DIU Neuro oncologie 2023

Altérations épigénétiques des tumeurs gliales

Jean Mosser
OSS, Inserm U1242, Université de Rennes1
Service de Génétique Moléculaire et Génomique, CHU de Rennes
Altérations épigénétiques dans le gliome

I-Epigénétique et cancer

II-Epigénétique et gliome

III-Conclusion - perspective
I – Epigénétique et Cancer

Gènes actifs (ouverts) – Gènes inactifs (éteints)

Set de gènes actifs à comportement normal cellulaire
à profil d’expression génique

Comportement anormal d’une cellule <-> changement du profil génique

Maintien du comportement normal ou patho suppose un mécanisme de

transmission du profil d’expression génique

Épigénétique = modif de l’expression génique stable

(héritable) au cours des divisions cellulaires (Mi, Mé)
et non codés dans ADN (sans modification de la séquence d’ADN)

Hérédité épigénétique de l’info au niveau de l’expression

Hérédité dynamique, plastique à réversible
Intérêt particulier : cible thérapeutique, marqueurs diagnostiques
A-Dynamique de la chromatine

Chromatine = forme condensé de l’ADN et histones dans le noyau

Nucléosome : 147pb enroulé autour d’un octamère (2 copies H2A, 2B H3 et H4)
Chromatine : superstructure dynamique

Expression = f(condensation de la chromatine)

Degré de condensation :
-condensée : ADN inaccessible gene « off »
-Relachée : ADN accessible gene « on »
Dynamique de la chromatine sous le contrôle de 3 processus épigénétiques :
- DNA méthylation
- Modifications post-T des histones
- RNA non codant

Mécanismes interconnectés : interagissent et se stabilisent

B- Méthylation de l’ADN

-dinucléotides CpG -> 5mCpG

-3 DNMTs DNAMethyltransferase
-DNMT1 : maintenance
-DNMT3a, 3b : de novo

Génome pauvre en CpG - CpG méthylés (5% des C de l’ADN)

70% des CpG méthylés – ADN silencieux (transposons) – stabilité génome
CpG non méthylés : îlots CpG en 5‘gènes (promoteur de 60-70% gènes)

Méthylation des ilots CpG -> repression transcriptionnel

interfère interaction cis-trans et initiation de la T
recrute les MBP (MeCP2) connection avec la MPT des histones
Nv de répression corrélé à la densité en CpG et le degré de 5mCpG
C-Modifications des histones
Nucléosome : 2x H2A, 2B, 3, 4
queue amino-ter : modifications
degré d’interaction avec ADN

Histone deacetylase
Acetylase
mét transferase

Modifications / code histone : condensation de la chromatine

Acétylation des K (neutralise charge positive)
Histone acétylée, ADN non met : ADN actif, transcription active
Histone deeacetylée, ADN met : ADN silencieux, transcription réprimée
Méthylation
H3-K9 signature du DNA silencieux, transcription réprimée
(hétérochr, X inactif, promoteur réprimé)
H3-K4 promoteur actif, transcription active
H3-K27me3 : marque répressive (EZH2 / polycomb 2)
…
Multitude de combinaisons = code histone lu et interprété par différents
facteurs cellulaires -> dynamique de la chromatine
 Code épigénétique des histones

Type of Histone
modification
H3K4 H3K9 H3K14 H3K27 H3K79 H4K20 H2BK5
mono-methylation repression activation activation activation activation
di-methylation activation repression repression activation
tri-methylation activation repression repression repression repression
acetylation activation activation

Également :
Phosphorylation
Ubiquitination
ADP-ribosylation

….

-> marques épigénétiques à code histone à contrôle de la dynamique de la chromatine

D-Épigénétique et cancer
Cancer = processus de +s étapes - accumulation d’erreurs
génétiques et/ou épigénitiques -> transformation cellulaire
Dérive épigénétique / age : hypoM / hyperM -> csq

Réversibles
Précoces

DNA repeat

CpG

CpG méthylé

Thérapies anti-cancer
Inhibiteurs de DNMT
(5 azacitidine, 5-aza-2’-deoxicitidine) [Robertson 2005]
A-Méthylation de novo des îlots CpG
rare ds C somatique, méthylation progressive des îlots CpG
3e mécanisme dans l’hypothèse de Knudson

-> inactivation de gènes suppresseurs de tumeurs

ØCancers sporadiques
ØDépend du gène et du type de tumeurs

9-49 % P16 -> 15 types de cancers

10-20 % BRCA1 - cancers sporadiques sein, ovaire
84 % MLH1 - CCR IM
VHL….

2-DNA hypométhylation

Globale au cours du vieillissement

-> activation oncogène
-> instabilité chromosomique

Prise en compte dans démarche diagnostique

II-Epigenetique et Gliomes infiltrants

Exemple expérimental GBM IDH-wt / Stupp

1-altérations somatiques et modifications épigénétiques

IDH, H3.3 et H3.1

2-Marques épigénétiques ciblées

MGMT et DGKI

3-Marques épigénétiques globales : Méthylome

GBM
616 CpG 5N 50 IDH-WT GBM / Stupp
440 HM

PRC2 target
Within CGI
176 hM
616 CpG 5N 50 IDH-WT GBM / Stupp
440 HM

PRC2 target
Within CGI
176 hM

S ?
té /O
né i
o gé
h é tér
rte
Fo
1-Altérations somatiques
IDH

Séquençage du génome 22 GBM NGS

Identification de mutations
récurrentes

➡ IDH1 dans les glioblastomes

(Parsons et al. 2008)
➡ H3F3A - glioblastomes pédiatriques
(Schwartzentruber et al. 2012)
Altérations transversales : IDH

Mutations ponctuelles récurrentes

mutuellement exclusives
codon R132 IDH1 > R172 IDH2,

Présentes à des fréquences variables

ds plusieurs types de gliomes

A-II (90%), A-III (73%),

GBM-II (85%), O-II (84%), O-III (94%)
GBM-I (5%), A pilocytique (0%)
Rare dans les gliomes de l’enfant
Gliomes hémisphériques pédiatriques

Marqueur pronostique
indépendant du grade
Elément diagnostique (WHO 2016)
à Gliomes IDHm et IDHwt
Yan et al. NEJM 2009, 360: 756
TCGA methylome : classes G-CIMP, IDHm

272 glioblastomes (TCGA)

gene expression cluster

IDH1 mutation

G-CIMP

∼
9 % des glioblastomes
Mutation IDH1
Sous-type Proneural

Âge plus jeune

Survie plus longue

Mutation IDH1 à cible thér.?

[Noushmehr 2010]
IDH : isocitrate DH
Decarboxylation oxydative isocitrate -> a-cetoglutarate

2 isoformes
IDH1 : cytoplasme isocitrate
IDH2 : mitochondrie [KREBS]
M-IDH

Wt-IDH
2-hydroxyglutarate

a-ketoglutarate
a-KG-dependant dioxygenases

Histone demethylase
5-methylcytosine hydroxylases (TET)

Histone & DNA methylation

Phénotype épigénétique G-CIMP

IDH # G-CIMP : bon pronostic

Turcan et al. Nature, 2012, 479
Histones H3.3 et 3.1

Séquençage Exome 48 GBM pédiatriques

Identification de mutations
récurrentes

➡ IDH1 dans les glioblastomes

(Parsons et al. 2008)
➡ H3F3A - glioblastomes pédiatriques
(Schwartzentruber et al. 2012)
Altérations somatiques des gènes Histone
H3F3A (histone H3.3)
HIST1H3B (histone H3.1)

Mutations somatiques mutuellement exclusives / +IDH

K27M (H3.3 et H3.1) gliomes infiltrant de la ligne médiane de l’enfant (60-90%)
gliome du tronc cérébral
gliome de la moelle
gliome thalamique
G34R/V (H3.3)
gliomes hémisphériques pédiatriques (IDH)

H3 : Nucléosome
H3.3 Expression indépendante de la réplication
K27M (H3.3 et H3.1) marques épigénétiques Ac et Me
-> perte locale de la marque H3K27Me3 ;
-> hypométhylation H3K27 globale
-> DNA hypométhylation de régions oncogéniques du génome
-> augmentation de l ’expression de genes cible de PRC2
G34R/V (H3.3) à proximité du résidu K36
-> perte locale de la marque H3K36Me3 (156 gènes)
-> surexpression de MYCN -> prolifération
-> hypométhylation de l’ADN : G-CHOP (CpG hypomethylator phenotype)
K27M

NH2
EED EZH2
Me
SUZ12
K27 Me
Me
Complexe PRC2 G34

K36

EZH2 : histone methyl transferase X Gènes cibles de PRC2

K27M

NH2
EED EZH2
SUZ12
M27

Complexe PRC2 G34

K36

î H3K27Me
Hypométhylation ADN

Gènes cibles de PRC2

EZH2 : histone methyl transferase OLIG2
G34R/V

NH2

K27

SETD2 G34
Me
K36 Me
Me

SETD2: histone methyl transferase X Gènes cibles

G34R/V

NH2

K27

SETD2 R/V34

X K36

Distribution anormale de H3K39Me

-> 156 gènes
Hypomethylation de l’ADN
-> region telomerique
-> G-CHOP (CpG hypomethylator phentype)

SETD2: histone methyl transferase X Gènes cibles [MYCN]

Prolifération cellulaire
Mutations Histone : valeur pronostique et potentiellement thérapeutique
Pronostic : H3K27 < H3G34 < IDH

Tests génétiques recommandé par la classification WHO 2016

A faire pour tous les gliomes malins de l’enfant et de l’adulte jeune non muté IDH

H3 -> Incidence pronostique : Gliome du tronc

H3.3K27M pronostic plus sombre que H3.1K27M

Chez adulte :
Mutations rares le plus souvent < 50 ans

Ségrégation anatomique
K27M ligne médiane
G34R/V hémisphères cérébraux
2-Marques épigénitiques ciblées
Méthylation du promoteur de la MGMT

O6-methylguanine-DNA methyltransferase

• Transfère vers son site actif le groupe alkyle des guanines mutées en
O6-guanine
• Protéine de réparation de l’AND modifié par alkylation
• Les agents alkylants provoquent l’arrêt de la division cellulaire par
alkylation des guanines
• L’activité de la MGMT confère aux cellules une résistance aux agents
alkylants (temodal)
• Méthylation du promoteur peut potentialiser l’effet du TMZ
• 40-45% des GBM : MGMT-M
• Frequent dans autres gliomes (MGMTm fortement associé à G-CIMP)

Expression X
MGMT MGMT

ilôt CpG ilôt CpG

hypométhylé hyperméthylé
Méthylation du promoteur de la MGMT

Méthylation du MGMTp : Marqueur prédictif et pronostique

[MGMT Gene Silencing and Benefit from

Temozolomide in Glioblastoma
Hegi et al., NEJM 2009]

•Valeur prédictive de la réponse

au temozolomide
12,6 23,4 •Valeur pronostique
indépendante du traitement
• Importance pour stratification lors
des essais cliniques
•Prise en charge des GBM agés

Hétérogénéité de réponse des MGMT-M

3-Marques épigénitiques globales : Méthylome

Exemple du glioblastome
DKFZ and Co : 6 classes / methylome (Sturm et al. Cancer Cell 2012)

Méthylome G-CIMP
DKFZ and Co : 6 classes intégrées (Sturm et al. Cancer Cell 2012)
CONCLUSION

IDH, Histone H3 à diagnostic moléculaire (PF GM INCa)

MGMTm : pas d’alternative thérapeutique dans le GBM /
GBM âgé ; conversion CàU bisulfite / pyroséquencage

Domaine en développement important et continuel

Consortium allemand [DKFZ]
Classification des tumeurs du SNC par le méthylome (Nature 2018)
à 82 classes /méthylomes distincts
29 classes = entités WHO
29 classes = sous-entités WHO
Autres classes : +/- différentes ou non définies par le WHO
Intérêt diagnostique (OMS 2021) certaines entités rares
Technologie lourde à mettre en œuvre

Cibles thérapeutiques potentielles

ex H3G34 : blocage de MYCN par inhibiteur
IDH : inhibiteur (cholangioK)