Pour améliorer la découverte de médicaments pour des cibles difficiles, les possibilités de

l'espace chimique au-delà de la règle 5 (bRo5) ont été examinées par analyse rétrospective
d'un ensemble complet de structures pour les complexes entre les médicaments et les
candidats cliniques et leurs cibles. L'analyse illustre le potentiel de composés bien au-delà de
la règle de l'espace 5 pour moduler des classes cibles nouvelles et difficiles qui ont de grands
sites de liaison plans et rainurés. Cependant, les efficacités des ligands sont significativement
réduites pour les sites de fixation à plat et en forme de rainure, ce qui suggère que des
ajustements de la façon d'utiliser de telles mesures sont nécessaires. Les ligands bRo5
semblent bénéficier d'un équilibre approprié entre rigidité et flexibilité pour se lier avec une
affinité suffisante vis-à-vis de leurs cibles, les macrocycles et les non-macrocycles ayant une
flexibilité similaire. Cependant, les macrocycles étaient plus disques et sphériques, ce qui peut
contribuer à leur liaison supérieure à des sites plats, tandis que la rigidification de non
macrocycles conduit à des ligands semblables à des tiges qui se lient bien aux sites de liaison
en forme de rainures. Ces idées devraient contribuer à modifier les perceptions de quelles
cibles sont considérées comme «droguables» et fournir un soutien pour la conception de
médicaments au-delà de la règle de l'espace.
1. INTRODUCTION

La découverte de médicaments est à la croisée des chemins où des progrès inédits dans notre
compréhension du développement des maladies se font à un rythme sans précédent.
Cependant, l'efficacité de la découverte de médicaments a continué de diminuer, le nombre de
nouveaux médicaments approuvés chaque année ayant été essentiellement constant au cours
des 30 dernières années, alors que les coûts du développement pharmaceutique ont augmenté
de façon spectaculaire1-3.

Ce déclin a été attribué à quelques questions fondamentales, dont la nécessité de dispenser des
traitements de premier ordre pour les maladies complexes, tout en répondant aux exigences
accrues en matière de sécurité et d'efficacité4. Il en résulte une forte attrition dans la phase II
Il a été souligné qu'une meilleure sélection des cibles associées aux maladies est le facteur le
plus important nécessaire pour accroître l'efficacité et pour fournir des médicaments innovants
.2
Au cours des deux dernières décennies, le génome humain et divers autres génomes ont été
cartographiés 7, et des progrès significatifs ont été réalisés dans la cartographie du protéome
humain8,9. Ces progrès rapides ont fait en sorte qu'un nombre accru de cibles potentielles de
médicaments soient accessibles, Et de nouvelles classes cibles. Malgré les progrès réalisés
dans l'identification des cibles, moins d'un quart des médicaments récemment approuvés sont
dirigés contre de nouvelles cibles et la majorité de ces médicaments ciblent des classes
établies de récepteurs couplés à la protéine G (GPCR), de transporteurs ou d'enzymes.1,10 Un
facteur limitant peut Soit qu'environ 3 000 des gènes du génome humain ont été estimés être
liés à la maladie.

Parmi celles-ci, seulement 600 à 1500 ont été considérées comme pouvant être manipulées
avec des médicaments "traditionnels" à petites molécules 11, c'est-à-dire des médicaments
conformes à la règle 5 (Ro5) et susceptibles d'être perméables aux cellules et biodisponibles
par voie orale. Cependant, il a été souligné que de vastes portions de classes cibles bien
établies, comme les canaux ioniques, les GPCR et les récepteurs nucléaires, restent
inexplorées10. Cependant, un nombre encore plus grand de cibles provenant de classes moins
explorées et nouvelles, «Drogues» utilisant des composés compatibles Ro5 pourrait fournir
d'importantes opportunités supplémentaires pour la découverte de médicaments. Par exemple,
le protéome humain 8, 9 est estimé avoir 100 000 à 1 000 000 d'interactions binaire protéine-
protéine (IPP) 12,13 et peut constituer l'une des sources les plus importantes de nouvelles
cibles pour la découverte de médicaments. Cependant, les proportions du protéome et son
nombre massif d'IPP impliqués dans des mécanismes pathogènes restent à établir. Même avec
cette réserve, les développements récents et rapides de l'identification des cibles doivent être
accompagnés d'une approche novatrice pour moduler les classes cibles non traditionnelles,
comme les IPP.14, 15
Les cibles actuellement classées comme «difficiles à traiter» avec des ligands compatibles
avec Ro5 présentent de manière caractéristique des sites de liaison qui sont grands, hautement
lipophiles ou hautement polaires, flexibles, plats ou dépourvus de caractéristiques (c'est-à-dire
peu d'interactions moléculaires telles que des donneurs et accepteurs de liaison
hydrogène) .16-19 En outre, l'absence perçue de biodisponibilité orale en dehors de l'espace
Ro5 a conduit beaucoup d'abandonner ces cibles et de les classer comme «dérailleurs». Ainsi,
ce qui apparaît initialement comme de vastes opportunités de nouvelles cibles émergeant des
progrès de la génomique et de la protéomique exigera, dans une large mesure, la découverte
de molécules moléculaires pour se déplacer en dehors de l'espace Ro5 dans ce qui a été appelé
au-delà de Ro5 (bRo5) .20 Il est intéressant de noter que l'analyse récente de médicaments et
de candidats cliniques qui ne relèvent pas de l'espace Ro5 a montré que cet espace offre
d'importantes possibilités de découverte de composés biodisponibles et perméables aux
cellules, peut-être plus que précédemment21. Une mise en œuvre trop stricte de la Ro5 a peut-
être empêché l'industrie pharmaceutique de saisir des opportunités impliquant des objectifs
nouveaux mais plus difficiles.21-25
Nous avons émis des hypothèses sur les avantages de l'utilisation de médicaments bRo5 pour
des cibles difficiles, 14, 15, 21, 26, 27 et des exemples et études de cas ont été rapportés dans
la littérature. Nous présentons ici une analyse complète des médicaments bRo5 et des
candidats cliniques qui soulignent leur capacité à moduler des cibles difficiles, augmentant
ainsi le nombre de cibles pour lesquelles nous pouvons concevoir des médicaments oraux et
parentéraux. Tout d'abord, nous avons évalué quelles sont les classes cible des médicaments
actuels et des candidats cliniques en dehors de l'espace Ro5 sont dirigés vers en comparaison
avec Ro5 compliant médicaments. L'analyse a ensuite porté sur la façon dont les médicaments
et les candidats cliniques en dehors de l'espace Ro5 se lient à leurs cibles en fonction des
structures cristallines de 130 complexes cliniquement pertinents, qui ont été comparés aux
complexes drogue-cible dans l'espace Ro5. Cela nous a permis de définir dans quelle mesure
les caractéristiques du site de liaison et du ligand telles que la taille, la forme, les interactions
moléculaires, l'affinité et les efficacités des ligands diffèrent entre les différents espaces
médicamenteux. L'influence de la flexibilité conformationnelle du ligand et de sa forme a
également été étudiée pour des composés situés au-delà de l'espace Ro5. Les résultats sont
ensuite discutés pour fournir des conseils pour la conception de molécules moléculaires
bioactives en dehors de l'espace Ro5 pour les cibles difficiles.
2. LES DROGUES ET LES CANDIDATS CLINIQUES

Pour faciliter cette analyse approfondie de la façon dont les médicaments et les candidats
cliniques qui ne sont pas conformes à la Ro5 se lient à leurs cibles un ensemble de données
complet de 475 médicaments et candidats cliniques avec MW> 500 Da a été classé par les
composés calculées propriétés physico-chimiques. Ils ont ensuite été divisés en deux
ensembles de données où des divisions intuitives et naturelles dans les distributions de
propriétés du ligand sont apparues précédemment, chacune représentant des espaces
chimiques différents (Figure 1a). Deux ensembles de données de médicaments compatibles
Ro5 ont également été compilés à partir de ChEMBL28 et de la littérature récente10 pour
comparaison lors de l'analyse (figures 1, 2 et 3). Dans cette analyse, les composés en règle de
5 espaces adhèrent à toutes les lignes directrices de Lipinski, alors que les composés qui
rompent une directive Ro5 (PM 500-700 Da) et ont également d'autres propriétés qui peuvent
s'étendre à une courte distance en dehors de l'espace strict Ro5 ont été classés comme étant en
(BRo5) ont tous MW> 500 Da et possèdent en plus une ou plusieurs propriétés en dehors des
gammes eRo5. Elles sont donc bien au-delà de l'espace Ro5, mais avec une limite supérieure
de MW De 3000 Da réglé pour exclure des produits biologiques tels que l'insuline. La
classification en eRo5 et bRo5 espace est utile pour séparer complètement les composés dans
l'espace Ro5 de ceux qui résident loin dans l'espace bRo5 et ne sont pas conformes à ses
tendances. Ainsi, l'espace eRo5 peut être considéré comme une zone tampon entre l'espace
Ro5 et bRo5, représentant la queue naturelle de la distribution des médicaments Ro5,
conformément au rapport original de Lipinski29 et au début de l'espace bRo5. Le rationnel
pour la classification eRo5 et bRo5 est mis en évidence par les deux ensembles de données
ayant des estimations quantitatives moyennes des scores de 0,31 et 0,16, respectivement,
fournissant une mesure unique de la distance par rapport à la règle traditionnelle de l'espace.
Ces deux scores QED sont nettement inférieurs à 0.67 et 0.49, ce qui est la valeur moyenne
identifiée par les chimistes médicinaux pour les composés «attrayants» et «peu attrayants»
pour le développement de médicaments, respectivement.21, 30 Notre ensemble de données de
médicaments et de candidats cliniques a été obtenu en recherchant Des bases de données
différentes pour des composés avec une MW allant de 500 à 3000 suivis par une filtration
pour éliminer des agents de contraste, des produits vétérinaires, etc.21 Par conséquent,
certains médicaments et candidats cliniques en dehors de notre définition stricte de l'espace
Ro5, > 5, HBA> 10 ou ClogP> 5 ou <0 ne sont pas inclus dans l'analyse. Nous soulignons
également que certaines propriétés calculées sont fortement corrélées les unes aux autres (par
exemple HBA et PSA, rs = 0,89-0,94), comme le montrent les tableaux de corrélation et
l'analyse des composantes principales, que l'on peut trouver dans l'information
complémentaire -2).
Il est néanmoins utile de baser la classification sur ces propriétés apparemment redondantes
pour faciliter le filtrage et l'analyse dans différentes situations, allant de l'ordinateur à la
pratique, «dos de l'enveloppe» des calculs. Les trois ensembles de données ont ensuite été
analysés et comparés de façon étendue à travers différentes propriétés d'interaction ligand-
cible. Les différences sont décrites comme étant «significatives» lorsque des moyennes
différentes statistiquement significatives ont été trouvées (test t non apparié, avec une valeur
de p <0,05); Des détails complets et des valeurs p peuvent être trouvés dans les informations
supplémentaires, mais sont également indiqués dans les figures.

L'ensemble de données de 475 médicaments et candidats cliniques dans l'espace eRo5 et

bRo5 qui constituent le jeu de données actuel a été précédemment curated et utilisé pour
étudier la biodisponibilité orale dans eRo5 et bRo5 space.21 Il a également été classé en ce
qui concerne la classe chimique, De développement.21
Cela permet de discuter des tendances dans le développement de médicaments et démontre
que les composés de novo conçus sont en majorité (43%), avec un nombre égal de produits
naturels et peptides / peptiodomimétiques (26% chacun) dans l'ensemble des données. Les
composés sont oraux (64%), tandis que les produits naturels et en particulier les peptides /
peptidomimétiques sont principalement parenteraux (59 et 80%, respectivement). L'analyse
de l'ensemble de données par phase de développement, l'espace chimique et la classe
chimique montre que les composés de novo conçus dominent fortement dans toutes les phases
cliniques dans l'espace eRo5 et que la majorité d'entre eux sont destinés à l'administration
orale (Figure 1b). Dans l'espace bRo5, les peptides constituent le groupe le plus important
parmi les candidats cliniques avec des proportions de composés conçus de novo et les
produits naturels ne sont que légèrement plus faibles. Dans les phases II, III et approuvées, les
produits naturels bRo5 et les peptides sont principalement destinés à l'administration
parentérale, alors que la proportion d'orals est> 45% pour les composés conçus de novo. En
résumé, l'industrie de la découverte de médicaments se concentre sur le développement de
nouveaux médicaments conçus pour l'administration orale dans l'espace eRo5, tout en
s'appuyant sur les trois classes chimiques et plus sur la livraison parentérale dans l'espace
bRo5. Il est à noter qu'un nombre important de composés (161 au total) des trois classes
chimiques dans l'espace bRo5 sont en développement clinique, ce qui indique une volonté de
s'aventurer à l'extérieur du Ro5. Cette situation est encore renforcée par l'émergence d'un
certain nombre d'entreprises biotechnologiques qui se concentrent sur cet espace chimique27,
souvent en partenariat avec des grandes sociétés pharmaceutiques. Dans l'analyse actuelle,
nous visons à évaluer globalement les interactions bRo5 ligand-cible afin de déterminer si le
déplacement loin de l'espace Ro5 traditionnel est justifié dans les efforts pour conquérir des
cibles difficiles et pour quelles classes et types de sites de liaison les composés dans l'espace
bRo5 offrent des avantages.
5. EXAMINER AU-DELÀ DE LA RÈGLE DE 5 DROGUES ET DES CANDIDATS
CLINIQUES

Un résultat clé de cette analyse est que les médicaments et les candidats cliniques dans
l'espace bRo5 sont particulièrement intéressants en raison de leur plus grande capacité à
moduler les sites de liaison difficiles, plus ouverts, plats et en forme de rainures. Deux
enquêtes récentes apportent un soutien supplémentaire à cette observation. Le premier a
découvert qu'un ensemble représentatif de produits naturels macrocycliques à haut MW se
liaient soit à des sites de liaison directe à des sites de bindin plats, soit à des sites de liaison de
bord à rainure.25 Le second soulignait que des inhibiteurs de protéine- Les essais cliniques au
cours de la dernière décennie sont principalement non macrocycliques et se lient à des sites de
fixation en forme de rainure ou de poche dans des conformations en forme de bâtonnets, ce
qui reflète vraisemblablement la plus grande facilité d'utilisation des sites de liaison en forme
de rainure et de poche.14 Notre jeu de données non redondant Des structures cible de ligand
de bRo5 contient trois classes de médicaments qui se lient à des sites de liaison plats, qui sont
tous utilisés pour traiter une maladie infectieuse (figure 7) et onze qui visent des sites de
liaison en forme de rainure, dont cinq sont utilisés en oncologie. L'étude de si la classe
chimique du ligand dans l'espace bRo5 (c'est-à-dire produit naturel ou peptide /
peptidomimétique) a affecté les propriétés du complexe avec la cible n'a montré aucune
différence significative pour les propriétés discutées ci-dessus. Cela est probablement dû au
petit nombre de complexes dans chaque sous-ensemble de données bRo5.

V6. LA PERSPECTIVE

6.1 Conception des médicaments au-delà de la règle 5. Une conclusion clé de cette analyse est
que les médicaments et les candidats cliniques dans l'espace bRo5 sont mieux adaptés pour
moduler les classes cibles «difficiles» et émergentes par rapport aux médicaments
compatibles Ro5, Plat ou rainuré (tableau 2). Dans les analyses précédentes, nous avons
démontré que 93% des médicaments oraux et des candidats cliniques actuels dans l'espace
eRo5 et bRo5 se situent dans une «limite externe» de l'espace physico-chimique où il reste
encore une chance raisonnable de concevoir des médicaments biodisponibles par voie
orale.21, Délimité par MW <1000 Da, -2 <ClogP <10, HBD <6, HBA <15, PSA <250 Å2 et
NRotB <20. L'analyse de liaison cible actuelle et les analyses antérieures de biodisponibilité
orale fournissent donc des indications supplémentaires pour la conception de ligands bRo5
pour des cibles "difficiles", notamment en ce qui concerne la forme du site de liaison, la
flexibilité du ligand et le LE qui peut être atteint Pour des sites de liaison de formes
différentes.

Lors de la conception des oraux dans la masse moléculaire de l'espace bRo5, on peut
augmenter jusqu'à 1 000 Da ce qui permet une liaison à haute affinité à des sites de liaison
"difficile", étendu, ouvert, plat et rainuré qui enterrent jusqu'à 8-900 Å2 de surface de ligand
Tableau 2, Figure supplémentaire S25). En revanche, les médicaments qui adhèrent
strictement au Ro5 se lient aux poches et aux sites internes et enfouissent jusqu'à 600 Å2 de
surface de ligand. La polarité globale à l'interface du ligand est semblable pour les
médicaments bRo5, eRo5 et Ro5 et les candidats cliniques qui est reflétée dans leur
lipophilicité similaire, c'est-à-dire des valeurs de ClogP centrées autour de 4. Par conséquent,
une augmentation du PSA 2D jusqu'à 250 Å2 se trouve souvent à des Poids dans l'espace
bRo5 pour maintenir cet équilibre de polarité. La majorité de cette PSA accrue devrait
provenir d'un nombre accru d'HBA car la HBD doit être strictement contrôlée à ≤6 pour éviter
de réduire la biodisponibilité orale. Ceci correspond bien à la petite augmentation observée du
nombre d'interactions des atomes de HBA du ligand entre le ligand et sa cible dans l'espace
bRo5 comparativement à l'espace eRo5 et Ro5, tandis que les interactions des atomes HBD
du ligand sont similaires. Des affinités globales de ligand-cible semblables ont été observées
entre l'espace Ro5, eRo5 et bRo5, ce qui a abouti à une réduction de l'efficacité du ligand dans
l'espace bRo5. Des comparaisons supplémentaires et détaillées des propriétés des interfaces
ligand-cible dans chaque espace chimique ont révélé que les tendances sont semblables entre
les oraux et les parentéraux pour les médicaments et les candidats cliniques (Figure S24-28).
Cependant, les parentéraux dans l'espace bRo5 ont réduit LE et augmenté LLE par rapport
aux oraux dans l'espace bRo5 (Information de support Figure S27). Ces différences sont
causées par des médicaments dans l'espace parentéral bRo5 qui ont un poids moléculaire
élevé et une polarité élevée; Ils sont souvent de nature peptidique et donc difficiles à
administrer par voie orale. En conclusion, cette analyse indique donc que les mêmes
approches pour l'optimisation des médicaments oraux peuvent être appliquées dans l'espace
bRo5 comme dans l'espace Ro5, à condition que les propriétés physico-chimiques soient
conservées dans les «limites externes» récemment signalées21,27.
Les composés dans l'espace bRo5 nécessitent un équilibre global approprié entre flexibilité et
rigidité qui leur permet de se lier avec une affinité élevée à la cible sans payer une pénalité
entropique inutile. La flexibilité conformationnelle peut être réduite par la macrocyclisation,
l'utilisation d'anneaux aliphatiques aromatiques et substitués et d'autres systèmes π, tels que
des amides avec un succès égal, mais à différents types de sites de liaison. Il est intéressant de
noter que la macrocyclisation semble favoriser les conformations en forme de disque et de
sphère qui facilitent la liaison du ligand aux sites de liaison plats très difficiles.
L'incorporation d'autres éléments structuraux rigidifiants dans les non-macrocycles est plus
encline à produire des conformations en forme de tige qui se lient aux sites de liaison en
forme de rainures. Au cours de l'optimisation de médicaments au-delà de Ro5, il est
également important d'ajuster les objectifs de LE. Les composés et les séries ayant une valeur
de LE inférieure à 0,30 kcal / mol.HAC ne sont souvent pas prioritaires dans la découverte de
médicaments. Cependant, lors de l'optimisation des médicaments bRo5 pour les cibles
difficiles, les pistes avec des LE <0,30 kcal / mol.HAC ne devraient pas être jetés car cette
analyse indique qu'ils conservent une chance raisonnable d'avoir une affinité suffisante pour
leur cible tout en étant développé en un "possible À être oral "espace de la drogue. Au lieu de
cela, la taille et la flexibilité du ligand et la forme du site de liaison cible doivent être prises en
compte, permettant la progression de composés qui peuvent donner des médicaments
candidats avec une efficacité de ligand> 0,12 kcal / mol.HAC; Une ligne directrice qui
capture 90% des médicaments oraux et des candidats cliniques actuels dans l'espace bRo5.
Enfin, la liaison hydrogène intramoléculaire, la saturation des transporteurs d'efflux à fortes
doses, l'utilisation de formulations améliorées et la capitalisation de la distribution médiée par
le transporteur sélectif vers les organes cibles peuvent également jouer un rôle dans la
production d'un médicament perméable aux cellules et oralement biodisponible dans l'espace
bRo5.

6.2 Conclusion et défis futurs. Cette analyse soutient que beaucoup des cibles «difficiles»
actuellement reconnues et la multitude de nouvelles cibles qui émergent de la génomique et
de la protéomique sont hors de portée pour les médicaments dans l'espace Ro5, mais qu'ils
peuvent être adaptés à la manipulation par les médicaments dans bRo5 espace. Les
macrocycles en forme de disque et de sphère et les macrocicules en forme de tige dans
l'espace bRo5 sont particulièrement bien adaptés à des cibles qui ont de grands sites de liaison
en forme de plat ou de rainure, respectivement. Les molécules biodisponibles orales et
perméables aux cellules pour les cibles difficiles peuvent être conçues dans les «limites
extérieures» actuelles de l'espace propriété physico-chimique au-delà desquelles la
pharmacocinétique présente actuellement un défi presque insurmontable.21 Afin de
capitaliser sur les opportunités dans l'espace bRo5, Propriétés qui sont considérées comme
"droguables" et quelles propriétés de ligand qui permettent une biodisponibilité orale sont
requises. Réalisant que l'espace de propriété physico-chimique peut être élargi et
l'introduction d'objectifs de LE réduits, qui devraient être adaptés à la forme et la taille du site
de liaison, permettra le développement de médicaments dans l'espace bRo5. Il peut également
être important de concentrer l'optimisation afin que les médicaments candidats aient un
équilibre approprié entre rigidité et flexibilité afin d'obtenir une puissance satisfaisante et des
propriétés ADMET.
L'intérêt croissant pour la découverte de médicaments pour des cibles difficiles apparaît de
plus en plus dans le nombre de publications pertinentes de l'industrie et des universités,
l'émergence de plusieurs sociétés spécialisées dans cet espace chimique et le nombre croissant
de médicaments approuvés en dehors de l'espace chimique Ro5. Est important d'examiner les
découvertes et les percées qui seront nécessaires pour améliorer la découverte de
médicaments dans l'espace bRo5. L'amélioration de la génération de leads pour de nouvelles
classes de cibles avec des sites de liaison difficiles sera la clé du succès. L'extrapolation des
tendances actuelles indique que les produits naturels et les peptides continueront à constituer
des points de départ précieux dans cet espace chimique21. La génération de plomb à base de
fragments commence aussi à prouver sa valeur en délivrant des médicaments et des candidats
cliniques à des cibles difficiles 58 et peut devenir Valeur croissante pour la découverte de
plomb bRo5.
Les composés dans l'espace bRo5 qui se lient à des cibles difficiles seront plus gros et plus
complexes que les médicaments Ro5. Bien que des progrès significatifs aient été réalisés dans
la préparation de structures complexes, par ex. Macrocycles59, la synthèse sera probablement
difficile, coûteuse en temps et coûteuse pour l'avenir immédiat. Par conséquent, le
développement de méthodes prédictives améliorées aurait également un impact majeur sur la
découverte de médicaments bRo5 en ne permettant que de sélectionner les composés
hautement priorisés pour la synthèse. L'accès à des méthodes efficaces et fiables pour la
génération de conformères 3D permettrait de prédire plus précisément la flexibilité, les
lipophilies et les surfaces polaires et facilitera la modélisation de la perméabilité cellulaire et
de la fixation de la cible. Des modèles prédictifs pour l'efflux cellulaire et le métabolisme
seraient également extrêmement précieux, même s'il n'est pas réaliste de s'attendre à ce qu'ils
soient développés dans un proche avenir. En résumé, nous pensons que l'évolution de la
génération de leads, la méthodologie de synthèse et les méthodes prédictives, associées à des
connaissances sur la façon dont les cibles sont engagées et à une meilleure compréhension des
propriétés ADMET, permettront une découverte plus rapide des médicaments dans l'espace
bRo5 dans un proche avenir. Nous espérons que cela contribuera à améliorer la fourniture de
médicaments innovants et à accroître l'efficacité de la R & D pharmaceutique.