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Institut Pasteur dAlgrie

Techniques Microbiologiques

Examen Cytobactriologique des Urines

(E.C.B.U)

F. Djennane D. Mohammedi D. Tiouit D. Touati K. Rahal


Edition 2009

IPA Techniques Microbiologiques

Examen Cytobactriologique des Urines

Ed. 2009

Dja parus dans la collection : Institut Pasteur dAlgrie Techniques Microbiologiques:

- M.N Ouar-Korichi-H.Senouci-K.Rahal Diagnostic bactriologique et srologique de la brucellose. ANDS 1998, 1ere dition, 33pages - R.Bellouni-H.tali-Maamar-K.Rahal Etude cytobactriologique et cphalorachidien. ANDS 2000. 52pages - A.Benslimani-K.Rahal. Prlvements gnitaux. ANDS 2001. 128 pages. - A.S Merad-H.Tali-Maamar-K.Rahal Diagnostic bactriologique et antibiothrapie des infections oculaires . ANDS 2003 . 40 pages. - M.N Ouar-Korichi-H.Senouci-K.Rahal Diagnostic bactriologique et srologique de la brucellose humaine. ANDS 2005 2eme dition. 58 pages - N.Ramdani-Bouguessa-K.Rahal Diagnostic bactriologique des infections respiratoires ANDS 2006 . 48 pages. - M.Azouaou.M.Lazri.S.Mahrane.H.Senouci Diagnostic de la diphtrie ANDS 2007 . 94 Pages biochimique du liquide

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SOMMAIRE
CHAPITRE I................................................................................................................ 4 INTRODUCTION .......................................................................................................... 5 GENERALITES............................................................................................................. 6 RAPPEL ANATOMOPHYSIOLOGIQUE .................................................................................. 7 Rappel anatomique ............................................................................................... 7 Portes d'entres..................................................................................................10 Facteurs favorisants linfection urinaires ....................................................................11 Moyens de dfense de lhte ..................................................................................12 RAPPEL CLINIQUE ..................................................................................................... 14 Cystite .............................................................................................................14 Pylonphrite ....................................................................................................14 Prostatite .........................................................................................................14 LE PRELEVEMENT...................................................................................................... 16 Indications de lE.C.B.U ........................................................................................16 Les conditions du prlvement ................................................................................17 Le matriel....................................................................................................17 Moment du prlvement ....................................................................................18 Toilette ........................................................................................................18 Recueil des urines ...........................................................................................18 Prlvement durine pour des recherches spcifiques.................................................23 Transport ......................................................................................................24 Conservation ..................................................................................................24 CHAPITRE II ............................................................................................................. 25 Examen cytobactriologique des urines...........................................................................26 Examen macroscopique...............................................................................................26 Dtermination du PH urinaire ...................................................................................... 26 Examen microscopique .............................................................................................. 27 Examen ltat frais ............................................................................................27 Examen direct aprs coloration ...............................................................................33 Culture .................................................................................................................. 35 Techniques densemencement ................................................................................35 1- Mthode de rfrence : Mthode de KASS Modifie.................................................35 2- Mthode lanse calibre ...............................................................................36 3- Lames immerges .........................................................................................37 4- Tests rapides ..............................................................................................38 5- Techniques base de milieux chromogniques ......................................................40 Choix des milieux de culture...................................................................................44 1- Milieux pour numration bactrienne .................................................................44 2- Milieux disolement ......................................................................................44 Incubation.........................................................................................................45 Aspect des colonies..............................................................................................45 Identification biochimique des colonies......................................................................48 1- Caractres biochimiques dorientation rapide .......................................................48 2- Identification classique ..................................................................................49 3- Identification rapide (API system)......................................................................50 4- Identification des colonies sur milieux chromognes ...............................................51 5- Identification antignique ...............................................................................52 6- Antibiogramme ...........................................................................................52 Chapitre III.............................................................................................................. 53 Interprtation de lECBU ............................................................................................ 54 Interprtation selon la bactriurie et la leucocyturie......................................................... 55 Interprtation selon les germes ................................................................................... 60 Interprtation chez le transplant rnal......................................................................... 62 Chapitre VI ............................................................................................................. 63 Epidmiologie .......................................................................................................... 64 Annexe .................................................................................................................. 70 Rfrences bibliographiques....................................................................................... 74

CHAPITRE I

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INTRODUCTION
Linfection urinaire est une pathologie frquente, cest ainsi quelle constitue le principal motif dexploration microbiologique (lexamen cytobactriologique des urines reprsente plus de la moiti des examens bactriologiques), de mme quelle est la 2me pathologie infectieuse rencontre en pratique extra hospitalire et ncessite un traitement antibiotique, do des consquences sur le cot des soins et le dveloppement des rsistances. Si lECBU permet un diagnostic formel de toute infection, sa qualit est conditionne par un bon prlvement, une technique rigoureuse au laboratoire et lutilisation de critres dinterprtation reconnus. La prise en charge correcte dune infection urinaire ncessite la prise en compte de 4 lments dcisionnels : Clinique : - Sexe du patient - Linfection : siges, symptmes, tiologie, volution, complexit Bactriologique : Bactrie : - Espce - Sensibilit aux antibiotiques Epidmiologique : Connatre les rsistances rgionales ou nationales. Pharmacologique : Antibiotiques - Diffusion - Demivie Le diagnostic de la tuberculose sera seulement voqu suivantes : Mthodes de diagnostic bactriologique diffrentes Germe particulier (mycobactries) Atteinte souvent mixte (appareil gnital et urinaire) Traitements diffrents. pour les raisons bactriennes locales,

Symptomatologie et circonstances de dcouverte souvent diffrents

Chapitre I : Gnralits

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GENERALITES
Les infections des voies urinaires sont dfinies par la prsence dun nombre significatif de bactries qui se dveloppent au niveau des voies excrtrices urinaires hautes ou basses. Il existe trois types dinfections urinaires selon lorgane de lappareil urinaire quelle touchent : La cystite ou linfection de la paroi vsicale avec pullulation bactrienne dans les urines. La pylonphrite ou infection du parenchyme rnal La prostatite ou infection de la prostate

Une autre situation infectieuse urinaire est constitue par la bactriurie asymptomatique ou la colonisation, ainsi dnomme en labsence de signes cliniques urinaires dorientation, elle correspond lune des 3 infections prcdentes. Linfection est dite simple en labsence danomalies urologiques dcelables ou jouant lvidence un rle dans sa survenue et / ou sa prsentation. Elle est dite complique ( ne pas confondre avec une infection urinaire grave ou svre) lorsquune anomalie urologique haute ou basse entrane une stase urinaire ou lorsquun corps tranger tel un calcul mme minime constitue un gte bactrien. Les infections urinaires peuvent tre compliques galement par une maladie gnrale : insuffisance rnale, maladie de systme notamment diabte ou maladie immunosuppressive (cancer, SIDA), ou traitement immunosuppressif au long cours. Sont aussi considres comme compliques la pylonphrite aigu survenant chez la femme enceinte et dune faon plus gnrale les pylonphrites aigus de lhomme.

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RAPPEL ANATOMOPHYSIOLOGIQUE Rappel anatomique


Lappareil urinaire stend des reins au mat urtral Au niveau du rein, des papilles calicielles sopposent au reflux intra rnal Des mouvements pristaltiques urtraux favorisent lcoulement de lurine du rein vers la vessie Un systme anti reflux au niveau de la jonction urtro-vsicale vite le reflux des urines vers le rein lors de la miction La vessie svacue par lurtre. Un double sphincter existe au niveau de la jonction urtro-vsicale et assure la continence : sphincter lisse : commande rflexe sphincter stri : commande volontaire Schema de larbre urinaire

SCHMA DE LAPPAREIL URINAIRE


(coupe frontale)

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Schma de lappareil uro-gnital fminin


(Coupe sagittale)

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Schma de lappareil uro-gnital masculin


( coupe sagittale )

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Portes dentres
Tout larbre urinaire est physiologiquement strile, lexception des derniers milimtres de lurtre et ceci, bien que lurine soit pour de nombreux germes un bon milieu de culture, linfection peut se faire par plusieurs voies. 1- Colonisation par voie ascendante : Elle est la plus frquente, les germes dorigine intestinale ou prinale cheminent le long de lurtre jusqu la vessie. La contamination est spontane ou provoque. Spontane : Normalement, lurine et larbre urinaire sont striles sauf les derniers millimtres de lurtre La bactrie migre au niveau du prine puis le mat urinaire, remonte le long de lurtre et colonise la vessie : signes de cystite Linfection peut se propager vers (pylonphrite), la prostate (prostatite). luretre, le rein

Provoque (infection iatrogne) Le germe est apport de lurtre vers la vessie par des manuvres instrumentales :cystoscopie, cathtrisme vsical et sonde vsicale.

2- Colonisation par voie hmatogne Plus rare que la voie ascendante Contexte de sepsis gnralis Contamination du rein donnant une pyelonphrite ou plus rarement un abcs du rein Est plus frquente chez le nouveau n

3 Autre voie (Exceptionnellement) : Urines infectes par effraction de larbre urinaire : traumatisme, tumeurs, fistules .

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Facteurs favorisants linfection urinaire


1- Facteurs lis la bactrie elle mme : a. facteurs dadhsion (fimbriae) et autres facteurs non spcifiques, non lis aux fimbriae : Pour chapper aux mcanismes de dfense de lhte, les bactries uropathognes dveloppent de nombreux mcanismes pour adhrer et envahir les tissus. Escherichia coli - Produit des facteurs modulant sa virulence dans le tractus urinaire (rsistance la phagocytose et laction du complment) : ** Adhsine Sont des sites de glycoreconnaissance essentiellement fimbriale mais aussi la surface de la bactrie On distingue : - Adhsine type 1 mannose sensible. - Adhsine type 2 mannose rsistante. ** Toxines - Toxine cytotoxique ncrosante - Hmolysine alpha : Cytotoxique pour les cellules rnales pithliales Permet aux bactries de sencapsuler et dchapper la raction inflammatoire Libre le fer hminique et favorise sa biodisponibilit ** Antigne de surface - AgO : portion externe du Lipopolysacharide de la membrane externe de paroi. - Agk : polysaccharide capsulaire. Proteus mirabilis - Le pouvoir dadhrence par son adhsine la Proteus mirabilis fimbriae (PMF) est mdiocre ce qui exliquerait sa raret dans les infections urinaires habituelles. Cependant, il possde une urase qui entrane la production durine alcaline favorisant la production de calculs. - Flagelles : progression dans larbre urinaire - Hmolysine et protase - Urase : production dammoniac qui entrane une alcalinisation de lurine.

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Staphylococcus saprophyticus : - Il adhre fortement lurothlium par des lsions relatives un rsidu lactosamine. Son pouvoir pathogne est amplifi par la production du slime.

Pseudomonas aeruginosa possde une capsule polysaccharidique paisse qui le protge de la phagocytose et de la fixation par les anticorps.

b. linoculum bactrien : quantit des bactries qui arrivent au niveau du tractus urinaire 2- Facteurs lis lenvironnement : Le principal facteur cest le pH Le pH urinaire est acide, donc inhibe la croissance bactrienne. Une variation du pH urinaire vers lalcanisation entrane une multiplication bactrienne. 3- Facteurs lis lhte a- Anomalies morphologiques de larbre urinaire b- Limmunit humorale : (rle des IgA scrtoires dans la dfense vis-vis des agressions bactriennes : leur diminution peut entrainer une augmentation du taux dinfection du tractus urinaire). c- Faible rponse immunitaire de lhte : grossesse, diabte, manuvre instrumentale (sondage), jeune enfant d- Hygine de vie : boissons en quantit insuffisante.

Moyens de dfense de lhte


Diurse importante (1,5l/j) : le flux durine dlivr par les reins dilue la concentration durine pH acide des urines (< 5,5) Osmolarit faible (< 200 milliosmoles) Concentration leve dure urinaire et autres acides organiques. Une modification entrane soit une augmentation du PH et donc augmentation des risques dinfections, soit linverse une diminution du PH (acidification des urines) et donc diminution du risque dinfection.

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Chez lhomme : - Scrtions prostatiques acides - Longueur de lurtre

Intgrit de la muqueuse vsicale avec une couche de mucopolysaccharides acides. La proteine de Tamm-Horsfall (secrte par le rein) inhibe les fimbriae et amliore la clarance bactrienne lors de la miction. Rle bactricide du mucus vsical La prsence dIgA scrtoires empche ladhrence des bactries sur les cellules pithliales.

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RAPPEL CLINIQUE
Cystite
Cest linfection de la vessie, elle se manifeste par un ou plusieurs des signes suivants : Dysurie habituellement associe une pollakiurie Un besoin imprieux de miction Des brlures mictionnelles Une douleur supra-pubienne

La cystite isole ne sassocie ni de la fivre ni des douleurs lombaires

Pylonphrite
Le syndrome infectieux signe latteinte parenchymateuse. La fivre peut saccompagner de frissons vocateurs dune bactrimie. Les douleurs lombaires et/ ou abdominales orientent vers une pylonphrite aigu. Ces lombalgies sont en rgle gnrale unilatrales irradiation descendante vers le pubis et les organes gnitaux externes, elles peuvent saccompagner de signes digestifs tels que nauses et vomissements. A lexamen les fosses lombaires sont souvent emptes.

Prostatite
Prostatite aigu Comme pour la pylonphrite aigue latteinte du parenchyme prostatique saccompagne de fivre et de frissons. La prostate est trs douloureuse, tendue associant un ou plusieurs signes cliniques : Pollakiurie Rtention aigu durines Parfois tableau de septicmie

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La prostatite chronique : Elle est souvent pauci symptomatique, on peut trouver : Une douleur prinale Une dysurie Des brlures mictionnelles Des douleurs pelviennes Des douleurs scrotales Une jaculation douloureuse Une hmospermie urinaire ou bactrienne

Elle est souvent lorigine dinfection asymptomatique rcidivante chez lhomme. Abcs du rein

Cest une maladie rare et de pronostic grave sans traitement. Son diagnostic est souponn sur la clinique, (tat gnral altr, fivre prolonge, frisson, douleur lombaire unilatrale par la palpation) et la biologie (hyperleucocytose, VS acclere, ECBU ngatif). Il est confirm par limagerie (Echographie, UIV, angiographie du rein). Labcs du rein est conscutif une bactrimie ou une pylonphrite non ou mal traite.

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LE PRELEVEMENT
Le Prlvement durine est une tape essentielle dans le diagnostic dune infection urinaire, sa bonne excution conditionne la qualit de lexamen cytobactriologique des urines, son but est de rcuprer les urines vsicales et dviter leur contamination par la flore de la rgion prinale.

Indications de lE.C.B.U
Situations cliniques qui conduisent demander un ECBU. 1- Syndrome douloureux Douleurs lombaires, douleurs pelviennes, brlures mictionnelles (per, pr ou post miction) sensibilit au toucher rectal de la prostate (prostatite). 2- Troubles fonctionnels de la miction Pollakiurie, incontinence urinaire, rtention urinaire, nursie secondaire chez lenfant. 3- Fivre inexplique : Elle reprsente dans ce cas un signe en faveur de la pylonphrite et de la prostatite. Chez le nourrisson et lenfant la temprature peut atteindre 39 - 40. 4- Aspect anormal des urines : Hmaturie et/ou trouble. 5- Cas particuliers du nouveau n et du nourrisson Il nexiste aucun signe spcifique. Il faut savoir voquer le diagnostic et faire un ECBU devant des signes parfois trompeurs : Fivre variable (parfois trs leve, pouvant entraner une convulsion inaugurale, mais souvent modre ou totalement absente) Septicmie surtout avant lge de 02 mois Mauvaise prise de poids ou cassure de la courbe pondrale Ictre persistant. En cas de dficience immunitaire : - Diabte - Grossesse - Transplantation rnale.

6- Infection urinaire asymptomatique :

7- LECB des urines peut galement tre ralis avant tout geste invasif sur lappareil urognitale, quil soit but diagnostic (U.C.R, Cystoscopie, rsection per endoscopique) ou thrapeutique (intervention chirurgicale).

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Les conditions du prlvement :


Le prlvement doit tre effectu en respectant certaines conditions indispensables pour assurer une bonne interprtation de lE.C.B.U Le matriel Le matriel pour la ralisation du prlvement doit tre strile : pour ceci on utilise : - Des pots striles usage unique ou des tubes col large striles. On peut avoir recours dautres matriels en fonction de lge, de ltat du malade ou de la technique utilise : - Sachet collecteur pdiatrique - Sonde, cathter ou tui pnien - Aiguille monte sur une seringue - Antiseptiques non irritants (dakin ou chlorhexidine) ou savon neutre (savon de Marseille) - Compresses striles ou une serviette propre - Gants striles (sondage, ponction sus pubienne)

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Moment du prlvement Antiobiothrapie :


Le prlvement doit tre effectu sur les urines du matin. En cas durgence on peut raliser le prlvement nimporte quel moment de la journe condition que les urines aient sjourn au moins trois heures dans la vessie savoir trois heures entre la dernire miction et le prlvement pour lanalyse. La miction est un moyen de dfense mcanique de la vessie et permet dliminer les bactries. Quand les mictions sont frquentes elles peuvent aboutir un rsultat faussement ngatif.

Toilette
Aprs un lavage hyginique des mains, la toilette locale doit tre effectue en ralisant une toilette de la rgion uro-gnitale avec un antiseptique doux (dakin, chlorhexidine) ou un savon neutre (savon de Marseille) : Chez la femme : La toilette est ralise au niveau de la rgion vulvaire davant en arrire pour liminer les germes vulvovaginaux et digestifs. La toilette concerne le mat urinaire (verge, gland) et aprs rtraction du prpuce (dcalotter le prpuce) pour le garon non circoncis.

Chez lhomme :

Aussi bien chez la femme que chez lhomme, on rince abondamment leau claire, pour liminer lantiseptique qui peut entraver la culture des bactries, et essuyer avec une compresse strile ou une serviette propre. Le prlvement des urines doit tre effectu avant toute antibiothrapie. Une fentre thrapeutique de 48h 72h est ralise si le malade est sous traitement antibiotique. Chez un enfant prsentant une malformation de larbre urinaire avec une antibioprophylaxie, le prlvement est ralis malgr la prsence de lantibiotique.

Pour un contrle, dune infection urinaire traite, le prlvement doit tre ralise 48 h aprs larrt du traitement antibiotique.

Recueil des urines


Il existe plusieurs techniques de prlvement adaptes lge et ltat du malade, mais toutes doivent tre soumises aux conditions dasepsie rigoureuse. - La technique du milieu du jet : Cette technique est simple et ralise chez des malades autonomes et cooprants adultes et enfants de plus de deux ans. Elle est ralise chez lenfant de plus de 02 ans et chez ladulte (homme et femme).
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Elle consiste liminer le premier jet urinaire (20 ml) qui peut contenir jusqu 104 UFC/ml de bactries provenant de la flore urtrale, le milieu du jet qui correspond lurine vsicale est rcupr dans un pot strile qui nest ouvert qu la fin de la toilette sans toucher le bord suprieur du rcipient, et aprs limination du dernier jet, le tube est ferm hermtiquement. Chez la femme il faut carter les grandes lvres, et en cas de leucorrhes importantes il faut placer une compresse au niveau de la rgion vulvaire, afin dviter toute contamination par la fore vaginale. - Sachet collecteur : Le collecteur ou la poche urine est une technique simple et non invasive. Elle est rserve aux nouveaux ns et nourrissons qui ne font pas de miction la demande. Le collecteur durine prsente une partie adhsive quon colle sur la rgion prinale pralablement dsinfecte et essuye afin dassurer son adhrence et viter le contact avec la partie anale. Le collecteur est laiss en place vingt trente minutes. Si le nourrisson na pas urin au bout de 30 mn, il faut placer un nouveau collecteur aprs une nouvelle toilette ; la miction peut tre stimule en donnant boire au nourrisson. la fin de la miction on retire le collecteur et on le ferme en collant les parties adhsives entre elles. Chaque laboratoire doit disposer de fiches techniques pour expliquer la toilette, la technique du milieu du jet ainsi que celle du sachet collecteur, car ces deux techniques sont ralises souvent la maison par le malade ou son parent. - La ponction sus pubienne La ponction sus pubienne permet de rcuperer les urines intra vsicale, mais cest un acte invasif de pratique peu courante. La ponction de vessie est un acte mdical invasif, ralise chez les nourrissons fbriles ncessitant une antibiothrapie en urgence, ainsi que devant des rsultats douteux sur plusieurs prlvements raliss par voie basse.
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Elle est ralise au moins 4 heures aprs la dernire miction (vessie pleine) afin de visualiser le globe vsical. Le nourrisson est allong, les rgions sous ombilicale et sus pubienne sont nettoyes puis badigeonnes dalcool iode, le mdecin porte des gants striles et ponctionne avec une seringue strile verticalement sur la ligne mdiane en plein matit un centimtre au dessus de la symphyse pubienne. Lurine est aspire, laiguille est capuchonne et le point de ponction est comprim. - Sondage vsical ou Cathtrisme vsical : Cest une technique invasive indique dans des cas particuliers tel que : Rtention vsicale, Problme dincontinence chez les personnes ges et chez la femme Cette technique est viter car elle prsente des risques dinfections iatrognes lors de la pose de la sonde et doit tre ralise dans les conditions dasepsie rigoureuse.

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On distingue diffrents systmes de sondage vsical : - Le sondage demeure avec un systme ouvert : Le prlvement est ralis par ponction au moment de la miction des urines avec une seringue strile au niveau de la paroi de la sonde aprs dsinfection et clampage en aval, le point du prlvement est obtur par du sparadrap. Ce prlvement nest pas reprsentatif de lurine vsicale car les bactries adhrent la paroi de la sonde et un biofilm se forme autour delle. Il est donc prfrable de raliser le prlvement au moment du changement de la sonde, si possible. - Le sondage demeure avec systme clos : Cette technique est plus representative, car elle soppose la colonisation par les bactries grce aux valves anti retour. Il existe un site de prlvement et un site de drainage du collecteur . Lurine doit tre prleve au niveau du site de prlvement sur la tubulure de la poche aprs sa dsinfection avec un antiseptique. Lurine est recueillie laide dune seringue strile. Pour les deux types de sondage, le prlvement au niveau de la poche de collection des urines est proscrit car il y a une pullulation microbienne importante.

- Le sondage urinaire intermittant : Il est ralis uniquement au moment du prlvement en introduisant une sonde urinaire dans la vessie. Le recueil de lurine se fait directement dans un tube strile. - Cathtrisme urtral : Il permet davoir les urines du rein gauche ou droit, aprs dsinfection de lextrmit de la sonde, on recueille les urines en demandant au malade en dcubitus latral de tousser plusieurs reprises. - Cathtrisme sus pubien : Il constitue le seul moyen pour raliser un prlvement quand lurtre nest pas accessible ou trop abm, cest un mode de drainage assez confortable mais il ncessite un spcialiste pour la technique. En cas durtrostomie et sans sondage, le prlvement est ralis avec un collecteur durine aprs un nettoyage de la stomie urinaire
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- Etui pnien : Le prlvement par lintermdiaire dun tui pnien est ralis en cas dincontinence sans rtention urinaire, ce systme est non traumatisant et reste confortable pour le malade,il est prfr au sondage pour le sexe masculin. Si le malade porte dj un tui pnien il faut lenlever, raliser une toilette et placer un nouvel tui pnien avec un sac vidangeable. Ltui pnien, comme le sac collecteur, ne doit pas tre gard plus de vingt 30 minutes. Les urines sont recueillies directement de ltui penien, a travers son orifice, vers le pot strile.

Cas particulier de la prostatite : dans ce cas le prlvement est ralis selon la technique de MEARS-STAMEY. Aprs une abstinence sexuelle dau moins 03 jours et aprs une toilette soigneuse, on rcupre les premires urines et 10ml du milieu du jet. Aprs arrt de la miction, le mdecin pratique un massage prostatique et les gouttes du liquide prostatique tombent directement dans le pot strile, les trois pots sont tiquets avant dtre envoys au laboratoire

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Prlvement durine pour des recherches spcifiques


Recherche de mycobactries : Aprs une restriction hydrique, on rcupre la totalit des urines du matin, trois jours de suite dans des conditions dasepsie rigoureuse Recherche des leptospires : A partir de la deuxime semaine de linfection, les leptospires sont excrtes dans les urines de faon intermittente mais prolonge. Il faut donc rpter le prlvement et le raliser de prfrence au laboratoire car il faut des urines frachement mises encore tides afin de raliser un examen direct avec un microscope fond noir ou une culture sur milieux spciaux. Recherche de gonocoque : Dans le cas durtrite gonococcique sans coulement purulent, la recherche du gonocoque peut tre effectue sur le premier jet urinaire. Recherche de mycoplasmes : Raliser un prlvement urtral sans miction depuis trois heures, avec un couvillon ou une anse calibre. Ce prlvement est associ au premier jet urinaire et aux secrtions prostatiques. Recherche de chlamydia : Raliser un prlvement urtral avec un couvillon extra fin ou une curette ophtalmologique par grattage afin de ramener un maximum de cellules. Les urines sont proscrire car elles sont souvent toxiques pour la culture cellulaire. Recherche danarobies : Ralise sur des urines prleves par ponction vsicale.

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Transport
Le tube est ferm hermtiquement et tiquet correctement portant nom, prnom et heure du prlvement. Le tube doit contenir 10 20ml durine accompagn dune fiche de renseignements qui doit comporter : Lidentit du malade. Lorigine du malade hospitalis ou externe. Pathologie existante. Notion dintervention chirurgicale sur lappareil urinaire. Les signes cliniques. La prise ou non dantibiotiques, avec le nom de (ou des)antibiotique(s) et la posologie ainsi que la dure de prise. La technique de prlvement pratique.

Ces renseignements jouent un rle trs important et permettent une interprtation adquate selon les diffrents cas qui peuvent se prsenter. Le transport doit tre rapide et ne doit pas dpasser trente minutes aprs la miction. Si le transport ncessite une deux heures, lurine est place dans de la glace afin dviter les faux positifs car temprature ambiante on a une pullulation bactrienne.

Conservation
Lurine peut tre conserve douze vingt quatre heures +4C sans effet sur la bactriurie, nanmoins la leucocyturie en sera altre. La conservation est donc viter sauf en cas de ncessit.

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CHAPITRE II
Examen cytobactriologique des urines

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Examen cytobactriologique des urines Examen macroscopique


Aspect des urines : lurine normale est claire. Un aspect trouble peut tre d une infection urinaire mais aussi la prsence de cristaux ou de sels amorphes. Technique : Homogniser lurine par retournement ou par agitation mcanique et noter laspect limpide ou trouble et la prsence dune ventuelle hmaturie

Dtermination du PH urinaire
Le but tant dvaluer ltat dacidit ou dalcalinit des urines. Principe : Mesure de la concentration en ions H+. Technique : Recueil des urines fraches labri de lair et mesure du pH grce llectrode dun pH-mtre. Celui i doit etre calibr avec des solutions tampon pH = 4 ou 10 et pH = 7. Les valeurs doivent tre peu prs les mmes. Une seconde mthode, plus simple, fait appel des bandelettes revtues de deux indicateurs colors et dont le changement des couleurs allant de lorange au bleu couvre une gamme de pH de 5,0 8,5. La ralisation de ce test seffectue galement sur urines fraches. Rsultats : Le pH normal des urines varie de 4,5 7,8 en fonction de lalimentation et des modifications du pH sanguin. En cas dinfection urinaire, en particulier germes urasiques, il existe une alcalinisation intempestive. Physiologiquement, on observe une acidose de jene (la nuit) et une alcalose post-prandiale. Interprtation et intrts Cest un examen fiable permettant linterprtation des dsordres acidobasiques et laide au diagnostic ou la surveillance dun certain nombre daffections dans : - Le diagnostic des acidoses tubulaires ; - Lexploration des lithiases uriques ou cystiniques (on sait que la solubilit de ces cristaux est beaucoup plus grande en milieu alcalin) ; - La surveillance des infections urinaires rcidivantes ou urolytiques (il est alors important dassurer un pH urinaire acide). germes

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Examen microscopique
Cet examen doit tre effectu dans les deux heures qui suivent le prlvement afin de limiter laltration des lments cellulaires.

Examen ltat frais


Cest un examen qui se fait entre lame et lamelle sur cellule hmatimtrique ou sur cellule normale ; il prsente de ce fait un double intrt : Quantitatif : Numration des lments cellulaires Qualitatif : Description des diffrents lments cellulaires. a- Numration de lurine entire sur cellule numration : - Cellule de Malassez Elle permet la numration des leucocytes par mm3 La cellule de Malassez (de profondeur 0.2 mm) est constitue de 10 bandes verticales de 0.25 mm de large et de 10 bandes horizontales de 0.20 mm de large formant 100 rectangles. Le volume de la cellule est de 1 mm3. Chaque rectangle quadrill reprsente 1/100 mm3. Selon que la leucocyturie est plus ou moins importante, les leucocytes sont compts dans un volume diffrent : de un rectangle pour les fortes leucocyturie la cellule entire pour les leucocyturies voisines des valeurs normales. - Cellule de Nageotte La cellule de Nageotte est de 10mm de largeur sur 10mm de longueur avec une profondeur de 0.5mm et un volume total correspondant a 50mm3 ; le dnombrement des lements se fait sur 04 bandes ; le chiffre total obtenu est divis par 5 pour ramener le dnombrement au millimtre cube. Valeurs normales : le nombre de leucocyte est habituellement infrieur 5000 par ml durine. Une leucocyturie suprieure 3 10 000 par ml (> 10/ mm ) est en faveur dune infection urinaire. b- Entre lame et lamelle (Culot de centrifugation): Le culot peut tre obtenu par centrifugation de lurine une vitesse moyenne de 1000 tours min ou en laissant lurine dcanter. Lexpression quantitative de la leucocyturie sopre par examen du culot urinaire entre lame et lamelle, lobjectif 40 x (nombre de champs parcourir dizaine / cinquantaine).

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Nombre de leucocytes par champs microscopiques 0-5 5-10 10-20 Plus de 20 leucocytes isols et intacts Paquets de plus de 20 leucocytes agglutins et altrs Paquets de plus de 50 leucocytes agglutins et altrs Chez lenfant : Garon : 0-10 Fille : 0-50

Expression du rsultat Rares leucocytes (= valeur normale) Quelques leucocytes Leucocytes en quantit un peu suprieure la normale Nombreux leucocytes intacts Nombreux leucocytes altrs et prsence de pus Pus abondant Rares leucocytes (=valeurs normales)

Lexpression quantitative des hmaties se fait par le mme procd :


Nombre dhmaties observes par champ microscopique 0-5 5-10 10-20 Suprieur 20 Expression du rsultat sur la fiche dexamen Rares hmaties (= valeur normale) Hmaties en quantit un peu suprieur la normale Hmaties assez nombreuses Nombreuses hmaties

c- Description des lments de lurine sur une prparation ltat frais Lexamen de lurine totale entre lame et lamelle ( x 40) permet de distinguer les lments suivants : 1- Les leucocytes Lorsquils sont intacts, ils se prsentent comme des disques granuleux lintrieur desquels le noyau apparat plus rfringent ; lorsquils sont altrs, les leucocytes ont des contours irrguliers, frips. La prsence de leucocytes dans les urines signe lexistence dune raction inflammatoire. Cependant de vritables ractions inflammatoires peuvent ne pas saccompagner dune leucocyturie leve (foyer inflammatoire bien circonscrit, dilution des urines, lyses des leucocytes dans lchantillon) La prsence de leucocytes en amas tmoigne de louverture dun foyer inflammatoire (micro-abcs). Laltration des leucocytes peut tre lie de mauvaises conditions de conservation du prlvement avant son examen.
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2- Les hmaties : Intactes , elles se prsentent comme de petits disques de sept mm de diamtre aux bords plus rfringents ; altres, elles ont un aspect en oursin : petits disques de cinq six mm de diamtre, hrisses de spicules priphriques. La prsence dhmaties tmoigne dune lsion des muqueuses de lappareil urinaire. Au-del de 5 hmaties par champs, le passage des globules rouges dans les urines peut tre considr comme pathologique ; les hmaties intactes ont une forte probabilit de provenir de la vessie ou de lurtre. Les hmaties altres viennent du rein. Lhmaturie sobserve : dans les formes hmorragiques des nphrites : on pourra alors dcouvrir des cylindres hmatiques lexamen du sdiment. dans le cas dune atteinte glomrulaire. dans les cystites hmorragiques tuberculeuses, gonococciques, germes banaux. dans la tuberculose rnale. lhmaturie peut tre associe dautre affections dtiologie non infectieuse : cancer, lithiase rnale, tumeurs de la vessie.

3- Les cellules pithliales : Peuvent tre observes dans les urines : des cellules rnales, urtrales vsicales et urtrales.

4- Les cylindres

Cylindres granuleux

Cylindres hyalins

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Les cylindres sont des lments de grande taille pousant la forme dune partie du tubule rnal. Ils sont reprs partir dun examen entre lame et lamelle de lurine totale lobjectif x 10. Ils peuvent tre exclusivement protiques : Les cylindres hyalins. Ou alors plus rarement, ils peuvent provenir de la dgnrescence de cellules pithliale : les cylindres granuleux. Une cylindrurie na pas une grande signification. On peut lobserver chez des individus normaux lorsque lurine est trs concentre ou trs acide, ou encore aprs un effort musculaire trs intense. Lexcrtion de cylindres hyalins peut accompagner dautre part nimporte quelle protinurie quelle quen soit lorigine. En rgle gnrale la prsence de cylindres signe une atteinte tubulaire. Lobservation de cylindres hyalins en nombre important indique, par contre, une affection svre du parenchyme rnal. La prsence de cylindres granuleux est presque toujours pathologique et signe alors une nphrite grave. 5- Les cristaux urinaires Lurine contient des substances peu solubles qui sy trouvent pratiquement ltat de solution sature. Dans le cas dune excrtion accrue de ces substances, celles-ci peuvent prcipiter sous forme cristalline et on les retrouve dans lurine. Les cristaux observs peuvent correspondre un constituant normal de lurine ou bien un mtabolite anormal dont elle est physiologiquement dpourvue. Certains cristaux sont retrouvs exclusivement dans une urine acide et dautres dans une urine alcaline. Les cristaux amorphes sont souvent identifis par le pH. Ainsi, si lurine est alcaline, on identifie des phosphates amorphes, tandis que si elle est acide, on identifie des urates amorphes. Cette pratique est un peu risque, car les phosphates amorphes et les triples phosphates sont possibles un pH lgrement acide (6,5). Certaines situations cliniques, qui peuvent expliquer la formation de calculs, sont aussi susceptibles de favoriser la formation de cristaux. PH alcalin Phosphates amorphes Triple phosphates Biurate dammonium Phosphate de calcium Carbonate de calcium pH acide Urates amorphes Acide urique Oxalates de calcium Cystine

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Cristaux de substances prsents dans lurine normale : Des cristaux assez frquents :

Oxalate de calcium : en forme denveloppe de lettre ou en cacahute.

Acide urique : en losange, en carr, en fleur, en fins filaments rassembls de couleur jaune ou brun rougetre.

Urates ammoniacaux magnsiens : en glomrules hrisss de pointe ou en paquets daiguille, jaune.

Phosphate triple : en couvercle de cercueil, en feuille de fougre, incolore rfringents.

Des cristaux moins frquents :

Carbonate de calcium : trs petits cristaux groups par deux, ovodes, solubles dans lacide actique, incolores.

Sulfate de calcium : lames plates et longues isoles ou en paquets (urine acide).

Phosphate bi calcique : amas de lames en toiles, incolores (urine alcaline ou neutre).

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Lobservation en quantit importante de cristaux correspondant une de ces substances doit tre signale. Elle peut tre lie une lithiase. Leur limination en petite quantit na pas grande signification. Cristaux de substances anormalement prsentes dans lurine. - Leucine : cristaux jauntres, de forme ronde avec nombreuses situations radiales (affection hpatique grave).

Tyrosine : cristaux longs et fins, aiguilles en bottes de foin (affection hpatique grave).

- Cystine : lames hexagonales incolores et trs rfringentes (maladie hrditaire cystinurie).

Sulfamides : retrouvs chez des malades traits aux sulfamides, leurs prsences peuvent endommager le rein. Cholestrol : plaque carre avec cot en escalier, soluble dans lther. Elment minraux amorphes Sont de deux types : Phosphates amorphes : petites granulations blanchtres (Culot blanchtre, urine alcaline ou neutre)

Urates amorphes : petits grains jauntres rassembls en amas plus denses et plus larges que les phosphates (Culot ros, urine acide)

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6- Les bactries : A ltat frais on peut apprcier la prsence ventuelle de bactries, leurs formes (cocci ou bacilles) et leurs mobilits.

7- Les parasites : Trichomonas vaginalis : parasite protozoaire globuleux, dun diamtre de 15 m en moyenne, mobile dans les urines fraches ou il se dplace en tourbillonnant grce une membrane ondulante et 4 flagelles. ufs de Schistosoma haematobium.

8- Autres lments : Levures : Elles prsentent ltat frais une forme sphrique ou ovalaire, de taille variable (5 12 mm). Certaines montrent un bourgeonnement lun de leur ple. Spermatozodes : Peuvent tre observs dans les urines fraches. Mobiles, ils sont constitus dune trs petite tte (5 mm) prolonge dun long flagelle souple de 50 mm.

Examen direct aprs coloration


Le Bleu de mthyln(BM) Permet la diffrenciation des leucocytes (aspect morphologique), permet de visualiser la disposition des bactries dans les cellules (intra ou extra cellulaire) et aussi dapprcier le mode de groupement des bactries. Cest une technique semi quantitative des lments cellulaires. Les levures sont bien apprcies au BM. Un frottis confectionn a partir de lurine totale bien mlange, est sch et fix puis color au BM ; ce frottis permet lexamen des lments cellulaires dans des conditions moins traumatisantes que le Gram.

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Le GRAM Permet dapprcier limportance de la population bactrienne, son caractre monomorphe ou polymorphe et la morphologie des bactries : cocci ou bacille Gram positif ou Gram ngatif (aspect morpho-tinctorial) et le mode de groupement des cocci. (Orientation pour la culture). Une goutte (10 ou 50 ul) durine non centrifuge est dpose sur une lame et sche lair sans talement, fixe puis colore au Gram. (Une grande concentration de bactries va migrer vers le sommet de la goutte).

Une bactriurie significative : N 2 bactries / champ

Une pyurie significative :

N > 10 leucocytes / champ correspondant 104/ml

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CULTURE
Techniques densemencement 1- Mthode de rfrence : Mthode de KASS Modifie
Dscription de la technique 0.1 ml durine bien mlange est dilue dans 9.9 ml deau distille strile laide dune pipette calibre 0.1 ml ; puis 0.1 ml de cette dilution est ensuite aussitot tale sur une glose nutritive avec un rteau pralablement strilis. Une double dilution de lurine est effectue dans certaines situations : sonds et paraplgiques. (Voir annexe pour schma des dilutions). On ensemence paralllement lurine non dilue sur un milieu slectif (hektoene ou BCP ou Mac Conkey qui permet dinhiber lenvahissement du proteus) ou enrichie (Glose au sang) dans le cas ou on suspecte lexamen direct ou au Gram des germes exigeants ou dficients. Lecture : La numration se fait selon la formule de Kass : Ou : N=n.102 .10 bactrie / ml n : Nombre de colonie sur la bote. 2 10 : Inverse de la dilution. 10 : Inverse de linoculum. 1-9 10-99 + 100 : 103 Bact/ml Numration ngative : 104 Bact/ml Numration douteuse : 105 Bact/ml Numration positive

Nombre de colonie :

Interprtation : UFC=Units formant colonie Chaque colonie qui pousse partir de lurine dilue correspond 1000 UFC dans 01 ml dchantillon. Une bactriurie significative est considre devant une numration > 100 colonies sur glose nutritive ce qui correspond > 10 5 UFC / ml.

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2- Mthode lanse calibre


Dscription de la technique Une anse calibre 10 l est utilise pour ensemencer les gloses nutritives et slectives. On prlve verticalement avec lanse calibre et par capillarit une goutte durine que lon ensemence par stries sur la bote de glose : une strie centrale est ensemence puis perpendiculairement raliser un isolement de haut en bas de la boite en desserant lgrement les dernires stires. (Voir annexe pour schma). Avantages Simplifie la technique de Kass en vitant les dilutions de lurine. Cette technique permet de bien sparer les colonies pour ensuite bien les compter. Diminution du cot. Inconvnients Dans le cas de lutilisation dune anse calibre en fil de platine, le volume dlivr par celle ci doit tre rgulirement contrl (courbe dtalonnage au Bleu dEvans). En effet aprs un grand nombre dutilisation la calibration de lanse peut tre modifie (corrosion, strilisation du matriel). Interprtation Chaque colonie isole correspond une concentration de 103 Units viables / ml urine. La numration bactrienne est compare labaque de lcture correspondant aux diffrentes concentrations de bactries/ml durines.

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3- Lames immerges
Description de la technique Une lame porte objet munie dun quadrillage en relief est recouverte de glose CLED(Cystine Lactose Electrolyte Dficient) sur une face et de glose Mac Conkey sur lautre. Lintrt de la glose de Mac Conkey est dinhiber les bactries Gram+ et le dveloppement en nappe des Proteus. La lame est conserve dans un flacon cylindrique strile en matire plastique. Elle est fixe au couvercle du mme flacon. Utilisation Saisir la lame par lintermdiaire du couvercle auquelle elle est fixe, immerger compltement les deux faces, retirer immdiatement, laisser goutter lexcs. Incubation 18 24 heures 35C. Lecture et Interprtation La lecture est faite sur la glose CLED (face verte) en comparant la densit des colonies prsentes sur chaque face avec une srie de reproductions talons correspondant : 103, 104, 105, 106, 107 bactries/ml durine. Avantages et inconvnients La glose CLED (Cystine Lactose Electrolyte Dficient) : Milieu peu slectif. Indicateur color (Bleu de bromothymol) variation de pH aprs consommation du milieu (Lactose) par les bactries. Aspect des colonies oriente lidentification des germes mais le diagnostic est prsomptif et devra toujours tre confirm par une identification complte biochimique. Inhibition de lenvahissement de Proteus par la faible teneur en lectrolytes.

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4- Tests rapides
Ces techniques de dtection rapide de la bactriurie consistent soit mettre en vidence la prsence denzymes bactriennes, soit dtecter prcocement la croissance bactrienne : Dtection prcoce de la croissance bactrienne : Se fait grce des automates qui enregistrent en continue laugmentation de la masse bactrienne dans un milieu standard incub 35C avec parfois une agitation pour acclrer la croissance. La dtection des bactries se fait le plus souvent par turbidimtrie mais peut galement faire appel la bioluminescence (mesure de lATP bactrien) ou la radiomtrie (dtection du C14 du CO2). Le rapport qualit / cot de ces mthodes est mdiocre et elles sont peu utilises. Mthode de criblage rapide : Consiste rechercher simultanment une bactriurie et une leucocyturie par dtection dans les urines denzymes bactriennes (nitrate rductase) et leucocytaire (leucocytes estrases). Ces mthodes qui donnent un rsultat en quelques minutes par immersion dans lurine de bandelette ractives, sont simples et peu coteuses. Cependant, elles ne doivent tre utilises qu deux conditions : Elles doivent dtecter simultanment une bactriurie et une leucocyturie Elles ne doivent tre utilises que pour dpister les urines ngatives (bactriurie et leucocyturie ngatives). Ces chantillons pourront ne pas tre examins sauf exception et dans ce cas, un ECBU classique devra tre effectu. Exemple : MULTISTIX, URITEST 2, NEPHUR TEST.

Principes : Permettent de rechercher simultanment : Nitrate-rductase (Test de Griess), enzyme produite par les entrobactries. Leucocyte-estrase (Test de la LE) produite par les polynuclaires endommags prsents dans les urines infectes. Lorsque la bandelette se positive, elle dmontre une hmaturie et une leucocyturie.
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Avantages des Bandelettes urinaires Les mthodes de criblages rapides ont un bon pouvoir prdictif ngatif et permettent de rduire de 30% environ le nombre dECBU raliss au laboratoire.

Inconvnients : Les bactries Gram positif et les Pseudomonas ne possdent pas de nitrate-rductase, On ne peut pas rvler (<104 bactries/ml). les infections faible inoculum

La spcificit varie de 82 98% (insuffisant pour de relles infections urinaires).

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5- Techniques base de milieux chromogniques


Ces techniques permettent lensemencement par technique lanse calibre de lurine sur des milieux gloss contenant des chromognes mettant en vidence certains genres et espces bactriennes grce laspect des colonies, ce qui permet une identification et une orientation diagnostic avec un gain de temps non ngligeable Principe du substrat chromogne * * Analogue structural dune molcule naturellement clive par une enzyme bactrienne ou fongique. Initialement le substrat ne possde aucune proprit. Aprs clivage laglycone libr acquiert des proprits chromogniques, il prcipite sans diffuser dans la glose afin de permettre une bonne diffrenciation des colonies dans une culture plurimicrobienne. Sur les premiers milieux chromognes fabriqus, le substrat diffusait dans la glose ce qui ne permettait pas une bonne distinction des colonies

Activits enzymatiques utilises dans les milieux de culture chromogniques D-glucuronidase ou -D-galactosidase : spcifiques dEscherichia coli. D-glucosidases : spcifiques dEnterococcus spp. , et groupe KES-C (Klebsiell spp. - Enterobacter spp. - Serratia spp. - Citrobacter spp.). Tryptophane daminase : spcifique du groupe Proteus / Morganella Providencia. D-galactosaminidase : spcifique de Candida albicans. Parmis ces produits nous avons :

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Chromagar Orientation (Becton Dickinson) - Milieu non slectif. - Enzymes utilises : D-glucosidase, D-galactosidase Tryptophane desaminase (test complmentaire) - Substances nutritives fournies par des peptones slectionnes, sources dlectrolytes limits (rduction du nombre despces de Proteus). - Conservation : + 2 8 C labri de la lumire. - Ensemencement par se calibre pour permettre la numration bactrienne (comparaison avec brochure). - Incubation 35 +/- 2C en arobie 20 24 heures. - Identification : Directe sur bote de : E.coli, entrocoques et la plupart des souches de S. saprophyticus. Par dcoloration du milieu de : KES (Klebsiella-EnterobacterSerratia) et PMP (Proteus-Morganella-Providencia). Les autres pathognes urinaires ne pourront tre identifis quavec des tests biochimiques. - Tests de confirmation Indispensable pour diffrencier Enterococcus sp et Streptococcus agalactiae (test pyroglutamate) et le groupe PMP (test indole par DMCA : dimthylaminocinnamaldhyde) ; conseill pour E.coli - Limites : - Ne permet pas la croissance dorganismes exigeants (Neisseria, Haemophilus, Mycoplasma). - Pas didentification directe des autres bactries Gram ngatif. - Aeromonas hydrophila peut produire des colonies roses similaires E.coli (ncessit du test indole). Uriselect 4 (BIO RAD) - Principe identique avec utilisation des enzymes D-glucosidase, D-galactosidase et tryptophane dsaminase (test complmentaire). - Milieu gris opaque (lecture plus difficile pour certains techniciens). - Limites : - Quelques souches de staphylocoques peuvent tre inhibes. - Quelques souches de levures ne se dveloppent pas. - Queleques souches de Citrobacter spp indolognes dpourvues de D-galactosidase peuvent pousser comme une E.coli (colonies roses).

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- UTI 4 (OXOID) - Principe identique avec utilisation des enzymes D-glucosidase, D-galactosidase et tryptophane dsaminase (test complmentaire). - CPS ID 2 (bioMrieux) - Principe identique avec utilisation des enzymes D-glucuronidase, D-glucuronosidase et tryptophane dsaminase.

Comparaison des milieux chromognes aux milieux non chromognes


(Etude comparative au laboratoire de microbiologie du Centre Pierre et Marie Curie dAlger CPMC 2004)

Une tude ralise au laboratoire de microbiologie du CPMC sur une priode de 2 mois (Nombre dchantillons = 100) comparant le milieu chromogne : Uriselect 4 aux milieux classiques : glose nutritive(numration bactrienne) et hektoene(isolement) a dmontr des sensibilits quivalentes concernant le taux de dtection et le compte bactrien. Ces milieux peuvent donc tre utiliss pour lensemencement primaire des urines. Ils ont surtout dmontr leur supriorit pour la dtection des urines pluri microbiennes par rapport aux milieux classiques. Limites : Vu la couleur du milieu : gris ce qui rend lapprciation des couleurs produites par les colonies diffrente selon les techniciens Les IU levure ne sont pas dtectes Prparation du milieu ncessite une rigueur quand lutilisation de la verrerie strile, autoclavage et du stockage.

En rsum, les milieux chromognes prsentent les caractres suivants : Mme capacit dtecter les germes urinaires communs du tractus urinaire que lassociation de deux milieux non chromognes. Les milieux chromognes peuvent donc tre utiliss comme milieu primaire disolement pour les cultures durines. Ces milieux permettent une meilleure discrimination des colonies donc une meilleure sensibilit de dtection des urines poly-microbiennes, ceci les rend plus faciles utiliser pour les personnes ayant peu dexprience.

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Ils permettent une identification directe de E. coli, Enterrococcus spp et Proteus mirabilis. Lensemble de ces germes est retrouv environ 60 % en milieu hospitalier. Cette identification rapide de E. coli, Enterrococcus spp et Proteus mirabilis, prsente des avantages cliniques puisque le rsultat est rendu plus rapidement au clinicien. Tous ces milieux inhibent lenvahissement par Proteus.

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Choix des milieux de culture 1- Milieux pour numration bactrienne


Les milieux utiliss doivent permettre une numration des bactries les plus frquemment rencontres, cest dire les entrobactries, les Pseudomonas , les Staphylocoques et les entrocoques qui sont toutes des bactries peu exigeantes et cultures rapides En routine on utilise une glose nutritive (GN), Un milieu Cysteine Lactose Electrolytes Dficient (CLED).

2- Milieux disolement
On utilise pour lisolement des bactries peu exigeantes, des milieux slectifs tels que : glose lactose au bromocrsol pourpre (BCP), milieu de Mac Conkey qui permet dinhiber les bactries Gram+ et le dveloppement en nappe du Proteus et le milieu Hektone (milieu lactos). Si on suspecte des bactries croissance difficile, dautres milieux de culture devront tre utiliss. Une glose au sang frais ou cuit peut permettre disoler des Streptocoques ou des Haemophilus. Un milieu Loweinstein Jensen pour les Mycobactries, Une glose Columbia au sang pour une recherche exceptionnelle danarobies strictes. BCP : Glose lactose au bromocrsol pourpre. Milieux non inhibiteur. Les germes fermentant le lactose sont reconnus par une coloration jaune tmoin de lacidification du milieu. Glose Mac Conkey : Milieu slectif. Glose lactose au rouge neutre (indicateur de pH color mettant en vidence la fermentation du lactose par les bactries). Prsence de sels biliaires vitant lenvahissement par Proteus et de cristal violet inhibant la croissance des germes Gram positif en Europe ; attention aux Etats Unis, les gloses Mac Conkey ne contiennent pas de cristal violet.

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Glose au sang : - Milieu non slectif, sans indicateur color. - Convient pour la culture des germes exigeants et hmolytiques. - Si on veut inhiber lenvahissement des Proteus, on peut, lors de lensemencement, mettre un peu dalcool dans le couvercle de la bote. - Lassociation acide nalidixique + colistine (ANC) inhibe les bactries Gram ngatif et les Bacillus. - Milieu adapt la culture des bactries Gram positif notamment les streptocoques.

Incubation
Lincubation des milieux se fait 35C pendant 18-24 h ltuve. Latmosphre dincubation pour les milieux enrichis se fait sous CO2 et en anarobiose pour la recherche de germes anarobies strictes. La dure dincubation peut tre prolonge pour la recherche de germes croissance difficile : anarobies jusqu 72 h voir une semaine et Mycobactries une semaine jusqu 1 mois.

Aspect des colonies


1- Milieux usuels Entrobactries : Colonies de 1 3 mm de diamtre gnralement bombes , lisses et brillantes , opaques et blanchtres.

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Les aspects particuliers Proteus vulgaris et mirabilis : envahissement de la glose en voile montrant des vagues successives

Salmonella donne des colonies petites et transparentes, centre noir sur milieu hektoene

Serratia donne des colonies pigmentes en rouge sur glose nutritive

P.aeruginosa donne de petites colonies plates et pigmentes en vert sur glose nutritive.

Les Staphylocoques : Colonies volumineuses ventuellement pigmentes en jaune pour S.aureus sur glose nutritive. Les Streptocoques : nutritive. Fines colonies transparentes sur glose

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2- Milieux spcifiques Glose au sang frais :(GSF) Les Staphylocoques et les Streptocoques : peuvent faire apparatre sur GSF une hmolyse bta = halo clair autour de la colonie.

Glose chromogne : Les colonies apparaissent colores (la couleur dpend du type de milieux chromogne utilis). Exp colonies sur Uriselect 4 (Bio rad)

E.coli + E.faecalis

K.pneumoniae

Glose Loweinstein Jensen Dans le cas dune tuberculose urinaire, les colonies de Mycobactrium tuberculosis apparaissent sur ce milieu de couleur beige clair, chamois avec un aspect de chou fleur.

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Identification biochimique des colonies 1- Caractres biochimiques dorientation rapide


Oxydase

Principe : Loxydase cytochrome assure la molculaire sur le cytochrome rduit. fixation de loxygne

On met une colonie en prsence de la NN-dimethylparaphnylne-diamine rduite et incolore soit en solution, soit en imprgnant un disque de papier buvard et en le desschant. Cette enzyme possde la capacit doxyder la NN-dimethylparaphnylne-diamine rduit et incolore en driv semi quinonique rose violac. Technique : Sur une lame propre et dgraisse (se trouvant lintrieur dune bote de Petri vide), dposer dans un angle une goutte deau distille laide dune pipette Pasteur. A laide dune pince en plastique, saisir un disque pour la recherche doxydase, rhydrater avec de leau distille et le dposer au milieu de la lame, veiller ce que le liquide ne dborde pas du disque. Avec une pipette Pasteur boutonne, prlever un peu de culture pure de 18h sur milieu disolement et dposer la colonie sur le disque, attendre quelques secondes.

Lecture : Oxydase + : le disque devient rose fonc puis violet au niveau du dpt. Oxydase - : pas de changement de couleur.

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Catalase

Principe : Cette enzyme catalyse la dgradation du peroxyde dhydrogne H2O2 produit toxique du mtabolisme arobie de nombreuses bactries, en H2O et O2. Cest laction directe de cette enzyme qui est mise en vidence dans la masse microbienne, cette action est caractrise par un dgagement gazeux rsultant de la dcomposition de leau oxygne. Technique : A laide dune pipette Pasteur dposer au milieu dune lame propre et dgraisse se trouvant lintrieur dune bote de Petri vide une goutte deau oxygne. Avec une pipette boutonne, prlever un peu de culture pure de 18h sur milieu disolement et dposer les bactries dans leau oxygne.

Lecture : Catalase + : Bulles de gaz dans leau oxygne. Catalase - : Pas de dgagement gazeux.

2- Identification classique
A laide dune suspension bactrienne, on ensemence des milieux de culture de compositions diffrentes en tubes permettant de mettre en vidence les principaux caractres biochimiques identifiant les entrobactries. Lincubation se fait 35C pendant 18-24h ; la lecture des caractres se fait selon le tableau 1 (annexe 1). Suivant lalgorythme des principaux caractres biochimiques rvls les bactries seront identifies (voir annexe). Chaque milieu utilis doit au pralable tre contrl pour viter les diagnostics rons.

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3- Identification rapide (API system)

LAPI est un systme standardis pour lidentification des bactries selon les caractres biochimiques. Principe : La galerie API comporte 20 micro tubes contenant des substrats dshydrats. Les micro tubes sont inoculs avec une suspension bactrienne qui reconstitue les milieux dshydrats, les ractions produites pendant la priode dincubation se traduisent par des virages colors spontans lors de laddition des ractifs . La lecture de ces ractions se fait laide du tableau de lecture et lidentification est obtenue laide du catalogue analytique ou dun logiciel didentification. Technique : A laide dune pipette, prlever 1 4 colonies morphologiquement identiques et raliser une suspension avec le mdium (2ml) "solution saline" ou avec leau physiologique. Remplir les tubes (et non les cupules) des tests avec la suspension prcdente pour viter la formation de bulles dair au fond des tubes. Poser la pointe de la pipette sur le cot de la cupule en inclinant lgrement la bote dincubation vers lavant. Remplir les tubes et cupules des tests qui portent un cadre. EX : GLU Remplir dhuile de paraffine les cupules des tests souligns EX : ADH, ure Remplir dun peu deau la bote dincubation pour viter la dessication lors de lincubation 35C pendant 24h. La lecture : Apres incubation, la galerie sera lue et les rsultats compars au tableau de lecture.

Noter sur la fiche de rsultats toutes les ractions spontanes ou rvles par laddition des ractifs.

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La lecture automatise : Il existe un automate pour la lecture des Api System (Biomrieux) en fonction des caractres rvls par la galerie biochimique, ceci constitue un gain de temps pour linterprtation des galeries Api . Cependant la lecture par cet automate peut poser quelques problmes lors de la rvlation tardive de quelques caractres biochimiques. Interprtation : Lidentification est obtenue partir du profil numrique. Sur la fiche de rsultats, les tests sont spars par groupes de trois et les valeurs 1, 2 ou 4 sont indiques pour chacun. En additionnant lintrieur de chaque groupe les valeurs correspondant des ractions positives, on obtient 7 chiffres, la raction de loxydase est affecte de la valeur 4 lorsque elle est positive. Lidentification est ralise laide du catalogue analytique (recherche le profil numrique dans la liste des profils). EX : 4144532 => E.Coli

4- Identification des colonies sur milieux chromognes


Arbre dcisionnel adapt aux milieux chromognes utilisant les enzymes -glucosidase et -D galactosidase (exemple Uriselect 4).

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5- Identification antignique
Srogroupage des streptocoques Le groupage concerne les streptocoques bta-hmolytiques du groupe A,B,C,Fet G et les streptocoques du groupe D. Le groupage rapide se fait facilement par des techniques dagglutination au moyen de particules de latex sensibilises aprs extraction enzymatique (Slidex strepto kit de Biomrieux).

Srotypage des Pseudomonas aeruginosa Il sagit dun dun srotypage de lantigene O, qui est ralis grace aux antisrums commercialiss (Diagnostic Pasteur), 16 srogroupes sont individualiss. La technique est celle de lagglutination sur lame qui demande quelques minutes pour apparatre. Lintret du srotypage des P.aeruginosa est beaucoup plus pidmiologique.

6- Antibiogramme
Un antibiogramme est ralis par mthode de diffusion en disque selon les recommandations du CLSI pour chaque germe isol (cf. Fasicule de standardisation de lantibiogramme en mdecine humaine lechelle nationale 5me Edition 2008.

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CHAPITRE III
Interprtation de lECBU

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Interprtation de lECBU
Linterprtation de lexamen cytobactriologique des urines doit se faire avec un sens critique et une collaboration troite entre le clinicien et le microbiologiste et dpend de plusieurs facteurs tels que : La qualit du prlvement : respect des conditions dhygine, du temps de transport et de la temprature de conservation de lchantillon La technique de prlvement utilise (milieu du jet, sonde .etc.) le germe ou les germes identifis (espce bactrienne et son pouvoir pathogne reconnu) Etat du malade et de ses antcdents Renseignements cliniques dantibiotiques, sonde). (fivres, brlures mictionnelles, prise

Age du malade (nouveau n, personne ge, enfant.etc.)

En plus de ces lments importants linterprtation dpend galement des rsultats des diffrents examens cytologiques et bactriologiques raliss partir de lurine savoir : Numration des lments cellulaires (leucocytes) Les rsultats des examens microscopiques (bleu de mthylne et Gram) La numration bactrienne, quelque soit la technique choisie

Linterprtation des cultures est base sur les critres de KASS : 1- Bactriurie 105UFC/ml avec un seul type de bactrie : infection urinaire 2- Bactriurie 103 UFC/ml : absence dinfection urinaire 3- Bactriurie entre 103 UFC /ml et 105 UFC/ml : zone dincertitude, elle est fonction de lespce bactrienne et du contexte clinique contrler si ncessaire. KASS dfinit un seuil 105 UFC/ml comme tant significatif, alors que dans plusieurs situations ce taux est revu la baisse.

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Interprtation selon la bactriurie et la leucocyturie


a) Urines du milieu du jet : Leucocyturie 104/ml et dinfection urinaire. la bactriurie 103 UFC/ml : absence

Leucocyturie 104/ml et la bactriurie 105UFC/ml, avec un seul type de bactrie, il sagit dune infection urinaire certaine. Leucocyturie 104/ml et la bactriurie 105 UFC/ml avec deux types de bactries chez la femme et un examen direct qui retrouve de nombreuses cellules pithliales, il sagit de deux probables possibilits : - Infection gnitale. - Infection urinaire mais contamine Un second prlvement durine est demand tout en expliquant les modalits de prlvement. Les prlvements gyncologie. gnitaux sont effectus dans un service de

Leucocyturie 104/ml et la bactriurie 105 UFC/ml, avec un seul type de bactrie, cest une infection urinaire dans les cas suivants : Femme enceinte : confirmer par un deuxime ECBU. Immunodprim diabtique Nourrisson Personne ge

Ce cas est retrouv chez 20% de la population, ainsi quen dbut dinfection urinaire, dans ces cas un deuxime prlvement simpose dans lequel on doit identifier la mme bactrie (genre, espce et profil antibiotique). Une bactriurie sans leucocyturie peut tre galement observe lorsque le prlvement est gard trop longtemps +4C ou lorsque les urines sont hypertonique ou trop alcalines. Ces conditions contribuent dtruire les leucocytes. En cas de non respect des conditions dhygine, du temps de transport et de la temprature de conservation, il peut sagir dune contamination bactrienne dune urine strile (faux positifs). Dans certains cas il peut sagir dune bactriurie asymptomatique (colonisation sans infection).

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Leucocyturie 104/ml ou 104/ml (prsence ou absence de leucocytes) et la bactriurie 105UFC/ml, avec deux types de bactries, linfection urinaire poly microbienne est admise dans les cas suivants : - Uropathie : Reflux vsiculo-urtral, Maladie de la jonction pylo-urtrale - Sond - Paraplgique

En dehors des cas cits il peut sagir dune souillure, un deuxime prlvement est demand au malade en rappelant les modalits de recueil des urines. Leucocyturie 104/ml ou 104/ml (prsence ou absence de leucocytes) et la bactriurie 105UFC/ml, avec plus de deux types de bactries, la souillure est certaine, un deuxime prlvement est demand au malade en rappelant les modalits de recueil des urines. Leucocyturie 104/ml et une bactriurie comprise entre 103 105UFC/ml : - Diurse abondante lorigine dune dilution des bactries. - Prsence dans les urines de substances antibactriennes utilises pour la toilette - Un PH urinaire bas entrave la multiplication des bactries - Micro organisme croissance lente (cocci) - Obstruction urtrale complte - Infection Pseudomonas sp - Traitement antibiotique en cours Leucocyturie 104/ml et une bactriurie 103 UFC/ml : - Prise dantibiotique dans les cinq jours qui prcdent le prlvement on parle dinfection dcapite, refaire le prlvement 48 h aprs larrt du traitement si ncessaire, car une seule prise dantibiotique suffit dcapiter linfection en 06h 12h avec conservation des leucocytes. - La coloration de Gram montre une prsence de bactries extracellulaire avec une numration bactrienne infrieure 103 UFC/ml : infection anarobies probable, utiliser les milieux de culture et les techniques de diagnostic adquates et rechercher le foyer de linfection (fistule rnale ou digestive). et

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- La coloration au Bleu de mthylne montre une prsence de cocci intra et extra leucocytaire : infection Neisseria gonorrhoeae probable, demander un prlvement urtral. - Clinique en faveur de bactries quon ne peut mettre en vidence par les techniques classiques : Chlamydia, Mycoplasme, et Mycobactries. Rechercher ces bactries par les techniques spcifiques. La prsence de Leucocyturie sans bactriurie peut tre observe dans dautres situations : - Maladie fbrile systmique. - La fivre chez le nourrisson. - Le rein polykystique, ou les kystes ne communiquent pas avec un systme collecteur. - Lithiase rnale ou calculs rnaux. - Nphropathie interstitielle. - Inflammation de lurothlium par laction mcanique dun dispositif (cathter). - Infection mycosique. - Infection parasitaire : la bilharziose uro-gnitale. - Personnes ges (tumeur vsicale). - Transplant rnal : les leucocytes type lymphocytes orientent vers une raction de rejet de greffe. Depuis les critres de Kass le diagnostic bactriologique de linfection urinaire est rest bas sur lassociation dune leucocyturie 104 /ml et surtout dune bactriurie 105UFC/ml. Le seuil significatif de la leucocyturie est rest remarquablement consensuel fix dans tous les crits un nombre 104/ml (10/mm3), par contre le seuil de la bactriurie qui est certes trs spcifique manque de sensibilit et doit tre aujourdhui rvis la baisse dans beaucoup de situations cliniques : - Les infections urinaires rcidivantes Bactriurie 104 UFC/ml - Cystite simple chez la femme de 15-65 ans Bactriurie > 103 UFC/ml pour les coliformes Bactriurie > 104 UFC/ml pour les autres espces bactriennes - Pylonphrite non complique Bactriurie 104 UFC/ml

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- Prostatites aigues Bactriurie 104 UFC/ml Pour le diagnostic dune prostatite aigue lECBU est ncessaire mais reste insuffisant, car sil est ngatif il faut raliser lanalyse fractionne des urines ainsi que lanalyse des scertions prostatiques recueillies au mat urtral, aprs massage de la glande ( viter en cas de prostatite fbrile risque de bactriemie). - Prostatites chroniques infectieuses : Le diagnostic est bas sur au moins un des critres suivants selon lpreuve de Mears et Stamey : les secrtions prostatiques et les 10 ml durine permettant dobtenir une bactriurie 103 UFC/ml avec un seul type de bactrie. les secrtions prostatiques et les 10 ml durine limins, contiennent la mme bactrie que les urines vsicales savoir du milieu du jet mais une concentration 10 fois plus importante. Il faut savoir que la technique de Mears et Stamey a ses limites, cette technique ne peut tre applique lors de pousse infectieuse, car le massage est douleureux et il y a risque de bactrimie. On ne peut prouver la prostatite par cette mthode que si lurine vsicale est strile, de plus elle exige un personnel entran et un patient cooprant.

b) La ponction sus-pubienne : Linterprtation est base sur la prsence de culture bactrienne. La prsence dune seule colonie sans dilution de lurine signe linfection urinaire, les bactries proviennent directement de lurine vsicale. c) Le sondage vsical La leucocyturie ne constitue pas un facteur prdictif dinfection urinaire chez le malade sond, elle nest corrle la bactriurie qu des concentrations microbiennes suprieures 107 UFC/ml. La symptomatologie est un critre important pour linterprtation de lECBU chez le porteur de sonde et permet de faire la diffrence entre la colonisation et linfection urinaire proprement dite. Selon la confrence de consensus sur les infections urinaires nosocomiales de ladulte entre la socite francaise des pathologies infectieuses et la socite francaise durologie qui a eu lieu lInstitut Pasteur de Paris en 2002 : 4 situations peuvent tre observes :

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Sonde + ou -

Symptmes +

Leucocyturie 104 /ml + 103

Bactriurie UFC/ml

Interprtation Infection certaine Infection dbutante ou sujet neutropnique

+ ou -

105 1 ou 2 espces isoles quelque soit lespce bactrienne 103 1 ou 2 espces isoles uropathogne reconnues (E.coli) Seuil de dtection 103

+ ou -

Infection dbutante ou sujet neutropnique

+ ou -

colonisation

Cette interprtation nest valable que si les conditions de prlvement sur sonde sont respectes. Si la bactriurie est dcouverte au moment de lablation de la sonde, il est conseill de raliser un deuxime prlvement durine 48h plus tard. Rappelons que les urines du sachet collecteur de la sonde ne sont analyses que si le sachet est chang (un sachet neuf) et ne reste en place que 20 30 minutes, de mme la culture de la sonde est proscrite (colonisation de la sonde ne veut pas dire que ces bactries sont dans lurine vsicale).

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Interprtation selon les germes


Lidentification de la bactrie mrite aussi une interprtation lorsque le germe nappartient pas une espce courante de linfection urinaire, en sachant que toute bactrie peut tre responsable dune infection et linverse peut tre un contaminant. Escherichia coli, Proteus mirabilis, Klebsiella pneumoniae, et Staphylococcus saprophyticus (chez la femme) sont des germes dont le rle est bien tabli dans linfection urinaire Les autres germes ne peuvent tre incrimins quaprs discussion, savoir : Stapylococcus epidermidis nest incrimin en tant que pathogne quen prsence de matriel tranger ou aprs instrumentation au niveau de lappareil urinaire, car cest une bactrie de la flore cutane. Les Staphylocoques coagulase ngative sont en nette augmentation dans les infections urinaires, mais ils ne peuvent tre incrimins que sils sont retrouvs dans un deuxime prlvement surtout en labsence de leucocyturie, car ce sont des bactries de la flore cutane. Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus meticillino-rsistant sont incrimins avec une numration 104 UFC/ml dans les cas suivants : - Malade hospitalis - Prise dantibiotiques large spectre - Intervention sur larbre urinaire Staphylococcus aureus peut tre isol lors dune prostatite. sp, Stenotrophomonas maltophilia, autres Acinetobacter pseudomondaceae, leur implication en pathologie exige un niveau de bactriurie lev 105 UFC/mL, ainsi quune rptition de la positivit des urines la mme bactrie, et cela doit tre associ dautres critres, cliniques ou inflammatoires. Streptococcus agalactiae, retrouv chez la femme enceinte. Enterobacter sp, Serratia sp., Citrobacter sp et Proteus indole positif sont des bactries responsables surtout dinfections urinaires nosocomiales, leur isolement en dehors de lhpital est discuter. Ils sont incrimins en ambulatoire suite une hospitalisation rcente ou

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une prise dantibiotiques large spectre, il ne faut pas hsiter demander un deuxime prlvement durine au moindre doute surtout en labsence de leucocyturie. Chez le garon non circoncis les Proteus retrouvs dans les urines peuvent tre une simple souillure lie ladhrence prputiale de la bactrie ou de phimosis. Les entrocoques peuvent tre de simples contaminants, seule la prsence de signes cliniques de cystite et dune leucocyturie leve tmoignent dune infection vraie. Les lactobacilles, streptocoques hmolytiques, Gardnerella vaginalis, Bifidobactrium sp, bacilles diphtrimorphes sauf Corynbactrium uralyticum sont des contaminants qui appartiennent la flore urtrale ou gnitale de proximit. Leur isolement associ la prsence de cellules pithliales urinaires lexamen direct des urines signe de faon quasi certaine une contamination loccasion du prlvement. Seul leur isolement partir dune ponction durine utilisant un cathter sus pubien pourrait permettre dvoquer leur rle pathogne. Corynbactrium uralyticum ncessite une incubation de 48 heures. Il est retrouv dans les infections suite une greffe du rein ou une intervention urologique.

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Interprtation chez le transplant rnal


Avant la transplantation : Leucocyturie 104/ml et la bactriurie 105UFC/ml, avec un seul type de bactrie, est une simple colonisation ne traiter que si le malade est admis lhpital pour intervention. Aprs la transplantation : Linfection urinaire peut tre prcoce, en prsence dune sonde urinaire, ou tardive six mois aprs la greffe do la ncessit de raliser des tests rapides (Multistix) afin de dpister une ventuelle infection urinaire. La prsence de nitrites, de leucocytes ou hmaties est une indication pour la ralisation dun ECBU afin de confirmer linfection urinaire et la traiter. Ce suivi doit tre fait durant la premire anne aprs la transplantation.

Une tude ralise au CHU de Montpellier a rpertori les principaux agents pathognes responsables dinfections urinaires chez le transplant rnal.

Micro-organismes Bacilles Gram ngatif E. coli E. coli (BLSE) Pseudomonas aeruginosa Klebsiella pneumoniae Morganella morganii Champignons Candida krusei

Nbre (%) 52 (90%) 41 (71%) 10 (17.2%) 6 (10%) 3 (5%) 2 (4%)

Micro-organismes Cocci Gram positif Staphylocoque coagulase-negative

Nbre (%) 4 (7%) 2 (3.5%)

Enterococcus faecalis

2 (3.5%)

Virus 1 (1.5%) BK Virus 1 (1.5%)

BLSE : Betalactamase spectre largi.

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CHAPITRE VI
Epidmiologie

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Principales tiologies des infections urinaires dans les diffrents hpitaux dAlger

CHUBM 2001-2005 N % E. coli Klebsiella spp Proteus spp Autres enterobactries Pseudomonas spp Staphylocoque spp Streptocoque spp Enterocoque spp CHU BM : HCA : CHU M : EHS Kettar : N: 878 166 159 21 46 68 31 5 62.7 11.8 11.3 1.5 3.3 5 2.2 0.4

HCA 2001-2005 N % 2349 439 196 165 77 199 192 3 63.69 11.90 5.31 4.47 2.09 5.40 5.21 0.08

CHUM 2005 N 538 182 55 _ 64 66 37 16 % 52.03 17.60 5.31 _ 6.18 6.38 3.57 1.54

EHS KETTAR 2001-2005 N % 1411 258 210 12 110 131 46 22 62.8 11.5 9.3 0.5 5 6 2 1

Centre hospitalo-universitaire de Beni Messous Hopital central de larme Centre hospitalo-universitaire Mustapha Bacha Etablissement hospitalier spcialis dEL Kettar Nombre

Chapitre VI : Epidmiologie

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Rpartition des principales tiologies des infections urinaires en fonction des tranches dges de sexe et de lorigine du malade dans les hpitaux dAlger
0- 2 ANS H(N) F E.coli Klebsiella spp CHUBM Proteus spp Pseudomonas spp Staphylocoque spp Streptocoque spp E.coli Klebsiella spp HCA Proteus spp Pseudomonas spp Staphylocoque spp Streptocoque spp E.coli Klebsiella spp CHUM Proteus spp Pseudomonas spp Staphylocoque spp Streptocoque spp 42 3 2 6 / / 10 5 3 1 0 1 10 4 0 0 0 / M 14 19 8 2 / 1 19 18 10 11 1 0 5 10 3 6 1 / F 21 / 5 / / / 39 12 1 0 0 2 11 1 1 0 0 1 Ext(N) M 30 7 12 4 2 / 21 9 9 4 1 4 14 6 3 2 1 0 F 37 6 2 1 / / 24 6 1 7 0 2 14 5 2 / 1 / 3-6 ANS H(N) M 17 4 3 1 / / 17 1 5 6 0 1 8 5 4 / 1 / F 88 / 6 / 4 / 88 6 6 5 1 1 22 4 1 1 / / Ext(N) M 8 2 6 3 1 / 14 8 11 1 2 1 6 1 4 0 / / F 112 6 11 6 / 4 32 3 3 3 0 2 11 0 0 0 / / 7-15 ANS H(N) M 21 2 4 / 5 3 11 10 10 1 2 4 3 11 2 4 / / F 128 14 8 2 3 2 99 13 1 0 3 3 22 2 1 1 1 / Ext(N) M 8 5 7 1 9 1 16 2 4 0 2 0 4 2 0 0 1 / F 108 13 10 / 7 1 517 117 40 50 33 48 26 8 7 2 1 0 H(N) M 5 / / / 1 / 235 105 44 104 28 30 15 16 4 13 2 1 F 138 41 15 / 27 / 669 109 20 14 63 49 204 37 4 2 32 18 16 ANS Ext(N) M 10 2 4 / / / 318 76 56 21 24 34 45 17 2 8 3 5

H : Hospitalis , ext : externe , F : feminin , M : Masculin, N : nombre

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Rsistances aux antibiotiques des principaux germes isols des Urines des diffrents hopitaux dAlger

70 66,6 60 50

E.coli (CHU-Mustapha) N= 534

45,6 40 30 20 16,9 10 0 24,4 3,4 5

1,9

6,8

Taux de rsistance %
Ampicilline Cefotaxime Ofloxacine Amoxicilline+Ac Clavulanique Gentamicine Cotrimoxazole Cefazoline Amikacine

Klebsiella spp (CHU-Mustapha) N= 180

70 60 50 40 30 20 10 0 Taux de rsistance %
Amoxicilline+Ac Clavulanique Cotrimoxazole Ofloxacine Cefazoline Gentamicine Cefotaxime Amikacine

63,8 55,4 40,9 36,6 35,8 25,5 3,9

Chapitre VI : Epidmiologie

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P.mirabilis (EHS EL Kettar) N= 47

Amikacine Amoxicilline+Ac Clavulanique Ampicilline

100 90 91,3 80 70 86,6 78,5

Cefotaxime Cefoxitime Gentamicine Ticarcilline

60 50 54,1 40 30 20 44,4

Cefazoline Cotrimoxazole

10 0

4,4

2,3 8,5

Taux de rsistance %

Streptocoque spp (EHS EL Kettar) N= 37

30 29,7 25 20 15 10 0 5 0 Taux de rsistance % Penicilline G Ampicilline Gentamicine HN Erthromycine Vancomycine 0 11,1 0

*HN :Haut niveau

Chapitre VI : Epidmiologie

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Ed. 2009

S.aureus (HCA) N= 14
14 13 Amikacine Chloramphenicol Erythromycine Gentamicine Oxacilline Penicilline G Pristinamycine Rifamycine Tetracycline Cotrimoxazole Vancomycine Ac Fusidique Fosfomycine Lincomycine Kanamycine

12

10

8 7 6 4 4 2 0 6 6

2 0 0 0 0 0 0

Taux de rsistance en Nombre

Staphylocoque spp (CHU-Mustapha) N=65

Urine (N=65)

45 40 35 30 25 20 15 10 5 0 Taux de rsistance %
Penicilline G Erythromycine Oxacilline Lincomycine Gentamicine Tetracycline Kanamycine Vancomycine

43,1

27,3 23,8

12,1 3,2

14,1 4,6 0

Chapitre VI : Epidmiologie

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Ed. 2009

P.aeruginosa (CHU Beni Messous) N= 20

5 4,5 4 3,5 3 2,5 2 1,5 1 0,5 0 Taux de rsistance en Nombre Ticarcilline Tobramycine Piperacilline Ofloxacine Ceftazidime Ciproloxacine Imipenem Amikacine Gentamicine 0 0 0 0 0 0 0 2 5

Chapitre VI : Epidmiologie

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ANNEXE

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Ed. 2009

Mthode de KASS modifie:

Anse

0 .1 m l

0 .1 m l

E nsem ensem ent a v e c u n ra te a u

H K ,B C P ,M c C o n k e y GSF

U rin e

9 .9 m l E a u p h y s io lo g iq u e

GN

Is o le m e n t s u r m ilie u x s e le c tifs

N u m ra tio n b a c t rie n n e

Mthode lanse calibre :


Anse calibre 10 ul

Urine

Milieux utiliss selon technique : GN , BCP, Milieux chromognes

Annexe

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Examen Cytobactriologique des Urines

Ed. 2009

Algorithme pour identification des Cocci Gram + : CGP

Catalase

r
Staphylocoques

s
Streptocoques Culture sur GN

Coagulase

r
S.aureus

s
SCN

Esculine(+) BGT+NaCl 6% (+)

Hmolyse bta sur GSF

Enterococcus sp

Srogroupage

Annexe

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Examen Cytobactriologique des Urines

Ed. 2009

Tableau de lecture des ractions biochimiques sur Api system


Tests Ure Indole Ngatif Orange Pas danneau Rsultats Positif Rose Kovacs / immdiat Anneau rouge / rose TDA / immdiat

TDA

Marron

Brun rouge

Vp1+vp2 / 10minute VP Incolore RM / IMMEDIAT RM Incolore Jaune Bleu Jaune Jaune Zone intermdiaire Jaune Jaune Jaune Rouge Rose / rouge

TSI (glucose, saccharose, Rouge lactose) Citrate de simmons Vert Disque OPNG Incolore Tmoin dacide amine Violet LDC ODS ADH Violet Violet Violet

Violet Violet Violet

Annexe

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Examen Cytobactriologique des Urines

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