Rapport de Stage en Biologie Clinique

Ministère de l’enseignement supérieur Université de Monastir
et de la recherche scientifique Faculté de pharmacie de Monastir
Rapport de stage en
biologie clinique
Interne en équivalence :
Laboratoire de microbiologie
Hôpital régionale de Gafsa
du 01/09/2020 au 30/11/2020
Chef du service : Docteur Mabrouka saidane
2020-2021
Remerciements
Mes vifs remerciements et ma gratitude sont transmis avec joie à

tous ceux qui m’ont aidé à accomplir et à réaliser mon stage.
De ce fait je remercie toute personne ayant participé à la réussite de cette

période et au développement de mes acquis scientifiques et pratiques.
Particulièrement mes remerciements s’adressent à l’équipe du

laboratoire de microbiologie de l’Hôpital régionale de Gafsa
Je tiens à adresser mes remerciements au
Docteur Mabrouka Saidane de m’avoir accueilli au sein de son service et la

confiance qu’il m’a accordée dès mon arrivée.
Je tiens à exprimer toute ma reconnaissance aux personnels

techniques spécialement Madame Sameh Fendi
Pour leur accueil chaleureux et pour l’ambiance familiale

régnant dans le service.
Veuillez bien trouver l’expression de ma profonde gratitude et de ma vive

reconnaissance pour tout ce que vous m’avez appris.
J’espère avoir été digne de la confiance qu’elles m’ont accordée.
Que ce travail soit à la hauteur de leurs attentes. Je tiens à leur dire que j’ai
tant appris à leurs côtés et que je suis très honoré de les avoir eus pour maîtres
de stage.
Liste des Abréviations :
• Ac : anticorps
• CCMH : Concentration corpusculaire moyenne en hémoglobine
• DO : Densité optique
• CGR : Concentré de globules rouges
• F : Facteur
• Fg : Fibrinogène
• GB : Globule blanc
• GR : Globule rouge
• H : Heure
• Hb : Hémoglobine
• HU : Hématurie
• HT : Hématocrite
• IDR : Indice de distribution des globules rouges
• TA : Tension artérielle
• FC : Fréquence cardiaque
• T : Température
• GCS : Score de Glasgow
• TDM : Tomodensitométrie
• GAD : Glycémie au doigt
• SaO2 : Saturation en oxygène
• ASLO : Antistreptolysine O
• AT : Aspiration trachéale
• PVT : Prélèvement
• GS : Gélose au sang
• GC : Gélose au sang cuit
• SS : Milieu Salmonelle- Shigelle
• CMI : Concentration minimale inhibitrice
• IgG : immunoglobulines G
• LCR : Liquide céphalo-rachidien
• VGM : Volume globulaire moyen
• VU : Valeurs usuelles
• Min : minute
• NFS : numération formule sanguine
• API : appareils et procédés d’identification
• TRC : Temps de recoloration cutanée
• BDC : Bruit du cœur
Table des matières
1-
L’Organisation générale du laboratoire : 1
1-1-Gestion des locaux :.......................................................................................................1
1-2- Processus d'hygiène et de sécurité:...............................................................................3
1-2-1 Les mesures d'ordre général et l'hygiène en rapport avec la

manipulation des échantillons biologiques........................................................................3
1-3: Processus de gestion du personnel..............................................................................15
1-3-1 : Organigramme du laboratoire......................................................................15
1-4- Gestion de la documentation.......................................................................................18
1-4-1 Les documents techniques...............................................................................18
1-4-2 Les documents scientifiques.............................................................................20
1-5: Processus de gestion des consommables.....................................................................20
1-6: Processus de gestion des équipements........................................................................21
2-Le processus analytique :.......................................................................................................25

2-1- La phase pré-analytique..............................................................................................25
2-2- La phase analytique.....................................................................................................31
2-2-1 Les réactifs et les dispositifs d’analyse.................................................................32
2-2-2 Les procédures analytiques...................................................................................35
2-3 Phase post-analytique...................................................................................................37
3-La gestion du contrôle de qualité...........................................................................................39

3-1- Le contrôle externe de qualité.....................................................................................39
3-2-Le contrôle interne de qualité (CIQ)............................................................................39
4-1 Les analyses effectuées dans l'unité de bactériologie...................................................40
4-1 : Les analyses effectuées dans l'unité de sérologie.......................................................55

Les cas cliniques
Cas Clinique n°1 : Pleurésie purulente à Streptocoque non groupable..................................58
Cas clinique n°2 : Abcès périnéal.............................................................................................65

Cas clinique numéro 3 : Coma et trouble respiratoire aigue…………………..…..………...70
Cas Clinique n°4 : Infection urinaire à Escherichia coli..........................................................81
Cas clinique n°5 : Pneumopathie a SARS-COV2.....................................................................86

LISTE DES FIGURES
FIGURE 2:MINI COLLECTEUR DES DÉCHETS DE SOINS D’ACTIVITÉ A
RISQUE INFECTIEUX (RÉGI-BOX).................................................................................6
FIGURE 3. GESTION DE LA DOCUMENTATION.............................................................18
FIGURE 4. ARCHITECT PLUS CI 8200................................................................................22
FIGURE 5. CYCLE DE VIE D’UN ÉQUIPEMENT DANS LE SERVICE...........................24
FIGURE 6. PRÉLÈVEMENT D’URINE SUR SONDE URINAIRE......................................27
FIGURE 7. LA BANDELETTE DU TEST RAPIDE..............................................................55
FIGURE 8. LA PONCTION PLEURALE...............................................................................60
FIGURE 9. COLORATION AU GRAM..................................................................................61
FIGURE 10. DISQUE D’OPTOCHINE SUR GÉLOSE AU SANG.......................................62
FIGURE 11. MILIEU BILE ESCULINE.................................................................................62
FIGURE 12. LECTURE MANUELLE DES DIAMÈTRES D’INHIBITION AU
TOUR DES DISQUES D’ANTIBIOTIQUES...................................................................63
FIGURE 13. COLORATION AU BLEU DE MÉTHYLÈNE.................................................67
FIGURE 14. ASPECT DES COLONIES SUR MILIEU CHROMOGÈNE............................68
FIGURE 15. API 20 E D’E.COLI............................................................................................68
FIGURE 16. ASPECT DES COLONIES SUR MILIEU CHROMOGÈNE............................76
FIGURE 17. API20E DE KLEBSIELLA PNEUMONIAE.....................................................77
FIGURE 18. ANTIBIOGRAMME DE KLEBSIELLA PNEUMONIAE................................78
FIGURE 19. TUBE D’ÉCHANTILLON URINAIRE.............................................................82
FIGURE 20.ASPECT DES COLONIES SUR MILIEU CHROMOGÈNE.............................83
FIGURE 21. ANTIBIOGRAMME DE LA SOUCHE D’E.COLI...........................................84
FIGURE 22. MODALITÉ DES PRÉLÈVEMENTS NASOPHARYNGÉS EN VUE
DE PCR DU SARS-COV2.................................................................................................90
FIGURE 23. L’AUTOMATE D’EXTRACTION....................................................................91
FIGURE 24. L’AUTOMATE D’AMPLIFICATION...............................................................92
FIGURE 25. COURBE D’AMPLIFICATION D’UN ÉCHANTILLON POSITIF................93
Liste des tableaux
TABLEAU 1.SEUIL DE SIGNIFICATIVITÉ DES BACTÉRIES ISOLÉES DES

URINES SELON L’ESPÈCE BACTÉRIENNE ET LE SEXE DE PATIENT..........42
TABLEAU 2. INTERPRÉTATION DES ECBU ET CONDUITE À TENIR...........43
TABLEAU 3. CATÉGORISATION DES EXPECTORATIONS À L’EXAMEN

DIRECT.......................................................................................................................47
Rapport de stage en biologie clinique
1- L’Organisation générale du laboratoire :

1-1-Gestion des locaux :
Le laboratoire des analyses biologiques médicales de l’Hôpital Houcine-
Bouzaiène de Gafsa est un laboratoire polyvalent comportant différents secteurs
dans lesquels sont effectuées différentes tâches :
 Le rez- de- chaussée comporte les unités suivantes :

 1er secteur : réservé au service de facturation chargé de l’enregistrement
des patients au système informatique (Application facturation) et le
payement des analyses
 2ème secteur : c’est le secteur de la réception des demandes

d’analyses qui comprend deux unités
 La première est réservée à l’enregistrement des prélèvements dans le

système informatique (Application SanteLab)
 La deuxième est destinée à l’exécution des prélèvements sanguins et

la réception de divers échantillons biologiques des patients
consultants (désignés externes)
 Le laboratoire des analyses urgentes
 Le dépôt, lieu de stockage des consommables et des réactifs en respectant

les températures nécessaires à leur bonne conservation
 Le vestiaire du personnel et la chambre de repos pour les agents de garde
 Le laboratoire de microbiologie avec ses deux unités :
 Unité de bactériologie : elle comprend
- Deux salles pour le traitement des échantillons. Le matériel et les

équipements nécessaires au travail sont : étuve , microscopes,
densitomètres, une centrifugeuse, un ordinateur, des réfrigérateurs,
SELMI Sabrine Page 1

colorants et bac de coloration des frottis
- Une Salle pour la préparation et la stérilisation des milieux de

culture : Le matériel et les équipements nécessaires au travail : une
balance électronique, différents réactifs et des milieux de base
servant à la préparation des milieux de culture, un autoclave pour
la stérilisation humide, un four électrique pour la stérilisation à la
chaleur sèche (stérilisation de la verrerie) et un réfrigérateur pour
le stockage des milieux préparés.
- Un dépôt où se fait le stockage du matériel consommables, réactifs

etc.
 Unité de diagnostic moléculaire de l’agent du COVID-19 (SARS-

COV2)
 Le 1 er étage comprend:
 Le bureau du biologiste
 Le bureau du surveillant
 Le bureau de la secrétaire
 La salle de repos du personnel
 La salle de saisie informatique des prélèvements des malades hospitalisés

(désignés internes)
 Unité de biochimie :
 Unité d’hématologie et d’hémostase
 Unité de Parasitologie
 Unité de sérologie

1-2- Processus d'hygiène et de sécurité:

Le travail dans un laboratoire d’analyses de biologie médicale (LABM) présente des
risques professionnels et surtout des risques biologiques. Il faut donc connaître les
risques pour pouvoir les prévenir et les éviter.
Il s’agit d’appliquer des conditions de sécurité maximales pour réduire les risques
infectieux potentiels et ceci par :
 La mise en œuvre de bonnes pratiques de laboratoire.
 La mise en œuvre de bonnes techniques microbiologiques.
 Utilisation de matériel approprié dans des locaux adaptés.
 Vaccination du personnel (contre la tuberculose, le tétanos, la
poliomyélite, la diphtérie, l’hépatite B et la fièvre typhoïde)
 Elimination des déchets à risque infectieux.
1-2-1 Les mesures d'ordre général et l'hygiène en rapport avec la

manipulation des échantillons biologiques
 Port de gants pour tout contact avec un liquide biologique ou un matériel

souillé à enlever dès que l’acte est terminé.
 Port de blouse boutonnée à manches longues
 Attachement des cheveux lorsqu’ils sont longs pour éviter tout risque de
contamination ou de brûlure avec le bec Bunsen.
 Travail dans la zone de stérilité du bec Bunsen.
 Lavage des mains immédiatement en cas de contact avec les liquides
potentiellement contaminés et systématiquement après toute manipulation
 Lavage et/ou sa désinfection des mains après le retrait des gants.
 Interdiction du pipetage « à la bouche »
 Faire attention lors de toute manipulation d’instruments pointus ou
tranchants potentiellement contaminés.
 Ne jamais plier ou recapuchonner les aiguilles.
 Jeter immédiatement les aiguilles et les autres objets piquants coupants ou
tranchants dans un conteneur adapté. Ils sont mis dans un bocal jaune

plastique « Régi-Box » : les tubes cassés, les lames et lamelles, les pipettes
Pasteur, les seringues, les lames bistouri…
 Port de masque lorsqu’il y a un risque de projection.
 Elimination des déchets dans les contenants qui leurs sont destinés.
 Décontamination immédiate des instruments utilisés et des surfaces
souillées par du sang ou un autre liquide biologiqueavec de l’eau de javel
fraîchement diluée à 10% ou un autre désinfectant efficace.
 Vérification que le matériel a subi une procédure d’entretien (stérilisation
ou désinfection) appropriée avant d’être réutilisé.
Les précautions déjà citées doivent être prises systématiquement pour tous les
prélèvements.
1-2-2 Elimination des déchets à risque infectieux
 But
Le but est de protéger l'environnement et d’éviter la contamination des personnes
en contact avec les déchets d'activité de soins à risque infectieux (DASRI),
incluant les matériels piquants et coupants.
 Type des déchets :
 DASRI : ce sont les déchets d’activité de soins a risque infectieux et qui
comporte 3 types de déchets :
 Objets piquants coupants tranchants (PCT) comme les aiguilles de
prélèvements, lames, lamelles, lames bistouri, pipettes Pasteur, etc.
 Déchets solides : tels que les tubes de prélèvements sanguins et autres,
écouvillons, boites de pétri contaminées, gants, seringues, les anses en
plastique, les galeries biochimiques ensemencées, les milieux de
cultures contaminés, le matériel contaminés réutilisable comme la
verrerie les tubes à essai, tubes à hémolyse
 Déchets liquides
 Déchets chimiques : liquide de lavage des automates, restes des réactifs,

solvants utilisés pour des préparations, etc

 Déchets ménagers et assimilés : bouteille d’eau, gobelets, nourriture,
cartons d’emballage non contaminés …
 Procédure
- Conditionnement des DASRI dès leur production dans des emballages
spécifiques à usage unique (une séparation dès le départ en fonction de
leurs propriétés physiques : piquants, solides, mous.)
- Le rythme d'évacuation des DASRI est adapté au volume de travail (à leur
production)
- Entreposage en local à l'écart des autres activités et d'accès aisé pour
faciliter l'évacuation. Ce local doit être également bien ventilé, éclairé,
nettoyé et sécurisé contre les risques de dégradation.
- La prise en charge de ces DASRI est assurée par une société privée
agréée à cet effet.
Les déchets sont séparés en déchets à risque infectieux et déchets
ordinaires :
 Les circuits des DASRI
- Les déchets PCT sont jetés dans un minicollecteur recouvert d'un

couvercle nommée régi-box (Figure1). Une fois remplis au 2/3, les
collecteurs sont fermés ²hermétiquement.
- Les déchets infectieux solides sont jetés dans des sachets jaunes désignés
à cet effet, remplis au 2/3. Ils passeront e n s u i t e par un cycle de
décontamination-stérilisation à l’autoclave.
- Tous les DASRI (mini-collecteurs et sachets jaunes) sont mis dans un
lieu de stockage intermédiaire puis évacués au niveau du lieu du stockage
final pour enfin être pris en charge par une société privée de traitement
des déchets conventionnée avec l’hôpital.
- La verrerie recyclable subit une décontamination préalable par un
détergent et désinfectant puis une stérilisation au four électrique (Figure

1)
Figure 2:Mini collecteur des déchets de soins d’activité a risque infectieux (Régi-Box)

 Le circuit des déchets ordinaires
Ces déchets Sont jetés dans des sachets noirs et seront éliminés par le circuit
des ordures ménagères.
1-2-3 La conduite à tenir en cas d’accident d’exposition au sang
Un accident d’exposition au sang (AES) est défini comme tout contact avec du
sang ou un liquide biologique contenant du sang et comportant soit une
effraction cutanée (piqûre ou coupure) soit une projection sur une muqueuse
(œil, bouche) ou sur une peau lésée.
 Nettoyer immédiatement la plaie avec de l’eau courante et du savon,

ensuite, désinfecter par trempage en assurant un temps de contact d’au
moins :
- 10 minutes par l'eau de Javel à 1,2 degré chlorométrique
- 3 minutes par l’alcool à 70°.
- 5 minutes par la polyvidone iodée en solution dermique pure
 En cas de projection sur les muqueuses (en particulier les yeux), il
faut rincer immédiatement au sérum physiologique ou à l’eau pendant au
moins dix minutes.
 Consulter le médecin de travail en urgence pour la déclaration et
l’évaluation du risque infectieux en réalisant les sérologies virales des
hépatites B et C et du HIV.
1-2-4 Le processus d’hygiène comporte également les activités suivantes :
L’entretien des locaux
 Il est assuré par les femmes de ménage.
 L’entretien et le nettoyage des paillasses de travail sont assurés

quotidiennement par le technicien avant et après les manipulations avec un
désinfectant efficace,

L’entretien des microscopes

 Après lecture au microscope, les lames sont éliminées dans un mini
collecteur
 les objectifs sont nettoyés avec du papier hygiénique après usage.
La sécurité au sein du service
 Toutes les dispositions nécessaires doivent être prises pour respecter les
obligations réglementaires contre les risques d’incendie et d’explosion.
Des détecteurs de fumée et des extincteurs sont placés.
La limitation d’accès au laboratoire
 Pour des raisons de sécurité des personnes, d’intégrité des processus et de

confidentialité, l’accès aux locaux est réservé aux utilisateurs autorisés.
1-3: Processus de gestion du personnel
1-3-1 : Organigramme du laboratoire
Le fonctionnement du laboratoire est assuré par un personnel de qualifications

diverses à savoir :
 Chef de service du laboratoire

 Surveillant de service
 Secrétaire
 Techniciens
 Infirmiers pour exécuter les prélèvements sanguins
 Préparateurs des milieux de cultures
 Ouvriers
Par ailleurs, d’autres personnes peuvent être présentes au laboratoire, tels que
les stagiaires des écoles de biologie et des facultés de Sciences et autres
pour effectuer des stages pratiques et ou dans le cadre de projets de fin
d’étude, de mastères, ou thèse de doctorat en Science.

1-3-2: La formation continue

 Un programme de formation continue doit être disponible et à
intervalles réguliers pour toutes les catégories du personnel pour
mettre à jour les compétences de l’équipe.
 Le Médecin biologiste responsable, les techniciens du service

assistent aux différentes manifestations scientifiques (séminaires
de formation, journées de formation continue, congrès nationaux
etc).
 Les responsables des laboratoires sont tenus à assurer la formation

permanente de leur personnel dans le domaine de la biologie
médicale. Le personnel doit être constamment informé de
l’évolution de la biologie médicale. Il doit participer régulièrement
à des :
 Formations internes : au sein du laboratoire ou de l’hôpital
 Formations externes : par des journées de formation
continue pour le recyclage des connaissances avec parfois:
Répartition des tâches
La répartition des tâches et la définition des postes de travail constituent un

impératif pour assurer la qualité au sein d’un laboratoire d’analyses
médicales permettant un bon déroulement des activités journalières de tout
laboratoire. Cette répartition doit être claire, écrite et bien définie pour
chaque personne.
Le chef de service :
- Chargé de la gérance du laboratoire sur le plan scientifique et sur le

plan administratif
- Responsable de la gestion du service (relation avec les services
cliniques et l’administration), du personnel

- Contribution aux manifestations scientifiques et à la formation du

personnel.
- La réalisation des commandes des appareils et automates d’analyses et

les prévisions en réactifs et consommables.
- La validation biologique des résultats des analyses
Les techniciens :
Présentent les qualifications, les formations, et l’expérience requises.

En effet, ils sont responsables de :
- La Réception et l’enregistrement des demandes d’analyse des

prélèvements,
- Le traitement des échantillons selon les procédures microbiologiques

appropriées.
- L’identification des germes et la réalisation des antibiogrammes
- La saisie informatique des résultats et leur validation technique.
- Contrôle interne de qualité

Préparateur des milieux de cultures :
- Préparation des milieux de cultures liquide et solides selon les
procédures appropriées
Surveillant :
Se charge de la gestion du personnel (organigramme, ponctualité, congés,

gardes, accueil des nouveaux stagiaires) ainsi que l’approvisionnement et la
gestion des consommables en fonction de la demande des postes de travail.
Les stagiaires :
Sont répartis équitablement sur les différentes salles. Le but de leur présence est

l’apprentissage, la validation des différentes tâches exercées et l’initiation à la

vie professionnelle. Ils sont supervisés par les techniciens.
La secrétaire:
Assure des responsabilités administratives et la préparation des données
statistiques du laboratoire.
Les ouvriers :
Ils se chargent de l’hygiène des locaux et la gestion des déchets
1-4- Gestion de la documentation

Dans un laboratoire, la documentation est indispensable car elle permet
d’assurer la reproductibilité et la transmission de l’information et de
constituer une base de données durable. (Figure 2)
Manu
el
Qualit
é
Procédures Modes
opératoires
protocoles documents
qualités
Documents de références
Déscription des documents de travail
Documents de travail
Enregistrements
Figure 3. Gestion de la documentation

On trouve des documents techniques et des documents scientifiques :
1-4-1 Les documents techniques
La manuelle qualité
Document de système de management de la qualité du laboratoire tel que le

guide de bonnes pratiques du laboratoire (GBPL).

Procédures, instructions et mode opératoire

Ce sont tous les documents qui expliquent l’organisation des tâches, les
principes et les modes opératoires des méthodes d’analyses.
Dans chaque salle, des procédures écrites et des protocoles à suivre sont
disponibles, elles concernent :
 Les milieux à ensemencer pour chaque type de prélèvement.
 L’identification et les antibiogrammes : les caractères

d’identification, la méthodologie de réalisation des antibiogrammes
et des galeries miniaturisées (Api), la liste des antibiotiques à tester
pour chaque famille de bactéries, …
 Les règles d’hygiène et de sécurité.
Les coffrets de techniques sérologiques renferment les principes et les

protocoles opératoires de chaque manipulation.
Les documents d’enregistrement
Toutes les analyses effectuées sont inscrites dans des registres :
 Un registre pour les examens cytobactériologiques des urines

(ECBU).
 Un registre pour les différentes analyses (DIVERS) autres qu’ECBU

pour les patients hospitalisés (internes)
 Un registre pour les différentes analyses (DIVERS) autres qu’ECBU

pour les patients consultants (externes)
Sur ces registres sont inscrits la date, le nom, prénom, le numéro

d’enregistrement (matricule), le service, l’analyse demandée, et les résultats
trouvés. Ils sont par la suite archivés dans une armoire selon la date et le type
de prélèvement.
Les cahiers de paillasses

Sur ces cahiers sont inscrits l’ensemble des tâches à réaliser par le technicien
lors de la lecture journalière des cultures bactériennes des différents
prélèvements. Ils représentent une trace écrite du planning de la journée
1-4-2 Les documents scientifiques
Manuels de référence scientifiques, des ouvrages, des revues nationales et

internationales, etc.…
1-5: Processus de gestion des consommables
Consommables : Tous les produits, y compris les réactifs, nécessaires à la
réalisation des analyses mis à part automates et équipements. Exemples :
tubes, embouts, papier, gants…
Réactifs : Toute substance chimique ou biologique spécialement préparée afin
d'être utilisée isolément ou en association en vue d'analyses (produits
chimiques, échantillons de contrôle, étalons, eau, …).
La gestion des consommables est assurée par le surveillant.
 Approvisionnement : Le laboratoire détermine chaque année les

prévisions des besoins. Le choix de fournisseur se fait soit par
consultation soit par la voie d’appel d’offres.
 Pour certains réactifs, l’approvisionnement se fait obligatoirement
auprès du fournisseur qui a mis à disposition l’appareil utilisant
ses réactifs. La durée de cet engagement est prévue par un
contrat.
 Pour les dispositifs médicaux (gants, aiguilles de prélèvements
…) et certains solvants ou réactifs, l’approvisionnement se fait
auprès de la pharmacie d’hôpital.
 La réception des commandes : Il faut vérifier les bons de

livraison (BL) et leur conformité avec le bon de commande (BC)
ainsi que les dates de péremption. On remplit le registre des

commandes (on enregistre les fournisseurs, les dates, les produits

commandés et les quantités reçues) et la fiche de produits.
 Stockage : Les produits sont rangés par date de péremption pour
éviter d’avoir des produits périmés. Ils sont conservés selon les
recommandations du fabriquant soit :
 à température ambiante
 au réfrigérateur à une température entre +2 et +8°C
 Gestion du stock : Défini par le suivi des mouvements de stocks :

les entrées, les sorties et date de péremption. Cette gestion est
complétée par les inventaires hebdomadaires et mensuels.
1-6: Processus de gestion des équipements
Les équipements présents dans le laboratoire regroupent les appareils,
automates et matériel utilisés pour l’exécution des analyses ainsi que le
matériel informatique.
D’après la norme ISO 15189, le laboratoire doit posséder les équipements

requis pour assurer ses prestations. Il doit être montré que le matériel est
capable d’atteindre les performances requises et qu’il est conforme aux
spécifications se rapportant aux analyses concernées.
Chaque équipement possède une fiche contenant :
 Une identification du matériel

 Nom du fabricant, type et numéro de série.
 Les coordonnées de la personne à contacter en cas de panne
 Date de réception et de mise en service
 Etat à la réception
 Instructions du fabricant, enregistrement des performances du
matériel
 Maintenance réalisée et programmée
 Dommage, dysfonctionnement, modification ou réparation du

matériel, date de remplacement prévue si possible.
Les équipements en cours d’usage sont les suivants :
- Microscopes Optiques
- Etuves (37°C, 42°C)
- Distillateur
- Autoclaves
- Four Electrique
- Réfrigérateurs
- Congélateurs (- 40 °C)
- Centrifugeuses.
- Ordinateurs Et Imprimantes
- Automates
Exemple d’automate utilisé : Architect

C’est un automate d’immuno analyse (Figure 3) , qui est destiné à
traiter une activité qui arrive à 1000 réactions par jour et est
entièrement automatisé. Il permet aux laboratoires d’effectuer à côté des
divers dosages chimiques, les sérologies suivantes :

Figure 4. Architect plus CI 8200

- Hépatite B, Hépatite A, Rubéole, Toxoplasmose,

- Dosage des antistreptolysines O (ASLO)
Chaque automate possède des instructions portant sur son utilisation et sa
maintenance rendant sa manipulation facile par le personnel.
Les notices d’utilisation et de maintenance d’appareils sont mises en
permanence à la disposition du personnel utilisateur.
Les appareils nécessitent et subissent des cycles d’étalonnage afin de

garantir la fiabilité des résultats.
Pour les étuves, on suit régulièrement la température réelle mesurée par

un thermomètre qu’on note sur la «fiche de suivi de température»
Des procédures de remplacement sont prévues en cas de

dysfonctionnement d’un automate tel que la mise en œuvre d’autres
techniques (exp : techniques manuelles).
Tout matériel défectueux est écarté de la salle après avis du service de
maintenance de l’hôpital et du fournisseur s’il s’agit d’une acquisition par
contrat ou de mise à la disposition.
Les appareils sont périodiquement et efficacement inspectés, nettoyés,

entretenus et vérifiés selon une procédure opératoire suivant le planning de
maintenance préventive. L'ensemble de ces opérations et des visites
d'entretien et de réparation du constructeur ou de l'organisme de maintenance
est consigné par écrit dans un registre de maintenance affecté à chaque
instrument.
La maintenance
C’est l’ensemble des actions permettant de maintenir ou de rétablir un bien

dans un état spécifié, ou dans un état où il est en mesure d’assurer un service
déterminé

La maintenance s’applique à différents niveaux :
 préventive
 systématique
 conditionnelle
 curative
 Maintenance préventive
Se fait par l’utilisateur (technicien du laboratoire) ou par le service

technique.
Elle consiste en l’entretien des appareils. En général, elle est faite d’une
manière périodique.
 Maintenance curative
Elle consiste à corriger une anomalie dans le fonctionnement ou lors d’une

panne dans l’appareil. Elle se fait soit par l’utilisateur (technicien du
laboratoire) ou par le service technique.
Ainsi, les équipements subissent un cycle de vie schématisé par le diagramme

ci-dessous (Figure 4)
Analyse
Emergence des
besoins Acha
d’un t
besoin
Etalonnage Approvisio
et n
vérification nement
Maintenanc Réceptio
ee n
Suiv Mise
i en
Edition service
Utilisatio des
n
document
s
pertinents

Figure 5. Cycle de vie d’un équipement dans le service
2- Le processus analytique :
La qualité des résultats microbiologiques dépend des trois phases du
processus analytique à savoir la phase pré-analytique, analytique et post-
analytique. Ce processus est défini par le Guide de Bonne Pratique de
Laboratoire (GBPL) comme un ensemble d'étapes successives, allant du
prélèvement de l'échantillon biologique jusqu'à la remise des résultats.
2-1- La phase pré-analytique
C’est une étape cruciale dans le processus analytique. Elle comprend
plusieurs étapes qui doivent être parfaitement coordonnées et de qualité
optimale.
Les analyses biologiques sont réalisées sur des échantillons prélevés sur les
patients dans des conditions strictes car les constituants à doser ou à
caractériser ne doivent pas subir de modifications, ni qualitatives, ni
quantitatives entre le recueil et l'analyse proprement dite.
La phase pré-analytique comporte les étapes suivantes :
- L’enregistrement des demandes d’analyse au système informatique

laboratoire
- L’étiquetage des tubes, flacons, écouvillons etc.
- Le recueil de l’échantillon
- Le transport des échantillons vers les différentes unités du selon l’analyse

demandée laboratoire
- L’identification et le tri des échantillons
- Le prétraitement des échantillons (centrifugation)
a) Le prélèvement
Les prélèvements sont effectués :

 dans les services d’hospitalisation
 en milieux extra hospitalier (planning familial, consultations,

dispensaires etc. )
Le préleveur doit s’assurer de la conformité de l’état du patient aux exigences

du prélèvement (à jeun, abstinence sexuelle, fenêtre thérapeutique etc.)
Le préleveur doit connaître les principaux paramètres influençant l’analyse

pour en tenir compte au moment du prélèvement et en informer, au besoin, le
patient. Ces paramètres sont soit non modifiables tels que le sexe, l’âge, la
race, la grossesse; et les facteurs génétiques, soit modifiables comme
l’alimentation, le poids et l’activité physique. Il doit préciser certaines
données pour aidant l’interprétation des résultats biologiques trouvés,
notamment :
 Les signes cliniques, les antécédents du patient (pour les prélèvements

bactériologiques)
 La notion d’antibiothérapie préalable ou en cours

 La notion d’urgence
 Prélèvement urinaire
Sujet adulte : Il s’agit de recueillir les urines dans des conditions aseptiques,
il est recommandé de recueillir les urines du matin au réveil et à défaut, les
urines ayant séjournées au moins 4 heures dans la vessie et avant toute
antibiothérapie.
Modalité de réalisation
- Se laver soigneusement les mains avec le savon
- Faire une toilette intime (à l’aide d’une lingette pour usage intime ou au
savon)
- Dévisser le flacon en prenant soin de ne pas toucher le bord supérieur

du flacon.

- Eliminer le premier jet urinaire dans les toilettes
- Recueillir les urines du milieu du jet
- Fermer rigoureusement le flacon et nettoyer l’extérieur de celui ci
- Le flacon doit être acheminé au laboratoire dans les plus brefs délais : <2h à
température ambiante et <12h à température réfrigérée.
Nourrisson: réaliser une désinfection soigneuse du méat urinaire, placer une
poche stérile adhésive et la retirer dès que le nourrisson aura uriné. Ce
dispositif ne doit pas rester plus d'une demi-heure. Passé ce délai, si l'enfant
n'a pas uriné, le dispositif est éliminé et remplacé par un collecteur neuf.
Dès que la miction est terminée, le collecteur est enlevé et doit être
acheminé au laboratoire le plus rapidement possible.
Chez les sujets porteurs d’une sonde urinaire:le prélèvement peut être fait
directement par ponction de la sonde après désinfection. On clampe la sonde
en aval pendant 5 minutes, on désinfecte la sonde en amont du clampage avec
del’alcool iodé et on prélève 5 mL d’urine à l’aide d’une aiguille stérile
montée sur seringue. (Figure 5)
Figure 6. Prélèvement d’urine sur sonde urinaire

 Les Hémocultures
Prélèvement des hémocultures se fait au moment des pics fébrile ou des

frissons et avant toute antibiothérapie dans le cas échéant et si l’état du
patient le permet il est recommandé de faire une fenêtre thérapeutique de 48 à

72h.
- En général on demande 3 hémocultures au cours d’une infection à une heure

d’intervalle (appelée série). Récemment, il est recommandé de réaliser un
prélèvement unique de 4 à 6 flacons en 24h
 Modalité
- Prélever environ 10 mL à 30 mL pour un adulte (repère sur le côté du
flacon) et 1 à 5 mL en pédiatrie.
- Ensemencer les milieux de culture appropriés, soit, pour la méthode

classique, des tubes contenant un bouillon Cœur- cervelle (pour les germes
aérobies) et un bouillon au thioglycolate (pour les germes anaérobies) soit
pour la méthode automatisé, des flacons adaptés à l’automate d’hémoculture
en utilisation.
 Prélèvement vaginal
Le prélèvement se fait sous spéculum et sous un bon éclairage, à l’aide

d’écouvillons stériles au niveau de la cavité vaginale, exocol et endocol
utérin. Le prélèvement doit être fait à distance d’un rapport sexuel
(abstinence de 3 jours), en l’absence d’une toilette vaginale intime, en dehors
de la période des règles et de prise d’antibiotiques et ou antifongiques par
voie systémique ou locale.
 Prélèvement de suppuration profonde
Eviter toute contamination par la flore commensale.

Acheminer au laboratoire dans un récipient stérile hermétiquement fermé
respectant ainsi les conditions d’anaérobiose pour éviter l’altération des
germes anaérobies strictes.
 Prélèvement de gorge
Se fait à l’aide d’un abaisse-langue. Qui permet après avoir abaissé la

langue, de recueillir les le prélèvement à l’aide d’un écouvillon qu’on fait

frotté sur les amygdales pharyngées.
 Prélèvement pour étude cytobactériologique des crachats (ECBC)

Prélever de l’exsudat purulent produit par l’arbre respiratoire le matin au
réveil, à jeun, après rinçage bucco-dentaire à l’eau du robinet, après un
effort de toux. Il est impératif de recueillir les expectorations profondes (2 à
5 mL) dans un récipient stérile en plastique. Il est possible de prélever les
expectorations sous fibroscopie bronchique ou à l’aide d’un tubage gastrique
récupérant les secrétions bronchiques dégluties, notamment pour les enfants
et les femmes. Au laboratoire, il faut rejeter et annuler toute expectoration
d’aspect spumeux, (contamination salivaire), après vérification par l’examen
microscopique.
 Prélèvement des selles
Les selles sont recueillies dès leur émission dans un flacon

stérile. Un écouvillonnage rectal est parfois suffisant chez le nourrisson et le
petit enfant. Le prélèvement doit être immédiatement acheminé au
laboratoire. Si la durée de transport dépasse une heure, l’échantillon est
conservé à +4°C pendant 8h, au maximum pour éviter le multiplication de la
flore commensale.
 LCR
Ce prélèvement ne peut être fait que par un médecin habilité. Avec respect
rigoureux des règles d’asepsie. L’aiguille de ponction doit être introduite
entre la 4ème et la 5ème vertèbre lombaire sur une profondeur de 4 à 5 cm. On
retire le mandrin et le LCR coule de l’aiguille et est recueilli dans un flacon
stérile.
L’acheminement du LCR doit se faire :

- sans délai (< 30 min) car lyse rapide des polynucléaires (50% en 2 heures)
- à l’abri du froid du fait de la fragilité de certaines bactéries,

notamment le méningocoque.
Le LCR doit être accompagné d’un bon d’analyse comportant un minimum

de renseignements cliniques :
- l’âge, la présomption diagnostique

- les traitements antibiotiques éventuels
- le contexte épidémiologique
b) L’acheminement des échantillons à analyser
Cet acheminement doit respecter les conditions de stabilité des échantillons

qui dépend de la nature du prélèvement, de la température de transport et/ou
de conservation de l’échantillon (ex: les prélèvements où on suspecte un
Haemophilus influenzae doivent être acheminés rapidement et protégés
contre le froid).
c) La réception
Elle se fait dans une salle de réception séparée où on identifie la conformité

d’identité entre les demandes d’analyses et les échantillons reçus.
Les bons de demande d’analyse doivent fournir :
• Les informations concernant l’identité du patient (nom, prénom,

sexe, âge) ainsi que son numéro de dossier, son matricule ou le
numéro de soins si malade externe.
• Le nom du prescripteur (cachet et signature).
• L’analyse requise.
• Les informations cliniques pertinentes à l’interprétation du test.
• La nature de l’échantillon (urines, prélèvements périphériques,

prélèvement vaginal, ponctions, pus, crachat, selles….).
Tout échantillon prélevé, étiqueté et transmis dans des conditions non

conformes aux procédures techniques ou réglementaires est refusé. Une fiche
de non- conformité pré-analytique des prélèvements est alors remplie.
d) La saisie informatique
Elle est réalisée en complément de la saisie manuelle.
Après la vérification de la conformité des informations portées sur les tubes

avec celles inscrites sur la demande d’analyse, la saisie se fait au niveau du
système informatique du laboratoire.
Elle consiste à attribuer un code numérique à chaque prélèvement, à inscrire

le nom, prénom et matricule du patient, le service demandeur, la nature du
prélèvement et la date de réception.
e) La transmission de l’échantillon aux paillasses
Chaque prélèvement est acheminé au poste de travail correspondant selon sa

nature ou en fonction du service clinique d’où il provient. Les
mêmes prélèvements de différents patients sont acheminés ensemble dans
un portoir accompagnés de leurs demandes d’analyses.
f) Le traitement pré-analytique des échantillons
La plupart des échantillons ne nécessitent pas un pré-traitement et vont être

analysés directement. Il existe néanmoins certains cas où un traitement
préalable de l'échantillon est indispensable : c'est le cas par exemple des
biomatériaux (sondes vésicales, cathéters, sondes ou canules trachéales...),
des prothèses, et des écouvillons (prélèvements ORL...) auxquels on ajoute
de l'eau physiologique stérile et on agite au Vortex. Les examens seront
réalisés sur la suspension obtenue (pour permettre la mise en culture et
l'examen microscopique).
Concernant la sérologie, tous les tubes doivent subir une centrifugation
préalable afin d'obtenir le sérum : 3000 tours par minute pendant 10 minutes
et une conservation des échantillons.
2-2- La phase analytique
Pour chaque analyse effectuée la validation technique est indispensable.

Elle concerne le mode de travail et le respect des conditions d’analyses pour

chaque paramètre.
Un résultat inapproprié peut être dû à une erreur lors de la manipulation

(contamination) ou au non-respect des conditions de prélèvement.
Les étapes de la phase analytique sont, dans l’ordre :
 Préparation d’un plan de travail.

 Assurance de la disponibilité d’un protocole opératoire en vigueur.
 Préparation de la paillasse (désinfection, allumage du bec Bunsen où
du microscope à fluorescence si on en a besoin)
 Préparation du matériels (pipettes, embouts,), réactifs (les ramener à
température ambiante s’il le faut) et les milieux de culture,
Garder tout le nécessaire à portée de main pour éviter les déplacements
inutiles en cours de la réaction.
2-2-1 Les réactifs et les dispositifs d’analyse

a) Les milieux de culture
 Milieux d’isolement (non sélectifs)
 Milieu de base
Gélose nutritive à 2,8% de NaCl pour la culture des bactéries sans
exigences particulières.
 Milieux enrichis
 Milieux solides
- Gélose au sang frais : composé d’une gélose Columbia additionnée du
sang frais. Ce milieu permet d’étudier le caractère hémolytique
(surtout pour les streptocoques).
-hémolyse β : zone claire d’hémolyse totale de 3 à 4 mm entourant les
colonies
-hémolyse α : zone floue et granuleuse, verdâtre de 1à 2mm de

diamètre
- Gélose au sang cuit ( chocolat ) : composé d’une gélose Columbia
additionnée du sang cuit. Préconisé pour la pousse de Neisseria ou
d’Haemophilus.
 Milieux liquides
- Bouillon Cœur-cervelle : culture d'une très grande variété de germes
aérobies où anaérobies ainsi que l’étude de la mobilité.
- Bouillon thioglycolate : bouillon d’enrichissement de plusieurs

prélèvements (pus, ponctions...)
 Milieux sélectifs
- GéloseSS(Salmonelle-Shigelle) : ralentit le développement de toutes
bactéries a Gram positif, des bactéries Gram négatif autres que
salmonelle et shigelle grâce aux différents inhibiteurs : citrate de
sodium, vert brillant, sels biliaires. Utilisé pour l’isolement des
Salmonella et des Shigella dans les selles.
- Milieu au Sélénite : ce milieu est utilisé pour l’enrichissement de la
salmonella et certaine types de shigella , il inhibe la prolifération de la
flore intestinale grâce aux différents inhibiteur : lactose, sélénite,
hydrogénosélénite de sodium.
- Milieu de Chapman : contient du mannitol et il est caractérisé par sa

très forte concentration en NaCl (7,5%). C’est un milieu sélectif de
Staphylococcus, mais aussi des Micrococcus et des Enterococcus.
- Gélose Sabouraud: contient du Chloramphénicol afin d’inhiber la

croissance bactérienne et permettre l’isolement des champignons et des
levures.
- Milieu au Tellurite de potassium : contient du tellurite de potassium.
Ce milieu permet de différencier les entérocoques. La réduction du
tellurite en tellure (colonies de couleur noire) permet d’identifier

l’espèce Enterococcus faecalis.

- Milieu bile-esculine : utilisé pour différencier les Streptocoques et
Enterocoques.
b) L’antibiogramme standard
Pour chaque groupe de bactéries, il existe un ensemble d’antibiotiques à

tester selon les recommandations de l’ Européen committee on antimicrobial
susceptibility testing (EUCAST) mises à jours annuellement.
c) Les bandelettes de E test
Ce sont des bandelettes contenant un gradient bien défini et continu de

concentration d’antibiotique. Elles sont conservées à une température
inférieure à - 20°C.
d) Les réactifs
Exemples :
Le réactif de Kovacs pour la mise en évidence de la production d’indole,

perchlorure de fer pour la mise en évidence de la production tryptophane
désaminase (TDA), l’eau oxygénée pour mettre en évidence la présence de
catalase, le N-diméthyl paraphénylènediamine pour mettre en évidence la
présence d’oxydase qui existe des sous forme de disques qu’on imbibe par
l’eau physiologique ou de bandelettes etc.
e) Les APIs
Ce sont des mini galeries standardisées contenant des substrats lyophilisés,

permettant de révéler, une fois ensemencées, un ensemble d’activités
métaboliques permettant de différencier les espèces bactériennes au sein
d’un genre donné (exemples API 10S et API 20E pour l’identification des

espèces d’entérobactéries, API Strept pour l’identification des espèces de

streptocoques, API Staph pour l’identification des espèces de staphylocoques
etc.
f) Les kits de sérologies virologiques
Ils comportent les outils immunologiques pour la détection des anticorps

et des antigènes
2-2-2 Les procédures analytiques

Unité bactériologie
Dans l’unité de bactériologie, l’analyse se fait selon le modèle suivant :
 1er jour
Après la validation de la phase pré-analytique, on procède au traitement de
l’échantillon proprement dit. Les échantillons reçus sont ensemencés sur des
milieux nutritifs dans des conditions stériles puis placés à l’étuve à 37°C.
Les milieux de culture utilisés ainsi que les modalités d’ensemencement
varient en fonction du prélèvement.
 2ème jour
On procède à la reconnaissance de la bactérie en cause en se basant sur :
- L’aspect des colonies

- La coloration au Gram
- Certains caractères biochimiques d’orientation: catalase (pour les
cocci), oxydase (pour les bacilles)
- Les caractères antigéniques par agglutination (pour les streptocoques
groupables)
Ces caractères permettent d’orienter l’identification qui sera confirmée le

lendemain, ainsi on passe à une deuxième étape d’évaluation d’autres
caractères biochimiques :
-galeries en tube exemple pour les enterobactéries (Kligler Hajna, citrate de

Simmons, mannitol –mobilité, urée-indole, etc.) pour les Streptocoques : bile

esculine, bouillon hyper salé.
- galeries commercialisées (Api 10S ; 20E ; 20NE ;ApiNH …)
 On peut aussi utiliser d’autres moyens d’identification comme :
- le test de sensibilité à l’optochine pour le Pneumocoque
- la mise en évidence de l’ADNase pour Staphylococcus aureus (grâce à

la gélose à l’ADN)
-l’utilisation de milieu sélectif comme Chapman pour le

Staphylocoque
 Toute cette identification est notée sur le cahier de paillasse.En

parallèle à l’identification on ensemence l’antibiogramme à partir d’un
bouillon préparé au préalable : c’est une suspension bactérienne de 0.5
McF en sérum physiologique stérile (inoculum bactérien).
L’ensemencement se fait en stries serrées et le milieu sera choisi en
fonction de l’identification présomptive de la bactérie :
- Streptocoques: Mueller Hinton + 5% du sang de cheval 18 à 24H à

37°C sous 5% de CO2.
 3ème jour :
Après incubation, l’identification définitive étant faite, la lecture de

l’antibiogramme se fait en se basant sur l’espèce isolée en tenant compte de
son profil de sensibilité à l’état sauvage et des différentes résistances qu’elle
peut acquérir, ainsi la lecture est interprétative en tenant compte des
diamètres critiques fournis par l’EUCAST
Unité de dosage moléculaire du SARS COV2
Cette unité de biologie moléculaire est organisée en 4 salles de travail bien

individualisées :
 La salle d’extraction des acides nucléiques

 La salle de préparation des réactifs de l’amplification (mix)
 La salle d’ajout des extraits
 La salle d’amplification
2-3 Phase post-analytique

Elle est représentée par toutes les étapes qui suivent l'analyse biologique
et qui consistent à:
a) La validation des résultats
Elle comprend la validation technique ou analytique et la validation

biologique.
La validation technique permet d'assurer que le résultat a été obtenu dans des
conditions techniques satisfaisantes par le contrôle des procédures et des
examens effectués et la vérification des indicateurs de bon fonctionnement de
l'équipement biotechnique.
Exemple : utilisation de contrôles positifs et négatifs en parallèle avec les

échantillons biologiques et vérification de la conformité des résultats obtenus,
c'est le technicien qui effectue la validation technique, sous la responsabilité
du biologiste.
La validation biologique relève de la responsabilité du biologiste. Elle

consiste à une confrontation clinico-biologique c'est-à-dire à vérifier la
concordance entre les résultats biologiques obtenus et les informations
cliniques du patient (signes cliniques, immunodépression, traitement en
cours) .
b) Expression des résultats et compte-rendu d’analyses
L’expression des résultats doit être précise, univoque et consignée en unités SI.
Les valeurs de références doivent être indiquées. La méthode d’analyse
doit être mentionnée.

Les comptes rendus d’analyses après validation doivent comporter :
 L’identification du laboratoire.
 L’identité univoque du patient (nom, prénom, matricule…)
 La nature et la date du prélèvement du spécimen analysé.
 Les résultats d’analyses : aspect macroscopique, la cytologie,

le résultat de la culture et leur interprétation si nécessaire.
 La date de remise du compte rendu.
 La signature manuscrite du biologiste.
Un résultat positif est signé par le biologiste et il est obligatoirement

accompagné des résultats de l’antibiogramme.
c) L’enregistrement des résultats
Tous les résultats validés et signés sont enregistrés dans les registres
disponibles dans chaque paillasse. Chaque résultat est écrit dans l’espace où
on a enregistré son prélèvement. Grâce à l'existence d'un système
d'informatique dans le laboratoire, des résultats comme les antibiogrammes
sont archivés pour des buts statistiques et pour servir les travaux
scientifiques.
d) La transmission des résultats Elle doit se faire tout en respectant :

 La confidentialité (remis au patient lui-même ou à son mandataire
éventuel ou à son médecin prescripteur, ou à l’accueil du laboratoire de
microbiologie dans le casier correspondant au service clinique
demandeur)
 Le délai de rendu des résultats (afin de permettre la bonne utilisation
clinique du résultat)
 La traçabilité.
Les résultats des patients hospitalisés sont classés par service et peuvent être

récupérés par les infirmiers, les médecins des services cliniques.
3- La gestion du contrôle de qualité

Il permet de vérifier la qualité des résultats rendus par le laboratoire et donc
de prendre les mesures nécessaires en cas d’erreurs. Il existe deux types de
contrôle de qualité :
3-1- Le contrôle externe de qualité
L’objectif de ce contrôle est :
 Inciter les microbiologistes de se mettre à jour

 Inciter à la standardisation des techniques
 Identifier les anomalies et les corriger
3-2-Le contrôle interne de qualité (CIQ)
C’est un autocontrôle en somme. Le but de ce contrôle est d’assurer :
 La précision et la fiabilité de la technique des tests de sensibilité mise

en œuvre.
 La performance des réactifs utilisés dans le test.
 La performance du personnel qui exécute les tests.
 Il s’agit de faire passer une série d’analyses en utilisant des

échantillons de contrôle connus, qui doivent être traités de la même
manière que les spécimens de patients.
Le CIQ, dans le laboratoire de bactériologie, permet de contrôler par exemple

l’identification des germes, la qualité des antibiogrammes, la qualité des
milieux de culture, des réactifs….
On peut contrôler dans le cadre de l’assurance qualité :

 la qualité des milieux de culture préparés au laboratoire
Vérification du pH, épreuve de stérilité (surtout pour les milieux auxquels on

a ajouté du sang ou d’autres éléments après autoclavage), épreuve d’efficacité
réalisé à l’aide d’une série de souches de référence (rapidité de croissance,
taille et morphologie des colonies, sélectivité…), couleur, clarté
 la qualité des réactifs préparés au laboratoire
 la qualité des antibiogrammes
 La lecture des diamètres

 Le milieu utilisé (Mueller Hinton (MH))
 Les disques d’antibiotiques utilisés
 L’inoculum préparé par le technicien et sa qualité de travail
 Les milieux prêts à l’emploi
Ils sont déjà certifiés, on exige le certificat de contrôle du fabriquant.
 la qualité des équipements
 la qualité des coffrets de sérologie
Dans chaque coffret on a un témoin positif et un témoin négatif qui nous

renseignent sur l’état des réactifs du coffret.
Pour chaque réactif ou coffret ouvert, on exige du personnel de marquer la

date d’ouverture et celle du contrôle (il en est de même pour les kits
d’agglutinations). Des sérums de patients dont le résultat positif a été validé
ultérieurement peuvent aussi être utilisés comme témoins positifs.
4-1 Les analyses effectuées dans l'unité de bactériologie
(La démarche d’analyse pour quelques prélèvements)
 ECBU : examen cytobactériologique des urines
 Examen macroscopique
L’aspect des urines est noté : clair, trouble ou hématique.
 Examen microscopique
Monter la cellule de Malassez avec l’urine pour énumérer les leucocytes et

les hématies par mL et pour apprécier la présence ou absence de : cellules

épithéliales, bactéries, cristaux, levures, Trichomonas vaginalis (agent

d’infection sexuellement transmissible)
 Mise en culture
Ensemencement de l’échantillon se fait en numération à l’aide d’une anse

calibrée (10 µl) sur gélose ordinaire, et sur gélose chromogène.
 Incubation
Se fait dans l’étuve à 37°C pendant au moins 24 heures. L’interprétation résultats se fait
par la confrontation des données de la cytologie (Leucocyturie) et ceux de la culture
(Bactériurie), en respectant les seuils requis de pathogénicité, qui varient selon le sexe et
l’espèce bactérienne selon la Société de pathologie infectieuse de langue française
(SPILF 2018) (Tableau 1 et 2). Ainsi, on décide ou non de réaliser l’identification
bactérienne et l’étude de la sensibilité du germe aux antibiotiques (antibiogramme).

Groupes Espèces bactériennes Seuil de
Bactériens significativité
(UFC/mL)
Homme Femme
Groupe I E.coli, S.saprophyticus, salmonella, ≥103
≥103
- Mycobactéries (rares)
Groupe II Entérobactéries autres que E.coli, ≥103

entérocoque, C.urealyticum, ≥104
P.aeruginosa, S.aureus.
Groupe III Acinetobacter , candida spp ≥105 ≥105
Bactérie de la flore urétrale ou génitale de ne pas poursuivre

Groupe IV
proximité. l’identification
Exp :
-Streptocoque α hemolytique
-lactobacillus spp
Tableau 1.Seuil de significativité des bactéries isolées des urines selon l’espèce bactérienne et le
sexe de patient

Tableau 2. Interprétation des ECBU et conduite à tenir
Bactériurie (/mL) Leucocyturie (/mL) Interprétation
<104 -Absence d’infection

Nulle
>104 - malade sous traitement
antibiotiques
- Infection à d’autres bactéries
exigeantes, à mycobactéries
- infections non bactériennes
- Réaction inflammatoire due à
d’autres étiologies
≥104 -infection urinaire certaine

Bactériurie
significative <104 -infection débutante, sujet en aplasie
(Voir tableau 1) (Renseignements cliniques)
<104 -contamination probable→ refaire

Bactériurie non l’ECBU
significative
≥104
(Voir tableau 1)
-infection urinaire en début de
traitement
Plusieurs types de <104 - Contamination

germes (≥3)
≥104 - Prélèvement défectueux→ refaire
l’ECBU
 Examen cytobactériologique du liquide céphalorachidien : LCR
 Biopathologie

- Certains renseignements cliniques doivent être indiqués comme :
- l’âge (la fréquence respective des différentes espèces

bactériennes responsables varie avec l’âge)
- le terrain : immunodépression (recherche de levures)
- un éventuel traitement antibiotique antérieur (risque de
méningite bactérienne « décapitée »)
 Transmission
- Sans délai (moins de 30 minutes) en raison de la lyse des
polynucléaires.
- A l’abri du froid en raison de la fragilité de certaines bactéries
(méningocoque).
 Enregistrement de l’échantillon
-Noter l’aspect du LCR : classiquement clair « eau de roche »
- Les LCR pathologiques peuvent se présenter sous différents aspects :
• trouble, louche, purulent, « eau de riz »

• hématique
• coloré
• Xantochromique
 Mise en culture
-une gélose au sang frais
-une gélose au sang cuit (chocolat)
-un milieu d’enrichissement : bouillon thioglycolate.
→à l’aide d’une pipette pasteur, on inocule chaque milieu par 3 gouttes

de LCR dont l’une sera étalée.
→incubation à 37°C sous 5 à 10% de CO2 .

 Quantitative : leucocytes et hématies /mm3sur cellule de

Nageotte.
 Qualitative : si leucocytes >10 /mm3confectionner deux frottis :
1 frottis coloré au bleu de méthylène pour déterminer la formule
leucocytaire.
1 frottis coloré au Gram pour la recherche de germes à l’examen
direct.
 Recherche des antigènes solubles
C’est une réaction d’agglutination de particules de latex sensibilisées vis- à-

vis des antigènes capsulaires d’H.inflenzae, N.meningitidis A, B et C, E.coli
K1 et streptocoque B (cette recherche se fait sur demande du clinicien)
Il faut communiquer les résultats cytobactériologiques immédiatement même

s’ils sont normaux.
 L'hémoculture
 Echantillon : Sang veineux.
Les hémocultures sont immédiatement placées à l'étuve à 37°C.
 Les tubes seront observés tous les jours pendant 10 jours

Examen macroscopique : examiner les tubes quotidiennement contre la
lumière du jour à la recherche de signes de croissance bactérienne : trouble,
hémolyse, coagulum , dégagement gazeux
Examen microscopique : un frottis pour coloration au Gram
Mise en culture : choisir les milieux à ensemencer selon les donnéesde la

coloration de Gram
 Si Cocci a Gram positif : Ensemencer en 4 quadrants une Gélose

au sang, gélose au sang cuit et une gélose chapman
 Si BGN : Ensemencer en 4 quadrants : Gélose au sang, gélose au

sang cuit et une gélose Mc Conkey

 Si présence de levures : ensemencer un milieu sabouraud

En cas de culture positive, identifier le germe incriminé et effectuer
un antibiogramme.
Une hémoculture est dite négative en absence de pousse jusqu'à 10
jours.
 Sécrétions broncho-pulmonaires et expectoration:
 Les expectorations
- Crachats Salivaires : doivent être rejetés
- Noter l’aspect : salivaire, muqueux, muco purulent, purulent, hémoptoiques
 Fluidification/Homogénéisation
- Ajouter au crachat un volume égal d'une solution fluidifiante
- Agiter au vortex (2min)
- Laisser reposer 15 min à température a 37C° .
- Faire une coloration au Bleu de méthylène pour juger la qualité du

prélèvement (Tableau3)
Tableau 3. Catégorisation des expectorations à l’examen direct

Score Cellule par champ Interprétation
Murray et Faible grossissement
Washingto (X100 = Objectif 10)
Epithéliale leucocytes
1 >25 <10 Crachats fortement contaminés par
la salive
2 >25 10 -25
 à refaire
3 > 25 >25 Le nombre de leucocytes témoigne
d’une réaction inflammatoire mais
prélèvements contaminés
4
10 -25 >25  Acceptables pour la mise en
culture
Les plus appropriés pour la mise en
5 <10 >25 culture
Si <25 <25 Si flore monomorphe Ensemencer
 Mise en culture

Faire une dilution au 1/1000 : à l’aide de l’anse calibrée (10 µL), mettre 10µL de crachat
dans 10mL d’eau physiologique. Etaler 10µl en numération de cette dilution.
Sur :
Gélose Chocolat
Gélose au sang
Gélose chapman
Gélose Mc Conkey ou autres milieu pour les bacilles à Gram
négatif

 Incubation
A 37°C pendant 24-48 h en aérobiose et sous 5 à 10% de CO₂ pour

la gélose au sang et gélose au sang frais.
 Lecture et interprétation
Seuil de positivité étant : ≥107 UFC/mL
 Aspiration trachéale (AT)

 Examen macroscopique : Noter l’aspect
 Muqueux, purulent, hémoptoiques
- Réaliser une coloration au bleu de méthylène.
 Mise en culture
- Faire une dilution au 1/100 : 10µl de sécrétion dans 1 ml d’eau

physiologique
- Vortexer 1 min environ
- Ensemencer 10µl a l’aide d’une anse calibrée en stries serrées en

couvrant toute la gélose sur :
GS, GC, Mac Conkey, gélose chapman
 Incubation à 37° pendant 48 en aérobiose et sous 5 à 10 % de CO2

pour les géloses sang et au sang cuit.
 Le seuil de pathogénicité et supérieur à 105 UFC/mL
 Maximum 2 types de colonies
 Suppurations superficielles
 Prélèvement
Ils proviennent à partir de différents sites anatomiques, et ils sont réalisés

avec des écouvillons stériles : nasal, auriculaire, plaie …
 Mise en culture
- Prélèvement de gorge: gélose au sang frais
- Prélèvement buccal:gélose au sang, Sabouraud
- Prélévement nasal : oculaire ou auriculaire:gélose au sang, Chapman,
bouillon thioglycolate
- Autres pus:gélose au sang, Chapman, Mac Conkey , Sabouraud
 Incubation à 37°C pendant 24-48h, et les géloses au sang et gélose au sang

cuit sous 5 à 10 % de CO ₂
 Suppurations profondes
 Prélèvement
- Ils sont de différentes natures : Abcès hépatique, abcès sous cutané,
liquide péritonéal….
 Mise en culture
Ensemencement en 4 quadrants sur :
- Une gélose au sang frais
- Une gélose au sang cuit
- Un milieu Chapman
- Une gélose Mac Conkey ou autres pour BGN telque Bromocrésol
pourpre (BCP).
Les cultures sont incubées à 37°C pendant 24à 48 heures.
- Un Bouillon thioglycolate : qui est incubé pendant

5jours.

- Réaliser une coloration au Gram et au bleu de méthylène : pour la
mise en évidence d’une réaction inflammatoire et de germes.
 Cathéters
 Mise en culture
On ajoute 1 mL d’eau physiologique stérile, on mélange pendant 1 min environ

(auVortex) et on pratique l’ensemencement en numération avec une anse
calibrée de 10µl (dilution au 1/100ème) sur une gélose au sang , gélose chocolat
et gélose chapman
On incube à 37°C pendant 24h en aérobiose et sous 5% à 10 % de CO2pour

gélose au sang frais et cuit
Identification et antibiogramme pour chaque type bactérien dont la

numération ≥ 10 3 UFC/mL (1colonie 10² UFC/mL) avec maximum
2 types de germes.
 Examen bactériologique des selles : coproculture
 Examen macroscopique :
On note l’aspect des selles pâteuse, molle, diarrhéique,
glairosanglante .
 Pour les selles solides, une noisette de selles est prélevée et macérée
dans 5mL d’eau physiologique, elle servira de suspension pour
ensemencement des milieux de culture.
 Les selles liquidiennes sont directement ensemencées
 Examen microscopique:
Etat frais : recherche de leucocytes, bactéries de mobilité particulière (banc de

poisson pour les Vibrio), parasites
Coloration Gram : noter un déséquilibre éventuel de la flore intestinale

Gram- Interprétation
Gra
m+
25 75% Flore équilibrée
%
75 25% Flore mono microbienne à
% Gram +
0% 100 % Flore mono microbienne à
Gram-
 Culture :
Les germes les plus incriminés sont Salmonella, Shigella,

Campylobacter,
1er jour : ensemencer les milieux suivants :

- SS (milieu sélectif des Salmonelles-Shigelles )
- Milieu Sélénite de Sodium pour l’enrichissement des salmonelles :
2ème jour
- Si culture négative ou non repérage de colonies caractéristiques, faire un
repiquage systématique à partir du Sélénite de sodium sur un nouveau
milieu SS.
- Si culture positive et repérage des colonies caractéristiques :
Salmonella Sighella
SS Incolores à centre Incolores sans centre
noir noir

- Ensemencer pour chaque colonie un milieu, une mini galerie Urée –

Indole (2 h à 37°C)
- Si uréase négative compléter l’identification par l’étude des caractères

chimiques telque par API 10S ou Api20E
3ème jour
Si les caractères biochimiques indiquent l’espèce Salmonella ou Shigella,

compléter l’identification par la réalisation d’un antibiogramme. La souche est
ensuite adressée à à l’Institut Pasteur de Tunis pour la détermination du sérotype
(sérotypage)
 Liquides de ponction : ascite, pleurale, péricardique,

articulaire
On note tout d’abord l’aspect du liquide de ponction : clair, trouble, purulent,

hématique, xanthochromique
 Culture
Ensemencer en déposant 3 gouttes à l’aide d’une pipette Pasteur les
milieux suivants :
 une gélose au sang, gélose au sang cuit, et étaler une goutte avec
l’anse stérile
 Incubés sous 5 à 10 % de CO2pour gélose au sang frais et cuit
Ensemencer en gouttes un bouillon thioglycolate à garder 5 jours à 37C°.
Cytologie quantitative : Numération des leucocytes et hématies

(par/mm3) sur cellule de Malassez (seulement si liquide non coagulé),
signaler la présence de Bactéries et ou de levures, …

Cytologie qualitative : Si leucocytes > 50/mm3 faire deux frottis à

colorer au bleu de Méthylène et au Gram
 Prélèvements génitaux
 Prélèvements vaginaux
 Examen macroscopique : Noter l’aspect couleur et odeur des leucorrhées
 Mise en culture :
Il faut d’abord reprendre le prélèvement dans 0,5 mL d’eau physiologique s

stérile.
Ensemencer en 4 quadrants sur

Gélose au sang cuit, Gélose au sang, gélose chapman et gélose
sabouraud
Gélose VCA (=gélose chocolat + Vancomycine + Colistine + Nystatine) :
à la recherche de gonocoque.
Incubation de ces milieux 48h à 37°C sous 5 à 10% de CO₂
 Examen microscopique :
o Etat frais : Il permet d’apprécier la réaction inflammatoire par

l’observation leucocytes, la recherche de Trichomonas vaginalis,
levures,
o Frottis pour coloration de Gram : pour apprécier l’équilibre de la

flore
 Prélèvements urétraux
 Examen macroscopique : Noter l’aspect, couleur et odeur du pus
 Mise en culture :
Reprendre le prélèvement dans 0,5mL d’eau physiologique stérile.

 Ensemencer en 4 quadrants sur :

Gélose au sang, gélose au sang cuit et gélose VCA qui sont incubées
pendant 2 jours à 37°C sous 5% de CO2
Milieu Sabouraud incubé pendant 48h à 37°C
 Etat frais : pour mettre en évidence Trichomonas vaginalis,

levures, etc.
 Frottis pour coloration au bleu de Méthylène et au Gram : pour

apprécier la réaction inflammatoire et la présence du gonocoque
(diplocoque à Gram négatif)
4-1 : Les analyses effectuées dans l'unité de sérologie

Les principales réactions réalisées dans la salle de sérologie sont :
 La sérologie syphilitique
Dans ce test, l'antigène syphilis est fixé dans la zone de test. Après que

l'échantillon sérique a été ajouté dans le puits de la cassette, il réagit avec les
particules couvertes d'antigènes syphilis dans le test. Ce mélange émigre
chromatographiquement le long de la bandelette et réagit avec les
antigènes syphilis fixés. ( Figure 6)
Figure 7. La bandelette du test rapide

 La sérologie streptococcique (Streptolysine O) : ASLO
 Le principe de l’automate :
Les streptocoques ϸ hémolytiques du groupe A produisent différentes toxines

qui peuvent agir comme antigènes. L’une de ces toxines est la streptolysine-O.
Les organismes atteints produisent des anticorps spécifiques contre ces
exotoxines. La concentration d’antistreptolysine-O dans le sérum servira à
établir de degré d’infection due au streptocoque ϸ hémolytique.
Le réactif Quantia ASO est constitué d’une suspension de particules de latex de

taille uniforme recouvertes de streptolysine-O. quand un échantillon contenant
de l’antistreptolysine-O est mélangé avec le réactif, une agglutination nette se
produit, qui peut être mesurée par turbidimétrie. Les résultats sont éxprimés en
UI/ml d’antistreptolysine-O par rapport au standard international de L’OMS.
 Intérêt du dosage
Il permet d’affirmer l’origine streptococcique (Streptocoque du groupe A’) de

certaines infections telles que le rhumatisme articulaire aigu, la
glomérulonéphrite, endocardite bactérienne. Un 2ème dosage après le traitement
antibiotique peut permettre d’apprécier l’efficacité du traitement.
 L'interprétation des résultats

- Titre < 200 UI ASLO /mL : non significatif d'une infection
streptococcique
- Titre > 200 UI ASLO /mL : significatif d'une infection streptococcique.

Les cas cliniques

Cas Clinique n°1 : Pleurésie purulente à Streptocoque

non groupable
Nom et Prénom : D A
Age : 80 ans
Service : Médecine homme
Antécédents Médico-chirurgicaux :
- Notion de tabagisme
- Hypertension artérielle
- Chirurgie à cœur ouvert il y a 10 ans
- Tuberculose pulmonaire traité en 2000
Motif d’hospitalisation :
Le patient a été hospitalisé au service de médecine homme pour une prise en
charge d’une pneumopathie hypoxémiante probablement due au SARS-COV2,
agent du COVID-19, vu le contexte épidémiologique existant.
Histoire de la maladie :
Remonte à 04 jours avant l’hospitalisation marquée par l’installation de fièvre,
frissons, asthénie, douleurs thoraciques et une dyspnée pour lesquels le patient
a consulté aux urgences
Examen clinique :
Température = 39 C°
SPO2 = 93% sous lunette d’O2 a 5L/min
Pression artérielle (TA) = 120/70 mmHg
Fréquence cardiaque (FC) = 72b/min
Examens complémentaires :
 TDM thoracique
 Bilan biologique
 Prélèvements bactériologiques

 La TDM du patient a montré : Un Epanchement pleural gauche de

moyenne abondance
Examen Biologique :
Date : le 04/10/2021

 Rien n’a signalé sur ces bilans

Conduite à tenir thérapeutique:
- Devant la suspicion d’une pneumopathie à SARS-COV2, le patient a été
traité selon le protocole préconisé pour les cas du COVID-19
 Prélèvement Respiratoire : Ponction Pleurale
Examen Bactériologique :
- Réception de la ponction pleurale
- Vérification des données du patient et de la qualité du prélèvement
1er jour :
- Examen Macroscopique : Aspect trouble de la ponction (Figure 8)
Figure 8. La ponction pleurale

Mise en culture :
Ensemencement en gouttes sur : - gélose au sang
- gélose sang cuit PVX
 Incubation a Pendant 24 à 48hrs a 37 C

- Bouillon enrichi incubé à 37C° pendant 5jours
Examen Microscopique : A partir de la ponction on réalise un frottis et

une coloration de Gram
Cytologie : (objectif *40)
Nombre de leucocytes = 40000 / mm3
Nombre de cellules épithéliales = 10000 /mm3
La formule leucocytaire : On fait une coloration avec le bleu de méthylène
- Polynucléaire neutrophile = 80%
- Lymphocyte =20 %
Recherche de germe : ( objectif *100 )
Présence de cocci à Gram positif disposés en diplocoques et chainettes plus au
moins longues évoquant un streptocoque (figure 9).
Figure 9. Coloration au Gram

2ème jour :
1) Observation des cultures :
Observation sur gélose au sang et gélose au sang cuit : présence de petites

colonies verdatres α hémolytique évoquant un streptocoque non groupable et
ou un entérocoque
2) conduite à tenir :
- Réisolement sur gélose au sang pour étudier la sensibilité à l’Optochine
(figure9) et étude de la culture sur milieu bile-esculine (figure 10 )
Inhibition de la culture autour du disque d’Optochine
Figure 10. Disque d’optochine sur gélose au sang

Absence de culture sur milieu bile-esculine (Figure 10)
Figure 11. milieu bile esculine

Il s’agit bien d’un streptocoque non groupable et pas d’un
pneumocoque ou entérocoque

3) Antibiogramme :
L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a était faite par la méthode de CA-

SFM /EUCAST 2017.
Le milieu utilisé étant le milieu Mueller Hinton au sang
- L’ensemencement se fait par a Méthode de Kirby-Bauer (par
écouvillonnage) avec un inoculum de 0.5 McF
- Un réisolement sur gélose au sang a été réalisé d’une façon concomitante
pour vérifier la pureté de la souche. (Figure 10)
- Incubation : 24 h sous 5 à 10 % de CO₂
Figure 12. Lecture manuelle des diamètres d’inhibition au tour des disques
d’antibiotiques
La bactérie était sensible à tous les antibiotiques testés

Traitement :
- Drainage pleural
- Antibiothérapie : Céfotaxime (1gx3/j) et Gentamicine (160mg/jour)
pendant 3 jours puis par céfotaxime pendant semaines 3 semaines et
Levofloxacine 500g /j pendant 10 jours
Evolution :
- L’évolution était marquée par une nette amélioration clinique.
Date Superviseur Signature
Cas clinique n°2 : Abcès périnéal

1. Présentation du patient :
Nom et Prénom : A J
Sexe : Masculin
Age : 59 ans
Service d’hospitalisation : chirurgie Homme
Date d’hospitalisation : 04/10/2021
Antécédents Médico – chirurgicaux :
- Tabagique
- Suivi au service d’urologie pour tumeur de prostate
2. Motif d’hospitalisation :
Le Patient s’est présenté aux urgences pour une fièvre et des douleurs
importantes au niveau du périnée
3. Examen clinique :
Température : 39 C°
Fréquence cardiaque : 85 b/min
Tension Artérielle : 13/80 mmHg
Présence d’une tuméfaction rouge visible autour de l’anus
4. Examen complémentaires :
4-1. Echographie périnéale
L’échographie a montré une collection péri- anale hétérogène sur le

rayon horaire de 12h de 22*15mm

4-2. Examens Biologiques
Bilan d’hémostase correcte
5. Conduite à tenir :
Traitement : intervention chirurgicale réalisée sous anesthésie générale au bloc
opératoire pour évacuation de la collection purulente
6. Examen bactériologique :
Le pus de la collection purulente a été adressé au laboratoire pour examen
bactériologique.

 1er jour :
Examen Macroscopique : aspect purulent

Mise en culture :
- Ensemencement avec une anse stérile en 4 quadrants sur gélose au sang,
gélose au sang cuit, gélose Chapman, gélose chromogène
- Ensemencement d’un bouillon Thioglycholate
- Incubation dans une étuve a 37C° pendant 24 à 48 heures et sous 5 à 10% de
CO2 pour les géloses au sang et au sang cuit
Examen Microscopique : Deux frottis ont été réalisés :
 coloration au bleu de méthylène : présence de nombreux polynucléaires
neutrophiles et de petits bacilles (figure13)
 Coloration de Gram : présence de bacille à Gram négatif
Figure 13. Coloration au bleu de méthylène

 2ème jour :
1- Observations des cultures :
- Milieu de culture chromogène : colonies grasses rose violet (figure 13)
- Gélose au sang et gélose sang cuit : des colonies blanchâtres, muqueuses
non hémolytiques
- Milieu Chapman : absence de culture bactérienne

Figure 14. Aspect des colonies sur milieu chromogène

L’aspect des colonies et leur pigmentation sur le milieu chromogène est
caractéristique de l’espèce Escherichia coli
Une galerie d’identification a été réalisée et a montré un profil biochimique d’
Escherichia coli (figure..):
API 10S ou 20 E (figure 15)
Figure 15. API 20 E d’E.coli

2- Réalisation d’un antibiogramme selon les recommandations de CA-
SFM/EUCAST 20017 sur gélose MH par la méthode de
l’écouvillonnage
3- Ré isolement sur gélose ordinaire
4- Incubation à 37 C° pendant 24h
Souche de phénotype sauvage (sensible à tous les antibiotiques testés)

Traitement : le patient a été mis sous l’association d’antibiotiques ci-dessous :

Ciprojet : 200mg*2/j pendant 7 jours
Genta 160 mg/j pendant 5 jours
Evolution : le patient a bien évolué avec l’antibiothérapie prescrite
Cas clinique numéro 3 :

Coma et trouble respiratoire aigue
Nom et prénom : M.M

Age : 67 ans
Service : réanimation
Antécédents médico-chirurgicaux :
 Hypertendu
 Diabétique
 Coronarien
 Antécédent d’accident vasculaire cérébral (AVC) ischémique en
2019 avec hémiparésie gauche
Motif d’hospitalisation :
Admis au service de réanimation pour prise en charge d’un état de mal
épileptique associée à un trouble respiratoire d’installation aigue
Le patient a été adressé de L’Hôpital de Redayef le 03/10/2021, pour la
prise en charge de troubles de la conscience et de troubles respiratoires
dans un contexte fébrile
Examen clinique :
 Score de Glasgow (GCS) : 10/15
 TA : 28/10
 SaO₂ : 93%
 Glycémie au doigt (GAD) : correcte
 T° : 39.8°C
 Fréquence cardiaque : 114/minute

 Examens complémentaires :
 La TDM cérébrale a conclu la présence d’une atrophie cortico-
sous corticale sans signe d’AVC ischémique ou hémorragique
récent
 La TDM Thoracique a montré une atélectasie pulmonaire

droite en aval d’une obstruction de la bronche souche.

Examens biologiques :
Date 05/10/2021 :
Le bilan de biochimie montre une insuffisance rénale et une légère
augmentation des réserves alcalines
Diagnostic :
Le diagnostic de pneumopathie d’inhalation secondaire aux troubles de la

conscience à été posé.

Conduite à tenir :
Claforan : 1g*2/j
Flagyl 500mg*3/j
Oflocet 200mg/j
Gardenal 200mg/j
Moprale 40mg : 1amp/j
Enoxa 4000 1inj/j
Aspegic 250mg/j
Sédation par hypnovel –fentanyl
Le 08/10/2021 :
- à J3 de son hospitalisation, le patient restait fébrile avec CRP à 275mg/L et
une hyperleucocytose à 15000/mL
-un prélèvement trachéal distal (PTD) et un ECBU après changement de la
sonde vésicale ont été réalisés.
- changement de l’antibiothérapie par Tienam 500mg*2/j et colimycine
- Diminution de la dose Gardenal (120mg/j)
-Arrêt de la sédation pour évaluation Date 08/10/2021 :

Le 11/10/2021 :
- le patient restait fébrile, avec un bilan objectivant une augmentation de
l’hyperleucocytose et de la créatinine
- la culture du PTD revenait positive à Klebsiella pneumoniae et
Pseudomonas aeruginosa sensibles à l’imipénème
- le patient a subit une séance d’hémodialyse pour son insuffisance rénale et
l’acidose métabolique (HCO3= 7.1 mmol/l).
- l’évolution était marquée par la survenu d’un état de choc réfractaire avec
un arrêt cardiaque irréversible malgré les interventions de réanimation par
remplissage par sérum physiologique et de la noradrénaline
Examen Bactériologique du prélèvement trachéal distal :
 1er jour :
Examen macroscopique : Un bout de cathéter imbibé de sécrétion
trachéale a été reçu dans un flacon stérile
Mise en culture
Un ml de sérum physiologique a été ajouté au prélèvement. Après

agitation au Vortex pendant quelques secondes, 10µl du prélèvent ont

été ensemencés l’aide d’une anse calibrée stérile, en numération sur :
Gélose au sang
Gélose au sang cuit
Gélose chromogène
Les boites on été incubées 37C° pendant 24h et sous 5 à 10 % de

CO₂ pour les géloses au sang et au sang cuit
 2ème jour : Interprétation des cultures

 Sur gélose au sang cuit : deux types de colonies (muqueuses) et aplaties
ayant dépassé le seuil de significativité (≥103/mL)
 Sur milieu chromogène : on note la présence de colonies muqueuses,
bombées de couleur bleu foncé en faveur des bactéries du genre
Klebsiella et des colonies aplaties de couleur marron clair en faveur de
Pseudomonas (Figure 16)

Figure 16. Aspect des colonies sur milieu chromogène

 Une purification des cultures a été faite pour les deux types de colonies
sur gélose ordinaire pour l’étude de leur caractères biochimiques servant
à leur l’identification.
 3ème jour
Pour les colonies d’aspect muqueux et bombé, un API20E a été ensemencé et a
conclu à une Klebsiella pneumoniae (figure 17)

Figure 17. API20E de Klebsiella pneumoniae
Pour les colonies plates, la recherche d’oxydase sur disque de N,N-Diméthyl-

phenylenediamine était positive. Des mileux KingA et KingB ont été
ensemencés pour la mise en évidence de la pyocyanine (pigment bleu) et la
pyoverdine (pigment vert fluorescent) servant à l’identification de Pseudomonas
aeruginosa
Antibiogramme :
- Parallèlement à l’identification, un antibiogramme à été réalisé pour chacune
des espèces bactériennes selon les recommandations de CA-SFM /EUCAST
2017 [(sur milieu Mueller Hinton, un inoculum de 0.5 McF, par la méthode
de Kirby-Bauer (ensemencement par écouvillonnage)]
- Ré-isolement systématique sur milieu ordinaire pour vérifier la pureté de la
souche ;
- Incubation : 24 h dans une étuve à 37 °C ( figure 16 )

Figure 18. Antibiogramme de Klebsiella pneumoniae


Evolution :
L’évolution était marquée par le décès du patient suite à un état de choc
réfractaire avec un arrêt cardiaque irréversible malgré les efforts de
réanimation.
Cas Clinique n°4 : Infection urinaire à Escherichia coli

Nom et prénom : J R
Age : 03 ans
Service : pédiatrie
Antécédents médico –chirurgicaux
- Hospitalisé pour gastroentérite à l’âge de 9 mois
Remonte à 06 jours marquée par l’installation de dysurie (douleurs à la
miction), des vomissements et des diarrhées , le tout évoluant dans un
contexte fébrile
Examen physique :
 Etat général conservé
 T° = 38.5
 Poids = 15 kilos
 SaO₂ = 98%
 FC = 110 Bpm
 Temps de recoloration cutanée (TRC) < 3 sec
 Bruits du cœur (BDC) : bien perçu, pas de souffles
 Abdomen souple et dépressible
 Etat neurologique : normal
 Examen de la gorge : Hypertrophie amygdalienne érythémateuse
Conduite à Tenir :
Le diagnostic d’infection urinaire a été posé. Un ECBU a été demandé et la
patiente a été mise sous :
 Céfixime Sirop 1 dose * 2/jr pendant/8jrs
 Tiorfan 1 sachet*3 / 06jrs
 Enterogermina 1 amp*2 /05jrs
 Efferalgan 1 dose * 4 /jrs (si T° > 38°C°)
Examen cytoactériologique des urines (ECBU) :

Examen Macroscopique :
 Aspect : Légèrement trouble (Figure19)
Figure 19. Tube d’échantillon urinaire

Mise en culture :
 Bien homogénéiser les urines par retournements du flacon
 Ensemencement 10 µl d’urines à l’aide d’une anse calibrée sur :
 Gélose ordinaire
 Gélose au sang
 Gélose chromogène
Examen microscopique :
Leucocyturie = 24.000 /ml
Hématies = 20.000/ml
Absence de levure, de cristaux etc.
 2ème jour

Résultat de l’ensemencement : bactériurie est ≥103/mL (Figure 20)
Figure 20.Aspect des colonies sur milieu chromogène
Il s’agit d’une souche d’Escherichia coli
Antibiogramme :
- Réalisation d’un antibiogramme selon les recommandations de CA-
SFM /EUCAST 2017 (sur milieu Mueller Hinton, inoculum 0.5 McF)
- Méthode de Kirby-Bauer (ensemencement par écouvillonnnage)
- Réisolement sur milieu ordinaire pour vérifier la pureté de la souche
- Incubation : 24 hrs à 37 C° (Figure 15)

Figure 21. Antibiogramme de la souche d’E.coli

Il s’agit d’une souche d’Escherchia coli de phénotype sauvage.
Evolution :
La patiente a bien évolué avec l’antibiothérapie prescrite dès l’admission.
Cas clinique n°5 : Pneumopathie a SARS-COV2

Nom et prénom : M.D

Sexe : Masculin
Age : 23 ans
Service : service médecine homme
Antécédents médico-chirurgicaux :
- Epiléptique sous dépakine10 1cp*2/jr

- Schizophrénie/*/ sous Vincor , Parkizol , Lysanxia
- Asthmatique sous aérol ( occasionnellement )
Motif d’hospitalisation
Patient admis pour prise en charge d’une pneumopathie Covid 19 diagnostiquée
sur l’aspect scanographique.
Histoire de la maladie actuelle :
Remonte à une semaine avant son admission, marquée par l’installation d’une
toux grasse avec encombrement bronchique, suivi de l’apparition de fièvre avec
dyspnée .
Examen clinique :
- Retard psychomoteur
- T°= 39.4 C°
- SaO₂ = 92%
- GAD = 1.19g
- TA = 10/6
- Auscultation pulmonaire (AP) = des râles crépitants aux 2 champs
pulmonaires
- Muguet buccal
- Abdomen souple

Examens Complémentaires :
-TDM thoracique : la TDM Thoracique montre une pneumopathie de type
COVID-19 avec une atteinte (10-25%).
Examens Biologiques :
Le 04/11/2021

 Le bilan biochimique du patient montre une hyperglycémie

Le 10/11/2021

 Le prélèvement sanguin signe une hyperleucocytose et une

infection ( CRP augmenté )
 Prélèvement nasopharyngé pour la détection du SARS-COV-2 par

PCR:
Ce prélèvement a été fait par un personnel qualifié :

Un écouvillon a été introduit par voie nasal selon les recommandations de
l’OMS en toute asepsie et acheminée directement au laboratoire dans un milieu
de transport. (Figure 22)

Figure 22. Modalité des prélèvements nasopharyngés en vue de PCR du

SARS-COV2
Au laboratoire :
Réception et conservation des échantillons
Les Prélèvements sont tous triés et conservés à une température de 2 à 8 °C
 Biologie moléculaire (PCR):
I/Extraction de l’ARN du virus :

1. préparation des réactifs sous hotte à flux laminaire de type 2
 Préparation de Proteinase K lyophilisé (11mg PK) reconstitué par 1.25
ml du tampon correspondant
 Préparation RNA carrier lyophilisé (1mg) : reconstitué par 1.25 ml du
tampon correspondant
 Préparation Contrôle interne lyophilisé: reconstitué par 72 µl du tampon
correspondant
2. Traitement de l’échantillon biologique :Dans un tube d’extraction

déposer
20 µl de protéinase K (PK)
10 µl RNA carrier
Ajouter 5 µl du control interne

Ajouter 195 µl du prélévement apres l’aboir mélangé au vortex pendant

15 secondes
3- Les control négatif CN et positif ( CP) : se préparent de la même façon en
remplaçant l’échantillon par le CN et CP dans les tubes correspondants
4- Extraction proprement dite : l’extraction est faite à l’aide d’un automate
selon un programme dédié.
 La cassette d’extraction qui comporte les constituants nécessaires à
l’extraction automatique de l’ARN viral (billes magnétiques, solution
de lavage et d’élution)
 Après 60 minutes, on obtient dans le tube d’élution l’ARN viral
extrait (figure 21 )
Figure 23. L’automate d’extraction
II/ Réaction d’amplification :
1. Elle est réalisée par un Kit prêt à l’emploi contenant des réactifs de RT-
PCR lyophilisés en ajoutant 25 µl de l’extrait obtenu de l’extraction

2. Le tube est ensuite placé dans un thermocycleur de PCR en temps réel
3. Le logiciel correspondant à la détection du SARS-COV2 étant choisi, le

numéro de l’échantillon étant enregistré et la réaction est lancée
4. Les séquences cibles sont le gène N (détecté par FAM), ORF1ab

(détecté par VIC) et le contrôle interne (détecté par Cy5)
5. La réaction est suivie en temps réel sur les courbes d’amplification (cycle
seuil ou threshold ) ( Figure 24 , 25 )
Figure 24. L’automate d’amplification

Figure 25. Courbe d’amplification d’un échantillon positif
Traitement :
- Enoxa 4000 1 inj/jour
- Mopral 40mg 1 amp/jour
- Dexamedis 1amp*2/jour
- Perfalgan 1fl*3/jour
- Cefaxone 1g 1g*3/jour
Evolution :
Le patient a bien évolué avec le traitement prescrit.

ANALYSES COURANTES
EN MICROBIOLOGIE
V* NV* NP***
I- ACTIVITES A REALISER
1- Conduite à tenir devant les produits pathologiques
(prélèvement, mise en culture, examens microscopiques)
- Hémocultures □ □ □
……………………………………………………...………
- Suppurations profondes et superficielles □ □ □
…………………………….…..
- Urines (ECBU)
□ □ □
…………………………………………………………….
- Liquides de ponction
□ □ □
………………………………………………………
- Selles (coproculture)
□ □ □
……………………………………………………...
- Prélèvements ORL (Gorge, oreilles )
□ □ □
…………………………………...…
- Prélèvements trachéo-bronchiques (crachats, prélèvement
□ □ □
protégés, …) ...
- Prélèvement génitaux (urétral, vaginal) □ □ □
……………………………...........
- Cathéters, sondes □ □ □
………………………………………………………….
2- Expectorations à la recherche de □ □ □
mycobactéries………………………
3- Identification biochimique et antigénique des bactéries □ □ □

fréquemment isolées ……………………...

……………………………….
4- Réalisation et interprétation d’antibiogrammes des □ □ □
bactéries fréquemment isolées
……………………………………………………….
II- ACTIVITES A OBSERVER EN DEMONSTRATION

1- Stérilisation sèche et humide □ □ □
…………………………………………...
2- Préparation des réactifs et des colorants □ □ □
………………………………
3- Préparation et conservation des milieux de culture □ □ □
…………………..
4-Sérodiagnostic de maladies infectieuses courantes
* ASLO ………………………. □ □ □
…………………………...………
* TPHA , agglutinines irrégulières □ □ □
………………………..……….
* Widal et Félix …………………………….……….. □ □ □
…….………
* Hépatites virales (B, C, A) □ □ □
…………………................................
* Rubéole ……………….. □ □ □
…………………...................................
V* : validé NV** : non Validé NP*** : non pratiqué au laboratoire
Le maître de stage : - Nom et Prénoms ……………………………………………..
- Date…………………………………………………………..
- Signature et cachet ………………………………………..


Rapport de Stage en Biologie Clinique

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Ministère de l’enseignement supérieur Université de Monastir

et de la recherche scientifique Faculté de pharmacie de Monastir

Chef du service : Docteur Mabrouka saidane

Mes vifs remerciements et ma gratitude sont transmis avec joie à

De ce fait je remercie toute personne ayant participé à la réussite de cette

Particulièrement mes remerciements s’adressent à l’équipe du

Je tiens à adresser mes remerciements au

Docteur Mabrouka Saidane de m’avoir accueilli au sein de son service et la

Je tiens à exprimer toute ma reconnaissance aux personnels

Pour leur accueil chaleureux et pour l’ambiance familiale

Veuillez bien trouver l’expression de ma profonde gratitude et de ma vive

J’espère avoir été digne de la confiance qu’elles m’ont accordée.

1-2- Processus d'hygiène et de sécurité:...............................................................................3

1-2-1 Les mesures d'ordre général et l'hygiène en rapport avec la

1-3: Processus de gestion du personnel..............................................................................15

1-3-1 : Organigramme du laboratoire......................................................................15

1-4- Gestion de la documentation.......................................................................................18

1-4-1 Les documents techniques...............................................................................18

1-4-2 Les documents scientifiques.............................................................................20

1-5: Processus de gestion des consommables.....................................................................20

1-6: Processus de gestion des équipements........................................................................21

2-Le processus analytique :.......................................................................................................25

2-2- La phase analytique.....................................................................................................31

2-2-1 Les réactifs et les dispositifs d’analyse.................................................................32

2-2-2 Les procédures analytiques...................................................................................35

2-3 Phase post-analytique...................................................................................................37

3-La gestion du contrôle de qualité...........................................................................................39

3-2-Le contrôle interne de qualité (CIQ)............................................................................39

4-1 Les analyses effectuées dans l'unité de bactériologie...................................................40

4-1 : Les analyses effectuées dans l'unité de sérologie.......................................................55

Cas clinique n°2 : Abcès périnéal.............................................................................................65

Cas clinique n°5 : Pneumopathie a SARS-COV2.....................................................................86

TABLEAU 1.SEUIL DE SIGNIFICATIVITÉ DES BACTÉRIES ISOLÉES DES

TABLEAU 2. INTERPRÉTATION DES ECBU ET CONDUITE À TENIR...........43

TABLEAU 3. CATÉGORISATION DES EXPECTORATIONS À L’EXAMEN

1- L’Organisation générale du laboratoire :

 Le rez- de- chaussée comporte les unités suivantes :

 2ème secteur : c’est le secteur de la réception des demandes

 La première est réservée à l’enregistrement des prélèvements dans le

 La deuxième est destinée à l’exécution des prélèvements sanguins et

 Le laboratoire des analyses urgentes

 Le dépôt, lieu de stockage des consommables et des réactifs en respectant

 Le vestiaire du personnel et la chambre de repos pour les agents de garde

 Le laboratoire de microbiologie avec ses deux unités :

 Unité de bactériologie : elle comprend

- Deux salles pour le traitement des échantillons. Le matériel et les

SELMI Sabrine Page 1

colorants et bac de coloration des frottis

- Une Salle pour la préparation et la stérilisation des milieux de

- Un dépôt où se fait le stockage du matériel consommables, réactifs

 Unité de diagnostic moléculaire de l’agent du COVID-19 (SARS-

 La salle de repos du personnel

 La salle de saisie informatique des prélèvements des malades hospitalisés

 Unité d’hématologie et d’hémostase

SELMI Sabrine Page 2

1-2- Processus d'hygiène et de sécurité:

1-2-1 Les mesures d'ordre général et l'hygiène en rapport avec la

 Port de gants pour tout contact avec un liquide biologique ou un matériel

SELMI Sabrine Page 3

1-2-2 Elimination des déchets à risque infectieux

 Déchets chimiques : liquide de lavage des automates, restes des réactifs,

SELMI Sabrine Page 4

solvants utilisés pour des préparations, etc

- Les déchets PCT sont jetés dans un minicollecteur recouvert d'un