MB7 : Bactériologie B2 - Physiologie bactérienne

PHYSIOLOGIE BACTÉRIENNE

Objectifs lesquelles la source d’énergie est un élément organi-

que. La plupart des bactéries d’intérêt médical sont
Connaître : des bactéries chimioorganotrophes.
• les principaux éléments de la physiologie bacté- La source de carbone nécessaire à la vie bactérienne
rienne : peut être le dioxyde de carbone qui est la source de
- les conditions de la croissance bactérienne: carbone exclusive pour les bactéries autotrophes alors
* nutritionnelles que les bactéries dites hétérotrophes utilisent le car-
* environnementales bone de substances organiques diverses comme un
- la croissance bactérienne proprement dite : alcool, l’acide acétique, l’acide lactique, des sucres
* division bactérienne divers, …).
* dynamique de la croissance Les bactéries doivent également trouver dans leur
• leurs implications dans la conduite d’un examen environnement une source d’azote et une source de
bactériologique et donc le diagnostic d’une infection soufre. Les bactéries ont des besoins inorganiques
bactérienne (exemple du phosphore). Les autres éléments néces-
saires à la vie bactérienne sont les ions comme le
sodium, le potassium, le magnésium, le chlore ; divers
Plan oligo-éléments comme le manganèse, le nickel, le
zinc, le sélénium, … ; divers facteurs de croissance
Principaux éléments de Implication lors de
comme des acides aminés (acide folique, acide nicoti-
la physiologie bacté- l’examen bactériologi- nique, …) ou des dérivés de l’hème et des vitamines
rienne que
: B6 (pyridoxine), K et dérivées, ...
Besoins nutritifs Choix des milieux de
culture
2.2. Les milieux de culture
Conditions environne- Choix de la température Leur composition doit permettre la croissance
mentales et de l’atmosphère bactérienne et doit donc tenir compte des besoins
d’incubation des milieux nutritifs des bactéries. La composition de base de ces
de culture milieux comprend :
Division bactérienne Délais de croissance et de • des substrats nutritifs : acides aminés, peptides,
rendu des résultats bases nucléiques, sucres, …,
Dynamique de la crois- Dénombrement, identifi- • un système tampon assurant la constance du pH
sance cation et antibiogramme • des sels minéraux,
• des vitamines,
1. Définition • d’autres facteurs de croissance pour certaines bacté-
ries dites exigeantes : sang, protéines, hémoglobine,
La physiologie bactérienne est la science des fonc- vitamines supplémentaires.
tions et des constantes du fonctionnement normal
des bactéries. On distingue plusieurs types de milieux de
culture selon leur composition :
- les milieux synthétiques de composition définie,
- les milieux semi-synthétiques qui sont des milieux
2. Besoins nutritifs des bactéries et milieux
synthétiques additionnés d'un extrait d’organismes
de culture comme un extrait de levures contenant des facteurs
de croissance pour les bactéries,
2.1. Les besoins nutritifs des bactéries - des milieux complexes de réalisation empirique
Les bactéries sont des organismes vivants devant (extraits de viande, de levure, extraits enzymatiques,
trouver dans l’environnement l’ensemble des subs- protéines ou peptones).
tances nécessaires à leur énergie et à leurs synthèses
cellulaires. On distingue également les milieux de culture
Leur source d’énergie peut être de nature lumi- selon leur fonction :
neuse (bactéries phototrophes) ou représentée par des - les milieux d’isolement permettant la croissance
composés minéraux ou organiques divers : on parle de plusieurs espèces bactériennes,
alors de bactéries chimiotrophes. Parmi cette dernière - les milieux d’enrichissement permettant de favo-
catégorie de bactéries, on distingue les bactéries chi- riser la croissance d’une espèce en faible quantité dans
miolithotrophes tirant leur d’énergie d’un élément un échantillon,
minéral et les bactéries chimioorganotrophes pour

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- les milieux enrichis permettant la croissance des
bactéries exigeantes,
- les milieux sélectifs favorisant la croissance d’un
type bactérien particulier tout en inhibant celle des
autres types bactériens (exemple des milieux sélectifs
pour les bactéries à Gram positif contenant des anti-
biotiques inhibiteurs des bactéries à Gram négatif).
Ces milieux peuvent se présenter sous forme
liquide : bouillons de culture en tubes ou en flacons
(exemple des flacons d’hémoculture). La croissance
bactérienne peut alors être objectivée par un trouble
du bouillon après incubation de 2 à 15 jours à 37° C
le plus souvent. Les milieux solides sont le plus
souvent des milieux gélosés en boîte de Pétri. Après
incubation de 24 à 72 heures à 37° C, la croissance
bactérienne est objectivée par la mise en évidence de
colonies bactériennes à la surface du milieu gélosé.
Chaque bactérie présente initialement dans
l’échantillon cultivé va donner une colonie.
Colonie
bactérienne
Figure 1. Croissance bactérienne sur milieu gélosé contenant
du sang de mouton
(à gauche : un seul type de colonies, à droite : culture polymi-
crobienne).
Afin de permettre la croissance d’un maximum de
bactéries, un panel de différents milieux de culture
variable selon l’analyse à effectuer sera utilisé : une
combinaison de deux milieux de culture est le plus
souvent utilisée pour la mise en culture des urines
dans le cadre d’un examen cytobactériologique des
urines (ECBU) alors qu'on peut être amené à ense-
mencer jusqu'à neuf milieux de culture différents lors
de la réalisation d’une coproculture.
3. Conditions environnementales et condi-
tions d’analyse
3.1. Conditions environnementales
Plusieurs facteurs environnementaux vont condi-
tionner la croissance bactérienne :
• Le pH : certaines bactéries se développent à pH
compris entre 6 et 8 : elles sont appelées bactéries
neutrophiles (exemple : Escherichia coli), d’autres se
développeront préférentiellement à pH alcalin (>8) et
sont appelées bactéries alcalinophiles (exemple : Pseu-
domonas). Enfin, la croissance de certaines bactéries
dites acidophiles est optimale à pH acide (<6) (exem-
ple : Lactobacillus).
• La pression osmotique : les bactéries ont une
bonne tolérance générale au sel. Certaines bactéries
dites halophiles nécessitent du chlorure de sodium
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(NaCl) pour leur croissance ; d’autres sont dites halo-
tolérantes.
• La pression mécanique ou hydrostatique : les
bactéries ont une bonne tolérance générale à la pres-
sion ; certaines espèces vivants dans les grands fonds
marins supportent une pression très importantes et
sont dites barophiles.
• La température : cinq catégories de bactéries sont
différenciées sur la base de leur fourchette de tempé-
ratures de croissance :
- les bactéries mésophiles dont la croissance est pos-
sible de 10 à 45°C mais ayant une température opti-
male de croissance comprise entre 30 et 37°C et
parmi lesquelles se trouvent la plupart des bactéries
d’intérêt médical,
- les bactéries psychrophiles poussant de -15 à 20°C
(optimum : 5-10°C) (exemple : Listeria monocytogenes,
agent de la listériose, dont la croissance est optimale à
la température des réfrigérateurs),
- les bactéries psychrotropes se développant à des
températures de -5 à 35°C (optimum : 20-25°C),
- les bactéries thermophiles poussent de 45 à 70°C,
- les bactéries hyperthermophiles peuvant croître à
des températures > à 80°C.
• L’oxygène moléculaire
Les bactéries possèdent des modes respiratoires va-
riés : certaines nécessitent de l’oxygène pour leur
croissance alors que, pour d’autres, l’oxygène peut
être délétère.
On distingue :
1. Les bactéries aérobies strictes (exemple : Pseudo-
monas) nécessitant une teneur en oxygène moléculaire
suffisante pour pouvoir se multiplier,
2. Les bactéries micro-aérophiles (exemple : Campy-
lobacter) se développant uniquement lorsque la teneur
en oxygène moléculaire est réduite,
3. Les bactéries aéro-anaérobies facultatives
(exemple : Escherichia coli) dont la croissance n’est pas
affectée par la concentration en oxygène moléculaire,
4. Les bactéries anaérobies strictes ne se dévelop-
pant qu’en absence d’oxygène (exemple : Clostridium).
Croissance
bactérienne
1 2 3 4
Figure 2. Représentation schématique des différents modes
respiratoires dans le monde bactérien.
3.2. Conditions d’analyse bactériologique
En pratique, afin de pouvoir réunir les conditions
environnementales favorables à la croissance d’un
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maximum de bactéries différentes, les laboratoires de
bactériologie disposent d’étuves permettant
l’incubation des milieux de culture ensemencés à
diverses températures (30°C, 37°C, …) et des systè-
mes permettant la création des atmosphères microaé-
rophiles et anaérobies (exemple : jarres avec généra-
teurs d’atmosphère particulière).
4. Division bactérienne, délai de croissance
et délai des résultats
4.1. Division bactérienne
La croissance bactérienne est un accroissement
ordonné et coordonné de tous les composants de la
bactérie. Le nombre de bactéries augmente entraînant
un appauvrissement du milieu de culture en nutri-
ments et un enrichissement du milieu en sous-
produits du métabolisme.
Les bactéries sont des organismes asexués dont la
reproduction a lieu par division cellulaire ou repro-
duction binaire encore appelée scissiparité.
La reproduction se fait selon trois phases :
- Allongement de la bactérie,
- Duplication des constituants,
- Séparation
Figure 3. Bactérie en cours de division
(la flèche représente la zone de future séparation des deux
bactéries néo-formées).
Une bactérie mère va donc engendrer deux bacté-
ries filles identiques qui pourront à leur tour se diviser
par scissiparité. L’ensemble des bactéries issues d’une
même cellule mère formera une colonie bactérienne.
Etc, …Î 1 colonie bactérienne
Figure 4. Représentation schématique de la division bacté-
rienne par scissiparité.
4.2. Délais de croissance
Le temps de division et les délais de croissance
dépendent de l’espèce bactérienne et des conditions
du milieu extérieur (favorables ou défavorables).
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Tableau 1. Temps de génération de quelques espèces bacté-
riennes.
Bactérie In vitro In vivo
(min) (h)
Escherichia coli 20-40 5
Staphylococcus aureus 40 3-5
Pseudomonas aeruginosa 40 4
Mycobacterium
tuberculosis 120-240 24-48
4.3. Délais d’obtention des résultats de l’analyse
cytobactériologique
Les délais de croissance bactérienne condition-
nent le délai de l’analyse et donc du rendu des résul-
tats. L’analyse cytobactériologique des urines permet-
tant le diagnostic d’une infection urinaire à entérobac-
térie (Escherichia coli ou Klebsiella pneumoniae par exem-
ple) durera dans la plupart des cas 48 heures environ
alors que le diagnostic bactériologique d’un cas de
tuberculose causé par Mycobacterium tuberculosis peut
nécessiter un délai de 4 semaines.
5. Dynamique de la croissance bactérienne
et implication dans le diagnostic bactériolo-
gique
5.1. Dynamique de la croissance bactérienne
La croissance bactérienne est un phénomène
dynamique qui comporte six phases représentées
schématiquement dans la figure suivante.
Figure 5. Courbe de croissance bactérienne en milieu liquide
adapté non renouvelé
(en abscisse figure le temps d’incubation et en ordonnée la
valeur logarithmique du nombre de bactéries).
- Phase 1 : phase de latence : la croissance est nulle,
il y a accoutumance des bactéries à l’environnement,
- Phase 2 : phase d’accélération avec augmentation
de la vitesse de croissance,
- Phase 3 : phase de croissance exponentielle
durant laquelle le taux de croissance est maximal,
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- Phase 4 : phase de ralentissement : la vitesse de

croissance diminue, il y a épuisement des nutriments
du milieu de culture et accumulation des déchets,
- Phase 5 : phase stationnaire : il y a un arrêt de la
reproduction due à un facteur limitant dans
l’environnement, le taux de croissance est nul et le
taux de division égale le taux d’autolyse,
- Phase 6 : phase de déclin : les ressources sont
épuisées et le nombre de bactéries diminue.

5.2. Application au dénombrement bactérien

Le dénombrement des bactéries par unité de
volume d’échantillon analysé se fait après culture et
permet d’apprécier la quantité de bactéries viables.
L’ensemencement d’un volume défini d’échantillon
sur milieu de culture gélosé permettra, après dénom-
brement des colonies bactériennes obtenues après
incubation, de calculer les bactéries présentes dans
l’échantillon analysé. Le résultat est exprimé en Uni-
tés Formant Colonie par millilitre (UFC/ml).
Exemple : la culture de 100 l d’un liquide de
lavage broncho-alvéolaire (LBA) permet de dénom-
brer 70 colonies bactériennes aprsè 48 heures
d’incubation à 37°C, la numération bactérienne est
donc de 700 UFC/ml de LBA. (le seuil à partir du-
quel la quantité de bactéries est considérée comme
significative est de 104 UFC/ml de LBA).
De même, des systèmes appelés lames immergées ou
Uricult® permettent la numération des bactéries
présentes dans un échantillon d’urine au moment du
prélèvement et permettront une estimation fiable de
ce nombre ne tenant pas compte d’une multiplication
bactérienne éventuelle durant le délai
d’acheminement des échantillons au laboratoire.
Le dénombrement est d’une importance capitale
dans la plupart des analyses bactériologiques puisque
la quantité de bactéries présente dans l’échantillon
conditionne la réalisation éventuelle d’un antibio-
gramme (voir ci-après) ainsi que l’instauration d’une
antibiothérapie chez le patient. Par exemple, un dé-
nombrement bactérien de 103 UFC/ml d’urine n’est
pas considéré comme significatif d’une infection
bactérienne.
5.3. Application à l’identification bactérienne
L’identification des bactéries repose sur l’étude de
leur croissance en présence de divers substrats ou
étude du métabolisme bactérien, on peut ainsi
étudier le métabolisme protéique ou le métabolisme
glucidique des bactéries par exemple. La combinaison
des différents résultats obtenus permet de définir le
profil métabolique de la bactérie analysée ce qui per-
met de l’identifier. Nous donnons ci-après l’exemple
de l’étude du métabolisme glucidique de deux bacilles
à Gram négatif réalisée en galeries miniaturisées per-
mettant l’étude simultanée d’un panel de plusieurs
substrats.
Figure 6 : Etude du métabolisme glucidique de Escherichia coli
(en haut) et de Klebsiella pneumoniae (en bas). Si la bactérie
peut métaboliser le glucide présent, la cupule devient jaune ; si
elle ne peut utiliser le sucre testé comme source de carbone, la
cupule reste bleue. (MAN : mannitol, INO : inositol, SOR :
sorbitol, RHA : rhamnose, SAC : saccharose, MEL : melibiose,
AMY : amygdaline, ARA : arabinose). Alors que Klebsiella
pneumoniae est capable de métaboliser l’ensemble des huit
glucides testés, Escherichia coli ne peut en utiliser que quatre.
5.4. Application à la détermination de la sensibilité /
résistance bactérienne aux antibiotiques
L’étude de la croissance bactérienne en présence
de différents antibiotiques permet de définir pour
chaque bactérie analysée un profil de sensibilité /
résistance aux différentes molécules antibiotiques.
Disque
d’antibiotique
(chaque disque
contient un antibioti-
que différent)
Souche résistante Souche sensible
à l’antibiotique testé (crois- à l’antibiotique testé
sance au contact du disque) (inhibition de la crois-
sance autour du disque)
Figure 7 : Antibiogramme selon la méthode des disques ou de
diffusion en milieu gélosé.
6. Conduite d’un examen cytobactériologi-
que
Le déroulement de l’examen cytobactériologique
d’un échantillon dépend donc de la physiologie bacté-
rienne à chacune de ses étapes.
On peut par exemple schématiser le déroulement
d’un examen cytobactériologique des urines comme
dans la figure 8.
La durée totale d’un tel examen est donc comprise
entre 48 et 72 heures.

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- pour isoler, dénombrer et identifier la ou

les bactéries en cause,
- pour déterminer leur sensibilité aux anti-
J0 biotiques,
Examen direct (GB, GR, bactéries, …) et mise en culture
• Lors de la réalisation de contrôles de stérilité ou de
densité microbienne dans certains locaux (air des
J1 1 type de Plusieurs types Plusieurs types
blocs opératoires, surfaces, …)
colonies de de
isolées colonies isolées colonies non isolées • Lors du contrôle de la qualité microbiologique des
aliments, des eaux, des médicaments, des produits
cosmétiques, etc.
Numération Connaître la physiologie bactérienne est donc indis-
Identification(s) Réisolement pensable pour la conduite raisonnée d’un examen
Antibiogramme(s) éventuel(s)
cytobactériologique puisqu’il convient de maîtriser les
conditions de réalisation de la culture bactérienne
(besoins nutritifs et conditions environnementales
J2 Résultat Identification et respectés).
antibiogramme éventuel

Pour en savoir plus

J3 Résultat
* http://www.phem.fr/bio puis « Les bactéries »
Figure 8 : Les étapes et les délais de réalisation d’un examen * Campus de microbiologie médicale :
cytobactériologique des urines.
http://www.microbes-edu.org avec
(GB, globules blancs ; GR, globules rouges)
http://www.microbes-edu.org/etudiant/etudiants.html

7. Conclusion * Précis de bactériologie clinique. Coordinateurs : J. Freney, F.

Renaud, W. Hansen, C. Bollet. Editions ESKA, 2000.
L’intérêt de l’étude de la croissance bactérienne
est multiple : * Microbiologie générale et Santé – Coordinateur : C. Bosgi-
• Lors d’une maladie infectieuse : raud. Editions ESKA, 2003.

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