02 Souches Microbiennes Et Milieu de Culture

Plan Général du Cours
Procédés de fermentation et bioréacteurs

Technologie des Les souches microbiennes et leurs milieux
BioRéacteurs de culture
Le bioré
bioréacteur et ses équipements
K. Traina Suivi de la fermentation et ré
régulation
Extraction et purification des produits
Applications industrielles et mises en
œuvre à l’échelle
’échelle pilote
1 2
Les souches microbiennes et leurs

milieux de culture
Procé
Procédés de fermentation et bioré
bioréacteurs 2.1 Milieu de culture pour les
Les souches microbiennes et leurs milieux fermentations industrielles
de culture
2.2 Sté
Stérilisation du milieu de culture et des
Le bioré
bioréacteur et ses équipements composé
composés ajouté
ajoutés
Suivi de la fermentation et ré
régulation
Extraction et purification des produits 2.3 Souches microbiennes et pré
préparation
de l'inoculum
œuvre à l’échelle
’échelle pilote
3 4
Les souches microbiennes et leurs 2.1 Milieu de culture pour les
milieux de culture fermentations industrielles
2.1 Milieu de culture pour les Critè
Critères économiques des milieux de culture ?
fermentations industrielles
2.2 Sté
composé
composés ajouté
ajoutés
2.3 Souches microbiennes et pré
préparation
de l'inoculum
5 6
2.1 Milieu de culture pour les 2.1 Milieu de culture pour les
fermentations industrielles fermentations industrielles
Critè
Critères économiques des milieux de culture Critè
Critères économiques des milieux de culture
Considération du feedstock :
rendement maximum de produit ou de biomasse par
masse de substrat prix d'achat et de stockage,
disponibilité des ingrédients,
concentration maximale de produit ou de biomasse ; constance de la qualité,
stabilité au stockage ;
production la plus faible de métabolites indésirables ;
composants peu coûteux et disponibles en grande quantité
facilité de fabrication du milieu de culture ; Souvent déchets carbonés
provenant d'autres industries comme les mélasses ou les
tourteaux.
absence de problèmes technologiques tels que stérilisation,
agitation, aération, extraction et purification des produits.
7 8
Caracté
Caractéristiques des milieux de culture L’eau
l'eau Qualité de l’eau?
des sources de carbone, d'énergie
Irréprochable et constante
et d’azote
Eau purifiée obtenue par :
des éléments minéraux
Ultrafiltration
et éventuellement des facteurs de croissance
Passage sur résine échangeuse d’ion
9 10
L’eau (Ultrafiltration) L’eau (Ultrafiltration)
L'ultrafiltration est un système de filtration par membrane
microporeuse.
11 12
L’eau (Ultrafiltration) L’eau (Ultrafiltration)
L'ultrafiltration est un système de filtration par membrane L'ultrafiltration est un système de filtration par membrane
microporeuse. microporeuse.
Ces membranes sont dites basses pressions du fait que la Ces membranes sont dites basses pressions du fait que la
pression transmembranaire est de l’ordre de 0,2 à 2 bar. pression transmembranaire est de l’ordre de 0,2 à 2 bar.
En eau potable, l'ultrafiltration est caractérisée par un seuil de
coupure de l'ordre de 0,01 µm. Toutes les molécules de taille
supérieure sont stoppées (pollens, algues, parasites, bactéries,
virus, germes et grosses molécules organiques), laissant filtrer à
l’arrivée une eau parfaitement clarifiée et désinfectée sans
utilisation de produits chimiques.
13 14
L’eau (Résines échangeuses d’ion) L’eau (Résines échangeuses d’ion)
Les résines échangeuses Les résines échangeuses
d'ions sont des d'ions, comme la zéolithe, sont
macromolécules insolubles souvent synthétiques. Le
comportant des groupements polymère est modifié de telle
ionisables ayant la propriété façon que des groupes
d'échanger de façon réversible, ioniques soient présents sur les
certains de leurs ions, au chaînes. La résine peut-être
contact d'autres ions provenant échangeuse de cations ou
d'une solution. d’anions.
15 16
L’eau (Résines échangeuses d’ion) L’eau (Résines échangeuses d’ion)
Les échangeurs d'ions sont utilisés :
Les résines échangeuses
d'ions, comme la zéolithe, sont pour l'adoucissement et la déminéralisation de l'eau,
souvent synthétiques. Le pour la séparation d'éléments radioactifs,
polymère est modifié de telle
façon que des groupes pour traiter des eaux industrielles chargées en
ioniques soient présents sur les métaux lourds,
chaînes. La résine peut-être pour la séparation chimique à des fins analytiques,
échangeuse de cations ou
d’anions. d'une façon générale, pour modifier la concentration
et la composition ionique d'une solution.
17 18
L’eau (Résines échangeuses d’ion) L’eau (Résines échangeuses d’ion) : Milli-Q
Les échangeurs d'ions sont utilisés :
pour l'adoucissement et la déminéralisation de l'eau,
pour la séparation d'éléments radioactifs,
pour traiter des eaux industrielles chargées en
métaux lourds,
pour la séparation chimique à des fins analytiques,
d'une façon générale, pour modifier la concentration
et la composition ionique d'une solution.
19 20
L’eau (Résines échangeuses d’ion) : Milli-Q L’eau (Résines échangeuses d’ion) : Milli-Q
Milli-Q is a trademark created by Millipore Corporation to Milli-Q water purifiers use resin filters and deionization to
describe 'ultrapure' water of "Type 1", as defined by purify the water. The system monitors the ion
various authorities (e.g. ISO 3696), as well as their devices concentration by measuring the electrical resistivity of the
for producing such water. The purification processes water. Higher resistivity means fewer charge-carrying ions.
involve successive steps of filtration and deionization to Most Milli-Q systems dispense the water through a 0.22µm
achieve a purity expediently characterized in terms of membrane filter.
resistivity (typically 18.2 MΩ·cm at 25 °C). The term is also
commonly used as a genericised trademark to refer to Milli-Q purifiers are capable of producing water pure
other purified waters and purification equipment. enough to get reproducibility and accuracies within parts
per million (ppm) when using ion mass spectrometers in
analytical geochemistry. Other users of this system include
molecular biology and atmospheric science.
21 22
Caracté
Caractéristiques des milieux de culture Caracté
Caractéristiques des milieux de culture
l'eau l'eau
des sources de carbone, d'énergie des sources de carbone, d'énergie
et d’azote et d’azote
des éléments minéraux des éléments minéraux
et éventuellement des facteurs de croissance et éventuellement des facteurs de croissance
23 24
Sources de carbone (énergie) Sources de carbone (énergie)
Autotrophe (Source de CO2) Le terme type trophique (du mot grec θροφη, « La
nourriture ») spécifie la manière dont un organisme
Organismes photosynthétiques vivant constitue sa propre matière organique.
Organismes chimiolithotrophes (chimiosynthèse) Le type trophique analyse la question selon trois
axes :
Hétérotrophe la nature de la source de carbone (auto-, hetero-)
Glucides la nature organique (-organo-) ou inorganique (-litho-) du
donneur d'électrons (pouvoir réducteur)
Lipides la nature de la source d'énergie qui sera emmagasinée dans
les molécules organiques synthétisées (photo- , chimio-)
Autres sources de carbones
25 26
2.1 Milieu de culture pour les

27 28
Sources de carbone (énergie)
Les types trophiques ne sont pas exclusifs les uns
des autres.
Ils peuvent coexister, comme chez les végétaux Photobioréacteurs
chlorophylliens, qui sont à la fois des:
photolithoautotrophes - lorsqu'ils réalisent la photosynthèse
et des chimioorganotrophes - lorsqu'ils respirent en oxydant
leur propre production organique.
29 30
Photobioréacteurs Photobioréacteurs
31 32
Sources de carbone (énergie)
Autotrophe (Source de CO2)
Photobioréacteurs Organismes photosynthétiques
Organismes chimiolithotrophes (chimiosynthèse)
Voir document annexe Hétérotrophe

CO2 => …
Glucides
Lipides
33 34
Sources de carbone (énergie) Sources de carbone (énergie)
Autotrophe (Source de CO2) Autotrophe (Source de CO2)
Organismes photosynthé
photosynthétiques Organismes photosynthé
photosynthétiques
Organismes chimiolithotrophes (chimiosynthè
chimiosynthèse) Organismes chimiolithotrophes (chimiosynthè
chimiosynthèse)
Hétérotrophe Hétérotrophe
Glucides Glucides
Lipides Lipides
Autres sources de carbones Autres sources de carbones
35 36
fermentations industrielles RAPPEL fermentations industrielles
Sources de carbone : Glucides Critè
Considération du feedstock :
Source de C la plus fréquente ?
prix d'achat et de stockage,
disponibilité des ingrédients,
constance de la qualité,
stabilité au stockage ;
composants peu coûteux et disponibles en grande quantité
Souvent déchets carbonés
provenant d'autres industries comme les mélasses ou les
tourteaux.
absence de problèmes technologiques tels que stérilisation,
agitation, aération, extraction et purification des produits.
37 38
Sources de carbone : Glucides Sources de carbone : Glucides
Source de C la plus fréquente Source de C la plus fréquente
obtenus à partir de céréales, de pommes de terre obtenus à partir de céréales, de pommes de terre
ou de manioc ou de manioc
l’amidon peut être hydrolysé chimiquement ou l’amidon peut être hydrolysé chimiquement ou
enzymatiquement pour obtenir des variétés différentes enzymatiquement pour obtenir des variétés différentes
de préparations de glucose sous forme solide ou de de préparations de glucose sous forme solide ou de
sirops. sirops.
39 40
Le malt, qui est le substrat principal de la bière Le malt ?
brassée, contient de l'amidon mais aussi d'autres
glucides comme le saccharose, des glucides
réducteurs ou non réducteurs de la cellulose et de
l’hémicellulose.
41 42
Le malt est une céréale germée, en général de Le maltage est une opération simple qui consiste à
l'orge, qui est caramélisée, pour qu'elle dégage reproduire, de façon industrielle, le développement
tous ses arômes. naturel d'une céréale (température et humidité),
généralement de l'orge bien que le froment ou le
seigle s'y prêtent également, afin que cette
dernière produise certaines enzymes et des
sucres.
43 44
Le maltage est une opération simple qui consiste à Le maltage est une opération simple qui consiste à
reproduire, de façon industrielle, le développement reproduire, de façon industrielle, le développement
naturel d'une céréale (température et humidité), naturel d'une céréale, généralement de l'orge bien
généralement de l'orge bien que le froment ou le que le froment ou le seigle s'y prêtent également,
seigle s'y prêtent également, afin que cette afin que cette dernière produise certaines
dernière produise certaines enzymes et des enzymes et des sucres.
sucres.
45 46
Sources de carbone : Glucides Le maltage
consiste à produire certaines enzymes (cytase, amylases,
Source de C la plus fréquente phosphatases, peptidases) nécessaires à la saccharification de
l'amidon, et donc, à la fabrication de l'alcool lors de la
Le maltage est une opération simple qui consiste à
fermentation.
reproduire, de façon industrielle, le développement
naturel d'une céréale, généralement de l'orge bien Les enzymes permettront à l’orge :
que le froment ou le seigle s'y prêtent également, de pénétrer à travers la barrière hémicellulosique et ainsi de
afin que cette dernière produise certaines pouvoir accéder à ses réserves d'amidon ;
enzymes et des sucres.
de transformer l'amidon notamment en glucose, glucide
métabolisable par les levures (produisant ainsi de l'alcool et
du CO2).
47 48
Le maltage Le maltage
Etape 1 : le trempage, d'une durée de 24 à 48 Etape 2 : la germination, qui est la période
heures qui consiste à humidifier le grain ; cette durant laquelle l'orge va commencer à germer, et
étape est constituée de périodes sous eau donc, produire des enzymes telles que l'amylase.
(généralement 2 à 3) alternant avec des Cette étape dure de quatre à six jours, délai
périodes sous air afin de permettre au grain de variable en fonction de l'orge, et donne
respirer ; l'humidité passe ainsi de 12-14 % à 42- naissance à ce que l'on appelle le « malt vert » ;
45 %.
49 50
Le maltage
Etape 3 : le touraillage, qui dure de 24 à 48h,
consiste à sécher le « malt vert » (son humidité passe
de 45% à 4%) en le ventilant avec de l'air chaud dont
on augmente progressivement la température, de
50°C à 60°C au démarrage jusqu'à 85°C pour les
malts standard (Pilsen) et même jusqu'à 110°C pour
les malt Munich.
51 52
Pale malt
Distillers malt Le maltage
Mild malt
Peated malt Etape 3 : le touraillage, qui dure de 24 à 48h,
Stout malt consiste à sécher le « malt vert » (son humidité passe
Pilsner malt de 45% à 4%) en le ventilant avec de l'air chaud dont
Amber malt on augmente progressivement la température, de
Vienna malt 50°C à 60°C au démarrage jusqu'à 85°C pour les
Brown malt malts standard (Pilsen) et même jusqu'à 110°C pour
Munich malt les malt Munich.
Chocolate malt Cette température est alors maintenue pendant trois à
Rauchmalz quatre heures : c'est ce qu'on appelle le coup de feu.
Black malt C'est à ce moment qu'apparaissent les arômes du
Acid malt malt ; c'est la température atteinte en fin de touraillage
Crystal malt qui va déterminer la couleur du malt. De même, le
taux d'humidité va jouer sur l'arôme de caramel.
53 54
Le maltage Le maltage
Etape 3 : le touraillage, qui dure de 24 à 48 heures, Etape 4 : le dégermage, qui consiste à
consiste à sécher le « malt vert » (son humidité passe débarrasser le malt de ses radicelles.
de 45 % à 4 %) en le ventilant avec de l'air chaud dont
on augmente progressivement la température, de
50 °C à 60 °C au démarrage jusqu'à 85 °C pour les
malts standard (Pilsen) et même jusqu'à 110 °C pour
les malt Munich. Cette température est alors
maintenue pendant trois à quatre heures : c'est ce
qu'on appelle le coup de feu. C'est à ce moment
qu'apparaissent les arômes du malt ; c'est la
température atteinte en fin de touraillage qui va
déterminer la couleur du malt. De même, le taux
d'humidité va jouer sur l'arôme de caramel.
55 56
Le maltage Sources de carbone : Glucides
Etape 4 : le dégermage, qui consiste à Source de C la plus fréquente
débarrasser le malt de ses radicelles.
Le malt, qui est le substrat principal de la bière
brassée, contient de l'amidon mais aussi d'autres
glucides comme le saccharose, des glucides
réducteurs ou non réducteurs de la cellulose et de
l’hémicellulose.
Gemmothérapie (domaine de la phytothérapie)

57 58
Sources de carbone : Glucides Mélasse (Définition)
Source de C la plus fréquente La mélasse (du latin « mel, mellis », qui signifie : miel)
est un sirop très épais et très visqueux, constituant un
La mélasse de canne à sucre (appelée mélasse résidu du raffinage du sucre extrait de la canne à
noire) ou la mélasse de betterave sont des sucre ou de la betterave. Il ne faut pas la confondre
sources de saccharose. Les mélasses contenant avec la bagasse.
un grand nombre d’impuretés, elles compliquent
parfois les étapes suivantes d'extraction et de
purification du produit.
59 60
Mélasse (Composition) Mélasse (Procédé de fabrication)
La mélasse est l'égout de sucrerie qui subsiste après
la cristallisation de 3ème jet. Elle peut provenir de la
sucrerie de betterave, de la sucrerie de canne ou de
la raffinerie.
8’50’’ – 15’00’’
61 62
Mélasse (Applications) Mélasse (Applications)
Elle sert à nourrir des levures ou des bactéries dans Elle sert à nourrir des levures ou des bactéries dans
des fermenteurs. des fermenteurs.
Une levure rouge (Phaffia rhodozyma) cultivée sur un Une levure rouge (Phaffia rhodozyma) cultivée sur un
substrat contenant 7 à 10 % de mélasse industrielle, produit substrat contenant 7 à 10 % de mélasse industrielle, produit
deux à trois fois plus d'astaxanthine que la normale, ce qui deux à trois fois plus d'astaxanthine que la normale, ce qui
lui donne un rendement industriel deux fois plus élevé lui donne un rendement industriel deux fois plus élevé
qu'avec du glucose en mélange équivalent. qu'avec du glucose en mélange équivalent.
astaxanthine
63 64
Mélasse (Applications) Rhamnolipides
La souche Pseudomonas aeruginosa GS3 en culture dans Tête glycosyl et une fonction acide gras 3-
un substrat enrichi en mélasse produit des biosurfactants (hydroxyalkanoyloxy)alkanoic acid (HAA) sur la
(surfactants biodégradables) chaîne hydrophobe
Rhamnolipides (classe de glycolipide)
utilisés par cette bactérie comme facteurs de virulence
capables de réduire la tension interfaciale du pétrole brut de
21 mN⋅m -1 à 0,47 mN⋅m-1
permettant de former des émulsions stables avec des n-
alcanes, des aromatiques, du pétrole brut ou de l'huile d'olive,
ce qui laisse penser que des ressources renouvelables,
relativement peu coûteuses et disponibles peuvent être
utilisées pour ce type de production.
65 66
Bagasse Tourteaux ?
La bagasse est le résidu fibreux de la canne à sucre qu'on a
passée par le moulin pour en extraire le suc. Elle est composée
principalement par la cellulose de la plante.
Ce terme désigne également les tiges de la plante lorsque l’on
les retire de la cuve après la fermentation.
Elle est utilisée comme bioénergie dans les usines de production
de rhum ou de sucre. La performance des installations permet à
certaines usines de fonctionner en autonomie énergétique.
67 68
Tourteaux ? Tourteaux (Définition)
Les tourteaux sont les résidus solides obtenus après
extraction de l’huile des graines ou des fruits
oléagineux. Ce sont les coproduits de la trituration,
c'est-à-dire l'industrie de fabrication de l'huile. Ils
représentent généralement de 50 à 75 % de la masse
des graines.
Soja
Soja Tournesol
69 70
Tourteaux Tourteaux (Procédé de fabrication)
Presse à vis ou à tube perforé
Soja
Soja Tournesol
71 72
Tourteaux (Procédé de fabrication) Tourteaux (Procédé de fabrication)
Presse à vis ou à tube perforé Presse à barreaux
De faibles capacités (inférieures à 100 kg/h).
Extraction de l’huile se fait par compression des graines dans
la chambre de la presse de façon croissante en direction du
nez de presse.
Evacuation par des orifices sur la section terminale du
cylindre.
Evacuation du tourteau en bouchon en sortie de presse.
Système de chauffage utilisé au démarrage, facilitant ainsi
l’évacuation du tourteau et limitant les risques de bourrage.
Ensuite, la température est maintenue par le fonctionnement
de la presse entre 60 et 80°C 73 74
Tourteaux (Procédé de fabrication) Tourteaux (Composition)
Presse à barreaux Le tourteau est riche en glucides, en protéines,
L’huile s’évacue par les intervalles entre les minéraux et renferme un important groupe
anneaux circulaires (barreaux) pharmacodynamique constitué de saponines
Le tourteau s’évacue en forme de chips en bout de nommée arganine.
presse. Riche en matières grasses, le tourteau se conserve
Ces presses ont une capacité de trituration de 15 à assez bien. Le rendement est en moyenne de 2,5kg à
5000 kg/h. 4kg de tourteau pour 100kg de fruits frais (2,5 à
Le taux d’extraction en huile est généralement plus 4%m).
élevé avec ce type de presse, ce qui permet Utilisés en alimentation animal (porc, bovin…)
d’obtenir des tourteaux moins gras en sortie de
presse. 75 76
Tourteaux (Composition) Tourteaux (Composition)
Saponines Saponines
Les saponines sont des molécules naturellement produites On les trouve chez de nombreux végétaux (salsepareille,
par des plantes ou des animaux, dont le rôle biologique n'est quinoa...) mais sont dégradées à la cuisson.
pas encore clairement cerné. Douées de propriétés tensioactives, les saponines font
mousser leurs solutions et servent de détergent.
Ce sont des hétérosides complexes dits saponosides,
appartenant aux terpènes cycliques (nom générique donné
aux hydrocarbures saturés cycliques ou acycliques ayant
pour motif de base le terpène) ou aux stéroïdes.
77 78
Tourteaux (Composition) Tourteaux (Composition)
aliments idéaux pour animaux Les tourteaux gras (colza, lin) sont plus sombres et
les tourteaux de graines telles que le ricin et le noix s'agglomèrent facilement.
de tung qui sont toxiques et sont utilisés comme Les tourteaux gras industriels sont pressés à chaud
l’engrais plutôt que le fourrage. et contiennent en général 7 à 12 % d'huile, ils sont
Les tourteaux déshuilés se présentent sous forme dénommés "expeller".
de fines particules, farine (colza…) ou de miettes L'essentiel des tourteaux de colza, de tournesol et de
(soja). Elles peuvent être réhumidifiées et soja industriels sont vendus déshuilés, les tourteaux
comprimées en granulés (soja, tournesol, coton…).. gras de lin contiennent généralement 9 ou 16 %
d'huile.
79 80
Tourteaux (Type) Navette Tourteaux (Exemple)
Amande Noix La biotechnologie développée ici s’appuie sur la capacité de
Arachide Olive: tourteaux appelés dégradation du rumen des bovidés.
Carthame «grignons» d’olives
Chanvre Palmiste : tourteaux de noyaux de Les ruminants sont les animaux les plus performants pour
Colza palmier à huile dégrader les déchets végétaux grâce à une communauté
Pavot microbienne très abondante et très efficace.
Coprah (noix de coco)
Coton Ricin: tourteaux très toxiques Parmi ces micro-organismes, Fibrobacter succinogenes est
Karité (ricine) l’espèce majeure. Elle possède un équipement enzymatique très
Lin cultivé Sésame complet et complexe qui permet de dégrader les végétaux.
Maïs: tourteaux de germe de maïs Soja
Tournesol Ces potentialités peuvent donc être utilisées dans le cadre du
Moutarde: tourteaux toxiques
développement d’une technologie de biodégradation de déchets
appelés « drêches » de moutarde
81
végétaux 82
Tourteaux (Exemple) Tourteaux contaminé
contaminés (Exemple)
La source de carbone et d'énergie est constituée de tourteau de Par des mycotoxines - mort de plus de 100 000 dindons en 1960
soja finement broyé. qui avaient consommé du tourteau d’arachide contaminé.
Ajout de soja Les mycotoxines sont des métabolites secondaires sécrétés par
des moisissures appartenant principalement aux genres
Aspergillus, Penicillium et Fusarium.
Type de procédé? Ces moisissures colonisent une large variété de denrées
alimentaires incluant les fourrages, les céréales, les
Type de métabolites? protéagineux et les oléagineux pendant leur culture, leur récolte
et leur stockage
Bien que l’éradication complète des mycotoxines soit illusoire, il
est possible de réduire le niveau de contamination des aliments
83 par l’adoption de pratiques agricoles appropriées (BPA). 84
Le Corn steep Liquor est l’eau de trempage Le Corn steep Liquor (liqueur (de trempage) de
récupérée lors de l'extraction de l'amidon et du maïs)
gluten de maïs par chauffage-fermentation du
grain 40 heures à 50 °C.
C’est avant tout une source d'azote mais aussi
une source de carbone car il contient de l’acide
lactique, des glucides réducteurs et des
polyosides.
85 86
En fermentant, le Corn steep Liquor (CSL) prend Corn steep liquor (CSL) has been used as a
un goût très agréable et sucré. nutrition adjunct for the production of an
extracellular lipase from Aspergillus niger, which
Sa composition est très riche en acides aminés has immense importance as an additive in laundry
et en vitamines. detergent formulations.
Corn Steep Liquor as a Nutrition Adjunct for the Production of Aspergillus niger Lipase and
87 Hydrolysis of Oils Thereof. J. Agric. Food Chem. 2009, 57, 10658–10663 88
CSL CSL Sesame oil
CSL Activité de la lipase (%, w/v) Activité de la lipase (%, w/v)
Activité de la lipase Activité de la lipase (%, w/v)
(%, w/v)
Huile de sésame Na2HPO4 NH4H2PO4 Na2HPO4

(%, w/v) (%, w/v) (%, w/v) (%, w/v)
NH4H2PO4 , 0.125%; NH4H2PO4 , 0.125%; sesame oil, 1.5%; NH4H2PO4 , 0.125%;
and Na2HPO4, 1.0% = cst and sesame oil, 1.5% = cst and Na2HPO4, 1.0% = cst and CSL, 1.25% = cst
Corn Steep Liquor as a Nutrition Adjunct for the Production of Aspergillus niger Lipase and Corn Steep Liquor as a Nutrition Adjunct for the Production of Aspergillus niger Lipase and
Hydrolysis of Oils Thereof. J. Agric. Food Chem. 2009, 57, 10658–10663 89 Hydrolysis of Oils Thereof. J. Agric. Food Chem. 2009, 57, 10658–10663 90
Sources de carbone : Effet glucose Sources de carbone : Effet glucose
Source de carbone est rapidement assimilable par les Effet glucose
micro-organismes, il se produit souvent une répression Répression catabolique
catabolique appelée effet glucose. Effet Crabtree
Cet effet correspond à une inhibition de la biosynthèse de Contre-effet Pasteur (ancien document)
métabolites secondaires tant que la source de carbone
n’est pas entièrement métabolisée.
Ainsi, pour éviter cet effet, il est possible d'apporter, de
manière contrôlée, la source de carbone tout au long de la
fermentation ou d'utiliser un milieu de culture contenant
une source de carbone assimilable lentement comme
l’amidon par exemple.
91 92
Sources de carbone : Effet glucose Sources de carbone (énergie)
Un milieu riche en glucose inhibe le métabolisme respiratoire. La
concentration élevée en glucose exerce une répression sur
les enzymes de la respiration indépendamment de la présence Organismes photosynthé
photosynthétiques
en oxygène dans le milieu. La cellule possède donc un système
d'aiguillage qui produira les enzymes nécessaires suivant ce Organismes chimiolithotrophes (chimiosynthè
chimiosynthèse)
facteur du milieu .
Hétérotrophe
Ce phénomène est très important pour la vinification. En effet le
moût est très riche en sucres, ce qui inhibe la respiration Glucides
favorisant de ce fait la fermentation alcoolique et donc la
Lipides
production d'alcool dans le vin .
93 94
Sources de carbone (énergie) Sources de carbone : Lipides
Autotrophe (Source de CO2) Les huiles = agent anti-mousses
Cependant, les acides gras contenus dans les huiles
photosynthétiques végétales (plus économiques que les sources
chimiosynthèse) glucidiques) sont parfois utilisés comme source de
carbone : huiles de soja, d’arachide, de maïs et de
Hétérotrophe colza.
Glucides
Lipides
95 96
Sources de carbone : Lipides Sources de carbone : Lipides
Les micro-organismes Chemioorganotrophiques Ils peuvent être hydrolysé en glycérol et acides gras
utilisent fréquemment les lipides comme source par les lipases microbiennes.
d'énergie. Le glycérol est ensuite phosphorylée, oxydé en
Triglycérides (triacylglycerol), esters de glycérol et dihydroxyacétone phosphate et catabolisée dans la
d'acides gras, sont des sources d'énergie courantes. voie d'Embden-Meyerhof.
97 98
Sources de carbone : Lipides Sources de carbone : Lipides
Ils peuvent être hydrolysé en glycérol et acides gras
par les lipases microbiennes.
Le glycérol est ensuite phosphorylée, oxydé en
dihydroxyacétone phosphate et catabolisée dans la
voie d'Embden-Meyerhof.
Voie
Voie
d'Embden-Meyerhof
d'Embden-Meyerhof
99 100
fermentations industrielles Rappel fermentations industrielles
Sources de carbone : Lipides (origine) Critè
rendement maximum de produit ou de biomasse par
Produit solides
masse de substrat
Produit liquide concentration maximale de produit ou de biomasse ;
production la plus faible de métabolites indésirables ;
facilité de fabrication du milieu de culture ;
Extraction de lipides en voie aqueuse par bioréacteur enzymatique combiné à

l'ultrafiltration application à la valorisation de co-produits de poisson (Sardina pilchardus) 101 102
Sources de carbone : Lipides (origine) Sources de carbone : Lipides (origine)
Extraction de lipides en voie aqueuse par bioréacteur enzymatique combiné à Extraction de lipides en voie aqueuse par bioréacteur enzymatique combiné à
l'ultrafiltration application à la valorisation de co-produits de poisson (Sardina pilchardus) 103 l'ultrafiltration application à la valorisation de co-produits de poisson (Sardina pilchardus) 104
Les quantités d’effluents obtenus après les deux étapes de
lavage (appelées L1 et L2) sont respectivement de 19 kg et 98
kg et possèdent une charge totale (protéines, lipides et
cendres) de 60,5 g/L pour L1 (soit 1,13 kg de matière) et 12,5
g/L pour L2 (1,22 kg de matière).
Les effluents obtenus seront traités par ultrafiltration.

Optimisation de la
récupération des lipides
libérés à partir des têtes
de sardine par Protamex
Protamex est une enzyme industrielle produite par génie
génétique par Novozymes AS.
C’est un complexe peptidique de la classe des hydrolases
développé par plusieurs espèces de Bacillus pour l’hydrolyse
des protéines destinées à l’industrie alimentaire. Contrairement
à d’autres endoprotéases, Protamex a été élaborée de façon à
ne pas générer de peptides amers, même lorsque les degrés
d’hydrolyses sont faibles.
Sources de carbone : Lipides (substrat) Sources de carbone : Lipides (substrat)
Techniques d’extrapolation scale up dans le cas de la levure Techniques d’extrapolation scale up dans le cas de la levure
non conventionnelle Yarrowia lipolytica. non conventionnelle Yarrowia lipolytica.
Y. lipolytica fait partie des micro-organismes dits « oléagineux »,

c’est-à-dire capables d’accumuler des lipides à des niveaux
pouvant atteindre 40 % de leur biomasse.
Dimensionnement et extrapolation des bioréacteurs sur basede paramètres Dimensionnement et extrapolation des bioréacteurs sur basede paramètres
physiologiques : cas de la production de lipase par Yarrowia lipolytica 111 physiologiques : cas de la production de lipase par Yarrowia lipolytica 112
Sources de carbone : Lipides (substrat) Sources de carbone (énergie)
Y. lipolytica possède les voies métaboliques nécessaires à
l’assimilation des substrats hydrophobes. La dégradation des
substrats hydrophobes fait notamment intervenir une lipase Organismes photosynthé
photosynthétiques
codée par le gène lip2 qui présente de nombreux intérêts
technologiques. Organismes chimiolithotrophes (chimiosynthè
chimiosynthèse)
Substrat : méthyl oléate Hétérotrophe
Glucides
Lipides
Dimensionnement et extrapolation des bioréacteurs sur basede paramètres Autres sources de carbones
physiologiques : cas de la production de lipase par Yarrowia lipolytica 113 114
Sources de carbone (énergie) Autres sources de carbone
Autotrophe (Source de CO2) Les alcanes, le méthane et le méthanol sont aussi
utilisés pour la production d'acides organiques par
photosynthétiques
exemple ou pour la production de biomasse.
chimiosynthèse)
Hétérotrophe
Glucides
Lipides
115 116
Pseudomonas oleovorans
(hydroxylase),
Methanosarcina barkeri
Intermédiaires de dégradation des alcanes linéaires – biodégradation aérobie Intermédiaires de dégradation de l’anthracène par Pseudomonas aeruginosa –
(van Beilen et al., 2003) 117 biodégradation aérobie (Sutherland et al., 1995) 118
Caracté
l'eau l'eau
119 120
Sources d’
d’azote Sources d’
d’azote (Avantages)
Les principales sources d'azote organique sont: Les suppléments purs d'acides aminés étant peu
les acides aminés économiques, on préfère utiliser des sources
les protéines protéiques complexes bon marché telles que :
et l’urée. le corn-steep liquor ;
le stick or press liquor (déchets d’abattoir) ;
le tourteau (sous-produit obtenu après extraction de l'huile
des graines des oléagineux) ;
les distillers dried solubles (résidus de la distillation des
moûts fermentés) ;
les extraits de levure.
121 122
Sources d’
d’azote (Inconvénients) Sources d’
d’azote (Inconvénients)
L’utilisation de ces substrats naturels L’utilisation de ces substrats naturels
complexes pose divers problèmes : complexes pose divers problèmes :
leur disponibilité n'est pas toujours régulière ; leur stérilisation est parfois complexe (cas des
farines de soja) ;
leur qualité est très variable (cas des mélasses) ;
leur viscosité élevée empêche une bonne
les produits toxiques doivent être absents ; aération et homogénéisation de la culture ;
un stockage prolongé peut provoquer une l’extraction et la purification des métabolites

instabilité des nutriments ; produits peuvent être compliquées par la
123
présence de ces substrats complexes. 124
Caracté
l'eau l'eau
125 126
Éléments miné
minéraux (tous types de microorganisme)) Caracté
Les éléments minéraux sont indispensables aux micro- l'eau
organismes pour leur multiplication et leur métabolisme. Ils
doivent être présents dans les milieux : des sources de carbone, d'énergie
à concentration élevée (métabolisme), ce sont les macroéléments et d’azote
: calcium, chlore, magnésium, phosphore, potassium, sodium et
soufre ; des éléments minéraux
à l’état de traces (environ 10-7 mol.L-1) (réaction enzymatique), ce et éventuellement des facteurs de croissance
sont les oligoéléments : bore, cobalt, cuivre, fer, manganèse,
molybdène, nickel et zinc.
Des agents chélatants (citrate, succinate, acétate) sont ajoutés

au milieu de culture pour complexer les ions comme Ca2+, Mg2+,
Fe2+ afin de les maintenir en solution dans le milieu de culture.127 128
Caracté
Caractéristiques des milieux de culture Facteurs de croissance
l'eau Les vitamines, les acides aminés, les purines et les
des sources de carbone, d'énergie pyrimidines sont le plus souvent apportés par les
sources de carbone et d'azote.
et d’azote
Par exemple, le corn-steep liquor contient entre autres des
des éléments minéraux quantités importantes de biotine, acide folique, nicotinamide et
riboflavine.
129 130
Facteurs de croissance Facteurs de croissance
Thiamine : Vitamine B1
Thiamine : Vitamine B1
Biotine : Vitamine B8 La vitamine B1, correspondant à la thiamine, ou aneurine, est une
vitamine hydrosoluble. C'est un précurseur métabolique de la
thiamine pyrophosphate (TPP), une coenzyme essentielle à
Acide folique : Vitamine B9 ou folate certaines décarboxylases.
Elle est indispensable à la transformation des glucides en énergie
Nicotinamide : Vitamine B3 ou PP par le cycle de Krebs et est nécessaire au bon fonctionnement du
système nerveux et des muscles. Elle permet en particulier la
dégradation du pyruvate, toxique pour le système nerveux.
Riboflavine : Vitamine B2
131 132
Biotine : Vitamine B8 Acide folique : Vitamine B9 ou folate
La biotine (Vit B8) est nécessaire à la croissance cellulaire, la La vitamine B9, aussi appelée folates ou acide folique, est
production d'acides gras, et au métabolisme des graisses et une vitamine hydrosoluble participant à de nombreux
des acides aminés. Elle joue un rôle dans le cycle de Krebs, qui mécanismes dans l'organisme :
est le processus biochimique par lequel l'énergie est produite au
Synthèse des neuromédiateurs, primordiaux pour le système
cours de la respiration aérobie.
nerveux,
La biotine participe non seulement à diverses réactions
Production des globules blancs et rouges,
métaboliques, mais elle aide aussi au transfert du dioxyde de
carbone. La biotine est également utile dans le maintien d'un Renouvellement de la peau et de la paroi de l'intestin,
niveau constant de sucre dans le sang (glycémie). La biotine est Production des cellules.
souvent recommandée pour renforcer les cheveux et les ongles. En
conséquence, c'est un composant de nombreux cosmétiques et
produits de santé pour les cheveux et la peau. 133 134
Acide folique : Vitamine B9 ou folate Nicotinamide : Vitamine B3 ou PP
Chez la femme enceinte, la vitamine B9 joue un rôle La vitamine B3 est une vitamine hydrosoluble. Elle
primordial dans la croissance et le développement du regroupe deux composés : l’acide nicotinique ou niacine
foetus. La vitamine B9 est présente en grande quantité dans et la nicotinamide ou niacinamide.
l'alimentation, notamment, dans les légumes verts à
feuilles. L’organisme la synthétise en petites quantités, à partir du
tryptophane, un acide aminé essentiel. Ce sont
principalement les protéines animales (oeufs, lait, volaille,
notamment) qui fournissent à l'organisme le tryptophane
dont il a besoin pour fabriquer la vitamine B3. Pour cette
production, le corps a aussi besoin de vitamine B6, B2 et
135 136
de magnésium.
Nicotinamide : Vitamine B3 ou PP Riboflavine : Vitamine B2
La niacine est à l’origine de deux importants coenzymes La vitamine B2, aussi appelée riboflavine, est une vitamine
qui participent à plus de 200 réactions enzymatiques; elle est hydrosoluble qui intervient dans de nombreuses réactions
donc partie prenante d’un grand nombre de fonctions: énergétiques de l'organisme. Elle sert de co-enzyme,
- Elle permet notamment la dégradation et l'utilisation des c'est-à-dire qu'elle doit se combiner avec un autre enzyme
protéines, des lipides et des glucides. pour être efficace, dans de très nombreuses réactions
- Elle joue un rôle dans la formation des globules rouges, la d'oxydo-réduction.
circulation sanguine, le transport de l’oxygène aux cellules,
le fonctionnement du système digestif et du système Comme toutes les autres vitamines, elle n'est pas fabriquée
nerveux. par l'homme : elle doit être apportée à l'organisme par les
- Elle est également nécessaire à la synthèse des hormones aliments.
sexuelles et à la production des neurotransmetteurs. 137 138
Facteurs de croissance 2.1 Milieu de culture pour les

Thiamine : Vitamine B1 fermentations industrielles
coenzyme essentielle à certaines décarboxylases.
indispensable à la transformation des glucides en énergie
par le cycle de Krebs Facteurs de croissance
permet la dégradation du pyruvate Les vitamines, les acides aminés, les purines et les
Biotine : Vitamine B8 pyrimidines sont le plus souvent apportés par les
nécessaire à la croissance cellulaire sources de carbone et d'azote.
Acide folique : Vitamine B9 ou folate Par exemple, le corn-steep liquor contient entre autres des
quantités importantes de biotine, acide folique, nicotinamide et
Production des cellules
riboflavine.
Nicotinamide : Vitamine B3 ou PP
transport de l’oxygène aux cellules ll est cependant parfois nécessaire de rajouter au milieu
de culture le facteur de croissance indispensable au
Riboflavine : Vitamine B2 développement du micro-organisme.
co-enzyme + très nombreuses réactions d'oxydo-
139 140
réduction.
Facteurs de croissance
n-octadecane
Le point

phenanthrene
Rhodococcus erythropolis
KCCBO 202
Cellulomonas
141
Vitamin requirements of hydrocarbon-utilizing soil bacteria 142
flavigena KCCBW 201
Critè
Critères économiques des milieux de culture Caracté
rendement maximum de produit ou de biomasse par l'eau
masse de substrat
concentration maximale de produit ou de biomasse ; et d’azote
production la plus faible de métabolites indésirables ; des éléments minéraux
facilité de fabrication du milieu de culture ;
Considération du feedstock
absence de problèmes technologiques

143 144
Caracté
l'eau l'eau
Précurseurs et régulateurs métaboliques Précurseurs et régulateurs métaboliques
pH, Température et Concentration saline pH, Température et Concentration saline
Anti-mousses 145
Anti-mousses 146
2.1 Milieu de culture pour les Précurseurs et régulateurs

fermentations industrielles métaboliques
Pré
Précurseurs et régulateurs mé
métaboliques Précurseur du composé à produire
Afin de privilégier la production d'un produit, le Acide phé
phénylacé
nylacétique pour la production de
milieu est souvent supplémenté : pénicilline G
soit d'un précurseur du composé à produire ; pour éviter la synthèse de pénicillines D, F, DF ou K (dont les
chaînes latérales R sont représentées par des radicaux des
soit d'un inducteur d'une voie métabolique à
acides n-hexanoïque, A3-hexanoïque et n-octanoïque)
privilégier ;
soit d’un inhibiteur d’une voie métabolique non
souhaitée.
147 148
Précurseurs et régulateurs Précurseurs et régulateurs
métaboliques métaboliques
Précurseur du composé à produire Inducteur d’une voie métabolique à privilégier
Acide phé
phénylacé
nylacétique pour la production de Pectine pour la production de pectinases
pénicilline G La production de pectinases par Aspergillus spp. nécessite
une induction de leurs synthèses par la présence de pectine
pour éviter la synthèse de pénicillines D, F, DF ou K (dont les dans le milieu.
chaînes latérales sont représentées par des radicaux des
La pectine est un hétéropolyoside complexe de haut poids
acides n-hexanoïque, A3-hexanoïque et n-octanoïque)
moléculaire qui induit l'expression des gènes codant diverses
et afin d’orienter la biosynthèse vers la production de pectinases comme la polygalacturonase, la pectinelyase et la
pénicilline G (qui présente une chaîne latérale benzyle), pectine méthylestérase.
149 150

Inducteur d’une voie métabolique à privilégier Inducteur d’une voie métabolique à privilégier
Pectine pour la production de pectinases Pectine pour la production de pectinases
La production de pectinases par Aspergillus spp. nécessite Les produits de faible poids moléculaire issus de la
une induction de leurs synthèses par la présence de pectine dégradation de la pectine comme l’acide galacturonique
dans le milieu. produisent le même effet sur l’expression de ces trois
La pectine est un hétéropolyoside complexe de haut poids gènes.
moléculaire qui induit l'expression des gènes codant Les inducteurs ajoutés dans le milieu de culture sont des
diverses pectinases comme la polygalacturonase, la sources riches en pectine comme la pulpe de betteraves ou
pectinelyase et la pectine méthylestérase. l’écorce d’agrume.
Est-ce logique?
151 152
Inhibiteur d’une voie métabolique non souhaitée Inhibiteur d’une voie métabolique non souhaitée
NaHSO3 pour la production de glycerol NaHSO3 pour la production de glycerol
Pour que Saccharomyces cerevisiae produise du glycérol, Pour que Saccharomyces cerevisiae produise du glycérol,
on ajoute dans le milieu du NaHSO3. on ajoute dans le milieu du NaHSO3.
Rappel
Fermentation
alcoolique
153 154

Voie métabolique Voie métabolique

privilégiée privilégiée
155 156
Rappel
Fermentation
alcoolique
157 158
Précurseurs et régulateurs 2.1 Milieu de culture pour les

métaboliques fermentations industrielles
Inhibiteur d’une voie métabolique non souhaitée Caracté
NaHSO3 pour la production de glycerol l'eau
Pour que Saccharomyces cerevisiae produise du glycérol,
on ajoute dans le milieu du NaHSO3.
Voie métabolique
alternative et d’azote
des éléments minéraux
Précurseurs et régulateurs métaboliques
pH, Température et Concentration saline
159
Anti-mousses 160
Caracté
Caractéristiques des milieux de culture pH
l'eau Paramètre très important de la croissance/production.
des sources de carbone, d'énergie Contrôlé par addition de base ou d'acide.
Souvent, les pH optimaux ne sont pas identiques
et d’azote pour les phases de croissance et de production.
des éléments minéraux Les phosphates sont utilisés comme systèmes
et éventuellement des facteurs de croissance tampons si il n'y a pas de régulation externe du pH.
Précurseurs et régulateurs métaboliques Le carbonate de calcium (craie) permet de tamponner
les milieux de culture à pH 7,0.
pH, Température et Concentration saline
Anti-mousses 161 162
pH pH
Hydrogen-ion concentration (pH) Different organisms have different pH
affects the activity of enzymes and optima:
therefore the microbial growth rate. for many bacteria from pH = “3 – 8”;
for yeast, pH = 3 - 6;
The optimal pH for growth may be for molds, pH = 3 - 7;
different from that for product for plant cells, pH= 5 - 6;
formation. Generally, the acceptable and for animal cells, pH = 6.5 - 7.5.
pH range varies about the optimum
by 1-2 pH units.
163 164
pH pH
Many organisms have mechanisms
to maintain intracellular pH at a
relatively constant level in the
presence of fluctuations in
environmental pH.
When pH differs from the optimal

value, the maintenance energy
requirements increase.
One consequence of different pH

optima is that the pH of the
medium can be used to select one
organism over another. 165 166
pH pH (cycle de l’l’azote)
Les flux qui prédominent dans
des conditions aéaérobies sont
indiqués par des flè
flèches
vides.
vides
Les processus anaérobies
correspondent aux flèches
pleines.
Les processus qui s’effectuent
aussi bien en conditions
aérobies qu’anaérobies sont
représentées par des flèches
hachurées.
167 168
pH (cycle de l’l’azote) pH (cycle de l’l’azote : NH4+)
In most fermentations, pH can vary substantially. Often the
Les genres importants
nature of the nitrogen source can be important. If ammonium is
participant au cycle de l’azote
sont indiqués. the sole nitrogen source, hydrogen ions are released into the
medium as a result of the microbial utilization of ammonia,
La réduction de NO3- en NH4+ resulting in a decrease in pH.
peut être soit anabolique si
NH4+ est incorporé dans les
substrats organiques (ex : les
acides aminés), soit
catabolique si elle s’opère
pendant la respiration sur NO3-
ou NO2- (ces anions servent
alors d’accepteurs d’électrons
terminaux).
169 170
pH (cycle de l’l’azote : NO3-) Tempé
Température
If nitrate is the sole nitrogen source, hydrogen ions are
removed from the medium to reduce nitrate to ammonia,
resulting in an increase in pH. Also, pH can change because of Triple influence :
the production of organic acids, the utilization of acids - Période de latence
(particularly amino acids), or the production of bases. The
-µ
evolution or supply of CO2 can alter pH greatly in some systems
(e.g. seawater or animal cell culture). Thus, pH control by -…
means of a buffer or an active pH control system is important.
171 172
Tempé
Température Tempé
Température
Un psychrophile (ou psychrotolérant ou cryophile) est un type
d'organisme adapté et capable de survivre à des températures
froides par exemple dans les mers polaires ou les abysses (90
% du volume des océans est en dessous de 5 °C, les sols gelés
Pasteurisation
ou dans les glaciers.
173 174
Tempé
Température Tempé
Température
Des représentants de la majorité des taxons* du vivant sont Psychrotrophe est un terme utilisé pour qualifier des
capables de vivre provisoirement dans des environnements avec organismes (bactéries en particulier) psychrophiles et
des températures juste en dessous de 0 °C, mais on ne les dit mésophiles de -2°C à 37°C.
en théorie organismes psychrophiles que s'ils ont besoin de ces
basses températures pour assurer tout leur cycle de vie (leur
température optimale de vie doit être inférieure à 15 °C et ils ne
croissent pas ou meurent au delà de 15 °C). On ne connaît pas
(en 2008) d'organismes capables de se reproduire en dessous
de -12 °C.
*Ensemble d'êtres vivants partageant certaines caractéristiques, à partir desquelles est

établie leur classification (variété, espèce, genre, famille, classe, embranchement, 175 176
etc.).– cf. taxinomie ou taxonomie
Tempé
Température Tempé
Température
L'adjectif mésophile se réfère à un organisme qui croît dans des L'adjectif mésophile se réfère à un organisme qui croît dans des
conditions de température modérée. Classiquement, on parle de conditions de température modérée. Classiquement, on parle de
bactéries mésophiles lorsqu'elles croissent à des températures bactéries mésophiles lorsqu'elles croissent à des températures
comprises entre 20 et 40 °C. comprises entre 20 et 40 °C
Température corps
Humain!!!
177 178
Tempé
Température Concentration saline
Les organismes thermophiles (du grec thermê, chaleur et philein, Les micro-organismes halophiles exigent pour se
aimer) ou hyperthermophiles sont des organismes qui ont besoin
d'une température élevée pour vivre. Ils font partie des organismes développer des concentrations élevées en chlorure
extrémophiles. sodique, souvent au-dessus de 0.2M
Les micro-organismes osmophiles se développent
dans des milieux de pressions osmotiques élevées
ou de gamme de l’activité de l’eau proche de
l’unité.
sources chaudes comme le
Grand Prismatic Spring, au Parc
national de Yellowstone.
Dans des fumeurs tels que celui-ci vit l'archéobactérie
Pyrolobus fumarii qui ne se reproduit qu'au-dessus de 90
°C, et jusqu'à 113 °C (mais toujours sous une pression
très élevée). 179 180
Concentration saline : halo-
halo- Concentration saline
Un organisme halotolérant est un organisme capable de
s'adapter à de très fortes concentrations en sel. La figure montre quatre profils
différents de la dépendance
La plupart des halotolérants sont des bactéries et des microbienne à la concentration en
algues unicellulaires. NaCI. Les courbes sont uniquement
Ils peuvent s'adapter à ces conditions en fabriquant de illustratives et ne sont pas destinées à
donner des formes précises ou des
petites molécules en très grandes quantités, telles que du concentrations requises pour la
glycérol, molécules qui s'accumulent au cœur des cellules. croissance.
Ceci a pour effet de réguler la pression osmotique. L'eau
ne s'échappe plus des cellules et les conditions
biochimiques ne sont pas inhibées.
181 182
Concentration saline : osmo-
osmo- Concentration saline : osmo-
osmo-
La levure Les micro-organismes sont influencés par des modifications de la concentrations
Préfèrent les milieux dont la
Osmophile Saccharomyces osmotiques de leur milieu, parce qu’ils en sont séparés par une membrane
pression osmotique est élevée.
rouxii cytoplasmique perméable sélective.
Organisme croissant dans des Si un micro-organisme est placé dans une solution hypotonique, de l’eau entrera
Certaines dans la cellule et provoquera l’éclatement à moins que quelque chose
milieux où l’activité en eau aw et les
Osmotolérant moisissures et n’empêche l’influx ou inhibe l’expansion de la membrane.
concentrations osmotiques sont
levures
très variées. Inversement, si il est placé dans une solution hypertonique, de l’eau s’échappera
de la cellule.
Préfèrent un environnement où
l’activité de l’eau aw est faible et ne
Xérophile Souvent des
se développent pas si aw est
Xérotolérant mycètes
élevée (préfèrent un milieu très
sec). 183 184
osmo-
Les micro-organismes sont influencés par des Chez les micro-organisme qui ont une paroi, la membrane se rétracte de la paroi,
modifications de la concentrations osmotiques un processus appelé plasmolyse. La déshydratation de la cellule dans les milieux
de leur milieu, parce qu’ils en sont séparés hypertoniques peut endommager la membrane et bloquer son métabolisme.
par une membrane cytoplasmique perméable
sélective.
Il est évident qu’il est important que les micro-organismes puissent répondre aux
Si un micro-organisme est placé dans une
changements de la concentration osmotique de leur milieu.
solution hypotonique, de l’eau entrera dans la
cellule et provoquera l’éclatement à moins que
quelque chose n’empêche l’influx ou inhibe
Dans les milieux hypotoniques, ils peuvent réduire la concentration osmotique de
l’expansion de la membrane.
leur cytoplasme en employant plusieurs mécanismes.
Inversement, si il est placé dans une solution
hypertonique, de l’eau s’échappera de la
cellule. 185 186
osmo-
Par exemple, certaines bactéries possèdent des canaux mécanosensibles (MS) Par exemple, certaines bactéries possèdent des canaux mécanosensibles (MS)
dans la membrane cytoplasmique. Dans un milieu hypotonique, la membrane dans la membrane cytoplasmique. Dans un milieu hypotonique, la membrane
s’étire en raison de l’accroissement de la pression hydrostatique et du s’étire en raison de l’accroissement de la pression hydrostatique et du
gonflement de la cellule. gonflement de la cellule.
Les canaux MS s’ouvrent pour permettre aux solutés de s’échapper. Ils peuvent Les canaux MS s’ouvrent pour permettre aux solutés de s’échapper. Ils peuvent
donc agir comme des valves d’échappement protégeant les cellules contre un donc agir comme des valves d’échappement protégeant les cellules contre un
éclatement. Comme de nombreux protistes n’ont pas de paroi, ils utilisent des éclatement. Comme de nombreux protistes n’ont pas de paroi, ils utilisent des
vacuoles pulsatiles pour expulser de l’eau. vacuoles pulsatiles pour expulser de l’eau.
187 188
osmo-
Qu’ils soient dans des milieux hypotoniques ou hypertoniques, de nombreux Dans un milieu hypertonique, la plupart des bactéries et des archées augmentent
micro-organismes maintiennent une concentration osmotiques cytoplasmique un leur pression osmotique interne par la synthèse ou l’adsorption de choline et de
peu supérieure à celle de leur habitat de sorte que la membrane plasmique est bétaïne. Elles utilisent également des acides aminés comme la proline et l’acide
toujours fermement appliquée contre la paroi cellulaire. Ils le font grâce à des glutamique ainsi que des niveaux élevés d’ions potassium et chlorure.
solutés compatibles, des substances chimiques dont les concentrations
intracellulaires peuvent être maintenues à un niveau élevées sans interférer avec
le métabolisme et la croissance.
Bétaïne : composés zwitterioniques

Choline : nutriment essentiel dont l'atome portant la charge positive
généralement rangé dans la ne porte pas d'atome d'hydrogène et
classe des vitamines B. n'est pas adjacent à l'atome portant la
189 charge négative 190
osmo-
Dans un milieu hypertonique, la plupart des bactéries et des archées augmentent
P
aw =
leur pression osmotique interne par la synthèse ou l’adsorption de choline et de
bétaïne. Elles utilisent également des acides aminés comme la proline et l’acide
glutamique ainsi que des niveaux élevés d’ions potassium et chlorure. P0
Eau disponible
Les protistes photosynthétiques et les champignons emploient le saccharose et Eau libre – eau liée
les polyols (ex : arabitol, glycérol et mannitol) dans le même but. Les polyols et
les acides aminés sont des solutés parfaits pour cette fonction, car ils ne
perturbent ni la structure ni la fonctions des enzymes.
191 192
osmo- Concentration saline
La présence et la disponibilité de l’eau affectent aussi la capacité des micro-
organisme de coloniser les aliments.
En séchant simplement un aliment, on peut maîtriser ou éviter sa détérioration.
On peut rendre l’eau mois disponible, même si elle est présente, en ajoutant des
solutés comme le sucre et le sel. La disponibilité de l’eau est mesurée en terme
d’aw.
Quand on ajoute de grandes quantités de sucre ou de sel aux aliments, la
plupart des micro-organisme y sont déshydratés par les conditions Salmonella spp. (mixed inoculum of S. thompson, S. Stanley and S. infantis)
hypertoniques et ne se multiplient pas. grown in tryptone soya broth laboratory media and effected by storage
temperature, NaCl concentration, and pH level
Validation of a model for predicting the combined effect of three environmental factors on
193
both exponential and lag phases of bacterial growth: temperature, salt concentration and 194
pH
Concentration saline Concentration saline
Growth curves of D. hansenii at 20°C,

pH 5.3 and at 1% (w/v) NaCI (■), 6% (w/v)
NaCI (●) and at 12% (w/v) NaCI (▲)
determined by flow cytometry after
staining with FDA (fluorescein diacetate).
FC(0), the initial flow cytometric count;
FC(t), flow cytometric count at the time of
sampling.
Three-dimensional response surface of the predicted lag phase duration (L) of
D. hansenii as a function of temperature and NaCl at pH 5.3.
The combined effects of temperature, pH and NaCl on growth of Debaryomyces hansenii 195
The combined effects of temperature, pH and NaCl on growth of Debaryomyces hansenii 196
analyzed by flow cytometry and predictive microbiology analyzed by flow cytometry and predictive microbiology
Caracté
l'eau l'eau
Précurseurs et régulateurs métaboliques Précurseurs et régulateurs métaboliques
pH, Température et Concentration saline pH, Température et Concentration saline
Anti-mousses 197
Anti-mousses 198
Anti-
Anti-mousses Anti-
Anti-mousses
La formation de mousse est principalement liée à la Si la quantité de mousse formée est excessive,
présence de protéines dans le milieu, qui sont plusieurs problèmes peuvent se poser, avec entre
dénaturées à l’interface air-milieu de culture lorsque autres :
l'agitation et l'aération deviennent trop importantes.
199 200
Anti-
Anti-mousses Anti-
Anti-mousses
Si la quantité de mousse formée est excessive, Les anti-mousses sont des agents actifs de surface
plusieurs problèmes peuvent se poser, avec entre réduisant la tension de surface de la mousse et
autres : déstabilisant les films protéiques. Ils doivent :
un dépôt des micro-organismes sur les parties supérieures réduire la mousse existante et prévenir la formation de
du bioréacteur ; mousse ;
une humidification des filtres à air entraînant des possibilités être stables et actifs à de faibles concentrations ;
de contamination ; avoir une bonne dispersion dans le milieu ;
une perturbation des éléments de contrôle et de régulation être peu onéreux ;
(électrodes) ; résister à la stérilisation.
une diminution des transferts de chaleur ;
une diminution du volume du milieu de culture.
201 202
Anti-
Anti-mousses Anti-
Anti-mousses
Les anti-mousses sont des agents actifs de surface Les anti-mousses les plus utilisés sont, par
réduisant la tension de surface de la mousse et exemple, les alcools supérieurs (stéaryl et octyl
déstabilisant les films protéiques. Ils ne doivent pas : décanol), les esters, les acides gras et dérivés
être toxiques pour les humains, les animaux et les micro- contenus dans les huiles végétales et le saindoux, les
organismes ; silicones, les sulfonates, le polypropylène glycol, etc.
être métabolisés par les micro-organismes ;
empêcher les transferts de dioxygène ;
diminuer la production/le rendement ;
poser des problèmes pour les étapes ultérieures
d'extraction et de purification.
203 204
Anti-
Anti-mousses Anti-
Anti-mousses
Capteurs anti-mousse Capteurs anti-mousse
-Impédance
-Encrassement/éclaboussures
→ faux positifs
-Délai de temporisation : 1-25s
(fonction de mousse légère ou
dense)
205 206
Caracté
l'eau •l'eau
•sources de carbone et d’azote
des sources de carbone, d'énergie •des éléments minéraux
•facteurs de croissance
et d’azote •Précurseurs et régulateurs métaboliques
•pH, Température et Concentration saline
des éléments minéraux •Anti-mousses
et éventuellement des facteurs de croissance On donne, au

minimum, aux
Précurseurs et régulateurs métaboliques micro-organismes
Le reste va dépendre des
pH, Température et Concentration saline ce dont ils ont
exigences de production
besoin.
(rendement, sélection de
Anti-mousses 207 métabolites…). 208
Caracté
Caractéristiques des milieux de culture Exercices
Donner le rôle de chaque composant des
milieux de culture du tableau suivant
permettant la production de pénicilline et
d’acides clavulanique et glutamique.
Pénicilline G
209 210
Exercices Exercices
Donner le rôle de chaque composant des Donner le rôle de chaque composant des
milieux de culture du tableau suivant milieux de culture du tableau suivant
permettant la production de pénicilline et permettant la production de pénicilline et
d’acides clavulanique et glutamique. d’acides clavulanique et glutamique.
L'acide clavulanique est un inhibiteur de la bêta-lactamase produites par des bactéries à L'acide glutamique (ou glutamate sous la forme anionique de l'acide glutamique) est l'un des
Gram + et à Gram -, administré conjointement avec certaines pénicillines (telles que 20 acides-α-aminés naturels constituant les protéines. Sa chaîne latérale contient un résidu
l'amoxicilline et la ticarcilline) afin d'en élargir le spectre. Il s'agit d'une bêta lactamine dont carboxyle, ce qui en fait un acide aminé « acide », dicarboxylique, polaire.
l'activité antibiotique est très faible, mais sa liaison avec les bêta-lactamases est irréversible.
211 212
C'est une substance naturelle produite par Streptomyces clavuligerus
Exercices Exercices
La production industrielle des exhausteurs de
La spiramycine (antibiotique) est produite
goût a fait l’objet de recherches importantes, en
particulier au Japon : à titre d”exemple, ce pays industriellement par Streptomyces
produit 2 500 tonnes d'inosine-5'- ambofaciens depuis plus de vingt ans.
monophosphate (5’IMP) par an. Le 5’lMP est
produit par fermentation de Brevidebacterium Le milieu de production est un milieu
ammoniogenes. liquide complexe, utilisant quelques sous-
produits de l'industrie agroalimentaire. Sa
Le milieu de production est donné dans le composition est détaillée dans le tableau
tableau ci-joint. Cette souche nécessite pour
ci-joint.
cultiver la présence de nombreux facteurs de
croissance.
Analyser la composition de ce milieu en
A l'aide d'exemples choisis dans le tableau ci- donnant le ou les intérêts des différents
joint, indiquer la nature chimique des différentes constituants.
catégories de substances.
213 214

5’lMP fermentations industrielles
Procé
Procédés de fermentation et bioré
bioréacteurs
Les souches microbiennes et leurs milieux
de culture
Le bioré
bioréacteur et ses équipements
Suivi de la fermentation et ré
régulation
Extraction et purification des produits
Différence majeure ? œuvre à l’échelle
’échelle pilote
spiramycine 215 216
Les souches microbiennes et leurs Les souches microbiennes et leurs
milieux de culture milieux de culture
2.2 Sté
Stérilisation du milieu de culture et des 2.2 Sté
composé
composés ajouté
ajoutés composé
composés ajouté
ajoutés
préparation 2.3 Souches microbiennes et pré
préparation
de l'inoculum de l'inoculum
217 218
Les souches microbiennes et leurs

milieux de culture
2.2 Sté
composé
composés ajouté
ajoutés

préparation
de l'inoculum
219

02 Souches Microbiennes Et Milieu de Culture

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Plan Général du Cours

Procédés de fermentation et bioréacteurs

Les souches microbiennes et leurs

2.1 Milieu de culture pour les

Voir document annexe Hétérotrophe

Gemmothérapie (domaine de la phytothérapie)

Huile de sésame Na2HPO4 NH4H2PO4 Na2HPO4

production la plus faible de métabolites indésirables ;

facilité de fabrication du milieu de culture ;

Extraction de lipides en voie aqueuse par bioréacteur enzymatique combiné à

Les effluents obtenus seront traités par ultrafiltration.

Y. lipolytica fait partie des micro-organismes dits « oléagineux »,

un stockage prolongé peut provoquer une l’extraction et la purification des métabolites

Des agents chélatants (citrate, succinate, acétate) sont ajoutés

Facteurs de croissance 2.1 Milieu de culture pour les

2.1 Milieu de culture pour les

absence de problèmes technologiques

2.1 Milieu de culture pour les Précurseurs et régulateurs

Précurseurs et régulateurs Précurseurs et régulateurs

Précurseurs et régulateurs Précurseurs et régulateurs

Voie métabolique Voie métabolique

Précurseurs et régulateurs 2.1 Milieu de culture pour les

When pH differs from the optimal

One consequence of different pH

*Ensemble d'êtres vivants partageant certaines caractéristiques, à partir desquelles est

Bétaïne : composés zwitterioniques

Growth curves of D. hansenii at 20°C,

et éventuellement des facteurs de croissance On donne, au

2.1 Milieu de culture pour les

Les souches microbiennes et leurs

2.3 Souches microbiennes et pré

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