Chapitre

26
Orientation générale
M.-C. Ploy, F. Denis

Il serait présomptueux de proposer un schéma simple, fiée, abordant séparément, sur la base de la morpho­logie, les
unique, dichotomique permettant, à partir de paramètres de cocci, les bacilles selon leur caractère Gram positif ou néga-
base, de parvenir au diagnostic de famille, voire de genre et tif, le métabolisme respiratoire (oxydase, catalase) (Fig. 26.2
pourquoi pas d'espèce. En fait, une telle approche diagnos- et Fig. 26.3), les caractères aérobies, anaérobies, aéro-anaé-
tique est du domaine du rêve. robies, les métabolismes des sucres oxydatifs, fermentatifs,
En attendant une approche diagnostique unique iden- oxydofermentatifs, etc., laissant à part les bactéries anaéro-
tifiant tous les germes et leur sensibilité aux antibiotiques, bies strictes, les mycobactéries, les germes de culture difficile,
sans culture, directement sur produits pathologiques à l'aide exigeants, voire « fastidieux » – sacrifiant à un anglicisme,
de puces, le recours à différents paramètres même simples même si ces « fastidieux » sont souvent les plus intéressants.
essentiels pour l'orientation est faillible du fait des microbio- Pour tenter d'aider les microbiologistes débutants, en
logistes et des bactéries. ayant conscience des limites de cette approche p ­ réhistorique
Selon le produit pathologique traité, les milieux de culture (qui se situe à des années-lumières de la taxonomie moderne
utilisés (simples, riches, enrichis en facteurs de croissance, développée dans le chapitre suivant), nous proposerons
sélectifs), l'atmosphère et la température de culture, certains
germes ou espèces seront favorisés ou handicapés.
La morphologie bactérienne constitue toujours une étape
essentielle (Fig. 26.1), qu'elle soit recherchée directement
sur produit pathologique ou sur culture. L'aspect en cocci,
bacilles droits ou spiralés, les groupements ou les caractères
tinctoriaux peuvent varier ; ainsi, l'aspect n'est pas toujours
tranché entre un cocci et un coccobacille. À partir du carac-
tère tinctorial du Gram lui-même, il n'est pas toujours facile
de classer les germes en positif ou négatif. Chacun se sou-
vient de corynébactéries vite décolorées, de Gardnerella ou
de Bacillus au Gram douteux.
Les traités classiques d'identification – Bergey's Manual,
ouvrage de Cowan et Steel, ou de l'American Society for
Microbiology – se gardent de proposer une approche simpli- Fig. 26.2 Test de l'oxydase.

Cocci Staphylocoques Diplocoques Streptocoques

Bacilles Coccobacilles Vibrio Bacilles coryneformes

Spirilles Borrelia Tréponèmes Leptospires

Fig. 26.1 Différents aspects de la morphologie bactérienne. Fig. 26.3 Test de la catalase.

Bactériologie médicale
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250   Partie III. Identification et systématique bactérienne

une approche dichotomique (peu scientifique, mais utile)
concernant les cocci et les bacilles à Gram positif et à Gram
négatif, permettant une orientation (bacilles à Gram négatif
[Fig. 26.4], bactéries à Gram positif [Fig. 26.5], cocci à Gram
négatif [Fig. 26.6]), à l'exclusion des anaérobies stricts et des
bacilles acido-alcoolo-résistants.
Ces tableaux ne sont pas exhaustifs et il convient de se
référer à chaque chapitre, traitant de la famille, du genre
voire de l'espèce suspectée, ainsi que des sérotypes, des bio-
types voire de l'approche diagnostique par d'autres voies
génomiques, protéomiques, voire sérologiques.

BACILLES À GRAM NÉGATIF (HORS ANAÉROBIES)

AÉROBIES STRICTS AÉRO-ANAÉROBIES FACULTATIFS

cultivent sur ne cultivent pas

Oxydase - Oxydase +
gélose nutritive sur gélose nutritive

Acinetobacter Mobiles Immobiles

Stenotrophomonas --------------------------- ---------------------------
maltophilia Pseudomonas Sphingobacterium
Alcaligenes Chryseobacterium
Achromobacter Moraxella
Ochrobactrum Oligella
anthropi
Shewanella

Oxydase - Oxydase + Oxydase - Oxydase +

Vibrionaceae Gardnerella Haemophilus

Entérobactéries
Vibrio Actinobacillus Eikenella
Aeromonas Capnocytophaga Cardiobacterium
Plesiomonas Pasteurella
Kingella

Fig. 26.4 Bacilles à Gram négatif.

 Chapitre 26. Orientation générale   251

BACTÉRIES À GRAM POSITIF

(HORS ANAÉROBIES ET BAAR)

COCCI BACILLES

Catalase + Catalase - Catalase +

Catalase -
Lactobacillus H2S+
Erysipelothrix H2S-
Spores - Spores +

Oxydase + Oxydase - Bacillus

Micrococcus Staphylococcus Esculine - Esculine +

Stomatococcus
Corynebacterium Listeria

Croissance NaCl 6,5%

------------------ Pas de croissance NaCl 6,5 %
Enterococcus

Sensible à la Vancomycine Résistant à la Vancomycine

-------------------- ----------------------
Streptococcus Pediococcus
Lactococcus Leuconostoc

Croissance à 10 C Pas de Croissance à 10 C

------------- -------------
Lactococcus Streptococcus

Fig. 26.5 Bactéries à Gram positif.

COCCI À GRAM NÉGATIF

Cocci vrais Coccobacilles

Pouvant prêter à confusion

Oxydase + Oxydase -

Neisseria Branhamella Moraxella Acinetobacter

Péni S Péni R

Fig. 26.6 Cocci à Gram négatif.