I- LES PROCÉDÉS DE FERMENTATION (DESCRIPTION

ET BILANS DE PROCÉDÉS À L’ÉQUILIBRE)

1) Culture discontinue ou Batch process
2) Culture discontinue alimentée ou Fed batch process
3) Culture continue avec et sans recyclage de la biomasse
II- LES FERMENTEURS AGITÉS: DESCRIPTION DES
RÉACTEURS ET DES SYSTÈMES PÉRIPHÉRIQUES
1) Stérilisation et maintien de l’aseptie
2) Distribution de l’air comprimé
3) Le matériel annexe
4) La régulation et l’automatisation

III- FERMENTEUR EN PHASE SOLIDE

= BIOREACTEURS A BIOMASSE IMMOBILISEE (REACTEURS HETEROGENES)
 I- Bioréacteur ou fermenteur
contrôler les conditions de culture (température, pH, aération, etc.).

-Modèles de laboratoire vont de 0,1 à 15 litres.

-Modèles employés pour les tests en vue de l'industrialisation
(appelés "pilotes") vont de 20 à 1 000 litres.
-Modèles destinés à la production industrielle peuvent dépasser les 1 000 m3.
 1) Culture discontinue ou
Batch process
Introduction de l’inoculum dans le fermenteur:
Remplir de milieu de culture puis stérilisation; ou
stérilisation vide et rempli de milieu de culture
stérile.

Aucune introduction de milieu après le

lancement de la fermentation (possibilité
d’introduction de réactifs de neutralisation ou un produit
anti-mousse en très faible quantité.

Aucun prélèvement de culture avant la fin de la

Fermentation sauf de petits volumes pour analyse
X0 → Xf
Po → Pf
Le volume de la suspension reste constant
So → Sf
durant tout le processus de fermentation.

La concentration en biomasse augmente selon la courbe de croissance microbienne.

La vitesse de croissance cellulaire Rx = dX/dt
Le temps nécessaire (tB) pour passer de Xo à Xf:
 1/RX

1/RX0

tB Correspond à l’aire sous la courbe

des variations de l’inverse de la
1/RXf
vitesse de croissance en fonction de
la concentration entre Xo et Xf

X0 Xf X

Par le même type de raisonnement, on peut calculer la vitesse d’apparition du métabolite

recherché Rp.

Le temps nécessaire sur l’ensemble de la fermentation pour obtenir la concentration

maximale Pf:

Inconvénient du Batch process:

Utilisation d’un faible inoculum dans une grande quantité de milieu de culture; période de
latence prolongée => perte de l’intérêt essentiel des cinétiques microbiennes qui repose
principalement sur la phase exponentielle de croissance.
2) Culture discontinue alimentée
ou Fed Batch process
Palier au problème de période de latence; inoculum ensemencé dans un faible volume de
milieu de culture (le pied de cuve);
Une fois la culture en phase exponentielle; du milieu stérile est ajouter avec un débit qui
correspond à une quantité de substrat permettant de maintenir la culture en phase
exponentielle (quantité résiduelle de S est constante).
Débit faible; la cinétique atteint rapidement la phase de décroissance. F
---→
Débit important; phénomène de dilution. X=0
La quantité totale de biomasse (VX) augmente; So
d(VX)/dt= V(dX/dt) - X(dV/dt) P=0

L’augmentation de cette quantité est due donc aussi bien à la croissance X, S, P

microbienne
qu’à l’augmentation du volume de la culture par approvisionnement de milieu frais avec
un débit F=dV/dt
La variation de la concentration en biomasse dans le milieu:
dX/dt= X(µ - F/V)
Si on veut maintenir le micro organisme en phase exponentielle:
F/V = µm
3- Culture continue avec et
sans recyclage de la
biomasse
 3-1 Culture continue sans
recyclage de la biomasse

 Un état d’équilibre est maintenu dans une cuve de fermentation

alimentée et soutirée en continu
 3-1-1 fermenteur continu
infiniment mélangé F
---→
 La suspension microbienne en fermentation est homogène X=0
en tout point de la cuve; quelle que soit la position d'une So
cellule dans le réacteur, ses paramètres de fonctionnement P=0
(disponibilité en substrat, pH, Aw, T°, [O 2], …) seront les
mêmes, et si possible optimaux.
F F
---→ ---→
 Ensemencement comme en Batch process. Xo X
So S
 Alimentation et soutirage au même débit; commencent Po P
quand une certaine concentration cellulaire (X) est atteinte
dans la cuve; on parle de maintient de la biomasse en état
d’équilibre.

X, S, P
 Condition d’équilibre:
Taux de dilution (F/V) = Taux de croissance (µ = Rx/X)
 Le temps de séjour moyen
pour obtenir cette
concentration: 1/Rx
tc = 1/D = V/F = X/Rx

La valeur tc est obtenue

graphiquement en traçant
1/Rx= f(X); aire du rectangle
gris sur la courbe. Xo X
X

La valeur de tc est utilisée

pour calculer F:
F = V/tc
 La productivité d’un tel process est = D×X

 Les variations du taux de dilution D sont

possibles à la condition essentielle que D ne
soit pas supérieure à µm
 3-2 Culture continue avec
recyclage de la biomasse
Le fermenteur infiniment mélangé est limité dans son fonctionnement par un taux de
dilution maximal:
Dmax = µm [So/(Ks+So)]

Ce qui correspond à une productivité de = Dmax × X

But du recyclage :
Augmenter la productivité en augmentant le taux de dilution au-delà de la limite
biologiquement possible ou bien en augmentant X dans la cuve;

Comment?:
En alimentant la cuve en une certaine concentration en biomasse

Origine de Xo:
Recyclage (remise en culture) d’une quantité de la masse soutirée du système
 La biomasse dans la cuve a donc deux origines:
 La croissance microbienne avec un taux µ
 Alimentation par recyclage
 La variation de la biomasse dans la cuve est donnée
par l’équation:
dx/dt = (µ - D) X
Tel que  = 1+α-αß; α étant le taux de recyclage (FR/F)
et ß la rapport de concentration cellulaire (XR/X)
 Le taux de dilution d’un tel système devient D
 L’équilibre s’établit à la condition D = µ
 Différents types de dispositifs de recyclage:
 Concentration par centrifugation;
 Concentration par décantation statique
 Concentration par micro ou ultra – filtration
 Principe général:

F F
---→ ---→
F+FR

X
FR XR
 II- LES FERMENTEURS AGITÉS:
DESCRIPTION DES RÉACTEURS
ET DES SYSTÈMES
PÉRIPHÉRIQUES
1) Stérilisation et maintien de l’aseptie
2) Distribution de l’air comprimé
3) Le matériel annexe
4) La régulation et l’automatisation

Une ou plusieurs cuves de
préparation
du milieu de culture ensemencé
(inoculum de 1 à 10%)
Cuves de stockage des
différents réactifs
nécessaires au processus:
•Milieu de culture
•Réactifs de correction de pH
•Réactifs anti mousse
•Précurseurs de biosynthèse
du métabolite recherché

Périphériques: Bioréacteur
−Système stérilisation &
maintien de l’aseptie
−Distribution de l’air
−Réduction/élimination
des mousses
−Conduites et vannes
transferts de fluides et
de suspensions d’une
cuve à une autre
−Équipement régulation
- automatisation
 1) Stérilisation et maintien
de l’aseptie
 Double risque :

 Contamination de la bioconversion;

 Propagation, dans le cas d’une production

impliquant des microbes pathogènes, de la souche
agent de production à l’extérieur du biréacteur
 1-1) Stérilisation du milieu
de culture
 Régie par le niveau de contamination résiduelle acceptable

 Se fait par traitement thermique

 Deux grandes voies sont possibles:

 Stérilisation du milieu dans la cuve de fermentation par des échangeurs

thermiques qui réalisent le chauffage et le refroidissement de la cuve
(inconvénient: immobilisation du réacteur le long du processus de
stérilisation)

 Stérilisation du milieu dans une autre cuve puis acheminement

aseptique dans le fermenteur stérilisé à la vapeur.
Problème lié à la stérilisation
 Destruction de certains constituants tels que les
facteurs de croissance

 Provocation de certaines réactions dénaturantes telle

que la réaction de maillard préjudiciable au rendement

Solutions
 Stérilisation par injection de vapeur de grande qualité dans le milieu
par la canalisation d’introduction d’air (tenir compte de la dilution du
milieu) dans le cas ou le milieu est stérilisé dans le réacteur;

 Utilisation d’échangeurs tubulaires pour les stérilisations en dehors

du réacteur
 1-2) Stérilisation des
périphériques

 Périphériques comme:
 Circuits de distribution d’air;
 Circuits d’évacuation de gaz.

 Petites installations: utilisation de la vapeur produite par

la stérilisation du milieu de culture dans le bioréacteur

 Grandes installations: le bioréacteur est isolé du reste

des périphériques par un système de vannes qui sont
alors stérilisés indépendamment.
1-3) Maintien de l’aseptie

Point de communication Point possible de

avec l’extérieur contamination

 Points de contaminations:
 Vannes de prélèvement;
 Vanne de vidange;
 Passage de l’arbre d’agitation dans la cuve…..
 2) Distribution d’air comprimé

Traitement et stérilisation
de l’air

Circuit de distribution Circuit d’évacuation des

d’air ambiant
Bioréacteur gazs issus du processus
microbiologique
 2-1) La compression de l’air

 L’air doit être injecté avec une certaine pression

dans le fermenteur

 Selon la [O2] nécessaire à la croissance

microbienne:
 Utilisation de suppresseurs d’air pour les faibles
exigence en O2;
 Utilisation de compresseurs d’air pour les fortes
exigence en O2.
 2-2) Traitement de l’air

 Air ambiant =
 Air +
 Gouttelettes d’eau et/ou d’huile +
 Microorganismes et particules…

 Traitement de minimisation avant stérilisation:

 Par filtration
 Par élimination de l’eau par évaporation puis
condensation
2-3) La filtration stérilisante
 But = élimination des µorganismes ou particules libres
(taille de 0,1 à qlq µm).

 Deux modes de filtration possibles:

 Filtration en profondeur:
Utilisation d’une certaine épaisseur de laine de verre; le croisement
des fibres de la laine dessine une porosité qui retient les
particules.
Plus l’épaisseur du filtre est grande meilleur est la rétention;
Peu couteux mais assez hasardeux à employer .

 Filtration sur membrane hydrophobe:

Membrane => porosité => rétention de particules à 0,01µm.
A cette porosité, plus les particules sont grandes, plus l’efficacité de
rétention est faible.
2-4) Evacuation des gazs sortant
du bioréacteur
 Par une canalisation

 A l’entrée de cette canalisation: système de deux

filtres:
 Filtre à coalescence: rétention des µ goutelettes de
liquide de fermentation;
 Filtre à membrane hydrophobe.

 Selon le type de fermentation et de la qualité de

l’effluent gazeux, barbotage du gaz dans une
solution liquide antiseptique avant son rejet.
3) Régulation et automatisation

 3-1 les variables et leurs capteurs

 3-2 la régulation
 3-3 l’automatisation
 3-1 Les variables et leurs
capteurs
T°C

Pression de
Niveaux Les capteurs de couverture
mesures physiques
Protection de la contamination
Remplissage, Vidange, Amélioration du transfert d’O2
Evaluation formation de mousses

Débits Vitesse et
Liquides et puissance
gazs d’agitation
 pH;
Électrodes combinées
pressurisable stérilisable

Potentiel
Analyse Les capteurs de redox
des gazs mesures chimiques
Renseigne sur l’état de croissance
Analyse des gazs + débits + Od des microbes
= état physiologique de la culture
Exp: quotient respiratoire =
[CO2 rejeté]/[O2 consommé]

S Oxygène
et dissout
métabolites
 3-2 La régulation

 Réguler =
Maintenir, pour un paramètre donné, un écart
minimal, et si possible nul, entre sa valeur
mesurée (par un capteur) et la consigne (celle
que l’on veut qu’il prenne)

 Boucle de régulation= 3 élements

Capteur Comparateur Actionneur

Donne la mesure Mesure / Consigne Agit selon l’écart

 Différents types de régulations
selon grandeur à réguler et la commande qui sert à réguler

 Régulateur à action tout ou rien

Écart mesure/consigne: action totale jusqu’à disparition
Écart nul : pas d’action
 Régulateur à action tout ou peu
Écart mesure/consigne: action réduite par rapport à l’action totale
 Régulateur à action tout ou rien modulée
Écart mesure/consigne: action partielle (pendant un temps déterminé).
Elle répétée si l’écart persiste
 Régulateur à action dérivée
Enregistrement pendant un temps t de la variation de l’écart
mesure/consigne→ Action derivée
 Régulateur à action intégrale
 III- FERMENTEUR EN PHASE
SOLIDE
= BIOREACTEURS A BIOMASSE IMMOBILISEE
(REACTEURS HETEROGENES)
 Bio réaction en suspension = en aval, un
processus de séparation
 Biofilm (cellule + support) = fixation des
cellules sur matrices ou support solide inerte
 Modes d’immobilisation

 1 L’inclusion
 Cellules lyophilisées + monomères de gel →
traitement de polymérisation = inclusions
(billes de gel contenant les cellules)

Contrainte: porosité des gel pour permettre la rétention des cellules

et le
Mouvements des molécules
 2- Confinement

 Cellules confinées dans une membrane =

microencapsulation des cellules

Les cellules restent libres dans les capsules (évitant

les problèmes locaux de diffusion des
nutriments)

Mise en suspension dans milieu de fermentation

des microcapsules avec agitation
3 fixation sur support inerte

 Par adhésion (par adhésines)

 Par adsorption (sur support minéral ou

organique)