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A propos du décodage des musiques de protéines

Data · December 1990

DOI: 10.13140/RG.2.1.2239.6645

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Joël Sternheimer
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 A PROPOS DU DECODAGE
J. Sternheimer (1990)

Le décodage complet des musiques de synthèses protéiques est

une opération souvent difficile qui réclame en fait une oreille
musicale et un sens mélodique assez développés. Il s’agit rien
moins que de comprendre la fonction de chaque note dans
l’ensemble, la durée précise de cette note dépendant de l’onde
d’échelle qui la relie à cet ensemble. Il existe heureusement des
règles qui permettent d’effectuer cette opération en un nombre
fini d’étapes, et qui impliquent en fait la mise en évidence
d’échelles intermédiaires: pour chaque échelle intermédiaire il
existe en effet une onde d’échelle qui la relie aux autres et
entraîne, pour tout couple d’échelles deux à deux, l’existence
d’une périodicité correspondant à la durée du parcours de l’onde
d’échelle: à partir du moment où celle-ci existe, elle est
accompagnée d’"harmoniques" de vitesse moitié, tiers, etc... donc
parcourant l’échelle en des temps doubles, triples, etc... de la
durée de l’onde d’échelle primaire. Bien entendu cette interaction
est non linéaire, c’est-à-dire que la durée de chaque note va à
son tour rétroagir sur celle de la "période" ainsi mise en
évidence. Deux types de périodes existent ainsi chez les
protéines: l’une correspond à une synchronisation avec la
transcription de l’ADN en ARN messager, dont on connaît l’aspect
biologique (ce que l’on appelle parfois "l’arbre de Noël" de la
synthèse, bien visible dans certaines situations, cf. V. E. Foe et
al., Cell 9, p.131, 1976; B. Alberts et al., Molecular biology of
the cell, Second edition, Garland 1989, p. 540) :lorsqu’une
protéine est synthétisée à répétition, cette synthèse est
régulièrement "relancée" au stade de la transcription au bout d’un
certain nombre de bases, donnant au filament d’ADN accompagné des
fragments d’ARN en cours de transcription une allure
caractéristique évoquant effectivement un sapin de Noël.
Physiquement, on a alors une augmentation de l’amplitude quantique
(proportionnelle à la racine carrée du nombre de molécules
synthétisées en même temps) ce qui va se traduire, au niveau de la
protéine, par une "accentuation" périodique: musicalement, on
reconnaît ici la notion de mesure, et l’on comprend donc que les
styles rythmiques vont se trouver visibles dans l’ADN: à un style
rythmique donné va ainsi correspondre un "usage des codons"
particulier (la réciproque n’étant pas nécessairement vraie, et en
fait fausse en général); ce style rythmique étant statistiquement
corrélé aux autocorrélations de bases visibles sur l’ADN (qui
donnent une mesure statistique du carré de l’amplitude quantique
associée).

L’autre type de période correspond à la protéine elle-même:

c’est sa "respiration", liée à ses propriétés harmoniques
impliquant l’apparition de cadences musicales; en d’autres termes,
le phrasé musical. Si bien entendu, les deux types de périodes
vont avoir intérêt (biologiquement) à s’accorder, nous obtenons
ici ce qui est dans la pratique le principal type de contrainte
permettant d’obtenir les durées des notes: la nécessaire
adaptation entre le phrasé et la mesure. Remarquons qu’il n’en va
pas autrement en musique: c’est le phénomène bien connu de
l’"allongement des voyelles" qui se produit lorsqu’on veut mettre
en musique un texte parlé; ceci a bien sûr une fonction
biologique, le phrasé du texte dépendant de la respiration, et la
mesure du rythme cardiaque (pouls). Tous les organismes ont en
conséquence une adaptation nécessaire de ces deux rythmes l’un à
l’autre.

Dans la pratique donc, c’est le phrasé que l’on déterminera

en premier: on peut commencer par "essayer" plusieurs périodes (en
nombre d’acides aminés) possibles, en commençant par exemple par
celle que donnent les autuocorrélations d’acides aminés; mais avec
un peu d’habitude on apprend vite à reconnaître (à l’oreille) les
principales cadences et la tonalité. Là-dessus il faut essayer de
faire "coller" une rythmique: on peut là aussi commencer par celle
que donnent les autocorrélations de bases de l’ADN; mais là aussi
on apprend assez vite à reconnaître mentalement les notes
accentuées. A noter toutefois une difficulté: il est parfois
difficile de savoir si l’on commence par un temps fort ou une
anacrouse; on observe alors généralement la même ambiguïté dans
l’ADN, c’est-à-dire que les autocorrélations diffèrent pour
certaines bases, en principe C et G d’une part et A et T d’autre
part: c’est-à-dire que le résultat dépend du contexte, CG-riche ou
AT-riche. On peut supposer que cela est relié à la fonctionnalité
de la molécule, qui dépend effectivement de l’endroit où elle est
synthétisée. Bien que quelques exemples paraissent confirmer ce
point, il s’agit tout de même là d’un point assez secondaire.

Bien que les propriétés statistiques dont nous venons de

parler (autocorrélations de bases et d’acides aminés) puissent
servir de guide à un décodeur débutant, il vaut mieux selons nous
apprendre à décoder à l’oreille, et vérifier ensuite la
correspondance avec les autocorrélations. Pour les
autocorrélations d’acides aminés, la correspondance se produit,
sur l’ensemble des protéines, environ une fois sur deux; si cela
est bien meilleur que ce que donnerait le hasard (les périodes
liées au phrasé varient entre deux et seize acides aminés, huit
étant prédominant), la raison principale en est que le repliement
spatial de la protéine après sa synthèse implique lui aussi des
corrélations (correspondant aux "couleurs", dont nous parlerons
plus loin: la vérification implique donc d’avoir fait le travail
complet de décodage, incluant les couleurs. Nous savons d’autre
part que musique et couleurs sont loin d’être les seuls facteurs
épigénétiques influençant la synthèse des protéines, et ignorons
pour le moment l’importance des autres quant aux régularités
observables dans les séquences; néanmoins le rôle des musiques de
protéines est prédominant (et le plus facile à décoder avec
précision). Pour les autocorrélations de bases, cela est plus
difficile à savoir, mais nous pensons que le pourcentage est
supérieur à une fois sur deux.

Dans la pratique on procédera donc ainsi: on entre la

séquence de notes sur un appareil tel qu’un Casio possédant une
touche "one key play" (ou un ordinateur programmé à cet effet); on
repère sur la séquence les indices visibles de cadences: cadence
de fin du signal peptide, d’abord (règle vérifiée dans presque
tous les cas); cadences F-S manifestes (résolution de
dissonnance); en stimulation, fréquemment les paires de glycines
(théoriquement une cadence dans 60% des cas, chiffre assez bien
vérifié en pratique); en inhibition, les arginines et tyrosines
(la tonalité de ré mineur étant de loin la plus fréquente mais
attention, elle n’est pas la seule): une succession de trois
(arginine ou tyrosine), par exemple, dénote presqu’immanquablement
une cadence en inhibition; les alanines en stimulation lorsque la
tonalité est do majeur (attention! une prédominance de
phénylalanines -- note si -- sur les histidines --note si bémol --
n’est pas une indication suffisante de do majeur, on a souvent un
fa modal avec la quinte diminuée, comme dans les kératines par
exemple qui donnent des musiques de "style africain" très
reconnaissable).

Puis on décode en faisant défiler la suite des notes. Bien

souvent, un motif mélodique s’impose de lui-même: la protéine est
très musicale et le décodage au départ assez facile, en tout cas
pour trouver la "période". Sinon, on essaye plusieurs valeurs de
périodes possibles jusqu’à obtenir une progression mélodique
logique (du style question - réponse ou tonique - dominante -
tonique) qui "retombe sur ses pieds". 4, 8 et 16 sont les valeurs
les plus courantes, mais aussi 6, 7, 5, 10, etc.... Deux cas
peuvent se présenter: cela marche ou pas. Bien souvent il suffit
alors, dans le second cas, de rectifier les inégalités manifestes
de périodes pour obtenir un enchaînement logique de cadences, ce
qui amène déja à allonger certaines notes par rapport à d’autres.
Ensuite on cherche à déterminer les temps forts, et on égalise les
temps. Il s’agit là de l’opération la plus importante: les temps
forts sont des notes généralement pivot sur le plan harmonique, et
de ce fait généralement conservées dans l’évolution et dans les
répétitions de périodes, ce qui fournit une façon de les
déterminer en "autosuperposant" les mélodies (il s’agit là d’un
procédé fort utilisé en musicologie notamment par l’école de
Vincent d’Indy; je remercie ici Alain Royer qui me l’a signalé).
En égalisant les temps, les durées des notes en découlent, du
moins au niveau d’une partition musicale. Mais cela est encore
insuffisant: il reste à déterminer la rétroaction des notes sur la
durée des temps et de la mesure, qui provient justement d’une
certaine régularisation de la variation des durées. C’est ce que
fait dans la pratique tout interprète de musique: et l’on observe
bien des règles à ce propos, comme une note sur deux plus longue
en rythme binaire et une sur trois en rythme ternaire, et le
 ralentissement qui précède la fin des morceaux (cf J. Sundberg et
V. Verillo, J. Acoust. Soc. Am. 68, p. 772, 1980; C. Palmer, J.
Acoust. Soc. Am. 85, p. S-66, 1989). Tous ces effets ont une
fonction, qui est d’optimiser en définitive le parcours de l’onde
d’échelle en faisant exprimer une chose précise à la musique à
toutes les échelles, cette chose précise étant son effet
physiologique (au niveau moléculaire).

Ici nous pouvons faire une remarque importante: ayant compris

ce qui détermine les durées des notes chez une protéine, nous
pouvons optimiser le processus pour cette protéine (c’est-à-dire
en la considérant comme isolée, indépendamment des modifications
provenant de la présence des autres -- cf le paragraphe
superposition), ce qui revient, effectivement, à la singulariser
vis-à-vis de cet ensemble dans le but d’agir sur elle par exemple.
(On la fait, littéralement, "jouer en soliste"). Dans la nature,
c’est en fait ce qui se passe chez les espèces "spécialistes" dont
nous avons déja parlé: la vache pour le lait, les épinards pour le
fer, etc... qui sont en quelque sorte "orientées" vers la
production de la ou des protéines correspondantes, qui atteignent
alors un niveau musical très élevé. Commes nous le verrons, c’est
là la base de l’action thérapeutique des "musiques de protéines"
transposées à notre échelle, ce qui en précise en même temps les
dangers. Il existe deux façons de prendre en compte ces dangers:
soit composer de la musique soi-même ou écouter une musique
composée que l’on aime (ce qui revient à un auto-équilibrage
naturel); soit compléter l’écoute d’une "musique de protéine"
transposée par un changement approprié de comportement, ce qui
correspond alors à une véritable "guérison". Si cet aspect déborde
du cadre du présent exposé, il n’en correspond pas moins à un
véritable "protocole d’application" de ses produits. Signalons
simplement que c’est là que l’aspect sémantique des musiques prend
toute son importance: correspondance avec une civilisation, une
culture, et les valeurs privilégiées dans cette culture.
Réciproquement, les épidémies se trouvent bien souvent
correspondre à des valeurs niées à une époque donnée; vis-à-vis
desquelles des artistes savent souvent intuitivement réagir. Ainsi
le thème de la chanson à succès récente "Eve lève-toi" n’est autre
que celui de l’enveloppe du virus HIV-2 en inhibition (et l’on
peut citer maints exemples similaires)!

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