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LES INTERFACES PHYSIQUE-


CHIMIE-BIOLOGIE

Jacques BARBET Ce rapport de prospective est en grande


partie une compilation de divers documents.
Nous nous sommes permis parfois de
Sylvain Blanquet reprendre littéralement ces textes et d’autres
Vincent Breton fois de les raccourcir ou de les combiner. Nous
Didier Chatenay
ne pensons pas ainsi avoir trahi la pensée des
auteurs même si le procédé peut sembler
Vincent Croquette
cavalier : paraphraser pour ne pas avoir l’air
François Guyot
de copier n’aurait pas été plus honnête et une
Éric Karsenti re-rédaction complète était impossible compte
Jean-Pierre Lefebvre tenu de la charge de travail de chacun et des
Alain Pocheau délais impartis.
Isabelle Rico-Lattes Notre objectif a été de mettre en avant
Jean Pierre Samama ce que le travail aux interfaces entre physique
François Raulin chimie et biologie apportera, dans la mesure
où nous aurons été capable d’anticiper, aux
Sciences de la Vie, considérées de façon géné-
rale du fondamental à l’appliqué, de la molécule
du vivant au médical. Nous n’avons donc pas
cherché à aborder toutes les questions posées
par le vivant et nous n’avons pas non plus
considéré l’interface physique-chimie quand
elle ne concernait pas au moins les molécules
du vivant. Enfin, nous n’avons pas prétention
à l’exhaustivité ni à la prescience.
Parmi les documents que nous avons
pillés, nous pouvons citer les Rapports de
Conjoncture des sections suivantes :
– section 5 (Matière Condensée – Orga-
nisation et Dynamique) ;

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RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

– section 8 (Électronique, semiconduc- doit concerner la détermination des niveaux


teurs – Photonique – Génie électrique) ; d’expression de gènes dans les environnements
naturels ou anthropisés.
– section 9 (Mécanique, Génie des Maté-
riaux, Acoustique) ; Au-delà des séquences codantes elles-
– section 10 (Énergie – Mécanique mêmes, des informations sont écrites dans
des milieux fluides et réactifs – Génie des l’ADN qui régissent la réplication, la trans-
procédés) ; cription et l’empaquetage. Mathématiques, infor-
matique et analyses structurales sont à l’œuvre
– section 16 (Molécules : Synthèse et Pro- pour décrypter d’autres codes plus cachés.
priétés) ;
La diversité de la chimie de la vie ne se
– section 17 (Molécules, Structures et Inter- réduit pas non plus à l’ensemble des gènes.
actions) ; Notre connaissance de l’identité des compo-
– section 20 (Biomolécules : Structure et sants du vivant, de leur structure, de leurs inte-
Mécanismes d’Action) ; ractions est loin d’être exhaustive. La recherche
sera guidée par le plan général inscrit dans
– section 21 (Biomolécules : relations le génome et accélérée par les progrès des
structure-fonction) ; moyens d’analyse physiques et chimiques.
– section 22 (Thérapeutique et Médi- Le message contenu dans l’ADN n’a pas
caments) ; non plus de sens sans la cellule qui l’entoure
– section 24 (Biologie Cellulaire, Virus et et le mélange de tous les constituants ne fait
Parasites) ; pas la vie. Les sciences du vivant entrent
dans le domaine de la physique des systèmes
– section 25 (Interactions cellulaires) ; complexes et des processus hors équilibre.
– section 30 (Diversité biologique, popu- L’organisation, la réplication, la régulation, la
lations, écosystèmes et évolution). signalisation, le comportement des molécules
dans leur contexte, la cellule, de même que la
La chimie de la vie pose de nombreux morphogenèse, résultat d’événements et d’in-
problèmes fondamentaux qui vont de l’ori- teractions cellulaires complexes qui génèrent
gine des molécules de la vie à la nature de des formes macroscopiques reproductibles et
la cohérence des systèmes vivants. Pour dynamiques, reposent sur une combinatoire
répondre au premier point, les méthodes quantitative, qualitative et dynamique de
permettant la recherche, l’identification et ces composants. Ce comportement et ces
la visualisation de molécules organiques formes réalisent un état stationnaire mais
dans les objets terrestres très anciens ou les rarement un équilibre thermodynamique.
échantillons extra-terrestres devraient faire Plus largement, ce flux d’information s’inscrit
l’objet de développements soutenus. D’autre dans un environnement, lui-même système
part, cinquante ans après la découverte de la complexe hors équilibre. Pour aborder ces
double hélice, on dispose d’un nombre de questions, de nouveaux concepts et de
plus en plus important de génomes entière- nouvelles méthodes d’analyse des propriétés
ment séquencés. Pourtant cette quête n’est physiques collectives des composants sont
pas terminée, et cet effort doit inclure la nécessaires. Ces concepts et ces méthodes
détermination des méta génomes à diffé- demandent des outils d’analyse : microscopie
rentes échelles, le séquençage et l’étude de (optique, électronique, champ proche, etc.),
l’expression des gènes au niveau des indi- imagerie (rayons X, neutrons, résonance
vidus ou de cellules isolées (tumeurs par magnétique (IRM), tomographie d’émission
exemple) : les techniques doivent encore mono photonique (TEMP) ou d’émission
progresser pour appréhender véritablement de positons (TEP)), traceurs (fluorescence,
le polymorphisme. Un autre effort important radioactivité, etc.), modélisation.

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1 – LES INTERFACES CHIMIE-PHYSIQUE-BIOLOGIE

Enfin, cette nouvelle connaissance ouvrira par les forces et les couples non seulement
de formidables perspectives d’applications, dans la détermination des structures adoptées
elles aussi largement interdisciplinaires, ne par l’ADN, mais aussi dans les mécanismes
serait-ce que dans la prévention et le traitement d’action des enzymes en intégrant le caractère
des maladies, ou la détection des organismes stochastique des phénomènes. Ces expériences
ou molécules pathogènes dans des environne- ont déjà apporté de nombreux enseignements,
ments variés. mais il y a encore beaucoup à apprendre et
ce domaine est appelé à se développer large-
ment. Cette activité expérimentale est utilement
complétée par des analyses théoriques fondées
sur l’utilisation de la mécanique statistique
(systèmes élastiques, transition de désancrage).
1 – DOMAINES ÉMERGENTS Un des développements naturels de cette acti-
vité devrait concerner des systèmes mettant
en jeu un nombre de molécules comparable à
1.1 LA MANIPULATION celui trouvé dans le vivant.
DE MOLÉCULES UNIQUES Les microscopies en champ proche utilisées
en mode spectroscopique ont rejoint les tech-
niques précédemment mises en œuvre où les
Il est dorénavant possible d’imager, molécules étudiées, dispersées dans une matrice,
identifier, déplacer, « allumer », suivre ou étaient sélectionnées par un laser. La spectros-
piéger des molécules individuelles, grâce au copie vibrationnelle résolue d’une molécule
développement de la microscopie confocale, unique paraît réalisable. Les mesures électroni-
des techniques d’optique en champ proche ques sur biomolécules se développent également.
couplées à des impulsions femtosecondes, de Un des buts pourrait être d’étudier l’hybridation
la microscopie tunnel ou de la microscopie des molécules d’ADN sans devoir recourir à l’in-
de forces atomiques. Il devrait être possible corporation de fluorophores dans l’ADN.
de visualiser les interactions spécifiques entre
deux molécules ou entre une molécule et un Un corollaire très utile aux études sur les
substrat, de suivre des réactions chimiques au systèmes biologiques est fourni par la conce-
niveau de la molécule unique ou d’étudier les ption et la réalisation de systèmes simplifiés
changements de conformation de macromo- isolant une ou plusieurs caractéristiques dont on
lécules individuelles (polymères, protéines, veut atteindre une compréhension quantitative
acides nucléiques) par spectroscopie de pola- comparable à celle que l’on peut acquérir en
risation de fluorescence. physique de la matière molle. Depuis long-
temps par exemple, la communauté a travaillé
On dispose à l’heure actuelle d’un certain sur la physique et la physicochimie des vésicules
nombre de techniques de manipulations (billes phospholipidiques. Ces études se poursuivent
magnétiques, pinces optiques) qui permettent par l’introduction de diverses extensions hors
d’étudier certaines molécules biologiques au d’équilibre, l’étude des propriétés d’adhésion
niveau de la molécule unique ; parmi les dans des situations se rapprochant de celles
molécules étudiées, on peut citer l’ADN et du vivant, l’étude des interactions cytosque-
les diverses protéines qui y sont associées lette-membrane, cytosquelette – membrane –
(ARN polymérase, topo-isomérase, etc.), les moteurs. Les mécanismes de la motilité peuvent
moteurs moléculaires linéaires et rotatifs, les aussi s’aborder de manière biomimétique. Cette
protéines de condensation agissant sur l’ADN, approche permet une compréhension plus
les protéines impliquées dans les mécanismes détaillée que par l’étude directe du vivant, car
d’adhésion cellulaire, etc. Ces expériences, elle permet de faire varier les paramètres dans
d’une grande beauté et techniquement très des gammes plus étendues qu’in vivo, tout en
élaborées, permettent d’atteindre les rôles joués permettant une analyse quantitative.

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RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

1.2 LA PHYSIQUE (noyau/cytoplasme), irradier certaines cellules


et vérifier la réponse de cellules voisines et
À L’ÉCHELLE CELLULAIRE
traiter suffisamment de cellules pour mettre en
évidence des effets n’apparaissant que sur une
cellule irradiée sur mille.
La physique de la cellule met en jeu,
dans de nombreux cas, des échelles de À l’échelle multicellulaire, parmi les
longueur et de temps qui sont typiquement problèmes importants qui semblent mûrs pour
celles de la matière molle et de la nano- une approche physique ou physicochimique,
physique. En conséquence, les concepts citons l’organisation et le fonctionnement de
d’auto-organisation, et de transition thermo- populations neuronales, le développement
dynamique s’avèrent être des outils concep- embryonnaire, la régénération et la différen-
tuels importants. Au plan méthodologique, tiation tissulaire (avec en particulier le rôle des
l’introduction des protéines chimères (green contraintes mécaniques), la morphogenèse de
fluorescent protein (GFP) et leurs sembla- systèmes simples comme l’hydre.
bles), d’alternatives comme les nanocristaux
(quantum dots), l’introduction de nouvelles
microscopies (comme la microscopie multi-
photonique, la microscopie fondée sur le
transfert résonant de fluorescence, sur la 1.3 BIOTECHNOLOGIE, GÉNOMIQUE
corrélation de fluorescence) et la modélisation, ET PROTÉOMIQUE
associées aux déjà traditionnelles chambres de
flux, ouvrent la voie aux études quantitatives
de la dynamique cellulaire. C’est un domaine Puces à ADN et transcriptome
de choix pour l’interaction physique-biologie
car la réalisation des expériences nécessite
Les biologistes se sont rapidement appro-
une connaissance simultanée et approfondie
priés les puces à ADN et l’étude du transcrip-
de la biologie cellulaire, de la physique des
tome est déjà intégrée dans les outils de base
milieux condensés et de l’optique. L’adhésion,
de la biologie moléculaire grâce aux actions
la signalisation, le transport, la mitose, la motilité
incitatives et au réseau des Génopoles. Il reste
cellulaire, la transduction des signaux sont des
que le succès de l’utilisation des « biochips »
exemples de domaines où les interactions entre
dépend fortement de la maîtrise de la physi-
physicochimie et biologie apporteront beaucoup
cochimie du greffage des brins d’ADN ou
et produisent déjà des résultats nouveaux.
des protéines. C’est dans ce domaine que
L’interaction de particules chargées de l’approche interdisciplinaire a encore un
basse énergie avec le milieu vivant joue un rôle très grand rôle car des progrès restent à
prépondérant dans de nombreux domaines : faire dans ce domaine de la physicochimie
exposition aux rayonnements naturels (radon), colloïdale et de la matière molle permettant
exposition professionnelle, cancérogenèse, d’aborder la conception et la réalisation de
thérapie anticancéreuse par particules chargées nouveaux procédés utilisables en génomique,
(proton-thérapie, etc.). Comprendre comment en protéomique, en séparation. Il y a là une
de telles radiations agissent, notamment lors carte importante à jouer. Les nano- et micro-
de l’exposition à de très faibles doses, reste technologies, en particulier dans le domaine
un enjeu majeur passant par des études à de la microfluidique, sont appelées à jouer un
l’échelle cellulaire. Une approche expérimen- grand rôle à l’interface physicochimie-biologie.
tale récente consistant à utiliser un micro- Pour l’instant, les analyses génomiques ont été
faisceau d’ions va permettre de contrôler le laissées en grande partie aux mathématiciens :
nombre exact de particules délivrées par cellule la physique statistique commence à s’intéresser
(jusqu’à un ion/cellule), prédéterminer le point au sujet et est susceptible d’apporter un éclai-
d’impact avec une précision de l’ordre du µm rage nouveau.

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1 – LES INTERFACES CHIMIE-PHYSIQUE-BIOLOGIE

Sciences des protéines réacteur. Grâce au développement ad hoc


de logiciels d’acquisition et de traitement
Les pays à haut potentiel scientifique et de données, une optimisation multi-critères
industriel produisent des efforts considérables et une supervision intelligente des procédés
pour le développement de la protéomique. pourront être atteintes.
Après la révolution génomique, la communauté
internationale s’organise autour du protéome
pour répondre à l’explosion des données de
Systèmes miniaturisés pour
séquences nucléotidiques, à l’arrivée massive
la protéomique, puces à protéines
de connaissances sur la structure 3D des
protéines et à l’introduction de nouvelles
technologies. L’interdisciplinarité est un atout Une miniaturisation des techniques
majeur pour réussir cette nécessaire évolution protéomiques est indispensable pour réduire
et répondre aux enjeux économiques. la taille des échantillons et les temps de
prélèvement et de manipulation. Ce besoin
de miniaturisation conduit à l’invention de
puces à protéines permettant d’analyser, grâce
Analyse protéomique à « haut débit » à la mise en œuvre d’un ensemble souvent
important de réactions biochimiques, les inter-
La protéomique est applicable à l’analyse actions protéine-protéine ou protéine-ligand.
de l’expression des gènes, à la mise en évidence Le choix et le développement des systèmes de
des complexes multimoléculaires, à l’étude de puces à protéines, à usage unique ou multiple,
fractions subcellulaires, à l’identification de impliquent la juxtaposition de compétences
protéines nouvelles ou de cibles potentielles de multidisciplinaires allant de la microphysique
ligands d’intérêt pharmacologique, à la caracté- à la biochimie. Parmi les difficultés les plus
risation des modifications post-traductionnelles évidentes, on peut citer la maîtrise des trai-
des protéines, à la recherche des origines ou tements de surface et celle des matériaux,
des conséquences d’une pathologie. Grâce qui doivent être compatibles avec à la fois
à la comparaison d’échantillons protéiques la technologie mise en œuvre et des champs
complexes, analysés à des sensibilités suffi- d’utilisation requérant ou non une préservation
samment élevées, les réponses cellulaires ou de la fonctionnalité des protéines.
physiologiques sont susceptibles de devenir
accessibles dans leur globalité. L’efficacité de
ce type de comparaison dépend de l’échelle et
de la vitesse d’exécution des analyses. Production, contrôle de qualité
et cristallisation des protéines
membranaires

Protéomique appliquée Les protéines membranaires participent à


aux procédés biotechnologiques de nombreuses voies de transduction du signal
et sont la cible de nombreux médicaments. Une
L’analyse protéomique peut contribuer meilleure connaissance des relations structure-
à la maîtrise des cultures cellulaires. Ces fonction des systèmes protéiques membra-
cultures se singularisent par des concen- naires est indispensable à la compréhension
trations élevées de cellules dans un contexte du fonctionnement de la cellule et permettrait
contraignant et contrôlé. L’adaptation des la conception rationnelle de médicaments opti-
outils de la protéomique permettra d’amé- misés. Malheureusement, les études structurales
liorer le suivi dynamique des cultures en des protéines membranaires bloquent souvent
fonction de paramètres variés, et d’accéder sur l’une ou l’autre des deux étapes suivantes :
à une modélisation des procédés intégrant la surproduction de ces protéines sous forme
toutes les échelles, de la molécule jusqu’au fonctionnelle, et leur cristallisation. Le taux de

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RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

réussite dans la caractérisation 3D des protéines la réactivité cellulaire. Pour dépeindre ces inter-
membranaires devrait bénéficier des méthodes actions et comprendre la réactivité associée, il est
et des environnements développés sur les indispensable de s’intéresser aux structures 3D et
plates-formes de génomique structurale. aux propriétés physico-chimiques des protéines
prises individuellement ou engagées dans des
complexes supramoléculaires. Parmi les objectifs
importants en sciences des protéines, peut être
Ingénierie combinatoire des protéines mentionnée la prédiction du repliement, de la
L’approche combinatoire du remodelage spécificité et de la réactivité des protéines et de
de protéines par voie génétique, couplée à leurs amarrages mutuels. Ces prédictions peuvent
des techniques de sélection et de criblage à s’appuyer sur des modélisations par homologie à
haut débit, ouvre aujourd’hui des perspectives grande échelle (haut débit) ou des simulations,
considérables. Cette approche permet, en effet, en intégrant les données protéiques déduites de
de générer artificiellement une extraordinaire bases génomiques. Ce problème peut être abordé
biodiversité et de faire évoluer, quasiment à comme un problème original, et délicat, de
volonté, les propriétés d’une protéine : activité, physique statistique présentant des interactions
spécificité, affinité, stabilité, solubilité, etc. à longue portée.

Des résultats marquants ont d’ores et déjà


été obtenus, notamment au niveau de l’évolu-
tion moléculaire dirigée d’enzymes et d’anticorps. Protéomique appliquée
Cependant, pour être efficaces et largement au médicament
accessibles, les méthodes existantes doivent être
perfectionnées. Les banques de séquences initiales L’approche ici est d’utiliser les avan-
doivent permettre un tri plus efficace. Les amélio- cées de la post-génomique (puces à ADN,
rations envisageables concernent la conception et profils protéiques différentiels, animaux trans-
la modélisation de nouvelles méthodes de recom- géniques) pour définir de nouvelles cibles
binaison, les outils de cartographie des banques, pharmacologiques. De nouveaux candidats
les techniques d’égalisation. Sont également à médicaments sont proposés par le screening
considérer les stratégies d’évolution in vitro de à haut débit de chimiothèques. La génomique
fonctions complexes (ingénierie de voies métabo- fonctionnelle et la protéomique seront de plus
liques) et les méthodes de tri des variants obtenus, en plus intégrées au criblage pharmacologique
en recherchant, en particulier, une miniaturisation et toxicologique et nécessiteront des automates
et une transposition à haut débit des techniques. de plus en plus perfectionnés pour offrir des
Ce passage obligé doit déboucher, au plan fonda- tests sensibles et pertinents. Les progrès de l’en-
mental, sur une approche renouvelée de l’étude semble du domaine des sciences du vivant, et
des relations structure-fonction des protéines, et, particulièrement ceux qui sont réalisés dans le
au plan appliqué, sur la sélection de nouveaux domaine de la modélisation, vont entraîner un
produits performants (biocatalyseurs pour condi- retour en force du « drug design ». La vectori-
tions extrêmes, anticorps pour le diagnostic et la sation et les nanotechnologies seront utilisées
thérapie, biocapteurs, transporteurs, récepteurs, pour délivrer ces nouveaux médicaments.
effecteurs, etc.).

Prédiction des propriétés structurales 1.4 BIOLOGIE IN SILICO


et fonctionnelles des protéines

Au sein du protéome, les interactions Les données biologiques ont des coûts
protéine-protéine ou protéine-effecteur contrô- d’acquisition élevés et la plus-value (scien-
lent une grande partie du flux d’information et de tifique et financière) vient de leur mise en

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1 – LES INTERFACES CHIMIE-PHYSIQUE-BIOLOGIE

interaction avec les autres connaissances du 1.5 LES NOUVEAUX DÉTECTEURS


domaine. Des approches bioinformatiques
permettent de générer massivement des liens
entre les connaissances pour une expérimenta- Matériaux
tion in silico. Dès lors, il devient indispensable et nanomatériaux moléculaires
de disposer de moyens informatiques ultra
performants pour archiver, gérer et utiliser
Le développement rapide des systèmes de
dans une démarche expérimentale efficace
télécommunications suscite un regain d’intérêt
ces données biologiques, avec des exigences
pour les matériaux photo actifs, principalement
fortes de traçabilité et de sécurité.
organiques. L’exemple des diodes luminescentes
organiques en passe de remplacer les écrans plats
cristaux liquides mérite d’être cit ainsi que celui
Le développement des techniques de des photochromes pour les applications en enre-
séquençage d’ADN, les séquençages massifs des gistrement optique et des photopolymères pour
génomes entiers des organismes provoquent un la micro(nano)stéréolithographie. Les années à
véritable déluge d’informations. Le nombre de venir devraient voir également se développer les
séquences croît de façon exponentielle, avec un matériaux multifonctions à propriétés couplées,
doublement du contenu des bases de données photochromisme et optique non-linéaire, magné-
tous les 18 mois environs. Au-delà du volume tisme et photochromisme, magnétisme et optique
considérable des informations produites, elles non-linéaire. Il faudra veiller aux possibles appli-
se caractérisent aussi par la variété de leurs cations de ces développements, par exemple pour
formes : fichiers plats de séquences, annotations la détection d’interactions de faible affinité.
avec textes semi-structurés, textes libres, images,
etc. Une difficulté supplémentaire réside dans
la multiplicité et la répartition géographique des
fournisseurs de bio-informations, par exemple, Surfaces, interfaces, couches minces
de l’ordre d’une quarantaine de nœuds en
Europe et en Amérique pour le réseau de Tout un ensemble de techniques spécifi-
l’EMBL : EMBnet. ques a été développé pour étudier les surfaces
Dans ce contexte, le traitement des et interfaces : dichroïsme, spectroscopie infra-
données sur grille informatique constitue un rouge en réflexion (IRRAS) et avec modulation
enjeu majeur pour les équipes de recherche de polarisation (PM-IRRAS), réflexion totale
des sciences de la vie et le développement atténuée (ATR), réflexion diffuse, spectros-
des biotechnologies appliquées au domaine copie de perte d’énergie électronique à haute
de la santé et de l’agroalimentaire. En effet, ce résolution (HREELS), génération de fréquence
nouveau concept de distribution des données somme, génération de second harmonique,
et du calcul semble aujourd’hui le moyen idéal etc. Elles permettent de caractériser des sites
pour faire face, à moindre coût, aux besoins de d’adsorption sur des surfaces diverses, de
stockage et de traitement intensif des données sonder l’organisation de films, de couches
produites par les séquençages de génomes, les minces, de couches de Langmuir-Blodgett et
puces à ADN, bientôt les puces à protéine ou de caractériser in situ les propriétés des inter-
les laboratoires sur puce. faces (solide liquide, ou solide-gaz). Des expé-
riences de sorption et désorption contrôlées par
Le développement des technologies de grille laser permettent également de caractériser les
figure parmi les choix stratégiques des agences liaisons adsorbat-adsorbant. La réalisation de
de financement de la recherche. L’application de surfaces fonctionnalisées propriétés contrôlées
ces technologies aux sciences de la vie est déjà peut permettre de mimer avec des systèmes
engagée par des collaborations pluridisciplinaires simples des processus d’interaction beaucoup
rassemblant des biologistes, des informaticiens et plus complexes tels que les interactions entre
des physiciens aux États-Unis et en Europe. macromolécules et membranes biologiques.

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RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

2 – DOMAINES Cette liste non exhaustive illustre les potentia-


lités d’une combinaison de techniques permet-
EN PLEIN ESSOR tant l’étude des entités biologiques depuis la
molécule isolée jusqu’aux systèmes intégrés.

2.1 LA BIOLOGIE STRUCTURALE L’excellente implantation de spectro-


mètres RMN très puissants, associée à
l’installation des cryosondes, permet aux
Ce domaine est très demandeur de progrès spectroscopistes de travailler avec une sensi-
technologiques dans les domaines suivants : bilité accrue. Les développements techniques
associés aux développements méthodo-
– radiocristallographie (intérêt du rayon- logiques de ces dernières années, notam-
nement synchrotron et du projet Soleil) ; ment avec l’utilisation des couplages polaires
résiduels mais aussi des interférences construc-
– cryomicroscopie électronique ;
tives de divers phénomènes de relaxation (effet
– RMN (spectroscopie au GHz, RMN du TROSY), permettent l’étude de molécules de
solide) ; taille toujours plus importante.
– IRM (hauts champs et produits de Un des grands enjeux actuel de la biologie
contraste) et SRM des milieux vivants (imagerie structurale est l’étude des assemblages multi-
du petit animal) ; moléculaires complexes, dont des constituants
peuvent dans certains cas n’acquérir de struc-
– spectrométrie de masse (protéomique,
ture 3D qu’en association avec leurs parte-
imagerie) ;
naires. L’intégration de la description atomique
– spectroscopies optiques ; des constituants dans l’information à basse
résolution de ces assemblages permet d’ap-
– spectroscopies vibrationnelles (imagerie procher une interprétation structurale de ces
infra-rouge, spectroscopie Raman) ; assemblages à haute résolution. Cette combi-
– modélisation moléculaire (structures et naison promet d’être particulièrement féconde
réactivité des macromolécules, parallèlisation en associant la radiocristallographie ou la RMN
et calculs en réseaux). avec la cryomicroscopie électronique ou la diffu-
sion des rayons X aux petits angles (DXPA) qui
a complètement changé de visage, en particulier
grâce au rayonnement synchrotron. Le dévelop-
Les avancées de la biologie structurale pement de programmes ab initio donne mainte-
nant accès à l’enveloppe des macromolécules
La biologie structurale est mise au défi en solution, et cela quelle que soit leur taille.
d’aborder des questions dont la complexité est Cette approche permet donc aussi de proposer
de plus en plus grande, et le projet de synchro- des modèles d’association de complexes dont
tron Soleil constitue une chance exceptionnelle la structure atomique des éléments est connue
de développer les technologies de dernière et d’établir de nouveaux liens entre propriétés
génération qui vont permettre d’aborder structurales microscopiques et comportement
ces problèmes. Un enjeu important sera de fonctionnel macroscopique.
mobiliser la communauté scientifique vers les
possibilités qui seront offertes par ce grand Les réponses de la cellule à son environ-
instrument. En effet, les lignes actuellement nement et à ses signaux mettent en jeu des
en cours de construction couvrent plusieurs cascades d’interactions qui assemblent et modi-
domaines parmi lesquels la biocristallographie, fient des complexes de macromolécules. De ce
la diffusion aux petits et grands angles, la spec- fait, un enjeu actuel de la biologie structurale est
troscopie d’absorption X, la spectromicroscopie d’établir la relation entre la structure atomique
IR et l’imagerie confocale de fluorescence VUV. d’une macromolécule, les interactions qu’elle peut

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1 – LES INTERFACES CHIMIE-PHYSIQUE-BIOLOGIE

établir et ses effets dans la cellule. Un exemple portées par les séquences des protéines. Très
particulièrement frappant nous est fourni par récemment, des notions venues du monde de
l’imagerie par microscopie de fluorescence : la physique (par exemple : transfert de dimen-
récemment, les développements des détecteurs sionnalité, pavage de Voronoi, concepts de la
numériques vidéo ont rendu possible l’imagerie au physique des polymères) ont éclairé d’un jour
niveau subcellulaire en mesurant, entre autres, la nouveau l’architecture des protéines et ouvert
distribution de composants cellulaires spécifiques, des voies prometteuses pour le décryptage de
la concentration locale d’ions cytoplasmiques, la leurs séquences, la prédiction de leurs struc-
dynamique de la formation de microstructures et tures et de leurs fonctions biologiques. Ce
les interactions entre constituants. Le développe- domaine rejoint celui de la bio-informatique
ment de nombreux fluorophores chimiques et qui est traité dans le cadre d’un autre atelier.
biologiques (GFP) permet de les attacher à des
sites cellulaires spécifiques.
L’interface chimie-biologie structurale-
physiologie est celle dont la valeur ajoutée 2.2 LA DYNAMIQUE DU VIVANT
vis-à-vis de l’industrie est la plus claire. En
particulier, la biologie structurale à haute réso-
lution des cibles thérapeutiques sert de support L’organisation et la dynamique de la
à la modélisation de molécules actives, notam- matière biologique intéressent de plus en
ment en santé humaine. plus de physiciens. Les progrès conjoints
de la biologie moléculaire et cellulaire et de
la physico-chimie des systèmes complexes
Cristallographie permettent d’aborder de nouveaux problèmes
de biologie et de préciser les mécanismes
La cristallographie conventionnelle des physiques qui interviennent dans et régissent,
macromolécules biologiques n’est plus un sujet en partie, les fonctions biologiques. Il s’agit
de recherche pour les physiciens, les méthodes de comprendre le fonctionnement du vivant
de détermination des structures à résolutions non seulement en identifiant les mécanismes
moyenne et haute étant bien établies. En physiques mis en jeu, mais en mesurant les
revanche, il est aujourd’hui possible d’obtenir grandeurs pertinentes (forces, caractéristiques
avec les synchrotrons de troisième génération des élastiques, électriques, vitesses, diffusivité)
données à résolution ultra haute (0,5 à 0,8 Å) qui de façon à pouvoir modéliser l’évolution du
donnent accès à la densité électronique précise système à partir de lois physiques. Dans les
et aux propriétés électrostatiques. interactions entre molécules à l’échelle de la
cellule, des problèmes de mobilité, d’adhésion,
Un autre problème toujours difficile de pénétration, d’auto-assemblage se posent ;
concerne les résolutions de structures à de l’échelle de la cellule à celle des tissus, un
partir de données de diffraction très pauvres. travail de conceptualisation et de quantification
L’apport des méthodes cristallographiques, et est encore nécessaire, auquel les physiciens
des études fondamentales pour la produc- doivent contribuer.
tion, la caractérisation et la cristallisation
des entités macromolé culaires et de leurs
complexes restent nécessaires.
Assemblages, interactions
et dynamique moléculaire
Modélisation ab initio
À titre d’exemples, citons l’étude de bicou-
Toujours à l’interface physique-biologie, ches libres, systèmes modèles des membranes
beaucoup reste à faire pour décrypter les biologiques et des interactions protéines-
informations structurales et fonctionnelles membranes ; la rhéologie de vésicules, plus

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RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

ou moins solubles, perméables, déformables, ou pression, couplées à différentes techniques


en solution. À l’échelle des tissus, il faut d’observation, permettent d’accéder à des
mentionner que les techniques de rayons X cinétiques de changement de conformation
apportent des informations nouvelles sur la ou d’interaction des bio-molécules allant de la
structure d’un système complexe comme la microseconde à plusieurs heures.
peau, constituée d’un grand nombre de macro-
molécules différentes. Les fibres biologiques
constituent un autre système de choix pour
Instabilités, croissance, morphogenèse
les rayons X qui sont capables de révéler et
caractériser plusieurs niveaux d’organisation
emboîtés, des enroulements de molécules Malgré la complexité inhérente aux systèmes
aux agencements de celles-ci pour former des biologiques, certaines étapes de leur dévelop-
micro-fibrilles, lesquelles s’organisent dans la pement peuvent se ramener à des problèmes de
matrice amorphe. dynamique d’interface, d’auto-organisation ou de
structuration spatio-temporelle. En ce cas, des
modélisations non-linéaires développées sur
Les quelques dernières années ont été des systèmes physiques analogues (fronts de
marquées par d’importantes avancées dans la flamme, fronts de solidification, milieux élas-
caractérisation structurale des grands assem- tiques, milieux excitables) peuvent se révéler
blages macromoléculaires par cryomicroscopie pertinentes, validant ainsi une approche
électronique et diffraction des rayons X : pluridisciplinaire. Elles permettent alors de
machinerie de la transcription et de la traduc- comprendre la morphogenèse par des concepts
tion (notamment ribosome), complexes multi- d’instabilités, de transition, ou de sélection non-
enzymatiques (protéasome, cellulosome) et linéaire.
virus. L’intérêt s’étend maintenant au-delà de
la compréhension de l’architecture fonction- Rentrent dans ce cadre :
nelle de ces structures supra-moléculaires, vers – la morphogenèse d’organismes unicel-
l’étude des interactions entre leurs différents lulaires (algues ou champignons) vue comme
composants, de leur processus d’assemblage, la dynamique de leur paroi cellulaire pilotée
et de leurs mécanismes de régulation, incluant par des champs de courant ioniques ;
les méthodes résolues en temps (relaxation
en RMN, fluorescence résolue en temps ou – les développements arborescents des
diffusion des rayons X aux petits angles). poumons, des réseaux vasculaires ou des
De plus en plus d’efforts sont portés vers la neurones considérés en analogie avec les
compréhension des aspects dynamiques des phénomènes de branchements dendritiques en
phénomènes biologiques, qu’il s’agisse des inter- solidification de matériaux ;
actions entre macromolécules, des processus – la modélisation élastique de la peau et
catalytiques (métabolisme, polymérisations), des cheveux ;
de l’adsorption de molécules à des surfaces
ou de leur incorporation à des membranes, – la nervure des feuilles comprise, en
ou du polymorphisme des protéines et des analogie avec un réseau de fracture, comme
assemblages macromoléculaires en solution et conséquence de l’élasticité du substrat ;
dans des systèmes lipidiques et membranaires.
– les circonvolutions des bords de feuilles
De grands progrès peuvent être accomplis au
en croissance rapide (salade) interprétée
niveau de la modélisation, de la simulation
comme résultat d’un flambage élastique ;
dynamique, et de la caractérisation physico-
chimique (thermodynamique et cinétique) des – la phyllotaxie responsable des remar-
processus d’association entre bio-molécules in quables organisations spirales des tournesols
vitro et in vivo, et des changements conforma- ou des pommes de pins et comprise comme
tionnels qui leur sont associés. Les méthodes une auto-organisation à grande échelle issue
de mélange rapide ou de saut de température des émissions répétitives du méristème ;

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1 – LES INTERFACES CHIMIE-PHYSIQUE-BIOLOGIE

– la fibrillation cardiaque analysée en des développements remarquables. Les moteurs


termes d’instabilité de la structure spatio- moléculaires capables de tourner dans un seul
temporelle électrique associée aux contrac- sens ainsi que les bagues coulissantes capables
tions cardiaques ; de se mouvoir résersiblement commencent en
effet à devenir réalités.
– les modèles des premières étapes d’em-
bryogenèse par interaction non-linéaire entre
activateurs et inhibiteurs.
Ces thématiques biologiques pour-
Dans le premier exemple, la dynamique raient bénéficier des concepts et méthodes
de l’interface résulte de celle des champs de développées en mécanique des fluides,
courants ioniques qu’elle contribue elle-même en microfluidique, et pour les études de
à entretenir par l’action de ses canaux ioniques. combustions. Les effets thermiques jouent
La problématique est donc bien analogue à celle également un rôle essentiel dans la matière
de la dynamique d’un front de flamme (ou de vivante : cryopréservation des cellules et des
solidification) dont l’avancée est conditionnée tissus, traitement de certains cancers, régu-
par le transport de la chaleur (ou des solutés) lation thermique des êtres vivants etc. La
qu’il a lui-même produite. D’où le succès de biothermique est un axe des biotechnologies
modèles cinématiques dans la reproduction des qui est appelé à se développer.
morphogenèses observées par développement
d’instabilités de croissance. Ceux-ci conduisent
à reproduire le phénomène de branchements
et même à des modélisations de la dynamique
des méristèmes. Dans le second exemple, la Approches post-génomiques
modélisation du développement de branche-
ments en hiérarchie d’échelles emprunte alors
les concepts de la physique hors-équilibre
multi-échelle. Les trois autres exemples témoi- Une recherche alliant génétique, biologie
gnent de l’importance de l’élasticité dans le moléculaire, biochimie et bioinformatique a
développement, par exemple des végétaux. permis de découvrir une foison d’ARN non-
Les deux avant-derniers exemples indiquent codants dont l’existence était insoupçonnée
comment la structuration aux temps longs ou il y a seulement quelques années. Le plus
à grande échelle peut émerger ou contrarier le extraordinaire, chez les ARN non codants,
fonctionnement de ces systèmes hors-équilibre. est la diversité des phénomènes biologiques
Le dernier exemple enfin montre comment la qu’ils contrôlent qui, par certains aspects,
diffusion peut être structurante en présence de transgressent le modèle de contrôle génétique
morphogène d’une manière analogue à celle proposé par Jacob et Monod dans les années
de l’instabilité de Türing en chimie. soixante. L’introduction d’ARN double brin chez
les nématodes, les insectes, les cultures cellu-
laires de mammifères et les plantes, provoque
une dégradation rapide des ARN messagers
Systèmes supramoléculaires complémentaires. Ce phénomène a déjà permis
d’entreprendre des inactivations fonctionnelles
La photochimie des dendrimètes, oligo- à grande échelle et représente un des grands
mères en formes d’étoiles, ouvre des perspec- atouts de la génomique actuelle. Des résultats
tives importantes, en particulier avec la mise en essentiels ont été obtenus qui lient la technique
évidence d’effets coopératifs dans les processus ultra-puissante d’inactivation de gènes à l’aide
de transfert d’énergie ou les propriétés opti- des ARN interférants à toute une biologie, celle
ques non linéaires. Enfin les « machines molé- des stRNA, qui reste encore à développer et qui
culaires » dans lesquelles les photons induisent aura des répercussions considérables dans le
des mouvements contrôlés devraient connaître domaine de la pharmacologie.

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RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

Enzymologie – (ii) la physique pour le développement


de techniques innovantes de caractérisation
L’étude des interactions protéine-ligands et aussi bien au niveau de la molécule individuelle
la recherche des fonctions des protéines orphe- que de la cellule (développements récents et
lines identifiées par le séquençage des génomes spectaculaires des détecteurs numériques vidéo
sont nécessaires à la caractérisation de nouvelles par exemple qui ont rendu possible l’imagerie
cibles pharmacologiques. Les méthodes d’étude par microscopie de fluorescence au niveau
de l’enzymologie (cinétique rapide en stopped subcellulaire et les études en molécule isolée) ;
flow ou quenched flow, couplée à la spectros-
copie UV, spectrofluorimétrie, ou dichroïsme – (iii) l’informatique pour la modélisation
circulaire) sont toujours d’une grande actualité au niveau moléculaire et cellulaire.
dans l’analyse de systèmes de plus en plus
complexes. L’enzymologie a désormais intégré
dans ses champs d’étude des objets aussi impor- Les bases moléculaires et structurales
tants que : de la transduction du signal
– les machines « processives » telles que
les machineries de synthèse protéique ou de En aval des récepteurs membranaires, les
recombinaison génétique ; acteurs de la transduction du signal agissent par
des interactions protéine-protéine, souvent par
– les complexes multi-enzymatiques ou l’intermédiaire de modules ou de domaines,
membranaires en milieu structuré, naturel ou eux-mêmes contrôlés par des modifications par
biomimétique (pompes à protons, ATPases phosphorylation dont l’importance est soulignée
membranaires) ; dans la section suivante. Ces interactions mettent
– le cycle de maturation des virus qui fait en place des réseaux d’informations, associant les
intervenir la formation ordonnée et spatialement voies de signalisations entre elles et les différents
dirigée de complexes nucléo-protéiques, aspects des réponses cellulaires. La biophysique,
l’enzymologie, la biologie structurale, la simu-
– l’association de protéines dans des lation et la modélisation sont les outils à mettre
cascades de signalisation ; à profit pour s’attaquer à cette problématique
– la dynamique d’assemblage des poly- essentielle en biologie et en santé humaine.
mères du cytosquelette et sa régulation par des
effecteurs, dans des systèmes biomimétiques
reconstitués, modulaires, présentant un degré L’étude des modifications
d’intégration croissant ; post-traductionnelles
– l’enzymologie en milieu confiné où
l’efficacité enzymatique est associée étroite- L’étude des relations entre les modifications
ment à la notion de localisation (utilisation post-traductionnelles, en particulier la phospho-
des nanotechnologies pour la conception du rylation et la glycosylation, et les grandes fonc-
confinement). tions biologiques requiert une approche globale
que la protéomique permet, a priori, de résoudre.
Ces différentes perspectives replacent
Néanmoins, une étude systématique de la nature
l’enzymologie comme discipline d’interfaces
et de la dynamique des modifications nécessite
dans un cadre qui échappe à la biologie
le recouvrement de la séquence complète des
traditionnelle, puisque l’enzymologie intègre
protéines, et donc une optimisation des méthodes
désormais des concepts étendus qui nécessitent
de séparation, du traitement de l’échantillon et
l’implication de :
des techniques de la spectrométrie de masse et
– (i) la chimie pour la compréhension intime de la bio-informatique devant permettre un travail
des phénomènes de catalyse, la biomimétique, et en routine à l’échelle de la fentomole et même
la création d’assemblages supramoléculaires ; de l’attomole.

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1 – LES INTERFACES CHIMIE-PHYSIQUE-BIOLOGIE

Par ailleurs, l’extrême complexité des modi- des perspectives majeures dans les façons
fications post-traductionnelles impose une étude d’aborder des questions telles que :
structurale systématique indispensable à l’étude
– biodiversité et versatilité : pathogénicité
de leurs rôles, de leurs systèmes de biosynthèse
et mécanismes d’adaptation aux conditions
et de leurs cibles moléculaires et cellulaires. Cette
extrêmes ;
démarche nécessite d’optimiser les méthodes et
les techniques d’analyse structurale. – écosystèmes : organisation et dyna-
mique ;
– interactions moléculaires entre les
Évolution moléculaire micro-organismes et leur environnement ;
des structures et des fonctions
– symbiose et commensalisme ;
Les travaux sur l’évolution naturelle des – résistance aux antibiotiques et antivi-
structures et des fonctions ont été accompagnés raux ;
par de très grands progrès dans les capacités
– évolution des génomes et des proté-
d’étude expérimentale de l’évolution des
omes, et co-évolution hôte-microbe ;
macromolécules biologiques. De nouvelles
méthodes sophistiquées de diversification par – chronologie et mécanismes d’appa-
ingénierie génétique ou chimique ont été mises rition des grandes voies métaboliques dans
au point, et des protocoles de plus en plus l’évolution ;
fins et performants ont été développés pour
sélectionner in vitro ou in vivo des modifi- – limites physiques et chimiques des micro-
cations de paramètres physico-chimiques ou organismes et des écosystèmes. Mécanismes
fonctionnels des macromolécules tels que leur d’adaptation à des températures, pressions et
stabilité thermodynamique, leur affinité ou leur stress chimiques ou radiatifs extrêmes.
spécificité pour un ligand, leur mode de régu-
lation allostérique ou leur efficacité catalytique.
Ces études permettent notamment de sonder la Mécanique du corps humain
robustesse et la plasticité des repliements molé-
culaires, et de vérifier la validité des hypothèses La biomécanique concerne deux appro-
quant à leur rôle en tant qu’entités évolutives. ches complémentaires. La première est la méca-
Les développements méthodologiques qui leur nique appliquée à la biologie. La deuxième est
sont associés ont également permis d’aboutir à la mécanique du vivant, plus risquée et plus
de nombreux catalyseurs ou autres molécules innovante.
actives, optimisés pour des applications dans
les domaines de la santé, la chimie fine, l’agro- La biomécanique des écoulements
alimentaire ou l’environnement. sanguins a pour objet de modéliser les vais-
seaux et le fluide biologique afin de mieux
interpréter les mesures non-intrusives, prédire
les évolutions notamment de dépôts ou d’ané-
Microbiologie vrismes et aider au diagnostic et aux stratégies
réparatrices. Pour cela, l’hydrodynamique non-
Il est bien clair que nous n’avons newtonienne est couplée à la prise en compte
encore qu’une connaissance superficielle de l’élasticité de parois dans des modèles
du monde microbien. La connaissance des d’aorte, de veine ou de réseaux vasculaires. Par
génomes, des protéomes et des interac- ailleurs, les problèmes classiques d’interaction
tomes, le développement des analyses bio- fluide-structure sont appliqués aux objets
informatiques et les approches de biologie biologiques afin de déterminer les déforma-
structurale sont des étapes technologiques tions de globules rouges ou de capsules dans
marquantes des années 90. Elles ouvrent les écoulements sanguins ou encore les effets

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RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

de contraintes induits sur les cellules endo- d’apporter des améliorations considérables
théliales notamment par orientation des fibres dans la science et la technologie des maté-
d’actine. Enfin les propriétés rhéologiques des riaux. Cette approche est évidemment impor-
tissus sont directement étudiées car ils forment tante pour la réalisation de prothèses, mais pas
le préalable à une modélisation des compor- uniquement ; la compréhension des nacres ou
tements des systèmes biologiques ou physio- des fils d’araignée, par exemple, doit permettre
logiques sous contrainte d’écoulements. de créer des matériaux d’une résistance excep-
tionnelle. La synthèse de nouveaux matériaux
En biomécanique de l’être humain, les actifs (c’est-à-dire capables de remplir une
travaux portent d’une façon générale sur fonction comme le font les protéines) paraît
l’analyse des mouvements humains (marche, aussi promise à un bel avenir.
posture, geste professionnel ou sportif, éven-
tuellement en situation de choc), l’étude des La complexité extrême des systèmes
biomatériaux et l’ingénierie tissulaire, la biomé- biologiques et de leur structure met en jeu diffé-
canique ostéo-articulaire, la biomécanique du rents types d’hétérogénéités qui requièrent plus
rachis, du muscle, la biomécanique cellulaire et qu’une adaptation des modèles classiques, à
la rhéologie. Un des objectifs dans ce domaine cause de la diversité des formes, des dimensions
est de restaurer le contrôle des mouvements ou des structures des éléments constitutifs et de
en établissant des connexions entre le tissu leurs variabilités dans le temps et l’espace. Ces
nerveux et des prothèses robotisées. études de structures hiérarchiques sont indisso-
L’imagerie est un élément essentiel de ciables en biomécanique, pour des approches
la biomécanique, qui permet d’accéder avec réalistes qui permettent de lier le moléculaire
précision aux caractéristiques géométriques des au microscopique et le microscopique au tissu.
matériaux biologiques, mais aussi à certaines L’étude des réponses mécaniques de ces struc-
de leurs caractéristiques mécaniques. L’imagerie tures à des sollicitations statiques et dynamiques,
peut aussi être interventionnelle pour aller vers ainsi que l’étude des lésions qu’elles engendrent,
la planification du geste chirurgical. sont toujours un problème important pour de
nombreuses applications.
En accidentologie ou en biomécanique
des chocs, l’objectif est de contribuer à Une voie de recherche prometteuse
l’amélioration des conditions de sécurité des concerne la réalisation d’organes artificiels
usagers des différents modes de transport, en capables de suppléer aux déficiences du
améliorant la protection des usagers contre les cœur, du rein, du pancréas ou du foie. Ainsi
accidents. Cet objectif nécessite de produire des procédés membranaires issus du génie
des connaissances sur la réponse aux chocs de chimique sont utilisés pour filtrer le sang. Plus
l’être humain, associée à l’analyse des méca- ambitieux encore, des complexes associant des
nismes lésionnels, et de les transférer vers des cellules à des matériaux de fibre ou de billes
outils d’évaluation : mannequins d’essais de sont étudiés pour parvenir à créer des pancréas
choc, modèles numériques du corps humain. ou des foies bio-artificiels. La réparation et la
régénération osseuse font également appel
à des biomatériaux destinés à se substituer
aux greffes. Cette recherche s’appuie sur des
modélisations de l’architecture interne et des
2.3 LES BIOMATÉRIAUX propriétés mécaniques du tissu osseux afin
de mieux comprendre l’auto-organisation du
métabolisme minéral.
L’évolution a sélectionné des matériaux
qui souvent ont des propriétés spectaculaires. Une meilleure compréhension des méca-
La compréhension fondamentale du déter- nismes d’échecs des arthroplasties est un
minisme de ces dernières et la synthèse de problème important de santé publique. Les
succédanés « intelligents » sont susceptibles activités développées sont plus particulièrement

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1 – LES INTERFACES CHIMIE-PHYSIQUE-BIOLOGIE

centrées sur l’étude des interactions des corps ment de modèles d’étude physiopathologique
en présence, qu’il s’agisse d’interactions entre pertinents in vitro et in vivo et l’utilisation des
matériaux inertes ou entre tissus biologiques et nouvelles techniques d’imagerie in vivo.
matériaux biocompatibles. Différentes échelles
sont considérées pour ces interactions : tissus-
matériaux, cellules-matériaux, problèmes
d’adhésion biomatériaux-matière vivante. Au- Neurobiologie et Immunologie
delà des problèmes posés par les prothèses
à demeure, l’étude de la biocompatibilité L’évolution des connaissances a conduit
s’étend aux matériaux utilisés à titre transitoire les neurobiologistes à se rendre compte que la
(sondes) afin de déterminer leurs éventuels communication entre cellules et la possibilité
effets cytotoxiques. Elle est également à consi- de transmettre et de traiter des informations
dérer en cancérologie, l’interaction de cellules dépendaient de la manière dont les molécules
cancéreuses avec un matériau pouvant amener et les cellules sont assemblées, de la nature
soit à la différentiation, soit à l’apoptose. de ces molécules et de ces cellules, rejoignant
une notion familière pour les immunologistes.
Les puces à ADN, les profils protéiques L’organisation spatiale des molécules et des
différentiels, les paramètres physicochimiques, cellules dans les organes dépend de la spéci-
l’imagerie et la bio-cinématique non destruc- ficité du traitement des signaux reçus et émis
tive, sont également exploités pour développer par les cellules. Il faut étudier l’activité des
des référentiels biologiques pour les biomaté- molécules et des cellules in situ, voire chez
riaux sur des modèles identifiés, en intégrant l’animal entier par des méthodes d’imagerie
la recherche sur les cellules souches adultes microscopique. Les méthodes permettant
et embryonnaires, et pour étudier leur vieillis- d’analyser les interactions moléculaires, telles
sement physicochimique et biologique. que les « transcriptomes » et « protéomes »,
deviennent indispensables, mais au-delà de
ces données moléculaires, la perception par
exemple, particulièrement le toucher (mécano-
2.4 BIOLOGIE transduction) ou la transduction des signaux
acoustiques en signaux électriques au cerveau
DES SYSTÈMES INTÉGRÉS
dans l’oreille interne impliquent également des
questions de physique.
Relations hôtes-parasites En neurosciences, et particulièrement
en neurosciences cognitives, le besoin de
La notion de « biologie des systèmes inté- relier le fonctionnement normal ou patholo-
grés » apparaît essentielle pour la découverte gique du cerveau à celui de la pensée et du
de nouveaux concepts concernant l’adap- comportement passe par le développement de
tation des micro-organismes chez l’hôte et nouveaux instruments de mesure (EEG, IRM
l’expression de leur pouvoir pathogène. Ces fonctionnelle, TEP) ainsi que par de nouvelles
recherches, qui devront intégrer la dynamique approches de traitement du signal (ondelettes,
des interactions, feront appel aux disciplines approches non-linéaires). Une meilleure
de biologie cellulaire, immunologie, géné- compréhension spatio-temporelle de l’inte-
tique et génomique fonctionnelle (facteurs de raction entre activation neuronale et réactivité
pathogénicité, facteurs de susceptibilité) et hémodynamique (signal BOLD, par exemple)
physiopathologie (modèles expérimentaux). est nécessaire pour exploiter les données de
Elles devraient s’appliquer non seulement au l’imagerie fonctionnelle (IRMf, TEP). Pour les
niveau cellulaire, in vitro ou ex vivo, y compris applications médicales immédiates, ces déve-
au niveau de la cellule isolée, mais également loppements sont particulièrement importants
de façon plus intégrée au niveau d’un tissu, dans le domaine de l’épilepsie et des troubles
organe ou organisme entier, par le développe- du sommeil.

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RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

Les assemblées moléculaires et cellulaires des physicochimistes doit être renforcé dans la
à l’origine des signaux de différenciation et de synthèse de nouvelles sondes pour la compré-
développement et de l’établissement des inter- hension et l’étude RPE de radicaux en milieu
actions cellulaires et des connexions impli- biologique et des relations entre nouveaux
quent clairement la nécessité d’affronter la complexes et propriétés de fluorescence, pour
complexité. Les thématiques qui reposent sur la mise au point de marqueurs biomédicaux et
des approches fondées sur une seule méthode, des nouveaux composés radiopharmaceutiques
qu’elle soit biochimique, électrophysiologique, pour le diagnostic et la thérapeutique, pour
anatomique, sont en perte de vitesse. augmenter la spécificité de la vectorisation.
Par exemple, le champ d’étude des radi-
caux libres en milieu biologique a connu un
Organismes et écosystèmes essor très important ces vingt dernières années
et la résonance paramagnétique électronique
La compréhension des liens complexes (RPE) constitue pour cela une méthode de
entre les organismes au sein des écosystèmes, choix. Cela concerne essentiellement la
du maintien de la biodiversité, de même que détection de radicaux libres peu persistants,
l’action de l’homme et son écosystème doit produits par ces milieux, que ce soit dans des
être basée sur des études multidisciplinaires. conditions physiologiques ou pathologiques,
Les années qui viennent devraient ainsi voir ou qu’ils soient issus du métabolisme de médi-
émerger des travaux intégrant des appro- caments, et les études conduites en présence
ches chimiques, génétiques, physiologiques, de radicaux persistants ou « stables » d’origine
et mathématiques sur des programmes à exogène. Par ailleurs, les techniques de RPE
grande échelle. La disponibilité de plus en in vivo, et notamment la spectrométrie RPE en
plus grande de génomes et d’outils pour leur bande L, représentent également un champ
étude devraient aussi permettre d’avancer d’investigation très actif, pour permettre d’ef-
dans la compréhension des interactions des fectuer les mesures sur des organismes entiers
organismes et de leur environnement, à court ou sur des organes.
terme (adaptation, régulation génique) et à
long terme (approche génomique évolutive). Un deuxième exemple apparenté à
l’interface de la chimie (synthèse orga-
nique, chimie de coordination, vectorisation,
polymères) de la biologie et de la clinique
concerne les composés radiopharmaceutiques
2.5 LA CHIMIE DU VIVANT et les marqueurs biomédicaux. L’étude in
vivo d’un processus biochimique ou physio-
logique nécessite la synthèse de radiotraceurs
Synthèses et méthodes analytiques spécifiques mais aussi la vectorisation de ces
composés afin qu’ils puissent atteindre leur
La conception et la mise au point de cible tissulaire. Des méthodologies de synthèse
méthodes analytiques, la spectrométrie de originales, liées aux radioisotopes utilisés (tech-
masse, où l’amélioration des seuils de sensi- nécium 99m pour la scintigraphie, carbone 11,
bilité est un défi permanent, et la résonance fluor 18 pour la TEP, yttrium 90, iode 131,
magnétique nucléaire (RMN dans les milieux rhénium 188, astate 211, bismuth 213, ou acti-
orientés et RMN du solide) progressent de nium 225 pour la thérapie), à leurs quantités
manière très significative. Pour illustrer le et aux formes chimiques disponibles, doivent
domaine de la physicochimie organique dans souvent être développées.
un contexte touchant aussi à la physique et à la
biologie, on peut prendre pour exemple celui Les perspectives en chimie sont le plus
des sondes et des défis en chimie de l’imagerie souvent liées aux grands problèmes de santé :
médicale. Le rôle des chimistes de synthèse et vieillissement cérébral, neurodégénérescence,

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1 – LES INTERFACES CHIMIE-PHYSIQUE-BIOLOGIE

ischémie cérébrale, cancer, maladies cardio- fications de surface de grains de silice pour la
vasculaires, SIDA et pathologies virales émer- chromatographie, combinatoire d’éluants, etc.).
geantes telles que le SRAS. Les techniques De même des développements spécifiques pour
d’imagerie devraient utiliser dans le futur des la détection (microélectrodes, ligands et récep-
marqueurs susceptibles de détecter, à un stade teurs spécifiques, couplage avec la spectrométrie
précoce, des pathologies neurodégénératives, de masse, etc.) sont nécessaires.
maladies de Parkinson ou d’Alzeihmer par
exemple. Les nouveaux agents de contraste Les méthodes bioanalytiques émergentes
devront être spécifiques pour une enzyme, un donnent une mesure de concentration pour
récepteur, devront atteindre leur cible biolo- une substance ou représentative d’un groupe
gique, être stables et non toxiques (ainsi que de substances prédéterminées. Les biocap-
leur agent de vectorisation). Enfin, les tech- teurs partent des mêmes principes dans leur
niques d’imagerie du petit animal, devraient conception et sont la mesure du futur, in-situ,
permettre la validation de nombreux radiotra- continue, rapide et peu coûteuse. Les recher-
ceurs, dans des conditions moins lourdes et ches actuelles ciblent surtout et l’immobilisation
moins coûteuses qu’actuellement. des éléments biologiques et la partie « mesure »
sans généralement considérer son intégration
avec les phases de préparation et de sépa-
ration pourtant nécessaire à tout traitement
La chimie analytique d’échantillon brut ou de prélèvement brut.
Les biocapteurs enzymatiques avec détection
La miniaturisation est une étape obligée électrochimique sont les plus décrits, et un
pour répondre à une diminution de l’usage des effort est à apporter aux biocapteurs immuno-
solvants organiques, et aux besoins d’analyses chimiques utilisant des transducteurs optiques
rapides, fiables et sensibles. ou piézo-électriques. La technologie actuelle
permet le développement de biocapteurs
Des développements spectaculaires sont multirésidus, par inclusion dans l’élément
en cours pour l’utilisation de techniques capteur d’une série d’anticorps dirigés contre
d’analyse moléculaire robotisées et miniaturi- plusieurs composés cibles. Une autre piste de
sées, telles que la chromatographie en phase concept analogue est prise actuellement avec
gazeuse couplée à la spectrométrie de masse les matériaux à empreinte moléculaire capables
et la dérivation chimique, incluant l’analyse de mimer des anticorps ou des récepteurs.
chirale, et l’électrophorèse capillaire, pour
utilisation lors de missions d’exploration plané-
taire à objectifs exobiologique (mission d’ex- Chimie de Synthèse
ploration cométaire Rosetta, futures missions
d’exploration martienne). La mise au point de nouvelles molécules
capables de contrôler une fonction biolo-
Les microsystèmes intégrés comportent la gique donnée est par essence le domaine du
chaîne analytique totale et le couplage en ligne chimiste de synthèse qui évolue désormais
de toutes les étapes. Ils permettent l’utilisation entre un certain renouveau des produits natu-
de certains réactifs chimiques ou biochimiques rels et la forte émergence des techniques de
hautement spécialisés et autorisent l’analyse de chimie combinatoire. La chimie de synthèse
quantité infime d’échantillons. La miniaturisation à l’interface avec la biologie va continuer à se
demande de repenser totalement les différentes développer. Un des objectifs sera d’obtenir une
étapes. Les microsystèmes font appel à la tech- réelle diversité moléculaire qui est recherchée
nologie des microcanaux et la microfluidique dans les approches de chimie combinatoire,
(flux électroosmotique et micropompage) et approche qui doit beaucoup à des concepts
demandent des développements particuliers algorithmiques. Enfin l’amélioration des
(gels à propriétés spécifiques pour l’électropho- procédés est à l’ordre du jour : chimie propre,
rèse, décoration moléculaire de surfaces, modi- augmentation des rendements.

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RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

L’élaboration de nouveaux concepts ce qui exige la constante progression des


pharmacologiques en réponse à l’identifi- moyens de détection de caractérisation des
cation de nouvelles cibles thérapeutiques ultra-traces, soit en quantité macroscopique.
constitue un axe majeur de la recherche en La relation entre la géosphère, l’environnement
chimie de synthèse. Cet axe bénéficie d’une et le milieu vivant passe aussi par des éléments
conjoncture extrêmement favorable liée aux traces (stables en général ou radioactifs) qui
énormes progrès des sciences biologiques agissent libres ou liés à des macromolécules.
(génomique, protéomique), à l’émergence de Chez l’homme ou l’animal, ils peuvent donner
nouvelles technologies (chimie combinatoire, lieu à des réactions radicalaires et atteinte du
informatique, nanotechnologies) et d’un déve- génome, propriétés mises à profit pour le
loppement instrumental exceptionnel (RMN traitement des cancers. Une technique peu
haut champ, synchrotrons, spectrométrie de destructive, la microsonde nucléaire, permet
masse, imagerie etc.). l’étude de matériaux radioactifs ou non, des
tissus biologiques. Par ailleurs, les nanosondes
avec des faisceaux de l’ordre du dizième de
micron, et la possibilité d’envoyer un seul ion
Vectorisation (proton, alpha, deuton) sur une cible, fut-elle
une cellule vivante ou un microorganisme,
Une convergence tend à apparaître dans ouvrent des perspectives en radiobiologie pour
la conception des vecteurs et des biomaté- l’étude du rôle des faibles doses.
riaux : il s’agit d’optimiser (ou de minimiser)
l’interaction entre le vivant (tissus, cellules) et Un autre enjeu de la Chimie de la matière
la matière synthétique. On a donc affaire à la radioactive concerne la production de molé-
transformation de ces entités avec des agents cules marquées à des fins de diagnostic médical
qui augmentent leur furtivité (souvent des (rôle croissant de la TEP et des produits de
polyéthers) ou au contraire avec des substrats contrastes IRM et échographie) ou de théra-
qui permettent une reconnaissance sélective peutique, ainsi que préciser le rôle des faibles
par un type cellulaire ou tissulaire précis doses sur le vivant.
(séquences peptidiques proadhésives notam-
ment ou encore ligands dérivés de sucres
spécifiques). La synthèse de vecteurs destinés Radiothérapie interne
à la transfection cellulaire, qu’elle fasse appel
à des monomères, à des oligomères, à des La médecine nucléaire est une discipline
systèmes autoassociés multichargés (tels que est déjà ancienne. Dès le moment de la décou-
les systèmes catanioniques) mais plus généra- verte de la radioactivité, ses applications médi-
lement les systèmes à libération contrôlée ou cales ont été envisagées, de façon souvent naïve,
à distribution modifiée, ainsi que les biomaté- il est vrai. Aujourd’hui, on assiste à un réveil
riaux sont d’une très grande importance pour et même à une explosion des approches de
les années à venir. radiothérapie interne, grâce à des vecteurs enfin
efficaces (anticorps monoclonaux, peptides).
Au-delà de l’iode 131 et de l’yttrium 90 des
produits thérapeutiques déjà mis sur le marché,
La radiochimie de nombreux isotopes plus exotiques (luté-
tium 177, astate 211, bismuth 213) pourraient
La radiochimie, ou chimie nucléaire, améliorer l’efficacit et l’innocuit des traitements.
associe chimie et radioactivité. Elle concerne De même, une meilleure quantification dosi-
tous les radionucléides, naturels ou artificielle- métrique, recourrant aux congénères émetteurs
ment produits par fission nucléaire ou accélé- de positons, à l’amélioration des algorithmes de
rateurs (cyclotrons). Elle est confrontée à deux reconstruction, de segmentation et de recalage
situations extrêmes : une matière radioactive non-rigide et à la simulation numérique des
soit présente à l’échelle de quelques noyaux, couples patients détecteurs, se met en place.

18

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1 – LES INTERFACES CHIMIE-PHYSIQUE-BIOLOGIE

2.6 L’IMAGERIE BIOMÉDICALE par retournement temporel en milieu diffus ou


chaotique sont bien maîtrisées. En acoustique,
les applications potentielles en imagerie médi-
L’évolution extrêmement rapide des cale sont très vastes.
méthodes d’imagerie médicale au cours des La bioluminescence est de plus en plus
deux dernières décennies a des répercussions utilisée dans l’imagerie du petit animal, en
importantes : particulier pour la localisation de l’expression
– a) en biologie humaine et en médecine, génique. L’imagerie de fluorescence, réalisée
où l’imagerie médicale constitue le moyen le dans le proche infra-rouge grâce à des traceurs
plus efficace pour mesurer, de manière loca- innovants devrait se développer également
lisée dans le corps humain, plusieurs dizaines avec des perspectives d’utilisation clinique
de paramètres avec une innocuité totale ; en imagerie per-opératoire. Dans un autre
domaine, la thérapie photodynamique se déve-
– b) dans toutes les recherches nécessitant loppe, avec des prolongements attendus dans
une expérimentation animale, où les méthodes le traitement de nombreuses pathologies.
issues de l’imagerie humaine permettent des
études in vivo et un suivi longitudinal tout en
diminuant le nombre d’animaux sacrifiés pour
les besoins de la recherche.
2.7 L’ANALYSE DES RISQUES
L’intérêt de développer des méthodes TECHNOLOGIQUES
d’imagerie moléculaire non destructrices d’objet
opaques pour étudier in vivo l’expression des
gènes est devenu évident. Les techniques de
Le domaine du couplage ondes-structures
choix dans ce domaine sont la tomographie par
biologiques connaît un regain d’intérêt avec
émission de positons (TEP), l’imagerie par réso-
le développement de la téléphonie mobile,
nance magnétique nucléaire (IRM), les tech-
de nombreuses études ayant déjà été menées
niques ultrasonores, optiques et celles basées
dans le domaine des basses fréquences. Dans
sur les rayonnements X et gamma. L’objectif
le domaine des hautes fréquences, l’essen-
principal de ce domaine de recherche est de
tiel des études a été mené dans les gammes
réaliser une imagerie basée sur l’utilisation
de fréquences de la téléphonie mobile avec
d’espèces moléculaires, traceurs ou agents de
comme axe principal l’analyse de l’impact
contraste, possédant la propriété de modifier le
sanitaire. Les systèmes sans-fil assurant une
signal détectable en réponse à une « activation »
communication machine-machine impliquent
locale. Cette imagerie sera de plus en plus une
aussi de prêter une grande attention à « l’obs-
imagerie fonctionnelle, capable de suivre des
tacle homme ». Et les méthodes d’imagerie
processus complexes comme le métabolisme
et de diagnostic (des très basses fréquences
ou l’activité cérébrale.
aux micro-ondes et dans la gamme ultraso-
Les très grands progrès réalisés ces nore) impliquent aussi cette considération.
dernières années dans le traitement de la Il faudrait encourager les études cherchant
propagation des ondes dans les milieux hété- à analyser les mécanismes de base. Il serait
rogènes font de la « diffusion multiple » un également nécessaire d’étendre ces études
puissant outil d’étude de ces milieux, qui a aux fréquences élevées et notamment dans les
des applications en imagerie médicale. Ce sujet gammes millimétriques. Dans le domaine de
est en fort développement. L’approche actuelle la dosimétrie, les études ont beaucoup porté
fait du désordre un allié alors qu’on cherchait sur la quantification des puissances absorbées
auparavant à en atténuer les effets. On peut par les tissus. Il serait nécessaire de renforcer
ainsi développer une imagerie ultrasonore et les études axées sur la « micro-dosimétrie » et
sismique « sans source » en utilisant les corré- l’analyse des interactions au niveau cellulaire.
lations du bruit. Les techniques de focalisation Le couplage ondes-structures biologiques dans

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RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

le domaine optique n’est pas moins important, la question des conditions matérielles de la
même s’il est moins médiatisé. Par exemple, recherche aux interfaces. Les politiques scienti-
la visualisation optique de structures biolo- fiques menées ces dernières années présentent
giques (bactéries, virus, cellules) et de leurs des aspects positifs :
interactions, ou encore les moyens optiques
de manipulation de ces structures (pince – création de réseaux (IFR, GDR, Réseaux
optique) offrent des perspectives nouvelles d’Excellence européens) qui facilitent les
à la médecine. Le traitement ou le diagnostic échanges intellectuels et rentabilisent les équi-
par laser ou fibre optique en médecine cons- pements ;
tituent aujourd’hui des techniques reconnues
aux résultats spectaculaires, dont les domaines – création des CID du CNRS qui recrutent
ne cessent de s’étendre. Elles devraient bénéfi- et attribuent des promotions à des chercheurs
cier des progrès des technologies de l’optique, essentiellement interdisciplinaires ;
en particulier dans le domaine du guidage du
flux de lasers de puissance par de nouvelles – lancement de grands programmes de
générations de fibres optiques. recherche interdisciplinaire.

Il faut cependant rester conscient que la


production de la recherche française repose
largement grâce à l’attachement des personnels
de la recherche à leur travail qui les pousse à
se mobiliser davantage pour obtenir les moyens
3 – CONCLUSIONS indispensables à leur activité que pour leur
salaire ou leur carrière. L’actualité récente a
clairement démontré ce point : les mouvements
L’analyse ci-dessus montre clairement le des chercheurs se sont opposés à la précarisa-
caractère incontournable de la recherche aux tion de l’emploi dans la recherche publique et
interfaces physique-chimie-biologie dans l’avan- à la diminution constante des crédits des labo-
cement des sciences biologiques, aussi bien ratoires et sa répercussion directe sur l’efficacité
pour la résolution des grandes questions fonda- de leur travail. Le succès d’une recherche inter-
mentales que pour l’avancement des diverses disciplinaire aux interfaces physique-chimie-
applications, dans l’alimentation, la médecine, biologie nécessitera des niveaux corrects pour
l’environnement.. À l’inverse, la biologie et les l’emploi scientifique et pour le financement
défis qu’elle pose à l’instrumentation et aux du fonctionnement et des équipements des
techniques de calculs et de modélisation sont laboratoires. Il nécessitera aussi une méthode
un des grands aiguillons qui motivent une partie dynamique et réactive, à la fois pour ce qui
des recherches en physique et en chimie. Dans concerne la mise en place de nouveaux parte-
tous les cas, la situation actuelle montre un nariats scientifiques et l’émergence des projets,
incroyable foisonnement d’idées, d’interactions que pour ce qui concerne une évaluation cons-
et de projets. Il est donc nécessaire de se poser tructive et un financement réaliste.

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1 – LES INTERFACES CHIMIE-PHYSIQUE-BIOLOGIE

ANNEXE Éric Karsenti


CNRS – Institut Jacques Monod (UMR 7592),
Université Denis Diderot – Paris VII tour 43,
2 place Jussieu, 75251 Paris cedex 05
LISTE DES AUTEURS
Jean-Pierre Lefebvre
Laboratoire de mécanique et d’acoustique
Jacques Barbet – LMA, (UPR7051), Centre national de la
INSERM U.601, Institut de biologie, recherche scientifique, 31 Chemin Joseph
9, quai Moncousu, Aiguier, 13402 Marseille cedex 20
44093 Nantes cedex 01
Alain Pocheau
Sylvain Blanquet Institut de recherche sur les phénomènes hors
UMR7654, École polytechnique, équilibre – IRPHE, (UMR6594), Université
route de Saclay, 91128 Palaiseau cedex de Provence (Aix-Marseille I), Technopôle
Vincent Breton Château-Gombert, 49 rue F. Joliot Curie,
Laboratoire de physique corpusculaire BP 146 13384 Marseille cedex 13
– LPC (UMR6533), Université Blaise Pascal Isabelle Rico-Lattes
(Clermont-Ferrand II), 24 av des landais 63177 Interactions moléculaires et réactivité
Aubiere cedex chimique et photochimique – IMRCP
Didier Chatenay (UMR5623), Université Paul Sabatier
Laboratoire de physique statistique – LPS (Toulouse III), Bât. 2r1 RECHERCHE DE
(UMR8550), École normale supérieure, 24 rue CHIMIE, 118, route de Narbonne, 31062
Lhomond, 75231 Paris cedex 05 Toulouse cedex 04
Vincent Croquette Jean Pierre Samama
Laboratoire de physique statistique – LPS Institut de génétique et biologie moléculaire
(UMR8550), École Normale Supérieure 24 rue et cellulaire – IGBMC (UMR7104), Université
Lhomond, 75230 Paris Cedex 05 Louis Pasteur (Strasbourg I), 1 rue Laurent Fries
BP 10142, 67404 Illkirch cedex
François Guyot
Institut de minéralogie et de physique des François Raulin
milieux condensés – IMPMC (UMR7590), Groupement de recherche en exobiologie
Université Pierre et Marie Curie (Paris VI), (EXOBIO), GDR1877, 61 avenue du Général
140 rue de Lourmel, 75015 Paris de Gaulle, 94010 Créteil cedex

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