DÉMONSTRATION DE LA

SIMULATION MD DES PROTÉINES

DANS L'EAU AVEC GROMACS

Réalisé par: BEKKI FOUZIA

PLAN
I. Equilibration du system
II. Analyse des données de simulation de DM
III. Visualisation du trajet de la DM sur PyMol 

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EQUILIBRATION
La dynamique moléculaire à l'équilibre fournit une
distribution constante des propriétés, que ce soit la
densité, la température ou la pression, à travers une
partie donnée du système afin que l'ensemble du système
agisse à l'unisson

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EQUILIBRATION

Température
Pression
NVT
NPT

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LE DOSSIER TEST

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 EQUILIBRATION DE LA TEMPÉRATURE

 -c: input the coordinate file.

 -r: restain all the heavy items which are present on our coordinate file.
 -p: update the file.
 -v: make the output verbose.
 -deffnm: define output file name. 6
7
8
9
OUTPUT OF TEMPERATURE
EQUILIBRATION

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OUTPUT OF TEMPERATURE
EQUILIBRATION

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OUTPUT OF TEMPERATURE
EQUILIBRATION

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PRESSURE EQUILIBRATION

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14
15
16
17
RESULTS OF TEMPERATURE
EQUILIBRATION

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RESULTS OF TEMPERATURE
EQUILIBRATION

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RESULTS OF TEMPERATURE
EQUILIBRATION

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LE FICHIER MD.MDP

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LE PARAMÈTRE NSTEPS

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LE PARAMÈTRE REF_T

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EXÉCUTION DE LA PHASE FINALE DU
MDS

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EXÉCUTION DE LA PHASE FINALE DU
MDS

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26
27
28
ANALYSE DE SIMULATION DE
DONNÉES DE DYNAMIQUE
MOLÉCULAIRE

Root Mean Square Deviation RMSD:

  La mesure de la distance moyenne entre les
atomes (généralement les atomes du squelette)
des protéines superposées.

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EXEMPLE DE GRAPH DE RMSD

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Root Mean Square Fluctuation RMSF:
Une mesure du déplacement d'un atome
particulier, ou d'un groupe d'atomes, par rapport à
la structure de référence, moyennée sur le
nombre d'atomes. Le RMSD est utile pour
l'analyse des mouvements dépendant du temps
de la structure.

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EXEMPLE DE GRAPH DE RMSF

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Radius of Gyration:
Le rayon de giration décrit la propagation globale
de la molécule et est défini comme la distance
quadratique moyenne de la collection d'atomes à
partir de leur centre de gravité commun.

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Solvent Accessible Surface Area SASA:
La surface caractérisée autour d'une protéine par
un centre hypothétique d'une sphère de solvant
avec la surface de contact de van der Waals de la
molécule.

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Number of hydrogen bonds:
La liaison hydrogène est une attraction
électrostatique entre un atome d'hydrogène qui
est lié à un atome plus électronégatif tel que
l'azote, l'oxygène, le fluor.

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GMX TRJCONV
gmx trjconv peut convertir les fichiers de trajectoire de
plusieurs façons :
 d'un format à l'autre.

 sélectionner un sous-ensemble d'atomes.

 changer la représentation de la périodicité.

 garder les molécules multimériques ensemble.

 centrer les atomes dans la boîte.

 ajuster les atomes à la structure de référence.

 réduire le nombre de cadres.

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COMMANDS TO ANALYZE THE
MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION
DATA

-pbc: periodic boundary (mol/res/atom)

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VISUALISATION DU MD TRAJECTORY
PAR PYMOL

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40
41
42
QUIZ

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48
49
50
51
52
 MERCI POUR
VOTRE
ATTENTION
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 Pdb2gmx:
 Utiliser comme champ de force pour prepare un fichier de topologie 

 Solvate:

          Permet de mettre la protéine dans le système d'eau

 Grompp:

          Permet de créer la structure atomique ou l' input file et de

format (.tpr)
 Genion:

          Permet d’ajouter les ions et rendre les systèmes neutre

(neutraliser le  système)
 mdrum:

          Exécuter la simulation de la dynamique

moléculaire ,minimization de l'énergie et équilibration  54