Chapitre 7 :Relation structure-fonction dans les domaines 

Exemple : importance de la taille d’un tonneau

fonction catalytique transport canal

ou structurale
Fonction catalytique
Tonneaux petits (environ 6 à 10 brins)
Protéine de structure ou enzyme

Ex : la riboflavine synthase (E.coli)

Tonneau à 6 brins

Topologie:
Les brins consécutifs dans la séquence ne sont pas adjacents dans la structure.

PDB : 1PKV
Riboflavine synthase (vue de dessus)

chaînes latérales hydrophobes

Le cœur de la protéine est « rempli » par les chaînes latérales.

 pas de place pour un ligand
 Séquence primaire des brins

Brin
1: GTAKLVSIDE
2: FRTHVV
3: SVA
4: CCLTVTE
5: HVSFDLM
6: WVNVER
Un acide aminé sur deux est hydrophobe
(celui dont la chaîne latérale est à l’intérieur)
Réaction catalysée par la riboflavine synthase

riboflavine
liée sur le coté du tonneau
La riboflavine synthase est composée de deux domaines identiques
qui fixent deux molécules de riboflavine.

Chaque molécule de riboflavine est liée

par des résidus des deux domaines
de l’enzyme.
Structure oligomérique de la riboflavine synthase : homotrimère

le trimère

le monomère
 Chapitre 8 : Domaines 
Domaines 
- le plus souvent : feuillets  parallèles
Les hélices  et les feuillets  sont en contact.
- en 2 ou 3 couches (système ouvert)
- ou en tonneau


Les Tonneaux 
Superfamille Triosephosphate isomerase (TIM ou TPI)
Architecture : Tonneau  ou tonneau TIM
entre 7 et 10 brins
 Brins  parallèles à l’intérieur,
constitués de résidus hydrophobes
(40% des acides aminés des feuillets sont
des V, L ou I)

Tonneau TIM  Tonneau très stable

Pyruvate kinase TIM barrel
 Motif 
brins parallèles
Ex: Triose phosphate isomerase (levure)

8 brins parallèles 8 brins entourés de 8 hélices

Architecture très conservée dans SCOP

et retrouvée dans des protéines aux fonctions très différentes
 dihydroacetonephosphate D-glyceraldehyde3-phosphate
Réaction
enzymatique TIM
Le site catalytique est située à l’extérieur de tonneau au niveau des boucles.

La spécificité de ces tonneaux se fait sur les boucles.

Autres exemple: Pyruvate kinase

Le site du substrat:
plusieurs boucles
+ plateforme de résidus
hydrophobes
Domaines  ouverts
Si le feuillet β ne forme pas de tonneau, il forme, avec des hélices,
des sandwiches du type αβ, αβα ou encore ββα.


Flavodoxine

Adenylate kinase
 Sandwiches  Sandwiches 

Ex : adenylate kinase Ex : GroEL

feuillet //

feuillet anti //
Les domaines  fixent les nucléotides.

Beaucoup de domaines catalytiques accueillant un nucléotide

sont du type αβα. Le site de fixation du nucléotide est défini par
deux boucles de liaison β-α.

Espace entre brin 1 et 3:

Fixation du substrat fixation du substrat
du coté C-ter des brins entre les boucles

Feuillet  de l’adenylate kinase Topologie

Repliement de Rossmann (Rossmann fold)

lie les nucléotides

Domaines 
Autres types d’architecture 

Ex : boite Ex : fer à cheval ou collier

le fond et les cotés : feuillets 

et le dessus : hélices .
 Domaines 
- feuillets  anti-parallèles de préférence

- la partie  est séparée de la partie 

Ribonucléase (champignon)

Ribotoxine + ARN
Lysozyme
 Bio-informatique structurale

Séquence
? ?

Structure secondaire Structure tertiaire

- en hélice  (H)
- en feuillet  ( E)
- en boucle/coil (C)
- tour (T)

Comment prédire les structures secondaires, 3D,… ?

Chapitre 9 : Modélisation et prévision
des structures secondaires et tertiaires

nombreux programmes de prédiction de structures secondaires

Exemples : - super-enroulements d’hélices

- hélices transmembranaires
- répétition, modification post-traductionnelle
…
 Portail de ressources bio-informatiques
EXPASY : EXpert Protein Analysis SYstem
(www.expasy.ch)

contient - des bases de données (séquences protéiques,etc…)

- outils et des programmes
- documents…
 « Protein characterization and function »

Protein parameters

« ProtParam »: calcul du pI, de la masse molaire, composition en acides aminés

d’une protéine à partir de sa séquence primaire
Petit test sur la charge globale d’un peptide
(de l’espèce la plus représentée) en fonction du pH…

- Donnez la charge du peptide

N K I Y T Q E E R L L G A P L I G D R W V D

aux trois valeurs de pH suivantes pH<2

pH=7
pH>12,5
N K I Y T Q E E R L L G A P L I G D R W V D
Acide aminé pK (COOH) pK (NH2) pK (chaîne latérale)
Alanine Ala A 2,35 9,87
Arginine Arg R 1,82 8,99 12,48
Asparagine Asn N 2,14 8,72
Acide aspartique Asp D 1,99 9,90 3,9
Cystéine Cys C 1,92 10,7 8,37
Glutamine Gln Q 2,17 9,13
Acide glutamique Glu E 2,10 9,47 4,07
Glycine Gly G 2,35 9,78
Histidine His H 1,8 9,33 6,04
Isoleucine Ile I 2,32 9,76
Leucine Leu L 2,33 9,74
Lysine Lys K 2,16 9,06 10,54
Méthionine Met M 2,13 9,28
Phénylalanine Phe F 2,20 9,31
Proline Pro P 1,95 10,64
Sérine Ser S 2,19 9,21
Thréonine Thr T 2,09 9,10
Tryptophane Trp W 2,46 9,41
Tyrosine Tyr Y 2,20 9,21 10,46
Valine Val V 2,29 9,74
 R

H2N C COOH
pK(NH2)
H pK(COOH)

R R

H3N+ C COOH C COO-

H2N
H H
R

H3N+ C COO-

H
 pH

pK1 pK2
3-4 10-11

R R R

H3N+ C H3N+ H2N C COO-

 COOH C COO-

H H H
 N K I Y T Q E E R L L G A P L I G D R W V D

- pH<2
N-ter : + ; K+; R+, R+ soit charge 4+

-pH=7
N-ter : + ; K+; E- ; E- ; R+ ; D- ; R+ ; D- ; Cter - soit charge 1-

- pH>12,5
Y- ; E- ; E- ; D- ; D- ; Cter - soit charge 6-
Analyse de la séquence primaire
 Analyse de la structure secondaire

Prédiction de structure tertiaire, quaternaire,

d’hélice transmembranaire…

Mais aussi prédiction des modifications post-traductionnelles,

de la topologie, alignement de séquence et analyse…