UE13 Bactériologie 2022.09.14 Infections Génitales Et Infections Sexuellement Transmissibles

Infections génitales et infections sexuellement transmissibles | Bactériologie • UE13
Tutorat des Etudiants Carabins Sudistes
Faculté de Médecine Lyon Sud
FGSM3 – UE13 : BVH
Infections génitales et infections

sexuellement transmissibles
Enseignant :
Date du cours : 19/09/2022
Ronéiste : Lauryne Guillaud
Le cours a changé :
Peu ou pas du tout X

En partie
Entièrement
Tous droits réservés © 2022, Tutorat des Étudiants Carabins Sudistes (TUTECS) 1/26
POINTS MIS EN AVANT PAR LE PROFESSEUR
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NOUVEAUTÉS DE CETTE ANNÉE
Les orchi-épididymites
PARTIES NON ABORDÉES CETTE ANNÉE
Mises en gris
SOMMAIRE
I. CONTEXTE .................................................................................................................................... 4
II. LES INFECTIONS SEXUELLEMENT TRANSMISSIBLES BACTERIENNES A SYMPTOMATOLOGIE
GENITALE ........................................................................................................................................ 4
II.A. DEFINITION ET QUELQUES POINTS D’EPIDEMIOLOGIE ................................................................................................ 4
II.B. CLASSIFICATION CLINIQUE DES I.S.T .................................................................................................... 4
II.C. AGENTS ETIOLOGIQUES................................................................................................................................................ 5
II.D. LES BACTERIES RESPONSABLE D’URETRITE ET CERVICITE ............................................................................................ 6
1. Les urétrites (chez l’homme) ....................................................................................................... 6
2. Les orchi-épididymites (chez l’homme) ....................................................................................... 7
3. Les cervicites (chez la femme) .................................................................................................... 8
4. Infections génitales hautes ........................................................................................................ 9
5. Neisseria gonorrhoeae ............................................................................................................... 9
6. Chlamydia trachomatis sérotype D-K ....................................................................................... 11
7. Mycoplasmes ........................................................................................................................... 13
II.E. BACTERIES RESPONSABLES D’ULCERATION/CHANCRES ............................................................................................14
1. Les chancres : Que prélever ? ................................................................................................... 14
2. Syphilis ..................................................................................................................................... 15
3. Chancres mous à Haemophilus Ducrey (moins important car rarissime, plus là à titre d’exemple)
...................................................................................................................................................... 19
4. Maladie de Nicolas Favre ......................................................................................................... 20
..................................................................................................... 20
III. A RETENIR SUR LES IST """
###
IV. INFECTIONS GENITALES NON SEXUELLEMENT TRANSMISSIBLES ............................................... 21
IV.A. RAPPEL ANATOMIQUE DE L’APPAREIL GENITAL FEMININ........................................................................................21
IV.B. PRELEVEMENT VAGINAL DE ROUTINE ......................................................................................................................21
IV.C. VAGINOSE BACTERIENNE ..........................................................................................................................................21
IV.D. VAGINITE BACTERIENNE (PLUS RARES) ........................................................ ERREUR ! SIGNET NON DEFINI.
. 22
V. A RETENIR SUR LES INFECTIONS GENITALES NON SEXUELLEMENT TRANSMISSIBLES """
###
VI. CAS CLINIQUES ........................................................................................................................ 22
VI.A. CAS CLINIQUE N°1 .................................................................................................................... 22
VI.B. CAS CLINIQUE N°2 .................................................................................................................... 23
VI.C. CAS CLINIQUE N°3 .................................................................................................................... 24
I. CONTEXTE
Distinction entre infections génitales et IST complexe.
INFECTIONS GÉNITALES IST
Elles peuvent être sexuellement transmissibles à N’entrainent pas forcément d’infection avec une
bactéries spécifiques (ex : gonocoque, Chlamydia symptomatologie génitale
trachomatis…)
NON sexuellement transmissible VIH

→ ex : déséquilibre de la flore vaginale chez la VHB
femme (bactéries non spécifiques) VHC
Ce cours traitera exclusivement des infections génitales bactériennes

- IST à symptomatologie génitale : bactéries spécifiques
- Infections génitales non sexuellement transmissibles
II. LES INFECTIONS SEXUELLEMENT TRANSMISSIBLES BACTERIENNES A

SYMPTOMATOLOGIE GENITALE
II.A. DEFINITION ET QUELQUES POINTS D’EPIDEMIOLOGIE
• Les IST sont des maladies infectieuses transmises lors de rapports sexuels.
• Elles sont cosmopolites, et en grande augmentation.
• 357 millions de cas/an d’IST curables selon OMS en 2016 : Trichomonose (143 millions),
Chlamydiose (131 millions), Gonococcie (78 millions), Syphilis (5,6 millions)
• Pronostic fonctionnel : stérilité +++, surtout les Chlamydioses
• Epidémiologie dynamique
• Bouffée épidémique en Occident surtout ces 10 dernières années
II.B. CLASSIFICATION CLINIQUE DES I.S.T
On peut classer les IST en fonction des signes cliniques : écoulement (urétrite, cervicite), ulcérations
et chancre (adénite), vaginite, ano-rectite et parfois douleurs pelviennes (et risque de stérilité
tubaire) chez les femmes. Dans la majeure partie des cas les IST sont asymptomatiques ce qui
favorise la propagation.
C’est très souvent la femme qui est asymptomatique et l’homme symptomatique.
Signes évocateurs :
- Chez l’homme : écoulement urétral, brulures urétrales, balanites…
- Chez la femme : leucorrhées, prurit, douleur spontanée, cervicites…
- Chez les deux sexes : ulcérations génitales, adénopathies inguinales, anorectites (proctites),
végétations vénériennes…
Signes associés parfois trompeurs :

- Chez l’homme : hématospermie, phimosis, complications loco-régionales (épididymite,
prostatite, orchite)…
- Chez la femme : dyspareunie, œdème vulvaire, complications loco-régionales (endométrite,
salpingite)…
- Chez les deux sexes : brulures mictionnelles, dysurie, pollakiurie, leucocyturie, cystite « à
urines claires »…
Signes extra génitaux :

- N. gonorrhoeae, C. trachomatis, H. simplex : conjonctivite, ulcération cornéenne
- N. gonorrhoeae : pharyngite
- N. gonorrhoeae, H. simplex : éruption pustuleuse, érythème polymorphe
- C. trachomatis, N. gonorrhoeae : syndrome de Fitz-Hugh-Curtis (péri hépatite)
- N. gonorrhoeae, C. trachomatis : arthrite à gonocoque, arthrite réactionnelle
II.C. AGENTS ETIOLOGIQUES
➢ Bactériens :
• Neisseria gonorrhoeae (Gonocoque) à écoulement

• Chlamydia trachomatis L ou D-K (plus rare) à écoulement ou ulcération parfois
• Mycoplasma, Ureaplasma à écoulement
• Treponema pallidum (agent de la syphilis) à ulcération
• Haemophilus ducreyi (pas à retenir) à ulcération
• Klebsiella granulomatis (pas à retenir)
➢ Parasitaires : Trichomonas vaginalis à écoulement
➢ Virales : Papillomavirus, Herpes (ulcération), VIH, VHB, sida
PATHOLOGIE (SYNDROME OU MALADIE) à connaitre +++
Agents Urétrite Ulcération Adénite (bubon) Autres pathologies

pathogènes Cervicite génitale
(écoulement) (chancre)
Neisseria Septicémie, stérilité,

+ 0 0
gonorrhoeae conjonctivite NN
Stérilité, conjonctivite NN,

pneumonie NN, Syndrome
Chlamydia + +
0 de Fitz-Hugh-Curtis
trachomatis (Sérotype D,K) (Sérotype L)
(périhépatite chez la
femme)
Stérilité, risque
Mycoplasma
+ 0 0 d’accouchement
Ureaplasma
prématuré
+ Syphilis secondaire et
Treponema
0 (Syphilis 0 tertiaire (retentissement
pallidum
primaire) cutanéo-muqueux)
Haemophilus + +
0
ducreyi (Chancre mou)
Klebsiella + +
0
granulomatis (donovanose)
II.D. LES BACTERIES RESPONSABLE D’URETRITE ET CERVICITE
1. Les urétrites (chez l’homme)

Elles correspondent à une inflammation de l’urètre.
CLINIQUE • Écoulement blanchâtre/purulent (urétrite gonococcique) ou séreux/clair (urétrite

non gonococcique)
• Brûlure urétrale, dysurie, pollakiurie, pas de signes généraux (juste localisés)
ETIOLOGIES • Gonocoque (« chaude pisse ») : Neisseria gonorrhoeae : responsable d’urétrite

BACTERIENNES aiguë très symptomatique
• Chlamydia trachomatis sérotype D-K
• Mycoplasma genitalium, M. hominis, Ureaplasma urealyticum : responsable

d’urétrite subaiguë
1.1. Les urétrites : que prélever ?
COMMENT ? POURQUOI ? QUELS EXAMENS ?
· Examen direct :
· Le matin coloration de GRAM à
· 1 écouvillon : recherche
· Avant toute toilette recherche de gonocoque
de Gonocoque
· Ou au moins 2 heures intra et extracellulaire
SYSTEMATIQUE
après la dernière miction · Culture gonocoque :
PRELEVEMENT URETRAL · Si autres écouvillons,
· Introduire à au moins 1 milieu au sang cuit
(on le limite car très possibilité de recherche
cm dans l’urètre (gélose chocolat) + ATB
invasif) de Chlamydia (pas fait
· 1,2 ou 3 écouvillons (sélectivité)
en labo) et mycoplasmes
selon les recherches · Culture mycoplasme :
(culture liquide) par
demandées milieu spécifique
culture
· Culture cellulaire pour
Chlamydia
· Recueil du 1er jet

· PCR (biologie
d’urine du matin (ou au · Recherche Chlamydia
PREMIER JET D’URINE moléculaire qui permet
moins 2 heures après la et Gonocoque
d’amplifier un gène)
dernière miction)
Dans tous les cas, transport rapide au laboratoire des prélèvements destinés à la culture bactérienne
car tous sont des germes extrêmement fragiles. Possibilité d’utiliser des milieux de transport
spécifiques (écouvillions eSWAB, forme de petite brosse, qui conserve les germes fragiles).
On ajoute des antibiotiques en culture pour éliminer la flore commensale qui risquerait de fausser les
résultats.
2. Les orchi-épididymites (chez l’homme)

• Fièvre progressive ou de début brutal
• Signes locaux avec douleurs scrotales intenses, induration douloureuse de tout ou à partir de
l’épididyme, risque d’évolution vers l’abcédation, ischémie testiculaire, infertilité
• Forme du sujet jeune : origine vénérienne, souvent associée à une urétrite
• Forme du sujet âgé : origine urinaire, agents infectieux issus de la flore digestive,
essentiellement entérobactéries
3. Les cervicites (chez la femme)

Elles correspondent à une inflammation du col de l’utérus
• Inflammation du col de l’utérus
CLINIQUE • Leucorrhées
• Souvent asymptomatique
• Complications à long terme : stérilité tubaire, grosses, extra-utérine, douleurs

pelviennes chroniques
• Absence de fièvre sauf si infection haute
ETIOLOGIES • Gonocoque (« chaude pisse ») : Neisseria gonorrhoeae

BACTERIENNES
• Chlamydia trachomatis sérotye D-K §
• Mycoplasma genitalium
3.1. Les cervicites : Que prélever ?

Comment ? Pourquoi ? Quels examens ?
Prélèvement · Mise en place du · 1 écouvillon : recherche · Examen direct :

endocervical (endocol) spéculum obligatoire de Gonocoque coloration de GRAM à
pour avoir accès au col recherche de gonocoque
de l’utérus intra et extra-cellulaire
· Si autres écouvillons, · Culture gonocoque :
· A l’aide d’écouvillons possibilité de rechercher milieu au sang cuit +
(1, 2 ou 3 en fonction de Chlamydia et antibiotiques
des analyses Mycoplasma genitalium (sélectivité)
demandées) ·Culture mycoplasme :
milieu spécifique
·Culture cellulaire pour

Chlamydia
Premier jet d’urine · Recueil du 1er jet · Recherche Chlamydia, · PCR, PCR multiplex si
d’urine du matin (ou au Mycoplasma on cherche plusieurs
moins 2 heures après la genitallium Gonocoque germes
dernière miction)
i Dans tous les cas, transport rapide au laboratoire des prélèvements destinés à la culturei
bactérienne car tous sont des germes extrêmement fragiles. Possibilité d’utiliser des milieux de
transport spécifiques.
4. Infections génitales hautes

• Touchent les femmes en âge de procréer +++ (20-25 ans, moitié asymptomatiques)
• Facteurs favorisants : multiplicité des partenaires, manœuvres endo-utérines, pose de stérilet
• Agents infectieux concernés : ceux des IST (gonocoque/chlamydia + streptocoques,
entérobactéries, anaérobies)
• Salpingites, endométrites…
5. Neisseria gonorrhoeae
o Strictement humain
ECOLOGIE o Pathogène strict (si on le retrouve, on a la maladie, pas de porteur sain)
o Fragile à l’extérieur
o Diplocoques à Gram négatif (roses) accolés « en grain de café » intracellulaire

dans les polynucléaires ou extra cellulaire
BACTERIOLOGIE o Bactérie aérobie exigeante et fragile
o Culture sur milieux enrichis contenant du sang cuit, du fer, des vitamines, sous
une atmosphère enrichie en CO2
5.1. Clinique
➢ Incubation : courte (< 7 jours)
➢ Chez l'homme
o Urétrite aigue : atteinte primaire la plus fréquente et très

symptomatique
o Prostatite, orchite et épididymite associés
➢ Chez la femme :
o Urétrite, cervicite, vulvo-vaginite : souvent pauci-symptomatiques (moins

symptomatique)
o Localisations au-delà de l’endocol : salpingites
➢ Dans les deux sexes :
o ano-rectites, amygdalites
o Septicémie, endocardite infectieuse (exceptionnelle)
o Formes aigues disséminées notamment articulaires (arthrite suppurée), méningée

(rare)
➢ Chez le nouveau-né : complications oculaires (conjonctivite), on donne des collyres à nitrate

d’argent
5.2. Diagnostic
➢ Prélèvements
o Avant tout traitement et si possible au laboratoire de ville
o Homme : urètre, urine 1er jet
o Femme : urètre (rare), endocol, urine 1er jet
o On fait juste une PCR pour le premier jet d’urine et une PCR + une culture
bactérienne pour les autres genres de prélèvements.
o Transport immédiat au laboratoire car fragile
o +/- hémoculture si fièvre
o Pour les prélèvements urinaires : PCR uniquement (pas de culture)
➢ Examen microscopique : Gram
o Diplocoques Gram négatif en grain de café souvent intra-leucocytaires, et

polynucléaires altérés
➢ Mise en culture : milieux spéciaux enrichi pour faire un antibiogramme pour identification
du gonocoque
➢ PCR multiplex sur urine 1er jet
• Augmentation des cas de gonocoques.

• L’apport du jet d’urine permet de rattraper certain cas pour qui on n’a pas pu faire de
culture.
• + 7% du nombre d’infections à gonocoque entre 2015 et 2017
MSM = Men having Sex with Men
• Réseau de surveillance RésIST : +71% d'augmentation du nombre d’infections à

gonocoque déclarées dans ResIST entre 2015 et 2017.
Mais on peut pas dire si il existe une résistance ou non avec la PCR
5.3. Traitement
: 1 injection en IM unique de 500 mg (meilleure observance et pas

➢ Ceftriaxone (C3G) ""##
de résistance décrite !!)
➢ Alternatives chez sujet allergique aux béta-lactamines :
o Azithromycine (macrolides) (2 g per os en dose unique)
o Ciprofloxacine (fluoroquinolone) (500 mg per os en dose unique) Niveau de

résistance élevé et évolutif aux FQ (30% à 60%)!!!
o Gentamicine (aminoside) (240 mg IM en dose unique) (Spectinomycine n’est plus

disponible)
""
## Toujours associer un traitement anti-chlamydia (azithromycine) car possibilité de co-infection
souvent asymptomatique "" ##
Toujours dépister et traiter les partenaires.
➢ Contrôle clinique de l’efficacité à J7
➢ Prévention
o Préservatif + protection pendant le traitement
o Collyre nitrate d’argent chez nouveau-né
6. Chlamydia trachomatis sérotype D-K
➢ Bactéries intracellulaires obligatoires (multiplication uniquement intracellulaire) :
o Sérotypes de Chlamydia trachomatis :
▪ A, B, C = trachome (oculaire)
▪ D-K = infections génitales et néonatales
▪ L1-L2-L3 = lymphogranulomatose vénérienne (Nicolas Favre)
6.1. Clinique
➢ Chez l’homme :
o Majorité des urétrites
o Incubation de 10 à 15 jours
o Habituellement subaiguës, écoulement clair
o Souvent asymptomatiques (30%)
➢ Complications :
o Locorégionales (prostatites, épididymites)
o Arthrite réactionnelle
o Péri hépatite (Syndrome Fitz Hugh Curtis)
o Conjonctivite à inclusion et pneumopathies (nouveau-né)
o Syndrome Fiessinger Leroy Reiter (arthrite, conjonctivite, urétrite)
➢ Chez la femme :
o
Malheureusement souvent asymptomatique +++ : Assure la propagation !!!! ""
##
o Portage sain de façon permanente chez 3 à 5 % des adultes dans pays industrialisés...
o Parfois leucorrhée = cervicite
o « Cystite à urines claires »
o Maladie pelvienne chronique avec salpingite (complication)
o Risque de stérilité tubaire, de GEU : +++ (complication)
• On a une augmentation des cas d’IST à chlamydia qui sont soit symptomatique (50%) soit
asymptomatique. (+16% entre 2015 et 2017 et ce sont les 20-25 ans les plus touchés)
• Parfois on peut diagnostiquer une stérilité à une femme, causée par une infection à
chlamydia pendant sa jeunesse.
6.2. Diagnostic
➢ Prélèvement
o Cellules car bactérie intracellulaire obligatoire donc pas visible au gram
o Par raclage à l’écouvillon de l’urètre et de l’endocol
o Ou prélèvement rectal
o
Urine 1er jet pour PCR ""## (très spécifique pour hommes et femmes) (ici on fait
le test en premier jet car la PCR est très ciblée sur ce que l’on recherche alors ça ne
nous dérange pas. De plus, le premier jet est aussi le plus concentré)
➢ Diagnostic direct :
o Examen direct : IF avec anticorps monoclonaux
o Culture cellulaire : détection en IF
o
PCR : +++ (meilleures sensibilité et spécificité sur urines de 1er jet) ""
##
➢ Diagnostic sérologique (recherche des anticorps) : aucun intérêt dans les IST basses.
6.3. Base de traitement
➢ Nécessité pénétration intracellulaire
➢ Antibiotiques à diffusion intracellulaire :
o Cyclines, fluoroquinolones, rifampicine, macrolides
o Azithromycine 1g per os en dose unique
o Doxycycline 100 mg : 2 cp pendant 7 jours

➢ Toujours traiter le(s) partenaire(s) ""
##
7. Mycoplasmes
➢ Bactéries sans paroi, fragiles, non colorés par la coloration Gram, insensibles aux ß-lactamines
(anti-parois) car ceux-ci attaquent la paroi et dont la croissance se fait sur milieux spéciaux

(cupules liquides) ""
##
o Ureaplasma urealyticum
o Mycoplasma hominis
o Mycoplasma genitalium
➢ Habitat
o Colonisant les muqueuses
o Colonisant le tractus génital de patients n’ayant jamais eu de relations sexuelles
o Rôle discuté dans les IST sauf pour Mycoplasma genitalium
7.1. Diagnostic et traitement
➢ Prélèvements : grattage cellulaire de l’urètre et de l’endocol très compliqué ou urines du 1er

jet avec PCR
➢ Culture quantitative sur milieu acellulaire
➢ PCR multiplex +++ (M. genitalium)
➢ Interprétation : difficile car commensalisme (sauf pour M. genitalium)
➢ Traitement : pour M. genitalium = azithromycine 500 mg le premier jour puis 250 mg les 4
jours suivants (diffusion intracellulaire)
II.E. BACTERIES RESPONSABLES D’ULCERATION/CHANCRES
Þ Treponema pallidum = syphillis
Þ Haemophilus ducreyi
Þ Chlamydia trachomatis serotype L
Þ Klebsiella granulomatis
1. Les chancres : Que prélever ?

Comment ? Pourquoi ? Quels examens ?
Prélèvement ulcération · Si possible au ·Treponema pallidum ·Examen direct au

laboratoire ·Chlamydia trachomatis microscope à̀ fond noir
· Après nettoyage de la sér L ou par
lésion à l’eau stérile · Haemophilus ducreyi immunofluorescence
· Grattage à̀ la curette, (plus réalisé)
vaccinostyle ·PCR (biologie
· Ne pas faire saigner la moléculaire) privilégié
lésion ! ·Examen direct par
coloration de Gram
/culture
Prélèvement · Ponction du ganglion ·Chlamydia trachomatis · PCR

adénopathie sérotype L · Examen direct par
· Haemophilus ducreyi coloration d Gram/
·Klebsiella granulomatis culture
Sérologie · Sérum · Treponema pallidum · Recherche des

anticorps pour suivre la
chronicité de la maladie
+++
2. Syphilis
• Grande contagiosité
• Polymorphisme clinique : syphilis primaire, secondaire, tertiaire
• Longue évolution (plusieurs années)
2.1. La bactérie : Treponema pallidum
• Spirochète fin blanc car reprend pas la coloration de gram (0,3

micromètre x 8 à 15 micromètres)
• Mobile : mouvement en pas de vis, ondulatoire
• Très fragile, non retrouvé dans l’environnement
•
Strictement humaine ""
## (portage et diffusion)
• Non cultivable in vitro
2.2. Épidémiologie

➢ Transmission : vénérienne """
###
o Muqueuse
o materno-foetale : transplacentaire ou per partum
o Don du sang ou d’organe (très rare du fait des contrôles)
➢ Recrudescence en France depuis 2000 : Estimation de 10 000 à 20 000 nouveau cas/an
➢ Dépistage :
o Prénatal (systématique)
o Don du sang ou d’organes (obligatoire)
o Relations sexuelles multiples, voyage en pays endémique

➢ Déclaration n’est plus obligatoire depuis 86 ""
##
• Elle touche surtout les hommes homosexuels

• Petite augmentation chez les hommes et les femmes hétérosexuels.
Ici phase secondaire
2.3. Syphilis congénitale

• Dépistage systématique/déclaration de grossesse (3ème mois)
• Dépistage à refaire si personne avec comportement à rique
• Réapparition ces dernières années
• Contamination essentiellement à partir du 4ème mois de grossesse ( ?)
• Manifestations :
- Mort in utero à nouveau-né normal
- A la naissance : retard de croissance, rhinorrhées, lésions cutanéo-muqueuses, osseuses,
viscérales
- Tardive (>5ans) : déformations osseuses, atteintes des dents, atteintes ophtalmiques/surdité
• Confirmation par la sérologie (++ dosage IgM)
2.4. Stades cliniques
• Période d’incubation (3 semaines)
• Syphilis primaire (chancre, adénopathie)
• Syphilis secondaire cutanéo-muqueuse (roséole, syphilides papuleuses)
• Syphilis latente (cliniquement muette pendant des mois voire des années)
• Syphilis tertiaire (lésions cardiovasculaires, atteintes neurologiques, rénales)
• Syphilis congénitale (atteintes neurologiques et tissulaires)
2.4.1. Clinique : phase primaire
➢ Incubation : 3 semaines (10 à 100 jours)
➢ Chancre d’inoculation
o Localisation : organes génitaux, sphère oropharyngée ou région anale
o Unique, superficiel, indolore
o Base indurée au palper protégé
o Régresse spontanément en 3-6 semaines
o Parfois passe inaperçu (femme)
➢ Adénopathie satellite (à différencier de l’adénite !) passe souvent inaperçue
o Simultanée ou quelques jours plus tard
o Indolore, dure, froide
o Unique ou paquet ganglionnaire
2.4.2. Clinique : phase secondaire
• De deux mois jusque 2 ans après
• Phase de dissémination car phase primaire passée inaperçue et donc non traitée
➢ Signes généraux : syndrome pseudo-grippal, polyadénopathie, hépatite... (car diffusion du

tréponème par voie systémique)
➢ Signes cutanéo-muqueux polymorphes
o "la grande simulatrice“ = transmission +++
o Éruption maculo-papuleuse avec squames fines (roséole), plaques érosives

muqueuses, alopécie, perlèche (un peu tout et n’importe quoi)
2.4.3. Clinique : phase tardive (très peu de cas)
➢ Syphilis latente : parfois plusieurs années
➢ Syphilis tertiaire :
o Signes cutanés : gommes syphilitiques, ulcérations
o Signes cardio-vasculaires : aortite, anévrysmes
o Neurosyphilis : méningite, démence, paralysie générale, tabès, micro-anévrysme,

elle peut être présente à tout les stades de la maladie
o On peut recherches les anticorps également dans le LCR
2.5. Diagnostic biologique : diagnostic direct

➢ Examen direct (plus fait aujourd’hui) :
o Principe : observer au microscope à fond noir ou par immunofluorescence la mobilité

et la forme spiralée de T. pallidum
o Quand ? à lésions de phase primaire ou secondaire
o Avantages : § simple, résultat rapide et sensibilité de 80%
o Conditions : §observateur expérimenté et à effectuer avant antibiothérapie

➢ PCR : prélèvement de lésions, syphilis congénitale, neurosyphilis ""
##

2.6. Diagnostic biologique : diagnostic indirect +++ """
###
➢ Sérologie = cf. cours du 2 octobre 2018 (cours spécifique sur le diagnostic des infections
difficiles à diagnostiquer)
o tréponémique pour le diagnostic et non tréponémique pour savoir si la maladie est

encore active
o Déterminer la présence et/ou le titre des anticorps dans le sang ou le LCR en réponse
à l’infection tréponémique
o Ne pas oublier de regarder au passage le dépistage des autres IST systématiquement
➢ Intérêts :
o Dépistage systématique ou occasionnel
o Confirmation ou exclusion d’un diagnostic clinique évoquant une syphilis
o Évaluation de la réponse au traitement
o Démonstration d’une récidive ou d’une réinfection surtout chez les populations à

risque
2.7. Traitement
➢ Benzathine pénicilline : 2,4 MU (pénicilline à distribution retardée)
o Syphilis précoce : une injection unique en IM
o Syphilis latente tardive : 3 injections IM à une semaine d’intervalle
o Aucun cas de résistance à la pénicilline (aucun échec de traitement)
➢ Allergie aux ß-lactamines : Cyclines
o Doxycycline : 200mg/j en une ou 2 prises per os
o Syphilis précoce : pendant 14 jours
o Syphilis latente tardive : pendant 28 jours
➢ Effets secondaires :
o Principalement des allergies
o Réaction de Jarisch-Herxheimer (retrouvée avec la maladie de Lyme)àà paracétamol
Réaction systémique du sujet suite à la libération de toxines par les spirochètes

tuées par le traitement à céphalées, insomnie, myalgies, arthralgies, etc…
2.8. Conclusion : Syphilis

• La syphilis est une maladie historique mais demeure toujours d’actualité
•
C’est une maladie de diagnostique direct difficile basé sur LA SEROLOGIE """
### Il est
rarement effectué.
• La syphilis est une IST qui peut en cacher d’autres !
3. Chancres mous à Haemophilus Ducrey (moins important car rarissime, plus

là à titre d’exemple)
• Endémique en zone tropicale
• Incubation courte : 3 à 7 jours
• Ulcérations : multiples, molles, douloureuses et à fond

sale
• Adénite inguinale : inflammatoire qui évolue vers le

bubon avec fistulisation spontanée et simultanée à
l’ulcération génitale.
3.1. Diagnostic
➢ Examen direct :
o Écouvillon du chancre
o Ponction du bubon à l’aiguille
o Coloration Gram : « chaine de bicyclette » (souvent Gram -)
o Culture difficile et antibiogramme
➢ Base du traitement : macrolides, C3G et Fluoroquinolones
4. Maladie de Nicolas Favre
• Lymphogranulomatose vénérienne (LGV)
• Sérotypes L de Chlamydia trachomatis
• Endémique en Asie, Afrique, Amérique du Sud, avait disparu d’Europe : émergence depuis
2004 en France.
• 3 phases :
o Primaire : micro-ulcération qui passe habituellement inaperçue (rectum, bouche) : y

penser devant un tableau de proctite
o Secondaire : parfois altération de l’état général, bubon satellite (adénopathies

inguinales, douloureuses, inflammatoires, qui évoluent vers la fistulisation en
pomme d’arrosoir)
o Tertiaire : complications locorégionales (sténose rectale, troubles du drainage

lymphatique).
4.1. Diagnostic
➢ Diagnostic direct
o Écouvillonnage du chancre, écouvillonnage des lésions rectales
o Ponction du pus ganglionnaire
o Milieu de transport adapté
o Technique : PCR ADN +++ et culture cellulaire
➢ Base du traitement : cyclines car intracellulaire
III. A RETENIR SUR LES IST ###

$$$

• Gonocoque, Chlamydia, Syphilis

• Une IST peut en cacher une autre. Toujours rechercher les IST associées à localisation
génitale ou non, dont VIH
• Prévention primaire : modification comportements sexuels à diminution du nombre de
partenaires et utilisation du préservatif lors des rapports
• Prévention secondaire : le dépistage et le traitement de tous les partenaires !
Il faut « rompre la chaîne » épidémiologique
IV. INFECTIONS GENITALES NON SEXUELLEMENT TRANSMISSIBLES
IV.A. RAPPEL ANATOMIQUE DE L’APPAREIL GENITAL FEMININ
IV.B. PRELEVEMENT VAGINAL DE ROUTINE
➢ Au niveau du cul de sac de Douglas
➢ Flore de Doderlein
➢ Examen des sécrétions vaginales à la recherche de :
o Mycose à Candida (champignons)
o Vaginose bactérienne (altération de la flore vaginale)
o Vaginite à Trichomonas vaginalis à IST
o Vaginite bactérienne
➢ Examen direct ++++ coloration de Gram : Etablissement du score de Nugent (+ il est élevé +
il y a de bactéries)
➢ Culture si suspicion de vaginite bactérienne à l’ED
IV.C. VAGINOSE BACTERIENNE
• Physiopathologie : perturbation de l’écologie microbienne du milieu vaginal, pas

d’inflammation au niveau vaginal, pas de leuco
Figure 2 - Vaginose bactérienne: Figure 2 - PV normal
• Leucorrhées grises, mousseuses, malodorantes
• Remplacement de la flore lacto-bacillaire normale par une flore anaérobie : Gardnerella

vaginalis, Prevotella, Mobiluncus
• Score Nugent ≥ 7
• (Présence de clue-cells qui recouvrent les cellules épithéliales)
• Traitement de 7 jours :
o Métronidazole : 500 mg x 2/j
o Du clindamycine : 300 mg x 2/j
o 2 antibiotiques très efficaces contre les germes anaérobies
V. A RETENIR SUR LES INFECTIONS GENITALES NON SEXUELLEMENT

TRANSMISSIBLES ###

$$$
• Concerne exclusivement les femmes

• Déséquilibre de la flore vaginale
• Vaginose bactérienne ++++++ plutôt que vaginite bactérienne
• ED du prélèvement vaginal qui donne le diagnostic (et pas la culture)
• Traitement vaginose bactérienne : métronidazole
VI. CAS CLINIQUES
VI.A. CAS CLINIQUE N°1
Patient de 40 ans =, qui présente comme ATCD dyslipidémie, HTA et hypothyroïdie traité par
Levothyrox,, se présente en consultation de maladies infectieuses pour apparition d’un tableau
d’asthénie avec une adénopathie inguinale et dure, et l’apparition d’un chancre unique, indolore, de
base indurée au palper sur le gland, après avoir eu plusieurs rapports sexuels homosexuels non
protégés depuis 4 semaines.
Quelle infection suspectez-vous ? Quels sont les caractéristiques microbiologiques

du pathogène suspecté ?
On suspecte une syphilis au stade primaire car on est face à un chancre unique et
indolore, suite à des rapports homosexuels non protégés. De plus l’asthénie et
l’adénopathie vient confirmer notre hypothèse. Phase primaire car nous sommes 6
semaines après le début des symptômes.
Agent bactérien : Treponema pallidum

Famille des spirochaetaceae, forme longue, spirale serrée et régulière, très fin. Strictement Humain,
fragile, mobile et non cultivable.
Quels sont les stades cliniques/périodes de la maladie ?
Cf Cours
Comment fait-on le diagnostic microbiologique chez ce patient ? Quels sont les résultats attendus
des différents tests ?
Sérologie ++ par test tréponémique en screening.

Test tréponémique et non tréponémique attendus
positifs (sauf si non tréponémique réalisé trop tôt)
Quelles autres infections doit-on dépister en même

temps ?
Urétrite gonococcique ou non, VIH et hépatite B. (pas

infection urinaire, ni chancre mou Ducrey)
Quel traitement est recommandé en 1ère intention ?
Benzathine benzylpénicilline, 1 injection en IM.

Si allergie : doxycycline.
Risque d’allergie immédiate à la pénicilline, réaction de Jarisch-Hexheimer.
VI.B. CAS CLINIQUE N°2
10 ans après , il est hospitalisé à l’hôpital cardiologique pour syndrome coronarien aigüe nécessitant
une angioplastie et un traitement anticoagulant en curatif avec un traitement par anti-agrégant
plaquettaire. Pendant son hospitalisation en cardiologie, le patient présente un exanthème papuleux
non prurigineux apparu sur le torse, le dos, le visage, et les paumes de mains. Pas de signes de
focalisation neurologique et pas d’insuffisance aortique ni d’anévrisme à l’angioscanner.
Devant ce tableau clinique, peut on dire à quelle période de la maladie on se trouve ? Peut on écarter
une neurosyphilis chez notre patient ?
Syphilis secondaire très tardive car syphilides sans gommes, aortite ou insuffisance de la valve
aortique.
On ne peut pas écarter la neurosyphilis car il faudrait un IRM cérébrale et une consultation
ophtalmologique.
Quels examens microbiologiques faudra-t-il demander ?
Sérologie pour la syphilis et refaire bilan IST.
Comment peut-on traiter notre patient ? Et quelle surveillance ?
Benzathine benzylpénicilline en première intention, 3 injections à une semaine d’intervalle. Mais pas
d’injection en IM car patient sous AAP.
Donc doxycycline plus adapté !
Surveillance à 3, 6 mois, 1 et 2 ans. On doit observer une décroissance à 6 mois avec négativité à 2 ans.
VI.C. CAS CLINIQUE N°3
Patient de 26 ans, comme principal ATCD présente un rhumatisme axial traité par USTEKINUMAB
90mg, sous PreP, qui se présente aux urgences pour dysurie, brûlures mictionnelles et des douleurs
pelviennes depuis 4 jours. A l’examen clinique =, écoulement blanchâtre sans adénopathie inguinale.
Quels sont les bactéries principales responsables de ce tableau clinique ? Parmi celles-ci, laquelle
suspectez-vous ?
On suspecte le Neisseria gonorrhoeae car le patient se trouve sous PreP et présente une dysurie,
brûlures mictionnelles et pelviennes, un écoulement blanchâtre (+++) et aucune adénopathie
inguinale.
Les bactéries suspectées pour un patient jeune sous PreP avec rapports à risque sont : Neisseria
gonorrhoeae, chlamydia trachomatis et mycoplasma genitalum. Ensuite, les écoulements blanchâtres
nous font pencher vers le Neisseria gonorrhoeae.
Quels sont les caractéristiques microbiologique de la bactérie responsable ?
Famille Neisseriaceae, strictement humain, Cocci Gram -, diplocoque, aérobie exigeante et fragile.
Comment faites-vous le diagnostic microbiologique ?
Prélèvement 1er jet urine, prélèvement écoulement urétral si possible. Hémoculture si fièvre.
PCR uniquement pour les prélèvement urinaires mais ne permet pas d’établir un antibiogramme donc
culture nécessaire. Donc culture sur prélèvements urétraux ++
Quels sont les différents tableaux cliniques produits par le pathogène en cause ?
Cf Cours
Quel est le traitement antibiotique de 1er intention pour traiter cette IST ? Quel molécule peut-on
utilisé si le patient présente une allergie au B-lactamines. Faut-il associer un traitement ?
CEFTRIAXONE en dose unique en 1er intention.

Si allergie : Azitromicine, Ciprofloxacine, Gentamicine.
Toujours associer un traitement anti Chlamydia +++
Quel suivi et prévention faut-il conseiller au patient ?
Contrôle clinique à J7 et microbiologique si échec clinique.

Préservatif et protection pour les 7 premiers jours.
Dépistage et traitement du partenaire.

UE13 Bactériologie 2022.09.14 Infections Génitales Et Infections Sexuellement Transmissibles

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Infections génitales et infections sexuellement transmissibles | Bactériologie • UE13

Tutorat des Etudiants Carabins Sudistes

Faculté de Médecine Lyon Sud

FGSM3 – UE13 : BVH

Infections génitales et infections

Peu ou pas du tout X

POINTS MIS EN AVANT PAR LE PROFESSEUR

Mis en gras, avec des petites étoiles

NOUVEAUTÉS DE CETTE ANNÉE

PARTIES NON ABORDÉES CETTE ANNÉE

INFECTIONS GÉNITALES IST

NON sexuellement transmissible VIH

Ce cours traitera exclusivement des infections génitales bactériennes

- Infections génitales non sexuellement transmissibles

II. LES INFECTIONS SEXUELLEMENT TRANSMISSIBLES BACTERIENNES A

II.A. DEFINITION ET QUELQUES POINTS D’EPIDEMIOLOGIE

• Elles sont cosmopolites, et en grande augmentation.

• Pronostic fonctionnel : stérilité +++, surtout les Chlamydioses

• Bouffée épidémique en Occident surtout ces 10 dernières années

II.B. CLASSIFICATION CLINIQUE DES I.S.T

C’est très souvent la femme qui est asymptomatique et l’homme symptomatique.

Signes associés parfois trompeurs :

Signes extra génitaux :

II.C. AGENTS ETIOLOGIQUES

• Neisseria gonorrhoeae (Gonocoque) à écoulement

➢ Parasitaires : Trichomonas vaginalis à écoulement

➢ Virales : Papillomavirus, Herpes (ulcération), VIH, VHB, sida

PATHOLOGIE (SYNDROME OU MALADIE) à connaitre +++

Agents Urétrite Ulcération Adénite (bubon) Autres pathologies

Neisseria Septicémie, stérilité,

Stérilité, conjonctivite NN,

II.D. LES BACTERIES RESPONSABLE D’URETRITE ET CERVICITE

1. Les urétrites (chez l’homme)

CLINIQUE • Écoulement blanchâtre/purulent (urétrite gonococcique) ou séreux/clair (urétrite

• Brûlure urétrale, dysurie, pollakiurie, pas de signes généraux (juste localisés)

ETIOLOGIES • Gonocoque (« chaude pisse ») : Neisseria gonorrhoeae : responsable d’urétrite

• Chlamydia trachomatis sérotype D-K

• Mycoplasma genitalium, M. hominis, Ureaplasma urealyticum : responsable

1.1. Les urétrites : que prélever ?

COMMENT ? POURQUOI ? QUELS EXAMENS ?

· Recueil du 1er jet

2. Les orchi-épididymites (chez l’homme)

3. Les cervicites (chez la femme)

• Complications à long terme : stérilité tubaire, grosses, extra-utérine, douleurs

• Absence de fièvre sauf si infection haute

ETIOLOGIES • Gonocoque (« chaude pisse ») : Neisseria gonorrhoeae

3.1. Les cervicites : Que prélever ?

Prélèvement · Mise en place du · 1 écouvillon : recherche · Examen direct :

·Culture cellulaire pour

4. Infections génitales hautes

ECOLOGIE o Pathogène strict (si on le retrouve, on a la maladie, pas de porteur sain)

o Diplocoques à Gram négatif (roses) accolés « en grain de café » intracellulaire

BACTERIOLOGIE o Bactérie aérobie exigeante et fragile

➢ Incubation : courte (< 7 jours)

o Urétrite aigue : atteinte primaire la plus fréquente et très

o Prostatite, orchite et épididymite associés

o Urétrite, cervicite, vulvo-vaginite : souvent pauci-symptomatiques (moins

o Localisations au-delà de l’endocol : salpingites

➢ Dans les deux sexes :

o Septicémie, endocardite infectieuse (exceptionnelle)

o Formes aigues disséminées notamment articulaires (arthrite suppurée), méningée

➢ Chez le nouveau-né : complications oculaires (conjonctivite), on donne des collyres à nitrate

o Avant tout traitement et si possible au laboratoire de ville