Support COURS (Partie 2)

Enterococcus

Staphylococcus

Observés par Pasteur en 1879 dans un pus de furoncle, les staphylocoques doivent leur nom
à OGSTON (1881) qui les a mis en évidence dans des abcès aigus et chroniques
Caractères généraux
Les sont des coques (cocci) à Gram positif (de 0,1 à 1 μm de Θ), groupés en amas ayant la
forme de grappes de raisin, immobiles, non sporulés ,catalase positive, oxydase négative. ils
se développent facilement, en aérobiose ou en anaérobiose, poussent sur la plupart des
milieux usuels.
Les des milieux sélectifs, hypersalés ou contenant du tellurite de potassium, facilitent leur
isolement à partir des prélèvements plurimicrobiens.
Parmi les plusieurs espèces du genre actuellement répertoriées, les principales sont
Staphylococcus aureus ( la plus pathogène), S.epidermidis et S.saprophyticus
Habitat et transmission
Elles font partie de la flore cutanée naturelle et colonisent particulièrement les muqueuses
externes (rhinopharyngées). Cependant, ces bactéries sont fréquemment retrouvées dans
l'environnement (eaux non-traitées, sols, objets souillés). Une fois éliminées dans le milieu
extérieur, ces bactéries très résistantes sont fréquemment retrouvées dans l’environnement.
Que ce soit à l'hôpital ou en dehors, les staphylocoques peuvent se transmettre d'un individu
à l'autre (si l'un des deux a du pus sur la peau par exemple) mais aussi via les objets
contaminés (serviettes, oreillers, téléphones, ordinateurs...)( transmission directe). Très
résistants, ils peuvent survivre plusieurs jours en dehors du corps, même dans des endroits
très secs et à des températures très élevées. Ils peuvent se transmettre par l'alimentation,
en se multipliant dans certains aliments, là où ils développent des toxines.

Caractère S. aureus S. epidermidis S. saprophyticus

Coagulase + - -

Sensibiité à la novobiocine sensible sensible résistant

Fermentation du manitol + - -
en anaérobiose

Phosphatase + + -

Il provoque des infections des voies urinaires, principalement chez les jeunes femmes
sexuellement actives. L'infection est symptomatique et peut impliquer également les voies
urinaires supérieures. Les hommes sont beaucoup moins souvent infectés. S. Epidermidis est
une cause fréquente d'abcès au point de suture. Il a une prédilection pour la croissance sur
les corps étrangers implantés tels que les valves artificielles, les shunts, les cathéters
intravasculaires et les appareils prothétiques entraînant une bactériémie. Chez les
personnes présentant des anomalies structurelles des voies urinaires, il peut provoquer une
cystite. Une endocardite peut être provoquée, en particulier chez les toxicomanes.
Staphylococcus aureus ( staphylocoque doré) : est le germe le plus fréquemment impliqué
dans les infections nosocomiales (infections contractées à l’hôpital) et est une cause majeur
d'intoxications alimentaires . C’est l’espèce la plus pathogène.

⮚ 30 à 50% de la population sont porteurs asymptomatiques de staphylococcus aureus. Le

site de colonisation préférentiel de S. aureus chez l’homme est la muqueuse nasale.
Également au niveau digestif et au niveau vaginal. A partir des sites de portage, S. aureus se
propage.

✓ La transmission intra- ou inter- humaine s’opère généralement par contact direct

(manuportage)
Facteurs de virulence
S. aureus possède de nombreux facteurs de virulence ce qui explique la gravité et la diversité
des infections staphylococciques à Staphylococcus aureus (responsable d’infections
suppuratives superficielles et ainsi que de syndromes liés à l’action de toxines.

❑ infections suppuratives

❑ diffusion hématogène avec possibilité de métastases infectieuses

❑ syndromes toxiniques

➢Facteurs associés à la paroi cellulaire

Capsule, protéine A, polysaccharides etc...)
Des protéines de surface ( adhésines) qui permettent la colonisation des tissus

➢ Facteurs extracellulaires toxines + enzymes)

Enzymes : coagulase, catalase, lipase, hyaluronidase, DNAase, thermonuclease,
staphylokinase
(fibrinolysine), phosphatase)
Toxines: Hémolysines (alpha, béta, gamma et delta ou toxines (pore-forming toxins) les
hémolysines A, B , D et G (Staphylolysines) favorisant la pénétration de la barrière cutanéo-
muqueuse)
Leucocidine (Panton-Valentine Toxin) est une toxine à deux composants agissant de façon
synergique sur les membranes cellulaire (toxine synergohyménotrope)
Entérotoxine
Toxine du syndrome du choc toxique (TSST)
Exfoliatines (toxine épidermolytique)
Pouvoir pathogène
Staphylococcus aureus est impliqué dans:
➢ Les infections
1. Infections de la peau et des tissus mous
2. Infections de l’ Appareil musculo-squelettique : ostéomyélite arthrite,, pyomyosite.
3. Infections respiratoires: Amygdalite, pharyngite, sinusite, otite, bronchopneumonie,
abcès pulmonaire, rarement pneumonie.
4. Infections du système nerveux central : Abcès, méningite, thrombophlébite
intracrânienne
5. Infections endovasculaires : Bactériémie, septicémie, pyémie, endocardite. Rarement
pneumonie

➢ Les intoxications

Toxines Syndromes cliniques associés

Infections cutanées primitives de la peau

et des tissus mous . Elles sont responsables
▪ d’infections cutanées sévères à
évolution nécrotique
PVL(pore-forming toxins) ▪ de pneumonies nécrosantes ( de
40 à 60% de mortalité).
▪ d’infections ostéo-articulaires
sévères(caractérisées par un taux
important de séquelles

TSST-1
Choc toxique staphylococcique et formes
mineures (scarlatine staphylococcique,
etc.)

Entérotoxines Toxi-infection alimentaire (Nausées,

vomissements, diarrhées quelques
heures après contamination et absence
de fièvre)
Choc toxique staphylococcique(Fièvre >
38°8, éruption maculaire diffuse, une
desquamation cutanée secondaire, une
hypotension et une atteinte multi-
systémique )

Exfoliatines Syndrome d’exfoliation généralisée

Impétigo bulleux
Diagnostic
Échantillons prélevés : Dépendent du type d'infection.
Lésion suppurative : Les infections cutanées à staphylocoques sont généralement
diagnostiquées sur leur aspect.
- pus (La microscopie directe avec frottis coloré au Gram est utile en cas de pus, où l'on
observe des cocci en grappes)
Infection respiratoire:
Bactériémie et septicémie:
Intoxication alimentaire
Pour la détection des porteurs
- écouvillon nasal.
a. Culture :
Milieux usuels, lors d'une incubation à 35 °C pendant 24 à 48 h, les staphylocoques se
développent rapidement sur une variété de milieux, avec des colonies qui varient 1 à 3 mm
de diamètre en 24 h
Sur la gélose au sang , la colonie typique est pigmentée (crème /gris / gris-blanc avec une
teinte jaunâtre allant du jaune à l'orange), lisse, entière, légèrement surélevée et
hémolytique .
Sur une gélose Columbia au sang , les colonies de S. aureus sont pigmentées en jaune et
entourées d'une zone de bêta-hémolyse. Les colonies de S. epidermidis sont sans
pigmentation jaune et non hémolytiques.
b) Caractéristiques culturelles :
c) Coloration de Gram : les frottis sont examinés à partir de la plaque de culture et révèlent
des cocci à Gram positif (1 μm de diamètre) disposés en grappes de raisin.

➢ Le test de coagulase en tube est réalisé en:

❑ transférant une grande colonie bien isolée d'une gélose non sélective dans 0,5 ml de
plasma de lapin reconstitué.

❑ Incubant le tube à 37 ° C pendant 4 h et d'observer le tube pour la formation de caillots

en inclinant lentement le tube à 90 ° de la verticale.

❑ Observant la formation d’un caillot ( coagulation)

➢ Coloration de Gram
➢ Catalase
➢ Oxydase
➢ DNAse
Traitement

➢ Drainage et désinfection

➢ Antibiothérapie:

✓ Aminosides: gentamicine (association synergique avec les BL)

✓ Macrolides et apparentés : clindamycine, pristinamycine, linézolide
✓ Fluoroquinolones: ofloxacine, levofloxacine
Molécules à forte pénétration tissulaire à ne pas utiliser en monothérapie :

✓ Fosfomycine, acide fusidique, rifampicine, fluoroquinolones

• Antibiotiques à activité anti-toxinique:

Le genre Enterococcus

Phylum: Firmicutes
Classe: Bacilli
Ordre: Lactobacillales
Famille: Enterococcaceae
Genre:Enterococcus
Espèces: E.faecalis, E.faecium........

Les entérocoques (streptocoques du groupe D ou streptocoques entériques) sont des

bactéries pathogènes opportunistes commensales par excellence des muqueuses digestives.
•Caractères généraux:
➢cocci à Gram positif
➢non sporulés
➢non exigeants
➢aéro-anaérobies
➢dépourvus de capsule
➢Immobiles
➢α ou non hémolytiques rarement β hémolytiques
➢ Se présentant sous forme de coques isolés ou arrangés en paires ou en chaînettes
➢ G+C (37,5à44%).
➢ Bactéries ubiquistes, présentes dans différentes niches écologiques telles que le tractus
intestinal des mammifères dont l'homme, les eaux usées, l'eau douce, l'eau de mer et le sol.
➢ Grande capacité d’adaptation aux conditions environnementales et résistance à plusieurs
ATB(céphalosporines)
➢ Croissance à des températures extrêmes (températures extrêmes (10°Cà45°C)
➢ Survie à 6,5% de NaCl et à un traitement de 60°C pendant 30 minutes.

Deux espèces ont une implication clinique notable, l’Enterococcus faecalis 80 à 90 % et

l’Enterococcus faecium 10 à 20 %
• Jusqu’à 2017 environ 55 espèces
• Indicateurs de contamination fécale
• Indicateurs privilégiés pour évaluer l’efficacité du traitement de l’eau (OMS, 2000) ( vu leur
résistance à certains désinfectants)

Caractères culturaux:

➢ croissance à des températures extrêmes ( (10 °C à 45 °C avec un maximum à 37 °C )

➢ survie à 6,5 % de NaCl, aux sels biliaires ( 40% de bile) , à l’esculine( fermentation) et à un
traitement de 60°C pendant 30 minutes.
➢ sur une gélose ordinaire; les bactéries donnent des colonies translucides dont le Θ est ˂ à
1 mm
➢ milieu sélectif BEA ( Bile- Esculine- Azide) pour Enterococcus. Apres 18 à 24h de culture, les
colonies sont de taille variable, blanches à grisâtres, entourées ou non d’une zone d’hémolyse,
elle peuvent être mucoides chez les souches productrices de capsule.
 Gélose BEA

• Pouvoir pathogène

Du fait de leur habitat principal, chez les sujets à risque (immunodéprimés, les
diabétiques......ect), ils sont isolés surtout comme agents des infections suivantes:
➢ infections urinaires , biliaires, suppurations
➢ infections de la sphère digestive : péritonites post-chirurgicales
➢ infections pelviennes
➢ surinfections de plaies et brûlures
➢ endocardites
➢ bactériémies-septicémies.
➢ souvent isolés avec des anaérobies, streptocoques, entérobactéries

Diagnostic
Le diagnostic se fait par la mise en culture de prélèvements de natures diverses :
➢ urine, pus , liquide de ponction, hémoculture, écouvillonnage rectal pour le dépistage des
porteurs sains d'entérocoques résistants à la vancomycine.
➢ Les entérocoques poussent en faisant virer le milieu BEA au noir : le noircissement du
milieu traduit l'hydrolyse de l'esculine en esculétine qui se lie avec le fer III
➢ Galerie biochimique ( API Strepto)
➢ Milieux très alcalins (pH 9,6)
➢ Milieux hypersalés ( 65‰ NaCl )
➢ Milieux biliés (40% de bile )et gélose BEA contenant de l'azoture de sodium
• Traitement
Il est basé sur une antibiothérapie
➢ Les entérocoques sont résistants aux céphalosporines.
➢ Ils tolèrent les pénicillines, même à fortes doses (CMB/CMI > 32).
➢ Si l'antibiogramme montre l'amoxicilline comme active sur les entérocoques, cela ne signifie
pas que cet antibiotique sera bactéricide. La concentration minimale inhibitrice (CMI) des
pénicillines est 10 à 100 fois plus élevée pour les entérocoques que pour les autres
streptocoques
➢ Dans les infections sévères (endocardites, bactériémies...), il est nécessaire de recourir
à une association d'antibiotiques :

Ampicilline / gentamicine ou Vancomycine / gentamicine

➢ Attention aux souches résistantes
 Le genre Pseudomonas

Caractères généraux
➢ Batonnets fins à Gram négatif aérobies
➢ Mobiles par une ciliature polaire rarement immobiles (monotriche – multitriche)
➢ Non sporulés.
➢ Ubiquitaires (eau, sol, autres environnement)
➢ Certains sont phytopathogènes
➢ Produisant des pigments solubles dans l’eau
➢ Sont des pathogènes opportunistes
➢ Bactéries très répandues dans la nature
➢ Non capsulés mais de nombreuses souches ont une couche de mucus
➢ Les isolats de patients atteints de mucoviscidose et pneumonie ont une abondance de
polysaccharides extracellulaires
➢ Les couches de polysaccharides permettent d’échapper aux mécanismes de défense
par une couche lâche dans laquelle des micro-colonies de bacilles sont empêtrées et
protégées des défenses de l'hôte.
➢ Caractérisés par leur résistance aux antibiotiques et aux antiseptiques.
➢ G + C % compris entre 58 et 70 (assez homogène).
 ➢ La température de 30°C convient à toutes les espèces

Pigments élaborés
Les deux pigments les plus fréquents et caractéristiques sont la pyocyanine et
la pyoverdine. Ils s sont solubles dans les milieux de culture, et peuvent les colorer.
Les espèces pigmentées sont par exemple :
➢ P. aeruginosa : pyocyanine + pyoverdine, il possède l’un ou l’autre ou les deux. Il existe
des variétés mélanogènes ou érythrogènes produisant un pigment noir ou un
pigment rouge.
➢ P. fluorescens, P.putida, P.syringae, et P. cichorii produisent de la pyoverdine mais
certaines souches sont parfois apigmentées

Pseudomonas aeruginosa

➢ Découvert par Gessard en 1882

➢ 90 % des Pseudomonas isolés au laboratoire
 ➢ L’espèce est responsable de nombreuses infections nosocomiales (Responsable de 10%
des infections hospitalières (infections pulmonaires, infections associées aux dispositifs
médicaux et techniques invasives).
➢ Largement répandue dans la nature et est couramment présente dans les
environnements humides des hôpitaux.
➢ Elle n'est pathogène que lorsqu‘elle est introduite dans des zones dépourvues de
défenses normales:
• Perturbation des muqueuses et de la peau.
• Utilisation de cathéters intraveineux ou urinaires.
• Neutropénie (comme dans le traitement du cancer)

➢ Habitat Réservoirs
➢ Eaux : Rivière , eaux usées , boues activées , eau de piscine, eaux minérales , eaux
thermales, eaux de boisson
➢ Végétaux : Légumes , Salades , fruits , fleurs et aliments
➢ Environnement hospitalier :A l'hôpital : P. aeruginosa peut survivre longtemps en
suspension dans des aérosols et l’environnement du patient
▪ Matériel chirurgical ( humidificateur , barbotteur , KT , endoscopes…) ,
▪ Solutions antiseptiques (Eosine aqueuse)
▪ Solutions de nettoyage des lentilles de contact
▪ Médicaments et produits cosmétiques
▪ Lieux humides , lavabos , baignoires , cuvettes , éponges , porte-savon…
➢ Homme :Expectorations, urines , pus ORL , pus articulaires , liquide pleural , selles
,zones humides (périnée , creux axillaire ) : Colonisation

Contamination
 ✓ Directe à partir de l'environnement (transmission par voie aérienne, ingestion...) ou
plus rarement entre patients (mucoviscidose.).
✓ Indirecte par le matériel ou les mains du personnel soignant

Cette espèce forme des colonies rondes avec une couleur verdâtre fluorescente, une odeur
sucrée et une β-hémolyse.
• Pyocyanine: pigment bleuté non fluorescent notamment
• Pyoverdine: pigment verdâtre fluorescent
• pyorubine et pyomélanine

L'identification de P. aeruginosa est généralement basée sur le test d'oxydase et sa morphologie

coloniale :
β-hémolyse, présence de pigments caractéristiques et d'odeur douce, et croissance à 42ᵒC.
Caractères culturaux
➢ Aérobie obligatoire, mais croissance anaérobie si le nitrate est disponible
➢ La croissance se produit dans une large gamme de températures de 6 à 42ᵒC un
optimum de 37ᵒC
➢ Croissance sur des milieux de culture ordinaires produisant de grandes colonies
opaques irrégulières avec une odeur caractéristique de moisi ou de terre
➢ Des taches à reflets métalliques sont observées dans les cultures sur gélose nutritive
➢ Dans le bouillon, le trouble est dense avec une pellicule en surface
➢ Catalase positive
➢ Lactose négatif
➢ Certaines souches produisent des pigments diffusibles : Pyocyanine (bleu) ;
pyoverdine (verdâtre fluorescent) fluorescéine (jaune); pyorubine (rouge)
➢ Large spectre de résistance au ATB
➢ Le glucose est utilisé de manière oxydative
➢ Les tests d'indole, VP et H2 S sont négatifs
➢ Les tests de catalase, d'oxydase et d'arginine sont positifs

Pouvoir pathogène
➢ Bactérie opportuniste, peu ou pas virulente chez l'homme sain mais redoutable chez
les personnes fragilisées
➢ Sujets à risque : âges extrêmes de la vie, affections métaboliques, immunodéprimés
(hémopathies malignes, greffés, opérés, cancéreux...), grands brulés, patients intubés-
ventilés...
➢ Infections pulmonaires
✓ Patients de réanimation souvent colonisés par P. aeruginosa au niveau bronchique ;
parfois pneumopathie nécrosante grave avec choc septique (>30% de mortalité)
✓ Patients atteints de mucoviscidose colonisés à plus de 80% par la bactérie au niveau
bronchique ; inflammation locale et contribution détérioration de la fonction
pulmonaire
➢ Infections urinaires : notamment chez les sondés
➢ Infections du site opératoire
➢ Infections de la peau et des tissus mous
✓ Surinfections de plaies, d'escarres, de brûlures
✓ Folliculites et otites externes bénignes après baignade
✓ Conjonctivites et kératites chez les porteurs de lentilles
✓ Bactériémies:
✓ Diffusion sanguine à partir d'un foyer primitif (poumon, arbre urinaire, escarre...)
introduction iatrogène (cathéter, endoscopie, plaie chirurgicale...)
✓ 5% des septicémies hospitalières, 30-35% de mortalité
✓ Prévalence plus élevée chez les patients immunodéprimés (SIDA, hémopathies...)