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Biologie générale
Diaporama
c est l ét de d vivant
La biologie
1
2
é inition d i ant
e rod ction et
énéti e
r anisme ca a le de cro tre et de se re rod ire
tolo ie
Biochimie
hristian de e
ha itre
ea
2
3
ha itre ecti s
se amiliariser a ec le r str ct re
3
4
ntrod ction les atomes
o ne
car one
h dro ne
a ote
a calci m
P hos hore
otassi m
S so re
a sodi m
l chlore
ma nési m
B r e n Se Si n traces
I.1
es atomes
o ne
car one
h dro ne
a ote
a calci m
P hos hore
otassi m
S so re
a sodi m
l chlore
ma nési m
B r e n Se Si n traces
4
5
I.1
es atomes
o ne
car one com osés car onés
h dro ne
a ote
a calci m
P hos hore
otassi m
S so re
a sodi m
l chlore
ma nési m
B r e n Se Si n traces
I.1
es atomes
o ne
car one
h dro ne
a ote
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P hos hore hos hates
otassi m
S so re s l ates
a sodi m a
l chlore l
ma nési m
B r e n Se Si n traces
5
6
ea
r le essentiel s r terre
de la masse d n or anisme
sol ant réacti
an le
6
7
aires d électrons li res
an le moléc le linéaire
éométrie tétraèdre
I.2
7
8
Solubilisation des sels
Cl-
Na+
raisses
8
9
I.2
!!
Pont h dro ne
liaison de ai le éner ie
entre et ne aire électroni e li re de l o ne
9
10
I.2
!!
Pont h dro ne et sol ilité
I.2
onsé ences de la ormation de
onts h dro ne
la lace lotte s r l ea
10
11
I.2
dans l ea
ea re
estomac
s de citron rine san mer
I.2
en me
pKa = 6.3
pKa = 10.3
am on
11
12
I.2
P P pKa = 2.1
P P pKa = 7.2
P P pKa = 12.1
tam on h dro éno hos hate dih dro éno hos hate
I.2
ea rés mé
ohésion
ension s er icielle éle ée
hale r s éci i e de a orisation éle ée
ensité de l ea lace
12
13
ha itre
La chimie du carbone
es l cides
es li ides
es rotéines
es acides n cléi es
es itamines
cides or ani es
tres
ha itre
13
14
I.3
es l cides
n m
orm le chimi e r te
I.3
es l cides
o
et
Fonction aldéhyde Fonction cétone
14
15
I.3
es l cides
Fonction aldéhyde
e em le
Fonction alcool
Fonction alcool
I.3
es l cides
n m
sides ol saccharides
S cres sim les oses monosaccharides
polymères de sucres simples
n m
n m
15
16
I.3
es onosaccharides o Oses
n n n
n=3 trioses l céraldéh de
n=4 tétroses
aldéh de
aldose cétone
cétose
16
17
Savoir la Isomères cycliques du D-glucose
différence
entre ces
deux
images
mais pas
nécessaire
ment de
les
dessiner
D-glucose
pour cyclique D-glucose cyclique
D-glucopyranose D-glucopyranose
l’examen
D-glucose
I.3
en mes
éner ie
ol saccharide
o
oside
en mes
S
17
18
I.3
isaccharides
I.3
l cose n
l co ne stoc a e d l cose anima
orme rami iée de l amidon
18
19
I.3
es étérosides
Hétérosides
rotéine glycoprotéines
o li ide glycolipides
n
l cide ar ois tr s com le e
c r ro es san ins
rotéines mem ranaires
matrice e tracell laire
I.3
es hos ho l cides
19
20
Chapitre 1
La chimie du carbone
Les glucides
Les lipides
Les protéines
Les acides nucléiques
Les vitamines
Acides organiques
Autres
I.3
Les Lipides
phospholipides
stéroïdes
cires
20
21
I.3.Lipides
Acides gras
CH3 – CH2 – CH2 – CH2 – CH2 – CH2 – CH2 – CH2 – CH2 – CH2 – CH2 – COOH
COOH
I.3.Lipides
Acides gras
COOH
21
22
Fonction acide carboxylique
chargée négativement à pH 7
HO
C O
H2O
Θ H3O+
O
C O
majoritaire à pH 7
I.3.Lipides
Acides gras
fonction acide
partie apolaire hydrophile
hydrophobe
Θ
CH3 – [CH2]n-2 – COO
forme ionisée fonction carboxylate
partiellement soluble dans l’eau très hydrophile
détergent (savon de Marseille)
22
23
!!
Acides gras saturés
liaisons simples entre carbones
flexible
COOH
I.3
Lipides saponifiables
Triglycérides
Sels d’acides gras
Phospholipides
KOH = savon
23
24
I.3.Lipides
Triglycérides
HO-CH2
CH3 – [CH2]n-2 – COOH HO-CH glycérol
3 H2O
Triglycérides
24
25
Double liaison : rigide et plane
H H
C C H
H H
H C H
H
H C C H
(propène)
C H H
rotation dans l’axe
H H
(propane)
I.3.Lipides
Phospholipides
glycérol
2 acides gras
phosphate (-)
CH3 – [CH2]n-2 – COO – CH2
CH3 – [CH2]n-2 – COO – CH groupement aminé (+)
Θ
(n=16 ou 18) CH2-OPO3-R
partie hydrophobe partie hydrophile
25
26
I.3.Lipides
Stéroïdes
Ex: le cholestérol
fonction alcool
hydrophile
I.3.Lipides
Animaux: cholestérol
acides biliaires (bile)
hormones stéroïdiennes hormones sexuelles
cortisone
anabolisants
Végétaux - champignons
pas de cholestérol !
nombreux composés de structure similaire (phytostérols)
ex: LSD
26
27
I.3.Lipides
Les glycolipides
Végétaux
I.3.Lipides
Lipides tensioactifs
graisse eau
27
28
I.3.Lipides
Composés tensioactifs
Ajout de tensioactifs
graisse
émulsion
eau
I.3.Lipides
Formation de micelles
eau graisse
28
29
I.3.Lipides
!!!
Membranes biologiques
bicouche lipidique
eau eau
barrière étanche
empêche le passage des composés hydrophiles
!!!
bicouche lipidique
eau eau
29
30
!!!
Membranes biologiques animales
bicouche lipidique
eau eau
phospholipides + cholestérol
I.3.Lipides
Fortement tensioactifs:
• Phospholipides
Faiblement tensioactifs:
• Cholestérol
30
31
I.3.Lipides
Hormones stéroïdes
31
32
Chapitre 1
La chimie du carbone
Les glucides
Les lipides
Les protéines
Les acides nucléiques
Les vitamines
Acides organiques
Autres
I.3
Protéines
+ Θ
H3N – CH – COO
|
R Forme majoritaire à pH neutre
32
33
I.3.Protéines
!!
Acides aminés
fonction amine + Θ
H3N – CH – COO
| fonction acide carboxylique
R
glycine
R=H
symbole: GLY ou G
33
34
cystéine
+ Θ
fonction amine H3N – CH – COO fonction acide carboxylique
|
CH2
|
SH fonction thiol
symbole: CYS ou C
acide glutamique/glutamate
fonction amine + Θ
H3N – CH – COO
|
CH2
| 2 fonctions carboxylates
CH2
|
Θ
COO
symbole: GLU ou E
34
35
tyrosine
+ Θ
fonction amine H3N – CH – COO fonction acide carboxylique
|
CH2
|
cycle aromatique
|
OH
symbole: TYR ou Y
I.3.Protéines
!
Les 20 acides aminés
glycine gly G
tryptophane trp W
alanine ala A
proline pro P
valine val V
cystéine cys C
leucine leu L
méthionine met M
isoleucine ile I
asparagine asn N
phénylalanine phe F
glutamine gln Q
lysine lys K
sérine ser S
arginine arg R
thréonine thr T
histidine his H
tyrosine tyr Y
acide aspartique asp D
acide glutamique glu E
35
36
I.3.Protéines
!!
Formation du lien peptidique
acides aminés
+ Θ + Θ
H3N – CH – COO H 3N – CH – COO
| |
R1 R2
H2O
+ Θ
dipeptide H3N – CH – CO - NH – CH – COO
| |
R1 R2
lien peptidique (fonction amide)
H2O
extrémité N terminale
début + Θ
H3N – CH – CO - NH – CH – CO - NH – CH – COO
| | | extrémité C terminale
R1 R2 R3 fin
tripeptide
36
37
Résidus d’acide aminé
+ Θ
H 3N – CH – CO - NH – CH – CO - NH – CH – COO
| | |
R1 Ri Rn
n-2
I.3.Protéines
Polypeptides
+ Θ
début H3N – CH – CO - NH – CH – CO - NH – CH – COO fin
| | |
R1 Ri Rn
n-2
propriétés en fonction…
du nombre d’acides aminés n
de la nature des groupements R
de l’ordre des acides aminés
37
38
I.3.Protéines
!!
Séquence d’un polypeptide
début + Θ
H3N – CH – CO - NH – CH – CO - NH – CH – CO - NH – CH –… COO
| | | | fin
CH2 H CH3 CH2
| |
CH2
|
S - CH3
MGAY…
structure primaire
I.3.Protéines
Hélice Feuillet
38
39
I.3.Protéines
I.3.Protéines
Pont disulfure
39
40
I.3.Protéines
Unité fonctionnelle
ponts hydrogène
interactions entre acides aminés de charges opposées
interactions entre acides aminés hydrophobes
ponts disulfure
40
41
I.3.Protéines
!!
Résumé : Structure des protéines
secondaire
forme tridimentionnelle
tertiaire
I.3.Protéines
Phosphorylation (phosphoprotéines)
régulation
41
42
I.3.Protéines
Groupes prosthétiques
ex:
atome métallique : fer, zinc
hème : hémoglobine
I.3.Protéines
Chargés à pH neutre:
Liaisons ioniques et ponts H Hydrophobes:
lysine lys K Liaisons de van des Waals
arginine arg R
acide aspartique asp D tryptophane trp W
acide glutamique glu E méthionine met M
alanine ala A
Hydrophiles: valine val V
Ponts H leucine leu L
asparagine asn N isoleucine ile I
glutamine gln Q phénylalanine phe F
sérine ser S Proline pro P
thréonine thr T
42
43
I.3.Protéines
R ions
H 2O Protéines solubles dans l’eau:
R R
R Chaînes hydrophiles vers l’extérieur
R Chaînes hydrophobes vers l’intérieur
R
R
R R
R R H 2O
H 2O
R R
ions Protéines hydrophobes:
Chaînes hydrophobes vers l’extérieur
Solubles dans les membranes lipidiques
I.3.Protéines
Enzymes
Transporteurs hémoglobine
Anticorps
43
44
I.3.Protéines
Les anticorps
I.3.Protéines
Les anticorps
Anticorps =
Immunoglobuline Partie variable
Antigène
Partie constante
44
45
I.3.Protéines
I.3.Protéines
!!
Les immunoglobulines: complexe quaternaire
chaînes lourdes
chaîne légère
chaîne légère
ponts disulfures
polysaccharide
45
46
I.3.Protéines
I.3.Protéines
Feuillets β !
46
47
I.3.Protéines
I.3.Protéines
L’hémoglobine
Fixation de l’oxygène
47
48
I.3.Protéines
Chapitre 1
La chimie du carbone
Les glucides
Les lipides
Les protéines
Les acides nucléiques
Les vitamines
Acides organiques
Autres
48
49
I.3
!
Acides nucléiques
OH
Θ
O P O
phosphate
O
base azotée
5’
CH2 O
4’ 1’
H H
H H
3’ 2’
OH
Θ
O P O
phosphate O
base azotée
5’
CH2 O
4’ 1’
H H
ribose H H
3’ 2’
OH OH
condensation
OH
Θ
O P O
phosphate O
base azotée
5’ CH
2 O
4’ 1’
H H
ribose H H
3’ 2’
OH OH
49
50
OH
Θ
phosphate O P O
O
base azotée
5’
CH2 O
4’ 1’
ribose H H
H H
3’ 2’
O OH
Θ
O P O
phosphate
O
base azotée
5’ CH
2 O
4’ 1’
H H
ribose
H H
3’ 2’
OH OH
Début Θ P
phosphate B
Carbone 5’ orientation:
sens de synthèse
Θ P phosphate >> ribose
B 5’ >> 3’
Θ P
B
Θ P
B
Θ P
B
Fin
ribose
Carbone 3’
50
51
I.3
R R
H ou CH3
N N
N
H
N N H
R N o
ribose ribose
OH
Θ
O P O
phosphate
O
base azotée
5’
CH2 O
4’ 1’
H H
H H
3’ 2’
OH OH
Base
Adénine
Guanine Nomenclature des nucléotides
Uracile
Cytosine
51
52
OH
Θ
O P O
phosphate
O
base azotée
5’
CH2 O
4’ 1’
H H
H H
3’ 2’
OH OH
Adénine Adénosine
Guanine Guanosine
Uracile Uridine
Cytosine Cytidine
I.3
OH
Θ
O P O
phosphate
O
base azotée
5’
CH2 O
4’ 1’
H H
H H
3’ 2’
OH OH
52
53
I.3
OH
Θ
O P O
phosphate
O
base azotée
5’
CH2 O
4’ 1’
H H
H H
3’ 2’
OH H
Θ P
G
Θ P
A
Θ P
C
Θ P
séquence:
C
GACCT
Θ P
T
53
54
I.3
!!
Appariement des bases
bases puriques
bases pyrimidiques
Thymine ou Uracile
Adénine
Cytosine
Guanine
ADN
54
55
séquence
Θ P C complémentaire:
G Θ P
AGGTC
Θ P T
A Θ P
Θ P G
C Θ P
Θ P G
séquence:
C Θ P
GACCT
Θ P
A
T Θ P
I.3
Rosalind Franklin
55
56
Découverte de la structure de l’ADN
Film photographique
Source de rayons X
I.3
56
57
I.3
hélice droite
1 tour = 10 nucléotides = 3,4 nm
coupe:
57
58
Unités de mesure de l’ADN
ADN circulaire
58
59
Structure de l’ADN eucaryote
Polypeptides d’histones
(structure tertiaire,
charges positives)
Octamère d’histones
(structure quaternaire)
R. Wheeler, Wikimedia
59
60
Histones
Histone H3
60
61
I.3
!!!
La chromatine
L’ADN s’enroule autour de protéines appelées histones
Chromatine
(eucaryotes) fibre de Ø ±30 nm
La chromatine
ADN
Histone H1
Nucléosome
61
62
Organisation de l’ADN en chromosomes
I.3
62
63
I.3
O
base azotée
5
CH2 O
4 1
H H
H H
3 2
OH OH (ribose)
ou
H (désoxyribose)
I.3
!!!
La synthèse des protéines
information génétique
ADN A, T, C, G
génome
copie ARN A, U, C, G
UNIVERSEL !!
63
64
ARN: structures secondaires
Chapitre 1
La chimie du carbone
Les glucides
Les lipides
Les protéines
Les acides nucléiques
Les vitamines
Acides organiques
Autres
64
65
I.3
Vitamines
lipophiles
hydrophiles
cfr classe des lipides
BC ADEK
I.3
Vitamines hydrosolubles
B1 thiamine
B2 riboflavine
B3 niacine, nicotinamide (= vit PP)
B4 adénine*
B5 acide pantothénique
B6 pyridoxine
B8 biotine
B9 acide folique
B12 cobalamine
65
66
I.3
Vitamines liposolubles
I.3
Acides organiques
Θ
HO O
C O C O
forme principale à pH 7
COOH
| COOH
ex: acide citrique acide lactique
CH2 |
| CH-OH
HOOC-C-OH |
| CH3
CH2
|
COOH
66
67
I.3
Et beaucoup d’autres…
intermédiaires métaboliques
………….
67
68
Chapitre 2
Cytologie
L’unité de base du vivant : la cellule
1 Introduction
2 La membrane plasmique
3 Le cytoplasme
4 Les organites
5 Le noyau
6 Paroi et matrice extracellulaire
7 Division cellulaire
8 Mort cellulaire programmée
II.1
Découverte de la cellule
coupes de liège
69
II.1
Microscopie optique
Grossissement:
jusqu’ à 1000 X
coloration à l’hématoxyline
(racine de acinthe)
noyau
II.1
Eucaryotes vs procaryotes
noyau
eucaryotes procaryotes
70
II.1
Microscopie électronique
II.1
Structure des procaryotes
vue au microscope électronique
1 m
microscope à balayage
microscope à transmission
71
II.1
!
La cellule procaryote (bactérie)
cytoplasme
membrane plasmique paroi
ADN
ribosomes
II.1
Structure des eucaryotes
vue au microscope électronique
NOYAU
ORGANITES
72
II.
Le Fractionnement cellulaire
II.1
centrioles
membrane plasmique
noyau cytosol
ribosomes
lysosomes,
peroxysomes,
exosomes &
endosomes
mitochondrie
Golgi
73
II.1
paroi noyau
membrane plasmique cytosol
ribosomes
lysosomes,
peroxysomes,
exosomes &
endosomes vacuole
Golgi mitochondrie
chloroplaste 10 – 200 m
réticulum endoplasmique cytosquelette
pas de centriole
II.
2- la Membrane plasmique
milieu extracellulaire
8 nm
74
arrière imperméable, élastique et fluide
fluide:
mouvements latéraux
bicouche lipidique
imperméable
très peu de composés passent efficacement la bicouche lipidique
milieu extracellulaire !!
PROT IN S
M M RANAIR S
bicouche lipidique
cytosol
75
Membranes animales
milieu extracellulaire !!
Protéines
GLYCOCALY
bicouche lipidique
cytosol
II.2
transport transmembranaire
récepteurs
enzymes
ancrage cellulaire
…
76
II.
3- Le cytoplasme
• de l’eau (± 80 %)
• ARN
II.3
Les ribosomes
Sous-unité 60S
Sous-unité 40S
77
II.3
!
Le cytosquelette
• contraction musculaire
3 types: microfilaments
microtubules
filaments intermédiaires
Filaments intermédiaires
78
Microfilaments
• rôles spécifiques:
contraction musculaire
charpente des microvillosités (actine)
filaments d’actine
!!
Microtubules
tubuline
Filament creux
• rôles spécifiques:
fuseau mitotique et transport des organites
charpente des cils et flagelles
79
cil de paramécie
(propulsion)
vue en coupe
(micr. électronique)
Mouvements et microtubules
mouvement d’un
microtubule par rapport
à l’autre
mouvement d’un
organite sur un
microtubule
80
II.
!!!
4- Les organites
entités spécialisées séparées du cytosol par…
lysosomes,
peroxysomes, mitochondrie
exosomes &
endosomes
Plantes:
chloroplastes
Golgi
réticulum endoplasmique
II.4.organites
Le réticulum endoplasmique
RE lisse RE rugueux
81
II.4.organites
L’appareil de Golgi
82
II.4.organites
L’appareil de Golgi
tri
Retour au RE
83
exocytose
membrane plasmique
cytosol
organite
EXOCYTOSE
Vésicule
(exosome)
Cytosol
protéines transmembranaires
Membrane plasmique
Milieu extracellulaire
84
EXOCYTOSE
Vésicule
(exosome)
Cytosol
Protéines SNAREs
Membrane plasmique
Milieu extracellulaire
Fusion des
Cytosol membranes
Membrane plasmique
Milieu extracellulaire
85
Cytosol
Membrane plasmique
Milieu extracellulaire
Cytosol
Membrane plasmique
Milieu extracellulaire
86
II.4
L’endocytose
lysosome endosome
(enzymes digestives)
phagocytose (solide)
pinocytose (liquide)
endocytose via un récepteur
cytosol
membrane plasmique
digestion
III.3.2
!!
Endocytose
Type : taille
lysosomes
digestion enzymatique et absorption des constituants
87
Phagocytose
1 µm
ou phagosome
Pinocytose
ingestion de liquide
88
Endocytose par récepteur interposé
0,1 µm
Exemples: -chez les mammifères, fer circule sous forme d’un complexe avec la transferrine
se fixe sur le récepteur de la transferrine
-lipides
II.4.organites
Les lysosomes
pH acide (≈ 5)
certaines vacuoles jouent le rôle de lysosomes chez les plantes 150 – 300 nm
89
Autophagie
cible
Fusion avec
un lysosome
autophagosome
II.4.organites
Les peroxysomes
ex: catalase:
2 H2O2 2 H20 + O2
0,5 – 1,5 µm
90
II.4.organites
Les mitochondries
double membrane
0,5 – 2 µm
matrice mitochondriale
roles: .
synthèse de quelques protéines
cycle de Krebs et réactions d’oxydation (lipides…) .
. .
91
Matrice mitochondriale
Membrane interne
Espace intermembranaire
Membrane externe
Cytosol
.
.
.
. .. .
.
.
.
.
. .
. .
.
92
II.4.organites
Les chloroplastes
double membrane
+ thylakoïdes : sacs aplatis empilés en grana
photosynthèse:
absorption de CO2 et de lumière
pour produire des sucres et de l’oxygène
granum
0,5 – 2 µm
thylakoïdes
II.
!!!
5- Le noyau
nucléoplasme (matrice)
contenant la chromatine (ADN + protéines)
synthèse d’ARN messager
nucléole:
synthèse des ribosomes
(cytosol)
سيتوسول
enveloppe nucléaire
percée de pores
issue du RE rugueux
الخامRE مغلف نووي مثقوب بمسام من 5 µm
93
الخامRE مغلف نووي مثقوب بمسام من
chromatine : euchromatine
hétérochromatine
enveloppe nucléaire
nucléole
RE rugueux
5-10 µm
ribosome
cytoplasme
membrane externe
noyau
94
!!!
Le pore nucléaire
Complexe protéique
du pore Membrane externe
Cytosol
Enveloppe
nucléaire
Noyau
Membrane interne
Panier
lamina
!!!
Le pore nucléaire
95
Chapitre 2
Cytologie
L’unité de base du vivant : la cellule
II.
6- Espaces extracellulaires
PAROI Bactéries
Végétaux
MATRICE EXTRACELLULAIRE
Animaux vertébrés
96
II.6
Paroi cellulaire
fragilité de la membrane plasmique
paroi
(paroi absente)
II.6
coupes de liège
97
PAROI PRIMAIRE (> 200 nm) :
additions secondaires:
plus de cellulose
minéraux (SiO2, CaCO3)
lignine (bois)
imperméabilisant (ex: cire)
membranes plasmiques
± 8 nm
polymère de glucose
résistant à l’hydrolyse
98
Communications entre cellules végétales : les plasmodesmes
membrane plasmique
EQUILIBRE HYDRIQUE
effet « buvard » : contient eau, sels et nutriments
99
II.6
II.6
Matrice extracellulaire
fibres de collagène
Gel
cellule
100
Composition de la matrice extracellulaire
GLYCOPROTEINES fibres
collagène (50% des protéines humaines)
fibronectine
élastine
…
milieu extracellulaire
fibres de collagène
(gel)
protéoglycans
fibronectine
ou laminine
intégrines
cytosquelette
cytoplasme
101
Rôles de la matrice extracellulaire animale
polysaccharides glycoprotéines
COMPOSITION peptidoglycan cellulose (collagène)
protéoglycans
protection
soutien, cohésion
passage des nutriments
ROLES adhérence migration
cellulaire
forme cellulaire
résistance en milieu hypotonique (souple)
(rigide !)
102
Chapitre 2
Cytologie
L’unité de base du vivant : la cellule
!!!
II. 7. La division cellulaire
1- Introduction
2- La Réplication de l’ADN
3- Comparaison procaryotes et eucaryotes
4- La Mitose
5- Les Chromosomes
103
Reproduction des organismes unicellulaires
Protistes unicellulaires
Procaryotes
uf fécondé
Adulte
Entretien:
109 cellules / jour
1013 à 1014 cellules
1 cellule
104
1. La division cellulaire : intro
« cellule mère »
« cellules filles »
PARTITION
partage du cytoplasme
division
105
Le cycle cellulaire eucaryote
Réplication de l’ADN
!
Le cycle cellulaire
G0
Phases:
Interphase:
Gap (hiatus) 1
Synthèse de l’ADN
Gap 2
Mitose
106
Variation de la quantité d’ADN par cellule
Molécules d’ADN par cellule
92-
46-
G1 S G2 M G1
Cycle cellulaire
!!!
P C
Θ Θ
G P
2. La réplication de l’ADN
Θ
P T Θ
A
P
P G
Θ
Θ
C P
P G
Θ
Θ
C P
P
Θ A Θ
T
P
P C
Θ Θ
G P
P T
Θ
Θ
A
Etape 1:
P
P G
Θ
Θ
C P
107
P P C
Θ Θ Θ
G G P
P T
Θ
Θ
A
P
P G
Θ
Θ
C P
Synthèse du 2e brin
P
en utilisant le 1er comme matrice
Θ G
& des nucléotides comme substrat
Θ
C P
P
Θ A Θ
T
P
P
P Θ
Θ C Θ
G P
P
Θ
P
P Θ
Θ G T Θ
A
P
P G
Θ
Θ
C Θ
P
P
P G P G
Θ
Θ
Θ
Θ
C P P
P C P C
Θ Θ Θ Θ
G P G P
P T P T
Θ Θ
Θ Θ
A A
P P
P G P G
Θ Θ
Θ Θ
C P C P
P G P G
Θ Θ
Θ Θ
C P C P
P P
Θ A Θ Θ A Θ
T T
P P
P C P C
Θ Θ Θ Θ
G P G P
P T P T
Θ Θ
Θ Θ
A A
P P
P G P G
Θ Θ
Θ Θ
C P C P
P G Θ P G
Θ Θ
Θ
C P C P
108
Propriétés de l’ADN polymérase
109
Bilan de la réplication de l’ADN
Semi-conservative: chaque molécule d’ADN est constituée d’un brin original qui
sert de matrice pour la synthèse du nouveau brin
exception : les rétrovirus (ex: virus du SIDA) : ADN synthétisé à partir d’ARN
UNIVERSEL !!
!!
Réplication de l’ADN bactérien
ADN circulaire
110
nouveaux brins
réplicon
Fourche de
réplication nouveaux brins
réplicon
111
1- déroulement de l’ADN et apparition de fourches de réplication
3’
3’
ADN hélicase
5’
fourche de réplication
ADN
5’
3’
5’
3’
fourche de réplication
3’
5’
5’ 3’
ADN
5’
112
3- synthèse de l’ADN
3’
fourche de réplication 5’
3’ 3’
5’
5’
ADN 3’
ADN polymérases 5’
trajet de l’enzyme
nouveau cycle 3’
5’
ADN polymérase
3’
ADN hélicase
5’
fourche de réplication
ADN
trajet de l’enzyme
113
3’
5’
ADN polymérase
fourche de réplication
3’
amorce d’ARN (primase)
5’
ADN
trajet de l’enzyme
3’
5’
ADN polymérase
3’
fourche de réplication
5’
ADN
trajet de l’enzyme
114
3’
ADN polymérase 5’
3’
fourche de réplication
5’
ADN
trajet de l’enzyme
3’
ADN polymérase 5’
brin avancé
3’
fourche de réplication
5’
ADN
brins retardés
fragments d’Okasaki
trajet de l’enzyme
115
3’
ADN polymérase 5’
brin avancé
3’
fourche de réplication
5’
ADN
brins retardés
fragments d’Okasaki
trajet de l’enzyme
3’
ADN polymérase 5’
brin avancé
3’
fourche de réplication
5’
ADN
brins retardés
fragments d’Okasaki
Remplacement
de l’amorce d’ARN
trajet de l’enzyme
116
3’
5’
brin avancé
3’
fourche de réplication
5’
ADN
brin retardé
fragments d’Okasaki
ADN ligase
lie les brins d’Okazaki entre eux 3’
5’
…sauf:
117
4. La mitose
Cellule au repos (« quiescente »)
1- Prophase
2- Métaphase
Division du noyau (« mitose »)
3- Anaphase
4- Télophase
!!!
La mitose : le défi
118
Les molécules d’ADN identiques restent associées après la réplication
cohésine
chromatine
(ADN + histones)
Condensation de l’ADN
cohésine
chromatine core
(ADN + histones)
119
Condensation de l’ADN 2 chromatides
cohésine
centromère
chromatine chromosome
(ADN + histones) 1-10 µm
Fin de l’interphase
cinétochore
microtubule
polymère de tubuline
rigide
dynamique
noyau
120
Fin de l’interphase
centrosome
cinétochore
chromosome
2 centrioles
noyau
microtubule
Interphase – G2 Prophase
Duplication du
centrosome chromosome
121
Interphase – G2 Prophase
cinétochore
centrosome
chromosome
cinétochore
Chromosomes:
séparation des chromatides
fixation au fuseau au centre
migration
122
Le fuseau mitotique
cinétochore
cinétochore
centrosome microtubule
chromatide
123
Télophase
Cytocinèse
étranglement équatorial
partage des organites
prophase
124
Mitoses dans la moelle osseuse
métaphase
anaphase
125
Mitoses dans la moelle osseuse
télophase et cytocinèse
(cryptes de Lieberkühn)
126
Cellules végétales
Mitose Cytocinèse
vésicules golgiennes
plaque cellulaire
paroi
pas de centrosome
!!!
5. Les chromosomes
Caryotype :
centromère (c)
127
5. Les chromosomes
(homme: n = 23)
un lot de n chr. ♂
un lot de n chr. ♀
= 2n (diploïdie)
5. Les chromosomes
chromosomes homologues
structure constante
position du centromère
quantité d’ADN
taille
bandes
Nombre, nature et position des gènes
exception:
chr. sexuels (X et Y)
128
Chaque cellule hérite d’un patrimoine génétique identique !
Métaphase
Anaphase
bandes chromosomiques
bras court (p)
centromère
télomère
129
Les chromosomes
Application:
dépistage de maladies génétiques
ex: trisomie 21
130
!
Anomalies chromosomomiques
!
Anomalies chromosomomiques
germinale
peut être transmise (héréditaire)
Ex: trisomie 21
Peuvent survenir dans une cellule
somatique
non héréditaire
csq pour la cellule et ses descendantes
Ex: cancer
131
Altération des chromosomes d’une cellule cancéreuse
Cancer et mitose
132
Cancer et mitose
mélanome
Mitoses anormales
cancer
irradiation
agents anti-mitotiques
133
Un agent antimitotique : le taxol
extrait de l’if
fixation aux microtubules
Chapitre 2
Cytologie
L’unité de base du vivant : la cellule
134
II.8
8. Mort cellulaire
Apoptose
B-C
digestion des protéines cellulaires
cytosquelette
protéines d’adhérence
fragmentation de l’ADN
D
fragmentation en corps apoptotiques
qui seront phagocytés
par une autre cellule
135
Apoptose et développement
disparition de
la queue du tétard
formation
des doigts (souris)
136
Chapitre 3
Physiologie cellulaire
2 Enzymes
4 Anabolisme
5 Du gène à la protéine
Apports:
Energie chimique
Lumière (plantes)
Organisme
vivant
Dépenses:
Croissance
Stockage : Reproduction
Energie chimique Mouvements
(sucres, lipides) Chaleur
…
137
III.
Thermodynamique du vivant : I
étude des transformations d’énergie
Energie cinétique
(mouvement)
Energie thermique
(chaleur)
III.
Thermodynamique du vivant : II
138
III.
réactifs
G
réaction exothermique
produits
réaction équilibrée
G
réactifs produits G proche de 0
fructose-6-phosphate glucose-6-phosphate
139
réaction endothermique
Bilan global:
ATP+ 2O
G G réactifs +ATP + 2O
-7.3 kcal/mol produits + ADP +Pi
ADP + Pi
III.
L’ATP: une source d’énergie chimique
« prête à l’emploi »
N base azotée
2
adénine
3 phosphates
N
N
O O O
O P O P O P O N N
OΘ OΘ OΘ C 2 O
140
ADP
+
Catabolisme
Photosynthèse phosphate
Pi
Energie
Energie
ATP Anabolisme
Mouvements
III.
141
!!
2- Les enzymes
III.2
Enzymes
état de transition
G
Ea
réactifs
G
produits
décours de la réaction
enzymes :
accélèrent les réactions (catalyse) 1000 à 1016 x
en diminuant l’énergie d’activation Ea
pas d’influence sur G (et donc sur l’équilibre)
positionnent les réactifs correctement
142
Enzymes !!
substrats
spécifiques !
Enzyme
(protéine) saccharase
glucose
fructose
produits
III.2
!!
Spécificité des enzymes
A B
143
III.2
Coenzymes
vitamines B
base azotée:
nicotinamide
ribose vitamine B3
phosphate
base azotée:
phosphate adénine
ribose
144
Le Nicotinamide Adénine Dinucléotide:
un coenzyme transporteur d’électrons
Ethanol Acétaldéhyde
2 e- + 2 +
Réduction 1/2 O2 2O
2 e- + 2 +
145
Le Nicotinamide Adénine Dinucléotide:
un coenzyme transporteur d’électrons
2 électrons
2 protons +
NAD+ NAD + +
(NADP+) (NADP + +)
III.2
!!
Facteurs qui influencent l’activité d’une enzyme
Température
p : en général neutre
mais enzymes digestives (estomac, lysosomes): p acide
146
Fixation de l’inhibiteur sur le site catalytique (compétition avec le substrat)
147
ou
148
III.2
Inhibition des enzymes:
applications pharmacologiques
ex:
antibiotiques:
pénicilline: inhibiteur d’une enzyme nécessaire
pour la synthèse de la paroi bactérienne
certains hypocholestérolémiants:
inhibition d’une enzyme de la synthèse du cholestérol
…
III.2
Ancienne :
nom choisi par le chercheur qui découvre l’enzyme
suffixe « -ase »
ex: saccharase, kinase…
encore très utilisée
Nouvelle :
rationnelle, basée sur les classes d’enzymes et le substrat
149
III.2
6 classes d’enzymes
1 - Oxydoréductases réactions d’oxydoréduction (transfert d’électrons)
coenzymes : NAD+, NADP+, FAD
III.2
Classe d’enzyme
Substrats
Groupe tranféré
150
Met…Ala-Lys-Arg-Thr + H2O Met…Ala + Lys-Arg-Thr
2 H2O2 2 H20 + O2
III.
151
III.
[glucose]sang = 1 g/l
Transport passif
glucose
énergie
glycogène
acides aminés,
Oses (frutose, ribose…)
lipides…
III
Activation du glucose
[glucose]sang = 1 g/l
Transport passif
glucose
ATP
hexokinase
ADP
glucose-6-phosphate
152
III
Activation du glucose
[glucose]sang = 1 g/l
Transport passif
glucose
ATP
hexokinase
ADP Glycolyse
glycogène glucose-6-phosphate
Acides aminés
ribose Acides gras
Cholestérol…
énergie
III.
La Glycolyse
153
La glycolyse : 1 activation du glucose
ATP
ADP
hexokinase
KINASE (phosphate-transférase):
enzyme qui phosphoryle un substrat
La glycolyse : 2
ISOMERASE
Glucose-6-phosphate isomérase
154
La glycolyse : 3 phase d’activation (suite)
ATP
ADP
KINASE
LYASE
aldolase
Glycérol x2
triose phosphate
isomérase
ISOMERASE
155
Phase d’activation
Investissement d’énergie
- 2 ATP
Libération d’énergie
La glycolyse : 6 oxydoréduction
NAD+ NADH + H+
Pi
DEHYDROGENASE (oxydoréductase)
(phosphoglycéraldéhyde déhydrogénase)
156
La glycolyse : 7 phosphorylation d’ADP
ADP ATP
KINASE
(phosphoglycérate kinase)
La glycolyse : 8-9
ISOMERASE
phosphoglycérate
mutase
H2O LYASE
énolase
157
La glycolyse : 10 phosphorylation d’ADP
ADP ATP
pyruvate kinase
KINASE
BILAN :
Phase d’activation
Investissement d’énergie
- 2 ATP
Libération d’énergie
+ 2 x 2 ATP
+ 2 NADH
2 ATP
2 NADH
158
III.
Glucose
Ribose-phosphate His
Nucléotides
Glycérol
III.
Glycolyse
159
Fermentation Respiration
III.
!!
La glycolyse anaérobie ou Fermentation
2 ADP 2 ATP
2 NADH + H+
2 NAD+
ou
régénération du NAD+
2 éthanol + 2 CO2
2 lactates
160
La Fermentation
Fermentation lactique
Fermentation alcoolique
III.
3.2 La Respiration
161
Transformation du pyruvate en acétyl-coenzyme A
Cycle de Krebs
= H2O
cycle du citrate
162
Cycle de Krebs
=
cycle du citrate
ADP + Pi
Oxydoréduction
Phosphorylation
au niveau du substrat
ATP
½O2 + 2 H+
NADH + H+
Oxydoréduction
Chaîne
de transport
d’électrons
=
NAD+
Chaîne respiratoire H2O
énergie
ATP
3 ADP + 3 Pi synthétase 3 ATP +3H2O
Phosphorylation oxydative
163
accumulation de protons
dans l’espace intermembranaire
cytoplasme
H+ H+ H+ H+ H+ H+
espace H+ H+ H+ H+
intermembranaire H+ H+ H+ H+
H+
matrice mitochondriale
H+ ADP
H+ ATP
NADH
O2
NAD+ H2O H+
ATP synthétase
chaîne de transport d’électrons
utilise le gradient de
-transfert des électrons sur l’oxygène protons comme source d’énergie
-récupération de l’énergie
sous forme d’un gradient de protons
Espace intermembranaire
H+
(= chaine respiratoire)
NADH + H+ + ½O2
Pompe
Turbine
(= ATP synthétase)
NAD+ + H2O
3 ATP
H+ Matrice
164
Bilan énergétique du catabolisme aérobie du glucose
Glycolyse -2 ATP
+4 ATP
2 NADH +6 ATP
transport -2 ATP
Krebs +2 ATP
8 NADH +24 ATP
2 FADH2 +4 ATP
4 ATP 32 ATP
III.
oxydoréduction
D-Glucose + 6 O2 6 CO2 + 6 H2O
C6H12O6
(180 Da)
165
III.
III.5.5
!!
3.3 - Le catabolisme des acides gras
Mitochondrie
Triglycérides
NADH + H+ NADH + H+
FADH2 FADH2, ATP
166
III.5.5
!!
3.4 Le catabolisme des acides aminés
O2
CO2 + H2O
Protéines Acides aminés
protéases urée
ATP
NADH + H+
III
!!
3.5 Le catabolisme des acides nucléiques
NB:
la goutte = précipitation d’acide urique dans les articulations
167
III.5.5
!!
3.4 Le catabolisme des acides aminés
O2
CO2 + H2O
Protéines Acides aminés
protéases urée
ATP
NADH + H+
III
!!
3.5 Le catabolisme des acides nucléiques
NB:
la goutte = précipitation d’acide urique dans les articulations
167
III.
Glucose
Ribose-phosphate
Nucléotides
Pyruvate Acétyl-CoA
CO2
III.
4 - L’anabolisme
4.2 Photosynthèse
168
III.
muscle
acides aminés
Glycogène
foie
tissus
adipeux
cerveau
le glucose est essentiel pour le fonctionnement du cerveau
produit à partir du glycogène,
puis des acides aminés
CO2 Photosynthèse
Cycle de Calvin
Energie
graines
graines
Krebs
peroxysomes
cellulose
mitochondrie
Energie
en présence de lumière, produit par photosynthèse
obscurité et graines : lipides ou amidon
169
III.
Glycérol
Phospholipides
Acétyl-CoA
Cholestérol Stéroïdes
Acides biliaires
III.
!
4.3 Anabolisme des acides gras
glycolyse Cytoplasme !
glucose pyruvate
CO2
Phospholipides
Triglycérides
170
III.
Synthèse des acides gras
3 6C
CH3 – [CH2](n-2) – CO-CoA
4 8C n = nombre de C
5 10C
6 12C
7 14C
8 palmityl-CoA 16C
9 stéaryl-CoA 18C
Métabolisme du cholestérol
Apport alimentaire
Stéroides hormonaux
Vitamine D3
médicaments hypocholestérolémiants
171
IIIe Partie - Physiologie
5- Du gène à la protéine
Définition du gène
172
III.6
ADN (gènes)
Transcription
ARN t
ARN r
NOYAU ARN prémessager
Maturation
ARN messager
RIBOSOMES Traduction
polypeptide
20 acides aminés A A
T U
G G
C C
1 nucléotide → 4 possibilités
2 nucléotides → 16 possibilités
3 nucléotides → 64 possibilités
173
le code génétique
20 acides aminés A A
T U
G G
C C
le code génétique
20 acides aminés A A
T U
G G
C C
174
le code génétique
A Ala Alanine GCA, GCC, GCG, GCU
C Cys Cystéine UGC, UGU
D Asp Ac. aspartique GAC, GAU
E Glu Ac. glutamique GAA, GAG
F Phe Phenylalanine UUC, UUU
G Gly Glycine GGA, GGC, GGG, GGU
H His Histidine CAC, CAU
I Ile Isoleucine AUA, AUC, AUU
K Lys Lysine AAA, AAG
L Leu Leucine UUA, UUG, CUA, CUC, CUG, CUU
M Met Méthionine AUG
N Asn Asparagine AAC, AAU
P Pro Proline CCA, CCC, CCG, CCU
Q Gln Glutamine CAA, CAG
R Arg Arginine AGA, AGG, CGA, CGC, CGG, CGU
S Ser Sérine AGC, AGU, UCA, UCC, UCG, UCU
T Thr Thréonine ACA, ACC, ACG, ACU
V Val Valine GUA, GUC, GUG, GUU
W Trp Tryptophane UGG
Y Tyr Tyrosine UAC, UAU
Z Stop UAA, UGA, UAG
le code génétique
A A 20 acides aminés
T U
G G
C C
TRANSCRIPTION TRADUCTION
« recopiage » « langage » différent
175
III.6
ADN (gènes)
Transcription
ARN t
ARN r
NOYAU ARN prémessager
Maturation
ARN messager
RIBOSOMES Traduction
polypeptide
ADN
176
Gène 1
L’ARN polymérase
• fabrique de l’ARN à partir d’un brin d’ADN (= brin matrice, non codant,
anti-sens) en respectant la complémentarité des bases (U remplace T)
177
Maturation de l’ARN
(eucaryotes)
Epissage
ARN messager
5’ 3’
Epissage
ARN messager
5’ 3’
AUG Stop
cadre de lecture
protéine
178
La traduction: synthèse des protéines
40S
Structure du ribosome
2 sous unités
ARNt
1 ARNr + 21 polypeptides
30S
179
60S
ARN de transfert
acide aminé
5’
± 80 nucléotides
structure secondaire en trèfle
homme: 48 ≠
reconnaissent un ou plusieurs codons
spécifiques d’un acide aminé
anticodon
180
Phase d’initiation:
assemblage du ribosome et d’un ARNt
sur un codon AUG
Phase d’élongation:
fixation de l’ARNt suivant
181
Phase d’élongation:
transpeptidation
N-terminus
182
Phase d’élongation:
translocation du ribosome
site P
« peptide »
site E site A
« exit » « acide aminé »
183
Phase d’élongation:
fixation de l’ARNt suivant
Phase de terminaison:
recrutement de facteurs de terminaison
184
Phase de terminaison:
hydrolyse du polypeptide
N-terminus
C-terminus
Phase de terminaison:
dissociation du complexe
185
Pour lire les triplets : partir du centre
186
Exons
Exemple: l’insuline
1,43 kb
Exon 1 Exon 2 Exon 3
Exon 1
AGCCCTCCAGGACAGGCTGCATCAGAAGAGGCCATCAAGCAG
Exon 2
ATCACTGTCCTTCTGCCATGGCCCTGTGGATGCGCCTCCTGCCCCTGCTGGCGCTGCTGG
CCCTCTGGGGACCTGACCCAGCCGCAGCCTTTGTGAACCAACACCTGTGCGGCTCACACC
TGGTGGAAGCTCTCTACCTAGTGTGCGGGGAACGAGGCTTCTTCTACACACCCAAGACCC
GCCGGGAGGCAGAGGACCTGCAGG
Exon 3
TGGGGCAGGTGGAGCTGGGCGGGGGCCCTGGTGCAGGCAGCCTGCAGCCCTTGGCCCTGG
AGGGGTCCCTGCAGAAGCGTGGCATTGTGGAACAATGCTGTACCAGCATCTGCTCCCTCT
ACCAGCTGGAGAACTACTGCAACTAGACGCAGCCCGCAGGCAGCCCCACACCCGCCGCCT
CCTGCACCGAGAGAGATGGAATAAAGCCCTTGAACC
Brin « sens » « codant »
Complémentaire au brin matrice
187
Exemple: l’insuline
1,43 kb
Exon 1 Exon 2 Exon 3
ARNm
coiffe-AGCCCUCCAGGACAGGCUGCAUCAGAAGAGGCCAUCAAGCAG
(exon2)
AUCACUGUCCUUCUGCCAUGGCCCUGUGGAUGCGCCUCCUGCCCCUGCUGGCGCUGCUGG
CCCUCUGGGGACCUGACCCAGCCGCAGCCUUUGUGAACCAACACCUGUGCGGCUCACACC
UGGUGGAAGCUCUCUACCUAGUGUGCGGGGAACGAGGCUUCUUCUACACACCCAAGACCC
GCCGGGAGGCAGAGGACCUGCAGG
(exon 3)
UGGGGCAGGUGGAGCUGGGCGGGGGCCCUGGUGCAGGCAGCCUGCAGCCCUUGGCCCUGG
AGGGGUCCCUGCAGAAGCGUGGCAUUGUGGAACAAUGCUGUACCAGCAUCUGCUCCCUCU
ACCAGCUGGAGAACUACUGCAACUAGACGCAGCCCGCAGGCAGCCCCACACCCGCCGCCU
CCUGCACCGAGAGAGAUGGAAUAAAGCCCUUGAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA.......
Exemple: l’insuline
1,43 kb
Exon 1 Exon 2 Exon 3
Exon 1
AGCCCTCCAGGACAGGCTGCATCAGAAGAGGCCATCAAGCAG
Exon 2
ATCACTGTCCTTCTGCCATGGCCCTGTGGATGCGCCTCCTGCCCCTGCTGGCGCTGCTGG
CCCTCTGGGGACCTGACCCAGCCGCAGCCTTTGTGAACCAACACCTGTGCGGCTCACACC
TGGTGGAAGCTCTCTACCTAGTGTGCGGGGAACGAGGCTTCTTCTACACACCCAAGACCC
GCCGGGAGGCAGAGGACCTGCAGG
Exon 3
TGGGGCAGGTGGAGCTGGGCGGGGGCCCTGGTGCAGGCAGCCTGCAGCCCTTGGCCCTGG
AGGGGTCCCTGCAGAAGCGTGGCATTGTGGAACAATGCTGTACCAGCATCTGCTCCCTCT
ACCAGCTGGAGAACTACTGCAACTAGACGCAGCCCGCAGGCAGCCCCACACCCGCCGCCT
CCTGCACCGAGAGAGATGGAATAAAGCCCTTGAACC
188
Exemple: l’insuline
1,43 kb
Exon 1 Exon 2 Exon 3
Exon 1
AGCCCTCCAGGACAGGCTGCATCAGAAGAGGCCATCAAGCAG
Exon 2
ATCACTGTCCTTCTGCCATGGCCCTGTGGATGCGCCTCCTGCCCCTGCTGGCGCTGCTG
M A L W M R L L P L L A L L
GCCCTCTGGGGACCTGACCCAGCCGCAGCCTTTGTGAACCAACACCTGTGCGGCTCACAC
A L W G P D P A A A F V N Q H L C G S H
CTGGTGGAAGCTCTCTACCTAGTGTGCGGGGAACGAGGCTTCTTCTACACACCCAAGACC
L V E A L Y L V C G E R G F F Y T P K T
.. .. ..
Exemple: l’insuline
1,43 kb
Exon 1 Exon 2 Exon 3
… CGCCGGGAGGCAGAGGACCTGCAGG
… R R E A E D L Q V
Exon 3
TGGGGCAGGTGGAGCTGGGCGGGGGCCCTGGTGCAGGCAGCCTGCAGCCCTTGGCCCTG
G Q V E L G G G P G A G S L Q P L A L
GAGGGGTCCCTGCAGAAGCGTGGCATTGTGGAACAATGCTGTACCAGCATCTGCTCCCTC
E G S L Q K R G I V E Q C C T S I C S L
TACCAGCTGGAGAACTACTGCAACTAGACGCAGCCCGCAGGCAGCCCCACACCCGCCGCCT
Y Q L E N Y C N Stop
CCTGCACCGAGAGAGATGGAATAAAGCCCTTGAACC
189
5- Du gène à la protéine
III.
!!!
5.3 Trafic des protéines
CYTOSOL
Réticulum endoplasmique
via vésicules
Lysosomes Golgi
lieu de synthèse
Sécrétion membranes
190
Peptide signal
complexe de
translocation
191
complexe de
translocation
(protéines)
192
III.
!!!
5.3 Trafic des protéines
CYTOSOL
Réticulum endoplasmique
via vésicules
Lysosomes Golgi
lieu de synthèse
Sécrétion membranes
III.
!!!
5.3 Trafic des protéines
Protéines membranaires
Si peptide signal:
RER Lysosomes
Golgi Protéines sécrétées
Mitochondrie Mitochondries
193
5.4. Dégradation des protéines
protéine à dégrader
reconnaissance et
dénaturation
hydrolyse
protéasome
protéases
cytoplasmiques
194
5.5 - Contrôle de l’expression des gènes
ARN polymérase
facteurs de transcription
ARN prémessager
GENE (ADN)
Transcription
exon 1 intron 1 exon 2 intron 2 exon 3
ARN prémessager 5’ 3’
Maturation
ARN messager 5’ 3’
AUG Stop
Traduction
N C
protéine
Met
195
Gène de l’insuline
Promoteur
transporteur
Cytoplasme
Récepteur spécifique
ARN polymérase
Noyau
Gène cible
196
5.6 - Synthèse des protéines chez les procaryotes
Taille un peu plus petites: 300 aa (vs 400 aa pour polypeptides eucaryotes)
la séquence ADN – ARN – protéines est la base de toute vie sur Terre
taille ± 0,1 µm
197
virus de la
adénovirus virus de la grippe bactériophage T4
mosaïque du tabac
ADN
réplication
infection ADN
assemblage
transcription
traduction
lyse
ARN
protéines de
capside
198
IVe Partie
Reproduction et Génétique
1 – Introduction: gène, génome, hérédité
3 – Polymorphisme
Intro
Génétique : définitions
science de l’hérédité
support: gènes
segment d’ADN qui contient l’information
nécessaire à la production d’un ARN/d’une protéine
199
Génomes et règnes
Eucaryotes:
Levure 12000 kb 6 000 2000
Mammifères 3 Gb 30 000
Génomes et règnes
Mammifères
Gène 1 Gène 2
Bactéries
Gène 7
200
Seule une petite partie du génome humain est
transcrite et traduite
http:// .ncrna.org/statgenome
Le génome humain
201
Fonction des gènes humains
2. La Reproduction
Sexuée:
Asexuée: deux parents
un seul parent
« clonage »
202
Reproduction des procaryotes
parent
• division cellulaire
• mutations
• échange d’ADN:
voir cours de Microbiologie
203
Reproduction des eucaryotes
Reproduction sexée :
Reproduction asexuée:
deux parents
un parent
produisent des individus différents
produits des individus
génétiquement identiques (clone)
Reproduction asexuée
des eucaryotes unicellulaires
parent
• mitose
204
Reproduction asexuée
• deux parents
• moteur de l’évolution
205
IV.2
parent 1
parent 2 2n chromosomes (état diploïde)
gamètes
n chromosomes (haploïde)
mitoses
pas de changement de la quantité de matériel g./cellule
organisme
multicellulaire
!!!
La méiose
PROPHASE 1
METAPHASE 1
Méiose 1 ANAPHASE 1
TELOPHASE 1 et CYTOCINESE
Méiose 2 PROPHASE 2
METAPHASE 2
ANAPHASE 2
TELOPHASE 2 et CYTOCINESE
4 cellules haploïdes
206
Interphase Prophase 1
apparition et appariement
réplication de l’ADN des chromosomes homologues
(une seule paire illustrée)
échanges de segments
Prophase 1
5 étapes:
207
!!!
Les chromosomes homologues en prophase 1
Leptotène
Zygotène
Pachytène
Diplotène Diacinèse
chromatine
En ambement chiasmas
centromères
complexe synaptonémal = Crossing-over
microscopie électronique
3 chiasmas
Tétrade de chr.
homologues
Alberts et al
208
Métaphase 1 Anaphase 1 Télophase 1
séparation des
alignement des tétrades
chr. homologues
de chromosomes
Cytocinèse
209
Télophase 2
&
cytocinèse
En métaphase 1:
2 possibilités
Métaphase 2
210
Assortiment indépendant des chromosomes pendant la méiose
...
+ Nouvelles mutations
211
Chromosomes maternels Chromosomes paternels
(homme : 23)
Méiose
Vie foetale
Gamétogenèse ♀
Ovocyte primaire
Méiose 1:
Arrêt en diplotène
Méiose 2:
Arrêt en métaphase 2
Globules polaires
212
II.8
Fécondation
Fécondation
213
II.8
Monosomie X
1 fille /5000
214
!!
La méiose : conclusion
IVe Partie
Reproduction et Génétique
1 – Introduction: gène, génome, hérédité
3 – Polymorphisme
215
!!!
3. Polymorphisme et allèle
!!!
Chromosomes homologues en métaphase de mitose
Mêmes gènes, différences alléliques, polymorphismes
Séquence identique à 99,9 %
Chromatides sœurs
Séquences identiques à 100%
216
GENE (ADN)
ARN messager 5’
AUG
* Stop
3’
protéine
N
Met
* C
Départ Stop
217
Mutation ponctuelle (SNP)
218
Mutation ponctuelle silencieuse
GENE (ADN)
ARN messager 5’
* AUG Stop
3’
N C
protéine
Met
219
Mutation ponctuelle : remplacement d’une paire de bases de l’ADN par une autre
Insertion en phase
ADN ATG GCA TGC GTA GAC TTC GGA GGA ..TAG
muté TAC CGT ACG CAT CTG AAG CCT CCT ..ATC
insersion d’un multiple de 3 nucléotides
ARNm AUG GCA UGC GUA GAC UUC GGA GGA ..UAG
Protéine Met Ala Cys Val Asp Phe Gly Gly ..Fin
220
Insertion induisant un décalage du cadre de lecture
Délétion en phase
221
Délétion induisant un changement du cadre de lecture
222
Conséquence d’une mutation d’un gène
Polymorphisme
Variation de séquence
(mutation, insertion, délétion)
abolition de l’expression
ou de la fonction de la protéine
Variation anormale
effets partiels sur l’expression pathologique
ou la fonction de la protéine
mutations silencieuses
223
Apparition de nouvelles mutations/délétions/insertions
• Produits toxiques
Conséquences:
Bœuf blanc-bleu-belge
224
Mutation du même gène (myostatine) chez un enfant:
Hypertrophie musculaire
Modifications génétiques
Sélection
Élimination des modifications délétères
Sélection des modifications qui donnent un avantage
225
IVe Partie
Reproduction et Génétique
1 – Introduction: gène, génome, hérédité
3 – Polymorphisme
4. Lois de Mendel
Gregor Mendel: moine travaillant vers 1860 dans l’abbaye de Brunn (Tchéquie)
226
Variétés pures:
Variétés pures:
227
caractère: couleur de la fleur
dominance
Vv
VV Vv Vv vv
228
Génération F2
Parent 1
Génotype Probabilité Phénotype
v Vv vv
1/2 1/4 1/4 VV et vv : homozygotes
Vv : hétérozygote
229
Gene A sur un chromosome donné
Deux allèles différents: V and v
V Loi de la ségrégation
réplication
gamètes
V 50%
V
v
MEIOSE v 50%
230
Maladies génétiques humaines liées à un seul gène
Dominantes
www.onim.org
231
La mucoviscidose
♂ wt/mut × ♀ wt/mut
gamètes : ½ wt ½ wt
½ mut ½ mut
L’anémie falciforme
gène = hémoglobine
2 allèles: normal (« sauvage », « wild-type »)
muté (récessif): a tendance à polymériser
♂ wt/mut × ♀ wt/mut
gamètes : ½ wt ½ wt
½ mut ½ mut
232
La maladie de Huntington
Huntington
Normal
Maladie de Huntington
Huntingtin
67 exons
ARNm: 13472 pb
Protéine: 3141 résidus
233
Huntington disease
Huntingtin
67 exons Allèle sauvage <36 Q
ARNm: 13472 nt Huntington: 37-100 Q
Protéine: 3141 aa
1 GCTGCCGGGACGGGTCCAAGATGGACGGCCGCTCAGGTTCTGCTTTTACCTGCGGCCCAG
............................................................
61 AGCCCCATTCATTGCCCCGGTGCTGAGCGGCGCCGCGAGTCGGCCCGAGGCCTCCGGGGA
............................................................
Exon 1
121 CTGCCGTGCCGGGCGGGAGACCGCCATGGCGACCCTGGAAAAGCTGATGAAGGCCTTCGA
.........................-M--A--T--L--E--K--L--M--K--A--F--E
181 GTCCCTCAAGTCCTTCCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA
12 --S--L--K--S--F--Q--Q--Q--Q--Q--Q--Q--Q--Q--Q--Q--Q--Q--Q--Q
241 GCAGCAGCAGCAGCAACAGCCGCCACCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTCCTCAGCTTCC
32 --Q--Q--Q--Q--Q--Q--P--P--P--P--P--P--P--P--P--P--P--Q--L--P
301 TCAGCCGCCGCCGCAGGCACAGCCGCTGCTGCCTCAGCCGCAGCCGCCCCCGCCGCCGCC
52 --Q--P--P--P--Q--A--Q--P--L--L--P--Q--P--Q--P--P--P--P--P--P
Deux copies:
une sur chaque chromosome homologue
> Génotype:
234
Cas particulier : mutation létale
Génération 1
(grand-parents)
Légende:
Génération 2
(parents, oncles, tantes)
Couple:
♂ ♀
Génération 3
(enfants) Phénotype:
Sain
Atteint
235
Analyse du lignage d’une famille
Dominant ou récessif ?
Dominant ou récessif ?
236
Analyse du lignage d’une famille
Phénotype:
Sain: homozygote ou hétérozygote pour l’allèle normal
Atteint: homozygote pour l’allèle muté
!!
Les groupes sanguins
type A
lipide ou
protéine
galactose
type O
enzyme type B
Gène:
allèle A (co-dominant)
allèle B (co-dominant)
allèle O (récessif)
237
Phénotype Génotype
Groupe A AA ou AO
Groupe B BB ou BO
Groupe AB AB
Groupe O OO
allèle A
allèle B
Génotype: AB hétérozygote
Phénotype: groupe AB
238
Parents : ♂ AA × ♀ OO ♂ AO × ♀ AO
gamètes: A O ½A ½A
½O ½O
♂ AB × ♀ AB
½A ½A
½B ½B
AA 25% groupe A
AB 50% groupe AB
BB 25% groupe B
codominance
Groupes sanguins
239
Parents : ♂ Rh+Rh- × ♀ Rh+Rh-
gamètes: Rh+ Rh+
Rh- Rh-
Groupes sanguins
1 gène 1 gène
3 allèles: A, B, ou O 2 allèles: Rh+, Rh-
9q34 1p36
240
Parents : ♂ AA Rh-Rh- × ♀ OO Rh+Rh+ homozygotes
gamètes: A Rh- O Rh+ pour les deux allèles
241
Parents : ♂ AO Rh+Rh- × ♀ BO Rh+Rh-
groupe A- 1/16
B Rh- AB AB BO BO
Rh+/- Rh-/- Rh+/- Rh-/- groupe B+ 3/16
Exercice
Tyrosinémie de type I
Mutation dans le gène de la fumaryl-acétoacétate hydrolase
Type de transmission ?
Génotype Marie ?
Francine ?
Michel ?
Robert ?
242
IVe Partie
Reproduction et Génétique
1 – Introduction: gène, génome, hérédité
3 – Polymorphisme
!!
Liaison entre gènes
Gène A Gène B
chromosomes homologues
allèle A1 allèle B1
allèle A2 allèle B2
243
Gènes situés sur le même chromosome gamètes
A1 B1 50%
A1 B1
A2 B2
MEIOSE A2 B2 50%
A1 B1
A1 B1
MEIOSE
A2 B2
B1 A2 B2
A1
A2 A1
B2
B2
B1
recombinaison par enjambement des chr.
A2
244
Gènes situés sur des loci adjacents
gamètes
A1 B1
50 %
A1B1
A2 B2
50 %
A2 B2
MEIOSE
A1
B2
Très rares
enjambements des chr. très rares
B1
A2
50 % -
Détermination de la
Fréq. localisation d’un gène
en la comparant à un autre
qui sert de référence
0-
Distance physique sur le chr.
245
Gènes situés sur des loci distants du même chromosome
gamètes
A1 B1 25%
A1 B1
MEIOSE
A2 B2
25%
B1 A2 B2
A1
recombinaison: 50%
A2 A1
B2 25%
B2
enjambements fréquents
B1
Éventuellement multiples 25%
A2
Exercice de crossing-over
246
Chromosomes sexuels
chromosomes humains
autosomes
chromosomes sexuels
Idem pour mammifères XY
247
!
Caractères liés au sexe
♂ XA Y × ♀ XA Xa
femme porteuse (hétérozygote):
transmet la maladie à 50% de ses fils
XA XA 25%
XA Xa 25% sains
XA Y 25%
hémizygotes
Xa Y 25% malades
248
si ♂ Xa Y peut se reproduire :
♂ Xa Y × ♀ XA XA
malade saine
le père transmet un allèle muté à toutes ses filles
XA Xa 50% sains
XA Y 50%
XA Xa 25%
XA Y 25% sains
Xa Xa 25% seul cas où les femmes (50%) sont atteintes
Xa Y 25% malades
♀ ♂
249
Hérédité mitochondriale
chromosomes humains
génome mitochondrial
Hérédité mitochondriale
mammifères:
beaucoup plus de mitochondries dans un ovule que dans un spermatozoïde
250
Hérédité mitochondriale : exemple
Mutant
Normal
Hérédité complexe
Mendel est tombé sur des caractères transmis selon des règles simples :
251
Hérédité complexe
gènes multiples
avec des allèles multiples
dominance partielle
gènes liés
pénétrance incomplète
influence de l’environnement et du mode de vie
...
Pénétrance
Pénétrance = 100%
Tous les individus aa sont malades
Pénétrance faible x %
Les individus aa ont un risque
d’être malade de x %
NB: dans les exercices, si rien n’est précisé, la pénétrance est de 100%
252
Neuropathie optique de Leber
Mutation d’une protéine de la chaine électronique
Mutant malade
Mutant sain
Normal
Pénétrance : % d’individus malades parmi les mutants
ici : 50%
253
Exemple 2: les mutations de BRCA et le cancer
• Pénétrance incomplète:
une femme porteuse d’une mutation de BRCA1
a un risque de 60% de cancer du sein
et un risque de 40% de cancer de l’ovaire
(comparé à 12% et 1%, respectivement, pour une femme normale)
254
Exemple 2: les mutations de BRCA et le cancer
Pour une femme atteinte de cancer du sein précoce liée à une mutation BRCA,
quelle est la probabilité que sa fille soit atteinte ?
Loi de Mendel
Pénétrance incomplète
Pour une femme atteinte de cancer du sein précoce liée à une mutation BRCA,
quelle est la probabilité que sa fille soit atteinte ?
255
Exemple 2: les mutations de BRCA et le cancer
256
IVe Partie
Reproduction et Génétique
1 – Introduction: gène, génome, hérédité
3 – Polymorphisme
257
6. Génétique des populations
OO BB
BO
AO AO
AA OO Population humaine
AO
Caractère : groupes sanguins
OO
AB
AO
Quel sera le génotype et le phénotype des enfants d’un couple pris au hasard
dans cette population ?
?
+ ?
Ensemble O
OO BB
d’allèles B
O
BO
AO A A
AO O
O
=
A
O B
OO O
AA O
AO
O B O
B
A
AO OO
AB A O
A O O
?
+ ?
Génotype d’un enfant du couple:
prendre deux allèles au hasard
→ probabilités
258
6. Génétique des populations
conditions:
259
Soit A et a, les 2 allèles d’un gène
aa est z = q2
et x + y + z = 1
Exemple 1
260
Exemple 2
conditions:
influence de l’immigration/émigration
261
IVe Partie
Reproduction et Génétique
1 – Introduction: gène, génome, hérédité
3 – Polymorphisme
262
Clonage par transfert du noyau d’une cellule somatique
Donneur élimination
d’ovocyte du noyau
mitoses in vitro
Embryon
Agneau cloné :
Dolly
Mère porteuse
Le clonage humain
263
Le clonage humain à visée médicale:
production de cellules souches
Patient
(peau) Transfert de noyau
Îlots pancréatiques
Neurones
Cellules souches
embryonnaires
Patient
(peau)
introduction de 4 gènes
à l’aide d’un rétrovirus
Îlots pancréatiques
Neurones
Cellules souches
induites
Shinya Yamanaka (2007)
Prix Nobel 2012
264
Organismes génétiquement modifiés « OGM »
Industrie alimentaire:
plantes résistantes à un insecte particulier
plantes résistantes à un pesticide
saumons géants
Recherche:
souris de laboratoire mutantes
OGM : le débat
Environnement:
dissémination d’espèces modifiées au détriment des
espèces naturelles
transmission du gène à des espèces naturelles (maïs)
développement de résistance aux pesticides
Impact économique
productivité augmentée (+20% ?)
brevets et monopoles
265
Bœuf blanc-bleu-belge
(n’est pas un OGM)
CRISPR‐CAS9
o Introduit une mutation dans un gène de façon contrôlée grâce à un ARN guide
o Considérations éthiques
266
CRISPR‐CAS9: principe
Nucléase Cas9
+
guide ARN
Gène cible
267
E E IE E
Introduction
1 Introduction 69
2 La membrane plasmique 74
3 Le cytoplasme 77
4 Les organites 81
5 Le noyau 93
6 Paroi et matrice extracellulaire 96
7 Division cellulaire 103
8 Mort cellulaire programmée 134
I eproduction et Génétique
1 Introduction 199
2 Reproduction, fécondation et méiose 202
3 Polymorphisme 215
4 Hérédité: lois de Mendel 226
5 Hérédité: cas particuliers 243
6 Génétique des populations 257
7 Clonage et bricolages génétiques 262