TD 4 

: Marquage moléculaire et amélioration des plantes

EXERCICE 1.
L'oranger (Citrus sinensis L.) est un arbre fruitier de la famille des Rutacées, plantes qui
produisent les agrumes. L’oranger est un hybride ancien résultant d’un croisement entre le
pamplemousse (Citrus maxima) et la mandarine (Citrus reticulata). Décidant d’améliorer
génétiquement cette espèce appelée ‘Trovita orange’, Shinozaki et al. 1992 ont réalisé la
fusion des protoplastes de cet oranger avec ceux de l’espèce Murraya paniculata (orange
sauvage ou ‘oranger jasmin’) qui s’adapte bien aux sols alcalins, en plus d’être résistante aux
nématodes. Les plantes régénérées à partir des protoplastes fusionnés ont été analysées pour le
polymorphisme de restriction de leurs ADN par la technique ‘RFLP’. L’ADN a été hydrolysé
séparément par deux enzymes de restriction (Afa1 et Xho1). L’hybridation a été réalisée par
une sonde hétérologue (ADN de riz) marquée à la peroxydase. Les résultats obtenus sont
résumés dans la figure ci-dessous.

1. Quelles peuvent être les raisons possibles de recours à d’autres espèces de rutacées
(comme Murraya paniculata) pour l’amélioration génétique de l’oranger (Citrus
sinensis) ?
2. Rappeler brièvement la technique de fusion des protoplastes dans la création variétale.
3. Quel(s) critère(s) moléculaire(s) exploite la technique d’électrophorèse de l’ADN. S’il
s’agit de plusieurs critères, en préciser le principal. Justifier votre réponse
4. Rappeler les étapes principales de la technique ‘RFLP’.
5. Interpréter les électrophorégrammes correspondant à la digestion par les enzymes de
restriction Afa1 et Xho1 des ADN provenant de ‘orange jessamine’ (Murraya
paniculata, O), ‘orange Trotiva’ (Citrus sinensis, T) et de l’hybride résultant de la
fusion des protoplastes (TO). Quelles sont les conclusions à tirer quant à l’efficacité
d’utilisation du marquage de type ‘RFLP’ dans ce genre d’étude ? Justifier votre
réponse.
EXERCICE 2.

Une population de jeunes plants issus d'un croisement entre le prunier (Prunus salicina) et
l'abricotier (Prunus armeniaca) a été étudiée pour son polymorphisme enzymatique montré
par le système 'peroxydases cathodiques' (POX). Pour cela, les feuilles prélevées de jeunes
plants sont broyées séparément dans 60 µl d'un tampon d'extraction composé de 0,01 M Tris-
HCl (pH 7,15), 3 mM DTE et 5% sucrose. Les extraits sont soumis à une électrophorèse sur
gel d'amidon 11%. Le tampon du gel est constitué de 0,01 M d'Histidine (PM Histidine =
155,2). Le tampon d'électrodes contient 0,135 M Tris (préparé à partir d'une solution de Tris
0,5 M) et 0,043 M d'acide citrique (préparé à partir d'une solution d'acide citrique 0,1 M). Le
pH des deux tampons est ajusté à 7,0 à l'aide d'une solution 1 M d'acide citrique.
Après révélation, le Zymogramme des POX obtenu montre 3 phénotypes électrophorétiques
appelés arbitrairement A, B et C (voir figure).

Le prunier et l'abricotier présentent respectivement les phénotypes B et C.

1 / Rappeler brièvement, le principe de l'analyse des isoenzymes par électrophorèse.

2 / Quelle peut être la nature des isoenzymes codées par le gène gouvernant les
peroxydases cathodiques. Faire un inventaire des génotypes correspondant
à tous les phénotypes.
3 / Quel est l'intérêt du système enzymatique des 'peroxydases cathodique' dans
cette étude.
4 / Comparer brièvement les marqueurs isoenzymatiques et ceux basés sur la
technique PCR comme la méthode RAPD.
EXERCICE 3 (QCM)

QUESTION 1. L'électrophorèse est une technique de séparation qui exploite les critères moléculaires
suivants (cocher la réponse juste)
a) Taille et forme des molécules
b) Taille et la charge électrique
c) Solubilité

QUESTION 2. Les protéines basiques comme les histones sont mieux séparées à pH acide
a) Vrai
b) Faux

QUESTION 3. Les protéines acides sont mieux séparées à pH acide

a) Vrai
b) Faux

QUESTION 4. La diffusion des molécules à partir du gel d'électrophorèse est favorisée par :
a) Une migration lente
b) Une migration rapide

QUESTION 5. Le chauffage induit par l'électrophorèse est favorisé par :

a) Force ionique faible
b) Force ionique élevée

QUESTION 6. La résolution des bandes (bandes fines) en électrophorèse est favorisée par :
a) Force ionique faible
b) Force ionique élevée

QUESTION 7. En électrophorèse, une migration rapide avec un chauffage faible et des bandes moins
résolues est due à :
a) Utilisation de tampons à faible force ionique
b) Utilisation de tampons à forte force ionique

QUESTION 8. En électrophorèse, une migration lente avec un chauffage élevé et des bandes plus
résolues est due à :
a) Utilisation de tampons à faible force ionique
b) Utilisation de tampons à forte force ionique

QUESTION 9. Les gels d'électrophorèse à résolution élevée sont :

a) Gels d'agarose
b) Gels de polyacrylamide
c) Gels d'amidon

QUESTION 10. Où trouve-t-on les plasmides ?

A. Cellules eucaryotes

B. Cellules procaryotes

C. Cellules eucaryotes et cellules procaryotes

D. Dans les bactéries et dans les virus

QUESTION 11. Le volume final d’un gel pour électrophorèse est proportionnel a :

A. La longueur du gel

B. La largeur du gel

C. L’épaisseur du gel

D. Toutes les propositions ci-dessus

QUESTION 12. Le taux de polymérisation d’un gel SDS-PAGE, dépend de :

A. La concentration finale des catalyseurs

B. La température

C. La qualité de l’eau

D. Toutes les propositions ci-dessus

QUESTION 13. Dans un gel de concentration :

A. Les protéines de faible poids moléculaire migrent lentement

B. Les protéines de poids moléculaire élevé migrent plus vite

C. Les protéines de poids moléculaire élevé migrent moins vite

D. Aucune différence

QUESTION 14. Le pouvoir de résolution d’un gel SDS-PAGE, dépend de :

A. pH du Tampon Tris-Hcl

B. Concentration en Acrylamide

C. Courant électrique

D. Toutes les propositions ci-dessus

QUESTION 15. Quel est le rôle du Marqueur, en Figure 1 ?

A. Permet d’estimer le poids moléculaire des protéines

B. Permet d’estimer la quantité de protéines déposées

C. Permet d’estimer le poids moléculaire et la quantité de protéines

D. Permet de visualiser la migration

QUESTION 16. Quels sont les poissons dont la composition en protéines du muscle est similaire
(Figure 1) :

A. Requin et Esturgeon

B. Lapin et Poisson Chat

C. Saumon et Truite

D. Propositions A et B