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Journal de la Société de Biologie, 203 (3), 249-269 (2009)


c Société de Biologie, 2009
DOI: 10.1051/jbio:2009030

Le processus de découverte du médicament dans l’industrie


pharmaceutique
Bernard Scatton
1 sente de Saint Clair, 91940 Gometz le Chatel, France
Auteur correspondant : Bernard Scatton, bscatton@club-internet.fr

Reçu le 12 mai 2009


Résumé – Cet article fait le point sur le processus suivi dans l’Industrie Pharmaceu-
tique pour découvrir de nouveaux médicaments innovants issus de la chimie médicinale
ou des médicaments biologiques. Après quelques généralités décrivant le processus glo-
bal de Recherche et de Développement (contenu des études précliniques et cliniques),
les différentes étapes impliquées spécifiquement dans la phase de Recherche Amont
(période allant de la conception initiale d’un programme de recherche jusqu’à la pro-
position d’un candidat au développement) sont analysées en détail. En ce qui concerne
les composés issus de la chimie médicinale, sont successivement abordés : le choix de
la cible biologique (moléculaire ou cellulaire) et sa validation fonctionnelle, les tech-
niques de criblage des librairies chimiques, la recherche de composés constituant des
têtes de série chimiques optimisables, l’optimisation finale des têtes de série en can-
didats médicaments qui seront proposés au développement préclinique et clinique. En
ce qui concerne les biomédicaments, le processus utilisé pour la génération et la pro-
duction des anticorps monoclonaux humanisés (nus ou conjugués) et des protéines
thérapeutiques recombinantes est discuté en détail.

Mots clés : Médicament / processus de recherche / criblage automatisé / cibles biologiques /


criblage phénotypique
Abstract – The discovery process in the pharmaceutical industry.
This paper reviews the process used in the pharmaceutical industry to discover new
innovative drugs originating from medicinal chemistry or biotherapeutics. After a rapid
description of the global Research and Development process (preclinical and clinical
studies), the different steps involved specifically in the Discovery Research phase (from
the initiation of the research program to the proposal of a candidate for development)
are analysed in detail. As far as compounds originating from medicinal chemistry
are concerned, we discuss the choice of the biological target (molecular or cellular)
and its functional validation, the process used for the screening of chemical libraries
and the generation of chemical hits, the hit-to-lead process and finally the chemical
optimisation of the leads into drug candidates which will be proposed for preclinical
and clinical development. As far as biotherapeutics are concerned, the process used
for the generation and manufacturing of humanized naked or conjugated monoclonal
antibodies and recombinant therapeutic proteins is discussed in detail.

Key words: Drugs / research process / automated screening / biological targets / phenotypic screen-
ing

1 Introduction révolutions) qui ont radicalement transformé sa façon


d’appréhender la recherche de nouveaux médicaments
L’industrie pharmaceutique a connu durant ces au laboratoire : évolution des concepts biologiques et
deux dernières décennies des évolutions (voire des des approches de recherche utilisées pour identifier de

Article publié par EDP Sciences


250 Société de Biologie de Paris

Tableau 1. Contenu et durée des différentes phases de recherche et développement.

RECHERCHE DEVELOPPEMENT DOSSIER VIE

2 ans 1 à 2ans 2 ans 6 à 8 ans 1 an Contin.

RECHERCHE OPTIMISATION EVALUATION EVALUATION CLINIQUE MARKETING


PREPA- P
D’UN POINT PRECLINIQUE CHEZ L’HOMME RATION
DE DEPART IN VITRO ET
CHIMIQUE CHEZ L’ ANIMAL R
et

• Conception • Affinité • Développement PHASE I PHASE II PHASE III O


SOUMISSION
• Sélection cible • Sélectivité chimique D
• Développement • Absorption orale • Pharmacologie du
tests • Durée d’action générale Tolérance Activité Confirmation U
• Synthèse • Efficacité dans • Méthodes et biologique de l’effet DOSSIER MANAGEMENT
modèles animaux analytiques pharmaco- et recherche thérapeutique C DU CYCLE DE
pertinents • Toxicologie cinétique d’un effet et de la aux VIE
CRIBLAGE • Métabolisme et thérapeutique tolérance T
(à haut débit) pharmacocinétique AUTORITES
• Formulation Détermination I
de la dose de
optimale O
SANTE
Molécules actives N
(têtes de série)
P H A R M A C O V I G I L A N C E

50.000 à 500.000 30 10
molécules 3 1

nouvelles cibles biologiques, connaissance de la struc- potentielles pouvant servir de base à la conception de
ture tridimensionnelle de certaines cibles moléculaires, nouveaux médicaments.
accès à une large diversité de structures chimiques, Dans cet article, nous faisons le point sur le pro-
conception plus rationnelle des composés à l’aide de cessus de découverte du médicament au laboratoire
la modélisation moléculaire, synthèse automatisée à tel qu’il est pratiqué de nos jours dans l’industrie
haut débit des composés à l’aide de la chimie combi- pharmaceutique, en passant en revue les différentes
natoire, avancées dans les techniques de criblage auto- étapes impliquées dans ce processus. Nous focaliserons
matisé à haut débit, amélioration de la prédictibilité cette revue sur la recherche des médicaments issus de
des modèles expérimentaux plus proches de la patho- la chimie médicinale (chimiothérapie) qui représente
logie humaine grâce aux techniques de transgénèse la grande majorité des médicaments actuellement sur
et, enfin, avènement des médicaments biologiques le marché mais nous évoquerons également quelques
(biomédicaments). aspects spécifiques de la recherche des médicaments
L’approche de recherche médicamenteuse repo- biologiques (ou biomédicaments), en particulier les an-
sait autrefois sur le criblage des composés dans des ticorps monoclonaux et les protéines thérapeutiques,
systèmes complexes comme l’animal entier ou les or- qui sont actuellement en plein essor.
ganes isolés (criblage phénotypique) : les mécanismes
biologiques impliqués dans la réponse phénotypique
mesurée constituaient alors dans la plupart des cas 2 Généralités sur le processus
une (( boı̂te noire )). Du fait des avancées importantes de recherche et développement
réalisées en biologie moléculaire et en biochimie à la du médicament
fin des années 80 et au début des années 90, cette
méthodologie a été largement abandonnée en faveur Le processus de recherche et développement com-
d’une approche plus moderne, rationnelle et à plus prend trois grandes phases : la recherche amont, le
haut débit, basée sur des cibles moléculaires bien ca- développement préclinique et le développement cli-
ractérisées. Ce changement de paradigme, basé sur la nique (Tableau 1).
quantité et la vitesse, a été stimulé par le séquençage La recherche amont, phase qui sera abondam-
du génome humain et l’avènement d’une nouvelle ère ment discutée dans cet article, couvre la période
dans laquelle il est devenu possible de connaı̂tre les allant de l’idée initiale présidant au démarrage du
séquences des gènes de toutes les cibles moléculaires programme de recherche et à la recherche de séries
Le processus de découverte du médicament dans l’industrie pharmaceutique 251

chimiques optimisables jusqu’à la proposition d’un et à calculer la marge de sécurité par rapport à
candidat au développement préclinique. Deux types la dose thérapeutique potentielle déduite des études
d’approche pharmaceutique peuvent être envisagées précliniques dans les modèles expérimentaux chez
dans cette phase : la chimie médicinale convention- l’animal.
nelle basée sur des petites molécules, le plus souvent La phase II, réalisée chez quelques centaines de
actives par la voie orale, ou les médicaments biolo- patients, est destinée à faire la (( preuve du concept
giques généralement administrés par voie systémique. biologique )) chez l’Homme dans la ou les pathologies
Dans cette phase, les molécules synthétisées sont visées. La recherche de la dose thérapeutique optimale
évaluées pour leur efficacité et leur sélectivité dans et sa comparaison avec la dose maximale tolérée est
des tests in vitro sur des cellules recombinantes ou l’objectif principal de cette phase. C’est généralement
des cellules natives exprimant la cible moléculaire à ce stade que l’on sait si le composé évalué peut de-
(ou cellulaire) puis in vivo dans des modèles venir un médicament.
expérimentaux, chez l’animal, représentatifs de la pa- La phase III est réalisée sur plusieurs milliers
thologie visée ; des études pharmacocinétiques et toxi- de patients et est destinée à confirmer la dose
cologiques préliminaires sont également réalisées afin thérapeutique et la sécurité du médicament dans l’in-
d’aider à la sélection du candidat médicament. dication visée.
Le développement préclinique est une phase L’ensemble des données cliniques va ensuite servir
dans laquelle est réalisée la synthèse à grande échelle à préparer le dossier d’enregistrement du médicament
du produit (jusqu’à quelques kilos alors que quelques qui sera soumis aux Autorités de Santé des différents
grammes seulement sont synthétisés en recherche pays pour obtenir l’autorisation de mise sur le marché.
amont), nécessitant souvent une amélioration des Durant les phases de développement clinique et
voies de synthèse ; la formulation du produit est op- toute la durée de commercialisation du médicament,
timisée et les comprimés ou suspensions qui servi- la pharmacovigilance permettra de repérer les
ront aux premières études cliniques de phase I sont éventuels effets secondaires inattendus du produit chez
préparés. l’Homme, pouvant conduire éventuellement au retrait
La pharmacocinétique du produit est approfon- du produit du marché.
die : l’absorption, la distribution, le métabolisme et Une des caractéristiques du processus de recherche
l’élimination de la molécule sont évalués, chez au et développement est la très forte attrition interve-
moins deux espèces animales, dans des tests in vitro nant dans les différentes phases. Selon les données
et in vivo. accumulées par plusieurs grandes Sociétés Pharma-
Au plan sécurité du médicament, des études de ceutiques (Kola & Landis, 2004 ; Brown, 2007),
toxicologie aiguë et chronique (3 mois voire 6 mois) près d’une cinquantaine de programmes de recherche
sont réalisées chez le rat, la souris et le chien (ou le pri- sont statistiquement nécessaires pour mettre sur le
mate) afin d’établir les doses maximales tolérées et les marché un seul médicament. L’attrition est très forte
organes cibles du produit. À ce stade, sont également dans la phase de recherche amont puisque, de ces
réalisées des études de génotoxicité in vitro ou ex 50 programmes de recherche, seuls quatorze candi-
vivo et de pré-carcinogénèse et les éventuels effets du dats médicaments seront proposés au développement
produit sur la reproduction et le développement sont préclinique. Une forte attrition intervient également
évalués chez le rongeur. Enfin, des études de pharma- dans les phases préclinique et clinique, puisque seuls
cologie de sécurité destinées à évaluer l’effet du produit huit composés atteindront la phase I et deux candidats
sur les grandes fonctions physiologiques (systèmes ner- médicaments entreront en phase III.
veux central, cardiovasculaire, gastro-intestinal, respi- Par ailleurs, les dépenses de recherche et
ratoire, rénal, endocrinien) sont réalisées. développement pour la mise sur le marché d’une nou-
L’ensemble de ces études permet de calcu- velle molécule ont crû de façon exponentielle depuis
ler la marge de sécurité du candidat médicament une trentaine d’années, en dépit du fait que le nombre
(dose toxique ou induisant des effets secondai- de nouveaux médicaments mis sur le marché est resté
res/dose thérapeutique potentielle dans les modèles quasiment constant (voire a même décru : 18 nou-
expérimentaux de la pathologie) et de décider ou non velles entités moléculaires mises sur le marché en
de l’avancement du produit en phase I. 2006 contre 27 en 2000 ; cf. Owens, 2007). Aujour-
Le développement clinique comprend trois d’hui, le coût moyen de développement d’une nouvelle
grandes phases. molécule est de l’ordre de 890 millions de dollars et
La phase I consiste en des études de tolérance et continue de croı̂tre. Beaucoup d’explications ont été
de pharmacocinétique généralement conduites chez le avancées pour justifier cette croissance des dépenses
volontaire sain (directement chez le patient dans le de recherche et développement : l’amélioration des
cas de la cancérologie). Ces études sont destinées à standards de qualité du développement clinique qui
déterminer la dose maximale tolérée chez l’Homme est réalisé sur un nombre toujours plus élevé de
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patients ; la demande croissante par les Autorités de Pour répondre à ces besoins, l’industrie phar-
Santé d’études de sûreté pour l’homologation des maceutique se doit de développer des médicaments
médicaments (incitée par exemple par le retrait du (( innovants )) conduisant à une amélioration significa-
marché de l’anti-inflammatoire Vioxx, un inhibiteur tive du service médical rendu. Pour être innovant, un
de la cyclo-oxygénase-2 en 2004, en raison d’effets se- médicament doit répondre à deux critères majeurs,
condaires cardiovasculaires inattendus) ainsi que l’at- à savoir : 1) constituer une avancée thérapeutique
titude frileuse de ces mêmes régulateurs face à des pro- majeure et 2) posséder un mécanisme d’action ori-
duits présentant un nouveau mécanisme d’action. Un ginal (si possible être le premier dans une nouvelle
produit majeur comme l’aspirine ne pourrait vraisem- classe médicamenteuse, (( first-in-class ))). Une avancée
blablement pas obtenir une autorisation de mise sur le thérapeutique majeure peut résulter de la réponse à un
marché aujourd’hui, en raison de ses effets secondaires besoin thérapeutique non satisfait, d’une amélioration
gastro-intestinaux très importants ! du rapport bénéfice/risque pour le patient, d’une ad-
Comme le développement de nouveaux médica- ministration plus simple et plus adaptée au patient,
ments devient plus onéreux, les laboratoires doivent du traitement de l’étiologie plutôt que des symptômes
concentrer leurs ressources sur un plus petit nombre de la maladie. Pour remplir ces critères, le processus
de projets, ce qui signifie, en conséquence, moins de de recherche va suivre un certain nombre d’étapes que
médicaments homologués. nous allons décrire, en détail, dans le chapitre suivant.
La durée de plus en plus longue du processus Nous traiterons séparément les approches chi-
de recherche et développement constitue également miothérapeutique et biothérapeutique.
un obstacle important à la mise sur le marché de
médicaments innovants (Tableau 1). La durée de la
phase de recherche amont est variable, la recherche 3.1 Approche chimiothérapeutique
d’une série chimique optimisable constituant l’obs-
tacle majeur, et peut durer de 2 à 4 ans en moyenne 3.1.1 Processus général
(voire plus) en fonction de la cible biologique visée. La
durée du développement préclinique, constitué essen- Dans le processus de Recherche Amont qui
tiellement d’études réglementaires, est relativement conduit à la découverte de candidats au statut de
constante, de l’ordre de 2 ans. Quant à la durée du médicaments qui seront proposés au développement
développement clinique, elle est variable et dépendra préclinique et clinique, il existe différentes étapes clés
de l’indication visée, mais on considère que sa durée schématiquement représentées sur la figure 1.
moyenne est de 6 à 8 ans. Il faut ensuite compter
un an pour l’examen du dossier d’enregistrement par – La première, et probablement la plus impor-
les Autorités de Santé et obtenir l’autorisation de tante, est le choix de la cible qui servira de
mise sur le marché. Globalement, il faut donc en- base au programme de recherche, que ce soit
viron 10 à 12 ans en moyenne pour développer un une cible moléculaire bien identifiée (par exemple
médicament. Cette durée est à mettre en parallèle avec un récepteur, une enzyme, un canal ionique, un
la durée de vie d’un brevet produit (20 ans) et montre transporteur, etc.) ou une cible cellulaire (cellule
que la durée d’exploitation d’un médicament est re- tumorale, agent microbien pathogène, adipocyte,
lativement courte (environ 8 ans) avant l’arrivée de cellule souche, etc.). Ces cibles biologiques iden-
génériques de ce produit. tifiées, comme nous le verrons plus loin, à par-
tir de la littérature, d’une famille de gènes, d’une
recherche prospective interne (transcriptomique,
protéomique, génomique différentielle) ou d’une
3 Étapes impliquées dans le processus observation clinique vont subir un processus de
de (( recherche amont )) validation fonctionnelle impliquant des modèles
cellulaires in vitro, des souris génétiquement mo-
Malgré le nombre important de médicaments dispo- difiées surexprimant ou invalidant le gène cor-
nibles sur le marché, il existe encore aujourd’hui de respondant ainsi que des études de pathologie
nombreux besoins thérapeutiques insatisfaits. Selon moléculaire (expression de la cible dans des tissus
l’Organisation Mondiale de la Santé, parmi les besoins humains pathologiques).
thérapeutiques majeurs insatisfaits, on distingue les – Dans le cas d’une cible moléculaire, une fois la
infections nosocomiales, la prévention secondaire des protéine-cible validée, elle sera produite à grande
désordres cardiovasculaires, le diabète, le cancer, l’in- échelle pour réaliser les tests de criblage bio-
farctus cérébral, le SIDA, la tuberculose, la malaria chimique automatisé in vitro sur lesquels seront
ainsi que les maladies liées au vieillissement telles que évaluées des librairies chimiques provenant du pa-
la maladie d’Alzheimer, l’arthrose et la bronchite chro- trimoine de la Société. Dans le cas d’une cible cellu-
nique obstructive. laire, un criblage phénotypique sera réalisé le plus
Le processus de découverte du médicament dans l’industrie pharmaceutique 253

Choix Optimisation
Identification des “têtes
de la cible des produits de série “
moléculaire
molé Développement Criblage “actifs"
des essais des librairies
OU
de criblage chimiques Optimisation
librairies
Candidats au
de la cible en “têtes de Fig. 1. Étapes impliquées dans le pro-
cellulaire série" développement
cessus de recherche amont : approche chi-
miothérapeutique.

souvent sur cellules natives en culture, à partir de de faible capacité (4-10 produits testés par semaine
librairies chimiques de taille plus restreinte (voir en moyenne), s’est néanmoins révélée très fructueuse
plus loin). puisqu’elle a généré de grands médicaments tels que
– Si, à la suite de ce criblage, des composés (( actifs )) la cyclosporine, le taxol et la vinblastine, le clofi-
(affinité de l’ordre du μM environ) sont repérés brate, la troglitazone, le clopidogrel, pour n’en citer
(environ 50 % des cas), ils seront ensuite évalués que quelques uns, dont le mécanisme d’action n’a été
pour leur sélectivité, leur activité fonctionnelle découvert que bien plus tard.
dans des tests cellulaires (activité agoniste, anta- Du fait des avancées importantes réalisées en bio-
goniste) et leur potentialité à devenir un candidat logie moléculaire et en biochimie à la fin des années
médicament (adéquation des propriétés physico- 80, le criblage phénotypique in vivo a été progres-
chimiques, absorption, métabolisme in vitro, ori- sivement abandonné en faveur d’un criblage biochi-
ginalité de la structure chimique et brevetabilité, mique in vitro plus rapide et à haut débit sur des
faisabilité de la synthèse chimique, génotoxicité, cibles moléculaires bien caractérisées. Dans cette ap-
etc.). proche, les effets pharmacologiques des produits iden-
– Si ces critères sont remplis, un programme de re- tifiés lors du criblage sont ensuite évalués sur des
cherche destiné à optimiser les (( têtes de séries )) systèmes cellulaires natifs in vitro, puis sur l’animal
en (( candidats au développement )) sera initié et entier, pour vérifier si l’interaction du produit avec sa
une architecture de criblage sera élaborée (tests in cible moléculaire est bien traduite au plan fonction-
vitro d’affinité et de sélectivité, tests fonctionnels nel dans les modèles expérimentaux de la pathologie
sur cibles natives ou organes isolés, évaluation de visée.
l’absorption et de la stabilité métabolique du com- Selon les estimations les plus récentes, il existe-
posé in vitro et in vivo, tests fonctionnels in vivo, rait environ 25 000 gènes codants dans le génome
tests pharmacologiques in vivo prédictifs de l’indi- humain, correspondant à environ 250 000 protéines.
cation thérapeutique, tests de sécurité cardiovas- Aujourd’hui, moins de 500 gènes ont été identifiés
culaire, etc.). L’optimisation des têtes de série est comme cibles moléculaires des médicaments présents
un processus souvent complexe car il est nécessaire sur le marché (Drews & Ryser, 1997 ; Landry &
d’optimiser en parallèle de nombreux paramètres, Gies, 2007). Ils correspondent à des enzymes, des
non seulement d’ordre pharmacologique et physi- récepteurs à sept domaines transmembranaires, des
cochimique, mais aussi pharmacocinétique et toxi- récepteurs nucléaires, des récepteurs à tyrosine kinase,
cologique avant de proposer le candidat final au des canaux ioniques, des transporteurs, des antigènes
développement. cibles d’anticorps monoclonaux, etc. En théorie, on
estime que près de 3 000 à 8 000 gènes potentiels
Examinons en détail chacune de ces étapes.
supplémentaires pourraient conduire à des thérapies
innovantes plus efficaces et sélectives (Hopkins &
Groom, 2002 ; Imming et al., 2006). Il existe donc une
3.1.2 Choix de la cible biologique et validation
source très abondante de cibles moléculaires poten-
fonctionnelle
tielles à notre disposition pour élaborer de nouveaux
médicaments innovants.
Approche basée sur une cible moléculaire
bien identifiée L’étape la plus critique dans le processus de re-
cherche de nouveaux médicaments au laboratoire est
Dans le passé, la recherche de nouvelles molécules au le choix de la cible moléculaire, car elle détermine le
laboratoire reposait sur un criblage (( phénotypique )) succès potentiel du programme de recherche. Plusieurs
in vivo sur un modèle animal (par exemple mesure de approches, non exclusives, peuvent être utilisées :
la pression artérielle, du transit gastro-intestinal, d’un
comportement, etc.) et la ou les cibles moléculaires – la plus courante est celle basée sur la littérature
sur lesquelles agissait le produit n’était, bien souvent, scientifique qui révèle souvent des cibles
pas connue. Cette approche de recherche, bien que moléculaires possédant un fort rationnel
254 Société de Biologie de Paris

scientifique. La connaissance de l’étiopathogénie de sure où des composés affins pour certains des ca-
la maladie est, à cet égard, une source importante naux de cette famille ont déjà été identifiés. De la
de nouvelles cibles moléculaires. Par exemple, même façon, les homologies existant entre les trois
les études génétiques réalisées sur des patients sous-types de récepteurs à la vasopressine ont per-
souffrant d’épilepsies d’étiologies diverses ont per- mis de découvrir à partir de composés antagonistes
mis d’identifier un certain nombre de gènes reliés des récepteurs V1a (orientés vers le traitement de
à la maladie. Quatorze chromosomes porteurs l’accouchement prématuré), des antagonistes du
de régions candidates associées à l’épilepsie et sous-type V1b central (à activité antidépressive)
42 gènes mutés connus ont été étudiés. L’identifi- et des antagonistes V2 pour le traitement des hy-
cation de ces gènes a mis en évidence l’implication ponatrémies (Serradeil-Le Gal et al., 2005).
de certains canaux ioniques neuronaux dans cette
– Une troisième approche est basée sur une recherche
pathologie (canalopathies), fournissant ainsi des
prospective utilisant la génomique, la transcripto-
cibles originales pour la recherche de nouveaux
mique ou la protéomique différentielle (Figure 2).
anti-épileptiques (Wickenden, 2002 ; Scheffer &
Berkovic, 2003). À cet égard, les canaux chlore Dans certains cas, des gènes peuvent être sélectionnés
ClCN2 et les canaux potassiques KCNQ2/3 et comme cible de façon pragmatique, en fonction de leur
Kv1.1 constituent des pistes sérieuses qui sont expression différentielle dans un tissu d’intérêt. Par
activement poursuivies. exemple, une enzyme exclusivement exprimée dans la
prostate pourra constituer une cible pour le traite-
Les études génétiques concernant les formes familiales
ment de l’hypertrophie bénigne ou du cancer de la
précoces de la maladie d’Alzheimer ont permis d’iden-
prostate. Dans la famille des récepteurs à sept do-
tifier des mutations portant sur les gènes codant pour
maines transmembranaires couplés à une protéine G,
le précurseur de la protéine β-amyloı̈de et conduisant
il en existe plus d’une centaine dont on ne connaı̂t
à des altérations dans la signalisation liée à ce pep-
pas encore le ligand (récepteurs orphelins) et qui
tide. Ces mutations se traduisent par une accumula-
peuvent constituer des cibles innovantes pour de nou-
tion de protéine β-amyloı̈de et la formation de plaques
séniles (Hardy & Selkoe, 2002 ; Morissette et al., 2009). veaux médicaments (Levoye & Jockers, 2008). À titre
Ces données ont permis de développer des stratégies d’exemple, un récepteur orphelin localisé exclusive-
thérapeutiques visant à réduire la formation de la ment dans l’habénula médiane pourra avoir un intérêt
protéine β-amyloı̈de en inhibant sa production (in- pour le traitement de certaines pathologies du système
hibition des β- et γ-sécrétases) ou la formation des nerveux central, compte tenu de nos connaissances
agrégats ou bien en favorisant son catabolisme (anti- concernant les afférences et efférences de l’habénula
corps ou vaccins dirigés contre la protéine β-amyloı̈de) médiane dans le cerveau.
(Pangalos et al., 2007). Les stratégies transcriptomique et protéomique
consistent à rechercher des variations d’expression
– Une autre approche, utilisée dans certaines sociétés de gènes ou des protéines correspondantes dans
pharmaceutiques en interne, repose sur la sélection des tissus pathologiques par rapport à des tissus
des cibles biologiques par homologie structurale. sains à travers la mesure des ARN messagers (ana-
Elle consiste à identifier dans le génome humain lyse des signaux d’hybridation à l’aide de puces
des gènes qui codent pour des protéines ayant ADNc = transcriptomique) ou des protéines elles-
une similitude structurale avec des membres de la mêmes (électrophorèse bidimensionnelle sur gels avec
même famille pour lesquels on possède déjà des identification des protéines d’intérêt par spectrométrie
ligands (petites molécules) identifiés dans la li- de masse = protéomique) (Figure 2). Par exemple,
brairie chimique. Ces nouvelles protéines ont une des échantillons de tissus cérébraux provenant de
meilleure chance de devenir des cibles moléculaires modèles animaux d’épilepsie peuvent être utilisés dans
intéressantes pour un programme de recherche, ce type d’analyse. Les gènes dont l’expression est aug-
puisqu’elles pourraient avoir des fonctions (ou dys- mentée ou diminuée constituent des candidats po-
fonctions) semblables à celles de la cible parente et, tentiels au statut de cible moléculaire. La recherche
d’autre part, les familles de composés de synthèse bio-informatique in silico dans les bases de données
déjà actives sur les protéines parentes ont une forte génomiques humaines publiques ou privées, compa-
chance d’avoir une certaine affinité pour la protéine rant tissus épileptiques et tissus sains, peut appor-
homologue. Il restera ensuite à optimiser chimi- ter des éléments décisionnels quant à la sélection de
quement ces composés (voir plus loin) de façon à la cible moléculaire ; mais le plus souvent la valida-
améliorer leur affinité pour cette nouvelle protéine tion de la cible biologique est réalisée par génomique
homologue. La grande famille des canaux potas- fonctionnelle à l’aide de souris transgéniques dont le
siques (à 2, 4 ou 6 domaines transmembranaires) gène d’intérêt est invalidé ou surexprimé et par l’ana-
peut se prêter à ce type d’approche dans la me- lyse du phénotype correspondant (voir ci-dessous). Les
Le processus de découverte du médicament dans l’industrie pharmaceutique 255

in silico

Fig. 2. Stratégies transcriptomique et protéomique pour l’identification des cibles biologiques.

biopsies cérébrales humaines peuvent aussi être uti- au processus de kindling amygdalien (stimulation
lisées comme filtres pour sélectionner des cibles poten- électrique répétée pendant plusieurs jours de l’amyg-
tielles (par exemple en utilisant l’hybridation in situ dale jusqu’à l’obtention de convulsions généralisées)
de la cible étudiée sur tissu cérébral épileptique com- dans l’hippocampe chez le rat. Dans cette structure
paré au tissu sain). cérébrale, une centaine de gènes sont surexprimés du-
Le choix du modèle expérimental pour l’identi- rant le kindling et une dizaine réprimés. Les gènes
fication de nouvelles cibles biologiques par analyse régulés appartiennent à des familles très variées :
transcriptomique/protéomique est crucial (Anders récepteurs, canaux ioniques, protéines sécrétées, gènes
& Vielhauer, 2007). Il n’existe malheureusement contrôlant la plasticité synaptique ou impliqués dans
pas de modèle universel reproduisant l’ensemble la transduction du signal, enzymes, facteurs de trans-
des évènements moléculaires impliqués dans le pro- cription, etc.). Par exemple, dans l’étude précédente,
cessus pathologique conduisant au développement le gène codant pour la neurotrophine BDNF (Brain
d’une épilepsie mais certains modèles d’épileptogenèse Derived Neurotrophic Factor ) était fortement surex-
(développement progressif d’un status epilepticus in- primé (environ 3 fois) après kindling, un effet confirmé
duit par kindling (embrasement), traitement au par PCR quantitative, ainsi que le gène codant pour
kaı̈nate ou à la pilocarpine, crises convulsives secon- le récepteur TrkB (tropomyosin receptor kinase B ) du
daires induites par un traumatisme crânien) se sont BDNF (He et al., 2002 ; Gorter et al., 2006).
révélés intéressants. Les modèles génétiques (souches Il est important de souligner que les processus bio-
d’animaux avec des crises récurrentes spontanées logiques dans leur globalité sont plus importants que
dues à des mutations ou des modifications induites les variations individuelles des gènes/protéines (iden-
d’expression de gènes spécifiques ou avec des crises tifiées par les différentes approches moléculaires telles
réflexes) représentent une approche alternative foca- que la transcriptomique, la protéomique ou même
lisée sur une étiologie unique. la génétique) qui doivent être intégrées au sein de
À titre d’illustration, les évènements moléculaires réseaux biologiques si l’on espère avancer dans la
prenant place dans le cerveau durant le processus compréhension des mécanismes sous-jacents aux pa-
d’épileptogénèse ont été analysés par plusieurs au- thologies. Le choix final d’une cible moléculaire peut
teurs à travers la signature transcriptionnelle associée ainsi porter sur une protéine présente en amont ou en
256 Société de Biologie de Paris

Identification Distribution ds Validation


des candidats tissus humains fonctionnelle

Littérature
Modèles cellul.
Familles de gènes Pathologie Souris transg. Cibles
(oGPCRs, canaux ) Moléculaire Association moléculaires
génétique
Transcriptomique/
Protéomique
Expression différentielle Anti-sens,
de la cible dans cerveau siRNA
Humain normal & Anticorps
Pathologique et autres tissus Mutants dominants
Modèles expérimentaux négatifs

Fig. 3. Processus général de validation de la cible moléculaire. oGPCRs = récepteurs orphelins à 7 domaines transmem-
branaires.

aval de celles modulées par la situation pathologique observation clinique inattendue. Par exemple, la
dans la chaı̂ne des évènements biochimiques condui- découverte des effets stimulants du cannabis sur
sant à la dérégulation du système biologique. l’appétit (en particulier pour des aliments riches
Une fois la cible moléculaire identifiée, il s’agit en- en carbohydrates) a constitué le point de départ
suite de s’assurer que la modulation de cette cible de la recherche d’antagonistes du récepteur canna-
entraı̂ne bien les effets fonctionnels recherchés sur binoı̈de de type 1 pour le traitement de l’obésité
des systèmes biologiques intégrés. Pour ce faire, ces et du syndrome métabolique, conduisant à la
protéines cibles vont subir un processus de validation découverte du rimonabant qui s’est révélé actif en
fonctionnelle in vitro (Figure 3) impliquant des cel- clinique dans ces pathologies.
lules recombinantes ou natives en utilisant des ARN
interférents, des oligonucléotides antisens, des anti- Le choix définitif de la cible moléculaire pour le
corps inactivants ou des mutants dominants négatifs démarrage d’un programme de recherche dépendra
(Zavitz et al., 2008). d’un certain nombre de critères, tels que l’état de
Des souris transgéniques surexprimant ou invali- la connaissance physiopathologique concernant cette
dant le gène correspondant à la protéine cible seront cible, les indications cliniques potentielles, l’originalité
ensuite utilisées pour caractériser les conséquences du mécanisme visé, l’état de la concurrence, le coût et
phénotypiques et biochimiques associées à ces manipu- la durée du développement et le potentiel commer-
lations génétiques. Si l’on reprend l’exemple précédent cial du composé agissant sur cette cible biologique.
où une surexpression du BDNF et de son récepteur Quelle que soit la confiance que l’on puisse avoir dans
correspondant TrkB a été observée dans un modèle de la validation fonctionnelle d’une cible moléculaire, il
kindling amygdalien chez le rat, des études ultérieures faut bien réaliser qu’à ce stade il ne s’agit au mieux
ont montré que l’invalidation conditionnelle de BDNF que d’une (( hypothèse de travail )) et que la valida-
et TrkB, respectivement, réduit ou abolit le kind- tion définitive de la cible ne sera apportée que par les
ling amygdalien chez la souris (He et al., 2004). études de phase II de (( preuve de concept )) chez le
Ces résultats, associés au fait que la surexpression patient.
de BDNF induit des effets pro-convulsivants et que Le processus global de validation fonctionnelle
le BDNF augmente l’excitabilité de l’hippocampe, d’une cible moléculaire est relativement long (en-
suggèrent que le récepteur TrkB pourrait constituer viron 2 ans), compte tenu du délai nécessaire
une cible moléculaire intéressante pour le traitement à la préparation des souris transgéniques et
de l’épilepsie du lobe temporal (Tsai, 2006). Des aux croisements nécessaires pour obtenir le fonds
études de pathologie moléculaire (expression de la génétique adéquat. Ce délai associé au fait que, lors
cible dans des tissus humains pathologiques ou des du criblage des librairies chimiques, on ne trouve des
modèles expérimentaux) ainsi que des études d’as- composés possédant une affinité significative pour la
sociation génétique pourront compléter la validation cible biologique et exploitables en termes d’optimi-
fonctionnelle des cibles moléculaires (Figure 3). sation, au mieux, que dans 50 % des cas (le succès
étant bien sûr variable en fonction de la classe de cible
– Enfin, il ne faut pas négliger le fait que de nou- testée, Macarron, 2006), a conduit certaines Sociétés
velles cibles moléculaires peuvent émerger d’une Pharmaceutiques à recourir à une approche plus
Le processus de découverte du médicament dans l’industrie pharmaceutique 257

rapide et pragmatique pour la validation des cibles moléculaire, rejoignant ainsi l’approche précédente
moléculaires. Lorsqu’une cible moléculaire présente un basée sur une cible moléculaire.
certain intérêt théorique, elle est d’emblée sélectionnée Dans cette approche de recherche, le choix de la
à risque (sans validation fonctionnelle) pour réaliser cible cellulaire sera orienté par la pathologie visée et la
un criblage à partir des librairies chimiques existantes validation fonctionnelle sera réalisée à l’aide des com-
afin de trouver un (( outil pharmacologique )) ayant posés identifiés lors du criblage phénotypique. Ainsi,
une affinité et une sélectivité pour cette cible suffi- dans le domaine de l’oncologie, on pourra rechercher
santes pour réaliser une validation fonctionnelle sur des substances inhibant spécifiquement la prolifération
des modèles cellulaires in vitro, voire sur des modèles ou induisant une apoptose de certains types de cel-
expérimentaux in vivo de la pathologie si le produit est lules cancéreuses in vitro (cellules leucémiques, par
bien absorbé. En suivant cette stratégie, on peut savoir exemple). Dans le domaine des antimicrobiens ou an-
rapidement si la cible moléculaire est valide et, si oui, tiparasitaires, on recherchera des composés toxiques
un programme d’optimisation de l’outil pharmacolo- pour la bactérie ou le parasite ou inhibant sa pro-
gique en candidat médicament peut être rapidement lifération. Dans des pathologies telles que la maladie
élaboré. d’Alzheimer, on peut rechercher, à partir de cultures
de neurones murins, des substances favorisant la neu-
ritogénèse ou bien rechercher des composés stimu-
Approche de recherche basée sur une cible cellulaire lant la prolifération et/ou la différenciation de cellules
souches adultes de rat (prélevées à partir de la zone
Comme nous l’avons évoqué précédemment, l’ap-
sous-ventriculaire) en neurones dans le but de com-
proche de criblage phénotypique utilisée autrefois
penser la perte neuronale intervenant dans l’hippo-
par l’industrie pharmaceutique a été largement
campe et d’autres régions cérébrales dans cette pa-
abandonnée, depuis une vingtaine d’années, en fa-
thologie. Dans d’autres pathologies comme la sclérose
veur d’une approche plus réductionniste, bien que
en plaques, caractérisée par une démyélinisation im-
plus rationnelle, basée sur des cibles moléculaires
portante au niveau du SNC, on peut imaginer de re-
bien caractérisées. Cependant, la reconnaissance
chercher des substances stimulant la différenciation
des limitations de l’approche de recherche basée
des progéniteurs des oligodendrocytes en oligodendro-
sur des mécanismes biochimiques définis (voir
cytes matures générateurs de myéline afin de favo-
par exemple Sams-Dodd, 2005 ; Butcher, 2005) a
conduit récemment à la renaissance de l’approche riser la réparation neuronale endogène. À l’inverse,
phénotypique in vitro qui présente l’avantage d’être pour le traitement de l’obésité, on s’intéressera plutôt
une approche intégrée permettant de découvrir soit à des substances inhibant la différenciation des pré-
des composés possédant des mécanismes d’action adipocytes en adipocytes matures afin de diminuer les
multiples et convergents (composés (( polypharma- réserves de triglycérides.
cologiques ))), soit un ou des mécanismes d’action Dans certains cas, on peut utiliser des systèmes cel-
totalement insoupçonnés. Beaucoup de médicaments lulaires plus intégrés pour le criblage phénotypique.
actuellement sur le marché doivent leurs qualités Ainsi, des tranches, ou des cultures organotypiques,
médicinales uniques à leur action simultanée sur plu- d’hippocampe peuvent être utilisées pour mesurer, à
sieurs cibles moléculaires. C’est le cas de nombre l’aide de multi-électrodes, l’influence de composés sur
de composés psychotropes comme les antipsycho- une activité épileptiforme évoquée, voire même spon-
tiques utilisés dans le traitement de la schizo- tanée (tranches provenant d’animaux ayant développé
phrénie (Kubinyi, 2003). En cancérologie, le sunitib des crises spontanées post-status epilepticus) (Steidl
(Sutent) , un inhibiteur simultané de plusieurs ki- et al., 2006).
nases (dont les récepteurs du PDGF = Platelet De- Selon les cas, le marqueur d’efficacité des molécules
rived Growth Factor et du VEGF = Vascular Endo- testées pourra être morphologique, physiologique
thelial Growth Factor ) impliquées dans la prolifération (sécrétion), biochimique, électrophysiologique, voire
cellulaire et l’angiogénèse tumorale, est indiqué pour le génomique (mesure de l’expression d’un gène en
traitement des tumeurs stromales gastro-intestinales réponse à une substance pharmacologique).
et des carcinomes rénaux avancés (Frantz, 2005).
Dans certains cas, la (ou les) cible moléculaire
3.1.3 Criblage des librairies chimiques
qui sous-tend les réponses phénotypiques observées
peut être identifiée rétrospectivement (déconvolution
Cibles moléculaires (Figure 4)
de la cible, Terstappen et al., 2007) et peut ser-
vir ultérieurement, non seulement à élucider les L’étape suivante dans le processus de recherche du
mécanismes biologiques de la maladie, mais aussi candidat médicament repose sur la production de la
à réaliser un programme d’optimisation chimique protéine cible humaine à partir de systèmes recom-
des molécules, plus rationnel, basé sur cette cible binants (par exemple, cas d’une enzyme exprimée
258 Société de Biologie de Paris

LIBRAIRIE CHIMIQUE

CRIBLAGE BASÉ SUR UNE CIBLE MOLÉCULAIRE

CRIBLAGE CRIBLAGE CRIBLAGE CRIBLAGE


BIOCHIMIQUE ÉLECTROPHYSIOL. VIRTUEL BIOPHYSIQUE
≤ Valeur seuil
Affinité qualitative
« ACTIFS »
Validation expérimentale

SÉLECTION « TÊTES DE SÉRIE »


Librairie chimique:
POUR OPTIMISATION > 500.000 composés
provenant de la chimie
traditionnelle,
combinatoire et de
CANDIDAT MÉDICAMENT produits naturels

Fig. 4. Types de tests utilisés pour le criblage des librairies chimiques.

à partir d’une cellule hôte comme E. Coli ou Sac- Les librairies chimiques utilisées pour le criblage
charomyces cerevisiae) ou la création d’une lignée sont généralement issues du patrimoine chimique de
cellulaire stable exprimant la protéine cible hu- la Société Pharmaceutique accumulé depuis de nom-
maine (cellules CHO ou HEK293 transfectées dans breuses années et résultant d’une chimie traditionnelle
le cas des récepteurs et canaux ioniques), puis sur mais aussi plus récemment de la chimie combinatoire
l’élaboration d’un test de criblage biochimique ou automatisée (cf. Kumar et al., 2008) ou d’extraits de
électrophysiologique à partir de ce matériel biologique produits naturels issus de plantes ou de la fermenta-
(Proudfoot, 2008 ; Wermuth, 2008). Dans certains cas, tion de microorganismes (Newman et al., 2008).
lorsque des cellules natives expriment fortement un En général, pour le criblage HTS, une librai-
récepteur, il est possible de réaliser le criblage sur cette rie focalisée d’environ 500 000–600 000 molécules
lignée (cellules SH-SY5Y de neuroblastome humain, représentatives de l’ensemble du patrimoine chimique
par exemple). de la Société (et organisées par familles chimiques) est
Lorsqu’il existe des variations génétiques sur la utilisée. Pour le criblage MTS, une librairie plus res-
séquence biologique de la cible, il sera nécessaire treinte de 25 000 ou 50 000 composés sera utilisée. La
de choisir le variant le plus pertinent pour le cri- diversité chimique associée à ces librairies, de taille
blage (idéalement celui exprimé préférentiellement moyenne, peut paraı̂tre relativement modeste lors-
dans la pathologie visée). Par exemple, le récepteur qu’on la compare au nombre théorique possible de
histaminergique H3 humain comprend vingt isoformes composés existant dans l’univers chimique estimé à
différentes publiées dont six ont une affinité impor- 1040 –10100 (Macarron, 2006), mais elle est souvent suf-
tante pour le ligand naturel (Wellendorph et al., 2002) fisante pour identifier des composés ayant une affinité
et il est important de cibler le variant le plus signifi- pour la cible biologique compatible avec le démarrage
catif pour la pathologie visée. d’un programme d’optimisation chimique.
Deux types de criblage automatisés peuvent être Le criblage in vitro sur des cibles moléculaires iden-
envisagés : le criblage à haut débit (HTS = high tifiées présente un certain nombre d’avantages : le
throughput screening) réalisé à l’aide de robots (capa- mécanisme d’action est choisi dès le départ et peut
cité moyenne de criblage 50–100 000 composés testés donc être original et conduire à une nouvelle classe
par semaine) et le criblage à moyen débit (MTS = me- thérapeutique de médicament ; les tests de criblage
dium throughput screening) réalisé à l’aide de stations sont automatisés et miniaturisés, ce qui entraı̂ne fiabi-
de travail semi-automatisées (capacité de criblage : lité, rapidité et économie ; ce type de criblage (( au ha-
10 000 composés par semaine). Les tests sont miniatu- sard )) permet de détecter des substances chimiques ac-
risés et réalisés sur des micro-volumes dans des plaques tives difficiles à concevoir par les moyens classiques ; le
à 96, 384, voire 1536 puits. criblage est réalisé directement sur la cible moléculaire
Le processus de découverte du médicament dans l’industrie pharmaceutique 259

humaine et non animale, ce qui évite l’écueil des nité qualitative, (( scoring ))) (Langer & Bryant, 2008).
différences d’affinité inter-espèces ; ce type de test se Un grand avantage de ce type d’approche est que les
prête aussi à évaluer des mélanges de composés dont librairies chimiques utilisées pour le criblage in silico
on pourra ultérieurement isoler le principe actif (y peuvent être constituées non seulement des librairies
compris les produits naturels) ; enfin, ces tests réalisés internes mais aussi de librairies commerciales externes
in vitro économisent considérablement les animaux. de grande taille (1 ou 2 millions de molécules), voire
Les informations biochimiques générées à partir de de librairies virtuelles, imaginées par le chimiste, aug-
ce criblage seront ensuite confrontées aux structures mentant ainsi la couverture de l’espace chimique. Les
chimiques des molécules à l’aide d’ordinateurs puis- composés ayant les scores les plus élevés seront ensuite
sants et stockées dans une base de données centrale validés expérimentalement dans un test biochimique,
afin d’exploiter les relations structure-activité perti- par exemple, afin de mesurer leur affinité quantitative
nentes qui serviront au chimiste pour démarrer le pro- (Figure 4). Ces composés pourront ensuite servir de
gramme éventuel d’optimisation chimique. base pour un programme ultérieur d’optimisation chi-
Différentes techniques de criblage peuvent être uti- mique. Dans ce cadre, une optimisation de la structure
lisées (voir Figure 4). La plus classique repose sur chimique in silico pourra être réalisée au préalable
un test biochimique : par exemple, recherche d’une et seules les molécules ayant le plus de chance de
compétition vis-à-vis de la liaison de ligands radioac- posséder une forte affinité pour la cible moléculaire
tifs à des membranes provenant d’un tissu d’intérêt, seront synthétisées.
mesure d’une activité enzymatique, mesure d’un se- Une technique, encore expérimentale, de criblage
cond messager (AMP cyclique, IP3, kinases faisant biophysique a été récemment mise au point (Annis
partie de la signalisation cellulaire), changement d’ac- et al., 2007). Celle ci ne s’applique qu’aux protéines
tivité d’un gène rapporteur, mesure de l’interaction cibles solubles. Elle consiste à mettre la protéine so-
entre protéines par technologie FRET (fluorescence luble en présence d’un mélange de composés à tester
resonance energy transfer ). (par exemple 200 composés) dont la masse moléculaire
En ce qui concerne les canaux ioniques, les est unique. Après incubation, la protéine et les com-
techniques de criblage ont rapidement évolué posés qui sont liés sont séparés des composés non
dans les dernières années permettant, maintenant, liés par chromatographie d’exclusion de taille. Après
d’appréhender plus facilement ce type de cibles séparation des composés affins et de la protéine par
moléculaires. Ainsi, la plupart des canaux calciques chromatographie, ceux-ci sont identifiés par spec-
ou sodiques peuvent être criblés de façon automa- trométrie de masse ; ces composés ayant une masse
tique à l’aide de sondes fluorescentes (Fluo-4, FMP) unique, il sera aisé de les identifier puis d’évaluer
sensibles aux variations du potentiel de membrane et leur affinité quantitative pour la cible dans un test
de fluorimètres FLIPR avec une forte capacité (en- biochimique in vitro. Cette approche biophysique est
viron 600 000 molécules par campagne de criblage). intéressante lorsque le criblage HTS par les techniques
D’autres canaux ioniques (potassiques, cations classiques n’est pas possible ou lorsqu’il s’est révélé
monovalents) sont plus difficiles à appréhender et infructueux. De plus, elle permet d’interroger tous les
nécessitent l’utilisation de techniques de mesure de sites possibles de liaison d’un composé à sa cible bio-
flux de rubidium par absorption atomique (canaux logique, incluant les sites de modulation allostérique.
potassiques) ou de patch-clamp automatisé dont la Il est important de souligner que toutes les
capacité de criblage reste néanmoins encore limitée à techniques de criblage décrites précédemment ne
25 000–50 000 composés par campagne. sont pas mutuellement exclusives mais peuvent être
complémentaires et réalisées en parallèle afin d’enri-
Lorsque le criblage biochimique/électrophysiolo- chir la variété structurale des composés issus du cri-
gique à haute capacité s’avère impossible à pratiquer blage.
et lorsque la structure tridimensionnelle de la cible
moléculaire est connue (site actif d’une kinase ou site
orthostérique d’un récepteur par exemple), il est pos- Cibles cellulaires (criblage phénotypique)
sible d’utiliser la technique de criblage virtuel (Langer Bien que le criblage phénotypique in vivo soit encore
& Bryant, 2008). La structure tridimensionnelle de la pratiqué dans certains laboratoires pour des indica-
protéine-cible peut, dans certains cas, être obtenue à tions thérapeutiques où il n’existe pas d’alternative,
partir d’études de cristallographie aux rayons X et de il est remplacé, de plus en plus, par le criblage
RMN ou bien l’on peut construire un modèle par ho- phénotypique in vitro.
mologie avec des protéines voisines et ensuite identi- Contrairement au criblage sur une cible
fier le site de liaison des ligands (Hillish et al., 2004). moléculaire bien identifiée, le criblage phénotypique
Le criblage virtuel consiste à présenter au site actif in vitro est réalisé sur un système cellulaire intégré
toute une série de structures chimiques ((( docking ))) (cellules en culture, organe isolé, tranches de tissu),
et à évaluer leur ajustement au site de liaison (affi- des bactéries ou parasites, voire même des organismes
260 Société de Biologie de Paris

modèles tels que poissons zèbres ou nématodes structure chimique n’est pas exploitable (par exemple
(comme C. Elegans) (Austen & Dohrmann, 2005) des composés pouvant générer des radicaux libres
sans idée préconçue sur la ou les cibles biochimiques soit eux-mêmes soit via leurs métabolites potentiels) ;
mises en jeu et la réponse mesurée est une réponse d’autre part, étant donné que le criblage initial est
intégrée (prolifération et différenciation cellulaire, toujours réalisé sur des produits en solution dans le
neuritogénèse, changement de polarité de la cellule, diméthylsulfoxyde, on vérifie l’identité chimique et la
sécrétion hormonale ; expression de gènes cibles, pureté du composé testé (par spectrométrie de masse)
consommation d’ATP, etc.). et l’on mesure l’affinité réelle pour la cible (Ki ou
De par sa nature, le criblage phénotypique a un CE50 ; voir Nowicki & Scatton, 2008 pour l’expression
débit limité. Cependant, ce débit dépend du pa- des résultats) du produit préparé à partir de la poudre
ramètre mesuré. Lorsqu’un test biochimique (par elle même ; dans certains cas, afin d’enrichir l’envi-
exemple, mesure de l’apoptose par fragmentation de ronnement chimique autour des (( têtes de série )), on
l’ADN) est pratiqué, il n’est pas rare de pouvoir tester pratique un criblage additionnel de composés structu-
près de 30 000 composés, un chiffre voisin de la capa- ralement apparentés aux composés trouvés (( actifs )) et
cité du MTS pratiqué sur certaines cibles moléculaires. appartenant au patrimoine chimique mais non inclus
Des améliorations techniques récentes pourraient dans la librairie utilisée pour la campagne de criblage.
conduire rapidement à une augmentation de la ca- Dans un deuxième temps, on mesurera l’activité
pacité du criblage phénotypique. Ainsi, des logiciels fonctionnelle in vitro des composés sélectionnés (puis-
performants d’analyse d’image se sont développés et sance et efficacité) dans un ou plusieurs tests sur cel-
permettent la mesure à haut débit des changements lules natives d’origine humaine et animale ou trans-
de forme de la cellule de manière entièrement auto- fectées. La sélectivité des composés par rapport à des
matisée (applicable par exemple à la mesure de l’effet cibles moléculaires homologues (famille de sous-types
de composés sur la neuritogénèse ou la différenciation de récepteurs par exemple) et des cibles associées à des
des cellules souches) (criblage HCS = high content effets secondaires potentiels sera également évaluée.
screening). Des appareillages mesurant de façon si- En parallèle, on évaluera in silico les propriétés phy-
multanée l’expression de gènes en réponse à l’ac- sicochimiques des composés (solubilité, perméabilité,
tion d’un composé sur une cellule sont actuellement potentialité à devenir un médicament, etc.) et leur
développés. Ces avancées technologiques devraient, génotoxicité potentielle à l’aide de logiciels adaptés,
dans un futur proche, favoriser la renaissance de l’ap- ainsi que l’originalité de la structure chimique, sa bre-
proche phénotypique (Butcher, 2005). vetabilité et la faisabilité de la synthèse chimique.
Des tests in vitro visant à évaluer l’absorption et le
métabolisme du composé seront aussi réalisés. Enfin,
3.1.4 Des composés trouvés (( actifs )) en criblage dans certains cas où le produit est suffisamment af-
aux (( têtes de série )) optimisables fin pour servir d’emblée d’outil pharmacologique, on
évaluera l’activité in vivo du composé dans un test
Comme nous l’avons évoqué précédemment, dans au
simple chez l’animal.
moins 50 % des cas, il n’est pas possible de trou-
Ce processus permet ainsi d’avoir une connais-
ver des composés reconnaissant avec une affinité suf-
sance approfondie des avantages et désavantages des
fisante la cible biologique ou ayant une structure chi-
différentes séries chimiques évaluées et de faire le choix
mique acceptable pour pouvoir envisager le démarrage
d’une ou de plusieurs séries chimiques pouvant servir
d’un programme de recherche. Par contre, dans le
de base au programme de recherche proprement dit.
cas d’un résultat positif durant la campagne de cri-
blage, il va falloir s’assurer que les composés trouvés
(( actifs )) ont les qualités requises pour devenir des 3.1.5 Optimisation des têtes de série en candidats
(( têtes de série )) optimisables chimiquement. À ce médicaments
stade, on vérifiera que le composé actif dans le test
de criblage initial, généralement réalisé à une seule La première étape dans le démarrage d’un pro-
concentration, a une affinité suffisante (de l’ordre du gramme de recherche, qu’il soit basé sur une cible
μM) dans un test fonctionnel (effet agoniste ou an- moléculaire ou cellulaire, est d’élaborer une archi-
tagoniste), une sélectivité acceptable par rapport à tecture de criblage (voir Nowicki & Scatton, 2008)
d’autres cibles moléculaires et des propriétés phy- permettant l’optimisation des analogues structuraux
sicochimiques (masse moléculaire, solubilité, log P, synthétisés de novo par les chimistes médicinaux (par
pKa), et pharmacocinétiques (perméabilité intesti- synthèse traditionnelle ou synthèse automatisée à haut
nale, métabolisation) adéquates pour être considéré débit) en candidats au développement (Figure 5).
comme (( tête de série )). Cette étape comporte des tests primaires réalisés
Dans le détail, le processus est le suivant : dans in vitro avec des valeurs seuils ((( cut off ))) permet-
une première étape, on élimine les composés dont la tant d’évaluer : 1) l’affinité pour la cible moléculaire
Le processus de découverte du médicament dans l’industrie pharmaceutique 261

Synthèse du composé

Criblage in vitro
- Affinité pour la cible moléculaire
- Tests fonctionnels/sélectivité

Criblage pharmacocinétique in vitro : NON


- Absorption (CaCo2) Modifications
- Stabilité métabolique (microsomes rat, humain) structurales

OUI N
Evaluation approfondie in vivo NO
Pharmacodynamie
- Tests fonctionnels
- Tests prédictifs de l’indication thérapeutique
Pharmacocinétique

Candidat
médicament
Fig. 5. Processus d’optimisation des têtes de série.

humaine et d’autres espèces pharmacologiques (ron- durant le processus d’optimisation, cette attrition est
geur, chien, primate) ou pour la cible cellulaire et 2) tombée à moins de 12 % en 2001 (Brown, 2007).
la sélectivité du composé (sur environ 30 cibles Si les produits synthétisés ne répondent pas
moléculaires ou sur un panel de cellules tumorales aux pré-requis, des modifications structurales sont
solides et liquides, par exemple, dans le cas d’une réalisées afin d’améliorer les paramètres mesurés.
cible cellulaire). Des tests fonctionnels secondaires sur La modélisation moléculaire est un outil précieux
cellules natives exprimant la cible moléculaire à un ni- pour le chimiste médicinal dans l’optimisation des
veau physiologique ou sur organes isolés sont ensuite molécules. Les études de co-cristallisation du ligand
effectués. Ces tests secondaires permettent également et de sa cible biologique lorsqu’elles sont possibles ap-
de juger de la pénétration cellulaire du composé. Pour portent des informations structurales clés (en parti-
certaines cibles, comme les récepteurs à sept domaines culier, distances entre les différents substituants de
transmembranaires, il sera important d’évaluer les ef- la molécule et les acides aminés du site actif de
fets des produits sur différentes voies de signalisa- la cible) qui permettent de déterminer rapidement
tion, en raison des variations possibles du profil ago- les modifications à apporter à la molécule parente
niste/antagoniste selon la voie de signalisation et la (Rondeau & Schreuder, 2008). Ces dernières années,
protéine G impliquée (cf. récepteur β3 par exemple, le développement de la synthèse automatisée à haut
Sato et al., 2008). débit (aussi appelée synthèse parallèle) de librairies
Si les composés sélectionnés répondent aux ob- chimiques a également permis d’accélérer le proces-
jectifs fixés, on évalue alors leur absorption in vitro sus d’optimisation des molécules (Kumar et al., 2008).
sur cellules CaCo2 humaines (lignée tumorale de can- Cette technique consiste à générer de façon automa-
cer du colon) et leur stabilité métabolique in vitro tique un ensemble de molécules à partir d’un squelette
sur microsomes hépatiques humains et de différentes de base auquel on greffe des substituants variés. Des
espèces animales (Figure 5). Il y a quelques années, librairies de l’ordre d’une centaine de molécules per-
une des principales causes d’attrition des molécules mettent d’explorer rapidement certaines hypothèses
durant le processus d’optimisation était la pharmaco- de travail dans l’espace chimique.
cinétique : 39 % des causes d’attrition en 1991. Grâce Le passage réussi du composé à travers les cribles
à la réalisation précoce d’études pharmacocinétiques in vitro précédemment évoqués permet d’envisager
262 Société de Biologie de Paris

ensuite son évaluation in vivo ou ex vivo, tout d’abord membranaires Pgp, la clairance de la molécule et de
dans des tests fonctionnels qui permettent de s’assu- ses métabolites majeurs par des hépatocytes humains
rer que le produit a bien atteint sa cible moléculaire en culture et la contribution des divers cytochromes
(ou cellulaire lorsque c’est possible) puis dans des tests P450 au métabolisme de la molécule (pour évaluer
pharmacologiques in vivo prédictifs de la ou des indi- les possibles interactions médicamenteuses), ainsi que
cations thérapeutiques (Figure 5). l’inhibition ou l’induction de ces cytochromes par la
De nombreux types d’essais fonctionnels ex vivo molécule (Boussery et al., 2008). Des études in vivo
ou in vivo peuvent être réalisés : déplacement de portant sur la pharmacocinétique et la distribution du
la liaison ex vivo ou in vivo de ligands radioactifs composé et de ses métabolites les plus importants chez
dans le tissu d’intérêt, mesure ex vivo d’une activité le rongeur et d’autres espèces utilisées en toxicologie
enzymatique ou d’un processus biologique (coagula- complètent le profil du produit.
tion, fibrinolyse, par exemple), mesure de paramètres Des tests de sécurité cardiovasculaire in vitro (af-
électrophysiologiques (électrocardiogramme, électro- finité pour le canal Herg en particulier, dont le blo-
encéphalogramme), antagonisme des effets physiolo- cage peut conduire à des arythmies), et des tests de
giques d’un agoniste exogène administré par voie génotoxicité et d’hépatotoxicité) sont également pra-
systémique ou locale ou d’un agoniste endogène (par tiqués à ce stade et permettent d’établir la marge de
exemple, antagonisme de la sécrétion d’ACTH induite sécurité du composé par rapport à ses effets adverses.
par l’injection de vasopressine ou par un stress chez L’optimisation des têtes de série en candidats
le rat (Serradeil-Le Gal et al., 2005). Dans certains médicaments est un processus relativement complexe
cas, ces tests sont transposables à l’homme et peuvent (schématiquement représenté sur le (( diagramme en
être réalisés en phase I pour s’assurer que le produit toile d’araignée )), Figure 6) car il est nécessaire d’op-
atteint bien sa cible biologique chez l’homme à la dose timiser en parallèle de nombreux paramètres (affi-
étudiée (biomarqueurs). nité et sélectivité pour la cible biologique, protection
L’avènement des techniques de transgénèse a per- brevetaire, propriétés physicochimiques, profil phar-
mis d’améliorer les tests in vivo prédictifs de la patho- macocinétique et pharmacodynamique, activité dans
logie et il est maintenant possible, dans certains cas, de les modèles expérimentaux de la pathologie visée,
mimer chez l’animal différents aspects de la maladie. absence de génotoxicité, d’hépatotoxicité, d’embryo-
Par exemple, des souris doubles transgéniques, expri- foetotoxicité, d’effets cardiovasculaires délétères, etc.)
mant le gène humain muté codant pour le précurseur avant de proposer le candidat final au développement.
de la protéine β-amyloı̈de et la préséniline-1, ou triples À ce stade, il sera temps de déposer un brevet.
transgéniques surexprimant, en plus, la protéine tau Un brevet est un titre de propriété industrielle ga-
humaine, présentent, comme chez le malade souf- rantissant au détenteur (inventeur ou compagnie) de
frant de maladie d’Alzheimer, des altérations pa- cette invention des droits exclusifs dans des territoires
thologiques caractéristiques telles que présence de donnés pour une durée de 20 ans à partir de la date de
dépôts de protéine β-amyloı̈de, hyperphosphorylation dépôt de la demande de brevet. Il empêche une tierce
et agrégation de la protéine tau avec dégénérescences partie d’utiliser l’invention sans le consentement du
neurofibrillaires ; neuroinflammation caractérisée par détenteur du brevet et permet au détenteur d’entamer
la présence de cellules microgliales et astrogliales, et une procédure judiciaire envers quiconque enfreint ses
perte neuronale au niveau de l’hippocampe ainsi que droits brevetaires. Un brevet garantit à la compagnie
des déficits cognitifs intéressant la mémoire de travail un retour sur son investissement de recherche. Trois
et spatiale (Morrissette et al., 2009). Dans certains critères sont nécessaires pour déposer un brevet : 1) la
cas, où l’affinité des composés synthétisés pour la cible nouveauté : l’invention ne doit pas faire partie de l’état
biologique animale est faible par rapport à celle qu’ils de l’art, c’est-à-dire ne pas avoir été divulguée au pu-
possèdent pour la cible humaine (cas classique des an- blic avant la date de dépôt de la demande de brevet ; 2)
tagonistes des récepteurs aux chimiokines ou aux neu- l’inventivité : l’invention ne doit pas être considérée
rokinines), il est possible d’humaniser les souris en leur comme évidente pour l’homme de l’art ; 3) l’inven-
faisant exprimer le gène humain correspondant (souris tion doit être susceptible d’application industrielle.
knock-in) et ainsi disposer d’un modèle expérimental Différents types de brevets peuvent être déposés dans
utilisable pour caractériser le produit et prédire la dose les domaines chimiques et pharmaceutiques : brevet
thérapeutique humaine. portant sur un produit, un procédé, une association,
Enfin, le profil pharmacocinétique du produit est une nouvelle application thérapeutique d’un produit
complété par des études in vitro puis in vivo dans existant ou une nouvelle forme galénique.
les espèces pharmacologiques afin d’établir la relation Lorsque le candidat médicament répond à l’en-
pharmacocinétique/pharmacodynamie et d’évaluer la semble des pré-requis (Figure 6), il sera proposé au
dose potentiellement active en clinique. Sont évalués à développement préclinique pour réaliser les études
ce stade l’efflux cellulaire du composé par les pompes prévues dans cette phase (voir Section 2).
Le processus de découverte du médicament dans l’industrie pharmaceutique 263

Position
Embryo-foeto- brevetaire Synthèse
toxicité in vitro chimique
Choix du sel

Hépatotoxicité Propriétés
in vitro physicochimiques

Etat
Solubilité cristallin

Génotoxicité Puissance/efficacité
in vitro pour la cible

Sélectivité
Effets second.
cardiovasculaires
Perméabilité
barrière intestinale
(CaCo2)
Cytochromes P450
Inhibition/Induction Demi-vie
in vitro - Métabolisme in vitro
tmax

Pharmaco- Pharmaco-
dynamique cinétique in vivo

Fig. 6. L’optimisation multi-paramétrique des têtes de série. Diagramme en toile d’araignée. Pour chaque paramètre
mesuré (figurant dans les rectangles à la périphérie de la toile), plus le segment partant du centre vers la périphérie est
long, plus le critère correspondant est respecté.

3.2 Approche biothérapeutique (biomédicaments) génique qui consiste à délivrer à l’aide d’un vecteur
viral (adénovirus génétiquement inactivé) un gène
Les biomédicaments ont connu une croissance specta- thérapeutique dans un tissu cible, bien que promet-
culaire durant la dernière décennie, particulièrement teuse, n’en est encore qu’au stade de l’expérimentation
dans des pathologies présentant un fort besoin clinique (nombreuses études de phase II) ; quant aux
thérapeutique non satisfait telles que cancer, mala- ARN interférents, si l’approche est fascinante, elle en
dies métaboliques, pathologies infectieuses ou mala- est encore aux balbutiements en ce qui concerne une
dies auto-immunes (Reichert et al., 2005). possible application clinique.
Il existe plusieurs catégories de médicaments bio-
Selon les estimations, le marché biopharmaceu-
logiques :
tique est en plein essor (Reichert et al., 2005) et
– les anticorps monoclonaux nus ou conjugués à des devrait atteindre 12 à 15 % du marché pharmaceu-
agents cytotoxiques, tique mondial en 2010 (Halioua, 2005). Parmi les
– les protéines thérapeutiques recombinantes ou ex- médicaments biologiques, les anticorps monoclonaux
traites de milieux biologiques, ont connu la plus forte croissance : +48 % par an entre
– les protéines modifiées (récepteurs solubles, 1999 et 2004 (Halioua, 2005).
protéines pièges ou (( traps ))), Du fait de la capacité des anticorps à se lier avec
– les autres molécules biologiques non protéiques une forte affinité et spécificité à un antigène donné,
(ARN interférents par exemple), l’immunothérapie passive constitue une thérapie pro-
– la thérapie génique. metteuse pour un grand nombre de pathologies.
Nous ne discuterons dans ce chapitre que des deux Les progrès des techniques d’immunisation et de
premières approches pour lesquelles il existe actuelle- biologie moléculaire ont permis de créer initiale-
ment de nombreux produits sur le marché. La thérapie ment des anticorps chimériques souris/homme puis,
264 Société de Biologie de Paris

Humanisation Production
Evaluation
anticorps grande échelle
anticorps
Préparation anticorps
Choix animal
de l’anticorps Production (lignée cellul.
dans modèles
de l’antigène (immunisation anticorps stable)
expérimentaux
cible humain souris, humain (lignée
in vivo
criblage cellul.transitoire) Fig. 7. Étapes impliquées
ou
hybridomes) dans le processus de recher-
anticorps Candidat au
Recherche che amont : approche bio-
humain dé veloppement
anticorps thérapeutique/anticorps mo-
sur souris TG
animal
noclonaux.

plus récemment, des anticorps entièrement humanisés Dans d’autres cas, l’approche biothérapeutique
(Carter, 2006). pourra être envisagée lorsqu’il aura été impossible de
Comme pour les médicaments chimiothérapeu- trouver, lors des campagnes de criblage, des petites
tiques, il existe différentes étapes clés dans le processus molécules reconnaissant une cible moléculaire donnée
de découverte des anticorps monoclonaux candidats telle que récepteur ou canal ionique et lorsqu’il est pos-
qui seront proposés au développement préclinique et sible d’utiliser la voie systémique pour le traitement
clinique et qui sont schématiquement représentées sur de cette pathologie.
la figure 7.
– La deuxième étape consiste en la préparation de
– La première est le choix de l’antigène cible. La l’anticorps. La technique la plus courante consiste
connaissance de la physiopathologie de la mala- à immuniser des souris à l’aide de l’antigène
die peut, évidemment, être déterminante pour le humain et à cribler les librairies d’hybridomes
choix de cet antigène. Par exemple, la connais- (générés par fusion stable de cellules de myélome
sance du rôle majeur joué par le TNF dans immortalisées avec les lymphocytes B provenant
le processus inflammatoire intervenant dans l’ar- des souris immunisées) de façon à sélectionner l’an-
thrite rhumatoı̈de a conduit à générer un anticorps ticorps le plus pertinent en terme d’activité sur
actuellement commercialisé (Etanercept) , dirigé l’antigène cible (et éventuellement en terme d’in-
contre cette protéine (Venkateshan et al., 2009). duction d’activité effectrice cytotoxique) (Carter,
Dans le domaine broncho-pulmonaire, la recon- 2006). Ce procédé nécessite néanmoins l’huma-
naissance du rôle important joué par l’interleukine- nisation ultérieure de la partie variable de l’an-
4 dans la crise asthmatique (Andrews et al., ticorps afin de pouvoir l’utiliser chez l’homme
2006) a conduit au développement d’anticorps (Carter, 2006). Il existe une autre alternative
entièrement humanisés, dirigés contre cette cible, qui consiste à préparer d’emblée des anticorps
et actuellement en phase II d’expérimentation cli- entièrement humanisés à l’aide de souris chez
nique dans l’asthme sévère à modéré. lesquelles on a remplacé les gènes codant pour
les immunoglobulines par leur équivalent humain
Dans le cas du cancer, la connaissance de la biolo- (chaı̂nes lourdes VH et kappa légères) (Lonberg,
gie de la tumeur, de son hétérogénéité et de ses capa- 2005) ; les chaı̂nes constantes de l’anticorps sou-
cités d’adaptation apportée par les études génomiques, ris (Fc) ne sont pas remplacées, ce qui présente
transcriptomiques et protéomiques, de son insta- l’avantage que les souris ne sont pas immuno-
bilité génétique (translocations, mutations) et des compromises et peuvent servir à réaliser les études
altérations épigénétiques, la caractérisation des cel- de preuve du concept, la portion Fc de l’anti-
lules souches tumorales et de l’angiogénèse associée corps souris étant remplacée par son équivalent
à la tumeur sont autant d’éléments déterminants in- humain après la sélection de l’anticorps. Une autre
tervenant dans le choix de l’antigène cible. Il est technique (dite du (( phage display ))), consiste à
également important dans cette pathologie de choi- sélectionner l’anticorps à partir d’un antigène cible
sir des cibles surexprimées par la cellule cancéreuse et d’une librairie de bactériophages de grande taille
mais ne jouant pas un rôle vital essentiel pour la (20 milliards) exprimant une large diversité d’an-
cellule normale. Par exemple, le Rituximab, un an- ticorps humains (Hoogenboom, 2005). On peut
ticorps utilisé pour le traitement des lymphomes non ainsi, après plusieurs passages, isoler des anticorps
hodgkiniens, est dirigé contre l’antigène CD20 exprimé humains spécifiques dirigés contre des antigènes
spécifiquement sur les cellules malignes de la lignée complexes, pouvant être internalisés, et reconnais-
lymphocytaire B mais pas par les cellules souches sant éventuellement différentes espèces animales ce
hématopoiétiques pluripotentes ou d’autres organes qui facilitera les études ultérieures chez l’animal.
(Schrama et al., 2006). Des anticorps bi-spécifiques dirigés simultanément
Le processus de découverte du médicament dans l’industrie pharmaceutique 265

contre deux antigènes distincts peuvent aussi être (voir plus loin), la capacité d’internalisation sur une
générés par ces techniques. cellule tumorale cible est également évaluée à ce stade.
– Pour les anticorps préparés à partir de souris nor-
males, il sera nécessaire de les humaniser grâce – Avant d’aborder les études de pharmacologie in
à des techniques variées telles que resurfaçage, vivo, des études de pharmacocinétique in vivo
remplacement de résidus critiques sur les chaı̂nes sont généralement réalisées chez une ou deux
légères et lourdes, greffe de fragments variables, et espèces (souris, primate) utilisées en pharmacolo-
de modifier éventuellement la glycosylation afin de gie et en toxicologie après administration unique
moduler la demi-vie de l’anticorps (Carter, 2006). et répétée de doses croissantes de l’anticorps. Un
Selon les cas, le fragment Fc sera modifié de façon test ELISA (anticorps de chèvre reconnaissant
à minimiser ou au contraire à augmenter (visée l’anticorps humain) est nécessaire pour mesurer
cancer) la fonction effectrice (CDC = complement- les concentrations circulantes de l’anticorps hu-
dependent lysis et ADCC = antibody-dependent main après son administration intraveineuse ou
cellular cytotoxicity) et l’effet pro-apoptotique de sous-cutanée. La mesure de l’absorption et de
l’anticorps (Carter, 2006). la demi-vie plasmatique est particulièrement im-
portante à ce stade car elle va déterminer la
– L’étape suivante concernera la production et la dose et la fréquence d’administration de l’anti-
purification de l’anticorps tout d’abord à par- corps chez l’homme. La présence d’anticorps di-
tir d’une lignée cellulaire transitoire de mam- rigés contre l’anticorps thérapeutique administré
mifère (de façon à produire les petites quantités peut également être évaluée dans ces études.
d’anticorps nécessaires à sa caractérisation phar-
macologique en recherche amont), puis à partir – La dernière étape avant la proposition du can-
d’une lignée stable qui servira à la production à didat médicament au développement devra être
grande échelle (à l’aide de fermenteurs) en vue des la démonstration in vivo de l’efficacité de l’anti-
études précliniques et cliniques. Un système d’ex- corps dans un modèle expérimental de la patho-
pression utilisant des cellules CHO (chinese ham- logie visée. Dans le cas où l’anticorps humanisé
ster ovary cells) transfectées est souvent utilisé est également reconnu par certaines espèces ani-
pour sélectionner le clone ayant la croissance et la males, on retrouve une situation analogue à celle
productivité la plus forte et la stabilité la meilleure rencontrée pour les substances issues de la chimie
au cours des différentes générations. médicinale et les mêmes modèles expérimentaux
peuvent être utilisés (par exemple un modèle
Après purification par des méthodes analytiques clas- d’asthme induit par un allergène chez le primate).
siques (chromatographie d’affinité, par échange d’ions, Dans le cas où l’anticorps humain n’est pas re-
sur gel d’hydroxyapatite), l’affinité pour l’antigène et connu par d’autres espèces, on peut utiliser pour
la spécificité de l’anticorps pour la cellule ou le tissu ces études un anticorps de substitution ((( sur-
cible visés seront évaluées in vitro par des techniques rogate ))) spécialement élaboré pour être reconnu
variées (FACS, biacore, immuno-précipitation, hybri- par la souris ou le primate. Une autre alterna-
dation in situ). On évalue également l’affinité de l’an- tive consiste à utiliser des souris transgéniques. Par
ticorps pour d’autres espèces pharmacologiques pou- exemple, des souris transgéniques surexprimant le
vant être utilisées ultérieurement pour les études in gène muté du précurseur de la protéine β-amyloı̈de
vivo (réactivité croisée). Comme pour les composés peuvent être utilisées pour évaluer des anticorps
issus de la chimie médicinale, des études évaluant les monoclonaux dirigés contre certaines régions ou
effets de l’anticorps dans des modèles fonctionnels in formes ou configurations (oligomèrique, agrégats)
vitro sur des cellules cibles humaines sont ensuite en- de la protéine β-amyloı̈de afin d’évaluer leur capa-
treprises afin de caractériser son mécanisme d’action. cité à prévenir l’apparition des plaques amyloı̈des
Des changements phénotypiques (prolifération) ou et des altérations cognitives chez cette espèce (voir
biochimiques (phosphorylation, expression de gènes, Thakker et al., 2009). Enfin, dans le domaine
etc.) sont mesurés. Pour les anticorps destinés au trai- de la cancérologie, l’utilisation de modèles de
tement de certains types de cancers, on évalue sur des xénogreffes chez la souris immunodéprimée permet
lignées cellulaires porteuses de l’antigène leur capa- aisément l’évaluation des anticorps thérapeutiques
cité à induire une mort cellulaire directe par apop- in vivo. Dans ces modèles, des fragments de tu-
tose ou indirecte via la reconnaissance par le frag- meurs humaines ou des cellules en suspension pro-
ment Fc des récepteurs FcγR localisés à la surface venant d’une lignée tumorale humaine exprimant
des cellules sanguines NK (natural killer ) ou des ma- l’antigène visé sont implantées en sous-cutané chez
crophages ou via la liaison du complément à la cel- des souris immunodéprimées ; celles ci reçoivent
lule cible (Carter, 2006). Pour les anticorps qui seront l’anticorps par voie intraveineuse ou sous-cutanée
conjugués ultérieurement à une substance cytotoxique à différentes doses et le poids de la tumeur est
266 Société de Biologie de Paris

mesuré à différents temps après l’implantation line ont une influence déterminante sur la libération
(voir Nowicki & Scatton, 2008). L’efficacité de l’an- de la molécule active à partir de son site d’injec-
ticorps, seul ou en association avec des agents cy- tion) et de développer de nouvelles insulines (comme
totoxiques, sur différents types de tumeurs solides Lantus , Apidra ) possédant un profil pharmaco-
ou liquides à différents stades, peut ainsi être es- logique amélioré permettant, en particulier, d’éviter
timée. Ces études permettent aussi de déterminer l’hypoglycémie associée à l’injection d’insuline natu-
la dose maximale tolérée et de calculer la marge de relle et de mimer la sécrétion physiologique d’insuline
sécurité par rapport à la dose thérapeutique. (Owens et al., 2008 ; Hartman, 2008).
Globalement, une fois la protéine cible définie,
Après l’entrée de l’anticorps thérapeutique en déve- les étapes impliquées dans le processus de pro-
loppement, il suivra les mêmes étapes que celles duction des protéines thérapeutiques recombinantes
précédemment décrites pour les composés chi- sont voisines de celles suivies pour les anticorps
miothérapeutiques. thérapeutiques (Figure 7) (Tolner et al., 2007). La
Les approches thérapeutiques utilisées en onco- première étape consiste en la recherche et l’optimi-
logie pour la destruction des cellules tumorales ont sation d’un système cellulaire d’expression et de pu-
évolué durant ces dernières années. Bien que la chi- rification de la protéine : après clonage du gène co-
miothérapie conventionnelle basée sur des agents cy- dant pour la protéine sélectionnée, la plupart des
totoxiques reste un outil de choix dans l’arsenal protéines thérapeutiques actuellement sur le marché
thérapeutique, des thérapies plus (( ciblées )) dirigées (érythropoı̈étine, G-CSF, tPA) sont produites avec un
sur des voies biologiques particulièrement actives dans bon niveau d’expression dans des cellules de mam-
la cellule tumorale mais non actives ou redondantes mifère (comme les cellules CHO) qui secrètent et gly-
dans la cellule normale (certaines kinases par exemple) cosylent la protéine d’une façon similaire à la protéine
ont vu le jour plus récemment (Gleevec , Herceptin , naturelle (Zavitz et al., 2008). Des levures telles que
Iressa ) (Adams & Weiner, 2005). Une évolution nou- Saccharomyces cerevisiae et K. Lactis peuvent aussi
velle dans la thérapie ciblée du cancer est celle des être utilisées avec succès mais le profil de glycosyla-
anticorps thérapeutiques conjugués à une substance tion de la protéine sécrétée est souvent différent de la
cytotoxique (Wu & Senter, 2005). L’anticorps huma- protéine de mammifère et une étape supplémentaire de
nisé dirigé contre un antigène très exprimé sur la cel- modification post-translationnelle devra être ajoutée
lule cancéreuse mais absent sur la cellule normale est dans le processus final de production de la protéine.
couplé à la substance cytotoxique (inhibiteur de la tu- Les étapes suivantes consisteront à évaluer la phar-
buline ou de la polymérisation des microtubules) via macologie in vitro (affinité pour la cible, spécificité,
un agent de couplage chimique ((( linker ))). Après son effets fonctionnels) puis in vivo (en particulier dans
administration, l’anticorps thérapeutique conjugué est des modèles expérimentaux prédictifs de la patholo-
reconnu par la cellule tumorale, le complexe antigène- gie visée) de la molécule pour prouver son efficacité.
anticorps est internalisé et la substance cytotoxique Après mise au point d’un test ELISA, des études
libérée, conduisant à la lyse de la cellule tumorale de pharmacocinétique in vivo seront réalisées dans
(Wu & Senter, 2005). Du fait de l’absence d’antigène les diverses espèces pharmacologiques et des tests de
cible sur les cellules normales, la toxicité de ce type sécurité seront pratiqués avant de proposer la protéine
d’immuno-conjugué est relativement faible comparé à thérapeutique au développement.
celle d’un agent cytotoxique.
Un exemple d’anticorps conjugué utilisé actuel-
lement pour le traitement des leucémies myéloı̈des
aiguës est le Mylotarg composé d’un anticorps huma-
nisé dirigé contre l’antigène CD33 lié chimiquement à
4 Conclusion
la calichéamycine, un agent cytotoxique (Stasi, 2008).
Les protéines thérapeutiques occupent également Nous avons vu, tout au long de cette revue, que
une place importante et croissante dans l’arsenal la recherche dans l’industrie pharmaceutique s’est
thérapeutique actuel, bien que moindre que celle des profondément transformée au cours des dernières
anticorps monoclonaux. Parmi les plus connues, ci- décennies et que le nombre de cibles biologiques
tons l’hormone de croissance, les insulines humaines disponibles pour élaborer de nouvelles thérapies
modifiées, l’érythropoı̈étine, le G-CSF, les facteurs de s’est considérablement accru grâce au décryptage du
la coagulation sanguine, les interférons et les enzymes génome humain, permettant d’attaquer la maladie
comme l’urate oxydase (Fasturtec ). Par exemple, en plusieurs points de la cascade physiopathologique.
des modifications portant sur certains acides aminés On peut espérer que cette transformation portera
clés dans les chaı̂nes A et B de la molécule d’in- ses fruits et que de nouveaux médicaments inno-
suline humaine ont permis de modifier la formation vants, basés sur des concepts originaux, émergeront
des agrégats (les interactions entre hexamères d’insu- de cette approche pour satisfaire les nombreux
Le processus de découverte du médicament dans l’industrie pharmaceutique 267

besoins thérapeutiques actuels et, en particulier, des seulement la population-cible. Dans le domaine de la
médicaments agissant non plus sur la symptomato- pharmacocinétique, il existe de nombreux variants du
logie mais sur l’étiologie des maladies. Dans cette cytochrome 2 D6 impliqué dans le métabolisme de
quête, il sera nécessaire de diversifier les approches nombreux médicaments avec trois phénotypes domi-
et de ne négliger aucune piste pouvant être une source nants qui contribuent à des variations individuelles
d’innovation, comme l’approche phénotypique ou l’ob- importantes dans le métabolisme du médicament et
servation clinique. donc dans la réponse du patient au traitement. Le
Quelles évolutions futures peut-on envisager pour génotypage des patients permettra d’adapter la poso-
la recherche pharmaceutique ? logie en fonction du patient et d’éviter les interactions
Une première évolution en marche est le médicamenteuses (Pangalos et al., 2007).
développement de la recherche translationnelle que Une dernière évolution que l’on commence à envi-
l’on peut définir globalement comme une aide à la sager est celle de la thérapie réparatrice, c’est-à-dire
traduction des résultats expérimentaux obtenus au l’utilisation de molécules pouvant stimuler les proces-
laboratoire en applications cliniques, autrement dit, sus de réparation endogène de différents tissus affectés
une aide au transfert à la clinique des connaissances par les processus pathologiques, par exemple, en sti-
pré-cliniques sur un candidat médicament (Butler, mulant la prolifération et la différenciation des cellules
2008). L’utilisation au laboratoire et en clinique souches adultes en cellules matures (Zhou et al., 2008).
des mêmes biomarqueurs d’activité du médicament Les besoins sont immenses dans de nombreuses patho-
(marqueurs biologiques, liaison de ligands radioac- logies telles que le diabète, l’insuffisance cardiaque, la
tifs, électrophysiologie, imagerie, génomique, etc., maladie d’Alzheimer, l’infarctus cérébral et cardiaque,
cf. Section 3.1.5) devrait permettre d’améliorer la pour ne citer que quelques exemples.
prédictibilité des modèles expérimentaux et, par là Enfin, pour stimuler la recherche de thérapeutiques
même, de réduire l’attrition intervenant durant la innovantes, il est indispensable que recherches pu-
phase de développement clinique. À titre d’exemple, blique et privée collaborent étroitement à tous les
on utilise de plus en plus au laboratoire l’ima- niveaux (cibles biologiques, modèles expérimentaux,
gerie par IRM et la mesure du métabolisme par génétiques, biomarqueurs, etc.). De plus, des alliances
micro-TEP (tomographie par émission de positons) de recherche entre Sociétés pharmaceutiques elles
pour estimer, de façon longitudinale, l’efficacité anti- mêmes, ou entre Sociétés pharmaceutiques et Bio-
tumorale de composés dans des modèles de xénogreffe technologiques, doivent se nouer pour exploiter la ri-
chez la souris. L’IRM cérébrale est également uti- chesse des approches de recherche envisageables pour
lisée pour évaluer l’effet préventif ou curatif d’un générer les médicaments de demain et accélérer le
produit sur le processus de démyélinisation ou de passage des découvertes théoriques aux applications
dégénérescence cérébrale intervenant respectivement thérapeutiques.
dans des modèles expérimentaux de sclérose en
plaques ou de maladie d’Alzheimer chez la souris
(Borsook et al., 2006). Références
Une autre évolution importante de la recherche
pharmaceutique à prévoir est celle des thérapies dites Adams G.P., Weiner L.M., Monoclonal antibody therapy
personnalisées. Le développement des techniques de of cancer. Nat Biotechnol, 2005, 23, 1141-1157.
génomique, telles que génotypage, séquençage et ex- Anders H.J., Vielhauer V., Identifying and validating no-
vel targets with in vivo disease models: Guidelines for
pression de gènes permet d’envisager, dans le futur,
study design. Drug Discov Today, 2007, 12, 446-451.
un traitement adapté aux caractéristiques du pa-
Andrews A.L., Holloway J.W., Holgate S.T., Davies D.E.,
tient. Le génotypage systématique du patient permet-
IL-4 receptor α is an important modulator of IL-4 and
tra d’identifier les gènes impliqués dans la réponse IL-13 receptor binding: implications for the develop-
au médicament et de choisir le traitement le plus ment of therapeutic targets. J Immunol, 2006, 176,
adapté pour le patient (Hayden, 2009). Un exemple 7456-7461.
récent est celui du trastuzumab (Herceptin ) pour Annis D.A., Nickbarg E., Yang X., Ziebell M.R.,
le traitement du cancer du sein : seules les femmes Whitehurst C.E., Affinity selection-mass spectrometry
ayant une surexpression du récepteur Her-2/neu (25– screening techniques for small molecule drug discovery.
30 % de la population) répondent au traitement par Curr Opin Chem Biol, 2007, 11, 518-526.
cet anticancéreux (Adams & Weiner, 2005). Les bio- Austen M., Dohrmann C., Phenotype-first screening for
marqueurs pharmacogénétiques pourront également the identification of novel drug targets. Drug Discov
être utilisés pour stratifier les populations de pa- Today, 2005, 10, 275-282.
tients lors des essais cliniques de nouvelles molécules Borsook D., Becerra L., Hargreaves R., A role for fMRI
et améliorer l’homogénéité de la population étudiée, in optimizing CNS drug development. Nat Rev Drug
permettant ainsi de réaliser les études pivots avec Discov, 2006, 1-14.
268 Société de Biologie de Paris

Boussery K., Belpaire F.M., Van de Voorde J., Chemistry )), Wermuth C. (Ed.). Academic Press, 2008,
Physiological aspects determining the Pharmaco- pp. 187-209.
kinetic properties of drugs. In (( The practice of Landry Y., Gies, J.P., Drugs and their molecular targets :
Medicinal Chemistry )), Wermuth C. (Ed.). Academic an updated overview. Fundam Clin Pharmacol, 2008,
Press, 2008, pp. 637-654. 22, 1-18.
Brown D., Unfinished business: target-based drug disco- Langer T., Bryant S.D., In silico screening: hit finding
very. Drug Discov Today, 2007, 12, 1007-101. from database mining. In (( The practice of Medicinal
Butcher E.C., Can cell systems biology rescue drug disco- Chemistry )), Wermuth C. (Ed.). Academic Press, 2008,
very ? Nat Rev, 2005, 4, 461-467. pp. 210-227.
Butler D., Crossing the valley of death. Nature, 2008, 453, Levoye A., Jockers R., Alternative drug discovery ap-
840-842. proaches for orphan GPCRs. Drug Discov Today, 2008,
Carter P., Potent antibody therapeutics by design. Nat 12, 52-58.
Rev Immunol, 2006, 6, 343-357. Lonberg N., Human antibodies from transgenic animals.
Drews J., Ryser S., The role of innovation in drug deve- Nat Biotechnol, 2005, 23, 1117-1125.
lopment. Nat Biotechnol, 1997, 15, 1318-1319. Macarron R., Critical review of the role of HTS in drug
Frantz S., Playing dirty. Nature, 2005, 437, 942-943. discovery. Drug Discov Today, 2006, 11, 277-279.
Gorter J.A., van Vliet E.A., Aronica E., Breit T., Morrissette D.A., Parachikova A., Green K.N., La Ferla,
Rauwerda H., Lopes da Silva F., Wadman W.J., F.M., Relevance of transgenic mouse models to human
Potential new antiepileptogenic targets indicated by Alzheimer disease. J Biol Chem, 2009, 284, 6033-6037.
microarray analysis in a rat model for temporal lobe Newman D.J., Craag G.M., Kingston D., Natural products
epilepsy. J Neurosci, 2006, 26, 11083-11110. as pharmaceuticals and sources for lead structures. In
Halioua E., Evolution of biopharmaceutical and CMO (( The practice of Medicinal Chemistry )), Wermuth C.
market. IBC Biopharma contract manufacturing and (Ed.). Academic Press, 2008, pp. 159-186.
partnering symposium, 2005. Nowicki J.P., Scatton B., Measurement and expres-
Hardy J., Selkoe D.J., The amyloid hypothesis of sion of drug effects. In (( The practice of Medicinal
Alzheimer’s disease: progress and problems on the road Chemistry )), Wermuth C. (Ed.). Academic Press, 2008,
to therapeutics. Science, 2002, 297, 353-356. pp. 73-84.
Hartman I., Insulin analogs: impact on treatment success, Owens J., 2006 drug approvals: finding the niche. Nat Rev,
satisfaction, quality of life, and adherence. Clin Med 2007, 6, 99-101.
Res, 2008, 6, 54-67. Owens, D.R., Biol F.I., Bolli G.B., Beyond the era of NPH
Hayden E.C., Personalized cancer therapy gets closer. insulin-long-acting insulin analogs: chemistry, compa-
Nature, 2009, 458, 131-132. rative pharmacology, and clinical application. Diabetes
He X.P., Minichiello L., Klein R., McNamara J.O., Technol Ther, 2008, 10, 333-349.
Immunohistochemical evidence of seizure-induced ac- Pangalos M.N., Schechter L.E., Hurko O., Drug develop-
tivation of trkB receptors in the mossy fiber pathway ment for CNS disorders: Strategies for balancing risk
of adult mouse hippocampus. J Neurosci, 2002, 22, and reducing attrition. Nat Rev Drug Discov, 2007, 6,
7502-7508. 521-532.
He X.P., Kotloski R., Nef S., Luikart B., Parada L.F., Proudfoot J.R., High-throughput screening and drug dis-
McNamara J.O., Conditional deletion of trkB but not covery. In “The practice of Medicinal Chemistry”,
BDNF prevents epileptogenesis in the kindling model. Wermuth C. (Ed.). Academic Press, 2008, pp. 144-158.
Neuron, 2004, 43, 31-42. Reichert J.M., Rosensweig C.J., Faden L.B., Dewitz M.C.,
Hillish A., Pineda L.F., Hilgenfeld R., Utility of homo- Monoclonal antibody successes in the clinic. Nat
logy models in the drug discovery process. Drug Discov Biotechnol, 2005, 23, 1073-1078.
Today, 2004, 9, 659-669. Rondeau J.M., Schreuder H., Protein crystallography
Hoogenboom H.R., Selecting and screening recombi- and drug discovery. In (( The practice of Medicinal
nant antibody libraries. Nature Biotechnol, 2005, 23, Chemistry )), Wermuth C. (Ed.). Academic Press, 2008,
1105-1116. pp. 605-634.
Hopkins A., Groom C., The druggable genome. Nat Rev Sams-Dodd F., Target-based drug discovery: is something
Drug Discov, 2002, 1, 727-730. wrong ? Drug Discov Today, 2005, 10, 139-147.
Imming P., Sinning C., Meyer A., Drugs, their targets and Sato M., Hutchinson D., Evans B., Summers R.,
the nature and number of drug targets. Nature Rev, The β3 -adrenoceptor agonist 4-[[(hexylamino) car-
2006, 5, 821-834. bonyl]amino]-N-[4-[2-[[(2S)-2-hydroxy-3(4-hydro-
Kola I., Landis J., Can the pharmaceutical industry reduce xyphenoxy)propyl]amino]ethyl]-phenyl]-benzenesulfo-
attrition rates. Nat Rev Drug Discov, 2004, 3, 711-715. namide(L755507) and antagonist (S)-N-[4-[2-[[3-[3-
Kubinyi H., Drug research: myths, hype and reality. Nat (acetamidomethyl)phenoxy]-2-hydroxypropyl]amino]-
Rev Drug Discov, 2003, 2, 665-668. ethyl]phenyl]benzenesulfonamide (L748337) activate
Kumar K., Wetzel, S., Waldmann H., Biology oriented syn- different signaling pathways in chinese hamster ovary-
thesis and diversity oriented synthesis in compound K1 cells stably expressing the human β3 -adrenoceptor.
collection development. In (( The practice of Medicinal Mol Pharmacol, 2008, 74, 1417-1428.
Le processus de découverte du médicament dans l’industrie pharmaceutique 269

Scheffer I.E., Berkovic S.F., The genetics of human epi- recombinant biotherapeutics. Europ J Cancer, 2007,
lepsy. TIPS, 2003, 24, 428-433. 43, 2515-2522.
Schrama D., Reisfeld R.A., Becker J.C., Antibody targeted Tsai S.J., TrkB partial agonists: Potential treatment
drugs as cancer therapeutics. Nat Rev Drug Discov, strategy for epilepsy, mania and autism. Medical
2006, 5, 147-159. Hypotheses, 2006, 66, 173-175.
Serradeil-Le Gal, C., Wagnon J., Tonnerre B., Roux R., Venkateshan S.P., Sidhu S., Malhotra S., Pandhi P.,
Garcia G., Griebel G., Aulombard A., An overview of Efficacy of biologicals in the treatment of rheumatoid
SSR149415, a selective nonpeptide vasopressin V1b re- arthritis. Pharmacology, 2009, 83, 1-9.
ceptor antagonist for the treatment of stress-related Wellendorph P., Goodman M., Burstein E.S., Nash N.R.,
disorders. CNS Drug Rev, 2005, 11, 53-68. Brann M.R., Weiner D.M., Molecular cloning and
Stasi R., Gemtuzumab ozogamicin: an anti-CD33 immu- pharmacology of functionally distinct isoforms of the
noconjugate for the treatment of acute myeloid leukae- human histamine H3 receptor. Neuropharmacology,
mia. Expert Opin Biol Ther, 2008, 8, 527-540. 2002, 42, 929-940.
Steidl E.M., Neveu E., Bertrand D., Buisson B., The adult Wermuth C.G., Strategies in the search for new lead
rat hippocampal slice revisited with multi-electrode ar- compounds or original working hypotheses. In “The
rays. Brain Res, 2006, 1096, 70-84. Practice of Medicinal chemistry”, Wermuth C. (Ed.).
Terstappen G.C., Schlüpen C., Raggiaschi R., Gaviraghi Academic Press, 2008, pp. 125-143.
G., Target deconvolution strategies in drug discovery. Wickenden A.D., Potassium channels as anti-epileptic
Nat Rev, 2007, 6, 891-903. drug targets. Neuropharmacology, 2002, 43, 1055-1060.
Thakker D., Weatherspoon M., Harrison J., Keene T., Wu A.M., Senter P.D., Arming antibodies: prospects
Lane D., Kaemerrer W., Stewart G., Schafer L., and challenges for immunoconjugates. Nat Biotechnol,
Intracerebroventricular amyloid-β antibodies reduce 2005, 23, 1137-1146.
cerebral amyloidangiopathy and associated micro- Zavitz K.H., Bartel P.L., Hobden A.N., Drug targets, tar-
hemorrhages in aged Tg2576 mice. PNAS, 2009, 106, get identification, validation and screening. In (( The
4501-4506. Practice of Medicinal chemistry )), Wermuth C. (Ed.).
Tolner B., Smith L., Hillyer T., Bathia J., Beckett P., Academic Press, 2008, pp. 106-122.
Robson L., Sharma S.K., Griffin N., Vervecken W., Zhou Q., Brown J., Kanarek A., Rajagopal J., Melton
Contreras R., Pedley R.B., Begent R.H.J., Chester D.A., In vivo reprogramming of adult pancreatic exo-
K.A., From laboratory to phase I/II cancer trials with crine cells to β cells. Nature, 2008, 455, 627-632.

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