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Culture Documents
Faculté de Médecine
Département de Pharmacie
Dr L.Rezkallah
Laboratoire de Parasitologie-Mycologie
Année universitaire: 2019-2020
Introduction-Définition
Culture Technique de laboratoire
Présence ou absence
des champignons Conditions
optimales
Développement (isolement)
et Identification
des champignons
Culture en mycologie :
Primordiale, indispensable, obligatoire et systématique
Nécessaire au diagnostic et source de contamination
Intéresse tout type de prélèvement
Intérêt de la culture
↗ % de résultats positifs
Redresser ED faussement négatif →↗ sensibilité de
l’ED
Culture combinée à Affirmer ou infirmer présence de champignon
l’examen direct (ED) Précise le genre et l’espèce du champignon
Source de contamination, Intérêt épidémiologique
Intérêt TRT, Réaliser un antifongigramme
Isolement Identification
(Macro et Micro)
Des champignons
Intérêt de la culture
Culture est :
Prélèvement souillé
Culture en mycologie: Reproduire experimentalement la maladie
Utilise:
Milieux d’isolement et Milieux d’identification (choisis en fonction de
l’orientation Dg)
Depend:
Qualité et l’origine de l’agar
pH des milieux
Température d’autoclavage : ½ contenant glucose:T° max d’autoclavage
(pas > 110°C) Caramélisation
Milieux de culture en mycologie
Milieux
Milieux d’isolement
d’identification
Sabouraud-
Sabouraud-
Chloramophénicol- Choisis
Chloramophénicol
Actidione fonction du Dg
(SC)
(SAC)
Levuriformes Filamenteux
Culture en mycologie
Milieux (1/2) d’isolement
Sabouraud glucosé
Glucose…………………………20g
NB:
•Milieux coulés en tubes:
Peptone……………………..10g
Préférable (aux boîtes de Pétri )
Agar……………………………20g
(quand croissance lente)
Eau distillée………………..1000ml
•Tubes fermés au coton :
pH 6 à 6,5
Préférables aux tubes à vis métalliques
Autoclaver pendant 15mn à 115°C
(Atmosphère en aérobie )
Conservation pendant 1 à 2 mois a + 4°C
Milieux Milieux
d’isolement: d’identification:
SC et SAC Fonction du Dg
Champignons Champignons
Levuriformes Filamenteux
Milieux d’identification
Pour la plupart des champignons filamenteux:
les milieux d’isolement sont des milieux
d’identification
Pour les levures il faut des milieux
d’identification
Milieux d’identification
Souche stréile sur ½ Sabouraud
Sporulation
(conidiogenèse, fructification)
Production de pigment
Favorise:
Sporulation
Production de pigment:
•Rouge vineux (Rouge ou
violet) (T.rubrum)
•Jaune-orangé ( M.canis) T.rubrum M.canis
Milieu peptoné à 3% (Sabouraud conservation) :
Peptone…………………….30g
Agar………………………….20g
Eau distillée………………1000ml
pH : 6,5
Autoclaver 15mn à 120°C
M.persicolor T.mentagrophytes
Brain-Heart Infusion Agar:
Brain-Heart Infusion (bioMerieux)……….37g
Agar …………………………………………………….20g
chloramphénicol………………………………….0,5g
Eau distillée ………………………………..qsp 1000ml
pH : 7,4
Ce milieu riche favorise, tout comme les géloses au sang, la Csse de
T.verrucosum → Incubation à 32°C est toutefois préférable pour cette
espèce
T.violaceum et T. schoenleinii
Milieu de Takashio (Sabouraud dilué) :
Glucose …………………………………………..02g
Néopeptone ……………………………………01g
MgSo4 ……………………………………………..01g
KH2PO4 …………………………………………...01g
Agar ……………………………………………….20g
Eau distillée ……………………………..qsp 1000ml
pH : 6,2
Favorise la sporulation.
Excellent milieu pour obtenir forme sexuée du complexe T.mentagrophytes
Milieu PDA (Potato-Dextrose-Agar) :
Difco TM Potato-dextrose-agar 39g
Eau distillée qsp 1000ml Autoclaver 15mn à 121°C
pH : 5,6
Phytone 10g
Glucose 10g
Agar 20g
Eau distillée qsp1000ml
Chloramphénicol 0,5g
pH :5,5
T.verrucosum:
Milieu de base (gélose de Sabouraud par exemple)
+
Mélange de vitamines ( thiamine, biotine, nicotinamide, inositol)
Sabouraud-chloramphénicol……………………………………..1000ml
Recherche de la réductase
C.albicans Blanc crème→ Rx négative
C.tropicalis Rouge foncé à violet (Rouge violet)→ Rx positive
Guizzotia abyssinica (Milieu de Graines de Niger pour isolement de C.
neoformans) ou milieu de Shields-Ajello :
Graines de Niger broyées………………………………………70g
Eau distillée………………………………………………………….350ml
Autoclaver. Filtrer sur gaze. A 200ml de cet extrait, ajouter :
Eau distillée………………………………………………………....800ml
Glucose………………………………………………………………..10g
Agar……………………………………………………………………..20g
Créatinine…………………………………………………………….0,78g (facultative)
Chloramphénicol………………………………………………….0,5g
Autoclaver, refroidir. Ajouter :
Diphényle…………………………………….0,1g
dissous dans éthanol à 95°………..10ml
Incubation 30 à 37°C
Auxacolor®2 (Bio-Rad) :
15 tests colorimétriques dont 13 reposent sur l’assimilation de sucres
2 dernières cupules permettent la recherche des activités enzymatiques:
Hexosaminidase (HEX)
Phénol oxydase (POX)/Proline arylamidase (PRO)
La galerie « Auxacolor »
Auxacolor®2 (Bio-
Rad): 16 cupules:
C Neg, assimilation
de 13 sucres, 2
enzymes ( HEX et
POX/PRO)
Espèces genre
Candida
Cryptococcus,
Trichosporon,
Rhodotorula ou
Saccharomyces
Geotrichum
Interprétation:
Après traduction du profil d’assimilation en un code numérique:
Identification de l’espèce est assurée par comparaison à des bases de
données
Zymogramme:
Etude de l’assimilation des sucres en anaérobiose
(réalisée en recouvrant les cupules d’huile de paraffine)
Assimilation par la voie fermentative
↓
Virage de l’indicateur de pH en raison de production de
métabolites acides.
Discrimination entre C.albicans et C.dubliniensis, 2 espèces
très voisines :
Exemple :
N-acétyl-β-D-
galactosaminidase
↓
C.albicans
Milieux chromogènes (Milieux chromogéniques,
Géloses chromogéniques)
Particulièrement indiqués: Dg des candidoses
Plus onéreux que les milieux standards
Gain du temps (24 à 48 heures)
Facilite la détection des associations de levures
Identifier directement C.albicans (Identification du cplexe C. albicans/
C.dubliniensis): :
Colonies en bleu (Candida ID®2, bioMérieux)
Colonies en vert (CHROMagar® Candida, Becton-Dickinson)
Pas ≠ ciation entre colonies de C. dubliniensis et C.albicans (très
voisines) → Identification du cplexe C. albicans/ C.dubliniensis
Identification présomptive des espèces non albicans Tests
complémentaires pour identification précise
Exp : isolement sur milieu chromogène CandiSelectTM4
C.albicans→ colonies rose violet
C.tropicalis→ colonies bleu (turquoise)
Recherche de la phénoloxydase :
Milieu de Guizzottia abyssinica (à base graines de niger) , en 2 à 3
jours, à 27°C:
Levure se colore en brun foncé à noir Pigmentation des
colonies.
Cette couleur brune est due à la phénoloxydase
Ce caractère fait partie des galeries Auxacolor® et Fungichrom® et
se recherche en même temps que l’assimilation des sucres.
(T de croissance)
Lecture et interprétation des résultats
N'effectuer la lecture que si les cupules Témoins de croissance (T+) sont roses.
Observer l'éventuel virage de couleur dans les cupules contenant les ATF par
rapport aux cupules témoin négatif (bleu).
Interpréter en fonction de la couleur des 2 cupules pour chaque
ATF :
Bleu-Bleu = absence de croissance : souche inhibée par l‘ATF
in vitro
Rose-Bleu = faible croissance : souche intermédiaire
Rose-Rose = croissance : souche non inhibée par l'antifongique in vitro.
Antifongigramme: Aspergillose
exploration de l’activité direct sur le champignon