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1. Définition
2. Variation d’énergie libre de Gibbs
3. Les coenzymes transporteurs d’électrons
4. Le pouvoir réducteur des coenzymes
5. Le rôle et structure de l’ATP
6. Les objectifs du cours de Biochimie médicale
Chapitre I. Introduction générale au métabolisme
1. Définition
Métabolisme = ens. de rxs biochimiques qui se produisent ds l’org.
Métabolisme
Catabolisme = dégradation (rxs exergoniques)
Chapitre I. Introduction générale au métabolisme
L’énergie libre de Gibbbs libérée par une réaction dont ∆G’est très
négative peut être utilisée pour qu’une réaction dont ∆G’ est positive
se déroule.
• Rx 1: A B si ∆G’ << 0 → rx spontanée ds le sens de B
• Ces molécules (NADH, NADPH, FMNH2, FADH2) constituent une forme d’énergie
universelle
•Leur énergie est contenue ds les électrons qu’elles portent à l’état réduit
- ∆G’ libérée lors de son hydrolyse est utilisée pour ≠ travaux cellulaires
L'ATP est une molécule qui joue de nombreux rôles dans l'organisme :
• Localisation
- CRM: memb interne des mitochondries (transporteurs d’és +)
- PO: matrice mitochondriale
2X
4. CRM et phosphorylation oxydative
• 2è partie:
- Mobilisation de l’énergie emmagasinée s/f d’1 gradient de protons à travers la
MMI par un courant inverse de H+ vers la matrice pour permettre la synthèse
d’ATP
- Chimiosmose
4. CRM et phosphorylation oxydative
5.3. Eléments de la CRM
Constitution de la membrane mitochondriale interne (MMI)
• 4 transporteurs fixes d’és
- Complexes protéiques
- Liaison à des gpts prosthétiques des coenz d’oxydo-réduction: FAD, FMN,
protéines à centre Fer-soufre et cytochromes
• 2 transporteurs mobiles d’és
- Ubiquinone (coenz Q) et cytochrome c
- Assurent la continuité de la chaîne en reliant les éléments fixes
- Le coenz Q → transition entre le complexe I ou II et le complexe III
- Le cytochrome c → transition entre le complexe III et le complexe IV
4. CRM et phosphorylation oxydative
5.3. Eléments de la CRM
• Le complexe I: NADH-Coenzyme Q oxydo-réductase (NADH déshydrogénase)
- Substrat: NADH, H et accepteur de H+ et és = Coenz Q (ubiquinone)
- Oxyde le NADH en NAD+
- Réduit le CoQ en QH2 (ubiquinol)
- Pompe les H+ de la MM vers l’EIM
- Contient la FMN et +ieurs protéines à centre Fer-soufre
- Objectif du complexe I: réoxyder le NADH, H+ en NAD+ et transférer 2H+ + 2és
sur le coenz Q à travers la FMN et les protéines à centre Fer-Soufre
- L’entrée du NADH, H+ ds la chaîne se fait au niv du complexe I
4. CRM et phosphorylation oxydative
• Le complexe II: Succinate-Coenz Q oxydo-réductase
- Succinate déshydrogénase (SDH) à coenz FAD
- Enz catalysant la 7è rx du CK
- Plusieurs protéines à centre Fer-Soufre et du cytochrome b
- L’entrée du FADH2 dans la chaîne se fait au niv du complexe II
- Substrats: FADH2 et succinate; l’accepteur de H+ et és = Coenz Q
- Objectifs du complexe II:
• oxyde le succinate en fumarate par la SDH
• réoxyde le FADH2 lié à la SDH à FAD
• réduit le CoQ en QH2 (ensuite migration de QH2 vers le complexe III)
4. CRM et phosphorylation oxydative
• Le complexe III: Coenz QH2-cytochrome c réductase
- Oxyde le QH2 en CoQ
- Réduit le cyt C ferrique en cyt C ferreux
- Pompe des H+ de la MM vers EIM
- Contient: cyt b et c1 + une protéine fer-soufre
4. CRM et phosphorylation oxydative
• Le complexe IV: Coenz QH2-cytochrome c oxydase
- Assemble: cyt a, cyt a3 et 2 ions cuivre
- Oxyde le cyt C ferreux en cyt C ferrique
- Réduit l’O2 en H2O
- Pompe les H+ de la MM vers EIM
4. CRM et phosphorylation oxydative
• Le complexe V: ATP-synthase
- ≠ transporteur d’és
- Constitué de deux éléments:
• La s/unité F1 (facteur de couplage) située côté MM et constituée de +ieurs
s/unités polypeptidiques produisant l’ATP ds mitochondrie
• La s/unité F0 transmembranaire: canal constitué de 4 chaînes polypeptidiques. A
travers lui, les protons regagnent la MM (canal protonique)
- L’activité de pompage des complexes I, III et IV conduit à une grande différence de
concentration des H+. Il en résulte un gradient de concentration des H+.
- Le complexe V laisse revenir les H+ de EIM vers la MM et utilise cette énergie
pour phosphoryler l’ADP en ATP.
NB. Deux protéines transporteuses (ATP translocase et porine) permettent enfin au
coenz ATP/ADP de passer à travers les membranes.
5. Régulation de la chaîne respiratoire
6. 1. Le contrôle de la CRM et dc de la synthèse d’ATP se fait par:
- La disponibilité de l’ADP: A l’état normal, ATP >> ADP
- Si [ADP]↑→ vitesse de la CRM ↑ très rapidement et de façon intense
- Contrôle de la CRM:
• Une inhibition du transfert d’és à l’oxygène, bloque la synthèse de l’ATP
• Réciproquement, une inhibition de l’ATP synthase bloque le transfert des és.
6.2. Les inhibiteurs de la CRM
- Sbces hautement toxiques
- ≠s niv d’inhibition: complexes I, III, IV, V et ATP/ADP translocase
- Interaction avec l’inhibiteur basée sur la similarité de structure de l’inhibiteur
avec un coenz ou le substrat du complexe.
Sites d’inhibition et inhibiteurs de la CRM
• Activation de la glycolyse:
- Déficit d’énergie (excès d’ADP et d’AMP)
- Déficit d’insuline
- Alcalose
3.1.4. Bilan énergétique de la glycolyse
- Evaluation du nbre de moléc d’ATP obtenues lors de la dégradation
d’une molécule de glucose. Il faut comptabiliser:
•Les moléc d’ATP produites ou consommées
• Les moléc de NADH + H+ produites ou consommés
- L’oxydation d’1 moléc de NADH, H+ au niv mitochondrie → 3 ATP
- Les (NADH, H+) ← glycolyse (cytosol) ≠ au niv mitochondrie
- Passage mitochondrial via les « navettes » (métabolites X et Y)
- 2 types de « navettes » selon nature du coenz restitué ds
mitochondrie: (NADH +H) ou FADH2
- Navette à FADH2: la + fréq chez hô (substrat: phospho-dihydroxy-
acétone ← fructose-1,6-diphosphate)
Sachant que la réoxydation d’un FADH2 par la CRM → 2 ATP, un (NADH, H+) ← glycolyse ne vaudra que 2 ATP
3.1.4. Bilan énergétique de la glycolyse
• En aérobiose:
- 1 ATP consommé: étape catalysée par glucokinase ou hexokinase
- 1 ATP consommée: étape catalysée par la 6-phosphofructokinase
- 2 ATP produits: étape catalysée par la 3-phosphoglycérate kinase (2X)
- 4 ATP produits: étape de la réoxydation des 2 (NADH) + H+) catalysée par la 3-
phospho-glycéraldéhyde déshydrogénase (2X)
- 2 ATP produits par la pyruvate kinase (2X)
Rx irréversible
3.2.1. Les différentes étapes du cycle de Krebs
2. Rx d’isomérisation du citrate en isocitrate catalysée par l’aconitase
3.2.1. Les différentes étapes du cycle de Krebs
3. Rx de déshydrogénation de l’isocitrate en oxalosuccinate catalysée par
l’isocitrate-déshydrogénase
4. Rx de β-décarboxylation non oxydative de l’oxalosuccinate en α-cétoglutarate
Rx irréversible
3.2.1. Les différentes étapes du cycle de Krebs
5. Réaction de α-décarboxylation oxydative de l’α-cétoglurate en succinyl-CoA
catalysée par l’α-cétoglurate-déshydrogénase
Rx irréversible
3.2.1. Les différentes étapes du cycle de Krebs
6. Rx de transphosphorylation du succinyl-CoA en succinate catalysée par la
succinate-thiokinase
3.2.1. Les différentes étapes du cycle de Krebs
7. Rx de déshydrogénation du succinate en fumarate catalysée par la succinate-
déshydrogénase
3.2.1. Les différentes étapes du cycle de Krebs
8. Rx d’hydratation du fumarate en malate catalysée par la fumarase
3.2.1. Les différentes étapes du cycle de Krebs
9. Rx de déshydrogénation du malate en oxaloacétate catalysée par la malate-
déshydrogénase
3.2.2. Régulation du cycle de Krebs
- Trois Rxs du CK sont irréversibles:
• Le citrate synthase (1ère rx du CK): le citrate est l’inhibiteur compétitif de l’oxaloacétate
• L’isocitrate déshydrogénase: inhibée par l’excès d’ATP et NADH+ et activée par le NAD
et le FAD
• Le complexe de l’α-cétoglutarate déshydrogénase (catalyse une rx analogue à celle du
complexe de la pyruvate déshydrogénase): activée par le calcium et inhibée par le
succinyl-CoA et le NADH.
- La régénération de l’oxaloacétate est nécessaire pourque le CK fonctionne à flux cst.
- Son apport régulier au CK est assuré par les aa
- Il est le pt de départ de nombreuses biosynthèses: aa, glucose, acides gras et
cholestérol
3.2.3. Bilan énergétique du cycle de Krebs
3.3. Bilan énergétique du catabolisme glucidique
3.3.1. En aérobie
3.3. Bilan énergétique du catabolisme glucidique
3.3.2. En anaérobie
•Bilan de la glycoyse: formation de 2 ATP et de 2 NADH, H+
• Bilan du catabolisme du pyruvate: formation de lactate + consommation de 2 NADH, H+
• Bilan du cycle de Krebs: en anaérobie, le CK ne fonctionne pas
1. Réaction de transcetonisation
2. Réaction de transaldonisation
3. Réaction de transcetonisation
Bilan des rxs d’isomérisation et de transfert de groupement
Bilan des rxs d’isomérisation et de transfert de groupement
Bilan du cycle
3 G-6-P + 6 NADP+ → 3-P-Glyceraldéhyde + 2 Fr-6-P + 3 CO2 + 6 NADPH + 6H+
Comme dans glycolyse: 2 Fr-6-P ↔ 2 G-6-P
Alors: 1 G-6-P + 6 NADP+ → 3 CO2 + 3-P-Glyceraldéhyde + 6 NADPH + H+
5.1. La voie des pentoses-phosphates
• Régulation
- Se limite à la partie oxydative (rxs irréversibles):
꙳ G-6-PD: inhibée par NADPH,H+
꙳ Phosphogluconate déshydrogénase: inhibée par l’ACoA
꙳ Activation de la voie des PP lors de la division cellulaire ou ds les phases rapides
du dvpt
- Production de l’énergie
- Troubles du métabolisme des glucides:
▪ Hyperglycémies (diabètes sucrés)
▪ Hypoglycémies (glycogénoses)
Exemple question de l’interrogation
HMG-CoA synthétase
a) Synthèse de l’isoprène biologique
HMG-CoA réductase
a) Synthèse de l’isoprène biologique
Mévalonate kinase
b) Synthèse de squalène
+ 2 NADPH
c) Transformation du squalène en cholestérol
(Squalène oxydase)
c) Transformation du squalène en cholestérol
- Sécrétion hépatique
- Stockage ds vésicule biliaire
- Transport ds les voies biliaires
- Propriétés détergentes: émulsion des lipides alimentaires ds l’intestin
et favorisent leur absorption.
- Ds l’intestin: déconjugaison et réduction par les bactéries des sels
biliaires au niv de la position 7. On obtient les sels biliaires
secondaires: désoxycholique et lithocholique
Importance bio-médicale
- Production d’énergie
- Trouble du métabolisme des lipides:
▪ Dyslipidémies (maladies cardiovasculaires: AVC, thrombose, infarctus
du myocarde)
▪ Hyerlipémies essentielles
▪ Hperliprotéinémies familiales
▪ Lipidoses
Chap V. Métabolisme des acides aminés et protéines
1. Introduction générale
2. Digestion des protéines alimentaires
3. Dégradation des acides aminés
3.1. Principales réactions des aminoacides
3.2. Le devenir du gpt -NH2 des acides aminés
3.3. Le devenir du squelette carboné des acides aminés
4. Biosynthèse des acides aminés
4.1. Principales voies de synthèse des acides aminés non essentiels
4.2. Exemples de synthèse de quelques acides aminés
1.Introduction générale
- AA= monomères des protéines
- Source: endogène et alimentaire
- Pas de forme de réserve: 3 destinées
• décarboxylation en amines bioactives puis en aldéhyde
• transamination et désamination oxydative en acides cétoniques → excrétion du
gpt-NH2 s/f urée ou s/f d’ammoniaque ou recyclé pour la synthèse d’1 autre aa.
• Le squelette carboné peut être réutilisé pour reformer l’aa correspondant ou
servir de précurseurs soit à la synthèse des glucides (néoglucogenèse, aa
glucoformateurs) soit à la synthèse des acides gras (aa cétoformateurs)
- Le métabolisme des aa chez les mammifères répond à 2 impératifs:
• Maintenir le pool des aa
• Assurer le renouvellement (turn-over) des protéines
R= chaîne aliphatique
- Simple ou ramifiée: leucine, isoleucine
- Avec OH: Sérine, Thréonine
- Avec S: cystéine, méthionine
- Avec COOH supplémentaire: aspartate, glutamate
- Avec NH2 supplémentaire: lysine, arginine
- = Benzène: phenylalanine, tyrosine
2. Digestion des protéines alimentaires
a) Digestion ds l’estomac
- s/l’action du suc gastrique (HCl, pepsinogène, pepsine = endopeptidase)
- Libération des peptides et qlqs aa
b) Digestion par les enzymes pancréatiques
- Dégradation des polypeptides ← pepsine au niv intestin grêle par action des enz du
pancréatique → réduction en oligopeptides et qlqs aa
- 2 hormones contrôlent la libération et l’activation des proenz: cholécystokinine et la
sécrétine.
- Une entéropeptidase présente à la surf de ces hormones active la trypsine au départ
du trypsinogène
- Seule la liaison peptidique ds laquelle est engagée le gpt carboxyle de l’arginine ou
lysine est hydrolysée par la trypsine
- Chymotrypsine pour Tryp, Phe, tyrosine, leucine ou méthionine.
2.1. Types de digestion des protéines alimentaires
c) Digestion par les enzymes de l’intestin grêle
- Action des aminopeptidases → aa libres
2.2. Absorption des acides aminés libres et des dipeptides
- A la fin de la digestion: absorption des aa et dipeptides au niv de l’intestin grêle
- Hydrolyse des dipeptides ds le cytosol des cel intestinales
- Excrétion des aa ds la veine porte + acheminement vers le foie
- Ds le foie, ils sont soit métabolisés soit libérés ds la circulation générale
3. Dégradation des acides aminés
- Pas de réserve d’aa >< glucides, lipides
- 1ère dégradation par transamination ou oxydation
- Ion ammonium récupéré et recyclé → autre aa ou éliminé
- Le squelette carboné récupéré →aa correspondant ou servir de précurseur à la
synthèse des glucides (aa glucoformateurs) ou convertis en acétyl-CoA pour la
synthèse des acides gras (aa cétogènes)←
3.1. Principales réactions des aminoacides
a) Transamination
- Rx générale du mét des aa: intervient ds catabolisme et anabolisme des aa
- Echange du gpt α-aminé entre 1 aa et un α-cétoacide
- Enzymes: aminotransférases ou transaminases (cofac: pyridoxal-P ← Vit B6)
- Ds transamination orientée vers dégradation des aa: α-cétoglutarate = accepteur
du gpt α-NH2 avec formation d’un glutamate
Principaux céto-acides: - α-cétoglurate ≡ acide glutamique
- oxaloacétate ≡ acide aspartique
- pyruvate ≡ alanine
L’aspartate aminotranférase (ASAT) = Glutamate oxaloacétate transaminase (GOT)
L’alanine aminotransférase (ALAT) = Glutamate pyruvate transférase (GPT)
b) Désamination oxydative
- La désamination oxydative libère le gpt-NH2 s/f d’ammoniac libre
avec formation du squelette α-cétoacide correspondant ><
transamination
- Elle est très active ds le foie et ds les reins
- Enzyme: glutamate déshydrogénase
La glutamate déshydrogénase
c) Décarboxylation
Porphobilinogène
Uroporphyrinogène III
Protoporphyrinogène Protoporphyrine
6. Catabolisme de l’hème
7. Importance biomédicale du métabolisme de l’hème
- Compréhension des diverses fonctions des hémoprotéines (Hb,
myoglobine, cytochromes, catalases et certaines peroxydases)
- Porphyries = groupe de maladies induites par des anomalies de la
biosynthèse des différentes porphyrines.
- Ictère = trouble bien fréquent ←↑élévation des taux plasmatiques de
la bilirubine (catabolite ultime de l’hème)