CoLLEcrtoN GRENoBLe SctENcES

orRrcÉe PAR JEAN BoRNAREL

ENZYMOLOGIE
MOLECULAIRE
ET CELLULAIRE
TOME I

I Jeannine YON-KAHN
Guy HERVÉ
 Teorc DEs MATIEREI

lNraopucnoN oÉNÉBerc

PnnIr I - THTnuoDYNAMIQUE oeg BÊ.NCI ONo ENZYMATIQUES

1 - Rerrrt DEg pRtNctPEg THERMODYNAMIQUEI - NOrtOr't o'ÉQutt1Be CHIM\QUE..........2l

1.1. Rappet àeo prinaipea thermoàynamiquee..........-. """""""21
1.1. I . Premier principe ................ """"""""""""'21
1.1.2. Deuxième principe """""""'22
1.1.3. Troisième principe """""""'24
1.1.4. Energie libre.............. .i.......""""""' """""'25
1.2, Notion à'équitibre' Energie libre etanàarà """"""""""""26
1.3, Détermination expérimeniale àee paramètres thermodynamiquea 28
1.3.1. Variation d'enthalpie.'.. """"28
| .3.2. Variation d'énergie libre .............. """""""29
1.3.2.1. Analyse thetmochimique-............... """"""""29
t.3.2.2. Etudedel'équilibre. """"'"""'30
Mesuredirectedutravailfourniparlesystème"""""""""" """""""""""'31
1.3.2.j.
1,4, Réaationa aoupléea....... """""'33
1.4.1. Défrnition du couplage énergétique... """"33
1.4.2. Rôle de I'ATP............ """""'35
1.4.3. Energie libre d'hydrolyse de quelques composés phosphorylés """""36
1.4.4. Quelques exemples de couplage énergétique... """""""'38
1.4.4.1. Formation L'ATP à panir de l'énergie d'oxydation des aliments .................38
1.4.4.2. Utilisationdet'éneigiedeI'ATPpourletravailchimique"""" """""""""'39
1.4.4.3. Travail osmotique ........'....... """"""""""""'40
1,4.4.4. Travail mécanique...... """"""'40
Eibtiographie """"""""'41

2 - EauuoREg D'AggoctATIoN PRorÉtNE'LtoANDg """"""""""43

2.1, Protéine poeoéàant un seul site àe fixation pour le li6anà """""' """"43
2,2. Protéine poeoéàant pluaieuro aitea équivalente et inàépenàanta..................'.........'44
2,3. Protéine poeeéàant n çitea inàépenàanta et non'équiva\ents """""""""""""""""'41
 ENzf MoLootE MolÉcuLAIRE ET cELLULATRE

2,4, Protéine poeaéàant n aites équivalente maia

àépenàanta.........................................49
2.4.1. Sites équivalents présentant une dépendance
électrostatique.............. .......................49
2.4.2. Sites équivalents présentant des interactions
stériques ou conformationnelles.........50
2.4.2.1. Aspectphënoméno1o9ique................ ..............50
2.4.2.2. Energie d'interaction entre les sites ...............53
2.4.2.3. Les équations empiriques..... ..........................53
2,5, Fonationç liéee .........................55
2,6, Méthodes d'étude àe fixation de tigande ..........................58
2.6.1. Dialyse à l'équilibre .. ........... 58
2.6.2. Dialyse dlmamique.... .....:.....59
2.6.3. Mesure des interactions protéine-ligand
dans un système biphasique eau-polynère .....................62
2.6.4. Chromatographie d'exclusion par la taille............. .........63
2.6.5. Ultrafiltration ........................63
2.6.6. Ultracentrifugation............. ........................64
2.6.7. Méthodes spectrophotométriques directes ......................64
2.6.8. Titrage direct du nombre de sites actifs............. ..............65
2.6.9. Interprétation des données expérimentales.................... ........................65
Bibliographie ........
:............ .................69

5 - Les ÊrBes wvANTg, ayorÈMEs ouwRTg ....:................. ........71

3.1. Les êtree vivanta çont àea ayatèmee ôuvefie, loin de l'équi1ibre................................71
3.1.1. Conservation de la masse dans les systèmes ouverts.......... ..................73
3.L2. Conservation de l'énergie dans les systèmes ouverts :
expression du premier principe............. ...........................74
3.1.3. Production d'entropie daas les systèmes ouverts : second principe................. ..........74
3.1.4. Production d'entropie due aux réactions chimiques : I'affinité chimique .................77
3.1.5. Production d'entropie et vitesse des phénomènes irréversibles.................................79
3.1.5.1. Lesphénomènesirréversiblesauvoisinagedel'équilibre.. ....................:.....79
3.1 .5.2. Les phénomènes irréversibles loin de l'équilibre .................. ....................... 83
3.2, Eahange de mat'ière et à'énergie avec I'environnement ..........................89
Eibliographie

PRnlr ll-EruoescrNÉTreuEg DEo RÊ.ACTroNs ENzyMATteuEe EN eoLUTtoN

4 - CwÉnauE cHtMreuE ......................95

4.1, Oràre àèo réactione ahimiquea..... ................95
4.1.1. Loi fondamentale de la cinétique chimique ....................95
4.1.2. Détermination de I'ordre d'une réaction................... ............................96
4.1.3. Réactions du premier ordre............. ...........99
4.1.4. Réactionsréversibles dupremierordre............. ............ 101
4.1.5. Réactions d'ordre I simultanées ..............102
4.1.6. Réactions du second ordre............. ..........104
4.1.6.1. Premier cas : a01b0.......... .......................... 104
4.1.6.2. Deuxième cas : ao: bt.....,.... ....................... 105
 nfil
IAâLE oÉs MAT|ÈRE9

108
...............1 I 1

5.1.
5.1.1.
5.1.1.1 .

5.1.1.2.
).1.1.J.
s.1.1.4.
5.r.2.
5.2.
5.2.1.
5.2.2.
 ENZyMoLoGtE MoLÉcuLAtRE ET cEtLULATRE

5.4.2. Exemple : réactions enzynnatiques catalysées par les protéases à sérine......... ........162
5.4.3. Signification des paramètres cinétiques ........................163
5.4.3.1. Acylation limitante : k, << kr....... ................163
5.4.3.2. Désacylation limitante : kr>> f, .................. .....................164
5.4.4. Détermination des constantes cinétiques élémentaires. ......................L64
5.4.5. Etude de la compétition nucléophile .......165
5.4.5.1. Etude de la compétition nucléophile dans le cas où il n'y a pas de site de I'eau
et de ses ana1ogues............j............... ..........166
5.4.5.2. Détermination des paramètres cinétiques dans le cas où existe un site de I'eau
et de ses analogues...... ..........170
5.4.6. Etude cinétique de l'état préstationnaire : titrage des sites actifs des enzymes.......176
5.4.7. Généralisation à n intermédiaires ............179
5.5, Réaationa enzymatiquee à àeux aubstrats.... .................179
5.5.1. Nomenclature ................... ........................ 180
5.5.2. Schémas linéaires........ .......181
5.5.2.1. ordonné.....
Mécanisme Bi Bi .......................181
5.5.2.2. ordonné
Mécanisme Bi Bi Iso .......................181
5.5.2.3. ping-pong..
Mécanisme Bi Bi .......................181
5.5.2.4. Mécanisme Tazonsu-CutNc8................ .....182
5.5.3. Schémas branchés : mécanisme Bi Bi au hasard ..........182
5.5.4. Etude cinétique dê quelques réactions à deux substrats .....................182
5.5.4.1. Mécanisme Bi Bi ordonné..... .......................182
5.5.4.2. Mécanisme ping-pong Bi 8i....... ..................186
5.5.4.3. Un schéma branché : le mécanisme Bi Bi au hasard (Bi Bi random) ..........188
5.5.5. Schémas homéomorphes - Comment lever I'ambiguilé
de la réponse cinétique ?.................... ...... 191
5.5.5.1. Etude des inhibitions par les produits de la réaction : règles de CLvr,quo.........................191
5.5.5.2. Etude de I'association des substrats à I'enzyme ..................193
5.5.5.3. Etude des étapes transitoires par cinétique rapide........ .......193
5.5.6. Quelques exemples....... ......193
5.5.6.1. LaL-aspartate-2-oxoglutarateaminotransféra,re.................. ...................193
5.5.6.2. L'hexokinase de levure ..........196
5.6, Analyae statiatique àea àonnéea expérimenta1es.................... ............198
5.6.1. Quelques définitions..... ......199
5.6.2. La régression linéaire simp1e.......... .........199
5.6.3. La régression multilinéaire ......................201
5.6.4. Analyse d'une régression non-linéaire................. .........201
5.6.5. Vérification de l'adéquation du traitement.................. ........................202
5.6.5.1. Examen des valeurs résiduelles ..... ...............202
5.6.5.2. Lefacteur depondérationwi.................. ......204
5.6.5.3. Stratégie génërale ............... ........................204
Eibliographie ............ ......... ...............204

6 - MÉruoDEs ExpÉRtMENTALEs D'ÉT:DE DEo RÉAC-noNg aNlyMATreuEg.....................207

6.1. Méthoàea dieaontinues .........208
6.2, Méthodee aontinuee ..............208
6,5. Doaagea enzymatiqqeo couplée .................210
 T A9LE DEs MATIERE9

6.4. Méthodes de f1ux........... """"'216

6.4.1. Principe généraTdesméthodesdeflux.......... """""""""""""""""""217
6.4.2. epparells a flux continu.. """"""""""""'217
6.4.3. Appareils de stopped-flow...............' """'218
6.4.4. Appareils de quénched-flow.............. """219
6.4.5. C.itOre d'homàgénéité du mélange """""220
6.4.6. Quelques problèmes techniques """""""220
6.5, Méthoàes àe relaxation...........""" """""""221
6.5.1. Principe des méthodes de relaxation """'221
6.5.1.1. Perturbationtransitoire...... """"""""""""'222
6.5.1.2. Perturbation alternative """"223
6.5.2. Principales méthodes de relaxation """"""""""" """"'224
6.5.2.1. Retaration thermtque.......'...""""' """""""'224
6.5.2.2. Choc de pression.--.....'........' """""""""""'225
6.5.2.3. Autres méthodes de relaxation """"""""""'225
6.5.3. Traitement des données cinétiques ""' ""'226
6.5.3.1. Réactions àn étapes consécutives """"""" """"""""""""226
d'ordre I à une étape : isomérisation """""' """"227
6.5.3.2. Rëaction îta
6.5.3.3. Rëaction bimoléculaire à une étape """"""'
6.5.3.4. Réactionbimoléculairesuivied'uneisomërisation""""""" """""""""""229
6.5.3.5. Equilibre de dimérisation """"""' """""""'231
6.5.j.6. Analyse des donnëes de relaxation """""""'232
thermique
6.5.3.7. Exemple d'étude d'une réaction enzymatique au moyen de la
relaxation """""233
6.6. Etuàe dea réaationa enrymatiquea aux basaea températuree
:

aryoenzymologie ................ """"""""""'i ""'235

6.7. Etude àes réactione enzymatiqueo eoue haute preoaion """"""""""""""""""""'236
6.7.r. Principe........ """""""""""'236
6.7.2. Volume d'activation.. """"'238
6.7.3. Appareillage """""""""""'239
241
Bibliographie

PRMT III - FONI'AATION ET gTRUCTURE DU CENTRE ACTIF DEq ENZYMES

245
7 - Oruawr DEg ENZYMEI ET ÉvoLUTtoN....."""""""""
7,1, Echelle de temPe àe l'évolut'ion """""""""'245
>...................""""'247
7,2. Chimie àu prébiotique dans t'hypothèoe de la << aoupe originelle
7.2.1. Formation de quËlqrres molécules organiques simples""""' """""""247
7.2.2. Formation de macromolécules"""""' """248
7.2.2.1. Formation abiotique de polypeptides """"""249
7.2.2.2. Formationabiotiqueannu"îeitia^etacidesnucléiques""" """"""""""'250
7.2.3. Discussion ,* ù nut*" des premières molécules biologiques.. """"250
7.3. Théorie àu métabotisme de surfaae """""""""'
"""""""253
7.3.r. Les métabolistes de surface autotrophes "
<< >> """""""'255
7.3.2. Le changement vers un métabolisme cellulaire """"""257
7.3.3. Evolutiù génétique......
de l'appareil """258
7.3.4. Propriétés catalltiques des ARN """"""'262
 ncnv ENZyMotoGtE MoLÉcuLArRE ET cELLULATRE

7,4, Chiralité àea moléculee biologiquea ............264

7,5, Autreo théories aur l'origine àe la vie........ .......................265
Bibliographie ...............267

O - FoBuertoN DE LA grRucruRE FoNcnoNNELLE DEg ENZyMEI :

ÉvÉNeurNrs co- ET poor-TRADUcrroNNELo... ..................269
8.1, ?roceseue aovalents..... .........270
8.1.1. Protéolyses limitées......... .........................270
8.1.2. Modifications chimiques... .......................2i5
O.2, Proceaoua non-cova1ent6.............. ..............280
8.2.1. Repliement des protéines .........................280
8.2.2. Assemblage des sous-unités.................. .........................282
Eibliographie ...............283

9 - TorotoorE DU IENTRE AcrtF DEs ENZrMEI ........................285

9.1. Approche cinétique - Analyae àea profits àe pH........... ........................287
9.1.1. Effet du pH sur l'état conformationnel de la protéine ........................288
9.1.1.1. Dénaturation irréversible ......288
9.1.1.2. Dënaturationréversible....... ........................288
9.1.1.3. Ionisation de groupes qui interviennent spécifiquement dans la conformation active
de I'enzyme.... .......................288
9.1.2. Etats d'ionisation du substrat ...................29C
9.1.3. Effet du pH sur les associations enzl'rne-substrat.............. .................290
9.1.4. Effets du pH sur l'ionisation des groupes catalliques.. .....................292
9.1.4.1. Réactions enzymatiques comportant un seul intermédiaire ........................292
9.1.4.2. Réactions enzymatiques impliquant deux complexes intermédiaires .................................296
9.L4.3. Réactions enzymatiques comportant plusieurs complexes intermédiaire^r................... .......298
9,2, Approche chimique àe l'étuàe àu centre aatif àea enzymee....... .........298
9.2.1. Principe du marquage chimique ..............299
9.2.1.1. Effexdumicroenvironnementsurlesgroupesfonctionnelsdelaprotéine........................299
9.2.1 .2. Effet du microenyironnement sur le réactif............ ..............303
9.2.1.3. Conditions requises pour la conduite d'une modification chimique ............304
9.2.2. Stratégie des modifications chimiques.................... ......305
9.2.2.1. Marquage par un substrat, un quasi-substrat ou un coenzyme .........................................305
9.2.2.2. Marqueurs d'ffinité ..............309
9.2.2.3. Marquage par photoffinité .........................314
9.2.2.4. Réactifs suicides.......... ..........318
9.2.2.5. Marquage direct par des réactifs sé\ectifs.......... .................320
9.2.2.6. Marquage différentiel ................... ...............320
9.2.2.7. Principales réactions des chaînes latérales des acides aminés........... ........321
9.2.3. Critères utilisés pour l'interprétation des résultats........ ......................342
9.2.3.1. Inactivation stæchiomëtrique ................... ..........................342
9.2.3.2. Protection spécifique contre I'inactivation.. ........................343
9.2.3.3. Analyse cinétique des résultats... ..................343
9.2.3.4. Réversibilité de la modification chimique et de la perte d'activité ..............352
9'3. Utilisation àes méthoàea àe mutaqenèae dirigée pour l'étuàe àu centre aatif
dea enzymee .....352
 lAoLeDEs MATIEREg

9.3.1. Méthodologie """""""""""352

g.3.2. Stratégie....... """""""""""'354
g.3.3. Quelques exemples...... """'354
g.4, Etuàea structuralea par raàiocriataltographie et réaonanae magnétique nucléaire-
- -
àu aentre aatif àea enzymee"""' """"""""355
Eibtiographie """""""'358

Tour ll

Pnnrtr lV - Ln FoNcrloN cATALYTIQUE

1NTR1DUCT(1N................... """"""""""'365

1O - FoB,u,qrtoN DEg coMPLExEg ENZYME auEorRAT """"" """"""""""""'371

1O.1. Nature àes foraes intervenant
àane les aaaociationa enryme'aubotrat"""""""' """""372
10.1.1. Forces d'interactions électrostatiques""""""""" """""373
10.1.1.1. Interactionsentredeuxionsouinteractionscoulombiennes........."" """"'373
10.1.1.2. Interactions entre un ion et un dipôte """""" """"""""""'314
?16
1 0. l. l. 3. Interactions entre dipôles
permanents
10.1.2. lntetactionsd'induction ""'377
10.1.2.1. Interactionentreunionetundipôleinduit ' """"""""' "371,
de Dt'svr
I0.l.2.2. Interactions entre un dipôle et un dipôle induit ou
interactiçns """"""""""""'379
10.1.3. Interactionsélectro.ùétiqrr", oo fo."., de dispersion de LoNloN """"""""""""'379
10.1.4. Interactions répulsives à courte distance"""" """""""'380
10.1.5. Laliaisonhydrogène"" """382
10.1.6. Interactions hydrophobes' """"""""""""384
10.1.7. Laliaison covalente.""' """385
10.1.8. Détermination de la nature des interactions enzlnne-subsffat """""""""""""""""385
1O,2. Energétique àea aosociationa enzyme'oubotrat"""""""' """""""""'390
1O,3. Méaanismea d'aasoaiation enzyme-aubairat""""""" """"""""""""'395
10.3.1. Théorie de l'ajustement induit"' """""""396
t0.3.2. Théorie du < rack > ou du ( straln ))

(distorsions ou contraintes dans le substrat)"""" """""398

10.3.3. Théorie du < rack dynamique )) """""""""' """""""""399
399
Bibliographie

11- MÉceNÊMEs zATALYTIQUEI...--........"""' """"401

11.1. La aatalyoe ahimique...."' """'402
11.1.1. Défrnitions etpiincipes généraux """"""402
. Mécanismes de rupture d'une liaison covalente 121
1 1.1
';;;:"f'';;;;;;Iit"'
.1 .1
""" """""'403
I 1.1.1.2.
I 1.r.1.3. La théorie de l'état de
"'7i""*ohites..........""
transition """""""""404
tr.l.2. La catalyse nucléophile... """"""""""""'405
11.1.2.1. Formation de l,interméd.iaire d'addition : Ie complexe tétraédrique... """"405
 ENZf MoLoaE MolÉcuLA|RE ET CELLULATRE

11.1.2.2. Effetdelastructuresurlarëactivitë .............406

nucléophile
11.1.2.3. Mécanismes possibles de la catalyse ................408
I1 .1.3. La catalyse générale basique......... ...........410
ll.l.4. La catalyse électrophile... .........................412
1 1.1.5. La catalyse générale acide ............ ...........413
11.1.6. La catalyse générale acide-base..... ..........415
11.2. Les effets iaotopiqueo............. ....................417
11.2.1. Effets isotopiques primaires...... ...............418
II.2.I.I. Définition....... .......................418
I 1.2.I .2. Interprétation énergétique des effets isotopiques pimaires ............ ............419
I1.2.L3. Effets isotopiques avec le tritium........ ..........420
11.2.2. Effets de solvants : équilibres dans HrO et D2O.......... .......................420
11.2.3. Effets isotopiques secondaires... ..............423
11.2.3.1. Changement defréquence des liaisons entre (ttomes non-réagissants .........423
11.2.3.2. Effets inductifs ......................423
11.2.3.3. Hyperconjugaison............... ........................423
11.2.3.4. Effets stëriques ......................424
11.2.3.5. Effetsdesolvant.................. ........................424
11.2.4. Grandeur des effets isotopiques.................. ...................424
11.2.5. Effets isotopiques sur les réactions enzymatiques.................. ............425
11,3, Principauxtypeeàeréactionsaatalyaéeoparleaenzymes....... ..........427
ll.3.l. groupes....
Réactions de transfert de ........427
11.3.1.1. Réactions de transfert d'acy\e.....,......... .......427
11.3.1.2. Transfert de groupes phosphoryle ................... ...................428
11.3.1.3. Transfert de groupes glycosyle .....................430
11.3.2. Réactions d'oxydoréduction...... ..............430
11.3.3. Réactions d'élimination, d'isomérisation et de réarrangement.................... ............434
11.3.4. Formation ou rupture de liaisons carbone-carbone................. ............436
11,4, Paftiaularités àe la catalyae en2ymatique................... .........................438
lI.4.l. La catalyse enzymatique est une catalyse intramoléculaire .....................................439
1 1 .4.1.1 . Les réactions enzymatiques sont des réactions du premier ordre ................439
11.4.1.2. Effet de concentration. ...........440
11.4.1.3. Effets d'orientation................ ......................443
11.4.1.4. Effets entropiques................. .......................446
I1.4.L5. Rôle de I'ajustement induit et des contraintes..... .................448
11.4.2. La catalyse enzymatique est une catalyse polyfonctionnelle ...................................450
11.4.3. Complémentarité de I'enzyme pour l'état de transition du substrat.........................451
11.4.3.1. Aspects ënergétiques .............452
11.4.3.2. Paramètres cinëtiques correspondant à quelques réactions en2ymatiques........................453
11.4.3.3. Affinitë des enzyrnes pour les analogues de l'état de transition....... ............458
11.4.3.4. Estimationdesaffinitésminimalesdesenzymespourlesëtatsdetransitiondessubstrats.....460
11.4.3.5. Arguments structuraux..... ......461
11.4.3.6. Une application de cette particularité : les abzymes .. ..........466
11.4.4. Effehs de microenvironnement... ..............468
11.4.4.1. Effets électrostatiques.......... ........................468
11.4.4.2. Rôle des molécules d'eau............. ................471
11.4.4.3. Rôle de l'enyironnement hydrophobe ...........472
11.4.4.4. Liaisons hydrogène àfaible banière d'énergie....... ............472
11.4.5. Intermédiaires réactionnels dans la catalyse enzymatique .................473
 'ltvteous MaïÈers

"""""""4'75
11.5. Conaluçion6"""""""'
"""""""'4'76
Eibtiographie
12 - ExrurtEg DE RELATtoNo ITRUCTURE-FoNCTIoN 4'7e
DAN1 QUELQUE7 9Y9TÈME9 ENZYMATIQUq5 """"""
""""""""""'480
12.1. Lea protéaaee""
"""""""""""480
12.1.1. Les protéases à sérine""""' """""""'480
12.L1.1. Aspects structuraux """'481
12.1.1.2. Activation des zymogènes """""'486
12.1.1.3' Le cheminrëactionnel
et le complexe de Mrcntarts """"""""""'488
12.1.1.4. Le site deJixaii;on des substrats oxonium""""' On:
et le site defixàtion de l'ion
12.1.1.5. Le complexe tëtraëdrique 490
mécanisme d'acylation
12.1.1.6. La tiade catalytique et le """"'492
12.1.1.7. L'acyl-enzyme'"tl'étop'dedésacylation"""""""""'
"""""""""""494
12.1.2. Lesprotéases à thiol"""""' """""""'495
12.1.2.1. Aspects structuraw " " " "498
1 2.1 .2.2. Activation des protëases
à thiol """" "" """"498
12.1'2.3. Le centre actif """""""' """""500
12.1.2.4, Mëcanisme catalytique ""'500
12.1.3. Les protéases uiiA"' ou aspartyl-protéases """"""" """'501
12.1.3.1. Activation des zymogènes """""""'502
12.1.3.2. Aspects structuraLtx """503
12.1.3.3. Association enzyme-subsffat """""""""
"""""""""""'505
12.1'3.4. Le site catalytique """"""""""""1':":"""" """506
12.1.3.5. Formation i'-i;i'nt'''*eanire
tétraédrique""""""""""
tétraédriqu."""""""""""'i:""""""""' """""506
12.1.3.6. Rupture aeJlniermAanire
: la carboxypeptidase A """""" """"""""""""508
12.1.4. Lesmétalloprotéases """" ' 509
12.1 .4.1. Activation du zymogène """""""51 1

12.1.4.2. Structure de Ia carboxypeptidase

A
"""""'512
12.1.4'3. LocalisationetrôleduZn*t """"""" """"514
12.1.4.4' Le centre actif"""""""' """514
12.1.4.5. Association enzyme-substrat """"""""" """'515
12.1.4.6. Mécanismes catalytiques
groupee Thoaphoryle ' """"""'518
12,2, Enzymee de tranefett àe
"""""""'519
12.2.1. Amino-acyl ARNT synthétases """""519
12.2.2. Leskinases-Laphosphoglycératekinase"'"""' """""520
12.2.2.1. Propriétés structurales
des substrats nuclëotidique-s """"""""" """""""""""'52I
12.2.2.2. Le site defixation
12.2 2.3. Le site defixation des substats
phosphoglycérate""""""" """""""""""'522
12.2.2.4.Lecomplexeternaireetlemouvementdesdomaines...........525
"""""525
12.2.2.5. Mécanisme catalytique
12'5,Enzyme\àetrangfe|tàeyroupeeglyaoay|ea.LeLyeo2yme................................'....526
"""""""'521
12.3.1. Propriétés structurales"""""""'
12.3.2' Lecentre actif"'
|2.3.3.Mécatlismecatalytique.....,..'.........,.
""'531
12,4' Les enzymee à'oxyàoréàuciion """"""" "':" " """
""""""
72.4.I- L'alcool déshydrogénase
12.4.1.1.Propriëtësstructurales....'..,..,.',..';,..
au t'rrni*" induit par lafixation
du coenzyme """""""""534
12.4.1.2. Changement conformationn"t
 ENZyMoLoGtE MoLÉcuLAtRE ET CELLULATRE

12.4.1.3. Fixation du coenzyme.. ..........535

12.4.1.4. Fixation des substrats.. ..........536
12.4.1.5. Mécanisme catalytique ..........537
12.4.2. Le flavocytochrome b2............ .................537
12.4.2.1. Propriëtés structurales ..........538
12.4.2.2. Fixation de I'hème et de laflavine ................540
12.4.2.3. Fixationdusubstrat..... ..........541
12.4.2.4. Mécanisme réactionnel ..... .....543
12.5. La trîoee phoophate iaoméraee.................. ......................544
12.5.1. Structure de l'enzyme ........544
12.5.2. Structure du complexe enzyme-substrat................ ...................... ........545
12.5.3. Mécanisme réactionnel .................. ..........545
12.6, L'aapaftate aminotranaférase ........ ...........550
12.6.1. Propriétés structurales............... ...............552
12.6.2. Fixation du coen2yme................... ...........554
12.6.3. Fixation du substrat : changement de conformation de I'en2yme............................555
12.6.4. Le site actif....... ..................556
12.6.5. Mécanisme cata1ytique.................... .........556
12,7. Lea alàolaaea..... .....................559
12.7 .l . Propriétés structurales ........... . . ....
12.7 .2. Le site actif ....... ..................562
12.7.3. Mécanisme cata11tique.................... .........565
12.O. Conctuaions et peropeativea .......................561
Bibliographie ...................... ...............570

Pnnlr V - RÊoutATtoN DEL'AclvtlÉ rxaruRlour

lNrBopucttoN. 579
 1 tgte oes vnlÈnEg

13.7, Couptage thermoàynamique entre énergie àe fixation àee ligando (aubetrate)

et ànergie d'interaation entre eou6'unitéa...........'. """"'603
15.8. Coopérativité cînétique: modèle de RrctBp.....' """"""""605
13.9. Coopérativité et alloet'érie...... """"""""""'607
13,1O. Exemplee à'enzymea atlootériquea."'............. """"""""'608
13.10.1. La glycogène phosphory1ase........."......... """""""""""608
I3.IL.LL Rëgulation allostérique """"608
1 3. 10. t .2. Stiucture cle la phosphorylase ................ " "612 '

13.I0.2.La phosphofructokinase ""'615

I3.10.2.I . Stiuctuie cle la phosphofructokinase...... """616
13.10.2.2. Régulation altostériqtti de la phosphofructokinase """"""618
13.10.3. L'aspartate transcarbamylase d'2. co\i................ """""621
13.10.3.1. ffits coopératifs entre les sites catalytiques .'""""""':""" """"""""""'624
t3.10.3.2.Atlostërie - Interactions hétérotropes entre sites régulateurs et sites catalytiques ..."".....629
13.10.4. La ribonucléotide réductase """"""""""'633
13.10.4.1.Mécanismeréactionne1............... """"""""633
13.10.4.2. Structure des ribonucléotide rëductases """634
13.10.4.3. Rëgulation allostérique """"637
13.11, Le phénomène àe aquatting >>..".........'.
<< """"""""""""'638
13,12. Lee enrymeo <<mnémoniquee >....'.......... """"""""""""'642
13.l2.l.Cas d'un ervymemnémonique à un substrat et un produit' """"""""643
13.12.1.1. Comportement cinétique........ """"""""""'643
t 3.12. t .2. Aspects thermodynamiques ........... " '' """""644
13.lz.2.Cas d'un ervymemnémonique à deux substrats et deux produits............................645
13.12.3.Le produit de la réaction agit comme effecteur :""""""""""" """""'648
13,13. Ré7ulation par interaction protéine'protéine """"""' """"""""""""'650
13.13.1. ie système lipase-colipase........'....'...... """"""""""""'651
13.13.2.Régulation de I'ornithine transcarbamylase de saccharomyces cerevisiae
par I'arginase """""""""""'656
13.13.3. Les protéine kinases dépendantes du cAMP'.."' """""'658
13.13. .Régulations par interaction avec le complexe calmoduline-calcium..............'.....'..662
Biblio7raphie """""""'664
669
14 - RÉouunoNs covALENTEe ..........

14,1, Moàifiaationa par protéolyae timitée : aativation àe précureeur7............................669

14,2. Lea inhibiteura protéiquea àe protéaoee """"""""""""'670
14.2.1. Inhibiteurs des protéases à sérine """"""6'70
14.2.1.1. Les ar-macroglobulines........ """""""""""'670
14.2.1.2. Les inhibiteurs protëiques de protëases possëdant un site spécîfique de coupure """""""611
14.2.2. Lesinhibiteurs de piotéases à thiol"'.......'. """"""""""678
14.2.3. Lesinhibiteurs ptoléiqu"t de métalloprotéases..""""" """""""""""'6'79
14.2.4. Irhlbileurs protéiques des aspartyl-protéases"" """"""679
143, Régutation par moàifiaation chimique """'680
14.3.1. Phosphorylation... """""""'680
14.3.2. ADP-ribosylation """""""'683
14.3.2.1. Réaction enzymatique impliquée """""""""683
 ENZTMoLoGTE MolÉcuLArRE ET cELLULATRE

14.3.2.2. Effets physiologiques............... ........."'....'...685

14.3.3. Glycosylation....... ...............686
14.3.4. Adénylation, uridylation................ ..........688
14,4, Mécaniemea à'aation àea eyetèmes aasaaàea ..............692
14.4.1. Déftnition.............. ..............692
14.4.2. Systèmes cascades irréversibles ..............694
14.4.2.1. Lacascadedelacoagulationsanguine... ......694
14.4.2.2. Le système du complëmenl.................... ....'..698
14.4.3. Cascades cyc1iques.................... ...............701
14.4.3.1. Cascades monocycliques .......701
14.4.3.2. Les systèmes cascades bicycliques..... ...........706
14.4.3.3. Les systèmes cascades multicycliques ........'..709
14,5, Lee inaativations irréversiblea .................'..710
14.5.1. Les protéasomes .................710
14.5.1.1. Protëasome 20s................ ..'..711
14.5.1.2. Protéasome 265 ............... ..'..713
14.5.2. Les caspases et le processus d'apoptose. .......................714
Bibtiographie ...............717

1 5 - ENzvuEg MULTIF oNCltoNNELs, co M PLilEs M u LTTENZYM ATIQUEq

ET CANALT9,Æ1ON MÉTAEOLIQUE........... ..........719
15,1, La phoephoribooylanthranilate iaomérase-indoleglycérolphoephate eynthaee.......720
15.1.1. Structure de I'enzyme de E. coli ..............721
15.1.2. Structure du site actif....... ........................723
15.1.3. Propriétés fonctionnelles.......... ...........'...................."'.'..726
15,2. La trypiophane aynthaae...... ......................727
15.2.1. Propriétés fonctionnelles.............. .."'.......721
15.2.2. Strucfure de I'enzyme....... ......'.............'...732
15.2.3. Ettrde d'un mutant conduisant à I'obstruction du canal........ ........--.....734
15.3. La protéine CAD............... '......736
15.3.1. Les premiers enzymes de la voie de biosynthèse des pyrimidines..........'..... ...'.......136
15.3.2. Aspects structuraux ....'.......738
15.3.3. Propriétés fonctionne11es.......... ................738
15,4, La aarbamylphoaphate aynthétase.. ..'.......739
15.4.1. Propriétés fonctionnelles.......... .'..............739
15.4.2. Propriétés structurales............... ...............740
15.4.3. Letunne1........... .................-741
15.5. Le aomplexe àe la pyruvate déahyàrogénaee............... ..........................742
15.5.1. Propriétés fonctionne1les.......... ...'............742
15.5.2. Propriétés structurales............... ............'..744
la
15.5.3. Rôle des domaines lipoamide dans canalisation du substrat... ".....741
15.6. La eynthétaae deç aciàea graâ ............. ................,..........748
15.6.1. Propriétés fonctionnelles.......... ....':.......'..749
15.6.2. Caractéristiques structurales .......'............750
15,7. Complexea multienzymatiquea transitoirea et phénomène àe canalieation............755
Bibtîographie ".............763

I
 1 AaLE oEg MAIÈRES XLI

PRntrr Vl - ENan'aorootE EN MILIEU gTRUcruRE

lxrBooucnoN.. t6l

16 - LOcEuaATION ET COMPARTIMENTATION CELLULAIREI ,,,.,'.769

16.1. Loaatieation des enzymee àans lee aompartimenta cellulairea ..........769

16,2. La aonaentration cellulaire àes maaromoléau\ee.......... ........."""""""'713

16,5, tnteraations àea enzymee avea lee aonâtituante aellulairea..... """""775
16.3.1. Enzymes membranaires............... """"""775
16.3.2. Enzymes associés au c1'tosque1ette.................. """""""178
16.3.3. Enzymes associés aux parois végétales.....' """""""""'779
16.4. Compartimentation àea métabo\itea............... ....."""""779

17 - CwÊnauE DEs RÉACTtoNg ENZYMATTQUEI zATALYaÉ*I

1ARDE7 ENZYME7 IMMOEIL\^É7 .....................783

17,1. Equation fonàamentale àu couplage ............'...... """"""783

17,2, Bouclee à'hyatéréaia dana lea réaationa
impliquant un aouplage àiffusion'réaction............. """"'186
17,5, Contrainteo électroatatiquea aur les enzymee immobiliaés. """""""788

1O - TuÉoB.tE DU coNTRôrc ors votEg MÉTABzLIQUEz....... .....'79r

18,1, Contrôte à'une voie métabolique linéaire à l'état atationnaire """"""791

18.1.1. Coeff,rcients de contrôle ""'792
18.1.2. Coefficients d'élasticité et relation de connectivité............... """""""793
16.1.3. Approches expérimentales.......... """"""'796
18.2, Contrôle à'un ayale métabolique. ....."""""'798
Eibliographie """""""'804

CoNctuetoNg PERoPEcrtvE9...'.....
ET ..........."........807

Eibtiographie """""""' 810

EtBttooBerHE aÉNÉRALE 8r3

CoNsreNres PHYgtQUEg.. ..................815

817
 33)4 76 51 46 95

T ENZYMOLOGIE
MOLECULAIRE ET CELLULAIRE
Enrymologie motécutaire et cellulaire aborde les réactions enzymatiques, ce qui
est une première dans l'édition, aussi bien du point de vue fondamental au
niveau moléculaire qu'au sein des fonctions cellulaires. L'ouvrage peut être
utilisé à plusieurs niveaux. Par exemple, des explications élémentaires sont
proposées pour les non-spécialistes (thermodynamique, études cinétiques des
réactions, méthodes expérimentales). Puis viennent la formation et la structure
des enzymes, la fonction catalytique, les régulations enzymatiques et I'enzy-
mologie en milieu structuré. Sont proposés aussi des approfondissements et
une bibliographie d'ouvrages généraux, d'articles de revues ou spécialisés.
400 figures et tableaux facilitent la compréhension. Une attention particulière
a étê portée aux aspects concrets pour aider I'expérimentateur dans la pra-
tique journalière d'un laboratoire.

L'ouvrage s'adresse à un large public : étudiants, enseignants, chercheurs,

ingénieurs - biologistes ou agronomes -, médecins, pharmaciens, physiciens,
chimistes, mathématiciens et informaticiens concernés par I'enzymologie.

I LES AUTEURS
teannine Yon-Kahn, Directeur de
recherche au CNRS, a fondé le
laboratoire d'enzymologie physico-
chimique et moléculaire d'Orsay,
ensuite intégré dans l'lnstitut de
biochimie, biophysique moléculaire
et cellulaire. Elle fut membre de
Comités nationaux (INRA, Ve plan,
CNRS). Elle a présidê la Commis-
sion Chimie du Palais de la Découverte et la Société française de biologie cel-
lulaire. J. Yon-Kahn est membre de I'Académie des sciences du Brésil.
Guy Hervé, Directeur de recherche au CNRS, a dirigé l'lnstitut d'enzymologie du
CNRS et I'un des laboratoires de biochimie de I'Université Pierre et Marie Curie.
ll fut membre des Comités nationaux du CNRS, de l'INSERM, Conseiller scien-
tifique au CEA et Président de la Société française de biophysique.
Les deux auteurs ont publié environ 400 articles scientifiques et une dizaine
d'ouvrages avant de réaliser en commun Enzymologie moléculaire et cellulaire.

@l
IEDPI
llltilililililI|ilIiltilililll
782868 838162
rsBN 2-86883-816-2
GRENOBLE
SCI ENCES
UNIVERSITE
42€
SCIENCES JoseeH FouRreR
-9