La mcanique molculaire

Dr. Florent Barbault, ITODYS (CNRS UMR 7086)

Plan
1. Introduction
2. Le champ de forces
2.1. Energie de liaison
2.2. Energie dangle
2.3. Energie dangle didre
2.4. Energie dangle didre impropre
2.5. Energie lectrostatique
2.6. Energie de Van der Waals
2.7. Energie de liaison hydrogne
3. Le type atomique
4. Conclusions

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1. Introduction
Modlisation molculaire
Dfinition?
Utilisation des ressources informatiques pour rsoudre des
problmatiques de la chimie.
Simulation de la ralit physique des molcules : au niveau
atomique.
Ide de base:
Une molcule est traduite en une nergie. La structure molculaire
la plus probable est celle qui reprsente l'nergie la plus basse.

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1. Introduction
Modlisation molculaire: schma gnral
Coordonnes
dune molcule

Traduction en
nergie

Modification des
coordonnes pour baisser
lnergie

Analyses

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1. Introduction
Traduire une structure en nergie....
Premire ide:

Modlisation quantique

  

tude de la structure lectronique, de la ractivit et des proprits

de molcules (ab initio, DFT et semi-empirique).

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1. Introduction
La modlisation quantique un apport essentiel la modlisation
mais:
- Temps de calcul important
- Limite en taille (300 atomes?)
On cherche des mthodes plus rapide et fiable pour les gros
systmes.
Gros systmes, exemple biologique:
Protine
ADN

> 4000 atomes

> 1000 atomes

La mcanique molculaire!
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2. Le champ de forces
En mcanique molculaire on simplifie le systme:
L'atome est considr comme un ensemble qui comporte le noyau
et les lectrons. La rpartition de la charge sur l'atome est
ponctuelle, on parle de charge partielle. Les liaisons covalentes
sont assimiles des liens qui peuvent se dformer, un peu
analogue des ressorts.
L'nergie se dcompose alors en une somme d'interactions:
E
   E
   E 
   E   E 
  E   E
   E

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Termes liants

Termes non-liant

2. Le champ de forces
2.1 Energie de liaison:

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2. Le champ de forces
2.1. Energie de liaison:
E

1
 k  l ! l" #$
2

On assimile la liaison un ressort joignant les deux atomes. On

retrouve l'quation de l'oscillateur harmonique.
l0 reprsente la distance l'quilibre, ks la constante de raideur. Ces
constantes sont dtermines exprimentalement pour des atomes AB. (exemple : C-H ou C-F...) partir de :
cristallographie
tude spectroscopique IR ou RAMAN
tude ab initio
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2. Le champ de forces
2.2. Energie d'angle:
E 


1
 k % ! "
2

Type de potentiel quasi-identique celui des laisons (mais pas les

mmes constantes!).

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2. Le champ de forces
2.3. Energie d'angle didre:
180

160

140

120

100
Mult 3
Mult 2

80

60

40

20

0
0

20

40

60

80

100

120

140

160

180

200

220

240

260

280

300

320

340

360

La multiplicit tiens compte de l'hybridation et du type d'orbitale

molculaire. Elle reprsente le nombre de minima dans la courbe d'nergie
potentielle

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2. Le champ de forces
2.3. Energie d'angle didre:
'()*+(,

'()*+(, 

-+
  1  cos 23 ! 3"
2

-5
1  cos 3 ! 3"
2

+45

-$
1  cos 23 ! 3"
2

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-6
1  cos 33 ! 3"
2

2. Le champ de force
2.4. Energie d'angle impropre:

Angle impropre : angle entre deux plans. Permet de maintenir la

molcule ou une partie dans un mme plan via une contrainte
nergtique.
+89)(9:)  ; $

+89)(9:)  ; =

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2. Le champ de force
2.4. Energie d'angle impropre:
Angle impropre : intrt pour les biomolcules.

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2. Le champ de force
2.5. Energie lectrostatique
Energie non-liante

GH(,I GH(,I

:?:@  
+45

A+ AB

4DE" E) F+B

B4+J5

Interaction attractive ou rpulsive. Longue distance.

Attention, la plupart des champs de forces sont non-polarisable.
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2. Le champ de force
2.5. Energie lectrostatique
GH(,I GH(,I

:?:@  
+45

A+ AB

4DE" E) F+B

B4+J5

En MM cette quation pose deux problmes:

: est difficile dterminer pour un solvant (voir cours solvant)
q : Les charges atomiques partielles nvoluent pas lors de la
simulation. Il faut donc les dterminer avant. Il existe plusieurs
mthodes pour cela.

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2. Le champ de force
2.5. Energie lectrostatique
1. bases sur un "dictionnaire" (PEOE : partial equalization of orbital
electronegativity). Gasteiger, Kollman, Marsili

Instantane mais peu prcis, ne dpend pas de la structure 3D

Pas applicable pour des molcules originales

Marche tonnamment bien
2. bases sur la densit lectronique calcule en QM. Mulliken,
Baader

Plus long mais plus prcis, dpend peu de la conformation 3D

Le partionnement des liaisons pose des problmes => AM1-BCC
3. Bases sur le potentiel lectrostatique, calcul en QM. RESP, RED

Beaucoup plus long avec la meilleure prcision

Dpend fortement de la conformation utilise
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2. Le champ de force
2.6. Energie de Van der Waals
Interaction attractive ou rpulsive, courte distance. On utilise un
potentiel de Lennard-Jones
E  4

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5$

!
r

Rappels mcanique molculaire

Energie de liaison hydrogne:
Interaction courte distance et directionnelle. Elle n'est
gnralement pas intgre dans un calcul et apprhende comme
une somme d'interaction lectrostatique et vdw.
E 


P

r P5$


P

r P5"

cos R

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Rappels mcanique molculaire

Energie de surface:
Comment rendre compte de l'adsorption sur une surface?
Plusieurs potentiels ont t dvelopps dans ce sens.

Problmes: interaction lectrostatique de surface uniquement?

Dformation de la surface? Transfert d'lectron?
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Rappels mcanique molculaire

Energie de surface:
Calcul d'interaction: potentiel d'Hentschke
W

EST  2  n
P $ P

4"

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2 P
5 z  d

5"

P
!
z  d

Rappels mcanique molculaire

Energie de surface:
W

EST  2  n
P $ P

4"

2 P
5 z  d

5"

P
!
z  d

dl
distance sparant la premire et le lime plan de la maille
nl
nombre d'atomes dans le lime plan de la maille
z
distance perpendiculaire entre l'atome considr et la
surface

gain nergtique maximale de l'nergie de Van der Waals

diamtre de collision de l'nergie de Van der Waals

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Intrt du calcul nergtique

Calcul d'nergie d'interaction:

A+B

`a
C\ C]
 ebc
C^

E = Ec Ea
Eb
Les proportions suivent une statistique de Boltzmann. En tudiant
plusieurs conformations ont peut estimer le mode d'interaction.

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Rappels mcanique molculaire

Type atomique
Pour utiliser lquation du dessus il faut dfinir les valeurs
empiriques de chaque atomes.
Exemple thanol:





Carbone (sp3) ,
Oxygne (sp3) ,
H (li C),
HO (H li O)

Il faut des mthodes de dtection automatique

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Thorie des graphes

Les mathmatiques associes la thorie des graphes ont diffrents
domaines d'application, notamment:
- L'lectronique (rejoindre les composants)
- L'informatique rseau
- La cartographie
En chimie, on dfinit un atome de carbone comme ayant 4 connecteurs
possible, un azote 3 connecteurs, un hydrogne ou halogne 1....
A partir de ces donnes on a cr des algorithmes "simple" permettant de:
- Dtecter les cycles
- Dtecter les doubles, triples ou simple liaison
- Dtecter la valence
- Dtecter l'hybridation
- Dtecter de la charge de la molcule
- Gnrer des banques de donnes de molcules virtuelles
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Thorie des graphes

Exercice:
-1.6504
-0.2054
0.0899
-1.0862
-2.1400
0.4900
-2.2161
0.9970
-3.1244
1 5 4
1 2 4
1 7 1
2 3 4
2 6 1
3 4 4
3 8 1
4 5 4
5 9 1
M END

0
0
0
0
0
0
0
0
0

1.2515
1.1450
-0.2027
-0.9506
-0.0384
1.9778
2.1773
-0.7973
-0.4936
0 0 0
0 0 0
0 0 0
0 0 0
0 0 0
0 0 0
0 0 0
0 0 0
0 0 0

0.0000
0.0000
0.0000
0.0000
0.0000
0.0000
0.0000
0.0000
0.0000

C
C
C
O
C
Cl
H
H
H

0
0
0
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
0

Dr. Florent Barbault, ITODYS CNRS UMR 7086

0
0
0
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
0

Thorie des graphes

Exercice:
9
1
1
1
2
2
3
3
4
5
M

5
2
7
3
6
4
8
5
9
END

4
4
1
4
1
4
1
4
1

0
0
0
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
0

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Thorie des graphes

Exercice:
Rponse

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Dtection de type atomique

On utilise une mthode drivs du FREL (Fragment Relative Environment
Limited)
Cette mthode est base sur la thorie des graphes. On dcrit le systme
comme une succession de "couches" (modle d'oignon).
Exemple: Quel est le type atomique de cet atome d'oxygne?

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Dtection de type atomique

Exemple: Quel est le type atomique de cet atome d'oxygne?

Premire couche: Oxygne

Alcool, ther, proxyde, poxyde, acide carboxylique, carboxylate, ester,
amide, ctone, aldhyde, pracide, nitro, phnol, furane...
Aromatique, aliphatique
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Dtection de type atomique

Exemple: Quel est le type atomique de cet atome d'oxygne?

Seconde couche: Oxygne lie avec une double liaison sur un carbone
Alcool, ther, proxyde, poxyde, acide carboxylique, carboxylate, ester,
amide, ctone, aldhyde, pracide, nitro, phnol, furane...
Aromatique, aliphatique
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Dtection de type atomique

Exemple: Quel est le type atomique de cet atome d'oxygne?

troisime couche: Oxygne lie avec une double liaison sur un carbone,
lui-mme li avec un carbone et un oxygne avec des liaisons simples.
Alcool, ther, proxyde, poxyde, acide carboxylique, carboxylate, ester,
amide, ctone, aldhyde, pracide, nitro, phnol, furane...
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Aromatique, aliphatique

Dtection de type atomique

Exemple: Quel est le type atomique de cet atome d'oxygne?

Ester aliphatique
Quatrime couche:.
Alcool, ther, proxyde, poxyde, acide carboxylique, carboxylate, ester,
amide, ctone, aldhyde, pracide, nitro, phnol, furane...
Aromatique, aliphatique
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Intrt du calcul nergtique

Calcul d'nergie d'interaction:

A+B

`a
C\ C]
 ebc
C^

Intrt du calcul nergtique

Exemple:
Dveloppement des GBP : Gold Binding Protine
MHGKTQATSGTIQSMHGKTQATSGTIQSMHGKTQATSGTIQSMHGKTQATSGTIQSMHGK
ALVPTAHRLDGNMHALVPTAHRLDGNMHALVPTAHRLDGNMHALVPTAHRLDGNMHALVP
LQATPGMKMRLSGAKEATPGMKMRLSGAKEATPGMSTTVAGLLQATPGMKMRLSGAKEAT

Reconnaissent spcifiquement les surfaces d'or. Premire tape vers

la formation de nouveaux matriaux.
Premire tape (longue) prdiction des structures des protines:
- Modlisation par homologie
- Dynamique molculaire en solvant explicite
- Extraction des conformations les plus significatives

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Intrt du calcul nergtique

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Intrt du calcul nergtique

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FIN

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