Chapitre IV :

Genèse des Hydrocarbures

La substance originaire qui a donnée naissance à toute la masse des pétroles dans la nature est
la matière organique dans toute sa diversité. Bien qu’il soit possible que les restes de tout
organisme participent dans la genèse du pétrole, on peut se poser la question sur la
prédominance de telle ou tell groupe d’organisme. En fonction de son origine (végétale ou
animale) varie la composition chimique de la matière organique.

I. Origine de la matière organique sédimentaire

La matière organique est synthétisée à partir du carbone minéral (CO2) par certains
organismes vivants dits autotrophes. La production, les transferts entre les différents réservoirs
et la minéralisation de la matière organique sont décrits par le cycle du carbone (Fig. 1).
Cependant, une fraction infime de la matière organique sédimentaire est abiotique, c’est-à-dire
non synthétisée par le vivant.

Le cycle du carbone comprend deux sous-cycles (Fig. 1).

– Un sous-cycle biologique à rotation rapide qui décrit successivement l’incorporation du

carbone minéral dans la biosphère (a) pour le transformer en carbone organique, puis son
recyclage sous forme organique via les chaînes trophiques (b) et enfin son retour dans un
réservoir minéral (c) par minéralisation.

– Un sous-cycle sédimentaire à rotation beaucoup plus lente et alimenté par des fuites infimes
du cycle biologique. Ce cycle décrit successivement le transport, l’enfouissement puis la
préservation d’une partie de la production primaire dans les bassins sédimentaires (d), son
évolution au cours de la diagenèse puis du métamorphisme (e) et finalement sa minéralisation
par des processus d'altération et de pédogenèse en surface (f).
Fig. 1. Cycle du carbone avec ses deux sous-cycles, le sous-cycle biologique (représenté en
bleu) à rotation rapide et le sous-cycle sédimentaire (représenté en rouge) à rotation lente.

II. Constituant majeurs de la matière organique :

On distingue dans la composition de la matière organique : Lipoïdes, Protéines, Glucides et

Lignine.

1. Lipoides : les lipoïdes comprennent : graisses, hydrocarbures, résines, baumes,

sporonine, pollénine, stérines, cires et certaines autres combinaisons. elles sont les plus
proches des combinaisons constituants le pétrole par la composition chimique et la
structure moléculaire. Les graisses sont des Ethèrs (une famille de composés
organiques) des glycérines et de divers acides gras qui contiennent relativement peu
d’oxygène (entre 10 et 12%). Dans les conditions naturelles, elles se dégradent en
s’associant avec la molécule d’eau (c’est l’hydrolyse : décomposition par l’action de
l’eau).
a. Les Graisses : produisent à l’hydrolyse un mélange de Glycérine et acide gras. La
glycérine est facilement dissoute et emporté par l’eau en outre elle est un milieu
nutritif pour les micro-organismes. Les acides gras au contraire ; sont très stable et
peuvent s’accumuler dans les conditions anaérobique (pauvre en O2). La
décarboxylation des acides gras (perte de COOH) conduit à la formation des
hydrocarbures.
b. Les Hydrocarbures : les hydrocarbures qui ont été découverts ces dernières années
dans des organismes végétal et animal sont en quantité infimes (très petite)
c. Résines et Baumes : Ils sont produits par des organismes végétaux. Chimiquement
se sont des mélanges d’acide carboxylique et d’oxyde carboxylique et de
 combinaison oxygénée neutre. Se sont des substances très inertes (qui n’a aucune
réaction) capable de se conserver durant les périodes géologique cela n’empêche
qu’elles puissent se modifier soit en compliquant la molécule soit en la simplifiant
par perte du groupe carboxyle des acides. Dans le premier cas, en résulte des
substances inertes insolubles et dans le second des hydrocarbures.
d. Stérines : se sont des substances très stables proches par la composition des résines
et des baumes. Les plantes en contiennent en quantité infimes. Il est peu probable
qu’elles puissent jouer un rôle important dans la genèse des hydrocarbures.
e. Sporonines et Pollenines : forment des spores et des pollens des plantes. Ils sont
tares stables et ne se décomposent pas sous l’action de l’oxygène de l’air. Les
sporonines et pollenines peuvent se conserver durant des époques géologiques.
f. Cire : c’est un mélange d’acide libre avec des éthers de ces acides et des alcools
complexes. Les cires sont très stable et sont capables de se conservées dans les
conditions naturelles sans modification durant de longue périodes géologiques.
2. Protéines : sont des substances très complexes comprenant des carbones, hydrogènes,
oxygène, azote, soufre et phosphore. Dans les conditions anaérobiques les protéines se
détruisent facilement en produisant des acides gras et amines.
3. Glucides : la découverte de la paraffine et d’autres dérivés de chlorophylle implique la
participation de la matière organique végétale dans la genèse du pétrole. Les glucides
sont le groupe chimique prédominant dans les plantes (la Cellulose (C6H10O6)6 joue
le rôle principal).
4. Lignine : la substance est complexe. Sa composition n’est juste à présent tout à fait
claire.
➢ Les caractéristiques organiques de quelques familles constituant la biomasse :

La biomasse est composé d’un ensemble de groupe d’organisme vivants (exp : planctons,
bactéries, algues, plantes…). Les algues microscopiques qui sont constitués essentiellement
de protéines et entre 5 et 25% de lipides de certains micro-organismes forment les diatomées
(micro-algue unicellulaire) ; et sont particulièrement riches en lipides. Les bactéries très
anciennes sont riches en protéines qui sont constituées de 10% de lipides. Les plantes terrestre
sont formées en majeur partie de 30 à 50% de cellulose et de 15 à 25% de lignine.

III. Milieu et phénomène de dépôts :

La matière organique se rencontre après la mort des organismes vivants; dans leurs cadavres
disséminés ou en solution. Pour qu’elle se sédimente, il est nécessaire qu’elle ne se dégrade pas
avant de se déposer et qu’elle soit protégée au moment de son dépôt et après. Ce qui implique
d’abord un milieu aquatique (la ou il y’a de l’eau la matière organique sera protégé). La
protection avant dépôt nécessite un milieu anaérobie des eaux dépourvues d’oxygène (c'est-à-
dire calme et confiner-pas de vague et pas d’échange avec les autres eaux-). Cette conservation
est généralement facilite par un temps de chute faible pour la matière organique planctonique
qui constituent la fraction majeur des sédiments organiques marins ; la plus grande partie de la
matière organique est détruite au cours de sa chute à travers la tranche d’eau (la vitesse moyenne
de la chute est de l’ordre de 100m/semaine). On estime en moyenne 2% seulement qui atteint
les fonds peu profonds et entre 0.01 à 0.02 % qui atteint les grandes profondeurs.

La matière organique peut se déposé dans différents milieux

- Milieu lacustre : la matière organique est d’origine bactérienne et alguaire elle est
enrichie en lipide
- Milieu marin : la MO est d’origine marine issue des phytoplanctons et zooplanctons et
d’autres organismes vivants
- Milieu continental : la MO est d’origine terrestre issue des plantes.

Les quantités des hydrocarbures formés dans les sédiments dépendent de :

- La nature et la quantité de la matière organique

- Les températures et la pression auxquelles les sédiments ont été soumis
IV. Phénomènes de sédimentation :

La transformation de la matière organique en hydrocarbure commence après le dépôt du

sédiment jusqu'à quelque 100aine de mètre ; on aura le dégagement des gaz précoce (CH4) et un
reste insoluble dans l’eau appelé Kérogène. On distingue 3 types de kérogène :

- Kérogène de type 1 : un dépôt de MO d’origine lacustre

- Kérogène de type 2 : un dépôt de MO d’origine marine
- Kérogène de type 3 : un dépôt de MO d’origine continental

Les types 1 et 2 ont tendance à donner plus de l’huile que de gaz ; le type 3 a tendance à donner
plus de gaz que de l’huile.
V. Transformation de la matière organique dans les roches
sédimentaire :

Après la mort des organismes vivants, les composés organiques sont transportés vers le
fond des bassins sédimentaires où ils sont enfouis dans les sédiments. Au cours de ce
transport, la majeure partie de la matière organique est transformé en CO2 comme le décrit
le sous-cycle biologique du cycle du carbone. Seule une faible proportion de la matière
organique est réellement incorporée dans les sédiments. La matière organique commence
également à se transformer chimiquement. Ces transformations sont les prémices de celles
qui s'effectueront plus tard au cours de la diagenèse.

Après l'incorporation de la matière organique dans le sédiment, l'évolution chimique et

physique de la matière organique sédimentaire est essentiellement contrôlée par la
dégradation bactérienne puis par la température. Trois stades principaux sont distingués en
fonction de l'intensité du stress thermique subi par la matière organique.

Ces trois stades sont : la diagenèse, la catagenèse et la métagenèse.

1. La diagenèse
La diagenèse correspond au stade au cours duquel les transformations de la matière organique
se produisent à basse température. Immédiatement après le dépôt, le sédiment est constitué
d’eau, de minéraux, de matière organique et d’organismes vivants (bactéries, organismes
fouisseurs). Un tel mélange est particulièrement instable et diverses transformations
interviennent.

La diagenèse précoce se caractérise par une intense activité bactérienne. Les bactéries
présentes dans le sédiment sont le principal agent de la dégradation de la matière organique
mais l'oxydation et l'hydrolyse, c’est-à-dire les réactions avec l’oxygène et l’eau, jouent aussi
un rôle non négligeable dans la dégradation de la matière organique sédimentaire. L'activité
biologique a pour conséquences la fragmentation des biopolymères (glucides, protides,
lipides...) en biomonomères (morceaux de molécules de glucides, protides, lipides...) et la
minéralisation (transformation en CO2) d'une partie de la matière organique. Les différentes
familles de biomolécules sont dégradées à des vitesses différentes.

Au fur et à mesure de l'enfouissement, les conditions physico-chimiques du sédiment sont

progressivement modifiées (compaction, diminution de la teneur en eau et de l'activité
bactérienne, évolution chimique et minéralogique de la matrice minérale, etc.). Du fait cette
évolution, la majeure partie des biomonomères ayant échappé à la minéralisation se
recombinent pour former des géopolymères complexes. Ce sont ces géopolymères qui
constituent le kérogène primitif. Cette polymérisation des biomonomères s’appelle la
néogenèse. Les lipides ne subissent en général pas ou peu cette polymérisation et restent à l'état
libre. Les lipides constituent ainsi une proportion importante de la fraction extractible.

Au cours de la diagenèse tardive, le géopolymère et la fraction lipidique perdent

progressivement leurs fonctions organiques (alcools, acides,…). Ces réactions aboutissent à la
formation d'eau, de dioxyde de carbone, d’ammonium et d’hydrocarbures de bas poids
moléculaire. En plus de la défonctionnalisation, la fraction lipidique subit diverses
transformations qui dépendent des conditions physico-chimiques de la diagenèse (oxygénation
du sédiment, nature des minéraux et des fluides).

La quantité de la matière organique préservée dans les sédiments dépend de l'importance de la

production primaire (quantité de matière organique importée dans le bassin sédimentaire),
la teneur en oxygène de la colonne d’eau et du sédiment, la granulométrie du sédiment et le
taux de sédimentation.
 2. La catagenèse

La catagenèse correspond au stade au cours duquel les transformations physico-chimiques se

produisent sous l’effet de la température. Du fait de la température, la matière organique devient
instable. Certaines liaisons carbone-carbone du kérogène et de la fraction lipidique sont
rompues, c’est le craquage thermique. Au cours de ce craquage thermique, le kérogène génère
des composés de bas poids moléculaire qui sont enrichis en hydrogène et en hétéroatomes
(oxygène, soufre, azote) par rapport au kérogène. En conséquence, le kérogène s’enrichit
progressivement en carbone au cours du craquage thermique.

Les composés lipidiques libres et les produits issus du craquage peuvent craquer à leur tour. Il
en résulte une accumulation de composés de bas poids moléculaire qui forment le pétrole. La
fenêtre à huile est l’étape au cours de laquelle un maximum de pétrole est généré. Si la
température augmente toujours, l’huile craque à son tour pour générer des composés de plus en
plus légers qui sont les gaz humides. La fenêtre à gaz est l’étape au cours de laquelle un
maximum de gaz naturel est généré.

3. La métagenèse

La métagenèse correspond au stade au cours duquel les transformations se produisent sous

l'effet du métamorphisme. Le craquage du kérogène résiduel et surtout du pétrole et du gaz
naturel aboutit à la formation de gaz secs (composés d’alcanes possédant 1 à 4 atomes de
carbone). Dans ce processus, le kérogène résiduel continue de s'appauvrir en hydrogène et sa
composition tend progressivement vers celle du graphite (carbone pur dont les atomes forment
un réseau cristallin). De la même manière, la composition des produits issus du craquage tend
vers celle du méthane.