Biologie de la cellule

Pascale COMELLA
comella@univ-perp.fr

Bâtiment T
Laboratoire Génome et Développement des Plantes (LGDP)

Lecture:
1- Biologie Moléculaire de la cellule (Albert, Bray, Lewis,
Roberts, Watson, Flammarion)
2- Biologie (N. Cambell, De Boeck Université)
3- Biologie (Raven, De Boeck)
1
 Biologie de la cellule

CM : 18h (12 séances)

Contrôle continu 1 30% note finale
Contrôle continu 2 40% note finale
TD : 3h (2 séances)

Test (moodle QCM) moyenne des 2tests 10% note finale

TP : 9h (3 séances) moyenne des 3TP 20% note finale

2
Prendre de bonnes habitudes

Votre travail en cours

1. Ecouter / regarder

2. Comprendre

1503.mots / minute
Synthétiser

ATTENTION4. Noter
Prise de notes

27 mots / minute

3
Prendre de bonnes habitudes

Votre travail après le cours

1. Retravailler le cours au plus vite !!!!
- Réorganiser les notes
- Oubli 60% en 24 h

2. Mémoriser par répétitions espacées

(ex : J3 – J10 – J30 – J60)

3. Préparer la séance suivante (CML, TD, TP)

4
5
 Biologie à la cellule :
STRUCTURE ET ORGANISATION

1. Origine de la cellule
2. Structure et diversité des procaryotes
3. Origine des eucaryotes: endosymbiose
4. Structure et organisation
4.1 Membrane plasmique
4.2 Noyau, pore nucléaire
4.3 Réticulum endoplasmique, ribosome, appareil de Golgi
4.4 Lysosome, vacuole
4.5 Cytosquelette
4.6 Mitochondrie
4.7 Chloroplaste
5. Compartiments intracellulaires et tri des protéines
6
 LA CELLULE : STRUCTURE ET ORGANISATION
1. Origine de la cellule
1.1 Datation de l’apparition de la cellule
1.2 Déduction à partir de la cellule actuelle
1.2.1 Molécules informationnelles
1.2.2 Molécules catalytiques
1.2.3 Molécules de compartimentation
1.3 Apparition des molécules prébiotiques
1.3.1 Expérience de Miller: la soupe prébiotique
1.3.2 Milieu réducteur
1.3.3 Implication de surfaces minérales
1.3.4 Origine spatiale
1.4 Le monde ARN
1.5 Les protobiontes
1.6 Acquisition de l’autonomie de la cellule
1.7 Notre ancêtre LUCA: Last Universal Common Ancestor 7
 LA CELLULE : STRUCTURE ET ORGANISATION

1. Origine de la cellule
1.1 Datation de l’apparition de la cellule:

4,6 . 109 d'années: formation de la terre

4 . 109 d'années: fin bombardement météorites
3,9 . 109 d'années: sédiments les plus anciens
3,7 . 109 d'années: premiers microorganismes fossiles connus,
semblent correspondre à un procaryote de type bactérien.

8
 Quelques épisodes
importants de
l’histoire de la vie

solidification de la croûte
terrestre
9
Stromatolithes fossiles

cyanobactéries filamenteuses

10
1. Origine de la cellule
1.1 Datation de l’apparition de la cellule

1.2 Déduction à partir de la cellule actuelle

Les formes de vie complexes ont évolué à partir de formes plus simples.
L'observation des formes complexes permet de retrouver les
caractéristiques des formes plus simples.

1.2.1 Molécules informationnelles:

- L'information est contenue dans l'ADN, qui se réplique et évolue (molécule
stable, pas d'activité enzymatique).
- Certains virus, l'ARN est dépositaire de l'information.
- L'ARNm.

11
1.2.2 Molécules catalytiques:

(L'information génétique est transcrite en ARN puis traduite en

protéines qui ont une fonction)

- Les protéines (ex: activité enzymatique: catalyse).

- Certaines molécules d'ARN ont une activité catalytique: les ribozymes

(coupure, ligation, polymérisation) (Cech et Altman, 1980).

1.2.3 Molécules de compartimentation:

Les molécules qui permettent à l'information et à l'outil de réplication

d’être maintenus à proximité (une membrane constituée de lipides): une
unité d'évolution.

12
 1. Origine de la cellule
1.1 Datation de l’apparition de la cellule
1.2 Déduction à partir de la cellule actuelle

1.3 Apparition des molécules prébiotiques:

Comment sont apparues les molécules de base qui constituaient

la cellule primitive ?

Les conditions sur la terre primitive…

13
- pluie
- volcan
- éclairs
- rayonnement UV
- séisme

molécules réactives
milieu réducteur
températures élevées
14
1. Origine de la cellule
1.1 Datation de l’apparition de la cellule
1.2 Déduction à partir de la cellule actuelle
1.3 Apparition des molécules prébiotiques:

Comment sont apparues les molécules de bases qui

constituaient la cellules primitive ?

1.3.1 Expérience de Miller: la soupe prébiotique

Oparin, 1924: les conditions existant sur la terre primitive ont
favorisé la synthèse de molécules organiques.
Urey, 1950: milieu réducteur, CH4, NH3.
Miller et Urey,1953: la soupe prébiotique (fig. 1)

15
Fig 1

16
 Conditions prébiotiques: la soupe prébiotique
Composants:
CH4
NH3
H2O
CO acides aminés
CO2 glucides
N2 lipides
P bases azotées
ATP
pas de O2

Energie:
foudre POLYMERES
UV
chaleur (volcan) 17
1. Origine de la cellule
1.1 Datation de l’apparition de la cellule
1.2 Déduction à partir de la cellule actuelle
1.3 Apparition des molécules prébiotiques:

Comment sont apparues les molécules de bases qui

constituaient la cellules primitive ?

1.3.1 Expérience de Miller: la soupe prébiotique

Oparin, 1924: les conditions existant sur la terre primitive ont
favorisé la synthèse de molécules organiques.
Urey, 1950: milieu réducteur, CH4, NH3.
Miller et Urey,1953: la soupe prébiotique (fig. 1)

18
1.3.2 Conditions nécessaires :
Où ont eu lieu ces synthèses ? HYPOTHESE
- Sources hydrothermales des fonds marins: eau, chaleur...
- dans les argiles (structure feuillet, chargé électriquement, atome
de métal: catalyseur)
- dans la croûte terrestre

Concentration de monomères
Formation de polymères: ARN, petits polypeptides (fig.2)(fig.3)

19
hypothèse des bulles d'Oparine repris par Lerman

20
Réaction de polymérisation

Fig.2

21
 ARN
molécule d’ARN: simple brin (A, C, G, U).

22
Autoréplication d’une molécule d’ARN

Fig.3

23
1.3.3 Origine spatiale (panspermie)

Bombardement par des météorites

Les chondrites carbonées (type de météorite) : Acides aminés,

hydrocarbures, alcools, lipides…

Traces de chimie prébiotique: Titan (satellite de Saturne).

24
 1. Origine de la cellule
1.1 Datation de l’apparition de la cellule
1.2 Déduction à partir de la cellule actuelle
1.3 Apparition des molécules prébiotiques
1.4 Le monde ARN:

- L’ARN: molécule autoréplicante in vitro (fig.4)

25
Autoréplication d’une molécule d’ARN

la séquence originale la séquence

forme la séquence complémentaire forme la
complémentaire séquence originale

Fig.4
26
1. Origine de la cellule
1.1 Datation de l’apparition de la cellule
1.2 Déduction à partir de la cellule actuelle
1.3 Apparition des molécules prébiotiques
1.4 Le monde ARN:

L’ARN: molécule autoréplicante in vitro (fig.4)

Les nucléotides de l’ADN sont synthétisés à partir des nucléotides de

l’ARN.

Les ribozymes: information et fonction (soit génotype et phénotype).

27
Chaque ARN d’une séquence donnée a une conformation dans
l’espace qui lui est propre (fig.5).

28
 Conformation d’une molécule d’ARN

Appariement de nucléotides

29
Les ARN peuvent adopter des structures variées

Fig.5

-- stabilité
-- interaction, affinité avec autres molécules 30
Chaque ARN d’une séquence donnée a une conformation dans
l’espace qui lui est propre (fig.5).
Ceci affecte:
- stabilité
- affinité
- réplication

La réplication fait des erreurs donc variations (in vitro 1%).

D’où l’hypothèse d’une sélection naturelle à l’œuvre dans le monde

ARN (fig.6) qui aboutit à l’apparition de systèmes coopératifs de
réplication (fig.6B, 7).

31
 Un ARN catalysant
sa propre
réplication

Coopération entre
dominance ARN: un ARN
catalyse la
fig.6 réplication des
autres
32
 ARN codant

protéine
ARN synthétisée
adaptateur

fig.7

33
1. Origine de la cellule
1.1 Datation de l’apparition de la cellule
1.2 Déduction à partir de la cellule actuelle
1.3 Apparition des molécules prébiotiques
1.4 Le monde ARN
1.5 Les protobiontes: (hypothèse des bulles d'Oparine)

Protobionte: à partir de molécules organiques produites par voie

abiotique, formation d’un agrégat incapable de se reproduire mais
qui peut se diviser spontanément (peptides, lipides, ARN) fig.8.

34
Phospholipide
en monocouche

Phospholipide
en bicouche

Fig.8
35
1. Origine de la cellule
1.1 Datation de l’apparition de la cellule
1.2 Déduction à partir de la cellule actuelle
1.3 Apparition des molécules prébiotiques
1.4 Le monde ARN
1.5 Les protobiontes:

Protobionte: à partir de molécules organiques produites par voie

abiotique, formation d’un agrégat incapable de se reproduire
mais qui peut se diviser spontanément (peptides, lipides,ARN)
fig.8.

D’où l’idée de l’apparition de protobiontes contenant des systèmes

d’ARN coopératifs produisant des enzymes primitives (fig.9).

Les protobiontes sont soumis à la sélection naturelle en tant

qu’unité.

36
 sans avec
compartimentation compartimentation

fig.9

37
 1. Origine de la cellule
1.1 Datation de l’apparition de la cellule
1.2 Déduction à partir de la cellule actuelle
1.3 Apparition des molécules prébiotiques
1.4 Le monde ARN
1.5 Les protobiontes
1.6 Acquisition de l’autonomie de la cellule:

Evolution des réactions du métabolisme

- Adaptation à l’épuisement du métabolite D, puis C…(fig.10A)
- Synthèse du métabolite B à partir de A (fig.10B)

Ces stratégies représentent un avantage sélectif.

38
Deux types d’évolution des voies métaboliques

Fig.10

39
1. Origine de la cellule
1.1 Datation de l’apparition de la cellule
1.2 Déduction à partir de la cellule actuelle
1.3 Apparition des molécules prébiotiques
1.4 Le monde ARN
1.5 Les protobiontes
1.7 Théorie d’un ancêtre LUCA: Last Universal Common Ancestor:

1.7.1) Passage de l'ARN à l'ADN

- Nécessite la présence d'enzyme (fig. 11)
- Pression de sélection

40
Stades suggérés de l’évolution depuis les systèmes simples
d’autoréplication des molécules d’ARN jusqu’aux cellules
actuelles

Fig.11
41
1.7.2) Portrait robot de LUCA
Ancêtre commun de tous les organismes vivants, donc il doit posséder
un ensemble de caractères communs entre:
Bactéries (procaryote), Archées (procaryote) et Eucaryotes.
Portrait: les 3 possèdent:
- le même code génétique
- les mêmes enzymes de synthèse, réplication, recombinaison de l'ADN
- les mêmes enzymes des voies principales du métabolisme de base.

D'où LUCA: code génétique actuel, génome à ADN, organisme

complexe sur le plan moléculaire, fruit d'une évolution longue dont il
est le seul héritier.

Les 3 domaines du vivant ont pris naissance indépendamment dans

un réseau de progénotes
42
 Taxonomie des êtres du vivant

Les trois domaines (clades/taxons) du vivant

Procaryotes Eucaryotes Procaryotes

Bactéries Archées

Réseau de progénotes qui échangeaient par transfert horizontaux

43
 Monomères

Polymères

ARN favorisant leur réplication

ARN catalytiques de leur réplication

(Information + fonction)

ARN catalytiques coopératifs

Protobionte
ARN affines pour les aa dans système coopératif

ARN (information, fonction)

+
protéines (fonction)

Cellule ADN: information

+
ARN: intermédiaire (fonction)
+
Protéine: fonction

44