These

ÉCOLE NATIONALE VÉTÉRINAIRE D’ALFORT
Année 2013
L’IMPACT DE L’ASPERGILLOSE DANS LES

ÉLEVAGES AVICOLES
THÈSE
Pour le
DOCTORAT VÉTÉRINAIRE
Présentée et soutenue publiquement devant
LA FACULTÉ DE MÉDECINE DE CRÉTEIL

le……………
par
Rhliouch Julia
Née le 16 Mars1989 à Paris 13ème
JURY
Président : Pr.
Professeur à la Faculté de Médecine de CRÉTEIL
Membres
Directeur : Monsieur Pascal Arné
Maître de conférences à l’Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort
Assesseur : Monsieur Jacques Guillot
Professeur à l’Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort
LISTE DES MEMBRES DU CORPS ENSEIGNANT
Directeur : M. le Professeur GOGNY Marc
Directeurs honoraires : MM. les Professeurs : COTARD Jean-Pierre, MORAILLON Robert, PARODI André-Laurent, PILET Charles, TOMA Bernard
Professeurs honoraires : Mme et MM. : BENET Jean-Jacques, BRUGERE Henri, BRUGERE-PICOUX Jeanne, BUSSIERAS Jean, CERF Olivier, CLERC Bernard,
CRESPEAU François, DEPUTTE Bertrand, MOUTHON Gilbert, MILHAUD Guy, POUCHELON Jean-Louis, ROZIER Jacques
DEPARTEMENT D’ELEVAGE ET DE PATHOLOGIE DES EQUIDES ET DES CARNIVORES (DEPEC)

Chef du département : M. POLACK Bruno, Maître de conférences
- Adjoint : M. BLOT Stéphane, Professeur
UNITE DE CARDIOLOGIE DISCIPLINE : NUTRITION-ALIMENTATION
- Mme CHETBOUL Valérie, Professeur * - M. PARAGON Bernard, Professeur
- Mme GKOUNI Vassiliki, Praticien hospitalier
DISCIPLINE : OPHTALMOLOGIE
UNITE DE CLINIQUE EQUINE - Mme CHAHORY Sabine, Maître de conférences
- M. AUDIGIE Fabrice, Professeur
- M. DENOIX Jean-Marie, Professeur UNITE DE PARASITOLOGIE ET MALADIES PARASITAIRES
- Mme DUMAS Isabelle, Maître de conférences contractuel - M. BENSIGNOR Emmanuel, Professeur contractuel
- Mme GIRAUDET Aude, Praticien hospitalier * - M. BLAGA Radu Gheorghe, Maître de conférences (rattaché au DPASP)
- M. LECHARTIER Antoine, Maître de conférences contractuel - M. CHERMETTE René, Professeur *
- Mme MESPOULHES-RIVIERE Céline, Praticien hospitalier - M. GUILLOT Jacques, Professeur
- Mme TRACHSEL Dagmar, Maître de conférences contractuel - Mme MARIGNAC Geneviève, Maître de conférences
- M. POLACK Bruno, Maître de conférences
UNITE D’IMAGERIE MEDICALE
- Mme BEDU-LEPERLIER Anne-Sophie, Maître de conférences contractuel UNITE DE PATHOLOGIE CHIRURGICALE
- Mme STAMBOULI Fouzia, Praticien hospitalier - M. FAYOLLE Pascal, Professeur
- M. MAILHAC Jean-Marie, Maître de conférences
UNITE DE MEDECINE - M. MOISSONNIER Pierre, Professeur*
- Mme BENCHEKROUN Ghita, Maître de conférences contractuel - M. NIEBAUER Gert, Professeur contractuel
- M. BLOT Stéphane, Professeur* - Mme RAVARY-PLUMIOEN Bérangère, Maître de conférences (rattachée au
- Mme MAUREY-GUENEC Christelle, Maître de conférences DPASP)
- Mme VIATEAU-DUVAL Véronique, Professeur
UNITE DE MEDECINE DE L’ELEVAGE ET DU SPORT
- M. ZILBERSTEIN Luca, Maître de conférences
- Mme CLERO Delphine, Maître de conférences contractuel
- M. GRANDJEAN Dominique, Professeur * DISCIPLINE : URGENCE SOINS INTENSIFS
- Mme YAGUIYAN-COLLIARD Laurence, Maître de conférences - Vacant
contractuel
DEPARTEMENT DES PRODUCTIONS ANIMALES ET DE LA SANTE PUBLIQUE (DPASP)

Chef du département : M. MILLEMANN Yves, Professeur - Adjoint : Mme DUFOUR Barbara, Professeur
UNITE D’HYGIENE ET INDUSTRIE DES ALIMENTS D’ORIGINE ANIMALE UNITE DE REPRODUCTION ANIMALE
- M. AUGUSTIN Jean-Christophe, Maître de conférences - Mme CONSTANT Fabienne, Maître de conférences
- M. BOLNOT François, Maître de conférences * - M. DESBOIS Christophe, Maître de conférences (rattaché au DEPEC)
- M. CARLIER Vincent, Professeur - M. FONTBONNE Alain, Maître de conférences (rattaché au DEPEC)
- Mme COLMIN Catherine, Maître de conférences - Mme MASSE-MOREL Gaëlle, Maître de conférences contractuel
- M. MAUFFRE Vincent, Assistant d’enseignement et de recherche contractuel
UNITE DES MALADIES CONTAGIEUSES - M. NUDELMANN Nicolas, Maître de conférences (rattaché au DEPEC)
- Mme DUFOUR Barbara, Professeur* - M. REMY Dominique, Maître de conférences*
- Mme HADDAD/HOANG-XUAN Nadia, Professeur
- Mme PRAUD Anne, Maître de conférences UNITE DE ZOOTECHNIE, ECONOMIE RURALE
- Mme RIVIERE Julie, Maître de conférences contractuel - M. ARNE Pascal, Maître de conférences*
- M. BOSSE Philippe, Professeur
UNITE DE PATHOLOGIE MEDICALE DU BETAIL ET DES ANIMAUX DE BASSE-COUR - M. COURREAU Jean-François, Professeur
- M. ADJOU Karim, Maître de conférences * - Mme GRIMARD-BALLIF Bénédicte, Professeur
- M. BELBIS Guillaume, Assistant d’enseignement et de recherche contractuel - Mme LEROY-BARASSIN Isabelle, Maître de conférences
- M. HESKIA Bernard, Professeur contractuel
- M. PONTER Andrew, Professeur
- M. MILLEMANN Yves, Professeur
DEPARTEMENT DES SCIENCES BIOLOGIQUES ET PHARMACEUTIQUES (DSBP)

Chef du département : Mme COMBRISSON Hélène, Professeur - Adjoint : Mme LE PODER Sophie, Maître de conférences
UNITE D’ANATOMIE DES ANIMAUX DOMESTIQUES UNITE D’HISTOLOGIE, ANATOMIE PATHOLOGIQUE
- M. CHATEAU Henry, Maître de conférences* - Mme CORDONNIER-LEFORT Nathalie, Maître de conférences*
- Mme CREVIER-DENOIX Nathalie, Professeur - M. FONTAINE Jean-Jacques, Professeur
- M. DEGUEURCE Christophe, Professeur - Mme LALOY Eve, Maître de conférences contractuel
- Mme ROBERT Céline, Maître de conférences - M. REYES GOMEZ Edouard, Assistant d’enseignement et de recherche contractuel
DISCIPLINE : ANGLAIS UNITE DE PATHOLOGIE GENERALE MICROBIOLOGIE,
- Mme CONAN Muriel, Professeur certifié IMMUNOLOGIE
- M. BOULOUIS Henri-Jean, Professeur
UNITE DE BIOCHIMIE - Mme LE ROUX Delphine, Maître de conférences
- M. BELLIER Sylvain, Maître de conférences*
- Mme QUINTIN-COLONNA Françoise, Professeur*
- M. MICHAUX Jean-Michel, Maître de conférences
UNITE DE PHARMACIE ET TOXICOLOGIE
DISCIPLINE : BIOSTATISTIQUES - Mme ENRIQUEZ Brigitte, Professeur
- M. DESQUILBET Loïc, Maître de conférences - M. PERROT Sébastien, Maître de conférences
DISCIPLINE : EDUCATION PHYSIQUE ET SPORTIVE - M. TISSIER Renaud, Maître de conférences*
- M. PHILIPS Pascal, Professeur certifié
UNITE DE PHYSIOLOGIE ET THERAPEUTIQUE
DISCIPLINE : ETHOLOGIE - Mme COMBRISSON Hélène, Professeur
- Mme GILBERT Caroline, Maître de conférences - Mme PILOT-STORCK Fanny, Maître de conférences
- M. TIRET Laurent, Maître de conférences*
UNITE DE GENETIQUE MEDICALE ET MOLECULAIRE
- Mme ABITBOL Marie, Maître de conférences
UNITE DE VIROLOGIE
- M. PANTHIER Jean-Jacques, Professeur* - M. ELOIT Marc, Professeur
- Mme LE PODER Sophie, Maître de conférences *
* responsable d’unité
REMERCIEMENTS
Au Professeur de la faculté de Médecine de Créteil,

Qui nous a fait l’honneur d’accepter la présidence de notre jury de thèse,
Hommage respectueux.
A M. Pascal Arné,
Maître de conférences à l’Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort,
Pour sa présence, sa disponibilité, son soutien, son encadrement,
Mes très sincères remerciements pour m’avoir épaulée tout au long de ce travail, avec
simplicité et gentillesse.
A M. Jacques Guillot,
Professeur à l’Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort,
Pour ses conseils et sa relecture,
Un grand merci.
A M. Christophe Bostvironnois,
Pour avoir partagé ses connaissances et permis la réalisation de notre enquête,
Pour son aide indispensable et son amabilité,
Amitiés et hommage respectueux.
A M. Charles Facon,
Pour sa contribution à ce travail,
Mes sincères remerciements.
A M. Olivier Salandre,
Pour m’avoir offert mon premier pas sur le terrain, que je garde précieusement en souvenir,
comme le parfum délicieux d’une nouvelle expérience, ouvrant des perspectives d’avenir.
Un immense merci.
A l’ensemble des confrères qui ont pris le temps de nous répondre,

Pour leur participation inestimable et leur bienveillance,
Pour m’avoir donné goût à l’aviculture,
Toute ma gratitude.
« La valeur d’un homme tient dans sa capacité à donner et non dans sa capacité à recevoir. »
Albert Einstein
A mon père et ma mère,

Pour votre patience, votre douceur, votre tendresse, votre amour,
Pour m’avoir à deux ans comme à vingt-quatre, redressée dans mes chutes,
Pour m’avoir appris à garder ce souffle porteur que l’on appelle espoir,
Toute ma reconnaissance.
A mon frère, ma Pata, et toute ma famille,
Pour le bonheur qu’ils m’apportent chaque jour,
Vous êtes ma lumière.
A Julien,
Qui m’a appris, par sa droiture, à faire confiance,
Et qui m’a appris, par sa fraicheur, à aimer.
A Anne Sophie, Apolline, mes amis alforiens et arrageois,

Pour tous ces moments idylliques passés ensemble,
Et pour tous les autres que le futur nous réserve.
TABLE DES MATIERES
TABLE DES MATIERES ......................................................................................................1

Liste des abréviations ...........................................................................................................5
Liste des figures et des tableaux ...........................................................................................6
INTRODUCTION ................................................................................................................ 11
PREMIERE PARTIE : BIBLIOGRAPHIE ...........................................................................13
I) Macroéconomie de l’aviculture ........................................................................................ 15
1) Marché mondial ..........................................................................................................15
2) Situation nationale ......................................................................................................17
II) Organisation des filières de production en aviculture ....................................................... 21
1) Spécialisation des élevages avicoles : la structure pyramidale .................................. 25
1.1) Sélection génétique .................................................................................................... 25
1.2) Accouvage ................................................................................................................. 26
1.3) Elevages de production .............................................................................................. 28
1.3.1) Grande diversité de productions ..........................................................................28
1.3.2) Principe de la conduite en bande en tout plein tout vide, commun à tous
les élevages ................................................................................................................... 32
1.3.3) Gestion de l’élevage ............................................................................................ 32
III) Ecologie et biologie de la moisissure Aspergillus fumigatus ...........................................41
1) Historique et classification ......................................................................................... 41
2) Aspect des colonies ..................................................................................................... 42
3) Morphologie microscopique ....................................................................................... 43
3.1) Mycélium d’Aspergillus fumigatus ............................................................................ 43
3.2) Paroi d’Aspergillus fumigatus .................................................................................... 44
3.3) Membrane plasmique d’Aspergillus fumigatus ........................................................... 46
4) Cycle d’Aspergillus fumigatus .................................................................................... 46
5) Pouvoir pathogène et virulence .................................................................................. 50
1
IV) Aspergilloses aviaires ..................................................................................................... 51
1) Epidémiologie ............................................................................................................. 51
1.1) Epidémiologie descriptive ......................................................................................... 51
1.2) Epidémiologie analytique .......................................................................................... 54
1.2.1) Source d’Aspergillus fumigatus ...........................................................................54
1.2.2) Modes de contamination ..................................................................................... 55
1.2.3) Réceptivité et sensibilité ..................................................................................... 63
1.3) Epidémiologie synthétique ......................................................................................... 65
1.4) Impact économique de l’aspergillose ......................................................................... 67
2) Physio-pathogénie....................................................................................................... 67
3) Expression clinique ..................................................................................................... 69
3.1) Chez le poussin : forme aiguë majoritaire .................................................................. 69
3.2) Chez l’adulte : forme chronique majoritaire ............................................................... 70
V) Diagnostic d’aspergillose et traitement en élevage avicole ............................................... 73
1) Diagnostic clinique......................................................................................................73
2) Diagnostic lésionnel .................................................................................................... 73
3) Culture fongique ......................................................................................................... 77
4) Histologie .................................................................................................................... 77
5) Fluorescence et immunohistochimie ..........................................................................79
6) Sérologie ...................................................................................................................... 80
7) Méthodes diagnostiques à l’étude .............................................................................. 80
DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL PERSONNEL ............................................................... 85
I) Matériel et méthodes ......................................................................................................... 87
1) Enquête épidémiologique ........................................................................................... 87
1.1) Population cible ......................................................................................................... 87
1.2) Population source ......................................................................................................87
1.3) Echantillon ................................................................................................................ 87
1.4) Questionnaire d’enquête ............................................................................................ 88
1.4.1) Conception des questionnaires ............................................................................ 88
1.4.2) Test du questionnaire .......................................................................................... 90
1.5) Recueil des informations et relances ..........................................................................90
1.6) Analyses du questionnaire ......................................................................................... 91
2) Exploitation de la base de données Elanco ................................................................ 91
2
2.1) Présentation du laboratoire......................................................................................... 91
2.2) Fonctionnement de la base de données ....................................................................... 91
2.3) Echantillons ............................................................................................................... 93
2.4) Analyse des données brutes ....................................................................................... 93
3) Exploitation de la base de données du Réseau Cristal .............................................. 94
3.1) Présentation du Réseau Cristal ................................................................................... 94
3.2) Fonctionnement de la base de données ....................................................................... 94
3.3) Echantillon ................................................................................................................ 95
3.4) Analyse des données brutes ....................................................................................... 95
II) Résultats .......................................................................................................................... 96
1) Résultats de l’enquête par questionnaire auprès des vétérinaires avicoles .............. 96
1.1) Taux de sondage et taux de retour .............................................................................. 96
1.2) Présentation de l’échantillon ...................................................................................... 98
1.3) Présentation des résultats de l’enquête ....................................................................... 99
1.3.1) Caractéristiques des élevages infectés ................................................................. 99
1.3.2) Expression de la maladie ................................................................................... 105
1.3.3) Diagnostic......................................................................................................... 112
1.3.4) Traitement ........................................................................................................ 113
1.3.5) Facteurs favorisants .......................................................................................... 115
2) Résultats de la base de données Elanco ................................................................... 118
3) Résultats de la base de données du réseau Cristal................................................... 123
III) Discussion .................................................................................................................... 127
1) A propos du questionnaire ....................................................................................... 127
1.1) Choix de la population cible .................................................................................... 127
1.2) Erreurs et biais ......................................................................................................... 127
1.2.1) Biais d’échantillonnage ..................................................................................... 127
1.2.2) Biais d’observation et de mesure ....................................................................... 129
1.3) Analyse des résultats ............................................................................................... 134
2) A propos des bases de données ................................................................................. 138
2.1) Choix des échantillons ............................................................................................. 138
2.2) Biais d’échantillonnage............................................................................................ 138
2.2.1) Base de donnée Elanco ..................................................................................... 138
2.2.2) Base de données du réseau Cristal ..................................................................... 139
3
2.3) Biais de mesure ....................................................................................................... 139
2.4) Analyse des résultats ............................................................................................... 139
2.4.1) Base de données Elanco .................................................................................... 139
2.4.2) Base de données du réseau cristal...................................................................... 140
CONCLUSION .................................................................................................................. 141
BIBLIOGRAPHIE ............................................................................................................. 143
4
Liste des abréviations
AB Agriculture Biologique
ADN Acide Désoxyribonucléique
ANSES Agence Nationale de Sécurité Sanitaire, alimentation, environnement, travail
AOP Appellation d’Origine Protégée
BALT Bronchus-Associated Lymphoid Tissues (tissus lymphoïdes associés aux

bronches)
CAM Chorioallantoic membrane (Membrane Chorioallantoidienne)
CFU Colony Forming Unit (Unité formant colonie)
ELISA Enzyme Linked Immunosorbent Assay (méthode immmmuno-enzymatique)
EUA Etats Unis d’Amérique
GMQ Gain Moyen Quotidien
GMS Gomori Methenamine Silver
HES Hemalun Eosine Safran
IC Indice de Consommation
Ig Immunoglobuline
OAC Œuf à Couver
PAS Acide Périodique Schiff
PI Post Infection
PBS Production Brute Standard
PCR Polymerase Chain Reaction (amplification en chaine par polymérisation)
SSP Service de la Statistique et de la Prospective du Ministère de l'Agriculture
TEC Tonne Equivalent Carcasse
UE Union Européenne
5
Liste des figures et des tableaux
Figure 1 : Principaux producteurs de viande de volailles dans le monde en 2011 (pourcentage de

production, en millions de tonnes (tonnage global : 102 millions de tonnes))
Figure 2 : Évolution de la part des principaux exportateurs dans les échanges mondiaux de
viande de volailles entre 1994 et 2011
Figure 3 : Répartition des espèces de volailles de chair élevées en France en 2011 (pourcentage à
partir de la production en 1000 tec)
Figure 4 : Principaux pays producteurs de viande de volailles dans l’UE à 27 en 2011
Figure 5 : Principaux producteurs d’œufs au sein de l’UE à 27 (pourcentage à partir de la

production en milliards d’œufs (total UE à 27 : 103,5 milliards))
Figure 6 : Organisation schématique des filières avicoles en fonction des produits terminaux
générés
Figure 7a : Hiérarchisation et spécialisation pyramidale des élevages avicoles
Figure 7b : Exemple de croisements entre lignées sélectionnées permettant de générer des

oiseaux de type génétique ABCD destinés aux élevages de production
Figure 8 : Organisation schématique d’un couvoir
Figure 9 : Secteur sale du couvoir : tri et vaccination des poussins
Figure 10 : Points communs et différences de phases d’élevage successives dans les filières
palmipède gras, chair et ponte (œufs de consommation)
Figure 11 : Principaux modes de transfert de chaleur entre l’animal et l’ambiance
Figure 12 : Comparaison de l’efficacité du plumage chez le poussin et chez l’adulte grâce à la

thermographie infra rouge
Figure 13 : Démarrage en ambiance dans un élevage de poulets de chair
Figure 14 : Technique de thermographie infra rouge dans un bâtiment démarrage
Figure 15 : Bâtiment de reproducteurs (Gallus gallus), ventilation type Louisiane (noter les
ouvertures latérales)
Figure 16 : Culture d’Aspergillus fumigatus
6
Figure 17 : Hyphes du champignon Aspergillus fumigatus
Figure 18 : Polysaccharides composant la paroi d’Aspergillus fumigatus
Figure 19 : Caractéristiques ultrastructurales de la paroi du mycélium (a, b) et de la conidie (c, d)

d’A.fumigatus
Figure 20 : Conidiophore d’Aspergillus fumigatus en microscopie électronique à balayage
Figure 21 : Schéma d’une tête aspergillaire
Figure 22 : Cycle du développement des champignons du genre Aspergillus
Figure 23 : Hiérarchisation des 23 maladies les plus importantes chez les volailles en 2011 selon
l’ANSES
Figure 24 : Importance de l’aspergillose parmi les maladies parasitaires et fongiques de la dinde

en 2010 (observation de 3296 lots lors d’autopsie)
Figure 25 : Représentation de l’appareil respiratoire des oiseaux (sacs aériens et poumons)
Figure 26 : Vue dorsale des poumons de la poule
Figure 27 : Sacs aériens de la poule (injection au latex)
Figure 28 : Circulation de l’air dans l’appareil respiratoire des oiseaux pendant l’inspiration (a)
et pendant l’expiration (b)
Figure 29 : Structure d’une parabronche et localisation des macrophages respiratoires
Figure 30 : Œufs infectés par A.fumigatus
Figure 31 : Aspect macroscopique de la membrane chorioallantoïdienne d’œufs embryonnés,

infectés au 10ème jour d’incubation avec 10² conidies d’Aspergillus fumigatus
Figure 32 : Facteurs influençant la qualité de la litière et l’apparition de la maladie
Figure 33 : Récapitulatif des différents mécanismes impliqués dans la pathogénie de

l’aspergillose des oiseaux
Figure 34 : Dyspnée chez un poussin
Figure 35 : Troubles nerveux chez un poulet, paralysie partielle des ailes et paralysie postérieure
Figure 36 : Différents signes cliniques possibles lors d’aspergillose
Figure 37 : Hyphes obstruant la lumière des parabronches
Figure 38 : Nodules aspergillaires sur les poumons de dinde
7
Figure 39 : Lésion diffuse d’aspergillose chez un goéland argenté (Larus argentatus)
Figure 40 : Lésion osseuse et médullaire (autopsie du poulet de la figure 35)
Figure 41 : Coupes histologiques de poumon de lapin atteint d’une aspergillose pulmonaire

invasive
Figure 42 : Aspect histologique d’un granulome d’origine fongique chez un oiseau
Figure 43 : Technique d’évaluation du portage aspergillaire sur poumons
Figure 44 : Prélèvement au niveau des murs des salles d’éclosoir
Figure 45 : Présentation du questionnaire en ligne
Figure 46 : Un exemple de données brutes du laboratoire (compilation des années 2006 à 2012)
Figure 47 : Nombre de vétérinaires ayant répondu aux questionnaires en fonction des modalités
de récoltes des données
Figure 48 : Nombre de vétérinaires ayant observé ou non des cas d’aspergillose
Figure 49 : Comparaison des quatre principales régions avicoles de France (Bretagne, Pays de la
Loire, Aquitaine , Rhône Alpes, entourées sur la carte de gauche) avec la localisation
géographique des vétérinaires ayant observé des cas d’aspergillose ou non (carte de droite)
Figure 50 : Pourcentage des vétérinaires ayant répondu pour l’espèce considérée comme la plus
touchée par la maladie
Figure 51 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses relatives aux volailles de chair (atteintes
d’aspergillose), en fonction de l’âge
Figure 52 : Nombre de réponses en fonction de l’espèce et de l’âge des volailles atteintes

d’aspergillose
Figure 53 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses relatives aux reproducteurs (atteints
d’aspergillose), en fonction de l’âge
Figure 54 : Pourcentage sur l’ensemble des réponses, du type de litière dans les élevages touchés par
l’aspergillose
Figure 55 : Nombre de réponses en fonction du mois de l’année
Figure 56 : Nombre de réponses en fonction de la saison
Figure 57 : Parmi ceux qui ont répondu, pourcentage de vétérinaires ayant donné une estimation
de l’hygrométrie moyenne du bâtiment
Figure 58 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses relatives aux troubles respiratoires, des
différents signes cliniques rencontrés
8
Figure 59 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses relatives aux troubles nerveux, des
différents symptômes rencontrés
Figure 60 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses relatives à l’atteinte de l’état général, des
différents signes cliniques rencontrés
Figure 61 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses relatives aux troubles respiratoires, des
Figure 62 : Proportion des symptômes oculaires
Figure 63 : Parmi ceux qui ont répondu, pourcentage de vétérinaires ayant évalué le taux de
morbidité des jeunes
morbidité des adultes
mortalité des jeunes
mortalité des adultes
Figure 67 : Parmi ceux qui ont répondu, pourcentage de vétérinaires en fonction du/des lieux où
est établi le diagnostic
Figure 68 : Parmi ceux qui ont répondu, pourcentage de vétérinaires ayant précisé la méthode
diagnostique
Figure 69 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses relatives au traitement, des différentes
molécules utilisées
Figure 70 : Parmi ceux qui utilisent l’iode (N=17), pourcentage de vétérinaires en fonction du
mode d’administration
Figure 71 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses, en fonction de l’état de la litière sur l’aire
de vie des volailles
Figure 72 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses, en fonction de l’état de la litière dans
l’aire de stockage
Figure 73 : Taux de prévalence de l’aspergillose dans l’échantillon de la base de données Elanco

chez le poulet en fonction du mois de l’année entre 2006 et 2012
Figure 74 : Taux de prévalence de l’aspergillose dans l’échantillon de la base de données Elanco

chez la dinde en fonction du mois de l’année (2006-2012)
Figure 75 : Taux de prévalence de l’aspergillose dans l’échantillon de la base de données Elanco,

chez le poulet en fonction des années
Figure 76 : Taux de prévalence de l’aspergillose, dans l’échantillon de la base de données

Elanco, chez la dinde, en fonction des années
9
Figure 77 : Cartographie des pays classés en fonction du taux de prévalence d’aspergillose (chez
le poulet) sur la période d’étude (2006-2012)
Figure 78 : Focus sur la cartographie de la figure 77 pour apprécier plus précisément la place de
la France au sein des pays européens
Figure 79 : Comparaison de l’âge des dindes (chair) atteintes avec celui des canards (chair)
Figure 80 : Informations relatives à la clientèle des vétérinaires interrogés
Figure 81 : Parmi les vétérinaires ayant répondu que les taux de mortalité des jeunes et des
adultes étaient compris en [0 et 20%], nombre de réponses par intervalle plus restreint
Tableau 1 : Comparaison de l’élevage Standard et Label chez le poulet, la dinde et la pintade
Tableau 2 : Principales recommandations concernant la litière
Tableau 3 : Température centrale de quelques espèces aviaires
Tableau 4 : Zone de neutralité thermique des jeunes et des adultes
Tableau 5 : Évolution des normes de chauffage en production de poulets de chair, à l’aide de

chauffages d’ambiance ou de chauffages localisés (radiants)
Tableau 6 : Exemples de scores lésionnels chez le poulet
Tableau 7 : Score lésionnel relatif à l’aspergillose
Tableau 8 : Données brutes concernant les autopsies sur l’année 2011 relatives à la pintade de
chair
Tableau 9 : Proportion des lots ayant présenté des lésions aspergillaires en 2010, 2011 et 2012
en fonction des types de production
Tableau 10 : Proportion des lots atteints d’aspergillose par espèces animales pour les années
2010, 2011 et 2012
10
INTRODUCTION
Quel est l’avenir de l’aviculture dans les prochaines décennies et quel est l’intérêt de
chercher à mieux comprendre les conditions favorisant l’émergence des maladies dans les
élevages de volailles ?
Depuis une quarantaine d’années, la consommation mondiale de viande de volailles a

subi une forte progression (elle a été multipliée par 7,5). Il s’agit de la deuxième viande
consommée dans le monde, derrière le porc. D’ici 2030, la position de la viande blanche
devrait se consolider pour prendre la première place à terme (Chambre d’agriculture de
Bretagne, 2007). Les volailles, majoritairement produites dans des élevages industriels
pratiquant des méthodes intensives, possèdent le meilleur taux de conversion protéines
végétales/protéines animales. Leur viande est de facto la moins coûteuse à produire et par
suite la moins chère sur le marché. L’aviculture se veut donc un secteur d’activité d’avenir et
qui, dès à présent, occupe une place importante dans l’agriculture nationale et mondiale.
L’aspergillose est une maladie causée par une moisissure du genre Aspergillus, régulièrement
observée dans les élevages avicoles. Cependant, il n’existe pas de données précises ou
récentes évaluant concrètement le préjudice subi. Ce travail a pour objectif de présenter cette
affection et d’évaluer son importance au sein des élevages avicoles français. Cette étude n’a
pas la prétention d’être exhaustive mais vise à réaliser un premier état des lieux de l’impact de
cette maladie fongique sur le territoire national.
Une première partie bibliographique présentera l’organisation globale des filières

avicoles, le champignon Aspergillus fumigatus et surtout expliquera les facteurs qui, au cœur
même des élevages de volailles, favorisent le développement de cet agent pathogène. Dans un
second temps, une enquête, sous forme de questionnaires ciblant les vétérinaires dont
l’activité est essentiellement consacrée à l’aviculture et deux bases de données issues de
laboratoires seront détaillées. La première base de données, transmise par l’entreprise
pharmaceutique Elanco, division d’Eli Lilly & Company, spécialisée en santé animale,
compile le nombre de cas d’aspergillose retrouvés à l’autopsie de dindes et de poulets, entre
2006 et 2012 au niveau mondial. La seconde, fournie par le réseau « Cristal » (association
regroupant des entreprises vétérinaires spécialisées en productions animales) permet d’avoir
une estimation des cas d’aspergillose de volailles autopsiées sur les années 2010-2011-2012,
par filière de production.
11
12
PREMIERE PARTIE : BIBLIOGRAPHIE
13
14
I) Macroéconomie de l’aviculture
1) Marché mondial
La production mondiale de viande de volailles (101 millions de tonnes) en 2011 pointe en 2 ème
position juste derrière la viande de porc (110 millions de tonnes) mais loin devant la viande
bovine (69 millions de tonnes). Les principaux producteurs de volailles de chair au niveau
mondial sont les Etats-Unis d’Amérique, la Chine, le Brésil et l’UE (figure 1).
Le premier producteur d’œufs est de loin la Chine avec 23,8 millions de tonnes soit plus de
37 % de la production mondiale, suivie par l'UE à 27 avec 9,8 % et les Etats-Unis d’Amérique
avec 8,5 % du total.
Figure 1 : Principaux producteurs de viande de volailles dans le monde en 2011 (pourcentage

de production, en millions de tonnes (tonnage global : 102 millions de tonnes))
Etats Unis 19 %
Autres pays du monde
32%
Chine 18%
Union Européenne (à
27) 12% Brésil 13%
Russie 3%
Inde 3%
Source : d’après ITAVI, 2012
En 2011, les deux pays exportateurs majoritaires sont les EUA et le Brésil. Les importateurs
les plus importants sont la Russie, les pays du Proche et Moyen Orient et l’Afrique. La place
de l’UE dans le commerce international de volailles est en diminution depuis 15 ans, passant
de 20 % en volume en 1994 à 10 % en 2011 (figure 2).
15
Figure 2 : Évolution de la part des principaux exportateurs dans les échanges mondiaux de
viande de volailles entre 1994 et 2011
2011
Thaïlande Chine 11%

6%
EUA 31%
Brésil 32%
UE 10%
1994
Chine 0% Autres 20%

Thaïlande 5% EUA 41%
Brésil 14%
UE 20%
Source : d’après ITAVI, 2012 (d’après FAO, Commission européenne, UBABEF et USDA)
16
2) Situation nationale
L’aviculture en France représente 12 % de la production brute standard de l’agriculture

nationale. Les 2/3 de cette production sont géographiquement concentrés dans 4
régions administratives : la Bretagne (33 %), les Pays de Loire (21 %), Rhône Alpes (6 %) et
l’Aquitaine (7 %). Cette concentration géographique s’accompagne d’une concentration
structurelle avec le développement d’élevages hébergeant des effectifs de plus en plus
importants. Ainsi, dans les Pays de la Loire, les systèmes de production se sont intensifiés,
notamment pour le poulet et le canard (on compte, en moyenne, 15000 poulets par
exploitation en 2010 contre 12000 en 2000, 10300 canards à rôtir en 2010 contre 6500 en
2000) (AGRESTE, 2011a et 2012 ; BEN ARFA et al., 2008). En France, trois espèces
dominent la production de volailles de chair : le poulet (Gallus gallus), la dinde (Meleagris
gallopavo) et le canard (Anas platyrhynchos, Cairina moschata et leurs hybrides) (figure 3).
L’évolution vers des élevages de moins en moins nombreux mais de plus en plus importants
est également visible si l’on considère la production brute standard (PBS). La majorité des
exploitations avicoles ont une PBS supérieure à 25000 euros (PBS variant entre 25000 et
100 000 euros pour les exploitations moyennes versus PBS supérieure à 100 000 euros pour
les grandes exploitations). En 2010, 12600 exploitations de volailles, moyennes à grandes,
sont dénombrées, pour une PBS moyenne par exploitation de 370,6 milliers d’euros
(AGRESTE, 2011b).
Figure 3 : Répartition des espèces de volailles de chair élevées en France en 2011

(pourcentage à partir de la production en 1000 tec)
Autres 4%
Pintades 2%
Canards à
rôtir 13%
Dindes 22% Poulets 59%
17
La France, malgré un net recul de la production avicole depuis les années 1990, reste le
premier producteur européen de volailles de chair (figure 4). Ce repli est largement lié à une
perte de positions à l’exportation, y compris sur le territoire européen par manque de
compétitivité, et à une plus forte pénétration des importations (JEZ et al., 2009 ;
MAGDELEINE, 2003).
Figure 4 : Principaux pays producteurs de viande de volailles dans l’UE à 27 en 2011
Source : FranceAgriMer, 2011
L’évolution de la filière œuf est similaire : la production française demeure la première de

l’Union européenne (figure 5). Cependant, elle est actuellement orientée à la baisse malgré un
léger regain en 2010 (AGRESTE, 2011c). Selon les bilans du SSP, elle aurait atteint 12,9
milliards d'œufs en 2011 (soit 783 000 tonnes), en repli de 10 % par rapport à 2010.
18
Figure 5 : Principaux producteurs d’œufs au sein de l’UE à 27 (pourcentage à partir de la
production en milliards d’œufs (total UE à 27 : 103,5 milliards))
France 12,5%
Autres Pays de
l'UE à 27 24,4% Espagne 12%
Pologne 9% Allemagne 11,4%
Royaume Uni 9,8%

Italie 10,8%
Pays-Bas 10,1%
Concernant la filière foie gras, la production de l’UE représente, avec près de 25 800 tonnes
en 2011, 95 % de la production mondiale. La France est le principal pays producteur de foie
gras (avec 19 992 tonnes en 2011), suivie par la Bulgarie (2 600 tonnes) et la Hongrie (avec
près de 2450 tonnes) (ITAVI, 2012). La production de foie gras de canard (96 % du total) est
très largement prédominante depuis une décennie au détriment de l’oie (COLOT, 2004).
19
20
II) Organisation des filières de production en aviculture
Une filière est un « système complexe, encadrant l’ensemble des acteurs impliqués
dans la formation d’un produit final, destiné au consommateur. Elle s’étend de l’amont de la
production jusqu’aux marchés de consommation finale » (JEZ, 2009). Deux grands types de
production peuvent être distingués schématiquement en aviculture en fonction des produits
terminaux qu’ils génèrent : la viande (volaille de chair incluant les palmipèdes gras) et les
œufs de consommation. Les filières englobent les fournisseurs d’intrants (aliments, litière,
bâtiments, équipements..), les prestataires de service (conseillers techniques, vétérinaires..),
les entreprises de sélection et de multiplication, les élevages de production, et, selon les cas,
les abattoirs, les ateliers de découpe, les producteurs de produits élaborés et de charcuterie de
volailles, les centres d’emballage des œufs, les casseries productrices d’ovoproduits … (figure
6) (JEZ, 2009).
21
Figure 6 : Organisation schématique des filières avicoles en fonction des produits terminaux
générés
Intrants
Matériels :
Aliments, litière, médicaments, équipements,
bâtiment…
Immatériels :
Conseillers techniques, vétérinaires…
Animal
Sélection
Multiplication
Production
d’oiseaux de 1
jour
Structure
Ateliers d’élevage pyramidale
CHAIR PONTE
Diversité des
espèces animales :
exemple : poulet
Pondeuse réformée Œufs
Abattoir Conditionnement
Casseries
Transformation/ découpe
Ovoproduits
Distribution Restauration hors Industriels

foyer de l’agroalimentaire
Consommateur 22
Consommation de
chair
Focalisons nous sur le maillon « élevage ». Différents étages spécialisés hébergeant des
oiseaux se succèdent. Au sommet de la pyramide se positionnent les groupes de sélection
génétique. Des populations animales sélectionnées sont soumises à un contrôle des
performances permettant de choisir des individus pédigrées, en fonction de critères
spécifiques, destinés à constituer le noyau reproducteur qui alimentera les multiplicateurs. Des
lignées (« population animale, fermée au moins depuis 2 reproductions généalogiques, sur
laquelle certains critères sont mesurés et sélectionnés » (SYSAAF, 2007)) arrière grands
parentales et grands parentales pures, mâles et femelles sont ainsi créées.
Dans un second temps les éleveurs multiplicateurs (intégrés dans le secteur accouvage), en
réalisant des croisements entre types génétiques sélectionnés, assurent la multiplication des
animaux retenus et par là même, la diffusion du progrès génétique créé en amont, tout en
exploitant le phénomène d’hétérosis. Ils permettent au final l’obtention des parentaux mâles et
femelles dont sont issus les œufs à couver (OAC) embryonnés. Ces derniers sont dirigés vers
des couvoirs comprenant des incubateurs artificiels et des éclosoirs qui génèrent des oiseaux
d’un jour lesquels sont à leur tour mis en place dans les élevages de production constituant la
base de la pyramide (figures 7a et 7b).
Figure 7a : Hiérarchisation et spécialisation pyramidale des élevages avicoles
Choix des souches et lignées

Création du progrès génétique
Sélection
Multiplications des reproducteurs

Diffusion du progrès génétique
Multiplication
Hétérosis
Accouvage
Production finalisée dans les établissements

d’élevage (diversité des productions : chair, ponte,
Production palmipède gras, gibier)
23
Figure 7b : Exemple de croisements entre lignées sélectionnées permettant de générer des
oiseaux de type génétique ABCD destinés aux élevages de production
Lignée femelle Lignée mâle

Animaux pédigrées
A B C D
x x x x
Arrière Grands parentaux
Grands parentaux
x x
M Parentaux x
P Produits terminaux ABCD
Légende:
: Femelle : Mâle
S : Sélection M : Multiplication P : Production
: Descendants candidats au renouvellement de la lignée
24
1) Spécialisation des élevages avicoles : la structure pyramidale
1.1) Sélection génétique

La sélection avicole est réalisée par un nombre très restreint de grands groupes internationaux.
A titre d’exemple, Aviagen (groupe allemand), Hubbard (groupe français) et Cobb Vantress
(groupe américain) contrôlent le marché mondial de la sélection des souches de poulets de
chair (AZARD et al., 2007).
Les critères de sélection génétique varient logiquement en fonction du type de production et

impliquent de facto le recours à des lignées génétiques spécialisées (viande ou ponte). En
filière chair, ils concernent l’augmentation du GMQ avec, en parallèle la diminution de
l’indice de consommation pendant la phase d’élevage, la qualité des viandes et le rendement
des carcasses (développement des muscles pectoraux) après abattage. Concernant les
performances de croissance, plusieurs stratégies de sélection sont possibles. En élevage
intensif, les souches à croissance rapide sont privilégiées (courte période d’engraissement)
alors que des souches à croissance lente sont utilisées pour les productions de volailles sous
signe de qualité. Les élevages extensifs proposent donc au consommateur un produit plus âgé
à l’abattage. La chair est plus ferme, plus grasse et son goût plus prononcé.
En filière ponte, le nombre d’œufs pondus pendant le cycle de ponte, le poids de l’œuf en
début et fin de ponte, la diminution de l’IC, la docilité et la rusticité des poules pondeuses, la
qualité externe comme interne de l’œuf (résistance de la coquille, hauteur du jaune versus de
l’albumen, qualité de l’albumen…), constituent autant de caractères considérés dans les
schémas de sélection (BENNETEAU et al., 2002).
Dès les années 1930, la sélection génétique s’est orientée vers l’augmentation de la résistance
aux maladies. Par exemple, les troubles locomoteurs, engendrant souffrance animale et pertes
économiques sont fréquents en élevage avicole surtout chez les souches ou lignées à
croissance rapide. La sélection cherche donc à améliorer la résistance aux boiteries. Des
études ont également été entreprises pour identifier des marqueurs de résistance à la
coccidiose à Eimeria tenella chez la poule, maladie très répandue (PINARD VAN DER
LAAN et al., 2003). De même, dans un cadre plus large de santé publique, une sélection
effective sur la résistance au portage des salmonelles permettrait de prévenir les risques de
toxi-infection alimentaire (BEAUMONT et al., 2003).
Les entreprises de sélection offrent un choix varié de combinaison de croisements pour

obtenir, au final, des sujets dont les caractéristiques (vitesse de croissance, aptitude au
parcours extérieurs…) sont adaptées au mode d’élevage (BISIMWA, 2003 ; REMIGNON,
2007).
25
1.2) Accouvage
Le maillon accouvage comprend : « l’élevage des futures volailles reproductrices

(représentant les futurs parentaux depuis l’âge d’un jour jusqu’à la mise en reproduction),
l’élevage de ces reproducteurs (mâles et femelles pour la production d’OAC) jusqu’à la
réforme, et le couvoir (incubation artificielle des OAC). Une entreprise d’accouvage a pour
but de produire des OAC et/ou des animaux d’un jour, mais elle ne peut pas posséder ces 3
structures » (AZARD et al, 2007).
Les multiplicateurs, en produisant des reproducteurs parentaux font partie de ce secteur
accouvage.
Un couvoir est une installation qui abrite des incubateurs et des éclosoirs (figure 8). Son rôle
consiste en l’incubation des œufs embryonnés, pendant des périodes variables en fonction des
espèces, qui après éclosion dans un secteur dédié, donnent naissance à des poussins. La
maîtrise sanitaire constitue un enjeu majeur à ce niveau afin de limiter la transmission des
agents pathogènes dans le couvoir, comme dans les élevages dans lesquels les animaux seront
placés. Ainsi, le personnel à l’instar des OAC doit impérativement respecter le principe de la
marche en avant, c’est-à-dire respecter un sens de circulation unique, du secteur dit « propre »
(sas, œufs et incubateurs) vers un secteur dit « sale » (éclosoir, tri des poussins, vaccination)
(figure 9) (MOLETTE et GUERIN, 2013).
Figure 8 : Organisation schématique d’un couvoir
STOCKAGE DES OEUFS INCUBATEUR ECLOSOIR
Secteur propre Secteur sale
Sens de circulation
26
Figure 9 : Secteur sale du couvoir : tri et vaccination des poussins
Poussins venant d’éclore
Tri des poussins :

les poussins malformés sont
séparés des autres puis éliminés
Vaccination des poussins de 1

jour contre la maladie de Marek,
par voie sous cutanée.
Source : Photographies personnelles (couvoir du Pin, 44), 2013
27
1.3) Elevages de production
1.3.1) Grande diversité de productions
Les filières avicoles présentent la particularité de pouvoir offrir au consommateur potentiel

une très importante variété de produits par la diversité que l’on peut rencontrer au niveau :
- des espèces élevées : poulet (Gallus gallus), dinde (Meleagris gallopavo), canard (Cairina
moschata, Anas platyrhynchos et leurs hybrides), pintade (Numida meleagris), caille
(Coturnix japonica), pigeon (Columba livia), oie (Anser anser), ou encore espèces dites de
gibier (Phasianus colchicus, Perdrix perdrix…).
- des souches et lignées disponibles.
- des modalités d’élevage (bâtiments, parcours, plein air) en conformité avec des signes de
qualité associés (AB, label rouge…).
- des produits finaux (carcasses avec de très nombreux produits de découpes ou issus de la
transformation, foie gras, œufs) (LOSSOUARN et al., 2003 ; MAGDALEINE, 2003).
Parmi la production de viande, les filières foie gras et viande de volaille se distinguent. Ainsi,
trois filières se dessinent : viande de volaille au sens strict, foie gras et œufs de
consommation.
Ces itinéraires de production partagent des points communs (organisation des secteurs de
sélection, accouvage et production) mais aussi des différences inhérentes aux espèces élevées
et aux produits terminaux (période de ponte pour les pondeuses, période de gavage pour les
palmipèdes gras…) (figure 10).
Différentes phases d’élevage se succèdent, pendant lesquelles, pour répondre aux besoins
physiologiques de l’animal corrélés à son âge, l’ambiance dans le bâtiment et l’alimentation
sont adaptées.
Les phases communes aux 3 filières sont :

- le démarrage, qui correspond à la phase d’adaptation des oiseaux de 1 jour dans leur nouvel
environnement. Les paramètres d’ambiance doivent être strictement contrôlés au moment où
les animaux sont les plus fragiles. En effet, à cet âge, l’animal ne possède pas de régulation
thermique et la capacité isolante du plumage est faible (emplumement limité). Il est donc
impératif de fournir une ambiance chaude et de favoriser l’accès à l’aliment et l’eau. Les
points d’alimentation et d’abreuvement doivent être multiples, l’éclairage en continu et à forte
intensité, pour permettre la prise alimentaire des animaux tout en limitant leur déplacement.
(HUBBARD, 2013)
- la phase de croissance, pendant laquelle la température ambiante et l’intensité lumineuse

diminuent. La photopériode dépend du programme lumineux choisi par l’éleveur. Les
animaux ne sont plus cantonnés et utilisent l’ensemble de la surface du bâtiment.
L’alimentation doit permettre une croissance optimale.
28
- l’abattage des volailles.
Les différences entre les 3 filières apparaissent après la phase de croissance avec :
- soit une phase de finition pour les volailles de chair. Les teneurs en énergie, matière grasse,
protéines de l’aliment sont limitées pour obtenir un produit final de qualité et diminuer les
pertes en azote et phosphore dans les déjections.
- soit l’entrée en ponte pour les poulettes. Le contrôle de la photopériode est un élément clé
du contrôle de la production d’œufs de consommation car la durée d’éclairement et l’intensité
lumineuse ont une action sur l’apparition de la maturité sexuelle, l’entrée en ponte (à 17
semaines) ainsi que sur la répartition des ovipositions quotidiennes (GUERIN, 2013a).
- soit le pré gavage et le gavage pour les palmipèdes gras. La première étape (le pré-gavage)
vise à obtenir des sujets robustes avec une masse musculaire développée. A ce stade,
l’alimentation est rationnée. La seconde étape (le gavage) consiste à administrer une ration
hyper-énergétique et hypo-azotée dans le but d’engendrer une stéatose hépatique.
L’alimentation est alors caractérisée par sa forte concentration en maïs et est carencée en
facteurs lipotropes (méthionine) afin de favoriser le stockage hépatique des lipides (GUERIN,
2013b).
29
Figure 10 : Points communs et différences de phases d’élevage successives dans les filières
palmipède gras, chair et ponte (œufs de consommation)
Reproduction-Ponte
Incubation Accouvage
Eclosion
Production d’oiseaux de 1 jour

Production Démarrage Production de poulettes Démarrage
de canards et Croissance Croissance
d’oies prêts à gaver Production de Démarrage
Pré-gavage
volailles de chair Croissance
Finition Ponte
Gavage
Fin de ponte
Production de canards et d’oies

gras Abattage Réforme
Filière palmipède gras Filière chair Filière œufs de

consommation
Chaque phase peut varier dans sa durée en fonction des caractéristiques physiologiques des
espèces et du type de production (cf. annexe 1).
Pour répondre à des interrogations sociétales sur les modes de production dans ces filières, le
bien-être des animaux est de plus en plus pris en compte par les acteurs concernés (ABADIA
et al., 2003). A côté des productions dites « industrielles » (ou standards) se sont développés
des produits sous signe d’identification de qualité et d’origine (Label, AB, AOP…). Les
principales différences par rapport au produit standard portent sur le choix des souches
animales élevées (croissance lente), une alimentation plus riche en céréales, une plus faible
densité des animaux dans les bâtiments, un accès à un parcours extérieur obligatoire à partir
d’un certain âge et une durée d’élevage plus longue. Cette diversification qualitative se
retrouve dans chaque espèce de volailles (tableau 1) (PELTIER, 2005).
30
Tableau 1 : Comparaison de l’élevage Standard et Label chez le poulet, la dinde et la pintade
Mode de
STANDARD LABEL
production
Espèces Poulet Dinde Pintade Poulet Dinde Pintade
Souche Souche à croissance rapide Souche à croissance lente
Surface
maximale de
l’élevage :
Surface minimale 1600m² et
d’élevage : 1600m² d’un bât
Pas de
et des Surface maximale de 400m²,
Pas de limitation de
bâtiments :400m² l’élevage : 1600m² 20800
Pas de densité limitation de surface de
17 600 2500dindes/bât, densité pintades/
Conditions maximale dans surface de l’élevage,
poulets/élevages et de 10/m² jusqu’à 7 sem élevage, et
d’élevage les bâtiments et l’élevage, claustration
4400/bât puis 6/m². Accès à un 5200/bât,
sur l’exploitation claustration permanente,
Densité 11/m² parcours extérieur à 7 densité de
permanente. Densité
Accès à un parcours sem 13/m²
actuelle 17/m²
extérieur à 6 sem Accès à un
avec 2m²/poulet parcours
extérieur
entre 6 et 8
semaines
Durée des
phases
d’élevage :
Démarrage 0 à 7 jours 0à 4 semaines 0à 4 semaines 0 à 4 semaines 0 à 4 semaines 0à 4 semaines
Croissance 7 à 21 jours 4à 8 semaines 4 8 semaines 5 à 7 semaines 4 à 8 semaines 4à 8 semaines
Finition 21 à 40 jours Jusqu’à 8 à 13 8 à 13 semaines Jusqu’à abattage Jusqu’à
abattage semaines abattage
Céréales (50% min
avant 28 jours, 75%
après), tourteaux de
Céréales (75% min à partir du 64 ème jour),
soja ou autres,
Céréales, tourteaux de soja ou autres, matières tourteaux de soja ou autres, graines de
Alimentation graines de
grasses végétales, minéraux et vitamines protéagineux et oléagineux, matière grasse
protéagineux et
(5% max), minéraux et vitamines
oléagineux, huile
végétale, minéraux
et vitamines
Dinde femelle
Âge à Entre 35 et 42 91 jours 94 jours
77 jours 81 jours minimum 140 jours minimum
l’abattage jours environ Dinde mâle minimum
105 jours
Source : d’après AGRESTE ,2007 et BENNETEAU et al.,2002
31
1.3.2) Principe de la conduite en bande en tout plein tout vide, commun à tous
les élevages
Un établissement d’élevage est un poulailler ou un ensemble de poulaillers, renfermant un ou

plusieurs troupeaux de la même espèce. Le troupeau représente l’unité de production : il s’agit
d’un ou de plusieurs lots d’animaux d’une même souche et de même âge (GOATER, 1985).
Les élevages avicoles s’appuient sur la technique de l’élevage en bande. Le principe est le
suivant : un bâtiment est rempli en une seule fois avec des poussins d’un jour d’une même
espèce provenant du même couvoir. Ils constituent donc une bande homogène. Ils sont alors
élevés pour la production de viande (cycle court) ou d’œufs (cycle long) jusqu’à l’enlèvement
du lot pour l’abattage. Une fois les animaux puis le matériel amovible sortis, le bâtiment est
désinsectisé, dépoussiéré puis vidé de sa litière et une décontamination du local respectant la
séquence chronologique nettoyage-désinfection-vide sanitaire est réalisée afin de réduire par
paliers le microbisme ambiant. A l’issue d’une période minimale de vide sanitaire (débutant
effectivement lorsque le bâtiment est vide, propre, désinfecté et sec), il peut alors accueillir
une nouvelle bande de production (ITAVI, 2009).
1.3.3) Gestion de l’élevage
1.3.3.1) Litière
La litière a plusieurs fonctions en élevage avicole. En premier lieu, elle constitue un isolant
thermique, l’objectif étant de limiter les pertes par conduction à partir des pattes des volailles
ou du bréchet (s’il est déplumé). Cette capacité dépend de l’épaisseur et de la nature du
substrat. Elle doit également pouvoir absorber l’humidité en excès, générée par les animaux
(fientes, gaspillage de l’eau) ou un défaut de ventilation (hygrométrie relative trop élevée).
Enfin, elle joue un rôle essentiel pour le confort physique des animaux pendant les phases de
repos notamment. Une litière de bonne qualité sera sèche, saine, souple, pas trop
fermentescible, absorbante, et suffisamment épaisse. A contrario, une mauvaise litière
sera humide, croûtée, poussiéreuse (JACQUET, 2007).
Différentes types de litières sont disponibles :

- la paille entière doit être sèche, sans foin, dépoussiérée. Elle est souvent déconseillée.
- la paille hachée est un produit très souple.
- la paille broyée, défibrée, dépoussiérée, possède un pouvoir de rétention en eau augmentée.
- les copeaux de bois présentent une très bonne capacité d’absorption d’eau et constituent un
excellent isolant thermique (ITAVI, 1997a) (tableau 2).
32
D’autres types de litière, plus anecdotiques existent sur le marché (anas de lins ou de chanvre,
cosse de sarrasin, granules de sciure, paille de colza, bouchon de paille, menue paille (déchets
rejetés par les grilles de la moissonneuse batteuse), Miscanthus) (ITAVI, 2012 ; DEZAT et
al., 2011).
Tableau 2 : Principales recommandations concernant la litière
Espèce Canards de Barbarie

Poulets Dindes (mâle et femelle élevées Canards mulards
Litière séparément)
Copeaux de bois caillebotis le plus souvent Caillebotis

Paille de blé blanc non traités ou (paille hachée ou copeaux (Paille ou copeaux sinon)
Nature
broyée mélange paille- de bois sinon) Cage collective pendant la
copeaux phase de gavage
Epaisseur 10-15 cm 10à 20cm - -
3 à 5 kg/m² au 7 à 8 kg/m² au
Quantité départ. Pas de départ, 4 à 6 kg/m² à
- -
rajout en cours rajouter en cours de
de bande bande
Sources : d’après GUERIN, 2011 c et d ; ITAVI, 2009 ; ABADIA et al., 2003
Dans le bâtiment, en fonction de la répartition et de l’activité des volailles, la litière sera plus
ou moins altérée. Ainsi, plusieurs zones peuvent être distinguées :
- la zone d’abreuvement (au niveau du système de distribution de l’eau) : la litière présente
une importante teneur en humidité. Elle est souvent croûtée en surface.
- la zone d’alimentation : la litière y est davantage humide car chargée en déjections et en
particules alimentaires.
- la zone dortoir : la litière y est généralement la plus sèche.
Le comportement normal des animaux tend à éviter les zones humides. S’ils restent dans ces
territoires, des lésions peuvent apparaître telles que des ampoules du bréchet ou pustules ainsi
que des pododermatites. De plus, sur les surfaces dégradées, les pertes thermiques par
conduction au niveau des pattes sont majorées. Les parties sèches sont donc plus confortables
(l’ajout de superphosphate (50 g/m2) permet d’assécher la litière) (ITAVI, 1997a).
1.3.3.2) Paramètres d’ambiance
Température et chauffage
La température ambiante doit être rigoureusement contrôlée pour éviter l’apparition de
maladies chez les volailles et pour éviter la dégradation de la litière. Pour cela, il est
33
nécessaire de comprendre les mécanismes de régulation thermique des oiseaux en fonction de
l’âge et donc de l’emplumement.
Les poussins n’ont pas de système de régulation thermique efficace. Leur température
corporelle à un jour s’établit entre 38 à 39°C. Elle augmente ensuite progressivement jusqu’à
atteindre 40,5 à 41,5°C à 21 jours. La température ambiante du bâtiment est souvent plus
fraîche. Des transferts thermiques vont donc se mettre en place entre le corps de l’oiseau et
l’environnement (figure 11).
- par convection, c’est-à-dire par le flux de l’air en mouvement au contact de la peau (duvet
puis plumage pour les animaux plus âgés).
- par conduction, c’est-à-dire par contact direct entre certaines zones corporelles (pattes,
bréchet) et la litière principalement.
- par rayonnement, c’est-à-dire par la perte de chaleur par ondes électromagnétiques de
l’animal vers toutes surfaces plus froides (parois ou litière). En revanche, un gain de chaleur
s’opère si les surfaces environnantes sont plus chaudes.
- par excrétion fécale.
Le seul mécanisme de thermorégulation des oiseaux, en l’absence de glandes sudoripares,
passe par la vaporisation d’eau au niveau des voies respiratoires, souvent associée à une
polypnée (BRUGERE, 1992). L’aliment ingéré, transformé en énergie, est utilisé pour les
besoins d’entretien et de production mais aussi pour compenser les transferts caloriques en
situation froide (DEZAT et al., 2011).
Figure 11 : Principaux modes de transfert de chaleur entre l’animal et l’ambiance
Convection
(Plumage)
Aliment
Excrétion
fécale
Evaporation respiratoire Rayonnement
Conduction
Source : d’après ITAVI, 1997b
L’objectif est de maintenir une température corporelle constante (tableau 3).
34
Tableau 3 : Température centrale de quelques espèces aviaires
Température centrale
Espèces
(°C)
Poulet 40,5-41,5
Dindon 41,0-41,5
Canard 41,0-42,5
Oie 41,5
Source : d’après ITAVI, 1998a
On détermine ainsi une zone de neutralité thermique, définie par la température critique
inférieure (en dessous de laquelle l’oiseau augmente la thermogenèse) et la température
critique supérieure (au-dessus de laquelle il augmente la thermolyse). Dans la zone de
neutralité thermique, les dépenses énergétiques sont les plus faibles. Lorsque la température
ambiante du bâtiment correspond à cette zone, l’aliment est valorisé au mieux (ITAVI,
1998a). La zone de neutralité thermique varie en fonction des espèces et s’élargit avec l’âge
des animaux (tableau 4).
Tableau 4 : Zone de neutralité thermique des jeunes et des adultes
Espèces Zone de neutralité thermique

Poussin Gallus 31 à 33°C
Dindonneau 33,5 et 34,5°C
Poulet de chair adulte 18 à 24°C
Source : d’après ITAVI, 1997c
Le plumage, qui se met en place progressivement assure plusieurs rôles : une protection
physique contre d’éventuelles agressions et une protection thermique, de par sa fonction
isolante limitant les déperditions caloriques. Ainsi les jeunes animaux (le duvet a une faible
capacité isolante) sont les plus sensibles à la température ambiante (ITAVI, 1997b). La
technique de thermographie infrarouge, permet de visualiser la différence de qualité de
l’isolation du plumage sur un adulte versus sur un poussin (figure 12).
35
Figure 12 : Comparaison de l’efficacité du plumage chez le poussin et chez l’adulte grâce à la
thermographie infra rouge
Légende :
Chez les adultes : pertes de chaleur très
localisées (tête), le plumage assure une Chez les poussins: pertes de chaleur généralisées
isolation thermique efficace.
: Pertes de chaleur croissantes
Source : d’après LAGOUTTE et al., 2012
La séquence d’emplumement permet donc de comprendre l’évolution des recommandations

en matière de température ambiante à respecter dans le bâtiment pour un âge donné (tableau
5).
Tableau 5 : Évolution des normes de chauffage en production de poulets de chair, à l’aide de

chauffages d’ambiance ou de chauffages localisés (radiants)
Chauffage Chauffage localisé

en (radiant)
Age ambiance : Température Evolution
Température
(jours) Température de l’aire de du plumage
sous radiant
ambiante vie
(°C)
(°C) (°C)
0-3 33-31 38 >28 Duvet
3-7 32-30 35 28 Duvet + ailes
7-14 30-28 32 28 Duvet + ailes
14-21 28-26 29 26 Ailes + dos
Ailes + dos
21-28 26-23 - 26-23
+bréchet
28-35 23-20 - 23-20
>35 20-18 - 20-18
Sources: GUERIN et al., 2011a (d’après Valancony, Anses Ploufragan)
36
Les températures optimales varient en fonction des espèces. De 0 à 3 jours la température
ambiante doit être de 31 à 33°C en moyenne. A 35 jours, elle tourne autour de 18 à 20°C pour
les poulets de chair, 22 à 24°C pour les poules pondeuses, 17 à 20°C pour les volailles
reproductrices adultes (ITAVI, 1997c ; ITAVI, 1998a).
Il existe plusieurs types de démarrage :

- en démarrage classique, un chauffage localisé, avec l’utilisation de radiants disposés à
1,20 m du sol et une garde grillagée de 4 m de diamètre est mis en place. Un gradient de
température se crée, entre le point le plus chaud sous le radiant et la bordure de la garde.
- en démarrage en ambiance, un chauffage par convection est mis en place : la température est
identique en tout point du bâtiment (figure 13).
- en démarrage en semi-ambiance, le but est d’obtenir une température la plus homogène
possible en élevant les radiants à 2 m voire 2,50 m de haut.
Le test du remplissage du jabot et de la température des pattes sont des bons indicateurs des
conditions de démarrage ; l’objectif de réussite est d’avoir, 3 h après leur arrivée, 98 % des
poussins avec le jabot plein et mou et les pattes chaudes (JACQUET, 2007).
Si la température du bâtiment n’est pas adéquate, les volailles modifient leur comportement :
tassement, plumage ébouriffé signent une température trop froide ; bec ouvert, ailes écartées
indiquent une température trop chaude (ITAVI, 1997c).
37
Figure 13 : Démarrage en ambiance dans un élevage de poulets de chair
Vétérinaire
effectuant le test
de remplissage du
jabot Répartition des poussins de 1 jour
au niveau des zones
d’alimentation et d’abreuvement
Technicien
effectuant un
contrôle de la
température dans
le bâtiment
Système de chauffage Aliment démarrage

du bâtiment : la (granulés) disposé de part
température doit être et d’autre de la ligne de
homogène partout pipettes
Source : Photographies personnelles, 2013

38
Actuellement, la thermographie infrarouge permet d’identifier, au sein d’un bâtiment les
zones chaudes et les zones plus froides, expliquant la répartition plus ou moins homogène des
volailles (figure 14). Cette technique permet de visualiser les zones d’inconfort des animaux,
tout comme les défauts d’isolation. L’observation du comportement des sujets permet donc de
savoir si la température du bâtiment est adéquate.
Figure 14 : Technique de thermographie infra rouge dans un bâtiment démarrage
Légende :
Vue d’ensemble du bâtiment :
Répartition des animaux : existence de zones non fréquentées. Zones froides le long
des murs. Zone de convection sur le plafond au-dessus des radiants.
Nombres indiqués à droite : température en °C
Source : LAGOUTTE et al., 2012

.
Ventilation
Les conditions de renouvellement de l’air dans le bâtiment sont fondamentales pour le bien-
être animal. Le rôle de la ventilation vise à approvisionner les oiseaux en dioxygène, évacuer
les gaz nocifs et éliminer les poussières. Différents types de ventilation se rencontrent en
élevage :
- la ventilation statique fondée sur un différentiel de température entre l’air entrant et l’air
intérieur. L’air pénètre par des ouvertures latérales et est extrait par un lanterneau en faîtage.
-la ventilation dite Louisiane fondée sur le principe d’un courant latéral via l’ouverture de
rideaux situés sur les longs pans du bâtiment dépourvus de sorties en hauteur (figure 15).
39
Figure 15 : Bâtiment de reproducteurs (Gallus gallus), ventilation type Louisiane (noter les
ouvertures latérales)
Source : Photographie personnelle, 2013
- la ventilation dynamique fondée sur la présence de ventilateurs mécaniques.

La dépression générée par la ventilation provoque une entrée d’air (3 à 5 mètres /seconde) qui
suit le plafond, se réchauffe, se mélange à l’air intérieur avant de redescendre au niveau de
l’aire de vie des volailles (ITAVI, 1998b ; JACQUET, 2007).
Hygrométrie
L’humidité relative provient de la vapeur d’eau expirée par les animaux et de la litière. Elle
dépend de la densité animale, de la ventilation, de la température ambiante. L’hygrométrie
optimale doit-être comprise entre 60 à 75 %. Au-delà, la fermentation de la litière est
favorisée et par suite le développement d’agents pathogènes. En dessous de 60 %, la mise en
suspension de particules dans l’air est promue. L’humidité de la litière quant à elle doit être
aux alentours de 20-25 % (GUERIN et al., 2011a).
40
III) Ecologie et biologie de la moisissure Aspergillus
fumigatus
1) Historique et classification
Dans son œuvre Nova Geneva Plantarum publiée en 1729, Micheli décrit pour la première
fois le genre Aspergillus qu’il dénomme ainsi car la morphologie du champignon lui évoquait
un aspergillum ou goupillon, instrument religieux utilisé pour répandre l’eau bénite. En 1872,
Fresenius crée le nom d’espèce « Aspergillus fumigatus ». Le premier cas humain a été
mentionné en 1842 par Bennett et Edinburgh. Les premières descriptions d’aspergillose
aviaire datent de 1813, par Montague sur un fuligule milouinan (Aythya marila) et de 1832
par Owen sur un flamant en captivité (CONVERSE, 2007 ; KUNKLE, 2003). A l’heure
actuelle, le genre Aspergillus compte environ 190 espèces. Certaines sont associées à
l’expression d’un pouvoir pathogène chez les animaux, la plus fréquente étant Aspergillus
fumigatus et dans une moindre mesure A. flavus, A.nidulans, A. glaucus, A.niger et A.
candidus.
La distinction entre les différentes espèces s’est longtemps basée sur la reconnaissance de
caractéristiques morphologiques observées sous microscope optique. Cependant des erreurs
d’identification sont fréquentes, surtout lorsque la morphologie microscopique n’est pas
suffisamment discriminante, rendant indispensable le recours à des techniques récentes de
génétique moléculaire permettant l’identification au niveau de l’espèce.
La taxinomie est une science en perpétuelle évolution. Actuellement, Aspergillus fumigatus
appartient au règne des Eucaryotes Opisthokonta, à l’embranchement des Ascomycètes
(champignon à mycélium cloisonné, existence d’une reproduction sexuée avec formation
d’asques) sous embranchement des Pezizomycotina, classe des Eurotiomycètes, ordre des
Eurotiales (reproduction asexuée par des phialoconidies, reproduction sexuée donnant des
asques), famille des Trichocomaceae.
Le genre Aspergillus se répartit en plusieurs sous-genres, eux-mêmes divisés en « sections »,
établies selon des critères morphologiques, immunologiques, biochimiques et biomoléculaires
(séquençage d’ADN). Aspergillus fumigatus appartient au sous-genre Aspergillus et à la
section Fumigati.
41
Le génome d’A. fumigatus, constitué de 8 chromosomes a été complètement séquencé par
NIERMAN et al. (2005). C’est une espèce présentant une très grande diversité génétique
(VAN WAEYENBERGHE et al., 2011). Aspergillus fumigatus coderait 9926 protéines
(SCAZZOCHIO, 2006).
2) Aspect des colonies
La description macroscopique inclut la taille, la texture et la couleur des colonies. En culture,

ces dernières ont un aspect velouté (ou floconneux), formant un gazon blanc (avant la
sporulation, les colonies sont dites « albinos ») puis vert ou gris bleuâtre et devenant à
maturité, brunes comme de la fumée (d’où l’épithète spécifique issue du verbe latin fumigare :
faire de la fumée) (figure 16) (CHERMETTE et BUSSIERAS, 1993 ; EUZEBY, 2008).
Figure 16 : Culture d’Aspergillus fumigatus
Source : Unité de parasitologie de l’ENVA, Mycologie, Maladies parasitaires et fongiques, Dermatologie
42
3) Morphologie microscopique
3.1) Mycélium d’Aspergillus fumigatus
Un champignon est un eucaryote hétérotrophe possédant une structure syncytiale (territoire

cytoplasmique délimité par une membrane et contenant plusieurs noyaux). Aspergillus est un
champignon filamenteux : son appareil végétatif forme un mycélium constitué d’un ensemble
de tubes aux parois parallèles, les hyphes (figure 17). Ces hyphes septées, mesurant 8 µm de
diamètre sont elles-mêmes constituées de compartiments, séparés par des parois possédant un
pore central.
Figure 17 : Hyphes du champignon Aspergillus fumigatus
Source: © David Gregory et Debbie Marshall, Wellcome Images CC by-nc-nd,2013
Connaître la structure cellulaire d’A. fumigatus permet de mieux comprendre, à la fois les
interactions possibles entre le champignon et l’hôte mais aussi, d’identifier des marqueurs
potentiels de l’infection (diagnostic de l’aspergillose) et des cibles thérapeutiques.
43
3.2) Paroi d’Aspergillus fumigatus
Les éléments structuraux majoritaires de la paroi du mycélium sont représentés par des
polysaccharides. L’architecture pariétale tridimensionnelle repose essentiellement sur 4
constituants : l’α(1-3) glucane, le galactomannane (composé d’-mannose et de courtes
chaînes de (1-5) galactofuranose), le(1-3) glucane et la chitine (enchaînement de résidus
N-acétyl-glucosamine reliés par des liaisons (1-4)). Ces trois derniers constituants sont
responsables de la rigidité pariétale (figure 18).
Certains antigènes de paroi, dont le galactomannane, peuvent être libérés dans
l’environnement ou l’organisme hôte par le parasite en croissance et sont utilisés dans le
diagnostic d’aspergillose.
La paroi du mycélium joue un rôle de barrière sélective avec le milieu environnant, de par sa
perméabilité, en autorisant le flux contrôlé de certaines molécules (BERNARD et LATGE,
2001).
Figure 18 : Polysaccharides composant la paroi d’Aspergillus fumigatus
Source : BERNARD et al., 2001
La paroi des conidies a une structure et des propriétés différentes. Elle possède à sa surface,
des protéines particulières, les hydrophobines. Celles-ci forment une couche responsable de
l’hydrophobicité des spores. Des récepteurs de différentes molécules (collagène par exemple),
disséminés sur la paroi, permettent des interactions avec certains tissus de l’organisme hôte.
La composition chimique pariétale complète n’est pas entièrement élucidée à ce jour. Une
couche de mélanine entoure la spore (figure 19). Cette dernière limiterait l’action des
44
métabolites libérés par les phagocytes. La pigmentation vert sombre des conidies semble donc
avoir un effet protecteur (BERNARD et LATGE, 2001 ; BERNARD-CARDONA, 2003).
Figure 19 : Caractéristiques ultrastructurales de la paroi du mycélium (a, b) et de la conidie (c,

d) d’A.fumigatus
Légende :
a,c : microscopie à balayage
b,d : coupe en microscopie électronique à transmission de la paroi du mycélium ou de la
conidie (à noter, la couche extérieure de mélanine dense aux électrons dans la paroi de la
conidie) Grossissement : ax2000, bx10 000, cx1000, dx100 000 (Bernard et Latgé, 2001)
Source : BERNARD-CARDONA, 2003
45
3.3) Membrane plasmique d’Aspergillus fumigatus
L’ergostérol, phospholipide équivalent du cholestérol des animaux représente un constituant

clef de la membrane fongique. Etant absent des cellules animales, il constitue une cible
potentielle de choix pour les molécules thérapeutiques. Deux modes d’action existent :
- l’inhibition de sa synthèse au niveau du cytochrome P450 (cas des imidazolés comme le
parconazole).
- la fixation directe sur celui-ci (cas des polyènes comme l’amphotéricine B).
Il en résulte une augmentation de la fluidité et de la perméabilité membranaire avec pour
conséquence des déséquilibres des flux ioniques.
4) Cycle d’Aspergillus fumigatus
Les champignons se nourrissent par absorption des nutriments présents dans le milieu
environnant. Aspergillus fumigatus, moisissure aérobie et thermophile, peut se développer
dans une gamme de température allant de 25 à 50°C (optimum à 30°C). L’activité de l’eau
(Aw) minimale autorisant sa croissance est de 0,82 à 40°C ce qui en fait un xérophile
marginal. Ainsi, cette faculté de pouvoir croître dans un milieu aride avec une température
élevée lui confère un avantage écologique sous climat tropical par exemple. Il peut vivre en
saprobiose en tirant partie de substances organiques mortes et n’a pas de besoins nutritionnels
spécifiques. Il s’agit donc d’un champignon qui peut s’adapter à différents milieux de
l’environnement (PITT et HOCKING, 1997). Il est ainsi capable de se développer sur des
matières en décomposition, des ensilages, des litières organiques, des aliments moisis, des
composts... Cependant, Aspergillus est également capable d’exploiter des substances
organiques d’êtres vivants, et de se comporter, à ce titre, comme un parasite opportuniste
d’animaux.
Le développement des Aspergillus s’opère principalement par voie asexuée. A partir du

mycélium, des sections d’hyphes s’élargissent et forment des cellules particulières dites « foot
cells » ou « cellule du pied ». Un filament conidiophore se développe alors verticalement et
perpendiculairement à celles-ci, puis s’élargit à son sommet pour former une vésicule (figure
20). Cette dernière se recouvre, chez certaines espèces, de métules, portant elles-mêmes des
phialides conidiogènes qui vont produire des spores asexuées ou conidies assemblées en
chaînes. L’ensemble (vésicule + métules + phialides + conidies) constitue la tête aspergillaire
(figure 21) (QUINN et al., 2011 ; RAPER et FENNEL, 1965).
46
Figure 20 : Conidiophore d’Aspergillus fumigatus en microscopie électronique à balayage
Tête
Conidiophore
Source : Unités des Aspergillus, institut pasteur, 2012
47
Figure 21 : Schéma d’une tête aspergillaire
Tête aspergillaire
Source : CHERMETTE et BUSSIERAS, 1993
Le conidiophore d’A. fumigatus mesure environ 400 µm de long et 20-30 µm de diamètre. Les
conidies, ovoïdes et échinulées, sont organisées en chaînes labiles et ont un diamètre
particulièrement faible de 2,5 à 3 µm. Elles se détachent des phialides et sont mises en
suspension à l’occasion de mouvements d’air potentiellement générés par les oiseaux au sein
des bâtiments d’élevages. Leur petite taille explique la facilité avec laquelle elles peuvent
atteindre l’appareil respiratoire profond (CHERMETTE et BUSSIERAS, 1993). Les spores
peuvent germer si les conditions environnementales sont favorables (humidité, chaleur..) et
générer ainsi un nouveau mycélium (figure 22). Une reproduction sexuée, associée à la
production de cleistothèces et d’ascospores a été décrite récemment chez cette espèce. Cette
forme sexuée a été nommée Neosartorya fumigata conformément à la nomenclature en
vigueur pour distinguer formes anamorphe (asexuée) et téléomorphe (sexuée) chez les
champignons. Cette découverte permet de mieux expliquer la diversité des génotypes
d’A. fumigatus. Ce mode de reproduction a des conséquences non négligeables dans le
domaine médical. La reproduction sexuée dont l’importance en milieu naturel n’est pas
connue pourrait en effet théoriquement générer par recombinaisons génétiques de nouveaux
isolats plus virulents ou résistants aux agents antifongiques (O’GORMAN et al., 2009).
48
Figure 22 : Cycle du développement des champignons du genre Aspergillus
Germination de la conidie
Les conidies sont libérées dans

l’environnement Obtention d’un nouveau
mycélium
Le mycélium forme des

conidiophores renflés des têtes
aspergillaires produisant des
conidies
Source : D’après THIERRY, 2011
49
5) Pouvoir pathogène et virulence
La virulence se définit comme la capacité d’un agent pathogène à envahir un hôte, dépasser
ses défenses naturelles et proliférer. Elle est multifactorielle chez A. fumigatus, liée à la paroi
(protection du champignon et interaction avec l’hôte), à la thermotolérance, à la résistance à la
réponse immunitaire (via la mélanine des conidies par exemple), à la production de
molécules de nature diverses dont (ABAD et al., 2010) :
- des enzymes (protéases, phospholipases, catalases, hémolysine). Aspergillus fumigatus peut
notamment sécréter in vitro une enzyme digérant la kératine des plumes constituant ainsi une
source d’azote et de carbone pour la moisissure (SANTOS RMDB et al., 1996). Une autre
enzyme, la superoxyde dismutase, protège Aspergillus des radicaux libres et du peroxyde
d’hydrogène libérés par les phagocytes (BROOKMAN et DENNING, 2000).
- des métabolites secondaires ou mycotoxines telles l’aflatoxine, carcinogène, surtout produite
par l’espèce Aspergillus flavus, (FRAGA et al., 2007 ; SCAZZOCCHIO, 2006), le
verruculogène ou encore la gliotoxine aux propriétés immunosuppressives et cytotoxiques
(PITT et HOCKING,1997 ; RICHARD et al., 1996).
50
IV) Aspergilloses aviaires
1) Epidémiologie
La première étape de l’étude épidémiologique a pour objectif de décrire les caractéristiques,

dans le temps et l’espace, de la maladie affectant une population donnée (épidémiologie
descriptive). La deuxième étape vise à identifier les mécanismes permettant le développement
de la maladie, en les analysant dans le but de pouvoir les expliquer (épidémiologie
analytique).
1.1) Epidémiologie descriptive
L’ANSES a réalisé en 2011, une hiérarchisation des maladies des volailles considérées
comme les plus importantes en France. Vingt-trois maladies ont ainsi été classées selon 8
domaines de critères : potentiel de persistance et d’ évolution de la maladie/de l’infection chez
l’animal ; impact économique et commercial de la maladie dans les unités épidémiologiques
animales touchées ; impact de la maladie sur la santé humaine ; impact sociétal de la maladie ;
impact de la maladie sur la biodiversité ; limites à l’efficacité des mesures de lutte ; impact
économique global des mesures de lutte à l’échelon national ; impacts sociétaux et
environnementaux des mesures de lutte (figure 23). L’aspergillose, pourtant non zoonotique et
non contagieuse, a été rajoutée à une liste initiale de maladies par les experts de l’ANSES.
Ceci témoigne de son importance en santé animale.
51
Figure 23 : Hiérarchisation des 23 maladies les plus importantes chez les volailles en 2011
selon l’ANSES
Source : d’après l’ANSES, 2012
Si l’on s’intéresse plus particulièrement aux maladies parasitaires et fongiques, l’aspergillose

se positionne après certaines affections telles que les coccidies, dominantes pathologiques en
élevage. En effet, sur 3296 lots de dindes autopsiées en France en 2010, 5% des lots étaient
atteints d’aspergillose contre 42% de coccidiose (figure 24).
52
Figure 24 : Importance de l’aspergillose parmi les maladies parasitaires et fongiques de la
dinde en 2010 (observation de 3296 lots lors d’autopsie)
Ascaridiose
4%
Candidose
33%
Coccidiose
42%
Autres
flagellés 12%
Aspergillose
5%
Histomonose
4%
Source : BALLOY, CES d’avaire 2011
L’aspergillose est une maladie infectieuse considérée comme non contagieuse. Elle se traduit
de manière classique par une forme aiguë chez le jeune, associée à une importante morbidité
et mortalité et par une forme plutôt sporadique et chronique chez l’adulte souvent à mettre en
lien avec une immunodépression (BEYTUT et al., 2004).
Chez le poussin, la forme aiguë, également appelé « pneumonie des couvoirs » engendre une
mortalité importante qui culmine dans les 10 premiers jours de leur existence. Le taux de
mortalité oscille entre 5 et 10 % et peut aller jusqu’à 30 à 40 % (il peut atteindre 70 à 90 %
chez le dindonneau). En élevage intensif, de multiples cas peuvent se déclarer car les volailles
conduites en bandes constituent des lots très homogènes (âge similaire) et peuvent être
potentiellement exposées en grand nombre à une source commune d’infection. Dans ces
conditions, la maladie peut prendre alors un caractère épizootique (GUILLOT et
CHERMETTE, 2001 ; JENSEN et al., 1997; PLANEL et al., 2001).
La flore fongique d’oies reproductrices a été étudiée (à partir de 920 prélèvements, au niveau
du cloaque et de la cavité buccale, sur 460 individus) dans des troupeaux polonais. Elle est
étroitement corrélée aux conditions de vie de l’animal. Le portage aspergillaire (et notamment
d’A. fumigatus) était plus fréquent l’hiver dans des bâtiments en bois et le plus souvent dans
des troupeaux de petite taille (ZIOLKOWSKA et TOKARZEWSI, 2007).
53
1.2) Epidémiologie analytique
1.2.1) Source d’Aspergillus fumigatus
L’environnement constitue le réservoir naturel des Aspergillus. Cet agent pathogène

opportuniste est capable de se développer sur toute litière organique mal entretenue ou sur les
aliments altérés (grains, fourrage, ensilage…) (ARNE et al., 2011). Ses caractéristiques
biologiques et écologiques expliquent sa présence dans les bâtiments et, par suite, l’infection
possible des volailles.
Plusieurs travaux ont permis de caractériser et quantifier les différentes populations fongiques
composant la mycoflore dans les bâtiments d’élevages aviaires.
FULLERINGER et al. (2006) ont mis en culture des prélèvements d’air, de litière et
d’aliments, issus d’un élevage de dindes en France. Trois champignons filamenteux ont été le
plus souvent isolés : A. fumigatus, Absidia corymbifera et A. flavus.
NIEGUITSILA et al. (2011) ont entrepris la quantification des spores fongiques cultivables
dans un élevage français de poulets de chair Label sur toute la durée d’élevage (15 semaines).
Des prélèvements d’air collectés sur une base hebdomadaire ont permis de mettre en évidence
de nombreuses espèces fongiques dont des représentants du genre Aspergillus.
Plus précisément, dans les élevages de dindes ou de poulets indemnes d’aspergillose, la

concentration d’Aspergillus dans l’air avoisine 10 à 104 UFC/m3. Une étude visant à
quantifier la présence de champignons dans des élevages de poulets, en ventilation dynamique
ou naturelle a révélé, en moyenne 7,47x103 ± 142 UFC/m3, avec comme genres prédominants
Aspergillus et Penicillium (le genre Aspergillus représentait 53 % des champignons dans le
bâtiment à ventilation naturelle contre 35 % dans le bâtiment à ventilation dynamique)
(NICHITA et al., 2010).
Par ailleurs, la présence de mycotoxines synthétisée par certaines espèces d’Aspergillus,
notamment A. flavus, a été mise en évidence dans les aliments destinés aux volailles (FRAGA
et al., 2007).
54
1.2.2) Modes de contamination
1.2.2.1) Voie aérienne
Particularités anatomiques de l’appareil respiratoire des oiseaux
Le système respiratoire des oiseaux est le plus complexe et le plus efficace parmi ceux des
vertébrés. L’arbre bronchique est relié à des sacs aériens et deux poumons (MAINA et al.,
2000) (figures 25 et 26). En fonction des espèces, on dénombre 8 à 9 sacs aériens au total (1
ou 2 sac aériens cervicaux, 1 sac aérien claviculaire, 2 sacs aériens thoraciques crâniaux, 2
sacs aériens thoraciques caudaux, 2 sacs aériens abdominaux) (figure 27). Ces structures
membranaires fines, transparentes, très faiblement vascularisées ne participent pas aux
échanges gazeux. Elles font office de réserve d’air et jouent le rôle de « soufflet », permettant
la circulation de l’air dans le tractus respiratoire. Les poumons sont pratiquement
inextensibles, sans plèvres associées et occupent 1/8 à 1/6 du volume de la cage thoracique.
Ils sont le siège de l’hématose par la présence d’une multitude de capillaires aériens
(BRUGERE, 1992).
Chaque bronche primaire gagne le poumon et se poursuit par une mésobronche, aboutissant
dans le sac aérien abdominal. En traversant le parenchyme pulmonaire, cette mésobronche se
divise pour donner des bronches secondaires nommées en fonction de leur territoire de
distribution : 4 ventrobronches, 7 à 10 dorsobronches, les latérobronches. Ces bronches
secondaires se ramifient elles-mêmes pour donner des parabronches anastomosées. Ces
dernières présentent des pores d’où émergent les bronchioles respiratoires conduisant aux
capillaires aériens, lesquels sont en contact étroit avec des capillaires sanguins constituant la
surface d’échange gazeux effective (FEDDE, 1998 ; MAINA et al., 2000 ).
55
Figure 25 : Représentation de l’appareil respiratoire des oiseaux (sacs aériens et poumons)
Légende :
Trachea : trachée ; Cervical Sac : sac cervical ; Intraclavicular Sac : sac interclaviculaire ;
Cranial Thoracic Sac : sac thoracique crânial ; Caudal Thoracic Sac : sac thoracique caudal ;
Abdominal Sac : sac abdominal ; Ventrobronchi : ventrobronches ; Dorsobronchi :
dorsobronches ; Parabronchi : parabronches ; LB : latérobroches ; Primary Bronchus : bronche
primaire ; Intrapulmonary Bronchus : bronche intrapulmonaire
Source : BROWN et al., 1997
Figure 26 : Vue dorsale des poumons de la poule
Syrinx
Bronche
primaire
Poumon
gauche
Incisure
costale
Source : CHATELAIN, 1992
56
Figure 27 : Sacs aériens de la poule (injection au latex)
Sac aérien thoracique caudal Poumons Sac aérien claviculaire
Sac aérien abdominal Sac aérien thoracique crânial
Source : CHATELAIN, 1992
Physiologie de la respiration
Chez les oiseaux, les poumons non élastiques, sont situés très dorsalement dans une cage
thoracique rigide se terminant sur un sternum doté d’une carène très développée où s’insère
les muscles du vol (pectoraux notamment). Il n’existe pas de diaphragme chez les oiseaux
(seule une membrane bronchopleurale s’insérant sur les côtes, également appelée muscle
costopulmonaire de Fedde se contracte à l’expiration).
A l’inspiration, l’air pénètre par les narines, emprunte les choanes, la fente palatine, la
glotte puis la trachée. Il circule dans les bronches primaires. La majeure partie de l’air passe
dans les sacs aériens postérieurs (thoraciques caudaux et abdominaux). En parallèle, l’air déjà
présent au niveau du territoire pulmonaire ayant subi les échanges gazeux est véhiculé dans
les sacs aériens antérieurs (thoraciques, cervicaux et claviculaires).
A l’expiration, l’air présent dans les sacs aériens postérieurs emprunte les poumons.
En parallèle, l’air des sacs antérieurs est expulsé vers les bronches puis la trachée (BROWN et
al.,1997)
Il faut donc deux cycles respiratoires complets pour effectuer un renouvellement de l’air
(figure 28) dans l’ensemble du tractus respiratoire. L’existence d’un système de « valves » qui
s’ouvrent et se ferment pendant le cycle respiratoire est avancée pour expliquer l’existence
57
d’un sens de circulation d’air unique, caudo-crânial, dans les parabronches (CLARK et al.,
2002 ; MAINA et al., 2000).
Figure 28 : Circulation de l’air dans l’appareil respiratoire des oiseaux pendant l’inspiration
(a) et pendant l’expiration (b)
Légende :
(1) sac aérien claviculaire, (2) sac aérien cervical, (3) sacs aériens thoraciques crânial et caudal, (4) sac aérien
abdominal (adapté de REESE et al., 2006)
Source : THIERRY, 2011
Moyens de défense de l’appareil respiratoire

Les défenses mécaniques reposent sur l’escalator mucociliaire qui permet d’éliminer les
particules par expectoration (si leur taille est supérieure à 4 µm). En effet, l’épithélium de la
trachée et des bronches (primaires et début des secondaires) possède des cils vibratiles qui se
contractent en vagues ondulatoires, entraînant mucus et particules vers l’oropharynx où ils
sont déglutis (GUERIN et al., 2011b).
Les défenses immunitaires non spécifiques ou innées s’appuient sur l’action phagocytaire des
macrophages elles-mêmes complétées par l’immunité spécifique à médiation cellulaire ou
humorale (IgA, immunoglobulines de l’immunité locale, IgY et IgM) (FEDDE, 1998). Les
défenses immunitaires de l’appareil respiratoire peuvent donc être classées en trois
composantes :
- les cellules phagocytaires : les macrophages résidents sont majoritairement localisés au

niveau de l’atrium et de l’infundibulum des parabronches (distribution à des endroits
stratégiques pour capturer les particules). Ils ne sont pas retrouvés au niveau des capillaires
aériens (ce territoire, par comparaison avec le système respiratoire des mammifères
correspondrait aux alvéoles pulmonaires) (figure 29). Les cellules phagocytaires sont
également présentes au niveau des sacs aériens (en majorité des hétérophiles, puis des
macrophages, lymphocytes).
58
Figure 29 : Structure d’une parabronche et localisation des macrophages respiratoires
A B C
Légende :
A : section longitudinale (colorée au bleu de méthylène) de la paroi d’une parabronche de poulet

1 : atrium 2 : septum interatrial 3 : infundibulum 4 : capillaires aériens 5 : septum interparabronchial
B : section longitudinale d’une parabronche de poulet observé au microscope électronique

C : coupe horizontale de l’atrium montrant des macrophages dans le septum interatrial par
immunohistochimie (coloré avec mab Kul01)
Source : REESE et al., 2006
- les tissus lymphoïdes associés aux bronches (BALT). Ce sont des structures particulières,
situées dans la muqueuse bronchique, constituées de follicules lymphoïdes (lymphocytes B et
lymphocytes T), de cellules présentatrices d’antigène et de cellules épithéliales. Le
développement des BALT dépend de l’âge et des stimulations environnementales.
- les défenses de l’interstitium : il existe une infiltration diffuse de leucocytes dans le tissu
interstitiel (REESE et al., 2006).
Les effecteurs qui interviendront dans la réaction immunitaire lors d’aspergillose, sont, entre
autres, les macrophages, les hétérophiles (l’équivalent des neutrophiles chez les mammifères),
les cellules géantes multinucléées (fusion de plusieurs macrophages) et les lymphocytes (T et
B).
59
Relations entre le système respiratoire aviaire et l’infection fongique
Nous cherchons, dans ce paragraphe, à mettre en lumière les éléments anatomiques,

physiologiques et environnementaux qui permettent d’expliquer ce qui facilite l’infection par
Aspergillus fumigatus chez les oiseaux.
 Sur le plan structural :

- concernant les oiseaux :
 absence d’épiglotte donc entrée plus facile des particules dans la trachée.
 absence de diaphragme donc reflexe de toux moins efficace pour éliminer les
particules.
- concernant A. fumigatus :
 l’hydrophobie des conidies favorise leur mise en suspension dans l’air.
 les particules de diamètre inférieur à 3 µm (soit le diamètre approximatif des
conidies d’A. fumigatus) peuvent envahir l’appareil respiratoire profond. Les
spores empruntent le circuit de l’air inhalé, ce pourquoi les sacs aériens
postérieurs sont les premiers infectés. S’ensuit une sédimentation dans le
poumon. L’atteinte peut ensuite se généraliser à l’ensemble des sacs aériens.
 Sur le plan fonctionnel :

-concernant les oiseaux :
 moins de macrophages résidents dans le tractus respiratoire donc immunité
innée a priori moins efficace (FEDDE, 1998).
 besoin très important en dioxygène chez les oiseaux par rapport aux
mammifères de même poids avec une surface d’échanges gazeux très efficace,
favorisant la colonisation par les conidies.
-concernant A. fumigatus :
 libération de gliotoxine par certaines souches, engendrant chez les oiseaux une
nécrose tissulaire et par la suite créant un environnement riche en nutriments pour
Aspergillus.
 Sur le plan physiologique :

 température corporelle élevée des oiseaux (38 à 45°C) autorisant la germination
des conidies puisqu’A. fumigatus est thermophile.
 le sac aérien est un milieu très bien oxygéné, chaud et humide, combinant ainsi des
conditions optimales pour le développement de la moisissure.
 Sur le plan de la conduite d’élevage :

 production d’ammoniac ou de poussières fragilisant l’escalator mucociliaire des
volailles.
 tous éléments générateurs de stress (surpopulation, vaccination…) (HAMET,
1992).
60
1.2.2.2) Voie transcoquillère
Structure de la coquille
Rappelons, avant tout, la structure générale d’un œuf. Il est constitué d’une coquille, sous
laquelle sont accolées deux membranes coquillères, qui, au gros pôle, ménagent un espace,
appelé chambre à air. Les structures internes comportent, entre autre, le vitellus (vulgairement
appelé « jaune ») et l’albumen (« blanc »). La coquille se compose pour 95 % de minéraux
sous forme de cristaux (carbonate de calcium). Le calcium provient majoritairement de
l’alimentation (environ 60 %) et des réserves osseuses (environ 40 %). Une matrice organique
(formée de protéines) est associée aux minéraux (INRA 2000 et 2012). La formation de la
coquille correspond à une cristallisation progressive. Les premiers cristaux (cône de calcite)
s’ancrent au niveau de la membrane externe puis vont croître et se rejoindre. La taille et
l’orientation des cristaux sont des critères de résistance (par exemple un œuf dont la coquille
fait 0.3 mm d’épaisseur résiste à une pression statique de 3 kg). Cependant, pour que le
poussin puisse respirer, de nombreux pores (100 à 300/cm²) parsèment la surface de la
coquille. La dernière couche constitue la cuticule, à vocation protectrice essentiellement
(INRA, 2012).
Contamination au couvoir
Les pores de la coquille peuvent constituer des portes d’entrée pour les germes qui
contaminent ensuite le sac vitellin pendant l’incubation (CORTES et al., 2005 ; WRIGHT et
al.,1961 ).
La contamination peut donc se faire au couvoir (les conditions de température ambiante et
d’hygrométrie relative régnant dans les incubateurs ou les éclosoirs sont particulièrement
propices au développement du champignon). Il est aussi possible que les œufs soient
contaminés en amont dans les élevages de reproducteurs ou pendant la phase de stockage en
élevage (INTERVET, 2006 ; IVANOV, 2008) (figure 30).
De plus, la vaccination in ovo (par exemple, contre la maladie de Marek effectuée entre le
17ème et 19ème jour d’incubation), en créant un pore dans la coquille peut favoriser la
pénétration d’Aspergillus dans la chambre à air de l’œuf, sous réserve que les spores soient
présentes dans l’environnement.
Pour comprendre davantage les modalités d’infection des œufs, appuyons nous sur l’étude de
Williams et al. (2000). Les coquilles d’œufs de poules testés sont percées à l’aide d’une
aiguille puis les œufs sont mis en incubateur et exposés à des cultures d’A. fumigatus. Les
résultats montrent qu’en fonction de la structure interne de l’œuf, le potentiel de croissance
d’A. fumigatus est plus ou moins promu. En effet, A. fumigatus se développe dans le jaune
riche en nutriments pour la croissance du champignon et non dans l’albumen. De même les
membranes coquillères seules ne permettent pas la croissance du champignon sauf si elles
sont en contact avec le vitellus. Lorsque les œufs sont fertiles, il se produit un remaniement
61
des structures internes (jaune versus albumen) qui est associé à une diminution du pH pendant
les 3 premiers jours d’incubation. En revanche, lorsque les œufs sont infertiles, la valeur du
pH reste stable pendant les 6 premiers jours d’incubation. Il semblerait que les changements
de l’organisation interne de l’œuf fertile pendant l’incubation offre des conditions de milieu
favorables à la croissance fongique.
Figure 30 : Œufs infectés par A.fumigatus
Source: American Association of avian Pathologists
JACOBSEN et al., (2010) ont infecté expérimentalement des œufs de poule Leghorn blanche
au 10ème jour d’incubation avec des doses variables de conidies (10² à 10 7 conidies
d’A. fumigatus par œuf). Le protocole peut être décrit brièvement comme suit : perforation de
la coquille, création d’une chambre à air artificielle et inoculation des conidies, mise en place
d’un « bouchon » de paraffine au niveau du pore créé. Des doses supérieures ou égales à 10 4
conidies par œuf entraînent 100 % de létalité. Afin d’analyser les modifications
morphologiques de la membrane chorioallantoidienne et la croissance fongique, des œufs
contenant des embryons viables infectés avec 10² conidies sont sélectionnés à 1, 2, 4 et 6 jours
post infection (figure 31). Un mycélium est visible à partir du 2 ème jour pi. La superficie
couverte par ce dernier augmente avec le temps jusqu’à atteindre 3 cm de diamètre. Dans le
cas où la chambre à air artificielle créée lors de l’inoculation des conidies est toujours
présente, la sporulation est observée au 4ème et 6ème jour pi.
62
Figure 31 : Aspect macroscopique de la membrane chorioallantoïdienne d’œufs embryonnés,
infectés au 10ème jour d’incubation avec 10² conidies d’Aspergillus fumigatus
Légende :
A à D : Témoin
E à H : 1 jour post infection. L’inséré sur les images F et G montre un grossissement du
mycélium
I et K : 4 jours post infection
L et M : 6 jours post infection
Source : JACOBSEN et al., 2010
Les animaux peuvent donc être contaminés pendant l’incubation mais aussi juste après
l’éclosion. La maladie se déclenche alors dans la première semaine qui suit la mise en place
du lot en élevage (« pneumonie des couveuses ») (PLANEL et al., 2001).
1.2.3) Réceptivité et sensibilité
« La réceptivité correspond à l’aptitude d’un organisme à laisser se développer en lui un agent

pathogène. En revanche, la sensibilité correspond à l’aptitude à exprimer cliniquement la
maladie après contact avec un agent pathogène » (SAEGERMAN, 2005).
Aspergillus fumigatus est une espèce qui affecte une grande variété d’hôtes vertébrés ou
invertébrés (BROOKMAN et al., 2000 ; TELL, 2005). Cependant, les oiseaux, jeunes en
particulier, s’avèrent a priori les plus sensibles (XAVIER et al., 2005).
Au sein de cette classe, les oiseaux sauvages les plus touchés par l’aspergillose sont les
Anatidae, les rapaces et les Laridae (à noter cependant qu’il peut exister un biais de
63
recrutement car pour la plupart, ces espèces sont sociales et la mortalité est plus facile à
repérer) (KUNKLE, 2003). Des cas d’aspergilloses ont été décrits chez de nombreuses
espèces domestiques : poulet, caille, pigeon, canard, oie, dinde. Les dindes font parties des
espèces les plus sensibles, suivies par les canards, les pintades et les poulets (HAMET, 1992).
GHORI et EDGAR (1973) ont comparé la sensibilité des poulets, dindes et cailles en
exposant expérimentalement les animaux au couvoir pendant 6 heures avec des concentrations
de 3258 spores/30cm3 d’air à 9840 spores/30 cm3 . La caille est l’espèce qui possède le plus
haut taux de mortalité quel que soit le niveau d’exposition. A contrario, le poulet est l’espèce
la moins sensible des trois. Au sein même des races, la sensibilité peut varier en fonction des
lignées (GHORI et EDGAR, 1979 ; THIERRY et al., 2013). Aucune espèce aviaire n’est à ce
jour considérée comme spontanément résistante. Les particularités de l’appareil respiratoire
des oiseaux, détaillées précédemment expliquent leur réceptivité accrue.
Le pouvoir pathogène d’A. fumigatus est indéniablement corrélé au statut immunitaire de

l’hôte.
L’étude des stades précoces du développement d’A. fumigatus chez le poussin a été entreprise
et met en exergue l’importance de l’intervention des défenses immunitaires dans l’expression
du pouvoir pathogène. Soit la quantité de spores présentes est trop importante et les défenses
naturelles de l’oiseau sont dépassées, soit l’individu, suite à un stress par exemple, présente
une immunodépression, permettant le développement du champignon (CONVERSE, 2007 ;
DESOUTTER, 2008). Concernant l’infection in ovo, l’augmentation de la réponse
immunitaire locale à un stade de développement tardif coïncide avec une réduction de la
mortalité embryonnaire. JACOBSEN et al. (2010) ont montré que la transcription de certains
gènes codant pour des médiateurs de l’inflammation (K60 notamment) augmente
significativement 12, 24 et 72 h après l’infection d’œufs embryonnés de 12 jours. Ainsi des
œufs embryonnés infectés à 12 jours d’incubation ont un taux de survie de 20 %, 8 jours post
infection, comparé à 0 % pour des œufs infectés à 10 jours d’incubation.
De plus, les signes cliniques dépendent en partie de la quantité de spores inhalées.

(BEERNAERT et al., 2010 ; KUNKLE, 2003 ; LATGE, 1999 ; RICHARD et al.,1984). A
titre d’exemple, FEMENIA et al. (2007) ont inoculé des dindonneaux d’un jour en bonne
santé, avec une suspension contenant 107 spores d’A. fumigatus, dans le sac aérien thoracique
caudal droit. Les animaux ont résisté à cette infection, puisque l’autopsie 7 jours post
inoculation a montré une régression des lésions par rapport à celles réalisées à J1, 2, 3, et 5
post infection.
64
1.3) Epidémiologie synthétique
La litière est l’élément central favorisant le développement de l’aspergillose (figure 32). Elle
peut intervenir à deux niveaux : en permettant le développement du parasite et/ou en
favorisant l’apparition de maladies qui fragilisent les volailles. Or, plusieurs paramètres
d’ambiance, étroitement liés, ont un impact direct sur sa qualité :
Température : en effet, une température ambiante insuffisante se traduira par des troubles
digestifs avec production de fientes semi-liquides et brillantes responsables d’un croûtage des
litières, d’une répartition inégale des animaux, et de salissures du plumage (DEZAT et al.,
2011 ; ITAVI, 1997a). Une température chaude quant à elle, favorise le développement du
champignon (SAJID et al., 2006).
Densité : la densité animale joue également : production de déjections, dégagement de vapeur

d’eau et de CO2. Elle devient critique à partir de 21 poulets par m² (DEZAT et al., 2011 ;
GUERIN et al., 2011 ; ITAVI, 1997a).
Humidité : la fermentation de la litière, consécutive à une humidité trop importante, dégage de

l’ammoniac qui va paralyser l’escalator mucociliaire et favoriser le développement de
maladies respiratoires. D’autre part, l’humidité favorise la croissance fongique (GUERIN et
al., 2011 ; ITAVI, 1997a). L’humidité de la litière est bien sûre dépendante de l’hygrométrie.
Par ailleurs, une atmosphère sèche favorise la mise en suspension des poussières et donc des
spores d’A. fumigatus.
Ventilation : une litière trop fine va potentialiser la présence de poussières (dont la dispersion
sera favorisée par le brassage de l’air) et par suite fragiliser les voies respiratoires supérieures.
En revanche une sous ventilation engendre une atmosphère chargée en particules et une
mauvaise élimination des gaz (BRUGERE-PICOUX, 1992 ; GUERIN et al., 2011 ; ITAVI,
1997a).
Le choix de la litière (type de substrat choisi) et sa gestion interviennent également. Par

exemple si de la paille hachée est utilisée en élevage de dindes, elle aura tendance à se tasser
sous le poids des animaux ce qui accélère sa dégradation (DEZAT et al. 2011 ; ITAVI,
1997a). De plus, une étude a montré qu’un renouvellement de la litière était associé à des cas
d’aspergillose (la litière utilisée était de la bagasse) (HUTSON, 1966).
Une litière altérée favorise le développement d’agents pathogènes, tels que les oocystes de
coccidies avec comme conséquence pour les oiseaux atteints, une diminution du poids vif
chez les adultes et une mauvaise croissance chez les jeunes. Des lésions de l’appareil
locomoteur et des lésions cutanées vont apparaitre (pododermatite avec ulcération engendrant
65
douleur, boiterie, inappétence ou encore ampoule du bréchet) (MARTLAND, 1984 et 1985).
Les répercussions économiques se matérialiseront par une augmentation des saisies et des
frais vétérinaires (ITAVI, 1997a ; JONES et DAWKINS, 2010).
Figure 32 : Facteurs influençant la qualité de la litière et l’apparition de la maladie
Paramètres d’ambiance :
Ventilation, température, hygrométrie
Densité animale
Type de substrat, épaisseur,

renouvellement de la litière
Litière poussiéreuse Litière humide
Mise en suspension
des spores Développement Fermentation aérobie en
d’Aspergillus fumigatus d’Aspergillus fumigatus surface  production de
NH3paralysie de l’escalator
mucociliaire troubles
respiratoires
Troubles locomoteurs
Animaux fragilisés
ASPERGILLOSE
Immunodépression
Stress
66
1.4) Impact économique de l’aspergillose
L’aspergillose est incontestablement à l’origine de pertes économiques en élevage avicole.
Cependant, aucune analyse précise et à grande échelle n’a été réalisée en considérant l’impact
global de cette maladie. L’estimation du coût total d’une affection n’est pas chose aisée et
nécessite de considérer un certain nombre d’indicateurs. Une première approche consiste à
évaluer la réduction des performances et le coût engendré pour mettre en œuvre des mesures
de contrôle de la maladie (PERRY et al., 1999).
Les infections parasitaires se répercutent majoritairement sur l’ingéré alimentaire et la
digestibilité des aliments. Selon les cas, on pourra enregistrer une mortalité précoce (y
compris in ovo), une dégradation globale des performances de production, un ralentissement
de croissance (dégradation du GMQ) voire une perte de poids, une diminution de la valeur de
l’animal (non-valeur économique), une réduction de la valeur marchande des produits (saisie
totale ou partielle des carcasses par exemple).
L’impact détaillé de nombreuses maladies affectant le secteur avicole a ainsi été étudié par les
économistes (coccidiose notamment) (WILLIAMS, 1999). Ce n’est pas encore le cas de
l’aspergillose. Seuls les travaux de KUNKLE (2003) dans les élevages de l’Iowa entre 1983 et
1994 ont conduit à une estimation de 338 000 dollars par an.
En élevage de dindes, les dépenses de santé ont été évaluées, en 2001 à 1,45 euros/m²/lot,
dont un tiers est imputable au coût des antibiotiques et un quart au coût de la vaccination.
Dans 31 % des élevages inclus dans l’étude de BIDAUD parue en 2005, des antiparasitaires
étaient systématiquement administrés aux dindes, et 16 % des éleveurs pratiquaient une
antibiothérapie préventive au démarrage, dans l’eau de boisson.
2) Physio-pathogénie
Chez l’embryon :
Le passage du champignon par la coquille lors de l’incubation entraîne une infection du sac
vitellin. Il peut proliférer radialement sur la membrane chorioallantoïdienne et envahir les
vaisseaux puis les tissus. La dissémination à partir de la CAM au foie est rare, uniquement si
la dose inoculée est supérieure à 104 conidies par œuf (JACOBSEN et al., 2010).
Chez l’oiseau :
- Atteinte majoritaire de l’appareil respiratoire

Les spores, véhiculées par l’air inhalé, se retrouvent, dans les sacs aériens caudaux et les
poumons puis dans les sacs aériens crâniaux. Les voies supérieures (trachée, syrinx) peuvent
aussi être touchées. L’atteinte d’autres organes est la conséquence de celle de l’appareil
67
respiratoire. En empruntant les ramifications des sacs aériens, A. fumigatus colonise d’autres
organes par contiguïté de la cavité cœlomique (REDIG et PAUL, 2005). Une atteinte
pulmonaire sévère peut engendrer une hypertension pulmonaire et par la suite une défaillance
du ventricule droit (hypertrophie du ventricule droit et dilatation, rupture du ventricule droit
avec insuffisance valvulaire). Elle aura pour conséquence sur la grande circulation une
hypertension portale et l’apparition d’une ascite secondaire (JULIAN et al., 1990 ; ZAFRA et
al., 2008).
- Aspergillus fumigatus passe dans la circulation sanguine et se localise dans différents

organes.
Une dissémination de l’agent pathogène par voie hématogène est possible. Les conidies,
internalisées par les macrophages respiratoires suite à la phagocytose rejoignent par ce biais la
circulation sanguine. Des dindes de 3 semaines, exposées expérimentalement à des spores
d’A. fumigatus par nébulisation (355000 spores/litre d’air correspondant à 300 mg de spores
aérosolisées pendant la période d’exposition), présentent, 15 minutes après exposition, des
spores intracytoplasmiques dans les macrophages respiratoires (RICHARD et THURSTON,
1983).
Les macrophages ne parviennent pas toujours à détruire ou inhiber le développement des
conidies in vitro. Dans ce contexte, les spores du champignon peuvent germer dans le
cytoplasme des phagocytes et provoquer leur dégénérescence et leur lyse. Ce phénomène reste
rare mais favoriserait la colonisation du tractus respiratoire (VAN WAEYENBERGHE et al.,
2012). Il semblerait également que les spores puissent se fixer directement sur les globules
rouges des oiseaux (dans 1 % des cas) (RICHARD et THURSTON, 1983).
Via la circulation sanguine, de nombreux organes peuvent être envahis secondairement par le
champignon : yeux, reins, foie, cerveau, cervelet, os, peau…
- l’atteinte de l’œil peut avoir plusieurs origines
L’atteinte des structures intra-oculaires s’explique par la dissémination hématogène. Le

pecten ou peigne, structure vasculaire importante rattachée à la rétine et flottant dans la
chambre postérieure des oiseaux, peut être affecté (BECKMAN et al., 1994).
A contrario, des kératites et conjonctivites, consécutives à des lésions superficielles de la
cornée suite à des agressions physiques ou chimiques (NH3…) favorisent la colonisation par
le champignon présent dans l’environnement (figure 33) (RICHARD et al., 1984).
68
Figure 33 : Récapitulatif des différents mécanismes impliqués dans la pathogénie de
l’aspergillose des oiseaux
Inhalation
de spores
en suspension dans
l’air
Agression de la
cornée (NH3…)
.
POUMONS
Oeil
Flux sanguin
SACS AERIENS
Contact direct
Autres organes (cerveau, Organes de la cavité
cervelet, peau, os...) cœlomique
3) Expression clinique
3.1) Chez le poussin : forme aiguë majoritaire
Les signes respiratoires dominent le tableau clinique suite à la migration des éléments
fongiques dans les poumons et les sacs aériens : dyspnée, jetage, bâillement, respiration bec
ouvert, toux (figure 34) (HAMET, 1992 ; KWONIL et al., 2009 ; PEREZ et al., 2003 ;
69
XAVIER et al., 2005 ; ZAFRA et al., 2008). Des surinfections bactériennes à salmonelles ou
colibacilles peuvent se développer ensuite (INTERVET, 2006).
Figure 34 : Dyspnée chez un poussin
Source: DINEV, 2013
Des troubles digestifs et nerveux sont rapportés dans la littérature. Des cas de kératite et de
conjonctivite, associés à un œdème périorbitaire et à des sécrétions purulentes oculaires ont
été décrits (BECKMAN et al., 1994). L’infection par A. fumigatus peut également engendrer
une omphalite chez le poussin (petit sac vitellin ou au contraire sac vitellin distendu rempli
d’un contenu aqueux verdâtre à jaune-brun). De plus, les toxines produites par A. fumigatus
sont sans doute responsables des changements de consistance de ce dernier (contenu aqueux,
masse caséeuse…) (CORTES et al., 2005).
3.2) Chez l’adulte : forme chronique majoritaire
Les dindes de 4 à 5 semaines d’âge semblent les plus concernées par cette forme de la
maladie. Les signes cliniques sont très polymorphes avec toujours une prédominance des
troubles respiratoires (dyspnée, toux...) (figure 36). Une atteinte de l’état général avec
émaciation, apathie, déshydratation, anorexie, ailes pendantes est décrite (OZMEN et al.,
2003 ; PRESCOTT WARD et al.,1970 ; RICHARD et al., 1984 ; VAN WAEYENBERGHE
et al., 2012 ; XAVIER et al, 2005 ; ZINKL et al., 1974). Des signes cliniques non
pathognomoniques se manifestent en fonction des organes atteints :
- sphère oculaire : blépharospasme, photophobie, œdème cornéen, exsudat caséeux oculaire,
conjonctivite, kératite, gonflement péri-orbitaire (AKAN et al. 2002 ; BEERNAERT et al.,
2010 ; KUNKLE, 2003)
70
- système nerveux : ataxie, torticolis, opisthotonos, convulsion, parésie/paralysie (figure 35)
(AKAN et al., 2002 ; KWONING et al.. 2009 ; RICHARD et al., 1984 ; VAN VEEN et al.,
1999).
Figure 35 : Troubles nerveux chez un poulet, paralysie partielle des ailes et paralysie
postérieure
Légende : poulet en décubitus dorsal, capable de bouger sa tête et son cou mais
incapable de se redresser.
Source : VAN VEEN et al., 1999
- système musculo-squelettique : les atteintes osseuses sont plus rares. Un tropisme articulaire
chez les dindes est décrit, se traduisant cliniquement par de la boiterie (OLIAS et al, 2010b).
- système digestif : diarrhée, diminution de l’ingéré alimentaire, diminution du GMQ.

Figure 36 : Différents signes cliniques possibles lors d’aspergillose
71
Toux, dyspnée
Ataxie, torticolis…
Kératite,
conjonctivite,
Paralysie iridocyclite
Arthrite, boiterie
Source : d’après ARNE, (CES de pathologie aviaire), 2011
L’atteinte cutanée est plus rare mais peut se manifester par une dermatite granulomateuse.
72
V) Diagnostic d’aspergillose et traitement en élevage
avicole
1) Diagnostic clinique
Les signes cliniques évocateurs de la maladie sont surtout des signes respiratoires (dyspnée,
respiration bec ouvert, bâillement, toux…) affectant un nombre plus ou moins important
d’oiseaux au sein d’une bande.
2) Diagnostic lésionnel
La sporulation des conidies permet le développement d’hyphes, que l’on peut retrouver, entre
autre, dans le parenchyme pulmonaire. Deux types de réaction tissulaire inflammatoire
existent : une forme profonde avec l’observation de granulomes et une forme superficielle
diffuse, non encapsulée, à la surface des séreuses. Les granulomes de l’appareil respiratoire
peuvent s’ouvrir dans la lumière des bronches et y libérer les éléments fongiques (hyphes,
spores, conidiophores) (figure 37) (BEERNAERT et al., 2010 ; BEYTUT et al., 2004 ; TSAI
et al., 1992).
73
Figure 37 : Hyphes obstruant la lumière des parabronches
Légende :
Nombreuses hyphes disposées radialement (F), détectées dans la lumière de
parabronches (P). Coloration HES, grossissement x100
Source : KWONIL et al., 2009
Les lésions évocatrices d’aspergillose sont donc, en priorité, des granulomes ou des plaques
caséeuses (OLIAS et al, 2010). Ces plaques peuvent être recouvertes « d’un tapis verdâtre »,
ce qui signe un processus de sporulation (RICHARD et al., 1984). Typiquement, des
granulomes blanc-jaunâtre, soit miliaires (< 1 mm de diamètre), soit nodulaires (> 2 cm) sont
observés dans le parenchyme de divers organes (BEYTUT et al., 2004 ; GRAESSER et al.,
1963 ; KWONIL et al., 2009 ; MARTIN et al., 2008 ; SOUZA et al., 2005 ; XAVIER et al.,
2005 ; ZINKL et al., 1974) (figures 38, 39).
74
Figure 38 : Nodules aspergillaires sur les poumons de dinde
Source : KUNKLE, 2003 (d’après Peckman)
Figure 39 : Lésion diffuse d’aspergillose chez un goéland argenté (Larus argentatus)
Légende :
Poumons et sacs aériens recouverts d’un matériel caséeux blanchâtre
avec de la moisissure grisâtre, suggérant une sporulation fongique.
Source : CACCIUTTOLO et al., 2009
75
Le système respiratoire est classiquement le plus touché. Les lésions peuvent donc siéger dans
les sacs aériens et se traduire par une aérosacculite (ARNE et al., 2011) ou les poumons, avec
une pneumonie diffuse (FEMENIA et al., 2007 ; OLIAS et al.,2010 ; ZAFRA et al., 2008 ;
ZINKL et al., 1974).
Un exsudat mucopurulent au niveau de la trachée et des bronches peut entraîner une
obstruction mécanique des voies respiratoires (CORKISH, 1982).
Au vue de la dissémination systémique possible, l’intestin, le foie, le rein, la rate, la peau, le

cerveau, le cœur, les os peuvent présenter des lésions (BEYTUT et al., 2004 ; REDIG et al.,
2005).
- cerveau et cervelet : nécrose neuronale (OZMEN O et al., 2003)
- foie : lipidose hépatique, congestion hépatique et ascite, cholangiohépatite (KWONIL et al.,
2009 ; ZAFRA R et al., 2008)
- cœur : muscle cardiaque œdématié, myocardite (KWONIL et al., 2009).
- os : une ostéoarthrose de la hanche associée à une nécrose de la tête fémorale est évoquée
dans la littérature. Le développement d’Aspergillus a, dans ce cas, été promu par la présence
concomitante de Staphylococcus spp (OLIAS et al., 2010b). VAN VEEN et al., (1999) ont
décrit des cas de spondylite mycosique due à Aspergillus fumigatus dans deux troupeaux de
poulets de chair âgés de 17 et 19 jours. L’autopsie a révélé une compression médullaire
secondaire à une ostéomyélite des vertèbres cervicales ou des premières thoraciques (figure
40) (la localisation de l’atteinte médullaire coïncide en partie avec celle du plexus brachial ce
pourquoi les animaux présentaient une paralysie partielle des ailes et une paralysie
postérieure) (cf figure 35).
Figure 40 : Lésion osseuse et médullaire (autopsie du poulet de la figure 35)
Légende : section longitudinale d’une colonne vertébrale de poulets. Ostéite au niveau du

corps vertébral associée à une compression médullaire.
Source : VAN VEEN et al., 1999
76
Plusieurs espèces fongiques peuvent provoquer la formation de granulomes, d’aspect
macroscopique similaire. Il est donc utile de s’appuyer sur des outils paracliniques plus
poussés pour affiner le diagnostic (KWONIL et al., 2009 ; THRONE STEINLAGE et al.,
2003).
Une expression clinique ou des lésions évocatrices ne suffisent pas pour établir
scientifiquement le diagnostic d’une maladie. L’identification de l’agent pathogène doit être
entreprise.
3) Culture fongique
Les échantillons utilisés pour la culture peuvent provenir de différents organes : poumons,
reins, foie... Le milieu de Sabouraud est le plus communément utilisé pour mettre en évidence
A. fumigatus. Il permet une croissance rapide et l’obtention de colonies visibles se fait après 2
à 3 jours d’incubation à 37°C. L’ajout d’antibiotique tel que le chloramphénicol peut être
réalisé pour limiter le développement de bactéries présentes au sein des prélèvements (sur des
sites non stériles) (ARNE, 2011, EUZEBY, 2008 ; THIERRY, 2011). L’identification est
basée, dans le cadre de la culture fongique, sur la reconnaissance de la morphologie des
colonies et de leur couleur. Un examen microscopique des colonies obtenues est
indispensable. L’inconvénient de cette technique réside dans la confusion possible avec
d’autres champignons filamenteux (Penicillium par exemple) (HOPE et al., 2005).
4) Histologie
Il existe différentes colorations permettant de mettre en évidence des éléments fongiques dans
les tissus. Les plus utilisées sont la coloration hémalun éosine safran (HES), l’acide
périodique Schiff (PAS) et les colorations argentiques (Gomori-Grocott et Gomori
methenamine silver). Les colorations HES et PAS colorent les éléments fongiques en rose
(figure 41). Avec les colorations argentiques, les éléments fongiques apparaissent en noir.
77
Figure 41 : Coupes histologiques de poumon de lapin atteint d’une aspergillose pulmonaire
invasive
Légende:
Filaments fongiques :
A et C : coloration GMS(x400, x630) B et D : coloration PAS(x400, x630)
Source : HOPE et al., 2005
La coloration de Klüver Barrera est intéressante pour mettre en évidence la réaction neuronale
au niveau du système nerveux central et permet de visualiser les filaments fongiques
(RICHARD et al., 1996).
A l’examen histologique, les granulomes ont une organisation particulière (figure 42).
78
Figure 42 : Aspect histologique d’un granulome d’origine fongique chez un oiseau
Macrophages, lymphocytes
Macrophages et cellules
géantes multinucléées
Centre nécrotique,
éléments fongiques
et hétérophiles
Source : KUNHLE, 2003
D’autres lésions microscopiques détectées à l’histologie sont rapportées dans la littérature :

-œil : perte de l’épithélium cornéen, granulome cornéen, stroma nécrotique (BECKMAN et
al., 1994).
-cœur : microvacuoles et granulations brunes dans les fibres musculaires cardiaques (ZAFRA
et al., 2008).
-vaisseaux sanguins de différents organes : thrombose et manchon périvasculaire dans les
vaisseaux du cervelet, thrombus vasculaire hépatique (BEYTUT et al., 2004 ; MENDOZA et
FONSECA, 1984 ). JACOBSEN et al., (2010) ont prouvé que plus de 90 % des œufs infectés
par 10² conidies d’Aspergillus fumigatus présentent une altération des vaisseaux sanguins de
la membrane chorioallantoidienne (vaisseaux plus fins ou marbrés), suite à l’invasion de ces
derniers par le champignon.
L’identification des champignons par l’histopathologie n’est pas toujours évidente à cause des
ressemblances possibles entre plusieurs espèces fongiques (BEYTUT et al., 2004).
5) Fluorescence et immunohistochimie
Les techniques de fluorescence s’appuient sur l’utilisation d’un colorant fluorescent qui se lie
aux polysaccharides de la paroi fongique. Cette méthode est rapide, sensible et applicable sur
plusieurs types de prélèvement (tissu fixé, lavage…) (HOPE et al., 2005).
L’immunohistochimie peut faire appel à de l’immunofluorescence indirecte, en utilisant entre
autre, de la fluorescéine, ou de l’immunoenzymologie, utilisant par exemple, la phosphatase
alcaline (JENSEN et al., 1997).
BEYTUT et al. (2004), ont étudié la détection d’éléments fongiques dans les tissus d’oisons
atteints d’aspergillose pulmonaire. Pour ce faire, ils ont utilisé des anticorps de souris (IgM)
79
dirigés contre des antigènes d’Aspergillus (A. fumigatus, flavus, niger), de la biotine, couplée
à des anticorps de lapin dirigés contre les anticorps de souris, de la streptovidine, couplée à la
peroxydase et le 3.3 diaminobenzidine comme chromogène. Des fragments fongiques ont
ainsi pu être détectés dans le cytoplasme des macrophages pulmonaires par
immunofluorescence, alors qu’ils n’étaient pas visibles après coloration HE.
6) Sérologie
Le galactomannane, antigène de paroi de certains champignons peut être recherché dans les
organes ou par dosage sérique grâce à un test ELISA actuellement commercialisé (Platelia®
Aspergillus) (ARNE et al., 2011, CRAY et al., 2009). Cependant, les reactions croisées avec
des molécules présentes dans l’environnement (aliments notamment) des élevages est
susceptible de provoquer des faux positifs. Chez l’homme, l’ingestion de certains aliments
(lait, pâtes, riz…) ou le traitement par certains antibiotiques engendre des problèmes
similaires. La sensibilité du test est variable (autour de 50 %) et la spécificité avoisine les
90 % (PINEL et al., 2003, HOPE et al., 2005). Il semblerait que les dindes infectées
expérimentalement aient une concentration significativement plus élevées que les non
infectées (LE LOCH’ , 2005). Pour améliorer la sensibilité du test, il est envisageable de
l’associer à la détection de l’ADN fongique par PCR quantitative ou avec le décompte des
colonies sur gélose (ARNE et al., 2013).
La sérologie peut aussi être utilisée pour détecter un autre antigène pariétal, le D-glucane
en employant le test Fungitell®. Cependant, cet antigène est commun à de nombreuses
espèces fongiques et des oiseaux indemnes d’aspergillose ont une concentration relativement
élevée de D-glucane dans le sang (dépendante de la contamination environnementale, de la
ration, d’une éventuelle infection fongique asymptomatique). Là encore, il existe des faux
positifs suite à des réactions croisées. Ce test est plutôt à considérer pour exclure
l’aspergillose des hypothèses diagnostiques (BURCO et al., 2012 ; FRANCA et al., 2012).
7) Méthodes diagnostiques à l’étude
Autre stratégie à l’étude : rechercher des biomarqueurs potentiels en utilisant la

spectrophotométrie de masse pour tester des échantillons de sérum et identifier des pics
discriminants (correspondant à des peptides, attribués soit à l’hôte soit au champignon qu’il
faudra ensuite séquencer). Cette méthode permettrait ainsi de différencier les animaux
inoculés des témoins (ARNE P et al., 2013)
8) Mesures de lutte
Plusieurs antifongiques sont efficaces chez les oiseaux (BEERNAERT et al., 2009 et 2010).
Parmi les composés azolés, la molécule la plus efficace sur des dindes infectées
expérimentalement est l’itraconazole (PERELMAN et al., 1992). Cependant, en élevage, le
traitement médical des animaux est bien souvent illusoire. En effet, le coût et la législation
limitent l’utilisation des antifongiques. Des études plus anciennes relatent l’utilisation de
80
sorbate de tétracycline (200 mg/L de boisson sur 5 jours). Il convient également de souligner
l’importance de la voie d’administration. TELL et al., (2012) ont montré expérimentalement
(à l’aide de microsphères fluorescentes) que l’efficacité d’un traitement par nébulisation
dépendait de la durée d’exposition des volailles à l’aérosol.
La désinfection de l’environnement (source de contamination) est donc plus judicieux. Une

étude a montré l’intérêt des formulations comportant de l’énilconazole (gamme Clinafarm®).
Il existe deux présentations : une solution (le produit est directement appliqué sur les surfaces)
et des bougies génératrices de fumée (pour traiter de grands volumes type incubateur,
ventilateur, bâtiments d’élevage) (RAKOTONIRAINY et al., 1997).
Une étude a indiqué l’intérêt d’associer de l’iode et du formaldéhyde pour la désinfection des
œufs au couvoir. De même la combinaison de sulfate de cuivre 3 % et de peroxyde
d’hydrogène 2 % serait efficace. Ce type de traitement, pourrait également être applicable,
selon l’auteur, à la désinfection des litières (IVANOV, 2008). Ces dernières peuvent
également être traitées avec du sulfate de cuivre (EUZEBY, 2008 ; KUNKLE, 2003) ;
CLARK et al., 2002).
Chez les dindes, l’iode peut être utilisée comme un expectorant, dans des programmes de
prévention. Son efficacité n’a pas été prouvée et son utilisation reste empirique (CLARK et
al., 2002).
La prévention passe donc avant tout par une bonne gestion de l’environnement :
- contrôle de la ventilation, de l’hygrométrie et de la température ambiante,
- alimentation sèche (sans possibilité de développement de moisissures),
- litière de bonne qualité (sèche et propre),
- désinfection de l’environnement.
A noter également l’intérêt de la surveillance épidémiologique, dans le cadre du contrôle des

cheptels reproducteurs et des couvoirs pour la détection de poussins contaminés par A.
fumigatus. En effet, ces établissements sont responsables de la qualité des poussins qu’ils
fournissent. Le risque aspergillaire doit, à ce titre, être connu. La technique d’évaluation du
portage sur poumon est fréquemment utilisée : quatre fragments de poumons, prélevés dans
les lobes droits et gauches de chaque poussin (en général réalisé sur un lot de 10 poussins)
sont déposés sur un milieu Sabouraud et incubés. Après 48h d’incubation à 37°C, le résultat
est exprimé en nombre de poussins ayant respectivement 0, 1, 2, 3 ou 4 fragments de
poumons contaminés (figure 43). Une autre technique consiste en l’écouvillonnage de paroi
pour détecter la présence du champignon (figure 44) (LE GROS et al., 1985).
.
81
Figure 43 : Technique d’évaluation du portage aspergillaire sur poumons
4 prélèvements de poumons
du poussin 1
4 prélèvements de poumons
du poussin 2…
Gélose Sabouraud
48h à 37°C
Développement du champignon sur tous

les prélèvements  risque aspergillaire
élevé
Source : Photographies personnelles, 2013
82
Figure 44 : Prélèvement au niveau des murs des salles d’éclosoir
Gélose Sabouraud directement appliquée

pendant 5 secondes sur la surface choisie
(puis incubée à 37°C pendant 48h)
Source: Photographies personnelles, 2013
83
84
DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL PERSONNEL
85
86
I) Matériel et méthodes
1) Enquête épidémiologique
Nous avons réalisé une enquête épidémiologique descriptive, par sondage. Une enquête
descriptive vise à « décrire et connaître la situation d’une maladie dans une population
donnée, à un moment donné, ou son évolution dans le temps et l’espace » (TOMA et al.,
2001). Nous nous sommes fixés comme objectif d’évaluer l’importance de l’aspergillose en
France. Nous avons cherché à décrire les caractéristiques de l’aspergillose en élevage
avicole : quelles sont les espèces les plus touchées ? A quel âge les oiseaux sont-ils atteints ?
Quels sont les facteurs favorisants l’apparition de la maladie (paramètres d’ambiance, litière
utilisée) ? Comment est établi le diagnostic et quelles sont les mesures de lutte ? L’étude a
porté sur une période d’une année.
.
1.1) Population cible

La population cible se définit comme « la population qui a motivé au départ la mise en place
d’une étude et à laquelle on souhaiterait pouvoir étendre les résultats » (TOMA et al., 2001).
Les vétérinaires spécialisés en médecine aviaire sont les interlocuteurs privilégiés pour
partager des données brutes de qualité. La population cible de notre étude est constituée par
l’ensemble des vétérinaires avicoles de France : il y aurait environ 80 vétérinaires réalisant
plus de 50 % de leur activité dans le domaine de l’élevage avicole sur le territoire français.
1.2) Population source

Le laboratoire Elanco a mis à notre disposition les coordonnées de 67 vétérinaires spécialisés
en médecine aviaire qui ont pu être contactés et qui constituent donc notre population source.
1.3) Echantillon
L’échantillon se définit comme le « lot d’individus issus de la population source (population
censée être la plus proche possible de la population cible) sur lequel porte les analyses
statistiques » (TOMA et al., 2001). Dans le cadre de notre enquête, les vétérinaires ayant
répondu à notre questionnaire composent notre échantillon.
87
1.4) Questionnaire d’enquête
La principale difficulté liée à l’envoi d’un questionnaire à un public, réside dans la définition
précise de la présentation la plus adéquate favorisant au maximum les chances de retour.
L’utilisation de l’outil informatique nous paraît à ce titre le plus judicieux : facilité de
réponse, rapidité de réponse par le biais du courrier électronique. Par comparaison, un envoi
postal nécessite que l’interlocuteur mette le questionnaire rempli sous enveloppe avant de le
renvoyer ce qui est chronophage, coûteux et multiplie les risques de non réponse.
Le site SurveyMonkey (fondé en 1999 par Ryan Finley) permet de créer des sondages et de les
diffuser à une liste de contacts. Ces derniers répondent en ligne. Il est alors possible, lors de la
récolte des résultats, de savoir de quel contact il s’agit.
1.4.1) Conception des questionnaires

Nous avons élaboré une stratégie en deux temps de manière à optimiser les retours
d’informations y compris de la part de vétérinaires moins concernés par le problème
d’aspergillose. Pour ce faire, un premier questionnaire, volontairement très simple, a
porté sur la définition du cadre de l’activité du vétérinaire et sur l’existence de cas
d’aspergillose (figure 45). Ce questionnaire a pour objet de cibler les vétérinaires ayant eu des
cas d’aspergillose durant les douze derniers mois à compter de sa réception. Un cas
d’aspergillose représente une situation dans laquelle un ensemble de volailles d’un même lot a
contracté la maladie au même moment (dans des circonstances identiques).
Figure 45 : Présentation du questionnaire en ligne
Source : SurveyMonkey, http://www.surveymonkey.com
Un second questionnaire, plus détaillé a ensuite été envoyé spécifiquement aux vétérinaires
concernés par des cas d’aspergillose. Il s’agit d’un questionnaire technique, c’est-à-dire ayant
88
pour objet la récolte de données observables par le vétérinaire lors de sa visite ou faisant appel
à sa mémoire. Il se décline en plusieurs parties : caractéristiques des élevages infectés,
expression de la maladie, diagnostic, traitements, facteurs favorisants, que nous détaillerons
par la suite.
La plupart des questions sont mixtes, à choix multiples. Chaque question est suivie d’un
encadré pour les remarques et commentaires éventuels. Il est possible de choisir plusieurs
réponses par question (annexe 2).
Partie 1 : caractéristiques des élevages infectés

Les questions posées dans cette partie concernent, la saisonnalité de l’aspergillose, les
caractéristiques des oiseaux affectés (espèce, âge), les facteurs pouvant influer sur le
développement de la maladie (type de litière, hygrométrie).
Partie 2 : expression de la maladie

Nous cherchons dans ce chapitre à répondre à plusieurs questions.
- Quels sont les signes cliniques évocateurs de l’aspergillose ?

Pour ce faire, nous avons distingué la forme aiguë de la forme chronique. Des sous-parties en
lien avec les différents appareils pouvant être touchés sont ensuite détaillées : troubles
respiratoires, troubles digestifs, troubles nerveux pour la forme aiguë versus atteinte de l’état
général, troubles respiratoires, troubles digestifs, troubles ostéoarticulaires, atteinte oculaire
pour la forme chronique. Pour chacune des sous-parties, une question à choix unique
(oui/non) permet de préciser si l’appareil évoqué est affecté. Si la réponse est positive, une
seconde question permet d’affiner la réponse en utilisant les signes cliniques les plus
fréquents mentionnés dans la littérature scientifique. Un encadré permet au vétérinaire de
rajouter des signes non soumis au choix, mais auxquels il aurait été confronté.
-Quel est le degré d’atteinte du troupeau ?

Les indicateurs quantitatifs témoignant de la sévérité de la maladie sont : le taux de morbidité
(nombre de malades /population soumise au risque) et le taux de mortalité (nombre de
morts/population soumise au risque). Nous avons séparé taux de morbidité et de mortalité des
jeunes d’une part et des adultes d’autre part. Pour chaque question, le vétérinaire avait le
choix entre cinq intervalles : [0 à 20%],] 20 à 40%],] 40 à 60%],] 60 à 80 %] et] 80 à 100%].
Partie 3 : diagnostic
Cette partie vise à évaluer où et comment a été établi le diagnostic d’aspergillose : dans
l’élevage, dans le laboratoire vétérinaire ou à l’abattoir ; sur la base de l’observation des
lésions évocatrices (granulomes) à l’autopsie, après culture fongique, par un examen
histologique ou sérologique.
Partie 4 : méthodes de lutte

Le traitement de l’aspergillose en élevage s’avère très délicat car les moyens thérapeutiques
sont quasiment inexistants. Ainsi, l’objectif de ce bref chapitre consiste à évaluer les mesures
de lutte mises en œuvre par les vétérinaires au sein des élevages (traitement et dans ce cas,
molécule administrée pour traiter les animaux et/ou l’environnement versus prévention).
89
Partie 5 : facteurs favorisants
Il s’agit ici de relever l’ensemble des facteurs favorisant le développement du champignon au
sein de l’élevage. Ils se rapportent donc à la qualité de la litière (au niveau de l’aire de vie des
animaux ou plus en amont, au niveau de son aire de stockage), son renouvellement éventuel
par rapport à la déclaration de l’infection, et aux paramètres d’ambiance (température
ambiante, ventilation, hygrométrie). Enfin, comme l’infection dépend en partie du statut
immunitaire de l’hôte, nous avons voulu avoir un retour sur la qualité des poussins de 1 jour à
l’arrivée dans l’élevage.
Ce second questionnaire est particulièrement détaillé en l’état. Nous aurions pu le développer

davantage mais avec un risque important de dissuader l’interlocuteur de le remplir. Nous
avons donc fait un effort de concision maximale afin d’optimiser, là encore, les chances de
retour. Nous avons également fait le pari que les vétérinaires ayant répondu au premier
questionnaire, complèteraient également le second bien que plus long.
1.4.2) Test du questionnaire

Le questionnaire a été envoyé à trois vétérinaires (dont un exerçant dans le domaine de
l’aviculture) afin d’avoir un regard critique sur sa lisibilité, sa compréhension, sa longueur.
Des corrections sur la formulation des questions ont pu être apportées suite à leurs conseils.
1.5) Recueil des informations et relances
Le premier questionnaire a été envoyé le 4 décembre 2012. La première réponse a été

réceptionnée le jour même. Une relance a été réalisée après les fêtes pour maximiser les
chances de retour, le 9 janvier 2013.
Le deuxième questionnaire a été envoyé le 7 février 2013 aux vétérinaires ayant répondu au
premier questionnaire et qui avaient diagnostiqué des cas d’aspergillose. Une relance a été
faite le 17 février 2013 puis le 20 mars 2013.
En cas de non réponse au premier questionnaire, les vétérinaires ont été directement contactés
par téléphone à partir du 12 mars 2013. Lors des appels téléphoniques, le second
questionnaire était directement soumis à l’interlocuteur pour économiser le temps. A noter
que je fus l’unique personne à joindre les vétérinaires, donc j’ai pu homogénéiser le recueil
des données (même façon de s’adresser à l’interlocuteur et de poser les questions). La récolte
des informations s’est clôturée le 22 mars 2013.
90
1.6) Analyses du questionnaire
L’analyse du questionnaire a été réalisée question par question. Dans des cas bien particuliers,
une seconde analyse a permis de mettre en relation les réponses à plusieurs questions. Les
commentaires éventuels des vétérinaires sont également présentés. Les figures ont été
réalisées sur un document Excel (Microsoft version 2010) à partir des tableaux bruts réalisés à
l’issue de la récolte et du traitement des données, fournies en annexe 3.
2) Exploitation de la base de données Elanco
2.1) Présentation du laboratoire

Le laboratoire Lilly a été créé à Indianapolis (Etats-Unis d’Amérique) par le colonel Eli Lilly,
spécialisé en chimie pharmaceutique. Le groupe Eli Lilly se développe, et commercialise en
1953 un médicament vétérinaire : Duracillin AS (pénicilline LA). Dès 1954, une branche du
groupe (« Agricultural and industrial sales ») se spécialise dans le domaine agricole. Cette
division se réorganise en 1960 et donne naissance à Elanco (acronyme dérivant d’Eli Lilly et
Compagnie) qui commercialise des produits vétérinaires (destinés aux bovins, porcs,
volailles) mais aussi des produits phytosanitaires (herbicides, insecticides…). En 1990,
Elanco Animal Health se consacre uniquement à la santé animale. Cette entreprise
pharmaceutique dispose aujourd’hui d’un rayonnement international et se situe au 5 ème rang
mondial du secteur de la santé animale (https://www.elanco.com consulté le 21/01/2013).
2.2) Fonctionnement de la base de données

Concernant la filière avicole, Elanco possède une base de données mondiale (39 pays
participants) où sont référencées de nombreuses lésions issues de l’examen nécropsique des
volailles. Les informations se déclinent par pays et espèces avicoles (surtout dinde et poulet).
Les organes de l’appareil digestif, respiratoire, lymphoïde, locomoteur… sont observés. Cette
base recense les lésions d’autopsie des volailles selon des scores lésionnels prédéfinis. Un
système de notation est ainsi mis en place en fonction de l’intensité des lésions. Un guide
descriptif permet de garantir l’objectivité des notateurs. Des distinctions sont réalisées entre
les espèces (tableau 6).
91
Tableau 6 : Exemples de scores lésionnels chez le poulet
Lésion Score lésionnel Description

0 Pas de lésion
Exsudat caséeux jaunâtre
ou zones lytiques
Ostéomyélite
1 principalement sur le
tibiotarse proximal et
fémur proximal
0
Trachée normale
Trachéite discrète
2
Trachéite
Trachéite modérée
Trachéite sévère
Afin de garantir la confidentialité du guide, les descriptions lésionnelles ne seront pas

davantage détaillées. L’objectif étant dans ce paragraphe de comprendre le principe de
fonctionnement de la base de données, exploitée dans cette thèse pour l’item « aspergillose ».
92
L’aspergillose est, en effet, une entité incluse dans cette base en tant que telle. Pour cette
maladie, le score est binaire (0 ou 1) (tableau 7).
Tableau 7 : Score lésionnel relatif à l’aspergillose

Lésion Score lésionnel Description
0 Pas de lésion
Nodules gris ou jaunes/
plaques au niveau des
poumons, sacs aériens,
Aspergillose
1 trachée, cavité
péritonéale, cerveau ou
autres sites.
2.3) Echantillons
Les analyses statistiques, issues des 39 pays, ont été effectuées sur l’ensemble des lots de
volailles autopsiées du 1er janvier 2006 au 31 décembre 2012, qui constituent notre
échantillon pour cette étude.
2.4) Analyse des données brutes
L’exploitation des données de cette base a porté sur une période de 6 ans (du 1 er janvier 2006
au 31 décembre 2012). Un certain nombre d’informations a été extrait de cette base. Les
données brutes se présentaient sous forme de tableau à partir desquels des pourcentages ont
été calculés (figure 46).
Figure 46 : Un exemple de données brutes du laboratoire (compilation des années 2006 à

2012)
Distributions SpecieType=Broilers,
PostingMonth=January
AP
Level Count Prob

0 14052 0.99343 Taux de prévalence de l’aspergillose
1 93 0.00657 dans l’échantillon : 93/14145=0,657%
Total 14145 1.00000
Légende:
0 correspond à l’absence d’aspergillose (AP) dans le
lot considéré, 1 signifie que le lot examiné est atteint
d’aspergillose Count : représente le nombre de lots
volailles autopsiées
Total correspond au nombre total des lots de poulets
(Broilers) autopsiés pour le mois de Janvier (January)
(la somme des mois de Janvier de 2006 à 2012) 93
A partir des pourcentages, des figures ont été réalisées grâce au logiciel Excel de Microsoft
version 2010. Par ailleurs, grâce au logiciel JMP version 9.0.3, une carte du monde a été
construite, présentant le taux de prévalence de l’aspergillose du poulet dans l’échantillon en
fonction des pays inclus dans la base de données. Un grossissement sur les pays européens
permet d’envisager plus précisément le rang de la France.
3) Exploitation de la base de données du Réseau Cristal
3.1) Présentation du Réseau Cristal

L’association Réseau Cristal est dévolue à la santé des productions animales et regroupe 18
entreprises vétérinaires françaises. Le réseau de laboratoire d’analyses (RESALAB) compte
cinq laboratoires d’expertise en microbiologie classique, en sérologie et en biologie
moléculaire ainsi que 21 laboratoires de proximité.
3.2) Fonctionnement de la base de données
Les données proviennent, en fonction des années, de 30 à 40 laboratoires (chaque laboratoire

de proximité évoqué précédemment peut avoir plusieurs sites).Elles nous ont été transmises
sous fichier Excel (un fichier par année : 2010, 2011, 2012) par l’intermédiaire d’un
vétérinaire du Réseau Cristal. Les données brutes, rangées en fonction des filières de
production et de la semaine de production étaient regroupées sous forme de tableau
présentant : le nombre total de lots autopsiés sur la période choisie ainsi que le nombre de
lots de volailles atteints d’aspergillose sur cette même période (tableau 8). Chaque lot est
constitué d’au moins une volaille. Le diagnostic d’aspergillose qui permet de définir le statut
atteint/non atteint du lot est uniquement lésionnel. Le lot est considéré comme atteint
d’aspergillose si au moins une des volailles du lot présente des lésions évocatrices.
94
Tableau 8 : Données brutes concernant les autopsies sur l’année 2011 relatives à la pintade de
chair
Non
PINTADE 1S 2S 3S …. 12S >12S Total
précisé
DE CHAIR
Nombre 42 20 85 … 13 24 28 839
d’examens
Aspergillose 0 1 2 … 2 0 2 13
Lecture du tableau :
1S, 2S, 3S : semaines de production Non précisé : semaine de production des lots de volailles autopsiées non
connue Nombre d’examens : nombre total de lots de volailles autopsiées (Ex : 42 : nombre de lots de
pintade de chair autopsiées à 1 semaine de production). Aspergillose : nombre de lots de pintades
considérés, sur la base d’un diagnostic lésionnel, atteints d’aspergillose (Ex : 1 lot de pintade de chair était atteint
d’aspergillose à 2 semaines de production).
3.3) Echantillon
Dans un premier temps nous avons considéré plusieurs échantillons sur lesquels portent les
analyses statistiques ; chaque échantillon correspond à l’ensemble des lots de volailles
autopsiées sur l’année d’étude appartenant à une même filière de production. Dans un
second temps, nous avons regroupé les filières de production au sein de chaque espèce
animale. Dans ce contexte, un échantillon correspond à l’ensemble des lots de volailles de la
même espèce, autopsiées sur l’année d’étude.
3.4) Analyse des données brutes

Les chiffres présentés dans la partie « Résultats » correspondent au rapport du nombre total de
lots de volailles atteintes d’aspergillose sur le nombre total de lots examinés. Le pourcentage
obtenu représente donc la proportion de lots ayant présenté des lésions aspergillaires dans
l’échantillon. Dans l’exemple précédent (tableau 8), la proportion des lots ayant présenté des
lésions aspergillaires chez la pintade de chair en 2011 vaut 1,55 % (13/839).
95
II) Résultats
1) Résultats de l’enquête par questionnaire auprès des

vétérinaires avicoles
1.1) Taux de sondage et taux de retour

Les vétérinaires ont été contactés par courriel dans un premier temps. Ceux qui n’ont pas
répondu au premier questionnaire ainsi que cinq vétérinaires qui faisaient partie de la liste
Elanco mais qui n’avaient pas d’adresse mail, ont ensuite été appelés. J’ai tenté de joindre par
téléphone 48 vétérinaires. Je me suis entretenue avec 30. Les autres vétérinaires n’ont pu être
contactés malgré plusieurs tentatives (au moins cinq) ou n’avaient pas le temps de répondre.
Au total, 43 vétérinaires ont répondu. Trois vétérinaires ont répondu partiellement (ils avaient
eu des cas d’aspergillose, ont répondu au premier questionnaire mais n’ont pas donné suite).
Trente deux vétérinaires ont été confrontés à des cas d’aspergillose sur les douze derniers
mois. Sur ces 32 vétérinaires, 29 ont répondu au deuxième questionnaire (7 par mail et 22 au
téléphone) (figures 47 et 48).
La durée moyenne d’un entretien téléphonique a été de 10 minutes.
Le taux de sondage correspond au rapport du nombre de vétérinaires contactés sur la

population cible soit 84 % (67/80). Le taux de retour correspond aux vétérinaires qui ont
répondu à l’enquête sur l’ensemble des vétérinaires contactés. Dans notre cas, en considérant
les vétérinaires qui ont donné des réponses complètes, c’est-à-dire, ceux qui ont répondu aux
deux questionnaires s’ils avaient des cas d’aspergillose et ceux qui ont répondu ne pas avoir
eu de cas, le taux de retour a été de 60 % (40/67).
96
Figure 47 : Nombre de vétérinaires ayant répondu aux questionnaires en fonction des
modalités de récoltes des données
80
70 67
62
60
50 48
43
40
30 29
30
22
20
13 13 13
10 7
0
0
Nombre de Nombre de Nombre de Nombre de
vétérinaires vétérinaires vétérinaires vétérinaires
contactés ayant accepté de ayant répondu au ayant répondu au
répondre premier second
questionnaire questionnaire
Par Mail Par téléphone Total
Figure 48 : Nombre de vétérinaires ayant observé ou non des cas d’aspergillose
35 32
30
25 22
20
15 11
10
10 8
5 3
0
Nombre de vétérinaires Nombre de vétérinaires
ayant eu des cas n’ayant pas eu de cas
d’aspergillose pendant d’aspergillose durant
l'année considérée l'année considérée
Par Mail Par téléphone Total
97
1.2) Présentation de l’échantillon
Pour garantir l’anonymat des vétérinaires ayant participé à l’enquête, un numéro leur a été
attribué. Ce numéro est le même pour l’ensemble des questions, c’est-à-dire que le vétérinaire
n°1 de la question 1 est également le vétérinaire n°1 de la question 2…
Il est intéressant de comparer la localisation des vétérinaires ayant participé à l’enquête avec
les bassins avicoles en France (figure 49). La majorité des praticiens se concentre dans
l’Ouest de la France, Bretagne et Pays de la Loire puis dans le Sud Ouest. Cette répartition
géographique coïncide logiquement avec les principales régions avicoles françaises.
Figure 49 : Comparaison des quatre principales régions avicoles de France (Bretagne, Pays de
la Loire, Aquitaine , Rhône Alpes, entourées sur la carte de gauche) avec la localisation
géographique des vétérinaires ayant observé des cas d’aspergillose ( ) ou non ( ) (carte de
droite).
Remarques : les départements des vétérinaires ayant répondu au deuxième questionnaire sont indiqués en
Annexe 4.
A l’aide du premier questionnaire, il a été possible de recueillir quelques informations sur la

clientèle des vétérinaires qui ont répondu (annexe 5). En revanche, au téléphone, le temps
consacré à l’entretien étant précieux, je me suis concentrée sur le deuxième questionnaire
pour que mon interlocuteur puisse répondre à l’ensemble des questions qui y figurent, et ce au
détriment des informations sur la clientèle, objet du premier questionnaire.
98
1.3) Présentation des résultats de l’enquête
Pour chaque question, le nombre N de vétérinaires ayant répondu est précisé entre
parenthèses.
1.3.1) Caractéristiques des élevages infectés
Espèce la plus touchée par l’aspergillose (N=29)
D’après les vétérinaires interrogés, la dinde est l’espèce la plus touchée devant le canard, la
caille, la pintade et le poulet (figure 50).
Figure 50 : Pourcentage des vétérinaires ayant répondu pour l’espèce considérée comme
la plus touchée par la maladie
Caille Dinde Pintade Poulet Canard
7%
24%
3%
62%
4%
99
Age des animaux les plus souvent atteints
Selon les vétérinaires de l’échantillon, les volailles de chair sont plus atteintes en phase de
finition (figure 51).
Figure 51 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses relatives aux volailles de chair
(atteintes d’aspergillose), en fonction de l’âge
Démarrage Croissance Finition
35%
52%
13%
Pour affiner l’analyse des résultats nous avons cherché à stratifier l’âge des animaux atteints
en fonction des espèces. En effet, la dinde étant la plus touchée par l’aspergillose (cf. question
précédente), les caractéristiques de cette dernière (l’âge ici) sont surreprésentées dans les
questions où les différentes espèces de volailles de chair sont confondues. Ainsi, nous avons
croisé les réponses aux deux questions. Nous avons donc regardé pour chaque vétérinaire,
quelle espèce était selon lui la plus touchée par l’aspergillose, puis la période d’élevage
(démarrage, croissance, finition) qu’il avait choisi. Deux espèces se distinguent : la dinde, qui
semble davantage affectée en phase de finition et le canard, atteint en phase de démarrage
(figure 52).
100
Figure 52 : Nombre de réponses en fonction de l’espèce et de l’âge des volailles atteintes
d’aspergillose

15
5 5
2 2
1 1
Caille Dinde Pintade Poulet Canard
Concernant les pondeuses, un seul vétérinaire s’est prononcé. Les volailles touchées étaient en
fin de ponte. Selon les vétérinaires interrogés, les reproducteurs sont plus atteints en phase
active de reproduction (figure 53).
Figure 53 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses relatives aux reproducteurs

(atteints d’aspergillose), en fonction de l’âge
Démarrage Croissance Période repro réforme
17% 16% 0%
67%
La majorité des vétérinaires (62%) de l’échantillon n’ont pas rencontré de cas de

contamination au couvoir.
101
Types de litière dans les élevages où des cas d’aspergillose sont régulièrement
observés (N=28)
Selon les vétérinaires questionnés, la paille est la litière la plus fréquemment présente lorsque
surviennent des cas d’aspergillose (figure 54).
Figure 54 : Pourcentage sur l’ensemble des réponses, du type de litière dans les élevages touchés
par l’aspergillose
Copeaux de bois Sciure de bois Paille hachée Caillebotis
5%
24%
10%
61%
Mois où le nombre de cas d’aspergillose sont les plus importants (N=28)
Pour plus de lisibilité de la figure 55, les mois ont été regroupés pour dégager un éventuel
effet saison. Ainsi, nous avons rassemblé les mois de Décembre, Janvier, Février pour l’hiver,
Mars, Avril, Mai pour le printemps, Juin, Juillet, Août pour l’été et Septembre, Octobre,
Novembre pour l’automne (figure 56).
102
Figure 55 : Nombre de réponses en fonction du mois de l’année
12
10
Nombre de réponses
Figure 56 : Nombre de réponses en fonction de la saison

35
30
Nombre de réponses
25
20
15
10
0
Hiver Printemps Eté Automne Pas Pas de
d'influence réponse
de la
saison
103
Selon les vétérinaires de l’échantillon, l’hiver et l’automne sont les deux saisons de l’année où
les cas d’aspergillose sont les plus fréquents.
Le vétérinaire 8 n’a pas répondu en fonction des mois mais a précisé que les cas
d’aspergillose sont plus fréquents lorsque le temps est sec. Le vétérinaire 11 a commenté son
choix en indiquant que les cas sont les plus fréquents en période froide où les bâtiments sont
sous ventilés. Le vétérinaire 18 a également précisé que les cas sont plus nombreux pendant
les périodes humides et froides. En revanche, le vétérinaire 13 a évoqué la période de la
moisson, ou d’ensilage de maïs.
Hygrométrie moyenne du bâtiment où les cas sont les plus nombreux (N=28)
Près de la moitié (43 %) des vétérinaires de l’échantillon n’ont pas d’avis sur la question. Pour
le reste, l’hygrométrie moyenne des bâtiments où des cas d’aspergillose ont été notés, est
comprise dans une fourchette allant de 40 à 60 %, c’est-à-dire correspondant plutôt à une
atmosphère sèche (figure 57).
Figure 57 : Parmi ceux qui ont répondu, pourcentage de vétérinaires ayant donné une
estimation de l’hygrométrie moyenne du bâtiment
< 40% [40 à 60%[ [60 à 80%[ >=80% Ne sait pas
3%
43% 25%
18%
11%
104
1.3.2) Expression de la maladie
- Forme aiguë
Troubles respiratoires (N=28)
La grande majorité (93 %) des vétérinaires interrogés a observé des troubles respiratoires
durant la phase aiguë de la maladie. La dyspnée est le signe clinique le plus fréquent, devant
le bâillement, la toux et le jetage (figure 58).
Figure 58 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses relatives aux troubles

respiratoires, des différents signes cliniques rencontrés
Dyspnée Jetage Toux Bâillement, respiration bec ouvert
27%
51%
16%
6%
Troubles digestifs (N=28)
Aucun vétérinaire de l’échantillon n’a observé de troubles digestifs en cas de phase aiguë
d’aspergillose.
Troubles nerveux (N=28)
Près de la moitié (44 %) des vétérinaires a observé des troubles nerveux pendant la phase
aiguë de la maladie. Le torticolis est le symptôme le plus fréquent devant l’ataxie et la
paralysie (figure 59).
105
Figure 59 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses relatives aux troubles nerveux, des
Ataxie Torticolis Paralysie Autres
6% 13% 19%
62%
Pour les vétérinaires 13 et 27, le torticolis est un signe classique chez la dinde. Pour les
vétérinaires 12, 14, 18, 19, 28, la mortalité des volailles malades est souvent observée dans
cette forme aiguë.
- Forme chronique
Atteinte de l’état général (N=28)
Environ 2/3 (68 %) des vétérinaires de l’échantillon ont observé une atteinte de l’état général
des animaux ayant une aspergillose chronique. Cette atteinte se manifestait majoritairement
par un retard de croissance et/ou l’obtention d’une non-valeur économique (figure 60).
106
Figure 60 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses relatives à l’atteinte de l’état
général, des différents signes cliniques rencontrés
Léthargie Retard de croissance

Diminution du GMQ Non valeur économique
Autres
15% 19%
27%
31%
8%
Les autres signes cliniques évoqués par les vétérinaires sont : mortalité, hétérogénéité du lot,
diminution de l’indice de consommation, cachexie.
Troubles respiratoires (N=26)
La grande majorité (92 %) des vétérinaires questionnés a observé des troubles respiratoires
durant la phase chronique de la maladie. La dyspnée est le symptôme le plus fréquent, devant
la toux et la tachypnée (figure 61).
107
Figure 61 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses relatives aux troubles
respiratoires, des différents symptômes rencontrés
Tachypnée Dyspnée Toux Autres
16% 9%
25%
50%
Troubles digestifs (N=27)
Aucun vétérinaire de l’échantillon n’a observé de troubles digestifs en cas de phase chronique
d’aspergillose.
Troubles ostéo articulaires (N=26)
La grande majorité (92 %) des vétérinaires de l’échantillon n’a pas observé de troubles
ostéoarticulaires dans la phase chronique d’aspergillose.
Le seul vétérinaire ayant observé des troubles ostéo articulaires a précisé qu’il s’agissait de
gonflements articulaires et boiterie.
Atteinte oculaire (N=26)
La grande majorité (92 %) des vétérinaires de l’échantillon n’a pas observé d’atteinte oculaire
pendant la phase chronique de la maladie.
108
Pour les 2 vétérinaires qui ont répondu, la conjonctivite est le symptôme le plus fréquent
(figure 62).
Figure 62 : Proportion des symptômes oculaires
Autres
Kératite 1/3
Conjonctivite
2/3
Taux de morbidité des jeunes (N=28)
Selon la majorité des vétérinaires de l’échantillon le taux de morbidité des jeunes est inférieur
à 20 % (figure 63).
Figure 63 : Parmi ceux qui ont répondu, pourcentage de vétérinaires ayant évalué le
taux de morbidité des jeunes
[0 à 20 %] ]20 à 40%] ]40 à 60 %]
]60 à 80 %] ]80 à 100 % ] Ne sait pas
32%
53%
7%
4%
4% 0%
109
Taux de morbidité des adultes (N=28)
Selon la majorité des vétérinaires de l’échantillon le taux de morbidité des adultes est
inférieur à 20 % (figure 64).
taux de morbidité des adultes
[0 à 20 %] ]20 à 40 %] ]40 à 60 %]
]60 à 80 %] ]80 à 100 %] Ne sait pas
0%
4% 14%
4%
0%
78%
Taux de mortalité des jeunes (N=28)
Selon la majorité des vétérinaires de l’échantillon le taux de mortalité des jeunes est inférieur
à 20 % (figure 65).
110
taux de mortalité des jeunes
[0 à 20%] ]20 à 40 %] ]40 à 60 %]

]60 à 80 %] ]80 à 100 %] Ne sait pas
39%
61%
0%
0%
0%
0%
Taux de mortalité des adultes (N=28)

Selon la majorité des vétérinaires de l’échantillon le taux de mortalité des adultes est inférieur
à 20 % (figure 66).
taux de mortalité des adultes
[0 à 20 %] ]20 à 40 %] ]40 à 60 %]
]60 à 80%] ]80 à 100 %] Ne sait pas
0% 25%
0%
0%
0%
75%
111
1.3.3) Diagnostic
(N=28)
La majorité des vétérinaires de l’échantillon effectue le diagnostic d’aspergillose grâce à

l’observation des lésions et/ou avec identification du champignon par mise en culture. Aucun
vétérinaire n’a recours à l’histologie ou à la sérologie (figures 67 et 68).
Figure 67 : Parmi ceux qui ont répondu, pourcentage de vétérinaires en fonction du/des
lieux où est établi le diagnostic
Que sur place, dans l'élevage

Dans l'élevage et/ou au laboratoire vétérinaire
Qu' au laboratoire vétérinaire
Dans l'élevage et/ou au laboratoire vétérinaire et/ou à l'abattoir
7% 7%
29%
57%
Le vétérinaire 18 a expliqué que les découvertes à l’abattoir engendrent des saisies non
comprises par l’éleveur car, dans ce contexte, il s’agit de belles carcasses.
112
Figure 68 : Parmi ceux qui ont répondu, pourcentage de vétérinaires ayant précisé la
méthode diagnostique
Par la seule observation des lésions

Par l'observation des lésions et/ou la culture
Par la culture seule
Par l'histologie
Par la sérologie
7% 0% 0%
43%
50%
Pour le vétérinaire 15, la culture est systématique si les sujets sont des jeunes animaux. De
même, le vétérinaire 26 précise que le choix entre l’observation des lésions et la culture
dépend de l’âge des volailles. Le vétérinaire 18 réalise une culture si les animaux sont des
dindonneaux ou poussins de un jour.
1.3.4) Traitement
Un traitement est mis en place au sein de l’élevage (que ce soit sur l’animal ou
sur la litière) (N=28)
La grande majorité (96 %) des vétérinaires met en place un traitement.
113
Le vétérinaire 18 a souligné que le problème avec cette maladie est l’absence de traitement
efficace ou alors que les molécules potentielles ne sont pas autorisées (remarque partagée par
le vétérinaire 27).
Molécules utilisées
Selon les vétérinaires, l’énilconazole est la molécule la plus utilisée devant l’iode. Le sulfate
de cuivre ne semble plus d’actualité (figure 69).
Figure 69 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses relatives au traitement, des

différentes molécules utilisées
Enilconazole Iode Sulfate de cuivre Autres
2% 17%
49%
32%
Les commentaires des vétérinaires ont permis d’affiner l’analyse concernant l’emploi de
l’iode. Dans 29 % des cas, l’iode est pulvérisé sur la litière et dans 24 % des cas, il est
administré dans l’eau de boisson en complément ou non d’une désinfection de
l’environnement (figure 70).
114
Figure 70 : Parmi ceux qui utilisent l’iode (N=17), pourcentage de vétérinaires en
fonction du mode d’administration
Pulvérisation sur la litière uniquement

Dans l'eau de boisson uniquement
Pulvérisation sur la litière et dans l'eau de boisson
Pas d'information
29%
47%
12%
12%
Les autres traitements envisagés sont les huiles essentielles, la vitamine C, le parconazole, et
plus largement certains vétérinaires (8, 26, 10) ont mentionné la phytothérapie et
l’homéopathie.
1.3.5) Facteurs favorisants
Mauvaise qualité de la litière sur l’aire de vie (N=28)
La majorité (96 %) des vétérinaires considère qu’une mauvaise qualité de la litière favorise
l’apparition de l’aspergillose. Pour les vétérinaires de l’échantillon, il s’agit le plus
fréquemment d’une litière poussiéreuse sur l’aire de vie des volailles (figure 71).
115
Figure 71 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses, en fonction de l’état de la litière
sur l’aire de vie des volailles
Litière poussiéreuse Présence de moisissures Litière humide
28%
47%
25%
Mauvaise qualité de la litière dans l’aire de stockage (N=28)
La majorité (68%) des vétérinaires considère que la litière était de mauvaise qualité dans
l’aire de stockage. Selon les vétérinaires de l’échantillon, il s’agit le plus fréquemment d’une
litière humide au niveau de l’aire de stockage (figure 72).
116
Figure 72 : Pourcentage, sur l’ensemble des réponses, en fonction de l’état de la litière
dans l’aire de stockage
Litière poussiéreuse Présence de moisissures Litière humide
28%
41%
31%
Renouvellement récent de la litière (N=28)
La majorité (61 %) des vétérinaires ont eu des cas d’aspergillose suite un renouvellement
récent de la litière.
Qualité des poussins de 1 jour dégradée à l’arrivée dans l’élevage (N=28)
Selon la majorité (82 %) des vétérinaires, les poussins sont de bonne qualité à leur arrivée
dans les élevages.
Le vétérinaire 19 a précisé que les poussins sont de mauvaise qualité à l’arrivée dans l’élevage
quand une contamination au couvoir s’est produite. Dans ce contexte, les poussins, à l’arrivée
dans le bâtiment avicole, sont déjà porteurs d’Aspergillus.
Température ambiante excessive (N=28)
Plus de la moitié (57%) des vétérinaires ne considère pas que la température fût excessive
dans les bâtiments d’élevages touchés par la maladie.
Pour le vétérinaire 13, la température excessive est à mettre en relation avec le confinement
des animaux.
117
Défaut de ventilation (N=28)
La majorité (71 %) des vétérinaires considère que les bâtiments où les cas se sont déclarés
étaient sous ventilés.
Hygrométrie excessive (N=28)
La proportion (47 %) des vétérinaires incriminant une hygrométrie excessive est équivalente à
celle des vétérinaires (46 %) qui ne l’incriminent pas.
Pour les vétérinaires 11 et 15, la surdensité est le facteur principal favorisant la maladie.
2) Résultats de la base de données Elanco

Nous avons défini, sur la période d’étude de 6 ans (1 er Janvier 2006 au 31 Décembre 2012), le
taux de prévalence de l’aspergillose dans l’échantillon en fonction du mois de l’année, chez le
poulet (figure 73) et chez la dinde (figure 74).
Figure 73 : Taux de prévalence de l’aspergillose dans l’échantillon de la base de données

Elanco chez le poulet en fonction du mois de l’année entre 2006 et 2012
0,70%
0,60%
0,50%
0,40%
0,30%
0,20%
0,10%
0,00%
118
Le taux de prévalence dans l’échantillon de poulets varie de 0,29 à 0,66 % en fonction des
mois de l’année. Il serait litigieux de vouloir dégager un effet saison dans la mesure où cette
base de données se veut mondiale. Les pays de l’hémisphère Nord et ceux de l’hémisphère
Sud ont une saisonnalité inversée. Tout juste pouvons-nous noter que le taux de prévalence
dans l’échantillon augmente progressivement à partir du mois de Septembre jusqu’au mois de
Janvier.

Elanco chez la dinde en fonction du mois de l’année (2006-2012)
0,60%
0,50%
0,40%
0,30%
0,20%
0,10%
0,00%
Le taux de prévalence dans l’échantillon de dindes varie de 0 à 0,54 % en fonction des mois
de l’année. Les mois de Septembre et de Janvier se distinguent particulièrement, affichant les
plus hauts taux de prévalence.
Le taux de prévalence de l’aspergillose dans l’échantillon de poulets et de dindes a également

été réalisé par année (figures 75 et 76).
119
Elanco, chez le poulet en fonction des années
0,90%
0,80%
0,70%
0,60%
0,50%
0,40%
0,30%
0,20%
0,10%
0,00%
2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012
Dans l’échantillon de poulets, il varie de 0,09 % à 0,78 % en fonction des années.

L’impression générale qui se dégage de ce graphique montre que le taux de prévalence tend à
augmenter depuis 2006 avec un grand nombre de cas en 2011.
Figure 76 : Taux de prévalence de l’aspergillose, dans l’échantillon de la base de données

Elanco, chez la dinde, en fonction des années
0,60%
0,50%
0,40%
0,30%
0,20%
0,10%
0,00%
2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012
120
Le taux de prévalence de l’aspergillose dans l’échantillon de dindes varie de 0,04 % à 0,53 %
en fonction des années. Il a culminé en 2006 et 2007 avant de décliner jusqu’en 2011 pour
s’accroître à nouveau en 2012.
Afin d’avoir une vision globale des pays concernés par l’aspergillose, nous avons réalisé une
carte géographique (figure 77). Le pays est coloré avec plus ou moins d’intensité en fonction
du taux de prévalence de l’aspergillose chez le poulet sur la période 2006-2012.
Figure 77 : Cartographie des pays classés en fonction du taux de prévalence d’aspergillose

(chez le poulet) sur la période d’étude (2006-2012)
Légende :
Du vert au rouge : valeur croissante du taux de prévalence dans l’échantillon, indiquant les
pays les plus atteints par l’aspergillose.
AP : aspergillose
Les nombres indiqués correspondent au taux de prévalence (ex : 0,00300,3 %)
Parmi les pays concernés faisant partie de la base de données, des régions du monde se
dessinent en fonction du taux de prévalence de l’aspergillose chez le poulet. L’Amérique du
Sud (Pérou et Argentine), l’Australie, l’Indonésie, le Portugal, la Slovénie, la Slovaquie, le
Japon sont les plus impactés par la maladie, le taux de prévalence de l’échantillon atteignant
au minimum 0,3 %. Afin de préciser le niveau d’atteinte des pays européens et de pouvoir
comparer la France à ses voisins nous avons établi une seconde carte géographique, davantage
ciblée sur l’Europe. Des distinctions plus fines entre pays apparaissent. La France reste
121
colorée en vert ce qui signifie une faible prévalence de la maladie (comparée à l’Allemagne
par exemple qui semble davantage concernée). Elle fait partie des régions du monde où le
taux de prévalence dans l’échantillon est le plus faible (figure 78).
Figure 78 : Focus sur la cartographie de la figure 77 pour apprécier plus précisément la place
de la France au sein des pays européens
Légende :
Du vert au rouge : valeur croissante du taux de prévalence dans l’échantillon, signant les
pays les plus atteints par l’aspergillose.
AP : aspergillose
122
3) Résultats de la base de données du réseau Cristal
A partir des données brutes, nous avons réalisé un tableau permettant de comparer la
proportion des lots de volailles ayant des lésions aspergillaires en fonction des différents types
de production et des années 2010, 2011 et 2012 (tableau 9).
Tableau 9 : Proportion des lots ayant présenté des lésions aspergillaires en 2010, 2011 et
2012 en fonction des types de production
2010 2011 2012
Proportion des Proportion Proportion

lots ayant des des lots ayant des lots ayant
Espèces Nombres Nombre Nombre
lésions des lésions des lésions
d’examens d’examens d’examens
d’aspergillose d’aspergillose d’aspergillose
0,16 %
POULETS LOURD 634
0,34 %
POULETS LABEL 1473
POULETS CHAPON 749 0,13 % 533 0,75 %

POULET CHAIR 4099 0,12 % 5480 0,24 %
POULETS CERTIFIE 1047 0,19 %
POULETS BIO 724 0,28 %
POULES REPRO 373 0,00 % 284 0,00 % 322 0.62 %
POULES ŒUF CONSO 306 0,00 % 355 0,00 % 330 0,00 %
POULES FUTUR REPRO 104 0,00 %
POULES FUTUR ŒUF CONSO 423 0,71 % 139 0,00 %
PINTADE REPRO 315 2,22 % 64 0,00 % 99 1,01 %
PINTADE LABEL 513 1,17 %
PINTADES FUTUR REPRO 309 1,94 %
PINTADES CHAIR 637 2,67 % 839 1,55 % 1438 1,11 %
PINTADE CERTIFIE 353 1,42 %
PIGEONS 50 4,00 % 72 4,17 % 60 0,00 %
PERDRIX ROUGES 649 0,92 % 612 1,31 %
PERDRIX GRISES 200 3,00 % 163 1,23 %
PEKIN REPRO 136 6,62 % 351 7,69 % 399 6,77 %
PEKIN FUTUR REPRO 56 1,79 %
PEKIN CHAIR 32 0,00 % 51 5,88 % 65 3,08 %
OIES PAG 22 4,55 %
OIES GAVAGES 23 0,00 %
MULARDS PAG 823 2,55 % 642 3,43 %
MULARDS GAVAGE 439 2,28 % 269 1,86 %
FAISANS 589 1,70 % 538 1,12 %
DINDES REPRO 481 2,08 % 46 8,70 %
DINDES LABEL 500 2,00 %
123
DINDES FUTUR REPRO 463 2,16 %
DINDES CHAIR 3296 2,88 % 3423 2,48 % 4153 1,85 %
DINDES CERTIFIE 576 1,91 %
CAILLES 307 8,47 % 311 3,22 %
BARBARIE REPRO 400 1,50 % 181 4,97% 223 2,69 %
BARBARIE FUTUR REPRO 321 2,49 %

BARBARIE CHAIR 1409 1,63 % 1281 1,17 % 1525 1,18 %
Légende :
: données manquantes
La proportion des lots atteints d’aspergillose varie de 0 (poules et poulets, canards Pékin et
oies au gavage) à 8,5 % (cailles) en 2010, de 0 (poules, pintades reproductrices) à 8,7%
(dindes reproductrices) en 2011 et de 0 (poules et pigeons) à 6,8 % (canards Pékin
reproducteurs) en 2012. Force est de constater ici, que les lots de poulets et de poules sont
ceux qui semblent présenter le moins de lésions aspergillaires. Ce constat est retrouvé pour les
3 années. En comparant les résultats en fonction des types de production, le canard Pékin
reproducteur est davantage affecté que le canard Pékin futur reproducteur ou le canard Pékin
de chair. Cette observation est, là aussi, retrouvée en 2010, 2011 et 2012.
Il est difficile d’émettre des conclusions car l’année 2010 est riche d’informations comparée
à 2011 et 2012. Ainsi par exemple, nous pouvons souligner que le taux de lésions
aspergillaires tourne autour de 2 % pour les dindes, quel que soit le type de production
(reproducteur, futur reproducteur, label, certifié) en 2010. En revanche, nous n’avons en 2011
que peu de données à confronter. Les dindes (reproducteurs), cette année-là, ont été a
fortement impactées (8,7 % des lots examinés présentaient des lésions).
Nous avons par la suite, regroupé les filières de production pour simplifier le tableau et définir
les proportions de lots atteints par espèce animale (tableau 10).
124
Tableau 10 : Proportion des lots atteints d’aspergillose par espèces animales pour les années
2010, 2011 et 2012
2010 2011 2012

Poulet 0,19 % 0,24 %
Dinde 2,56 % 2,57 %
Canard 2,20 % 2,90 % 2,56 %
Pintade 1,93 % 1,44 % 1,11 %
Caille 8,47 % 3.22 %
Pigeon 4% 4,17% 0%
Perdrix 1,41 % 1,29 %
Oie 2,22 %
Faisan 1,70 %
Légende :
: données manquantes
En considérant uniquement les espèces les plus produites en France :

La proportion de lots présentant des lésions aspergillaires dans l’échantillon est le plus
élevée :
- pour la caille (loin devant avec 8,5%) puis la dinde, le canard, la pintade et le poulet
en 2010,
- pour le canard, puis la dinde, la pintade, la poule en 2011,
- pour le canard, puis la pintade puis la poule en 2012.
Il est également intéressant de constater que les dindes atteintes, que ce soit en 2010 ou 2012,
le sont majoritairement en phase de finition alors que les canards sont davantage affectés au
démarrage (figure 79).
125
Figure 79 : Comparaison de l’âge des dindes (chair) atteintes avec celui des canards (chair)
Nombre de lots de dindes atteints

Nombre de lots de dindes atteints
d'aspergillose en 2012 en fonction de l'âge
d'aspergillose en 2010 en fonction de
l'âge 60
90 50
80
70 40
60
50 30
40
20
30
20 10
10
0 0

Nombre de lots de canards de Nombre de lots de canards de Barbarie

Barbarie (chair) atteints (chair) atteints d'aspergillose en
d'aspergillose en fonction de l'âge en fonction de l'âge en 2012
2010
5
12
10 4
8 3
6
2
4
1
2
0 0
Démarrage Croissance Finition Démarrage Croissance Finition
126
III) Discussion
1) A propos du questionnaire
1.1) Choix de la population cible

Pourquoi ne pas avoir ciblé directement les éleveurs ou les abattoirs pour réaliser notre
enquête?
En premier lieu, le vétérinaire spécialisé représente logiquement l’interlocuteur de référence
pour étudier la pathologie aviaire. De plus, il y a très peu de chance pour que le vétérinaire ne
soit pas informé des cas d’aspergillose (morbidité et mortalité notables) au sein de sa clientèle
puisqu’il sera sollicité par l’éleveur ou le technicien de l’élevage. Le praticien suit plusieurs
élevages donc concentre davantage d’informations. Ainsi, nous réduisons le nombre de
questionnaires à envoyer tout en limitant les risques de perte d’informations.
Le diagnostic d’aspergillose, peut se faire sur place au sein même de l’élevage, à l’abattoir ou
dans un laboratoire en lien avec le cabinet vétérinaire. L’abattoir, par définition, regroupe un
nombre important de données issues de plusieurs élevages. En ne ciblant que les abattoirs, des
cas d’aspergillose détectés plus en amont dans l’élevage ou chez le vétérinaire seront occultés.
L’information sera donc moins précise.
Une autre raison du choix des vétérinaires comme destinataire des questionnaires réside dans
la capacité à divulguer l’information. En effet, pour que l’étude porte ses fruits, il faut deux
conditions nécessaires :
- cibler le détenteur de l’information la plus complète possible.
- cibler le détenteur de l’information qui acceptera de la céder.
1.2) Erreurs et biais
Un biais (erreur systématique non aléatoire) conduit à une déformation de la réalité. Notre
objectif, dans cette partie, consiste à étudier l’existence potentielle de biais au sein de notre
enquête qui pourrait nous conduire à une interprétation erronée de nos résultats et donc à
émettre des conclusions fausses. « La présence de biais ne supprime pas la valeur d’une
enquête mais impose des limites aux conclusions avancées » (TOMA et al., 2001).
1.2.1) Biais d’échantillonnage

Pour que les résultats de l’enquête soient exacts, l’échantillon sélectionné doit être
représentatif de la population cible. En théorie, il faudrait réaliser un tirage au sort pour
s’assurer d’une représentativité globale. Or, dans notre contexte, l’élaboration d’un
échantillon aléatoire est délicate. En effet, il est très difficile d’obtenir la liste totale de tous
127
les vétérinaires avicoles de France parmi laquelle on pourrait tirer au sort pour construire la
population source puis l’échantillon. La liste (incomplète) mise à disposition par le laboratoire
Elanco mène à la constitution d’un échantillon empirique (non réalisé par tirage au sort mais
fondé sur la « commodité »). Cependant, la taille de notre échantillon est très grande (43
vétérinaires ayant été interrogés) comparée à la taille de la population cible (environ 80
vétérinaires). La taille de l’échantillon modifie la précision et non la représentativité. Dans ce
contexte, la grande taille de notre échantillon justifie la précision de nos résultats. Même si
nous n’avons pas tirer au sort les vétérinaires, peut-on penser que notre échantillon est
représentatif pour le sujet étudié, c’est-à-dire l’aspergillose ? La question qui se pose alors est
la suivante : les vétérinaires avicoles de la liste Elanco ont-ils, dans leur clientèle, plus
d’élevages touchés par l’aspergillose que les autres vétérinaires avicoles de France ?
Le laboratoire commercialise le Parcomyc®, prémélange médicamenteux destiné aux
pintades, dont le principe actif est le parconazole. C’est un antifongique du groupe des azolés.
Il est indiqué dans le traitement et la prévention des infections digestives dues à Candida
albicans. Dans un contexte où le traitement de l’aspergillose est difficile, la mise sur le
marché d’un antifongique peut potentiellement avoir attiré des vétérinaires confrontés à des
maladies fongiques, notamment l’aspergillose, même s’il n’y a pas d’AMM pour cette
indication. Cela dit, le parconazole n’est pas l’antifongique le plus efficace contre Aspergillus,
et il est peu probable de penser que les vétérinaires se soient dirigés vers Elanco uniquement
pour ce nouveau produit.
Ce qui peut également soulever des interrogations réside dans les amalgames possibles entre
le praticien questionné et son cabinet vétérinaire. Plusieurs praticiens interrogés peuvent faire
partie de la même structure. Les questionnaires étaient personnalisés et chaque vétérinaire a,
en toute rigueur, répondu en son nom uniquement. Cependant, la possibilité d’avoir des
doublons ne peut être exclue. En effet, il est impossible, malgré les précautions prises pour
éviter cette situation, de savoir si l’interlocuteur n’a pas répondu en intégrant les cas des
confrères de la structure.
Les non réponses au questionnaire risquent également d’entrainer un biais d’échantillonnage.

Plusieurs hypothèses peuvent expliquer le non retour :
- le destinataire n’a pas le temps de répondre.
- le destinataire ne se sent pas concerné. Cette hypothèse est plausible dans la mesure où
l’intitulé du message informatique était : « Bref questionnaire sur l’aspergillose en élevage
avicole ». Dans la situation où le destinataire n’a pas eu de cas, on pourrait imaginer qu’il ne
prenne pas la peine d’ouvrir le mail pour y répondre.
Deux stratégies ont été mises en œuvre pour tenter de limiter le nombre de non réponses :
- par relance systématique pour chaque questionnaire en ligne.
- par un appel téléphonique. Plusieurs appels téléphoniques ont été nécessaires pour réussir à
joindre le vétérinaire. En effet, ce sont des professionnels de terrain (la majeure partie du
temps, ils réalisent des visites d’élevages). Leur présence au cabinet est limitée (cas où le
numéro était celui du cabinet) ce qui nécessitait de réitérer les appels (en tout début de journée
vers 8h30 ou au contraire en fin de journée vers 18h). Lorsque le numéro de téléphone mobile
était disponible, soit les vétérinaires étaient dans leur véhicule, en déplacement, et la qualité
de la communication (peu de réseau en campagne) fut un frein à l’entretien soit ils n’étaient
128
pas joignables ou trop occupés pour répondre. Là encore, il a fallu reporter les appels.
Certains vétérinaires étant indisponibles au moment de l’appel, ont proposé de fixer un
rendez-vous téléphonique ultérieur.
Afin de valoriser au mieux l’entretien, le deuxième questionnaire a été directement soumis à

l’interlocuteur s’il a eu des cas d’aspergillose. Sinon, l’entretien s’arrêtait là. La
communication directe par téléphone doit en effet être courte pour que le vétérinaire ait le
temps de répondre à toutes les questions. Il a été ainsi difficile, en appelant directement le
vétérinaire, d’avoir des informations sur sa clientèle et notamment le nombre d’élevages et les
espèces suivies (informations qui étaient recueillies, dans notre démarche par mail, via le
premier questionnaire). J’ai pu récolter ces données dans les cas où mon interlocuteur n’était
pas pressé par le temps et était particulièrement enclin à répondre à toutes mes questions.
1.2.2) Biais d’observation et de mesure

Il correspond aux erreurs qui peuvent survenir pendant la collecte des données. Ce biais peut
avoir plusieurs origines :
- la conception du questionnaire avec des questions mal formulées.
- le vétérinaire lui-même et sa façon de répondre. L’oubli, la subjectivité, l’ignorance
induisent des réponses erronées.
Ainsi, pour chaque question, il faut se demander :

- la façon dont la question est posée peut-elle conduire à des erreurs de réponse, avec, sur ou
sous-estimation de la réalité ?
- est-ce que la question fait appel à des souvenirs, des informations que le vétérinaire ne
voudrait pas dévoiler qui pourrait conduire à des erreurs de réponse ?
Nous allons passer au crible chaque question pour tenter de savoir si, oui ou non, on peut
considérer qu’il n’y a pas de biais de mesure.
Partie 1 : caractéristiques des élevages infectés

Espèce la plus touchée par l’aspergillose
Le sens même du mot « touché » peut être équivoque pour certaines personnes. Le sens que
nous voulions lui donner était relatif au nombre de lots affectés. Or, il se peut que certains
vétérinaires l’aient envisagé sous l’angle de la sévérité de l’atteinte. Pour ces interlocuteurs,
l’espèce la plus touchée serait celle exprimant les signes cliniques les plus sévères. On peut
cependant considérer que plus la sensibilité de l’espèce augmente, plus l’expression clinique
sera marquée et le nombre de cas augmenté.
De plus, la réponse du vétérinaire dépend de la diversité d’espèces auxquelles il est confronté.

Si un vétérinaire ne suit que des élevages de dindes par exemple, de façon logique, il ne
pourra être confronté qu’à des cas d’aspergillose sur cette espèce. Pour cette question, il
cochera a priori, la case dinde. Cette espèce sera alors sur estimée. Cet exemple est bien sûr
caricatural mais souligne l’importance de connaître la répartition des espèces de volailles dans
129
la clientèle du vétérinaire et le niveau de subjectivité que cela implique. La perte de ces
informations (questionnaire n°1) lors des appels téléphoniques est un point faible de cette
enquête même si cette omission volontaire est justifiée par le nombre de questions à poser en
privilégiant le questionnaire le plus technique (n°2).
Âge des animaux les plus atteints

Pour cette question, nous ne faisons pas de distinction entre les espèces. Cependant, pour
l’item « volaille de chair », cela oblige le vétérinaire à se baser sur la réponse précédente (à
savoir l’âge des animaux atteints relatifs à l’espèce la plus touchée par l’aspergillose). On
retrouve donc les mêmes types de biais.
Pour le dernier item « contamination au couvoir : oui/non », le vétérinaire peut ne pas avoir eu
l’information et se fonder sur des suspicions (notamment si le vétérinaire qui suit des élevages
au démarrage est différent de celui qui suit le couvoir d’origine). Par exemple des volailles
atteintes d’aspergillose au démarrage se sont-elles contaminées dans l’élevage de production
ou étaient-elles porteuses d’Aspergillus au sortir du couvoir, déclarant la maladie ensuite ? Il
peut donc y avoir confusion entre des cas avérés de contamination au couvoir et des
suspicions sur des animaux malades en début de bande.
Type de litière dans les élevages où les cas d’aspergillose sont régulièrement observés
La possibilité de cocher plusieurs réponses permet de balayer les différentes situations
auxquelles le vétérinaire aurait pu être confronté. Cette question fait appel à la mémoire. On
peut supposer en première analyse que le type de litière varie peu pour un type de production
d’une région à l’autre (plutôt de la paille pour les poulets, paille ou paille et copeaux pour les
dindes…). On retrouve donc le même biais qu’à la première question (importance de la
clientèle et des filières de production suivies par le vétérinaire).
Mois où le nombre de cas d’aspergillose sont les plus importants

Le questionnaire porte sur une période de 12 mois donc si le vétérinaire a été confronté à des
cas d’aspergillose, il peut a priori pouvoir répondre à cette question. Cependant, le vétérinaire
a pu partir en vacances (ces périodes-ci seront donc sous représentées). Il peut également
superposer sur ses souvenirs des considérations établies sur l’expérience de plusieurs années
et assimiler les mois concernés de l’année 2012 avec les mois, qui, en règle générale sont les
plus impactés. De plus, il peut y avoir une certaine confusion entre deux mois par incertitude
ou oubli. En effet, ce qui marque le plus le vétérinaire ce sont les conditions climatiques
durant lesquelles les cas sont apparus. Au téléphone, plusieurs vétérinaires m’ont répondu
ainsi, d’abord en ayant réfléchi aux conditions environnementales et en déduisant ensuite les
mois qu’ils auraient cochés. L’analyse qui en découle devrait donc regrouper les mois sous
forme de saison (été-automne-hiver-printemps) pour ne pas sur ou sous-estimer certains mois.
Hygrométrie moyenne du bâtiment où les cas sont les plus nombreux

Il peut y avoir ici un biais de mesure. En effet, certains vétérinaires prennent en compte
l’hygrométrie au moment où ils interviennent, c’est-à-dire, une fois la maladie déclarée dans
l’élevage. Or, les conditions d’ambiance à ce moment-là ne sont pas forcément les mêmes que
celles qui ont permis le développement du champignon. Un biais de mesure, relatif à
l’interprétation de la question peut donc survenir :
130
- ceux qui répondent en évaluant l’hygrométrie à l’instant où ils passent dans l’élevage.
- ceux qui répondent en évaluant l’hygrométrie (par questionnement à l’éleveur), avant
l’apparition de la maladie mais qui aurait pu promouvoir le développement des moisissures
Aspergillus.
Cependant, nous pouvons nous demander si ces deux valeurs d’hygrométrie ne restent pas
proches. L’analyse des résultats ne doit donc pas se faire en terme de valeur mais en
distinguant sommairement deux types d’atmosphère : sèche (hygrométrie basse, inférieure à
60 %) ou humide (hygrométrie importante, supérieure à 60%).
A noter également que la valeur avancée n’est pas forcément une valeur objective c’est-à-dire
mesurée. Elle n’est bien souvent qu’une estimation par le vétérinaire.
Partie 2 : expression de la maladie
Les questions relatives à la symptomatologie de la maladie font appel à la mémoire. Un biais

de mesure qui peut survenir consiste à ce que le vétérinaire réponde aux questions en fonction
de son expérience passée c’est à dire à ce qu’il a déjà vu et non pas à partir des cas sur les
douze derniers mois. Nous aurions éventuellement pu noter dans le questionnaire, de façon
explicite : réponses relatives à l’année 2012 versus expérience personnelle. Cette suggestion
est néanmoins sujette à controverse : le questionnaire aurait été alourdi et surtout le
dépouillement aurait été notablement plus compliqué.
De plus, l’évaluation de l’expression clinique est subjective et varie en conséquence selon les
vétérinaires. Dans quelle mesure le vétérinaire considère la pertinence d’un signe clinique :
par exemple, à partir de quel stade de difficultés respiratoires va-t-il considérer que l’animal
est dyspnéique ? Ceci pourrait conduire à une sur- ou sous-estimation de certains signes
cliniques.
Cependant, dans le cadre d’une médecine de groupe, il s’agit plus d’une tendance générale ou
synthèse de l’expression clinique des individus touchés. Le risque de confusion diagnostique
est ainsi limité par rapport à la médecine individuelle.
Taux de morbidité des jeunes

Cette question peut engendrer des non réponses puisqu’elle est corrélée à l’âge des animaux
atteints. Si le vétérinaire n’a été confronté qu’à des animaux malades en finition, il ne pourra,
en toute rigueur, pas répondre à cette question. Toute réponse indiquée sera fondée, non pas
sur les cas cliniques déclarés pendant la période étudiée (c’est-à-dire ces 12 derniers mois)
mais à son expérience du terrain antérieure. De ce fait, la réponse devient très subjective et les
variations intra individuelles seront importantes.
Taux de morbidité des adultes : même réflexion
Taux de mortalité des jeunes / taux de mortalité des adultes

Le taux de mortalité dépend de l’efficacité d’un éventuel traitement mis en place. L’objectif
du vétérinaire étant d’intervenir avant que la mortalité ne soit trop importante. Par suite, le
taux de mortalité peut être modifié par rapport à une situation où l’interlocuteur serait resté
extérieur et contemplatif durant toute la phase clinique de la maladie. Le taux de mortalité
sera, a priori sous-estimé après mise en place d’un traitement (selon l’hypothèse où la
mortalité aurait augmentée en l’absence de traitement, ce qui est invérifiable en dehors du
131
contexte expérimental). De plus, si la contamination des volailles a été homogène et
importante, il est plus facile de remarquer la mortalité, qui sera concentrée dans le temps,
donc davantage repérable que si le niveau de contamination est plus faible et avec une
mortalité moins apparente (évolution moins marquée de la maladie).
Un autre biais provient de la définition précise du terme « mortalité ». En effet, certaines
personnes assimilent mortalité et létalité. Or le taux de létalité correspond au nombre de morts
/ nombre malades alors que le taux de mortalité correspond au nombre de morts / population
exposée à l’agent pathogène (TOMA et al., 2001). La confusion de ces termes peut aboutir à
une surestimation de la mortalité.
Partie 3 : diagnostic
Le diagnostic d’aspergillose est habituellement réalisé sur place, dans le laboratoire
vétérinaire, à l’abattoir
Le vétérinaire peut objectivement répondre pour ce qui est d’un éventuel diagnostic sur place
ou au laboratoire vétérinaire puisqu’il est lui-même impliqué et actif dans la démarche. En
revanche, toute découverte à l’abattoir doit être remontée par le personnel. Il se peut que le
vétérinaire n’ait pas eu écho de certaines saisies. Néanmoins, il faut tenir compte du nombre
de carcasses impliquées. Il est possible de passer à côté de saisies ponctuelles mais
probablement pas à côté de problèmes récurrents ou importants qui impactent
économiquement l’éleveur. Le seul point de vue du vétérinaire peut donc sous-estimer à la
marge les cas d’aspergillose ponctuels ou sporadiques (découvertes fortuites d’abattoir et
information non transmise) et en particulier ceux non repérés par l’éleveur (cadavres relevés
mais non autopsiés).
Grâce à l’observation des lésions, la culture, l’histologie, la sérologie

L’interlocuteur a la possibilité d’indiquer dans la case « autre » d’éventuels moyens
diagnostiques non spécifiés (comme le diagnostic clinique par exemple). Cette question ne
devrait pas engendrer de biais de mesure.
Partie 4 : traitement
Un traitement est parfois mis en place au sein de l’élevage
Des erreurs d’interprétation peuvent conduire les vétérinaires à comprendre par « au sein de
l’élevage » soit le traitement des animaux soit la désinfection de l’environnement.
Cette question reste neutre. Les vétérinaires devraient donc répondre de manière objective car
la responsabilité du praticien n’est pas engagée.
Si oui, quelle molécule a été utilisée

Dans cette question, on peut avoir un certain nombre de biais :
- le vétérinaire, sachant que le questionnaire est soutenu par Elanco, affirme utiliser des
produits mis sur le marché par ce laboratoire (même si, en réalité, leur utilisation est
occasionnelle).
- le vétérinaire utilise certaines molécules sans AMM et, de ce fait, ne les mentionne pas
(exemple de l’iode dans l’eau de boisson des volailles).
- on ne se sait pas si la molécule utilisée l’est directement sur l’animal ou sur la litière.
Partie 5 : facteurs favorisants

Mauvaise qualité de la litière sur l’aire de vie
132
A l’usage, le terme « mauvaise » peut porter à confusion. En effet, j’ai pu constater au
téléphone que certains vétérinaires ne considèrent pas une litière poussiéreuse comme de
« mauvaise » qualité en tant que telle. Cependant, la question se décline selon trois choix et
une partie « commentaire ». Ainsi, indépendamment de l’intitulé et de l’épithète en cause
(« mauvaise ») avec lequel ils peuvent être en désaccord, les vétérinaires peuvent spécifier
l’état de la litière (poussiéreuse, moisie, humide).
Mauvaise qualité de la litière dans l’aire de stockage

A ce stade, la qualité de la litière dépend des conditions de stockage mais aussi, en amont, des
conditions de ramassage. Ainsi, ce n’est pas forcément une litière mal stockée mais
potentiellement ramassée dans de mauvaises conditions, qui à terme engendre sa dégradation.
Les vétérinaires peuvent ne pas répondre à la question s’ils pensent qu’il n’y a pas de relation
entre le stockage de la litière et l’aspergillose ou s’ils considèrent que mentionner uniquement
le stockage est trop restrictif.
Renouvellement récent de la litière

Il peut exister un biais relatif à la clientèle du vétérinaire. En effet, en production de dindes,
dans la gestion même de l’élevage, il y a des rajouts importants de litière en cours de bande ce
qui est moins vrai en élevage de poulets. De plus, il peut y avoir assimilation par certains
vétérinaires entre les actions de « renouvellement de la litière » et de « mise en place de celle-
ci », notamment en phase de démarrage.
Qualité des poussins de 1 jour à l’arrivée dans l’élevage

Cet item peut faire référence à un portage d’A. fumigatus par les poussins à la sortie du
couvoir.
Les trois dernières questions sont binaires (oui/non)

Température ambiante excessive
Il existe des normes de température à respecter en élevage. Ainsi, évoquer une température
excessive a du sens par comparaison aux recommandations. Le biais, à ce niveau, réside dans
l’évaluation d’une ambiance chaude (soit elle est mesurée et la température excessive est
scientifiquement objectivée, soit elle est appréciée subjectivement par le vétérinaire, en
fonction de son impression, et les variations inter-individuelles sont notables).
Le vétérinaire peut également répondre, là encore, en fonction de ses connaissances par
rapport au développement de la moisissure (plutôt dans une ambiance chaude et humide).
Dans ce contexte, cette question ne reflète pas des données de terrain mais ce que pense le
vétérinaire.
Défaut de ventilation : même réflexion
Hygrométrie excessive : même réflexion
133
1.3) Analyse des résultats
Trente deux vétérinaires (74%) ont diagnostiqué des cas d’aspergillose durant l’année 2012.
L’aspergillose est donc une maladie rencontrée par la majorité des vétérinaires avicoles. . Il ne
s’agit donc pas d’une affection rare. Elle sévit dans de nombreux élevages français et doit être
prise en considération pour son impact potentiel en aviculture.
Tout ce qui suit se base sur les résultats de l’échantillon uniquement.

La dinde est l’espèce la plus touchée devant le canard, la caille, la pintade et le poulet . On
retrouve un gradient de sensibilité des espèces similaire à celui rapporté dans la littérature :
dinde puis canard, pintade, poulet (HAMET, 1992 ; GHORI et EDGAR, 1973). Dans le cadre
d’infections expérimentales, la caille semble plus sensible que la dinde d’après GHORI et
EDGAR (1979). La différence observée sur ce point avec nos résultats peut facilement être
imputée à un biais de mesure. Reprenons le tableau de l’annexe 5 (figure 80) qui est certes
non exhaustif mais permet d’avoir une idée générale sur l’existence des biais de mesure
potentiels. On constate que 40 % des vétérinaires interrogés ne suivent pas d’élevages de
cailles. De plus, parmi les vétérinaires qui suivent ces élevages la connaissance de la
proportion de chaque espèce dans leur clientèle est importante pour statuer réellement sur la
« prévalence » de l’affection. A titre d’exemple, le vétérinaire 26 suit des élevages de cailles.
Or les cailles et le gibier confondus ne représentent que 10 % des espèces de sa clientèle. En
revanche, le canard représente 30 % des espèces de sa clientèle. D’ailleurs c’est cette espèce
qu’il considère comme la plus affectée par l’aspergillose. A contrario, si l’on analyse les
réponses des vétérinaires qui suivent majoritairement des élevages de poulets soit les
vétérinaires 3, 4, 5, 16, 21, aucun n’a considéré cette espèce comme la plus touchée par
l’aspergillose. Ce résultat conforte l’idée d’une moindre sensibilité des poulets à la maladie.
134
Figure 80 : Informations relatives à la clientèle des vétérinaires interrogés
Nombre de
Nombre de cas Espèce
suspicion de cas
d'aspergillose considérée
Vétérinaire Nombre d’aspergillose Espèces ou type(s) de Espèce
confirmés par un comme la plus
s d'élevages (pas de production suivis majoritaire
examen de touchée par
confirmation au
laboratoire l’aspergillose
laboratoire)
1 250 10 10 Reproducteurs 100% Canard
Poulet, dinde, canard, pintade,
2 250 0 20 pondeuse, reproducteurs Dinde
(65%), gibier
3 0 10 Poulet (60%) Canard
reproducteurs, gibier
Poulet, dinde, pondeuse,

4 100 5 3 Poulet (80%) Dinde
gibier
Poulet (30%)
5 200 10 18 pondeuse, reproducteurs, Dinde
Dinde (25%)
gibier
11 Dinde
pondeuse
Une
16 Poulet, dinde, canard, pintade Poulet (60%) Dinde
centaine
19 Canard Canard
20 Dinde Dinde
600-700
élevages
21 9 Poulet, canard Poulet (80%) Canard
pour le
cabinet

22 350 11 1 pondeuse, reproducteurs, Canard (65%) Canard
gibier
Une
24 Une vingtaine Poulet, dinde, canard, pintade Dinde
centaine
Reproducteurs 100% Palmipède

25 95 3 3à5 Canard
(palmipèdes chair, poules) (70%)
Poulet (25%), dinde (25%),
Une
26 4 pintade(10%), canard (30%), Canard (30%) Canard
centaine
gibier, caille
29 300 1 cas au couvoir Poulet, dinde Dinde
La dinde semble davantage atteinte en phase de finition, le canard en phase de démarrage, les
pondeuses en fin de ponte (ce résultat est fondé sur la réponse d’un seul vétérinaire) et les
reproducteurs en phase de reproduction. La majorité des vétérinaires de l’échantillon n’ont
pas rencontré de cas de contamination au couvoir (mais il faut là encore prendre ce résultat
avec précaution puisque cette réponse est corrélée à la clientèle et au fait que le vétérinaire
suit ou non des couvoirs). Le vétérinaire 2 a précisé que la contamination au couvoir est
135
possible mais de moins en moins fréquente car les accouveurs contrôlent le niveau de
contamination de leurs salles et font des désinfections spécifiques avec de l’énilconazole. En
effet une charte de qualité du syndicat national des accouveurs, SNA (1997), détaille les
moyens de maîtrise sanitaire qui doivent être mis en place de manière efficace et permanente
pour lutter en particulier contre le risque aspergillaire. Elle s’intéresse, à l’origine et la qualité
des produits réceptionnés, aux locaux de travail (avec notamment la séparation en zone
propre/sale et le principe de la marche en avant), au personnel (formation professionnel et
hygiène), aux techniques d’hygiène (nettoyage, désinfection…), à la gestion des flux. Cela
implique, en complément de la maîtrise de l’hygiène des locaux et équipements du couvoir,
des contrôles avant et pendant l’incubation, l’identification des lots et une organisation
satisfaisante des flux. La directive 92/117 concernant l’espèce poule oblige la mise en place
de tests pour dépister des contaminations par Salmonella Enteritidis et Typhimurium, dans les
troupeaux de reproduction et au couvoir dont la capacité d’incubation est supérieure ou égale
à mille œufs. En revanche, cette directive ne prévoit aucune surveillance contre des maladies
telles que les mycoplasmoses ou l’aspergillose. Le contrôle du risque aspergillaire est donc
réalisé spontanément par les accouveurs (adhésion à la charte) pour garantir la qualité de leurs
produits.
L’hiver et l’automne sont les deux saisons de l’année où les cas d’aspergillose sont les plus
fréquents. Ces résultats concordent avec les informations issues de la littérature, notamment
l’étude de ZIOLKOWSKA et TOKARZEWSI (2007) décrivant une augmentation des cas
d’aspergillose en hiver.
L’hygrométrie moyenne des bâtiments où des cas d’aspergillose ont été notés, est comprise
dans une fourchette allant de 40 à 60 %, c’est-à-dire plutôt dans le cadre d’une atmosphère
sèche, mais il faut tenir compte des biais de mesure et des non réponses à cette question (43%
des vétérinaires interrogés).
Dans la forme aiguë, les troubles respiratoires sont largement prédominants (93 % des
vétérinaires) par rapport aux troubles nerveux (44 %) ou digestifs (0 % des vétérinaires), ce
qui est en accord avec la littérature (HAMET, 1992 ; KWONIL et al., 2009 ; PEREZ et al.,
2003 ; XAVIER et al., 2005 ; ZAFRA et al., 2008). La dyspnée est le symptôme respiratoire
le plus fréquent, devant le bâillement, la toux et le jetage ; le torticolis est le symptôme
nerveux le plus fréquent devant l’ataxie et la paralysie.
Environ 2/3 des vétérinaires ont observé une atteinte de l’état général des animaux ayant une
aspergillose chronique se manifestant majoritairement pas un retard de croissance et/ou une
non-valeur économique. L’atteinte respiratoire domine le tableau clinique (92 % des
vétérinaires). Les troubles ostéoarticulaires et oculaires (surtout conjonctivite) sont beaucoup
moins fréquemment observés (respectivement pour 1 et 2 vétérinaires de l’échantillon). La
dyspnée est le symptôme respiratoire le plus fréquent, devant la toux et la tachypnée.
Le taux de morbidité et de mortalité des jeunes et des adultes est inférieur à 20 % dans la
majorité des cas. Tous les vétérinaires ayant répondu à la question portant sur l’estimation du
taux de mortalité, ont choisi, pour les jeunes comme les adultes, l’intervalle [0 à 20 %]. Nous
aurions pu segmenter plus encore les intervalles proposés pour affiner la précision. En effet,
plusieurs vétérinaires ont commenté leur choix alors que cela n’était pas demandé. Avec ces
136
quelques réponses, nous pouvons constater que le taux de mortalité est plutôt inférieur à 10 %
(figure 81).
Figure 81 : Parmi les vétérinaires ayant répondu que les taux de mortalité des jeunes et des
adultes étaient compris en [0 et 20%], nombre de réponses par intervalle plus restreint
16
14
12
10
8
6
4
2
0
[0 à 5%] ]5 à 10%] ]10 à 15 %] ] 15 à 20%] N' a pas
précisé
davantage
Jeunes Adultes
La majorité des vétérinaires effectue leur diagnostic sur place dans l’élevage grâce à
l’observation des lésions et/ou avec identification du champignon par mise en culture de
prélèvements au laboratoire. L’utilisation de la culture fongique dépend de l’âge des animaux
atteints : elle est plus fréquemment entreprise sur les jeunes oiseaux. Aucun vétérinaire n’a
recours à l’histologie ou à la sérologie.
Dans la démarche diagnostique, l’examen clinique des animaux est la première étape qui
conduit à des hypothèses diagnostiques confirmées ou infirmées ensuite par des examens
complémentaires. Dans le cadre de l’aspergillose, maladie majoritairement respiratoire, le
diagnostic clinique est à prendre en compte et nous aurions dû, par rigueur scientifique, le
mentionner dans le questionnaire.
La quasi-totalité (96 %) des vétérinaires met en place un traitement. L’énilconazole est la

molécule la plus utilisée devant l’iode. Le sulfate de cuivre n’est plus employé. Il est
nécessaire de repréciser ici qu’il n’existe pas de traitement autorisé pour les animaux. Seule la
litière, le matériel, les locaux et équipements peuvent être désinfectés. Ceci conduit donc
certains vétérinaires à préconiser la mise en place de traitements hors AMM comme
l’administration de l’iode dans l’eau de boisson (24 % vétérinaires utilisant l’iode le font).
Pour pallier cette absence de traitement disponible sur le marché, des traitements alternatifs
sont instaurés dont l’efficacité n’est pas prouvée : phytothérapie, homéopathie.
La paille est la litière la plus fréquemment observée en cas d’aspergillose, sous réserve des
biais déjà mentionnés. La majorité des vétérinaires considèrent qu’une mauvaise qualité de
137
celle-ci favorise l’apparition de l’aspergillose : poussiéreuse dans l’aire de vie, humide dans
l’aire de stockage. La plupart (61 %) des vétérinaires ont observé des cas d’aspergillose
consécutif à un renouvellement récent de la litière.
Selon la majorité des vétérinaires, les poussins sont de bonne qualité à leur arrivée dans les
élevages. Plus de la moitié (57 %) des vétérinaires n’incrimine pas une température excessive
dans les bâtiments d’élevage touchés par la maladie. Cependant il faut rester prudent sur la
fiabilité de ces résultats puisque la température n’est pas mesurée en élevage par les
vétérinaires.
Plus de 2/3 des vétérinaires considèrent que les bâtiments où les cas se sont déclarés étaient
sous ventilés. Des concordances sont notables entre les remontées du terrain et les données de
la littérature scientifique. En effet, l’humidité de la litière stockée favorisant la croissance
fongique versus la poussière dans l’aire de vie, favorisant l’inhalation des spores, associée à la
sous ventilation des bâtiments sont évoqués (GUERIN et al., 2011; ITAVI, 1997a ;
RICHARD et al., 1984).
2) A propos des bases de données
2.1) Choix des échantillons

Les bases de données nous ont été fournies et nous n’avons donc pas eu le choix pour la
construction de notre échantillon.
2.2) Biais d’échantillonnage
2.2.1) Base de donnée Elanco

Les volailles autopsiées ne le sont pas pour des raisons particulières mais dans le cadre du
suivi d’élevage (sans maladie exprimée). Les différents appareils sont, a priori, correctement
examinés (il existe une standardisation des protocoles d’autopsie) donc aucune pathologie
n’est sur ou sous-estimée (en effet, par exemple, si une attention particulière pour l’appareil
respiratoire était réalisée, on aurait pu s’attendre à avoir une sur estimation des maladies
respiratoires).
Tous les pays du monde ne sont pas représentés au sein de cette base de données (39 pays
uniquement). De plus, on ne connait pas la proportion de volailles autopsiées par pays ce qui
peut modifier la cartographie suite au poids relatifs des résultats en fonction des pays. Les
données sur la Chine sont peu fiables car les cas d’aspergillose ne sont pas tous déclarés.
138
2.2.2) Base de données du réseau Cristal
On peut se demander s’il n’existe pas un biais d’échantillonnage important dans la mesure où
les volailles autopsiées le sont pour des raisons médicales. En d’autres termes, elles
proviennent d’élevages rencontrant des problèmes sanitaires avec présence de maladies à
rechercher. Les lots de volailles viennent en consultation au laboratoire parce qu’elles
présentent une pathologie. L’aspergillose peut être la cause primaire ou une découverte
fortuite, s’ajoutant à l’étiologie primaire du cas. Les volailles présentées à l’examen n’ont pas
été tirées au sort et sont des individus malades. L’échantillon n’est donc pas représentatif de la
population.
De plus, le nombre d’examens en fonction des filières de production varie énormément. A
titre d’exemple, en 2010, 4099 autopsies ont été menées sur des poulets de chair contre 22 sur
des oies prêtes à gaver. La valeur du dénominateur va donc de la dizaine au millier
d’individus.
2.3) Biais de mesure

Il est nécessaire de souligner le fait qu’un ensemble de techniciens répartis dans les différents
laboratoires examinent les carcasses. La compétence de chacun est mise en jeu dans la
détection des lésions. Ainsi, il peut y avoir des variations inter individuelles dépendantes du
niveau d’expérience, de formation des techniciens.
2.4) Analyse des résultats
2.4.1) Base de données Elanco

Le taux de prévalence dans les échantillons est très faible, inférieur respectivement pour le
poulet et la dinde, à 0,7 % et 0,6 % en fonction des mois et inférieur à 0,8 % et 0,6 % en
fonction des années. Bien que faible, il tend à augmenter depuis 2006 pour le poulet.
Nous retrouvons des résultats similaires à ceux de notre enquête et ceux du Réseau Cristal à
l’exception notable d’une atteinte moins prononcée observée chez les poulets par rapport aux
autres espèces.
Un point intéressant à souligner concerne le protocole d’échantillonnage. Les lots de volailles
autopsiées le sont dans le cadre de suivi d’élevages. Les lésions d’aspergillose sont donc des
découvertes fortuites. Cela tend à montrer le caractère subclinique de l’infection. En effet,
des lésions d’aspergillose sont observées, a priori, sans expression clinique.
Il convient de nuancer nos propos : les méthodes précises d’échantillonnage sont peu connues,
les animaux autopsiés n’avaient-ils réellement aucun symptôme ? Quelle est la raison précise
de l’examen de lots si aucune pathologie n’est relevée par l’éleveur ?
139
La France, à l’échelle mondiale s’inscrit dans les régions du monde les moins impactées par
l’aspergillose avec un taux de prévalence faible sur la période d’étude. Il aurait été pertinent
de pouvoir comparer avec d’autres maladies des volailles, respiratoires (mycoplasmoses) ou
parasitaires (coccidiose) sur le plan international. En effet, cela aurait permis d’envisager
l’importance de l’aspergillose dans le monde par rapport à d’autres entités pathologiques.
2.4.2) Base de données du réseau cristal

Les résultats, montrent des différences inter-espèces concordant avec ceux de la littérature
scientifique et de notre enquête : la caille est l’espèce la plus sensible, devant le canard et la
dinde eux-mêmes plus sensibles que la pintade et le poulet. Il faut cependant rester prudent
avec la manipulation du terme « sensibilité » et ne pas émettre de conclusions trop hâtives. Il
est délicat de passer d’une « proportion de lots atteints d’aspergillose » à la notion de
« sensibilité ». Beaucoup de facteurs peuvent induire des incertitudes dont le nombre de
volailles autopsiées pour chaque catégorie (espèce, type de production).
Cela dit, la robustesse de certaines données concernant notamment les espèces poulet ou
canard Pékin reproducteur se voit confortée par la répétition des résultats à l’identique d’une
année à l’autre.
En concordance avec notre enquête, nous pouvons dégager des périodes d’élevage plus à
risque pour certaines volailles : la finition pour la dinde et le démarrage pour le canard. Nous
pouvons nous demander ici dans quelle mesure l’éleveur subit des pertes économiques suite à
un épisode d’aspergillose. En effet, nous pouvons évoquer quelques pistes de réflexion : sur
des animaux atteints préférentiellement en fin de bande, comme les dindes, l’impact doit sans
doute être plus important que sur des animaux atteints en début de bande. En effet, il a fallu
nourrir les animaux (or actuellement le coût des intrants est majoritairement représenté par
l’aliment) pendant plusieurs semaines, chauffer le bâtiment (coût d’energie…) etc… (Selon
l’ITAVI, le coût de production de la dinde standard s’élèvait en moyenne à 1.30 euros/kg de
poids vif en 2011).
140
CONCLUSION
L’objectif de cette thèse sur l’aspergillose aviaire fut dans un premier temps d’effectuer une
synthèse des informations disponibles dans la littérature scientifique sur le champignon et la
maladie chez les oiseaux d’élevage. Dans un second temps, une enquête, réalisée auprès de 43
vétérinaires a permis de dresser le profil de la maladie dans les élevages avicoles français. Par
ailleurs, l’étude de deux bases de données issues de l’entreprise pharmaceutique Elanco et du
Réseau Cristal a conduit à l’évaluation, respectivement du taux de prévalence de
l’aspergillose chez le poulet et la dinde dans le monde entre 2006 - 2012 et de la proportion de
lots de volailles de différentes espèces dans des types de production variés, en France,
présentant à l’autopsie des lésions aspergillaires en 2010, 2011 et 2012.
L’enquête a notamment permis de démontrer que l’aspergillose dans les élevages avicoles
français n’est pas une maladie rare, puisque 74 % des vétérinaires ayant été interrogés ont été
confrontés à au moins un cas clinique durant l’année 2012. Aspergillus fumigatus, moisissure
banale de l’environnement, engendre des pertes économiques notables en élevage (taux de
mortalité autour de 5-10% pouvant atteindre 70-90% chez le dindonneau). Les volailles, selon
les réponses recueillies dans notre enquête, manifestent surtout des troubles respiratoires
(dyspnée, toux, bâillement, respiration bec ouvert) et dans une moindre mesure des troubles
nerveux (torticolis), oculaires (conjonctivite), ostéoarticulaires (boiterie). Aucun trouble
digestif (pourtant rapporté dans la littérature) n’a été évoqué par les praticiens. La dinde fait
partie des espèces les plus sensibles a contrario du poulet, comme le confirme la base de
données du Réseau Cristal. La gestion de l’élevage est un élément clef dans l’apparition de la
maladie, avec notamment, le contrôle des paramètres d’ambiance (hygrométrie, ventilation,
température), le type et la qualité de la litière utilisée (surtout la paille). Les cas se déclarent le
plus souvent pendant les périodes fraiches (automne-hiver) corrélées à la sous ventilation des
bâtiments.
Sur le plan mondial, selon Elanco, la France fait a priori partie des pays les moins touchés par
l’aspergillose (subclinique), le taux de prévalence dans l’échantillon ne dépassant pas 1 %.
L’apparition de la maladie résulte d’un équilibre entre les conditions de l’environnement des
oiseaux en élevage et les caractéristiques écologiques d’A. fumigatus permettant d’une part la
croissance puis la fructification du champignon, et d’autre part la mise en suspension des
spores au niveau des volailles. Aspergillus fumigatus se développera si des conditions
environnementales propices lui sont offertes. Le traitement des volailles étant illusoire, la
prévention reste le meilleur moyen de lutte et cela passe par l’implication des différents
acteurs de la filière avec la prise en compte, dès le haut de la pyramide, du risque aspergillaire
par les couvoirs.
D’autres maladies fongiques mériteraient d’être ainsi étudiées dans des travaux ultérieurs pour
évaluer leur impact au sein des élevages. C’est le cas notamment de la candidose.
141
142
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Annexe 1 : Durée des phases d’élevage en fonction des type de
production
Type de production Démarrage Croissance Finition Abattage Remarques générales
Poulets de chair standard

0 à 7j 7-21j 21-40j à 40j
Poulets label 0 à 4 semaines 5-7sem 8 à 13sem A 88j
Poulets biologiques 0 à 4 sem 5-7sem 8-14 sem A 91 j
106 à 115 jours pour

Dinde industrielle les mâles Elevage séparé des mâles et des
0 à 4sem 4 à 8 sem Jusqu’à abattage
82 à 87 jours pour les femelles. Litière de paille
femelles hachée ou copeaux
Dinde label 0 à 4sem 4 à 8 sem Jusqu’à abattage 140 jours minimum
Canard de Barbarie (Cairina

Moschata) élevé en claustration
Mâle : 84jours
Canard(Barbarie) à rôtir 0 à 3 sem 3 à 6sem Jusqu’à l’abattage pendant 12 semaines, en
Femelle :74 jours
caillebotis le plus souvent.
Elevage séparé des 2 sexes.
Le plus fréquent : vers

Période d’entretien : 8-10/25
16-18sem (mais
Oies à rôtir sem
0 à 3 sem 3 à 8 sem variation : production
Finition : 6 sem avant
intensive versus
l’abattage
extensive)
En phase de démarrage, la litière
est constituée de copeaux non
Pintade élevage industriel 0 à 4 semaines 4 à 8 sem 8 à 13 sem 13ème semaine
traités et dépoussiérés puis paille
ou paille dès le début.
En production Label, sortie sur
Pintade label 0 à 4 semaines 4 à 8 semaines Jussqu’à abattage Min 94 jours
parcours ou en volière.
Pigeon élevage 28j
Caille (chair) élevage 35j
Type
Démarrage Croissance Entrée en ponte Fin de ponte
de production
Poule pondeuse, élevage

1ère à 5ème sem Jusqu’à 17ème sem 18ème semaine 65ème sem
industriel
Caille (ponte) Elevage 6ème -7ème sem 6 mois
Type de production Démarrage Croissance Entretien Pré gavage gavage Durée du gavage
Pendant 20 à 28
Foie gras Oie 1ère à 5ème sem 6ème à 8ème sem 9ème à 10ème sem 11 à 12ème sem 20 à 28 jours
jours
A partir de la A 11-12sem ou à
Foie gras Canard 1 jour à 3sem 3-4sem à 9-10 sem 12 à 18 jours
10ème sem 14-16 sem
Source : D’après BENNETEAU C et al., 2002
155
Annexe 2 : Deuxième questionnaire
Caractériser l'aspergillose en élevages avicoles
Caractéristiques des élevages infectés
1. Espèce la plus touchée par l'aspergillose:
caille
dinde
pintade
poulet
canard
Autre (veuillez préciser):
Age des animaux les plus atteints:
2. volaille de chair:
démarrage
croissance
finition
3. Pondeuse:
démarrage
croissance
entrée en ponte
fin de ponte
réforme
4. Reproducteurs:
156
Démarrage
croissance
période de reproduction
réforme
5. Contamination au couvoir
oui
non
Remarques sur la contamination au couvoir:
6. Types de litière dans les élevages où des cas d'aspergillose sont régulièrement observés:
copeaux de bois
sciure de bois
paille hachée
caillebotis
Autre (veuillez préciser):
7. Mois où le nombre de cas d'aspergillose sont les plus importants:
Janvier
Février
Mars
Avril
Mai
157
Juin
Juillet
Août
Septembre
Octobre
Novembre
Décembre
Pas d'influence de la saison
8. Hygrométrie moyenne du bâtiment où les cas sont les plus nombreux:
40%
50%
60%
70%
80%
90%
Expression de la maladie
Les réponses suivantes concernent l'espèce que vous avez considérée comme la plus touchée par l'aspergillose (pour chaque question,
plusieurs réponses sont possibles)
FORME AIGUË
9. troubles respiratoires:
oui
non
10. si oui,
158
dyspnée
jetage
Autre (veuillez préciser)
11. Troubles digestifs:
oui
non
12. Si oui,
diarrhée
diminution de l'ingéré alimentaire
13. Troubles nerveux:
oui
non
14. Si oui,
ataxie
torticolis
paralysie
FORME CHRONIQUE:
15. Atteinte de l'état général:
159
oui
non
16. Si oui,
léthargie
retard de croissance
diminution du GMG
non valeur économique
17. Troubles respiratoires:
oui
non
18. Si oui,
tachypnée
dyspnée
19. Troubles digestifs:
oui
non
20. si oui,
régurgitation
160
diarrhée
baisse de l'ingéré alimentaire
21. Troubles ostéo articulaires:
oui
non
Remarques:
22. atteinte oculaire:
oui
non
23. Si oui,
conjonctivite
kératite
24. Taux de morbidité des jeunes:
[0 à 20%]
] 20 à 40%]
] 40 à 60%]
] 60 à 80%]
161
] 80 à 100%]
25. Taux de morbidité des adultes:
[0 à 20%]
] 20 à 40%]
] 40 à 60%]
] 60 à 80%]
] 80 à 100%]
26. Taux de mortalité des jeunes:
[0 à 20%]
] 20 à 40%]
] 40 à 60%]
] 60 à 80%]
] 80 à 100%]
27. Taux de mortalité des adultes:
[0 à 20%]
] 20 à 40%]
] 40 à 60%]
] 60 à 80%]
] 80 à 100%]
Diagnostic
28. Le diagnostic d'aspergillose est habituellement réalisé (plusieurs cases peuvent être cochées):
162
sur place, dans l'élevage
dans le laboratoire vétérinaire
à l'abattoir
29. Grâce à:
l'observation des lésions (granulomes...)
la culture
l'histologie
la sérologie
Traitement
30. Un traitement est parfois mis en place au sein de l'élevage:
oui
non, uniquement des mesures préventives hygiéniques
Remarques:
31. Si oui, quelle molécule a été utilisée?
enilconazole
iode
sulfate de cuivre
163
Facteurs favorisants
Il s'agit dans ce chapitre de mettre en exergue des facteurs de risque que vous avez identifié:
32. Mauvaise qualité de la litière sur l'aire de vie (plusieurs réponses sont possibles):
litière poussiéreuse
présence de moisissures
litière humide
33. Mauvaise qualité de la litière dans l'aire de stockage (plusieurs réponses sont possibles):
litière poussiéreuse
présence de moisissures
litière humide
34. Renouvellement récent de la litière:
oui
non
35. qualité des poussins de 1 jour dégradée à l'arrivée dans l'élevage:
oui
non
36. Température ambiante excessive:
164
oui
non
37. Défaut de ventilation:
oui
non
38. Hygrométrie excessive:
oui
non
39. Remarques particulières sur le questionnaire:
Un très grand merci pour votre participation à ce deuxième et dernier questionnaire sur l'aspergillose en élevages avicoles.
165
Annexe 3 : Réponses au deuxième questionnaire
Espèce la plus touchée par l’aspergillose:
Vétérinaires Caille Dinde Pintade Poulet Canard
1 +
2 +
3 +
4 +
5 +
6 + +
7 +
8 +
9 +
10 +
11 +
12 +
13 +
14 +
15 +
16 +
17 +
18 +
19 +
20 +
21 +
22 +
23 +
24 +
25 +
26 +
27 +
28 +
29 +
Age des animaux les plus atteints :

V
E
T Contami-
E Volaille de chair Pondeuse Reproducteurs nation
R au couvoir
I
N
A
I
R Entrée Fin Période de
Démarrage Croissance Finition Démarrage Croissance Réforme Démarrage Croissance Réforme Oui Non
E en ponte de ponte reproduction
S
166
1 + + +
2 + + +
3 + +
4 + + +
5 + + + +
6 + + +
7 + + +
8 + +
9 + +
10 + + +
11 + +
12 + +
13 +
14 + +
15 + +
16 + + +
17 + +
18 + +
19 + +
20 + +
21 + +
22 + +
23 + +
24 + +
25 + +
26 + +
27 + + +
28 + + +
29 +
Focus sur les volailles de chair (croisement des réponses aux deux questions précédentes) :
Espèce Démarrage Croissance Finition
Caille +
dinde +++++ ++ +++++++++++++++
pintade ++
poulet +
canard +++++
167
Types de litière dans les élevages où des cas d’aspergillose sont régulièrement observés :
Vétérinaires Copeaux de bois Sciure de bois Paille hachée Caillebotis
1 + + +
2 + +
3 +
4 +
5 +
6 +
7 +
8 +
9 +
10 + + +
11 +
12 + +
13 +
14 + +
15 + +
16 +
17 + + +
18 +
19 +
20 +
21 +
22 +
23 +
24 +
25 + + +
26 + +
27 +
28 +
Mois où le nombre de ca d’aspergillose sont les plus importants :
Pas de
Pas d’influence
Vétérinaires Janvier Février Mars Avril Mai Juin Juillet Août Septembre Octobre Novembre Décembre réponse (ne
de la saison
sait pas)
1 + + + + +
2 + + + + + +
3 +
168
4 +
5 + + + + +
6 +
7 + + +
8 +
9 + + + + +
10 + + +
11 + +
12 +
13 + + +
14 + + +
15 +
16 +
17 + +
18 +
19 +
20 + + + + + + +
21 + + +
22 + + +
23 +
24 + + + +
25 +
26 + +
27 +
28 + +
Hygrométrie moyenne du bâtiment où les cas sont les plus nombreux :
Inférieur
Vétérinaires 40% 50% 60% 70% 80% 90% Ne sais pas
à 40%
1 +
2 + +
3 +
4 + +
5 +
6 +
7 +
8 + + +
169
9 +
+ (10 à
10
20%)
11 + +
12 +
13 +
14 +
15 + +
16 +
17 + +
18
19 +
20 +
21 +
22 +
23 +
24 +
25 +
26 +
27 +
28 +
Expression de la maladie :
Forme aigüe:
V
E Troubles respiratoires Troubles digestifs Troubles nerveux
T
E Oui Non Oui Non Oui Non
R
I
N
A Diminution
I Dyspnée Jetage Autres Diarrhée de l’ingéré Autres Ataxie Torticolis Paralysie Autres
R alimentaire
E
S
1 + + +
2 + + +
3 + + +
4 + Toux sèche + + +
5 + Bâillement + +
6 + + +
7 + + +
8 Toux + +
9 Toux + +
10 + + + +
170
11 + + +
12 + + +
Marche en
rond, marche
Bâillement,
en arrière
13 couché sur la + +
meurt car
litière
ne peut plus
s’alimenter
14 Bâillement + +
15 + + +
Perte
16 + + + +
d’équilibre
17 + + +
18 Bec ouvert + +
19 Bâillement + + +
Toux,
20 + +
bâillement
Toux,
bâillement,
21 + + +
respiration
bec ouvert
22 + + +
23 + + +
24 + + Bâillement + +
Pas de réponse à cette partie de la question

Pas de réponse à cette partie de la question
25 +
26 + Bâillement + +
Bâillement,
27 + + +
toux
28 + + +
Forme chronique:
V Troubles ostéo
E Atteinte de l’état général Troubles respiratoires Troubles digestifs Atteinte oculaire
articulaires
T
E Oui Non Oui Non Oui Non Oui Non Oui Non
R
I
N
A
I Non
Dim
R L R valeur A T D Autres Re Di B A C K A
du GMQ
E éco
S
1 + + Absents ou peu marqués + + +
2 + + + Toux chronique + + +
3 + + + + +
Toux sèche persistante

4 + + + +
malgré le traitement
5 + + + + +
Lot
hétérogène.
6 + + + + Toux sèche + + +
Saisies en
abattoir
171
augmentée.
Mortalité fin
de bande.
IC diminué
7 + + + + +
8 + Bâillement, toux + + +
9 + Mortalité + + + + +
10 + + + + +
Toux rauque, respiration
bec ouvert ou au
11 + + contraire bec fermé avec + + +
par moment de grandes
inspirations
12 + + + + +
13 + + + + +
14 + Bâillement + + +
15 Cachexie + + + +
16 + + + + +
Atteinte de l’état général sans précision

17 + + + +
18 + + + +
Atteinte de l’état général sans précision

19 Bâillement, mortalité + + +
20 + + Toux + + +
Animaux
moins vifs.
21 +
Lots
hétérogènes
22 + + + +
23 + + + + +
24 + + + Toux grasse + + +
25 + + + + + + +
26 + Pas de réponses pour ces questions
27 + Toux + + +
28 + + Bâillement + + +
Légende du tableau ci-dessus :

L : léthargie R : retard de croissance Dim : diminution éco :économique D : dyspnée
Re: régurgitation Di : diarrhée B : baisse de l’ingéré alimentaire C : conjonctivite
K : kératite A : autres
Taux de morbidité des jeunes:
Vétérinaires [0 à 20%] ] 20 à 40 %] ] 40 à 60 %] ] 60 à 80 %] ] 80 à 100 %] Ne sait pas
1 +
2 +
3 +
172
4 +
5 +
6 +
7 +
8 +
9 +
10 +
11 +
12 +
13 + (<10%)
14 +
15 +
16 +
17 +
18 +
19 +
20 +
21 +
22 +
23 +
24 +
25 +
+
26
(10%maximum)
27 +
28 +
Taux de morbidité des adultes:
Vétérinaires [0 à 20 %] ] 20 à 40%] ] 40 à 60 %] ] 60 à 80 %] ] 80 à 100 %] Ne sait pas
1 +
2 +
3 +
4 +
5 +
6 +
7 +
8 +
9 +
10 +
173
11 +
12 +
13 + (3 à 5%)
14 +
15 + (10%)
16 +
17 +
18 +
19 +
20 +
21 + (<5%)
22 +
23 +
24 +
25 +
26 +
27 +
28 +
Taux de mortalité des jeunes:

Vétérinaires
[0 à 20 %] ]20 à 40 %] ]40 à 60 %] ]60 à 80 %] ]80 à 100 %] Ne sait pas
1 +
2 +
3 +
4 +
5 +
6 +
7 +
8 +
9 +
10 + (2-3%)
11 +
12 +
13 + (4 à 5%)
14 +
15 +
16 +
17 +
18 +
174
19 +
20 + (2-3%)
21 + (10%)
22 +
23 +
24 +
25 +
26 + (5%)
27 +
28 +
Taux de mortalité des adultes:
Vétérinaire [0 à 20%] ] 20 à 40%] ] 40 à 60%] ] 60 à 80%] ] 80 à 100%] Ne sait pas
1 +
2 +
3 +
4 +
6 + +
7 +
8 +
9 (5 à 10%)
10 (< 2 %)
11 (< 10%)
12 + (0.1%)
13
14 +
15 + 0.1%
16 +
17 +
18
19 +
20 + (3-4-5%)
21 + (2-3%)
22 +
23 +
24 +
25 +
26 +
27 +
175
28 +
Le diagnostic d’aspergillose est habituellement réalisé :
Sur place, dans Au laboratoire

Vétérinaires A l’abattoir Autres
l’élevage vétérinaire
1 + +
2 + +
3 +
4 + +
5 +
6 + +
7 +
8 + +
9 + +
10 + + +
11 + +
12 +
13 +
14 + +
15 + +
16 +
17 +
18 + + +
19 + +
20 +
21 + +
22 + +
23 +
24 +
25 + +
26 + +
27 + +
28 + +
Grâce à :
Observation des
Vétérinaires Culture Histologie Sérologie Remarques
lésions
1 +
2 + +
3 +
4 + +
176
5 +
6 + +
7 + +
8 +
9 +
10 +
11 + +
Importance de La
12 + +
clinique
13 +
14 +
Importance de La
15 + +
clinique
16 +
17 +
18 + +
19 +
20 + +
Importance de La
21 + +
clinique
22 +
23 +
24 +
25 + +
26 + + En fonction de l’âge
27 + +
Importance de La
28 + +
clinique
Un traitement est parfois mis en place au sein de l’élevage:

Non, uniquement
des mesures
Vétérinaires Oui Autres
préventives
hygiéniques
1 +
2 +
3 +
4 +
5 +
6 +
7 +
8 +
9 +
10 +
11 +
177
12 +
13 +
14 +
15 +
16 +
17 +
18 +
19 +
20 +
21 +
22 +
23 +
24 +
25 +
26 +
27 +
28 +
Si oui, molécules utilisées :

Vétérinaires Enilconazole Iode Sulfate de cuivre Autres/Remarques
1 +
L’énilconazole et l’iode sont mis en

pulvérisation sur la litière pour
2 + +
diminuer la pression de
contamination
3 +
4 + +
5 + +
6 +
7 + + + Huiles essentielles
Phytothérapie pour soulager les

8 +
animaux
Parconazole
9 Iode administrée dans l’eau de
boisson
Pulvérisation d’iode et
10 + + d’enilconazole sur la litière.
Homéopathie
11 + +
12 + +
Enilconazole en pulvérisation
13 + Phytothérapie
Vitamine C
14 +
Iode administrée dans l’eau de
15 + +
boisson
16 + +
17 + + Sur la litière
178
Inutilité de l’iode.
18 +. Enilconazole en préventif sur la
litière au démarrage
19 + + Iode vaporisée sur la litière
20 + +
21 +
22 +
23 Pas de réponse pour cette question car ne met pas en place de traitement
24 + + En pulvérisation
25 + +
Plantes, Tétracyclines
Vitamine C
26 + +
Iode en pulvérisation et dans l’eau
de boisson
Iode vaporisée sur la litière et

27 + +
administrée dans l’eau de boisson
28 +
Mauvaise qualité de la litière sur l’aire de vie:
Présence de
Vétérinaires Litière poussiéreuse Litière humide Autres
moisissures
1 + +
2 + + +
3 +
4 + + +
5 + +
6 +
7 +
8 +
9 + +
10 +
11 +
12 +
13 +
14 +
Litière n’etait pas

15
de mauvaise qualité
16 + +
17 + +
18 + +
19 +
20 +
21 + +
22 +
23 +
179
24 +
Mauvaise qualité de
25 + la litière parfois,
mais pas toujours
26 + +
27 + +
28 +
Mauvaise qualité de la litière dans l’aire de stockage:

Ne sait pas si la
Présence de
Vétérinaires Litière poussiéreuse Litière humide litière était de Autres/Remarques
moisissures
mauvaise qualité
1 +
2 + +
3 +
4 + +
5 + +
6 + +
Bonne qualité de la
7 litière dans l’aire de
stockage
8 +
9 + +
10 +
11 +
12 +
13 +
14 +
15 +
16 +
17 + +
18 + +
Pas spécialement lié

à l’aire de stockage
19 +
mais aux conditions
de ramassage
20 +
21 +
22 +
23 +
24 + +
25 +
26 + +
27 + +
180
28 +
Renouvellement récent de la litière:
Vétérinaires Oui Non Ne sait pas
1 +
2 +
3 +
4 +
5 +
6 +
7 +
8 +
9 +
10 +
11 +
12 +
13 +
14 +
15 +
16 +
17 +
18 +
19 +
20 +
21 +
22 +
23 +
24 +
25 +
26 +
27 +
28 +
Qualité des poussins de 1 jour dégradée à l’arrivée dans l’élevage:
1 +
2 +
3 +
181
4 +
5 +
6 +
7 +
8 +
9 +
10 +
11 +
12 +
13 +
14 +
15 +
16 +
17 +
18 +
19 +
20 +
21 +
22 +
23 +
24 +
25 +
26 +
27 +
28 +
Température ambiante excessive:
1 +
2 +
3 +
4 +
5 +
6 +
7 +
8 +
9 +
10 +
11 +
182
12 +
13 +
14 +
15 +
16 +
17 +
18 +
19 +
20 +
21 +
22 +
23 +
24 +
25 +
26 +
27 +
28 +
Défaut de ventilation:
1 +
2 +
3 +
4 +
5 +
6 +
7 +
8 +
9 +
10 +
11
12 +
13 +
14 +
15 +
16 +
17 +
18 +
19 +
183
20 +
21 +
22 +
23 +
24 +
25 +
26 +
27 +
28 +
Hygrométrie excessive:
1 +
2 +
3 +
4 +
5 +
6 +
7 +
8 +
9 +
10 +
11 +
12 +
13 +
14 +
15 +
16 +
17 +
18 +
19 +
20 +
21 +
22 +
23 +
24 +
25 +
26 +
27 +
28 +
184
Annexe 4 : Départements des vétérinaires ayant répondu au
second questionnaire
Vétérinaires Département
1 49
2 49
3 40
4 26
5 79
6 56
7 56
8 56
9 56
10 56
11 56
12 22
13 85
14 22
15 22
16 37
17 22
18 53
19 31
20 3
21 40
22 40
23 22
24 53
25 44
26 85
27 26
28 35
29 56
185
Annexe 5 : Informations non exhaustives relatives à la clientèle
des vétérinaires
Nombre de
suspicion de
Nombre de cas
cas
d'aspergillose
Nombre d’aspergillose Espèces ou type(s) de production Espèce
Vétérinaires confirmés par un
d'élevages (pas de suivis majoritaire
examen de
confirmation
laboratoire
au
laboratoire)
1 250 10 10 Reproducteurs 100%
2 250 0 20 pondeuse, reproducteurs (65%),
gibier
3 0 10 Poulet (60%)
4 100 5 3 Poulet, dinde, pondeuse, gibier Poulet (80%)
Poulet, dinde, canard, pintade, Poulet (30%)

5 200 10 18
pondeuse, reproducteurs, gibier Dinde (25%)
11
pondeuse
Une
16 Poulet, dinde, canard, pintade Poulet (60%)
centaine
19 Canard
20 Dinde
600-700
élevages
21 9 Poulet, canard Poulet (80%)
pour le
cabinet

22 350 11 1 Canard (65%)
pondeuse, reproducteurs, gibier
Une
24 Une vingtaine Poulet, dinde, canard, pintade
centaine
Reproducteurs 100% (palmipèdes Palmipède

25 95 3 3à5
chair, poules) (70%)
Une Poulet, dinde, pintade, canard,
26 4 Canard (30%)
centaine gibier, caille
29 300 1 cas au couvoir Poulet, dinde
186
une centaine,
Une Pondeuse
essentiellement à Pondeuse, Reproducteurs
centaine (80%°)
l'éclosion
Poulet, dinde, canard, pintade, Poulet (30%)
350 10
pondeuse, reproducteurs Dinde (25%)
135( 40 en
production
chair
standart,75 2 Poulet, dinde, pintade, pondeuse Poulet (60%)
en label et
25 en
poules)
300 0 Reproducteurs 100%
250 0 Poulet, dinde, canard, pintade Poulet (80%)
0 Reproducteurs, gibiers
Une
0 Reproducteurs 100%
trentaine
80 0 pas d'info
300 (pour Poulet, dinde, canard, pondeuse,

0
le cabinet) reproducteurs
Poulet, dinde, canard, pintade

0 (anecdotique), poulettes,
Une Poulet, pintade, canard,
0
centaine reproducteurs
Reproducteur 100% (dinde, pintade,
70 0 Dinde (80%)
pondeuse)
187
188
IMPACT DE L’ASPERGILLOSE
DANS LES ÉLEVAGES AVICOLES
Rhliouch Julia
Résumé
Aspergillus fumigatus, moisissure banale de l’environnement, est un pathogène opportuniste
majeur pour les oiseaux. Cette thèse présente dans un premier temps une synthèse
bibliographique des connaissances actuelles sur l’aspergillose des oiseaux d’élevage. Dans un
second temps, une enquête conduite auprès de 43 vétérinaires spécialisés en médecine aviaire,
a pour objectif d’évaluer l’importance de cette maladie sur le territoire français sur l’année
2012. Cette enquête a montré que l’aspergillose aviaire reste une maladie d’actualité. Elle
affecte majoritairement les dindes et les canards. Son apparition semble favorisée par
certaines conditions d’élevage (paille poussiéreuse, sous ventilation, surdensité) accentuées
pendant les saisons froides. L’aspergillose s’exprime surtout par des troubles respiratoires
dans sa phase aiguë comme chronique, bien qu’elle puisse devenir systémique. L’enjeu actuel
pour les vétérinaires de terrain concerne les mesures de lutte, en l’absence de traitements
autorisés sur les animaux. Ces résultats ont ensuite été confrontés à deux bases de données
issues de l’entreprise pharmaceutique Elanco et du Réseau Cristal.
Mots clés :
ASPERGILLOSE, QUESTIONNAIRE, PROFESSION VETERINAIRE,
AVICULTURE, BASE DE DONNEES, VOLAILLES
Jury :
Président : Professeur à la faculté de Médecine de CRETEIL

Directeur : M. Arné Pascal
Assesseur : M. Guillot Jacques
IMPORTANCE OF ASPERGILLOSIS IN POULTRY
FARMS
RHLIOUCH Julia
Summary
The fungal species Aspergillus fumigatus is considered as a major opportunistic pathogen in
birds. The first part of the present thesis is a bibliographic synthesis of actual knowledge on
aspergillosis in poultry. The second part includes a questionnaire-based survey driven to 43
veterinary practitioners specialized in avian medicine. This survey aimed to assess the
importance of aspergillosis in avian farms in France in 2012. This investigation confirmed
that aspergillosis remains a real problem especially in turkeys and in ducks. Predisposing
factors include certain conditions of animal husbandry (straw full of dust, under aeration, high
density) accentuated during cold seasons. Aspergillosis is a respiratory disease in its acute or
chronic form, although it can become systemic. The major concern for the practitioners is the
control of the disease, in the absence of treatments registered in animals. In a last part, the
results of the survey were confronted to two databases from the pharmaceutical company
Elanco and the “Cristal network”.
Keywords:
ASPERGILLOSIS, QUESTIONNAIRE, VETERINARY PROFESSION, POULTRY

FARMING, DATABASE, POULTRY
Jury :
President : Professor at the CRETEIL medical College

Director : Mr Arné Pascal
Assessor : Mr Guillot Jacques

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ÉCOLE NATIONALE VÉTÉRINAIRE D’ALFORT

L’IMPACT DE L’ASPERGILLOSE DANS LES

Présentée et soutenue publiquement devant

LA FACULTÉ DE MÉDECINE DE CRÉTEIL

DEPARTEMENT D’ELEVAGE ET DE PATHOLOGIE DES EQUIDES ET DES CARNIVORES (DEPEC)

DEPARTEMENT DES PRODUCTIONS ANIMALES ET DE LA SANTE PUBLIQUE (DPASP)

DEPARTEMENT DES SCIENCES BIOLOGIQUES ET PHARMACEUTIQUES (DSBP)

Au Professeur de la faculté de Médecine de Créteil,

A l’ensemble des confrères qui ont pris le temps de nous répondre,

A mon père et ma mère,

A Anne Sophie, Apolline, mes amis alforiens et arrageois,

TABLE DES MATIERES ......................................................................................................1

ADN Acide Désoxyribonucléique

ANSES Agence Nationale de Sécurité Sanitaire, alimentation, environnement, travail

AOP Appellation d’Origine Protégée

BALT Bronchus-Associated Lymphoid Tissues (tissus lymphoïdes associés aux

CAM Chorioallantoic membrane (Membrane Chorioallantoidienne)

CFU Colony Forming Unit (Unité formant colonie)

ELISA Enzyme Linked Immunosorbent Assay (méthode immmmuno-enzymatique)

EUA Etats Unis d’Amérique

GMQ Gain Moyen Quotidien

GMS Gomori Methenamine Silver

HES Hemalun Eosine Safran

OAC Œuf à Couver

PAS Acide Périodique Schiff

PBS Production Brute Standard

PCR Polymerase Chain Reaction (amplification en chaine par polymérisation)

SSP Service de la Statistique et de la Prospective du Ministère de l'Agriculture

TEC Tonne Equivalent Carcasse

Figure 1 : Principaux producteurs de viande de volailles dans le monde en 2011 (pourcentage de

Figure 4 : Principaux pays producteurs de viande de volailles dans l’UE à 27 en 2011

Figure 5 : Principaux producteurs d’œufs au sein de l’UE à 27 (pourcentage à partir de la

Figure 7a : Hiérarchisation et spécialisation pyramidale des élevages avicoles

Figure 7b : Exemple de croisements entre lignées sélectionnées permettant de générer des

Figure 8 : Organisation schématique d’un couvoir

Figure 9 : Secteur sale du couvoir : tri et vaccination des poussins

Figure 11 : Principaux modes de transfert de chaleur entre l’animal et l’ambiance

Figure 12 : Comparaison de l’efficacité du plumage chez le poussin et chez l’adulte grâce à la

Figure 13 : Démarrage en ambiance dans un élevage de poulets de chair

Figure 14 : Technique de thermographie infra rouge dans un bâtiment démarrage

Figure 16 : Culture d’Aspergillus fumigatus

Figure 18 : Polysaccharides composant la paroi d’Aspergillus fumigatus

Figure 19 : Caractéristiques ultrastructurales de la paroi du mycélium (a, b) et de la conidie (c, d)

Figure 20 : Conidiophore d’Aspergillus fumigatus en microscopie électronique à balayage

Figure 21 : Schéma d’une tête aspergillaire

Figure 22 : Cycle du développement des champignons du genre Aspergillus

Figure 24 : Importance de l’aspergillose parmi les maladies parasitaires et fongiques de la dinde

Figure 25 : Représentation de l’appareil respiratoire des oiseaux (sacs aériens et poumons)

Figure 26 : Vue dorsale des poumons de la poule

Figure 27 : Sacs aériens de la poule (injection au latex)

Figure 29 : Structure d’une parabronche et localisation des macrophages respiratoires

Figure 30 : Œufs infectés par A.fumigatus

Figure 31 : Aspect macroscopique de la membrane chorioallantoïdienne d’œufs embryonnés,

Figure 32 : Facteurs influençant la qualité de la litière et l’apparition de la maladie

Figure 33 : Récapitulatif des différents mécanismes impliqués dans la pathogénie de

Figure 34 : Dyspnée chez un poussin

Figure 36 : Différents signes cliniques possibles lors d’aspergillose

Figure 37 : Hyphes obstruant la lumière des parabronches

Figure 38 : Nodules aspergillaires sur les poumons de dinde

Figure 41 : Coupes histologiques de poumon de lapin atteint d’une aspergillose pulmonaire

Figure 43 : Technique d’évaluation du portage aspergillaire sur poumons

Figure 44 : Prélèvement au niveau des murs des salles d’éclosoir

Figure 45 : Présentation du questionnaire en ligne

Figure 48 : Nombre de vétérinaires ayant observé ou non des cas d’aspergillose