauf dans des structures en cours de
reproduction). Les Chitrides produisent des zoospores dans des sporanges. Les zoospores sont mobiles
gnralement par un flagelle. La reproduction sexue se fait par la formation dune spore diplode aprs la
fusion de 2 cellules haplodes ou la fusion dun gamte haplode avec un uf immobile. La spore peut subir
une miose et produit un myclium haplode ou germer et produire un myclium diplode. Le myclium
diplode peut donner naissance a des sporanges, qui aprs miose forment des zoospores haplodes qui
germent en myclium vgtatif haplode.
Chytridiomyctes
Cycle biologiques des chytridiomyctes
6.1.1.2 Phylum des zygomyctes
Lors de la reproduction asexue, il ya formation dun hyphe arien, lextrmit du hyphe est appele
spongiospore, elle est spare de lhyphe par un septum appel columelle. Les lments contenus dans le
cytoplasme de lextrmit dun hyphe se transforment en sporange contenant de nombreuses spores
asexues. Les spores contiennent des noyaux haplodes issus de division mitotique dun noyau du myclium
vgtatif. La dissmination se fait par lintermdiaire de leau et le vent.
Dans la reproduction sexue, deux noyaux de signes contraires fusionnent dans une structure appele
zygospore. Si cest le mme myclium (homothalisme) si deux mycliums distincts (htrothalisme). La fusion
se fait au niveau des extrmits diffrentes des hyphes, appeles progamtanges et donne la zygospore.
Aprs une miose, 3 noyaux dgnrent et un seul reste pour donner le myclium vgtatif. Il ya formation
de nouvelles spongiospores partir de la zygospore.

Cycle biologique des zygomyctes
6.1.1.3 Phylum des Glomeromyctes
Ils ont t rcemment dfinis par la comparaison des squences de lADN ribosomal. Il inclut essentiellement des espces qui
vivent en association obligatoire avec des plantes ainsi qu'une une espce vivant en association avec des cyanobactries,
Geosiphon pyriforme. Ils jouent un grand rle cologique en formant les mycorhizes avec 90% des arbres.
6.1.1.4 Phylum des ascomyctes
Ils produisent des mycliums complexes avec des septums perfors. Ils produisent des conidiospores asexue
et des ascospores sexues dans des structures sacciformes appeles asque.
La reproduction vgtative ou asexue saccompagne par la production de spores appeles conidiospores

lextrmit des hyphes ariens appels conidiophores.
Si les spores sont spares par des parois transversales, on obtient des arthrospores, si cest un
bourgeonnement de la cellule mre, on obtient la formation de blastospores.
Reproduction asexue par conidiogense thallique Reproduction asexue Par conidiogense blastique
Les conidiophores peuvent sagrger sous diffrentes structures en forme de tiges :
Les spores non protges, leur sommet : Coremie

Protges dans des tissus mycliens striles : Picnide
Dans des tissus vgtaux, dans lpiderme des plantes : Acervule

(a)Arthospores ou spores thalliques (b)Blastospore, ou spores Blastiques.
(c)Aggrgation de conidiophores ou hyphes ariens.
La reproduction sexue a lieu par une union somatique de deux mycliums de sexe diffrent. Une courte
phase diplode est suivie par la formation dascospores lintrieur dasques sacciformes. Les hyphes se
courbent pour donner des structures appeles croziers ou bton de bergers qui possdent des septums
distincts leur base, permettant la prsence des 2 noyaux de sexe diffrent dans une cellule terminale. La
formation du septum est coordonne avec la division nuclaire, qui aboutit la formation dun asque.
La reproduction sexue chez les ascomyctes
Chez les ascomyctes plus complexes, plusieurs asques se forment en mme temps, se qui forme un tissu
fertile appel hyphnium. Ces hyphniums peuvent tre entours dune grande quantit de myclium
vgtatif au point quils sont visibles lil nu. Ces appareils sexuels protgent les asques et contribuent dans
leurs dispersions.
Pseudothce Cleistothce Prithce Apothcie
Diffrents appareils sexuels des ascomyctes.

La levure, mycte unicellulaire, est galement un ascomycte. Saccharomyces cerevisiae est lexemple type.
Elle possde deux modes de reproduction, asexue et sexue. Les cellules diplode bourgeonnent et donnent
des individus identiques. Si le milieu devient pauvre en azote et en carbone, un diplode a/, subie une miose
et donne un asque qui va librer des spores a et des spores a (haplodes). Ces spores peuvent se reproduire
par bourgeonnement individuellement et ds que les conditions redeviennent favorables, une cellule (a) peut
fusionner avec une cellule ( et reformer une cellule diplode.
Cycle vital dune levure comme Saccharomyces cerevisiae
Parmi les ascomyctes nous considrons un large groupe de champignons vrais qui ne possde pas de
reproduction sexue (inconnue ou rare) et qui produisent des conidies. On les regroupe sous le nom de
champignon imparfait ou deutromyctes. La mitospore est un autre nom la conidie parce qu'elle est
produite de manire asexue par le seul processus de mitose. Un champignon anamorphe (ne se reproduisant
que par conidies) peut donc tre galement dit mitosporique.
Par opposition, les champignons qui possdent une reproduction sexue sont dits tlomorphes et ceux qui
ont les deux types de reproduction au sein dune mme colonie fongique, sont dits holomorphes.
Parmi ces mitosporiques on a comme exemple un champignon trs dangereux Aspergillus niger, un poducteur
dantibiotique, Penicillium, Fusarium.
6.1.1.5 Phylum des basidiomyctes
Elles sont dits myctes massue. Leur hyphe est compltement cloisonn par des septums. La forme en
massue est appele baside, lextrmit de lhyphe, do sont mises les basidiospores. La majorit, sont
phytopathognes (la rouille du bl, le charbon des crales). Mais , les champignons chapeua font partie de
ce groupe.
Les basidiomyctes produisent rarement des spores sexuelles. Ils sont souvent sous la forme de myclium
vgtatif. La reproduction asxue a lieu lorsquun fragment de lhyphe se dtache et forme un nouveau
mycllium.
La reproduction sexue passe par la formation dun stade dicaryote issue de la formation de deux noyaux de
sexe diffrent suite la fusion de deux mycliums compatibles. Cest les conditions environnementales qui
conditionnent linitiation des spores sexuelles. Les mycliums se dissminent et donnent des basidiums.
Quatre spores bourgeonnent au niveau du basidium. Les basidiums se regroupent pour former des
hyphniums, trs sensibles la prsence de leau.

Cycle vital dun basidiomycte
6.1.1.6 Phylum des oomyctes
Se sont des moisissures aquatiques formant des hyphes coenocytiques. Phytopathognes importants, avec
comme maladies de rfrences, le mildiou de la pomme terre, la rouille de la pomme de terre et des
maladies de poissons. Ils se comportent comme des champignons vrais, mais ils possdent des
caractristiques des plantes en tant non photosynthtiques. Un noyau diplode, une paroi cellulosique, des
strols de plante au niveau de la membrane au lieu dergostrol des myctes, des citernes de golgi plates et
celles des mitochondries tubulaires (inverses pour les myctes).
Cycle vital dun oomycte

La reproduction sexue des oomyctes, commence par les spores enkystes qui se posent sur un substrat
favorable et germent. Puis se forme un rseau dhyphes cnocytique . A lextrmit des hyphes se forment
des zoosporocystes tubulaires qui relchent des zoospores deux flagelles et qui vont senkyster.
Les hyphes peuvent entamer une reproduction sexue en formant des structures sexues. La miose produit
des oosphres lintrieur des oocystes et des hyphes spermatocystes (antheridium ou anthridie) sur le
pourtour de loosphre. Les hyphes vont dposer leurs noyaux dans les oosphres. Cette dernire se
dsintgrera et librera les oospores. Les oospores vont germer pour librer les zoospores qui vont gnrer un
nouvel hyphe.
6.1.1.7 Les organismes fongiformes
Ce sont des moisissures visqueuses, aquatiques dites glaireuses. Elles ne ressemblent aux champignons que
par leur aspect et leur mode de vie, mais ils se rapprochent plus des amibes par leur reproduction et leur
cycle biologique. Les moisissures glaireuses peuvent produire des spores et entamer un cycle vital. Par contre,
comme les protozoaires, elles sont mobiles et se dplacent rapidement sur les substrats quelles colonisent.
On distingue, les moisissures glaireuses cellulaires avec une forme vgtative amibode et les moisissures
glaireuses acellulaires dont la forme vgtative est une masse protoplasmique appele plasmode. Les
myxomyctes se nourrissent des bactries et on vient de montrer rcemment quelles sont capables de
cultiver des bactries pour des raisons encore inconnues.
Moisissure glaireuse cellulaire (Dictyostellium discoidum)
Cycle vital dune moisissure glaireuse acellulaire (myxomyctes)

6.1.2. Morphologie
Les levures sont des champignons unicellulaires, de forme arrondies, ovale ou mme triangulaire. Alors que
les moisissures sont pluricellulaires et parfois conocytiques. Les levures ne forment pas de myclium et sont
souvent associes en agrgats. Les moisissures sont des champignons filamenteux de forme myclienne.
Schma dune Levure bourgeonnante
M : mitochondrie, Vac : vacuole, L : corps lipidiques, BS : cicatrice de bourgeonnement, ER : reticulum

endoplamsique, N : noyau, W : paroie, G : Golgi, V : visicule.
Schma dun hyphe de champignons
AVC : vsicule apicale, G : golgi, N : noyau, W : paroi, ER : rticulum endoplasmique, P : membrane

plasmique, R : polysomes, V : vacuole, S : septum, Wo : corps de Woronin (de nature protique).
Certains champignons sont dimorphiques et qui selon les conditions du milieu peuvent tre sous forme de
levure ou de moisissure (myclium). Ce sont souvent des champignons trs pathognes, comme Histoplasma
capsulatum. In vitro il est sous forme myclienne, alors quin vivo il est sous forme de levure.
Les moisissures se prsentent sous la forme de filaments enchevtrs et ramifis tel que les branches dun
arbre. Ces filaments sont appels hyphes.
Lensemble des hyphes dun myclium constitue un thalle. Do le nom de thallophytes.
Lhyphe constitue la base du myclium et se prsente sous la forme dune paroi cellulaire entourant le
cytoplasme et ses inclusions.

On distingue les thalles siphonns, donc pas de cloisons (Champignons infrieurs conocytiques) et les thalles
cloisonns par une septation transversale de la paroi (champignons suprieurs).
Il faut noter que les septums restent perfors pour permettre la communication entre les diffrents
compartiments de lhyphe. Si lhyphe est bless, les corps de Wonorin bouchent les septums pour protger le
contenu cytoplasmique.

6.2 Notion de virologie
Introduction
Le premier virus dcouvert est celui de la mosaque fluide du tabac. Ivanovski dmontre en 1892 quun extrait
de feuille malade reste infectieux aprs filtration travers un filtre. Les bactries sont retenues par ces filtres,
mais autre chose passe travers le filtre. Un nouveau monde est dcouvert : les agents pathognes filtrants.
Beijerinck, en 1898, sera le premier appeler virus , lagent causal de la mosaque du tabac.
Filtres de Chamberland en porcelaine
Les virus ont une structure composs de deux ou trois lments. Ils ne sont pas considrs comme des
organismes vivants. A lextrieur de lhte, cest une structure acellulaire, incapable deffectuer le moindre
mtabolisme. Du point de vue mdical, les virus une fois lintrieur de lhte, deviennent trs actifs et ils
prolifrent comme les bactries, les myctes et les protozoaires. Donc, du point de vue clinique on considre
quils sont vivants.
Les virus ne possdent quun seul type dacides nucliques (ADN ou ARN), renferm dans une coque
protique. Dans la cellule hte, ils dtournent le mtabolisme nergtique leur profit pour synthtiser de
nouveaux virions.
Du point de vue thrapeutique, vu que le virus nont pas ou trs peu, denzymes spcifiques, les traitements
antiviraux sont galement toxiques pou lhomme et lanimal.
6.2.1 La spcificit ou spectre dhtes cellulaires
Cest lensemble des cellules quun virus est capable dinfecter. La majorit infectent un type spcifique de
cellules, voir dune espce particulire.
Ce concept de barrire despce est tomb avec la grippe et ses diffrents virus. Le virus humain H3N2 est
transmissible au porc. Le virus H7N7 de la grippe aviaire (oiseaux) est transmissible galement au porc. Ce
dernier possde son propre virus H1N1 (grippe porcine). Des recombinaisons entre les trois virus a fait
merger de nouveaux virus trs dangereux transmissibles du porc lhomme.
6.2.2 La taille des virus
Elle varie de 20 nm (virus de la poliomylite) 1000 nm (virus dEbola).
La poliomylite est une maladie qui touche les petits enfants et qui entraine une paralysie. Le virus Ebola est
dactualit (2014-2015, pidmie en Afrique). Il provoque une fivre hmorragique, mortelle. Comme
comparaison E.coli fait 2000 sur 1000 nm. Lpaisseur dune membrane plasmique dun globule rouge est de
10 nm.

10 000 nm
cellule eucaryote
noyau cellulaire 2 800 nm
E. coli 2 000 nm
Virus
Rage 150 nm
Influenza et VIH 100 nm
Rhinovirus 70 nm
Polio 27 nm
Comparaison des tailles de diffrent organismes et de virus Diapositive de Mme Aliouche Amel
Leur petite taille et leur caractre parasite intracellulaire obligatoire, nous fait rappeler les rickettsies et les
chlamidies. Mais ces deux dernires sen distinguent par les caractres rsums dans le tableau suivant :
Comparaison entre les virus et les bactries
Bactries
Bactrie typique (E. coli) Rickettsies /Chlamidies Virus
Parasite intracellulaire Non Oui Oui
Membrane plasmique Oui Oui Non
Scissiparit Oui Oui Non
Filtrable par un filtre bactriologique Non Non / Oui Oui
Renferme la fois de lADN et de lARN Oui Oui Non
Mtabolisme gnrant de lATP Oui Oui / Non Non
Ribosomes Oui Oui Non
Sensible aux antibiotiques Oui Oui Non
Sensible linterfron Non Non Oui

6.2.3 Structure virale
Le virion est la particule virale complte sur le plan structural. Elle possde une capside qui entoure un
matriel gntique. Parfois cette capside est elle-mme entoure dune enveloppe. Le virion infecte une
cellule et induit la synthse de plusieurs particules virales identiques la particule initiale.
Il existe une classification base sur la structure virale. Elle est base sur la capside qui entoure le matriel
gntique. Lensemble capside plus acide nuclique forme la nuclocapside.
La capside est compose de sous units protiques appeles capsomres. Cest la plus petite unit structurale
observable au microscope lectronique. Selon lassemblage des capsomres on dfini les diffrentes formes
de capsides, caractristiques du type de virus.
Les virus polydriques
La capside se prsente sous la forme dun icosadre, compos de 20 faces triangulaires et 12 sommets. Les
capsomres forment un triangle quilatral. Cette structure est observe chez la majorit des virus animaux,
vgtaux et bactriophages.
Virus polydrique ARN, de lhpatite A
Les virus hlicodaux
Se sont des virus sous la forme dun filament creux ou dun cylindre. Les capsomres senroulent en spirale
autour de lacide nuclique. Le virus de la mosaque du tabac (VMT), de la rage et Ebola ont ce type de
symtrie.
Virion VMT Virion Ebola

Les virus envelopps
Parfois la capside est entoure dune enveloppe. Chez les virus des animaux, cette enveloppe provient dune
portion de la membrane plasmique de la cellule hte. Le virus y rajoute des glycoprotines et des rcepteurs
viraux. Lorsque le virus possde une enveloppe, il est dit envelopp, sil nen a pas, il est dit nu. Un exemple
de virus envelopp, le virus de la grippe.
Comparaison dun virus nu et dun virus enveloppe
Les virus complexes
Retrouv chez certains bactriophages comme le T4 dE.coli. Il possde une tte symtrie icosadrique
renfermant lacide nuclique et une queue symtrie hlicodale.
Tte
Bactriophage symtrie complexe
6.2.4 Diffrents types de virus
Les bactriophages et les virus animaux sont classs selon systme de la classification de Baltimore qui se base
sur le type de gnome et le mode de reproduction. On distingue 07 classes de virus (classe I, II, III VII).
Classe I : Gnome ADN double brin. (Bactriophages Lambda et T4 ; virus de lherps, poxivirus).
Une enzyme cellulaire transcrit lADN viral dans le noyau en ARNm (+) positif.
Une enzyme virale transcrit lADN viral dans le cytoplasme pour donner des virus.

Classe II : Gnome ADN simple brin. (Bactriophage 174 et virus de lanmie du poulet, Parvoviridae).
Une enzyme cellulaire transcrit lADN viral dans le noyau en ARNm (+) positif.
Classe VII : Gnome ADN double brin possdant une reverse transcriptase, se rpliquant avec un
intermdiaire ARN. (Hepadnavirus, lagent de lhpatite B).
Une enzyme cellulaire transcrit lADN viral dans le noyau en ARNm (+) positif.. Une transcriptase inverse
fabrique de lADN viral partir de lARNm.
Classe III : Gnome ARN double brin. (Bactriophage 6, Reoviridae, comme le rotavirus qui provoque des
diarrhes chez les enfants).
Lenzyme virale copie dans le cytoplasme le brin ngatif de lARN viral double brin, pour fabriquer ARNm (+)
positif.
Classe IV : Gnome ARN simple brin polarit positive. (Bactriophage MS2, entrovirus, poliovirus).
Le brin positif sert de matrice pour la synthse de lenzyme ARN polymrase ARN dpendante( ARN
replicase). Cette enzyme va servir fabriquer des ARN ngatifs complmentaire de lARN positif, pour ensuite
les utiliser pour synthtiser de nombreux ARN positifs qui seront incorpors dans les capsides.
Classe V : Gnome ARN simple brin polarit ngative. (virus de la grippe, virus de la rage.
LARN viral (-) ne peut pas servir de messager. LARNm doit tre fabriqu en premier. Les cellules de lhte
nont pas cette enzyme. Donc cette enzyme doit tre apporte par le virion. Elle va faire de lARNm qui servira
pour la synthse des protines virales et servira galement comme matrice pour la transcription des ARN
polarit ngative, qui seront incorpors dans les capsides.
Classe VI : Gnome ARN simple brin se rpliquant par un intermdiaire ADN. (Rtrovirus, HIV agent du
SIDA, Le Virus du Sarcome de Rous une forme de cancer).
LARN (+) de ce type de virus ne peut tre utilis comme ARNm. Lenzyme cl est la transcriptase inverse qui
permet de synthtiser de lADN simple brin partir de lARN positif du rtrovirus. Cet ADN simple brin va
servir de matrice pour synthtiser un double brin qui sera intgr dans le gnome de la cellule hte. LADN
double permettra la transcription dARNm viral qui servira pour la traduction des protines virales et
lassemblage de nouveaux virions.

6.2.5 Deux exemples de cycles de rplication {un virus humain (HIV) et dun bactriophage (lambda)}
Rplication du rtrovirus VIH
Cycle lytique et lysognique du bactriophage lambda dans Escherichia coli

La principale diffrence entre les deux multiplications est au niveau de la pntration. La nuclocapside du
bactriophage ne pntre pas dans la cellule. Le phage injecte son acide nuclique et la capside reste vide
lextrieur. Chez le virus animal ou humain, la nuclocapside pntre dans la cellule hte par endocytose ou
par fusion avec la membrane cytoplasmique. Ensuite, une tape de dcapsidation libre lacide nuclique
dans le cytoplasme de la cellule hte.
6.3 Les prions
Un prion est un type dagent pathogne de nature protique (constitu dune protine de 30 kDa ayant
adopt une conformation ou un repliement anormal) qui au contraire des autres agents infectieux tels que les
virus, les bactries ou encore les parasites, ne contiennent pas dacide nuclique (ADN et ARN) comme
support de linformation infectieuse. Ce terme correspond lacronyme de PRoteinaceous Infectious ONly
particle (particule protique infectieuse). Les maladies prions provoquent une dgnrescence du systme
nerveux central qui est toujours fatale.
6.4 Virodes
Un virode est une particule, plus petite que les virus (de 50 nm de long environ), compose d'un seul ARN
circulaire et sans capside. Les virodes infectent des plantes conomiquement importantes, comme la
pomme de terre, la tomate, le concombre, la vigne, les arbres fruitiers. Linfection des vgtaux cultivs peut
se rvler extrmement catastrophiques, les consquences allant de la perte de rendements jusqu la mort
de la plante. lheure actuelle il nexiste aucun traitement contre les infections virodaires. Les virodes ne
codent pas de facteurs de virulence. Cependant, ils peuvent modifier l'expression des protines dans leur
cellule-hte en entrainant le clivage des ARNm, ou linhibition de leur traduction. Ci-dessous la structure
dun colevirode (isol dune plante ornementale, le Colus).

Chapitre 7 : Rles des micro-organismes
7.1 Micro-organismes et environnement
Les micro-organismes constituent un lment trs important de la biosphre. Leurs activits ont des
rpercussions sur le milieu environnant que nous allons parcourir brivement.
7.1.1 Relations entre micro-organismes
Communauts microbiennes : Dans les cosystmes de la biosphre, les micro-organismes interagissent les
uns avec les autres. Les bactries font partie de communauts comprenant des algues, des protozoaires et des
champignons. Ces communauts sont retrouves dans tous les habitats, leau, le sol, les plantes, les corps
humains et danimaux. Chaque habitat est caractris par sa microflore. On peut imaginer diffrentes
situations dinteractions :
La comptition pour les nutriments, loxygne et lespace. Les micro-organismes les moins rsistants
disparaissent.
Dans les cosystmes les moins riches en matires nutritives, il peut yavoir antagonisme. Un micro-
organisme peut produire un antibiotique pour en liminer dautres. Parfois un micro-organisme peut faire
baisser le pH pour favoriser la croissance dun micro-organisme acidophile. Selon Winograddsky, les micro-
organismes dun cosystme se divise en deux catgories : les autochtones et les allochtones. Les
autochtones ne sont pas influencs par lapport exogne de nutriments, alors que les allochtones, trs
minoritaires et invisibles, peuvent voir leur nombre augmente subitement suite cet apport.
Activit et relations alimentaires
Lensemble des micro-organismes dun cosystme (la biocnose) joue deux rles trs important dans le cycle
de la vie. La biosynthse et la dcomposition (la minralisation de matire organique, par le biais de cycles
biogochimiques). Les Photoautotrophes sont des producteurs primaires et constituent le premier maillon de
la chaine alimentaire.
Les organismes qui se nourrissent de matires organiques en dcomposition sont des saprophytes. Il y a
souvent une collaboration entre diffrent saprophytes pour dgrader lensemble des macromolcules
prsentes dans un biotope. On a galement des prdateurs. Des micro-organismes qui se nourrissent dautres
micro-organismes. Les protozoaires et certains champignons fongiques sont voraces de bactries.
Ces mmes bactries peuvent tre parasites par des virus (bactriophages). On a galement un exemple
dune petite bactrie appele Bdellovibrio, capable de parasiter E. coli ou Pseudomonas en milieu aquatique.
Elle traverse la paroi et se loge entre celle-ci et la membrane plasmique. Elle finira par faire clater la bactrie
hte aprs une multiplication intense.

Quand une relation est bnfique deux organismes, on parle de symbiose. Cette symbiose existe entre
micro-organisme et animaux vgtariens. Elle lieu dans le rumen pour la dgradation de la cellulose. Le
monde vgtal a galement des exemples de symbioses. Le plus connu est celui observ chez les
lgumineuses avec les bactries du genre Rhizobium. Ces bactries sont fixatrices dazote molculaire dans
des structures racinaires quon nomme nodules. Les plantes, ainsi aides par des bactries peuvent se
dvelopper sur des sols pauvres en azote.
7.1.2 Rles des bactries dans les cycles biogochimiques
Les lments simples, intervenant dans la constitution de tous les tres vivants nexistent la surface de la
terre quen quantit limites. Les constituants des organismes morts doivent tre recycls. Les micro-
organismes jouent un rle vital dans ce processus de recyclage.
Le cycle du carbone
Cest le compos majeur des tres vivants. Les micro-organismes saprophytes dgradent la matire organique
provenant de plantes et danimaux morts. Les micro-organismes autotrophes fixent le CO2. Mais ce
phnomne est drisoire par rapport lactivit photosynthtique (sur un plan quantitative).
Cycle simplifi du carbone
Le cycle de lazote
Il dpend spcialement de lactivit des bactries. Il est ncessaire la synthse des acides amins, des acides
nucliques et des sucres amins. Notre atmosphre est constitue de 78% dazote, mails il ne peut tre utilis
tel quel. Par contre sous forme dammoniac, il est assimilable par de nombreux organismes, incorpor sous

forme de groupement amin. Dautres bactries utilisent les nitrates comme source dazote. Dans ce cas les
nitrates sont dabords rduits sous forme dammoniac, sans production dnergie loppos de la respiration
nitrique.
Donc la dcomposition de la matire organique par les saprophytes libre lammoniac (dsamination des
acides amins). Une partie de lammoniac est utilise directement comme source dazote. Une autre est
oxyde en nitrite NO2- puis en nitrate NO3- par des bactries chimiotrophes lors de la nitrification. Dautres
bactries peuvent raliser la respiration nitrique et produire de lATP en absence doxygne. Le nitrate est
rduit en nitrite. Certaines bactries peuvent franchir une tape supplmentaire en rduisant les nitrites en
en azote, cest la dnitrification, qui constitue une perte dazote assimilable.
Cette perte est compense par les bactries fixatrices dazote. Grace une enzyme (la nitrognase). On peut
citer Azotobacter, Rhizobium, Pseudomonas, Nostoc, Anabaena, les cyanobactries. Une autre forme de
conversion a t rcemment identifie chez des bactries marines dites planctomyctes, cest la raction
anammox. Elle consiste dans loxydation de lammonium NH4+ en absence doxygne. Le nitrite est accepteur
dlectron et il est rduit en N2 gazeux.
Cycle simplifi de lazote
Le cycle du soufre
Il intervient dans la composition de deux acides amins la cystine et la mthionine, dans celle du CoA. Les
plantes vertes et certaines bactries peuvent assimiler le soufre sous forme de sulfate. Mais pou tre
incorpor, le sulfate doit tre rduit. En sulfure par un processus quon appelle la rduction assimilatrice des
sulfates. Dans la nature, il existe des micro-organismes qui assimilent directement les sulfures produits en
grandes quantits dans des milieux aquatiques anarobies par la respiration des sulfates. Ces sulfures sont

leur tour oxyds par des chimiolithotrophes comme Thiobacillus et par des bactries photosynthtiques
vertes et sulfureuses pourpres.
Cycle simplifi du soufre
Le cycle du phosphore
Le phosphore est important pour la synthse des acides nucliques, des phospholipidesIl nest pas
disponible dans la nature. Donc, cest souvent llment le plus limitant pour la croissance des organismes. Le
phosphore ne peut tre tir que de la dsagrgation de la roche qui contient du phosphate. Dans le sol, on
trouve du phosphore organique et inorganique. Lorganique est recycl par les micro-organismes.
Le cycle du fer
Il consiste dans loxydation du fer ferreux en fer ferriques (Fe2+ en Fe3+), dans des conditions arobies et pH
neutre (Thiobacillus ferroxidans). En anarobiose, lion ferreux saccumule dans un processus de respiration
du fer, qui utilise lion ferrique comme accepteur dlectrons (Geobacter). Enfin, dautres bactries
transforment le fer en magntite (Fe3O4) qui saccumule dans le cytoplasme. Cette magntite est sensible aux
champs magntiques et peut servir des bactries pour migrer dans les plans deau et marcages vers des
rgions plus riches en oxygne.
7.2 Micro-organismes et sant
7.2.1 Les microbiomes humains et les probiotiques :
Comme exemple de microbiome, on peut citer les micro-organismes du tractus intestinal ou de la flore
intestinale, qui, loppos des agents bactriens pathognes, sont trs bnfiques pour la sant humaine.
Un nouveau domaine de recherche de la microbiologie sest dvelopp pour caractriser les diffrents types
de flore travers les populations humaines. En tenant compte du rgime alimentaire, de la prise
dantibiotiques sur le cours de la vie dun individu, de lethnie, de la voie de naissance (par voie naturelle ou
par csarienne).
Il a t dmontr clairement que les enfants ns par voie normale, dveloppent moins dasthme et dallergies
que les enfants ns par csarienne. Car lors de leur naissance, ils ont acquis la flore vaginale de leur mre. La
destruction de la flore par les antibiotiques et par certains rgimes alimentaires, induisent la disparition
despces bactriennes bnfiques au profit dautres espces qui favoriseraient le diabte, lobsit. Mme
chose pour la dpression, lanorexie et la boulimie (affection neuropsychiatriques). Une corrlation entre
lautisme et certaines espces bactrienne est entrain dtre tablie. Le systme immunitaire est stimul, voir
duqu par la flore intestinale. Dans les prochaines annes, il faudrait sattendre voir sur le march des
mdicaments dits probiotiques . Ils seront constitus dun mlange de bactries choisies sur la base des
symptmes traiter ou le confort atteindre.
http://jalimentemasante.com/microbiote-intestinal-et-syst%C3%A8mes-nerveux.html

http://crohn.superforum.fr/t2431-4-candidose-changez-de-regard-mici-sci-etc

7.2.2 Les maladies infectieuses
Une maladie infectieuse est une altration de ltat normal dun individu ou de lun de ses organes suite un
contact avec un agent infectieux. Dans le cas des micro-organismes, cet agent put tre, un virus, un
champignon, une bactrie ou un protozoaire.
Ces maladies infectieuses peuvent tre contagieuses ou non. Certaines maladies sont bnignes et dautres
plus graves, pouvant entrainer la mort.
En pidmiologie, on tudie le cycle de la maladie infectieuse, qui, pour une maladie donne, doit rpondre
cinq questions majeures.
1-Par quel agent la maladie est cause ?
La cause directe de la maladie doit tre identifie en appliquant le postulat de Koch. Le laboratoire de
diagnostic doit lisoler et tester diffrents agents de contrle de micro-organisme, afin de proposer
ventuellement une thrapie.
2-Quel est le foyer et le rservoir de lagent infectieux ?
Si on identifie lorigine dune maladie, on peut contrler le cycle infectieux. Sa transmission sera stoppe. Le
foyer est le lieu partir duquel lagent est transmis directement lhte. Cela peut tre une source deau, un
aliment, un animal. Cela peu tre aussi un tre humain qui revient dun voyage durant lequel il a contract un
agent infectieux qui nexiste pas dans son pays dorigine, il est appel porteur. Il y a diffrents types de
porteur :
Actif : il prsente les symptmes de la maladie.
Sain : Il porte en lui les germes pathognes mais il nest pas malade et ne sera jamais malade.
En voie de gurison : Il nest plus malade, mais porte en lui encore lagent pathogne.
En incubation : Il porte lagent pathogne depuis peu, mais il na pas encore de symptmes cliniques
Le rservoir est le lieu naturel dans lequel lagent infectieux est retrouv naturellement. Beaucoup de
maladie infectieuses sont transmises par des animaux, se sont des zoonoses. Les animaux peuvent tre
domestiques ou sauvages.
3-Quel est le mode de transmission ?
Pour se maintenir dans une population, un agent infectieux doit se transmettre dun hte lautre. On
distingue quatre modes de transmission.
La transmission par un arienne
La transmission par contact
La transmission par un vecteur inanim ou passif
La transmission par un vecteur animal

Dans la transmission arienne, lagent est transport par des microgouttelettes deau ou une poussire en
suspension. Si les hommes sont lorigine de la maladie, cette transmission se fait par la toux et les
ternuements.
La transmission par contact se fait par attouchement entre la source et lhte. Elle peut tre directe ou
indirecte.
La transmission par un vecteur inanim se fait par des objets, instruments chirurgicaux, leau les aliments.
La transmission par un vecteur animal se fait par des arthropodes et par des vertbrs (chiens, chat et autres
animaux sauvages).
4-Pourquoi lhte est-il sensible lagent infectieux ?
Cela dpend de la virulence de lagent et des dfenses immunitaires de lhte. Le facteur gntique et
lalimentation sont galement pris en compte.
5-Comment lagent infectieux est sorti de lhte ?
La sortie est aussi importante que lentre dan la comprhension et la lutte contre la maladie infectieuse. Les
voies de sorties sont souvent passives (scrtion, urine, selles, salive).
7.2.3 Exemples de maladies virales, bactriennes, parasitaires, fongiques et leurs modes de transmission.
Maladie virales transmises par lair : la varicelle, la grippe, la rougeole, le SRAS (syndrome respiratoire aigu
svre), la rubole.
Maladies virale transmises par un contact : Le SIDA, lherps labiale et gnital, le rhume par contact des
mains, les hpatites virales.
Maladies virales transmissible par un vecteur passif (eau, aliment) : Les gastroentrites virales, lhpatite A
et E, la poliomylite.
Maladies virales transmisses par un vecteur animal : la rage par la morsure danimaux enrags, les fivres
hmorragiques (Ebola, Marburg). Les virus sont ports par des primates et des chauves-souris.
Maladies bactriennes transmisses par lair : La pneumonie, la diphtrie, la lgionellose, les mningites, la
tuberculose
Maladies bactriennes transmises par des arthropodes : Les tiques, les poux, les puces peuvent transmettre
des maladies trs graves, comme la peste (Yersinia pestis) , le typhus (Rickettsia typhi), la maladie de Lyme
(Borrelia sp).
Maladie bactrienne transmises par contact : La gangrne gazeuse clostridies, la conjonctivite chlamydias,
la lpre par Mycobacterium leprae, lulcre gastrique par Helicobacter pylori et les maladies staphylococciques
manifestation dermatologique comme limptigo, les furoncles, le syndrome staphylococcique de la peau
bouillante, qui par une toxine code par un gne plasmidique, dcolle lpiderme et met la peau nu. Le
ttanos qui forme des endospores, le trachome. Dans ce groupe, On peut rajouter ceux-ci, les maladies
bactriennes, sexuellement transmissible comme la syphilis, le chancre mou, la vaginite, lurtrite, la
blennorragie gonocoque qui atteint les muqueuses gnitales.

Maladies bactriennes transmises par leau et les aliments : On parle dempoisonnement alimentaire. Si le
micro-organisme est apport par les aliments puis, il se dveloppe dans le tube digestif de lhte avant
denvahir dautres tissus, on parle dinfection alimentaire. Si le micro-organisme se dveloppe dans laliment,
puis scrte une toxine qui va tre ingre, on parle dintoxication alimentaire, les plus connues sont le
botulisme (Clostridium botulinum) trouv dans les conserves et lintoxication alimentaire staphylococciques
(S. aureus).
Parmi les infections alimentaires on distingue les gastro-entrites (Campylobacter), le cholera (Vibrio), la
listeriose (Listeria) transmise par le lait. Les salmonelloses (eau et nourritures contamines par les djections
danimaux contenant des Salmonella.
Une forme de dysenterie bactrienne appele shigellose. Les shigelles sont portes uniquement par les
humains. Elles sont parasites intracellulaires des cellules intestinales et provoquent des diarrhes une
inflammation des tissus intestinaux.
Les E. coli entropathognes trs frquentes dans les diarrhes chez le nourrisson. Les E. coli entrotoxiques,
responsables des diarrhes dans les pays en dveloppement et chez le touriste de passage. Les E. coli entro-
invasive, pathognie identique celle de Shigella. Le pouvoir pathogne dans les 3 cas est contrl par une
information gntique porte par un plasmide, codant pour des entrotoxines et des facteurs de colonisation
permettant lattachement des bactries la surface de lintestin (pithlium intestinal).
Les protozoaires sont impliqus dans des maladies parasitaires trs graves. On peut citer lamibiase (amibes),
le paludisme, la toxoplasmose (apicomplexa), la leishmaniose, la maladie du sommeil, la maladie de Chagas
(flagells sanguins et tissulaires) et la trichomonase (flagells des organes gnitaux). Ces trois groupes de
maladies sont transmis respectivement par leau, par des piqures dinsectes vecteurs, par relation sexuelle.
Les champignons microscopiques causent galement certaines maladies quon regroupe sous le nom de
mycoses.
Ces mycoses peuvent tre cutanes et sous-cutanes, systmiques (phagocytes, poumon, peau, os, cerveau,
viscres) et opportunistes (chez les patients immunodprims).
7.3 Micro-organismes et industrie
7.3.1 Les aliments et leur dtrioration
Les aliments sont riches en substances nutritives. Lorsquils ne sont pas conservs correctement, ils sont
dtriors par la croissance des micro-organismes. La couleur, le gout, la valeur nutritive sont modifis. Leur
consommation peut galement entrainer une infection et/ou une intoxication alimentaire et parfois la mort.
Pour viter ce type de problme, il faut respecter les rgles de conservation selon le type daliment. Pour
contrler la dtrioration des aliments il faut utiliser les mthodes physiques et chimiques qui contrlent la
croissance microbienne.
La scurit alimentaire implique la dtection rapide des micro-organismes avant (contrle des matires
premires), durant et aprs la fabrication des aliments.
7.3.2 Les aliments ferments
La fermentation son origine, servait pour conserver les aliments en favorisant la croissance dune flore
microbienne naturelle ou rajoute. Depuis, les produits ferments ont montr des qualits et des avantages

confirms pour la sant (probiotiques). On distingue la fermentation des produits laitiers, la production du
fromage, la viande et le poisson, le pain, les lgumes ferments et la production de boissons alcoolises.
7.3.3 Le traitement des eaux uses
Comme pour les aliments, il est impratif danalyser leau de consommation ou de rcration. Nous avons vu
que de nombreuses maladies virales, bactriennes et autres sont transmissibles par cet lment vital quest
leau. Lun des problmes majeur pour la qualit de leau est la contamination fcale. Le laboratoire de
contrle de qualit recherchera des organismes indicateurs comme indices de contamination. Les plus
recherchs sont les coliformes.
Lactivit humaine domestique ou industrielle gnre des quantits phnomnales deaux uses. Leau
potable est une denre rare dans certaines rgions du globe. On doit imprativement rcuprer et traiter
celles quon a utilises. Les ingnieurs et les biologistes ont dvelopp des stations dpuration qui
reproduisent ce qui se passe dans la nature au niveau des lacs et des rivires. Les micro-organismes jouent un
grand rle dans ce traitement. Ils vont au fur et mesure, en complment dtapes physico-chimiques,
dbarrasser leau de la matire organique et des polluants. Les micro-organismes sont utiliss en tant que
biomasse dans les boues actives ou comme lits bactriens sur des pierres avec formation de biofilms. Dans
les deux cas larobiose est recommande, celle-ci est garantie par des mlangeurs.
7.3.4 La microbiologie industrielle
La microbiologie industrielle est une facette des biotechnologies. Elle utilise les micro-organismes et leur
biodiversit pour produire ou modifier des substances dintrt mdical, alimentaire, nergtique,
agronomique ou environnemental. Les microbiologistes doivent passer par plusieurs tapes avant de mettre
au point un procd efficace.
Isolement des souches
Les microbiologistes doivent faire des bioprospections dans diffrents biotopes afin disoler de la nature des
souches capables de faire le produit ou la transformation recherche. Les cosystmes extrmes en termes
de temprature, de pH, de salinit fournissent des souches avec un quipement enzymatique qui sort
souvent de lordinaire. Lcologie microbienne est la spcialit qui permet de faire ce travail. La premire
difficult est de trouver le bon milieu de culture, qui donnera un bon rendement de croissance, sans que celui-
ci puisse couter trs cher. Si la culture est impossible, ou difficile, on peut procder par gnie gntique et
biologie combinatoire pour exprimer un gne dun organisme X dans un micro-organisme Y facile cultiver.
La culture industrielle
Dans un environnement contrl, comme une installation industrielle, la croissance microbienne se fait dans
des fermenteurs ou bioracteurs. Tous les paramtres de la croissance sont contrls, le pH, loxygnation, la
temprature, la production des mtabolites. Le volume des fermenteurs varie de 0.5 litre 100.000 litres. Le
produit fabriqu par le micro-organisme durant la croissance est dit mtabolite primaire. Sil est fabriqu
aprs la croissance il est dit mtabolite secondaire.

Bioracteur de paillasse Bioracteur industriel
Les produits de la microbiologie industrielle. Le tableau suivant cite quelques exemples de produits
microbiens produits industriellement
Substances Micro-organismes
Produits mdicaux
Antibiotiques Penicillium, Strptomyces, Bacillus
Insuline, hormone de croissance E. coli, Saccharomyces cerevisiae et autres
Interfron
Transformation des strodes Rhizopus et Arthrobacter
Additifs alimentaires
Acide amin Corynebacterium glutamicum
Vitamines Blakeslea, Asbya, Eromothecium
Acide citrique Aspergillus niger
Biocarburants
Hydrogne Photosynthtiques
Mthane Methanobcterium
Ethanol Zymomonas, Themoanaerobacter ethanolicus
Produits industriels
Ethanol partir de glucose Saccharomyces cerevisiae,
Ethanol partir de lactose Kluyveromyces fragilis
Enzymes Aspergillus, Bacillus, Mucor
Actone et butanol Clostridium acetobutylicum
Produits agricoles
Phytohormone Gibberella fujikuroi

7.3.5 Utilisation des micro-organismes dans des milieux naturels
Les eaux, les sdiments et les sols pollus par des hydrocarbures, du PCB (Polychlorobiphnyle), le
trichlorthylne (solvant dgraissant et antitaches domestique), des pesticides ou des mtaux lourds, peuvent
tre nettoys (dpollus) par des micro-organismes. Les techniques utilises sont la bioremdiation, la
biostimulation et la bioaugmentation. Ces traitements peuvent tre effectus sur site, ou hors site. Selon la
nature du polluant, le traitement peut tre arobie (pour les hydrocarbures) ou anarobie (pour le PCB). Il
faudrait donc stimuler les micro-organismes ayant le bon type respiratoire.
La bioremdiation est une biodgradation de polluants par un ensemble de micro-organismes inconnus,

prsents sur le site pollu. La biodgradation peut induire un changement mineur dans la structure du
polluant, elle peut le fragmenter ou le minraliser compltement.
La biostimulation consiste stimuler au moyen dadjuvants chimiques ou biochimiques la dgradation des

polluants par les micro-organismes autochtones. C'est lune des techniques de bioremdiation la plus utilise
du fait de son faible cout et de sa facilit mettre en uvre.
La bioaugmentation est lapport de micro-organismes un site pollu, pour rendre possible ou amliorer la
biodgradation d'un polluant dans le sol ou dans la nappe phratique. La bioaugmentation est indispensable
lorsque le milieu pollu ne contient pas les micro-organismes capables d'effectuer la biodgradation.
Processus de bioaugmentation
7.4. Micro-organismes et agriculture
7.4.1 La rhizosphre, les rhizobactries et PGPR
La rhizosphre est le volume de sol influenc par les racines. On distingue en gnral le rhizoplan qui est
linterface racine/sol et le sol rhizosphrique situ au voisinage immdiat de la racine et soumis son
influence. Elle est le lieu des changes entre sol, racines, micro-organismes et faune associs. Ces changes,
intenses, se traduisent par des flux dans les deux sens, deau et de nutriments.
La communaut microbienne joue un rle notable dans lamlioration et la stabilisation de la structure du sol.
Plusieurs tudes ont montr que lagrgation et la stabilit dun sol dpend de sa nature et de sa contenance
en matire organique. Ils jouent aussi un rle significatif dans ltat de sant des plantes, certaines sont

nuisibles, d'autres sont bnfiques et certaines ne semblent avoir aucun effet. On dfinit les bactries
associes aux racines des plantes comme des rhizobactries.
Les bactries qui stimulent la croissance des plantes sont appeles PGPR (Plant Growth Promoting
Rhizobacteria).
De nombreuses bactries appartenant diffrents genres composent les PGPR. On peut citer, par exemple,
des souches de Pseudomonas, dArthrobacter, dAzospirillun, dAzotobacter, de Rhizobium, dEnterobacter, de
Serratia, de KIebsiella, et de Clostridium. Les espces de Bacillus sont les types les plus communs et les plus
prdominants isols partir de sol. Les effets bnfiques des rhizobactries sur la croissance vgtale
couvrent deux aspects qui se traduisent soit par laccroissement de la masse arienne et racinaire,
llongation racinaire et la leve acclre des plantules, ou par la protection des plantes contre les
agressions par les organismes phytopathognes. Les mcanismes bactriens peuvent avoir lieu lextrieur
de la plante ou lintrieur de la plante. On peut citer :
1. La solubilisation des phosphates, la fixation de l'azote et les minraux nutritifs, rendant ces aliments
disponibles pour la plante.
2. La production de phytohormones telles que l'acide d'indole-3-acetic (IAA).
3. La rpression des micro-organismes pathognes du sol (par la production du cyanure d'hydrogne, de

sidrophores, dantibiotiques. De plus, les PGPR peuvent contribuer dans lamlioration de la
rsistance de la plante au stress biotique et abiotique (la salinit, la scheresse et la toxicit des
mtaux lourds).
Les mcanismes de stimulation de la croissance des plantes par les PGPR
7.4 .2 Les bioinsecticides ou biopesticides
On peut utiliser des micro-organismes comme agent de lutte contre les insectes ravageurs, nuisibles aux
plantes. Ces micro-organismes ne prsentent aucun danger pour lhomme, les animaux et les plantes.

Les meilleurs du point de vue pratique, sont les bactries, car on peut les produire en grande culture
(fermenteur). Le gne de
Quelques bactries appartenant au genre Bacillus (B. thuringiensis et B. popilliae).Utilser pour protger des
cultures de lgumes. (Voir fin du chapitre 2, le cristal parasporal de lendospore de B. thuringiensis).
Le gne du bio-insecticide de B. thuringiensis a t clon dans des plantes (Organisme gntiquement

modifi, OGM). Dans ce cas, on a plus besoin dutiliser des bactries.
Quelques virus qui infectent les insectes (polydrose nuclaire et cytoplasmique NPV et CPV ; la granulose,
GV). Ils agissent sur des papillons. Le plus connu est commercialis sous le nom dElcar pour lutter contre un
ver du coton.
Les champignons microscopiques sont les plus nombreux. On en compte quelques centaines capables
dinfecter les insectes. Les plus utiliss pour combattre le doryphore de la pomme de terre et le cercope de la
canne sucre, sont Beauveria bassiana et Metarhizium anisopliae.
Vers gris du doryphore de la pomme de terre Doryphore
Verticillum et Entomophtora pour lutter contre les pucerons.
Insectes infects par Entomophtora

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Chapitre 1 : Le Monde microbien

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Exprience de Pasteur qui acheva la thorie de la gnration spontane

2-Le micro-organisme doit tre isol et cultiv en culture pure

En mme temps et par la suite dautres scientifiques clbres :

Beijerinck 1851-1931 : les bactries fixatrices de lazote, symbiotiques.

1.2 Place des micro-organismes dans le monde vivant

1.2.1 Classification de Haeckel

Cours de Microbiologie gnrale. Dr Yahiaoui Bilal 2014-2015 Page 2

1.2.3 Classification selon Murray

1.2.4 Classification cinq rgnes

1.2.5 Classification Gnomique selon , CR, Woese (1978)

Arbre phylogntique universel

Cours de Microbiologie gnrale. Dr Yahiaoui Bilal 2014-2015 Page 3

1.3.1 Structure et fonction

Cours de Microbiologie gnrale. Dr Yahiaoui Bilal 2014-2015 Page 4

1.4 Organisation biologique des protistes

Les protistes se prsentent selon trois types diffrents dorganisation biologique :

Unicellulaires Pluricellulaires Conocytiques

1.4.1 Protistes unicellulaires

Bactrie Levures Protozoaire Algue unicellulaire

1.4.2 Protistes pluricellulaires

Cours de Microbiologie gnrale. Dr Yahiaoui Bilal 2014-2015 Page 5

1.5 Caractristiques gnrales des cellules procaryotes et eucaryotes

Organisation cellulaire dune bactrie

Cours de Microbiologie gnrale. Dr Yahiaoui Bilal 2014-2015 Page 6

Cours de Microbiologie gnrale. Dr Yahiaoui Bilal 2014-2015 Page 7

Caractristiques Cellule Procaryote Cellule Eucaryote

Cours de Microbiologie gnrale. Dr Yahiaoui Bilal 2014-2015 Page 8

Les bactries GRAM ngatif Les bactries GRAM positif

1.5.1 Bactries GRAM ngatif

Les bacilles Gram ngatif

On a par exemple, les agents de maladies infectieuses humaines :

La peste : Yersinia pestis ; La dysenterie : Shigella dysenterea ; La Typhode : Salmonella thyphimurium.

Non pathognes saprophytes du tube digestif, le genre Bactrodes.

Cours de Microbiologie gnrale. Dr Yahiaoui Bilal 2014-2015 Page 9

Neisseria gonorrhoeae ou gonocoque responsable de la gonorrhe, maladie sexuellement transmissible.

Les spirochtes pathognes de lhomme :

Leptospira interrogans agent dune jaunisse infectieuse.

Ce sont de trs petites bactries polymorphes, parasites intracellulaires obligatoires et pathognes de

Il est impossible de les cultiver avec des mthodes classiques de cultures.

Les cyanobactries sont des bactries photo-autotrophes obligatoires et photosynthtiques. Certaines

Cours de Microbiologie gnrale. Dr Yahiaoui Bilal 2014-2015 Page 10

Elles sont trs varies sur le plan morphologique, physiologique et cologique.

Les Bacilles Gram positif

On distingue deux groupes principaux :

Le groupe des Lactobacilles qui sont non sporulants.

Bacillus avec endospore colore au vert de malachite

Cours de Microbiologie gnrale. Dr Yahiaoui Bilal 2014-2015 Page 11

Clostrium tetani sporul

Les cocci Gram positif

Cours de Microbiologie gnrale. Dr Yahiaoui Bilal 2014-2015 Page 12

Mycobacterium Tuberculosis : agent de la tuberculose

Les Actinomyctes utiles sont de famille des Streptomycetaceae.

S. scabies : espce du sol, responsable de la gale de la pomme de terre.

Les Actinomyctes La gale de la pomme de terre

1.5.3 Les mycoplasmes

Cours de Microbiologie gnrale. Dr Yahiaoui Bilal 2014-2015 Page 13

Prsence d'acide muramique dans la paroi Oui Non

Peptidoglycane OUI NON

Lipides membranaires Acides gras aliphatiques Chanes hydrocarbones

Premier acide amin initiant la synthse N-formylmthionine Mthionine

Sensibilit aux bta-lactamines Variable Non

Synthse des protines inhibe par Non Oui