DEPARTEMENT DE BIOLOGIE

Filière : Science de la Vie, De la Terre et de l’Univers (SVTU)

BIOLOGIE CELLULAIRE
PARTIE II
Semestre I

Pr F. BENHNINI
Année Universitaire 2021-2022
Table des matières

CHAPITRE 1 : COMPOSITION CHIMIQUE DE LA CELLULE ......................................... 3

I. LES MOLECULES INORGANIQUES : ........................................................................................................... 3

A. EAU : .......................................................................................................................................................................... 3
1. La structure de l’eau : ....................................................................................................................................... 4
2. Différents rôles de l'eau chez les êtres vivants : ................................................................................... 5
B. LES SELS MINERAUX : ............................................................................................................................................. 6
II. LES MOLECULES ORGANIQUES : ............................................................................................................. 6
A. LES GLUCIDES : ........................................................................................................................................................ 6
1. Classification des glucides :............................................................................................................................ 7
2. Les rôles des glucides : .................................................................................................................................. 10
B. LES LIPIDES : ......................................................................................................................................................... 10
1. Classification des lipides .............................................................................................................................. 11
2. Rôle biologique : .............................................................................................................................................. 13
C. LES PROTEINES : ................................................................................................................................................... 13
1. Les acides aminés :.......................................................................................................................................... 13
2. Structure des protéines : .............................................................................................................................. 16
3. Rôle biologique : .............................................................................................................................................. 18
D. LES VITAMINES ..................................................................................................................................................... 19
E. LES ACIDES NUCLEIQUES :................................................................................................................................... 19
1. Les nucléotides :............................................................................................................................................... 19
2. Constituants des nucléosides et nucléotides : .................................................................................... 20
3. Structure des nucléosides et nucléotides : ........................................................................................... 22
4. Les acides désoxyribonucléiques : ........................................................................................................... 25
5. Les acides ribonucléiques : ......................................................................................................................... 26

CHAPITRE 2 : METHODES D'ETUDE DE LA CELLULE ............................................................28

I. LA CULTURE CELLULAIRE : ....................................................................................................................28

II. LES MICROSCOPES : ..............................................................................................................................28
A. MICROSCOPES OPTIQUES : .................................................................................................................................. 28
1. Microscope optique à lumière ou microscope photonique : ........................................................ 28
2. Microscope optique à fluorescence : ....................................................................................................... 29
3. Microscope confocal : .................................................................................................................................... 30
B. MICROSCOPES ELECTRONIQUES : ...................................................................................................................... 30
1. Microscope électronique à transmission :............................................................................................ 30
2. Microscope électronique à balayage : .................................................................................................... 30
III. FRACTIONNEMENT CELLULAIRE : ......................................................................................................31
IV. AUTORADIOGRAPHIE : .......................................................................................................................31
V. TECHNIQUES CHROMATOGRAPHIQUES :.............................................................................................31
VI. ELECTROPHORESE : ............................................................................................................................33
VII. SPECTROPHOTOMETRIE : .................................................................................................................34

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CHAPITRE 1 : COMPOSITION CHIMIQUE DE LA
CELLULE

En plus de l’unicité structurelle cellulaire, les êtres vivants montrent également une
unicité chimique (tableau 1-1). Que ce soit pour une cellule animale, végétale, une
bactérie ou un virus, la matière vivante est constituée d’éléments minéraux (eau, sels
et ions minéraux) et d’éléments organiques (Glucides, Lipides, protéines, vitamines
et acides nuléiques).

Tableau 1-1 : Composition chimique moyenne des cellules vivantes

% de la masse cellulaire
Constituants Cellule Cellule de Cellule de
bactérienne champignon mammifère
Eau 70 82,5 70
Ions inorganiques
(Na+, K+, Mg2+, 1 0,5 1
Ca2+, Cl-, …
Protéines 15 6 18
Lipides 2 2 5
Glucides 2 2,5 2
Acides nucléiques 1 0,5 0,25
Autres molécules
9 6 3,75
organiques

I. Les molécules inorganiques :

A. Eau :

L’eau est un constituant essentiel, aussi bien pour les végétaux que pour les animaux.
Elle alimente la sève des plantes, qui transporte les éléments nutritifs indispensables à
leur croissance. Chez les animaux, elle irrigue chaque cellule. Elle leur apporte des
substances nutritives et les débarrasse des déchets et des toxines. Sans eau, aucun
organisme, qu'il soit végétal ou animal, simple ou complexe, petit ou gros, ne peut vivre.
Tous ont besoin de leur ration quotidienne d’eau.

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 1. La structure de l’eau :
1.1. Les liaisons covalentes d’une molécule d’eau :

Une molécule d’eau est constituée d’un atome d’oxygène (qui a tendance à attirer deux
électrons pour se charger négativement) et de deux atomes d’hydrogène (qui peuvent
facilement céder leur électron pour se charger positivement). Les hydrogènes sont liés
à l'oxygène par des liaisons covalentes : chaque hydrogène a en commun deux électrons
avec l'atome d'oxygène, ce qui sature l'orbitale de l'hydrogène avec deux électrons et la
deuxième orbitale d’oxygène à 8 électrons

(6 initiaux et un apporté par chacun des 2 hydrogènes). L'angle formé par les liaisons
O-H est à peu près de 105° et la distance O-H est de 0,9Å (figure 1-1).

Figure 1-1 : Les liaisons covalentes d’une molécule d’eau.

1.2. La polarité des molécules d’eau :

Les doublets électroniques des deux liaisons O-H sont beaucoup plus attirés par
l’oxygène que par les atomes d’hydrogène. De ce fait, les charges électriques dans la
molécule d'eau sont réparties de façon asymétrique : une légère surcharge négative
apparaît du côté de l'oxygène (pôle négatif), alors qu'un déficit de charges négatives crée
une légère surcharge positive du côté des hydrogènes (pôle positif) : l’eau est une
molécule polaire (figure 2-2).

Figure 1-2 : La polarité des molécules d’eau.

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 2. Différents rôles de l'eau chez les êtres vivants :

L’eau est la molécule la plus abondante dans les cellules vivantes. Elle dépasse 60 % de
la matière vivante. Ses rôles les plus importants sont :
Rôle de solvant :
Le caractère polaire de l’eau en fait un solvant excellent pour les substances polaires
(petites molécules organiques) et ioniques, que l’on qualifie, pour cette raison,
d’hydrophiles. Par ailleurs, les substances non polaires sont pratiquement insolubles
dans l’eau et sont donc qualifiées d’hydrophobes.
Remarque : Un liquide formé d’un mélange homogène de deux ou plusieurs substances
s’appelle une solution. L’agent dissolvant d’une solution s’appelle un solvant, et la
substance dissoute le soluté.

Rôle de transport :
L'eau est la principale composante des grands liquides organiques :
Le sang et la lymphe chez les animaux,
La sève brute et la sève élaborée chez les végétaux.

Participation aux réactions métaboliques :

L’eau est un milieu réactionnel qui disperse les molécules en les solubilisant et permet
les rencontres et les interactions entre les molécules (Hydrolyse, oxydoréduction,
extraction ou incorporation de molécules…).
Sans eau, pas de réactions chimiques possible. (Exemple : graines déshydratées).

Rôle dans la conformation des protéines :

La conformation spatiale des protéines est particulière par rapport à la structure primaire
(chaîne). Pour être fonctionnelle, la chaîne se replie spécifiquement à cause des
interactions avec l'eau (ramification, micelles...). Les parties hydrophobes se replient à
l'intérieur.

Rôle mécanique de l'eau :

Surtout chez les cellules végétales : dans une cellule turgescente ; l’eau exerce une
pression sur la paroi pectocellulosique.

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 Tampon thermique :
La présence de l’eau en si grande proportion dans la matière vivante prévient les
changements soudains de la température corporelle. Elle permet aussi, lors de sa
vaporisation, d’évacuer une grande quantité de chaleur (transpiration).

B. Les sels minéraux :

Composés présents naturellement dans les eaux, issus de la dissolution des roches.
Lorsqu'un sel est dissous dans l'eau, ses deux parties constitutives se séparent et forment
des ions qui sont chargés soit positivement (cations, Na*, Mg* …) ou négativement
(anions, Cl-, HCO-3…). Ils sont indispensables à l'organisme et à son fonctionnement
métabolique. Ils participent, notamment, à l'équilibre hydrique, à l'élaboration des
enzymes et des hormones, à la composition des os et des dents, à la transmission de
l'influx nerveux et à la contraction des muscles. Ils sont couramment divisés en 2
groupes :

Les macroéléments présents en grande quantité (calcium, magnésium,

phosphore...).
Les oligoéléments (fer, cuivre...) qui sont indispensables en quantités infimes à
notre organisme. L'organisme ne peut les fabriquer donc ils doivent être apportés
par l'alimentation.

II. Les molécules organiques :

A. Les glucides :

Les glucides sont des sucres. Aussi appelés hydrates de carbone, ou « saccharides ».
Leur principal rôle est de fournir à l'organisme l'énergie nécessaire à son
fonctionnement. C'est en quelque sorte le carburant de notre corps. Il s’agit de
polyalcools comportant une fonction aldéhyde (CHO) ou cétone (CO). Leur formule
brute est (CH2O) n, avec n ≥3.

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 1. Classification des glucides :

Les glucides forment une famille qui se compose de molécules de taille et de structure
très diverses. Ils sont généralement classés en fonction de leur degré de polymérisation.
On distingue :

1.1. Les monosaccharides ou oses :

Ce sont des sucres simples non ramifiés dont tous les carbones portent une fonction
alcool (–OH), sauf un qui porte une fonction carbonyle, divisant les oses en aldoses
(fonction aldéhyde) et cétoses (fonction cétone) (figure 1-3).

Figure 1-3 : Aldoses et Cétoses

Les oses sont classés également en fonction du nombre de carbones qu’ils possèdent :
trioses, tétroses, pentoses, hexoses et heptoses. Ainsi La combinaison de ces 2 critères
caractérise l’ose (figure 1-4) :

Figure 1-4 : Exemples de monosaccharides

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Les oses sont généralement représentés par la projection de Fischer. Celle-ci consiste
en une représentation plane d’une molécule tridimensionnelle.
Les sucres de plus de quatre carbones, forment un cycle qui est la forme prépondérante
dans la cellule. Il s’agit de la représentation de HAWORTH. La cyclisation se fait par
la réaction entre l’atome d’oxygène de la fonction carbonyle (aldéhyde ou cétone) et un
atome de carbone portant une fonction alcool (figure 1-5).

Figure 1-5 : Exemple d’une molécule de glucose (projection de Fischer), et d’une

molécule de α-D-glucopyranose (représentation de Haworth)

1.2. Les disaccharides :

Les disaccharides sont formés de deux oses unis par une fonction alcool après perte
d’une molécule d’eau (figure 1-6). La liaison est appelée osidique et peut être rompue
sous l’action d’enzymes spécifiques par une réaction d’hydrolyse. Des oligosaccharides
de grandeur croissante (tri-, tétra-saccharide…) peuvent également se former par ajout
successif d’oses.

Figure 1-6 : Exemples de disaccharides

8
 1.3. Les polysaccharides :
Les polysaccharides sont des polymères qui peuvent être classés en deux grandes
catégories selon leur fonction biologique : structurelle ou de stockage.
Le glycogène et l’amidon sont par exemple des formes de mises en réserve du glucose
qui se présentent sous la forme de grains. Les grains de glycogène sont dispersés dans
le cytoplasme des cellules animales tandis que les grains d’amidon sont dispersés dans
le cytoplasme et les chloroplastes des cellules végétales (figure 1-7).
La cellulose, formée dans la cellule végétale et également constituée de glucose,
intervient quant à elle dans la constitution de la paroi cellulaire.

Remarque : Des sucres peuvent s’associer à des protéines ou à des lipides pour former
respectivement des glycoprotéines ou des glycolipides.

Figure 1-7 : Exemple de polysaccharide

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 2. Les rôles des glucides :
2.1. Rôle énergétique :

40% à 50% des calories apportées par l’alimentation humaine sont des glucides. Ils ont
un rôle de réserve énergétique dans le foie et les muscles (glycogène).

2.2. Rôle structural :

Les glucides interviennent comme :

Eléments de soutien (cellulose), de protection et de reconnaissance dans la
cellule.
Eléments de réserve des végétaux (amidon) et animaux (glycogène)
Constituants de molécules fondamentales : acides nucléiques, coenzymes,
vitamines…
Ils représentent un fort pourcentage de biomasse car la plus grande partie de la
matière organique sur la terre est glucidique.

B. Les lipides :

Les lipides appelés aussi graisses ou corps gras sont constitués principalement de
Carbone (C), Hydrogène (H), Oxygène (O). Dans certains lipides on trouve du
phosphore, du soufre et de l'azote. Ce sont des composés hydrophobes (insolubles dans
l'eau), solubles dans les solvants organiques (éther, acétone, chloroforme). Ils sont le
résultat d'une réaction chimique appelée estérification entre le groupement hydroxyle
d'un alcool et le groupement carboxyle d'un acide gras. La liaison est appelée liaison
ester (figure1-8).

Figure 1-8 : la réaction d'estérification et formation des lipides

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 1. Classification des lipides

Il existe différentes classes de lipides en fonction de leur structure moléculaire. Dans le

cadre de ce cours nous nous limiterons à l’étude des acides gras et leurs associations
en triglycérides et en phospholipides.

1.1. Acides gras

Les acides gras sont des acides carboxyliques R-COOH dont le radical R est une
chaîne aliphatique de type hydrocarbure de longueur variable qui donne à la molécule
son caractère hydrophobe (gras) (figure1-9).

Figure 1-9 : structure des acides gras

On distingue les acides gras saturés où toutes les liaisons entre les carbones sont simples
(pas de liaisons doubles) et les acides gras insaturés caractérisés par une ou plusieurs
doubles liaisons entre les carbones (C=C) (figure1-10).

Figure1-10 : exemples d’acides gras saturés et insaturés

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 1.2. Les triglycérides :

Ce sont des molécules formées par l’association, par liaison ester, d’une molécule de
glycérol (alcool à 3 carbones) et de trois molécules d’acides gras (figure1-11).

Figure1-11 : Les glycérides

Les triglycérides sont les constituants principaux des graisses animales et des huiles
végétales (plus de 95%). Les monoglycérides et les diglycérides sont beaucoup moins
abondants que les triglycérides.
Dans l'organisme, les lipides sont stockés essentiellement sous forme de triglycérides.

1.3. Les phospholipides :

Les phospholipides sont des composés lipidiques contenant du phosphore. Ce sont les
constituants principaux des membranes biologiques. Ils sont formés d'un glycérol lié à
deux acides gras et à un groupement phosphate lié lui-même à une autre molécule
hydrophile (exemple : la choline). Les phospholipides diffèrent les uns des autres par le
type d'acides gras rattachés au glycérol. Chaque molécule de phospholipide possède une
queue hydrophobe (composée de deux chaines d’acides gras) et une tête hydrophile où
est situé le groupement phosphate. C’est une molécule amphiphile ou bipolaire (figure
1-12).

Figure 1-12 : Exemple d’un phospholipide ; le phosphatidylcholine

12
 2. Rôle biologique :

Dans l’organisme, les lipides ont 4 fonctions principales :

Réserve d'énergie : stockés sous forme de triglycérides dans les tissus adipeux.
Les lipides constituent ainsi une réserve énergétique mobilisable (1 g de lipides
donne environ 9,3 Kcal).
Un rôle structural : les acides gras servent à la synthèse d'autres lipides,
notamment les phospholipides qui forment les membranes autour des cellules et
des organelles. La composition en acides gras de ces phospholipides donne aux
membranes des propriétés physiques particulières (élasticité, viscosité).
Un rôle de messager : les acides gras sont les précurseurs de plusieurs messagers
intra et extra-cellulaires. Par exemple, l'acide arachidonique est le précurseur des
eïcosanoïdes, hormones intervenant dans l'inflammation, la coagulation
sanguine, etc.
Un rôle de transport de vitamines : les corps gras alimentaires véhiculent quatre
vitamines liposolubles : A, D, E et K.
Chez les chameaux et les dromadaires, les lipides constituent une réserve
d'eau importante pour ces animaux : la dégradation des lipides stockés sous forme de
triglycérides dans les bosses de ces animaux amène à la formation de l'eau.

C. Les protéines :

Les protéines sont des polymères formés d’un assortiment de plusieurs acides aminés.
Elles jouent un rôle dans le métabolisme cellulaire en agissant comme catalyseur des
réactions chimiques (enzyme), mais interviennent également dans la structure des tissus,
le stockage et le transport de petites molécules et d’ions, les défenses de l’organisme….

1. Les acides aminés :

1.1. Structure générale des acides α aminés :

Les acides aminés sont constitués d’un groupement amine (–NH2) et d’un groupement
carboxylique acide (–COOH) liés à un atome de carbone central, appelé carbone α. Ils
ne diffèrent entre eux que par leur chaîne latérale (groupement – R), composée
essentiellement de –CH2, et de –CH3 également lié au carbone α (figure1-13).

13
Figure1-13 : Les 20 acides aminés

14
 1.2. Propriétés acido-basiques des acides aminés :

Les acides aminés sont des structures amphotères qui possèdent à la fois une fonction
acide faible (COOH) et une fonction base faible (NH2).

pKa pK
b

Les acides aminés peuvent exister sous 3 formes en fonction du pH du milieu :

En milieu acide, le groupement amine s'ionise en captant un proton, l’acide

aminé se trouve sous forme de cation (R-NH3+).

En milieu basique, le groupement acide s'ionise en libérant un proton, l’acide

aminé se trouve sous forme d’anion (R-COO-).

Au niveau du point isoélectrique (ou pHi) les 2 groupements sont ionisés, l’acide
aminé se trouve sous forme Zwitterion (NH3+-R-COO-).
Le pHi = (pKa +pKb)/2

Zwitterion : est une forme neutre des acides aminés qui possèdent autant de charges
positives que de charges négatives.

pHi : Le pHi (potentiel hydrogène isoélectrique)ou pI (point isoélectrique) d'une

molécule est défini comme le pH pour lequel la charge globale de cette molécule est
nulle ou, autrement dit, le pH pour lequel la molécule est électriquement neutre (forme
zwitterionique ou ion mixte).

La chaine radicale peut aussi être ionisable, et le groupement a lui aussi un pK appelé
pKr. Dans ce cas le pHi se calcule en fonction des 2 groupements de même polarité.

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 2. Structure des protéines :

Les protéines sont de longues chaînes d'acides aminés réunis par des liaisons peptidiques
formant un peptide. Chaque liaison s’établit entre le groupement acide d’un acide aminé
et le groupement amine d’un autre acide aminé avec perte d’une molécule d’eau.

L'union de deux acides aminés donne un dipeptide ; celle de trois acides aminés, un
tripeptide; celle de dix acides aminés ou plus, un polypeptide. Les molécules contenant
plus de 50 acides aminés sont des protéines.
La plupart des protéines sont cependant des macromolécules, c'est-à-dire de grosses
molécules complexes formées de 100 à 1000 acides aminés.
Elles peuvent être décrites selon quatre niveaux d’organisation structurale :

2.1. Structure primaire :

Chaque acide aminé est lié au suivant par un lien peptidique en formant un polypeptide.
La chaîne polypeptidique n'est pas branchée ; elle forme un unique filament étiré. Quand
les acides aminés sont incorporés dans une chaîne polypeptidique, on les appelle des
résidus.

2.2. Structure secondaire :

La structure secondaire est relative au premier niveau de compaction des protéines ;

deux structures sont observées : les hélices α (alpha) et les feuillets β (bêta) :

2.2.1. L’hélice α :
La structure secondaire la plus courante est celle de l’hélice alpha (α) (figure1-14): la
chaîne primaire s'enroule sur elle-même puis est stabilisée, à tous les quatre acides
aminés environ, par des liaisons hydrogène entre les groupes NH et CO.

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 Figure 1-14 : Structure secondaire : l'hélice α.

2.2.2. Le feuillet plissé β :

Le feuillet plissé bêta (β) est une autre structure secondaire, qui se forme quand des
parties de la longue chaîne polypeptidique se replient et se longent l’une l’autre, côte à
côte, en formant des ponts hydrogènes avec la voisine. On parle de feuillets beta
parallèles quand les chaînes vont dans le même sens et d’antiparallèles quand elles vont
dans des directions opposées (figure 1-15).

Figure 1-15 : Structure secondaire : feuillet plissé β.

2.3. Structures tertiaire et quaternaire :

La structure tertiaire correspond à la compaction des structures secondaires entre elles.

Dans une structure tertiaire, des régions hélicoïdales ou plissées de la chaîne
polypeptidique se replient les unes sur les autres et forment une molécule en forme de

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boule, ou molécule globulaire. La structure tertiaire est maintenue par des liaisons de
différentes nature (covalentes, hydrogène, ionique …) entre des acides aminés souvent
très éloignés sur la chaîne primaire.
La structure quaternaire correspond à l’association spécifique de plusieurs chaînes
peptidiques en une unité d’ordre supérieur seule capable d’assurer complètement les
fonctions biologiques (figure 1-16).

Figure 1-16 : les différentes structures de protéines.

3. Rôle biologique :

o Enzymes :
Ce sont des catalyseurs de nature protéique qui catalysent les réactions biologiques et
permettent à ces réactions de se produire à des températures compatibles avec la vie
biologique (environ 37°C).
o Protéines de structure :
Elles permettent à la cellule de maintenir son organisation dans l'espace et constituent
la charpente des tissus vivants (peau, cheveux, muscles). Citons les collagènes, les
kératines et la myosine.
o Protéines de défense :
Les immunoglobulines sont des grosses protéines qui interviennent dans la réponse
immunitaire à médiation humoral. Elles sont fabriquées par les globules blancs et
appelés aussi : Anticorps.
o Protéines régulatrices :
Cytokines de l’immunité ou certaines hormones telles que l'insuline, hormone du
pancréas, qui régule le taux de sucre dans le sang.
o Protéines de transport :
Protéines du plasma fixant et transportant des molécules ou des ions d'un organe à un

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autre, comme par exemple l'hémoglobine des érythrocytes, la sérumalbumine....
o Protéines contractiles ou motrices :
Elles peuvent se contracter et modifier leur forme. (Actine et myosine dans les fibres
musculaires).
o Protéines de stockage :
Elles permettent la mise en réserve d'acides aminés pour pouvoir créer d'autres protéines
(ex : l'ovalbumine, la principale protéine du blanc d’œuf sert de stockage pour le
développement des embryons de poulet).

D. Les vitamines
Les vitamines sont des composés organiques, sans valeur énergétique propre, qui sont
indispensables aux réactions du métabolisme cellulaire, dont l’organisme a besoin en
très petite quantité. Elles participent de façon spécifique à l’action des enzymes en
activant les réactions cellulaires. Elles sont apportées par une alimentation équilibrée ou
sont synthétisées par l’organisme, comme les vitamines A et D. Les vitamines sont
classées en vitamines hydrosolubles, c ’est-à-dire solubles dans l’eau (vitamines du
groupe B et C), et en vitamines liposolubles, insolubles dans l’eau mais solubles dans
les graisses (vitamines A, D, E et K).

E. Les acides nucléiques :

Les acides nucléiques sont des macromolécules présentes dans toutes les cellules
vivantes et également chez les virus. Il existe 2 types d`acides nucléiques :

o ADN : Le support de l'information génétique ;

o ARN : Le moyen d'expression de l'information génétique portée par

l’ADN. (Chez certains virus, l'ARN est le support de l'information
génétique.)
Les acides nucléiques sont des polymères d’unités élémentaires appelées nucléotides.

1. Les nucléotides :

Les nucléotides sont les monomères des Acides nucléiques. Leur hydrolyse totale
aboutit à 3 types de constituants : 1 base azotée, 1 pentose, 1 acide phosphorique.

o Base azotée + Pentose = Nucléoside

o Nucléoside + Acide Phosphorique = Nucléotide

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 2. Constituants des nucléosides et nucléotides :
2.1. Bases azotées :
Les bases azotées sont des molécules aromatiques dont le noyau est soit une purine
(bases puriques), soit une pyrimidine (bases pyrimidiques).

o Les bases pyrimidiques dérivées de la pyrimidine :

Les bases pyrimidiques ont un noyau aromatique hexagonal de 4 carbones et 2 azotes.
Elles sont au nombre de 3 : la cytosine, l’uracile et la thymine (figure 1-17).
• La cytosine est constituée d’un noyau pyrimidine dont le carbone 4 est substitué
par une fonction amine et le carbone 2 par une fonction cétone.
• L’uracile est constituée d’un noyau pyrimidine dont les carbones 2 et 4 portent
des fonctions cétone.
• La thymine est aussi constituée d’un noyau pyrimidine dont les carbones 2 et 4
portent des fonctions cétone, mais dont le carbone 5 est substitué par un méthyl.

Figure 1-17 : Les bases pyrimidiques dérivées de la pyrimidine

o Les bases puriques, dérivées de la purine :

Les bases puriques ont un double noyau aromatique comportant à gauche un cycle
hexagonal de 4 carbones et 2 azotes et à droite un cycle pentagonal de 3 carbones
(dont 2 communs avec le précédent) et 2 azotes. Elles sont au nombre de 2 : l’adénine
et la guanine (figure1-18).
• L’adénine est constituée d’un noyau purine dont le carbone 6 est substitué
par une fonction amine. Elle est la seule des bases nucléiques dont la
formule ne contient pas d’atome d’oxygène.
• La guanine est constituée d’un noyau purine dont le carbone 2 est substitué
par une fonction amine et le carbone 6 par une fonction cétone.

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 Figure 1-18 : Les bases puriques, dérivées de la purine.

2.2. Les Pentoses :

o Ribose (sous forme β-D ribofuranose): constitutif de l'ARN ;

o Désoxyribose (sous forme β-D 2-désoxy ribofuranose):

constitutif de l'ADN.
Les C du pentose sont numérotés par 1', 2', 3'... pour qu'il n'y ait pas de
confusion avec la numérotation des atomes (C et N) de la base.

2.3. Acide phosphorique :

H3PO4

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 3. Structure des nucléosides et nucléotides :
3.1. Nucléosides :
Ils résultent de la liaison entre une base azotée et un pentose. On dit que ce sont des
hétérosides azotés. Avec une liaison N-glycosidique qui se fait toujours entre le C1' du
sucre et l'azote N9 de la base purique ou bien l'azote N1 de la base pyrimidique.

Nomenclature : Chaque nucléoside est désigné par un nom à suffixe :

« osine » pour les bases puriques
« idine » pour les bases pyrimidiques
Pour les désoxyribonucléotide : le nom est précédé par le préfixe "désoxy"
(abréviation:d) ; Ex : (désoxy) adénosine, guanosine, cytidine, thymidine.

Nucléoside = ose + base purique ou pyrimidique

3.2. Nucléotides :
Ils résultent de la condensation d'un nucléoside avec 1, 2 ou 3 acides phosphoriques. Ce
sont des esters phosphoriques des nucléosides. Les nucléotides sont donc des
nucléosides mono, di ou tri-phosphates. Le premier phosphate est lié au C5' (ou C3') du
pentose. Les autres phosphates se lient au 1er groupement par liaisons "anhydride
acétique" (liaisons "riches en énergie").

Nomenclature : on utilise le nom du nucléoside, suivi de mono-, ou di-, ou tri-

phosphate. Les abréviations sont XMP ou XDP ou XTP
Exemple : AMP = adénosine monophosphate = acide adénylique

22
 Nucléotide = nucléoside + acide(s) phosphorique(s)

Remarque : Il ne faut pas oublier que les nucléotides sont non seulement les éléments
de base des acides nucléiques, mais aussi des molécules jouant un grand rôle dans le
métabolisme intermédiaire en particulier l’adénosine diphosphate (ADP) et
l’adénosine triphosphate (ATP) qui jouent un rôle dans les transferts d’énergie.

En résumé :

3.3. Les polynucléotides :

L’union entre les nucléotides se fait par l’intermédiaire du phosphate qui se lie au
nucléotide précédent par le C3’ du sucre. Ainsi, l'acide phosphorique engage 2 liaisons
acides dans des fonctions phosphodiester; la 3ème fonction acide reste libre et confère
donc des propriétés acides aux "acides" nucléiques. Il se forme ainsi un enchaînement
de nucléotides du type 5'-3'-5'-3', conduisant à un dinucléotide, puis à des
polynucléotides. La séquence des nucléotides, donnée par celle des bases, représente la

23
structure primaire des acides nucléiques. Ainsi, une chaîne polynucléotidique va être
caractérisée par (figure 1-19):

1- La nature du pentose des nucléotides engagés : ribose (--> ARN), désoxyribose

(--> ADN)
2- Le nombre, la nature et la séquence de ces nucléotides (l'ordre dans lequel les
nucléotides sont engagés.)
3- La présence d'une extrémité portant un groupement phosphate sur le C 5': c'est
l'extrémité 5'phosphate.
4- La présence d'une extrémité portant un groupement OH sur le C 3': c'est
l'extrémité 3'OH.

Figure 19 : formation d’une chaîne polynucléotidique

La séquence d'un acide nucléique est représentée d'une façon linéaire ; se lit de gauche
à droite depuis le 5'phosphate au 3'OH. Chaque nucléoside est désigné par l'abréviation
de la base azotée. Exemple d’une séquence d’un brin d’ADN : 5' (P) A-G-G-T-C-G-
C-G-T-(OH) 3'.

24
 4. Les acides désoxyribonucléiques :

Pour l’ADN le sucre est le désoxyribose. On trouve 4 bases différentes de sa structure :

2 bases pyrimidiques (Thymine et Cytosine) et 2 bases puriques (Adénosine et
Guanine). Chaque molécule d’ADN est constituée de deux chaines polynucléotidiques
(elle est bicaténaire). Ces deux chaines sont orientées en sens opposés (antiparallèles) et
reliées par des liaisons hydrogène entre les bases complémentaires (A avec T d’une part
et C avec G d’autre part). A et T sont liées entre elles par 2 liaisons hydrogène alors que
C et G sont liées entre elles par 3 liaisons hydrogène (figure 1-20).

Figure 1-20 : les deux chaines d’ADN reliées par des liaisons hydrogène entre
les bases complémentaires.

Les deux brins de l’ADN sont enroulés en double hélice de 20 A° de diamètre (figure
1-21). Le squelette de l’hélice est formé d’une succession de désoxyriboses et de
phosphates.
Les bases sont perpendiculaires à ce squelette. Chaque tour de spire à une hauteur de
34A° et comprend 10 bases (3,4A° entre 2 nucléotides). La succession de bases
complémentaires le long de la double hélice est spécifique de chaque type d’ADN et
correspond en fait à l’information génétique que contient cette molécule.

25
 Figure 1-21 : Structure de de la molécule d'ADN (double hélice)

5. Les acides ribonucléiques :

Les ARN sont des polymères de RiboNucléotides liés par des liaisons
phosophodiester5'-3'. Les bases azotées sont : l’adénine, la guanine, la cytosine et
l’uracile. Le sucre est le Ribose. L'ARN est une molécule monocaténaire « simple
brin ». On distingue 3 types d’ARN principaux, qui différent par la longueur de leur
chaine, leur structure et leur fonction :

5.1. L’ARN messager (ARNm) :

L’ARNm (1 à 5%de l’ARN) est une copie d'ADN réalisée dans le noyau, puis exportée
dans le cytoplasme (voir cours transcription), où elle est ensuite traduite en protéines
grâce aux ribosomes. Il est l’intermédiaires entre l'ADN et les protéines.

26
 5.2. L’ARN de transfert (ARNt) :

L’ARNt (15% de l'ARN) est une molécule soluble (dans la phase aqueuse de
l’hyaloplasme) qui présente plusieurs particularités structurales liées à sa fonction (voir
cours biosynthèses des protéines) :
Petite taille : de 73 à 93 nucléotides.
Structure typique en trèfle, il se replie sur lui-même car il possède des séquences
auto- complémentaires.
Existence d'un anticodon : triplet de nucléotides, complémentaire des codons de
l'ARNm
L’extrémité 3'OH fixe l'acide aminé correspondant au codon de l'ARNm. Elle
possède la séquence CCA (constante pour tous les ARNt)
Présence de nombreux nucléotides modifiés (environ 1 sur 10).

5.3. L’ARN ribosomal (ARNr) :

L’ARNr (80% de l'ARN) rentre dans la structure des ribosomes. On peut les isoler
facilement à partir de broyats cellulaires par ultracentrifugation. On les désigne pour
cette raison par leur constante de sédimentation, exprimée en Svedberg (S). Il existe
différents types d’ARNr (voir cours biosynthèses des protéines) :
Chez les eucaryotes, il y a les ARNr 28S, 18S, 5,8S, et 5S
Chez les procaryotes,il y a les ARNr 23S, 16S, et 5S.

27
CHAPITRE 2 : METHODES D'ETUDE DE LA CELLULE

I. La culture cellulaire :
La culture cellulaire est une technique de laboratoire permettant aux cellules de se
reproduire en dehors de l'organisme dont elles sont issues. Elle permet d'étudier et
comprendre le fonctionnement cellulaire et d'effectuer des expérimentations sur des
cellules vivantes in vitro. En fait, les cellules doivent être isolées et transférées dans un
milieu de culture adéquat contenant les éléments indispensables à leur survie in vitro.
Ce milieu doit respecter les conditions physiologiques des cellules permettant de
maintenir constants notamment le pH, la température et le taux d'humidité.
Les cellules incubées dans les conditions adéquates, vont se diviser et se développer en
formant une couche monocellulaire sur toute la surface du milieu ; c'est la confluence.
Quand il n’y a plus de place pour d’autres cellules, la division cellulaire s’arrête par
"inhibition de contact". Le repiquage s’impose. Le repiquage (ou passage) consiste à
renouveler la culture des cellules en les distribuant dans de nouveaux flacons contenant
un nouveau milieu de culture (voir TD).

II. Les microscopes :

Un microscope est instrument d’optique qui permet d’observer des objets invisibles à
l’œil nu, par agrandissement grâce à un système de lentilles. La plupart des méthodes
d’observation des cellules sont basées sur l'emploi des microscopes. La taille des
cellules et de leurs constituants est en effet généralement trop petite pour qu'il soit
possible de les observer à l'œil nu. Tous les microscopes sont caractérisés par leur
pouvoir séparateur = pouvoir de résolution c'est à dire la distance limite appréciable
entre 2 points. On distingue deux grands types de microscopes suivant leur résolution :
les microscopes optiques et les microscopes électroniques.
A. Microscopes optiques :
1. Microscope optique à lumière ou microscope photonique :
Les microscopes optiques à lumière ou photoniques permettent l’observation de cellules
vivantes ou mortes, grâce à des coupes très fines de préparations fixées. Les microscopes
optiques utilisent de la lumière visible et la qualité de l’image dépend du pouvoir
séparateur qui donne la résolution du microscope limitée par la longueur d’onde de la
radiation lumineuse. On obtient donc un grossissement x1000 (voir TD et TP).

28
 2. Microscope optique à fluorescence :
Le microscope à fluorescence fait partie de la grande famille des microscopes optiques.
Il permet de détecter la présence et la localisation de molécules fluorescentes dans un
échantillon.
Le phénomène de fluorescence correspond à un processus dans lequel une molécule
fluorescente (fluorophore ou fluorochrome) absorbe de l'énergie lumineuse (lumière
d'excitation), et la restitue rapidement (< 1 nsec) sous forme de lumière fluorescente
(lumière d'émission).
Pour les microscopes optiques à fluorescence la lumière reçue par l’œil ne traverse pas
l’objet ; ici on utilise des molécules fluorescentes appelées des fluorochromes, qui sont
utilisés comme colorant. La lumière excite les fluorochromes qui réémettent dans des
plus grandes longueurs d’ondes c’est-à-dire dans des énergies plus basses. Dans ce type
de microscopes on utilise des filtres qui permettent la formation d’une lumière
monochromatique qui éclairera l’échantillon. Les microscopes optiques à fluorescence
nécessitent des cellules fixées, des coupes minces et entraînent malheureusement des
superpositions d’images.
La fluorescence observée peut avoir plusieurs origines :
• Fluorescence naturelle d'une substance située dans la cellule, exemple : la
chlorophylle fluoresce naturellement en rouge.
• Utilisation d'une substance fluorescente se fixant spécifiquement sur une
structure. Il s'agit là d'un test de type cytochimique, exemple : le DAPI se fixe
spécifiquement sur l'ADN et fluoresce en bleu.
• Utilisation d'une substance non spécifique fluorescente naturellement, exemple
: rhodamine et fluoresceine. Cette substance est fixée sur un anticorps spécifique
d'un antigène. La spécificité est due à l'anticorps. La fluorescence observée
permet de localiser l'antigène.
• Traceurs de lignage cellulaire en biologie du développement : microinjection
d'une substance fluorescente dans une cellule et les cellules filles seront
marquées au cours du développement embryonnaire.
• Intégration d'une séquence codant pour une protéine naturellement fluorescente
dans le "gène" codant pour une protéine. La protéine recherchée devient
naturellement fluorescente et les observations peuvent se réaliser "in vivo".
•

29
 3. Microscope confocal :
Le microscope confocal est une variante de microscope à fluorescence, permettant de
détecter et de réaliser des images de l’échantillon à trois dimensions avec une bonne
résolution. En fait, Pour des images à fort grossissement, la microscopie de fluorescence
traditionnelle souffre d'effets secondaires de fluorescence diffuse, ce qui donne des
images floues et peut masquer des détails importants. La microscopie confocale, qui
utilise le même principe de base que la microscopie à fluorescence, permet de corriger
ces désagréments. Ce type de microscopes élimine les signaux localisés en dehors du
plan de mise au point grâce à un diaphragme localisé en avant du détecteur, sur le plan
de l'image.

B. Microscopes électroniques :
1. Microscope électronique à transmission :
Le principal intérêt du microscope électronique par rapport au microscope optique est
d’augmenter le grandissement. Il utilise le même principe de lentilles et de faisceaux
qu'un microscope optique, mais au lieu d’être éclairé, l’objet est bombardé par un
faisceau d’électrons. L’image mettra en évidence les structures plus ou moins opaques
aux électrons. Plus les électrons sont accélérés plus les longueurs d’onde diminuent et
plus la résolution augmente. Ce type de microscope possède des compartiments avec un
vide parfait afin de maintenir rectiligne les faisceaux d’électrons, et des lentilles
électromagnétiques qui forment un condensateur. On obtient ici un grossissement x 100
000. Les microscopes électroniques nécessitent la déshydratation de l’échantillon et
donc la mort des cellules. Du fait du faible pouvoir pénétrant des électrons, les
échantillons doivent être sous forme de coupes ultra fines et donc soumis à des
inclusions (voir TD).

2. Microscope électronique à balayage :

La microscopie électronique à balayage consiste à balayer une préparation par un
faisceau d’électrons, permettant la mise en évidence des reliefs de l’échantillon (voir
TD ).

30
III. Fractionnement cellulaire :
La méthode de fractionnement cellulaire consiste à séparer les différents
constituants cellulaires en se basant sur leurs différences de taille et de
densité. Les éléments les plus gros et les plus denses sédimentent plus
rapidement que les autres (voir TD).

IV. Autoradiographie :
L'autoradiographie est une technique qui vise à enregistrer l'image de molécules
marquées par des isotopes radioactifs pour les localiser et les suivre dans la cellule.

On fournit aux cellules, des substances radioactives (marquées au tritium 3H par

exemple) pendant un temps bref. On choisit comme porteur de cet atome* une molécule
qui s'incorpore spécifiquement dans un type macromoléculaire donné (thymidine* pour
l'ADN, uridine* pour l'ARN, acide aminé* pour les protéines, ose* pour les
polysaccharides). Ces substances s'intègrent au métabolisme cellulaire. Les structures
sur lesquelles sont incorporés les précurseurs radioactifs deviennent elles-mêmes
radioactives ; on peut les localiser et les suivre dans la cellule. La détection se fait par
application d'une émulsion photographique sur la préparation : le rayonnement
(généralement β) émis par les atomes radioactifs réduit l'argent contenu dans l'émulsion
qui est ensuite révélée comme un film photographique. Les grains d'argent sont localisés
au-dessus des structures ayant incorporé des atomes radioactifs ; ils se présentent sous
forme de points denses au microscope électronique.).(Voir TD).

V. Techniques chromatographiques :
La chromatographie est un ensemble de méthodes d'analyse physico-chimique. Elle
permet la séparation des constituants d’un mélange en utilisant deux phases non
miscibles :
Une phase stationnaire, par définition immobile ; choisie pour sa grande
affinité pour les divers solutés ;

Une phase mobile qui entraîne les divers solutés d'une manière différentielle le
long d'une phase stationnaire.

31
La séparation des composants entraînés par la phase mobile (liquide, gaz ou fluide
supercritique), résulte soit de leur adsorption et de leur désorption successive sur la
phase stationnaire, soit de leur solubilité différente dans chaque phase.L'échantillon
contenant une ou plusieurs espèces est entraîné par un courant de phase mobile le long
d'une phase stationnaire (papier, gélatine, silice, polymère, silice greffée…); chaque
espèce se déplace à une vitesse propre dépendant de ses caractéristiques et de celles des
deux phases. Cette technique d'analyse chimique peut être couplée à un détecteur en vue
d'une analyse qualitative ou quantitative du milieu. Il existe différents types de
chromatographie suivantla nature des phénomènes mis en jeu dans la séparation, la
nature de la phase oulesupport de la phase stationnaire.

Exemple : La chromatographie échangeuse d'ions :

Dans la chromatographie échangeuse d'ions, le paramètre qui va permettre la séparation

des différents constituants est la charge nette. Pour cela, on utilise des résines chargées
positivement (chromatographie échangeuse d'anions) ou négativement
(chromatographie échangeuse de cations).
Si on prend l'exemple de la chromatographie échangeuse d'anions, la résine étant
chargée positivement seules les molécules chargées négativement vont se fixer sur celle-
ci. Les molécules neutres ou chargées positivement ne vont pas s'accrocher et vont donc
être éluées immédiatement (non-fixées).
Ensuite, l'élution des molécules fixées peut être réalisée de différentes manières. L'un
des moyens classiques pour obtenir un tel effet est de modifier le pH. En effet, de
nombreux groupes ionisables sont sensibles au pH. En baissant le pH, on favorise
l'ionisation des groupements basiques (chargés positivement) et on défavorise
l'ionisation des groupements acides (chargés négativement). En baissant le pH, on
favorise donc l'apparition d'une charge nette positive pour les molécules portant des
groupes ionisables sensibles au pH. La transition entre une charge nette négative et une
charge nette positive se fait à la valeur du pHi. Chaque espèce moléculaire se détache
de la résine lorsque le pH de la solution devient égal ou inférieur au pHi de la molécule.
Le principe est exactement le même pour la chromatographie échangeuse de cations, à
ceci près que les espèces moléculaires retenues étant celles qui sont positives, il faut
augmenter le pH pour les décrocher (figure 2-1).

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 Figure 2-1 : Chromatographie échangeuse d'ions

VI. Electrophorèse :
L'électrophorèse est une technique permettant la séparation de molécules porteuses de
charges électriques comme les acides aminés, les protéines, les acides nucléiques.
Les molécules à séparer sont placées dans un champ électrique créé par une tension
continue. Les molécules chargées négativement se déplacent vers le pôle positif (=
l'anode) et celles qui sont chargées positivement se déplacent vers le pôle négatif (= la
cathode). La vitesse de migration des constituants chimiques dépend de leur charge
électrique totale et de leur masse moléculaire (figure 2.2) (voir TD).

Figure 2-2 : Electrophorèse sur papier.

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VII. Spectrophotométrie :
La spectrophotométrie est une méthode analytique quantitative qui consiste à mesurer
l'absorbance ou la densité optique d'une substance chimique donnée, généralement
en solution. Plus l'échantillon est concentré, plus il absorbe la lumière dans les limites
de proportionnalité énoncées par la loi de Beer-Lambert. (Voir TD).

La loi de Beer Lambert : A = log (Io/I) = ε .l . C

• A = absorbance sans unité

• Io = intensité lumineuse incidente (avant interaction avec le soluté)
• I = intensité lumineuse transmise
• ε = coefficient d'extinction (qui dépend de la longueur d'onde)
• l = longueur du trajet otique (en cm)
• C = concentration du soluté

C'est une méthodologie extrêmement courante pour :

Déterminer la concentration d'une molécule
Suivre la cinétique de formation d'un produit au cours d'une réaction
enzymatique
Mesurer l'absorbance d'un éluat au cours d'une chromatographie pour
tracer le profil d'élution
Apprécier le degré de pureté d'une molécule purifiée.

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