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et volution
Squence 3-SN02
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Introduction Chapitre 1
.........................................................................................................................................................................
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......................................................................
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Chapitre 2
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Les consquences volutives des mutations portant sur les gnes du dveloppement
Les gnes de dveloppement Lhtrochronie, consquence de mutations de gnes du dveloppement
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ntroduction
Les Acquis
La vie est apparue sur Terre, il y a environ 4 milliards dannes. Au cours des temps gologiques, faunes et flores se sont succd, se modifiant sans cesse et colonisant progressivement tous les milieux possibles mmes les plus hostiles. Ltat actuel du monde vivant rsulte de lvolution qui peut tre dfini dans un premier temps comme lensemble des transformations qui a affect les diffrentes formes de vie depuis son origine. Cependant les tres vivants, bien que diversifis, partagent toujours des proprits communes (structures cellulaires, ADN, modalits de la rplication et de lexpression des gnes, code gntique). Ces proprits attestent dune origine commune, cest dire dun lien de parent entre toutes les espces actuelles et fossiles. Lvolution biologique peut alors se dfinir comme une source dinnovations lorigine des phylognies (histoire volutive des lignes dorganismes, des anctres aux descendants).
Problmes scientifiques
Les mcanismes de lvolution sont rechercher travers les mcanismes produisant et conservant linnovation au sein du monde vivant. Ces innovations peuvent se manifester plusieurs niveaux : Au niveau morphologique : par exemple, lacquisition de la bipdie chez les Hominids (voir squence 1). Au niveau physiologique : par exemple, lacquisition de lhomothermie (temprature interne constante) chez les oiseaux et les mammifres. Au niveau comportemental : par exemple, les modifications des comportements alimentaires ou bien lapparition du langage chez les Hominids. travers ces exemples, il est clair que linnovation sexprime au niveau du phnotype des individus dune espce donne et ne peut se conserver que si elle touche au gnotype associ. Linnovation ne peut tre alors que gntique. Nous rechercherons dans cette squence prciser les principaux mcanismes gntiques qui dterminent l volution des tres vivants et tablir les conditions qui peuvent influer sur la conservation des innovations apparues.
Activit autocorrective n 1
Connaissez-vous un mcanisme provoquant lapparition de nouveaux gnotypes au sein dune population donne ? La reproduction sexue, tudie dans la squence 2, est-elle un mcanisme source dinnovation gntique chez les tres vivants ?
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Document 1
LLECTROPHORSE SUR GEL est une mthode qui permet dvaluer limportance de la variabilit gntique dans les populations naturelles grce lexamen des variants protiques des divers individus. Dans un premier temps, on prlve un chantillon de tissu de chaque organisme et on en extrait les protines ; chaque extrait protique est ensuite dispos sur un gel damidon, dagar ou de polyacrylamide. Puis on fait passer un courant dans le gel pendant plusieurs heures ; chacune des protines de lchantillon migre alors travers le gel selon une direction et une vitesse qui dpendent de sa charge lectrique et de son poids molculaire. Au terme de la migration, on recouvre lensemble du gel dune solution contenant le substrat spcifique de lenzyme tudie et un ractif color. Lenzyme prsente dans le gel catalyse la conversion du substrat en un produit qui se combine avec le ractif pour donner une bande de couleur lendroit o la protine a migr. Comme les divers allles dune mme enzyme diffrent par leur structure molculaire et par leur charge (et ont par consquent des mobilits diffrentes dans un champs lectrique), il est possible de visualiser, pour chaque individu, la composition gntique du locus qui code pour une enzyme donne, daprs le nombre et la position des bandes lectrophortiques. Toutes les tudes par lectrophorse des protines de diffrents tissus animaux ou vgtaux d'individus de la mme espce concordent et rvlent l'existence d'isoenzymes (ou isozymes) c'est--dire de diffrentes formes molculaires de protines de mme spcificit enzymatique. Une mme protine peut donc, au sein d'une population d'individus de la mme espce, exister sous plusieurs formes ou phnotypes molculaires (document 2).
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Document 2
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Un individu du groupe AB possde en mlange sur ces hmaties les marqueurs A et B, ce qui signifie quil dtient les allles A et B du gne. Quant lindividu O, il ne possde aucun marqueur sur ses hmaties, il ne peut donc dtenir que lallle O du gne. Document 3 Un exemple de polymorphisme : le systme des groupes sanguins ABO
Rpartition des groupes sanguins du systme ABO dans diffrentes populations humaines
Population O Amrindiens Aborignes Basques Franais Pygmes Hindous 98,5 48,1 57,2 39,8 30,6 29,2 Groupes sanguins (%) A 1,5 51,9 41,7 42,3 30,3 26,8 B 0 0 1,1 11,8 29,1 34,0 AB 0 0 0 6,1 10,0 10,0
Les tableaux du document 3 montrent que la frquence des groupes sanguins dans les populations humaines est lie la frquence des diffrents allles du gne dans ces populations. On remarque que chaque population est caractrise par une rpartition des allles spcifiques.
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Activit autocorrective n 2
D'aprs ce qui vient d'tre dit et vos connaissances sur les protines et le mcanisme de leur synthse dans la cellule, expliquez l'origine des trois formes de l'enzyme malate dshydrognase (document 2).
Activit autocorrective n 3
Calculez partir du tableau du document 4 et du document 5, le nombre de gnotypes diffrents pour chacun des gnes du complexe CMH. Les gnes du complexe CMH sont situs sur le mme chromosome : valuez le nombre dassociations diffrentes dallles de ces 6 gnes sur le chromosome. Chaque gne tant reprsent par 2 allles situs sur les 2 chromosomes homologues, calculez le nombre de moi biologique ou nombre de gnotypes diffrents du complexe HLA. Comparez ce rsultat leffectif de lhumanit : quen dduisez-vous ?
Document 4
Les marqueurs didentit de lindividu sont, lchelle des cellules, reprsents par des glycoprotines membranaires. Ces molcules sont les produits dexpression des gnes du complexe majeur dhistocompatibilit (CMH) : ce systme est trs polymorphe.
Dans lespce humaine, le complexe majeur dhistocompatibilit (CMH) est situ sur le bras court du chromosome 6. Il comporte six gnes appels HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DR, HLA-DP, HLA-DQ. Chacun de ces gnes prsente un grand nombre dallles.
Gnes nombre dallles (n) HLA-A 25 B 50 C 10 DR 45 DP 10 DQ 6
Chacun des diffrents allles des gnes HLA-A, -B, -C code pour une chane peptidique prsente la surface de toutes les cellules de lorganisme et associe avec une autre chane polypeptidique. Ces motifs protiques, appels produits de classe I du CMH dfinissent le moi biologique de tous les tissus. Les diffrents allles des gnes HLA-DR, -DP, -DQ codent pour des motifs protiques dites de classe II prsents uniquement la surface de nombreux globules blancs (lymphocytes et macrophages). Ces motifs participent la mise en uvre de limmunit et, de ce fait, peuvent aussi tre considrs comme des lments du moi biologique.
Document 5
Le nombre de gnotypes chaque locus dun gne dpend du nombre dallles de ce gne
valuation du nombre de gnotypes diffrents pour un gne donn Pour un gne prsentant n formes allliques, il existe n2 combinaisons possibles de 2 allles parmi ces n. Ces n2 combinaisons se rpartissent en : n homozygotes diffrents (voir diagonale dans le tableau ci-dessous) ; n2 - n htrozygotes (le reste du tableau).
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Le nombre dhtrozygotes diffrents est seulement de (n2 n)/2 puisque chaque couple dallles figure deux fois dans le tableau (au dessus et au dessous de la diagonale). Il existe donc n + (n2 - n)/2 = n(n + 1)/2 gnotypes diffrents pour le gne considr.
Le problme qu'il nous reste rsoudre est l'origine du polymorphisme gnique c'est dire du polymorphisme de l'ADN ?
Activit autocorrective n 4
Quel moment du cycle cellulaire vous semble particulirement favorable la mise en place d'une mutation ? Par quel mcanisme molculaire ?
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Les agents mutagnes agissent au niveau de l'ADN. Ils sont responsables de lsions varies : modification chimique de certaines bases azotes, rupture des liaisons chimiques entre les bases Les mutations sont la consquence directe de ces lsions. Elles interviennent le plus souvent dans les processus de rparation des molcules d'ADN qui sont susceptibles de faire des erreurs ou des oublis. Les mutagnes connus se rpartissent en deux catgories : les agents physiques et les agents chimiques. Le premier groupe comprend toutes les radiations ionisantes (rayons g, rayons X) et certaines parties du spectre de l'ultra-violet. Les agents mutagnes chimiques sont nombreux et varis (acide nitreux, esters sulfuriques, 5-bromo uracile par exemple). Il faut noter que les poisons de la mitose constituent une catgorie part d'agents mutagnes. Ils peuvent produire des mutations de la garniture chromosomique. Le plus connu est la colchicine dont l'action conduit, dans la cellule, au doublement du nombre de chromosomes (polyplodie).
Question
partir de l'exemple prsent ci-dessus et de vos connaissances, proposez une dfinition de l'expression mutation gnique .
Rponse Les mutations gniques correspondent un changement localis sur un fragment d'ADN codant. Il s'agit d'une modification de la squence des nuclotides au niveau d'un brin d'ADN qui code pour la synthse d'une protine. Ces mutations peuvent tre localises au niveau d'un triplet de nuclotides (mutations ponctuelles) ou plus tendues (addition ou perte de longues squences de nuclotides). Il existe 4 principaux types de mutations gniques ponctuelles (document 6) : la substitution = remplacement d'un nuclotide par un autre ; l'inversion = retournement d'un triplet de nuclotides ; la dltion = perte d'un nuclotide ; l'insertion = introduction d'un nuclotide supplmentaire.
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Document 6
Activit autocorrective n 5
Le fragment du brin transcrit d'ADN correspondant aux acides amins 4 7 du gne normal de la chane b de l'hmoglobine est le suivant : ...TGA - GGT - CTC - CTC...
En vous aidant du code gntique (document 7), expliquez en quoi consiste la mutation gnique lorigine de la drpanocytose.
Document 7
Le code gntique
1re lettre U UUU UUC UUA UUG CUU CUC CUA CUG AUU AUC AUA AUG GUU GUC GUA GUG 2e lettre U C UCU UCC UCA UCG CCU CCC CCA CCG A UAU UAC UAA UAG CAU CAC CAA CAG AAU AAC AAA AAG GAU GAC GAA GAG G tyrosine (tyr) non-sens histidine (his) glutamine (gln) asparagine (asn) lysine (lys) ac. aspartique (asp) ac. glutamique (glu) UGU UGC UGA UGG CGU CGC CGA CGG AGU AGC AGA AGG GGU GGC GGA GGG 3e lettre U C A G U C A G U C A G U C A G
} }
} } }
ACU ACC ACA mthionine (met) ACG valine (val) GCU GCC GCA GCG
} } } }
srine (ser)
} } } } } } } }
cystine (cys) non-sens tryptophane (trp) arginine (arg) srine (ser) arginine (arg) glycine (gly)
proline (pro)
}
} }
thronine (thr)
alanine (ala)
Question Certaines mutations ponctuelles sont qualifies de mutations silencieuses car ces mutations n'affectent pas la protine qui garde la mme structure primaire.
Activit autocorrective n 6
Retrouvez les diffrentes modifications qui ont affect la squence du gne b des individus 2 6. Tenez compte des diffrents codons 75 indiqus. Identifiez les diffrents types de mutations. laide du code gntique (document 7), indiquez leurs consquences sur lexpression des allles du gne. Justifiez le phnotype des individus 4, 5 et 6.
Document 8
Il existe au sein de la population humaine de nombreuses anomalies de lhmoglobine. En vue de les connatre, on a isol et squenc, entre autres, le gne codant pour la chane b. Les allles de ce gne sont trs nombreux (plusieurs centaines) et permettent pour la plupart une synthse de molcules fonctionnelles. Mais on connat de nombreuses maladies appeles hmoglobinopathies se traduisant par des anmies plus ou moins marques. Ce document donne le dbut de la squence (qui comprend 147 codons au total) de lARN messager correspondant au gne b de 6 individus. Chaque individu est homozygote, porteur de deux allles identiques de ce gne.
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Document 9
Codon
Mutation
Nouveau codon ou nouvelle squence (ADN) CAT GTG AAG GG GG TAG TAG ----TT TTTTAGT ACC CTC TTC
Nombre dacides amines dans la chane b 146 146 146 17 20 16 38 58 71 146 146 146
Consquence phnotypique et signes cliniques hmoglobine fonctionnelle hmoglobine formant de longues fibres ; hmaties dformes : drpanocytose hmoglobine C : anmie peu grave thalassmie : anmie grave thalassmie thalassmie thalassmie thalassmie thalassmie diminution de laffinit pour loxygne : cyanose augmentation de laffinit pour loxygne : polyglobulie hmoglobine fonctionnelle
substitution substitution substitution dltion dltion substitution substitution dltion de 4 nuclotides insertion substitution substitution substitution de 3 nuclotides
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- Il peut cependant arriver quune lgre modification de la structure primaire de la protine (mutation faux-sens) ne modifie pas sa forme dans lespace, donc naltre pas sa fonction. On parle alors de mutations neutres (document 9, cas du codon 121). - Enfin, certaines mutations aboutissent des protines plus efficaces ou ayant une nouvelle fonction : ces mutations peuvent tre qualifies de favorables pour un environnement particulier. Les mutations, source dinnovation, ne sont pas toujours dfavorables. Beaucoup sont neutres, dautres peuvent tre avantageuses pour lorganisme. Nous avons l un des mcanismes de lvolution des tres vivants (voir squence 3 chapitre 2). Activit autocorrective n 7
Daprs vos connaissances, comment ces mutations peuvent-elles se transmettre : dune gnration de cellules une autre ? dune gnration dindividus une autre (transmission la descendance) ?
Document 10
Les diffrentes chanes de globines participant la formation de lhmoglobine au cours du dveloppement de lHomme.
a b
Quel que soit le stade de dveloppement, lhmoglobine est constitue de deux chanes se rattachant au groupe a (a ou z) et de deux chanes se rattachant au groupe b (b, d, e, g). Lhmoglobine ftale est ainsi principalement de type a2 - g2 alors que lhmoglobine adulte est du type a2 - b2.
d g -6 -3 0 naissance 3 6 mois
Activit autocorrective n 8
N.B.
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Les gnes sont placs sur les chromosomes 11 et 16 dans lordre o ils vont tre exprims.
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Document 11
Les pseudognes dans chaque groupe ne codent pour aucune chane polypeptidique fonctionnelle mais prsentent une structure semblable celle des gnes actifs.
Toutes les chanes de lhmoglobine comportent un nombre dacides amins voisins (de 141 146 acides amins). Le document 12 compare les squences polypeptidiques des principales globines humaines (seuls, les 35 premiers acides amins vous sont proposs titre dexemple). Cette comparaison permet destimer le nombre de diffrences entre les squences prises deux deux (document 12).
Document 12
Squence des 35 premiers acides amins : 10 20 30 hmoglobine a : V*LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGQYGAEALERMFL hmoglobine b : - H - T - EE - S A - T - L - - - - N* *VD EV - G - - - G- L LV hmoglobine d : - H - TPEE - - A - N - L - - - - N* *VDAV - G - - - G- L LV hmoglobine g : GHFTEE - - AT I T S L - - - - N* *VE DA - G - T - G- L LV hmoglobine e : - HFTAEE - AA - T S L - S - MN** VE E A - G - - - - G- L LV myoglobine : G* - - DGEWQL - LNV - - - -E - D IP GH - Q - V - I - - - K
z b d g e
myoglobine
Activit autocorrective n 9
Exprimez les diffrences en % entre les polypeptides cods par les diffrents gnes des globines du groupe b.
Toutes les chanes du groupe b ont 146 acides amins.
N.B.
Les ressemblances entre les polypeptides tmoignent dune grande similitude entre les gnes qui codent pour ces globines. Ces gnes prsentent donc une grande parent. On dit que ces gnes appartiennent un mme ensemble appel famille multignique. Dans une famille multignique, tous les gnes drivent dun gne ancestral commun.
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Pour passer dUN premier gne ancestral toute une famille de gnes diffrents et prsents chez un mme individu, il est ncessaire dans un premier temps que le gne de dpart soit copi ou dupliqu une ou plusieurs fois. La duplication gnique est un mcanisme gntique complexe partir duquel il se forme 2 gnes identiques la place dun seul sur un mme chromosome. Puis, dans un deuxime temps, les copies de ces gnes se dplacent ou se transposent dun endroit un autre sur le mme chromosome ou sur un autre chromosome. Enfin, les gnes dupliqus sont susceptibles dvoluer sparment par mutations ce qui explique la divergence constate entre les gnes. Comme pour les gnes homologues (voir squence 1), les gnes issus dune duplication sont dautant plus semblables que la duplication est rcente.
Question
Schmatisez lhistoire des gnes du groupe des globines b (tous situs sur le chromosome 11).
Rponse Si lon se rfre aux % de diffrences calculs dans lactivit n 8, on peut dire que : b et d sont les plus proches (environ 7 %) : 1re duplication, la plus rcente. g et e sont ensuite les plus proches (20 %) : mise en vidence dune seconde duplication, plus ancienne que la premire. b et e, b et g ainsi que d et g et d et e montrent des % de diffrences assez proches (24 28 %) donc un loignement des gnes peu prs semblable les uns des autres, conscutif une troisime duplication, la plus ancienne. Au total, on met en vidence lexistence hypothtique de 3 gnes ancestraux qui subissent chacun une duplication gnique suivi de mutations. On peut rsumer cela par les deux types de schmas suivants :
Gne e
Gne g
Gne d
Gne b
Temps
- 100 MA
- 200 MA
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Mutations
Duplication 3 et transposition
Mutations
Duplication 2 et transposition
Mutations
Duplication 1 et transposition
Gne ancestral
Les ressemblances entre les chanes polypeptidiques a et b (de lordre de 40 %) indique sans conteste une parent entre les gnes du groupe a et ceux du groupe b. Ainsi a-t-il t montr que tous les gnes des globines actuels sont issus dune srie de duplications, de transpositions et de mutations partir dun gne ancestral, la premire duplication ayant probablement eu lieu chez un vertbr de la classe des poissons il y a 450 MA (document 13). Une telle famille de gne illustre bien comment a pu stablir la complexification du gnome par duplications de gnes puis mutations successives.
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Document 13
Gne z
Pouvez-vous mettre des hypothses dans ces cas prcis sur lintrt de la conservation dun grand nombre de gnes identiques ?
Dans la famille des globines, les diffrentes molcules fabriques, les hmoglobines, ont gard la mme fonction, celle lie la fixation de loxygne. Mais le processus de duplication mutations ne conserve pas toujours la fonction du gne ancestral. Lhypophyse antrieure scrte diverses hormones et certaines dentre elles montrent des similitudes. Lhormone thyrotrope TSH (rgulation de la fonction thyrodienne, la thyrode rgulant elle mme, entre autres, la croissance de lindividu et son mtabolisme), les hormones gonadotropes GSH, FSH et LH (rgulation des scrtions testiculaires et ovariennes) sont des glycoprotines dont la partie protique est constitue chez tous les vertbrs de deux sous-units (a et b). Il existe une grande similitude entre les chanes a et b de ces hormones. Cette similitude indique quelles proviennent de la duplication dun gne ancestral commun. Le document 14 reprsente en bas droite, cette premire duplication (point noir) et le dessin montre lvolution de la sous unit a qui a mut de nombreuses fois, ce qui a donn des sous-units diffrentes suivant les espces de vertbrs.
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Document 14
Hypothse sur lvolution des hormones FSH, GTH, LH et TSH chez les vertbrs, des Agnathes aux Mammifres.
De bas en haut : volution au sein dun mme groupe.
Le destin de la sous-unit b est reprsent sur la figure principale. Chez les Agnathes, la chane b n'aurait d'abord port qu'une fonction gonadotrope unique (hormone de type GTH). Puis chez les anctres des poissons osseux, elle aurait acquis une potentialit thyrotrope supplmentaire. Le gne codant pour la chane b se serait ensuite dupliqu : il y aurait alors une sous unit b thyrotrope distincte (hormone de type TSH) de la sous-unit b gonadotrope de type LH (hormones de type GTH, puis LH). Chez les anctres des amphibiens, une nouvelle duplication gnique se serait produite donnant une nouvelle sous-unit b fonction gonadotrope, de type FSH. Dans la suite de lvolution, les diffrents gnes des chanes potentialit FSH, LH ou TSH auraient subi des mutations modifiant certains acides amins, expliquant que les diffrentes espces aient des chanes b diffrentes. Les potentialits gonadotropes de la chane b puis les potentialits thyrotropes supplmentaires de cette mme chane permettent une sparation des rgulations des gonades et du fonctionnement thyrodien chez lorganisme. Cette sparation effective chez les vertbrs vivants en milieu terrestre permet la division des tches entre plusieurs hormones, tches au dpart accomplies par une seule hormone. Ce phnomne de spcialisation hormonale reprsente un avantage volutif indniable (indpendance entre les fonctions de reproduction dune part, mtabolisme et croissance de lindividu dautre part).
Conclusion
Les mutations sont lorigine des diffrents allles dun gne. Spontanes, alatoires, elles apparaissent chez des individus avec une frquence faible mais touchent nanmoins de nombreux gnes. Toutes ces modifications gniques sont source dinnovations. Parmi ces innovations gntiques, seules celles qui affectent les cellules germinales peuvent tre transmises la descendance. La complexification du gnome est une sorte de bricolage molculaire (F. Jacob), comprenant les phnomnes de duplications et de mutations gniques. Le gnome des organismes complexes comprend ainsi de nombreuses familles multigniques, source dvolution des populations et des espces. En effet, les gnes dupliqus peuvent tre lobjet dune volution indpendante par mutations successives, enrichissant ainsi progressivement le gnome de diffrentes espces apparentes et pouvant rendre compte de lapparition de fonctions nouvelles.
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N.B.
Le nom du papillon, la Phalne du bouleau , provient du fait que la chenille de ce papillon se nourrit principalement de feuilles de bouleau. Ladulte, par contre, vit de prfrence sur des troncs de chnes et de htres.
Question
laide des donnes provenant des documents 16 et 17, proposez une ou plusieurs hypothses explicatives concernant la distribution des formes claires et sombres de la Phalne du bouleau en Grande Bretagne vers 1950 (document 15). Vous montrerez linfluence du milieu dans lvolution des populations considres.
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Document 15
Document 16
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Document 17
Rponse En 1950, la rpartition des formes claires et sombres de la Phalne du bouleau montre que les formes claires sont prdominantes en zones rurales (Sud Ouest de la Grande Bretagne) et que les formes mutantes sont localises en majorit dans les zones industrielles (centre et est de la Grande Bretagne), l o les rejets industriels polluants font disparatre les lichens des forts de chnes et de htres. Lindustrialisation a entran lvolution de la population de phalnes. La forme typique est parfaitement camoufle sur des troncs clairs recouverts de lichens (camouflage par homochromie) et chappe ainsi plus facilement ces prdateurs naturels (oiseaux insectivores) que la forme noire (voir tableau du document 17). Au contraire, la forme carbonaria est moins visible sur les troncs de chnes dpourvus de lichens des rgions industrielles de la Grande Bretagne et chappe ainsi plus facilement aux oiseaux que la forme sauvage. Les papillons les mieux camoufls sont pargns par les oiseaux do les proportions inverses des formes claires et sombres selon les rgions : formes claires avantages en zone rurale peu pollue et formes sombres avantages en zone industrielle. Il en rsulte une transmission privilgie des allles selon le milieu.
N.B.
Les rsultats des mesures anti-pollution prises en Grande Bretagne depuis cette poque confirment la pression slective exerce par le milieu : il y a de plus en plus de formes typiques en zone industrialise et ceci concide avec la rapparition des troncs clairs recouverts de lichens.
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Linnovation gntique, ici une mutation alatoire dun gne responsable de la couleur du papillon, nest conserve que dans la mesure o les individus peuvent transmettre cet allle mut leur descendance et donc ne sont pas limins. Dans lexemple de la Phalne du bouleau, la slection naturelle est lie lassociation couleur des troncs reprage des papillons par les oiseaux prdateurs . La slection naturelle oriente la transmission des allles et permet ladaptation au milieu. Elle privilgie la transmission de certaines innovations gntiques ou de certaines combinaisons allliques, dans la mesure o elles confrent un avantage dans des conditions donnes de lenvironnement.
Document 18
Le tableau du document 18 montre ltendue du polymorphisme biochimique (ou gntique) chez les vertbrs. La variabilit est trs importante : de 25 30 % des gnes sont polymorphes et les individus sont htrozygotes 6 % environ de leurs gnes.
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Les mutations qui ont affect les gnes de ces enzymes napportent aux individus concerns ni avantage, ni dsavantage particulier : on parle de mutations neutres. Nous avons dj abord cette notion de mutation neutre dans la squence 3, chapitre 1, partir des documents 8 et 9 concernant lhmoglobine humaine. Activit autocorrective n 11
partir des donnes du document 19 et de vos connaissances sur les gnes homologues, montrez lintrt des mutations neutres pour tablir des phylognies. Comparaison des squences des chanes a de lhmoglobine chez diffrents vertbrs
Document 19
La squence de lHomme est prise comme rfrence. Chaque lettre correspond labrviation conventionnelle dun acide amin. Un tiret reprsente, pour une position donne, un acide amin identique celui qui est observ chez lHomme. Tous les Ttrapodes ont une chane a de 141 acides amins. La carpe en possde 142 et le requin 148. Lalignement des squences de la Carpe et du requin, dune part, avec celles des autres Ttrapodes, dautre part, ncessite de dcaler par deux fois des fragments de ces dernires (positions repres par les deux flches verticales). Les astrisques verticaux correspondent aux espaces introduits pour aligner les squences. Les astrisques horizontaux reprent les positions conserves chez toutes les espces considres. Carpe Triton Poulet Ornithorinque Kangourou Buf Singe rhsus Homme 85 84 83 80 80 75 79 79 Requin
75 72 74 70 65 68 68 Carpe
63 67 63 60 61 60 Triton
47 41 38 35 35 Poulet
26 26 27 Kangourou
16 17 Buf
4 Singe rhsus 30
450
400
360
300
135
80
Les diffrences entre squences sont reportes dans cette matrice. Les valeurs sont obtenues partir de la figure prcdente. Les espaces introduits pour aligner les squences (astrisques verticaux) ne sont pas comptabiliss dans les diffrences. La palontologie permet de dater la sparation des diffrentes lignes les unes des autres. Par exemple, la ligne conduisant au requin sest spare des autres il y a 450 millions dannes.
Les mutations neutres ne sont pas dterminantes pour lvolution des individus qui en sont porteurs car elles noffrent pas de prise la slection naturelle. Ce type de mutation peut par contre facilement se rpandre dans les populations sexues. Cela explique lextraordinaire polymorphisme intra et interspcifique observ que la slection naturelle, seule, ne pourrait maintenir.
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Squence 3-SN02
Le neutralisme est considr actuellement comme un fait majeur car il fournit aux scientifiques dexcellents traceurs de lvolution des espces ; il permet d tablir des phylognies trs prcises entre espces proches ou loignes dont on a peu ou pas de restes fossiliss.
Le complexe des gnes de dveloppement de la drosophile et les rgions correspondantes chez ladulte et lembryon (voir encart couleur E11)
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Les 4 complexes de gnes homotiques chez la souris (voir encart couleur E12)
Activit autocorrective n 12
partir des documents 20, 22 et 23, montrez que les gnes antennapedia de la drosophile et le gne Hox B6 de la souris sont des gnes homologues ayant la mme fonction.
Document 22
Comparaison des squences de nuclotides dune partie du gne antennapedia de la drosophile et du gne Hox B6 de la souris`
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Document 23
Drosophile transgnique
Cette drosophile a t obtenue par linjection dun gne Hox B6 de Souris dans un uf de drosophile. Le gne Hox B6 a t incorpor, au pralable, dans un systme qui le rend actif, particulirement, au niveau de la tte.
Des gnes homotiques homologues, tels ceux de la drosophile et de la souris, ont t trouvs chez tous les animaux pluricellulaires, ce qui tmoignent une fois de plus de lorigine commune de toutes les espces animales. Des expriences de transgnse (document 23) montrent que ces gnes architectes dclenchent lactivit dun ensemble de gnes qui, eux, contribuent au dveloppement de lindividu. Ce ne sont pas des gnes qui agissent directement sur le dveloppement mais qui rgulent ce dveloppement. Les gnes homotiques sont qualifis de gnes de rgulation.
partir dune comparaison des documents 20 et 24, montrez les consquences dune mutation du gne homotique antennapedia ?
Document 24
Drosophile normale et drosophile mutante antennapedia (le gne antennapedia mut sexprime au niveau de la Tte)
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a. Drosophile normale b. Tte dune drosophile normale c. Tte dune drosophile antennapedia possdant des pattes la place des antennes.
Rponse Chez la drosophile, une mutation au niveau du gne antennapedia sexprime au niveau de la tte, des pattes se dveloppant la place des antennes. Il est non seulement actif dans un territoire o il ne lest pas habituellement mais, de plus, il empche le gne rsident charg de la mise en place des antennes de fonctionner. Cette mutation entrane donc des changements dans lorganisation antropostrieure de lanimal. Des changements minimes dans les gnes qui rgulent le dveloppement embryonnaire peuvent donc entraner de grands changements dans lorganisation de ladulte. On voit apparatre de nouveaux plans dorganisation.
Squence 3-SN02
Aprs la naissance vient la phase dite lactale, qui sachve avec lapparition de la premire molaire suprieure. Cela se produit vers 3 ou 4 ans chez le chimpanz, et 6 ou 7 chez lhomme. Nouveau phnomne de post-dplacement, puisque la dure de la phase est quasi double. Cest durant cette priode, vers lge de un an et demi, que se produit chez le chimpanz le processus de remonte du trou occipital vers larrire, ce qui entrane la quadrupdie. Jusque-l, le jeune chimpanz est autant bipde que quadrupde. Chez le gorille, plus loign de nous gntiquement que le chimpanz, cet pisode survient ds lge de un an. En revanche chez le jeune humain, la remonte na pas lieu, ce qui permet la bipdie permanente. Un tel phnomne de non apparition dun caractre (trou occipital dirig vers larrire) peut tre interprt comme le maintien chez lhomme dun caractre embryonnaire : on parle dun cas de notnie. La notnie est un cas de ralentissement du dveloppement sans modification de la dure de vie, ni de lge de la maturit sexuelle, ce qui aboutit des individus conservant une morphologie juvnile par rapport aux individus du ou des espces considres comme ancestrales. Ce maintien en position avance du trou occipital saccompagne dune autre manifestation : la forme arrondie du crne du jeune chimpanz se retrouve chez lhomme, comme si elle avait t conserve au cours de lvolution : exemple frappant l encore de notnie (document 25).
Document 25
Le crne dun jeune chimpanz ressemble celui dun homme adulte : cas de notnie.
La comparaison, par la mthode des points homologues, des crnes dun jeune chimpanz (Pan troglodytes) et dun homme moderne adulte (Homo sapiens) montre que la position du trou occipital (flche) et la forme gnrale arrondie du crne du jeune chimpanz se retrouve chez lhomme adulte.
Les grandes tapes du passage des singes suprieurs lhomme mritent donc dtre reconsidres en y intgrant ces phnomnes dhtrochronie. Les htrochronies sont largement rpandues dans le monde vivant. Lexemple classique est laxoltl, grosse larve de salamandre qui, au Mexique, au lieu de se mtamorphoser en salamandre terrestre, reste toute sa vie dans leau ltat larvaire (avec branchies et nageoire dorsale) et pourtant se reproduit. Cest un cas remarquable de notnie.
Squence 3-SN02
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Document 26
LAxolotl :
Laxolotl est un cas dcole pour ltude des htrochronies. Cette salamandre reste toute sa vie ltat larvaire.
Question
Quel vnement est susceptible dtre lorigine de ces proprits htrochroniques des gnes homotiques ?
Rponse Des recherches rcentes ont permis de dmontrer que des mutations de gnes homotiques sont capables de dclencher des htrochronies du dveloppement. Ainsi, chez lhomme, une mutation du gne homotique Hoxd-13 peut entraner un ralentissement du dveloppement inhibant la formation des deuximes phalanges et entranant parfois jusqu la disparition des doigts.
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Squence 3-SN02
Il est donc possible quune simple mutation, autorisant, inhibant ou modifiant lexpression dun gne homotique une tape donne du dveloppement, peut suffire changer, chez un individu, la morphologie dun ou de plusieurs caractres, les fonctions dun ou de plusieurs organes, voire un plan dorganisation, et transmettre ces modifications sa descendance. Les palontologues ont souvent t confronts au problme que pose lapparition brutale chez certaines espces fossiles dinnovations morphologiques importantes. Les recherches portant sur les htrochronies, autorisent penser que lapparition de ces innovations peuvent tre lies des mutations portant sur des gnes de rgulation tels que les gnes architectes. Ces rsultats confortent lide avance en 1977 par Franois Jacob selon laquelle les mcanismes de lvolution rsultent dun vaste bricolage molculaire qui modifie constamment les structures prexistantes.
Conclusion
Les connaissances des modifications du gnome nous clairent sur les processus qui conduisent lapparition de nouvelles espces partir despces prexistantes, phnomne que lon nomme spciation. La spciation est ralise quand un isolement reproductif permanent sest tabli entre deux populations appartenant lorigine la mme espce. Elle rsulte dun ajustement gntique aux conditions du milieu : lenvironnement slectionnant les innovations gntiques favorables.
Mutations chromosomiques = remaniements chromosomiques Gnes de rgulation en particulier les gnes du dveloppement Individus dune mme espce Remaniement du matriel gntique : Faire du neuf avec du vieux Mutations gniques volution des protines
volution rapide (en particulier de la morphologie) Isolement reproductif volution lente (morphologie, anatomie, physiologie)
Familles multigniques
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Activit n 2
Tout polypeptide est le fruit de l'expression d'un gne. On peut donc penser que les polypeptides R et L correspondent deux allles R et L du mme gne. Si l'individu est homozygote, il possde deux allles R ou deux allles L. Dans ce cas, il ne fabrique qu'un seul polypeptide et par consquent qu'une seule enzyme (cas des individus 1,2 et 3 par exemple). Par contre, si l'individu est htrozygote (6 et 7 par exemple), il possde les deux allles L et R et peut donc fabriquer les deux polypeptides. Ces individus peuvent alors combiner ces polypeptides et synthtiser les trois formes enzymatiques RR, LL et RL. Pour calculez le nombre de gnotypes diffrents pour chaque allle du complexe HLA, on utilise la formule suivante : n(n + 1)/2
Activit n 3
HLA-A
nombre dallles nombre de gnotypes diffrents 25 325
HLA-B
50 1275
HLA-C
10 55
HLA-DR
45 1035
HLA-DQ
10 55
HLA-DP
6 21
Nombre dassociations diffrentes des gnes du complexe HLA sur un chromosome : 25 x 50 x 10 x 45 x 10 x 6 = 3,375 107 associations des allles des 6 gnes. (un exemple dassociation : A24 B13 C8 DR1 DP4 DQ7 )
Calcul du nombre de moi biologique sachant que pour chaque gne, il existe 2 allles situs sur les 2 chromosomes homologues. Nous utiliserons la formule prcdente (cf 1) de manire liminer les combinaisons aboutissant au mme moi biologique . A1 B8 C3 DR1
Mme moi biologique
A1
B12
C3
DR2
A2
B12
C7
DR2
A2
B8
C7
DR1
3,375 107 x (3,375 107 + 1)/2 = 5,7 1014 Leffectif de lhumanit est compris entre 5,5 milliards (109) et 6 milliards. On constate alors que le nombre de gnotypes diffrents correspondant divers moi biologique est potentiellement 100 000 fois suprieur leffectif de lhumanit.
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Cette norme diversit, ce polymorphisme gntique, explique lunicit biologique et gntique de chaque individu : le grand nombre des allles de chaque gne et leur rpartition diffrentes sur les chromosomes homologues font que la probabilit de rencontrer deux individus semblables gntiquement est extrmement faible. Activit n 4 Une modification du matriel gntique contenu dans l'ADN peut avoir lieu au moment de la duplication de celui-ci. Il peut s'agir d'une erreur non corrige de la rplication semi-conservative de l'ADN.
Activit n 5
Gne normal
ADN ARNm Chane 4 5 6 7 ...TGA - GGT - CTC - CTC... ...ACU - CCA - GAG - GAG... Thr - Pro - Glu - Glu (codons) (transcription) (traduction)
Dans la chane mute, la valine remplace l'acide glutamique en position 6. D'aprs le code gntique, il suffit de remplacer le codon GAG de l'ARNm par le codon GUG pour expliquer l'apparition de l'anomalie. Il suffit donc d'une substitution au niveau du codon 6 de l'ADN entre la base azote Thymine et la base azote Adnine. ADN ARNm Chane ...TGA - GGT - CAC - CTC... ...ACU - CCA - GUG - GAG... Thr - Pro - Val - Glu
Activit n 6
Individu 2 : La substitution du nuclotide cytosine (C) du codon n 2 (CAC) de lARNm par un nuclotide uracile (U) aboutit un triplet codant galement pour lhistidine. En raison de la redondance du code gntique, aucune consquence de cette substitution nest dcelable au niveau du phnotype. Individu 3 : Le codon n 6 (GAG) de lARNm (individu 1) code lacide glutamique. La substitution, par mutation, du nuclotide adnine (A) central par un nuclotide uracile (U) produit le codon GUG qui code pour la valine. Lindividu est alors atteint de la drpanocytose (voir plus haut). Individu 4 : Le codon n 17 (UAG), obtenu par mutation (substitution du nuclotide adnine (A) par un nuclotide uracile (U) sur lARNm) est un codon-stop : la synthse de la chane b est interrompue ce niveau. Individu 5 : La dltion du nuclotide adnine (A) central du codon 6 juxtapose deux nuclotides guanine. On aboutit ainsi la dsignation dune glycine la place de lacide glutamique, mais galement un dcalage gnral du cadre de lecture de lARNm pour tous les codons transcrits en aval de la mutation. Ainsi le codon 18 devient un codon-stop (UAG) : lARNm cesse dtre traduit en polypeptide ce niveau. Individu 6 : Linsertion dun nuclotide uracile avant la premire base du codon 72 dcalerait galement le cadre de lecture de lARNm mais en ralit celui-ci nest pas lu en aval car le codon 72 devient un codon-stop UAG. Les individus 4, 5 et 6 sont atteints dhmoglobinopathies, maladies du sang appeles galement thalassmies. Ce phnotype macroscopique a pour origine, selon les individus, trois interruptions de la synthse de la chane b des niveaux diffrents de sa structure primaire.
Activit n 7
Les mutations peuvent se transmettre dune gnration de cellules une autre par la mitose, qui est un mode de reproduction conforme de la cellule.
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La transmission des mutations dune gnration dindividus une autre peut se faire selon deux mcanismes : la reproduction conforme : cela concerne essentiellement les vgtaux, le mcanisme est alors appel la multiplication vgtative ; la reproduction sexue : dans ce cas, les mutations doivent toucher les cellules de la ligne germinale cest--dire les cellules sexuelles. Activit n 8 Avant la naissance, jusqu la 8e semaine de grossesse environ, est dabord synthtise une hmoglobine embryonnaire du type (z2 e2), puis jusqu la naissance, principalement une hmoglobine ftale du type (a2 g2). Aprs la naissance, lhmoglobine ftale fait place lhmoglobine adulte (a2 b2) et une autre hmoglobine, dite hmoglobine A2 (moins frquente, seulement 2 %) (a2 d2).
Activit n 9
Diffrences en % :
b-d: b-e: b-g: d-g: d-e: g-e: 6,8 % 24,7 % 26,7 % 28,1 % 27,4 % 20,5 %
Ces rsultats montrent entre 75 et 90 % de similitudes entre ces protines. Activit n 10 La mise en jeu simultane dun grand nombre de gnes identiques permet la traduction simultane et donc la synthse en trs grand nombre de la mme protine ou des ribosomes, tout cela dans un temps trs court. La production leve de protines des moments propices de la vie cellulaire (mitose par exemple) avantage lorganisme. Activit n 11 La similitude entre les chanes a de lhmoglobine chez les diffrents vertbrs prsents est frappante. Cette similitude exprime une parent entre ces molcules, reflet dune parent entre les gnes codant pour ces protines. Ces gnes drivent donc dun gne ancestral que possdait lanctre commun tous les vertbrs. Les gnes a des vertbrs sont des gnes homologues. Les globines a prsentes entrent toutes dans la composition de lhmoglobine. Concernant le transport de loxygne, lhmoglobine de la carpe, du triton, du poulet, du kangourou nest ni plus ni moins efficace que celle de lhomme. Les chanes a de lhmoglobine diffrent par une partie de leurs acides amins mais ces modifications dues des mutations, nentranent pas de diffrence au niveau du site actif des molcules. On peut donc parler de mutations neutres, cest-dire ninfluenant pas la fonction de la protine, ce qui leur a permis dtre conserves de gnrations en gnrations. Les mutations neutres sont lorigine des gnes homologues des espces. Elles permettent par ailleurs aux scientifiques de tracer des arbres phylogntiques qui traduisent les hypothses de relations de parent entre les espces (voir squence 1). Les donnes molculaires sur les globines a permettent, par exemple, de dresser une phylognie des vertbrs. Les mutations neutres sont donc dexcellents traceurs de lvolution des espces.
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Activit n 12
Daprs le document 22, la similitude entre le gne antennapedia de la drosophile et le gne Hox B6 de la souris est importante : seulement 33 diffrences sur les 180 bases azotes reprsentes. On peut donc parler de gnes apparents ou gnes homologues. Le document 23 montre le rsultat dune exprience de transgnse du gne Hox B6 de la souris chez la drosophile. Le gne Hox B6 a t incorpor, au pralable, dans un systme qui le rend actif, particulirement, au niveau de la tte. Le rsultat de cette exprience est spectaculaire : il montre la prsence de pattes la place des antennes chez la drosophile transgnique. Sur le document 20, nous pouvons reprer que le gne antennapedia rgule la mise en place dune rgion thoracique de la drosophile, rgion o se situent les pattes et les ailes de la drosophile adulte. Le gne Hox B6, rendu actif au niveau de la tte de la drosophile, a donc la mme fonction que le gne antennapedia puisquil permet la mise en place de pattes au niveau de la Tte. Ces expriences de transgnse montrent donc quun gne homotique de souris, charg de la mise en place dune rgion prcise, est capable dtre actif chez la drosophile. Il provoque la mise en place dorganes de drosophiles. Cela montre quil dclenche lactivit dun ensemble de gnes de la drosophile, qui, eux, contribuent la construction de ces organes. Les gnes homotiques ou gnes architectes sont des gnes de rgulation.
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