NATURE

Ces bactries qui

dopent les plantes
Le mcanisme de symbiose bactrienne permet certaines plantes de crotre fortement et
de manire naturelle. quand une agriculture sans engrais chimique ? Explications.
Par Loc Chauveau

e suis tout simplement

admiratif de personnes
aussi jeunes, aussi matures,
aussi intelligentes. Jean Dnari, 74ans, fait chapeau bas devant
les trois lycennes irlandaises de
16 ans qui viennent de remporter
ldition 2014 du Google Science
Fair, le concours scientifique du
gant amricain de lInternet.
mer, Ciara et Sophie ont en
effet dmontr que des bactries
fixatrices de lazote de lair, appeles rhizobiums, vivant sur les
racines des lgumineuses (plantes
gousses, aussi appeles fabaces) pouvaient amliorer la germination des grains et favoriser
la croissance des crales. Jessaie de convaincre mes collgues
chercheurs de les inviter en France
pour une ventuelle collaboration,
poursuit le directeur de recherche
mrite de lInra, lInstitut national de la recherche agronomique.
Quont donc rellement dcouvert ces jeunes filles pour mriter cette admiration? La base de
leur rflexion remonte des millnaires, les gyptiens de la fin
de lAntiquit ayant dj remarqu quune rcolte de riz tait

G
Sophie Healy-Thow, mer Hickey et Ciara Judge viennent dtre
rcompenses pour leurs recherches sur lutilisation des bactries
capables de fixer lazote pour faciliter la croissance des crales.

meilleure aprs que le champ eut

servi cultiver du trfle dAlexandrie. En Amrique centrale, les
peuples prcolombiens associaient le mas et le haricot pour
obtenir de meilleurs rendements.
Empiriquement, les agricultures
du monde entier ont donc utilis
pendant des sicles cette facult
des haricots, pois, luzerne, soja
pousser sans engrais tout en amliorant la qualit des sols.
Mais ce nest qu la fin du
xixesicle que lexplication a

RHizobium Bactrie vivant dans les premiers

centimtres du sol, capable de fixer lazote
de lair et de le transformer en ammoniac
pour sa plante hte. Il en existe plusieurs
dizaines despces vivant prfrentiellement
avec certaines plantes.
60 - Sciences et Avenir - Novembre 2014 - N 813

scoTT sTUppi

1 milliard
de bactries

sont prsentes dans

1 gramme de sol,
appartenant 1 million
despces.

AzoTe lment chimique qui compose 78% de

latmosphre terrestre. Les minraux qui contiennent
principalement de lazote sont les nitrates. Le procd
Haber Bosch de synthse chimique de lammoniac
exige de grandes quantits dnergie obtenue partir
de la combustion de gaz naturel.

t trouve: cest en sassociant

des bactries spcifiques que
les lgumineuses ont obtenu ces
proprits tonnantes. Il y a environ 60millions dannes, lorsque
cette nouvelle famille de plantes
est apparue, elles se sont en effet
lies des bactries capables de
capter le diazote de lair que les
vgtaux ne peuvent exploiter
pour le transformer en ammoniac,
quils peuvent assimiler (voir linfographie p. 63). Ces plantes ont ainsi
acquis un avantage adaptatif certain puisque leur croissance nest
pas limite par la disponibilit en
nitrate des sols. Elles disposent
au contraire dun norme gardemanger: les 78% de diazote qui
composent latmosphre terrestre.
Cest pourquoi les lgumineuses
forment de grosses graines car
elles ont de quoi fabriquer beaucoup de protines. Dans cette
association bnfice mutuel, la
plante fournit une niche protectrice
et de lnergie aux bactries qui, en
change, synthtisent de lammoniac pour leur hte, rsume Jean
Dnari.
Les trois lycennes irlandaises,
dotes dune solide fibre scienti-

SymbioSe Association

entre deux organismes

vivants qui retirent de leurs
changes un bnfice mutuel.
Lesdeux partenaires
sont appels symbiotes.

NATURE

Agronomie


Des nodules de Rhizobium leguminosarum associs des plants de petits pois. Le fait de pouvoir synthtiser de
lazote en abondance explique la gnrosit des lgumineuses capables de produire quantit de grosses graines.

fique, ont eu lide de sintresser

ce sujet trs ardu lors dune sance
de jardinage. La maman dmer
cultivait son potager, racontentelles aujourdhui. Elle a trouv des
nodules sur les racines de ses plants
de petits pois. mer a trouv a intressant et les a apports notre prof
de sciences. La simple curiosit
se mue alors en exprience. Les

jeunes filles font une recherche

bibliographique et remarquent
que si les vertus des rhizobiums
sur les lgumineuses sont bien
dcrites, peu dexpriences ont
t menes sur leur adaptation
aux crales. Lide germe: vrifier si cela marche aussi avec le
bl. Avec deux buts bien en phase
avec leurs proccupations dado-

DENIS BRINGARD/BIOSPHOTO

lescentes: faire reculer la faim

dans le monde et rduire lutilisation des engrais chimiques.
Pour leur exprience, les trois
amies ont utilis une dcouverte
faite Toulouse, prcisment
par le Laboratoire des interactions plantes-micro-organismes
(LIMP), cofond en 1981 par Jean
Dnari : il existe des gnes spcifiques aussi bien chez les bactries
que chez les plantes llaboration
de la symbiose. Le laboratoire a
dabord dvelopp des outils gntiques capables de dterminer ces
zones de lADN.
Un mini-chromosome pour
contrler la symbiose
Choisie pour son petit gnome,
Medicago truncatula (luzerne tronque) est devenue un modle de
laboratoire ainsi que sa bactrie associe Sinorhizobium meliloti. Nous avons ainsi montr que
chez les rhizobiums, les gnes contrlant la symbiose sont situs sur un
mini-chromosome spcifique, partir
duquel les gnes nod qui contrlent la
spcificit dhte, linfection et la formation des nodosits ont pu tre clons et caractriss, explique Jean
Dnari. Puis, les quipes toulousaines ont montr que ces gnes
nod contrlent galement la synthse et la scrtion de signaux
de reconnaissance entre plante et
bactries, appels facteurs nod,
qui sont des lipochito-oligosaccharides (LCO), des molcules
composes de chanes de lipides
et de sucres.
Quont fait les jeunes Irlandaises?
Chez elles, elles ont construit des
incubateurs temprature contrle et une chambre aseptise, o
des graines de bl et dorge ont t
mises germer dans de petits pots.
Ces pots ont t inoculs avec des
extraits infimes de LCO issus de
deuxbactries tests R. leguminosarum et R. japonicum. Les chercheuses en herbe nont pas oubli
de crer un groupe tmoin sans
inoculation et men la culture de 

N 813 - Novembre 2014 - Sciences et Avenir - 61

NATURE

 deux groupes de plantes, lun

petite chelle sous serre, lautre
dans le jardin de la maman dmer
en plein air dans des bacs.
En onze mois, les jeunes Irlandaises ont men 125 expriences
sur 9500 exemplaires de graines
demandant 120000 mesures
manuelles. Elles ont ainsi not
une augmentation de la vitesse de
germination des graines de 40%
tandis que lorge inocule prsente une production majore de
70% de matire sche. Ces rsultats montrent un potentiel significatif daugmentation des rendements
des cultures et une diminution des
pertes dues de mauvaises conditions mto, concluent, enthousiastes, les laurates. Mais sans
doute un peu vite Car, si linitiative est remarquable, les rsultats, eux, doivent tre temprs.
Nous constatons presque toujours que les rsultats en condition
de laboratoire ne se confirment
pas en pleine nature, prvient
Guillaume Bcard, directeur


Plants de petits pois et, grossis, leurs nodules. La couleur des
nodules est due la prsence dhmoglobine, dont la fonction
est mal connue mais semble ncessaire la fixation dazote.

PHOTOS : PLAINPICTURE - BURGESS/SPL/COSMOS

Agronomie

du Laboratoire de
recherche en sciences
vgtales (LRSV) de
luniversit Paul-Sabatier de Toulouse. Il faudrait donc pouvoir mener de
longs essais en conditions relles
pour sen assurer. En outre, les
chercheurs doutent que les deux
souches bactriennes choisies
puissent sadapter aux sols agricoles des pays pauvres que ciblent
les jeunes filles.
Si les laboratoires toulousains ne
se sont pas lancs dans ce genre
dexprimentations, cest quils
sont accapars par une autre piste,
trs prometteuse, ouverte Toulouse: lutilisation des symbioses
mycorhiziennes. Datant dil y a
au moins 400millions dannes,
lassociation plante/champignon
aurait permis rien de moins que
ladaptation des plantes aquatiques
sur Terre (lire notre hors-srie n179,
octobre2014). 330 340millions
dannes plus tard, les bactries
auraient pioch dans la mme

MICRO-ORGANISMES

Lincroyable biodiversit des sols

lus fort que la fort

quatoriale ou la Grande
Barrire de corail!
Les quelques centimtres
de la couche suprieure de
la crote terrestre reclent
la plus forte biodiversit
de la plante. Chaque
gramme de sol contient en
moyenne un milliard dindividus
appartenant un million
despces de bactries. Et ce
mme gramme abrite 100000
champignonsmicroscopiques,
dtaille Lionel Ranjard
chercheur lUMR
agrocologie de lInra
de Dijon. Dans de telles
conditions, un inventaire
espce par espce est
impossible, dautant que
les bactries voluent trs

vite, mutent et changent

loccasion des zones de leur
ADN respectif. Nous avons
par ailleurs constat que chaque
espce occupe des micro-niches
dans le sol, des cosystmes
favorables o les individus se
concentrent, ce qui signifie
quils peuvent tre absents
dans les quelques grammes
de sol voisins, poursuit
Aurlie Deveau, spcialiste
de la microbiologie des sols
forestiers lInra de Nancy.
Au total, la biomasse des
micro-organismes dune
prairie est suprieure celle
de lherbe qui y pousse et
de 10 vaches qui y
brouteraient.
Ces caractristiques
impliquent lutilisation

62 - Sciences et Avenir - Novembre 2014 - N 813

de techniques de mtagnomique qui permettent

de mesurer le nombre
despces et leur abondance.
LInra de Dijon a pu ainsi
dfinir lesdiffrences entre
les sols forestiers, agricoles
et de prairies. Quelques
enseignements en ont
merg. Ainsi, plus un terrain
est alcalin, plus la biodiversit
des sols est importante. Les
sols sableux sont pauvres
en micro-organismes, au
contraire des terres argilolimoneuses. LInra de Dijon a
dcoup lHexagone, la Corse
et les dpartements doutremer en 2200carrs de 16 km
de ct, o ont t prlevs
et analyss des chantillons
de sol. Les rsultats,

publis en 2013 dans Nature

Communications, montrent
une biodiversit inverse
de celle des grands animaux.
Plus homognes et peu
perturbs, les sols forestiers
favorisent la stabilit des
populations, tandis que les
perturbations apportes
par les labours accroissent
les diffrences entre
cosystmes et favorisent
lmergence dun plus
grand nombre despces.
Opportuniste toujours,
pathogne parfois, le plus
souvent symbiotiques et
utiles: les micro-organismes
du sol pourraient bien
se rvler lavenir comme
des auxiliaires prcieux
de lhomme.

NATURE

Agronomie

trices dazote. Nous proposons

ce que nous appelons la biodynastablit la symbiose bactrienne
misation azote des lots agricoles
(BAIA), dtaille Cdric Cabanes,
son PDG. Les agriculteurs nous
Zone active de fixation
du diazote
Rhizobium pig
Croissance
Bactrode envoient un chantillon de leur sol
du cordon
afin que nos chercheurs dterminent
dinfection
Foyer
les populations bactriennes. Nous
infectieux
les multiplions et les renvoyons
Nodule
Boucle
lexploitation pour quelles soient
racinaire
pandues sur les terres.

Comment
Rhizobium
Poil racinaire
absorbant

PIDERME
de la racine
CORTEX
de la racine

Ramification
du cordon
dans les cellules
du cortex

Sur les racines des plantes, les bactries

(rhizobiums), transforment un poil racinaire
( gauche) en nodule ( droite) fixateur dazote.
par un mcanisme complexe dinfection. Au
contact du poil racinaire, les bactries mettent
un message chimique (facteur nod) qui avertit
la plante de leur prsence et les autorise
pntrer sescellules. Le poil senroule et forme
une boucle do un cordon dinfection part
jusquau cortex de la racine o il se ramifie. Il
y stimule les divisions cellulaires, ce qui induit

bote outils molculaires

pour raliser leur propre symbiose avec les lgumineuses. Ainsi,
ce sont les trois mmes gnes de la
plante qui sont requis pour la symbiose avec les bactries, comme
avec les champignons. Et les rles
sont complmentaires puisque
les bactries captent surtout du
nitrate et les champignons du
phosphore. Du coup, la communaut des chercheurs sur les bactries et celle sur les champignons, qui
ne se parlaient pas, se sont mises
collaborer, samuse Guillaume
Bcard. Les scientifiques ont une
ide simple en tte. Puisque 90%
des plantes terrestres lgumineuses
comprises sont mycorhizes et
ont donc des gnes de reconnaissance
des LCO, il devrait tre plus facile
de leur faire accepter une symbiose
bactrienne, conclut Guillaume
Bcard. Cest sur cette ide qua
t form en 2012, et pour cinq

Rhizobium
infecte les cellules
du cortex

BETTY LAFON

MICROBIOLOGIE

la formation dun nodule au sein duquel se

glissent les rhizobiums qui se sont galement
multiplis. Devenus des bactrodes (sans
fonction de reproduction, ce qui stoppe le
gonflement du nodule), leur seule fonction
est alors de transformer lazote de lair (N2ou
diazote) en ammoniac (NH3), ce qui aide la
plante pousser. Cette opration est cependant
trs coteuse pour elle, puisquelle reprsente
environ 30% de sa production dnergie par
photosynthse.

1,7 million
de tonnes
dengrais

chimiques ont t
pandus en France en
2011, soit 74%
des engrais utiliss
cette anne-l.

1 million de
tonnes
La production
de pois, luzerne et
autres lgumineuses
en France (2011).

52 83 %
des gaz effet
de serre
produits par
lagriculture sont dus
aux engrais azots.

ans, le programme scientifique

Engineering Nitrogen Symbiosis
for Africa (ENSA), financ par la
fondation Bill et Melinda Gates.
Le pool, compos de laboratoires
britanniques, danois, amricains
et franais, cherche les cls gntiques pour autoriser une symbiose bactrienne sur le mas.
Lambition est damliorer les rendements des paysans africains sans
quils aient besoin dacheter des
engrais chimiques, inabordables
pour eux. Le rve des trois Irlandaises est donc dj en marche,
mais il emprunte une autre voie
que la leur
De mme, certains se sont dores
et dj lancs dans lutilisation
industrielle des bactries en
agriculture. Dans la banlieue de
Toulouse, la socit Agrinutrition propose ainsi depuis 2012
aux agriculteurs densemencer leurs sols de bactries fixa-

Les multinationales attires

par ce nouveau march
Lan dernier, 5000 hectares ont
ainsi t traits. Le dbut est
timide mais les ambitions trs
grandes. Agrinutrition revendique
un apport naturel de 20 50 kilos
de nitrate par hectare, soit jusqu
un tiers de la fertilisation azote
annuelle et une hausse de production de 2,5 quintaux par hectare.
Cest une tout autre chelle que
se situe Novozymes, multinationale danoise employant plus de
6000 salaris dans le monde.
Novozymes dveloppe depuis
les annes 2000 des inoculats
enrichis en LCO pour acclrer
la formation de nodosits dans les
grandes cultures de lgumineuses
comme le soja. Sur le soja, ces
extraits pandus quelques diximes
de milligramme par hectare permettent de se passer presque entirement
dengrais chimique, tmoigne
Jean Dnari, qui a assist aux
premires expriences dans le
Wisconsin (tats-Unis).
Novozymes vient de signer un
accord de partenariat 300 millions de dollars (236 millions deuros) avec une autre multinationale
attire par un march de 2,3 milliards de dollars par an et avec un
fort taux de croissance : Monsanto.
Le gant amricain, spcialiste
des biotechnologies agricoles et
notamment des trs contests
OGM, tente ainsi de mettre un
pied dans ce secteur davenir.
On se demande ce que peuvent
bien en penser nos trois jeunes
Irlandaises 

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