06 Acidesnucleiques

ANTIBIOTIQUES ACTIFS SUR
LA REPLICATION ET LA TRANSCRIPTION
DES ACIDES NUCLEIQUES
Enseignant : F. Van Bambeke
FARM2233 – année 2011-2012
25/09/2011 06: Acides nucléiques 1
FLUOROQUINOLONES
1
Action antibactérienne des fluoroquinolones
PORIN
DNA
Topo
DNA gyrase
isomerase
Gram (-) Gram (+)
Cibles des fluoroquinolones: les gyrases
DNA gyrase
topoisomerase IV
2
Formation d'un complexe ternaire
fluoroquinolone – enzyme - ADN
DNA GYRASE
catalytic subunits
FLUOROQUINOLONES:
4 stacked molecules
COVALENTLY CLOSED
CIRCULAR DNA
DNA GYRASE
ATP binding subunits
Cabral et al., Nature, 1997 Shen, in Quinolone Antimicrobial Agents, 1993

Pharmacophore des fluoroquinolones
LIAISON A L'ADN
R5 O O
R6 C
LIAISON O-
A L'ENZYME
R7 X8 N
R1
DOMAINE D'AUTO-ASSEMBLAGE
("stacking")
3
Mécanismes de résistance
1. Ì perméabilité
DNA
DNA gyrase Topo

isomerase
Gram (-) Gram (+)
2. mutation des cibles
DNA
DNA gyrase Topo

isomerase
Gram (-) Gram (+)
4
3. efflux actif
DNA
DNA gyrase Topo

isomerase
Gram (-) Gram (+)
4. protéine QnrA
DNA
DNA gyrase Topo

isomerase
Gram (-) Gram (+)
5
Qnr, résistance par protection de la cible
Qnr restaure
le surenroulement en mimant la structure de l’ADN
de l’ADN par la gyrase
Qnr - - + + +
cipro - + + + +
gyrase + + + + +
Tran et al, AAC (2005) 49:118-25. Hegde et al. Science (2005) 308:1480-3.
5. Inactivation de
l’antibiotique
DNA
DNA gyrase Topo

isomerase
Gram (-) Gram (+)
6
Qnr, résistance par protection de la cible
variant d’un gène codant pour une aminoglycoside acetyltransferase AAC(6')-Ib.

Æ N-acetylation du substituant piperazinyl
O O
F
OH
N N
HN
O O
F
OH
N N
HN
Résistance
à la norfloxacine et
à la ciprofloxacine
Ribicsek et al, Nature Medicine (2005) 12: 83 - 88

Relations structure – activité

ou
la logique du développement
7
De la chloroquine à l'acide nalidixique...
acide nalidixique
N CH3
O O
HN CH3
C -
O
chloroquine N N
CH3
Cl N
C2H5
1939 O O
C
O-
1962
1958
Cl N
C2H5
7-chloroquinoline
(synthesis intermediate
found to display
antibacterial activity)
acide nalidixique
a • caractères typiques des

fluoroquinolones (a, b, c)
O O
MAIS naphthyridone
C - (N en position 8: )
O- b
H3C N N • utilité limitée comme médicament
• spectre très étroit
C2H5
(Enterobacteriaceae uniquement)
• demi-vie courte (1.5h)
c • liaison aux prot. élevée (90%)
* Belg. pat. 612,258 to Sterling Drugs, 1962
8
De l'acide nalidixique vers les premières fluoroquinolones
a
O O
C
O- b
H3C N N
acide oxolinique C2H5 acide pipémidique
O O O O
O C -
c C
O N O-
O N fluméquine
O O N N N
C2H5 HN C2H5
F C
O-
naphthyridone Æ quinolone:
Pipérazine:
Ì liaison prot.
N demi-vie longue
CH3
F: activité anti Gram(-)
De l'acide nalidixique vers les premières fluoroquinolones
a norfloxacine
O O O O
2
C F C
O- b -
O
N N
H3C N N HN 1 CH3
C2H5
3
c
1978 Liaison aux prot. + faible (50%)
Spectre anti Gram(-)
Demi-vie plus longue (3-4h)
9
Logique du développement des fluoroquinolones
1960 1970 1980 1990 2000
1ère génération:
essentiellement
anti Gram(-)
2ème génération:
meilleure activité
anti Gram(+)
3ème génération:
essentiellement anti Gram(+)
plus actives sur les anaérobes
RSA – fluoroquinolones anti Gram(-)
Gram (-) NH2

R5 O
F COOH
piperazine
N
Gram (-) R7 C N
N CMI
R1 groupe
R encombré
Cl, F halogène
CMI
O-CH3 methoxy
10
RSA – fluoroquinolones anti Gram(+)
Gram (+) CH3

R5 O
pyrimidine F COOH
N
Gram (+) F
H 2N R7 X8 N
MIC
R1 F
groupe
encombré
Gram (+) N
if X8 = C
naphthyridone
Cl, F halogène MIC
O-CH3 methoxy
RSA – fluoroquinolones anti-anaérobes
R5 O
F COOH
F
R7 X8 N
R1 F
bulky group
N Si X8 = C
naphthyridone O-CH3 methoxy
11
fluoroquinolones "1ère génération"
1960 1970 1980
t1/2 activité
• Acide Nalidixique • Norfloxacine 3-4 h ++
• acide oxolinique • Pefloxacine 11 h +
• Cinoxacine • Ofloxacine 6h ++
• acide pipemidique • Ciprofloxacine anti Gram (-) 3-4 h +++
• Fleroxacine
• Rufloxacine

norfloxacine ciprofloxacine
O O O O
F F
OH OH
N N N N
HN HN
piperazine
cyclopropyl
pefloxacine ofloxacine
O O O O
F F
OH OH
N N N N
N N O
methylpipérazine morpholine
12
De l'ofloxacine vers la levofloxacine...
L'ofloxacine est un mélange racémique
O O
F
OH N
N N
H La levofloxacine est
L'isomère S (-)
N O O
CH3
La forme active est l'isomère S (-)
1960 1970 1980
t1/2 activité
• Acide Nalidixique • Norfloxacine 3-4 h ++
• acide oxolinique • Pefloxacine 11 h +
• Cinoxacine • Ofloxacine 6h ++
• acide pipemidique • Ciprofloxacine anti Gram (-) 3-4 h +++
• Fleroxacine
• Rufloxacine
• Levofloxacine 6h ++++
2 X plus actif / gramme

que l'ofloxacine
13
Fluoroquinolones de 2ème génération
1960 1970 1980 1990 2000
• Temafloxacine • anti Gram (-)

• Sparfloxacine
• Grepafloxacine • anti Gram (+)
• Gatifloxacine
anti-anaerobe

sparfloxacine grepafloxacine
NH2 O O CH3 O O
F F
OH OH
N N N N
HN F HN
gatifloxacine O O temafloxacine O O
F F
OH OH
N N N N
HN O HN F
methoxy difluorophényl
F
14
1960 1970 1980 1990 2000
• Clinafloxacine
• Trovafloxacine anti-Gram (-)
anti-Gram (+)
• Moxifloxacine
anti-anaerobe
• Gemifloxacine

clinafloxacine moxifloxacine
O O O O
F F
OH OH
H H
N
H2N N N
N N
Cl O
trovafloxacine gemifloxacine
O O O O
F F
OH O OH
H
N
N N N N N N
H2N
F H2N
H
F
15
Quelle molécule pour quelle bactérie ?
moxi
>>
levo = 2x oflo ~ cipro
>
norflo
cipro
>>
levo = 2x oflo
~
norflo moxi
Points critiques pharmacodynamiques
Dose élevée pour éviter la sélection de résistance

AUC / CMI > 125; Pic / CMI > 10
Changement Exposition
de CMI à de faibles doses:
après 72 h sélection
d’exposition de résistance
pas d’activité, plus de bactéries,

pas de résistance pas de résistance
Firsov et al, AAC (2003) 47:1604-13

16
Principaux effets secondaires (1/2)
• génotoxicité CI femme enceinte
• phototoxicité / rash
Soleil !
• inconfort digestif ; risque de diarrhée

• toxicité rénale (cristallurie)
CI enfant
• toxicité pour les cartilages et les tendons
Sportifs !
Ê si corticoïdes
achilles tendon cibles de la toxicité

flexor digitorum longus
posterior tibial tendon des quinolones
tibialis anterior
Principaux effets secondaires (2/2)
toxicité pour le système nerveux

• central: confusion, hallucination, épilepsie Ê si AINS
• périphérique: neuropathies
• toxicité cardiaque:
Interactions
prologation de l’intervalle QTc médicamenteuses !
17
Principales interactions médicamenteuses
• formation de complexes avec les cations bi ou trivalents

Nombreux compléments alimentaires ou médicaments OTC
espacer les prises
A. Cipro 750 mg
B. + 850 mg CaCO3
C. + 600 mg Al(OH)3
Frost et al AAC (1992) 36:830-2


espacer les prises
Les sels cachés ….. sucralfate
18

espacer les prises
• inhibition CYP1A2
Théophylline
• risque d'hémorragie avec anticoagulants oraux (effet sur la flore)

• augmentation des effets secondaires
en association avec d’autres médicaments
- prologation de l’intervalle QTc
- dysglycémie (gatifloxacine!) avec hypoglycémiants
- toxicité nerveuse avec AINS
- tendinopathies avec corticoïdes
Médicaments qui augmentent

le risque de torsade de pointe
Balardinelli et al, TIPS (2003) 24:619-625

19
RSA ~ effets secondaires
R
R
N N
génotoxicité Ca++, Al+++, Fe++:
HN complexation;
HN
R chondrotoxicité
Liaison au R
Pénétration
Récepteur GABA R5 O
CNS
F COO-
Subst.
peu encombré : Subst.
R7 X8 N encombré :
Ê Inhibition P450
R1 Ê Inhibition P450
Halogène :
phototoxicité
génotoxicité Subst. peu encombré ;
sparflo naphthyridone :
clina Ê Inhibition P450
Effets secondaires ayant mené à un retrait du marché
Pourquoi ?
Effets secondaires fréquents

Molécules à meilleur indice thérapeutique disponibles
Effets secondaires rares mais graves (< 0.01 % des patients)
Nb de patients moyen enrôlé dans les études cliniques I / II / III:
quelques centaines – milliers …
20
Effets secondaires ayant mené à un retrait du marché
pefloxacine chondrotoxicité: 14 %
tendinites: 2.8 %
sparfloxacine rash : >10 %
grepafloxacine troubles digestifs > 10 %
polongation intervalle QTc > 10 msec
gatifloxacine hypoglycémies
temafloxacine hémolyse < 0.02 %

clinafloxacine rash : 4 %
hypoglycémies
trovafloxacine toxicité hépatique 0.006%
Holt & Ju AAPS Journal. 2006; 8(1): E48-E54
Propriétés pharmacocinétiques
• Absorption bonne biodisponibilité orale

Interaction
MAIS fomation de complexes
avec aliments
non résorbés avec les ions-tri bivalents et médicaments
• Distribution distribution large, pénétration dans le SNC effets secondaires
accumulation cellulaire indications intracell.
fixation aux cartilages effets secondaires
• Elimination élimination essentiellement rénale effets secondaires

indic. urinaires
métabolisme hépatique partiel Interactions médic.
via CYP450
t 1/2 variable selon la molécule administration 1-3X/jour
21
RSA ~ propriétés pharmacocinétiques
R5 O
Subst. encombré :
F COOH
Ê t1/2
Ê Pénétration SNC
R7 X N
8
R1
Ê Vd
Naphthyridone :
Ê biodisponibilité
RSA ~ propriétés pharmacocinétiques
t 1/2 (h) nb.admin/jour

oflo / lévo 5-7 2 x*
N
N
peflo 10 2 x*
H3C
flero 9 - 13 1x
H3C
N grepa 10 - 12 1x
N
HN gati 13 1x
N
H3CO
H2N CH2
gemi 8 1x
trova 10 1x
H
N moxi 12 1x
N
H3N+ HN
H
autres FQ 3-6 2x
* Si CMI élevées...
22
Indications des fluoroquinones pour un usage raisonné
cipro
Molécules de 1ère génération: infections à Gram(-)
>>
levo = 2x oflo
• infections urinaires ~
• infections à Pseudomonas norflo moxi
• infections intracellulaires à germes sensibles
(Legionella, Chlamydia, Salmonella)
• maladies sexuellement transmissibles
• infections des voies digestives
usage à éviter
- en raison de la réabsorption de l'antibiotique qui réduit la concentration
dans le tube digestif et favorise l'émergence de résistances;
- du large spectre qui induit des modifications de flore
• prophylaxie
- de la méningite à méningocoque
- de la chirurgie transuréthrale
- des infections chez les neutropéniques.
Indications des fluoroquinones pour un usage raisonné

moxi
Molécules de 2-3ème génération: infections à Gram(+)
>>
levo =
2x oflo ~ cipro
>
• infections respiratoires à S. pneumoniae

limiter l’usage norflo
- aux infections des voies respiratoires basses
- aux patients allergiques aux β-lactames
- en cas de suspicion de co-infection par des intracellulaires
- aux patients chez lesquels un effet bactéricide rapide est souhaité
• infections de la peau et des tissus mous

attention, les MRSA sont souvents résistants …
alternative utile si infection polymicrobienne
23
Démonstration clinique de l’efficacité
co-amoxiclav (1.2 g)
administered by i.v. infusion 3x/day followed by moxifloxacin (400 mg)
oral co-amoxiclav (625 mg) 3x/day, given intravenously (i.v.) once daily
+/- clarithromycin (500 mg) 2X/day (i.v. or p.o.), followed by oral moxifloxacin (400 mg)
for 7 to 14 days for 7 to 14 days
ITT: Intent-to-Treat: tous les patients randomisés

PP: Per Protocol: patients ayant terminé l’étude Finch et al. AAC (2002) 46:1746-54.
des exemples d’ordonnance ….
58 ans
Antécédents connus:
Dr A. Dupont
hypertension, hypercholestérolémie, diabète type II,
reflux gastro-oesophagien
Madame C.B.
R/ ofloxacine Infection urinaire

dt 1 bte co 200 mg Æ demi-vie courte, 2X/jour
S/ 1 co 2x / jour Æ faible dose car concentration élevée dans urine
Persistance des symptômes après 10 jours ??
Dr A. Dupont
Av. Mounier 1 Médicament en vente libre pris
1200 Bruxelles 02/12/2008
02/771.00.00 de sa propre initiative …
OM 3456
02/12/2008
24
des exemples d’ordonnance ….
70 ans
Antécédents connus:
Dr A. Dupont hypertension, bronchiteux chronique
Monsieur B.C.
R/ levofloxacine Exacerbation de bronchite ?

dt 1 bte co 500 mg
S/ 1 co / jour pdt 10 jours
Risques d’interactions ?
corticoïdes
de façon régulière ?
Dr A. Dupont
Av. Mounier 1
1200 Bruxelles 02/12/2008
02/771.00.00
OM 3456
02/12/2008
Risque d'effet secondaire accru ?
25
ANSAMYCINES
La rifampicine
Découverte de la rifampicine au début des années 60’ par CIBA et Lepetit
Ce médicament a révolutionné
le traitement de la tuberculose,
ce qui a valu le “ Prix Galien for Pharmaceutica”
à ses découvreurs
26
Cible pharmacologique: ARN polymérase
Enzyme formée de 5 sous-unités:

• αI αII – nécessaires à la liaison de l’ADN et à l’assemblage
• β β′ - nécessaires à la liaison de l’ADN et à la catalyse.
• ω – stabilise la liaison de β′
• σ – forme l’holoenzyme.
Inhibition de l’ARN polymérase par la rifampicine

La rifampicine se lie à la sous-unité β Æblocage
• de l’initiation ou
• de la sortie du tunnel empêchant la sortie de l’ARN en croissance
Brin « template »
de l’ADN
http://www.pingrysmartteam.com/rifampicin/rifampicin.htm
27
Spectre d’activité et indications
spectre :
• Gram (+)
• Certains Gram(-) :
N. gonorrhoeae, N. meningitidis et Legionella pneumophila
• Mycobacterium tuberculosis
Indications :
• tuberculose, en association
• prophylaxie de la méningite à Haemophilus influenzae et à méningocoques
• infections de l’os multirésistantes (en association)
Limitations sévères à son usage …
Résistance très fréquente :

Mutation de l’ARN polymérase : 1/106
Tout foyer infectieux contient > 106 bactéries
→ Toujours utiliser en association avec d’autres antibiotiques
Toxicité hépatique et interactions médicamenteuses :

puissant inducteur du métabolisme hépatique
→ Réduction de l’efficacité de nb médicaments
(contraceptifs oraux!)
Effets secondaires :
coloration en rouge des urines et des larmes
28

06 Acidesnucleiques

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ANTIBIOTIQUES ACTIFS SUR

Enseignant : F. Van Bambeke

FARM2233 – année 2011-2012

25/09/2011 06: Acides nucléiques 1

25/09/2011 06: Acides nucléiques 2

Gram (-) Gram (+)

25/09/2011 06: Acides nucléiques 3

Cibles des fluoroquinolones: les gyrases

25/09/2011 06: Acides nucléiques 4

Cabral et al., Nature, 1997 Shen, in Quinolone Antimicrobial Agents, 1993

Pharmacophore des fluoroquinolones

DNA gyrase Topo

Gram (-) Gram (+)

25/09/2011 06: Acides nucléiques 7

2. mutation des cibles

DNA gyrase Topo

Gram (-) Gram (+)

25/09/2011 06: Acides nucléiques 8

DNA gyrase Topo

Gram (-) Gram (+)

25/09/2011 06: Acides nucléiques 9

DNA gyrase Topo

Gram (-) Gram (+)

25/09/2011 06: Acides nucléiques 10

DNA gyrase Topo

Gram (-) Gram (+)

25/09/2011 06: Acides nucléiques 12

variant d’un gène codant pour une aminoglycoside acetyltransferase AAC(6')-Ib.

Ribicsek et al, Nature Medicine (2005) 12: 83 - 88

Relations structure – activité

25/09/2011 06: Acides nucléiques 14

25/09/2011 06: Acides nucléiques 15

a • caractères typiques des

* Belg. pat. 612,258 to Sterling Drugs, 1962

25/09/2011 06: Acides nucléiques 16

De l'acide nalidixique vers les premières fluoroquinolones

25/09/2011 06: Acides nucléiques 18

1960 1970 1980 1990 2000

25/09/2011 06: Acides nucléiques 19

RSA – fluoroquinolones anti Gram(-)

Gram (-) NH2

25/09/2011 06: Acides nucléiques 20

Gram (+) CH3

25/09/2011 06: Acides nucléiques 21

RSA – fluoroquinolones anti-anaérobes

25/09/2011 06: Acides nucléiques 22

1960 1970 1980

25/09/2011 06: Acides nucléiques 23

fluoroquinolones "1ère génération"

L'ofloxacine est un mélange racémique

La forme active est l'isomère S (-)

25/09/2011 06: Acides nucléiques 25

fluoroquinolones "1ère génération"

1960 1970 1980

2 X plus actif / gramme

25/09/2011 06: Acides nucléiques 26

1960 1970 1980 1990 2000

• Temafloxacine • anti Gram (-)

25/09/2011 06: Acides nucléiques 27

Fluoroquinolones de 2ème génération

1960 1970 1980 1990 2000

25/09/2011 06: Acides nucléiques 29

Fluoroquinolones de 3ème génération