Les erreurs possibles au laboratoire

de microbiologie
Comment les éviter ?

SARM ?

Dr M-E Reverdy
Praticien Hospitalier
Centre de Référence des Staphylocoques
Microbiologie Hôpital E. Herriot Lyon
Sur le plan de l'hygiène
SARM =
BMR =
déclaration

Sur le plan clinique

SARM
incidence thérapeutique
incidence économique
 Pourquoi suspecter des erreurs ?

• "Outlier "
– établissement avec taux de BMR
anormalement bas ou élevé
• Origine possible
– recrutement ?
• mais classement par type d'établissements et de
séjours
– nombre de prélèvements effectués
– hygiène
– l'analyse microbiologique ?
 Pourquoi suspecter des erreurs ?
analyse microbiologique ?
CNR 2003-2004 Total Labos Ville CClin Sud-Est
nb % nb % nb %
souches reçues
comme SARM 710 364 346
non exploitables 107 15,1 79 21,7 28 8,0

Analyses des non exploitables

pas de subculture 12 1,7 7 1.9 5 1.4
contaminées 47 6,6 24 6,6 23 6,6
erreurs sur
sensibilité oxacilline 22 3,1 22 6,9
doublons ou plus 26 3,7 26 7,1
Comprendre les erreurs
SARM et laboratoire
 Comprendre les erreurs
les erreurs qui n'en sont pas !
• Critères d'inclusion pour réseau BMR : "Prélèvements à visée
diagnostique : pas de prélèvements de dépistage "
• Mais au laboratoire
– sans précision clinique prélèvement considéré à tord à visée
diagnostique plutôt que dépistage
• ex: ulcères, escarres ect…
– parfois antibiogrammes ciblés sur certains services avec pathologies
plus lourdes
• "outlier" : Pyo HEH, 10 semaines, 244 isolats/117 antibiogrammes (48%)

• Qualité du dédoublonnage
"1 seule souche d'une même espèce par patient"
– risque de confusion avec autres protocoles de dédoublonnage
 Comprendre les erreurs

• Si trop de SARM déclarés : erreurs possibles

– identification de S. aureus
– ± résistance à l'oxacilline

• Si trop peu de SARM déclarés

– détection de la résistance à l'oxacilline
– ± identification de S. aureus
 Les contaminants (6.6%)

• La population analysée a des caractéristiques

de SARM
– S. aureus sensible oxa + entérocoque
– S. aureus sensible oxa + SCN résistant oxa
– S. aureus sensible oxa + corynébacterie
– S. aureus sensible oxa + Acinetobacter

– S. aureus + bacille à Gram négatif

– SCN + entérocoques
– ect……

• Causes d'erreur
– qualité des réisolements
– technicien inexpérimenté, polyvalent, isolé
 Comprendre les erreurs
Qualité de l'identification de S. aureus
• Morphologie /pigmentation /hémolyse :
– microcoque, S. simulans, S. intermedius, corynébactéries,
…ect

S.aureus Acinetobacter

• examen microscopique : Cocci Gram positif

– le piège
• Corynebactérie parfois cocciforme
• Acinetobacter ! Cocci Gram négatif qui se décolore mal !!
 Comprendre les erreurs
Qualité de l'identification de S. aureus
Milieux de culture spécifiques ?
Non : milieu d'orientation !
Chapman (fermentation mannitol + hypersalé)
faux positifs :
S. haemolyticus, S. saprophyticus, ect… ,
entérocoques, Bacillus, Proteus …
faux négatifs :
un peu desséché, Ê sel = inhibition de S. aureus

Baird Parker (lécithinase, lipoproteinase)

S. schleiferi
 Comprendre les erreurs
Qualité de l'identification de SARM
– Milieux sélectifs : spécifiques ? pas toujours !

• ORSA (mannitol + hypersalé + oxacilline)

– faux positifs : tous les SCN R oxa, mannitol +,
nécessite toujours analyse complémentaire
– faux négatifs : SARM avec R hétérogène oxa
tests agglutination souvent négatifs
• nouveaux chromogènes pour SARM à base de
céfoxitine (colonies vertes ou roses)
– leurs limites
Bacillus cereus,
entérobactéries R C3G
 Comprendre les erreurs
Qualité de l'identification de S.aureus
– Caractères biochimiques spécifiques ? Non !
• Clumping factor
– S. intermedius, S. lugdunensis , S.schleiferi/schleiferi
– autoagglutination si on part d'un milieu hypersalé et pour
– S.saprophyticus, Microcoque, Acinetobacter
• Coagulase
– S.intermedius, S. schleiferi coagulans, S. hyicus
– P.aeruginosa, Serratia, Bacillus subtilis
• DNAse
– S.intermedius, S. schleiferi coagulans, S. hyicus
• Proteine A
– S. schleiferi coagulans, S. hyicus, S.intermedius,
 les faux amis de S. aureus existent
• bonne connaissance des milieux de
culture utilisés
• il est recommandé d’utiliser deux tests
pour l’identification de S. aureus : la
détection de la coagulase et un test
d’agglutination.
Toute discordance entre les deux devra
conduire à une identification biochimique

réf : Y Brun, M Bes, Les Staphylocoques, in Précis de Bactériologie

Clinique" J Freney et al ,ed Eska
 Comprendre les erreurs
Qualité de l'antibiogramme
• Contrôle de pureté d'un antibiogramme
– SA sensible + contaminant R oxacilline = faux positif
• Résistance hétérogène à l'oxacilline = faux négatif
– tester la cefoxitine qui est un meilleur substrat
• Interprétation de l'antibiogramme :
– résistance oxacilline n'est plus systématiquement associée
à une multi résistance aux autres antibiotiques, et vis versa
– ne pas "transformer en SARM" toutes les souches multiR
– à l'inverse ne pas négliger une résistance isolée
120

100 SASM oxacilline

80 SARM
60

40

20
cefoxitine plus stable
0 que latamoxef
0,5 1 2 4 8 16 32 64

cefoxitine moxalactam
120 120
SASM
100 100 SASM
SARM
80 80 SARM

60 60
40 40

20 20

0 0
0,5 1 2 4 8 16 32 64 0,5 1 2 4 8 16 32 64
Conclusion

sed

perseverare diabolicum !!
L. A. Sénèque