Cours Enzymologie Final

Introduction en
enzymologie
SVI-S4-Enzymologie & Biochimie Métabolique 2022-2023

Plan
I. Définition des enzymes

II. Structure et Caractéristiques des enzymes
III. Nomenclature et classification des enzymes
IV. Cinétique enzymatique
V. Influence des facteurs physico-chimiques sur la
vitesse de la réaction enzymatique
VI. Régulation de l’activité enzymatique
VII. Dosage enzymatique
Introduction
 Les organismes vivants sont le siège d’innombrables réactions

biochimiques.
 Ces réactions constituent le métabolisme c’est à dire l’anabolisme
et le catabolisme d’un grand nombre de molécules biologiques.
 Ces réactions s’effectuent dans des conditions physiologiques où,
normalement, elles seraient très lente.
 Si elles ont lieu, c’est par ce qu’elles sont catalysées par des
macromolécules biologiques: Les enzymes
Exemple
Saccharose + H2O Glucose + Fructose
∆G°’ = - 29,3 KJ/mol
Cette réaction est si lente qu'une solution aqueuse de saccharose peut

demeurer pratiquement stable pendant des années.
Pour accélérer la réaction
Catalyseur chimique Catalyseur enzymatique
Milieu acide et à chaud Invertase

Une enzyme est une protéine capable de catalyser des réactions

biochimiques, ceci dit:
- Des catalyseurs, c’est-à-dire qu’en agissant à des concentrations très
petites, elles augmentent la vitesse des réactions chimiques, sans en
modifier le résultat. A la fin de la réaction la structure de l’enzyme se
retrouve inchangée;
- Une enzyme donnée est spécifique d’une réaction, c’est-à-dire qu’elle
catalyse toujours la même transformation, se produisant sur les mêmes
corps chimiques initiaux;
- Les enzymes sont synthétisées par des êtres vivants (des
biocatalyseurs). Cette synthèse est déterminée génétiquement : sa
conservation dans le génome est favorisée par le besoin qu’éprouve cet être
vivant de faire cette réaction.
1. Structure des enzymes
Les protéines natives se replient dans une conformation tertiaire

fonctionnelle unique d’où l’acquisition de leur activité biologique, dans notre
cas, il s’agit de la catalyse enzymatique.
Structure tertiaire des protéines Structure quaternaire des protéines

En plus de la partie protéique (apoenzyme) certaines enzymes ont besoin d’un

cofacteur pour fonctionner (partie non protéique).
Un cofacteur: molécule non protéique, quand il existe, est indispensable à l’activité
enzymatique.
Les cofacteurs peuvent être :
- Des ions métalliques (molécules de nature inorganique), exp. Mg2+ ou Zn2+
Exp. Superoxydes dismutases (SOD)
2 O2•– + 2 H+ ⟶ O2 + H2O2
anions superoxyde oxygène peroxyde d'hydrogène
- Des molécules de nature organique : qu’on appelle des coenzymes (la

plupart des vitamines sont des coenzyme (exp. Vit B12) ou des précurseurs de
coenzymes (exp. Vit B3 ou PP).
En se basant sur la nature de liaison coenzyme-enzyme, on distingue :
Les coenzymes libres Les coenzymes liés

Ils sont appelés coenzymes libres Lorsque au contraire les coenzymes
parce qu’ils se dissocient de l’enzyme sont liés aux enzymes par des
à chaque réaction catalysée. liaisons covalentes. Ces coenzymes
Les coenzymes sont liés à l’enzyme sont appelés coenzymes liés parce
par des liaisons faibles cette liaison qu’ils ne se dissocient pas de
est renouvelée à chaque réaction l’enzyme.
effectuée.
Dans ce cas la coenzyme porte le Dans ce cas la coenzyme porte le
nom de cosubstrat. nom de groupement prosthétique.
Exp. ATP, NAD, NADP Exp. Hème
2. Caractéristiques des enzymes
Elles augmentent la Elles agissent à très

vitesse d’une réaction faible dose
Variété moléculaire : Elles abaissent l’énergie

Isoenzymes d’activation du substrat
Les enzymes
L’activité enzymatique Elles se trouvent
est modulable intactes à la fin de la
réaction
Elles présentent une grande

spécificité vis-à-vis de la réaction Elles ne modifient pas
catalysée ou vis-à-vis du substrat l’équilibre final de la réaction

a. Elles agissent à très faible dose :
Une molécule de catalase peut décomposer 107 molécules d’H2O2 en une min
dans des conditions de pH et de température physiologiques.
catalase
2 H2O2 O2 + 2 H2O

b. Elles abaissent l’énergie d’activation
 L’énergie d’activation ou l’énergie

libre d’activation (∆GA) est l’énergie
qui doit être absorbée par les réactifs
pour que leurs liaisons soient brisées.
 Les réactifs doivent atteindre un état

de transition instable dans lequel les
liaisons sont plus fragiles et plus
facile à briser.
 La réaction peut donc se faire à

partir de cet état de transition

Les enzymes ont la capacité d’abaisser l’Ea pour que ces réactions
puissent se faire à la température normale de la cellule
II. II. Structure
Structure et Caractéristiques
et Caractéristiques desdes enzymes
enzymes
c. La double spécificité
Les enzymes présentent une double spécificité, une spécificité vis-à-vis du

substrat et une spécificité vis-à-vis de la réaction catalysée.
Spé cificité d’action
L’enzyme ne catalyse,
pour un substrat donné,
qu’un seul type de
réaction.
Spécif icité de substrat

L’enzyme n’agit que sur
un substrat ou une classe
de substrat
Spécificité de substrat:
Spécificité large: L’enzyme peut agir avec un grand nombre de
composés possédant un seul caractère structural commun.
Exp. Hexokinase, enzyme qui catalyse la phosphorylation d’hexoses, comme le D-
glucose, le D-mannose et le D-fructose
Spécificité étroite: L’enzyme ne lie qu’un seul substrat.

Exp. La Glucose-6-phosphatase, une hydrolase qui catalyse la réaction d’hydrolyse
du glucose-6-phosphate en D-glucose avec libération de phosphate inorganique
La stéréospécificité: L’enzyme différencie entre les stéréo-isomères.

Certaines enzymes peuvent distinguer entre la forme D et L ou entre la
forme α et β.
Exp. La trypsine hydrolyse facilement les polypeptides formés de L-aminoacides,
mais elle est sans action sur les polypeptides formés de D-aminoacides.
d. L’activité enzymatique est modulable (contrôlable)
L’activité d’une enzyme est contrôlée par des modulateurs :

- Les activateurs augmentent l’activité.
- Les inhibiteurs la diminuent.
Ce qui permet d’ajuster la vitesse globale d’un métabolisme au besoin
cellulaire
e. Variété moléculaire : Isoenzymes (ou isozymes)
Ce sont des enzymes qui ont la même propriété catalytique mais ayant une
structure protéique différente. Ces isozymes présentent habituellement
différents paramètres cinétiques et différentes propriétés de régulation.
Les isozymes peuvent différer d’un tissu à un autre ou selon le stade de
développement.
Exp. La lactate deshydrogénase (LDH)
La LDH existe sous forme de plusieurs isoenzymes ; chaque isoenzyme est un tétramère
constitué de l'association de sous-unités de deux types génétiquement distincts : H et M.
L'association de ces sous-unités donne naissance à cinq isoenzymes. La LDH est
présente dans de nombreux organes :
H H
H4 LDH-1 Cœur, rein, cerveau
H H
H H
H3M LDH-2 Cœur, rein, cerveau, globules rouges
H M
H M
H2M2 LDH-3 Cerveau, poumons, globules blancs
H M
M M
HM3 LDH-4 Poumons, muscles squelettiques
H M
M M
M4 LDH-5 Foie, muscles squelettiques
M M
3. Le site actif des enzymes
Comment l’enzyme reconnait son substrat ?
Quelle est la relation entre la structure et l’activité catalytique

d’une enzyme?
Le site actif est une zone privilégiée, qui a la

forme d’une cavité, situé dans la zone hydrophobe
de la protéine. Il s’agit généralement d’une petite
zone de l’enzyme.
C’est la région de l’enzyme qui permet la

reconnaissance et la fixation de substrat, il est
aussi le siège de la catalyse.
 Le Site de fixation, liaison et
reconnaissance:
-Il est complémentaire au substrat (d’un

point de vue chimique et géométrique) et
permet donc de stabiliser le substrat dans le
site actif (par des liaisons faibles) ;
-Il permet de mettre face à face, la partie de

la molécule de substrat qui devra être
transformée, avec les acides aminés du site
catalytique.
 Le site catalytique :
-Cette partie correspond à un ensemble
d’acides aminés qui interagiront directement
avec le substrat pour faciliter sa
transformation en produit.
-Il est composé d’AA dont les chaines
latérales exposées dans le site actif sont
chimiquement très réactives.
Substrat
Produit
Enzyme
Enzyme intacte
Enzyme-Substrat
4. Modèles dynamiques de l’association protéine-substrat
4.1. Modèle de fisher : Modèle de la clé et de la serrure
C’est un modèle statique: l’enzyme possède

une cavité dont la forme correspond
exactement à celle du substrat.
La forme de substrat (clé) est complémentaire
de celle de site actif de l’enzyme (la serrure).
L’enzyme ici possède une structure spatiale
complémentaire à celle du substrat.
4.1. Modèle de fisher : Modèle de la clé et de la serrure
C’est un modèle statique: l’enzyme possède

une cavité dont la forme correspond
exactement à celle du substrat.
La forme de substrat (clé) est complémentaire
de celle de site actif de l’enzyme (la serrure).
L’enzyme ici possède une structure spatiale
complémentaire à celle du substrat.
La rigidité de ce concept et la tolérance de certaines enzymes envers

divers substrats constituent une limite à ce modèle.
4.2. Modèle de Koshland
C’est un modèle Dynamique

L’association enzyme-substrat est permise après une modification de la
conformation de l’enzyme induite par l’entrée partielle du substrat pour
s’adapter à la conformation de son substrat.
La forme active de l’enzyme n’existerait donc qu’en présence du substrat

4.3. Modèle de Henry Eyring et Rufus Lumry
C’est le substrat qui subit un changement conformationnel pour s’adapter à

l’enzyme.
4.4. Modèle de Strain-Jenks
L’enzyme et le substrat lorsqu’ils ne sont pas dans le milieu présentent

chacun une conformation particulière. La présence mutuelle de ces 2
molécules entraine une déformation partagée de l’enzyme et du substrat,
de manière à ce que le substrat se fixe sur les fonctions complémentaires
des acides aminés de contacts (Meilleur modèle).
Plan

Ancienne nomenclature
Avant 1961: Les enzymes ont été dénommées selon le nom du S sur
lequel elles agissent en ajoutant le suffixe "ase".
Exp. Lipase, Uréase, maltase, etc.
Une nomenclature fonctionnelle:

Le nom de l’enzyme indique à la fois :
• le nom du substrat
• la réaction catalysée
• Suivis du suffixe « ase »
Exp. Glucose-6 phosphatase : l’enzyme hydrolyse la liaison ester-
phosphate en C-6 du glucose
Nomenclature officielle des enzymes

La commission des enzymes (E.C. : Enzyme Commission) et l’union
internationale en biochimie (IUB : International Union of
Biochemestry) ont établi une classification numérique des enzymes,
basée sur la réaction chimique qu’elles catalysent.
Cette classification attribue à chaque enzyme un code. Chaque code

d’enzyme consiste en les lettres majuscules « EC » suivies de quatre
nombres séparés par des points:
E.C.a.b.c.d.
E.C.a.b.c.d.
Les quatre nombres de la nomenclature E.C. des enzymes désignent

chacun une caractéristique de l'enzyme qui permet de l’identifier.
E. C. a. b. c. d.
Sous sous-Classe de l’enzyme : Chronologie
Sous sous-Classe de l’enzyme : Les produits
Sous-classe de l’enzyme : La liaison attaquée
Classe de l’enzyme : La réaction
Commission
Enzyme
E.C.a.b.c.d.
Classe 1 : Oxydoréductases (E.C. 1.)

Classe 2 : Transférases (E.C.2.)
Classe 3 : Hydrolases (E.C. 3.)
Classe 4 : Lyases (E.C. 4.)

Classe 5 : Isomérases (E.C. 5.)
Classe 6 : Ligases (E.C. 6.)
Classe 7 : Translocases (E.C.7) (apparue en 2018)
Classe 1 : Oxydoréductases (E.C. 1.)
Toutes les enzymes qui catalysent les oxydoréductions (transfert
d’électrons et d’hydrogène).
La Sous-classe: définit le nom du donneur d’hydrogène (ou d’électron)
qui subit une oxydation ;
La Sous sous-classe: définit le nom de l’accepteur impliqué
Exp. E.C. 1.1.1.1 Alcool déshydrogénase
E.C. 1. Oxydoréductase
E.C. 1.1. Agit sur CH—OH
E.C. 1.1.1. Avec NAD+ comme accepteur (aussi NADP+)
E.C. 1.1.1.1 Première enzyme découverte et reconnue
Classe 2 : Transférases (E.C.2.)
Ce sont des enzymes qui catalysent le transfert d’un groupe fonctionnel
sur un accepteur
La Sous-classe: définit la nature du groupe transféré;
La Sous sous-classe: définit la nature du composé sur lequel est transféré
le groupement donné.
Exp. E.C.2.7.1.1 Hexokinase
E.C. 2. Transférases
E.C. 2.7. Agit sur les groupements phosphates
E.C. 2.7.1. Groupements alcools comme accepteur
Hexokinase
Classe 3 : Hydrolases (E.C. 3.)
Elles catalysent l’hydrolyse (par addition d’une molécules d’eau) de
différentes liaisons chimiques.
A-B + H2 O A-H + B-OH
Exp. E.C.3.1.1.7 Acétylcholinestérase
E.C. 3. Hydrolases
E.C. 3.1. Estérases: hydrolysent des esters
E.C. 3.1.1. Hydrolases d’esters carboxyliques
(formation d’un acide carboxylique et un alcool)
R-COO-R’ + H2O R-COOH + R’-OH
Classe 4 : Lyases (E.C. 4.).
Elles catalysent la rupture des liaisons chimiques par des moyens autres
que l’hydrolyse ou l’oxydation (des liaisons C-C, C-N, C-O, C-S),
formant souvent une nouvelle liaison double ou un nouveau cycle.
Exp. E.C.4.1.1.12 Aspartate-4- décarboxylase

E.C. 4. Lyases
E.C. 4.1. Agit sur les liaisons carbone-carbone
E.C. 4.1.1. Carboxy-lyase
Classe 5 : Isomérases (E.C. 5.).
Rappel: Les isomères sont des composés organiques qui ont la même
formule brute mais des formules développées différentes.
On distingue les isomères de constitution et les isomères de
configuration. Les premiers ont des enchaînements d’atomes variables,
les seconds ont des organisations spatiales différentes.
Les isomérases catalysent le déplacement de groupes à l’intérieur d’une

molécule sans que la formule brute varie.
La Sous-classe: indique le type d’isomérie;
La Sous sous-classe: est formée en fonction du type de substrat.
Classe 5 : Isomérases (E.C. 5.).

Exemple. E.C. 5.4.2.2. Phosphoglucomutase
E.C. 5. Isomérases
E.C. 5.4. Transférases intramoléculaires
E.C. 5.4.2. Phosphotransférases
Classe 6 : Ligases (E.C. 6.).
On parle également de ‘synthétase’, parce qu’elle agit sur la synthèse
des nouvelles molécules.
Les ligases catalysent la liaison de deux molécules avec rupture d'une
liaison anhydride d'acide phosphorique de l'ATP ou d'un équivalent
triphosphate (GTP par exp.).
On différencie les ligases entre elles selon la liaison qu’elles créent:
carbone-carbone, carbone-azote, etc.
La Sous-classe: indique la liaison formée;
La Sous sous-classe: définit la nature du composé sur lequel est
transféré le groupement donné.
Exp. E.C.6.4.1.1 Pyruvate carboxylase
E.C. 6. Ligases
E.C. 6.4. Formation des liaisons carbone-
carbone (C-C)
E.C. 6.4.1. Ligases formant des liaisons C-C
Classe 7 : Translocases (E.C. 7.).
Toute nouvelle classe depuis 2018.
Les translocases catalysent le mouvement des ions ou de molécules à
travers les membranes ou leur séparation dans les membranes.
La Sous-classe: désignent les types d’ions ou de molécules
transloquées;
La Sous sous-classe: indiquent les processus de réaction qui constituent
la force motrice de la translocation.
Exemple. E.C.7.1.2.1 (ATPase à translocation de protons)
E.C. 7. Translocases
E.C. 7.1. Catalysent la translocation des hydrons
E.C. 7.1.2. Lié à un nucléoside triphosphate
(Généralement ATP)
Plan

1. Rappel : Notions de base de la cinétique chimique
La cinétique chimique est l’étude de la vitesse des réactions

chimiques
1. Vitesse d’une réaction chimique
La vitesse d’une réaction correspond à la variation de la quantité de

réactifs ou de produits en fonction du temps.
Soit la réaction: S P
La concentration en substrats diminue

contrairement à la concentration en
produits qui elle augmente à la même
vitesse mais au signe opposé.
>0 <0
Il est à noter que, par convention, on exprime les vitesses de réaction

par des valeurs positives. Toutefois, étant donné que la quantité de
substrats diminue au cours d'une réaction chimique, la variation que
l'on calcule est toujours négative. Afin de rendre cette vitesse conforme
à la convention des signes, il faut ajouter un signe négatif devant
l’évolution de la concentration en substrat en fonction du temps.
On remarque que:
- La vitesse de la réaction à un moment donné est égale à la pente de la droite
tangente de cette courbe;
-Le rythme d'apparition des produits (ou de transformation des réactifs) est
rapide en début de réaction (la pente de la courbe est prononcée) alors qu'il
diminue par la suite (la pente de la courbe tend vers l'horizontale).
Soit la réaction: aA + bB cC + dD
(a, b, c et d sont les coefficients stœchiométriques)
La vitesse d'une réaction n’est pas la même pour toutes les substances
qui y sont impliquées. Il faut prendre en compte le coefficient de la
substance considérée.
La vitesse de la réaction est :

1.2. Loi de vitesse
aA + bB cC + dD
(a, b, c et d sont les coefficients stœchiométriques)
1.2. Loi de vitesse
k: constante de la vitesse (ou coefficient de la vitesse) est appelé constante de

vitesse parce qu’il est indépendant des concentrations des réactifs. Cependant il
varie en fonction de la température (T), normalement selon la loi d'Arrhenius.
Ea: énergie d'activation

R: constante universelle des gaz parfaits à température T,
A: facteur de fréquence ou de collision (à ne pas confondre avec le réactif A, pour qu’une
réaction se produise les réactifs doivent entrer en collision).
La température augmente le nombre de collision entre les réactifs donc k

augmente avec T
1.3. Détermination de l’ordre de réaction et de la constante k
EN RESUME :
La réaction d’ordre zéro est celle dont la vitesse est indépendante de la

concentration des réactifs
La réaction d’ordre 1 est celle dont la vitesse de la réaction est

proportionnelle à la concentration du réactif.
1.4. Temps de la demi-réaction
Il correspond au moment où la concentration du réactif est égale à la
concentration initiale divisée par deux :
A t1/2 ; [A] = [A]0/ 2
1.4. Temps de la demi-réaction
Plan

IV. Cinétique enzymatique michaelienne
Définition de la cinétique enzymatique
Alors qu’est-ce que la cinétique enzymatique ?
La cinétique enzymatique a pour objet d’identifier et de décrire les

mécanismes des réactions enzymatiques, en étudiant leur vitesse, c’est
à dire leur évolution en fonction du temps
- Détermination des paramètres cinétique de E;

- Analyse des facteurs influençant cette vitesse.
1. Introduction
Au début du XXe siècle, Michaelis et Menten ont proposé un mécanisme
réactionnel pour la transformation d’un substrat S en un produit P par
une enzyme E.
Ce mécanisme comporte deux étapes et fait intervenir un intermédiaire
réactionnel (ES) appelé ‘complexe enzyme-substrat’.
Le modèle de base de la cinétique des enzymes michaeliennes s’écrit

ainsi :
2. Les différentes phases de la réaction enzymatique
Phase pré-stationnaire - Combinaison ES très rapide

Entre T0 et T1 - Imperceptible en réalité
Phase stationnaire: Entre T1 et T2

- Correspond à une partie linéaire et croissante, la quantité de produit formé est
proportionnelle au temps
- Toutes les molécules de l’enzyme sont occupées par des molécules du substrat,
la [ES] est maximale et constante;
- La disponibilité du substrat baisse pour l’enzyme;

Phase post-stationnaire - La [P] est importante;
Entre T2 et T3 - La réaction inverse commence à concurrencer celle
qu’on mesurait.
- La courbe devient parallèle à l’axe des abscisses;

- Il n y a plus de transformation de S en P;
> De T3 - [P] est maximale;
- La réaction est totale ou un équilibre s’instaure entre la formation
de produit (ES→E+P) et sa destruction (E+P→ES)
3. La vitesse d’une réaction enzymatique

La vitesse d’une réaction enzymatique est la quantité de substrat
métabolisé (ou de produit formé) par unité de temps.
en mol.l-1.min-1
Analyse de la courbe P = f(t)
E
S P
De cette courbe on peut déduire la vitesse de la réaction à chaque instant t.

Graphiquement, il s’agit de la pente de la droite tangente de la courbe au
point d’abscisse t.
Sur cette courbe on va définir 3 phases
V constante
Phase 1 : La vitesse de la réaction est maximale et constante

V diminue
progressivement
La phase 2:
- La vitesse de réaction diminue progressivement;
- La disponibilité du substrat baisse pour l’enzyme.
V est nulle
Dans la phase 3: La vitesse de la réaction est nulle (V=0).

Analyse de la courbe S = f(t)
Remarque: Le même raisonnement peut être effectué avec le substrat

A quel moment peut-on déterminer la vitesse de la réaction?

La vitesse est mesurée en période initiale (V constante et maximale)

=
Vitesse initiale Vi
3.1. Notion de vitesse initiale (Vi)
La vitesse initiale est la vitesse tout

au début de la réaction (t ≈ t0) ;
- La phase initiale (pré-stationnaire) est très brève, la vitesse initiale sera donc la
vitesse à la phase stationnaire.
- La phase stationnaire est une phase de la réaction où un nombre maximum des
molécules de l’enzyme sont liée à des molécules de substrat. Le rapport enzyme lié
sur enzyme total (ES/E T ) est maximum
- C’est la vitesse d’intérêt mesurée lors de l’étude la cinétique des enzymes.
3.1. Notion de vitesse initiale (Vi)

Du point de vue expérimental :
On trace la tangente à l'origine: cette tangente correspond à la portion de la

cinétique que l’on estime linéaire. Cette estimation visuelle dépend de
l'expérimentateur.
3.2. Influence de la concentration en substrat sur la Vi.

A concentration en E constante, on fait
varier la [S] dans la réaction
enzymatique.
- Pour chaque [S] on trace la courbe
[P]=f(t).
Avec [S1]<[S2]<[S3]<[S4].
- On constate que:
Vi1<Vi2<Vi3=Vi4
Et on en déduit que plus la [S] est grande
plus la vitesse initiale de la réaction est élevée.
Et qu’à partir d’une certaine [S], la vitesse Cinétique de formation du P pour
initiale n’augmente plus des concentrations croissantes en S

A concentration en E constante, on fait
varier la [S] dans la réaction
enzymatique.
- Pour chaque [S] on trace la courbe
[P]=f(t).
Avec [S1]<[S2]<[S3]<[S4].
- On constate que:
Vi1<Vi2<Vi3=Vi4
Et on en déduit que plus la [S] est grande
plus la vitesse initiale de la réaction est élevée.
Et qu’à partir d’une certaine [S], la vitesse Cinétique de formation du P pour
initiale n’augmente plus ([ES] est maximale) des concentrations croissantes en S
Cinétique de formation du P pour des Vitesses initiales en fonction de la

concentrations croissantes en S concentration en substrat
Lorsque la concentration en substrat tend vers

l’infini, l’hyperbole se rapproche de son
asymptote qui correspond à la vitesse maximale,
notée Vi max
Vitesses initiales en fonction de la

concentration en substrat
A la différence d’une réaction d’ordre 0 ou d’une réaction d’ordre 1 pour

lesquelles les vitesses en fonction de la concentration en substrat sont rappelées
sous la forme de deux droites en rouge, la vitesse d’une réaction
enzymatique évoluera selon une relation hyperbolique
Réaction d’ordre 0
Réaction catalysée
La vitesse évoluera d’abord linéairement pour les faibles concentrations en

substrats puis tend progressivement vers une asymptote pour les fortes
concentrations.
- A Faible concentration de S:
La vitesse de la réaction est Réaction d’ordre 0
proportionnelle à la concentration en
substrat: Réaction d’ordre 1. Réaction catalysée
- A Forte concentration de S :
La vitesse de la réaction est
indépendante de la concentration en
substrat: Réaction d’ordre 0.
4. Détermination de l’équation de Michaelis-Menten
L’équation de Michaelis-Menten est une expression mathématique décrivant les

paramètres cinétiques d’une réaction chimique catalysée par une enzyme
michaelienne.
Au début du XXe siècle, Michaelis et Menten ont proposé un mécanisme

réactionnel qui comporte deux étapes et fait intervenir le complexe enzyme-
substrat (ES).
Avec les constantes de vitesse K1, K2, K3 et K4

Hypothèses simplificatrices
étape rapide étape lente
La vitesse de la réaction
Et que la réaction se fait dans les conditions initiales (= les

concentrations de produit sont faibles :Donc [P] ≈ 0
- Dans ces conditions la réaction retour (et donc la constante K4) est
négligeable. On peut écrire ainsi l'ensemble du processus:
la vitesse initiale:
Vi = (d[P]/dt) t=0 = k3 [ES]- k4 [E][P] = k3 [ES] = kcat [ES]
Négligeable
Théorie de l’état stationnaire:
La [ES] en fonction du temps est constante

Mathématiquement cela se traduit par : d[ES]/ dt=0
L’enzyme est mise en présence d’excès de substrat: La concentration

du substrat [S]0 est largement supérieure à la concentration totale d’enzyme [E]0
► La concentration maximale en complexe [ES] est limitée par [E]0 et sera

donc toujours négligeable comparée à [S]0, même à saturation de tous
les sites actifs.
Or [S]=[S]0−[ES],
donc si [ES] est négligeable face à [S]0
il en découle l’approximation suivante : [S]=[S]0.
4.1. La constante de Michaelis: Km

La vitesse initiale de la réaction Vi est donnée par :

Vi = k3 [ES]
La variation de la [ES] est liée aux vitesses des différents actes élémentaires du
mécanisme proposé par Michaelis et Menten.
Les actes élémentaires 1 et 4 contribuent à sa formation , tandis que d’autres

contribuent à sa disparition (actes élémentaires 2 et 3).
Donc : d[ES]/dt=k1[E][S]−k2[ES]−k3[ES]+k4[E][P]
[ES] reste constante : d[ES]/dt=0
Et d[ES]/dt=k1[E][S]−k2[ES]−k3[ES]+k4[E][P]
Donc : k1[E][S]−k2[ES]−k3[ES]+k4[E][P]= 0
Puisqu’on néglige k4[E][P], on obtient :
k1[E][S]−k2[ES]−k3[ES]=0
k1[E][S] − [ES] (k2+k3)=0
k1[E][S] = [ES] (k2+k3)
[E][S] k +k
= 2 3 = Km
[ES] k1
La Constante de Michaelis Km est
La Constante de dissociation du complexe ES
Km = la constante de dissociation du complexe ES
Indique l’affinité du Substrat pour l’enzyme
Km est inversement proportionnel à l’affinité d’une enzyme pour son

substrat.
4.2. Equation de Michaelis-Menten
La vitesse de la réaction dépend de la:

- Concentration en enzyme totale ;
- Concentration en substrat ;
- La constante de Michaelis.
Lorsque toutes les enzymes sont complexées par du substrat ([Et] = [ES]) , la
vitesse initiale pour une réaction donnée est maximale
on a : Vi = Vmax = k3 [ES]
Sachant que [Et] = [ES] donc Vmax = K3 [Et].
D’après l’équation de MM:
L’équation de Michaelis-Menten peut alors s’écrire :

Interprétation et intérêts :
Vmax [S]
1) On a Vi = Km + [S]
Vmax [S]
Si Vi= ½ Vmax ; ½ Vmax = Km + [S]
½ (Km + [S]) = [S]

½ Km + ½[S] = [S]
½ Km = [S] – ½ [S]
½ Km = ½ [S] Km = [S]
Donc : Km est la concentration en substrat pour laquelle l’enzyme

fonctionne à la moitié de sa vitesse maximale.
Représentation graphique de Michaelis-Menten
Vmax [S]
On a Vi = Km + [S]
Si [S]<<<<<Km ; la [S] est négligeable

Km+[S] ≈ Km Si on remplace Km+[S] par Km
Vmax [S] Vmax [S] Vmax [S]
L’équation se réduit à : Vi = Km + [S]
≈ Km
≈ Km
Donc :
Quand la [S] est très inférieure à Km, la Vi est proportionnelle à (Vm/Km) [S]
Cste
La Vi de la réaction est donc directement proportionnelle à la [S]


Vmax [S]
On a Vi = Km + [S]
Si [S]>>>>>>Km
Km+[S] ≈ [S]
Si on remplace Km+[S] par [S]
Vmax [S]
L’équation se réduit à : Vi = Vmax [S] ≈ ≈ Vmax
Km + [S] [S]
Donc :
Quand la [S] est très supérieure à Km, la Vi ≈ Vmax et donc insensible aux
augmentations ultérieures de la [S].
En résumé :
Plan

Plan

2.2.1. Les inhibiteurs réversibles
Ils se lient aux enzymes par des liaisons non covalentes, de faible énergie:
♦ Des liaisons hydrogène;

♦ Des liaisons ioniques;
♦ Ou encore des interactions hydrophobes.
Différents types d’inhibition en résultent selon que ces inhibiteurs se lient à
l'enzyme et ou au complexe enzyme-substrat.
En présence de ces inhibiteurs la cinétique de l’enzyme reste Michaelienne
Des inhibiteurs compétitifs, incompétitifs, non-compétitifs.

a. Inhibition compétitive
- Ressemblance structurale avec le substrat;
- Entre en compétition pour se fixer sur le même site de fixation.
- Concurremment à la liaison enzyme-substrat il y a une liaison enzyme-
inhibiteur qui aboutit à un complexe EI inactif.
Une enzyme peut être liée à son

substrat, ou à son inhibiteur
compétitif mais elle ne peut pas être
liée à la fois à son substrat et à son
inhibiteur.
L’inhibition compétitive peut être levée par un excès de substrat.

a. Inhibition compétitive
Formation de produit
Réaction bloquée
KI: La constante de dissociation du complexe EI

Inhibition compétitive: Effet sur Vmax et KM
Inhibition compétitive: Effet sur Vmax et KM
K'M : est la constante de

Michaelis apparente en
présence de l’inhibiteur
KI : la constante de
dissociation de EI
- La VMax de la réaction catalysée reste inchangée;

-Une augmentation de la constante de Michaelis (KM) de facteur
(1+[I])/KI), donc il y a perte apparente d’affinité pour le substrat;
-L’affinité d’un inhibiteur pour une enzyme est ainsi déterminée par la
constante d’inhibition KI, cette affinité est d’autant plus forte que KI est
petite.
Mise en évidence de l'inhibition compétitive
La concentration croissante de l’inhibiteur entraîne une augmentation de

KM alors que VMax reste inchangée.
b. Inhibition non compétitive
La fixation de l’inhibiteur
se fait sur l’enzyme au
niveau d’un site différent
du site de fixation du
substrat.
L’inhibiteur en se liant
rend la molécule d’enzyme
incapable de catalyser la
réaction
On parle alors d’inhibition non compétitive, car il n’y a aucune compétition

entre le substrat et l’inhibiteur pour l’occupation du site actif. L’affinité de
l’enzyme pour le substrat (Km) reste donc inchangée
Ce type d’inhibition n’est pas levé par un excès de substrat.

Inhibition non compétitive: Effet sur VMax et KM
V'M : est la vitesse maximale apparente de

la réaction en présence de l’inhibiteur
K'M : est la constante de Michaelis

apparente en présence de l’inhibiteur
Ce type d'inhibition réduit la vitesse maximale (Vmax) de la réaction

chimique catalysée sans modifier la constante de Michaelis Km de
l'enzyme.
Mise en évidence de l'inhibition non compétitive
- Réduction de la vitesse maximum Vmax avec l'augmentation de la

concentration de l'inhibiteur ;
- Km demeure identique à celle de l'enzyme sans inhibiteur.
c. Inhibition incompétitive
- L'inhibiteur se lie seulement au complexe enzyme-substrat [ES];
- N'entre pas en compétition avec le substrat sur son site de fixation.
Réaction bloquée
Généralement, la liaison du substrat sur l'enzyme entraîne une modification de la

conformation de l'enzyme, révélant ainsi un site de fixation pour l'inhibiteur.
L'inhibiteur, en retour, modifie la conformation du site actif de l'enzyme et empêche la
réaction.
Inhibition incompétitive: Effet sur Vmax et KM
Inhibition incompétitive: Effet sur Vmax et KM
Ici la VMax et le KM ont diminué. On a donc une nouvelle V’Max et une

nouvelle K’M, qui sont respectivement inférieurs aux VMax et KM
initiales.
Mise en évidence de l'inhibition incompétitive

Vi
-La concentration croissante de l’inhibiteur entraîne une diminution de KM et de

Vmax
- La pente KM/Vmax de la courbe reste inchangée; car on a divisé KM et Vmax par
un même nombre (1+ [I]/[ KI])
Tableau récapitulatif des paramètres cinétiques

des inhibiteurs réversibles
Km apparente V’Max
Inhibition
Augmente KM (1+ [I])/K I) Inchangée VMax
compétitive
Inhibition non
Inchangé Km Diminue VMax /(1+[I]/K I )
compétitive
Inhibition
Diminue KM /(1+ [I]/K I ) Diminue VMax /(1+ [I]/K I )
incompétitive
2.2.2. Les inhibiteurs irréversibles
Les inhibiteurs irréversibles se lient de manière covalente au site actif de

l’enzyme et l’inactive de façon permanente.
Ils entrainent une perte des propriétés catalytiques de l’enzyme soit par
modification de sa conformation, soit par blocage du site actif de
l’enzyme.
Les inhibiteurs irréversibles se lient de manière covalente au site actif de

l’enzyme et l’inactive de façon permanente.
Ils entrainent une perte des propriétés catalytiques de l’enzyme soit par
modification de sa conformation, soit par blocage du site actif de
l’enzyme.
→ Inhibiteur ciblant un groupe chimique spécifique;
→ Inhibiteurs suicides.
a. Inhibiteur ciblant un groupe chimique spécifique
- L’inhibiteur est structurellement similaire au substrat;

- Il réagit avec une chaîne latérale du site actif;
- La réaction de l’inhibiteur avec l’enzyme mène à la formation d’un lien
covalent qui ne peut pas être hydrolysé.

a. Inhibiteur ciblant un groupe chimique spécifique
Exemple: Le diisopropylfluorophosphate (DFP)
L’acétylcholinestérase, une protéase à sérine, est une enzyme importante dans la

transmission de l’influx nerveux.
Cette enzyme est inhibée de façon irréversible par le DFP qui se lie de façon
covalente au résidu sérine.
Le DFP peut inhiber aussi plusieurs

autres protéases possédant une Ser dans
leur site actif.

b. Inhibiteurs suicides
- L’inhibiteur est structurellement similaire au substrat;

- Initialement, l’inhibiteur se lie normalement avec l’enzyme, tout comme s’il
s’agissait du substrat;
- Un intermédiaire covalent est formé qui ne peut pas être catalysé, menant à
l’inhibition de l’enzyme.
Exemple : Les béta lactamines, un inhibiteur suicide
Les β lactamines (exp. la pénicilline) sont des analogues structuraux de

substrats d'enzymes synthétisant le peptidoglycane qui est le constituant
majeur de la paroi bactérienne. Ces enzymes sont appelées PLP ‘protéines
liants les pénicillines’.
Les β-lactamines vont se lier de manière covalente avec les PLP, rendant
ainsi inactives ces enzymes, ce qui aboutit à l’inhibition de la synthèse du
peptidoglycane.
Similarité ‘stéréochimique’ entre la pénicilline et le

dipeptide D-alanyl-Dalanine (substrat naturel des PLP) Structure de la paroi des bactéries
2.2.3. rôle des inhibiteurs
• Rôle important dans le contrôle des mécanismes biologiques;

• Régulation des voies métaboliques;
• Informations sur le mode de catalyse enzymatique;
• Nombreux médicaments sont des inhibiteurs enzymatiques:
- Spécificité (absence de liaison à d'autres protéines);
- Puissance (constante de dissociation, Ki);
-Haute spécificité et forte puissance: faible toxicité et effets
secondaires minimisés.
Plan


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Introduction en

SVI-S4-Enzymologie & Biochimie Métabolique 2022-2023

I. Définition des enzymes

 Les organismes vivants sont le siège d’innombrables réactions

Cette réaction est si lente qu'une solution aqueuse de saccharose peut

Pour accélérer la réaction

Catalyseur chimique Catalyseur enzymatique

Milieu acide et à chaud Invertase

Une enzyme est une protéine capable de catalyser des réactions

Les protéines natives se replient dans une conformation tertiaire

Structure tertiaire des protéines Structure quaternaire des protéines

En plus de la partie protéique (apoenzyme) certaines enzymes ont besoin d’un

Les cofacteurs peuvent être :

- Des ions métalliques (molécules de nature inorganique), exp. Mg2+ ou Zn2+

Exp. Superoxydes dismutases (SOD)

- Des molécules de nature organique : qu’on appelle des coenzymes (la

Les coenzymes libres Les coenzymes liés

Elles augmentent la Elles agissent à très

Variété moléculaire : Elles abaissent l’énergie

Elles présentent une grande

2. Caractéristiques des enzymes

2. Caractéristiques des enzymes

 L’énergie d’activation ou l’énergie

 Les réactifs doivent atteindre un état

 La réaction peut donc se faire à

2. Caractéristiques des enzymes

Les enzymes présentent une double spécificité, une spécificité vis-à-vis du

Spécif icité de substrat

Spécificité étroite: L’enzyme ne lie qu’un seul substrat.

La stéréospécificité: L’enzyme différencie entre les stéréo-isomères.

L’activité d’une enzyme est contrôlée par des modulateurs :

Comment l’enzyme reconnait son substrat ?

Quelle est la relation entre la structure et l’activité catalytique

Le site actif est une zone privilégiée, qui a la

C’est la région de l’enzyme qui permet la

-Il est complémentaire au substrat (d’un

-Il permet de mettre face à face, la partie de

C’est un modèle statique: l’enzyme possède

C’est un modèle statique: l’enzyme possède

La rigidité de ce concept et la tolérance de certaines enzymes envers

C’est un modèle Dynamique

La forme active de l’enzyme n’existerait donc qu’en présence du substrat

C’est le substrat qui subit un changement conformationnel pour s’adapter à

L’enzyme et le substrat lorsqu’ils ne sont pas dans le milieu présentent

I. Définition des enzymes

Une nomenclature fonctionnelle:

Nomenclature officielle des enzymes

Cette classification attribue à chaque enzyme un code. Chaque code

Les quatre nombres de la nomenclature E.C. des enzymes désignent

Classe 1 : Oxydoréductases (E.C. 1.)

Classe 4 : Lyases (E.C. 4.)

Exp. E.C.4.1.1.12 Aspartate-4- décarboxylase

Les isomérases catalysent le déplacement de groupes à l’intérieur d’une

Classe 5 : Isomérases (E.C. 5.).

I. Définition des enzymes

La cinétique chimique est l’étude de la vitesse des réactions

La vitesse d’une réaction correspond à la variation de la quantité de

La concentration en substrats diminue

Il est à noter que, par convention, on exprime les vitesses de réaction

La vitesse de la réaction est :

k: constante de la vitesse (ou coefficient de la vitesse) est appelé constante de

Ea: énergie d'activation

La température augmente le nombre de collision entre les réactifs donc k

La réaction d’ordre zéro est celle dont la vitesse est indépendante de la