Techniques Moléculaires Le cours a pour objectifs de :

• Présenter les dernières tendances en matière de méthodes moléculaires, en examinant

Appliquées Aux Analyses tout autant les méthodes classiques.

Alimentaires • Se focaliser sur différents aspects des méthodes moléculaires : exigences légales et
techniques, analyse économique, gestion et accréditation des laboratoires de qualité et de
sécurité des aliments.

Dr Inès Hadrich • Exposer des cas d’étude d’intérêt en tant qu’outils servant à illustrer de quelle manière les
CQPH2 problèmes de qualité et sécurité des aliments ont été résolus avec succès par des
2022-2023 approches moléculaires.

• Fournir les outils essentiels à la mise en place d’un laboratoire d’analyse moléculaire des
aliments et examiner les exigences fondamentales à satisfaire pour l’accréditation des
laboratoires selon les normes internationales (ISO 17025).

De nos jours, ces types de méthodologies sont en outre faciles à

Le contrôle de la qualité et de la sécurité sanitaire des denrées alimentaires est
mettre en œuvre, offrent des résultats fiables et rapides, fournissent
un élément majeur pour garantir leur intégrité.
des solutions pour des types très différents de besoins analytiques, et
Les méthodes analytiques sont essentielles pour assurer le contrôle nécessaire,
permettent dans la plupart des cas le meilleur rapport coût/bénéfice.
et les outils de biologie moléculaire sont devenus déterminants pour aborder la
plupart des enjeux actuels qui y sont liés sur toute la chaîne alimentaire : Les normes internationales sont la référence communément adoptée
authenticité, signes de qualité, sécurité, et protection de la marque. par les laboratoires pour garantir leurs résultats.

Les principaux avantages des techniques moléculaires pour la sécurité et la Les laboratoires accrédités font de plus en plus appel aux méthodes
qualité des aliments sont la possibilité de prendre des décisions stratégiques à
moléculaires, celles-ci étant essentielles pour disposer d’une gamme
temps et le potentiel d’adapter ces méthodologies aux besoins émergents avec
complète de méthodes analytiques.
les mêmes équipements et outils.
1.1. Qualité et sécurité des aliments : introduction et concepts a, Objectifs du contrôle microbiologique
Définition de la qualité
Les contrôles doivent permettre de garantir une bonne qualité hygiénique et
La notion du mot qualité est subjective, ainsi on a plusieurs définitions, qui sont soit repérées dans le langage courant ou dans
les dictionnaires, soit données par les leaders de la qualité ou de point de vue statistique, soit employées par les entreprises,
une bonne qualité technologique (marchande) du produit fabriqué. De plus,
où bien d’autres mises par les organismes de normalisation telles que l’association française de normalisation (AFNOR), et les contrôles doivent permettre de minimiser les pertes dues à des
l’organisation internationale de normalisation ou bien de standardisation (ISO) :
mauvaises conditions de fabrication et donc d’avoir le moins possible de
"La qualité c’est la valeur d’une chose" (langage courant).
produits non conformes.
"La qualité c’est le degré d'excellence possédé par un produit" (dictionnaire).

"La qualité c’est assurer la conformité d'un produit par rapport à ce qui a été prévu" (entreprise). Les fabrications dans les bio-industries supposent la maîtrise des
"La qualité est inversement proportionnelle à la variabilité des résultats" (statistique). développements microbiens, aussi bien des souches de cultures utilisées
"La qualité c’est satisfaire les besoins du consommateur" (M. DEMING). en fermentation. En fait, des microorganismes contaminants peuvent
"La qualité c’est l'aptitude d'un produit à satisfaire ses utilisateurs" (AFNOR).
perturber, à des degrés divers, le déroulement de la fabrication et mettre en
"La qualité c’est l’aptitude d'un ensemble de caractéristiques intrinsèques à satisfaire des exigences" (ISO 9000 : 2005).
cause la qualité et la conservation du produit final.

b. Qualité hygiénique

Une altération de la qualité hygiénique met en cause la santé du consommateur, le Les contrôles microbiologiques permettent donc d’éviter la
produit altéré conduisant à des intoxications de gravité diverse suivant la nature
présence de microorganismes dans les produits afin de ne pas
des microorganismes en cause. Cette altération est généralement invisible. Elle
est due à un développement de microorganismes pathogènes produisant des risquer une altération de la qualité hygiénique des produits finis
toxines, deux cas peuvent alors se présenter :
Exotoxine: la toxine est excrétée dans le produit. A partir d’une certaine quantité de toxine, ou au moins détecter ces microorganismes s’ils sont présents
le produit est dangereux à consommer même si le microorganisme n’est plus vivant dans
le produit. C’est le cas de staphylocoques pathogènes ou de Clostridium botulinum ; dans les produits finis avant leur commercialisation.
Endotoxine: la toxine n’est pas secrétée mais reste dans les cellules microbiennes. Pour
que le produit soit dangereux pour le consommateur, le microorganisme doit être présent
et vivant: entérobactéries.
 c. Qualité technologique

La qualité technologique (marchande) d’un produit est l’aptitude de ce produit à la La bonne qualité microbiologique (hygiénique et marchande) est
transformation et à la distribution. Étant donné que le consommateur n’est pas le seul fonction de très nombreux facteurs; le microbiologiste se doit
utilisateur, or la qualité est la satisfaction de tous les utilisateurs (fabricant et
néanmoins de définir le plus rapidement possible la notion
distributeurs), le produit doit être apte à survivre tout le long de la chaine de
quantitative et qualitative de flore normale de son produit ou de
distribution. L’altération de sa qualité marchande modifie ses caractéristiques texturales
et organoleptiques et le rend non commercialisable. ses matières premières (microorganismes «habituels» et
L’altération de la qualité marchande se produit lentement au cours du stockage. Les tolérables) et d’une flore contaminante dont le seuil de tolérance
contrôles microbiologiques ont pour objectif de détecter les microorganismes sera défini en fonction du risque que fait courir cette flore au
pouvant être responsables de ces altérations, et de vérifier l’efficacité des
consommateur.
technologies après leur application afin de stocker et de commercialiser les produits
microbiologiquement stables.

d, Politique de contrôle
Le contrôle microbiologique occupe une place privilégiée dans les procédures
Le contrôle microbiologique fait partie d’un système de régulation, dont la fonction est de détecter, toute

anomalie de ce système de façon à permettre une réaction préventive destinée à empêcher toute de mise sous assurance-qualité.
évolution défavorable de la qualité.
Il comporte quatre démarches en interaction :
On a trois niveaux de contrôle : avant, en cours et après la fabrication du produit.
L’évaluation (par exemple d’un niveau de qualité existant) ;
Contrôle préventif : effectué, avant la fabrication, sur les matières premières et les adjuvants.
La définition d’un objectif (amélioration de la qualité) ;
Contrôle en cours de fabrication : effectué sur le produit mais aussi sur le matériel, les locaux, et le
La préparation (mise en place de moyens nécessaires pour atteindre l’objectif
personnel.
retenu);
Contrôle sur les produits finis : effectué sur le produit fini afin de conclure sa conformité aux normes.
L’exécution (réalisation de la production à l’aide des dispositifs mis en place).
La fréquence de contrôle est établie sur la base de l’expérience et les moyens disponibles et en fonction de

type du produit (type de fabrication), même selon le type d’usine (unité de production). Un contrôle répété

permet de déterminer les points critiques.

 Les spécifications microbiologiques sont des critères applicables
Il existe actuellement de nombreux organismes nationaux ou
pendant et après la préparation afin de s’assurer que l’hygiène et les internationaux qui se préoccupent de l’établissement de critères de qualité
conditions de production sont satisfaisantes et en accord avec la microbiologique comme
FAO (Food and Agriculture Organisation)
règlementation. Les parties prenantes d’un marché y trouveront des
L’OMS (Organisation mondiale de la Santé)
garanties.
L'ISO (Organisation Internationale de Normalisation)
Les normes sont des spécifications microbiologiques adoptées par la Le comité technique 34 (CT34) concernant les produits agroalimentaires
législation qui s’adressent au produit fini et fixent les limites acceptables de Le Codex alimentaires crée en 1963 par la FAO et l'OMS
présence de microorganismes donnés dans des produits bien définis: Le CEN (Comité européen de normalisation)

e, Critères microbiologiques
• Les microorganismes responsables d’une altération de la
Critères de contrôle microbiologique qualité hygiénique, comme les germes de contamination fécale
• Les microorganismes à rechercher varient suivant la technologie et les (entérobactéries) ou les germes pathogènes de contamination de
caractéristiques physicochimiques du produit en cours de fabrication et
produits manipulés (staphylocoques) et les coliformes, ces
du produit fini.
microorganismes doivent être recherchés notamment dans
• Il n’est donc pas possible de donner une liste des microorganismes à
certains produits (les laits fermentés, les yaourts, les additifs
rechercher, chaque fabrication étant un cas particulier, mais l’on peut
alimentaires ou les produits à usage pharmacologique),
cependant dégager quelques orientations générales :

Les microorganismes responsables d’une altération de la
qualité marchande et d’une perte de rendement devront être
recherchés du début de la fabrication (matières premières), jusqu’au
produit fini. Les microorganismes à rechercher dépendent
étroitement du produit en cours de fabrication, les levures dans les
produits sucrés ou les produits acides, bactéries lactiques ou
acétiques dans les produits acides, moisissures dans les produits
peu hydratés.
Les Textes Législatifs & Réglementaires
Relatifs aux Produits Alimentaires
Décret du 10 octobre 1919, relatif à la répression des fraudes et les falsifications
dans le commerce des denrées alimentaires.
Loi n°83-23 du 4 mars 1983, prescrivant la mention de la date limite d'utilisation
des produits alimentaires conditionnés et des produits de diététique et d'hygiène
corporelle.
Loi n°83-24 du 4 mars 1983, relatif au contrôle de la qualité, à la
commercialisation et à l'information sur l'utilisation des substituts du lait maternel et
produits apparentés.
Loi n°92-117 du 7 décembre 1992, relative à la protection du consommateur

Les 7 principes de la méthode HACCP

HACCP signifie Hazard Analysis Critical Control Point: système
d'analyse des dangers et points critiques pour leur maîtrise.
La méthode HACCP repose sur 7 principes. Une fois
Principe 5: Déterminer les mesures correctives à
intégrés dans les 12 étapes clefs de la méthode, le plan
prendre lorsque la surveillance révèle qu’un point
HACCP est alors mis en place.
de contrôle critique (CCP) donné n’est pas
Principe 1: Analyser les dangers.
conforme.
Principe 2: Déterminer les points de contrôles
Principe 6: Appliquer des procédures de
critiques (CCP) pour la maîtrise des dangers. Comme
vérification afin de confirmer que le système
vous le verrez ces points de contrôles sont au centre de la
HACCP mis en place fonctionne efficacement.
méthode HACCP.
Principe 7: Constituer un dossier dans lequel
Principe 3: Fixer le ou les seuil(s) critiques(s).
figureront toutes les procédures et tous les relevés
Principe 4: Mettre en place un système de surveillance
concernant ces principes et leur mise en
permettant de maîtriser les points de contrôles critiques
application.
(CCP).
Vaut mieux prévenir que guérir