Microbiologie Alimentaire

Support de Cours Microbiologie Alimentaire Dr.
BENHALIMA
Partie I
I. Introduction succincte aux grands groupes d'aliments
Un aliment peut être défini comme tout produit transformé, semi-transformé ou brut
destiné à la consommation humaine. Selon leur origine, leur composition et leur fonction,
les aliments sont classés en différentes catégories :
 Classification des aliments en fonction de leur origine : Compte tenu de ce critère,

trois grands groupes d'aliments sont présentés : aliments d’origine végétale (fruits,
légumes, céréales), aliments d’origine animale (viande, lait…), aliment d’origine
minérale (eau, sels minéraux).
 Classification des aliments en fonction de leurs apports nutritionnels principaux
 Classification des aliments en fonction de leurs constituants : Ce groupe d'aliments

est basé sur les substances que l'aliment contient, qu'elles soient organiques ou
inorganiques.
- Les macronutriments peuvent être compris comme des substances qui fournissent
beaucoup d'énergie au corps sous forme de calories. Il existe trois groupes
principaux : les protéines, les lipides et les glucides ;
- Les micronutriments : il s’agit de la plupart des minéraux et les vitamines dont les
apports se situent dans la gamme de μg ou mg/jour.
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Support de Cours Microbiologie Alimentaire Dr. BENHALIMA
Substances organiques
Glucides Lipides Protides Vitamines
Les glucides, ou hydrates Les lipides, ou Les protides, ou protéines, Les vitamines sont des
de carbone, sont graisses, sont sont des composés azotés substances indispensables
représentés par les sucres et les véhicules des contenant des acides à la vie, dont la carence
l'amidon. vitamines liposolubles, aminés. provoque de graves
notamment de la désordres. Elles agissent à
Les sucres dits «rapides» vitamine D. Parmi les acides aminés, des doses infimes et
correspondent au glucose, constituants des protides, servent de régulateurs de
que l'on trouve dans le Certains acides seule une dizaine doit être l'organisme.
raisin, au fructose des fruits gras sont dits acides absolument fournie par
et du miel, au galactose de gras essentiels l'alimentation car On les classe en deux
certains végétaux, au (A.G.E.) car l'organisme ne peut en groupes selon leur
saccharose, présent dans le l'organisme ne peut en faire la synthèse. solubilité dans les graisses
sucre de canne et de faire la synthèse. Ils (vitamines liposolubles) ou
betterave, au lactose du lait jouent un rôle dans le Les aliments riches en dans l'eau (vitamines
et au maltose provenant de métabolisme du protides sont les fromages, hydrosolubles). Les
la transformation de cholestérol. la viande et le poisson vitamines liposolubles sont
l'amidon. pour les protides animaux, nommées A, D, E, K. Les
les légumineuses et les vitamines hydrosolubles
Les sucres dits «lents» céréales pour les protides sont les vitamines du
correspondent à l'amidon végétaux. Les protides groupe B (B1, B2, PP, B6,
présent dans toutes les animaux ont une valeur B10, B12), la vitamine C,
graines (riz, blé) et les supérieure à celle des la vitamine P ou C2.
aliments dérivés des graines protides végétaux car ils
(farine, pain, pâtes, apportent une quantité plus D'autres substances sont
pâtisseries). L'alimentation importante d'acides aminés également indispensables:
fournit encore d'autres indispensables. l'acide panthothénique, la
glucides: l'inuline des biotine, la choline.
artichauts, le glycogène des
chairs animales, la cellulose Certaines vitamines sont
des fruits, des légumes, du détruites par la chaleur
son des céréales et les
pectines des fruits.
 Classification des aliments en fonction de leur fonction
Les aliments sont classés en fonction de leur principal rôle dans l’organisme :
- Rôle énergétique (glucides et lipides) ;
- Rôle structural (protéines);
- Rôle catalytique ou régulateur (sels minéraux et vitamines).
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I.1.Microorganismes et aliment
I.1.1. Origine et nature de la flore microbienne des aliments
Les aliments sont des substances nécessaires à la croissance et l’entretien de notre

organisme. Ils sont très nombreux et existent sous des formes très variables d’origines
animales et végétales. La flore microbienne normalement associée aux plantes et aux
animaux est potentiellement présente à côté de l’apport microbien exogène qui est souvent
inéluctable.
Les microorganismes contaminants sont très variés (bactéries, levures, moisissures,

protozoaires) et peuvent être classés en deux catégories : Endogène et Exogène.
- Flore intrinsèque : Elaboration des aliments fermentés: produits laitiers, pain,

saucisson…
- Flore extrinsèque : Altération des qualités gustatives ou/et esthétiques des

aliments ainsi que les intoxications alimentaires.
Les aliments sont d’origine végétale et/ou animale: la flore normalement associée aux
plantes et aux animaux est donc potentiellement présente.
a. Origine de l’aliment
 Plantes et produits dérivés

Le sol et l’eau sont les sources primaires des microorganismes des plantes avec en plus
des flores spécifiques :
Bactéries : Acetobacter, Enterobacter, Erwinia, Flavobacterium, Lactobacillus, Leuconostoc,

Streptococcus, Paracolobactrum , etc.
Moisissures : Genres responsables de dégradations des fruits et végétaux
Levures : Saccharomyces, etc...
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 Animaux et produits dérivés

Le tractus intestinal de l’homme ou des animaux contient jusqu’à 1011 germes par g
(gros intestin) : parmi les bactéries les plus fréquentes: Escherichia, Proteus, Salmonella,
Shigella, Staphylococcus, Streptococcus, Pseudomonas, Bifidobacterium. Parmi les levures
Candida. Les moisissures ne sont pas transmises par foie fécale. À partir du tractus digestif
ces microorganismes se retrouvent souvent dans les eaux et le sol à partir desquels ils
contaminent les plantes. Rappelons que la charge microbienne totale d’un homme sain est
voisine de 1017 à 1019. La flore microbienne de la peau des animaux ou de la peau des Les
charges microbiennes atteignent facilement des valeurs comprises entre 104 et 106 par cm2.
Sarcina, Staphylococcus sont des hôtes fréquents de la main, du nez et de la bouche.
b. Sol et eau
Bactéries : Achromabacter, Enterobacter, Alcaligenes, Bacillus, Clostridium,
Corynebacterium, Micrococcus, Proteus, Pseudomonas, Serratia, Streptomyces , etc.
Moisissures : Aspergillus; Rhizopus, Penicillium, Fusarium, etc.
Levures : Saccharomyces , Rhodotorula , Torula etc. souvent associées aux plantes donc dans
le sol.
c. Air et poussière
La plupart des bactéries et des moisissures et de très nombreuses levures y sont présentes.
Bactéries : Bacillus, Sarcina, Micrococcus sont fréquentes car elles sont plus résistantes.
Moisissures : Torulopsis , etc.
La contamination dépend de l’emballage et la surface de l’aliment.
d. Personnel : vêtements, cheveux, mains…..
e. Matériel et environnement de l’usine : problème de Biofilm / sélection d’une

catégorie de micro-organisme.
f. Stockage, transport et commercialisation de l’aliment: Humidité, Température,

emballage….
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I.1.2. Grands groupes microbiens intéressant la microbiologie alimentaire
I.1.2.1. Entérobactéries
Ces bactéries sont des hôtes normaux ou pathologiques, suivant les espèces
microbiennes, du tube digestif de l’homme et des animaux.
Elles appartiennent à la famille des Enterobacteriaceae comprend de nombreux genres

bactériens répondant aux critères suivants :
- Bacilles à Gram négatif ;

- Immobiles ou mobiles grâce à une ciliature péritriche ;
- Aérobies anaérobies facultatifs ;
- Se développant aisément sur milieu ordinaire ;
- Fermentant le glucose ;
- Ne possédant pas d’oxydase ;
- Possédant une catalase à l’exception de Shigella dysenteriae ;
- Réduisant les nitrates en nitrites (quelques exceptions parmi Erwinia).
La famille des Enterobacteriaceae comprend actuellement 100 espèces répertoriées.

Les espèces les plus communément isolées en bactériologie alimentaire appartiennent à
plusieurs genres dont les principaux : Salmonella, Escherichia, Shigella, Yersinia.
 Salmonella
Les salmonelles sont pathogènes, soit exclusivement pour l’homme (Salmonelles
typhiques), soit exclusivement pour l’animal (Salmonella abortus ovis). Chez l’homme, elles
sont responsables de la fièvre typhoïde et de gastro-entérites. Chez l’animal, les tableaux
cliniques sont variés : avortements chez différentes espèces, septicémies du jeune, entérites.
 Escherichia
Hôte normal de l’intestin et des animaux, l’espèce Escherichia coli est l’aérobie la plus
représentée dans le tube digestif. La présence de colibacilles ou espèces voisines dans l’eau
est un témoin de contamination fécale. Certaines souches d’E. coli sont pathogène : ETEC,
EPEC, EHEC (VTEC), EIEC, AdEC, AggEC.
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 Shigella
Les shigelles sont des bactéries strictement humaines. Elles ne font pas partie de la
flore intestinale normale. Elles se retrouvent que chez les malades, les convalescents et les
rares porteurs sains. Elles sont responsables de la « dysenterie bacillaire ». Elles sont la cause
chez l’adulte de colites infectieuses et chez l’enfant de gastro-entérites sévères avec
diarrhée, sanglante, fièvre et déshydratation.
 Yersinia
Ce genre est composé de douze espèces, dont trois sont pathogènes pour l'homme et
les animaux: Yersinia pestis (l'agent de la peste), Yersinia pseudotuberculosis (à l’origine
d’adénite mésentérique avec syndrome pseudo-appendiculaire) et Yersinia enterocolitica
(occasionnant des diarrhées aiguës). Y. enterocolitica est la plus impliquée dans les
pathologies digestives en particuliers les sérotypes O3, O5, O8 et O9.
I.1.2.2. Pseudomonas
Le genre Pseudomonas appartient au phylum des Proteobacteria, classe des

Gammaproteobacteria, ordre des Pseudomonales, famille des Pseudomonadaceae. Ce sont
des bactéries ubiquistes particulièrement abondantes dans les sols, les eaux, et souvent
pathogènes des animaux et des végétaux. Ces bactéries sont des bacilles à Gram négatif,
mobiles et asporulées. Ce sont aérobies obligatoires, à l‟exception de certaines qui peuvent
utiliser le NO3- comme accepteur d’électrons. Elles ont un métabolisme mésophile et chimio-
organothrophe.
Les Pseudomonas sensu stricto se divisent en deux grands groupes :
- Le groupe de P. aeruginosa, dans lequel se trouve les espèces P. syringae,

P. chlororaphis, P. fluorescens, P. putida, P. stutzeri et P. aeruginosa,
- Le groupe de P. pertucinogena.
Parmi le genre Pseudomonas, P. aeruginosa est l’espèce la plus connue et la mieux
étudiée ; Au cours du temps, P. aeruginosa semble avoir acquis des mécanismes lui
permettant de résister à de nombreux composés antimicrobiens, comme des porines
spécifiques limitant la pénétration de certaines molécules hydrophiles ou des pompes
d’efflux.
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P. aeruginosa est une bactérie ubiquiste souvent isolée dans les eaux mais également
dans les sols, sur des végétaux, des poussières en suspension dans l’air. La colonisation
d’aliments, plus particulièrement de végétaux crus est fréquente et constitue un des modes
de contamination humaine au même titre que le contact avec des eaux contaminées. Ses
exigences nutritives modestes lui permettent de survivre et de se multiplier dans des milieux
très pauvres et également sur des surfaces humides.
La pénétration du bacille pyocyanique dans l’organisme humain par le biais de

l’alimentation est fréquente et peut être à l’origine d’infections digestives, en liaison avec la
charge bactérienne et l’état de l’hôte. L’absorption liée à la consommation de légumes a
ainsi été décrite.
Les facteurs de virulence de cette bactérie sont surtout :
- Le flagelle et les pili sont considérés comme des facteurs de virulence importants. Ils
sont impliqués, d’une part, dans le mouvement bactérien et, d’autre part, dans
l’adhésion des bactéries aux cellules épithéliales de l’hôte.
- Les pigments diffusibles comme la pyocyanine (bleu) et la pyoverdine (vert
fluorescent), agents chélateurs du fer. Ils jouent un rôle dans la persistance et la
croissance de la bactérie grâce à leur capacité de déplacement du fer lié in vivo.
- Les toxines de types I, II, III, V et VI.
I.1.2.3. Bactéries acétiques
Les bactéries acétiques (BA) forment la famille des Acetobacteraceae, regroupant

des bacilliformes à flagelle et chimio-organotrophes de Gram négatif, dont le métabolisme
aérobie produit une fermentation acétique par oxydoréduction. Ce métabolisme se
manifeste spécifiquement par un cycle de conversion complet ou partiel de glucides,
d'alcools primaires, de polyols ou d'aldéhydes dont résulte en particulier de l'acide acétique.
Les BA sont répandues dans la nature et un grand nombre de souches ont été isolées à
partir de sources très variées: café arabica, plantes de café, fèves de cacao fermentées, fruits
tropicaux, pommes pourries, racines de maïs, racines des cannes à sucre, cerises, fraises,
raisins, fruits séchés, fleurs, pollen, riz, bières et vins.
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Les BA se répartissent en plusieurs genres constituant une sous-famille de

la famille des Acetobacteraceæ, qui relève de l'ordre des Rhodospirillales, tels
que: Acetobacter, Gluconobacter, Acidomonas, Asaia, Kozakia, Swaminathan,
Saccharibacter, Neoasia, Granulibacter et Gluconoacetobacter.
Les genres rencontrés souvent en industrie alimentaire sont Acetobacter,

Gluconobacter et Gluconacetobacter :
- Acetobacter oxyde l’acide acétique et l’acide lactique jusqu’au stade CO2 + H2O ; elle
est non mobile ou possède des flagelles péritriches ;
- Gluconobacter n’oxyde pas l’acide acétique et l’acide lactique jusqu’au stade CO2 +
H2O ; elle est non mobile ou possède des flagelles polaires ;
- Gluconacetobacter oxyde l’acide lactique selon la souche considérée et l’acide
acétique jusqu’au stade CO2 + H2O en fonction de la concentration initiale ; elle est
non mobile ou possède des flagelles péritriches.
Les BA sont des microorganismes aérobies obligatoires, avec un métabolisme

strictement respiratoire. Les bactéries du genre Acetobacter préfèrent l’éthanol au glucose
pour leur croissance, à l’inverse des bactéries du genre Gluconobacter. En conséquence, les
bactéries Acetobacter sont davantage présentes dans les milieux alcoolisés (moût
partiellement fermenté, vin) que les Gluconobacter, plus représentées sur le raisin et dans le
moût. Elles sont catalase positives et oxydase négatives. De nombreux facteurs influent le
développement des BA tels que le pH, la température, la concentration en éthanol et en
oxygène, mais également les interactions entre les différents microorganismes présents.
Les BA ont deux enzymes très actives qui jouent un rôle dans le processus d’oxydation
de l’alcool : l’éthanol déshydrogénase (ADH) et l’acétaldéhyde déshydrogénase (ALDH)
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L’activité de l’ADH est beaucoup plus stable dans des conditions acides chez les
bactéries du genre Acetobacter que les bactéries du genre Gluconobacter, ce qui explique
que les Acetobacter produisent une quantité plus élevée d’acide acétique.
Les BA peuvent présenter une pigmentation en culture solide et produire différents

types de polysaccharides. Les dextranes de type lévane et la cellulose sont les principaux
polysaccharides extracellulaires produits par le métabolisme du glucose des BA. La présence
de polysaccharides est un désavantage en vinaigrerie car ils affectent la filtrabilité du produit
final.
Certaines souches de BA (Gluconobacter frateurii, Gluconobacter cerinus, Neoasaia

chiangmaiensis, Kozakia baliensis) produisent des quantités élevées de fructanes
(homopolymère de fructose), qui peuvent être exploitées dans des applications alimentaires
comme pour la production de pâte.
Il existe de nombreux milieux développés pour l’isolement et/ou l’identification des

BA, ceux-ci sont constitués principalement des mêmes ingrédients avec des proportions
variables comme : Le milieu YPM (Yeast extract, Peptone, Mannitol) et le milieu GYC
(Glucose, Yeast extract, CaCO3). Généralement, les conditions d’incubation requises pour la
croissance des BA sont : 30°C durant 2 à 5 jours. Les BA qui sont capables de croître sur un
milieu solide ont potentiellement une grande capacité métabolique.
I.1.2.4. Vibrions
Le genre Vibrio, fait partie de la famille des Vibrionaceae. Les membres du genre Vibrio
sont anaérobies facultatifs, chimiorganotrophes et peuvent utiliser le métabolisme
respiratoire ou fermentatif. Ils produisent une oxydase (excepté V. metschnikovi et V.
gazogenes) et une catalase, ils fermentent le glucose sans production de gaz, sauf V. fluvialis.
Les Vibrio sont des bacilles à Gram négatif, droits ou incurvés, ils présentent habituellement
une mobilité polaire due à un seul flagelle (certaines souches possèdent plusieurs flagelles
latéraux).
La plupart des espèces de Vibrio est ubiquitaire dans les environnements marins et
estuariens mais est également trouvée dans l’eau douce. Les vibrions peuvent être divisés en
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vibrions cholériques (V. cholerae O1, O139) et vibrions non cholérique (V. vulnificus, V.
parahaemolyticus).
 Vibrio cholerae O1 et O139 : sont les agents responsables du choléra, les syndromes
provoqués par ces deux bactéries ne peuvent être distingués. Les premiers
symptômes observés lors d’infection à ces espèces sont une diarrhée légère et des
douleurs abdominales. Rapidement (la période d’incubation est située entre 6 heures
et cinq jours), le choléra se manifeste par une forte diarrhée, des vomissements, mais
sans élévation de la température. Les selles, fécaloïdes au début, deviennent
rapidement aqueuses, couleur « eau de riz » caractéristique. Il provoque une perte
rapide et importante des fluides corporels (plus de un litre par heure) et des sels
minéraux (en particulier le potassium), conduisant à une déshydratation sévère. Les
infections à Vibrio cholerae non-O1 et non-O139 se manifestent le plus souvent par
des gastro-entérites. La principale source de Vibrio cholerae O1 et O139 est
constituée par les déjections humaines, la contamination des aliments frais ou cuits
est le facteur majeur dans la propagation du choléra durant une épidémie. Les
mollusques marins et dans une moindre proportion les crustacés et autres produits
de la mer ont été identifiés comme étant des sources majeures de choléra dans un
grand nombre d’épidémies. V. cholerae O1 est capable de former des biofilms sur les
animaux marins qu’il colonise et cette capacité pourrait le protéger contre l’effet
germicide du faible pH gastrique. Cette capacité augmente les risques associés avec
la consommation de crustacés et peut favoriser la contamination croisée dans les
établissements de restauration et les industries agro-alimentaires. L’autre cause
d’apparition du choléra est la contamination directe ou indirecte par de l’eau
polluée.
 Vibrio parahaemolyticus : est responsable le plus souvent d’une gastro-entérite. La

plupart de ces infections est due à la consommation de mollusques crus (huîtres) ou
de crustacés cuits (crevette, crabes). Les aliments impliqués incluent aussi du poisson
cru. Vibrio parahaemolyticus est retrouvé dans un grand nombre de produits de la
mer frais et réfrigérés et même dans des denrées surgelées. Cette espèce peut être
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présent de façon sporadique dans d’autres aliments que les produits de la mer, par
exemple des denrées contenant du sel telles que des légumes en saumure.
 Vibrio vulnificus : Il existe deux sources de contaminations par Vibrio vulnificus : par
ingestion de bactéries, ce qui conduit à une septicémie primaire ou bien la bactérie
peut entrer par une lésion de la peau aussi minime qu’une piqûre d’insecte mise au
contact de l’eau de mer. Alors que les gastro-entérites dues à Vibrio vulnificus sont
rares et bénignes, les infections cutanées et les septicémies sont souvent sévères. Les
principaux aliments accusés sont les produits de la mer et en particulier les huîtres.
I.1.2.5. Brucella
Le genre Brucella appartient à la classe des alpha-protéobactéries et à la famille des

Brucellaceae.
Les Brucella sont des petits coccobacilles intracellulaires facultatifs à Gram négatif,
immobiles, non capsulées, non sporulées. Ces bactéries sont aérobies strictes, catalase et
oxydase positives, uréase variable. La température optimale de croissance est de 34°C, mais
la température tolérée peut varier entre 20 et 40°C sur un milieu adéquat, bien que les
Brucella soient habituellement cultivées à 37°C. Le pH exigé pour la croissance varie entre
6,6 et 7,4 avec un pH optimal de 6,8. L’isolement des Brucella à partir de prélèvements
contaminés par d’autres bactéries ou par des champignons nécessite l’utilisation de milieux
sélectifs correspondant à des milieux de base (tels que les bouillons ou géloses trypticase
Soy, tryptosé ou encore Albimi) auxquels sont rajoutés des antibiotiques et des
antifongiques. Elle nécessite un temps d’incubation d'au moins 3 à 4 jours.
Sur le plan taxonomique, le genre Brucella est classiquement divisé en six espèces,
elles mêmes séparées en biovars, en fonction notamment d’une relative spécificité vis-à-vis
de leur hôte animal naturel: B. melitensis (3 biovars 1-3 : mouton, chèvre), B. abortus (7
biovars 1-6, 9 : Bovins), B. suis (4 biovars 1-4 : rongeurs), B. canis (canidés), B. ovis (ovins) et
B. neotomae(rats).
Certaines espèces de Brucella sont pathogènes pour l'homme : B. melitensis, B.

abortus, B. suis, B. canis et plus récemment B. ceti et B. pinnipedialis.
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La brucellose est une zoonose, maladie animale transmissible à l’homme, de

répartition mondiale plus fréquente sur le pourtour méditerranéen et causée par l’agent
pathogène Brucella. Les Brucella sont connues pour être des bactéries intracellulaires
facultatives. La pénétration de la bactérie se fait généralement via les muqueuses orales, du
nasopharynx, des conjonctives, par voie génitale et parfois, par des lésions cutanées.
L’homme peut être contaminé par ingestion de produits contaminés, contact direct
avec un animal infecté, inoculation accidentelle ou inhalation. Mais c’est la consommation
de lait ou de produits laitiers contaminés qui est la principale cause d’infection chez
l’homme. En effet, le lait frais non pasteurisé ou les produits laitiers tels que les fromages, le
beurre, les yaourts ou les crèmes glacées, préparés à partir de lait non pasteurisé provenant
d’animaux infectés, sont susceptibles de contenir des quantités importantes de la bactérie.
Chez l’animal, la brucellose est essentiellement une maladie de la reproduction. Elle

est caractérisée par l’atteinte de l’appareil génital, chez les femelles et les mâles, avec une
stérilité possible dans les 2 cas. L’infection se traduit généralement par des avortements
chez les femelles. La transmission peut se faire directement par absorption d’un aliment
contaminé ou par contact indirect avec un élément de l’environnement contaminé par les
matières virulentes (matières fécales…).
I.1.2.6. Microcoques
 Genre Staphylococcus
Les staphylocoques appartiennent au phylum des Firmicutes, classe des Bacilli, ordre
Bacillales, Famille Staphylococcaceae (anciennement, elles sont classées avec la famille des
Micrococcaceae).
Ce sont des coques à Gram + souvent regroupées en amas, possédant une catalase,
oxydase (-), immobiles, aéro-anaérobies. Les staphylocoques sont des bactéries ubiquitaires
présentes sur la peau, les muqueuses et la sphère rhinopharyngée chez les animaux a sang
chaud (mammifères, oiseaux) et en particulier chez l’homme.
Ces bactéries sont également isolées de l’environnement naturel (sol, eau douce et
eau de mer, poussière, air), de l’environnement domestique de l’homme (cuisine,
réfrigérateur), de l’environnement hospitalier et des ateliers de préparation alimentaire ainsi
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qu’à partir de denrées alimentaires. La peau et les muqueuses de l’homme et des animaux
constituant l’habitat de S. aureus, la présence de ce micro-organisme dans l’environnement
est vraisemblablement due a une contamination par l’homme ou les animaux.
Les staphylocoques sont répartis en souches coagulase (+) : S. aureus et souches

coagulase (-) : S. epidermidis, S. saprophyticus.
Staphylococcus aureus, extrêmement fréquents, est capable de produire une toxine

thermorésistante dans les aliments, toxine qui déclenche un syndrome digestif peu grave,
avec en particulier des vomissements (toxine émétique).
Dans l'aliment, les Staphylococcus sont très souvent apportés par un manque
d'hygiène du personnel. Pensons à la cuillère qui sert à gouter puis à regouter un plat.
L'aliment en cause est favorable à la culture, mais, même chauffé, il reste dangereux car, si
les bactéries sont thermosensibles, la toxine est thermorésistante.
La maladie humaine d’origine alimentaire est une intoxination due à l’ingestion

d’entérotoxines staphylococciques (protéines thermorésistantes préformées dans l’aliment).
S. aureus peut être isole d’aliments très varies. Les aliments les plus « à Risque » sont :
- Les aliments recontaminés après un traitement thermique ou tout autre procédé

éliminant la microflore banale. Plus l’aliment est manipule, plus le risque est élevé.
Ces aliments sont par exemple les viandes de volailles, les salades composées, les
gâteaux à la crème et les plats cuisinés manipulés après cuisson ;
- Les aliments fermentés à acidification lente permettant la croissance de S. aureus
durant la fermentation. Par exemple, certains fromages ou certaines salaisons
fermentées, tels que des salamis. Le risque est augmente si les ferments utilisés pour
démarrer la fabrication sont déficients ou s’il n’y a pas de ferments ajoutés ;
- Les produits sèches ou a teneur en eau réduite, dans lesquels la croissance de S.
aureus a pu être favorisée à une des étapes de fabrication ou de stockage par une aw
réduite et une température favorable. Ces aliments sont par exemple le lait en
poudre, les pates, les poissons sèches.
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I.1.2.7. Streptocoques
Les streptocoques sont des germes anaérobies facultatifs, généralement

microaérophiles. Ils se développent bien à 37 C°. La plus part des espèces ne sont pas
capsulées. Ils ont fréquemment un pouvoir hémolytique et peuvent être regroupés par des
tests sérologiques. Certaines espèces sont pathogènes en dehors du cadre alimentaire ; elles
peuvent cependant se trouver dans les aliments (Streptocoques des mammites dans le lait)
et provoquer des infections. De nombreuses espèces sont saprophytes, en particulier dans
les produits laitiers. Certaines espèces sont abondamment utilisées dans les industries de
fermentation lactique (laiterie, beurrerie, fromagerie, mais aussi saumures et salaisons. Ce
sont les agents d'acidification et de coagulation lactiques en fromagerie.
Les streptocoques ont été classés au départ en quatre groupes :

- Le groupe pyogenes contient des streptocoques pathogènes et hémolytiques
(hémolyse β). L'espèce type est S. pyogenes . Après 1 à 3 jours d'incubation, les
troubles se manifestent par des maux de gorge, céphalées, vomissement et fièvre.
Les aliments incriminés sont le lait, les oeufs et crèmes glacées, les pâtisseries.
L'espèce S. agalactiae, agent de mammites, est parfois rencontrée dans
l'alimentation ;
- Le groupe viridans comprend les streptocoques à hémolyse α ou γ. L'espèce S.
thermophilus est un agent d'acidification fréquent dans certains fromages et surtout
les yaourts ;
- Le groupe lactique comprend les streptocoques non hémolytique (γ) et contient des
espèces très importantes en fromagerie, S. lactis et S. cremoris désormais appelé
Lactococcus lactis, Lc. Cremoris ;
- Le groupe des entérocoques est le groupe des streptocoques fécaux ; Ce sont des
commensaux de l'intestin à hémolyse α, β ou γ. Les germes les plus rencontrés en
alimentation sont essentiellement S. faecalis, S. durans et S. bovis, ils sont maintenant
classés comme Enterococcus. Ce sont des germes test de contamination fécale, ils ne sont
qu'exceptionnellement pathogènes, ce sont alors des pathogènes opportunistes avec des
doses infectantes fortes (108 à 1010 cellules).
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I.1.2.8. Actinobactéries
Les actinobactéries représentent un vaste groupe de procaryotes constituant l’ordre

des actinomycétales. Ce sont des bactéries Gram positifs, filamenteuses formées par un
réseau ramifié d’hyphes (divisés généralement par des septums), se développant à la fois à
la surface et à l’intérieur du substrat, pendant une semaine ils forment sur milieu solide des
colonies souvent pigmentées (vert, gris, rouge …) qui sont à l’origine de l’accumulation
d’hyphes.
La classification des espèces est basée sur des critères morphologiques et chimiques.
En outre, à cause de leur diversité les approches physiologique, numérique et moléculaire
sont devenues indispensable pour différencier entre les actinobactéries.
Les actinobactéries possédant un véritable mycélium non fragmenté et sporulant sont

les formes les plus évoluées comme le genre Streptomyces au contraire des moins évoluées
qui sont des bâtonnets ou plus rarement un mycélium rudimentaire comme le genre
Mycobacteruim.
Les actinobactéries ne possèdent pas de membrane nucléaire, elles renferment des

organites flagellaires ressemblant à ceux des bactéries. Elles sont, pour la plupart, sensibles
au lysozyme et aux agents antibactériens ; le diamètre de leurs hyphes est plus petit que
celui des champignons.
L'analyse des hyphes des actinobactéries indiquent l'existence de deux catégories de

filaments (voir la figure ci-après) :
- Pellet : un agrégat de plusieurs hyphes enchevêtrés, leurs diamètres peuvent varier
de plusieurs micromètres à plusieurs millimètres ;
- Hyphes dispersés : se présentent sous deux formes « freely dispersed » et «
mycélium clumps ou aggrégate ».
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Figure : Morphologie des hyphes en croissance dans un milieu liquide.
Les actinobactéries sont des microorganismes omniprésents au niveau de tous les

substrats naturels et en particulier le sol. La grande majorité est d’origine tellurique 10 à 20
% ou parfois plus. Elles peuvent coloniser de nombreux biotopes : air, composts, eau,
fourrages, fumiers, grains, canne à sucre, etc.) (voir le tableau ci-après).
Généralement, la plupart des actinobactéries sont des hétérotrophes et exigent des

composés organiques (l'amidon de maïs, le glucose, le fructose, le saccharose et la mélasse
qui sont rapidement assimilés) comme source de carbone et d'énergie.
Tableau : Répartition des actinobactéries dans la nature.
Les actinobactéries constituent une source importante d’antibiotiques et d’autres

métabolites secondaires à utilité industrielle. Plus de 70 % des antibiotiques d’origine
16
microbienne sont produits par ce vaste groupe bactérien. Les actinobactéries produisent un
grand nombre d’antibiotiques de structure chimique très variées (aminoglycosides,
anthracyclines, glycopepetides, beta-lactamines, tetracyclines, macrolides, nucléosides …)
qui ont de nombreuses applications thérapeutiques.
I.1.2.9. Bactéries sporulées aérobies

 Genre Bacillus
Le genre Bacillus appatient à la famille des Bacillaceae, ordre des Bacillales, classe des
Bacilles et le phylum des Firmicutes.
Ce sont des bâtonnets Gram+, habituellement mobiles à endospores, la morphologie

de la spore est un critère important pour la classification. Aérobies ou anaérobies facultatifs
selon les espèces, catalase (+). La plupart des espèces sont chimio-organo-hétérotrophes.
Beaucoup peuvent croître sur la gélose nutritive. Se trouve comme saprophytes dans le sol
et les eaux. Certaines espèces peuvent être pathogènes pour l'homme et d'autres animaux
En raison de leur aptitude à la sporulation, ils résistent à des conditions défavorables

et peuvent être des agents de dégradation des conserves alimentaires. B.
stearothermophilus, B. coagulans et B. cereus sont des espèces fréquentes dans le sol, sur
les végétaux, et en particulier les céréales, la peau des animaux. Elles sont souvent
impliquées dans des toxi-infections (UFC 104 à 107 germes/g).
Le groupe le plus intéressant est le groupe ‘Bacillus cereus’ ou appelé encore ‘Bacillus cereus
sensu lato’ qui regroupe des espèces apparentées :
- Bacillus cereus sensu stricto hémolytique ;

- Bacillus thuringiensis se différenciant de B. cereus sensu stricto par la production d’un
cristal toxique contre les insectes ;
- Bacillus anthracis, non hémolytique, agent de la maladie du charbon ;
- Bacillus weihenstephanensis correspondant à certaines souches de B. cereus
psychrotrophes ;
- Bacillus mycoides et Bacillus pseudomycoides caractérisés par la formation de
colonies à bords filamenteux sur milieux gélosés.
17
B. cereus sensu lato, B. anthracis et B. thuringiensis forment en réalité une seule

espèce mais se distinguent par des caractères de virulence, pour la plupart portés par des
plasmides.
Dans le domaine alimentaire B. cereus englobera les trois espèces suivantes : B.

cereus sensu stricto, B. thuringiensis et B. weihenstephanensis.
B. cereus est retrouvé sous forme de spores dans le sol, à des concentrations de l’ordre
de 104 à 105 spores par gramme de sol. Les spores seraient dormantes dans le sol et se
développeraient plutôt dans la faune du sol, par exemple dans le tube digestif d’insectes.
Des spores de B. cereus sont aussi présentes dans le tube digestif d’animaux à sang chaud.
En effet, de par son abondance dans le sol et la résistance de ses spores, B. cereus peut
contaminer pratiquement toutes les catégories d’aliments et particulièrement les végétaux.
B. cereus est responsable d’intoxinations se traduisant par des symptômes émétiques

et de toxi-infections caractérisées par des symptômes diarrhéiques. Les maladies à
symptômes émétiques sont causées par l’ingestion d’une toxine, le céréulide, produite dans
l’aliment au cours de la croissance de B. cereus. Les maladies à symptômes diarrhéiques
seraient causées par l’ingestion de cellules et/ou de spores de B. cereus, suivie d’une
production d’entérotoxines dans l’intestin.
I.1.2.10. Bactéries sporulées anaérobies
 Genre Clostridium
Le genre Clostridium appartient à la famille des Clostridiaceae, ordre des Clostridiales
classe des Clostridia et la division des Firmicutes.
Deux espèces intéressant la microbiologie alimentaire :
Clostridium botulinum : est un bacille à Gram (+), anaérobie stricte, sporulée (spores
ovalaires subterminales) et mobile (ciliature péritriche). C’est une bactérie ubiquitaire,
rencontrée dans l’environnement, en particulier dans les sols, la poussière et les sédiments
marins ou d’eaux douces.
Sept types de C. botulinum sont distingués en fonction des propriétés antigéniques des
neurotoxines sécrétées (A à G). Il est à noter qu’en plus de C. botulinum, des souches
18
atypiques de C. argentinense, C. butyricum et C. baratii peuvent également produire la

neurotoxine botulinique.
Le botulisme alimentaire est causé par l'ingestion de la toxine préformée dans des aliments
contaminés. Les aliments transformés (conserves «maison», charcuterie) ayant subi une
transformation ou une conservation inadéquate sont particulièrement incriminés.
Clostridium perfringens : Bâtonnet large, immobile, extrémités carrées, sporulé, à Gram

positif, et anaérobie strict mais aérotolérant. Cette espèce produit et secrète de nombreuses
toxines (entérotoxines, hémolysine) et enzymes. L'intoxication alimentaire à C. perfringens
survient uniquement après consommation d'aliments lourdement contaminés par une
souche entérotoxinogène de cette bactérie. L'ingestion d'un grand nombre de C. perfringens
permet son implantation dans l'intestin grêle. Une partie des bactéries ingérées est tuée au
niveau de l'estomac et la flore digestive résidente de l'intestin s'oppose à leur
développement. Mais, ingéré en surnombre, C. perfringens se multiplie dans le contenu de
l'intestin grêle, sporule, synthétise l'entérotoxine, qui libérée après lyse de la paroi
bactérienne, interagit avec les entérocytes provoquant une fuite d'eau et d'électrolytes.
I.1.2.11. Champignons
Moisissures et levures appartiennent au règne des Mycètes (Fungi). La classification

des champignons est très complexe du fait du nombre ainsi que de la diversité des espèces.
De ce fait, en agroalimentaire, la distinction est simplifiée à leurs types morphologiques.
L’organisation cellulaire des champignons se nomme le thalle et chez les champignons
microscopiques (micromycètes), il peut être muqueux (levures) ou filamenteux
(moisissures). Néanmoins, on note des exceptions, certaines levures peuvent être capables
de former des structures filamenteuses (pseudomycélium) dans certaines conditions
(Candida, Trichosporon).
Ces organismes ont des capacités d’adaptation élevées, et se trouvent généralement à
des pH acides (beaucoup sont acidophiles). Leur gamme de développement de température
est large, elle aussi, et atteint des températures basses, proche de 0°C. Pour l’activité de
19
l’eau, les micromycètes ont la capacité de supporter des aw faible. Ces particularités
physiologiques leurs permettent de se développer dans des conditions difficiles et leurs
offrent donc une très forte compétitivité.
 Moisissures
Les moisissures sont caractérisées par leur appartenance aux micromycètes

filamenteux, elles sont donc pluricellulaires. Les filaments sont plus ou moins ramifiés et ces
structures forment des hyphes. L’ensemble des hyphes constitue le mycélium (voir la figure
ci-après).
Figure : Structure d’un hyphe et son développement vers la formation d’un mycélium.
Les moisissures sont essentiellement concentrées dans le sol, et la reproduction peut

être asexuée (haploïde) ou sexuée (diploïde).
- La reproduction asexuée est utilisée pour la dissémination de l’espèce. La moisissure forme
des spores (conidies) qui sont disséminées dans l’environnement.
- La reproduction sexuée, par brassage génétique, va permettre la survie de l’espèce en cas

de conditions difficiles.
Les moisissures sont des microorganismes saprophytes du sol. Ils se retrouvent donc
facilement sur les aliments (notamment les fruits et les céréales). Les moisissures agissent
ensuite de façon positive ou négative:
Ces micromycètes sont capables de produire une large gamme d’enzymes
hydrolytiques (lipases et protéases), elles sont donc retrouvées en industries alimentaires,
20
notamment dans les procédés d’affinage et de transformation des produits

(particulièrement Penicillium). Les moisissures sont donc intégrées dans les procédés de
fabrication des fromages, de la sauce soja, des boissons alcoolisées … Par ailleurs, certaines
moisissures sont utilisées en biotechnologie pour la formation d’arômes alimentaires.
Cependant, les moisissures peuvent se développer en surface des aliments sans

qu’elles y soient désirées. De plus, certaines moisissures produisent des mycotoxines qui
peuvent être toxiques pour l’homme (production d’aflatoxine par Aspergillus flavus par
exemple). Il existe aussi des toxines non toxiques pour l’homme tel que la pénicilline
(découverte en 1940) un antibiotique produit par certaines moisissures du genre Penicillium
(Penicillium notatum, Penicillium chrysogenum…) (voir le tableau ci-dessous).
Tableau : Exemple d’utilisations des principales moisissures retrouvées en alimentaire.
 Levures
Les levures sont des champignons sphérique, globuleux, ovoïde, allongé, ou

cylindrique ; ces caractères sont souvent employés pour décrire les formes végétatives des
levures. Les mitochondries des cellules de levures contiennent de l'ADN, l’ARN, l’ARN
polymérase et les enzymes respiratoires. Elles dégénèrent en promitochondries lors de la
fermentation ou lorsque le milieu contient plus de 5 % de glucose.
Le terme courant de levure désigne généralement le genre Saccharomyces (levure de

bière ou levure de boulangerie). Il existe beaucoup d'autres genres de levures. En
particulier Candida possédant un pouvoir pathogène (responsable des mycoses connues
21
sous l'appellation de "candidoses"). La plupart s’apparente aux Ascomycètes, quelques unes

à l’autre grand groupe de champignons supérieurs, les Basidiomycètes et d’autres enfin sont
des formes imparfaites non rattachables clairement à aucun groupe défini.
Le tableau suivant regroupe les principales espèces rencontrées ainsi que leurs
synonymes les plus importants :
Tableau : Classification des principales espèces de levures industrielles.
Actuellement il existe une dizaine de levures utilisées dans différentes industries. La

plus exploitée étant Saccaromyces cerevisiae utilisée dans la vinification, la panification, la
fabricationde bière et de levure de boulanger. Les levures Kluyveromyces lactis,
Saccharomyces carlsbergensis et Saccharomyces bayanus sont aussi utilisées dans les
industries alimentaires pour le lait ou la production vinicole.
o Fermentation alcoolique
La fermentation alcoolique est un processus biochimique par lequel des sucres sont
transformés en alcool dans un milieu liquide et en l’absence d’oxygène. Elle est fortement
influencée par la température.
Lors de la fermentation alcoolique, plusieurs changements peuvent apparaitre: un
dégagement de gaz carbonique, une augmentation de la température et de la couleur, un
changement d’odeur et de saveur, une diminution de la densité (transformation du sucre en
alcool) et une augmentation des volumes.
22
La fermentation alcoolique est principalement utilisée par diverses espèces de levures

pour produire de l'énergie. Si elles ont de l'oxygène à leur disposition, elles oxydent les
sucres par respiration cellulaire, et trouvent ainsi l'énergie nécessaire à la vie. Les sucres sont
alors complètement oxydés par une longue chaîne de réactions enzymatiques (glycolyse -
décarboxylation du pyruvate - cycle de Krebs - chaîne respiratoire) en dioxyde de carbone et
en eau, en consommant de l'oxygène.
S'il n'y a pas d'oxygène disponible, les levures ont dans la fermentation alcoolique une
autre possibilité de fourniture d'énergie. Mais elles peuvent ainsi, par comparaison avec la
respiration cellulaire, récupérer moins d'énergie du glucose, sous forme d'adénosine
triphosphate (ATP) : par oxydation complète, une molécule de glucose fournit 36 molécules
d'ATP, mais par fermentation alcoolique seulement 2 molécules d'ATP.
o Métabolisme respiratoire
La levure a la particularité de pouvoir vivre en présence ou en absence d’air : ces

deux processus énergétiques sont la respiration et la fermentation. Elle se nourrit de glucose
et de fructose (sucres simples).
- En présence d’air, la levure respire : elle dégrade les sucres simples (en C6) présents
dans son milieu de vie, par un métabolisme oxydatif qui conduit a la formation d’eau,
de gaz carbonique et une grande quantité d’énergie (vie, croissance et
multiplication).
Respiration aérobie :
C6H12O6 + 6 O2 6 H2O + 6 C02 + 686kcal
Glucose + Oxygène Eau + Gaz carbonique + Energie
Cette voie métabolique est très énergétique et permet aux cellules une importante
multiplication.
- En l’absence d’air, la levure fermente : grâce a ses enzymes (les zymases), elle
dégrade les sucres simples (en C6) présents dans son milieu de vie, par un
métabolisme fermentatif qui conduit à la formation de gaz carbonique, d’alcool et un
peu moins d’énergie. Ce métabolisme fermentatif moins énergétique que le
23
métabolisme oxydatif, affecte la multiplication cellulaire mais a l'avantage de

permettre à la levure de survivre même en anaérobiose.
C6H12O6 2 C02 + 2 C2H5OH + 27 kcal

Glucose Gaz carbonique + Ethanol + Energie
o Nutrition physiologique
Les Levures, comme tous les Champignons, sont hétérotrophes et exigent donc
du carbone organique. Certaines se contentent de glucose, d'autres demandent en
outre vitamines, amino-acides... Leurs besoins azotés sont généralement couverts par des
sels d'ammonium, mais d'autres substances peuvent être utilisées : acides aminés, urée, ou
même les nitrates. Les Levures peuvent, selon les espèces, tirer profit de divers glucides,
mais elles sont rarement capables d'attaquer des polyosides (amidon).
I.2. Bactéries lactiques

I.2.1. Principaux genres (Lactocoques, Lactobacilles, Leuconostoc, Bifidobactéries….)
Les bactéries lactiques appelées également « ferments lactiques » occupent une place
importante dans l’alimentation. Elles sont responsables de la fermentation de différents
produits alimentaires, qu’ils soient d’origine carnée (saucissons), laitier (yaourt, fromages)
ou végétale (choucroute). Il s’agit de souches de bactéries non pathogènes ou non
toxinogène qui sont à la base des fermentations des produits laitiers et carnés crus.
Les bactéries lactiques sont Gram positifs, non-sporulantes, immobiles, catalase-

négatives, aéro-anaérobie facultatives ou micro-aérophiles, à métabolisme fermentaire
strict, acido-tolérantes et capables de croître à des températures comprises entre 10°C et
45°C et à des pH allant de 4,0 à 4,5. Elles sont dépourvues de cytochrome, de ce fait elles
sont incapables de respirer mais peuvent seulement effectuer un métabolisme fermentaire.
La principale fonction métabolique d’une bactérie lactique est d’excréter l’acide

lactique à partir d’un substrat glucidique (lactose, glucose) :
24
 Homofermentaire (voie d’Embden Meyerhof Parnas) : l’acide lactique est le principal

produit du métabolisme, très majoritaire, excrété à partir du substrat glucidique.
1Glucose → 2 acide lactique + 2ATP
 Hétérofermentaire (voie des pentoses) : conduisant à l’acide lactique en mélange
avec d’autres produits d’excrétion : dioxyde de carbone (CO2), éthanol ou l’acide
acétique ainsi que de l’acide lactate selon les souches considérées.
1Glucose → 1Acide lactique +1 éthanol (acétate) + 1CO2+1ATP
Les principaux genres des bactéries lactiques sont : Lactobacillus, Lactococcus,

Streptococcus, Leuconostoc, Pediococcus et Befidobacterium.
 Lactobacillus
Les lactobacilles sont des bactéries à Gram+, polymorphes asporogènes, non
pigmentées, immobiles (sauf Lb. agilis), catalase-, nitrate-, gélatine-, leur morphologie va de
cocci plus ou moins allongées à des formes longues, ce qui les rend parfois difficile à les
distinguer des Leuconostoc.
La division du genre Lactobacillus anciennement en trois sous genres
Thermobacterium, Streptobacterium et Betabacterium, a été remplacées en tenant compte
essentiellement de la répartition des voies de fermentation chez ces bactéries.
Le tableau ci-dessous montre les trois groupes de bactéries lactiques classées en fonction de
leurs caractéristiques fermentaires :
Tableau : Classification des groupes du genre lactobacillus.
- Groupe I : Les Lactobacilles homofermentaires stricts (ancien sous-genre :

Thermobacterium) qui utilisent le glucose grâce à la voie homofermentaire
d'Embden-Meyerhof-Parnas. Leur seul produit final étant l’acide lactique (D ou L). Ils
ne métabolisent pas les pentoses et ne dégagent pas de CO2 lors de la fermentation
25
du glucose ou du gluconate. La production de l’acide lactique est supérieure à 85% à

partir du glucose ;
- Groupe II : Les Lactobacillus hétérofermentaires facultatifs (ancien sous-genre :
Streptobacterium) peuvent changer de voie en fonction du substrat. Ils métabolisent
le glucose en acide lactique grâce à la voie homofermentaire d'Embden-Meyerhof-
Parnas et dégradent les pentoses par la voie hétérofermentaire des pentoses
phosphate. Ils ne produisent pas de CO2 lors de la fermentation du glucose, mais ils
en produisent lors de la fermentation du gluconate ;
- Groupe III : Les Lactobacilles hétérofermentaires stricts (ancien sous-genre :
Betabacterium) qui fermentent le glucose en acide lactique, CO2 et acide acétique ou
éthanol via la voie hétérofermentaire de la 6-phosphogluconate
déshydrogénase/phosphocétolase et qui dégradent les pentoses en acide acétique et
en acide lactique via la voie hétérofermentative de la glycéraldéhyde-3-
phosphate/pyruvate kinase/lactate déshydrogénase. Ces bactéries produisent du CO2
lors de la fermentation du glucose et du gluconate. La production de l’acide lactique
est d’environ 50% avec des quantités importantes en acide acétique, éthanol et CO2.
 Lactococcus : Cocci, homo-fermentaire, T° de croissance : 10-40°C, exemple

d’espèces : Lc. lactis, Lc. Cremoris
 Streptococcus : Cocci, homo-fermentaire, T° de croissance : 40-45°C, exemple
d’espèce : Sc. thermophilus.
 Leuconostoc : Cocci lenticulaire, homo-fermentaire, T° de croissance : 10-30°C,
exemple d’espèce : Ln. Mesenteroides.
 Pediococcus : Cocci en tétrade, homo-fermentaire, T° de croissance : 25-35°C,
exemple d’espèce : Pc. Acidilactici.
 Befidobacterium : court bacille, anérobie tricte, hétérofermentaire, T° de croissance :
20 -43°C, exemple d’espèce : B.bifidum. Il est présent dans la flore intestinale du
nouveau-né. Il est utilisé dans certains yaourts (probiotiques).
26
I.2.2. Effets bénéfiques et néfastes des bactéries lactiques
En industrie alimentaire, les bactéries lactiques ont deux rôles principaux liés à leurs
activités métaboliques (voir le tableau ci-après):
- Un rôle positif ou technologique : Il s’exerce principalement dans les produits
fermentés avec des conséquences sur l’ensemble des facteurs de qualité ;
- Un rôle négatif : Il se traduit essentiellement par l’altération de différentes denrées
alimentaires.
Tableau : Principaux rôles des bactéries lactiques dans les aliments.
I.2.2. Levains lactiques : purs, mixtes et naturels
I.2.2.1.Définition
Un levain est un agent fermentatif dont l’activité est significative pour assurer le
développement du pain. C’est une pate particulière préparée à partir de levures sauvages
(non sélectionnées, comme Saccharomyces candida) et de bactéries présentes dans les
matières premières utilisées et dans l’air ambiant. Ces microorganismes favorisent une
27
fermentation plutôt acide (prédominance des bactéries lactiques, comme Lactobacillus) et

produisent des composés aromatiques.
Le développement de l’activité microbienne d’un levain est fonction de la flore initiale
(Bacillus, Lactobacillus, Streptococcus, Micrococcus, Enterobacter, moisissures…) de la farine
ensemencée.
La composition des levains, une fois l’activité microbienne stabilisée, est la suivante:
- Levures : 10 à 50 x 106￠/g levain ;
- Bactéries : 500 x 106￠ à 2000 x 106￠/g levain.
I.2.2.2. Différents types de levains

 Levains naturels (sauvages ou indigène) :
C’est une flore microbienne essentiellement lactique, sélectionné par repiquage et
permettant la fermentation de la matière première à laquelle il est ajouté. Ce sont les
nombreuses interactions entre les différentes populations en présence et le milieu d'accueil
qui vont permettre la prolongation et l’adaptation du levain naturel. Les levains naturels
sont utilisés dans l’élaboration de produits alimentaires fermentés (panification, vinification,
technologie fromagère…)
 Levains purs (sélectionnées ou starters)

Ce sont des cultures sélectionnées de bactéries et levures qui permettent de préparer
un levain en une seule étape, sur 18 à 24 heures, et de manière constante d’un levain à un
autre. Il est deux types de starters :
- Les starters bactériens = uniquement des bactéries. Ils contribuent à l’acidification de
la pate et à l’apport d’aromes ;
- Les starters mixtes = bactéries + levures. L’apport de levure est facultatif.
Les starters peuvent être liquides (durée de conservation limitée) ou en poudre (a
réhydrater).
 Levains mixtes
Les levains mixtes, qui sont constitués par des mélanges, dont la composition exacte
est souvent indéterminée, de plusieurs souches de S. cremoris (surtout) et de S. lactis. De
28
nombreux levains mixtes sont composés de deux types de bactéries, l'un étant responsable
de la production d'acide et l'autre de la production d'arôme.
Les bactéries acidifiantes prédominantes sont généralement des souches de S.

cremoris, parfois de S. lactis, tandis que les bactéries aromatiques sont des Leuconostoc ou
S. lactis subsp. diacetylactis. Cette dernière espèce exerce une double fonction puisqu'elle
produit aussi de grandes quantités d'acide. Les levains mixtes sont subdivisés en quatre
groupes selon la nature des bactéries d'arôme qu'ils contiennent:
- Levains du type B contiennent des Leuconostoc producteurs d'arôme, tels que Lc.
cremoris, Lc. dextranicum et Lc. lactis ;
- Levains du type D contiennent S. lactis subsp. Diacetylactis comme producteur
d'arôme;
- Levains du type BD contiennent à la fois des Leuconostoc et S. lactis subsp.
diacetylactis comme producteurs d'arôme.
I.2.3. Utilisation des bactéries lactiques dans la transformation du lait
I.2.3.1. Yaourt
Le yaourt est un lait fermenté obtenu exclusivement par la coagulation du lait sous
l'action de deux bactéries : Streptococcus thermophilus et Lactobacillus bulgaricus. Ces
bactéries doivent être vivantes dans le produit et leur nombre doit dépasser dix millions par
gramme de yaourt à la date limite de conservation. Plusieurs types de yaourt sont fabriqués
industriellement (ferme, brassé, fruité…), le mélange de basse demeure le même :
- Le lait (en poudre, concentré…) ;
- Un agent stabilisant (gélatine ; pectine) ;
- Inoculum bactérien de Lactobacillus bulgaricus et de Streptococcus thermophilus
(additionné après pasteurisation du premier mélange et refroidissement à 44-46°C) ;
- Une fois ensemencé, le lait est mis en pots. Les pots fermés entrent ensuite en salle
chaude pendant 3 heures afin de permettre aux ferments de se multiplier et d’ainsi
transformer le lait en yaourt.
29
La figure ci-après illustre plus de détails sur les procédés de fabrication des 2 principaux
yaourts : ferme et brassé.
Figure : Diagramme de fabrication des yaourts
30
I.2.3.2. Fromage
Le fromage et obtenu par transformation du lait grâce à diverses actions microbiennes

et enzymatiques. La coagulation du lait et l'égouttage du caillé obtenu, représentent, en
effet, une sorte de concentration, qui constitue un moyen de conservation auquel il faut
ajouter l'acidification provoquée par la fermentation lactique, qui s’oppose à
l'envahissement du fromage par les bactéries de putréfaction.
Les étapes essentielles de transformation du lait en fromage sont :
- Caillage : C’est la coagulation du lait par une présure (enzyme issue de l’estomac de
la vache) et de ferments lactiques. La quantité de ferments lactiques pourra ainsi
changer selon le type de fromage souhaité ;
- Égouttage : C’est la séparation du caillé du petit lait, ce qui permet de prolonger sa
conservation. Les fromages frais et fromages blancs peuvent être consommés à
l’issue de cette dernière étape ;
- Salage : Les fromages frais ainsi obtenus sont ainsi démoulés puis salés, soit au sel fin
soit dans un bain de saumure saturé. Le salage a trois actions directes sur le fromage
: une action antiseptique, une action de conservation et il donne également du goût
au fromage ;
- Affinage : C’est l’étape finale de la fabrication du fromage ; C’est une phase
complexe et sa durée varie de quelques jours à quelques mois selon les variétés de
fromages.
Les différents types de fromages et les micro-organismes utilisés dans leur fabrication
sont représentés dans le tableau ci-après.
31
Tableau: Classification des différents types de fromages et micro-organismes utilisés

dans leur fabrication
32

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I. Introduction succincte aux grands groupes d'aliments

 Classification des aliments en fonction de leur origine : Compte tenu de ce critère,

 Classification des aliments en fonction de leurs constituants : Ce groupe d'aliments

Glucides Lipides Protides Vitamines

 Classification des aliments en fonction de leur fonction

- Rôle énergétique (glucides et lipides) ;

- Rôle structural (protéines);

- Rôle catalytique ou régulateur (sels minéraux et vitamines).

I.1.1. Origine et nature de la flore microbienne des aliments

Les aliments sont des substances nécessaires à la croissance et l’entretien de notre

Les microorganismes contaminants sont très variés (bactéries, levures, moisissures,

- Flore intrinsèque : Elaboration des aliments fermentés: produits laitiers, pain,

- Flore extrinsèque : Altération des qualités gustatives ou/et esthétiques des

 Plantes et produits dérivés

Bactéries : Acetobacter, Enterobacter, Erwinia, Flavobacterium, Lactobacillus, Leuconostoc,

Moisissures : Genres responsables de dégradations des fruits et végétaux

Levures : Saccharomyces, etc...

 Animaux et produits dérivés

Moisissures : Aspergillus; Rhizopus, Penicillium, Fusarium, etc.

Moisissures : Torulopsis , etc.

La contamination dépend de l’emballage et la surface de l’aliment.

d. Personnel : vêtements, cheveux, mains…..

e. Matériel et environnement de l’usine : problème de Biofilm / sélection d’une

f. Stockage, transport et commercialisation de l’aliment: Humidité, Température,

I.1.2. Grands groupes microbiens intéressant la microbiologie alimentaire

Elles appartiennent à la famille des Enterobacteriaceae comprend de nombreux genres

- Bacilles à Gram négatif ;

La famille des Enterobacteriaceae comprend actuellement 100 espèces répertoriées.

Le genre Pseudomonas appartient au phylum des Proteobacteria, classe des

- Le groupe de P. aeruginosa, dans lequel se trouve les espèces P. syringae,

La pénétration du bacille pyocyanique dans l’organisme humain par le biais de

Les facteurs de virulence de cette bactérie sont surtout :

I.1.2.3. Bactéries acétiques

Les bactéries acétiques (BA) forment la famille des Acetobacteraceae, regroupant

Les BA se répartissent en plusieurs genres constituant une sous-famille de

Les genres rencontrés souvent en industrie alimentaire sont Acetobacter,

Les BA sont des microorganismes aérobies obligatoires, avec un métabolisme

Les BA peuvent présenter une pigmentation en culture solide et produire différents

Certaines souches de BA (Gluconobacter frateurii, Gluconobacter cerinus, Neoasaia

Il existe de nombreux milieux développés pour l’isolement et/ou l’identification des

 Vibrio parahaemolyticus : est responsable le plus souvent d’une gastro-entérite. La

Le genre Brucella appartient à la classe des alpha-protéobactéries et à la famille des

Certaines espèces de Brucella sont pathogènes pour l'homme : B. melitensis, B.

La brucellose est une zoonose, maladie animale transmissible à l’homme, de

Chez l’animal, la brucellose est essentiellement une maladie de la reproduction. Elle

Les staphylocoques sont répartis en souches coagulase (+) : S. aureus et souches

Staphylococcus aureus, extrêmement fréquents, est capable de produire une toxine

La maladie humaine d’origine alimentaire est une intoxination due à l’ingestion

- Les aliments recontaminés après un traitement thermique ou tout autre procédé

Les streptocoques sont des germes anaérobies facultatifs, généralement

Les streptocoques ont été classés au départ en quatre groupes :

Les actinobactéries représentent un vaste groupe de procaryotes constituant l’ordre

Les actinobactéries possédant un véritable mycélium non fragmenté et sporulant sont

Les actinobactéries ne possèdent pas de membrane nucléaire, elles renferment des

L'analyse des hyphes des actinobactéries indiquent l'existence de deux catégories de

Figure : Morphologie des hyphes en croissance dans un milieu liquide.

Les actinobactéries sont des microorganismes omniprésents au niveau de tous les

Généralement, la plupart des actinobactéries sont des hétérotrophes et exigent des

Tableau : Répartition des actinobactéries dans la nature.

Les actinobactéries constituent une source importante d’antibiotiques et d’autres

I.1.2.9. Bactéries sporulées aérobies

Ce sont des bâtonnets Gram+, habituellement mobiles à endospores, la morphologie