Le modèle mathématique de Hardy-Weinberg

Compte rendu du TP 01
Thème 3 Chapitre 9

Par Tom Romeuf, Dorian Gibielle, Quentin AUDOUIT, Tgen 2

En biologie l’étude d’espèces animales se fait à l’aide de différents modèles qui nous permettent, à
l’aide de données prélevées, de se rapprocher un maximum de la réalité en faisant des simulations. Tout
d’abord, dans cet exercice nous traiterons d’une espèce avec des cellules diploïdes, qui comportent deux paires
de chromosomes homologues. Comme le proposent les scripts, on peut étudier séparément l’impact de la dérive
génétique qui est l'un des mécanismes de l'évolution qui aboutit à la création de nouvelles espèces à partir de
populations d'individu. Et de la sélection naturelle, pour, finalement, les mettre en corrélation dans un même
graphique. On de demandera donc, comment évolue les fréquences alléliques dans une population d’une espèce
diploïde dans le modèle de Hardy-Weinberg, dans un contexte de dérive génétique et sous l’influence d’une
sélection naturelle ? En premier on se penchera sur le modèle de Hardy Weinberg. Ensuite sur l’effet de la
dérive génétique. Puis nous verrons l’effet d’une force de sélection naturelle. Nous terminerons par un dernier
point sur la dérive génétique et la sélection naturelle.

1- Le modèle de Hardy-Weinberg dans une situation de panmixie

1.1)
La ligne 25 correspond à l’initialisation du calcul de la proportion moyenne d’individu portant les allèles
AA et Aa. Cela permet d’initialiser la variable “p”.
La ligne 26 correspond à l’initialisation de la variable “q”, comme étant le reste de la proportion de “p”
par rapport à 1.

1.2)
La ligne 27 correspond à la valeur p au carré elle permet d’initialiser la variable d. C’est le premier
membre de la loi de distribution génotypique.
La ligne 28 correspond à l’initialisation de la variable h qui est égale à “2*p*q”. C’est le deuxième
membre de la loi de distribution génotypique
La ligne 29 correspond, quant à elle, initialisation de la variable “r” définie comme étant égale à “q” au
carré c’est le dernier membre de la loi de distribution génotypique.

1.3)
Fréquence des Fréquence des Fréquence des
individus AA individus Aa individus aa
G0 0.125 0.5 0.375
G1 0.14062 0.46875 0.39062
G10 0.14062 0.46875 0.39062
G50 0.14062 0.46875 0.39062
G100 0.14062 0.46875 0.39062

1.4)
La fréquence des individus AA elle augmente puis reste stable à partir de la seconde génération.
La fréquence des individus Aa elle diminue puis reste stable à partir de la seconde génération.
La fréquence des individus aa elle augmente puis reste stable à partir de la seconde génération.

1.5)
Fréquence des Fréquence des Fréquence des
individus AA individus Aa individus aa
G0 0.14286 0.57143 0.28571
G1 0.18367 0.48980 0.32653
G10 0.18367 0.48980 0.32653
G50 0.18367 0.48980 0.32653
G100 0.18367 0.48980 0.32653
1.6)
La fréquence des individus AA elle augmente puis reste stable à partir de la seconde génération.
La fréquence des individus Aa elle diminue puis reste stable à partir de la seconde génération.
La fréquence des individus aa elle augmente puis reste stable à partir de la seconde génération.

1.7)
Fréquence des Fréquence des Fréquence des
individus AA individus Aa individus aa
G0 0.15789 0.52631 0.31579
G1 0.17728 0.48753 0.33518
G10 0.17728 0.48753 0.33518
G50 0.17728 0.48753 0.33518
G100 0.17728 0.48753 0.33518

1.8)
La fréquence des individus AA elle augmente puis reste stable à partir de la seconde génération.
La fréquence des individus Aa elle diminue puis reste stable à partir de la seconde génération.
La fréquence des individus aa elle augmente puis reste stable à partir de la seconde génération.

1.9)
Il est considéré comme infini. De plus tous les facteurs extérieurs ne sont pas pris en compte.

1.10)
Dans le modèle de Hardy-Weinberg, seule la première génération apporte une modification. Dès la
seconde, les proportions des allèles sont constantes.

2- Effet de la dérive génétique

2.1)
Les lignes 43 et 44 de ce script permettent de définir une variable aléatoire qui suit une loi binomiale.

2.2)

Les différences dérives font diverger les résultats. Contrairement à la situation de panmixie, les
proportions des différents allèles ne sont pas stables.

2.3)
 Les différences dérives font légèrement diverger les résultats. Les fréquences des allèles sont plus
stables mais divergent par rapport à la situation de panmixie.

2.4)

Les différences dérives font très légèrement diverger les résultats. Plus les valeurs augmentent plus les
résultats sont stables.

2.5)
Plus le nombres d’individus reproducteurs augmente. Plus nos résultats se stabilisent à proximité de la
situation de panmixie.

3- Effet d’une force de sélection naturelle

3.1.1)
Ces lignes du programme permettent de modéliser le modèle de Hardy-Weinberg.

3.1.2)
 L'effet de sélection naturelle permet à l’allèle A de mieux se développer On a donc une forte
augmentation des génotypes AA. Au contraire, les génotypes aa diminuent. Les génotypes Aa sont donc
moyennement présents car L’allèle A se développe en grande quantité et celle-ci peut donc cohabiter avec les
allèles a.

3.1.3)
 On remarque que l’augmentation des valeurs de référence permet un affinage des résultats. L'effet de
sélection naturelle permet à l’allèle A de mieux se développer On a donc une forte augmentation des génotypes
AA. Au contraire, les génotypes aa diminuent. Les génotypes Aa sont donc moyennement présents car L’allèle
A se développe en grande quantité et celle-ci peut donc cohabiter avec les allèles a.

3.1.4)

Encore une fois, l'effet de sélection naturelle permet à l’allèle A de mieux se développer On a donc une
forte augmentation des génotypes AA. Au contraire, les génotypes aa diminuent. Les génotypes Aa sont donc
moyennement présents car L’allèle A se développe en grande quantité et celle-ci peut donc cohabiter avec les
allèles a. Cependant les grandes valeurs nous permettent une meilleure fiabilité dans les résultats.

3.1.5)
L’augmentation du nombre d’individus reproducteurs de la génération de départ permet une meilleure
fiabilité et précision de nos résultats dans la simulation.

3.2.1)
S AA Aa aa
-0.005 Valeur basse Valeur haute Valeur haute
et fortement et fortement et fortement
décroissante décroissante croissante
-0.001 Valeur basse Valeur haute Valeur haute
 et décroissante et décroissante et croissante
0.001 Valeur basse Valeur haute Valeur
et légèrement et constante moyenne et
croissante légèrement croissante
0.005 Valeur basse Valeur haute Valeur
et et décroissante moyenne et
fortement Décroissante
croissante
0.008 Valeur basse Valeur haute Valeur
et fortement et fortement moyenne et fortement
croissante décroissante décroissante
0.01 Valeur basse Valeur haute Valeur
et très fortement et fortement moyenne et très
croissante décroissante fortement
décroissante

3.2.2)
On peut voir que l’augmentation de la valeur de la force de sélection naturelle la présence de l’allèle A
augmente aussi. Si la force est négative, la présence de l’allèle A diminue, ce qui a pour conséquence
d’augmenter en proportion la présence de l’allèle a.

4- Effet de la dérive et d’une force de sélection naturelle

4)
En faisant fonctionner le programme on peut observer un cumul de la sélection naturelle et de la dérive
génétique, avec des valeurs faibles (P1 = 100 ; P2 = 400 ; P3 = 300 ; S = 0,005) on remarque de fortes
variations à court terme dues à la dérive génétique, cependant, sur la durée, c’est la sélection naturelle qui a le
plus d’incidence.
 Ainsi, nous avons pu découvrir le fonctionnement du modèle de Hardy-Weinberg, en comparant les
situations de population faibles et les situations de panmixie, on remarque que la fiabilité du modèle augmente
proportionnellement à la taille des échantillons de population choisis. En ajoutant progressivement les effets de
la dérive génétique puis ceux de la force de sélection naturelle sur un allèle A. Nous avons pu en déduire que la
dérive génétique influait grandement sur les proportions alléliques à court termes mais que pour un grand
nombre de génération son influence diminuait. Au contraire, la force de sélection naturelle a peu d’impact sur
quelques générations, cependant, lorsqu’on atteint une soixantaine de générations son impact devient majeur
pour l’espèce. En effet, la fréquence allélique de l’allèle étudié (A) augmente considérablement. Ce modèle
comporte tout de même certaines limites, notamment par la modélisation des catastrophes naturelles et autres
phénomènes environnementaux ponctuels.
Dorian GIBIELLE, Quentin AUDOUIT et Tom ROMEUF