Génétique II Chap I SV-S5

Royaume du Maroc
Université Sultan Moulay Slimane

Faculté Polydisciplinaire de Khouribga
Département GBG - Filière Sciences de la Vie
Cours de Génétique II
Prof. Ihssane El Bouchikhi
Filière : Sciences de la Vie
Semestre : S5
Année universitaire
2023-2024
Cours de Génétique II Sciences de la vie - S5 Plan du cours
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Plan du cours
Définitions et historique
I. Introduction
II. Définitions
III. Histoire de la génétique
Chapitre I : génétique moléculaire et Cytogénétique
I. Introduction et rappel
II. Structure et morphologie des chromosomes
III. Gonosomes et déterminisme sexuel
IV. Anomalies chromosomiques
V. Méthodes d’analyse des chromosomes
VI. Mutations génétiques
VII. Méthodes de détection des mutations
Chapitre II : Génétique humaine
I. Rappel des notions basiques de l’hérédité
II. Maladies génétiques et Arbre généalogique
III. Modes de transmission des maladies génétiques monogéniques
IV. Maladies mitochondriales
V. Maladies liées à l’empreinte parentale
VI. Maladies issues d’aberrations chromosomiques
VII. Notions de dépistage néonatal, diagnostic préimplantatoire et conseil
génétique
Chapitre III : Génétique des populations
I. Objectifs et définitions
II. Fréquences alléliques et génotypiques
III. Population idéale et Loi de Hardy-Weinberg
IV. Test de conformité
V. Forces évolutives
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Cours de Pr. Ihssane El Bouchikhi
Cours de Génétique II Sciences de la vie - S5 Rappel et historique
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Définitions et historique
Objectifs du chapitre :
- Connaitre l’étendue de la discipline de la génétique, son importance,

et son emplacement par rapport aux autres disciplines.
- Savoir différencier entre les sous-disciplines de la génétique.
- Construire une idée sur l’histoire et la progression de la génétique.
I. Introduction
Si le passage du gène à la protéine constitue la science de la biologie

moléculaire, la génétique elle, étudie le passage du gène au caractère
phénotypique. La figure 1 schématise le lien entre les disciplines de la
biologie.
Figure 1 : Schéma illustrant la relation entre les disciplines de la biologie
L’importance de la génétique réside dans le fait qu’elle permet de :
o Comprendre comment se transmettent les caractères phénotypiques

d’une génération à l’autre.
o Elle explique pourquoi il y a des ressemblances, mais aussi des
différences entre parents et enfants, et même entre populations
mondiales (apparence des chinois versus apparence des indiens, par
exemple).
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o Elle explique également les causes des maladies génétiques et leur

héritabilité,
o Elle permet ainsi de prédire la probabilité d’hériter d’une maladie
génétique à partir d’un ou des deux parents atteints.
o Elle est également utilisée dans l’amélioration des variétés agricoles et
des races animales pour obtenir des produits agroalimentaires d’une
meilleure qualité.
II. Définitions
La génétique est une discipline de la biologie qui étudie la transmission des

caractères héréditaires et leur variation (mutation, aberration
chromosomique…).
La génétique est composée de différentes sous-disciplines majeures, à savoir,

la génétique humaine (ou médicale), la génétique des populations, la
génétique formelle (ou mendélienne), et la génétique moléculaire, entre
autres.
La génétique humaine ou médicale est la sous-discipline de la génétique qui

étudie les modes de transmission héréditaire chez l’humain et les variations
génétiques responsables des maladies génétiques et leur transmission à
travers les générations familiales.
La génétique des populations est la sous-discipline qui s’intéresse à l’étude

de la transmission et la fréquence des allèles et des génotypes à l’échelle de
la population, ainsi des facteurs qui entrainent la variation de ces fréquences
à travers les générations.
La génétique formelle ou mendélienne est la sous-discipline qui s’intéresse à

l’étude de l’hérédité et la transmission des gènes et des caractères
phénotypiques à travers les générations dans le règne végétal comme dans
le règne animal.
La génétique moléculaire est la sous-discipline qui s’intéresse à l’étude de la

structure et de la fonction des gènes et des chromosomes, ainsi que leurs
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variations (aberrations chromosomiques, mutations...), sur le plan

moléculaire.
A côté de ces sous-disciplines, il existe également d’autres, notamment, la

génétique quantitative, la génétique microbienne, la génétique virale, la
génétique du développement…etc. Chacune aborde un aspect spécifique de
l’univers de la génétique.
Il faut noter qu’un préfixe pourrait être ajouté au mot « génétique » pour
désigner certains sujets spécifiques de la génétique, comme dans le cas des
termes « cytogénétique » et « oncogénétique ».
L’oncogénétique est un domaine de la génétique qui s’intéresse à tous ce qui

est en relation avec la génétique du cancer.
La cytogénétique, quant-à-elle, représente la sous-discipline de la génétique

qui étudie la structure des chromosomes au niveau de la cellule (sans
dénaturation d’ADN), et leur comportement au cours des divisions
cellulaire, ainsi que les méthodes d’analyse qui permettent de visualiser ces
chromosomes. C’est l’union de cytologie (étude des cellules) et de génétique.
Par ailleurs, la cytogénétique moléculaire est un domaine de la

cytogénétique s’intéressant à une étude plus profonde et plus ciblée de la
structure des chromosomes avec des méthodes d’analyse plus précises.
III. Histoire de la génétique
La génétique n’est apparue qu’au début du 20e siècle. Le mot génétique ne

fut employé qu’en 1906 pour désigner la science de l’hérédité. Mais son
concept (sans être nommé « génétique ») a été mis en évidence pour la
première fois en 1865 à travers les travaux de Gregor Mendel (1822-
1884), qui a constaté que chaque caractéristique extérieure d'une plante
correspond à un facteur héréditaire qui se transmet d’une génération à
l’autre, que chaque facteur se retrouve sous forme de deux exemplaires, et
que ces facteurs se comportent de manière indépendante, se réunissant ou
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se séparant au hasard à travers les générations. Il a surtout introduit de

façon précise les concepts majeurs de dominance et de récessivité.
Mais ses travaux ont été négligés et restèrent inconnus jusqu’au début du
20e siècle, où ils étaient appuyés par différents travaux menant à conclure
qu’il y a toujours deux chromosomes de même apparence dans un noyau
cellulaire, et qu’il ségrégent de la même façon que les « facteurs héréditaires
de Mendel », ce qui a permis de dresser la théorie chromosomique de
l’hérédité : que les « facteurs héréditaires », qui prennent enfin le nom de
« Gènes », sont portés par les chromosomes.
Les découvertes se sont enchaînées par la suite, concernant notamment, le

compte exact des chromosomes humains, l’établissement d’un lien entre les
handicape mentaux et les anomalies chromosomiques, mais aussi
concernant les bases de la biologie moléculaire, notamment, la découverte
des gènes comme plans de construction des protéines, ainsi que la structure
spatiale de l'ADN en double hélice, et le code génétique…etc. La figure 2
résume les principaux évènements de l’histoire de la génétique.
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Figure 2 : Principaux évènements de l’histoire de la génétique
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Cours de Génétique II Sciences de la vie - S5 Chapitre I
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Chapitre I : Génétique moléculaire et cytogénétique

I. Rappel : Matériel génétique : Rôle et structure
1. Rôle et emplacement du matériel génétique
Le matériel génétique, appelé également génome ou Acide

DésoxyriboNucléique (ADN), est une macromolécule qui joue un rôle central
dans la survie et le fonctionnement de la cellule et de l’organisme.
L’ADN est responsable de :
 La conservation de l’information génétique.

 La transmission fidèle de l’information génétique aux futures
générations.
 Modèle pour la transcription d’une grande partie de l’information
génétique en ARN (Acide RiboNucléique), en vue de fabriquer les
protéines de structure et les enzymes, qui sont indispensables au
maintien respectif de la construction cellulaire et des activités
métaboliques vitales de la cellule et de l’organisme.
Chez les eucaryotes, le matériel génétique se trouve principalement au

niveau du noyau des cellules. Celui-ci (noyau) constitue le siège des activités
nucléaires précitées ci-haut, et permet, via sa membrane nucléaire, de
préserver le génome contre toute agression externe (agression physique,
chimique ou biologique) ou interne (nucléases cytoplasmiques, les dérivés
oxygénés générés dans le cytoplasme…).
Il faut noter par ailleurs, qu’à côté du génome nucléaire, il existe une partie
du génome qui se trouve dans les mitochondries, on parle alors du génome
mitochondrial. Chez les organismes végétaux, il existe également de l’ADN
au niveau des chloroplastes.
2. Structure et organisation du matériel génétique
La molécule d’ADN (acide désoxyribonucléique) se présente sous forme de

deux brins enroulés l’un sur l’autre en double-hélice. Chaque brin est
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constitué d’une succession de nucléotides. Le nucléotide représente l’unité

de base du génome. Il est formé d’un désoxyribose (sucre de type pentose)
relié d’un côté à un groupement phosphate, et de l’autre côté à une base
azotée. Selon le type de bases azotées, on distingue 4 nucléotides différents,
adénosine (A), guanosine (G), thymidine (T) et cytidine (C), qui peuvent
être mono-, di-, ou triphosphate (Figure 3).
Figure 3 : Structure biochimique des 4 types de nucléosides
 Les 4 types de nucléotides s’enchainent dans un ordre bien déterminé et

bien conservé (chez l’espèce) pour créer les différents gènes, dont une
portion code pour les protéines de l’organisme (enzymes et protéines de
structure). L’espace entre les gènes contient des successions de nucléotides
dites non codantes.
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Au cours de la vie d’une cellule, l’ADN nucléaire se présente essentiellement

sous deux formes, une forme relâchée au cours de l’interphase, et une forme
hautement condensée lors de la métaphase.
La forme relâchée de l’interphase représente la chromatine. Il s’agit de la

double hélice d’ADN enroulée sur les protéines histones sous forme d’une
succession de nucléosomes en collier de perles.
Au cours du cycle cellulaire, l’ADN va se condenser et se compacter

davantage pour former, en métaphase, des structures bien organisées,
appelées chromosomes (figure 4).
Figure 4 : l’ADN sous forme relâchée (chromatine) et condensée (chromosome)
Chez les organismes diploïdes (2N), tels que l’humain, les différents
chromosomes s’organisent sous forme de paires similaires. Chaque paire
renferme un chromosome d’origine paternelle, et un homologue (une
deuxième copie) d’origine maternelle.
Les gamètes (ovules et spermatozoïdes) sont les seules cellules de l’organisme

diploïde qui sont à l’état haploïde (N chromosome), puisqu’ils subissent au
cours de leur maturation une division réductionnelle (méiose) qui leur
permet de garder une seule copie de chaque chromosome, et ce pour
pouvoir rétablir l’état diploïde du futur organisme après une fécondation.
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Il faut noter que le nombre des chromosomes est le même chez tous les
individus d’une même espèce, mais varie d’une espèce à l’autre. C’est le cas
également pour le nombre de copies (homologues) par type de
chromosomes. Chez le maïs, par exemple, il existe 20 chromosomes sous
forme de deux copies par type de chromosome (2N), alors que dans le cas
du blé tendre, il y a 42 chromosomes en total, avec 6 copies de chaque
chromosome (6N) (Figure 5).
Figure 5 : Nombres de chromosomes et de copies par espèce
Chez l’humain, en cas normal, il existe 46 chromosomes organisés sous

forme de 23 paires (2N). Les chromosomes des gamètes sont de nombre
de 23 avec une seule copie par type de chromosome (figure 6).
Figure 6 : Chromosomes d’une cellule (2N= 46) (à gauche) et d’un gamète
(N=23) (à droite) chez un organisme humain.
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II. Structure et morphologie des chromosomes
Les différentes paires de chromosomes, peuvent être reconnues et

distinguées, les unes des autres, par leur morphologie (apparence), qui
devient la plus nette et la plus distinctive au cours de la métaphase.
La technique qui permet d’analyser et de classer les chromosomes

métaphasiques s’appelle un « caryotypage », ou plus communément
« caryotype », ce dernier terme est utilisé également pour désigner le
résultat final après classement des chromosomes. Cette technique, qui sera
détaillée plus loin, se termine par le classement des chromosomes de chaque
cellule par paires et dans un ordre de longueur décroissant (des
chromosomes les plus longs vers les plus courts), on parle alors d’un
caryotype ou caryogramme.
Les 23 paires de chromosomes renferment une paire de chromosomes

sexuels appelés gonosomes, XX chez la femme et XY chez l’homme. Le reste
des chromosomes constituent des autosomes, chaque paire portant un
numéro spécifique de 1 à 22 selon son ordre de longueur par rapport aux
autres. Ainsi la formule finale du caryotype est représentée sous la forme
de 46,XX ou 46,XY.
Bien que différents, les 46 chromosomes partagent bien évidemment des

éléments de ressemblance. En effet, tous les chromosomes sont constitués
de deux chromatides (visibles ou non sur le caryotype), qui sont reliés par
un centromère. Les extrémités des chromatides représentent les télomères.
Le centromère est la région au niveau de laquelle se joignent les deux

chromatides, c’est également le lieu de fixation des kinétochores du fuseau
mitotique au cours de la division cellulaire.
Le centromère permet de diviser le chromosome en deux parties, on parle

de bras du chromosome. L’emplacement du centromère permet de
distinguer le bras court (p) du bras long (q). Dans un caryotype, le bras
court est toujours vers le haut, et le bras long en dessous du centromère.
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Les télomères des deux bras, court et long, sont respectivement nommés
par les abréviations pter et qter (ter pour terminal). Ils sont constitués de
séquences répétées mais très conservées. Leur rôle principal est d’empêcher
la fusion entre les chromosomes. Il faut noter qu’avec l’avancement dans la
vie, les télomères se raccourcissent, de telle façon que l’âge d’une personne
peut être déterminée rien qu’en analysant ses télomères.
Les principales différences morphologiques qui existent entre les

chromosomes, concernent essentiellement :
>> La longueur du chromosome,

>> La position du centromère,
>> La position des bandes sombres et claires obtenu après coloration
(marquage) lors de la technique de caryotype.
La longueur des bras est également un critère, mais qui est fonction de la
position du centromère. Celle-ci permet de déterminer l’indice
centromérique qui correspond à p/(q+p).
Selon l’indice centromérique, on peut distinguer trois catégories de

chromosomes :
>>Les chromosomes métacentriques, où p≈q. le centromère se situe au

centre de telle façon que les deux bras ont une longueur égale.
>>Les chromosomes acrocentriques, appelés également télocentriques, où

p≈0. Le centromère est en position distale, très proche des télomères, de
telle façon que la longueur du bras court est négligeable, ne portant souvent
aucun gène.
>>Les chromosomes sub-métacentrique avec 0<p<q. Le centromère est dit

excentré, il se trouve à une position entre le centre et l’extrémité, donnant
lieu ainsi à des bras de longueur différente, un bras p court et un bras q
long.
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Les chromosomes peuvent être subdivisés selon une classification encore plus
fine, donnant lieu à 7 groupes de A à G.
Tableau : Groupes des chromosomes
Groupe Chromosomes Nomenclature

A 1, 2, 3 Grand métacentrique
B 4, 5 Grand sub-métacentrique
C 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, X Médium sub-métacentrique
D 13, 14, 15 Medium acrocentrique
E 16, 17, 18 Médium sub-métacentrique
(plus petit que le groupe C)
F 19, 20 Petit métacentrique
G 21, 22, Y Petit acrocentrique
Au sein de chaque groupe, on peut différencier entre les chromosomes par

l’alternance des bandes sombres et claires (obtenus suite à l’étape de
marquage au cours de la technique de caryotype). Ce système de marquage
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permet de subdiviser chaque chromosome en régions, où chaque région est

subdivisée en bandes et chaque bande en sous-bandes.
Chaque bras est divisé, selon sa taille, jusqu’à quatre régions numérotées
depuis le centromère. Au niveau de chaque région, les bandes sombres et
claires sont numérotées en partant du centromère vers le télomère. Ce
système d’alternance de bandes permet également de donner aux gènes
une localisation universelle. Par exemple le gène SRY est situé au niveau de :
Yp11.3. Cette formule est lue de droite à gauche. Elle est prononcée : « la
sous-bande, 3 de la bande 1 de la région 1 du bras court, du chromosome
Y ».
III. Gonosomes et déterminisme sexuel
Au cours de la spermatogénèse, la méiose assure la ségrégation des
chromosomes X et Y dans deux populations de spermatozoïdes porteurs pour 50%
de chromosome X et pour 50% de chromosome Y. L'assortiment XX ou XY au
moment de la fécondation détermine le sexe génétique. Le chromosome Y a un
effet "dominant" dans le déterminisme sexuel quel que soit le nombre de X présents.
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Ainsi, au début de la vie d’un embryon, les deux sexes ne diffèrent que par
leurs génotypes. Ensuite, la présence du gène de déterminisme sexuel SRY situé
sur l’Y, active les voies moléculaires et hormonales dans le sens de différentiation
des organes génitaux et de la morphologie générale vers le sexe masculin.
Figure : Résultat de fécondation d'un ovule X par un spermatozoïde X ou Y.
Le chromosome X est le grand chromosome métacentrique, de taille de 154 Mb,
renfermant environ 931 gènes et qui est présent dans les cellules masculines en
un seul exemplaire, et dans les cellules féminines en deux exemplaires (excepté bien
évidemment les gamètes).
Pourtant, le deuxième chromosome X féminin n'aboutit pas à une « surproduction
» des protéines du fait du mécanisme de l'inactivation que subit aléatoirement l'un
des deux gonosomes féminins (paternel ou maternel) qui va se transformer en un
amas d'hétérochromatine dite corpuscule de Barr, sauf dans certain cas
d'anomalies où l'inactivation cible le X porteur d'anomalie au profit du deuxième
X normal.
Environ 15% des gènes du chromosome X échappent à l’inactivation, notamment,
les gènes de la région pseudo-autosomique PAR 1 et PAR 2 qui est commune à
l’X et à l’Y, ainsi que les gènes situés principalement sur le bras court de l’X.
Certains de ces gènes ont un équivalent fonctionnel sur l’Y, ce qui prouve la théorie
de compensation du dosage entre le matériel génétique féminin et masculin.
Le chromosome Y est le petit chromosome présent exclusivement et en une seule
copie chez l'homme et représente 1,5% à 2% de l'ADN total, il s'étend sur environ
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57 Mb renfermant 104 gènes dont les deux fameux gènes mâle-spécifiques, le
gène responsable de la spermatogénèse AZF, et le gène du déterminisme sexuel
SRY qui déclenche une cascade moléculaire aboutissant à la différenciation sexuelle
vers le phénotype masculin.
Grâce au gène SRY dominant, quel que soit le nombre de chromosomes X, la
différenciation se fait vers le sexe masculin lorsqu'un seul chromosome Y normal
est présent, comme le montre le tableau suivant :
Tableau : Relation génotype - phénotype
Il faut noter que seul 5% du chromosome Y (à proximité des télomères) peut se
recombiner avec le chromosome X, et que la zone autour des gènes déterminant
le sexe est inhibée, de telle sorte qu'aucun crossing-over avec le chromosome X ne
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soit possible à cet endroit, sans cela, des incohérences sexuelles apparaîtraient trop
fréquemment.
IV. Anomalies chromosomiques
Les anomalies chromosomiques représentent des variations génétiques qui

affectent les chromosomes donnant une apparence anormale au niveau du
caryotype, et se répercutant bien évidemment sur le phénotype, selon le lot
des gènes qui a été touché par l’anomalie.
Les anomalies chromosomiques peuvent être classées selon différents

critères. Selon le moment de la survenue de l’anomalie, on peut distinguer
trois catégories :
o Des anomalies constitutionnelles homogènes qui surviennent avant la

fécondation, lors de la formation des gamètes (au cours de la méiose).
L’anomalie, dans ce cas, sera présente dans toutes les cellules de l’organisme,
puisque la première cellule issue de la fécondation porte l’anomalie.
L’anomalie est dite germinale, puisqu’elle a touché une cellule de la lignée
germinale. Elle est dite également homogène puisqu’elle se trouve dans
toutes les cellules de l’organisme. Un exemple de formule chromosomique
en cas de d’anomalie homogène est, par exemple, [47,XY,+21].
o Des anomalies constitutionnelles en mosaïque qui surviennent après
fécondation, au cours des premières divisions embryonnaires mitotiques du
zygote. Dans ce cas pas toutes les cellules, mais une très grande proportion
des cellules de l’organisme héritera de l’anomalie, alors que le reste sera
normal, on parle d’un cas de mosaïcisme. Plus l’anomalie affecte une cellule
proche des premières divisions, plus elle touchera un spectre plus large des
cellules de l’organisme ; et plus l’anomalie surviendra dans des divisions plus
loin des premières, le spectre des cellules touchées sera plus réduit. Un
exemple de formule chromosomique en cas de mosaïcisme est, par exemple,
[46,XX/47,XX,+21].
o Des anomalies acquises qui surviennent après différentiation des tissus,
lors des divisions cellulaires mitotiques d’un tissu différencié (tissu d’un
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organe). Ce type d’anomalies touche exclusivement la lignée des cellules

issues de cette première cellule affectée au sein du tissu d’un organe donné.
Le reste des cellules de l’organisme reste intact. On parle alors d’anomalie
somatique ou clonale (touchant une cellule somatique, non germinale). Ce
sont des anomalies qui causent des cancers au niveau d’un organe local.
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Selon le type de l’anomalie, on peut distinguer deux grandes catégories :

des anomalies de structure et des anomalies de nombre.
1. Les anomalies de nombre
Les anomalies de nombre peuvent être soit des aneuploïdies (monosomies
ou polysomies) ou des polyploïdies. Les monoploïdies étant incompatible avec
la vie.
1.1. Aneuploïdie : Monosomie et polysomie
Les anomalies de nombres qui concernent un ou quelques chromosomes
(deux ou trois), appelées également ‘‘Aneuploïdie’’, se résument soit dans la
perte d’un chromosome entier, désignée monosomie, ou dans la présence
d’un ou quelques chromosomes surnuméraires, polysomie. Selon le nombre
de chromosomes en surplus, l’anomalie sera nommée trisomie, tetrasomie,
pentasomie…etc.
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Ce type d’aberration résulte essentiellement d’une non-disjonction de
quelques chromosomes au cours des divisions cellulaires. En effet, dans le cas
normal, d’une euploïdie, la disjonction des chromosomes se fait de telle
façon que chaque cellule fille reçoit un lot de chromosomes égale à celui reçu
par la cellule sœur, 23 chromosomes. Mais dans le cas d’une aneuploïdie,
lors de l’anaphase, un chromosome migre avec son homologue vers le même
pôle, créant un manque dans une cellule et un surplus dans l’autre.
Cette non-disjonction (homogène) peut se produire lors de la méiose des
gamètes masculins ou féminins, et peut survenir dans la première division,
comme au cours de la deuxième.
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Lorsque la monosomie touche un autosome, l’anomalie est fatale, et le fœtus

ne peut survivre. Seul la monosomies du gonosome X (45,X) qui est viable
et qui donne le syndrome de Turner.
Les trisomies des autosomes les plus fréquentes sont la trisomie 21

[47,XX,+21], la trisomie 18 [47,XY,+18], et la trisomie 13 [47,XX,+13].
La trisomie 21 est viable, mais les trisomies 13 et 18 sont généralement
fatales à l’enfance après un certain âge.
Les trisomies des gonosomes se présentent sous forme de :
[47,XXX] [47,XXY] [47,XYY]
Les tetrasomies (48 chromosomes) et pentasomies (49 chromosomes) ne

sont viables que lorsqu’elles concernent les gonosomes.
1.2. Polyploïdie
La polyploïdie constitue le cas où le surplus concerne tous les chromosomes.

Ainsi, une triploïdie est le cas où tous les chromosomes renferment un
homologue surnuméraire, la formule de caryotype peut être, selon les
gonosomes surnuméraires : 69,XXX ; 69,XXY ; ou 69,XYY. La tétraploïdie
est la présence de deux homologues surnuméraires chez tous les types de
chromosomes, et ainsi de suite.
Les triploïdies sont très fréquentes dans les avortements spontanés. Ce type
d’anomalie est dû à un accident menant au rassemblement de trois lots
haploïdes dans la même cellule. Cet accident peut survenir soit :
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>> Lors de la fécondation, comme dans le cas de la fécondation accidentelle

d’un ovule normal par deux spermatozoïdes normaux, phénomène appelé
« dispermie ».
>> Comme il peut résulter d’une fécondation normale entre un gamète

normal et un deuxième anormalement diploïde, ayant eu une non-
disjonction préalable lors de la formation des gamètes. On peut distinguer
alors la digynie qui correspond à un ovule anormalement diploïde fécondé
par un spermatozoïde normal (haploïde), et la diplospermie qui correspond
à la fécondation d’un ovule normal (haploïde) et un spermatozoïde
anormalement diploïde. LA dispermie et la diplospermie sont des
phénomènes de diandrie.
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2. Les anomalies de structure
Les anomalies de structure concernent la structure des chromosomes. Elles

sont dues principalement à des cassures chromosomiques suivies ou non par
des recollements anormaux. Ce type des anomalies de structure également
peuvent être classées selon différents critères. Notamment, selon s’elles sont
équilibrées ou non, selon le nombre de chromosomes concernés, et selon le
nombre de cassures.
2.1. Anomalies de structure équilibrées ou non-équilibrées
Les anomalies de structure équilibrées concernent les fragments

chromosomiques cassées qui se collent à un autre chromosome du même
lot, alors que les anomalies de structure non-équilibrées représentent le cas
où le fragment cassé ne se recolle pas sur un chromosome du même lot, ce
qui crée un déséquilibre, un manque d’un fragment chromosomique dans
un lot, et un fragment de plus dans un autre lot.
Ainsi, chez le porteur, le problème des anomalies de structure équilibrées

réside seulement dans la cassure qui peut toucher un gène codant, et le
rendre ainsi inactif. Par ailleurs, lors d’une méiose, ce type d’anomalies
aboutira à des gamètes déséquilibrés, ce qui engendrerait des anomalies
structurelles déséquilibrées chez la descendance, du fait qu’une partie d’un
chromosome pourrait migrer avec un autre chromosome auquel elle est
collée (après cassure), vers le pôle opposé à son chromosome d’origine.
Cependant, dans le cas d’anomalies de structure non équilibrées, le

fragment détaché est perdu, et ne fait plus partie du lot des chromosomes
contenant le chromosome cassé. L’impact de ce type d’anomalie sera
fonction de la nature des gènes perdus, mais aura très probablement un
impact chez le porteur lui-même en plus de sa descendance.
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2.2. Anomalies de structure concernant un seul chromosome
Les anomalies de structure qui concernent un seul chromosome peuvent

être soit une délétion, une anomalie d’isochromosome, une anomalie de
chromosome en anneau, une inversion ou encore une duplication.
a. Délétions (del)
La perte d’un fragment chromosomique crée une sorte de monosomie

partielle, qui est une aberration déséquilibrée. Il y a deux possibilités selon
le nombre de cassures :
>> Une délétion terminale : c’est la perte d’un fragment terminal suite à
une seule cassure au niveau d’un chromosome.
Délétion terminale d’un fragment chromosomique : 46,XX,4p-
>> Une délétion interstitielle ou intercalaire : consiste à la perte d’un

fragment depuis le milieu du chromosome, suite à deux cassures sur un
même chromosome suivies par la perte du fragment chromosomique
intermédiaire.
b. L’isochromosome (i)
Le cas de l’isochromosome consiste à la perte d’un bras entier et son

remplacement par un bras identique au bras restant. Le résultat de ce
remaniement et un chromosome avec deux bras identiques attachés par le
centromère. Ce type d’aberrations est très fréquent chez le chromosome X.
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Isochromosome : 46,X,i(Xq)
c. Le chromosome en anneau (r)
Le chromosome en anneau est formé par la présence de deux cassures sur

les deux bras du chromosome suivies par la fusion des deux extrémités du
fragment centromérique et la perte des deux fragments télomériques.
Chromosome en anneau : 46,XX,r(X)(p22.2q26)
d. Inversion (inv)
C’est un remaniement dans lequel il se produit deux cassures sur un même

chromosome suivies d’une inversion du fragment intermédiaire (rotaion de
27
__________________________________________________________________________________
180°), puis son insertion entre les deux fragments terminaux. Selon
l’emplacement des cassures, on peut distinguer :
>> Inversion paracentrique : les deux points sont sur le même bras.
>> Inversion péricentrique : le centromère se situe entre les deux cassures

qui surviennent chacune sur un bras différent.
Il s’agit d’un remaniement équilibré, mais ce type de chromosomes trouve

généralement des difficultés d’appariement au chromosome homologue lors
de la méiose, donnant lieu à des gamètes déséquilibrés.
Inversion paracentrique : 46,XY,inv(X)(q21q26)
28
__________________________________________________________________________________
Inversion péricentrique : 46,XY,inv(X)(p21q26)
e. Duplication (dup)
Les duplications sont des remaniements très rares qui aboutissent à des
trisomies partielles. Le fragment dupliqué est inséré soit en tandem soit en
miroir qui est en fait une duplication et inversion. Il s’agit d’un remaniement
déséquilibré.
29
__________________________________________________________________________________
Duplication en tandem
Duplication en miroir
2.3. Anomalies de structure concernant deux chromosomes ou

plus
Cette catégorie contient principalement les translocations, mais également

le phénomène d’insertion impliquant deux chromosomes.
a. Translocations réciproque (t)
La translocation réciproque consiste en un échange de fragments entre deux

chromosomes non-homologue dû à une cassure sur chacun des deux
chromosomes et rattachement de chaque fragment distal d’un chromosome
sur l’autre chromosome cassé.
30
__________________________________________________________________________________
Translocation réciproque : 46,XY,t(4;20)
b. Translocations Robertsonienne (rob)
Il s’agit de la fusion de deux chromosomes acrocentriques avec perte des

bras courts des deux chromosomes, mais souvent sans impact sur le
phénotype du porteur, car les bras perdus ne renferment généralement pas
de gènes codants. Il s’agit d’un remaniement équilibré, avec un caryotype à
45 chromosomes mais avec un phénotype normal. L’anomalie sera, par
ailleurs, observée chez la descendance.
Translocation Robertsonienne : 45X,XY,rob(13;14)(q10;q10)
31
__________________________________________________________________________________
c. Insertion chromosomique (ins)
Il s’agit de l’enlèvement d’un fragment intermédiaire depuis un

chromosome qui subit deux cassures et son insertion au milieu d’un
chromosome différent qui a subi une seule cassure.
2.4. D’autres anomalies chromosomiques : fragilité et instabilité

a. Fragilité chromosomique
La fragilité chromosomique correspond à un site bien définit au niveau d’un

chromosome qui est prédisposé aux cassures fréquentes. C’est le cas du site
Xq27.3. LA nomenclature est alors : 46,XY,fra(X)(q27.3).
b. Instabilité chromosomique
C’est la susceptibilité des chromosomes à faire des cassures et réaliser des

échanges entre chromosomes non-homologues. Ce profil à en forte tendance
à développer des tumeurs suite à ces aberrations fréquentes.
2.1. Règles de nomenclature
D’après les exemples d’anomalies chromosomiques exposés précédemment,

on peut conclure que la règle générale de la nomenclature d’un caryotype
se résume généralement dans les étapes suivantes :
o Déterminer le nombre total des chromosomes

o Déterminer la formule des gonosomes
o Détecter la présence possible d’anomalies de nombre ou de structure
o Identifier les chromosomes et les bras ou régions concernées par
l’anomalie
o Déterminer le type d’anomalie et noter son abréviation : i, r, t,
inv…etc.
o Formuler ces données dans l’ordre en les séparant par une virgule
sans laisser d’espace.
32
__________________________________________________________________________________
o Lorsqu’il y a un échange entre chromosomes, bras ou régions, il faut

mettre les deux éléments entre parenthèses, et les séparer par un
point-virgule.
o Lorsqu’il y a un chromosome ou bras de plus ou de moins, il faut
ajouter le signe + ou - à côté du chromosome ou bras concerné.
Voir les exemples cités ci-avant (titres des figures).
2.2. Impact des aberrations chromosomiques sur le phénotype
Les aberrations chromosomiques sont observées chez 6‰ des nouveau-nés,

elles constituent la cause de 7,5% des avortements spontanés.
Généralement, les remaniements non-équilibrés affectent tout un spectre
de gènes ce qui se répercute sur plusieurs systèmes de l’organisme, donnant
lieu à un retard mental sévère, une dysmorphie (visage avec des anomalies
phénotypiques), anomalies des membres, des poly-malformations
(malformations à plusieurs sites), des malformations au niveau des organes
internes ou/et retard de croissance…etc.
V. Méthodes d’analyse des chromosomes

1. Introduction
L’ADN est une molécule précieuse qui est bien protégée à l’intérieur du
noyau, et qui est hautement conservée de toute variation le long de la vie
d’une cellule, et surtout au cours des divisions cellulaires. Car toute erreur
(lors de la duplication du génome ou en cas de tout accident) aboutissant
à un changement dans l’ordre des nucléotides (pouvant concerner parfois
même un seul nucléotide !) pourrait entrainer des dégâts considérables au
niveau de l’organisme. Ceci est dû principalement au mal-fonctionnement
ou non-fonctionnement du gène ou des gènes affecté(s) par cette variation.
Ces dégâts s’appellent des « maladies génétiques », et peuvent se répercuter
sur un seul ou peu d’organes, comme elles peuvent affecter tout l’organisme,
selon l’étendu et l’impact de la variation.
33
__________________________________________________________________________________
En effet, les variations (erreurs) génétiques qui causent les maladies

génétiques, peuvent concerner un seul ou peu de nucléotides, et sont
appelées variants ou plus communément mutations ; comme elles peuvent
s’étendre sur des milliers à des millions de paires de bases (nucléotides),
affectant toute une région chromosomique voire tout un chromosome, et
sont appelées aberrations ou remaniements chromosomiques.
Afin de détecter ces variations anormales en vue d’expliquer un phénotype
anormal ou une maladie génétique observée, les chercheurs ont mis en place
différentes techniques d’analyse, chacune convient à un type précis de
variations, en termes de résolution.
Il existe actuellement quatre principales techniques de laboratoire qui
permettent de détecter les aberrations chromosomiques de structure ou de
nombre : le caryotype, la FISH (l’hybridation in-situ fluorescente), la MLPA
(multiplex Ligation dependent Probe Amplification), la CGH-Array
(Comparative Genomic Hybridization-Array) qui est appelée en français
ACPA (Analyse Cytogénétique sur Puce d’ADN), et une variante de cette
dernière technique qui est la SNP-Array. Chacune à une résolution bien
déterminée.
Le choix de la technique dépend de la résolution que l’on recherche, c’est-
à-dire, le niveau de détection : superficiel ou profond, concernant le
génome entier ou ciblant une partie précise. Le choix de la bonne technique
est également fonction de la maladie génétique observée et de sa cause
cytogénétique la plus suspectée. Car chaque maladie est caractérisée par un
phénotype qui laisse suspecter une anomalie chromosomique ou génétique
bien déterminée.
C’est le médecin généticien (Génétique Médicale : une spécialité en
médecine) qui évalue le phénotype et prescrit le test approprié parmi ces
techniques, et qui va permettre de confirmer sa suspicion élaborée
initialement lors de l’examen clinique.
34
__________________________________________________________________________________
Généralement, une analyse cytogénétique (en vue de chercher des
aberrations chromosomiques) ou génétique (en vue de recherche de
mutations géniques) est demandée en cas de malformation congénitale
(observée à la naissance), retard mental, problème de reproduction
(oligozoospermie ou azoospermie, aménorrhée primaire ou secondaire), ou
en cas de cancer.
1. Nature de l’échantillon et prélèvement

L’échantillon le plus couramment utilisé pour les analyses cytogénétiques est
le sang, ou plus précisément les leucocytes (lymphocytes) sanguins.
Cependant d’autres échantillons peuvent être utilisés selon le besoin. C’est
le cas des cellules de moelle osseuse, de cellules tumorales, ou des cellules
amniotique.
L’échantillon doit être prélevé dans des conditions aseptiques, puis déposé
dans un tube stérile contenant un anticoagulant approprié.
L’anticoagulant doit être compatible avec les cellules vivantes si la technique
qui sera réalisée par la suite nécessitera une culture cellulaire préalable. C’est
le cas des techniques de caryotype et FISH. Dans ce cas le sang doit être
déposé dans un tube contenant l’héparine (tube hépariné à couvercle vert).
Si aucune culture ne sera réalisée, et que l’ADN sera directement extrait
après prélèvement, le tube approprié pour le prélèvement c’est celui
contenant l’EDTA (à couvercle mauve).
2. Technique de caryotype métaphasique (cytogénétique classique)

Le caryotype métaphasique ou technique de cytogénétique
classique/conventionnelle est une technique qui permet d’obtenir une
microphotographie des chromosomes métaphasiques tels qu’ils sont à l’intérieur de
la cellule. Par la suite, une étape de classement des chromosomes de chaque cellule
est nécessaire pour pouvoir détecter les éventuelles anomalies.
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__________________________________________________________________________________
Avant de pouvoir visualiser et classer les chromosomes, il faut tout d’abord passer
par différentes étapes qui permettent d’extraire et colorer le lot chromosomique
de chaque cellule sans les mélanger avec d’autres lots chromosomiques, ou causer
des cassures ou pertes au cours de la technique.
Les principales étapes du caryotype sont :
o Culture cellulaire à 37°C pendant 72 heures (3 jours) dans un milieu
de culture riche en éléments nutritifs, en présence d’antibiotique et
d’un agent à fort pouvoir mitogène, la phytohémaglutinine (PHA), ce
dernier est utilisé pour stimuler un maximum de divisions cellulaires.
o Blocage des divisions cellulaires en métaphase par Colchicine, qui
bloque les fuseaux mitotiques.
o Choc hypotonique par une solution hypotonique de KCl 0.065 M qui
sert à éclater les cellules.
o Fixation des lots chromosomiques par un agent fixateur formé de
méthanol et acide acétique (3:1), appelé Carnoy I.
36
__________________________________________________________________________________
o Etalement déshydratation : Etalement des gouttes de la préparation
chromosomique sur une lame dans des conditions de température de
22°C ± 2 et d'humidité d'au moins 45% ± 5. Suivi d’une
déshydratation des chromosomes par incubation des lames à 37°C
pendant 2 à 4 jours pour fragiliser les liaisons hydrogènes qui lient
les deux brins d'ADN, comme préparation à l'étape de dénaturation.
o Marquage des bandes. Il existe différentes méthodes de marquage
selon le principe utilisé. Mais, généralement ces méthodes se basent
toutes sur un principe de rupture de certaines liaisons hydrogènes
suivie d’une coloration pour crée l’alternance de bandes sombre et
claires :
o Les bandes R : le marquage est réalisé par dénaturation thermique
ménagée (temps réduit) à 87°C en présence d’une solution saline
qui est l’Earl, suivie d’une coloration au Giemsa (7%). Ainsi, les
liaisons A = T dénaturées dans l'étape précédente ne peuvent plus
absorber le colorant et apparaissent claires sous microscope, alors
que les liaisons G ≡ C qui ont résisté à la dénaturation, absorbent
le colorant et apparaissent sombres sous microscope. Ce qui donne
cette alternance de bandes sombres et claires, respectivement,
selon les zones riches en G/C ou A/T.
o Les bandes G : la dénaturation est enzymatique par trypsine, suivie
d’une coloration au Giemsa.
o Les bandes Q : les chromosomes sont colorés par la Quinacrine, qui
est un fluorochrome spécifique des bases A et T.
>> Il faut noter que les bandes G et Q donnent une alternance de bandes
inversée par rapport aux bandes R.
o Les bandes C, T ou NOR : ce sont des marquages qui visent des
régions bien déterminées des chromosomes, respectivement les
37
__________________________________________________________________________________
centromères, les télomères et les organisateurs nucléolaires (des
sites chromosomiques où se trouvent les gènes ribosomaux, qui
codent pour l'ARN ribosomique).
o Une fois le marquage est réalisé, les lames peuvent être visualisées
sous microscope optique à un agrandissement 1000X. Dans le but de
faciliter l’analyse des chromosomes, le microscope est généralement
relié à un ordinateur contenant un logiciel qui aide à mieux visualiser
et aussi classer les chromosomes sous la forme du caryotype classique.
La technique de cytogénétique conventionnelle ou classique (caryotype) est
consacrée à des remaniements de nombre ou de structure supérieurs à 5
Mb. Des remaniements plus petits ne sont pas détectés par le caryotype.
38
__________________________________________________________________________________
3. Technique d’hybridation in situ fluorescente (FISH)
(cytogénétique moléculaire)
La technique d’hybridation in situ fluorescente (FISH) est une technique qui
permet de détecter des remaniements plus fins que le caryotype, la
résolution est généralement entre 5 Mb et 100 kb. Cette technique cible
précisément des régions de chromosomes que l’on suspecte être aberrées.
Ceci est possible grâce à des sondes fluorescentes spécifiques qui vont
s’hybrider aux régions complémentaires ciblées, et qui permettent de
renseigner sur la présence ou l’absence du fragment suspecté.
La région ciblée par la sonde fluorescente peut être un locus spécifique, une
partie télomérique ou centromérique, ou encore un chromosome entier, on
parle alors de peinture chromosomique.
Les principales étapes de la FISH sont :
o Préparation de la lame contenant les lots chromosomiques étalés. Les
étapes pour obtenir ces lames sont les mêmes que celles détaillées
dans la technique du caryotype (culture, blocage, choc hypotonique,
fixation, étalement).
o Traitement de la lame par des solutions de lavage et de pepsine pour
éliminer les impuretés, puis déshydratation par éthanol.
o Dépôt de la sonde fluorescente.
o Dénaturation de l’ADN et des sondes à 73°C
o Hybridation (renaturation) des sondes avec les régions
complémentaires à 37°C.
o Lavages de la lame pour éliminer les traces des sondes non hybridées.
o Contre coloration des chromosomes au DAPI (4′6′-diamidino-2-
phenylindole) donnant une coloration bleutée.
39
__________________________________________________________________________________
o Visualisation des lots chromosomiques marqués sous microscope à épi-
fluorescence, équipés de filtres spécifiques permettant de détecter les
fluorochromes utilisés.
40
__________________________________________________________________________________
Technique CGH-Array (cytogénomique)
La CGH-array ou puce d’hybridation génomique comparative est appelée
également ACPA pour « analyse chromosomique sur puce à ADN ». C’est une
technique d’analyse à haut débit des variations de copies de séquences d’ADN (CNV
pour Copy Number Variation) sur puces (microarray) qui permet de détecter les
remaniements chromosomiques déséquilibrés (délétion, duplication…). C’est une
technique qui permet de détecter des anomalies chromosomiques allant jusqu’à 5
à 10 kb.
Principe :
Le principe de la CGH-array se résume dans la comparaison de la quantité de
chaque région chromosomique entre l’échantillon du patient (suspecté contenant
des duplications ou délétions) et un témoin normal. La technique consiste à
fragmenter les deux ADN, et marquer les fragments de chaque échantillon par un
fluorochrome différent, généralement l’ADN témoin est marqué par le rouge
(rhodamine) et l’échantillon du patient suspecté est marqué par le vert
(fluorescéine), Ensuite le mélange des deux ADN est déposé sur la puce à ADN.
Cette dernière est une lame en verre sur laquelle sont fixées de nombreuses sondes
qui couvrent l’ensemble des régions du génome.
41
__________________________________________________________________________________
Les sondes sont réparties sur la lame sous forme de spots, avec chaque spot
contenant plusieurs copies de la même sonde pour permettre une meilleure
visibilité lors de l’analyse. Ainsi, les différents fragments d’ADN du témoin et de
l’échantillon vont s’hybrider avec les sondes complémentaires à leurs séquences. A
la fin, chaque spot contiendra des sondes hybridées avec les deux types d’ADN,
ensuite la fluorescence émise par les deux ADN (échantillon suspecté et témoin)
sera détectée par un ordinateur qui va analyser l’intensité des spectres issus de
chaque spot. Ainsi, pour chaque spot (qui correspond à une région
chromosomique), il y aura trois principales possibilités :
>> Les deux fluorochromes rouge et vert sont détectés avec la même intensité
donnant une coloration orange (mélange des deux colorations), cela signifie que les
deux régions sont présentes sur les deux ADN avec le même nombre de copies.
>> La couleur du spot tend vers le rouge, cela montre que le fluorochrome vert
n’est pas ou peu détecté et que le fluorochrome rouge parait en excès, ce qui
signifie qu’il y a une délétion dans cette région au niveau de l’échantillon suspecté.
>> Le spot tend vers le vert, cela montre que le fluorochrome vert est en excès
par rapport au fluorochrome rouge (le rouge étant obligatoirement présent
42
__________________________________________________________________________________
puisqu’il reflète le témoin, normalement non délété). Ceci signifie qu’il y a une
duplication à cette région chez l’échantillon suspecté.
Il faut noter que le signal des fluorochromes est analysé par un ordinateur qui
calcule, pour chaque spot, le rapport d’intensité entre les deux fluorochromes
détectés. Le résultat pourrait, alors, être présenté sous forme de courbe allongée
le long du chromosome et reflétant le nombre de copies détecté en comparaison
avec le génome témoin. De telle façon que les hausses de la courbe représentent
les duplications et les basse reflètent les délétions, alors que les fluctuations qui se
trouvent incluses entre deux lignes seuils restent acceptables et reflètent un
nombre normal de copies.
43
__________________________________________________________________________________
Profil de CGH-array montrant une délétion chromosomique
Profil de CGH-array montrant une duplication chromosomique
Remarque : il existe une méthode plus ancienne dite CGH métaphasique, où les
hybridations se font directement sur les chromosomes fluorescents, donnant
44
__________________________________________________________________________________
comme résultat soit des chromosomes orange, rouges ou verts. Le CGH
métaphasique est remplacé actuellement par le CGH-array.
Il y a également une autre variante de cette technique appelée SNP-array (Single
Nucleotide polymorphism-array), qui sert à détecter les mutations ponctuelles ou
polymorphismes, et dans laquelle, chaque sonde est complémentaire à un allèle
spécifique. Les hybridations qui vont se faire au cours de la technique vont
renseigner sur la nature des allèles présents sur le génome d’une personne donnée.
4. Technique de MLPA (génétique moléculaire)
La MLPA (multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification) est une technique
qui permet de déterminer le nombre de copies d’une séquence donnée et détecter
les remaniements déséquilibrés, délétions et duplications, en se basant sur
l’amplification par PCR de sondes hybridées.
La technique se base sur deux sondes qui s’hybrident à deux séquences adjacentes
sur la partie où on suspecte une aberration. Chaque sonde est composée de deux
parties : une partie centrale complémentaire à la séquence recherchée, et une
deuxième partie, vers l’extrémité, qui est non complémentaire. Cette dernière
servira pour l’hybridation d’amorces universelles lors d’une amplification ultérieure
(voir la figure).
Si la région ciblée est présente sur le génome, les deux sondes adjacentes vont
s’hybrider à la bonne température, une ligase est ensuite utilisée pour souder les
deux sondes adjacentes pour former une seule. Ensuit commence une amplification
par PCR en utilisant les deux amorces fluorescentes complémentaires aux
extrémités. Le nombre de copies sur le génome est déterminé par la quantité de
fluorescence détectée.
Si la région ciblée est absente (délétion sur les deux chromosomes) les deux sondes
ne peuvent se lier, et aucune amplification ne pourra avoir lieu. L’absence de
fluorescence indique la délétion au niveau de la partie ciblée.
45
__________________________________________________________________________________
Si la région recherchée est délétée sur un seul chromosome, l’intensité de
fluorescence détectée sera réduite à 50%.
Grâce à la variation de longueur des sondes (séquences stuffer), plusieurs régions
différentes peuvent être ciblées en même temps (jusqu’à 40-50 régions). Pour cela
une étape de séparation des produits amplifiés sera nécessaire.
46
__________________________________________________________________________________
Principales étapes de la MLPA :
o Dénaturation de l’ADN et des sondes (qui sont mis dans un même tube) par un
chauffage à 98°C.
o Hybridation des sondes à une température adéquate.
o Ligation des sondes adjacentes par une ligase.
o Amplification par PCR des sondes ligaturées. Les amorces universelles utilisées sont
marquées par la fluorescence (portent des fluorochromes) qui sera quantifiée par la
suite.
o Séparations des sondes amplifiées selon leur poids moléculaire (taille) via une
électrophorèse capillaire.
o Détection et quantification de fluorescence. Chaque fragment est détecté par
l’ordinateur sous forme de pic. Ensuite la fluorescence émise par chaque sonde est
quantifiée
o Analyse des données. La quantité de fluorescence est comparée à un échantillon de
référence dont le nombre de copies est connu. Généralement, la présence d’une
copie par chromosome homologue chez le patient et le témoin simultanément
correspond à un ratio de 1.
>> Si le ratio de la région ciblée est inférieur à 1, cela indique une délétion.
>> Si ce ratio est supérieur à 1, cela signifie une duplication.
>> Si ce ratio égale à 1 cela montre qu’il n’y a pas de remaniement déséquilibré.
Profil de MLPA montrant une délétion en comparaison avec un échantillon de
référence
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__________________________________________________________________________________
5. Comparaison entre les techniques d’analyse chromosomique
Caractéristiques Caryotype FISH CGH-array MLPA
Méthode de - Marquage - Hybridation - Hybridation - Amplification
révélation des bandes, de sondes des sondes fixées par PCR des
fluorescentes, avec des sondes hybridées
fragments ADN avec des amorces
fluorescents. fluorescentes
Matériel étudié - Sur - Sur - Sur ADN - Sur ADN
chromosomes chromosomes dénaturé dénaturé
intacts, intacts
Etendu de - Analyse de - Analyse de - Analyse de - Analyse de
l’analyse tous les régions ciblées tous les régions ciblées
chromosomes chromosomes
- Culture - Sans culture
Nécessité de - Culture - Sans culture
cellulaire cellulaire
culture préalable cellulaire cellulaire
Catégorie de Cytogénétique Cytogénétique Cytogénomique Biologie
technique classique moléculaire moléculaire
Résolution 5 Mb 100 kb 5 kb 50 pb
maximale
Type de Equilibrés et Equilibrés et Déséquilibrés Déséquilibrés
remaniements déséquilibrés déséquilibrés
détectés
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VI. Mutations génétiques

1. Introduction
Certaines aberrations génétiques n’altèrent pas la forme des chromosomes

(en termes de nombre ou de structure). L’apparence des chromosomes de
la personne sera alors normale. C’est le cas des mutations qui concernent
un ou peu de nucléotides (dizaines de paires de bases). Ce type de variations
nécessite des techniques plus profondes et plus précises pour pouvoir les
détecter. La résolution atteint 1pb.
Les Mutations peuvent être classées selon plusieurs critères, notamment,

selon la nature de la variation, le type des cellules atteintes, l’effet sur la
séquence peptidique, entre autres.
2. Types de mutations
1.2. Selon le type des cellules affectées
Selon le type des cellules affectées, on peut distinguer les mutations

germinales ou somatiques :
o Mutations germinales, qui touchent les cellules de la lignée germinale.

Lorsqu’un gamète muté est fécondé, toutes les cellules de l’organisme
issu de cette fécondation contiendront la mutation.
o Mutations somatiques, qui touchent des cellules autres que les cellules
germinales. Ces mutations, à l’intérieur d’un organisme, ne touchent
que le tissu issu d’une cellule initialement mutée. Ce type de mutations
est à l’origine des tumeurs et des cancers.
1.3. Selon la nature de l’anomalie
Selon la nature de l’anomalie, on peut distinguer les principales classes de

mutations : Substitutions, délétions, insertion, duplication.
o Substitution : c’est le changement d’un nucléotide par un autre

différent. Changement de A par C, T ou G…etc.
49
__________________________________________________________________________________
o Délétion : c’est la perte d’un nucléotide, ou une série de nucléotides,

qui sont normalement présents à cet emplacement chez une personne
normale.
o Insertion : c’est l’ajout d’un ou plusieurs nucléotides à un
emplacement où ils sont normalement absents chez une personne
normale.
o Duplication : c’est une insertion d’un nucléotide ou une série de
nucléotides qui sont identiques à la séquence nucléotidique adjacente.
>> Notion de décalage du cadre de lecture : Il faut noter que les mutations
de type insertion ou délétion (indel) risquent de ne pas affecter que l’acide
aminé correspondant. Si le nombre des nucléotides insérés ou délétés n’est
pas un multiple de 3 (3, 6, 9….etc.), il se produit un décalage du cadre de
lecture, de telle façon que tous les acides aminés qui serons en aval de la
mutation, ne seront plus les mêmes que ceux de la protéine initiale.
1.4. Selon la nature biochimique de substitution
Selon la nature biochimique des nucléotides échangés, on peut distinguer :
o Transition : la base du nucléotide échangé reste toujours de même

nature biochimique soit purique ou pyrimidique. Par exemple
changement de A par G et vice-versa, les deux sont des bases
puriques ; ou encore, changement de C par T et vice versa, les deux
étant de même nature pyrimidique.
o Transversion : la base du nucléotide substitué change de catégorie

moléculaire, on assiste alors au changement d’un nucléotide à base
purique par un autre à base pyrimidique et vice-versa. Par exemple
substitution de A par T, ou C par G.
1.5. Selon l’effet sur la séquence peptidique
Selon l’effet sur l’acide aminé et la séquence peptidique (protéine) il existe

des mutations :
50
__________________________________________________________________________________
o Faux sens, qui aboutissent au changement de l’acide aminé par

un autre différent
o Non-sens, qui aboutissent au changement de l’acide aminé
correspondant par un codant parmi les codons stop (AUG,
UGA, UAA), ce qui finit par la formation d’une protéine
tronquée, dont la séquence peptidique s’arrête d’une façon
prématurée.
o Silencieuses ou synonymes, qui ne cause aucun changement sur
la séquence peptidique, la protéine est alors normale.
1.6. Selon l’impact sur la fonction protéique
o Mutation à perte de fonction, qui provoque le

dysfonctionnement de la protéine.
o Mutation à gain de fonction, qui provoque l’activation continue

de la protéine
1.7. Selon l’impact sur le phénotype
Selon l’impact phénotypique, on distingue :
o Mutation pathogénique, qui se situe souvent dans des gènes

codants et touche un nucléotide très important. La mutation
pathogène aboutit généralement à un changement d’un acide
aminé qui joue un rôle primordial dans la fonction de la
protéine. Selon l’importance de l’acide aminé touché, et du gène
affecté, l’impact phénotypique pourrait être grave ou réduit.
o Mutation bénigne ou non-pathogène, qui touche une séquence

non codante, ou un gène codant mais l’anomalie ne change pas
l’acide aminé correspondant.
o Mutation de signification incertaine, qui fait changer l’acide

aminé mais celui-ci n’est pas si important pour la fonction de
la protéine, ou que l’effet de la mutation n’est pas prouvé.
51
__________________________________________________________________________________
1.8. Selon l’emplacement de la mutation
Selon l’emplacement de la mutation au niveau de l’ADN on peut distinguer :
o Mutation exonique, située dans un exon

o Mutation intronique, située dans un intron
o Mutation située au niveau des jonctions intron-exon, touchant les
sites d’épissages. Ce type de mutations risque de perturber l’épissage,
entrainant le saut de tout un exon lors de la maturation de l’ARN
messager.
o Mutation située dans les séquences promotrices et régulatrices, en
amont des gènes. Ce type de mutations risque de perturber le taux
d’expression d’un gène, provoquant une surexpression ou une
répression (inhibition de l’expression).
1.9. Selon le nombre de copies sur les chromosomes homologues
Selon le nombre de copies de l’allèle muté au niveau de son locus sur les
chromosomes homologues, on peut distinguer :
o Mutations hétérozygotes, qui sont présentes en une seule copie, soit

sur l’homologue paternel ou maternel
o Mutation homozygote, qui est présente sur les deux homologues.
o Mutation hétérozygote composée, correspond au cas où chaque allèle
porte une mutation différente sur le même gène.
Il faut noter que l’impact final des mutations homozygotes ou hétérozygotes

sur le phénotype dépend principalement du profil du gène en termes de
dominance/récessivité, pénétrance et expressivité.
1.10. Selon le statut héréditaire
Selon le statu héréditaire, on peut distinguer :
Mutation héréditaire : qui est héritée de l’un des parents
Mutation sporadique : appelée également de novo, qui est survenu chez

l’individu pour la première fois, il ne l’a pas hérité de ses parents.
52
__________________________________________________________________________________
1.11. Selon la fréquence dans la population
Selon la fréquence de la variation dans la population, on distingue :
o Un polymorphisme, qui est une variation génétique assez fréquente

dans la population, allant de plus d’une personne par 100 individus
jusqu’à être l’aspect le plus présent dans une population.
o Une mutation qui est assez rare, touchant moins de 10 personnes sur
mille individus (<1/100) alors
Il faut noter qu’en plus de la fréquence, il existe d’autres critères qui
permettent de distinguer entre polymorphisme et mutation. Ainsi, le
caractère pathogène de la variation et son mode de ségrégation avec
la maladie jouent également un rôle dans la nomenclature
mutation/polymorphisme, par exemple, généralement, un
polymorphisme ne peut être pathogène. De même, si le variant ne
suit pas toujours la maladie à travers les générations d’une famille, il
sera difficile de le considérer comme mutation responsable de la
maladie, il sera alors considéré comme étant un polymorphisme qui
n’a probablement pas d’impact sur le phénotype.
Remarque : il existe d’autres remaniements d’ordre génétique, qui ne

s’étalent pas sur des grandes régions pour être classés parmi les
remaniements chromosomiques, ou qui sont plus complexes. C’est le cas,
notamment, des duplications, insertions ou inversions (d’une centaine de
paires de bases), les expansions instables de trinucléotides, les gènes de
fusion, les éléments génétiques mobiles (transposons), les défauts de
l’empreinte parentale…etc.
53
__________________________________________________________________________________
3. Nomenclature des principaux types de mutations
3.1. Nomenclature générale
La nomenclature des mutations est composée de trois éléments, la

référence, la position, et le changement observé.
 La référence
La nomenclature des mutations se fait en se référant soit au génome, au
transcrit ou à la protéine. Ainsi, une lettre minuscule (suivie d’un point)
sera donnée selon la référence choisie, g : pour séquence génomique, c : pour
séquence codante (c’est-à-dire le transcrit), ou p pour séquence protéique.
 La position
La position sera alors comptée à partir du premier monomère (nucléotide
ou acide aminé) de la référence choisie ; en considérant la méthionine (acide
aminé initiateur) comme étant l’acide aminé n°1 en cas de séquence
protéique ; ou encore, le A de l’ATG (codant initiateur), comme étant le
nucléotide N°1, en cas du transcrit …etc.
 Le changement observé
La nomenclature contiendra également le résidu initial et final, qui va
dépendre de la référence choisie.
>> S’il s’agit de la protéine, la nomenclature contiendra alors l’abréviation
de l’acide aminé initial et final après changement, la position sera mise
alors entre l’acide aminé initial et celui après substitution (voir l’exemple) ;
>> S’il s’agit de la séquence codante ou le génome, il faut mettre les
nucléotides initial et final après le numéro de la position, séparés par « > ».
Exemples de nomenclature :
Référence protéique : p.Arg350Ala (ou p.R350A, selon l’abréviation faite
d’une seule lettre).
Référence codante : c.500T>G.
Référence génomique : g.1560A>T.
54
__________________________________________________________________________________
3.2. Nomenclatures particulières
a. Mutation intronique
Lorsque la référence choisie est le génome, la nomenclature de la mutation
intronique sera selon la règle détaillée ci-haut. Par contre si la référence
choisie est le transcrit, puisque la variation intronique ne se trouve pas sur
le transcrit, le positionnement de la mutation se fait par rapport au
nucléotide codant le plus proche (soit le premier nucléotide de l’exon
suivant, ou le dernier nucléotide de l’exon précédant l’intrant contenant la
mutation.
Exemple : c.660+13A>G c.403-7C>A
Dans le cas de mutation intronique, il n’y a pas de nomenclature protéique,
car la mutation intronique se situe dans un emplacement non codant.
b. Mutation synonyme ou silencieuse

Dans le cas de la mutation synonyme, la nomenclature protéique montrera
que l’acide aminé n’a pas changé (les autres nomenclatures se feront selon
la règle générale).
Exemple : p.Val34Val (p.V34V) ou encore : p.Val34= (p.V34=)
c. Mutation non-sens
En cas d’une mutation qui entraine le changement de l’acide aminé par un
codon stop, l’acide aminé final sera représenté par ter ou *.
Exemple : p.Lys57ter (p.K57*)
d. D’autres nomenclatures
Chaque type de mutation a sa propre nomenclature selon s’il s’agit d’une
délétion, Insertion, duplication ou un décalage de cadre de lecture. Le
tableau suivant montre les exemples des principales nomenclatures.
55
__________________________________________________________________________________
VII. Méthodes de détection des mutations
Il existe plusieurs méthodes de détection des mutations, notamment la
technique de séquençage. Celle-ci nécessite une amplification préalable du
fragment à séquencer par la technique de PCR (réaction de polymérisation
en chaine). Ces techniques et d’autres seront abordées en détail dans le
module de la biologie moléculaire.
1. PCR
La PCR, ou réaction de polymérisation en chaîne (PCR), est une technique
qui permet d'amplifier in vitro une séquence spécifique d'un ADN donné
grâce à une enzyme ADN polymérase thermorésistante (Taq polymérase)
afin d’obtenir une quantité suffisante susceptible d’être détectée et étudiée.
56
__________________________________________________________________________________
La technique de PCR renferme deux parties majeures :
 La préparation du mix, qui consiste à mettre l’ADN avec les différents
réactifs (Taq polymérase, tampon, ions Mg2+, Amorces, dNTP) dans
un même tube.
 L’amplification en chaine via un programme thermique permettant
de soumettre le fragment d’ADN ciblé à des cycles de dénaturation
des brins > hybridation des amorces > élongation par la Taq
polymérase.
L’amplification successive du fragment d’ADN ciblé suit une courbe
exponentielle, ce qui donne une quantité suffisante pour réaliser d’autres
analyses sur le fragment amplifié, notamment, le séquençage.
Cycles de PCR: (1) dénaturation - (2) Hybridation - (3) élongation
2. Séquençage
Le séquençage est un procédé qui permet d'obtenir la séquence nucléotidique
exacte d'un fragment d'ADN. Initialement appliquée par Fréderick Sanger,
cette technique a reconnu, depuis, un énorme progrès consistant en
l'utilisation de kits spécifiques, marquage par quatre types de
fluorochromes, automatisation du processus.
57
__________________________________________________________________________________
Cette technique, comme la PCR, se base au début sur l’amplification du
fragment d'ADN que l'on désire séquencer par une Taq polymérase. Sauf
que dans cette réaction on ajoute en plus des 4 dNTP une quantité des 4
ddNTP (didésoxyribonucléotides). Il s’agit de nucléotides dont le groupement
OH du carbone 3' du désoxyribose est remplacé par un atome d'hydrogène
de façon à bloquer la réaction d'élongation chaque fois qu’ils sont incorporés.
Chaque type de ddNTP est marqué par un fluorochrome différent qui
servira à l’identifier.
A chaque fois un ddNTP est incorporé la polymérisation s’arrête. Le
fragment prématurément libéré se termine, alors, par un ddNTP
fluorescent. A la fin de tous les cycles, des fragments de différentes tailles
sont générés, selon le moment de l’incorporation du ddNTP marqué.
A la fin de ce processus, le séquenceur (appareil de séquençage) permettra,
alors, de séparer les fragments générés selon leur taille via une
électrophorèse sur un gel de polyacrylamide. Ensuite, il va détecter la
fluorescence émise par le dernier nucléotide (ddNTP). Les 4 nucléotides sont
marqués par des couleurs (fluorochromes) différents, ce qui permet
d’identifier les bases, et établir l’ordre des nucléotides du fragment
séquencé.
58
__________________________________________________________________________________
Principe du séquençage classique
La séquence obtenue est par la suite comparée à une séquence du génome
normal pour identifier les mutations présentes sur le fragment d’ADN
étudié, en utilisant des logiciels bioinformatiques.
59

Génétique II Chap I SV-S5

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Royaume du Maroc

Université Sultan Moulay Slimane

Filière : Sciences de la Vie

III. Histoire de la génétique

Chapitre I : génétique moléculaire et Cytogénétique

II. Structure et morphologie des chromosomes

III. Gonosomes et déterminisme sexuel

IV. Anomalies chromosomiques

V. Méthodes d’analyse des chromosomes

VI. Mutations génétiques

VII. Méthodes de détection des mutations

Chapitre II : Génétique humaine

I. Rappel des notions basiques de l’hérédité

II. Maladies génétiques et Arbre généalogique

III. Modes de transmission des maladies génétiques monogéniques

IV. Maladies mitochondriales

V. Maladies liées à l’empreinte parentale

VI. Maladies issues d’aberrations chromosomiques

VII. Notions de dépistage néonatal, diagnostic préimplantatoire et conseil

Chapitre III : Génétique des populations

II. Fréquences alléliques et génotypiques

III. Population idéale et Loi de Hardy-Weinberg

IV. Test de conformité

- Connaitre l’étendue de la discipline de la génétique, son importance,

Si le passage du gène à la protéine constitue la science de la biologie

Figure 1 : Schéma illustrant la relation entre les disciplines de la biologie

L’importance de la génétique réside dans le fait qu’elle permet de :

o Comprendre comment se transmettent les caractères phénotypiques

o Elle explique également les causes des maladies génétiques et leur

La génétique est une discipline de la biologie qui étudie la transmission des

La génétique est composée de différentes sous-disciplines majeures, à savoir,

La génétique humaine ou médicale est la sous-discipline de la génétique qui

La génétique des populations est la sous-discipline qui s’intéresse à l’étude

La génétique formelle ou mendélienne est la sous-discipline qui s’intéresse à

La génétique moléculaire est la sous-discipline qui s’intéresse à l’étude de la

variations (aberrations chromosomiques, mutations...), sur le plan

A côté de ces sous-disciplines, il existe également d’autres, notamment, la

L’oncogénétique est un domaine de la génétique qui s’intéresse à tous ce qui

La cytogénétique, quant-à-elle, représente la sous-discipline de la génétique

Par ailleurs, la cytogénétique moléculaire est un domaine de la

III. Histoire de la génétique

La génétique n’est apparue qu’au début du 20e siècle. Le mot génétique ne

se séparant au hasard à travers les générations. Il a surtout introduit de

Les découvertes se sont enchaînées par la suite, concernant notamment, le

Figure 2 : Principaux évènements de l’histoire de la génétique

Chapitre I : Génétique moléculaire et cytogénétique

Le matériel génétique, appelé également génome ou Acide

L’ADN est responsable de :

 La conservation de l’information génétique.

Chez les eucaryotes, le matériel génétique se trouve principalement au

2. Structure et organisation du matériel génétique

La molécule d’ADN (acide désoxyribonucléique) se présente sous forme de

constitué d’une succession de nucléotides. Le nucléotide représente l’unité

Figure 3 : Structure biochimique des 4 types de nucléosides

 Les 4 types de nucléotides s’enchainent dans un ordre bien déterminé et

Au cours de la vie d’une cellule, l’ADN nucléaire se présente essentiellement

La forme relâchée de l’interphase représente la chromatine. Il s’agit de la

Au cours du cycle cellulaire, l’ADN va se condenser et se compacter

Figure 4 : l’ADN sous forme relâchée (chromatine) et condensée (chromosome)

Les gamètes (ovules et spermatozoïdes) sont les seules cellules de l’organisme

Figure 5 : Nombres de chromosomes et de copies par espèce

Chez l’humain, en cas normal, il existe 46 chromosomes organisés sous

Figure 6 : Chromosomes d’une cellule (2N= 46) (à gauche) et d’un gamète

(N=23) (à droite) chez un organisme humain.