Faculté des Sciences – Semlalia Année Universitaire 2019-2020

Département de Biologie
Filière SVI – S4

Travaux Dirigés – Module « Enzymologie

et Biochimie Métabolique »
TD1 – Bioénergétiques
Correction

EXERCICE 1

Calculer ΔGo’ de la réaction (catalysée par L'aspartate aminotransférase, ASAT) suivante :

Aspartate + α-cétoglutarate ⇔ Oxaloacétate + Glutamate

Sachant que Kéq=0,147 à 25°C

R=8,315 J.mol-1.K-1

Solution:

Kéq = 0.147 < 1 => une réaction favorable dans le sens de formation de l’aspartate et
l’α-cétoglutarate
G o '   RT ln( K éq )
 (8.315)(298.3) ln(0.147)
 4750 J.mol-1
 4.75 kJ.mol-1
 Réaction endergonique

EXERCICE 2

Calculer la Kéq de la réaction suivante (T=25°C):

Solution:
Réaction catalysée par Malate déshydrogénase (oxydoréductase du cycle de Krebs)

1
 G o '   RT ln( K éq )
G o '
ln( K éq ) 
RT
 G o ' 
 
K éq  e  RT 

 29700 
 
K éq  e  8.315298.3 
 6.35 106  1

 Réaction favorable dans le sens de formation du Malate confirmé par ΔGo’>>0

A retenir :

K éq 
 Produits et à l'équilibre G '   RT ln( K éq )
 Réactifs
si K éq  1  réaction favorable dans le sens des réactifs
 G '  0 réaction endergonique

si Kéq  1  réaction favorable dans le sens des produits

 G '  0 réaction exergonique

ΔGo’ renseigne sur la variation d’énergie libre (=énergie utilisable par la cellule pour réaliser
un travail ou une réaction donnée) du système (ici en parle d’une réaction) entre l’état finale
et l’état initiale :

- Si cette variation d’énergie est négative (=> G finale>G initiale) : la réaction a libéré de
l’énergie, autrement dit, a donné de l’énergie au milieu extérieur = réaction
exergonique.
- Si cette variation d’énergie est positive (=> G finale< G initiale) : la réaction a pris de
l’énergie du milieu extérieur = réaction endergonique.

EXERCICE 3

En se basant sur les informations suivantes, calculer ΔGo’ de l’hydrolyse de l’ATP à 25°C:

G6P + H2O ----- > Glc + Pi Kéq= 270

ATP + Glc ----- > G6P + ADP Kéq= 890

Solution:
Deux méthode s ou façons de calculer ΔGo’ globale de l’hydrolyse de l’ATP.

Méthode 1 : addition des deux demi-réactions et calcul de la constante d’équilibre de la

réaction globale (Kéqnet) pour calculer directement ΔGo’ globale

2
G6P + H2O ---- > Glc + Pi Kéq1
ATP + Glc ----- > G6P+ ADP Kéq2
----------------------------------------------
ATP + H2O ----- > ADP + Pi Kéqnet ???

K éq1 
 B  et K   D 
 A éq 2
C 
  B  D  
K éq net     K éq  K éq1  K éq 2
    
A C net

G 'net   RT ln( K éq net )   RT ln( K éq1  K éq 2 )

puisque ln( K éq1  K éq 2 )  ln( K éq1 )  ln( K éq 2 )
 G 'net   RT ln( K éq 1 )  RT ln( K éq 2 )
=G 'réaction1  G 'réaction 2
Donc:

G 'net   RT ln( K éq1  K éq 2 )

 (8.315)  (298.3) ln(270  890)
 30730 J.mol-1  30.7 kJ.mol-1

Méthode 2 : calcul de ΔGo’ de chaque demi-réaction

Réaction G6P + H2O ----- > Glc + Pi

G o '   RT ln( K éq )
 (8.315)(298.3) ln(270)
 13886  13.9 kJ.mol-1
Réaction ATP + Glc ----- > G6P + ADP

G o '   RT ln( K éq )
 (8.315)(298.3) ln(890)
 16844  16.8 kJ.mol-1

Go 'net  (16.8)  (13.9)  30.7 kJ.mol-1

3
EXERCICE 4

Considérant la réaction suivant :

ATP + H2O ----- > ADP + Pi ΔG =-30.5 KJ/mol à 25°C

Si on ajuste le pH du milieu à pH 4, la réaction deviendra plus exergonique ou moins

exergonique ? Quelle sera la nouvelle ΔGo’ ?

Solution

Qualitativement, on peut répondre à la première partie de la question comme suivant :

ATP4- + H2O ----- > ADP3- + Pi2- + H+

pH ==> H  

Généralement, l’augmentation de la concentration d’un produit peut forcer la réaction à se

dérouler dans le sens inverse == > réaction deviendra moins exergonique

On sait que :

Gréelle  Gstandard  RT ln( K )

L'énergie libre standard physiologique d'un métabolite A (G°'A) à la concentration à laquelle il
se trouve dans la cellule ([A]φ) est reliée à son énergie libre standard (GA°) par la relation :

G°'A = GA° + RT Ln [A]φ

ΔG°’ === > conditions standards T=25°C, [solutés]=1M sauf pour [H+]=10-7 M et pH =7
(pH physiologique)

ΔG° === > conditions standards T=25°C, [solutés]=1M et compris pour [H+]=1 M (pH =0)

Nous avons ΔG°’ =-30.5 KJ/mol à 25°C

  ADP  Pi   H   
G ' pH 7  G°  RT ln    à pH=7
  ATP  H 2O  
 
 (1)  (1)  (107 ) 
-30500  G  RT ln  
 (1) 
G°  30500  (8.315)  (298.3) ln(107 )
 9438 J.mol-1
Donc ΔG° de l’hydrolyse de l’ATP est égale à : 9,44 kJ.mol-1

4
Maintenant, on peut utiliser cette valeur pour calculer ΔGo’ de l’hydrolyse de l’ATP à pH4 :

  ADP  Pi   H   
G ' pH 4  G  RT ln   
  ATP  H 2O  
 
 (1)  (1)  (104 ) 
= 9438  (8.315)(298.3) ln  
 (1) 
=  13384 J.mol-1  13.4 kJ.mol-1
L’énergie libre de la réaction d’hydrolyse d’ATP à pH=7 est égale 30.5 kJ.mol-1, alors qu’à
pH=4, l’énergie libre de cette réaction est égale à -13.4 kJ.mol-1

Autrement dit, à pH 7 la réaction d’hydrolyse d’une mole d’ATP libère 30,5 KJ alors qu’à pH
4 l’hydrolyse d’une mole d’ATP ne libère que 13,4 KJ d’énergie.

 Ce qui confirme que ‘à pH plus faible la réaction est moins exergonique

pH ==> G '

EXERCICE 5

La fermentation du glucose en lactate renferme la réaction (catalysée par la

diphosphoglycérate kinase) :

1,3-diphosphoglycérate (DPG) + ADP 3-phosphoglycérate (PG) + ATP réaction 1

ΔGo’ de cette réaction est -18 kJ/mol.

1) quelle est-elle la valeur de ΔGo’ pour l’hydrolyse de DPG en PG ? Que peut-on dire à
propos de l’évolution de la réaction lors de la fermentation ?

2) Quelle est-elle la valeur de ΔGo’ de la réaction inverse (catalysée par la DPG kinase) ?

ATP + PG  ADP + DPG réaction 2

Que peut-on dire à propos de cette réaction ?

3) Si le rapport ADP/ATP dans les cellules microbiennes est 0,104 (pH 7,0 ; 30°C), quelle
valeur doit-il avoir le rapport DPG/PG pour que la réaction 2 produise du DPG ?

4) Sachant que les rapports des concentrations cellulaires, ATP/ADP et PG/DPG sont 12 et
140 respectivement, quelle est-elle la valeur de ΔGo’ de la réaction 2 ?

Solution

1) La réaction suivante :

5
 DPG + ADP  PG + ATP ΔGo’=-18 kJ.mol-1

est composée de deux demi-réactions :

DPG + H2O  PG + Pi ΔGo’(1)= ???

ADP + Pi  ATP ΔGo’(2)= 30,5 kJ.mol-1

Puisque la réaction globale comporte l’hydrolyse de DPG et la synthèse de l’ATP, et que la

variation de l’énergie libre de la réaction globale est négative (-18 kJ.mol-1), on peut conclure
que l’hydrolyse de DPG est très exergonique, elle libère l’énergie suffisante pour la synthèse
de l’ATP et il reste 18 kJ.mol-1 libérée au milieu extérieur. Autrement dit, l’hydrolyse d’une
mole de DPG libère 48,5 kJ au total dont 30,5 kJ utilisée pour la synthèse de l’ATP et il reste
18 kJ (=ΔGo’(1)= - 48,5 kJ.mol-1)
Démonstration : ΔGo’ globale = ΔGo’(1) + ΔGo’(2)
ΔGo’(1) = ΔGo’ globale-ΔGo’(2)
= (-18) -(30,5)
= - 48,5 kJ.mol-1
La réaction d’hydrolyse de DPG est très exergonique et favorable dans le sens de formation des
produits (Kéq> 1)

2) La valeur de ΔGo’ de la réaction inverse est 18 kJ.mol-1

Explication :
Considérons la réaction suivante A  B avec ΔGo’A B = X
La valeur de ΔGo’ de la réaction inverse est ΔGo’B A = - X

La réaction 2 (ATP + PG  ADP + DPG) est endergonique (valeur de ΔGo’

positive)

Cette réaction est impossible dans les conditions standards ([solutés] = 1 M) puisque l’énergie
libérée suite à l’hydrolyse d’une mole de l’ATP (30,5 kJ) n’est pas suffisante pour la synthèse
d’une mole de DPG qui nécessite un apport énergétique de 48,5 kJ.

Alors que dans les conditions physiologiques, la cellule peut hydrolyser une quantité
suffisante d’ATP pour la réalisation de n’importe quelle réaction endergonique.

3) Pour que la réaction suivante ATP + PG  ADP + DPG produise de DPG (et bien
sûr de l’ADP) on doit avoir des concentrations des réactifs supérieures à leurs
concentrations à l’équilibre ou bien des concentrations des produits inférieures à leurs
concentrations à l’équilibre. Autrement dit, cette réaction peut avoir lieu dans les cas
suivants :
- Les concentrations d’ATP et de PG sont élevées
- Les concentrations d’ADP et de DPG sont faibles
- La combinaison de ces deux cas.

6
Puisque nous avons le rapport [ADP]/[ATP] dans les cellules microbiennes, on doit
déterminer le rapport de [DPG]/[PG] à l’équilibre et comme ça on pourra déterminer la valeur
des rapports à partir desquelles la réaction pourra se dérouler dans le sens formation de DPG.

Pour déterminer le rapport des concentrations à l’équilibre on peut utiliser la relation

suivante :

  ADP éq  DPG éq 

G   RT ln 
o'

  ATP  PG  
 éq éq 

 ADPéq
 0,104 et G o '  18 kJ.mol-1
on a
 ATPéq
  DPG éq 
G o '   RT ln  0,104 

  PG éq 

  DPG éq  G o '
ln  0,104 

  PG éq   RT

  DPG éq  G o '
ln  0,104   ln  
  PG    RT
 éq 

  DPG éq  G o '

ln    ln  0,104 
  PG    RT
 éq 

  DPG éq  18000

ln    (2, 263)
  PG   (8,315)(303,3)
 éq 

  DPG éq 
ln    4,874
  PG  
 éq 

 DPG éq
 0, 0076
 PG éq
1
 PG éq   DPG éq  131 DPG éq
0, 0076
 ADPéq
 0,104  ATPéq  9,6 ADPéq
Et on a
 ATPéq
Donc pour que la réaction 2 ait lieu dans le sens de production de DPG :

7
 - La concentration expérimentale ou physiologique de 3-phosphoglycérate ([PG]exp) doit
être supérieure à la concentration de 3-phosphoglycérate à l’équilibre ([PG]éq)
=> [PG]exp > 131 [DPG]éq
- Ou la concentration expérimentale de l’ATP ([ATP]exp) doit être supérieure à la
concentration de l’ATP à l’équilibre ([ATP]éq) => [ATP]exp > 9,6 [ADP]
- Ou bien la combinaison des deux conditions

4) A l’équilibre on a
 PG   140 et
 ATP  12 qui sont des rapports de concentration
 DPG   ADP
un peu loin de l’équilibre, donc on utilise la relation suivante pour déterminer ΔG de la
réaction dans les nouvelles conditions de concentration :

  ADP  DPG  
G '  G o '  RT ln  
  ATP  PG  

 1 
G '  18000  (8,315)(303,3) ln  
 12 140 
G '  729 J.mol-1  7,3 kJ.mol-1
ΔG’<0 => réaction qui a lieu dans les conditions physiologique

Ça confirme les résultats de la question 3, on a trouvé que les rapports des concentrations
ATP/ADP et PG/DPG doivent être supérieurs à 9,6 et 131 respectivement, pour que la
réaction produise DPG.

EXERCICE 6

Une solution contenant 0,01 M de chacune de ces substances : fumarate, succinate,

riboflavine et riboflavine-H2 est constituée à 30 °C. Ecrire une équation pour une réaction
thermodynamiquement favorable qui peut avoir lieu et calculer la ΔE de cette réaction. On
donne :

a) Fumarate + 2H+ + 2e-  succinate Eo’ = + 0,03 V

b) Riboflavine+ 2H+ + 2e-  riboflavine-H2 Eo’ = - 0,20 V

Solution

Les demi-réactions impliquées (a,b) sont données par convention dans le sens de réduction.
La demi-réaction (a) a le potentiel le plus élevé, et se produit en tant qu’une réduction en
forçant la demi-réaction (b) à se reproduire en tant qu’une oxydation (= une réaction globale
d’oxydo-réduction). On peut donc écrire la réaction :

Fumarate + riboflavine-H2  succinate + riboflavine

8
Selon cette réaction, thermodynamiquement favorable, le riboflavin-H2 réduit le fumarate en
succinate et, dans le processus, le riboflavin-H2 est oxydée en riboflavine.

ΔE=E accepteur – E donneur (le couple qui a un E le plus élevé pour accepter les électrons donnés
par un couple qui a un E moins élevé) => ΔE > 0 et ΔG < 0 (ΔG = -nFΔE) et on sait pour
qu’une réaction soit thermodynamiquement favorable ΔG doit être négative et donc ΔE doit être
positive :

ΔE = E fumarate/succinate - E riboflavine/rivoflavine-H2 = (+0,03) – (-0,2) = + 0,23 V (> 0)

Ce que vous devez apprendre de cet exercice :

- Les demi-réactions d’une réaction d’oxydo-réduction sont données par convention

dans le sens de réduction (A + 2H+ + 2e-  B)
- Lorsqu’on a deux réactions (une réaction de réduction et une autre d’oxydation, mais
par convention on présente les deux demi-réactions dans le sens de réduction) et on
cherche à déterminer l’équation de la réaction d’oxydo-réduction qui est
thermodynamiquement favorable, on garde la demi-réaction qui a un Eo’ le plus élevé
dans le sens de réduction et on met l’autre réaction dans le sens d’oxydation
- Lorsqu’on inverse une réaction d’oxydation ou de réduction, on n’inverse pas le signe
de E o’ (exemple: la réaction de réduction de fumarate ou l’oxydation de succincte a un
potentiel rédox Eo’ = + 0,03 V)

(pour plus d’explication : https://www.youtube.com/watch?v=Qk8QBM9u12k)

EXERCICE 7

La réaction catalysée par la glyceraldehyde-3-phosphate déshydrogénase est :

GAP + NAD++ Pi  1,3-diPGA* + NADH,H+

* 1,3-diphosphoglycérate

On donne :
1,3-diPGA + 2e- + 2H+  GAP + Pi Eo’ = - 0,29 V
NAD+ + 2e- + 2H+  NADH,H+ Eo’ = - 0,32 V

1) Dans quelle direction la réaction se produira spontanément dans des conditions standards
à 30°C et pH 7 ?
2) Dans quelle direction la réaction se produira si le rapport des concentrations de
NAD+/NADH,H+ est 100/1 et de GAP/1,3-diPGA est 200/1, et la concentration du
phosphate est 0,01 M ?

Solution :

1) Comme ce qu’on a fait pour l’exercice 6, la demi-réaction qui a le Eo’ le plus élevé
évolue en tant que réduction, tandis que l’autre demi-réaction évolue en tant qu’oxydation,
donc dans les conditions standards, les deux demi-réactions se présentent comme suit :

9
 (Eo’ = - 0,29 V > Eo’ = - 0,32 V)

1,3-diPGA + 2e- + 2H+  GAP + Pi (1)

NADH,H+  NAD+ + 2e- + 2H+ (2)

Somme :

1,3-diPGA* + NADH,H+  GAP + NAD++ Pi (3)

Donc la réaction (3) évolue sous les conditions standards dans le sens de la production de
GAP, Pi et NAD+ de façon spontanée (= thermodynamiquement favorable). Pour cette
réaction on calcule ΔEo’ et ΔGo’ :

ΔEo’ = Eo’ accepteur - Eo’ donneur

Eo’ accepteur : Eo’ le plus élevé

Eo’ donneur : Eo’ le moins élevé

 ΔEo’ = (-0,29)-(-0,32V) = +0,03 V

 ΔGo’ = -nF ΔEo’ = - 2 (96500) (0,03)
= -5790 J.mol-1
ΔGo’ = -5,79 kJ.mol-1

ΔGo’ < 0 et ΔEo’ > 0 : toutes les deux indiquent que la réaction 3 est possible d’une façon
spontanée.

2) Dans les conditions décrites, différentes de l’état standard, on peut déterminer la réaction
globale qui évolue spontanément après le calcul de E pour les deux demi-réactions ou
après le calcul de ΔG de la réaction dans les nouvelles conditions de concentrations :

RT Oxydé  RT 1,3-di-PGA 
Pour la réaction (1) E  E  )  Eo' 
o'
ln( ln( )
nF  réduit  nF GAP Pi 
(8,315)(303,3) 1
E  (0, 29)  ln( )  0, 299 V
(2)(96500) 200  0, 01
E(1)  0, 299 V

RT Oxydé  RT  NAD+ 
Pour la réaction (2) E  E  )E 
o' o'
ln( ln( )
nF  réduit  nF  NADH,H + 
(8,315)(303,3) 100
E  (0,32)  ln( )  0, 26 V
(2)(96500) 1
E(2)  0, 26 V

10
Donc la demi-réaction de NAD+/NADH,H+ a le potentiel le plus élevé et par conséquent
évolue en tant que réduction en forçant l’autre demi-réaction à évoluer en tant qu’oxydation.
La réaction globale possible peut être donc formulée comme suivant :

(1) NAD+ + 2e- + 2H+  NADH,H+ Eo’ = - 0,26 V

(2) GAP + Pi  1,3-diPGA + 2e- + 2H+ Eo’ = - 0,299 V

Somme :

GAP + NAD++ Pi  1,3-diPGA + NADH,H+

Dans cette réaction le NAD+ et l’oxydant (accepteur d’électrons et de protons) tandis que le
GAP est réducteur. Donc ΔE peut être calculée :
ΔE = E accepteur – E donneur = (-0,26)-(-0,299) = +0,039
On peut aussi calculer la valeur de ΔG :
ΔG=-nFΔE = (-2) (96500) (0,039) = -7527 J.mol-1 = -7,5 kJ.mol-1

ΔGo’ < 0 et ΔEo’ > 0 : toutes les deux confirme que la réaction peut se dérouler dans la
direction de formation 1,3-diPGA et NADH,H+

11