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Biochimie Des Proty Ines Cuq
Biochimie Des Proty Ines Cuq
I. INTRODUCTION
Les protéines, macromolécules complexes qualifiables de biopolymères, sont les plus abondantes des
molécules organiques des cellules et constituent souvent plus de 50% du poids sec des êtres vivants.
Elles jouent un rôle fondamental dans la structure et les fonctions cellulaires et c’est par elles que
l’information génétique s’exprime. Elles sont intimement liées à tous les phénomènes physiologiques
d’où leur nom substances venant en premier (en grec protos signifie premier).
Elles sont constituées par une ou plusieurs chaînes polypeptidiques qui sont des copolymères
d’environ une vingtaine d’acides aminés appartenant à la série L. Ces acides aminés sont liés entre eux
par des liaisons amides : les liaisons peptidiques.
Il existe de nombreuses classifications des protéines qui reposent soit sur leur composition soit sur
leurs propriétés (fonctionnelles ou physicochimiques) soit sur leur forme tridimensionnelle
(conformation).
Les protéines appartiennent à une classe de composants organiques du vivant, celle des Protides,
composés organiques contenant C H O N (50, 7, 23, 16 %) et souvent S (0 à 3 %).
ils sont issus des protides hydrolysables dans des conditions bien définies (HCl 6N, 24 h ou plus,
110°C). Il s’agit de monomères : acides aminés (19 couramment rencontrés).
Il est bon de mentionner que toutes les protéines sont composées des mêmes acides aminés dont
seuls la proportion et l’ordre d’enchaînement varient.
1) Peptides.
Le terme oligopeptide est réservé aux peptides de 10 résidus au plus (dipeptides, tripeptides, tétra,
penta etc). Certains sont cycliques (tyrocidine, gramicidine etc).
Le terme polypeptide est réservé aux peptides de 100 résidus au plus (poids moléculaire voisin de
10000).
Protéoses : obtenues par hydrolyse partielle des protéines, hydrosolubles, non thermocoagulables,
précipitables par une solution de NaCl saturée.
Peptones : obtenues par hydrolyse partielle poussée des protéines, hydrosolubles, non
thermocoagulables, non précipitables par une solution de NaCl saturée.
Protomère s’il s’agit d’une sous-unité d’un système oligomérique (plusieurs chaînes
polypeptidiques).
Biochimie des protéines – Polytech STIA 1 page 2
La différenciation peptide - protéine est toujours délicate, les peptides pouvant être considérés comme
des polymères relativement “courts” qui s’hydratent de façon réversible tandis que les protéines plus
longues sont toujours structurées tridimensionnellement de façon unique, les molécules d’eau
occupant avec des énergies élevées de liaison des “sites” extrêmement variables. Les structures
spatiales des protéines (conformation) sont sensibles à l’environnement (chaleur, pH, force ionique,
solvants etc.) et changent alors de façon irréversible de forme : dénaturation.
1) Nucléoprotéines : combinaison avec des acides nucléiques : ribosomes 50% d’ARN, virus 5
% d’ARN (mosaïque tabac), nucléohistones etc.
La conformation est la forme tridimensionnelle de la protéine dans l’espace (ensemble des structures
primaire, secondaires, tertiaires et quaternaires).
La structure primaire correspond à l’ordre séquentiel des acides aminés (résidus) dans une protéine.
La structure tertiaire correspond à l’organisation spatiale de la chaîne poypeptidique selon les trois
dimensions.
La structure quaternaire est l’arrangement dans l’espace de diverses chaînes liées entre elles par des
liaisons non covalentes le plus souvent ou par pont disulfure.
Elle sont souvent oligomériques, composées de chaînes polypeptidiques assemblées le long d’un axe
commun, ce qui conduit à la formation de fibres :
Biochimie des protéines – Polytech STIA 1 page 3
- kératine (du cuir, des cheveux, de la corne, des ongles, des plumes)
Les microtubules sont de petits tubes creux formés de protéines appelées tubulines. Ces tubes se
défont et se refont constamment dans la cellule. Les microtubules sont responsables des mouvements
des cils et des flagelles de certaines cellules. Les microfilaments, plus petits, sont faits d'une protéine
Biochimie des protéines – Polytech STIA 1 page 4
appelée actine. Les microfilaments d'actine sont présents dans toutes les cellules, mais ils sont
particulièrement abondants dans les cellules musculaires.
Elles sont des protomères ou des oligomères qui forment dans l’espace des structures sphériques
ou ovoïdes. Quelques protéines possèdent à la fois les propriétés des protéines fibreuses et globulaires
(actine, fibrinogène).
Biochimie des protéines – Polytech STIA 1 page 5
Les protéines présentent une extraordinaire diversité de fonction et peuvent être ainsi classées en trois
principales catégories:
Ces protéines comme la kératine, le collagène, l’élastine, etc sont présentes dans tous les tissus comme
le muscle, l’os, la peau, les organes internes, les membranes cellulaires et organites intracellulaires.
Leur fonction dépend de leur structure. Souvent, il s’agit de protéines fibreuses.
Dans la nature tous les phénomènes biologiques passent à un moment ou à un autre par des protéines.
Il est possible de citer les :
- Enzymes: plus de 2000 décrites, activité catalytique spécifique
- Hormones: (insuline, somatotrophine, etc)
- Protéines contractiles et du mouvement: (myosine, actine, tubuline , etc)
- Protéines de transport dans le sang (transferrine, hémoglobine, myoglobine) ou au travers de
membranes cellulaires
- Protéines protectrices: (Anticorps ou immunoglobulines, fibrinogène, thrombine)
- Protéines de réserve: (ovalbumine, glycinine, gliadine, zéine)
- Protéines toxiques: pour l’homme (toxines botuliniques, staphylococciques, venins de serpents,
de scorpion, ricine) ou pour les microorganismes (bactériocines, antibiotiques)
- Protéines d’identification cellulaire
- Protéines anti-nutritionnelles: (inhibiteur trypsique du soja, hémagglutinines)
- Protéines allergènes.
Il ne s’agit pas d’un groupe unique mais d’un groupe composé de protéines de structure ou
biologiquement actives. Il s’agit de protéines savoureuses, digestibles, non toxiques, économiquement
utilisables. Elles permettent de satisfaire aux besoins en acides aminés essentiels qui varient en
fonction de l’âge et de l’état physiologique. Le déficit protéique actuel est très grand au niveau
mondial et plus de 25 % de la population souffre de malnutrition.
Cette classification des protéines en fonction des propriétés physico-chimiques est très ancienne
(OSBORNE au début de ce siècle) est surtout appliquée aux protéines simples.
S OLUBILITE
PROTEINES
ALBUM INES S S ++
GLOBULINES S ++
GLUTELINES S S S I I I
PROLAM INES S I I
ALBUM INOÏDES V I I I I I I
HISTONES S S I I -
PROTAM INES S S -
5.1. Définitions.
Un chapitre est consacré à la détermination de la masse moléculaire des protéines (chapitre V).
La masse moléculaire est exprimé en Dalton. L’atome 12C a une masse de 12 daltons. Le dalton a
une masse de 1 g / N = 1 g / 6,02.1023 soit de 1,663.10-24 g.
Le poids moléculaire est défini comme le rapport masse de la molécule / douzième de la masse
d’un atome de carbone : nombre sans dimension.
La masse molaire M est exprimée en g.mole-1 et est numériquement identique à une masse molaire
exprimée en Dalton (pour 6,02.1023 molécules vraies).
1. Structure.
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(NH2) ou secondaire (- NH - ) et au moins un groupe carboxylique (- COOH). La fonction amine
occupe une position par rapport au groupe carboxyle. Les acides aminés ont la structure suivante:
NH 2 NH 3 +
R CH ou mieux R CH
2
COOH COO-
1
Environ 20 acides aminés sont rencontrés dans les hydrolysats de protéines. D’autres plus rares jouent
parfois des rôles biologiques importants. L’usage en biochimie leur a attribué un nom commun,
généralement à suffixe “ine”, rappelant l’origine ou l’une des propriétés. Les acides aminés peuvent
être classés d’après la structure et les propriétés de leur chaîne latérale, R, chaîne qui contribue par ses
propriétés physico-chimiques, aux propriétés de la protéine qui les contient (figure 1 et tableau 2).
Parmi les différentes classifications possibles, l’une des plus utilisées repose sur la polarité et les
possibilités d’ionisation de cette chaîne.
1 - Glycine. Il s’agit du plus simple des acides aminés (R = H). Son ancienne nomenclature
de glycocolle (sucre de colle) rappelle sa saveur sucrée et le fait qu’il a été d’abord isolé d’un
hydrolysat de gélatine. Très répandu, commun à la plupart des protéines dans lesquelles il peut être
abondant (40 % dans la fibroïne de la soie).
2 - Alanine. C’est le plus simple des acides aminés à 3 atomes de carbone dont on peut faire
dériver les autres par substitution d’un ou de deux atomes d’hydrogène du radical R.
COOH
N
H
Par sa “rigidité”, elle joue un rôle très important dans les structures protéiques.
Biochimie des protéines – Polytech STIA 1 page 8
C OH
acide aspartique COOH H H thréonine
-CH3
H
a.glutamique COOH CH 2
Les acides aminés acides les alcools aminoacides
HO sérine
NH 2
C NH (CH 2 ) 2
NH arginine
lysine NH 2 (CH 2 ) 3 N
OH H
histidine phénylalanine
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H
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N N
COCH3
H sérotonine H
- Méthionine. Donneuse de groupement méthyle, elle est essentielle, peu abondante, elle
est souvent limitante dans les protéines alimentaires et est très sensible aux réactions d’oxydation.
Biochimie des protéines – Polytech STIA 1 page 9
Cette polarité partielle (- ) ou totale (+ ou -) est liée à la présence de fonctions organiques contenant
un hétéroatome d’électronégativité supérieure à celle du carbone et de l’hydrogène (O, S, N).
Ces acides aminés qualifiés d’hydrophiles possèdent une chaîne latérale à groupement fonctionnel
capable de former des liaisons hydrogène avec des molécules comme l’eau (hydratation) ou avec
d’autres résidus polaires ce qui contribue à la structure des molécules protéiques.
1 - Sérine et thréonine (essentielle) possèdent une fonction alcool primaire ou secondaire qui
leur permet d’être estérifiées (en particulier par l’acide phosphorique)
R - OH + H3 PO 4 R - O - PO3 H2 + H2 O
Les acides aminés phosphorylés ionisables jouent un rôle fondamental dans la technologie laitière.
2 - Tyrosine.
Elle possède une fonction phénol qui ne s’ionise significativement qu’à des pH très élevés; pH non
rencontrés en sciences des aliments (pKa ~ 10).
3 - Cystéine.
La fonction thiol R - SH peut participer à la liaison hydrogène, son ionisation n’intervenant
également que pour des pH élevés. Par oxydation, deux molécules se condensent en cystine (pont
disulfure). Ces ponts covalents jouent un rôle important dans la stabilisation des structures spatiales
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La cystine est présente dans de nombreux tissus de protection, dans des molécules protéiques fibreuses
(kératines). Elle joue également un rôle important dans l’activité de certaines enzymes.
4 - Glutamine et asparagine.
Ces acides aminés possèdent une fonction amide apte, par la présence simultanée d’oxygène et
d’azote, à donner deux liaisons hydrogène. Abondantes dans les protéines, elles contribuent à
l’établissement de liaisons intra et intermoléculaires de forte énergie cumulée; ces liaisons jouent un
rôle déterminant dans les propriétés rhéologiques des pâtes et gels alimentaires. La fonction amide est
facilement hydrolysable en milieu acide à des températures voisines de 100°C. Ces acides aminés
jouent un rôle important dans le transport et la mise en réserve de l’azote.
NH 2 O
X
CH (CH 2 ) n C X et Y donneurs de liaisons hydrogène
H
COOH N
H Y
2 - Lysine.
Elle est chargée positivement à des pH voisins et inférieurs de 7, elle est essentielle en nutrition
humaine et limitante dans de nombreuses protéines d’origine végétale.
3 - Arginine.
Biochimie des protéines – Polytech STIA 1 page 10
Son groupement guanidique peut se combiner à l’acide phosphorique, le dérivé formé étant impliqué
dans les phénomènes de contraction musculaire des invertébrés. Elle intervient dans le cycle de l’urée.
Facilement décomposée en milieu alcalin en urée et ornithine.
4 - Histidine.
Son noyau imidazole est d’une grande réactivité à cause de sa structure électronique (pKa = 6) et
participe à de nombreuses réactions biochimiques et à plusieurs processus physiologiques (contraction
musculaire, transmission neuromusculaire).
Les symboles lettres, les poids moléculaires et certaines propriétés des acides aminés sont indiqués
dans le tableau 2 ci-dessous.
Tableau 2 . Acides aminés fréquemment rencontrés dans les protéines
Go : hydrophobicité de la chaîne latérale Hélice et feuillet ß : S : stabilisant ; D : destructeur ; I : indifférent
Nutrition : E : essentiel ; e : essentiel dans certains cas
COOH
N
H
Abondante dans certaines protéines comme le collagène.
2 - 5-hydroxylysine.
OH
NH3 + CH2 CH NH2
CH CH2 CH2
COO-
Cet acide aminé est présent à des teneurs élevées dans des protéines comme le collagène
(Maillard - vieillissement - rides).
3 - L’acide diaminopimélique est présent dans des protéines microbiennes ou des antibiotiques.
Biochimie des protéines – Polytech STIA 1 page 11
NH3 + NH3 +
CH2 CH2
CH CH2 CH
COO- COO-
NH3 +
CH2 CH2 H CH3 NH2
CH CH2 CH2 NH2 + CH3 N+
CH
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CH2 COOH
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CH3
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CH 2
CH 2
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CH 2
CH 2
CH
CO
NH
Plus de 150 acides aminés ont été identifiés dans le monde vivant soit sous forme libre, soit sous
forme liée. Le plus souvent, ces acides aminés sous forme libre sont soit des intermédiaires
métaboliques importants soit des médiateurs chimiques.
3 - -alanine.
Biochimie des protéines – Polytech STIA 1 page 12
5 - Dihydroxyphénylalanine (DOPA).
La DOPA est impliquée dans les réactions de mélanogénèse: synthèse de mélanine. Sa déficience au
niveau du noyau gris entraîne la maladie de Parkinson.
OH
COO-
OH CH2 CH
NH3 +
I I
COO-
OH O CH2 CH
NH3 +
I
Elle est originale parce qu’il s’agit d’un ß-amino acide d’une part et d’un acide sulfonique d’autre
part.Elle est synthétisée à partir de la cystéine par l’intermédiaire de l’acide cystéique par
décarboxylation. Puissant modulateur neuronal et constituant de certains acides biliaires (acide
taurocholique), la taurine est partiellement éliminée dans l’urine.
Biochimie des protéines – Polytech STIA 1 page 13
Le cerveau, la rétine, le cœur, le foie, les plaquettes et les lymphocytes possèdent des systèmes de
transport actif extra intracellulaire.
9 - Ciliatine.
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c
Elle est présente dans la chair de la langouste (et les protéines de laine) et dans des bactériocines.
COO- COO-
CH CH2 S CH2 CH
NH3 + NH3 +
11 - La bétaïne.
4. Stéréochimie.
Du fait de l’atome de C sp3 asymétrique, tous les acides aminés (sauf la glycine) possèdent deux
stéréoisomères (figure 2).
Dans les protéines les acides aminés appartiennent à la série L, ce qui ne préjuge pas de leur pouvoir
rotatoire d ou l.
COOH COOH
énantiomères
NH2 H H NH2
R R
Il existe quatre acides aminés constitutifs des protéines qui possèdent deux carbones asymétriques.
Dans ce cas le nombre de stéréoisomères est égal à 2n soit 4.
Les isomères sont alors qualifiés de diastéréoisomères.
C’est le cas de la thréonine, de l’isoleucine, de l’hydroxyproline et del’hydroxylysine. Ces dérivés sont
qualifiés de dérivés allo (figure3).
Biochimie des protéines – Polytech STIA 1 page 14
H OH OH H OH H H OH
CH3 CH3 CH3 CH3
L THR D THR L ALLO THR D ALLO THR
Les ponts disulfure ne sont ni linéaires ni dans un même plan : ils sont à l’origine d’isomères optiques
qui imposent des contraintes stériques importantes aux protéines (figure 4).
5. Propriétés physiques.
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2854
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Les acides aminés sont pour la plupart cristallisables (figure 5) et les cristaux se décomposent avant de
fondre.
5.2. Solubilité.
Elle varie en fonction des acides aminés et est fonction de la polarité de la chaîne latérale.
GLY, ALA......................... bien solubles
LEU, TYR, CYSTINE............ très peu solubles et cristallisent spontanément dans les
hydrolysats digestifs ou bactériens et dans l’urine dès que leur concentration s’élève.
En raison de leur carbone asymétrique, tous les acides aminés (sauf la glycine) dévient le plan de la
lumière polarisée.
Le pouvoir rotatoire varie avec la température, le pH, la nature du solvant, la force ionique, la
concentration de l’acide aminé. Sa mesure est réalisée à partir de la raie D du sodium.
La forme dextrogyre dévie le plan de la lumière polarisée vers la droite et la forme lévogyre vers la
gauche. Quand les deux formes sont présentes à égales concentrations dans le mélange qualifié de
racémique, on n’observe pas d’activité optique.
Mesuré par polarimétrie , exprimé en degré.cm.mole, est égal à :
= t
. l. c équation 1
Biochimie des protéines – Polytech STIA 1 page 15
l est la longueur du trajet lumineux à travers la solution (en dm), c est la concentration (en g/ml) et
[]t une constante appelée rotation spécifique qui dépend de la longueur d’onde et de la température
t. La rotation molaire [M]t est le produit de la rotation spécifique par le poids moléculaire.
Si la raie D du sodium est utilisée (589 et 589,6 nm) la rotation spécifique est notée t
D
Avec l = 1 dm et C = 1 g/ml [ ] = []tD varie selon l’ionisation de l’acide aminé (figure 6).
20
[ ] D
20
20
L-LEU A 20°C, = [ ] D pour LEU est
égal à :
0 + 14,6° en milieu HCl N
L-HIS - 10,7° dans l'eau
+ 7,6° dans NaOH M
-20
2 6 10 pH
figure 6. Variation du pouvoir rotatoire d'acides aminés en fonction du pH
Tous les acides aminés présentent une absorption importante aux longueurs d’onde inférieures à 230
nm. Les acides aminés aromatiques absorbent à 270-280 nm (figure 7,TRP 278-280 nm, TYR 275 nm
à pH acide et 280 nm à pH > 10, PHE). Applications au dosage. Filtres solaires anti UV. La cystine
absorbe vers 260 nm. La loi de Beer Lambert permet donc leur dosage en UV.
absorbance
TRP
Acides
aminés
TYR > PHE
5.4.2. Fluorescence.
Parmi les acides aminés seul le tryptophane, grâce à la structure de son noyau indolique, est
fluorescent. Ainsi soumis à un rayonnement à 278 nm il émet une fluorescence à 348 nm (figure 8).
278 348
longueur d'onde (nm)
Cette propriété permet de doser le tryptophane et de juger de l’influence de son environnement : des
“shifts”se produisent en fonction des groupements fonctionnels au voisinage de cet acide aminé.
La plupart des méthodes de dosage des acides aminés reposent sur des propriétés des fonctions
aminés ou carboxyliques qui seront décrites plus loin. Les propriétés chimiques des acides aminés
sont
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et de groupements variés sur la chaîne latérale (carboxyle, amine, alcool, amide, phénol, thiol etc).
Nous ne décrirons que les plus importantes.
dosé directement
Réactif de Nessler entraîné par la
vapeur d'eau et dosé
Elles seront décrites plus loin avec les propriétés des fonctions des acides aminés . Elles comprennent
par exemple le dosage des groupes NH2 (méthodes à la ninhydrine, au TNBS, etc. ), l’alcalimétrie
après et sans addition de formol (Méthode de Sörensen), la méthode de Van Slyke (HNO 2 N2), la
méthode de Folin à l’acide naphtoquinone sulfonique etc.
Certaines de ces méthodes permettent à la fois l’identification et le dosage sans séparation préalable
des acides aminés ; elles portent souvent le nom du chimiste “découvreur”:
10. Le nitroprussiate de sodium dans l’ammoniaque diluée réagit avec la cystéine en donnant
des dérivés rouges.
Il repose sur la mesure de croissance (absorbance à 540 nm) de souches pour lesquelles le L amino
acide à doser est un facteur de croissance (par exemple Leuconostoc mesenteroïdes P6O pour la L-
lysine).
Le dosage des acides aminés après séparation est le plus pratiqué et permet d’accéder à des résultats
particulièrement utiles. Les méthodes seront décrites plus loin. La séparation est réalisée le plus
souvent par chromatographie en colonne (soit d’échange ionique soit en phase inverse) et à un degré
moindre par chromatographie sur couche mince, sur papier, par chromatographie en phase vapeur ou
par électrophorèse (systèmes capillaires).
Il s’agit d’une propriété essentielle qui conditionne le comportement des acides aminés en solution
puis, par généralisation, celui des protéines surtout en fonction du pH du milieu.
- le point isoélectrique est le pH pour lequel la charge de l’ion dipolaire est nulle.
- le point isoionique est le pH pour lequel le nombre de protons libérés par les groupements acides est
égal au nombre de protons captés par les groupements basiques. Ces deux points sont confondus
quand l’ion dipolaire n’échange que des protons.
En se plaçant dans des systèmes très dilués nous négligerons les interactions entre les particules en
solution.
H+ (ou H3+O) H2O H+ + OH-
pour l’eau à 25°C [H+] [OH-] = 10-14
pH = - log [H+]
Un acide est un composé capable de céder un proton et une base un composé capable de capter un
proton.
[A-] [H+]
AH A- + H+ donc Ka =
[AH]
AH est un acide et A- la base conjuguée : l’ensemble est un couple acide base dans lequel plus l’acide
est fort (équilibre déplacé vers la droite) plus la base conjuguée est faible (tableau 3).
Le pKa correspond au pH de demi salification de l’acide faible par une base forte.
[A-] [H+] A- A-
Ka = log Ka = log [H+] + log - log [H+] = - log Ka+ log
[AH] si on prend AH et AH
on obtient
[A-]
pH = pKa + log
[AH] équation 3
Cette relation permet le calcul approché du pH d’un mélange d’acide faible (AH) et de sa base
conjuguée %w
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