Chez la tomate, Solanum lycopersicum, les fruits sont sphériques mais certaines variétés donnent des

fruits ovales. Chez les variétés à fruits sphériques le gène IQD12 existe en un seul exemplaire sur le
chromosome 10 par contre chez les variétés ovales il existe un deuxième exemplaire sur le
chromosome 7. Chez S. pimpinellifolium, une espèce voisine de la tomate le gène IQD12 existe en un
seul exemplaire sur le chromosome 10, la duplication sur le chromosome 7 est donc un phénomène
récent. Sur le chromosome 7 quatre autres gènes ont été dupliqués en même temps que IQD12 en
particulier le retrotransposons "Rider ".

Dupication et translocation d'un gène par un rétrotransposon, d'aprés Xiao, 2008.

La copie de Rider a commencé en 1 au niveau de sa séquence LTR qui sert de promoteur.

Normalement la synthèse de l'ARN messager aurait due se terminer en 2 à la fin de la deuxième
séquence LTR. Il n'en a rien été et la synthèse s'est poursuivie jusqu'à 3. Là une deuxième erreur
s'est produite. Au lieu de continuer le long de l'ADN jusqu'à rencontrer une séquence d'arrêt, l'ARN
polymérase a fait un saut en arrière pour reprendre sa synthèse en 4 et la terminer en 5 à la fin de la
séquence LTR. De la sorte on a obtenu un brin d'ARNm aberrant où la position de IQD12 est
inversée. Cet ARN a servi de modèle pour la synthèse d'un ADNc monobrin qui a ensuite été intégré
sous forme d'un double brin au sein du gène DEFL1 sur le chromosome 7. La conséquence de cette
insertion a été double. Le gène DEFL1 a été rendu non fonctionnel mais le gène IQD12 est passé sous
le contrôle du promoteur de DEFL1.

Comment cette duplication accompagnèe d'une translocation permet-elle d'expliquer la forme des
fruits ? IQD12 stimule la production d'auxine qui est une hormone végétale responsable de
l'élongation des cellules et des organes et DEFL1 est un gène qui ne s'exprime que dans les fruits.
Dans un fruit ovale la copie de IQD12 située sur le chromosome 7 s'exprime sous le contrôle du
promoteur de DEFL1 entraînant un supplément de production d'auxine et un allongement du fruit.
Dans les organes de la plante cette copie n'est pas activée et leur croissance est normale. Dans un
fruit sphérique la copie de IQD12 n'existe pas et il n'y a pas d'élongation du fruit.

Le rétrotransposon a donc provoqué non seulement une duplication génique mais aussi un
changement du cadre de contrôle d'un gène et de la sorte une innovation génétique : des fruits
ovales.