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: i.S I TE N{U S TAPHA
S TAMB OUL I ]\,f A S CARA ANNEE LINI\TERSITAIRE ]iJ i 9 - :3:.J
: i.L LiE DES SCIENCE.S EXACT'ES i.'"ANNEE MASTER
)EP.\T.TEN4ENT DE CHI\4IE Durée: th:30min
\IODULE : MODELISATION MOLECULAIRÈ .t

EXAMEN DE LA CHIMIE THEORIQUE ET

MODELISATION MQLECULAIRE

1- Les méthodes de la mécanique qr:antique. ibnt appelles à la clistribution des électrons répanis

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usage à des petites moiécules oLI nécessitent le recours à de nombreuses méthodes de caicr-ils.

- Citer Çes méthodes et don:rer 1a différence entre eux ?

2- Donner 1e plincipe de la modélisation moléculaire ?

3- Donner le principe et l'outi1 de base de la mécanique morécuraire ?

4- 11 existe de nombreux champs de force. Quelles sont les plus connus ?

5- Dor:ner le principe théorique de la dynamique moléculaire ?

6- Domer 1e but de « Docking mo1éculaire» ?

7- Le processus de « Docking Votecrtuire ,t

8- A 1'heure actue11e, plus de 30 programmes cle Docking rnoléculaire (parant orl sratuir') sonr

disponibles. Citer queiques programmes les plus connus?

BO\ CCURAGE.
 è'" Macromoléculaire
a{ I 1 Ainée Master 2019-2020

Corrigé de T'examen cte la rn+elél!satlorr moiéculairÊ

, ]Iéthodes de calculs utilisé en mécanique quantique sont:

:-i'{éth*c1*s er:rpiriqil:> i ,::s i

Les méthodes enpi:::.r3s. comme. par exemple, «Hücke1 Simple » et Théorie de

Hückel étendue (Exten:ei ii,.r;ke1 Theorl- (EHT) )réduisent considérablement les temps de
calcui en ne considéronS rrr.e i:s parties "nécessaires" ou "intéressantes". Ces rnéthodes
utilisent :
- beaucoup d app;..r :t-r:i'rns
- Faciles et simples t'Û.25 pts)

- pas d'intégrale à calculer (toutes les intégrales sont remplacées par des paramètres
empiriques

- très rapides

tr - P1étfo*des seaii-eæpiriques (1pts)

Une méthode semi empirique est une méthode dans laqueile une partie des calculs
nécessaires aux calculs des intégrales et les intégrales qui restes ne sont pas calculés mais
elies sont remplacés par des paramètre ajuste sur l'expérience .

. Choisir une base minimum

o Ces méthodes sont des méthodes incomplète. (û.25 pts)

o Dans les méthodes semi empirique on parle des répulsions cæur-cæur au lieu du
répulsions noyau-noyau.

c - &{éËh*des *.*æ*e::apiriqæe* {e*raag:?èê*s} {lpts)

Dans les méthodes non-empirique toutes les intégrales sont calculés d'une
manière exacte. Soit une molécule comporter N noyaux et n électrons
Htot=HE+HN
Hr : Hamiltonien électronique
HN : Hamiltonien nucléaire
Hro,: Tr - \''rx * VpE + T11* Vpp
. Ces méthodes sont complètes (0.5 pts)
. Calcul de tous 1es intégrales .

r Temps de calcul est très élève .

l- Le principe de la nodélisation moléculaire i2 pts)

La LIodélisation Moléculaire est la construction, 1a visualisation, la manipulation et 1a
prédiction de structures moléculaires et de ses propriétés physico-chimiques.
La modélisatioa moléculaire a pour but de prévok ia structure et la réactivité des
molécules ou des s1'stèmes de molécules. Les méthodes de la modélisation mo1écuLaire
peuvent être ciassées en deu-r catégo{es:
 §.
{r r 1 "' Année Nlaster Macromoléculaire 2019-2020

a Les méthodes quantiques.

a Les méthodes non quantiques.

,: La mécanique molésul4lreil.5 pts)

basée sur les calculs de mécanique classique qui permet de calculer 1'énergie stériqlle
du système. Elle utilise comme outil le "champ de force" représente la variation de E pot avec
la géométrie moléculaire
Lamécaniquemoléculaires'appuiesur le champ de force qui est une somme de
termes énergétiques. harmoniques. représentant les interactions liantes et non-liantes
qui ont lieu à I'intérieur d'une molécule ou entre plusieurs molécules.
E To..l:E=t.... L-E b.n.1ïE to.s*Ev.. der'waals*Eelet o*'''''

E.,...,.. ,,.. 8.,.",",_..._,,n,

{l pts)
j Parmi les champs de forces le plus connus, (1 pts)

/ Triprs
./ OPLS
Y/ \ I\ TFF9+
", \-\IBER
GRO\10S.....
5 Princirles de dynamique moléculaire (1.-< p1s)
; a d)'namique moléculaire est contrairement a la mécanique moléculaire étude les
: :-.:s en mou\:ement et en fonction du temps , Elle est basée sur les lois de la mécanique
: :-i:-J.le \e\\lonienne, On générale le calcule de DM passe par trois étapes: Thermalisation,
: : * -..'oration. Production
r Thermalisrtion Il s'agit de chauffer le système pour l'amener à la température
souhaitée. { (}.-i lrs i
'/ Equilibration C'est une phase importante au cours de laquelle on stabilise la
température du système, il y a alors un échange important entre énergie potentielle et
énergie cinétique. (0,5 ptsl
/ Protluction C'est la phase réellement exploitable qui dure en moyenne de 60 à 100 ps.
-{u cours de cette simulation, on doit sauvegarder les conformations, énergies(O.5 pts)
6/ Le dockine moléculafu (2 pts)
Le docking moléculaire a pour but de déterminer le mode d'interaction d'un complexe
forme de deux ou plusieurs molécules, en cherchant des orientations dans l'espace et des
contbrmations far.,orables pour la hxation d'un ligand à un récepteur .
7/ f n processus de « Docking Moléculaire » peut être résumé en trois étaDes
- L'identification du site de fixation et caractérisation du récepteur. ('l .5 pts)
- L'orientation du ligand dans le site du récepteur. ( T.5 pts)
- L'évaluation de l'orientation du ligand et de son adéquation au récepteur. (1.5 pts)
8/ Parmi tous ces prosrammes d'amanage moléculaire qui ont déjà prouvé leur efficacité. on
p_eu1"lrctrvsl: t 1 pts)
comnle GOLD , FlexX, DOCK, AutoDock, MOE ou bien UCSF Chimera...

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