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Cours8 HLBI409 PDF
Cours8 HLBI409 PDF
Tonneau à 6 brins
Topologie:
Les brins consécutifs dans la séquence ne sont pas adjacents dans la structure.
PDB : 1PKV
Riboflavine synthase (vue de dessus)
Brin
1: GTAKLVSIDE
2: FRTHVV
3: SVA
4: CCLTVTE
5: HVSFDLM
6: WVNVER
Un acide aminé sur deux est hydrophobe
(celui dont la chaîne latérale est à l’intérieur)
Réaction catalysée par la riboflavine synthase
riboflavine
liée sur le coté du tonneau
La riboflavine synthase est composée de deux domaines identiques
qui fixent deux molécules de riboflavine.
le trimère
le monomère
Chapitre 8 : Domaines
Domaines
- le plus souvent : feuillets parallèles
Les hélices et les feuillets sont en contact.
- en 2 ou 3 couches (système ouvert)
- ou en tonneau
Les Tonneaux
Superfamille Triosephosphate isomerase (TIM ou TPI)
Architecture : Tonneau ou tonneau TIM
entre 7 et 10 brins
Brins parallèles à l’intérieur,
constitués de résidus hydrophobes
(40% des acides aminés des feuillets sont
des V, L ou I)
Le site du substrat:
plusieurs boucles
+ plateforme de résidus
hydrophobes
Domaines ouverts
Si le feuillet β ne forme pas de tonneau, il forme, avec des hélices,
des sandwiches du type αβ, αβα ou encore ββα.
Flavodoxine
Adenylate kinase
Sandwiches Sandwiches
feuillet //
feuillet anti //
Les domaines fixent les nucléotides.
Ribotoxine + ARN
Lysozyme
Bio-informatique structurale
Séquence
? ?
- en hélice (H)
- en feuillet ( E)
- en boucle/coil (C)
- tour (T)
Protein parameters
N K I Y T Q E E R L L G A P L I G D R W V D
H2N C COOH
pK(NH2)
H pK(COOH)
R R
H3N+ C COO-
H
pH
pK1 pK2
3-4 10-11
R R R
H H H
N K I Y T Q E E R L L G A P L I G D R W V D
- pH<2
N-ter : + ; K+; R+, R+ soit charge 4+
-pH=7
N-ter : + ; K+; E- ; E- ; R+ ; D- ; R+ ; D- ; Cter - soit charge 1-
- pH>12,5
Y- ; E- ; E- ; D- ; D- ; Cter - soit charge 6-
Analyse de la séquence primaire
Analyse de la structure secondaire