DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE — DIAGNOSTIC DIRECT

DIAGNOSTIC DIRECT
Examen direct et
Examen microscopique Isolement et mise en culture IdenCficaCon ATBgramme
l’état frais

• Aspect Après 24h de culture : nommer Etudie le phénotype de sensibilité et

Etat frais = µorganisme Milieux liquides (bouillons) ou solides
macroscopique de la (les) bactérie(s) de résistance d’une souche
vivant (géloses en boîte de Pétri)
l’échanCllon : idée bactérienne —> Intérêt thérapeu3que
globale de l’analyse Critères d’iden3fica3on :
• NuméraCon : Explora3on de la mobilité • Non sélec3f : milieux ordinaires, enrichis • Gram et morphologie Mesure des diamètres d’inhibiCon
quan3fica3on du des bactéries (ex : (gélose au sang frais ou cuit), hémocultures • Mobilité : polaire, péritriche
campylobacter) (incuba3on des flacons dans un automate). • Condi3ons de culture, + le Ø est grand, + la bactérie est
prélèvement
• Spécifiques ou sélec3fs : présence d’ATB sensible
aspect de la colonie,
pour inhiber les bactéries qui pourraient pigments
contaminer le milieu. —> Bactériosta3ques = empêchent la
• Type respiratoire X°
• Chromogènes : couleur spécifique de la • Profil spectre (MALDI-TOF) —> Bactéricides = tuent les bactéries
colonie selon l’espèce isolée • ATBtype
ColoraCon = µorganisme tué IncubaCon
• ± : biomol Mesure de la CMI

• Colora3on de Gram :
Mise en morphologie,
évidence de la groupement (amas ou
bactérie chaînebes), paroi
• Ziehl Neelsen : rechercher
des BAAR (mycobactéries)
Immunofluorescence : -
u3lisée par manque de
sensibilité
• Atmosphères : aérobie, anaérobie, enrichie MALDI-TOF : spectromètre de C° à par3r de laquelle la bactérie arrête
en CO2 ou micro-aérophile masse qui donne le genre et de pousser.
• Températures : 30-37-42°C l’espèce des bactéries en • CMI par diluCon en milieux liquide :
• Durées : 24-72h moins d’1h —> Regarder le C° croissantes et décroissantes d’ATB
profil protéique des bactéries pour tester
• CMI par diluCon en milieu solide :
E-test, pe3te bandelebes chargées
en C° décroissante d’ATB

Sensibilité à par3r de 104 et 105 : si résultats néga3fs, ATTENTION : certaines bactéries ne sont pas
on n’arrête pas le TTT en abendant les résultats de la cul3vables in vivo (T. Pallidum) ou nécessitent
culture des techniques spécialisées (Chlamydiae,
Mycoplasma)

Choix des sites de culture : en fonc3on du site

anatomique, du support de prélèvement et/
ou du type de pathogène recherché
 DIAGNOSTIC DIRECT
Recherche rapide d’Ag bactériens DiagnosCc moléculaire (PCR)

U3lisée en cas d'infecCons graves et permet de AmplificaCon de l’ADN bactérien 2 types de PCR : Indica3ons :
diminuer le délai du diagnosCc de cerCtude —> • PCR non spécifiques ou • Iden3fica3on de la bactérie
Poser le diagnos3c + rapidement Jus3fica3ons : universelles « PCR 16S » —> • Recherche de résistances à certains
• Micro-organismes à croissance lente et/ou Amplifica3on ATB
difficile voire impossible (bact intra-¢R) panbactérienne : • Iden3fica3on de bactéries à par3r
• Micro-organismes avec perte de viabilité prélèvement stérile, pas sur de colonies
Mise en durant le transport des prélèvements prélèvements mul3-
évidence des • TTT préalable par ATB microbiens, nécessite
produits • Urgence : 24 à 72h 48-72h.
bactériens => On ne sait pas ce que l’on
Principe : détec3on / iden3fica3on directe par cherche
amplifica3on de l’ADN bactérien
• PCR spécifique : gêne connu
de la bactérie recherchée,
on recherche une bactérie
en par3culier, technique
rapide < 24h.
=> On sait ce que l’on cherche

DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE — DIAGNOSTIC INDIRECT

DIAGNOSTIC INDIRECT
• Recherche d’Ac de l’hôte vis-à-vis des Ag bactériens
Méthode • Interpréta3on parfois difficile, nécessite 2 sérums à 15 jours d’intervalle (séroconversion)
• Surtout u3lisée pour le diagnos3c de la syphilis : T. Pallidum est non cul3vable
 EXEMPLES PRATIQUES ET BASES D’INTERPRETATION
Contexte clinique ObjecCfs Prélèvement InterprétaCon

Réalisée en cas de fièvre et - Mebre en évidence une Obligatoire + de 5mL. • Hémoc négaCve : risque de FN si < 5mL
de frissons bactériémie • Prélèvement périphérique du sang veineux. • Bactériémie certaine : toutes les hémoc sont +, isolement
- Culture en milieu liquide • Ensemencer au lit du malade des flacons anaérobies et d’un patho non discutable
HEMOCULTURES aérobies avec 5 à 10mL de sang pour un adulte. • Bactériémie douteuse : 1 seule hémoc + avec une bactérie
• Culture à 37°C dans une étuve en agitant le flacon, commensale de la peau ou un contaminant extérieur
pendant 5-10jours (parfois ±15jours). => Tenir compte du contexte clinique, et rechercher d’une porte
d’entrée

Contexte clinique ObjecCfs Résultats Bactéries retrouvées

Suspicion d’infec3ons - Quan3fica3on de la bactériurie et
urinaires de la leucocyturie indispensable
- Modalités de prélèvement sont
primordiales
ECBU - Iden3fica3on et ATBgramme
• Aspect macroscopique des urines : couleur (infec3on = • Bactéries à croissance rapide cul3vées dans un milieu
urines troubles) chromogène : entérobactéries (E. Coli dans 60% des cas)
• Infec3on urinaire : leucocyturie > 104/mL et • Bactéries à croissance lente ou difficile : pas recherchée
bactériurie > 104 UFC/mL habituellement
• Autres résultats :
- Bactériurie sans leucocyturie : si infec3on récente
ou mauvaise conserva3on du prélèvement
- Bactériurie plurimicrobienne : contamina3on (IU à
3 germes n’existe pas), sonde urinaire
- Leucocyturie sans bactériurie : infec3on
décapitée, tuberculose (bact non cul3vable)

Contexte clinique LCR normal LCR infecté Isolements bactériens dans le LCR

Si suspicion de méningite
• Aspect limpide : eau de roche
• Leucocytes < 5 éléments / mm3
• Glycorachie = 2/3 glycémie
• Protéinorachie = 0,2 - 0,5 g/L
• Asep3que
• Aspect trouble : eau de riz
• Leucocytes > 10 éléments / mm3
• Hypoglycorachie
• Hyperprotéinorachie
• Recherche de bactéries au Gram et cellularité
• Recherche d’Ag solubles (pneumocoque)
• Culture, iden3fica3on et ATBgramme
En milieux riches
Agents principaux de méningites purulentes :
• Adulte : S. Pneumoniae, N. Meningi?dis, L. Monocytogenes, H.
Influenzae
• Contexte materno-fœtal : S. Agalac?ae, E. Coli K1, L.
Monocytogenes

PONCTION DE Méningites non purulentes dites à « liquide clair » : méningites

virales, bactériennes (M. Tuberculosis, Leptospirose, Brucella)
LCR
 Contexte clinique Analyse Micro-organismes à rechercher Autres prélèvements respiratoires
- Infec3ons pulmonaires Qualité du prélèvement : peu de ¢ Infec3ons communautaires chez un non immunodéprimé Eviter ou diminuer la contamina3on.
basses épith, beaucoup de PNN, ¢ ciliées : Prélèvement plus invasifs et plus stériles
- Echan3llons toujours • S. Pneumoniae, H. Influenzae
contaminés par flore • S. Aureus Il existe : aspira3on trachéale, LBA (valeur diagnos3que ++),
ECBC commensale en ORL • Bactéries atypiques : Mycoplasma, Chlamydiae, biopsie pulmonaire, brossage bronchique protégé
- Quan3fica3on bactérienne Legionella
indispensable à
l’interpréta3on Infec3ons nosocomiales : Pseudomonas, S. Aureus,
Entérobactéries, bactéries anaérobies

Mucoviscidose, immunodéprimés : germes opportunistes

Contexte clinique Analyse

COPROCULTURE En cas de diarrhée • Analyse macro : liquides, molles, moulées, sanglantes, glaireuses
Nécessite des milieux sélec3fs (milieu sélec3f Hektoen) • Examen micro (direct) : dysmicrobisme
• Recherche systémaCque : Salmonelle, Shigella, Campylobacter, Yersinia —> Pathogènes obligatoires

AUTRES A par3r de sites stériles : plèvre, ar3cula3on…

PRELEVEMENTS Ex : ponc3on pleurale avec odeur forte = souvent bactérie anaérobie