M1 Chimie – Modélisation Moléculaire – 2018-19

TP modélisation moléculaire -2- Docking

Objectifs : Evaluation d'un protocole de docking pour retrouver le site d'interaction du carazolol dans
le récepteur ß-2 adrénergique. Utilisation des logiciels Chimera et Autodock Vina.

1/ Préparation du récepteur, du ligand avec Chimera.

a/ Ouvrir le fichier du récepteur : Menu File > Open puis sélectionner le fichier 2RH1_rec.pdb
b/ Ouvrir le fichier du ligand : Menu File > Open puis sélectionner le fichier 2RH1_lig.pdb
c/ Ajouter les atomes d'hydrogène manquant sur la structure du récepteur : Menu Tools >
Structure Editing > AddH puis sélectionner le modèle 2RH1_rec.pdb.
d/ Calculer les charges atomiques du système moléculaire récepteur béta-2-
adrénergique/carazolol : Menu Tools > Structure Editing > Add charges puis sélectionner le modèle
2RH1_rec.pdb et 2RH1_lig.pdb. Préciser le champs de force (AMBER ff03.r1) et la méthode de
calcul des charges atomiques (Gaisteger).

2/ Préparation du calcul de docking :

a/ Menu Tools > Surface/Binding Analysis > Autodock Vina.

b/ Dans la fenêtre qui s'ouvre : choisir un fichier de sortie (Par exemple dock_carazolol),
sélectionner le recepteur (2RH1_rec.pdb) et le ligand (2RH1_lig.pdb)
c/ Définir l'espace de recherche (taille et position du centre de la grille). Nous vous conseillons
les paramètres suivants : center (-36.381 ; 4.757 ; 6.904) et Size : 41x31x34.
d/ Dans le sous menu Receptor options, sélectionner dans l'ordre les choix false-true-true-
true-true-false.
e/ Dans le sous menu Ligand options, sélectionner dans l'ordre les choix false-true.
f/ Dans le sous menu Executable location choisir le serveur opal. Lancer le calcul.

3/ Analyse résultat de docking:

a/ Après quelques minutes, un menu s'ouvre avec les différentes solutions de docking
proposé par le logiciel Autodock Vina. Inspecter les différentes solutions. Est-ce cohérent avec la
pose cristallographique ?
b/ Calculer le RMSD entre les différentes solutions générées par le docking et la référence
(pose RX). Pour cela il faudra ouvrir le mode ligne de commande (Menu Favorites > Command Line)
et taper la commande suivante :
rmsd #1@C?,C??,N?,N??,O?,O?? #3.1@C?,C??,N?,N??,O?,O??
Remarque: Cette commande permet de calculer le RMSD entre tous les atomes lourds de la position
RX et de la première solution du docking. Voici quelques explications pour modifier la commande :
#1 : devrait correspondre au modèle RX du ligand (#2 devrait être le modèle RX du récepteur)
#3.1 : devrait correspondre au 1er modèle généré par docking (#3.2 au 2e, #3.3 au 3e, etc.)
@ : les lettres qui suivent ce symbole précise sur quels atomes le rmsd est calculé. Ici tous les
atomes dont les noms qui commancent par C, N et O.
c/ Analysez les résultats. Conclure sur le protocole.

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