Université Mohamed El-Bachir El-Ibrahimi de BBA

Faculté SNV-STU
Département des sciences biologiques
Matière : Bioinformatique
Niveau : 1ère Année Master
Spécialité : Microbiologie Appliquée

TP : Les banques de données biologiques

Il existe plusieurs entrées dans les bases de données, mais certains sites (portails) servent d'interface vers
toutes les principales bases de données.

Les objectifs du TP :

- Être capable de retrouver une séquence dont on connait le numéro d'accession dans sa banque ;
- Savoir comment s'organisent les fiches des séquences, et où y chercher les informations ;
- Être capable de trouver une ou des séquences à l'aide de mots clés ciblant des champs spécifiques ;
- Naviguer entre les banques, changer de format, télécharger des séquences.

Exercices :

1/ Consulter une base de données pour trouver une séquence

▪ Rechercher le gène de la "green fluorescent protein" de la méduse "Aequorea victoria"

2/ Aller sur le site d' UniProt : chercher la séquence P01308.

▪ De quelle protéine s'agit-il ? chez quel organisme ?

▪ Quelle est la taille de cette séquence ?
▪ Combien y a-t-il de variant pour cette protéine ?

3/ Sur le site du NCBI : chercher (via ENTREZ) la même séquence que dans l’exercice précèdent.

▪ Quels sont les résultats ?

▪ Cliquer sur Protein : dans quel format est présenté la séquence ?

4/ Allez sur le moteur de recherche google est glisser l’adresse de EMBL

▪ Rechercher la séquence d’ARNm qui code pour "Alkalin phosphatase" chez l’être humain
▪ Cliquer sur "Nucleotide" : Combien y a-t-il de séquences ?
▪ Quelle entrée choisir ? dans quel format est présenté la séquence ?
▪ Télécharger la séquence au format EMBL dans un fichier texte.
▪ Refaire le même travail pour la "Tyrosinase" des plantes.
▪ Il s’agit de vous informer sur la structure primaire d’une enzyme clé de la photosynthèse : "Rubisco".

5/ Allez sur le moteur de recherche google est glisser l’adresse de Genbank

▪ Rechercher la structure primaire du gène "LacZ beta-D-galactosidase" : qui entre dans le processus de
la régulation du métabolisme de la molécule de lactose chez Escherichia coli souche K-12, forme MG1655
▪ Refaire le même travail sur le gène " lacY lactose permease " et le gène " lacA galactoside O-
acetyltransferase"

6/ Allez sur le site Bioinformatics, ensuite sur la l’onglet "Online analysis tools", et cliquer sur "SMS2"

▪ Convertir les séquences obtenues dans (4) du format EMBL au format FASTA, ensuite enregistrer les
résultats sur bloc-notes.exe
Chargé de la matière : M. AMARA KORBA R. 1
▪ Vous pouvez aussi utiliser "Sequenceconverter"
7/ Dans cette dernière partie du TP :
▪ Vous allez rechercher et télécharger les séquences protéiques de la myoglobine pour 10 espèces de
mammifères différents de votre choix et les conserver pour un TP ultérieur.

Instructions pour rédiger le compte-rendu :

A l’issue du TP, vous devrez rendre un compte-rendu rapportant les différentes manipulations que vous
aurez effectuées. Vous devrez présenter dans ce compte-rendu :

1. Introduction et objectifs
2. Les méthodes utilisées ;
3. Les résultats obtenus ;
4. Les conclusions (qu’a-t-on appris sur les bases de données ?) et méthodologiques (quelles sont les
limitations de la méthode employée ?) que vous en tirez.
5. Les références bibliographiques
6. Annexes (facultatifs)

▪ Ce TP vous propose de mettre votre valeur ajoutée, pour lequel vous aurez fait quelques recherches.
▪ Le compte-rendu ne doit pas dépasser 8 pages.
▪ Il sera produit avec le logiciel de traitement de texte de votre choix – les comptes-rendus manuels sont
interdits.
▪ Le compte rendu doit être fait en individuel ou bien en binôme ;
▪ Vous le convertirez impérativement au format PDF,
▪ Envoyé compte rendu par e-mail sur cette adresse : raouf.amarakorba@univ-bba.dz.

Chargé de la matière : M. AMARA KORBA R. 2